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Desenvolvimento de ferramenta e análise in silico da ocorrência de microssatélites no genoma do arroz / Development of a bioinformatics tool and in silico studies on microssatellites occurrence on the rice genomeMaia, Luciano Carlos da 05 April 2007 (has links)
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Previous issue date: 2007-04-05 / The classic plant breeding methods are responsible for the major advances of
modern agriculture. However, molecular biology and genomic techniques have
provided insights into how further advance in genetic gains. Molecular markers have
been successfully applied in genetic mapping and marker assisted selection in many
plant species. Rice after the complete sequence of its genome, has been more and
more used as a model for cereal improvement. Currently, strategies have been
relying on the transference of information between the model genome (rice) and
other grasses, making that the information generated in rice and for other major
crops such as maize, wheat and rice can be also used to improve orphan grass
crops. Microsatellites (SSRs) have been described as the preferred type of marker to
be used in these studies. Given these features of rice and SSRs and aiming to
evaluate the abundance of these markers on the rice genome and their availability for
public use, a computational tool was developed. This tool search’s and characterizes
these loci, applies primer design and searchs for anchoring sites for the primers in
genomic databases of any species. It also, evaluates the affectivity of transposition of
these markers by simulating a PCR. All SSRs found in the rice genome were
analyzed and primers were designed for all loci in chromosome 1 and simulated
against the other rice chromosomes, giving an idea of potentially duplicated regions
across the genome. / O uso de várias classes de marcadores moleculares tem sido implementado
em mapeamento genético e na seleção assistida de várias espécies vegetais. O
arroz, após o sequenciamento completo do seu genoma, tem sido proposto como
um modelo genético entre as várias espécies gramíneas de importância agronômica.
Modernamente, uma estratégia tem sido adotada com base na transferência de
informações da genômica estrutural dessas gramíneas, sendo que, desta forma, o
conhecimento obtido em espécies com maiores investimentos técnicos como o
milho, trigo e o arroz, possam ser utilizados também nas gramíneas com menores
níveis tecnológicos de pesquisa. A classe dos marcadores moleculares conhecida
como microssatélites é atualmente descrito como preferencial nestes estudos.
Dadas essas características do arroz e dos microssatélites, com objetivo de se
conhecer a riqueza desses marcadores no genoma do arroz e a disponibilização
desses para a utilização pública, foi desenvolvido uma ferramenta computacional
para busca e caracterização desses locos, desenho de primers e busca por sítios de
ancoramento para os primers em bancos de dados genômicos de qualquer espécie,
avaliando dessa forma, a transposição de marcadores moleculares entre espécies
através da simulação da PCR. Foram analisadas e descritas todas as possíveis
ocorrências de microssatélites no genoma do arroz e desenhados primers para os
locos encontrados no cromossomo 1, que posteriormente foram usados para a
simulação da PCR contra os demais cromossomos do arroz, resultando o número de
amplificações possíveis para cada conjunto de primers e suas respectivas regiões
genômicas.
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Estudo do fator de transcrição ASR5 em plantas de arroz (Oryza sativa) e identificação de proteínas em resposta ao estresse por alumínio em Arabidopsis thalianaBücker Neto, Lauro January 2014 (has links)
As plantas são organismos sésseis que continuamente enfrentam situações ambientais adversas, o que acarreta em reduções significativas da biomassa e da produtividade. O trabalho, aqui exposto, teve como objetivo avaliar o papel dos fatores de transcrição ASR (do ingles ABA, stress and ripening) na resposta a estresses abióticos em plantas de arroz. Também teve como objetivo avaliar as respostas de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse produzido nos momentos iniciais da exposição ao metal alumínio. O capítulo 1 da presente tese, compara a expressão de miRNAs entre plantas silenciadas para o gene ASR5 (ASR5_RNAi) e plantas não transformadas (controle). De um total de 279 miRNAs maduros identificados, distribuídos em 60 famílias, 159 foram diferencialmente expressos quando as duas bibliotecas foram comparadas. Uma correlação negativa entre o MIR167 e seu gene alvo (LOC_Os07g29820) também foi confirmada por PCR em tempo real. Este é o primeiro trabalho sugerindo o envolvimento das proteínas ASR na regulação da expressão de miRNAs em planta. O segundo capítulo apresenta o estudo das proteínas ASR na manutenção da homeostase do pH em plantas de arroz. Verificou-se uma diminuição do crescimento radicular em plantas silenciadas em solução ácida, quando comparadas com plantas não transformadas nas mesmas condições. Também foi analisada a viabilidade da ponta de raízes quanto ao dano causado pelo baixo pH e diferentes concentrações de Ca+2, demonstrando que a adição de CaCl2 é capaz de aliviar o efeito tóxico do excesso de protons H+. Diversos genes reprimidos nas plantas silenciadas e envolvidos no mecanismo de manutenção do pH em células vegetais, também foram investigados. O terceiro e último capítulo é dedicado ao estudo da resposta inicial de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse por alumínio. Plantas com 7 dias de idade foram expostas a uma concentração de 25 μM de AlCl3 durante 3 horas e modificações na abundância de proteínas foi investigada com a técnica de espectrometria de massa. Um total de 3.213 proteínas foram identificadas, sendo que destas, 293 apresentaram variação no nível de expressão. Diversas proteínas com expressão induzida são funcionalmente associadas com a detoxificação de espécies reativas de oxigênio (ROS), indicando que o tratamento ocasionou estresse oxidativo nas raízes de A. thaliana. Também foram identificadas uma proteína mitocondrial carreadora de substrato e uma acyl-CoA oxidase com possível papel nos mecanismos de defesa em resposta a alumínio e com potencial para futuros estudos funcionais na planta modelo. De uma maneira geral, os resultados aqui apresentados mostram, pela primeira vez, que ASR5 está envolvida na regulação de miRNAs e na homeostase do pH em plantas de arroz, além de identificar proteínas responsivas ao estresse por alumínio em A. thaliana. / Plants are sessile organisms that continuously face adverse environmental situations, leading to a significant reduction in biomass and yield. The aim of the present work was to further study the ASR (ABA, stress and ripening) transcription factors in rice plants. Moreover, the responses of Arabidopsis thaliana to aluminum stress were also analyzed. The chapter 1 of this thesis compares the expression of mature miRNAs in the ASR5 silenced plants (ASR5_RNAi) and in non-transformed plants (control). From a total of 279 mature miRNA of 60 families, 159 were differentially expressed. A negative correlation of MIR167 and its target gene (LOC_Os07g29820) was also confirmed by real time RT-qPCR. This is the first report showing the involvement of ASR proteins in miRNA gene expression regulation. The second chapter presents the study of participation of ASR proteins in the maintenance of pH homeostasis in rice plants. The evaluation of root growth in ASR5_RNAi plants upon acid solution showed inhibition of root growth when compared to non-transformed plants in the same condition. Root tip feasibility and damage caused by low pH and different concentrations of Ca+2 was also analyzed. The results indicate that addition of CaCl2 is capable of alleviating the toxic effects of H+ protons. Several genes downregulated in silenced plants and involved in pH maintenance in plant cells have also been investigated. This work demonstrates the importance of ASR transcription factors in a biological process not yet described. The third and final chapter describes the study of the initial response of Arabidopsis thaliana to aluminum stress. Seven-day old seedlings were treated with 25 μM AlCl3 for 3 hours and submitted to quantitative analyses by mass spectrometry. A total of 3,213 proteins were identified, from which 293 proteins were differentially responsive upon aluminum treatment. Several proteins with increased expression in response to the treatment are functionally associated with reactive oxygen species (ROS), indicating that the Al3+ exposure caused oxidative stress in the roots of A. thaliana. A mitochondrial substrate carrier (At1g78180) and an acyl-CoA oxidase (At3g51840) with a putative role in Al defense were also up-regulated and constitute interesting targets for functional studies of aluminum toxicity in the model plant. Overall, the results here presented show for the first time that ASR5 is involved in miRNA and pH homeostases regulation in rice plants and also identify proteins responsive to aluminum stress in A. thaliana.
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Emissão de gases de efeito estufa em arroz irrigado em várzea tropical / Emission of greenhouse gases in irrigated rice in tropical floodplainMascarenhas, Yoná Serpa 28 May 2018 (has links)
Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-11-01T15:21:36Z
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Previous issue date: 2018-05-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The flooded rice crop (Oryza sativa L.) emits both N2O and CH4, which can contribute significantly to total greenhouse gas (GHG) emissions. Application of nitrogen fertilizers is normally necessary to achieve optimum yields, however over application may increase the risks of pollution and N2O and CH4 emissions in flooded rice system. A study in field conditions was carried out at the Palmital Farm, Embrapa Experimental Station Rice and Beans, in Gleysol Haplic, in order to verify the greenhouse gas emissions, the carbon stock and the physical properties of the soil in a system of production of flooded rice in tropical lowlands under different sources and doses of N. The treatments resulted from the factorial combination: (common urea (UC) and protected urea (UP)), and three nitrogen doses (30, 70, 150 kg ha-1) plus the control. Unformed and deformed soil samples were collected at depths 0-5; 5-10; 10-15; 15-20; 20-30; 30-40 and 40-50 cm, to determine the physical properties of the soil. Gas collection was carried out in the 2014/2015 harvest, in the off-season 2015, and in the 2015/2016 harvest. The concentrations of N2O and CH4 were determined by gas chromatography. For the determination of nitrate (NO3-) and ammonium (NH4 +) in the non-flooded period, soil samples were collected, soil solutions were collected in the flooded period, Eh and soil pH were determined. Nitrogen management affected the physical quality of Gleysol Haplic studied, but did not interfere in the productivity of flooded rice. The carbon and total nitrogen stocks decreased as the depth increased in the soil profile, with an increase in the layer of 10-20 cm. The results indicate that N2O fluxes remained low, regardless of applied N rates, when the soil was flooded, but they showed emission peaks in the non-flooded period, especially after precipitation or in the drainage period for the rice harvest. For the CH4 emissions the highest flows occurred at the end of the vegetative stage (growth) of the rice and after drainage when the soil was low aeration. The N2O and CH4 fluxes did not present a linear relation with the NH4 +, Eh and soil pH values. Emissions of N2O and CH4 did not show significant differences between sources and doses of N. Emissions of N2O increased with the incorporation of green manure, while CH4 emissions were potentiated with the incorporation of rice crop residues. The 64 kg ha-1 dose presented the best efficiency of N fertilizer to cultivate BRS Catiana with the lowest emission intensity. / O cultivo de arroz inundado (Oryza sativa L.) emite tanto N2O como CH4, que podem contribuir significativamente para as emissões totais de gases de efeito estufa (GEE) dos sistemas. A aplicação de fertilizantes nitrogenados, normalmente é necessária para atingir ótimos rendimentos, no entanto, aplicação em excesso, pode aumentar os riscos de poluição e de emissões de N2O e CH4 em sistema de arroz irrigado por inundação. Um estudo em condições de campo foi realizado na Fazenda Palmital, Estação Experimental da Embrapa
Arroz e Feijão, em Gleissolo Háplico, com o intuito de determinar as emissões de GEE, o estoque de carbono e as propriedades físicas do solo em sistema de produção de arroz irrigado por inundação em várzeas tropicais sob diferentes fontes e doses de N. Os tratamentos resultaram da combinação fatorial: (ureia comum (UC) e ureia protegida (UP)), e três doses nitrogênio (30, 70, 150 kg ha-1), mais a testemunha. Coletaram-se amostras indeformadas e deformadas de solo nas profundidades 0-5; 5-10; 10-15; 15-20; 20-30; 30-40 e 40-50 cm, para determinação das propriedades físicas do solo. As coletas dos gases foram realizadas na safra 2014/2015, na entressafra 2015, e na safra 2015/2016. As concentrações de N2O e CH4 foram determinadas por cromatografia gasosa. Para determinação de nitrato (NO3-) e amônio (NH4+) no período não inundado foram coletadas amostras de solo e no período inundado foram coletadas soluções do solo, das quais também foram determinados o Eh e o pH do solo. O manejo do nitrogênio afetou a qualidade física do Gleissolo Háplico estudado, porém não interferiu na produtividade do arroz irrigado por inundação. Os estoques de carbono (C) e de N total diminuíram com o aumento da profundidade do perfil do solo, com maior incremento na camada 10-20 cm. Os resultados indicam que os fluxos de N2O permaneceram baixos, independentemente das taxas de N aplicadas, quando o solo estava inundado, mas apresentaram picos de emissões no período não inundado, especialmente após precipitações ou após o período de drenagem para a colheita do arroz. Para as emissões de CH4, os maiores fluxos ocorreram no final da fase vegetativa do arroz e após a drenagem, quando o solo se encontrava com baixa aeração. Os fluxos de N2O e CH4 não apresentaram relação linear com os teores de NH4+, Eh e pH do solo. As emissões de N2O e CH4 não apresentaram diferenças significativas entre as fontes e doses de N. As emissões de N2O elevaram-se com a incorporação de adubo verde, enquanto as emissões de CH4 foram potencializadas com a incorporação dos restos culturais do arroz. A dose 64 kg ha-1 apresentou a melhor eficiência de uso de N fertilizante para cultivar BRS Catiana com a menor intensidade de emissão.
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A toxidade do Ãcido ascÃrbico em plantas de arroz silenciadas nas APXs cloroplÃsticas induz estresse oxidativo nÃo dependente da fotossÃntese / The toxicity of ascorbic acid in rice plants silenced in cloroplÃsticas APXS induces oxidative stress not dependent on photosynthesisJamyla Lima Saboya de Castro 14 July 2014 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O Ãcido ascÃrbico (AA) à um dos antioxidantes mais importante na proteÃÃo das plantas contra o estresse oxidativo gerado por estresses abiÃticos. Em cÃlulas animais, diversos trabalhos tÃm demonstrado que concentraÃÃes elevadas desse Ãcido podem causar toxicidade e morte celular. O mecanismo proposto à de uma aÃÃo pro-oxidante, por meio da reduÃÃo de Fe+3para Fe+2 e aÃÃo desse Ãltimo na reaÃÃo de Fenton, com geraÃÃo de espÃcies reativas de oxigÃnio (EROs). Atà o nosso conhecimento, esse mecanismo ainda nÃo foi relatado em plantas. O objetivo deste trabalho foi elucidar mecanismos de toxicidade de concentraÃÃes elevadas de AA em plantas, utilizando como modelo mutantes de arroz com deficiÃncia (silenciamento gÃnico) nas duas APX de cloroplasto (estromal e tilacoidal). Plantas silenciadas e nÃo transformadas (NT) com 45 dias de idade foram expostas a 10 mM (concentraÃÃo moderada) e 50 mM (concentraÃÃo elevada) de AA exÃgeno (pulverizado nas folhas). Essas concentraÃÃes foram definidas a partir de experimentos dose-dependente de 0 a 50 mM utilizando segmentos foliares em placa. No sentido de avaliar o efeito protetor (antioxidante) do AA, plantas e segmentos foliares foram expostos a intensidade de luz elevada (1000 Âmol m-2 s-1) para induzir estresse fotoxidativo. ConcentraÃÃes de AA acima de 30 mM induziram estresse oxidativo (aumento no nÃvel de TBARS) em segmentos de folhas e esse efeito foi potencializado por luz elevada. AlÃm de dano oxidativo, esses nÃveis de AA induziram aumento no dano de membrana (vazamento de eletrÃlitos) e reduÃÃo na integridade do fotossistema II (Fv/Fm). à interessante notar que as concentraÃÃes de 10 e 20 mM de AA nÃo mitigaram os efeitos negativos causados pelo o excesso de luz. A concentraÃÃo elevada de AA (50 mM) induziu senescÃncia foliar na presenÃa de luz elevada, indicada por reduÃÃo nos conteÃdos de clorofilas e carotenoides. As plantas deficientes nas duas APXs de cloroplasto (APX7/8) apresentaram maior sensibilidade a toxicidade do AA, especialmente na combinaÃÃo com luz elevada. Esses efeitos foram indicados por exibirem maiores nÃveis de TBARS (peroxidaÃÃo lipÃdica), vazamento de eletrÃlitos, H2O2e radical superÃxido. Curiosamente, as plantas mutantes na presenÃa de AA elevadonÃo apresentaram diferenÃas em diversos parÃmetros da fotossÃntese: taxa de assimilaÃÃo de CO2 e indicadores de eficiÃncia doFSII (ΦPSII, ETR, NPQ e Fv/Fm) e FSI (ΦPSI, ETR e P700), alÃm da estimativa do fluxo cÃclico (CEF), quando compradas com as NT. A despeito da toxicidade de AA nÃo ter alterado os parÃmetros da fotossÃntese nas plantas deficientes em APX, a presenÃa de luz elevada, isoladamente, causou mudanÃas em alguns parÃmetros da atividade fotoquÃmica nessas plantas. O conjunto dos dados deste trabalho mostra que o excesso de AA pode causar toxicidade em plantas. A intensidade desses efeitos à fortemente potencializada pelo excesso de luz, mas eles nÃo sÃo dependentes da fotossÃntese. O papel das duas APXs de cloroplasto e da luz elevada na toxicidade de AA nÃo ficou claro neste trabalho, apesar das plantas deficientes terem mostrado maior sensibilidade. Aparentemente, o mecanismo de toxicidade de AA em plantas à semelhante ao proposto para cÃlulas animais. Esse antioxidante quando em excesso pode atuar como pro-oxidante estimulando as reaÃÃes de Fenton, induzindo a acumulaÃÃo de EROs e gerando estresse oxidativo. Novos estudos sÃo necessÃrios para elucidar o papel das APXs de cloroplasto e da luz elevada na toxicidade de Ãcido ascÃrbico em plantas. / Ascorbic acid (AA) is one of the most important antioxidants in plant protection against the oxidative stress generated by abiotic stresses. In animal cells, several works have shown that high concentrations of this acid can cause toxicity and cell death. The proposed mechanism is related to a pro-oxidant action by the reduction of Fe+3 to Fe+2 and by the action of this Fe+2 in the Fenton reaction with generation of reactive oxygen species (ROS). To the best of our knowledge, this mechanism has not been reported yet. The objective of this work was to elucidate toxicity mechanisms of high concentrations of AA in plants using rice mutants with deficiency (gene silencing) in two chloroplastic APX (stromal and thylakoidal) as model. Forty-five days old silenced plants and non-transformed (NT) were exposed to 10 mM (moderate concentration) and 50 mM (high concentration) of exogenous AA (sprayed on leaves). These concentrations were defined based on dose-dependent experiments from 0 to 50 mM using leaf segments in plates. In order to assess the protective effect (antioxidant) of the AA, plants and leaf segments were exposed to high light intensity (1000 Âmol m-2 s 1) to induce photooxidative stress. AA concentrations higher than 30 mM induced oxidative stress (increase in the TBARS level) in leaf segments and this effect was enhanced by high light. In addition to the oxidative damage, these AA concentrations induced an increase in membrane damage (electrolytes leakage) and reduction in photosystem II integrity (Fv/Fm). Interestingly, the 10 and 20 mM concentrations did not mitigate the negative effects caused by the light excess. The high AA concentration (50 mM) induced leaf senescence under high light, indicated by the decrease in chlorophyll and carotenoids contents. Plants deficient in two chloroplast APX (APX7/8) displayed higher sensibility to AA toxicity, especially in combination with high light. These effects were indicated by exhibition of higher levels of TBARS (lipid peroxidation), electrolyte leakage, H2O2 and superoxide radical. Curiously, the transgenic plants under high AA concentrations did not exhibited differences for several photosynthetic parameters: CO2 assimilation rate and PSII (ΦPSII, ETR, NPQ e Fv/Fm) and PSI efficiency indicators (ΦPSI, ETR e P700), apart from the estimation of cyclic flux (CEF), compared with NT. Despite the AA toxicity have not changed the parameters of photosynthesis in APX-deficient plants, the sole presence of high light caused changes in some parameters of photochemical activity in these plants.The data set of this work shows that the excess of AA may cause toxicity in plants. The intensity of these effects is strongly enhanced by the excess of light but they are not dependent on photosynthesis. In this work, the roles of the two chloroplastic APX and/or high light on the AA toxicity still unclear, despite the deficient plants had showed increased sensibility. Apparently, the mechanism of AA toxicity in plants is similar to the proposed for animal cells.This antioxidant, when in excess, can act as a pro-oxidant stimulating Fenton reactions, inducing the accumulation of ROS and resulting oxidative stress. Further studies are needed to elucidate the role of the chloroplast APXs and high light on the toxicity of ascorbic acid in plants.
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Sistemas de rotação arroz e soja em sucessão a plantas de cobertura em planossolo haplico / Rice and soybean rotation systems in succesion to cover crops in na aqualf soilSchoenfeld, Rodrigo January 2011 (has links)
Nos últimos anos, a lavoura de arroz irrigado no estado do RS aumentou a produtividade em mais de 2,0 Mg ha-1. Este avanço se deve principalmente a alterações no manejo do solo, da cultura e da adubação e à utilização de cultivares modernas, com potencial produtivo cada vez mais alto. Entretanto, deve-se continuar a busca por práticas capazes de aumentar a produtividade do arroz irrigado e, principalmente, a sua sustentabilidade ao longo do tempo. Sistemas de rotação e sucessão de culturas podem ser alternativas viáveis. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho agronômico de sistemas de rotação e sucessão de culturas com o arroz irrigado e soja e desenvolver práticas de manejo de culturas capazes de aumentar a sustentabilidade das áreas de várzea utilizadas para a produção de arroz irrigado no estado do RS. Foi, então, conduzido experimento a campo nas safras 2007/08 e 2008/09 na Estação Experimental do Arroz do Instituto Rio Grandense do Arroz, no município de Cachoeirinha-RS. Os tratamentos constaram de três coberturas de solo no inverno, pousio, azevém e azevém + cornichão, e arroz irrigado e soja, no verão, em dois níveis de adubação, em delineamento em blocos casualizados, com parcelas subdivididas com três repetições. Avaliaram-se os seguintes sistemas de rotação e sucessão de culturas: arroz/coberturas de solo/arroz, arroz/coberturas de solo/soja, soja/coberturas de solo/arroz, soja/coberturas de solo/soja. O rendimento do arroz em rotação com soja foi beneficiado em relação à sua sucessão ao próprio arroz. As coberturas de solo no inverno, não constituíram problema para o estabelecimento da cultura do arroz, desde que bem manejadas e a soja é uma alternativa viável para as áreas de várzea, podendo alcançar elevados rendimentos. / In the last few years, flooed rice yields in the state of Rio Grande do Sul – Brazil improved more than 2,0 Mg ha-1. This improvement is mainly due modifications in the soil, culture and nutrition management and the utilization of modern rice cultivars with even more yield potential. However, it is necessary to continue searching for better management practices to enable increase flooded rice productivity, and farming sustainability along time. Culture rotation and succession systems may be valuable alternatives. The objectives of this research were to evaluate the agronomic performance of rotation and succession systems with rice and soybean and to develop management practices to increase the sustainability of lowland areas used for flooded rice cultivation in the State. A field experiment was conducted in 2007/08 and 2008/09 harwest years at Rice Experimental Station of Rice Rio-Grandense Institute (IRGA), in Cachoeirinha - RS. Treatments were three winter cover crops: fallow, ryegrass and ryegrass + birdsfoot trefoil, and flooded rice and soybean, in the summer, with two fertilization levels, arranged in a split-plot design. The follow crop systems were evaluated: rice/cover crops/rice, rice/cover crops/soybean, soybean/cover crops/rice, and soybean/cover crops/soybean. Rice yield in rotation with soybean was higher than rice yield after rice cultivation; well managed winter cover crops were not problem for rice establishment; and soybean showed as a good alternative for low land areas, where can reach high yields.
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Estudo do fator de transcrição ASR5 em plantas de arroz (Oryza sativa) e identificação de proteínas em resposta ao estresse por alumínio em Arabidopsis thalianaBücker Neto, Lauro January 2014 (has links)
As plantas são organismos sésseis que continuamente enfrentam situações ambientais adversas, o que acarreta em reduções significativas da biomassa e da produtividade. O trabalho, aqui exposto, teve como objetivo avaliar o papel dos fatores de transcrição ASR (do ingles ABA, stress and ripening) na resposta a estresses abióticos em plantas de arroz. Também teve como objetivo avaliar as respostas de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse produzido nos momentos iniciais da exposição ao metal alumínio. O capítulo 1 da presente tese, compara a expressão de miRNAs entre plantas silenciadas para o gene ASR5 (ASR5_RNAi) e plantas não transformadas (controle). De um total de 279 miRNAs maduros identificados, distribuídos em 60 famílias, 159 foram diferencialmente expressos quando as duas bibliotecas foram comparadas. Uma correlação negativa entre o MIR167 e seu gene alvo (LOC_Os07g29820) também foi confirmada por PCR em tempo real. Este é o primeiro trabalho sugerindo o envolvimento das proteínas ASR na regulação da expressão de miRNAs em planta. O segundo capítulo apresenta o estudo das proteínas ASR na manutenção da homeostase do pH em plantas de arroz. Verificou-se uma diminuição do crescimento radicular em plantas silenciadas em solução ácida, quando comparadas com plantas não transformadas nas mesmas condições. Também foi analisada a viabilidade da ponta de raízes quanto ao dano causado pelo baixo pH e diferentes concentrações de Ca+2, demonstrando que a adição de CaCl2 é capaz de aliviar o efeito tóxico do excesso de protons H+. Diversos genes reprimidos nas plantas silenciadas e envolvidos no mecanismo de manutenção do pH em células vegetais, também foram investigados. O terceiro e último capítulo é dedicado ao estudo da resposta inicial de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse por alumínio. Plantas com 7 dias de idade foram expostas a uma concentração de 25 μM de AlCl3 durante 3 horas e modificações na abundância de proteínas foi investigada com a técnica de espectrometria de massa. Um total de 3.213 proteínas foram identificadas, sendo que destas, 293 apresentaram variação no nível de expressão. Diversas proteínas com expressão induzida são funcionalmente associadas com a detoxificação de espécies reativas de oxigênio (ROS), indicando que o tratamento ocasionou estresse oxidativo nas raízes de A. thaliana. Também foram identificadas uma proteína mitocondrial carreadora de substrato e uma acyl-CoA oxidase com possível papel nos mecanismos de defesa em resposta a alumínio e com potencial para futuros estudos funcionais na planta modelo. De uma maneira geral, os resultados aqui apresentados mostram, pela primeira vez, que ASR5 está envolvida na regulação de miRNAs e na homeostase do pH em plantas de arroz, além de identificar proteínas responsivas ao estresse por alumínio em A. thaliana. / Plants are sessile organisms that continuously face adverse environmental situations, leading to a significant reduction in biomass and yield. The aim of the present work was to further study the ASR (ABA, stress and ripening) transcription factors in rice plants. Moreover, the responses of Arabidopsis thaliana to aluminum stress were also analyzed. The chapter 1 of this thesis compares the expression of mature miRNAs in the ASR5 silenced plants (ASR5_RNAi) and in non-transformed plants (control). From a total of 279 mature miRNA of 60 families, 159 were differentially expressed. A negative correlation of MIR167 and its target gene (LOC_Os07g29820) was also confirmed by real time RT-qPCR. This is the first report showing the involvement of ASR proteins in miRNA gene expression regulation. The second chapter presents the study of participation of ASR proteins in the maintenance of pH homeostasis in rice plants. The evaluation of root growth in ASR5_RNAi plants upon acid solution showed inhibition of root growth when compared to non-transformed plants in the same condition. Root tip feasibility and damage caused by low pH and different concentrations of Ca+2 was also analyzed. The results indicate that addition of CaCl2 is capable of alleviating the toxic effects of H+ protons. Several genes downregulated in silenced plants and involved in pH maintenance in plant cells have also been investigated. This work demonstrates the importance of ASR transcription factors in a biological process not yet described. The third and final chapter describes the study of the initial response of Arabidopsis thaliana to aluminum stress. Seven-day old seedlings were treated with 25 μM AlCl3 for 3 hours and submitted to quantitative analyses by mass spectrometry. A total of 3,213 proteins were identified, from which 293 proteins were differentially responsive upon aluminum treatment. Several proteins with increased expression in response to the treatment are functionally associated with reactive oxygen species (ROS), indicating that the Al3+ exposure caused oxidative stress in the roots of A. thaliana. A mitochondrial substrate carrier (At1g78180) and an acyl-CoA oxidase (At3g51840) with a putative role in Al defense were also up-regulated and constitute interesting targets for functional studies of aluminum toxicity in the model plant. Overall, the results here presented show for the first time that ASR5 is involved in miRNA and pH homeostases regulation in rice plants and also identify proteins responsive to aluminum stress in A. thaliana.
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Transposons e retrotransposons como marcadores moleculares em plantas / Transposons and retrotransposons as molecular markers in plantsSantos, Gabriela Guerra dos 05 March 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013-03-05 / The breeding programs have made significant contributions to obtain more productive genotypes. Studies in Plant biotechnology has been one of the tools to aid plant breeding, as well as the use of molecular markers. Transposons and
Retrotransposons are ubiquitous in plant genomes and are increasingly studied. This study aimed to evaluate the genetic similarity among different rice cultivars using the techniques of IRAP and REMAP using the presence of retrotransposons. To verify this similarity was performed in 20 rice genotypes (Brazilian, Japanese and Filipinos) a DNA extraction for subsequent PCR amplification using the techniques IRAP and
REMAP. Analysis of amplification products was made by classifying the fragments as independently presence and absence of amplification at different heights polyacrylamide gel for data were used to construct a binary matrix. The data
generated were used for the calculation of genetic similarity between all pairs of individuals with the aid of the computer program NTSYS pc 2.1. To describe the patterns of similarity was adopted Dice coefficient and a dendrogram was
constructed by the method of unweighted UPGMA grouping in pairs. Furthermore, was estimated cophenetic correlation coefficient (r), according to the Mantel test and statistical stability of the grouping was estimated by analysis of bootstrapping with 1000 replicates through the computer program WinBoot 1.0. The results of this work show that it is possible to assess the genetic variability in rice genotypes using IRAP and REMAP techniques through the use of retrotransposons as molecular markers. / Os programas de melhoramento genético têm contribuído para a obtenção de genótipos mais produtivos. Estudos em Biotecnologia vegetal tem sido uma das ferramentas de auxílio para o melhoramento genético vegetal, assim como a
utilização dos marcadores moleculares. Transposons e Retrotransposons são onipresentes no genoma das plantas e são cada vez mais estudados. Esse trabalho teve como objetivo avaliar a similaridade genética entre diferentes cultivares de arroz utilizando as técnicas de IRAP e REMAP utilizando a presença de retrotransposons. Para verificar essa similaridade, foi realizada em 20 genótipos de arroz (brasileiros,
japoneses e filipinos) a extração de DNA, para posterior amplificação por PCR utilizando as técnicas IRAP e REMAP. A análise dos produtos da amplificação foi feita classificando os fragmentos independentemente conforme presença e ausência
de cada fragmento amplificado em diferentes alturas do gel de poliacrilamida para que os dados fossem utilizados na construção de uma matriz binária. Os dados gerados foram utilizados para o cálculo de similaridade genética entre todos os
pares de indivíduos, com o auxílio do programa computacional NTSYS pc 2.1. Para descrever os padrões de similaridade foi adotado o coeficiente de Dice e foi construído um dendrograma por meio do método não-ponderado de agrupamento aos pares UPGMA. Além disso, foi estimado o coeficiente de correlação cofenética (r), de acordo com o teste de Mantel e a estabilidade estatística do agrupamento foi estimada por meio da análise de bootstraping com 1000 replicações, através do
programa computacional WINBOOT. Os resultados obtidos neste trabalho mostram que é possível avaliar a variabilidade genética em genótipos de arroz utilizando as técnicas IRAP e REMAP através do uso dos retrotransposons como marcadores
moleculares.
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Supressão de brusone nas folhas de arroz com Cladosporium cladosporioides. / Rice leaf blast suppression by Cladosporium cladosporioidesChaibub, Amanda Abdallah 21 February 2014 (has links)
Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-10-27T14:25:17Z
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Previous issue date: 2014-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Rice blast (Magnaporthe oryzae Couch, anamorph-Pyricularia oryzae Cav.) is
the major disease of rice causing yield losses up to 100%, in the world. Its control,
currently held by integrating genetic resistance, cultural practices and chemical control,
requires the inclusion of biological agents. The objectives of this study were to evaluate the
in vitro antagonism between C. cladosporioides and four different rice pathogens; to verify
the ability of C. cladosporioides in suppressing leaf blast and to study the mechanisms
involved during disease suppression. The bioassays were conducted in a completely
randomized design with three replications. The antagonism in vitro was evaluated by
pairing-up, in Petri dishes containing PDA medium, nine different isolates of C.
cladosporioides with the rice pathogens Sarocladium oryzae (sheath rot), Monographella
albescens (scald), Cochliobolus miyabeanus (brown stain) and M. oryzae. All C.
cladosporioides isolates reduced colonies mycelia growth up to 53.84% in addition to hallo
formation. Among the nine tested isolates, four were selected for in vivo studies. Under
controlled greenhouse conditions, three different concentrations were tested, in two
different applications way; 1) 48 hours before challenger inoculation with M. oryzae; 2)
mixture of M. oryzae and C. cladosporioides conidia suspensions. The isolated C24 C.
cladosporioides (5x105) sprayed 48 hours, before challenger inoculation reduced 97.1% of
leaf blast severity, and the spray mixture of conidial suspensions of C24 C. cladosporioides
(5x101) and M. oryzae 3x105 spray of decreased leaf blast severity by 88.6%.
Subsequently, the mechanisms involved in leaf blast suppression were investigated by
using the same isolate, both applications methods and by collecting rice plants leaves
sprayed with C. cladosporioides and M. oryzae. The application of C. cladosporioides 48
hours before challenger inoculation with M. oryzae and the conidial suspensions of mixture
of M. oryzae and C. cladosporioides reduced to 83.9% and 78.6% of leaf blast severity,
respectively. It was detected that, in the presence of C. cladosporioides and absence of the
pathogen activity of enzymes GLU, LIPOX, PAL and POX increased significantly. In the
presence of, C. cladosporioides and M. oryzae, POX and PAL activity and AS content also
significantly increased, in both application forms. Scanning electron microscopy confirmed
the physical interaction between plant/biological agent/pathogen during the penetration
phase. It was proved that C. cladosporioides is a biological agent efficient in activating
biochemical defense mechanisms of the rice plant during leaf blast suppression. / A brusone (Magnaporthe oryzae Couch, anamorfo - Pyricularia oryzae Cav.) é
a principal doença do arroz no mundo causando perdas na produtividade de até 100%. Seu
controle, atualmente realizado pelo manejo que integra resistência genética, práticas
culturais e controle químico, requer a inserção de agentesbiológicos. Os objetivos do
presente trabalho foram avaliar o antagonismo in vitro entre Cladosporium cladosporioides
e os patógenos do arroz; verificar a capacidade de C. cladosporioides em suprimir a
brusone foliar e estudar os mecanismos envolvidos na supressão da doença. Todos os
ensaios foram conduzidos em delineamento inteiramente casualizado, com três repetições.
O antagonismo, in vitro, foi avaliado pareando-se, em placas de Petri contendo meio de
cultura BDA, nove diferentes isolados de C. cladosporioides com os patógenos do arroz,
Sarocladium oryzae (Podridão da bainha), Monographella albescens (Escaldadura),
Cochliobolus miyabeanus (Mancha parda) e M. oryzae. Todos os isolados de C.
cladosporioides reduziram, em até 53,84% o crescimento micelial das colônias além de
apresentarem halo; entre os nove, quatro foram selecionados para os estudos in vivo. Em
condições controladas de casa de vegetação, foram testadas, em três diferentes
concentrações, a aplicação antecipada, 48 horas antes da inoculação desafiadora com M.
oryzae, e a aplicação da mistura das suspensões de conídios de M. oryzae e C.
cladosporioides. A pulverização antecipadado isolado C24 de C. cladosporioides (5x105)
promoveu 97,1% de redução da severidade de brusone foliar e a pulverização da mistura
das suspensões do isolado C24 de C. cladosporioides (5x101) e M. oryzae (3x105) reduziu
em 88,6%. Posteriormente, os mecanismos envolvidos na supressão da brusone foliar
foram investigados com o mesmo isolado e os dois métodos de aplicação com coletas de
plantas, realizadas antes e após o desafio com M. oryzae. As aplicações, antecipada e em
mistura, reduziram em 83,9% e 78,6% a severidade da brusone foliar, respectivamente.
Observou-se que, na ausência do patógeno a atividade de GLU, LIPOX, PAL e POX
aumentaram significativamente. Na presença de M. oryzae, a atividade de POX e PAL e o
teor do AS aumentaram destacadamente, em ambas as formas de aplicação. Por
microscopia eletrônica de varredura confirmou-se a interaçãofísica entre planta/agente
biológico/patógeno, durante a fase de penetração. C. cladosporioidesrevelou-se um agente
biológico capaz de suprimira brusone foliar ativando os mecanismos bioquímicos de
defesa da planta de arroz.
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Reação de genótipos de soja, milho e arroz de terras altas a Pratylenchus brachyurus / Reaction of soybean, corn and upland rice genotypes Pratylenchus brachyurusRios, Anderli Divina Ferreira 28 September 2014 (has links)
Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-12-04T13:45:14Z
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Previous issue date: 2014-09-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The Brazilian production of grain crop is 193.9 million tonnes. The area harvested in 2014, was 55 million hectares, which represents in increase of 4.2 % compared to 2013 (52.8 million hectares). Rice, corn and soybean crops are the three main products that together accounted for 92.5 % of the grain production and accounted for 85.5 % of the harvested. Together these three crops produced around 177 million tonnes in the 2013/2014 season . Among the major diseases of soybean currently in the Cerrado region, we highlight those caused by nematodes, especially Heterodera glycines and Pratylenchus brachyurus. The maize and rice are used in rotation succession withis soybean crops and are host to the nematode making the management of areas infested with this pathogen more complex. The use of resistance is one of the most important strategies for plant disease control due to its compatibility with other management practices and for not being harmful to the environment. The objective of this study was to evaluate the reaction of of soybean, corn and rice genotypes to the root lesion nematode in order to obtain sources of resistance that could be included in plant breedind or be readily used by the farmers. Nine experiments were performed in the present study. Three experiments were conducted with soybeans in a completely randomized design. The first (experiment I) was conducted in field conditions with seventy cultivars (treatments) and six replications. The second experiment (experiment II) was conducted under controlled with 26 cultivars and seven replications. The third experiment (experiment III) was conducted in naturally infested field with 12 cultivars and six replications with assessments at 30, 60 and 90 DAS and harvest at 131 DAS. For corn, two experiments were conducted, the first with 30 genotypes and seven replications. The second (experiment II) was conducted in field conditions with ten genotypes and six replications evaluated at 30, 60 and 90 DAS and harvest at 119 DAS. For the rice crop, four experiments were conducted, three under controlled conditions (experiments I, II and III) and one in the field (experiment IV). All four experiments were set as a completely randomized design with six replications. In the present study no genotypes of soybean, corn or rice were found as resistant to P. brachyurus but some had promising results. The soybean cultivars TMG 132 RR, Emgopa 313 RR, M-Soy 8360 RR and CD 237 RR, rice cultivars BRS 01600, BRS Primavera and BRS Monarca and the corn hybrids, P30K75 and P30S31 presented lower nematode population densities or reproduction factors (RF). The soybean cultivars P 98Y11, BRSGO 8560 RR and P 98Y51 and the corn hybrids AG 1051, P3862H and SHS 3031 showed tolerance to the nematode. Given the results presented here, it is necessary for the studies to be continued in order to obtain resistant genotypes and to identify other promising crops that can be used in rotation with soybeans in areas with high infestation by the nematode. Also its important to study the behavior of this nematode in ecosystems where these crops are cultivated. Genotypes that provided lower nematode population densities should be preferred for future research in order to identify resistance. / A estimativa nacional de grãos para a safra 2013/2014 é de 193,9 milhões de toneladas. A área a ser colhida em 2014, de 55 milhões de hectares, apresenta acréscimo de 4,2% frente à de 2013 que foi de 52,8 milhões de hectares. O arroz, o milho e a soja são os três principais produtos em volume deste grupo, que somados representam 92,5% da produção e respondem por 85,5% da área colhida na safra 2013/2014. Juntas essas três culturas produzirão em torno de 177 milhões de toneladas na safra 2013/2014. Dentre as principais doenças da cultura da soja atualmente na região dos Cerrados, destacam-se aquelas causadas por nematoides, principalmente Heterodera glycines e Pratylenchus brachyurus. O milho e o arroz são utilizados em rotação ou sucessão com a cultura da soja e são culturas hospedeiras de P. brachyurus dificultando o manejo das áreas infestadas com esse patógeno. A utilização de resistência é uma das estratégias de controle mais importantes devido à sua compatibilidade com outras práticas de manejo e por não ser prejudicial ao meio ambiente. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a reação de genótipos de soja, milho e arroz ao nematoide das lesões radiculares P. brachyurus a fim de obter fontes de resistência, que possam ser usadas em programas de melhoramento genético ou imediatamente por agricultores em áreas infestadas pelo nematoide. Foram realizados nove experimentos no presente estudo. Para a cultura da soja foram realizados três experimentos, o primeiro (Experimento I) em condições de campo com setenta cultivares (tratamentos) em delineamento inteiramente casualizado e seis repetições. O segundo experimento (experimento II) foi realizado em condições semi-controladas, com delineamento inteiramente casualizado, com 26 cultivares e sete repetições, e avaliação aos 60 dias após inoculação (DAI). O terceiro experimento (Experimento III) foi realizado em campo naturalmente infestado, em delineamento inteiramente casualizado com 12 tratamentos (cultivares) e seis repetições, com avaliações aos 30, 60 e 90 dias após semeadura (DAS), e colheita dos grãos aos 131 DAS. Para o milho foram conduzidos dois experimentos, sendo o primeiro em condições semi-controladas, com 30 tratamentos (genótipos), sete repetições e avaliação aos 60 DAI. O segundo (experimento II) foi conduzido em condições de campo com dez tratamentos (genótipos), seis repetições e avaliação aos 30, 60 e 90 DAS e a colheita dos grãos foi realizada aos 119 DAS. Para a cultura do arroz foram conduzidos quatro experimentos, sendo três em condições controladas (experimentos I, II e III) e um em condição de campo (experimento IV) todos em delineamento inteiramente casualizado e seis repetições. Nos experimentos I, II e III as avaliações foram realizados aos 45, 55 e 76 DAI. No experimento IV avaliou-se aos 86 DAS. No presente estudo, não foram encontrados genótipos de soja, milho e arroz resistentes a P. brachyurus, mas, encontrou-se resultados promissores. As cultivares de soja TMG 132 RR, Emgopa 313 RR, M-Soy 8360 RR e CD 237 RR, as cultivares de arroz BRS 01600, BRS Primavera e BRS Monarca e os híbridos de milho, P 30K75 e P 30S31 foram promissores por apresentarem menores densidades populacionais ou FR para o nematoide. As cultivares de soja P 98Y11, BRSGO 8560 RR e P 98Y51e os híbridos de milho AG 1051, P 3862H e SHS 3031 apresentaram tolerância a P. brachyurus. Diante dos resultados aqui apresentados, é necessário que os estudos sejam continuados com o intuito de se obter genótipos resistentes e também identificar outras culturas promissoras que possam ser usadas em rotação ou sucessão com a soja, em áreas com alta infestação por P. brachyurus, além de ser importante o estudo do comportamento desse nematoide nos ecossistemas onde essas culturas são produzidas. Os genótipos que proporcionaram menores densidades populacionais devem ser preferidos para investigações futuras visando à identificação de genótipos que possuam resistência a P. brachyurus.
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Produtividade de grãos e características morfofisiológicas de arroz irrigado afetadas por local e época de semeadura / Grain yield and morphophysiological characteristics of lowland rice affected by site and sowing seasonSantos, Marcos Paulo dos 29 November 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-11-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The rice phenology and development are events controlled by environmental and genetic factors, and the yield potential of the crop is defined for your interaction. This study aimed to determine the environmental impacts of sites and sowing period on the morphophysiological characteristics and grain yield of contrasting lowland rice genotypes. The experiments were done in two environments, tropical, in Goianira-GO, and subtropical, Pelotas-RS, and Cachoeirinha-RS during the months of october, november, and december. The cultivars evaluated were BRS Catiana, BRS Jaçanã, BRS Pampa, BRS 7 Taim and Irga 424. The experimental design was a randomized complete block design (RBD), with four repetitions, being as factor genotype, sowing dates and sites. It was evaluated phenological development, biomass accumulation and assimilated partition, radiation use efficiency (EUR) and grain yield. In both environments, cultivars did not showed sensibility to photoperiod. The demand of degrees-day accumulated for flowering decreased for late sowing in Goianira-GO. In Cachoeirinha-RS, this trend was observed, however in a lower scale. The EUR decreased for november sowing in Goianira-GO, while in Cachoeirinha-RS there was no variation in the EUR for sowing dates from october to november. The assimilated partition do not differed among cultivars. For the subtropical environment, highest yields were observed for the period of sowing october to december. Already, in the tropical environment, occured yield decrease for sowing in november. It is probably correlated to lower values of minimum temperature accumulated during the reproductive phase. Higher accumulation of degrees-day and solar radiation in the reproductive stage and grain filling contribute to the achievement of high grain yields in the production environments in Brazil. Thus, the agroclimatic zoning has to indicate the sowing dates that optimize the accumulation degrees-day and solar radiation in these phases. / A fenologia e o desenvolvimento da planta de arroz são eventos controlados por condições ambientais e fatores genéticos, sendo o potencial produtivo da cultura definido pela sua interação. Objetivou-se neste estudo determinar os impactos ambientais de locais de cultivos e do período de semeadura nas características morfofisiológicas e na produtividade de grãos de genótipos contrastantes de arroz irrigado. Os experimentos foram realizados em dois ambientes, tropical, em Goianira-GO, e subtropical, Pelotas-RS e Cachoeirinha-RS durante os meses de outubro, novembro e dezembro. As cultivares avaliadas foram BRS Catiana, BRS Jaçanã, BRS Pampa, BRS 7 Taim e Irga 424. Os ensaios foram implantados em delineamento de blocos completos casualizados (DBC), com quatros repetições, tendo como fatores os genótipos, épocas e locais de semeadura. Avaliou-se o desenvolvimento fenológico, acúmulo
de biomassa e partição de assimilados, eficiência no uso da radiação (EUR) e a produtividade de grãos. Em ambos os ambientes, as cultivares não foram sensíveis ao fotoperíodo. A demanda de graus-dia acumulados para o florescimento decresceu para as semeaduras tardias em Goianira-GO. Em Cachoeirinha-RS, essa dinâmica também foi observada, porém em menor escala. A EUR decresceu na semeadura em novembro em Goianira-GO, enquanto que em Cachoeirinha-RS não houve variação na EUR no período outubro-dezembro. A partição de assimilados não diferiu entre cultivares. Para o ambiente subtropical foram obtidas altas produtividades para as semeaduras de outubro a dezembro. Já, no ambiente tropical, ocorreu queda de produtividade na semeadura em novembro. Essa redução provavelmente está correlacionada aos menores acúmulos de temperatura mínima na fase reprodutiva. Maiores acúmulos de graus-dia e de radiação solar na fase reprodutiva e de enchimento de grãos contribuem para o alcance de altas produtividades de grãos nos ambientes de produção de arroz no Brasil. Assim, o zoneamento agroclimático deve buscar indicar períodos de semeadura que otimizem o acúmulo de graus-dia e radiação solar nessas fases.
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