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Realisierung einer Schedulingumgebung für gemischt-parallele Anwendungen und Optimierung von layer-basierten Schedulingalgorithmen / Development of a scheduling support environment for mixed parallel applications and optimization of layer-based scheduling algorithms

Kunis, Raphael 25 January 2011 (has links) (PDF)
Eine Herausforderung der Parallelverarbeitung ist das Erreichen von Skalierbarkeit großer paralleler Anwendungen für verschiedene parallele Systeme. Das zentrale Problem ist, dass die Ausführung einer Anwendung auf einem parallelen System sehr gut sein kann, die Portierung auf ein anderes System in der Regel jedoch zu schlechten Ergebnissen führt. Durch die Verwendung des Programmiermodells der parallelen Tasks mit Abhängigkeiten kann die Skalierbarkeit für viele parallele Algorithmen deutlich verbessert werden. Die Programmierung mit parallelen Tasks führt zu Task-Graphen mit Abhängigkeiten zur Darstellung einer parallelen Anwendung, die auch als gemischt-parallele Anwendung bezeichnet wird. Die Grundlage für eine effiziente Abarbeitung einer gemischt-parallelen Anwendung bildet ein geeigneter Schedule, der eine effiziente Abbildung der parallelen Tasks auf die Prozessoren des parallelen Systems vorgibt. Für die Berechnung eines Schedules werden Schedulingalgorithmen eingesetzt. Ein zentrales Problem bei der Bestimmung eines Schedules für gemischt-parallele Anwendungen besteht darin, dass das Scheduling bereits für Single-Prozessor-Tasks mit Abhängigkeiten und ein paralleles System mit zwei Prozessoren NP-hart ist. Daher existieren lediglich Approximationsalgorithmen und Heuristiken um einen Schedule zu berechnen. Eine Möglichkeit zur Berechnung eines Schedules sind layerbasierte Schedulingalgorithmen. Diese Schedulingalgorithmen bilden zuerst Layer unabhängiger paralleler Tasks und berechnen den Schedule für jeden Layer separat. Eine Schwachstelle dieser Schedulingalgorithmen ist das Zusammenfügen der einzelnen Schedules zum globalen Schedule. Der vorgestellte Algorithmus Move-blocks bietet eine elegante Möglichkeit das Zusammenfügen zu verbessern. Dies geschieht durch eine Verschmelzung der Schedules aufeinander folgender Layer. Obwohl eine Vielzahl an Schedulingalgorithmen für gemischt-parallele Anwendungen existiert, gibt es bislang keine umfassende Unterstützung des Schedulings durch Programmierwerkzeuge. Im Besonderen gibt es keine Schedulingumgebung, die eine Vielzahl an Schedulingalgorithmen in sich vereint. Die Vorstellung der flexiblen, komponentenbasierten und erweiterbaren Schedulingumgebung SEParAT ist der zweite Fokus dieser Dissertation. SEParAT unterstützt verschiedene Nutzungsszenarien, die weit über das reine Scheduling hinausgehen, z.B. den Vergleich von Schedulingalgorithmen und die Erweiterung und Realisierung neuer Schedulingalgorithmen. Neben der Vorstellung der Nutzungsszenarien werden sowohl die interne Verarbeitung eines Schedulingdurchgangs als auch die komponentenbasierte Softwarearchitektur detailliert vorgestellt.
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Parallele Datenakquisition zur Beschleunigung Diffusionsgewichteter Kernspintomographie mit Stimulierten Echos / Parallel Data Acquisition for the Acceleration of Diffusion-Weighted Magnetic Resonance Imaging using Stimulated Echoes

Küntzel, Matthias 17 August 2006 (has links)
No description available.
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Etude experimentale et simulations numeriques d'oscillateurs parametriques optiques en regime nanoseconde .

Dubois, Arnaud 12 December 1997 (has links) (PDF)
Les travaux effectues durant cette these apportent une contribution a la fois experimentale et theorique au developpement des oscillateurs parametriques optiques (opo) fonctionnant en regime temporel nanoseconde. Nous avons realise un opo base sur le cristal non lineaire de ktiopo#4 pompe en accord de phase non critique en angle a la longueur d'onde de 1,60 m par un laser nd:yag declenche a la cadence de 1 khz. Cet opo emet des impulsion nanosecondes aux longueurs d'ondes de 1,57 m (signal) et 3,29 m (complementaire). Les puissances moyenne maximales produites sont d'environ 0,5 w pour le signal et 0,2 w pour le complementaire, soit un rendement energetique total de conversion proche de 50%. Ce resultat est remarquable pour un opo nanoseconde emettant un faisceau signal gaussien. Le developpement d'un opo intracavite, place a l'interieur de la cavite du laser de pompe, a permis de reduire l'encombrement du systeme tout en conservant les performances. Un code parallele de simulation d'opo nanosecondes a ete realise en prenant en compte les phenomenes physiques de diffraction, de double refraction, d'absorption et de polarisation non lineaire du deuxieme ordre. Apres avoir ete valide a partir de differents resultats experimentaux, ce code a ete utilise pour etudier l'influence de divers parametres sur le fonctionnement des opo nanosecondes et pour rechercher les possibilites d'optimisation de leurs performances. Nous avons prevu notamment que l'utilisation de cavites opo pecifiques, geometriquement stables ou instables avec des miroirs gaussiens, devrait permettre une amelioration significative des rendements energetiques de conversion et de la qualite des faisceaux emis.
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Etude numérique d'équations aux dérivées partielles non linéaires et dispersives.

Roidot, Kristelle 25 October 2011 (has links) (PDF)
L'analyse numérique se développe en un outil puissant dans l'étude des équations aux dérivées partielles (EDPs), permettant d'illustrer des théorèmes existants et de trouver des conjectures. En utilisant des techniques sophistiquées, des questions apparaissant inaccessibles avant, comme des oscillations rapides ou un blow-up des solutions, peuvent être étudiées. Des oscillations rapides dans les solutions sont observées dans des EDPs dispersives sans dissipation ou les solutions des EDPs correspondantes sans dispersion ont des chocs. Pour résoudre numériquement ces oscillations, l'application de méthodes efficaces introduisant peu de dissipation numérique artificielle est impérative, en particulier pour l'étude d' EDPs en plusieurs dimensions. Comme les EDPs étudiées dans ce contexte sont typiquement raides, l'intégration efficace dans le temps représente le principal problème. Une analyse des intégrants exponentiels et symplectiques a permis de déterminer les méthodes les plus efficaces pour chaque EDP étudiée. L'apprentissage et l'utilisation de techniques de parallélisation de codes numériques permet de nos jours de grandes avancées, plus précisément dans ce travail d'étudier numériquement la stabilité des solutions et l'apparition de blow-up dans l'équation de Davey-Stewartson.
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OpenMP parallelization in the NFFT software library

Volkmer, Toni 29 August 2012 (has links) (PDF)
We describe an implementation of a multi-threaded NFFT (nonequispaced fast Fourier transform) software library and present the used parallelization approaches. Besides the NFFT kernel, the NFFT on the two-sphere and the fast summation based on NFFT are also parallelized. Thereby, the parallelization is based on OpenMP and the multi-threaded FFTW library. Furthermore, benchmarks for various cases are performed. The results show that an efficiency higher than 0.50 and up to 0.79 can still be achieved at 12 threads.
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Profillinie 6: Modellierung, Simulation, Hochleistungsrechnen:

Rehm, Wolfgang, Hofmann, Bernd, Meyer, Arnd, Steinhorst, Peter, Weinelt, Wilfried, Rünger, Gudula, Platzer, Bernd, Urbaneck, Thorsten, Lorenz, Mario, Thießen, Friedrich, Kroha, Petr, Benner, Peter, Radons, Günter, Seeger, Steffen, Auer, Alexander A., Schreiber, Michael, John, Klaus Dieter, Radehaus, Christian, Farschtschi, Abbas, Baumgartl, Robert, Mehlan, Torsten, Heinrich, Bernd 11 November 2005 (has links)
An der TU Chemnitz haben sich seit über zwei Jahrzehnten die Gebiete der rechnergestützten Wissenschaften (Computational Science) sowie des parallelen und verteilten Hochleistungsrechnens mit zunehmender Verzahnung entwickelt. Die Koordinierung und Bündelung entsprechender Forschungsarbeiten in der Profillinie 6 “Modellierung, Simulation, Hochleistungsrechnen” wird es ermöglichen, im internationalen Wettbewerb des Wissens mitzuhalten.
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Programmtransformationen für Vielteilchensimulationen auf Multicore-Rechnern

Schwind, Michael 01 December 2010 (has links)
In dieser Dissertation werden Programmtransformationen für die Klasse der regulär-irregulären Schleifenkomplexe, welche typischerweise in komplexen Simulationscodes für Vielteilchensysteme auftreten, betrachtet. Dabei wird die Effizienz der resultierenden Programme auf modernen Multicore-Systemen untersucht. Reguläre Schleifenkomplexe zeichnen sich durch feste Schleifengrenzen und eine regelmäßige Struktur der Abhängigkeiten der Berechnungen aus, bei irregulären Berechnungen sind Abhängigkeiten zwischen Berechnungen erst zur Laufzeit bekannt und stark von den Eingabedaten abhängig. Die hier betrachteten regulären-irregulären Berechnungen koppeln beide Arten von Berechnungen eng. Die Herausforderung der effizienten Realisierung regulär-irregulärer Schleifenkomplexe auf modernen Multicore-Systemen liegt in der Kombination von Transformationstechnicken, die sowohl ein hohes Maß an Parallelität erlauben als auch die Lokalität der Berechnungen berücksichtigen. Moderne Multicore-Systeme bestehen aus einer komplexen Speicherhierachie aus privaten und gemeinsam genutzten Caches, sowie einer gemeinsamen Speicheranbindung. Diese neuen architektonischen Merkmale machen es notwendig Programmtransformationen erneut zu betrachten und die Effizienz der Berechnungen neu zu bewerten. Es werden eine Reihe von Transformationen betrachtet, die sowohl die Reihenfolge der Berechnungen als auch die Reihenfolge der Abspeicherung der Daten im Speicher ändern, um eine erhöhte räumliche und zeitliche Lokalität zu erreichen. Parallelisierung und Lokalität sind eng verknüpft und beeinflussen gemeinsam die Effizienz von parallelen Programmen. Es werden in dieser Arbeit verschiedene Parallelisierungsstrategien für regulär-irreguläre Berechnungen für moderne Multicore-Systeme betrachtet. Einen weiteren Teil der Arbeit bildet die Betrachtung rein irregulärer Berechnungen, wie sie typisch für eine große Anzahl von Vielteilchensimualtionscodes sind. Auch diese Simulationscodes wurden für Multicore-Systeme betrachtet und daraufhin untersucht, inwieweit diese auf modernen Multicore-CPUs skalieren. Die neuartige Architektur von Multicore-System, im besonderen die in hohem Maße geteilte Speicherbandbreite, macht auch hier eine neue Betrachtung solcher rein irregulärer Berechnungen notwendig. Es werden Techniken betrachtet, die die Anzahl der zu ladenden Daten reduzieren und somit die Anforderungen an die gemeinsame Speicherbandbreite reduzieren.
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Parallel Execution of Order Dependent Grouping Functions

Peters, Mathias 29 October 2024 (has links)
Der exponentielle Anstieg elektronisch gespeicherter Daten erfordert leistungsfähige Systeme zur Verarbeitung und Analyse großer Datenmengen. Parallel relationale Datenbanksysteme (PRDBMS) waren lange Zeit der Standard für analytische Abfragen. Neuere Systeme, wie Apache Flink, Tez und Spark, nutzen erweiterte Ansätze zur Analyse und trennen logische Spezifikationen von physischen Ausführungen. Ein weit verbreitetes Optimierungsverfahren in der analytischen Verarbeitung ist die partielle Aggregation, bei der Aggregation in zwei Stufen erfolgt: Zunächst werden partielle Aggregatgruppen erstellt, die dann zusammengeführt werden, um das Endergebnis zu berechnen. Dieses Verfahren ermöglicht eine parallele Verarbeitung und reduziert die Größe der Zwischenergebnisse. Bisherige Ansätze konzentrieren sich auf ordnungsunabhängige Gruppierungsfunktionen, bei denen Elemente ohne Berücksichtigung der Reihenfolge gruppiert werden können. In der Praxis gibt es jedoch auch ordnungsabhängige Gruppierungsfunktionen, die von der Reihenfolge der Eingaben abhängen und komplexer in der parallelen Ausführung sind. Derzeit existieren nur begrenzte Ansätze für eine effiziente Parallelisierung solcher Funktionen. Diese Dissertation präsentiert einen neuen Ansatz zur Parallelisierung von Aggregationsanfragen für drei ordnungsabhängige Gruppierungsfunktionen: Sessionization, Regular Expression Matching (REM) und Complex Event Recognition (CER). Unsere Methode nutzt zerlegbare Aggregationsfunktionen, um eine effiziente parallele Ausführung in modernen Shared-Nothing-Compute-Umgebungen zu ermöglichen. Die stufenweise Ausführung dieser Funktionen eröffnet neue Optimierungsmöglichkeiten. Unser Ansatz erlaubt es Optimierungsalgorithmen, zwischen sequentiellen und stufenweisen Verfahren zu wählen. Zusätzlich schlägt die Arbeit ein Schema vor, wie weitere Gruppierungsfunktionen zerlegt und in die partielle Aggregation integriert werden können. / Advances in information technologies and decreasing cost for storage and compute capacities lead to exponential growth of data being available electronically worldwide. Systems capable of processing these large amounts of data with the goal of analyzing and extracting information are essential for both: research and businesses. Analytical data processing systems employ various optimizations to execute queries efficiently. Partial Aggregation (PA) using GroupBy and decomposable aggregation functions is a common optimization approach in analytical query processing. Analytical systems execute PA in two stages: During the first stage, they create partial groups to compute partial aggregates. During the second stage, the partial aggregates are grouped and aggregated again to produce the final result. The main benefits of PA are an increased potential of parallel execution during the first stage and a reduction of intermediate result sizes by aggregating over the partial groups. So far, existing approaches to PA only use an order-agnostic grouping function on sets to create groups. There are grouping functions that depend on ordered input and information on previously processed input items to associate a given input item to its group. Staged execution of order-dependent grouping functions is more difficult than for order-agnostic grouping functions. Systems must compute correct partial states during the first stage and combine them during the final stage. Approaches for efficient parallel execution only exist in a limited way despite the high practical relevance. In this thesis, we present a novel approach for parallelizing aggregation for three order-dependent grouping functions: Sessionization, Regular Expression Matching (REM), and Complex Event Recognition (CER). Our approach of computing the three grouping functions in stages combined with decomposable aggregation functions allows for efficient parallel execution in state-of-the-art shared-nothing compute environments.
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Die parallele beta-Helix der Pektat-Lyase aus Bacillus subtilis : Stabilität, Faltungsmechanismus und Faltungsmutanten

Walter, Monika January 2002 (has links)
Die Pektat-Lyasen gehören zu einer Proteinfamilie, die meistens von pflanzenpathogenen Mikroorganismen sekretiert werden. Die Enzyme katalysieren den Abbau von Polygalakturonsäure, einem Hauptbestandteil in <br /> pflanzlichen Mittellamellen und Primärzellwänden. Der Abbau der alpha-1,4-verbrückten Galakturonsäurereste erfogt durch eine beta-Eliminierungsreaktion, dabei entsteht ein Produkt mit einer ungesättigten C4-C5 Bindung am nicht reduzierenden Ende, das durch spektroskopische Messungen beobachtet werden kann. Für die enzymatische Reaktion der Pektat-Lyasen ist Calcium nötig und das pH-Optimum der Reaktion liegt bei pH 8.5. Alle bis jetzt bekannten Strukturen der Pektat- und Pektin-Lyasen haben das gleiche Strukturmotiv - eine rechtsgängige parallele beta-Helix. Die Struktur der Pektat-Lyase aus Bacillus subtilis (BsPel) ist im Komplex mit Calcium gelöst worden. BsPel ist ein monomeres Protein mit einer ungefähren Molekularmasse von 43 kDa, das keine Disulfidbrücken enthält. Dies erlaubte sowohl eine effiziente rekombinante Expression des Wildtypproteins, als auch von destabilisierten Mutanten im Cytoplasma von E. coli. Parallele beta-Helices sind relativ große, jedoch verhältnismäßig einfach aufgebaute Proteine. Um detailliertere Informationen über die kritischen Schritte bei der in vitro-Faltung von parallelen beta-Helices zu erhalten, sollte in der vorliegenden Arbeit versucht werden, den Faltungsmechanismus dieses Proteins näher zu charakterisieren. Dabei sollte vor allem die Frage geklärt werden, welche Wechselwirkungen für die Stabilität dieses Proteins einerseits und für die Stabilität von essentiellen Faltungsintermediaten andererseits besonders wichtig sind.<BR><br>Rückfaltung von BsPel, ausgehend vom guanidiniumchlorid-denaturierten Zustand, war bei kleinen Proteinkonzentrationen und niedrigen Temperaturen vollständig möglich. GdmCl-induzierte Faltungsübergänge waren aber nicht reversibel und zeigten eine apparente Hysterese. Kinetische Messungen des Fluoreszenz- und CD-Signals im fernen UV ergaben eine extreme Denaturierungsmittelabhängigkeit der Rückfaltungsrate im Bereich des Übergangmittelpunktes. Der extreme Abfall der Rückfaltungsraten mit steigender Denaturierungsmittelkonzentration kann als kooperative <br /> Entfaltung eines essentiellen Faltungsintermediats verstanden werden. Dieses Faltungsintermediat ist temperaturlabil und kann durch den Zusatz Glycerin im Renaturierungspuffer stabilisiert werden, wobei sich die Hysterese verringert, jedoch nicht vollständig aufgehoben wird. Durch reverse Doppelsprungexperimente konnten zwei transiente Faltungsintermediate nachgewiesen werden, die auf zwei parallelen Faltungswegen liegen und beide zum nativen Zustand weiterreagieren können. Fluoreszenzemissionsspektren der beiden Intermediate zeigten, daß beide schon nativähnliche Struktur aufweisen. Kinetische Daten von Prolin-Doppelsprungexperimenten zeigten, daß Prolinisomerisierung den geschwindigkeitsbestimmenden Schritt in der Reaktivierung des denaturierten Enzyms darstellt. Desweiteren konnte durch Prolin-Doppelsprungexperimenten an Mutanten mit Substitutionen im Prolinrest 281 gezeigt werden, daß die langsame Renaturierung von BsPel nicht durch die Isomerisierung der einzigen cis-Peptidbindung an Prolin 281 verursacht wird, sondern durch die Isomerisierung mehrerer trans-Proline. Die beiden beobachteten transienten Faltungsintermediate sind somit wahrscheinlich zwei Populationen von Faltungsintermediaten mit nicht-nativen X-Pro-Peptidbindungen, wobei sich die Populationen durch mindestens eine nicht-native X-Pro-Peptidbindung unterscheiden.<BR><br>Der Austausch des Prolinrestes 281 gegen verschiedene Aminosäuren (Ala, Ile, Leu, Phe, Gly) führte zu einer starken Destabilisierung des nativen Proteins und daneben auch zu einer Reduktion in der Aktivität, da die Mutationsstelle in der Nähe der putativen Substratbindetasche liegt. Die Rückfaltungskinetiken der Prolinmutanten war bei 10&#176;C annähernd gleich zum Wildtyp und die geschwindigkeitsbestimmenden Schritte der Faltung waren durch die Mutation nicht verändert. Die durch die Mutation verursachte drastische Destabilisierung des nativen Zustands führte zu einem reversiblen Entfaltungsgleichgewicht bei pH 7 und 10&#176;C. GdmCl-induzierte Faltungsübergänge der Mutante P281A zeigten bei Messungen der Tryptophanfluoreszenzemission und der Aktivität einen kooperativen Phasenübergang mit einem Übergangsmittelpunkt bei 1.1 M GdmCl. Durch die Übereinstimmung der Faltungsübergänge bei beiden Messparametern konnten die Faltungsübergänge nach dem Zwei-Zustandsmodell ausgewertet werden. Dabei wurde eine freie Sabilisierungsenthalpie der Faltung für die Mutante von <nobr>-&nbsp;64.2&nbsp;&#177;&nbsp;0.4&nbsp;kJ/mol</nobr> und eine Kooperativität des Übergangs <br /> von <nobr>-&nbsp;58.2&nbsp;&#177;&nbsp;0.3&nbsp;kJ/(mol&#183;M)</nobr> bestimmt.<BR> <br /> <br>BsPel enthält, wie die meisten monomeren rechtsgängigen parallelen beta-Helix-Proteine, einen internen Stapel wasserstoffverbrückter Asparagin-Seitenketten. Die Mehrheit der erzeugten Mutanten mit Substitutionen im Zentrum der Asn-Leiter (N271X) waren als enzymatisch aktives Protein zugänglich. Die Auswirkung der Mutation auf die Stabilität und Rückfaltung wurde an den Proteinen BsPel-N271T und BsPel-N271A näher analysiert. Dabei führte die Unterbrechung des Asparaginstapels im Inneren der beta-Helix zu keiner drastischen Destabilisierung des nativen Proteins. Allerdings führten diese Mutationen zu einem temperatur-sensitiven Faltungsphänotyp und die Hysterese im Denaturierungsübergang wurde verstärkt. Offenbar wird durch die Unterbrechung des Asparaginstapel ein essentielles, thermolabiles Faltungsintermediat destabilisiert. Der Asparaginstapel wird somit bei der Faltung sehr früh ausgebildet und ist wahrscheinlich schon im Übergangszustand vorhanden. / Pectate lyases belong to a family of proteins secreted by plant pathogenic microbes. The enzymes cleave alpha-1,4 linked galacturonic acid by a beta-elimination that results in an unsaturated product, which can be quantified spectrophotometrically. Calcium is essential for the activity and the pH-optimum is near 8.5. All known structures of pectate and pectin lyases have the same structural motif - a right handed parallel beta-helix. The structure of pectate lyase from Bacillus subtilis (BsPel) has been solved in complex with calcium. It is a monomeric protein, with a molecular mass of about 43 kDa and without disulfide bonds. This allows its high-yield recombinant expression in the cytoplasm of Escherichia coli. Parallel beta-helices are relative large proteins, however with a simple folding topology. The objective of this work was to characterize the folding mechanism of BsPel. In particular we investigated the role of the interactions of certain residues in the parallel beta-helix for the stability of the native protein and the stability of essential folding intermediates.<br /> <br /> Refolding of BsPel was possible at low protein concentrations and low temperature. However, denaturation of BsPel was not freely reversible. De- and renaturation curves showed a large apparent hysteresis. Furthermore, the folding rate constant deduced from fluorescence and circulardichroism measurements showed a very strong dependence on denaturant concentrations near the midpoint of the renaturation transition. This can be explained with a cooperative unfolding of an essential folding intermediate. Upon stabilisation of the temperature-sensitive intermediate by addition of glycerol in the renaturation buffer, the hysteresis is reduced, but does not disappear. Reverse double mixing kinetic experiments have shown that two transient folding intermediates are on the folding pathway. These intermediates are on parallel pathways and both can fold to the native state. Fluorescence emission spectra have shown the native-like structure of both intermediates. Furthermore, data from proline double mixing kinetic experiments revealed that isomerization of peptidyl-prolyl bonds was responsible for the slow kinetics in the reactivation of the enzyme. However, the isomerization of the single cis-peptidyl-prolyl bond at Pro281 was not responsible for the slowest folding phase observed, but rather the isomerization of other trans-peptidyl-prolyl bonds. Thus, both transient folding intermediates observed probably represent two populations of folding intermediates with non-native X-Pro-peptide bonds. The difference of the two populations is at least one non-native X-Pro-peptide bond.<br /> <br /> Mutations of the proline 281 against various residues (Ala, Ile, Leu, Phe, Gly) resulted in a strong destabilization of the native protein. Also, the activity of the mutant proteins was strong reduced due to the position of the mutation site near the putative active center of the protein. At 10&#176;C the kinetic folding behavior of the proline mutants was not significant changed. However, the strong destabilization of the native state in the proline mutants resulted in a reversible folding equilibrium at pH 7 and 10&#176;C. The unfolding of the P281A mutant was reversible as determined by fluorescence emission and enzyme activity measurements. The coincidence of these detected transitions is consistent with a two-state equilibrium transition. At pH 7 and 10&#176;C the delta G&#176;(H<sub>2</sub>O) for folding of P281A was <nobr>-&nbsp;64.2&nbsp;&#177;&nbsp;0.4&nbsp;kJ/mol,</nobr> with a midpoint of the transition at 1.1 M GdmCl and a cooperativity of <nobr>-&nbsp;58.2&nbsp;&#177;&nbsp;0.3&nbsp;kJ/(mol&#183;M).</nobr><br /> <br /> BsPel has an asparagine ladder in turn 2 of the parallel beta-helix with extensive network of side-chain hydrogen bonds between the Asn residues. Such an Asn-ladder is a conserved feature of many monomeric beta-helices crystallized so far. The middle Asn residue (271) was selected and exchanged for various residues. Most of the mutants were expressed at 25&#176;C as soluble and active proteins but with a significant reduction in yield. Mutants N271T and N271A were selected to study the stability and refolding of these proteins in comparison with the wild-type protein. The substitution in the Asn-ladder did not drastically destabilize the native protein, but caused a temperature-sensitive-folding (tsf) phenotype with an increased hysteresis in the de- and renaturation transition curves. In addition, the disruption of the Asn-ladder resulted in destabilization of an essential, thermosensitive folding intermediate. Thus, the Asn-ladder is formed very early during the folding, probably well before the transition state of folding.
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Parallele dynamische Adaption hybrider Netze für effizientes verteiltes Rechnen / Parallel dynamic adaptation of hybrid grids for efficient distributed computing

Alrutz, Thomas 17 September 2008 (has links)
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