Orientador : Adilson Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T09:23:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SilvaJunior_Arnaldoda_D.pdf: 6277270 bytes, checksum: 2d414067434cd31aec9b917ad0ab2e1a (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-08-10T16:13:17Z No. of bitstreams: 1 2017_WanessaFelixCabral.pdf: 3821764 bytes, checksum: c37c36b987640585747add58dc37e633 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-05T12:52:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_WanessaFelixCabral.pdf: 3821764 bytes, checksum: c37c36b987640585747add58dc37e633 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-05T12:52:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_WanessaFelixCabral.pdf: 3821764 bytes, checksum: c37c36b987640585747add58dc37e633 (MD5) Previous issue date: 2017-10-05 / A cromatina é um complexo macromolecular formado por unidades repetitivas básicas, o nucleossomo. Este, por sua vez, é constituído por DNA e histonas. As Proteínas Ligantes de Nucleossomo (NBPs) são capazes de controlar a dinâmica de abertura e fechamento da cromatina e, dessa forma, regulam a expressão gênica e a manutenção do genoma. Acredita-se, com isso, que moléculas que se ligam à superfície nucleossomal possam ter profundo impacto na estrutura da cromatina. Uma classe de peptídeos, conhecida como stapled, é descrita por ter maior estabilidade que os peptídeos nativos frente à ação de proteases, bem como o aumento da sua penetrabilidade celular. Diante disso, esta pesquisa tem como objetivo o desenho e a síntese química de peptídeos miméticos ligantes de nucleossomo, e estabelecer a melhor metodologia de síntese em fase sólida no laboratório de pesquisa. Foram desenhados peptídeos stapled, baseados em estruturas atômicas e cristalográficas de NBPs, em especial a proteína RCC1 complexada ao nucleossomo, contendo uma restrição conformacional, um crosslink formado por hidrocarbonetos. Os peptídeos compostos por 19 aminoácidos foram sintetizados em fase sólida (SPPS) pela inserção de aminoácidos α,α-dissubstituídos. A reação de metátese (RCM) foi escolhida para a formação do macrociclo utilizando catalisadores de Grubbs contendo rutênio. Além disso, alguns desses peptídeos foram purificados com sucesso e analisados por dicroísmo circular. / The chromatin is a macromolecular complex formed by basic repeating units, the nucleosome, which is composed of DNA and histones. Nucleosome Binding Proteins (NBPs) are able to control the opening and closing dynamics of chromatin, and thus regulate gene expression and genome maintenance. It is plausible to believe that molecules that bind to the nucleosomal surface can have a profound impact on the clinical outcome. A class of peptides known as stapled is described by increasing the stability of their native peptides to the action of proteases, as well as increasing their cellular penetrability. The present work aims at the design and chemical synthesis of nucleosome binding mimetic peptides, optimizing solid phase synthesis methodology in the research laboratory. Stapled peptides were designed based on atomic and crystallographic structures of NBPs, in particular protein RCC1 complexed to the nucleosome, containing a conformational constraint, a crosslink formed by hydrocarbons. Peptides composed of 19 amino acids were synthesized in solid phase (SPPS) by the insertion of α,α-disubstituted amino acids. The metathesis reaction (RCM) was chosen for macrocycle formation using ruthenium-containing Grubbs catalysts. In addition, some of these peptides were successfully purified and analyzed by circular dichroism.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-11-07T19:32:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Tatiana Soares.pdf: 3812281 bytes, checksum: 9d8978cdbc7fc6ed34da177668c1a889 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2019-01-25T14:46:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Tatiana Soares.pdf: 3812281 bytes, checksum: 9d8978cdbc7fc6ed34da177668c1a889 (MD5) / Made available in DSpace on 2019-01-25T14:46:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Tatiana Soares.pdf: 3812281 bytes, checksum: 9d8978cdbc7fc6ed34da177668c1a889 (MD5) Previous issue date: 2015-04-29 / CAPES / Alguns aracnídeos possuem uma ampla distribuição geográfica e podem viver mais de duas décadas; eles estão presentes desde a Era Paleozóica há cerca de 300 milhões de anos. Esses aracnídeos são as tarântulas, especificamente as aranhas pertencentes ao gênero Lasiodora. Infelizmente o gênero ainda encontra-se sob uma revisão sistemática e necessita de informações e compilações científicas de qualquer natureza. Com o intuito de enriquecer as informações sobre esse gênero a presente Tese descreve, pela primeira vez, a caracterização dos hemócitos de Lasiodora sp. quanto a ultraestrutura e a purificação de peptídeos antimicrobianos a partir dessas mesmas células. Adicionalmente, apresenta um artigo de revisão que tem como foco os hemócitos da Lasiodora sp. sob aspectos de purificação de biomoléculas, caracterização celular e situação taxonômica do gênero. Seis tipos celulares de hemócitos foram identificados e classificados de acordo com a literatura existente, nomeados prohemócitos, granulócitos tipo I e II, esferulócitos, oenocitóide e plasmatócitos. Quanto à purificação de peptídeos antimicrobianos (AMPs) as tarântulas: Lasiodora sp., Acanthoscurria rondoniae e Vitalius sorocabae, migalomorfas da família Theraphosidae, foram escolhidas para testar a hipótese de que moléculas podem ser conservadas em organismos do mesmo táxon. Os componentes antimicrobianos de Lasiodora sp. (L), A. rondoniae (A) e V. sorocabae (V) foram pré-purificados por cromatografia com concentrações crescentes de acetonitrila (5%, 40% e 80%). O material eluído na concentração de 40% de acetonitrila foi submetido a um fracionamento por cromatografia em fase reversa (RP- HPLC), resultando em frações com atividade antimicrobiana. Todas as frações isoladas foram analisadas quanto ao efeito no crescimento da bactéria Gram-positiva Micrococcus luteus A270, Gram-negativa Escherichia coli SBS363 e levedura Candida albicans MDM8. As frações L1, A1 e V1 inibiram o crescimento de E. coli, M. luteus e C. albicans. As frações L2, A2 e V2 apresentaram atividade antimicrobiana somente contra E. coli enquanto as frações L3, A3, e V3 apresentaram atividade antimicrobiana contra E. coli e C. albicans. Todas as frações isoladas foram submetidas à espectrometria de massas (ESI-MS). As frações L1, A1 e V1 correspondem ao peptídeo gomesina, as frações L2, A2 e V2 ao peptídeo migalina, e as frações L3, A3 e V3 ao peptídeo acanthoscurrina. O estudo contribui para a caracterização inédita do gênero e para a elucidação de biomoléculas em hemócitos de aranhas. / Some arachnids have a wide geographical distribution and can live more than two decades; they are present from the Paleozoic Era about 300 million years. These arachnids are tarantulas, specifically spiders belonging to Lasiodora genre. Unfortunately the genre still is under a systematic review and needs information and scientific compilations of any kind. In order to provide more details about this genre this thesis describes for the first time, the characterization of hemocytes Lasiodora sp. as the ultrastructure and purification of antimicrobial peptides from these same cells. Additionally, features a review article focuses on the hemocytes of Lasiodora sp. under aspects of purification of biomolecules, cell characterization and taxonomic situation. Six cell types of hemocytes were identified and classified according to the literature, named prohemocytes, granulocyte type I and II, spherulocytes, oenocytes and plasmatocytes. For the purification of antimicrobial peptides (AMPs) of tarantulas: Lasiodora sp., Acanthoscurria rondoniae and Vitalius sorocabae, mygalomorphs from Theraphosidae family, were chosen to test the hypothesis that molecules can be conserved in the same taxon. The antimicrobial components of Lasiodora sp. (L) A. rondoniae (A) and V. sorocabae (V) was pre-purified by chromatography with increasing concentrations of acetonitrile (5%, 40% and 80%). The material eluted at a concentration of 40% acetonitrile was subjected to fractionation by reversed phase chromatography (RP-HPLC), resulting in fractions with inhibitory activity. All the isolated fractions were analyzed for their effect on the growth of Gram-positive bacterium Micrococcus luteus A270, gram negative Escherichia coli and yeast Candida albicans SBS363 MDM8. The fractions L1, A1 and V1 inhibited the growth of E. coli, C. albicans and M. luteus. The L2 fractions, A2 and V2 showed antimicrobial activity against E. coli while only fractions L3, A3, and V3 showed antimicrobial activity against E. coli and C. albicans. All isolated fractions were subjected to mass spectrometry (ESI-MS). The fractions L1, A1 and V1 correspond to gomesin peptide fractions; the L2, A2 and V2 mygalin and L3, A3 and V3 the acanthoscurrin. The study contributes to the unprecedented characterization of the genus and the elucidation of biomolecules in hemocytes of spiders.

O estudo de peptídeos grampeados, que estabilizam voltas de hélices-α com a ligação de uma cadeia química, desenvolveu-se na última década, uma vez que a adição de um elemento não peptídico (grampo) mostrou aumentar o conteúdo de hélice e a estabilidade conformacional destas moléculas. A consequente manutenção de um arcabouço estrutural definido possibilita, em princípio, simular regiões específicas da superfície de proteínas e, assim, modular terapeuticamente potenciais vias de sinalização associadas. Neste sentido, a capacidade de antecipar a eficácia de grampos sobre peptídeos específicos através de simulações computacionais pode contribuir na aceleração e na redução de custos no processo de planejamento racional de novos fármacos. O presente trabalho buscou avaliar a capacidade de simulações por dinâmica molecular em reproduzir o efeito conformacional de grampos olefínicos em um peptídeo derivado da RNAse A. Foram utilizados três diferentes campos de força: AMBER99SB-ILDN, CHARMM36 e GROMOS54a7, e os resultados foram comparados a dados de dicroismo circular obtidos experimentalmente, além de análises de RMSD, RMSF, estrutura secundária e conteúdo de hélice. Os parâmetros utilizados com o campo de força átomo unido GROMOS54a7 foram os que mais se aproximaram dos dados experimentais, embora não tendo sucesso na descrição de dois dos três grampos nos parâmetros simulados, mas tendo um desempenho melhor do que campos de força que descrevem todos os átomos do sistema. Tais resultados indicam que, com melhorias na parametrização, a dinâmica molecular pode ser utilizada para antecipar efeitos conformacionais de grampos olefínicos em peptídeos. / The study of stapled peptides, which stabilize turns of an alpha-helix through the addition of a linker, has developed in the last decade since it was shown that the addition of the staple enhanced helical content and conformational stability of peptides. The maintenance of a structural scaffold allows the simulation of specific regions of protein surfaces, and thus allows the therapeutical modulation of signaling pathways of interest. The ability to anticipate the efficacy of the addition of a staple in a peptide through computational simulations may contribute to enhance the speed and lower the costs associated with rational drug design. This work evaluated the capability of molecular dynamics simulations to reproduce the effect of all-hydrocarbon staples in an RNAse A-derived peptide. We used three different force fields: AMBER99SB-ILDN, CHARMM36 and GROMOS54a7, and the results were compared to experimentally obtained circular dichroism data. The parameters used with the GROMOS54a7 united-atom force field revealed themselves to be more closely related to experimental data, even though it does not reproduce the effect of the addition of a staple in two of three stapled peptides, but it also shows an enhanced performance when compared to all-atom force fields. These results indicate that, with further enhancement of parametrization, molecular dynamics simulations may be used to anticipate conformational effects of all-hydrocarbon staples in peptides.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-20Bitstream added on 2014-06-13T19:06:01Z : No. of bitstreams: 1 garrido_ss_dr_araiq.pdf: 1028585 bytes, checksum: e89c831c561b8a3f32e4e5f09d4310d6 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A maioria das bactérias possui dois tipos de topoisomerases IIA, DNA girase e topoisomerase IV (topo IV), que juntas ajudam a administrar a integridade e a topologia do DNA. A girase primariamente introduz superenovelamento negativo no DNA, e a topo IV, embora intimamente relacionada com a girase, preferencialmente desencadeia o DNA plasmidial e relaxa o superenovelamento positivo, funções essenciais para a replicação do DNA e transcrição. Isso faz da girase e da topo IV alvos importantes para diversas drogas antibacterianas. Estruturalmente, ambas operam como um heterotetrâmero composto por duas proteínas GyrA e duas proteínas GyrB, para a girase, e duas proteínas ParC e duas ParE, na topo IV. Inúmeros agentes antibacterianos atuam inibindo a girase e a topo IV, tais como as quinolonas, cumarinas e algumas toxinas naturais, incluindo o CcdB. A toxina bacteriana CcdB, é uma pequena proteína de 11,7 kDa, contendo 101 resíduos de aminoácidos que, juntamente com o CcdA, faz parte de um sistema de morte celular programada do plasmídeo F, um fator de conjugação muito estudado em Escherichia coli. CcdB atua como uma toxina e o CcdA como a antitoxina. Na ausência de CcdA, CcdB pode matar a bactéria através de um mecanismo, ainda pouco conhecido, que envolve a girase e/ou a topo IV, assim como a região C-terminal da toxina CcdB (Trp-99 a Ile-101). Neste trabalho está descrita a obtenção de uma série de seqüências peptídicas miméticas, racionalmente projetadas, baseadas na estrutura primária do CcdB natural, com o objetivo de melhor entender o mecanismo de inibição da atividade de ambas, DNA girase e topo IV, pelo CcdB, e também propor um novo grupo de moléculas com potencial atividade antibacteriana. / Most bacteria posses two type IIA topisomerases, DNA gyrase and topoisomerase IV (topo IV), that together help manage DNA integrity and topology. Gyrase primarily introduces negative supercoils into DNA, and the topo IV, although closely related to gyrase, preferentially decatenates DNA and relaxes positive supercoils, essential functions for bacterial DNA replication and transcription. This makes of the gyrase and topo IV important targets for antibacterial drugs. Structurally both operate as a heterotetramer formed by two GyrA and two GyrB proteins for girase, and two ParC and two ParE proteins for topo IV. A large number of antibacterial agents act in the inhibition of the gyrase and topo IV, such as quinolones, coumarins, and some natural toxins including the protein CcdB. The bacterial toxin CcdB is a 11.7 kDa protein with 101 amino acids that with CcdA form a programmed cell death system of F plasmid, a conjugation factor widely studied in E. coli. CcdB acts like a toxin and CcdA as the antitoxin. In the CcdA absence, CcdB can kill the cell by an unclear mechanism that involves gyrase and/or topo IV, as well as the CcdB C-terminal region (Trp-99 to Ile-101). In this work it is described the obtaining of a several peptides mimics, rationally design, based on the primary structure of natural CcdB toxin, to a better understanding the inhibition mechanism of the activity of the gyrase and topo IV, by CcdB toxin, and also propose a new molecules group with potential antibacterial activity. The peptides mimics were synthesized by Solid Phase methodology (SPPS), purified and analyzed by liquid chromatography (HPLC) and identified by LC/ESI-MS and by amino acid analysis. The inhibition capacity of the peptide mimics was tested by electrophoresis agarose gels and by bacterial growth in liquid medium assays.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2008. / Submitted by wesley oliveira leite (leite.wesley@yahoo.com.br) on 2009-09-17T19:54:33Z No. of bitstreams: 1 2008_NathaliaCCRMundim.pdf: 2453853 bytes, checksum: 7bded0fa35169a0d7d6ce7bbd4374a37 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-10-01T12:58:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_NathaliaCCRMundim.pdf: 2453853 bytes, checksum: 7bded0fa35169a0d7d6ce7bbd4374a37 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-01T12:58:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_NathaliaCCRMundim.pdf: 2453853 bytes, checksum: 7bded0fa35169a0d7d6ce7bbd4374a37 (MD5) Previous issue date: 2008 / A pele dos anfíbios tem um papel chave na sobrevivência e na capacidade de explorar os mais diversos tipos de ambientes e por isso é capaz de produzir uma grande variedade de componentes muitos dos quais são descritos como mecanismo de defesa para evitar a invasão por patógenos ou a ingestão por predadores. Um exemplo é a bradicinina, um nonapeptídeo originado do sistema cinina-calicreína e que nos anfíbios pode estar relacionado com mecanismos de defesa contra a ingestão por predadores e por esse motivo, pode sofrer alteração em sua estrutura primária de acordo com variações geográficas e nicho das espécies, permitindo uma adaptação do anuro ao ambiente no qual se encontra. Em mamíferos as bradicininas podem apresentar vários efeitos tais como vasodilatação, contração de músculo liso, mediar à inflamação, entre outros. Nesse estudo a secreção de três espécies do gênero Phyllomedusa, Phyllomedusa tomopterna, Phyllomedusa rohdei e Phyllomedusa burmeisteri, de diferentes regiões do Brasil foram analisadas quanto à presença de análogos de bradicinina. A secreção foi obtida de espécimes adultos por eletroestimulação. O extrato total foi analisado por espectrometria de massa após etapas de purificação e fracionamento por Cromatografia líquida de alta eficiência (RP-HPLC) utilizando colunas semipreparativas. Diversos análogos de bradicininas já descritos na literatura e novos análogos foram encontrados. Peptídeos selecionados foram sintetizados e submetidos a ensaios biológicos relacionados com a inflamação e de ação mitogênica para a determinação de sua atividade biológica. ______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Amphibian skin has a crucial role on the survival and on the capacity of the animal of exploring the most different ambients, That is the reason why they are capable of producing the plethora of compounds, described as defensive mechanisms to avoid pathogen invasion or ingestion by predators. One of these compounds, known as bradykinin, is a nonapeptide originated from the kallicrein-kinin system and may be related to an anti-predation mechanism against the ingestion by predators and that may be the reason that they might have geographic variation allowing an adaptation of amphibians to the ambient where they live. In mammals, bradykinin can cause various physiological effects such as vasodilatation, contraction of smooth muscle and mediate inflammation. The present study describes the molecular screening of BK analogs found in the secretion of three Phyllomedusa genus species from two regions of Brazil. The skin secretion was obtained from adult frog specimens by mild electric stimulation and the crude secretion was submitted to RP-HPLC using semipreparative columns. Novel bradykinin related peptides were described as well as 18 peptides already characterized in the literature. Selected peptides were synthesized and submitted to biological assays in order to assess their mode of action during inflammation and mitogenic processes.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Neurociências. / Made available in DSpace on 2012-10-24T21:11:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 263925.pdf: 2038730 bytes, checksum: 3c4fe30f53b4ee25c958e6aec49bc68c (MD5) / The accumulation and aggregation of beta-amyloid peptide (Aâ) in brain of patients with Alzheimer's disease results in activation of glial cells, which in turn may initiate inflammatory responses, release of inflammatory proteins and reactive oxygen species. These changes leave more vulnerable glutamatergic transporters and may result in reduction of their functions. In this study, the effects of intracerebroventricular infusion of peptides Aâ1-40 and Aâ25-35, on cognition, uptake of L-[3H] glutamate, oxidative stress, inflammation and cell death in mice were evaluated. The peptide Aâ1-40 appears to be more potent that the Aâ25-35, according to the methods studied, causing cell death and production of the inflammatory COX-2 protein. The infusion of both peptides Aâ1-40 and Aâ25-35 caused cognitive impairment, decreased uptake of L-[3H] glutamate and transporters GLAST and GLT-1, increased lipid peroxidation and reduction in NPSH and activation of glial cells. In order to seek neuroprotective approaches, atorvastatin, an inhibitor of HMG-CoA reductase, was administered for 7 days in animals that received infusion of peptides Aâ1-40 or Aâ25-35. Treatment with atorvastatin (10 mg/Kg/day) was not able to reverse the cognitive decline and decreased uptake of glutamate, but was neuroprotective against cell death by increasing the expression of glutamatergic transporters, decreasing inflammatory mediators and TBARS. Thus, atorvastatin has a potential neuroprotective effect against toxicity induced by beta-amyloid peptides.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia / Made available in DSpace on 2012-10-23T14:25:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 240357.pdf: 949085 bytes, checksum: a290070c83642822d8d3f48b81b9f0c1 (MD5) / Proteínas ou peptídeos antimicrobianos (PAM) são componentes essenciais do sistema imune inato e encontram-se amplamente distribuídos entre vertebrados, invertebrados e plantas. São moléculas relativamente pequenas, de caráter anfipático e catiônico, podendo apresentar uma atividade microbicida rápida e potente contra um amplo espectro de microrganismos. Em camarões peneídeos, três classes de PAM foram isoladas e caracterizadas molecular e funcionalmente, a partir de suas células sangüíneas ou hemócitos: peneidinas (PEN), crustinas (CRUS) e os fatores anti-lipopolissacarídeos (ALF). O objetivo desse estudo foi o de detectar, clonar e caracterizar molecularmente seqüências semelhantes a PEN, CRUS e ALF nos hemócitos de três espécies nativas de camarões peneídeos Farfantepenaeus paulensis, F. subtilis e Litopenaeus schmitti, além de elaborar filogramas a partir das seqüências obtidas. Através da utilização de iniciadores desenhados a partir de regiões de consenso de seqüências disponíveis em bancos gênicos públicos, foi possível amplificar fragmentos de cDNA correspondentes às três classes de PAM acima mencionadas nos diferentes peneídeos. Em F. subtilis foi clonada uma seqüência semelhante à PEN do subgrupo 2 denominada de Farsub PEN2-1 (GenBank: EF450742), codificando para um peptídeo maduro de 54 aminoácidos, altamente catiônico e com alta identidade aminoacídica com as PEN2 de F. paulensis (91-93%). Em L. schmitti, mas não nos outros peneídeos, foi possível obter um produto de amplificação correspondendo a uma seqüência de ALF, cujo peptídeo maduro consiste de 98 aminoácidos, com similaridades aminoacídicas de 93 e 95% com F. chinensis e L. vannamei, respectivamente. Esta seqüência, denominada Litsch ALF (GenBank: DQ991357) codifica para uma molécula altamente catiônica e contém, assim como outras seqüências de ALF, uma região anfipática entre dois resíduos conservados de cisteína. Já, seqüências similares a CRUS foram obtidas nas três espécies de peneídeos analisados, sendo denominadas de Farsub CRUS (127 aminoácidos, GenBank: EF450744), Farpau CRUS (150 aminoácidos, GenBank: EF182747) e Litsch CRUS (148 aminoácidos, GenBank: EF182748). As três seqüências codificam para peptídeos contendo uma região N-terminal hidrofóbica rica em resíduos de glicina e uma região C-terminal com doze resíduos conservados de cisteína, onde se encontra um domínio WAP. Todas as seqüências de CRUS obtidas apresentaram alta similaridade aminoacídica com as diferentes isoformas de CRUS do camarão L. vannamei (em torno de 85%). Este foi o primeiro relato da presença de ALF e CRUS em camarões peneídeos nativos brasileiros. A PEN já havia sido detectada em F. paulensis e L. schmitti. Atualmente, alguns dos PAM identificados estão em fase de expressão em sistema recombinante, para posteriormente determinar seu espectro de ação frente a diferentes grupos de microrganismos e verificar seu potencial como agente terapêutico em saúde humana, veterinária e aqüicultura. Antimicrobial proteins or peptides (AMP) are major components of the immune system, which are widely distributed among vertebrates, invertebrates and plants. They are small cationic and amphipatic molecules that exhibit a rapid and potent activity against a broad range of microorganisms. In penaeid shrimp, three different classes of AMP have been isolated and molecular and functionally characterized from the blood cells or hemocytes: penaeidins (PEN), crustins (CRUS) and anti-lipopolysaccharide factors (ALF). The main purpose of this study was to detect, clone and molecularly characterize, gene sequences similar to PEN, CRUS and ALF from the hemocytes of the indigenous penaeid shrimp Farfantepenaeus paulensis, F. subtilis and Litopenaeus schmitti and also construct philograms from the obtained sequences It was possible to amplify cDNA sequences of the three AMP classes mentioned above, using primers based on consensus regions of corresponding sequences available at the GenBank. In F. subtilis, a PEN-like sequence, belonging to the subgroup 2, was cloned and named Farsub PEN2-1 (GenBank: EF450742). It coded for a mature peptide composed of 54 amino acids, highly cationic, and exhibited a high amino acidic identity with PEN2 isoforms of F. paulensis (91-93%). In L. schmitti, but not in other penaeids, one amplification product corresponding to an ALF-like sequence was obtained and called Litsch ALF (GenBank: DQ991357). It coded for a mature peptide of 98 amino acids exhibiting 93 and 95% of amino acid similarity with the ALF of F. chinensis and L. vannamei respectively. On the other hand, CRUS-like sequences were obtained in all three penaeid species, and were named Farsub CRUS (127 amino acids, GenBank: EF450744), Farpau CRUS (150 amino acids, GenBank: EF182747) and Litsch CRUS (148 amino acids, GenBank: EF182748). The three CRUS sequences coded for peptides containing a hydrophobic N-terminal sequence rich in glycine residues and a C-terminal sequence with twelve conserved cysteine residues and a WAP domain. All obtained CRUS sequences had amino acid similarity with different isoforms of L. vannamei CRUS (about 85%). This is the first report of ALF and CRUS sequences in indigenous Brazilian penaeid shrimp. PEN sequences were already described in F. paulensis e L. schmitti. Some of the cloned AMP are presently under expression through recombinant system, for further evaluate their antimicrobial activity spectra and their potential use as therapeutic agents for human and veterinary health and also aquaculture.

Uma série de pseudopeptideos incorporados de estruturas pentaciclicas e triciclicas foram sintetizadas e suas preferencias conformacionais em solução foram avaliadas através de espectroscopia de RMN (velocidade de troca de deutério, EON, titulação de solvente entre outros) e através de cálculos teóricos utilizando-se dinknica molecular, métodos semiempiricos de ab initio. Em solução de CDCl3, os compostos pentaciclicos mostraram preferencialmente as conformações em dobra-C8 e dobra-y. Em solução de DMSO-d6, o dipeptideo (±)-12 adota uma conformação em dobra-y para uma das cadeias peptidicas e uma conformação em dobra-y e uma estrutura não-clássica, dobra-C5, para a outra cadeia. Os compostos tricíclicos evidenciaram a formação de dobras-ß e folhetos-ß em solução de CDCl3 . Realizou-se a análise de van't Hoff para estes derivados, obtendo-se dados termodinâmicos os quais estão de acordo com os dados teóricos. As espécies ligadas por ligações de hidrogênio destes derivados mostraram-se entalpicamente favoráveis mas entropicamente desfavoráveis. Os estudos teóricos, sustentados através de dados experimentais, tornou possível identificar estas conformações e foram de grande importância na discussão dos resultados observados. Finalmente, sintezou-se uma serie de derivados destes sistemas para serem testados na inibição da protease do vírus HIV-1, realizando-se uma análise comparativa de modelos de complexacão com a enzima. / An assembly of nineteen depsipeptides attached to the conformationally restrict endotriciclo[ 6.2.1.02 '7]undeca-4,9-dieno-3,6-endo-endo-diol (2) and three stereochemically different pentaciclo[5.4.0.0 2'6 .03,10. 05'9]undecano-8,11-diol derivatives (3, 4 and 5) were synthesized. In order to investigate the conformational preferences in solution these depsipeptides were studied by NMR spectroscopy and by dynamic simulations, semiempirical and ab initio calculations. In the NMR experiments, the most probable secondary structures were evaluated from different parameters as the rates of proton-deuterium exchange, nuclear Overhauser effects, titration experiment, temperature coefficients, coupling constants and chemical shifts of NH protons analysis. In CDCl 3 solution, the pentacyclic scaffolds displayed different types of turn conformations characterized by a 8-membered hydrogen-bonded ring and by a y-like strand hydrogen-bonded ring for each peptide chain. In a strong solvating medium such as DMSO-d6 the depsipeptide (±) -12 derived from pentaciclo[5.4.0.0 2'6 .0 05 '9]undecano-endo-exo-8,11 system adopts a y-like strand hydrogen-bonded ring for one peptide chain and, for the other one, a bifurcated H-bond formed by a y-like strand and a non classical C5-structure. The tricycle constrained peptides have been shown to adopt ß-turn- and ß-sheet-like conformations. The van't Hoff analysis for all derivatives in CDCl 3 solution indicated that the formation of hydrogen-bonded species is enthalpically preferred but entropically disfavoured, in agreement with the theoretical studies. The theoretical calculations made it possible to identify the conformations and were of great importance in the discussion of the observed results. In addition, the conformationally constrained molecular frameworks of (2), (3), (4) and (5) were used to build a series of eight novel symmetric and pseudo-symmetric peptidomimetics to test as HIV-1 protease inhibitors, which are in the stage of biologic test. Finally, a complexation model of these compounds in the protease active site was proposed and compared with the current models in the literature.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Neurociências, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T11:31:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 278388.pdf: 18628569 bytes, checksum: e97674b781d8f9bf65d0e7f944c0298b (MD5) / Estudos prévios têm relatado um aumento na proliferação de células progenitoras neuronais, no giro denteado e no bulbo olfatório (BO) de roedores submetidos a diferentes modelos experimentais de epilepsia e doença de Parkinson. Entretanto, os fatores que controlam a proliferação e migração dos progenitores neuronais, bem como sua integração com os circuitos cerebrais não estão totalmente esclarecidos. O peptídeo insulinotrópico dependente de glicose (GIP) e seu receptor (GIPR) estão amplamente expressos no hipocampo e no BO do sistema nervoso central (SNC) de animais adultos e parecem estar envolvidos na modulação dos processos de potenciação sináptica, neuroproteção e neurogênese. Sendo assim, o envolvimento do GIP e seu receptor nos mecanismos de neuroplasticidade sugerem uma possível participação dos mesmos na fisiopatologia de doenças como epilepsia, doença de Parkinson e doença de Alzheimer. O presente estudo demonstrou um aumento na expressão do GIPR no hipocampo e neocórtex, e no BO de ratos submetidos ao status epilepticus (SE) induzido pela pilocarpina, ou pela infusão intranasal de MPTP (modelo experimental da doença de Parkinson), respectivamente. Além disso, foi possível caracterizar a presença do GIPR no hipocampo de um paciente com epilepsia de lobo temporal mesial associada à esclerose do hipocampo (ELTM-HS), tratado cirurgicamente. O padrão de expressão do GIPR no hipocampo humano foi semelhante ao observado em animais submetidos ao SE induzido pela pilocarpina, sacrificados durante a fase crônica do modelo. De maneira interessante, o pré-tratamento com o agonista do GIPR (GIP1-42) foi capaz de prevenir os prejuízos cognitivos e sinápticos induzidos pela administração i.c.v. de Aß1-40 (modelo experimental da doença de Alzheimer), através da diminuição da expressão das enzimas iNOS e nNOS. Nossos resultados sugerem um possível envolvimento do GIPR nos eventos de neuroplasticidade relacionados com ELTM-HS, doença de Parkinson e com a toxicidade induzida pelo peptídeo Aß1-40. / Previous studies with experimental models of epilepsy and Parkinson#s disease (PD) have reported increased proliferation of neural progenitor cells in the dentate gyrus of hippocampus and olfactory bulb (OB). However, the factors controlling the proliferation and migration of adult-born neurons and their connectivity remain essentially unknown. The glucosedependent insulinotropic peptide (GIP) and its receptor (GIPR) are highly expressed in the hippocampus and OB of rodent#s adult brain and have been implicated with synaptic potentiation, neuroprotection and neurogenesis. The GIP and GIPR have been implicated with neuroplasticity and may be related to pathologic mechanisms observed in epilepsy, PD and Alzheimer#s disease (AD). In the present study, we demonstrated an increase in GIPR expression in the hippocampus and neocortex, and in the OB of rats submitted to pilocarpine induced status epilepticus and intranasal MPTP infusion (an experimental model of PD), respectively. Furthermore, we also demonstrated the GIPR expression, with similar patterns observed in chronic pilocarpine induced status epilepticus animals, in one patient with mesial temporal lobe epilepsy related to hippocampal sclerosis (MTLE-HS) treated surgically. In addition, the pre-treatment of mice with GIPR agonist (GIP1-42) was able to prevent the cognitive and synaptic impairment induced by intracerebroventricular Aâ1-40 infusion (an experimental model of AD), by decrease in iNOS and nNOS enzymes. Our findings suggest a possible role for the GIPR in the neuroplasticity events of MTLE-HS and PD as well as in the toxicity induced by peptide Aâ1-40.