Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-09-27T13:14:48Z No. of bitstreams: 1 TeseMAB.pdf: 527199 bytes, checksum: 9c17c3f72026e7aa20cc36238de2a00a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:53:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMAB.pdf: 527199 bytes, checksum: 9c17c3f72026e7aa20cc36238de2a00a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:53:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMAB.pdf: 527199 bytes, checksum: 9c17c3f72026e7aa20cc36238de2a00a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T19:53:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMAB.pdf: 527199 bytes, checksum: 9c17c3f72026e7aa20cc36238de2a00a (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Microalgae have been cultivated worldwide to obtain biomass for various applications. Nonetheless the production costs of microalgae is still high due to factors such as photobioreactors, water and nutrients to grow the organisms. In recent years the use of wastewaters of several origins for microalgal cultures have been studied. However wastewater generally are more complex than synthetic microalgae culture media. Their characteristics can vary over time and have associated microorganisms such as bacteria, fungi and yeasts. Vinasse is a wastewater generated in large volumes by the ethanol industry of Brazil and it is rich in nutrients and organic materials. The use of this effluent to support microalgae growth can reduce the microalgae production costs at the same time that it decreases the contaminant potential of the effluent through the incorporation of nutrients into biomass. The aim of this research was to evaluate the potential of the use of sugarcane vinasse as culture medium for the growth of the freshwater microalgae Chlorella vulgaris. C. vulgaris is a robust species commonly used in the treatment of effluents. Laboratory tests were initially conducted with two distinct vinasses, a conventional and an originating from a agroecological processing, at different concentrations. Based on these results the conventional vinasse was selected for more detailed studies that aimed at treating the vinasse in defined procedures known as Toxicity Identification Evaluation (TIE). Through such procedure, we attempted to answer why it is so difficult to grow microalgae in sugarcane vinasse and how could the microalgal production be increased in such a complex residue. The results showed that pH adjustment resulted in the highest Chlorella vulgaris biomass in vinasse, whereas the addition of EDTA, sodium thiosulfate and XAD-8 resin to remove specific compounds from the wastewater limited the microalgal final yield. The growth of C. vulgaris was higher at intermediate treated vinasse concentrations (30 - 70%). This demonstrated the possibility of using of this residue as a medium for microalgal cultivation. Once selected the ideal condition for C. vulgaris cultivation (30% vinasse and TIE pH=3.0), there was a screening of the microorganisms present in the vinasse and in non axenic cultures of microalgae after its inoculation with C. vulgaris. The microrganisms were isolated and characterized for indole acetic acid (IAA) production, nitrogen fixation and inorganic phosphate solubilization. The presence of heterotrophic microorganisms in the vinasse did not affect the microalgal production. We obtained promising results about future applications of these microorganisms as growth promoters in microalgal cultures. The biomass produced showed protein productivity of 15.57 mg L-1 day-1 and a decrease of nitrogen, sulfate, biochemical oxygen demand (BOD), chemical oxygen demand (COD), total organic carbon (TOC) and total nitrogen (TN) contents in comparison with the initial vinasse was obtained. The results suggest the possibility of using vinasse as a medium for the cultivation of C. vulgaris, with decrease of the potential contaminant of the effluent and increase of biomass production when compared to synthetic culture medium. / Microalgas têm sido cultivadas no mundo todo visando obter biomassa para as mais diversas aplicações. No entanto, seu custo de produção é elevado, pois além de demandarem elevada quantidade de água, exigem nutrientes minerais para que possam crescer satisfatoriamente. A utilização de águas residuárias para cultivos microalgais tem merecido destaque uma vez que, simultaneamente à possibilidade de se reduzir os custos de produção algal, é possível reduzir o potencial eutrofizante e contaminante dos efluentes através da incorporação de nutrientes ali presentes à biomassa microalgal. No entanto, efluentes apresentam maior complexidade do que meios de cultura sintéticos, com características variáveis ao longo do tempo e maior presença de micro-organismos associados como bactérias, fungos e leveduras. O Brasil é o maior produtor mundial de etanol de cana-de-açúcar e a vinhaça é o principal subproduto dessa produção, sendo gerada na proporção de 10 - 12 L vinhaça/L etanol. A presença de nutrientes minerais na vinhaça indica seu uso como adubo vegetal, quer seja para microalgas, quer para vegetais vasculares. Entretanto, cultivar microalgas em vinhaça é ainda um desafio. Se, por um lado, em cultivos fotoautotróficos a coloração escura do efluente pode ser limitante, em cultivos heterotróficos a presença de contaminantes biológicos pode levar à competição por recursos e comprometer a qualidade da biomassa final. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial de utilização de vinhaça de cana-de-açúcar como meio para o cultivo da microalga Chlorella vulgaris, uma espécie robusta usualmente empregada em tratamento de águas residuárias. Buscou-se desvendar qual constituinte da vinhaça a torna tão problemática aos cultivos microalgais e analisar as possibilidades de cultivo fotoautotrófico objetivando, sempre, maior rendimento de biomassa. Ensaios laboratoriais foram conduzidos inicialmente com duas vinhaças, uma convencional e uma oriunda de um processamento agroecológico, utilizando diferentes concentrações para o cultivo microalgal. Com base nesses resultados, selecionou-se a vinhaça convencional para intensificação dos estudos referentes à toxicidade deste efluente. Ensaios envolvendo avaliação e identificação da toxicidade (TIE) foram conduzidos através de uma série de manipulações físico-químicas da vinhaça, com objetivo de alterar a biodisponibilidade de determinados compostos e, consequentemente, aumentar a produção microalgal. Os resultados mostraram que, dentre os tratamentos, o ajuste de pH foi o principal responsável pelo maior crescimento de Clorella vulgaris quando cultivada em vinhaça, enquanto a adição de EDTA, tiossulfato de sódio e resina XAD-8 ao efluente limitou o crescimento microalgal. O crescimento de C. vulgaris foi maior em concentrações intermediárias de vinhaça (30 – 70%), demonstrando a possibilidade de utilização deste resíduo como meio para o cultivo microalgal. Selecionada a condição ideal de cultivo para C. vulgaris, realizou-se um rastreamento dos microorganismos presentes na vinhaça e nas culturas não axênicas da microalga, com isolamento e caracterização dos mesmos no tocante à produção de ácido indolacético (AIA), fixação de nitrogênio e solubilização de fosfato inorgânico. A presença de micro-organismos heterotróficos na vinhaça não comprometeu o crescimento microalgal e os resultados mostraram-se promissores quanto ao uso dos micro-organismos isolados como promotores de crescimento em cultivos microalgais. A biomassa produzida apresentou produtividade protéica de 15,57 mg L-1 dia-1, com diminuição dos teores de nitrogênio, sulfato, demanda bioquímica de oxigênio (DBO), demanda química de oxigênio (DQO), carbono orgânico total (COT) e nitrogênio total (NT) em relação à vinhaça inicial. Os resultados sugerem a possibilidade de uso de vinhaça como meio para o cultivo de C. vulgaris, com redução do potencial contaminante do efluente e aumento da biomassa produzida em relação ao meio de cultura sintético.

Submitted by DANIELE SCUDELETTI null (daniele.scudeletti@hotmail.com) on 2016-12-20T11:25:28Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Daniele Scudeletti.pdf: 1192447 bytes, checksum: 782485849f58ab1698cadd1eee4e5c63 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-22T10:39:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 scudeletti_d_me_bot.pdf: 1192447 bytes, checksum: 782485849f58ab1698cadd1eee4e5c63 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-22T10:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 scudeletti_d_me_bot.pdf: 1192447 bytes, checksum: 782485849f58ab1698cadd1eee4e5c63 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma cultura de grande importância econômica para o Brasil, pois além de gerar empregos em setores como agrícola, industriais e terceiros, a cultura também proporciona a produção de biomassa energética. Há muitas evidências de que esta cultura seja beneficiada pela interação com bactérias diazotróficas, principalmente as do gênero Azospirillum que, além da fixação de N atmosférico podem produzir fitormônios que promovem, na maioria dos casos, efeitos positivos no crescimento vegetal, no rendimento e nas alterações fisiológicas da planta. A principal barreira à utilização do Azospirillumn a cultura da cana-de-açúcar tem sido a incon¬sistência dos resultados de pesquisa, que podem variar de acordo com a cultivar, as condições eda¬foclimáticas e a metodologia de condução da pes¬quisa. Objetivou-se, mediante o presente estudo, avaliar a eficácia dos modos de inoculação de Azospirillum brasilense, nos parâmetros biométricos, fisiológicos e tecnológicos, e as possíveis melhorias na absorção de nutrientes do solo e na produtividade. O trabalho foi desenvolvido em área experimental pertencente à Usina da Barra, localizada no município de Santa Maria da Serra - SP, na safra 2015/2016. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, em esquema fatorial 2 x 2, com 4 repetições. Os tratamentos foram constituídos por inoculação do Azospirillum brasilense (sem e com) e pelos modos de aplicação (tolete e foliar). Foi considerada como área útil as 4 linhas centrais de 8 linhas plantadas. A inoculação foi realizada por meio da aplicação de 2 L ha-1 do produto comercial. A inoculação via tolete foi realizada antes do cobrimento do sulco e nas parcelas que receberam via foliar, ocorreu no estádio de perfilhamento. Concluiu-se que a inoculação com Azospirillum brasilense não afetou os teores de macronutrientes, índice de clorofila foliar, número de colmos, número de entrenó e a qualidade tecnológica da cana-de-açúcar e houve aumento na altura de colmos em razão do aumento no comprimento médio do entrenó, refletindo aumento na produtividade de colmos e açúcar em torno de 15%. / The sugarcane (Saccharum spp.) is a crop of great economic importance to Brazil, as well as create jobs in several sectors such as agricultural, industrial and third culture also provides the production of energy biomass. There are many evidences that this crop culture is benefited by interaction with diazotrophs, especially the Azospirillum genus that in addition to atmospheric N fixation can produce phytohormones that promote, in most cases, positive effects on plant growth, yield and amendments physiological plant. The main barrier to the use of Azospirillum in sugarcane has been the inconsistency of search results, which may vary according to the cultivar, the climatic conditions and methodology of research. The aim, through this study, was to evaluate the effectiveness of Azospirillum brasilense inoculation modes, the biometric, physiological and technological parameters, and possible improvements in the uptake of soil nutrients and yield. The study was conducted in the experimental area of Sugar mill Barra, localized in Santa Maria da Serra - SP, in 2015/2016. The experimental design was a randomized block in factorial 2 x 2, with four repetitions. The treatments consisted of inoculation of Azospirillum brasilense (with and without) and the application modes (stem and leaf). It was considered useble area of the center lines 4 of 8 lines planted. The inoculation was performed by applying 2 L-1 ha of the commercial product. The inoculation of the stems was performed before covering the plating furrows and in plots that received foliar it occurred at tillering stage. It was concluded that inoculation with Azospirillum brasilense did not affect the macronutrient content, leaf chlorophyll content, stalk number, internode number and the technological quality of sugarcane and there was an increase in stalk height due to the increase in average length internode, resulting in higher yield in sugar and cane yield around 15%.

An important quest in genomics since the publication of the first complete human genome in 2003 has been its functional annotation. DNA holds the instructions to the production of the components necessary for the life of cells and organisms. A complete functional catalog of genomic regions will help the understanding of the cell body and its dynamics, thus creating links between genotype and phenotypic traits. The need for annotations prompted the development of several bioinformatic methods. In the context of promoter and first exon predictors, the majority of models relies principally on structural and chemical properties of the DNA sequence. Some of them integrate information from epigenomic and transcriptomic data as secondary features. Current genomic research asserts that reference genome annotations are far from being fully annotated (human organism included).Physicians rely on reference genome annotations and functional databases to understand disorders with genetic basis, and missing annotations may lead to unresolved cases. Because of their complexity, neurodevelopmental disorders are under study to figure out all genetic regions that are involved. Besides functional validation on model organisms, the search for genotype-phenotype association is supported by statistical analysis, which is typically biased towards known functional regions.This thesis addresses the use of an in-silico integrative analysis to improve reference genome annotations and discover novel functional regions associated with neurodevelopemental disorders. The contributions outlined in this document have practical applications in clinical settings. The presented bioinformatic method is based on epigenomic and transcriptomic data, thus excluding features from DNA sequence. Such integrative approach applied on brain data allowed the discovery of two novel promoters and coding first exons in the human DLG2 gene, which were also found to be statistically associated with neurodevelopmental disorders and intellectual disability in particular. The application of the same methodology to the whole genome resulted in the discovery of other novel exons expressed in brain. Concerning the in-silico method itself, the research demanded a high number of functional and clinical datasets to properly support and validate our discoveries.This work describes a bioinformatic method for genome annotation, in the specific area of promoter and first exons. So far the method has been applied on brain data, and the extension to the whole body data would be a logical by-product. We will leverage distributed frameworks to tackle the even higher amount of data to analyse, a task that has already begun. Another interesting research direction that came up from this work is the temporal enrichment analysis of epigenomics data across different developmental stages, in which changes of epigenomic enrichment suggest time-specific and tissue-specific functional gene and gene isoforms regulation. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A reaÃÃo de sÃntese de Fischer-Tropsch tem merecido grande atenÃÃo pela sua aplicaÃÃo no Ãmbito tecnolÃgico e cientÃfico. Este interesse està associado à conversÃo do gÃs natural em produtos lÃquidos de alta qualidade (gasolina e diesel) e elevado valor agregado. No presente trabalho à descrito a metodologia empregada na sÃntese e caracterizaÃÃo de catalisadores bimetÃlicos, com alto teor da fase ativa de ferro e cobalto, usados na sÃntese de Fischer-Tropsch, suportados em sÃlica promovidos com potÃssio e cobre com diferentes proporÃÃes em base molar. O uso de catalisadores de ferro utilizados na sÃntese de Fischer-Tropsch tem sido estudado por muitos pesquisadores, os resultados tÃm mostrado que estes possuem um desempenho satisfatÃrio na produÃÃo de combustÃveis lÃquidos. Entretanto, pesquisas mostram que os catalisadores de cobalto sÃo mais eficientes na produÃÃo de hidrocarbonetos de cadeia longa e linear em relaÃÃo ao ferro. Contudo, catalisadores a base de cobalto sÃo mais caros comparados aos de ferro. Uma relaÃÃo custo/benefÃcio tem que ser atingida na fabricaÃÃo de catalisadores de tal forma que tenhamos uma otimizaÃÃo da produÃÃo de combustÃveis sintÃticos de elevado peso molecular sem muitos gastos com o catalisador. Pretende-se com esta discussÃo, identificar possÃveis vias para o desenvolvimento de catalisadores mais ativos e seletivos, variando a composiÃÃo do promotor estrutural para fins de otimizar a distribuiÃÃo dos produtos (diesel e graxa). A reaÃÃo foi conduzida em um reator de leito de lama. O estudo seguiu um planejamento experimental do tipo fatorial quadrado com ponto central e os resultados foram analisados baseados na metodologia de anÃlises de superfÃcies de respostas. Os efeitos das diferentes condiÃÃes operacionais (temperatura e pressÃo) e dos diferentes teores de potÃssio e cobre na distribuiÃÃo dos produtos lÃquidos foram comparados baseados nos cromatogramas, nÃmero mÃdio de carbono (Nn). Diante dos testes realizados com os catalisadores bimetÃlicos (Fe/Co) dopados com diferentes teores de potÃssio e/ou cobre, chegou-se a uma melhor relaÃÃo entre os metais (K,Cu) para sÃntese de um catalisador mais eficiente (50Fe/50Co/12K/5Cu/139SiO2). Sendo que o objetivo desta formulaÃÃo bimetÃlica, obter vantagens de possÃveis efeitos sinergÃticos entre os dois metais (Fe/Co) e seus promotores estruturais. / The reaction of Fischer-Tropsch synthesis has received great attention for its application in technology and science. This interest is associated with conversion of natural gas into high quality liquid products (gasoline and diesel) and high added value. In the present paper describes the methodology employed in the synthesis and characterization of bimetallic catalysts with high levels of the active phase of iron and cobalt, used in the synthesis of Fischer-Tropsch, supported on silica promoted with potassium and copper with different ratios on a molar basis. The use of iron catalysts used in the Fischer-Tropsch synthesis has been studied by many researchers, the results have shown that these have a satisfactory performance in the production of liquid fuels. However, studies have shown that cobalt catalysts are most effective in producing long-chain hydrocarbons and linear with respect to iron. However, the cobalt-based catalysts are more expensive compared to iron. A cost / benefit ratio has to be reached in the manufacture of catalysts which have such an optimization of production of synthetic fuels of high molecular weight inexpensively with the catalyst. The intention with this discussion, identify possible pathways for the development of more active and selective catalysts, varying the composition of the promoter structure for purposes of optimizing the distribution of products (diesel and grease). The reaction was conducted in a reactor bed of mud. The study followed an experimental planning factorial central square and the results were analyzed based on the methodology of the analysis of response surfaces. The effects of different operating conditions (temperature and pressure) and different concentrations of potassium and copper in the distribution of liquid based on the chromatograms were compared, average carbon number (Nn). Before the tests with the bimetallic catalysts (Fe / Co) doped with different concentrations of potassium and / or copper, it was a better relationship between the metals (K, Cu) for the synthesis of a more efficient catalyst (50Fe/50Co/12K/5Cu/139SiO2). Since the goal of this formulation bimetallic take advantage of possible synergistic effects between the two metals (Fe / Co) and its structural promoters.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jonathan.pdf: 3096267 bytes, checksum: 8d8efe41b3d0eaa2b1ee28e28f9ebb5e (MD5) Previous issue date: 2012-09-21 / Plasmids are extrachromosomal genetic elements that generally are not essential for survival of the bacteria , however , provide unique advantages ( as resistance to antibiotics) for the organism. For genetic engineering, naturally occurring plasmids have been modified extensively for the production of vectors with the desired characteristics. Promoters are elements of a vector which may have a profound effect on the strength and duration of transcription and, consequently, the protein yield . The mRNA synthesis starts when RNA polymerase binds the promoter sequence adjacent to the target gene. Sigma factors are proteins that regulate transcription in bacteria , and they can be activated in different environmental conditions . The sigma factor ( S ) is seen as a master regulator of the general stress response , encoded from the gene RpoS in late stationary phase . This factor is the primary regulator of the genes stationary phase . Prosecutors based metabolic regulators of stationary phase represent a class of promoters metabolically controlled and can be exploited for the design of expression vectors . This project were developed three expression cassettes for construction of expression vectors , which have promoters with affinity for sigma factor S , in order to evaluate the expression profile of recombinant proteins in Escherichia coli . To evaluate the strength of promoters and expression profiling , we used the green fluorescent protein ( GFP ) as a reporter gene . The three vectors constructed, which were named p26 , p53 and PFS expressed GFP in the correct formation of the fluorophore , and the vector p26 and p53 showed overexpression of the recombinant protein when compared to the vector pGS21a . Furthermore , it was observed that the vectors constructed here are contributing to the reduction in the rate of growth and filamentation of E. coli. This gives the morphological plasticity bacterium higher storage capacity of the recombinant protein expressed . / Plasmídeos são elementos genéticos extracromossomais, que no geral não são essenciais para a sobrevivência da bactéria, entretanto, conferem vantagens peculiares (como resistência à antibióticos) para o organismo. Para engenharia genética, plasmídeos de ocorrência natural têm sido modificados extensivamente para produção de vetores com as características desejadas. Promotores são elementos de um vetor que podem ter um profundo efeito na força e duração da transcrição, e consequentemente, no rendimento proteico. A síntese de mRNA inicia quando a RNA polimerase se liga a sequência promotora , adjacente ao gene alvo. Fatores sigma são proteínas que regulam a transcrição em bactérias, e os mesmos podem ser ativados em diferentes condições ambientais. O fator sigma (S) é visto como um regulador mestre de resposta ao estresse geral, codificado a partir do gene RpoS na fase estacionária tardia. Este fator é o regulador primário dos genes de fase estacionária. Promotores baseados em reguladores metabólicos de fase estacionária representam uma classe de promotores controlados metabolicamente e que podem ser explorados para o design de vetores de expressão. Neste projeto foram desenvolvidos três cassetes de expressão para a construção de vetores de expressão, os quais possuem promotores com afinidade pelo fator sigma S, com o objetivo de avaliar o perfil de expressão de proteínas recombinantes em Escherichia coli. Para a avaliação da força dos promotores e do perfil de expressão, utilizou-se a proteína verde fluorescente (GFP) como gene repórter. Os três vetores construídos, os quais foram denominados de p26, p53 e pFS expressaram a GFP com a correta formação do fluoróforo, sendo que os vetores p26 e p53 apresentaram superexpressão da proteína recombinante, quando comparados ao vetor pGS21a. Ademais, observou-se que os vetores aqui construídos estão contribuindo para a redução da taxa de crescimento e filamentação da E. coli. Esta plasticidade morfológica confere à bactéria maior capacidade de armazenamento da proteína recombinante expressa.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:48:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Liliane_Borsatti.pdf: 2727712 bytes, checksum: 873b91306487ae36eebef66843276a08 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Two experiments were carried out to evaluate the effects of using distinct growth promoter over the energetic metabolism and performance of poultry farming. Two experimental diets (ND normal diet according to nutritional requirements and RD reduced diet, with 5% less of nutrients), supplemented or not with antibiotics and prebiotics from 1 to 10, 11 to 21, and 22 to 42 days of age. For performance, we used 1152 chickens, divided into 48 boxes following a completely casualized 2x3 factor design (two diets x three growth promoter) composed of six treatments and eight repetitions. At the end of each period, the animals and the food leftovers were weighed to calculate the performance variables. At 21 days of age, one chicken per experimental units (EU) was slaughtered and portions of the small intestine were collected for morphological analyses. After 33 days, two chickens per EU were selected and the cecum content was removed for microbiological analysis. After 35 days, blood samples were taken from brachial puncture to evaluate blood parameters. By the end of the experimental period, two chickens per EU were slaughtered for evaluating the dressing percentage. For metabolism analysis, we used 180 poultry chicks, divided into 36 cages, distributed according to the experimental design abovementioned in performance analysis by using the traditional method of excreta collection. The animals fed with RD presented the worst results (P<0.05) for mean weight, weight gain, food intake and feed conversion rate. There was no effect (P>0.05) over villi height in duodenum and ileum. However, interaction (P<0.05) was detected between the evaluated promoter and the villi height in jejunum, the crypt depth and the relationship villi:crypt in all segments, inasmuch as ND containing prebiotics yielded the best results. The growth promoter had no effects over cecum microflora although RD resulted in higher amounts of Lactobacilos and Bifidubacterium (P<0.05) when diets were compared. Food free of growth promoters yielded higher levels of triglycerides and calcium (P<0.05). The RD reduced the concentration of triglycerides (P<0.05) but increased the deposition of abdominal fat (P<0.05). Interaction between diet and growth promoters was observed (P<0.05) in relation to the coefficients of ileum digestibility (CID) of dry matter (DM), raw protein (RP) and ethereal extract (EE). The RD containing antibiotics presented lower CID in DM. The ND containing antibiotic presented higher CID in RP (P<0.05), while RD containing prebiotics resulted in higher CID of RP and EE (P<0.05). The coefficient values of total digestibility (CTD) in DM, RP and EE showed interaction (P<0.05) between diets and growth promoters, where the RD containing antibiotic yielded the lowest DTD of DM and EE. The ND resulted in higher values of apparent metabolizable energy (AME) and nitrogen-corrected apparent metabolizable energy (AMEn) (P<0.05). We conclude that prebiotics can be used as growth promoters in poultry, without hindering their performance while the reduction of nutritional demands in food decreases the digestibility of nutrients / Dois experimentos foram realizados para avaliar o efeito da utilização de diferentes promotores de crescimento sobre o metabolismo energético e o desempenho de frangos de corte em crescimento. Foram avaliadas duas dietas experimentais (DN - dieta normal, atendendo às exigências nutricionais; e DR - dieta reduzida, com 5% menos da exigência nutricional), suplementadas ou não com antibióticos e prebióticos, nos períodos de 1 a 10, 11 a 21, 22 a 42 dias de idade. No desempenho, foram utilizadas 1152 aves, divididas em 48 boxes, distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado contendo seis tratamentos, oito repetições, em esquema fatorial 2x3 (duas dietas x três promotores de crescimento). Ao final de cada período, as aves e sobras de ração foram pesadas para cálculo das variáveis de desempenho. Aos 21 dias, foi abatida uma ave por unidade experimental (UE) e coletado fragmentos do intestino delgado para análise da morfologia intestinal. Aos 33 dias, foram selecionadas duas aves por UE e retirado o conteúdo cecal para análise microbiológica. Aos 35 dias< foi realizada coleta de sangue via pulsão braquial para análise dos parâmetros sanguíneos. Ao final do experimento< foram abatidas duas aves por UE para cálculos de rendimento de carcaça. No metabolismo, foram utilizados 180 pintos de corte, divididos em 36 gaiolas, distribuídos no mesmo delineamento experimental do ensaio de desempenho, utilizando-se o método tradicional de coleta de excretas. As aves que receberam DR apresentaram piores resultados (P<0,05) para peso médio, ganho de peso, consumo de ração e conversão alimentar. No duodeno e íleo, não houve efeito (P>0,05) sobre altura de vilos, entretanto, para altura de vilos no jejuno, e, profundidade de cripta e relação vilo:cripta em todos os segmentos, houve interação (P<0,05) entre os promotores avaliados, onde a DN contendo prebióticos apresentou melhores resultados. Não houve efeito dos promotores de crescimento sobre a microflora cecal, entretanto, entre as dietas, a DR apresentou maiores contagens de Lactobacilos e Bifidubacterium (P<0,05). A ração sem promotor de crescimento apresentou maiores teores (P<0,05) de triglicerídeos e cálcio. A DR reduziu (P<0,05) o nível de triglicerídeos, porém causou aumento (P<0,05) na deposição de gordura abdominal. Houve interação (P<0,05) entre dieta e promotores de crescimento para os coeficientes de digestibilidade ileal (CDI) da matéria seca (MS), proteína bruta (PB) e extrato etéreo (EE). A DR contendo antibiótico apresentou menor CDI da MS. A DN contendo antibiótico apresentou maior CDI da PB (P<0,05), enquanto que a DR contendo prebiótico apresentou melhor CDI da PB e do EE (P<0,05). Os valores dos coeficientes de digestibilidade total (CDT) da MS, PB e EE apresentaram interação (P<0,05) entre dietas e promotores de crescimento, onde a DR contendo antibiótico apresentou menor CDT da MS e do EE. A DN apresentou maiores valores de energia metabolizável aparente (EMA) e energia metabolizável aparente corrigida para balanço de nitrogênio (EMAn) (P<0,05). Conclui-se que os prebióticos podem ser utilizados como promotores de crescimento para frangos de corte, sem prejudicar o desempenho das aves e que, ao reduzir a exigência nutricional da ração, reduz-se a digestibilidade dos nutrientes

A síntese de Fischer-Tropsch é um processo de conversão do gás de síntese (CO + H2) em hidrocarbonetos de cadeias longas. Os catalisadores clássicos para a hidrogenação do CO são, principalmente, o Fe e o Co suportados em diferentes óxidos. O desempenho catalítico do catalisador é influenciado pelo tamanho, dispersão e grau de redução das partículas metálicas. Estudos recentes mostram uma promissora aplicação de materiais à base de nanofibras de carbono na catálise heterogênea. Estes materiais apresentam algumas vantagens em relação aos suportes catalíticos tradicionais, tais como: uma baixa interação metal-suporte, elevada área superficial, ausência de poros fechados, alta condutividade térmica, elevada inércia química e hidrofobicidade. Neste trabalho foram fabricados suportes catalíticos macroscópicos à base de nanofibras de carbono, empregando o método de vapor deposição, a partir da decomposição do etano. Os catalisadores foram preparados pela impregnação incipiente do Co e de promotores na superfície do suporte. Foram empregados os metais nobres, Ir, Pt e Ru, como promotores catalíticos, com o objetivo de incrementar a redutibilidade e a atividade do catalisador. Todos os catalisadores foram caracterizados por Quimissorção de CO, Fisissorção de N2, Redução a Temperatura Programada (TPR), Espectroscopia Fotoeletrônica de Raios X (XPS) e Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET). Os catalisadores foram, então, testados na síntese de Fischer-Tropsch, utilizando um reator de leito fixo e fluxo contínuo, com análise simultânea dos produtos gasosos e controle sistemático da temperatura, pressão e vazão dos reagentes. Finalmente, foram analisados os produtos líquidos obtidos na reação com objetivo de conhecer a influência dos promotores na seletividade dos hidrocarbonetos formados. / Fischer-Tropsch synthesis is a process of converting the syngas (CO + H2) to long-chain hydrocarbons. The traditional catalysts for the CO hydrogenation are Fe and Co supported on different oxides. Catalytic performance of the catalyst is influenced by size, dispersion and degree of reduction of metal particles. Recent studies show a promising application of materials based on carbon nanofibers in heterogeneous catalysis. These materials have some advantages compared to traditional catalyst supports, such as a low metal support interaction, high surface area, no closed pores, high thermal conductivity, high chemical resistance, and hydrophobicity. In this work, based on macroscopic carbon nanofiber catalyst supports have been manufactured by employing the method of chemical vapor deposition from ethane decomposition. Catalysts were prepared by incipient wetness impregnation of Co and promoters on the support surface. Noble metals, Ir, Pt and Ru were used as catalytic promoters, with the aim of increasing the reductibility and catalyst activity. All catalysts were characterized by CO Chemisorption, N2 Physisorption, Temperature Programmed Reduction (TPR), X-ray Photoelectron Spectroscopy (XPS), and Transmission Electron Microscopy (TEM). The catalysts were then tested in the Fischer-Tropsch synthesis using a fixed bed reactor, continuous flow, with simultaneous analysis of gaseous products and systematic temperature control, pressure, and flow rate of the reactants. Finally, the liquid products obtained in the reaction were analyzed in order to determine the influence of promoters on the selectivity of hydrocarbons formed.

Durante os últimos anos a avicultura nacional tem sofrido constantes desafios, tendo como objetivo ampliar o mercado consumidor do frango de corte ao redor do mundo. Entretanto, cada mercado apresenta exigências diferentes, como no caso do mercado europeu que estabelece a exclusão dos antibióticos como promotores de crescimento na alimentação dos frangos de corte. Visando esta problemática, realizou-se este estudo, com o objetivo de analisar os resultados da utilização dos ácidos lático e butírico, isolados e associados, como aditivos em dietas de frangos de corte, em relação ao promotor de crescimento usualmente utilizado nas dietas dos mesmos. Foram avaliados: o desempenho, a imunidade humoral e a morfometria intestinal das aves. Utilizaram-se 1400 pintainhos machos da linhagem comercial Ross, divididos em cinco tratamentos (controle - sem aditivo -; ácido butírico; ácido lático; ácido butírico + ácido lático e avilamicina - antibiótico, promotor de crescimento tradicionalmente utilizado na produção de frangos de corte). Os resultados de desempenho indicaram que a interação dos ácidos foi significativa na fase inicial, entretanto não ocorreu um efeito aditivo dos ácidos, sendo o uso do ácido butírico isoladamente mais recomendável durante essa fase. Já na fase de crescimento, a interação foi significativa com um efeito aditivo, recomendando seu uso nas rações de crescimento. De acordo com os títulos médios de anticorpos obtidos no estudo, a interação foi significativa aos 35 dias de idade e mostrou um efeito sinérgico, sendo a combinação dos ácidos em questão um potente modulador da imunidade humoral. Os resultados obtidos nas análises de morfometria intestinal não foram conclusivos. Em termos gerais, requerem-se mais estudos quanto ao uso dos ácidos orgânicos como promotores de crescimento. / During the last years, the national poultry keeping has suffered constant challenges, having as objective to diversify the consuming market of the broiler to around of the world. However, each market presents different requirements, as in the case of the European market that establishes the exclusion of antibiotics as promotional of growth in the feeding of the broilers. Aiming at this problematic one, this study was become fullfilled, with the objective to analyze the results of the association of the butyric and lactic acids as additives in the ration of broilers, in comparison to the results gotten for the usually used promoters of growth in the diets of broilers. They had been evaluated: the animal performance, humoral immunology and intestinal morfometric of the birds. 1400 male chickens of the commercial ancestry Ross had been used, dividing them in five groups with different treatments to that if it relates to the additive use. Being a group it has controlled absent of additive, a group with butyric acid, a group with lactic acid, the fourth group with the association of butyric and lactic acids, and the fifth group with avilamicina (antibiotic) as promotional of traditionally used growth in the production of broilers. The performance results had indicated that the interaction of acid ones was significant in the initial phase, mean while did not occur an additive effect of acid ones, being the use of the butyric acid separately more recommendable during this phase. Already in the growth phase, the interaction was significant with an additive effect, recommending its use in the rations of growth. In accordance with the average headings of antibodies gotten in the study, the interaction was significant in the third sampling and showed a synergic effect of acid ones, being the combination of acids in question a powerful modulator of the humoral immunity. Meanwhile, the results gotten in the analyses of intestinal morfometric had not been conclusive. In general terms, one requires more organic acid studies that confirm the use of as the promotional ones of growth.

The experiment was conducted at the Laboratory of Poultry (LAVIC) of the Department of Animal Science at Federal University of Santa Maria - RS, from November of 2003 to January of 2004 aiming to evaluate the use of prebiotics, organic acids (acidifiers), enzymes and garlic (phytotherapeutic) as alternative growth promoters, instead of the conventionals (antibiotics) commonly used in broilers feed. The amount of 480 males, day old, Cobb chicks were used, which were submitted to six experimental treatments: T1= Basic Diet (BD) without any growth promoters; T2= BD with 0.1% of garlic in powder; T3= BD with 0.2 % of garlic in powder; T4= BD with antibiotics (Zinc Bacitracina (10 g/ton) and Olaquindox (70 g/ton);T5= BD with prebiotic (mananoligossacarídeos(MOS)) and acidifier (fórmic acids (50%) + propionic acids (50%) and T6= BD whit prebiotic (mananoligossacarídeos(MOS)) and enzymes. The amount of prebiotic, acidifier and enzymes used were rated by the technical advise of the commercial products used. Twenty four experimental boxes of the 1.5 X1.5m, with 20 fowls each were used, with four replicates by treatment in a completely randomized design. The fowls were sheltered on reutilized bed wood shavings, in a mansory shed raised with animal feed based on corn and soy bean meal, ad libitum , isonutritives and divided in three phases: initial (1-21 days) bearing 22% Crude Protein (CP) and 3050 Kcal ME/Kg, growth (22-35 days) with 20% CP and 3100 Kcal ME/Kg, final (36- 43 days) with 18.5 % of CP and 3150 Kcal ME/Kg. The treatments did not show any statistic difference for the parameters: weigh gain (WG) and production factor (PF). There wasn t a significant effect on the feed intake (FI), in the phases of 1-21 and 22-35 days of live, but in the phase of 36-43 days there was a significant effect (P<005), with difference only between the treatments without growth promoters (T1) and the treatments with garlic (T2 and T3), but they did not diverge significantly from the others. Introductory the period of 1-43 days, to come different significant (P<0.05), at the feed intake (FI), of the fowls the treatments without growth promoters (T1) and with antibiotics (T4), but they did not diverge significantly from the others. The feed conversion (FC), did not differ statiscally (P>0.05) in the phases of 1-21 and 36-43 days of live the fowls. The phase of 22-35 days to come different significant (P<0.05), where the fowls submitted to treatment with antibiotics (T4) and with prebiotics + acidifier (T5), showed better feed conversion (FC) and it was statistically relevant (P<0.05), when compared with fowls of the treatment prebiotics + enzymes (T6), but the treatment with prebiotics + acidifier (T5), was not differences between them (P>0.05). In the period of 1-43 days, the fowls submitted to treatment with antibiotics (T4) showed better feed conversion (FC) and it was statistically relevant (P<0.05), when compared with fowls of the control treatments (T1) and prebiotics + enzymes (T6), but there were no differences between them (P>0.05). The feed conversion (FC) of the fowls submitted to the other treatments (T2, T3 and T5) did not differ statiscally (P>0.05). The results according to the intestinal morphology and carcass yield did not show significant effects (P>0.05) between the different growth promoters tested. Based on the results obtained, taking in to account the conditions of what the experiment was conducted, it was concluded that the alternative growth promoters tested did not affect negatively the characteristics of the intestinal morphology of the broilers validating them as substitutes to the conventional promoters. / O experimento foi conduzido no Laboratório de Avicultura (LAVIC) do Departamento de Zootecnia da Universidade Federal de Santa Maria - RS, no período de novembro de 2003 a janeiro de 2004, com o objetivo de avaliar o uso de prebióticos, ácidos orgânicos (acidificantes), enzimas e alho (fitoterápico) como promotores de crescimento alternativos, em substituição aos convencionais (antibióticos), usualmente utilizados nas dietas para frangos de corte. Foram usados 480 pintos de corte, machos, com um dia de vida, da linhagem Cobb 500, os quais foram submetidos a seis tratamentos experimentais: T1= Dieta Base (DB) sem adição de promotor de crescimento; T2= DB com 0,1% de alho em pó; T3= DB com 0,2% de alho em pó; T4= DB com Bacitracina de Zinco (10g/ton) e Olaquindox (70g/ton); T5= DB com prebiótico (mananoligossacarídeos (MOS)) e acidificante orgânico (ácido fórmico (50%) + ácido propiônico (50%)) e T6= DB com prebiótico (mananoligossacarídeos (MOS)) e complexo enzimático (proteases, amilases e celulases). Os níveis utilizados de prebióticos, acidificantes e enzimas foram obtidos através das recomendações técnicas dos produtos comerciais usados. Foram usados 24 boxes experimentais de 1,5 X 1,5 m, contendo 20 aves cada, com quatro repetições por tratamento, distribuídos num delineamento experimental inteiramente casualizado. As aves foram alojadas em cama de maravalha reutilizada, num galpão de alvenaria, alimentadas com ração isonutritiva , à base de milho e farelo de soja, fornecida à vontade e dividida em três fases: inicial (1-21 dias), contendo 22% PB e 3050 Kcal de EM/Kg, crescimento (22-35 dias) com 20% PB e 3100 Kcal EM/Kg e final (36-43 dias) com 18,5% de PB e 3150 Kcal EM/Kg. Os tratamentos não apresentaram diferença estatística nos parâmetros de: ganho de peso (GP) e fator de produção (FP). Para o consumo de ração (CR), não se observaram diferenças significativas nas fases de 1-21 e 22-35 dias, mas na fase de 36-43 dias verificou-se efeito significativo (P<0,05), com diferença apenas entre os tratamentos sem adição de promotores de crescimento (T1) e os tratamentos com adição de alho (T2 e T3), estes com a adição de alho não diferiram significativamente dos demais tratamentos (T4,T5 e T6). Considerando o período total (1-43 dias), ocorreu diferença significativa (P<0,05), no consumo de ração entre as aves dos tratamentos sem adição de promotores de crescimento (T1) e com a adição de antibióticos (T4), nos demais tratamentos não houve efeito significativo em relação ao consumo de ração. A conversão alimentar (CA) não foi afetada nas fases de 1-21 e 36-43 dias de idade das aves. Na fase de 22-35 dias verificou-se efeito significativo, onde as aves com antibióticos convencionais (T4) e com MOS + Acidificantes (T5) obtiveram a melhor conversão alimentar, porém sem diferir significativamente entre ambas. Entretanto, as aves do tratamento T5 foram mais eficientes, diferindo significativamente (P<0,05) em relação as aves do T6 (MOS + enzimas), mas não diferiram significativamente das aves dos tratamentos ( T1, T2 e T3 ). Sendo que no período de 1-43 dias, as aves submetidas ao tratamento com antibióticos (T4) apresentaram melhor conversão alimentar (CA) estatisticamente significativa (P<0,05), quando comparadas as aves dos tratamentos sem adição de promotores de crescimento (T1) e prebiótico + complexo enzimático (T6), sendo que estes não diferiram entre si (P>0,05). A conversão alimentar das aves submetidas aos demais tratamentos (T2, T3 e T5) não diferiram entre si (P>0,05). Os resultados referentes à altura de vilos intestinais e rendimento de carcaça não apresentaram efeitos significativos (P>0,05) entre os diferentes promotores de crescimento avaliados. Com base nos resultados obtidos, levando em consideração as condições em que o experimento foi conduzido, conclui-se que os promotores de crescimento alternativos testados são uma opção aos antibióticos. Os promotores de crescimento alternativos testados não afetaram negativamente as características de carcaça e morfometria intestinal dos frangos de corte.

La régulation transcriptionelle fine assurée par les Eléments Cis Régulateurs (ECR, eg. promoteurs et «enhancers») et les facteurs protéiques associés, est à la base de la mise en place et le maintien de l'identité tissulaire. Les modifications de la chromatine corrèlent avec l’activité d’ECRs et constituent l’épigénome de la cellule. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée aux transitions des modifications des histones (H3K4me1/me2/me3, H3K36me3, H3K27me3 and H3K9me2) accompagnant le développement précoce de la cellule T. Pour cela, j’ai utilisé un modèle murin reproduisant une étape cruciale de la thymopoïèse - la sélection β - et la technique d’Immunoprecipitation de la chromatine couplée à des puces à ADN (ChIP-chip). Au sein des enhancer connus, nos analyses ont mis en évidence une nouvelle signature épigénétique liée à leur activité. De plus, nous montrons que l'étendue d'enrichissement d’H3K4me2 au sein des régions géniques des gènes exprimés, constitue une signature épigénétique des gènes tissus spécifiques. Tout ceci a permis de mieux comprendre le rôle de l’épigénétique dans l'établissement et le maintien de l'identité cellulaire.Le traitement anti-cancer moderne est basé sur les analyses de différents marqueurs d'agressivité (MA) et par la suite, de l’établissement de la thérapie personnalisée. Durant la dernière partie de ma thèse, j’ai participé à un projet collaboratif avec le laboratoire de Thérapie Cellulaire de l’Institut Paoli Calmettes à Marseille, qui visait l’isolation des MA des Leucémies Aiguës Myéloïdes à caryotype normal (LMAcn) grâce aux études de profilage épigénétique (H3K27me3) des blastes des patients atteints de LMAcn. / Precise transcriptional regulation underlies the establishment and maintenance of cell type specific identity and is governed by dedicated DNA sequences (i.e., cis regulatory elements (CREs): eg.: promoters, enhancers) and transcription factors. Chromatin modifications (eg.: histone modifications, DNA methylation) impinge on CREs activity and constitute the epigenome of the cell.During my PhD, I was interested in the transitions of a set of histone modifications (H3K4me1/me2/me3, H3K36me3, H3K27me3 and H3K9me2), during one of the major checkpoints of thymopoiesis - the β-selection. I used a dedicated mouse model and Chromatin Immunoprecipitation coupled with microarrays (ChIP-chip) technique. Our data evidenced a previously unappreciated epigenetic signature linked to enhancer activity. In parallel, computational analyses of the patterns of gene body enrichment of H3K4me2 highlighted an epigenetic signature linked to the regulation of the tissue specific gene expression. Altogether, this enabled to deepen the relationship between chromatin states and regulation of cell type specific identity.Modern anticancer treatment is based on the analyses of a number of cancer aggressiveness markers (CAM) and results in a highly personalized therapy. Epigenetic profiling can constitute a powerful tool for CAM’s isolation. In the second part of the presented work, I participate in a collaborative project (with Cellular Therapy Centre at the Paoli Calmettes Institut, Marseille) aiming to isolate new CAM for Acute Myeloid Leukemia with normal karyotype (AMLnc) patients. For this purpose I performed epigenetic (H3K27me3) profiling of blasts of AMLnc.