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Aerogene Ausbreitung von Viren: Eine Studie verschiedener Sammelgeräte und Quantifizierungsmethoden zur Virusisolierung aus der Luft

Friese, Anika 12 April 2010 (has links) (PDF)
Die aerogene Übertragung von Infektionskrankheiten stellt ein sehr wichtiges Thema in der Medizin dar. Für genaue Untersuchungen dazu, sind geeignete Sammel- und Nachweismetho-den essentiell. Die Untersuchung verschiedener Sammelgeräte sowie unterschiedlicher Nach-weismethoden zur Virusquantifizierung aus der Luft war daher die zentrale Aufgabenstellung in dieser Arbeit. Als Sammelgeräte wurden der Impinger AGI 30 und der Gelatinefilter ausge-wählt. Alle grundlegenden Untersuchungen zur Ermittlung der Eignung und Effizienzen der Geräte bezüglich der Virusisolierung aus Luftproben wurden an experimentell erzeugten Virus-aerosolen durchgeführt. Dabei wurden zwei Geflügelviren verwendet, das Newcastle-Disease-Virus Stamm LaSota (NDV) und das Infektiöse-Bursitis-Virus Stamm Cu-1M (IBDV). Die quan-titative Bestimmung der Viren aus den Luftproben erfolgte durch Titration im Zellkultursystem bzw. in embryonierten Hühnereiern. Parallel dazu wurde eine Titerbestimmung mittels einer in dieser Arbeit etablierten quantitativen Real-Time-PCR durchgeführt. Zusätzlich wurden die Sammelgeräte unter praktischen Bedingungen getestet und verglichen. Dazu erfolgten lufthy-gienische Messungen nach Vakzinierung von Geflügel mit Lebendimpfstoffen (NDV LaSota und IBDV Cu-1M). Es wurden umfangreiche Untersuchungen unter experimentellen Beding¬ungen und später exemplarische Untersuchungen in konventionellen Geflügelhaltungen durch-geführt. Die Evaluierung der Sammelgeräte mit Hilfe der experimentell erzeugten Virusaerosole er-gab, dass mit beiden Geräten sowohl infektionsfähiges Virus als auch Virusgenom nachgewie-sen und quantifiziert werden kann. Die Effizienzen unterschieden sich jedoch z.T. deutlich. So stellte sich der Gelatinefilter zur Sammlung in Kombination mit dem quantitativen Virusnach-weis mittels Real-Time-PCR als die Methode mit der höchsten Virusnachweisrate (angegeben als geometrischer Mittelwert mit geometrischer Standardabweichung) von 22,3 % ×/ 3,1 für NDV und 36,1 % ×/ 3,4 für IBDV heraus. Der Nachweis von infektionsfähigen Viren jedoch, war für beide Testkeime aus den Proben des Impingers erfolgreicher (NDV 4,0 % ×/ 1,7 und IBDV 31,8 % ×/ 1,8). Die signifikant niedrigere Nachweisrate des Newcastle-Disease-Virus ist auf die höhere Empfindlichkeit dieses behüllten Virus beim Sammelprozess und daraus folgen-der Inaktivierung zurückzuführen. Die Quantifizierung mit Hilfe der Real-Time-PCR erfolgte mit Normalisierung aller Proben. Diese bisher zur Analyse von Luftproben noch nicht ange-wandte Methode erwies sich als sehr gut. Durch die Normalisierung werden nicht nur die ab-weichenden Effizienzen der Nukleinsäureisolierung sowie der reversen Transkription ausgegli-chen, sondern auch die unterschiedliche Inhibition der PCR der Proben verschiedener Luftkeimsammler. Damit sind die Proben untereinander besser vergleichbar und die Quantifi-zierung exakter. Erstmals wurden auch systematische Untersuchungen zu Geräteeffizienzen in Kombination mit verschiedenen Virusnachweismethoden durchgeführt. Bei den lufthygienischen Untersuchungen nach Vakzinierung von ca. 50 Hühnern gegen Newcastle Disease (ND) bzw. Infektiöse Bursitis (IBD) unter experimentellen Bedingungen, waren drei Luftproben nach der Impfung gegen ND viruspositiv, jedoch keine nach der gegen IBD. Diese positiven Nachweise gelangen mit dem Gelatinefilter und nachfolgender Analyse mittels quantitativer Real-Time-PCR. Schlussfolgernd ist zumindest bei dem NDV eine aeroge-ne Ausscheidung des Impfvirus anzunehmen. Wahrscheinlich liegt die Viruskonzentration in der Luft jedoch meist unter der Nachweisgrenze der eingesetzten Geräte. Auch die Auswertung von Luftproben nach Vakzinierung gegen oben genannte Krankheiten in konventionellen Tierhal-tungen mit mehreren Tausend Tieren Besatz pro Stall führte zu keinen viruspositiven Ergebnis-sen. Anscheinend wurden die Viren auch trotz der großen Tierzahl in der Luft so stark verdünnt oder in so geringem Maße ausgeschieden, dass sie mit den in dieser Arbeit entnommenen Luft-probenvolumina von 1000 l nicht detektiert werden konnten. Für weiterführende Untersuchun-gen müsste daher ein Sammelgerät verwandt werden, mit welchem schnell große Probenvolu-mina entnommen werden können und das Endvolumen der Probenflüssigkeit dennoch gering ist, um die luftgetragenen Viren optimal zu konzentrieren. Schlussfolgernd erwies sich die Filtration in Kombination mit der normalisierten quantitati-ven Real-Time-PCR dennoch insgesamt als eine sehr valide und praktikable Methode zum Nachweis luftgetragener Viren aus Tierhaltungen.
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Aerogene Ausbreitung von Viren: Eine Studie verschiedener Sammelgeräte und Quantifizierungsmethoden zur Virusisolierung aus der Luft

Friese, Anika 10 November 2009 (has links)
Die aerogene Übertragung von Infektionskrankheiten stellt ein sehr wichtiges Thema in der Medizin dar. Für genaue Untersuchungen dazu, sind geeignete Sammel- und Nachweismetho-den essentiell. Die Untersuchung verschiedener Sammelgeräte sowie unterschiedlicher Nach-weismethoden zur Virusquantifizierung aus der Luft war daher die zentrale Aufgabenstellung in dieser Arbeit. Als Sammelgeräte wurden der Impinger AGI 30 und der Gelatinefilter ausge-wählt. Alle grundlegenden Untersuchungen zur Ermittlung der Eignung und Effizienzen der Geräte bezüglich der Virusisolierung aus Luftproben wurden an experimentell erzeugten Virus-aerosolen durchgeführt. Dabei wurden zwei Geflügelviren verwendet, das Newcastle-Disease-Virus Stamm LaSota (NDV) und das Infektiöse-Bursitis-Virus Stamm Cu-1M (IBDV). Die quan-titative Bestimmung der Viren aus den Luftproben erfolgte durch Titration im Zellkultursystem bzw. in embryonierten Hühnereiern. Parallel dazu wurde eine Titerbestimmung mittels einer in dieser Arbeit etablierten quantitativen Real-Time-PCR durchgeführt. Zusätzlich wurden die Sammelgeräte unter praktischen Bedingungen getestet und verglichen. Dazu erfolgten lufthy-gienische Messungen nach Vakzinierung von Geflügel mit Lebendimpfstoffen (NDV LaSota und IBDV Cu-1M). Es wurden umfangreiche Untersuchungen unter experimentellen Beding¬ungen und später exemplarische Untersuchungen in konventionellen Geflügelhaltungen durch-geführt. Die Evaluierung der Sammelgeräte mit Hilfe der experimentell erzeugten Virusaerosole er-gab, dass mit beiden Geräten sowohl infektionsfähiges Virus als auch Virusgenom nachgewie-sen und quantifiziert werden kann. Die Effizienzen unterschieden sich jedoch z.T. deutlich. So stellte sich der Gelatinefilter zur Sammlung in Kombination mit dem quantitativen Virusnach-weis mittels Real-Time-PCR als die Methode mit der höchsten Virusnachweisrate (angegeben als geometrischer Mittelwert mit geometrischer Standardabweichung) von 22,3 % ×/ 3,1 für NDV und 36,1 % ×/ 3,4 für IBDV heraus. Der Nachweis von infektionsfähigen Viren jedoch, war für beide Testkeime aus den Proben des Impingers erfolgreicher (NDV 4,0 % ×/ 1,7 und IBDV 31,8 % ×/ 1,8). Die signifikant niedrigere Nachweisrate des Newcastle-Disease-Virus ist auf die höhere Empfindlichkeit dieses behüllten Virus beim Sammelprozess und daraus folgen-der Inaktivierung zurückzuführen. Die Quantifizierung mit Hilfe der Real-Time-PCR erfolgte mit Normalisierung aller Proben. Diese bisher zur Analyse von Luftproben noch nicht ange-wandte Methode erwies sich als sehr gut. Durch die Normalisierung werden nicht nur die ab-weichenden Effizienzen der Nukleinsäureisolierung sowie der reversen Transkription ausgegli-chen, sondern auch die unterschiedliche Inhibition der PCR der Proben verschiedener Luftkeimsammler. Damit sind die Proben untereinander besser vergleichbar und die Quantifi-zierung exakter. Erstmals wurden auch systematische Untersuchungen zu Geräteeffizienzen in Kombination mit verschiedenen Virusnachweismethoden durchgeführt. Bei den lufthygienischen Untersuchungen nach Vakzinierung von ca. 50 Hühnern gegen Newcastle Disease (ND) bzw. Infektiöse Bursitis (IBD) unter experimentellen Bedingungen, waren drei Luftproben nach der Impfung gegen ND viruspositiv, jedoch keine nach der gegen IBD. Diese positiven Nachweise gelangen mit dem Gelatinefilter und nachfolgender Analyse mittels quantitativer Real-Time-PCR. Schlussfolgernd ist zumindest bei dem NDV eine aeroge-ne Ausscheidung des Impfvirus anzunehmen. Wahrscheinlich liegt die Viruskonzentration in der Luft jedoch meist unter der Nachweisgrenze der eingesetzten Geräte. Auch die Auswertung von Luftproben nach Vakzinierung gegen oben genannte Krankheiten in konventionellen Tierhal-tungen mit mehreren Tausend Tieren Besatz pro Stall führte zu keinen viruspositiven Ergebnis-sen. Anscheinend wurden die Viren auch trotz der großen Tierzahl in der Luft so stark verdünnt oder in so geringem Maße ausgeschieden, dass sie mit den in dieser Arbeit entnommenen Luft-probenvolumina von 1000 l nicht detektiert werden konnten. Für weiterführende Untersuchun-gen müsste daher ein Sammelgerät verwandt werden, mit welchem schnell große Probenvolu-mina entnommen werden können und das Endvolumen der Probenflüssigkeit dennoch gering ist, um die luftgetragenen Viren optimal zu konzentrieren. Schlussfolgernd erwies sich die Filtration in Kombination mit der normalisierten quantitati-ven Real-Time-PCR dennoch insgesamt als eine sehr valide und praktikable Methode zum Nachweis luftgetragener Viren aus Tierhaltungen.
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Umgang mit Musik als Mittel der sozialen Positionierung / Music as a medium for social positioning

Götz, Jakob 16 February 2016 (has links) (PDF)
Wie nutzen junge Menschen Musik, um ihre persönliche gesellschaftliche Position zwischen Individualität und Konformität sowohl zu definieren als auch auszudrücken? Die vorliegende Studie nähert sich der Komplexität dieser Fragestellung in einem empirischen, musiksoziologisch motivierten Forschungsansatz und will zu ihrer Ausdifferenzierung anhand der Analyse von quantitativem und qualitativem Datenmaterial beitragen. Aufbauend auf dem sozialpsychologischen Konzept der Einstellung geht die Arbeit dabei über die in der musiksoziologischen Forschung übliche Erkundung von Zusammenhängen zwischen unabhängigen Faktoren und abhängigen Variablen hinaus und befasst sich auch mit der Frage nach statistischen Abhängigkeiten und Zusammenhängen zwischen einzelnen latenten Variablen. Es zeigt sich, dass Jugendliche und junge Erwachsene in ihrem Umgang mit Musik insgesamt zu eher individuellen Einstellungen tendieren, die einzelnen Gewichtungen und Zusammenhänge dieser Tendenzen erweisen sich jedoch als sehr vielschichtig. Hierbei entstehen Erkenntnisse, die nicht nur für die musiksoziologisch interessierte akademische Forschung sondern auch für die musikpädagogische und kulturelle Praxis relevant sind. Neben diesen inhaltlichen Aspekten ist es ein Anliegen der Studie, methodisch-strukturelle Anknüpfungspunkte für ähnlich gelagerte empirische Vorhaben aufzuzeigen. Die Arbeit plädiert dabei für die Anwendung und Weiterentwicklung sequentieller Forschungsdesigns, die eine gewinnbringende Integration der Methoden quantitativer und qualitativer Sozialforschung anstreben.
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Quantitative ultrasound in transverse transmission for bone quality assessment and monitoring fracture healing

Rohrbach, Daniel 04 September 2013 (has links)
Osteoporose und gestörte Heilungsverläufe von Knochenbrüchen verursachen immer noch beachtliche klinische Komplikationen. Ein vielversprechender Ansatz für die nichtinvasive und nichtionisierende Abschätzung des Frakturrisikos und der Bildgebung von Frakturheilung ist quantitativer Ultraschall (QUS). Dennoch liegt die derzeitige Akzeptanz für die Knochenqualitätsabschätzung noch weit hinter herkömmlichen röntgenbasierten Anwendungen. Es wurden akustische Mikroskopie und Synchrotronstrahlen-Mikrotomographie für die Anatomie und altersabhängige Erfassung von strukturellen und elastischen Variationen auf der mikroskopischen Ebene von humanen Femora verwendet. Die gewonnenen Daten dienten als Grundlage für die Erstellung mikromechanischer Modelle von Knochen für numerische Simulationen der Schallausbreitung im humanen Femurhals. Dabei wurde der Aufbau eines US-basierten Femur-Scanners in transversaler Transmission (TT) nachempfunden. Im letzten Abschnitt der Arbeit wurde QUS in TT in in vitro Experimenten am Rattenfrakturmodell auf eine Anwendung für die Bildgebung der Frakturheilung getestet. Die Studien konnten zeigen, dass ein Großteil der adaptiven Fähigkeiten von Knochen auf mikroskopischer Ebene auf eine Kombination von extrazellulärer Matrixelastizität und Gewebeporosität zurückzuführen ist. Die Simulationen des zweiten Teils konnten die Existenz von geführten Wellen im humanen Femurhals bestätigen. Die sensitive Abhängigkeit von US-parametern von frakturrelevanten Knocheneigenschaften zeigt das hohe Potential von QUS für die Frakturrisikoabschätzung. Der zweite Teil der Arbeit konnte erfolgreich die Möglichkeit von QUS in TT zur Diskriminierung von zeitigen Heilungsstadien demonstrieren. Zusammenfassend bestätigt die Studie das hohe Potential von QUS für die Frakturrisikoabschätzung und die Bildgebung der Frakturheilung. / Osteoporosis and impaired bone healing are of high relevance. A promising non-invasive, non-ionizing candidate for fracture risk prediction and monitoring fracture healing is quantitative ultrasound (QUS). However, the acceptance of QUS for bone quality assessment is still not comparable to X-ray based methods. Scanning acoustic microscopy (SAM) and Synchrotron Radiation micro-computer tomography (SRµCT) has been used to investigate anatomical and age dependent variations of micro elastic, structural and mineralization parameters at the tissue level of human femoral bone. Femoral neck models were created based on these data for numerical sound propagation simulations emulating a transverse transmission (TT) setup of an in vivo QUS prototype. In the last part of the project the TT approach has been tested in ex vivo experiments in a rat healing model. The power of QUS, to discriminate two early healing stages has been compared to µCT measurements at the same specimens. It was found that the major contributor to bone adaptation is related to a combination of extracellular matrix elasticity and tissue porosity. It is hypothesized that these parameters are likely to have a considerable impact on the reliability of in silico models. The simulations of the second part confirmed the existence of guided wave propagation in the cortical shell and a high dependency of US parameters on fracture relevant bone properties. The results demonstrate the high potential for bone fracture risk prediction at the femoral neck using QUS. Finally, it was successfully demonstrated that early healing stage discrimination of QUS in TT was superior compared to µCT. In summary these investigations not only show the importance for a precise estimation of micro mechanical properties for numerical modelling but also demonstrate the feasibility and high potential of QUS for bone quality assessment and monitoring of fracture healing.
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Umgang mit Musik als Mittel der sozialen Positionierung: Eine empirische Studie unter Schülern der Gymnasialklassen 10 bis 12 und Studenten

Götz, Jakob 24 June 2014 (has links)
Wie nutzen junge Menschen Musik, um ihre persönliche gesellschaftliche Position zwischen Individualität und Konformität sowohl zu definieren als auch auszudrücken? Die vorliegende Studie nähert sich der Komplexität dieser Fragestellung in einem empirischen, musiksoziologisch motivierten Forschungsansatz und will zu ihrer Ausdifferenzierung anhand der Analyse von quantitativem und qualitativem Datenmaterial beitragen. Aufbauend auf dem sozialpsychologischen Konzept der Einstellung geht die Arbeit dabei über die in der musiksoziologischen Forschung übliche Erkundung von Zusammenhängen zwischen unabhängigen Faktoren und abhängigen Variablen hinaus und befasst sich auch mit der Frage nach statistischen Abhängigkeiten und Zusammenhängen zwischen einzelnen latenten Variablen. Es zeigt sich, dass Jugendliche und junge Erwachsene in ihrem Umgang mit Musik insgesamt zu eher individuellen Einstellungen tendieren, die einzelnen Gewichtungen und Zusammenhänge dieser Tendenzen erweisen sich jedoch als sehr vielschichtig. Hierbei entstehen Erkenntnisse, die nicht nur für die musiksoziologisch interessierte akademische Forschung sondern auch für die musikpädagogische und kulturelle Praxis relevant sind. Neben diesen inhaltlichen Aspekten ist es ein Anliegen der Studie, methodisch-strukturelle Anknüpfungspunkte für ähnlich gelagerte empirische Vorhaben aufzuzeigen. Die Arbeit plädiert dabei für die Anwendung und Weiterentwicklung sequentieller Forschungsdesigns, die eine gewinnbringende Integration der Methoden quantitativer und qualitativer Sozialforschung anstreben.:I Theoretische Überlegungen zum Anliegen der Studie – Entwicklung des Themas, Forschungsstand, Methodik 1. Das Spannungsfeld zwischen Individualität und Konformität als Merkmal der Lebensrealität im 21. Jahrhundert – einleitende Gedanken zur Entwicklung der Fragestellung 2. Das Thema in der Forschungsliteratur – ein Überblick 2.1 Entwicklungspsychologie 2.2 Musikpsychologie 2.3 Jugend und Musik 2.4 Jugendliche Identität und Musikgeschmack 2.5 Musikpädagogik 2.6 Musikgeschmack und soziale Konsequenzen 2.7 Medienphilosophische Aspekte von Realität, inszenierten Wirklichkeiten und Konformität 2.8 Zusammenfassung – Zentrale Erkenntnisse für die vorliegende Studie 3. Diskussion des Forschungsstandes im Hinblick auf die Fragestellung der Studie 3.1 Theoretischer Ausgangspunkt und Einordnung der Arbeit in den musikwissenschaftlichen Forschungskontext 3.2 Praktische Relevanz außerhalb der akademischen Forschung 3.3 Hypothesen und grundlegende Fragestellungen für die empirische Erhebung 4. Methodik – Erhebung und Auswertung der Daten 4.1 Die Untersuchungsgruppen 4.2 Die Datenerhebung 4.3 Auswertung des Datenmaterials 4.4 Einordnung und kritische Anmerkungen zur Methodik II Empirische Studie „Musik als Mittel der sozialen Positionierung“ 1. Datenerhebung - Vorstellung der Einstellungsvariablen 1.1 Individuelles Hörverhalten (HörInd) 1.2 Hörverhalten in der Gruppe (HörGrup) 1.3 Konzerterlebnis (KonzErl) 1.4 Radio 1.5 Haltung gegenüber Popularmusik (PopMus) 1.6 Haltung gegenüber dem Phänomen Popstar (PopStars) 1.7 Erwerb von Musik (MusErw) 1.8 Haltung gegenüber Weltmusik (WeltMus) 1.9 Haltung gegenüber Internet/ Technologien/ social networks (IntTech) 1.10 Allgemeine Weltanschauung (AllgWelt) 1.11 Systematisierung der Variablen 2. Auswertung der Fragebogenerhebung – empirische Ausdifferenzierung des Phänomens „Musik als Mittel der sozialen Positionierung“ 2.1 Vorstellung und Analyse der einstellungsexternen Faktoren und Teilgruppen 2.1.1 Alter der Probanden – Zusammenhänge mit anderen Faktoren/ Teilgruppen 2.1.2 Alter der Probanden – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.3 SchülerInnen <> Studenten – Zusammenhänge mit anderen Faktoren/Teilgruppen 2.1.4 SchülerInnen <> Studenten – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.5 Klassenstufe – Zusammenhänge mit anderen Faktoren/ Teilgruppen 2.1.6 Klassenstufe – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.7 Studienfach – Zusammenhänge mit anderen Faktoren/ Teilgruppen 2.1.8 Studienfach – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.9 Musikalische Vorbildung und Aktivitäten – Zusammenhänge mit anderen Faktoren/ Teilgruppen 2.1.10 Musikalische Vorbildung und Aktivitäten – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.11 Hörpräferenzen (nach Genres) – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.12 Anzahl der gehörten Genres – Zusammenhänge mit anderen einstellungsexternen Faktoren und mit den Einstellungsvariablen 2.1.13 Umgang mit dem Medium Radio – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.14 Formen des Instrumentalunterrichts und Anzahl der Unterrichtsjahre – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.15 Musikerwerb – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.16 Aktivität in social networks – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.17 Art der Freizeitaktivitäten – Zusammenhänge mit den Einstellungsvariablen 2.1.18 Art des Wohnortes in der Kindheit, Sozioökonomischer Hintergrund, Geschlecht 2.2 Statistische Aussagekraft der einstellungsexternen Faktoren und der Einstellungsvariablen hinsichtlich gegenseitiger Zusammenhänge und Abhängigkeiten 2.3 Interpretation der Mittelwerte und Analyse der Zusammenhänge zwischen den Einstellungsvariablen 2.4 Diskussion der Ergebnisse des quantitativen Teils der Studie 3. Kontrastive Auswertung der Interviews – Rückführung des Phänomens „Musik als Mittel der sozialen Positionierung“ auf die qualitative Ebene 3.1 Kontrastive Gegenüberstellung von Kernaussagen zu den Vergleichskategorien 3.2 Zentrale Beobachtungen und Forschungsperspektiven III Diskussion und Ausblick Literaturverzeichnis Abbildungsverzeichnis Tabellenverzeichnis Anhang
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Cis-regulation and genetic control of gene expression in neuroblastoma

Burkert, Christian Martin 28 June 2021 (has links)
Genregulation beeinflusst Phänotypen im Kontext von Gesundheit und Krankheit. In Krebszellen regulieren genetische und epigenetische Faktoren die Genexpression in cis. Das Neuroblastom ist eine Krebserkrankung, die häufig im Kindesalter auftritt. Es ist gekennzeichnet durch eine geringe Anzahl exonischer Mutationen und durch häufige Veränderungen der somatischen Kopienzahl, einschließlich Genamplifikationen auf extrachromosomaler zirkulärer DNA. Bisher ist wenig darüber bekannt, wie lokale genetische und epigenetische Faktoren Gene im Neuroblastom regulieren. In dieser Arbeit kombiniere ich die allelspezifische Analyse ganzer Genome (WGS), Transkriptome und zirkulärer DNA von Neuroblastom-Patienten, um genetische und cis-regulatorische Effekte zu charakterisieren. Ich zeige, dass somatische Dosis-Effekte der Kopienzahl andere lokale genetische Effekte dominieren und wichtige Signalwege regulieren. Genamplifikationen zeigen starke Dosis-Effekte und befinden sich häufig auf großen extrachromosomalen zirkulären DNAs. Die vorgestellte Analyse zeigt, dass der Verlust von 11q zu einer Hochregulation von Histonvarianten H3.3 und H2A in Tumoren mit alternativer Verlängerung der Telomere (ALT) führt, und dass erhöhte somatische Kopienzahl die Expression der TERT Gens verstärken können. Weitere Erkenntnisse sind, dass 17p-Ungleichgewichte und die damit verbundene Herunterregulierung neuronaler Gene sowie die Hochregulierung des genomisch geprägten Gens RTL1 durch Kopienzahl-unabhängige allelische Dosis-Effekte mit einer ungünstigen Prognose verbunden sind. Die cis-QTL-Analyse bestätigt eine zuvor beschriebene Regulation des LMO1 Gens durch einen Enhancer-Polymorphismus und charakterisiert das regulatorische Potenzial weiterer GWAS-Risiko-Loci. Die Arbeit unterstreicht die Bedeutung von Dosis-Effekten im Neuroblastom und liefert eine detaillierte Übersicht regulatorischer Varianten, die in dieser Krankheit aktiv sind. / Gene regulation controls phenotypes in health and disease. In cancer, the interplay between germline variation, genetic aberrations and epigenetic factors modulate gene expression in cis. The childhood cancer neuroblastoma originates from progenitor cells of the sympathetic nervous system. It is characterized by a sparsity of recurrent exonic mutations but frequent somatic copy-number alterations, including gene amplifications on extrachromosomal circular DNA. So far, little is known on how local genetic and epigenetic factors regulate genes in neuroblastoma to establish disease phenotypes. I here combine allele-specific analysis of whole genomes, transcriptomes and circular DNA from neuroblastoma patients to characterize genetic and cis-regulatory effects, and prioritize germline regulatory variants by cis-QTLs mapping and chromatin profiles. The results show that somatic copy-number dosage dominates local genetic effects and regulates pathways involved in telomere maintenance, genomic stability and neuronal processes. Gene amplifications show strong dosage effects and are frequently located on large but not small extrachromosomal circular DNAs. My analysis implicates 11q loss in the upregulation of histone variants H3.3 and H2A in tumors with alternative lengthening of telomeres and cooperative effects of somatic rearrangements and somatic copy-number gains in the upregulation of TERT. Both 17p copy-number imbalances and associated downregulation of neuronal genes as well as upregulation of the imprinted gene RTL1 by copy-number-independent allelic dosage effects is associated with an unfavorable prognosis. cis-QTL analysis confirms the previously reported regulation of the LMO1 gene by a super-enhancer risk polymorphism and characterizes the regulatory potential of additional GWAS risk loci. My work highlights the importance of dosage effects in neuroblastoma and provides a detailed map of regulatory variation active in this disease.

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