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Análisis de clustering de secuencias genómicas de SARS-COV-2 identificadas en Perú

Mejia Mujica, Carolina Estefania 02 November 2023 (has links)
El presente proyecto de tesis tiene como objetivo el desarrollo de una herramienta analítica interactiva para representar visualmente la diversidad de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2 en el Perú, que facilite el análisis de agrupamientos en el espacio y tiempo; y, que permita incorporar nuevas secuencias. Este trabajo pretende resolver la necesidad de realizar una analítica avanzada que incluya representaciones de agrupamiento en el espacio y tiempo de la diversidad de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2 en el Perú con el fin de apoyar la vigilancia genómica. Esta investigación surge debido a la pandemia y al virus que evoluciona aceleradamente presentando constantes variantes genómicas, por lo que, la comunidad académica y autoridades sanitarias están interesados en entender la diversidad de estas para así realizar más estudios sobre su propagación. En el caso del Perú, de acuerdo a la revisión bibliográfica, no se encontraron estudios publicados que investiguen la distribución de las variantes del virus SARS-CoV-2. Comprender esta dinámica es importante porque ayudará a conocer el impacto de la pandemia en el país, además de tener un mejor conocimiento de la propagación del virus SARS-CoV-2 para que las autoridades sanitarias tomen acciones informadas. Por ello, los objetivos planteados son el desarrollo de un módulo de software que permita realizar una representación visual espacio-temporal de las secuencias genómicas SARS-CoV- 2; el desarrollo de un módulo de software que permita realizar un análisis de agrupamiento de las secuencias genómicas SARS-CoV-2 con la capacidad de incorporar nuevas secuencias; y la implementación de vistas con capacidades interactivas en ambos módulos para que el usuario interactúe con ellos. Finalmente, la herramienta desarrollada cumple con realizar un análisis de agrupamiento y una representación visual en el espacio-tiempo de la diversidad de secuencias genómicas SARS-CoV-2 para apoyar la vigilancia genómica en el Perú.
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Recommender systems using temporal restricted sequential patterns

Samamé Jimenez, Hilda Ana 12 April 2021 (has links)
Recommendation systems are algorithms for suggesting relevant items to users. Generally, the recommendations are expressed in what will be recommended and a value representing the recommendation's relevance. However, forecasting if the user will buy the recommended item in the next day, week, or month is crucial for companies. The present study describes a process to suggest items from sequential patterns under temporal restrictions. / Tesis
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Proceso de extracción de patrones secuenciales para la caracterización de fenómenos espacio-temporales

Maldonado Cadenillas, Rodrigo Ricardo 30 May 2016 (has links)
El objetivo de este trabajo de fin de carrera es realizar un proceso de extracción de patrones secuenciales basado en KDD, empleando el algoritmo de minería de patrones secuenciales PrefixSpan para prever el comportamiento de fenómenos representados por eventos que cambian con el tiempo y el espacio. Estos tipos de fenómenos son llamados fenómenos espacio-temporales, los cuales son un conjunto de eventos o hechos perceptibles por el hombre. Además, están compuestos por un componente espacial (la ubicación donde sucede el fenómeno), un componente temporal (el momento o intervalo de tiempo en el que ocurre el fenómeno) y un componente de análisis (el conjunto de características que describen el comportamiento del fenómeno). En el mundo, se pueden observar una gran diversidad de fenómenos espaciotemporales; sin embargo, el presente trabajo de fin de carrera se centra en los fenómenos naturales, tomando como caso de prueba el fenómeno espacio-temporal de la contaminación de los ríos en Reino Unido. Por lo tanto, con el fin de realizar un estudio completo sobre este fenómeno, se utiliza KDD (Knowledge Discovery in Databases) para la extracción del conocimiento a través de la generación de patrones novedosos y útiles dentro de esquemas sistemáticos complejos. Además, se utilizan métodos de Minería de Datos para extraer información útil a partir de grandes conjuntos de datos. Así mismo, se utilizan patrones secuenciales, los cuales son eventos frecuentes que ocurren en el tiempo y que permiten descubrir correlaciones entre eventos y revelar relaciones de “antes” y “después”. En resumen, el presente trabajo de fin de carrera se trata de un proceso para mejorar el estudio del comportamiento de los fenómenos gracias al uso de patrones secuenciales. De esta manera, se brinda una alternativa adicional para mejorar el entendimiento de los fenómenos espacio-temporales; y a su vez, el conocimiento previo de sus factores causantes y consecuentes que se puedan desencadenar, lo cual permitiría lanzar alertas tempranas ante posibles acontecimientos atípicos.
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Caracterización espacio temporal de la ecofisiología de la "apodanthera biflora" utilizando minería de patrones secuenciales

Barturén Larrea, José Luis 28 October 2016 (has links)
En los últimos años, los investigadores del Laboratorio de Ecología Evolutiva de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH) han venido estudiando especies nativas del Bosque Seco Ecuatorial del norte del Perú. Este es el caso de la Apodanthera Biflora, raíz comestible de potencial uso alimentario e industrial. Con la finalidad de desarrollar planes de sostenibilidad y preservación de la especie, los expertos requieren realizar estudios más extensos sobre los factores que afectan las características nutricionales e industriales de la especie. Para determinar estos factores se deben descubrir correlaciones temporales a partir de fuentes de datos heterogéneas. Debido a la dificultad de explotar este tipo de datos no estandarizados ni agrupados, los métodos estadísticos tradicionales no son suficientes, por lo que se requiere herramientas permitan al experto identificar qué correlaciones temporales representan patrones frecuentes relevantes. El presente trabajo evalúa el uso de las técnicas de minería de patrones secuenciales y visualización espacial, con el objetivo de determinar si su aplicación facilita la obtención de patrones frecuentes relevantes a partir de distintas fuentes de datos heterogéneos relacionados a la Apodanthera Biflora. Para lograr este objetivo, se utiliza una metodología basada en el Descubrimiento de Conocimiento a partir de Bases de Datos (KDD por sus siglas en inglés), el cuál define fases para la selección, pre procesamiento, transformación, minería y evaluación (visualización) de los datos. Los resultados obtenidos demostraron que la técnica de minería de patrones secuenciales PrefixSpan y la visualización espacial, utilizando librerías de Google Maps API y D3 Js, permitieron a los expertos la obtención de patrones frecuentes relevantes. Así mismo, la técnica de transformación GIS para datos geográficos, y la técnica de discretización por entropía y frecuencia, han permitido el pre procesamiento de datos heterogéneos. A partir de las correlaciones descubiertas, los expertos identificaron patrones frecuentes relevantes, en las localidades de Chulucanas, Cerrato, El Morante, P. Mora y El Porvenir; principalmente relacionados a las características del suelo, precipitaciones y composición química de la raíz. / Tesis
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Sequence Stratigraphy as a tool for water resources management in alluvial coastal aquifers: application to the Llobregat delta (Barcelona, Spain)

Gámez Torrent, Desiré 20 December 2007 (has links)
Most coastal aquifers undergo seawater intrusion. Mitigating this risk depends on a sound knowledge of flow mechanisms, well located and constructed wells, an effective management, suitable policies and the desire to conserve the aquifer. To this end, a comprehensive geological model is essential. The single most important question that the geological model should address is the degree and nature of the connection of the aquifer to the sea. Differences in the connection explain why apparently similar coastal aquifers display very different salinitzation behavior. Some aquifers salinize with moderate pumping (eg. Tordera and Llobregat deltas) whereas others sustain large extractions with lower vulnerability to seawater intrusion (eg. Ter delta). However, the characterization of such a connection is not easy given the lack of onshore-offshore geological mapping potential pathways for seawater contamination. This thesis is focused on sequence stratigraphy, which is necessary to understand the onshore-offshore aquifer connection, thus modifying the classical hydrogeological conceptual models. The methodology of sequence stratigraphy offers a perspective of delta architecture based on geological controls and processes. Sequence stratigraphic concepts are used in Western Mediterranean deltas in addition to local factors, such as subsidence, uplift and the rate of sediment supply to account for differences in Pleistocene stratigraphic patterns and aquifer preservation. These local factors exert an influence over the shape, slope and thickness of aquifers. Together with the width of the continental shelf, the presence of submarine canyons, faults and thin prodelta layers conditions vulnerability to seawater intrusion. The Quaternary Mediterranean shelf is characterized by high-frequency depositional sequences mainly composed of large-scale regressive wedges with poor or poorly preserved transgressive to highstand intervals. Although the Llobregat delta is an anomaly, it serves as a paradigm of deltaic architecture because of its well preserved transgressive and highstand intervals. The well preserved coarse transgressive deposits are important from hydrogeological point of view. They act as aquifers with high lateral continuity from onshore to offshore providing paths for seawater intrusion.The excellent preservation in the Llobregat delta may be a consequence of Quaternary growth faults, which caused high accommodation space, limiting the action of wave and storm events. The identification of different seismic units and deformation features along the coast makes it possible to distinguish two main morpho-structural sectors. These sectors can be influenced by tectonic movements, which may be intensified by sediment supply changes.Detailed sedimentological, age and paleontological (foraminifera and ostracods) data display a cyclic vertical pattern of facies, including a high degree of reworked sediments. Available ages together with high sediment preservation due to constant subsidence and sediment supply during sea level rises allow us to establish a chronostratigraphic framework. The most significant and widespread erosion were interpreted as occurring during gradual sea-level falls with a frequency of 100 Kyr. glacial-interglacial cycles. However, most of the regressive deposits display complex internal architectures, which suggest the imprint of higher-frequency cycles. The stacking pattern of the modern Holocene delta is controlled by changes in the relative sea-level and in the sediment supply. Paleofloods frequencies controlled by climatic changes and intensified by anthropic activity caused an important progradational pulses in the Llobregat delta and the channel switching with the rapid abandonment of the delta lobes.
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Validación de Algoritmos para Simulaciones de Atributos Geo-Minero-Metalúrgicos

Barrera Rojas, Sergio Andrés January 2007 (has links)
No description available.
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MECANISMOS DE IMPLANTACIÓN. ESTRATEGIAS DE APROXIMACIÓN. La secuencia de aproximación y acceso en la obra de F. Ll. Wright

Soler Monrabal, Carlos 14 April 2016 (has links)
[EN] This research deals with the study of the architectural project as a response to where it implants and makes putting the focus on the sequence alignment as a resource. To do this, the study of the relationship between the form that a building and outer space defined therein, is crucial. The way we approach a building outer space conditions this set. Through analysis, we intend to deepen the relationship between the resulting form of architecture and how the sequence alignment and access to it is organized. To achieve this goal, the work of Frank Lloyd Wright is chosen as a vehicle on which to reflect about the relationship between the sequence alignment and access, implementation mechanisms adopted and their impact on the project approach. / [ES] La presente investigación aborda el estudio del proyecto arquitectónico en su respuesta al lugar donde se implanta y lo hace poniendo el foco en la secuencia de aproximación como recurso disciplinar. Para ello el estudio de la relación entre la forma que adopta un edificio y el espacio exterior que este define, es determinante. La manera en que nos aproximamos a un edificio condiciona el espacio exterior que este configura. Mediante el análisis, se pretende profundizar la relación que existe entre la forma resultante de una arquitectura y la manera en que se organiza la secuencia de aproximación y acceso a la misma. Para alcanzar este objetivo, se escoge la obra de Frank Lloyd Wright como un vehículo sobre el que reflexionar a cerca de la relación entre la secuencia de aproximación y acceso, los mecanismos de implantación adoptados y su repercusión en el planteamiento del proyecto. / [CAT] Aquesta investigació aborda l'estudi del projecte arquitectònic en la seva resposta al lloc on s'implanta i ho fa posant el focus en la seqüència d'aproximació com a recurs. Per això l'estudi de la relació entre la forma que adopta un edifici i l'espai exterior que aquest defineix, és determinant. La manera en què ens aproximem a un edifici condiciona l'espai exterior que aquest configura. Mitjançant l'anàlisi, es pretén aprofundir la relació que existeix entre la forma resultant d'una arquitectura i la manera en què s'organitza la seqüència d'aproximació i accés a la mateixa. Per assolir aquest objectiu, s'escull l'obra de Frank Lloyd Wright com un vehicle sobre el qual reflexionar a prop de la relació entre la seqüència d'aproximació i accés, els mecanismes d'implantació adoptats i la seva repercussió en el plantejament del projecte. / Soler Monrabal, C. (2016). MECANISMOS DE IMPLANTACIÓN. ESTRATEGIAS DE APROXIMACIÓN. La secuencia de aproximación y acceso en la obra de F. Ll. Wright [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/62528 / TESIS
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Partial nitritation of landfill leachate in a SBR prior to an anammox reactor : operation and modelling

Ganigué Pagès, Ramon 19 February 2010 (has links)
Els lixiviats d'abocadors urbans són aigües residuals altament contaminades, que es caracteritzen per les elevades concentracions d'amoni i el baix contingut de matèria orgànica biodegradable. El tractament dels lixiviats a través dels processos de nitrificació-desnitrificació convencionals és costós a causa de la seva elevada demanda d'oxigen i la necessitat d'addició d'una font de carboni externa. En els darrers anys, la viabilitat del tractament d'aquest tipus d'afluents per un procés combinat de nitritació parcial-anammox ha estat demostrada. Aquesta tesi es centra en el tractament de lixiviats d'abocador a través d'un procés de nitritació parcial en SBR, com un pas preparatori per a un reactor anammox. Els resultats de l'estudi han demostrat la viabilitat d'aquesta tecnologia per al tractament de lixiviats d'abocador. El treball va evolucionar des d'una escala inicial de laboratori, on el procés va ser testat inicialment, a uns exitosos experiments d'operació a llarg termini a escala pilot. Finalment, la tesi també inclou el desenvolupament, calibració i validació d'un model matemàtic del procés, que té com a objectiu augmentar el coneixement del procés. / Urban landfill leachate are highly contaminated wastewater, usually characterised by high ammonium concentrations and low biodegradable organic matter content. Treating leachate through conventional nitrification-denitrification processes is expensive due to its high oxygen demand and the requirement of a supplementary external carbon source. In recent years, the feasibility of treating such streams with a low C:N ratio by a combined partial nitritation-anammox process has been demonstrated. This thesis deals with the treatment of landfill leachate by a partial nitritation-SBR, as a preparative step for an anammox reactor. The results of the study have demonstrated the feasibility of this technology for the treatment of landfill leachate. The work evolved from initial lab-scale studies, where the process was first tested, to a successful long-term experiment at pilot-scale. In addition, the thesis also includes the development, calibration and validation of a mathematical model of the process, aiming at increasing process knowledge.
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Fantomas contra los vampiros multinacionales, de Julio Cortázar : literatura e quadrinhos em meio impresso e eletrônico

Cesar, Daisy da Silva January 2011 (has links)
Destacando em Fantomas contra los vampiros multinacionales, de Julio Cortázar, os aspectos relativos à arte e a literatura, torna-se essencial chamar a atenção para a presença dos quadrinhos como parte constituinte da obra, que juntamente com ilustrações de outras naturezas, além da presença de discursos pertencentes a outras esferas das áreas humanas, conferem ao texto o status de híbrido. A partir disso, este estudo objetiva estudar a importância de palavras e imagens, e de sua imbricação, para a construção do sentido heterogêneo do texto, além de fazer um cotejo entre diferentes versões da obra, em meio impresso e eletrônico, considerando as diferenças entre as suas versões. Um olhar literário sobre Fantomas, especialmente através de uma aproximação intertextual e interdisciplinar, permite que se reflita sobre os diversos aspectos da personagem Fantomas ao longo das publicações e dos media, assim como sobre a presença de elementos fantásticos, surrealistas, metaficcionais e autobiográficos. Neste estudo, pretende-se demonstrar que esse hibridismo, tanto em nível formal como em termos discursivos, mostra-se representativo da heterogeneidade da América Latina, considerando sua formação cultural e sua diversidade de manifestações lingüísticas e literárias. / We point out in Fantomas contra los vampiros multinacionales, by Julio Cortázar, the aspects relating to art and literature. We should call the attention to the presence of comics as a constituent part of this work, which together with illustrations of various natures, and the presence of discourse which belongs to other spheres of human areas, give the text the status of hybrid. From this, this study aims to study the importance of words and images, and their overlapping, for the construction of the heterogeneous sense of the text, and make a comparison between different versions of the work in print and electronically, considering the differences between their versions. A literary view on Fantomas, especially through an intertextual and interdisciplinary approach, allows us to reflect on the various aspects of the character Fantomas along the publications and media, beyond the presence of fantastic surreal, autobiographical and metafictional elements. In this study, we intend to show that the hybrid, both in formal and in discursive terms, proves to be representative of the heterogeneity of Latin America, considering their cultural formation and the linguistic and literary diversity of expression that features Latin America. / Destacando en Fantomas contra los vampiros multinacionales, de Julio Cortázar, los aspectos relativos al arte y la literatura, se vuelve esencial subrayar la presencia de la historieta como parte constituyente de la obra, que juntamente con ilustraciones de otras naturalezas, además de la presencia de discursos pertenecientes a otras esferas de las áreas humanas, dan al texto el status de híbrido. A partir de eso, este estudio tiene el objetivo de estudiar la importancia de palabras e imágenes, y de su imbricación, para la construcción del sentido heterogéneo del texto, además de hacer una comparación entre diferentes versiones de la obra, en medio impreso y electrónico, considerando las diferencias entre sus versiones. Una mirada literaria sobre Fantomas, especialmente a través de un acercamiento intertextual e interdisciplinario, permite una reflexión sobre los diversos aspectos del personaje Fantomas a lo largo de las publicaciones y de los media, así como la presencia de elementos fantásticos, surrealistas, metaficcionales y autobiográficos. En este estudio, pretende demostrar que ese hibridismo, tanto en nivel formal como en términos discursivos, se muestra representativo de la heterogeneidad de la América Latina, considerando su formación cultural y su diversidad de manifestaciones lingüísticas y literarias.
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Control and optimization of an SBR for nitrogen removal: from model calibration to plant operation

Corominas Tabares, Lluís 19 May 2006 (has links)
En aquesta tesis s'ha desenvolupat un sistema de control capaç d'optimitzar el funcionament dels Reactors Discontinus Seqüencials dins el camp de l'eliminació de matèria orgànica i nitrogen de les aigües residuals. El sistema de control permet ajustar en línia la durada de les etapes de reacció a partir de mesures directes o indirectes de sondes. En una primera etapa de la tesis s'ha estudiat la calibració de models matemàtics que permeten realitzar fàcilment provatures de diferents estratègies de control. A partir de l'anàlisis de dades històriques s'han plantejat diferents opcions per controlar l'SBR i les més convenients s'han provat mitjançant simulació. Després d'assegurar l'èxit de l'estratègia de control mitjançant simulacions s'ha implementat en una planta semi-industrial. Finalment es planteja l'estructura d'uns sistema supervisor encarregat de controlar el funcionament de l'SBR no només a nivell de fases sinó també a nivell cicle. / In this Thesis a control system has been developed which permits optimizing the performance of the Sequencing Batch Reactors (SBR) within the field of organic matter and nitrogen removal from the wastewater. This control system is based on the on-line adjustment of the length of the reaction phases using directly or indirectly the data acquired from the sensors. In a first stage of the Thesis the calibration of the activated sludge models is studied what permits obtaining models for testing different operating and control strategies. From the analysis of historical data several options for controlling the SBR are obtained and most suitable is tested using a simulation approach. Afterwards, the control strategy is implemented in a semi-industrial plant obtaining promising results. Finally, a proposal for a supervisory control system is presented which can be in charge of controlling the performance of the SBR not only at a phase level but also at cycle level.

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