Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-07-05T17:32:07Z No. of bitstreams: 1 filipesoaresdesouza.pdf: 7426695 bytes, checksum: 329ef52a702805363644dd1558381c27 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-07-13T16:27:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 filipesoaresdesouza.pdf: 7426695 bytes, checksum: 329ef52a702805363644dd1558381c27 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T16:27:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 filipesoaresdesouza.pdf: 7426695 bytes, checksum: 329ef52a702805363644dd1558381c27 (MD5) Previous issue date: 2012-03-02 / Os ambientes montanos são considerados importantes centros de riqueza e endemismo para as pteridófitas. A Serra do Caparaó é uma importante região inserida na floresta Atlântica dos Estados de Minas Gerais e Espírito Santo. Possui formações campestres (campos de altitude) e florestais (mata ripária, floresta ombrófila densa Montana e Altomontana), e um gradiente altitudinal de cerca de 2000m, onde as áreas mais baixas apresentam 960 m, culminando no Pico da Bandeira com 2891 metros de altitude. Além disso, a área situa-se em um dos centros de diversidade para as pteridófitas apresentando uma alta riqueza em espécies. O trabalho teve como objetivo inventariar e analisar a comunidade de pteridófitas, além de avaliar as relações florísticas da área amostrada com outras áreas no território nacional. O inventário foi realizado através do levantamento dos materiais depositados nos principais herbários de referência para a região (BHCB, CESJ, MBML, GFJP, HUEMG), além da realização de campanhas de campo para coleta de novos registros. As amostras coletadas foram preparadas segundo técnicas usuais utilizadas para pteridófitas e depositadas no acervo do Herbário da Universidade Federal de Minas Gerais. A identificação das espécies foi realizada com auxílio de literatura especializada, por comparação com material já determinado por especialistas, além de consulta a especialistas. As relações florísticas entre as áreas foram testadas através do método de agrupamento, pelo coeficiente de similaridade de Sørensen, e técnica de ordenação, nonmetric multidimensional scaling. Foram catalogadas para a Serra do Caparaó 292 espécies, distribuídas em 22 Famílias e 76 gêneros. Os gêneros mais representativos foram Thelypteris (32 espécies), Elaphoglossum (26), Asplenium (20), Blechnum (16) e Huperzia (13), 37 % dos gêneros apresentam de uma a quatro espécies. Grande parte das espécies apresenta hábito exclusivamente terrestre (38,7%), destaca-se também que a maioria (61,3%) apresenta apenas um hábito exclusivo. Um padrão monotonico-decrescente é observado quando é comparado o hábito epifítico com a altitude, onde com o incremento da altitude, há uma diminuição do hábito epifítico. As análises das relações florísticas demonstraram que a distribuição das espécies de pteridófitas segue um padrão, influenciado principalmente por fatores edáficos, porém a distância geográfica também apresenta certa influência sobre esta, uma vez que áreas com as mesmas fitofisionomias aparecem fortemente relacionadas. São apresentadas chaves de identificação e diagnoses para os gêneros e espécies, além de comentários, ambiente de ocorrência, distribuição geográfica, material examinado e lista de espécies ocorrentes na área. / Mountainous environments are considered areas of remarkable importance for pteridophyte richness and endemism. The Serra do Caparaó mountain chain is an important region inserted in the Atlantic Forest domains of Minas Gerais and Espírito Santo states, Brazil. The area is characterized by a mosaic of grassland (campos de altitude) and forest (riparian forest, Tropical Rain Forest montane and cloud Forest) formations, with an average altitude of 2000 m, ranging from 960 m in the low areas, to the highest point at 2891 m, the Pico da Bandeira. The area is also inserted in one of the centers of pteridophytes diversity in the country, showing high species richness. The current study aimed to survey the pteridophyte community of the Serra do Caparaó, while investigating the floristic relations of the study site with other areas in the country. The survey was performed analyzing the voucher material available in regional herbaria (BHCB, CESJ, MBML, GFJP, HUEMG), besides field expeditions for data collection. The samples were collected and prepared according to the usual techniques adopted for pteridophytes, and deposited in the Herbaria from Universidade Federal de Minas Gerais. Taxonomic identification was based in specific literature, by comparisons with previously identified samples, and according to specialists review. Floristic similarity/relations between sampled areas were assessed using grouping method, Sørensen coefficient of similarity, and ordinance technique nonmetric multidimensional scaling. A total of 292 pteridophyte species were registered for Serra do Caparaó, distributed among 22 families and 76 genuses. The most representative genus was Thelypteris (32 species), followed by Elaphoglossum (26), Asplenium (20), Blechnum (16) and Huperzia (13), with 37 % of the genuses holding from one to four species. The majority of the registered species were exclusively terrestrial (38,7%), and, most of the species (61,3%) showed a single habit type. A monotonic-declining pattern was observed for the epiphytic habit when compared to the altitude, and, according to the results of a linear regression analysis, the epiphytic habit was inversely correlated with an altitudinal increasing. The floristic relations suggests that pteridophytes species distribution pattern is mostly influenced by edaphics factors, however, geographic distance also contributes to influence the distribution, regarding the strong correlation reported for areas showing the same phytophysiognomie. Detailed taxonomic identification keys and genus/species diagnose are provided, together with comments, description of the environment for each collection site, geographic distribution, description of the sampled material and list of occurring species in the study site.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-05-26T10:28:19Z No. of bitstreams: 1 evelineaparecidafeliciano.pdf: 3424015 bytes, checksum: 7e2ec7fea23cbaca77abfd3f2cb4e725 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-26T11:51:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 evelineaparecidafeliciano.pdf: 3424015 bytes, checksum: 7e2ec7fea23cbaca77abfd3f2cb4e725 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T11:51:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 evelineaparecidafeliciano.pdf: 3424015 bytes, checksum: 7e2ec7fea23cbaca77abfd3f2cb4e725 (MD5) Previous issue date: 2008-04-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Serra Negra faz parte da Formação Mantiqueira, localizada na região Sul da Zona da Mata Mineira, entre os municípios de Bom Jardim de Minas, Lima Duarte, Olaria, Rio Preto e Santa Bárbara do Monte Verde. Devido à sua grande importância para a conservação da biodiversidade no contexto do corredor ecológico da Mantiqueira, um amplo projeto de estudos da flora foi iniciado pelo Departamento de Botânica da Universidade Federal de Juiz de Fora no ano de 2003, resultando em uma grande coleção botânica depositada no Herbário Prof. Leopoldo Krieger (CESJ). Uma das famílias de destaque na região é Solanaceae, representada por 26 espécies e 8 gêneros: Athenaea (1 sp.), Aureliana (1sp.), Brugmansia (1sp.), Cestrum (1 sp.), Dyssochroma (1 sp.), Nicotiana (1 sp.), Physalis (1 sp.) e Solanum (19 spp.). Para o primeiro capítulo deste trabalho é apresentado o tratamento taxonômico da família, incluindo chave de identificação, descrição morfológica, ilustrações e comentários ecológicos, taxonômicos e distribuição geográfica das espécies. No segundo capítulo é apresentada a análise de similaridade florística entre a flora das Solanaceae da Serra Negra e outras áreas de formações florestais e campestres dos estados da Bahia, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo e correlação entre as distâncias geográficas e similaridade florística. As espécies de Solanaceae da Serra Negra ocorrem principalmente em áreas florestais e nos campos rupestres sendo mais escassas em ambientes antropizados. A flora de Solanaceae da Serra Negra apresenta maior similaridade com as florestas ombrófilas densas do Parque Estadual do Ibitipoca, Minas Gerais, Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, São Paulo e Reserva Ecológica de Macaé de Cima, Rio de Janeiro. Os valores de similaridade com os campos rupestres da região norte da Cadeia do Espinhaço, em Minas Gerais e Chapada Diamantina, na Bahia e com as florestas estacionais semideciduais de Minas Gerais e São Paulo são baixos. A similaridade florística não diminui com o aumento das distâncias geográficas. Outros fatores bióticos, como dispersão, ou fatores abióticos, podem influenciar a distribuição das espécies de Solanaceae. / Serra Negra is part of the Serra da Mantiqueira ridge, which is situated in the south of Zona da Mata region, Minas Gerais state, near the municipalities of Bom Jardim de Minas, Lima Duarte, Olaria, Rio Preto and Santa Bárbara do Monte Verde. Due to its importance for the biodiversity conservation in Mantiqueira Corridor, studies on the flora have been initiated by the Botanic Department of Federal University of Juiz Fora on 2003. At Serra Negra, an important family is Solanaceae, represented by 26 species and 8 genera: Athenaea (1sp.), Aureliana (1sp.), Brugmansia (1sp.), Cestrum (1 sp.), Dyssochroma (1 sp.), Nicotiana (1 sp.), Physalis (1 sp.) e Solanum (19 spp.). In the first chapter of this study, the taxonomic treatment of the family is presented, including identification key, morphologic description, illustrations and comments about ecology, taxonomy and geographic distribution. In the second chapter, the floristic similarity between Solanaceae flora of Serra Negra and other field and forest formation in the states of Bahia, Minas Gerais, Rio de Janeiro and São Paulo is analyzed. It is also presented the relationships between geographic distances and floristic similarity. The species of Solanaceae in Serra Negra are mostly present in forest areas and rock outcrops, and less in antropized environments. The Solanaceae flora in Serra Negra is more similar to dense rain forest of Ibitipoca State Park, Minas Gerais; Fontes do Ipiranga State Park, São Paulo and Macaé de Cima Ecological Reserve, Rio de Janeiro. The similarities with northern rock outcrops of Cadeia do Espinhaço, Minas Gerais; Chapada Diamantina, Bahia and seasonal semideciduous forest of Minas Gerais and São Paulo were very low. The floristic similarity did not decrease with geographic distance. Other factor, as dispersion, or abiotic factor, can affect the distribution of Solanaceae species.

Submitted by Almir Azevedo (barbio1313@gmail.com) on 2014-01-15T12:48:16Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_ien_2008_04.pdf: 1317159 bytes, checksum: c510f22d0bfa406fdceeb4cdbb80e43f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-15T12:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_ien_2008_04.pdf: 1317159 bytes, checksum: c510f22d0bfa406fdceeb4cdbb80e43f (MD5) Previous issue date: 2008 / O projeto de modelos em escala reduzida tem sido empregada por engenheiros de vários setores como indústria naval, indústria aeroespacial, petrolífera, indústria nuclear e outras. Modelos em escala reduzida são usados em experimentos porque são economicamente mais atraentes do que seus próprios protótipos (escala real), e em muitos casos também são mais baratos e, na maioria das vezes, mais fáceis de serem construídos fornecendo uma maneira de se conduzir o projeto em escala real permitindo investigações e análises indiretas no sistema em escala real. Um modelo em escala reduzida (ou experimento) deve ser capaz de representar todos os fenômenos físicos que ocorrem e ocorrerão no sistema real em condições de operação, neste caso o modelo em escala reduzida é dito similar. Existem alguns métodos para se projetar um modelo em escala reduzida, e destes, dois métodos são básicos : o método empírico que é baseado na habilidade do profissional especialista para determinar quais são as grandezas físicas relevantes para o modelo desejado, e o método das equações diferenciais que é baseado na descrição matemática do protótipo (ou experimento em escala real) para o modelo. Aplicando uma técnica matemática à equação ou equações diferenciais que descrevem o comportamento do protótipo a partir de leis físicas e assim ressaltando as grandezas físicas (quantidades) relevantes para o problema do projeto do modelo em escala reduzida, e assim o problema pode ser tratado como um problema de otimização. Muitas técnicas de otimização como Algoritmo Genético, por exemplo, tem sido desenvolvidas para solucionar esta classe de problemas e tem também sido aplicadas ao projeto do modelo em escala reduzida. Neste trabalho, é realizada a investigação do uso da técnica de otimização por enxame de partículas, como ferramenta (alternativa) de otimização, no projeto termohidráulico do núcleo de reator PWR em escala reduzida, em regime de circulação forçada e condições normais de operação. Uma comparação de desempenho entre as técnicas GA e PSO é realizada assim como uma comparação entre seus resultados. Os resultados obtidos mostram que a técnica de otimização investigada é uma ferramenta promissora para o projeto de experimentos ou equipamentos em escala reduzida, apresentando vantagens sobre outras técnicas. / The reduced scale models design have been employed by engineers from several different industries fields such as offshore, spatial, oil extraction, nuclear industries and others. Reduced scale models are used in experiments because they are economically attractive than it’s own prototype (real scale) because in many cases they are cheaper than a real scale one and most of time they are also easier to build providing a way to lead the real scale design allowing indirect investigations and analysis to the real scale system (prototype). A reduced scale model (or experiment) must be able to represent all physical phenomena that occurs and further will do in the real scale one under operational conditions, e.g., in this case the reduced scale model is called similar. There are some different methods to design a reduced scale model and from those two are basic : the empiric method based on the expert’s skill to determine which physical measures are relevant to the desired model; and the differential equation method that is based on a mathematical description of the prototype (real scale system) to model. Applying a mathematical technique to the differential equation that describes the prototype then highlighting the relevant physical measures so the reduced scale model design problem may be treated as an optimization problem. Many optimization techniques as Genetic Algorithm (GA), for example, have been developed to solve this class of problems and have also been applied to the reduced scale model design problem as well. In this work, Particle Swarm Optimization (PSO) technique is investigated as an alternative optimization tool for such problem. In this investigation a computational approach, based on particle swarm optimization technique (PSO), is used to perform a reduced scale two loop Pressurized Water Reactor (PWR) core, considering 100% of nominal power operation on a forced flow cooling circulation and non-accidental operating conditions. A performance comparison between GA and PSO techniques is performed as it’s obtained results to this problem. Obtained results shows that the proposed optimization technique (PSO) is a promising tool for a reduced scale experiments or equipments design, presenting advantages over other techniques.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo950_1.pdf: 1082241 bytes, checksum: 372078eb11d1777102148afdc22036de (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nesta tese, estudamos dois modelos de mecânica dos fluidos em espaços de Morrey, os quais contêm funções fortemente singulares. O primeiro modelo é o sistema de Boussinesq (SB) em Rn, e o segundo, as equações de Navier-Stokes (ENS) no semi-espaço Rn +: Provamos novos resultados de existência global de soluções, de simetria auto-similar, de regularidade e de comportamento assintótico das soluções. Nossos resultados nos permitem considerar novas condições iniciais e campos gravitacionais singulares

Orientador: Cecilia Amelia de Carvalho Zavaglia / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Mecanica / Made available in DSpace on 2018-08-14T13:19:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Polis_JoaoEduardo_M.pdf: 6036142 bytes, checksum: dadf234cb5c40223223dbe5c453fce7a (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Devido ao grande número de pessoas que necessitam do uso de prótese para substituir um membro com seu funcionamento normal afetado, seja por deficiência congênita ou nos casos em que haja necessidade de remoção, ocasionada por doenças ou lesões com trauma, como acidentes do trabalho e de trânsito, foi desenvolvido neste trabalho o projeto e construção da parte estrutural de uma prótese de mão humana, com dimensões e movimentos mecânicos em similaridade (física) com o membro original. Em analogia com uma máquina, a mão é uma ferramenta terminal com atuadores exercendo várias funções como preensão de objetos, movimentação, sensibilidade à textura e temperatura. Entre os membros superiores, é o mais utilizado, exposto e complexo, que quando demanda sua substituição por uma prótese encontra obstáculos em várias áreas, desde aspectos tecnológicos, morfológicos, psicológicos e ainda financeiros. O mercado mundial de próteses dispõe de modelos com tecnologia avançada, que oferecem grande gama de recursos, mas por se tratar de um produto que ainda não é produzido em larga escala, que possui componentes de alta tecnologia e alto custo, não atinge o grande número de pessoas que necessitam da sua utilização. A pesquisa desenvolvida neste trabalho adotou uma metodologia de projeto que buscou a facilidade de construção e a utilização de componentes e matérias-primas disponíveis no mercado e de custo relativamente baixo, podendo assim desenvolver a base estrutural de um produto em desenvolvimento, que incorporará em suas etapas futuras as áreas de motorização, sensorização e revestimento cosmético, visando a obtenção de uma prótese de mão humana que realize movimentos atendendo a impulsos mioelétricos gerados pelo paciente, e que seu custo final de construção, variedade de movimentos e praticidade na colocação viabilizem sua utilização por um maior número de pessoas. / Abstract: The number of handicapped people in need of a particular kind of prosthesis is a compelling reason for carrying out this study, for developing a design and fabrication of a human forelimb prosthesis with dimensions and mechanical movements in similarity (physical) with a human hand. Some of theses handicaps may be a result of accidents, congenital diseases, injuries, or even amputations. Analogous to a machine, a hand is a sensitive terminal tool that is able to grip, move, feel and measure temperatures of objects. It is a very useful and complex member of the human body, and when is necessary to replace it with a prosthesis, there are technological, morphological, psychological and also financial barriers. The world market of prosthesis offers high technology models and a very wide range of resources. However, these products are made of expensive hi-tech components. Moreover, most people cannot afford to buy these expensive products because there is still no large-scale production. Thus, this research project aims at building a prosthetic forelimb with dimensions and mechanical movements similar to those of the human hand, using relatively low cost components and raw materials for manufacturing the final product. This new prosthesis has sensitized "nerve" endings, cosmetic coating, and it is also motorized. It responds to myoelectric impulses generated by the patient. In addition, it is cheap, practical, and it has a variety of movements witch allow it to be used by a large number of people. / Mestrado / Materiais e Processos de Fabricação / Mestre em Engenharia Mecânica

Os Sistemas de Gerenciamento de Bases de Dados Relacionais (SGBDR) foram concebidos para o armazenamento e recuperação de grandes volumes de dados. Tradicionalmente, estes sistemas suportam números, pequenas cadeias de caracteres e datas (que podem ser comparados por identidade ou por relações de ordem { RO), porém vem se tornando necessário organizar, armazenar e recuperar dados mais complexos, como por exemplo dados multimídia (imagens, áudio e vídeo), séries temporais etc. Quando se trata de dados complexos há uma mudança de paradigma, pois as comparações entre elementos são feitas por similaridade em vez das RO utilizadas tradicionalmente, tendo como mais frequentemente utilizados os operadores de comparação por abrangência (Rq) e por k-vizinhos mais próximos (k-NN). Embora muitos estudos estejam sendo feitos nessa área, quando lidando com consultas por similaridade grande parte do esforço é direcionado para criar as estruturas de indexação e dar suporte às operações necessárias para executar apenas o aspecto da consulta que trata da similaridade, sem focar em realizar uma integração homogênea das consultas que envolvam ambos os tipos de operadores simultaneamente nos ambientes dos SGDBRs. Um dos principais problemas nessa integração é lidar com as peculiaridades do operador de busca por k-NN. Todos os operadores de comparação por identidade e por RO são comutativos e associativos entre si. No entanto o operador de busca por k-NN não atende a nenhuma dessas propriedades. Com isso, a expressão de consultas em SQL, que usualmente pode ser feita sem que a expressão da ordem entre os predicados seja importante, precisa passar a considerar a ordem. Além disso, consultas que utilizam comparações por k-NN podem gerar múltiplos empates, e a falta de uma metodologia para resolvê-los pode levar a um processo de desempate arbitrário ou insensível ao contexto da consulta, onde usuários não tem poder para intervir de maneira significativa. Em alguns casos, isso pode levar a uma mesma consulta a retornar resultados distintos em casos onde a estrutura interna dos dados estiver sujeita a modificações, como por exemplo em casos de transações concorrentes em um SGBDR. Este trabalho aborda os problemas gerados pela inserção de operadores de busca por similaridade nos SGBDR, mais especificamente o k-NN, e propõe novas maneiras de representação de consultas com múltiplos predicados, por similaridade ou RO, assim como novos operadores derivados do k-NN que são mais adequados para um ambiente relacional que permita consultas híbridas, e permitem também controle sobre o tratamento de empates. / The Relational Database Management Systems (RDBMS) were originally conceived to store and retrieve large volumes of data. Traditionally, these systems support only numbers, small strings of characters and dates (which could be compared by identity and a Order Relationship { OR). However it has been increasingly necessary to organize, store and retrieve more complex data, such as multimedia (images, audio and video), time series etc. Dealing with those data types requires a paradigm shift, as the comparisons between each element are made by similarity, and not by the traditionally used identity or OR, with the most common similarity operators used being the range (Rq) and k-Nearest Neighbors (k-NN). Despite many studies in the field, when dealing with similarity queries a large part of the effort has been directed towards the data structures and the necessary operations to execute only the similarity side of the query, not paying attention to a more homogenous integration of queries that involve both operator types simultaneously in RDBMS environments. One of the main problems for such integration is the peculiarities of the k-NN operator. Both identity and OR operators possess the commutative and associative properties amongst themselves, but the k-NN operator does not. As such, expressing SQL queries, that usually can disregard the order in which predicates appear, now needs to be aware of the ordering. Furthermore, queries that use k-NN might generate multiple ties, and the lack of a methodology to solve them might lead to an arbitrary or context-detached untying process, where users have little or no control to intervene. In some applications, the lack of a controlled untying process may even lead to each query yielding distinct results if the underlying structures ought be subject to change, as it is be the case of the concurrent transactions in a relational database management system (RDBMS). This work focuses on the problems that arise from the integration of similarity based operators into RDBMS, more specifically the k-NN, and proposes new ways to represent queries with multiple predicates, including similarity, identity or OR, as well as new operators derived from k-NN that are better suited for a RDBMS environment containing hybrid queries, and also enable control over the untying process.

Um dos grandes desafios em mineração de dados é a integração de dados temporais ao seu processo. Existe um grande número de aplicações emergentes que envolvem dados temporais, incluindo a identificação de transações fraudulentas em cartões de crédito e ligações telefônicas, a detecção de intrusão em sistemas computacionais, a predição de estruturas secundárias de proteínas, a análise de dados provenientes de sensores, entre muitas outras. Neste trabalho, tem-se interesse na classificação de séries temporais que representam sinais de áudio. Como aplicação principal, tem-se interesse em classificar sinais de insetos coletados por um sensor óptico, que deve ser capaz de contar e classificar os insetos de maneira automática. Apesar de serem coletados opticamente, os sinais capturados se assemelham a sinais de áudio. O objetivo desta pesquisa é comparar métodos de classificação por similaridade e por extração de atributos que possam ser utilizados no contexto da classificação de insetos. Para isso, foram empregados os principais métodos de classificação de sinais de áudio, que têm sido propostos para problemas como reconhecimento de instrumentos musicais, fala e espécies animais. Neste trabalho, é mostrado que, de modo geral, a abordagem por extração de atributos é mais eficaz do que a classificação por similaridade. Mais especificamente, os melhores resultados são obtidos com a utilização de coeficientes mel-cepstrais. Este trabalho apresenta contribuições significativas em outras aplicações, também relacionadas à análise de séries temporais e sinais de áudio, por similaridade e por extração de atributos / One of the major challenges in data mining is the integration of temporal data to its process. There are a number of emerging applications that involve temporal data, including fraud detection in credit card transactions and phone calls, intrusion detection in computer systems, the prediction of secondary structures of proteins, the analysis of data from sensors, and many others. In this work, our main interest is the classification of time series that represent audio signals. Our main interest is an application for classifying signals of insects collected from an optical sensor, which should count and classify insects automatically. Although these signals are optically collected, they resemble audio signals. The objective of this research is to compare classification methods based on similarity and feature extraction in the context of insects classification. For this purpose, we used the main classification methods for audio signals, which have been proposed for problems such as musical instrument, speech and animal species recognition. This work shows that, in general, the approach based on feature extraction is more accurate than the classification by similarity. More specifically, the best results are obtained with mel-frequency cepstrum coefficients. This work also presents significant contributions in other applications, also related to the analysis of time series and audio signals by similarity and feature extraction

MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores de proteínas que atuam principalmente como silenciadores pós-transcricionais, inibindo a tradução de RNAs mensageiros. Evidências crescentes revelam que tais moléculas desempenham papéis críticos em muitos processos biológicos importantes. Uma vez que não existem anotações de termos de miRNAs na Gene Ontology (GO), tampouco um banco de dados de referência com anotações funcionais dos mesmos, o cálculo da medida de similaridade entre miRNAs de forma direta não possui um padrão estabelecido. Por outro lado, a existência de bancos de dados de genes-alvo de miRNAs, como o TarBase, e bases de dados contendo informações sobre associações de miRNAs e doenças humanas, como o HMDD, nos permite inferir a similaridade funcional dos miRNAs indiretamente, por meio da análise de seus genes-alvo na GO ou entre suas doenças relacionadas na ontologia MeSH. Além disso, de acordo com a estrutura da ontologia de miRNAs OMIT, um miRNA também pode ser anotado com outras informações, tais como a sua natureza de atuação como oncogênico ou supressor de tumor, o organismo em que se encontra, o tipo de experimento em que foi encontrado, suas associações com doenças, genes-alvo, proteínas e eventos patológicos. Dessa forma, a similaridade entre miRNAs pode ser inferida com base na combinação de um conjunto de informações contidas nas respectivas anotações, de forma que possamos obter um aproveitamento de várias informações existentes, definindo assim um cálculo de similaridade funcional composta. Assim, neste trabalho, propomos a criação e aplicação de um método chamado CFSim, aplicado sobre a OMIT e que utiliza a ontologia de doenças, MeSH, e a ontologia de genes, GO, para calcular a similaridade entre dois miRNAs, juntamente com informações contidas em suas anotações. A validação de nosso método foi realizada por meio da comparação com a similaridade funcional inferida considerando diferentes famílias de miRNAs e os resultados obtidos mostraram que nosso método é eficiente, no sentido de que a similaridade entre miRNAs pertencentes à mesma família é maior que a similaridade entre miRNAs de famílias distintas. Ainda, em comparação com os métodos de similaridade funcional já existentes na literatura, o CFSim obteve melhores resultados. Adicionalmente, para tornarmos viável a utilização do método proposto, foi projetado e implementado um ambiente contendo a infraestrutura necessária para que pesquisadores possam incluir dados obtidos de novas descobertas e consultar as informações sobre um determinado miRNA, assim como calcular a similaridade entre dois miRNAs, baseada no método proposto. / MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA that mainly negatively regulate gene expression by inhibiting translation of target RNAs. Increasing evidences show that such molecules play critical roles in many important biological processes. Since there are no terms of miRNAs annotations in Gene Ontology (GO), nor a database with microRNAs functional annotations, directly calculating the functional similarity between miRNAs does not have an estabilished pattern aproach. However, the existence of miRNAs target genes database, such as TarBase, and a miRNAs-disease associations database, such as HMDD, allow us to indirectly infer functional similarity of miRNAs through the analysis of their target genes in GO or between their related diseases in MeSH. Moreover, according to the structure of the ontology of miRNAs OMIT, a miRNA can also be annotated with other information, such as if it acts as an oncogene or a tumor suppressor, the organism that it belongs, the experiment in which it was found, its associations with diseases, target genes, proteins and pathological events. Thus, miRNAs similarity can be inferred based on the combination of a broad set of information contained in their annotations, indeed, we can use all available information defining the calculation of a composed functional similarity. In this study, we propose the creation and application of CFSim method applied to the OMIT using the diseases ontology, MeSH, and gene ontology, GO, to compute miRNAs similarity based on different information in their annotations. We validated our method by comparing with functional similarity inferred by miRNA families and the results showed that our method is efficient in sense that the functional similarity between miRNAs in the same family was greater compared to other miRNAs from distinct families. Furthermore, in comparison with existing methods of functional similarity in the literature until the present day, the CFSim showed better results. Finally, to make feasible the use of the proposed method, an environment was designed and implemented, containing the necessary infrastructure so that researchers can include data from new discoveries and see information about a particular miRNA, as well as calculate the similarity between two miRNAs, based in the proposed method.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-01-25T21:49:47Z No. of bitstreams: 1 TESE_Alessandra Cotrim.pdf: 9069866 bytes, checksum: 892f9788ca4b0cbbf4794de6292ed4d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T21:49:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_Alessandra Cotrim.pdf: 9069866 bytes, checksum: 892f9788ca4b0cbbf4794de6292ed4d2 (MD5) Previous issue date: 2014-11-17 / This paper aims to study the floristic of areas of Brazilian Savannas in state of Bahia and compares them to the physiognomies present in Coastal Plain in east of Bahia which are considered disjoint cerrado. The methodology of this work consisted of establish five sampling areas in the state of Bahia: 1) Savanna physiognomy in the west of Bahia; 2) In the Chapada Diamantina; 3) In the Coastal Plain; 4) Restinga in the northern littoral of Bahia; 5) Restinga in the southern littoral of Bahia. The sampling areas were performed using the point centered quarter method, being in each area were sampled 100 points 20m far between distributed in 10 transects with 10 points each, considering the degree of conservation in each study area. All woody individuals with DBH ? 3 cm closer to each point were sampled in that survey totaling 400 individuals per area. A sum of 2.000 individuals were sampled. The Shannon index (H') was used to estimate the diversity of each area. The Jaccard index of similarity (cluster method) was used to determine the floristic similarity between transects and study areas. Were sampled 78 species in the Western Savanna formations distributed in 31 families; estimated the diversity by the Shannon index H' = 3,61 to 3,93; 68 species in the Chapada Diamantina Savanna formations distributed in 30 families and estimated the diversity by the Shannon index between 3,49 to 3,45; 83 species in Coastal Plains distributed in 38 families wich estimated the diversity by H? = 3,46 to 3,89; 73 and 69 species in the restingas in the Northern and Southern littoral distributed in 36 and 33 families; estimated the diversity by the Shannon index H'=3,61 to 3,97 and H? = 3,68 to 3,85. Cluster analysis indicated that the floristic similarity found between coastal plain in the east of the State of Bahia and restinga formations (coast) indicating floristic relationship between the areas. The Savanna formations in the west of Bahia and Chapada Diamantina presented 30% of similarity. There by the analysis of this work showed more evident relationship of the floristic in Coastal Plains to the Atlantic forest physiognomy therefore these areas should be treated as Atlantic forest physiognomy related including all legal aspects of conservation and forest management provided by law n? 11.428/2006 and resolutions of CONAMA. / Este trabalho teve por objetivo determinar e comparar flor?sticamente as ?reas de Savanas encontradas na Bahia e compar?-las ?s fisionomias encontradas sobre os Tabuleiros Costeiros no Leste da Bahia, consideradas ?reas de Cerrado disjuntos. Para condu??o do trabalho foram estabelecidas cinco ?reas de amostragens na Bahia, sendo: 1) fisionomias Sav?nicas localizados na regi?o Oeste; 2) na Chapada Diamantina; 3) nos Tabuleiros Costeiros; 4) Restingas noLitoral Norte; 5) Restingas do LitoralSul. A amostragem nas ?reas foram realizadas atrav?s do m?todo de pontos-quadrantes, sendo alocados em cada ?rea amostral 100 pontos equidistantes em 20 m, distribu?dos em 10 transec??es, com 10 pontos cada, respeitando-se o grau de conserva??o de cada ?rea estudada. Em cada quadrante, foram amostrados os indiv?duos lenhosos com DAS ?3 cm, mais pr?ximos de cada ponto, perfazendo um total de 400 indiv?duos por ?rea, perfazendo um total de 2.000 indiv?duos amostrados. A diversidade de cada ?rea analisada foi estimada pelos ?ndices de Shannon-Wiener(H?). Para determina??o da similaridade flor?stica entre as ?reas estudadas foram realizadas an?lises de agrupamentos a partir do ?ndice de similaridade de Jaccard (J). Nas fisionomias sav?nicas da regi?o Oeste do Estado foram amostradas78 esp?cies, distribu?das em 31 fam?lias; a diversidade estimada pelo ?ndice de H? = 3,61 a 3,93; nas fisionomias sav?nicasda Chapada Diamantina 68 esp?cies, distribu?das em 30fam?lias, a diversidade estimada pelo ?ndice de Shannon-Wiener (H?) variou de 3,49 a 3,45; para os Tabuleiros Costeiros 83 esp?cies, distribu?das em 38 fam?lias, a diversidade estimada pelo ?ndice H? = 3,46 a 3,89; para as Restingas do Litoral Norte e Sul, obteve-se respectivamente, 73 e 69 esp?cies distribu?das em 36 e 33 fam?lias, a diversidade estimada pelo ?ndice de Shannon-Wienervariou deH? = 3,61 a 3,97 e H? = 3,68 a 3,85,respectivamente. As an?lises de agrupamento apontaram similaridades flor?sticas entre os Tabulerios Costeiros no Leste do Estado com as fisionomias de restingas (no Litoral), indicando rela??o flor?stica entre as ?reas.J?as fisionomias sav?nicas do Oeste e da Chapada Diamantinaapresentaram 30% de similaridade. Assim, pelas an?lises deste estudo evidenciou-se uma maior rela??o flor?stica dos Tabuleiros com as fisionomias de Mata Atl?ntica, portanto, estas ?reas devem ser tratadas como fisionomias relacionadas a Mata Atl?ntica, inclusive quanto aos aspectos legais de conserva??o e manejo, previstos na Lei n? 11.428/2006 e Resolu??es do CONAMA.

[pt] Dentro do processo de publicação de dados na Web recomenda-se interligar os dados entre diferentes fontes, através de recursos similares que descrevam um domínio em comum. No entanto, com o crescimento do número dos conjuntos de dados publicados na Web de Dados, as tarefas de descoberta e seleção de dados tornam-se cada vez mais complexas. Além disso, a natureza distribuída e interconectada dos dados, fazem com que a sua análise e entendimento sejam muito demorados. Neste sentido, este trabalho visa oferecer uma arquitetura Web para a identificação de fontes de dados em RDF, com o objetivo de prover melhorias nos processos de publicação, interconex ão, e exploração de dados na Linked Open Data. Para tal, nossa abordagem utiliza o modelo de MapReduce sobre o paradigma de computa ção nas nuvens. Assim, podemos efetuar buscas paralelas por palavraschave sobre um índice de dados semânticos existente na Web. Estas buscas permitem identificar fontes candidatas para ligar os dados. Por meio desta abordagem, foi possível integrar diferentes ferramentas da web semântica em um processo de busca para descobrir fontes de dados relevantes, e relacionar tópicos de interesse denidos pelo usuário. Para atingir nosso objetivo foi necessária a indexação e análise de texto para aperfeiçoar a busca de recursos na Linked Open Data. Para mostrar a ecácia de nossa abordagem foi desenvolvido um estudo de caso, utilizando um subconjunto de dados de uma fonte na Linked Open Data, através do seu serviço SPARQL endpoint. Os resultados do nosso trabalho revelam que a geração de estatísticas sobre os dados da fonte é, de fato, um grande diferencial no processo de busca. Estas estatísticas ajudam ao usuário no processo de escolha de indivíduos. Um processo especializado de extração de palavras-chave é aplicado para cada indivíduo com o objetivo de gerar diferentes buscas sobre o índice semântico. Mostramos a escalabilidade de nosso processo de recomendação de fontes RDF através de diferentes amostras de indivíduos. / [en] In the Web publishing process of data it is recommended to link the data from different sources using similar resources that describe a domain in common. However, the growing number of published data sets on the Web have made the data discovery and data selection tasks become increasingly complex. Moreover, the distributed and interconnected nature of the data causes the understanding and analysis to become too prolonged. In this context, this work aims to provide a Web architecture for identifying RDF data sources with the goal of improving the publishing, interconnection, and data exploration processes within the Linked Open Data. Our approach utilizes the MapReduce computing model on top of the cloud computing paradigm. In this manner, we are able to make parallel keyword searches over existing semantic data indexes available on the web. This will allow to identify candidate sources to link the data. Through this approach, it was possible to integrate different semantic web tools and relevant data sources in a search process, and also to relate topics of interest denied by the user. In order to achieve our objectives it was necessary to index and analyze text to improve the search of resources in the Linked Open Data. To show the effectiveness of our approach we developed a case study using a subset of data from a source in the Linked Open Data through its SPARQL endpoint service. The results of our work reveal that the generation and usage of data source s statistics do make a great difference within the search process. These statistics help the user within the choosing individuals process. Furthermore, a specialized keyword extraction process is run for each individual in order to create different search processes using the semantic index. We show the scalability of our RDF recommendation process by sampling several individuals.