Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000418843-Texto+Completo-0.pdf: 3552633 bytes, checksum: 84ec8875567ea185fbad22a2012002a8 (MD5) Previous issue date: 2009 / The Loricariidae, or armored catfishes, is one of the most diverse fish families, currently containing nearly 800 recognized species. They are solely freshwater inhabitants, with a distribution from Uruguay and Argentina to Costa Rica. Loricariids occur in every kind of waters, from cool mountain streams to lakes in the Amazon floodplain and reach sizes from a few centimeters up to more than one meter. Though the first species have been described by Linnaeus in 1758 and much effort has been done, especially in the last 15 years, their phylogenetic relationships could be only partly resolved so far. In particular, molecular analyses showed some groupings that conflict with the results from morphological analyses. The most problematic groups are the subfamilies Hypostominae, Hypoptopomatinae, and Neoplecostominae. Both morphologic and molecular studies suggest that the latter two form a monophyletic group, although leaving doubts if they are monophyletic separately. Therefore, the Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were chosen as subjects for the present project. In a flrst study, sequences from a 709 basepair fragment of the first subunit of the mitochondrial cytochrome e oxidase gene (COI) were used. The maximum parsimony (MP) and maximum likelihood (ML) analyses included data from 83 loricariid species from 29 genera representing five loricariid subfamilies. Additionally, eight species from four closely related families were used as outgroup. The results conflrmed the Delturinae as the most basal subfamily and showed the Hypoptopomatinae + Neoplecostominae as sister to the Hypostominae. Corroborating previous molecular studies, the Neoplecostominae was monophyletic only when including the hypoptopomatine genus Pseudotocinclus.The Hypoptopomatinae formed a paraphyletic group, embracing the Neoplecostominae. In a second study, more taxa as well as partial sequences from the nuclear recombination activating genes 1 (RAG1) and 2 (RAG2), and the F-Reticulon 4 gene were included, increasing the data set to a total of 136 species and 4678 basepairs. The MP, ML, and Bayesian analyses confirmed most previous molecular results, but some new polyphyletic taxa were found such as Pareiorhaphis, Neoplecostomus, and the Neoplecostominae. To try to better understand the conflicts between the morphological and molecular approaches and to reach a more complete solution, a total evidence analysis was undertaken, since this approach had already yielded good solutions for similar problems. A new data set with a total of 207 species and concatenated sequences from COl, RAG1, and RAG2, as well as 472 morphological characters from previous studies was analyzed using MP, resulting in the largest catflsh phylogeny done so far. The Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were recovered as monophyletic sister groups, the latter including the genus Pseudotocinclus. Inside the Neoplecostominae, only the genus Pareiorhina remained polyphyletic, probably because of the lack of morphological data. The phylogeny of the genus Pareiorhaphis showed a previously unknown structured biogeographic pattern. From the two hypoptopomatine tribes, Hypoptopomatini was recovered as monophyletic, but Otothyrini remained paraphyletic. Although three monophyletic clades were found for the genus Parotocinclus, part of its species remained scattered in the phylogeny. Summarizing, the total evidence analysis was able to resolve several of the previous uncertainties in the loricariid phylogeny, but a further complementation of characters and an expansion of the taxon sampling will be necessary to completely resolve the phylogenetic relationships of this group. / Loricariidae é uma das mais diversas famílias de peixes, atualmente incluindo cerca de 800 espécies reconhecidas. Os loricarídeos são popularmente conhecidos como cascudos ou acaris e têm tamanho de poucos centímetros a mais que um metro. São encontrados somente em água doce, com ampla variação tanto na temperatura, como tipo de ambiente, ou seja, podem ser encontrados desde em córregos frios das montanhas até em lagos da área de inundação do rio Amazonas. A distribuição do grupo é ampla, abrangendo praticamente todas as bacias hidrográficas da América do Sul e parte da América Central, da Argentina até a Costa Rica. Apesar das primeiras espécies terem sido descritas por Linnaeus em 1758 e do trabalho realizado deste então, especialmente nos últimos 15 anos, as relações filogenéticas dos loricarídeos estão apenas parcialmente resolvidas. Os resultados das análises moleculares são conflitantes com os agrupamentos propostos pelas análises morfológicas e um consenso ainda não foi alcançado. Os grupos mais problemáticos são as subfamílias Hypostominae, Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os estudos morfológicos e moleculares sugerem que Hypoptopomatinae e Neoplecostominae formam um grupo monofilético, porém a monofilia das mesmas ainda é incerta. Por esta razão, o principal objetivo da presente tese é testar a monofilia destas duas subfamílias atráves de uma análise de evidência total. Num primeiro estudo, sequências de um fragmento de 709 pares de bases da primeira subunidade do gene mitocondrial citocromo c oxidase (COI) foram usadas. As análises de Máxima Parcimônia (MP) e de Máxima Verossimilhança (ML) incluíram dados de 83 espécies, pertencentes a 29 gêneros, representando cinco subfamílias de Loricariidae. Adicionalmente, oito espécies de quatro famílias próximas foram usadas como grupo externo.Os resultados confirmaram Delturinae como a subfamília mais basal e mostraram a Hypoptopomatinae + Neoplecostominae como grupo irmão de Hypostominae. Corroborando estudos moleculares anteriores, Neoplecostominae é monofilética somente quando incluído o gênero Pseudotocinclus (Hypoptopomatinae). Neoplecostominae ficou inserida dentro de Hypoptopomatinae, que assim formou um grupo parafilético. Num segundo estudo, foram adicionados mais táxons e sequências parciais dos genes nucleares recombination activating gene 1 (RAG1) e 2 (RAG2) e F-Reticulon 4, resultando na análise de 136 espécies e 4678 pares de bases. As análises de MP, ML e Bayesianas confirmaram a maioria dos resultados moleculares anteriores, exceto pela polifilia de Pareiorhaphis, Neoplecostomus e Neoplecostominae. A análise final dos dados constituiu uma análise de evidência total, com o intuito de compreender melhor os conflitos entre as análises morfológicas e moleculares e encontrar, assim, uma solução mais robusta para o grupo. O novo conjunto de dados inclui 207 espécies e sequências concatenadas de COI, RAG 1 e RAG2, bem como 472 caracteres morfológicos de estudos anteriores, resultando na maior filogenia de bagres já elaborada. A análise de MP confirmou a monofilia de Hypoptopomatinae e de Neoplecostominae + Pseudotocinclus. Dentro de Neoplecostominae, somente o gênero Pareiorhina ficou polifilético, provavelmente devido à falta de dados morfológicos. A filogenia do gênero Pareiorhaphis revelou um padrão biogeográfico de distribuição previamente desconhecido. Das duas tribos de Hypoptopomatinae, Hypoptopomatini foi recuperada como monofilética, mas Otothyrini se manteve parafilética. O gênero Parotocinclus ficou polifilético, formando três ciados monofiléticos e parte das espécies espalhada na filogenia.O resultado obtido pela análise de evidência total conseguiu resolver vários conflitos entre as propostas filogenéticas anteriores para Loricariidae. Porém, os grupos não resolvidos foram os que apresentaram a menor quantidade de caracteres, mostrando que, para resolver as relações filogenéticas dentro desta família, é necessária a complementação dos caracteres, assim como a adição de novos táxons.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000447225-Texto+Completo-0.pdf: 644483 bytes, checksum: 988f24a45a0bd2878db09f4dc1d4f992 (MD5) Previous issue date: 2012 / The genus Chiroxiphia, small birds of Pipridae, currently comprises five species, including C. pareola, the species with wider geographic distribution, with four subspecies. Chiroxiphia boliviana was until recently considered a subspecies of C. pareola, but no detailed analysis has been published to justify such treatment, and in the absence of robust data, some authors question the validity of C. boliviana as a species. In this study, we used sequences of two mitochondrial and two nuclear genes to infer evolutionary relationships between Chiroxiphia species and all subspecies of the C. pareola as well as the relationships between Chiroxiphia and Antilophia. All phylogenies shown Chiroxiphia as paraphyletic as currently defined, since the two species of the Antilophia are included within Chiroxiphia as sister of C. boliviana. Chiroxiphia boliviana should be treated as full species, since it is not closely related to C. pareola and is clearly distinct from Antilophia. Within C. pareola four independent evolutionary lineages were identified, two of them corresponding to the subspecies C. p. regina and C. p. napensis, the other two are lineages separated by the lower Amazon River, with individuals from the north mixed with individuals of C. p. atlantica.The pattern observed for the complex C. pareola suggests that there is no deep genetic structure between the Amazonian centers of endemism, except for the separation between the northern and southern of the lower Amazon River. Therefore, the theory that large Amazonian rivers were important barriers to gene flow was not supported for the formation of the distinct evolutionary lineages within the C. pareola group. We recommend the synonymization of Antilophia with Chiroxiphia, which has priority, and the treatment as full species to C. regina and C. napensis. / O gênero Chiroxiphia, pequenos passeriformes da família Pipridae, compreende atualmente cinco espécies, sendo que C. pareola, a espécie com distribuição geográfica mais ampla, inclui quatro subespécies. Anteriormente, todos estes táxons foram tratados como espécies plenas, por outro lado, C. boliviana foi até recentemente considerada como subespécie de C. pareola, porém nenhuma análise detalhada foi publicada para justificar tal tratamento, e na ausência de dados robustos, alguns autores questionam a validade de C. boliviana como espécie. Neste estudo, usamos sequências de dois genes mitocondriais e dois genes nucleares para inferir as relações evolutivas, através de diversos métodos filogenéticos, entre as espécies de Chiroxiphia e de todas as subespécies de C. pareola, assim como as relações entre Chiroxiphia e Antilophia. Os resultados mostram que Chiroxiphia como atualmente definido é parafilético, uma vez que as duas espécies de Antilophia estão incluídas dentro de Chiroxiphia, como irmãs de C. boliviana. C. boliviana deve ser tratada como espécie plena, uma vez que esta espécie não está proximamente relacionada com C. pareola. Dentro de C. pareola quatro linhagens evolutivas independentes foram identificadas, duas delas correspondendo às subespécies C. p. regina e C. p. napensis. As duas outras linhagens são separadas atualmente pelo baixo rio Amazonas, estando os indivíduos do norte misturada com os indivíduos de C. p . atlantica.O padrão observado para o complexo C. pareola sugere que não exista nenhuma estruturação profunda entre os Centros de Endemismo Amazônicos, exceto para a separação Norte e Sul do baixo Amazonas. Portanto, a hipótese dos grandes rios Amazônicos como barreira para o fluxo gênico pode ser refutada para a formação da maior parte das distintas linhagens evolutivas dentro do grupo C. pareola. Em relação à nomenclatura, recomendamos a inclusão de Antilophia em Chiroxiphia, o qual tem prioridade, e o tratamento como espécie plena para C. regina e C. napensis.

Made available in DSpace on 2013-12-17T01:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000452890-Texto+Completo-0.pdf: 19996160 bytes, checksum: 73d3af87232bcae9613b5ad369f92dcf (MD5) Previous issue date: 2013 / Hylodidae is an anuran family composed of genera Crossodactylus, Hylodes, and Megaelosia, commonly known as “torrent frogs”, and known to range from northeastern Brazil through southern Paraguay and northern Argentina. Crossodactylus, previously referred to as the most taxonomic problematic of the three, is comprised of 11 small-sized (but for C. grandis) species, currently divided among three species groups: the C. gaudichaudii, C. trachystomus, and C. schmidti groups, the first of which contains the majority of recognized species. The relationship between Hylodidae and other anuran families has been extensively discussed, and hypotheses have been varied. Nonetheless, the monophyly of the group seems well corroborated, and has been recovered in several independent phylogenetic studies. However, despite recurrent mentions to the problematic systematics of Crossodactylus, its phylogenetic relationships remain untested. Furthermore, the only proposed synapomorphy for the group is the absence of the quadratojugal bone, a hypothesis which has already been refuted in literature. In view of the problems still revolving around Crossodactylus, this study aimed to test the monophyly of the genus and its species groups, while clarifying relationships among its species, and among itself and the remainder of hylodid genera. For that, a phylogenetic analysis of 3 mitochondrial and 5 nuclear genes of different degrees of variability was performed on software POY 4. 1. 2. 1 under dynamic homology, employing the maximum parsimony optimality criterion. 72 outgroup taxa, and of 88 ingroup terminals were included. Of the outgroup, 21 taxa—comprised of 61 terminals—were sequenced by this study. All ingroup sequences were generated in this study, except for those of C. schmidti, for which sequences were already available on GenBank.A total of 14 equally most parsimonious trees of 25,508 steps were found, the conflicts of which were restricted to relationships between terminals of the ingroup. The monophyly of Hylodidae was corroborated once more. Megaelosia was found to be paraphyletic with respect to Hylodes, which is monophyletic. Crossodactylus was recovered as a monophyletic group, sister to the clade comprising the other two hylodid genera. The species groups as currently defined were found not to reflect the actual relationships among species, with the C. gaudichaudii group being paraphyletic with respect to C. schmidti, and likely to C. trachystomus. Also, several species complexes were found within Crossodactylus, and species believed to be widespread were found to be actually several narrowly distributed species. 14 putative species were discovered in addition to the six recognized species sampled. The placement of the five recognized species not sampled by this study remains unknown and, as most of these were last collected in the 1970–1980s, future studies will require morphological evidence in order to address this question. / Hylodidae é uma família de anuros composta dos gêneros Crossodactylus, Hylodes e Megaelosia, conhecidos popularmente como “rãzinhas-do-riacho”, e cuja área de distribuição conhecida vai do nordeste do Brasil até o norte da Argentina, através do sul do Paraguai. Crossodactylus, conhecido como o gênero de taxonomia mais problemática dos três, é composto de 11 espécies de pequeno tamanho (exceto por C. grandis), atualmente divididas entre três grupos de espécies: os grupos C. gaudichaudii, C. trachystomus e C. schmidti, o primeiro dos quais contém a maioria das espécies reconhecidas. O relacionamento entre Hylodidae e outras famílias de anuros tem sido extensamente discutido, com hipóteses variadas. Ainda assim, a monofilia do grupo parece bem corroborada e tem sido recuperada em diversos estudos filogenéticos independentes. Contudo, apesar das recorrentes menções à sistemática problemática de Crossodactylus, suas relações filogenéticas permanecem não testadas. Além disso, a única sinapomorfia proposta para o grupo é a ausência do osso quadradojugal, hipótese já refutada na literatura. Tendo em vista os problemas ainda presentes em torno de Crossodactylus, o presente estudo objetivou testar a monofilia do gênero e seus grupos de espécies, ao mesmo tempo buscando esclarecer os relacionamentos entre espécies do gênero e entre esse e os demais gêneros de Hylodidae. Para tanto, uma análise filogenética de três genes mitocondriais e cinco genes nucleares de diferentes graus de variabilidade foi realizada através do software POY 4. 1. 2. 1, sob a implementação de homologia dinâmica, empregando o critério de otimalidade de máxima parcimônia. 72 táxons do grupo externo e 88 terminais do grupo interno foram incluídos. Do grupo externo, 21 táxons — compostos de 61 terminais — foram sequenciados nesse estudo. Todas as sequências do grupo interno foram geradas nesse estudo, exceto por aquelas de C. schmidti, para o qual sequências já estavam disponíveis no GenBank. Um total de 14 árvores igualmente maximamente parcimoniosas de 25. 508 passos foi encontrado, os conflitos das quais se restringiam a relações entre terminais do grupo interno. A monofilia de Hylodidae mais uma vez foi corroborada. O gênero Megaelosia foi encontrado como parafilético em relação a Hylodes, o qual é monofilético. Crossodactylus foi recuperado como um grupo monofilético, irmão do clado composto pelos dois outros gêneros. Descobriu-se que os grupos de espécies como definidos atualmente não refletem os relacionamentos entre espécies, com o grupo C. gaudichaudii sendo parafilético com respeito ao grupo C. schmidti — e, provavelmente, ao grupo C. trachystomus. Além disso, diversos complexos de espécies foram encontrados em Crossodactylus e descobriu-se que espécies cuja distribuição acreditava-se ser extensa são na verdade compostas de várias espécies de distribuição restrita. 14 espécies putativas foram descobertas em adição às seis espécies reconhecidas amostradas. O posicionamento das cinco espécies reconhecidas não amostradas nesse estudo permanece desconhecido e, como a maioria destas não é coletada desde os anos 1970– 1980, estudos futuros necessitarão de evidência morfológica de modo a endereçar essa questão.

Made available in DSpace on 2014-07-25T02:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459709-Texto+Completo-0.pdf: 3714065 bytes, checksum: 4fcd0f5d0579f7b7f442276742c97b5f (MD5) Previous issue date: 2014 / Previous phylogenetic analyses and the discovery of five new taxa of Hypoptotopomatini raised doubts concerning the relationships of the tribe. Therefore, in order to elucidate the phylogenetic relationships and to test the monophyly of Hypoptopoma and Nannoptopoma, and to test the position of Niobichthys and Otocinclus, the present study aims to provide an encompassing hypothesis of relationships among the Hypoptopomatini, comprising most species of Hypoptopoma, five new taxa and the other genera of the tribe. We analyzed a data matrix of 101 morphological characters, 82 of which from the literature and 19 new characters are suggested, with the inclusion of 65 terminals. The analyses were conducted using the heuristic searching algorithm of multiple “Random Addition Sequence (RAS)” followed by branch swapping with the algorithm “Tree Bissection and Reconnection (TBR)”. The analysis resulted in 64 maximally parsimonious trees of 443 steps, consistency index of 0. 34 and retention index of 0. 81. The 64 primary cladograms were then summarized in a strict consensus tree. The result confirms the monophyly of Hypoptopomatinae and Hypoptopomatini. The tribe comprises six known genera: Acestridium, Hypoptopoma, Nannoptopoma, Niobichthys, Otocinclus and Oxyropsis and two new taxa. Additionally, Otocinclus is found to be the most basal member of the tribe; Acestridium and Niobichthys are sister to each other and closely related to a group formed by Nannoptopoma + New Taxa “A”, and New Taxa “B” + Oxyropsis + Hypoptopoma. Based on this framework on, changes to the classification and the taxonomy of the Hypoptopomatini are suggested. / A partir das diferentes análises filogenéticas previamente propostas e do conhecimento de cinco novos táxons pertencentes à Hypoptopomatini, surgiram questionamentos a respeito das relações de parentesco dentro da tribo. Assim, a fim de esclarecer as relações filogenéticas e testar o monofiletismo de Hypoptopoma, testar a hipótese de sinonímia de Nannoptopoma e Hypoptopoma, e testar as posições de Niobichthys e de Otocinclus, o estudo tem como objetivo apresentar uma hipótese de relações para Hypoptopomatini, incluindo a maioria das espécies de Hypoptopoma, cinco possíveis novos táxons e os demais gêneros da tribo. Foi construída uma matriz de 101 caracteres morfológicos, do quais 82 foram retirados da literatura e 19 novos propostos, analisados em 65 táxons terminais. Foram realizadas buscas heurísticas com o programa TNT através de múltiplos “Random Addition Sequences” seguida de rearranjos dos ramos “Tree Bissection and Reconnection”. Ao encontrar 64 árvores maximamente parcimoniosas com 443 passos, índice de consistência 0. 34 e índice de retenção 0. 81, essas árvores foram sumarizadas em um cladograma de consenso estrito. Os resultados encontrados corroboram a monofilia de Hypoptopomatinae e de Hypoptopomatini. A tribo é formada por seis gêneros já descritos: Acestridium, Hypoptopoma, Nannoptopoma, Niobichthys, Otocinclus e Oxyropsis; e por dois gêneros novos. Adicionalmente, demonstra-se que Otocinclus é o gênero mais basal da tribo; Acestridium e Niobichthys são grupos-irmãos, mais relacionados com um clado formado por dois grupos monofiléticos: Nannoptopoma + Novo Táxon “A”, e Novo Táxon “B” + Oxyropsis + Hypoptopoma. O conhecimento acerca das relações filogenéticas, da classificação e da taxonomia de Hypoptopomatini muda, sendo feitas sugestões para futuras mudanças nomenclaturais.

Made available in DSpace on 2014-08-13T02:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000460186-Texto+Completo-0.pdf: 4588179 bytes, checksum: 4532da491a69ae539a460cd8e0108839 (MD5) Previous issue date: 2014 / The genus Rineloricaria Bleeker (1862) currently comprises 65 valid species that are distributed from Panama in Central America to northern Argentina. Three Rineloricaria species are currently recorded from Peru: Rineloricaria lanceolata, with type locality in the district of "Xeberos" in the department of Loreto, R. morrowi and R. wolfei both species with type locality in the río Ucayali basin in the district Contamana. Peruvian Rineloricaria species are reviewed based on external morphology, osteological features and color pattern. Six species are recognized. The three species were validated and Rineloricaria morrowi and R. wolfei were redescribed. Rineloricaria lanceolata is differentiated by having irregular dark blotches on on all fins and two parallel bands on dorsum of head, by having a higher number of post-rostral plates and the anterior ventral margin of pectoral girdle straight; its distribution mainly comprises río Madre de Dios, río Amazonas and río Ucayali basins and their tributaries. Rineloricaria morrowi is distinguished by having five longitudinal lateral plate series, a dark line along both sides on ventral area of caudal peduncle, a dark spot at anal-fin unbranched ray base and a dark band at the distal region of the caudal; its distribution is restricted to the río Amazonas basin and tributaries. Rineloricaria wolfei, has four longitudinal lateral plate series, triangular head profile and wide dark brown stripe covering the first half of the caudal fin, fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate wider with globular shape (vs. fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate narrow with triangular shape), a set of plates between insertions of pelvic fins anterior to the posterior complex irregularly arranged in more than one row (vs. arranged in one row). Additionally, three new species were described: Rineloricaria sp."Loreto", distinguished by a strongly convex snout profile with naked snout tip area reduced to a narrow line and type locality at río Morona basin in Loreto State. Rineloricaria sp."Madre de Dios" is differentiated from all congeners except from R. fallax by having a conspicuous dar brown spot on nuchal plate (vs. nuchal plate without dark brown spot); it differs from R. fallax by having four longitudinal lateral plate series (vs. five longitudinal lateral plate series), having type locality in the quebrada Wiratkentsa in Loreto State. Rineloricaria sp."Pasco" is distinguished by having the naked area of snout tip as a globular protuberance and a narrow body, with type locality in Puerto Bermudez at Pasco State. Illustrations of species and osteological characters are presented. The diagnostic characters of the genus are discussed, as well as geographical distribution of Rineloricaria species occurring in Peru and its relationship with highly diverse areas in the Neotropics. / O gênero Rineloricaria Bleeker (1862) atualmente inclui 65 espécies válidas distribuídas desde o Panamá na América Central até o norte da Argentina. O Peru atualmente registra três espécies deste gênero: Rineloricaria lanceolata, com localidade tipo no distrito de “Xeberos” no departamento de Loreto, R. morrowi e R. wolfei ambas com localidade tipo na bacia do río Ucayali no distrito de Contamana. As espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru foram revisadas com base em características morfológicas externasassim como também osteológicas e o padrão de colorido, sendo reconhecidas seis espécies. As três espécies registradas foram validadas e Rineloricaria morrowi e R. wolfei foram redescritas. Rineloricaria lanceolata é diferenciada por possuir manchas escuras irregulares em todas as nadadeiras e duas faixas paralelas na região dorsal da cabeça, um maior numero de placas pós-rostrais e pela margem anterior do cleitro reta; sua distribuição compreende principalmente as bacias do río Madre de Dios, río Amazonas e río Ucayali e seus tributários. Rineloricaria morrowi se diferencia de seus congêneres por ter cinco series longitudinais de placas laterais e coloração ventral lateral do pedúnculo caudal, uma mancha escura na base do raio indiviso da nadadeira anal e uma banda escura na região distal da nadadeira caudal; sua distribuição está restrita a bacia do río Amazonas e tributários. Rineloricaria wolfei, possui quatro series longitudinais de placas laterais, perfil triangular da cabeça e uma barra marrom escura que cobre a primeira metade da nadadeira caudal, placas que se contatam com a margem anterior do complexo posterior de placas abdominais, entre a inserção das nadadeiras pélvicas, dispostas irregularmente ocupando mais de uma fileira (vs. placas organizadas em uma única fileira entre a inserção das nadadeiras pélvicas) e por possuir a placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial expandida e com forma globular (vs. placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial estreita e triangular). Adicionalmente foram descritas três novas espécies: Rineloricaria sp. “Loreto”, diferenciada pelo focinho fortemente convexo com região nua reduzida a uma linha e com localidade tipo na bacia do río Morona no departamento de Loreto; Rineloricaria sp. “Madre de Dios” diferenciada de todos os seus congêneres exeto de R. fallax por possuir uma mancha marrom escura na placa nucal (vs. ausência de mancha na placa nucal) e com localidade tipo na quebrada Wiratkentsa no río Marañón no departamento de Loreto; e Rineloricaria sp. “Pasco” diferenciada por possuir a ponta do focinho com região nua em forma de protuberância globular e corpo estreito, com localidade tipo na quebrada Ataz em Puerto Bermudez no departamento de Pasco. Ilustrações de todas as espécies e caracteres osteológicos analisados são apresentadas. Os caracteres diagnósticos do gênero são discutidos, como também a distribuição das espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru e sua relação com áreas de grande diversidade Neotropical.

Made available in DSpace on 2014-10-25T01:01:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000462229-Texto+Completo-0.pdf: 2509812 bytes, checksum: eb9cb98f480c81a2e0133205abf0d60e (MD5) Previous issue date: 2014 / Distributed Software Development (DSD) is a recent area and has been growing over the last few years. As a result, a quite number of research and industrial studies have been published. However, due to the large number of terms involved in this scenario, a concept is often used wrongly, making the process of searching for empirical evidence a complex task. The DSD scenarios are diverse and what works in one context might not directly apply in another. Thus it is necessary to understand how DSD related empirical findings should be reported to be useful for practitioners and researchers. Empirical research in DSD could be refined if there was a systematic way to identify the different dimensions and characteristics for which empirical evidence applies. For this reason, the goal of this dissertation is to identify the type of context information that is relevant to researchers and practitioners in studies with empirical evidence and propose a way to systematize the empirical evidence in DSD, in order to contribute, among other things, to the future development of research in the area. For the development of this research we have used both secondary (systematic mapping study) and primary (expert opinion survey) research methods. The main contribution of this research is the taxonomy to systematize the empirical evidences generated from scientific research conducted in the DSD area. / O Desenvolvimento Distribuído de Software (DDS) é recente como área de pesquisa e vem crescendo ao longo dos últimos anos. Como resultado, um grande número de pesquisas e estudos na indústria foi publicado. No entanto, devido a grande quantidade de termos envolvidos nesse cenário, muitas vezes um conceito é utilizado de forma equivocada, tornando o processo de busca por evidências empíricas uma tarefa complexa. Os cenários de DDS são diversos e o que se aplica em um contexto talvez não se aplique diretamente em outro. Dessa forma é necessário entender como os resultados empíricos em DDS podem ser relatados para ser útil para profissionais e pesquisadores desta área. A pesquisa empírica na área de DDS poderia ser refinada se houvesse uma maneira sistemática para identificar as diferentes dimensões e características para o qual se aplica a evidência empírica. Por esta razão, o objetivo desta dissertação de mestrado é identificar que tipo de informação de contexto é relevante, para pesquisadores e profissionais da indústria, em estudos com evidências empíricas e propor uma forma de sistematização das evidências empíricas em DDS, visando contribuir, entre outras coisas, com o desenvolvimento de novas pesquisas nesta área. Para o desenvolvimento desta pesquisa utilizou-se métodos secundários (revisão sistemática da literatura, do tipo mapeamento sistemático) e primários (survey com especialistas) de pesquisa. Este estudo contribui no sentido de propor uma taxonomia para sistematizar as evidências empíricas geradas a partir das pesquisas científicas conduzidas na área de DDS.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:08:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 398604.pdf: 11571612 bytes, checksum: 5daf16bb95ffcb098498d92af708d644 (MD5) Previous issue date: 2007-12-21 / Este trabalho contem informa??es extensivamente revisadas sobre a taxonomia e distribui??o dos peixes-bruxa. Ele inclui todas as esp?cies nominais da fam?lia Myxinidae, a qual compreende 2 subfam?lias, 6 g?neros e 69 esp?cies. Informa??es sobre cada esp?cies incluem: nomes v?lidos e descri??es originais; sin?nimos; material examinado; caracter?sticas diagn?sticas; tamanho m?ximo; distribui??o e habitat; interesse pesqueiro; observa??es (quando necess?rio); e nomes vernaculares. Pela primeira vez s?o apresentadas chaves de identifica??o e mapas de distribui??o para todos os g?neros e esp?cies, observando-se amplia??es na distribui??o de muitas delas. As subfam?lia Paramyxininae Berg, 1947 e Quadratinae Wisner, 1999 s?o consideradas sin?nimos j?nior de Eptatretinae Bonaparte, 1850. O g?nero Quadratus Wisner, 1999 ? considerado sin?nimo j?nior de Paramyxine Dean, 1904. Uma esp?cie de Eptatretus e duas de Myxine s?o sinonimizadas. Duas novas esp?cies s?o descritas: Eptatretus lakeside Mincarone & McCosker, 2004, do Arquip?lago de Gal?pagos, e Eptatretus goliath Mincarone & Stewart, 2006, da Nova Zel?ndia. A inclina??o da curva acumulativa de diversidade temporal indica que o n?mero de esp?cies de Myxinidae ainda est? longe de ser conhecido. Cruzeiros de pesquisa direcionados a regi?es pouco exploradas e o uso de novas tecnologias de coleta poder?o revelar esp?cies ainda n?o descritas.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-06-11T20:01:00Z No. of bitstreams: 1 470330 - Texto Completo.pdf: 14650264 bytes, checksum: e9e557008f28c62060724d7bb7bbf370 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-11T20:01:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 470330 - Texto Completo.pdf: 14650264 bytes, checksum: e9e557008f28c62060724d7bb7bbf370 (MD5) Previous issue date: 2015-03-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / This work is a cladistic study of Philodromidae Thorell, 1870 at genera level. The family currently have 549 species in 30 genera. Its distribution covers the temperate and tropical regions. Although many authors have studied the family and proposing a systematic classification, no cladistic analysis yet studied the internal relations of the family with a wide sampling of genres. This study aims to analyze the relationship between the genera of Philodromidae and test its monophyly. In the analysis were included 73 species, with representatives of 22 genera of the 30 total family genera and seven species from four families included as outgroups, which were respectively Salticidae, Thomisidae and Sparassidae with two species and representatives for rooting was selected one spiceie of Selenopidae. Where analyzed 130 characters somatic at 80 terminals via heuristic search with equal weighing of characters. The analysis resulted in 61 maximally parsimonious trees of 720 steps, with equal weights. The results at the two analyses have found thath the family is monophyletic. The analysis also indicated three groups of genres that are proposed in this study as subfamilies: Pedinopisthinae, Thanatinae and Philodrominae. Two subfamilies (Thanatinae and Philodrominae) partially match tribes previously proposed in other studies. Many of the diagnostic characters of the show are homopl?sicos genres. Cleocnemis and Philodromus shown to be paraphyletic and some monotypic genera were sinonimizados. This result allowed the development of a dichotomous key to genus, which is accompanied by the diagnosis and illustrations of the genera and species used in cladistic analysis. / Este trabalho ? um estudo clad?stico de Philodromidae Thorell, 1870 ao n?vel de g?nero. A fam?lia atualmente agrupa 549 esp?cies em 30 g?neros. Sua distribui??o abrange as regi?es temperadas e tropicais. Apesar de v?rios autores terem estudado a fam?lia propondo uma sistem?tica, nenhuma an?lise cladistica at? o momento estudou as rela??es internas da fam?lia com uma amostragem ampla dos g?neros. O presente trabalho visou analisar as rela??es entre os g?neros de Philodromidae. Na an?lise foram inclu?das 73 esp?cies, com representantes de 22 g?neros, dos 30 g?neros da fam?lia, e sete esp?cies de quatro fam?lias inclu?das como grupo externo, sendo elas respectivamente Salticidae, Thomisidae e Sparassidae com duas esp?cies representantes de cada fam?lia. Para o enraizamento foi selecionado uma esp?cie de Selenopidae. Foram analisados 130 caracteres som?ticos em 80 terminais atrav?s de busca heur?stica com pesagem igual dos caracteres. A an?lise resultou em 61 ?rvores maximamente parcimoniosas de 720 passos, com pesos iguais dos caracteres. Os resultados recuperam a monofilia da fam?lia. A an?lise tamb?m indicou tr?s agrupamentos de g?neros que s?o propostos neste estudo como subfam?lias: Pedinopisthinae, Thanatinae e Philodrominae. Duas subfam?lias (Thanatinae e Philodrominae) correspondem parcialmente a tribos propostas anteriormente por outros autores. Muitos dos caracteres diagn?sticos dos g?neros demonstram serem homopl?sicos. Cleocnemis e Philodromus demonstram ser parafil?ticos e alguns g?neros monot?picos foram sinonimizados. Este resultado permitiu a elabora??o de uma chave dicot?mica ao n?vel de g?nero, que ? acompanhada da diagnose e ilustra??es dos g?neros e das esp?cies que foram utilizadas na an?lise clad?stica.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-03-15T12:58:06Z No. of bitstreams: 1 DIS_JEFFERSON_ROBERTO_BAHNERT_SANTOS_COMPLETO.pdf: 6757160 bytes, checksum: 63f08ba3b75f39b7ad77b1b9561d40bc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T12:58:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_JEFFERSON_ROBERTO_BAHNERT_SANTOS_COMPLETO.pdf: 6757160 bytes, checksum: 63f08ba3b75f39b7ad77b1b9561d40bc (MD5) Previous issue date: 2003-05-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The Noegus genus was proposed by Simon in 1990 for spiders of Salticidae family and Amicinae subfamily from neotropical region. Nowadays there are twenty four valid species and one that's considered species inquirenda. From all the described valid species, nineteen are represented just for males, two for males and females and three for females. Through the revision of Noegus genus, the type of fifteen species are rewrited, and the synonym of five species are proposed. For the first time females from eight species are being described. Males and females from two new species are also described resulting in 21 valid species. / O g?nero Noegus foi proposto por Simon em 1900 para aranhas da fam?lia Salticidae da subfam?lia Amicinae da regi?o neotropical e conta, hoje, com vinte e quatro esp?cies v?lidas e uma considerada species inquirenda. Do total das esp?cies descritas v?lidas dezenove est?o representadas apenas pelos machos, duas por machos e f?meas e tr?s pelas f?meas. Atrav?s da revis?o do g?nero Noegus, redescreve-se os tipos de 15 esp?cies, propondo a sinon?mia de cinco esp?cies. Descreve-se pela primeira vez as f?meas de oito esp?cies. S?o descritas machos e f?meas de duas esp?cies novas. Resultando em 21 esp?cies v?lidas.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-05-10T12:58:12Z No. of bitstreams: 1 DIS_MIGUEL_MACHADO_DA_SILVA_COMPLETO.pdf: 15007852 bytes, checksum: 9e641d49b212e2404ad8eb2c392c577e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-10T12:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_MIGUEL_MACHADO_DA_SILVA_COMPLETO.pdf: 15007852 bytes, checksum: 9e641d49b212e2404ad8eb2c392c577e (MD5) Previous issue date: 2016-03-10 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Since the original proposition of Thomisidae, much has been discussed about its taxonomy and intra-family relations. The subfamily Stephanopinae comprises individuals characterized by the presence of cheliceral teeth and by the anterior legs stronger and larger than the posterior ones, however, the monophyly of this group has not been corroborated due their dubious diagnostic characters and by the lack of revisional studies on several of its component genera. A phylogenetic analysis followed by a morphological revision of the spider genus Tobias Simon, 1895 are performed. The analysis is based on a matrix with 29 terminal taxa (7 in ingroup and 22 in outgroup) scored for 87 morphological characters. The implied weighting analysis resulted in one most parcimonious tree with 294 steps obtained in 16 distortion groups, which support that Tobias is paraphyletic with Epicadus Simon, 1895, and considered its junior synonym. Onocolus Simon, 1895 emerge as the sister group of Epicadus. Epicadus pulcher Mello-Leit?o, 1929 comb. nov. is considered senior synonym of Epicadus epicadoides Mello-Leit?o comb. nov., 1944 and Epicadus regius Birab?n, 1955 comb. nov., Epicadus granulatus Banks, 1909 is proposed as senior synonym of Epicadus inermis Mello-Leit?o, 1929 comb. nov., Epicadus camelinus (O. Pickard-Cambridge, 1869) comb. nov. is considered senior synonym of Epicadus martinezi Birab?n, 1955 comb. nov. and Epicadus trituberculatus (Taczanowski, 1872) comb. nov. is considered senior synonym of Epicadus paraguayensis Mello-Leit?o, 1929 comb. nov. and Epicadus planus Mello-Leit?o, 1932. New distribution records and redescriptions are provided. The species latter described in Tobias, Epicadus caudatus Mello-Leit?o, 1929 comb. nov., Epicadus pustulosus Mello-Leit?o comb. nov., 1929, and also the original species Epicadus heterogaster (Gu?rin, 1829) and Epicadus rubripes Mello-Leit?o, 1924 were recently revised, thus, they were not described in the present study. After the cladistics analysis, Epicadus now comprises 9 species. / Desde a proposi??o original de Thomisidae, muito se tem discutido a respeito de sua taxonomia e rela??es intrafamiliares. A subfam?lia Stephanopinae ? formada por indiv?duos caracterizados pela presen?a de dentes nas quel?ceras e pernas anteriores maiores e mais robustas que as posteriores, no entanto, a monofilia deste grupamento n?o tem sido corroborada em fator dos caracteres diagn?sticos d?bios e pelo grande n?mero de g?neros que ainda n?o foram submetidos a estudos revisivos. No presente trabalho s?o apresentadas uma an?lise clad?stica e uma revis?o taxonomica do g?nero Tobias Simon, 1895. A an?lise ? baseada em uma matriz com 29 t?xons terminais (7 no grupo interno e 22 no grupo externo) e 87 caracteres morfol?gicos. A an?lise de pesagem impl?cita resultou em uma ?rvore mais parcimoniosa obtida em 16 grupos de distor??o e com 294 passos, que suportam Tobias como um grupo parafil?tico com Epicadus Simon, 1895, e seu sin?nimo j?nior. Onocolus Simon, 1895 surgiu como grupo irm?o de Epicadus. Epicadus pulcher Mello-Leit?o, 1929 comb. nov. ? considerado sin?nimo s?nior de Epicadus epicadoides Mello-Leit?o comb. nov., 1944 e Epicadus regius Birab?n, 1955 comb. nov., Epicadus granulatus Banks, 1909 ? proposto como sin?nimo s?nior de Epicadus inermis Mello-Leit?o, 1929 comb. nov., Epicadus camelinus (O. Pickard-Cambridge, 1869) comb. nov. ? considerado sin?nimo s?nior de Epicadus martinezi Birab?n, 1955 comb. nov. e Epicadus trituberculatus (Taczanowski, 1872) comb. nov. ? considerado sin?nimo s?nior de Epicadus paraguayensis Mello-Leit?o, 1929 comb. nov. e Epicadus planus Mello-Leit?o, 1932. Novos registros de distribui??o e redescri??es s?o apresentados para as esp?cies supracitadas. As esp?cies anteriormente descritas em Tobias, Epicadus caudatus Mello-Leit?o comb. nov., 1929 e Epicadus pustulosus Mello-Leit?o, 1929 comb. nov., juntamente com Epicadus heterogaster (Gu?rin, 1829) e Epicadus rubripes Mello-Leit?o, 1929 foram redescritas recentemente e portanto n?o foram inclu?das no presente estudo. Ap?s a an?lise clad?stica, Epicadus agora compreende 9 esp?cies.