Tese de Doutoramento. Engenharia Informática. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2011

O florescimento é um processo chave no desenvolvimento vegetal. A mudança de identidade do meristema apical de vegetativo para reprodutivo desencadeia reprogramação genética com efeitos em todo o corpo vegetal. Arabidopsis thaliana é conhecida como o principal modelo de estudo para esse processo apresentando até o momento cinco principais vias genéticas regulatórias. Tais vias apresentam redundância, sendo complexa a eliminação total da transição de fase nessa espécie. A via AGE, regulada pela idade da planta, tem como principais reguladores o mir156 e seus alvos diretos, os fatores de transcrição da família SPL/SBP (SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-like). Uma segunda via é controlada pelo fitohormônio giberelina (GA), o qual atua de maneira oposta em Arabidopsis thaliana (arabidopsis) e Solanum lycopersicum L. (tomateiro). Em tomateiro, diferentemente de arabidopsis, o cruzamento entre mutantes com conteúdo alterado de GA e plantas transgênicas superexpressando o miR156 (156OE; SILVA et al., 2014) demonstraram efeito sinérgico no atraso do tempo de florescimento. A aplicação de GA3 em plantas 156OE apresenta efeito similar aos cruzamentos citados sobre a transição do meristema apical. Em um dos cruzamentos entre mutantes da via GA e plantas 156OE, foi possível obter plantas apresentando completo bloqueio da transição de fase vegetativo-reprodutivo. A oferta extra do florígeno SINGLE FLOWER TRUSS (SFT) via enxertia não foi suficiente para restaurar a transição de fase nessas plantas, sugerindo que vias associadas à GA e AGE regulam alvos em comum, os quais podem ser independentes da regulação por SFT. Além disso, a regulação transcricional, e possivelmente pós-transcricional de alguns genes SBPs por diferentes vias associadas à GA, sugere uma complexa inter-relação entre as vias GA e AGE em tomateiro durante o florescimento. A ação combinada das vias GA e AGE foi capaz de inibir completamente o florescimento em tomateiro, regulação oposta ao verificado na planta modelo Arabidopsis thaliana. O efeito inibitório de GA sobre o florescimento é também visualizado em plantas lenhosas, sugerindo que as descobertas científicas realizadas em tomateiro podem ser expandidas para essas espécies, nas quais a experimentação é lenta e laboriosa / The flowering process is a major developmental event during the plant life cicle. The meristem identity switches from vegetative to reproductive, triggering substantial genetic modifications that affect the whole plant body. Arabidopsis thaliana is a major model for flowering with five different pathways controlling this process. These pathways are redundant, making complex the complete elimination of phase change in this species. One of the pathways is termed AGE since it is regulated by the time of development. The miR156 and its direct target SBP (SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-like) are the main regulators of the AGE pathway. A second pathway is controlled by the phytohormone gibberellin (GA), which acts in opposite ways when comparing Arabidopsis thaliana and tomato. In tomato, unlike Arabidopsis, the cross between mutants with altered contents of GA and transgenic plants overexpressing the miR156 (156OE; SILVA et al, 2014) showed synergistic effect in delayed flowering time. Treatments of GA3 in plants 156OE lead to similar effects visualized on the crosses above related to meristem transition. Among the crosses between GA mutants and 156OE plants, one double mutant could completely abolish the phase change in tomato. An extra offer of the florigen (SINGLE FLOWER TRUSS or SFT) by grafting experiments was unable to restore the flowering process in this double mutant. It suggests, pathways associated to GA and AGE regulate common downstream targets, which could be independent of SFT regulation. Moreover, the transcriptional regulation, and possible the post-transcriptionally regulation of some SBP targets by different pathways associated to GA, suggest a complex network between GA and AGE during the flowering in tomato. The combined action of GA and AGE pathways can complete impaired the flowering in tomato, this interaction is opposed to the model Arabidopsis thaliana. The negative effect of GA over the time of flowering is presented in wood plants, suggesting the scientific discoveries in tomato could be expanded to these species, which experiments are slow and laborious

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-06-05T23:36:23Z No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) Previous issue date: 2018-03-28 / Atualmente há diversas ferramentas propostas para análise de Fatores de Transcrição (TF), tais como TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. No entanto, nenhuma dessas ferramentas oferece uma experiência completa, em que se possa avaliar a confiabilidade do TF, ou seja, se de fato uma proteína analisada é um TF e a sua associação com o gene alvo. Ao longo do tempo, foram construídas inúmeras bases de dados, todas elas com riquíssimas informações, porém a complexidade intrínseca do dado, o volume de informações, problemas de nomenclatura dos genes e diversos outros fatores fizeram com que tais ferramentas não oferecessem um espectro completo da análise. Por outro lado, para se trabalhar com um grande volume de dados, se requer conhecimentos avançados de computação. Entretanto, o grande público interessado em analisar esses dados são os profissionais procedentes das áreas biológicas, configurando-se como uma barreira, uma vez que a formação acadêmica desta área não oferece em seus componentes curriculares disciplinas de programação. Diante desta situação, este trabalho tem como objetivo criar uma ferramenta web destinada exclusivamente para análise dos TFs. Desse modo, foi idealizado e desenvolvido o Transcription Factor Analysis Tools (TFAT), contendo a integração de diferentes bases de dados e um conjunto de scripts para manipular estas informações, juntamente com os parâmetros cruciais definidos pelo usuário em sua análise. O cerne desta ferramenta é a análise para identificar os TFs chaves na modularização da transcrição gênica, ou seja, o enriquecimento dos TFs reguladores de uma lista de genes submetida pelo usuário, que através dos componentes da ferramenta, consulta sua base de dados, identificam os TFs que estão associados aos genes da lista e calcula o p-valor de enriquecimento. Além disso, a ferramenta verifica a confiabilidade do TF, disponibiliza as predições realizadas e converte os itens de uma lista para o GeneID ou Symbol do Entrez Gene. Outro recurso presente neste trabalho é a utilização da confiabilidade do TF aplicado em toda a ferramenta. Esse grau de confiabilidade leva em consideração evidências de diferentes bases de dados, experimentos, predições e outras características dos TFs. Este recurso de confiabilidade possui um modo padrão e um modo com parâmetros definidos pelo próprio usuário, que permite toda uma personalização por meio de filtros nas consultas e controle de análise para o usuário final. / Currently there are several tools proposed for analysis of Transcription Factors (TF), such as TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. However, none of these tools offer a complete experience in assessing the reliability of TF, checking if an analyzed protein is a TF and its association with the target gene. Over time, numerous databases were built, all of them with rich information, but the intrinsic complexity of the data, the volume of information, problems of nomenclature of the genes and several other factors led these tools to do not offer a complete spectrum of analyses. On the other hand, working with a large volume of data requires advanced computer skills. However, the general public interested in analyzing these data are professionals from the biological areas, forming a barrier since the academic formation of this area does not offer in its curricular components programming disciplines. From this situation, this work aims to create a web tool exclusively for the analysis of TFs. In this way, the Transcription Factor Analysis Tools (TFAT) was conceived and developed, containing the integration of different databases and a set of scripts to manipulate this information, along with the crucial parameters defined by the user in the analysis. The core of this tool is the analysis to identify the key TFs in the modulation of gene transcription, namely the enrichment of the regulatory TFs of a user-submitted gene list, which through the components of the tool, consults its database, identifies the TFs that are associated with those genes and computes the p-value of enrichment. In addition, the tool verifies TF reliability, makes available predictions, and converts items from a list to the Entrez Gene's GeneID or Symbol. Another feature of this work is the use of TF reliability applied throughout the tool. This degree of reliability takes into account evidences from different databases, experiments, predictions and other characteristics of TFs. This reliability feature has a standard mode and a userdefined parameter mode, which allows full customization through filters in the queries and analysis control for the end user.

Este trabalho trata do processo de transcrição da Suíte 20 de J. J Froberger para violão solo. O objetivo geral é descrever o processo de transcrição com base em modelos de transcrição dos séculos XVII e XXI. A partir destas análises foi construído um referencial teórico para aplicação na transcrição da Suíte 20. A identificação dos elementos típicos do chamado stile brisé a partir do referencial foi essencial para o processo de transcrição da suíte 20, que se utilizou de vários procedimentos similares. No anexo deste artigo consta uma edição comparativa da versão original da Suíte 20 com a transcrição, bem como outra edição com a parte do violão solo e sugestões de execução.

Este trabalho trata do processo de digitação para violão da Ciaccona BWV 1004 (original para violino) de Johann Sebastian Bach (1685-1750). O objetivo foi desenvolver uma digitação de mão esquerda capaz de refletir as intenções musicais do presente autor. Para tal, foi estabelecido um modelo de análise, onde a textura musical é dividida e classificada, com base em referenciais teóricos, como: melódica, harmônica, motívica e polifônica. Ao analisar as digitações usadas em transcrições, e compará-las às desta pesquisa, concluímos que se pode ter autonomia para contestar uma digitação grafada, pois ela reflete nada mais que as decisões do seu autor, sejam musicais ou técnicas. A partir disto, podemos deduzir que elas se alteram conforme as nossas próprias decisões. / This work deals with the process of elaborating guitar fingerings for J. S. Bach’s Ciaccona BWV 1004 (original for violin). The aim was to develop a left hand fingering able to reflect the musical intentions of the present author. To this end, a model of analysis was established, in which the musical texture is divided and classified, based on theoretical references, into the following categories: melodic, harmonic, motivic and polyphonic. By analyzing the fingering used on transcriptions, and comparing it with the results of this research, we conclude that we can question a suggested fingering, because it reflects nothing more than the decisions of its author, whether musical or technical. From this we can deduce that they change according to our own decisions.

242 f.il / Submitted by JURANDI DE SOUZA SILVA (jssufba@hotmail.com) on 2013-03-15T13:07:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Denise Silvia Borusch.pdf: 7189110 bytes, checksum: a5d9f4f5d076863dfef8ab62bcd0ea62 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Meirelles(rodrigomei@ufba.br) on 2013-03-22T14:19:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao Denise Silvia Borusch.pdf: 7189110 bytes, checksum: a5d9f4f5d076863dfef8ab62bcd0ea62 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-22T14:19:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Denise Silvia Borusch.pdf: 7189110 bytes, checksum: a5d9f4f5d076863dfef8ab62bcd0ea62 (MD5) Previous issue date: 2008 / A prática de transcrever/arranjar peças para Música de Câmara, para jovens estudantes tocarem em conjunto, não era realizada em classe nos Cursos de Formação Musical I, Formação Musical II e Avançado em Música na Escola de Música e Belas Artes do Paraná (EMBAP). O ideal de proporcionar a vivência musical em conjuntos de câmara a jovens estudantes de nível intermediário de instrumento bem como a dificuldade de encontrar partituras adequadas aos conjuntos formados, ensejou a criação e a realização deste projeto. Nesta pesquisa, desenvolvida durante o ano letivo de 2007, jovens estudantes comprovaram ser essa uma aprendizagem que os estimulou a fazerem música com orgulho, por recriarem um produto musical, e com prazer, por tocarem em uma nova leitura, em conjunto com seus colegas. A partir dessa vivência e do produto final dessa experiência, buscou-se entender como se deu o processo de transcrição/arranjo elaborado por esses estudantes. O processo construtivo e investigativo desta pesquisa realizou-se a partir do tripé: a pesquisa-ação; os princípios filosóficos do Programa de Extensão da EMBAP, embasado na teoria do desenvolvimento musical de Swanwick; e os pressupostos do sócio-interacionista Vygotsky. Este trabalho contou com a participação de nove alunos, a colaboração de duas estagiárias, alunas do Curso de Composição e Regência da EMBAP e da professora. Foi uma pesquisa realizada com o auxílio principalmente do método dialógico, propiciando que a tomada de decisões ocorresse de maneira crítica e dialética. A construção do conhecimento deu-se a partir da interação e da discussão entre os envolvidos, a experimentação, a escrita e a performance das peças transcritas/arranjadas. Este processo culminou com o material apostilado Transcrições/arranjos para Conjuntos de Câmara, o qual contém nove peças transcritas/arranjadas pelos participantes da pesquisa, e com um recital gravado de sete dessas peças. / Salvador

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Farmacologia, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T08:01:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2013-07-16T20:48:52Z : No. of bitstreams: 1 289252.pdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Muitos estudos têm demonstrado os efeitos analgésicos dos agonistas canabinoides em diferentes estudos pré-clinicos e clínicos de dor crônica e inflamatória. Dentre os modelos de dor crônica, a avulsão do plexo braquial (APB) é caracterizada por um rápido estabelecimento da resposta dolorosa, que pode ser observada por várias semanas e meses após a lesão. No presente estudo foi avaliada a ação antinociceptiva de diferentes agonistas canabinoides na hiperalgesia mecânica induzida pela APB no 5º e 30º dias após o procedimento cirúrgico, a fim de avaliar a relação dos canabinoides com os processos iniciais e/ou tardios da neuropatologia associada a APB. Os resultados do presente trabalho demonstram que o ACEA, agonista seletivo para o receptor canabinóide 1 (CB1), o JWH-015, agonista seletivo para o receptor canabinóide 2 (CB2), e o WIN 55,212-2, agonista não-seletivo para os receptores CB1/CB2, não alteraram a hiperalgesia mecânica induzida pela APB quando administrados localmente pela via intraplantar (i.pl.). Por outro lado, o tratamento sistêmico intraperitoneal (i.p.) reduziu significativamente a resposta nociceptiva no 5º e 30º dias após a APB, com uma maior inibição produzida pelo agonista não-seletivo, WIN 55,212-2. A fim de verificar o envolvimento das vias espinhais e supraespinhais na analgesia produzida pelos agonistas canabinóides no modelo de APB, foram avaliados os tratamentos com os agonistas canabinoides pela via intratecal (espinhal) e intracerebroventricular (supraespinhal). Nesse contexto, a administração dos agonistas canabinoides em ambas as vias produziu inibição significativa da resposta nociceptiva mecânica induzida pela APB, principalmente quando observada no 30º dia após a cirurgia. A atividade antinociceptiva produzida pela administração dos agonistas canabinoides pode estar associada com o aumento dos níveis de RNA mensageiro e da expressão dos receptores canabinoides no gânglio da raiz dorsal e medula espinhal, no 5º e 30º dias após a cirurgia, além do aumento significativo de ambos os receptores no córtex cerebral no 30º dia. Além disso, foi observado um aumento na ativação da microglia e astrócitos no 5º e 30º dias na medula espinhal. Ademais, este estudo sugere que a analgesia produzida pelos agonistas canabinoides ocorre de forma dependente com a inibição de MAP-quinases, como a p-JNK e p-p38, as quais se encontram aumentadas na medula espinhal no 30º dia após a APB. Por outro lado observou-se um aumento na expressão dos fatores de transcrição, CREB no 30º dia e da subunidade p65 NF-?B no 5º e 30º dias, na medula espinhal após a APB. Em contrapartida, o tratamento com o agonista não-seletivo para os receptores canabinoides não foi capaz de reverter este efeito. Em conjunto, os resultados do presente estudo demonstram o efeito antinociceptivo dos agonistas canabinoides no modelo de dor neuropática induzido pela APB e sugere seu potencial terapêutico para o tratamento de dores crônicas, especialmente lesões do plexo braquial.

TEÓFILO, C. R. Investigação da associação entre os mirnas 10a, 17, 29c e 31 e a expressão de il-6 e stat3 em lesões orais potencialmente malignas, no câncer bucal e campo de cancerização. 2017. 105 f. Tese (Doutorado em Odontologia) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-05-02T12:28:15Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_crteofilo.pdf: 2960055 bytes, checksum: 9b053dd115c86e0f4667ca5b49068d3c (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-05-02T12:28:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_crteofilo.pdf: 2960055 bytes, checksum: 9b053dd115c86e0f4667ca5b49068d3c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T12:28:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_crteofilo.pdf: 2960055 bytes, checksum: 9b053dd115c86e0f4667ca5b49068d3c (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Oral cavity malignant neoplasms are a serious public health problem in Brazil and in the world. The most common histologic subtype in the mouth are squamous cell carcinoma (SCC). Often, before the onset of SCC, there are clinical and histological changes with a greater potential for malignant transformation, called potentially malignant disorders (PMD). Multiple molecular factors may contribute to the development of this neoplasms. Signal Transducers and Activators of Transcription-3 (STAT3) is a cytokine-activated signal transducer, which may be directly active in neoplastic. High levels of IL-6, a possible STAT3 activator, have been associated with poor prognosis in SCC. MicroRNAs (miRNAs) are a group of RNAs that act as gene-regulator in the post-transcriptional phase through the degradation or silencing of messenger RNAs. The present study aimed to quantify microRNAs miR-10a, miR-17, miR-29c and miR-31 in the field effect area of oral dysplasia and SCC. Additionally, it is intended to evaluate the expression of IL-6 and STAT3 in these lesions. For this, samples of 47 SCC, 21 PMD and 21 controls were collected. In the patients with SCC or PMD, in addition to the lesion area, a normal mucosa sample was collected, 1 cm away from the lesion. miRNAs were analyzed by real-time PCR and STAT3 and IL-6 by immunohistochemistry. The SCC sample was, most of them, moderately differentiated (91.5%), with growth in nets (73%) and non-keratinizing (52.6%). Dysplasia presented, more frequently, mild (52%), and 42.8% of them showed intense subepithelial inflammation. The mean age of the patients in the three groups was 52 ± 21 years. Males were predominant in the SCC group (67.3%) and female in DPM (57.1%). The most frequent localization site for both groups was tongue. Hyperexpression of all studied miRNAs were observed in SCC and PMD, as well as in the perilesional regions. Evaluating SCC, all the miRNAs studied were correlated with each other, while in SCC perilesion increase of miR-31 was accompanied by elevation of miR-17 levels, as well as hyperexpression of miR-29c was accompanied by miR-10a increase. There was an increase of miR-17 and miR-29c in SCC compared to PMD. In PMD, the increase of miR-10a was accompanied by an increase of miR-17 and miR-29c; a similar situation occurred between miR-31 and miR-17. In PMD perilesion, miR-10a and miR-29c presented positive correlation. High expression of IL-6 was obtained in 100% of the SCC and PMD samples. STAT3 presented positivity for 84.6% of SCC samples and 88.2% of DPM samples. Positive correlation between miR-29c and miR-10a was found in SCC, in dysplasias and perilesional areas, indicating that hyperexpression of these microRNAs is an early event in the oral carcinogenesis. / As neoplasias malignas de cavidade oral constituem um sério problema de saúde pública no Brasil e no mundo, sendo o tumor maligno mais comum em boca o Carcinoma de Células Escamosas (CCE). Frequentemente, antes do surgimento do CCE, ocorrem alterações clínicas e histológicas com maior potencial de transformação maligna, chamadas desordens potencialmente malignas (DPM). Fatores moleculares podem contribuir para o desenvolvimento dessa neoplasia. O Signal Transducers and Activators of Transcription-3 (STAT3) é um transdutor de sinais frequentemente ativado por citocinas, como IL-6, que pode atuar nesse processo. Já os microRNAs (miRNAs) regulam a expressão gênica pós-transcricional degradando ou silenciando RNAs mensageiros. O presente trabalho objetivou quantificar os níveis de microRNAs miR-10a, miR-17, miR-29c e miR-31 em campo de cancerização de displasias e CCE. Adicionalmente, avaliou-se o padrão de expressão de IL-6 e STAT3 nessas lesões. Para tanto, foram coletadas amostras de 47 CCEs, 21 displasias e 21 de mucosa normal. Nos grupos CCE e DPM, foi coletada amostra adicional de mucosa perilesional, distando 1 cm da lesão. Os miRNAs foram analisados por PCR em tempo real e STAT3 e IL-6 por imunoistoquímica (IQ). Os casos de CCE eram, predominantemente, moderadamente diferenciados (91,5%), com crescimento em lençóis ou ninhos (73%) e não-ceratinizantes (52,6%). As displasias leves apresentaram-se mais frequentemente (52%), sendo que 42,8% mostravam inflamação subepitelial intensa. A idade média dos pacientes dos três grupos foi de 52±21 anos. Houve predomínio do sexo masculino no grupo CCE (67,3%) e do feminino nas displasias (57,1%). Detectou-se hiperexpressão dos miRNAs estudados em CCE e displasias, assim como nas regiões perilesionais. Identificou-se correlação positiva entre todos os miRNAs estudados no grupo CCE, enquanto na área adjacente ao tumor o aumento de miR-31 foi acompanhado de elevação nos níveis de miR-17, assim como o aumento de miR-29c foi seguido por incremento de miR-10a. Houve aumento significativo da expressão de miR-17 e miR-29c em CCE em relação a displasias. Nestas, houve correlação positiva do miR-10a com miR-29c e miR-17, ocorrendo situação semelhante entre miR-31 e miR-17. Em região perilesional de DPM, os microRNAs miR-10a e miR-29c apresentaram correlação positiva. O aumento da expressão de miR-31 foi relacionado a displasias com classificação histológica mais severa. Obteve-se alta expressão de IL-6 em 100% das amostras de CCE e DPM. STAT3 apresentou positividade para 84,6% das amostras de CCE e 88,2% de DPM. Correlação positiva entre miR-29c e miR-10a foi encontrada no CCE, nas displasias e áreas perilesionais, indicando que a hiperexpressão desses microRNAs é um evento precoce no processo de carcinogênese oral.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-07T10:20:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1642997 bytes, checksum: a9190cecf7b70ea7e238c98b99466014 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-07T10:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1642997 bytes, checksum: a9190cecf7b70ea7e238c98b99466014 (MD5) Previous issue date: 2014-09-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os membros da família de fatores de transcrição NAC (acrônimo de NAM, ATAF e CUC) são específicos de plantas e são conhecidos por atuarem tanto no desenvolvimento quanto na regulação da resposta a estresse. Dentre os genes NAC envolvidos em respostas contras estresses bióticos e abióticos já identificados em soja (Pinheiro et al., 2009, Le et al., 2011),o gene GmNAC081 é induzido pela expressão de NRPs (Faria et al., 2011) e por diferentes condições de estresses fisiológicos (Pinheiro et al., 2009) portanto, é possível que elementos em cis presentes no seu promotor promovam a integração de diferentes sinais que resultem em morte celular mediada por GmNAC081.A presente investigação teve como objetivos principais confirmar a presença de domínios discretos no promotor do gene GmNAC081 responsivos a estresses osmótico, induzido por PEG, e do retículo endoplasmático, induzido por tunicamicina e avaliar a expressão basal e tecido- específica do promotor em condições de cultivo in vitro e em casa de vegetação. Além disso, foi avaliado a atividade do promotor GmNAC081 durante o desenvolvimento. Para isso, foram utilizadas plantas transgênicas contendo o promotor GmNAC081 na extensão de 1000 pb, 750 pb e 500 bp fusionadas ao gene repórter GUS. Análises fluorimétricas quantitativas de GUS revelaram a presença de elementos em cis responsivos a PEG na regiao contida pelas posições -1000 a -750. Pelo menos dois elementos responsivos a tunicamincina devem estar contidos nas regioes -1000 a -750 e -750 a -500. Os resultados da presente investigação revelaram que a atividade do promotor de 1000pb de GmNAC081 está relacionada às condições de cultivo de plantas trangênicas de Nicotiana tabacum, sendo fortemente induzido durante a senescência. Estes resultados foram confirmados por meio de análises histoquímicas. De fato, a região 5’ de -1000pb que flanqueia o gene GmNAC081 é induzível por estresses osmótico e do retículo endoplasmático em diferentes orgãos e tecidos (Rosado, 2012). As sequências de 1000pb do promotor de GmNAC081 foram capazes de direcionar a expressão de GUS no tecido vascular em plantas cultivadas in vitro. Além disso, as análises histoquímicas de atividade de GUS confirmaram que o promotor de GmNAC081 é fortemente induzido em tecidos em estádios avançados de desenvolvimento. Coletivamente, estes resultados demonstram que a inducão do gene GmNAC081 por estresses e durante a senescência ocorre no nível transcricional por meio de elementos cis-regulatórios presentes em regiões discretas do promotor. Além disso, os resultados de atividade do promotor GmNAC081 substanciam o argumento de que GmNAC081 esteja envolvido em resposta a estresse e no processo de senescência natural. / The members of the NAC (NAM, ATAF and CUC acronyms) family are plant- specific transcriptional factors, which are involved in development and stress responses. Among the abiotic and biotic stress response NAC genes already identified in soybean, GmNAC081 is induced by NRP expression and different conditions of physiological stresses; hence it is possible that cis-regulatory elements on its promoter cause the integration of different stimuli that result in GmNAC081 mediated cell death. The present investigation aimed at confirming the presence of discrete domains on the GmNAC081 promoter, which are responsive to osmotic stress, induced by PEG, and endoplasmic reticulum stress, induced by tunicamycin as well as at evaluating the basal and tissue-specific expression of the promoter under in vitro and greenhouse growth conditions. In addition, the GmNAC081 promoter activity was evaluated during development under greenhouse conditions. For this, we used transgenic plants harboring different extensions (up to positions -1000, -750 and -500) of the GmNAC081 promoter fused to the GUS reporter gene. Quantitative fluorometric analyses of GUS revealed the presence of cis-elements responsive to PEG in the region delimitated by the positions -1000 to -750. At least two responsive cis-elements to tunicamycin may be present in the regions -1000 to -750 and -750 to -500. The results of the present investigation also revealed that the GmNAC081 promoter (1000bp) activity is related to the cultivation conditions of Nicotiana tabacum transgenic plants and it is strongly induced during natural senescence. These results were further confirmed through histochemical analyses. In fact, the 1000-bp 5’ flanking sequences of GmNAC081 is induced by osmotic stress and reticulum endoplasmic stress in different organs and tissues. The 1000-bp sequences of the GmNAC081 promoter were capable of directing GUS expression in the vascular tissue of in vitro cultivated plants. Furthermore, the histochemical analyses of GUS activity confirmed a strong induction of the GmNAC081 promoter in tissues under advanced stages of development. Taken together, these results demonstrate that the induction of GmNAC081 expression by stresses and during senescence occurs at the transcriptional level through positive cis-regulatory elements presents in discrete regions of the promoter. In addition, the pattern of the GmNAC081 promoter activity substantiates the argument that GmNAC081 is involved in the process of natural senescence.

Gliomas são os tumores cefálicos mais comuns na vida adulta, geralmente estão associados a um mau prognóstico. A forma mais agressiva, o Glioblastoma Multiforme (GBM) leva metade de seus pacientes a morte em 12 a 14 meses, e os tratamentos pouco ou nada melhoram esta expectativa. O desenvolvimento de terapias é bastante complexo, uma vez que se trata de um tumor com alta diversidade de células, devido a sua instabilidade genômica. Esta instabilidade interfere no equilíbrio “estequiométrico” da transcrição gênica, implicando alterações na proporção entre proteínas atuantes em um mesmo complexo. Analisando proteínas que participam de um mesmo processo sob uma perspectiva de redes (de interação proteica), pode-se analisar a probabilidade de fluxo de informação entre proteínas conectadas, ponderando pela correlação de expressão gênica, assumindo que altos valores de correlação (de expressão – entre duas proteínas) correspondem a uma maior a probabilidade de fluxo de informação entre elas. Utilizando-se de uma medida de entropia chamada entropia local de rede, é possível analisar a organização do fluxo de informação entre uma determinada proteína e as demais com quem esta se relaciona. O aumento nestes valores de entropia é proposto enquanto uma assinatura sistêmica de tumores, tendo sido primeiramente demonstrada em tumores gástricos, de pulmão, bexiga, pâncreas, fígado e do colo uterino. Compreender como a informação flui ao longo de redes de interação proteica em glioblastomas pode trazer novas perspectivas de tratamento deste tumor. Portanto, este trabalho visa avaliar: I se há aumento da entropia local de rede em glioblastomas quando comparados ao tecido sadio; II: quais os genes responderiam pelo maior aumento de entropia e qual o papel biológico destes genes (em que rotas ou processos biológicos estariam atuando), III: se estas rotas ou processos biológicos apresentam alterações de expressão gênica, e IV: se algum dos genes alterados em nível de transcrição possui associação com prognóstico. Foi verificado: I: que Glioblastomas apresentam um aumento significativo da entropia local de rede em comparação a condição fisiológica normal. II: que os genes de maior ganho de entropia atuam em (28) processos biológicos relacionados com a biologia tumoral; III que estes processos biológicos têm alterações transcricionais (quando comparados com a situação fisiológica normal) em alguns de seus genes; IV que dentre todos os genes diferencialmente expressos nos (28) processos biológicos indicados pelos genes de entropia alterada, os genes PAK6 e MYC tiveram correlação com sobrevida em ambas as coortes analisadas. No entanto ao estratificar por idade, verificamos que esta relação se mantinha apenas em pacientes com idade inferior a 50 anos, onde verificou-se que PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 também tinha correlação com sobrevida, enquanto a expressão de duas formas da cinase dependente de cálcio/calmodulina (CAMK2A e CAMK2B) associou-se a um prognóstico ruim. Um estudo ainda mais aprofundado destes genes, bem como de outras enzimas chave nos processos identificados são promissores no sentido do desenvolvimento de estratégias de combate a glioblastomas. / Gliomas are the most common form of brain tumor in adults, being generally associated with dismal prognosis. Glioblastoma Multiform (GBM) is the most aggressive glioma subtype and – despite the recent advances in therapy regimens and patient care – median survival remains between 12 and 14 months after diagnosis, and the treatment is basically palliative. The development of GBM therapy is a difficult task, given that GBM possesses high levels of genomic instability, which consequently promotes the formation of a variety of highly proliferative, invasive and chemoresistant cell phenotypes. Such a genomic instability in tumors potentially impact the “stoichiometric” balance between functionally related proteins, mostly due to changes in transcriptional activity with these entities. Analyzing protein relations under a protein interaction network perspective allow studying the informational flux probability between linked proteins. It means that linked proteins with positive correlation are more prone to information flux than negatively correlated links. The local network entropy is an index which measures the “disorder” of the informational flux between a protein and its neighbors. Increased local network entropy was recently shown as a systemic hallmark of diverse tumors. However, to best of our knowledge, there are no studies investigating the significance of local network entropy changes in brain tumors thus far. We believe that understanding the network informational flux, and the biological processes affect in this context, can bring new insights on the pathobiology and drugable pathways in GBM. In this study, we aimed to investigate; i) whether the local network entropy of GBM differs from normal brain tissues; ii) which genes displayed increases in entropy and what biological pathways or processes they are involved in; iii) if the identified biological processes/pathways carry differentially expressed genes and; iv) whether some of the differentially expressed belonging to highly entropic pathways are correlated with GBM patients survival. In view of such a aims, our results showed that: i) GBMs showed a significant increase in local network entropy values when compared to non-tumor brain tissues; ii) genes with high entropy played a role in 28 biological processes potentially related to GBM physiopathology; iii) Several genes with the identified pathways were found overexpressed or down-regulated in tumor versus normal brain tissues and; iv) amidst them, the expressions of PAK6, PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 predicted better prognosis, while overexpression of two Calcium/Calmodulin Kinase isoforms (CAMK2A e CAMK2B) were correlated to poor prognosis; an effect only observed in patients younger (<50 years-old) at the age of diagnosis. In summary, this study shows that local network entropy in combination with pathway enrichment analysis are a useful strategy to improve our knowledge on the biological alterations as well as genes relevant to prognosis in GBM under a systems biology perspective.