Der Parasit P. falciparum überlebt die Abwesenheit von Moskitos während langer Trockenzeiten in asymptomatischen Infektionen, die sich durch die Zirkulation von Parasiten älterer Entwicklungsstadien auszeichnen. Im Gegensatz dazu, zirkulieren in klinischer Malaria nur junge Parasiten und ältere Stadien binden das vaskuläre Endothel. Diese Arbeit zielte darauf ab das Verständnis der Malariapersistenz zu verbessern und die Faktoren, die zur längeren Zirkulation des Parasiten beitragen, zu entschlüsseln. Zunächst untersuchten wir die Expression der var-Gene, einer Familie von Oberflächen-Antigenen in Plasmodium mit großer Bedeutung für die Zytoadhäsion. Asymptomatischen Infektionen waren nicht mit spezifischen var-Genen assoziiert, exprimierten allerdings eine geringere Anzahl an var Genen, korreliert mit niedrigerer Parasitämie und höheren Antikörpertitern, nicht aber mit Komplexität der Infektion. Dann ermittelten wir die Transkription von Genen mit Expression in Gametozyten, den Parasitenstadien, die für die Übertragung zum Moskito verantwortlich sind. Transkriptionsanalysen zeigten eine höhere Proportion von Gametozyten in der Trockenzeit, aber keine Unterschiede in der Gametozytenentwicklung. In einem mathematischen Modell war der Anstieg der Populationsfrequenz von Gametozyten ohne Änderungen in der Gametozytogenese durch eine erhöhte Clearance asexueller Formen erklärbar. Zuletzt untersuchten wir die Effekte langer Parasitenreplikation im selben Wirt durch den Vergleich asymptomatischer Infektionen unterschiedlicher Länge in der Regenzeit. Lange Infektionen in der Regenzeit teilten einige Charakteristika, wie die erhöhte Expression von Gametozytengenen, mit Infektionen am Ende der Trockenzeit. Darüber hinaus fanden wir Infektionen mit langer Parasitenzirkulation - ähnlich persistierenden Infektionen der Trockenzeit - und Infektionen, in denen, wie in klinischer Malaria, junge Parasiten zirkulierten, dies war jedoch unabhängig von der Infektionsdauer. / P. falciparum parasites survive long mosquito-free dry seasons as asymptomatic infections, which are marked by longer circulation time of P. falciparum parasites within its 48-h asexual replication cycle. While in clinical malaria cases only young parasites are found in circulation, with older forms adhering to the vascular endothelium to avoid clearance by the spleen, in end-dry season infections also older stages circulate. Here, we aimed to better understand persistence, and asked what factors contribute to development of the long circulating phenotype found at the end of the dry season. First, we investigated expression of var genes, a family of Plasmodium surface antigens crucial for cytoadhesion, in clinical and asymptomatic infections. Asymptomatic infections were not associated with any specific binding phenotype but expressed a lower number of var genes, correlated to lower parasitemia, higher levels of anti-Plasmodium antibodies but not with complexity of infection. Then, we determined transcription of genes associated with P. falciparum’s mosquito-infectious life-cycle stages, gametocytes. We found indication of a higher proportion of gametocytes in asymptomatic infections, however no difference in gametocytogenesis. In a mathematical model, this increased proportion of gametocytes could be explained by an increased clearance of asexual forms in long, persistent infections without changes in gametocytogenesis. Last, we investigated the effects of long replication in the same host in P. falciparum by comparing wet season asymptomatic infections of different length. In the wet season, long asymptomatic infections shared some features with end-dry season infections, gametocyte-related genes were more highly expressed. Asymptomatic wet season infections showed a mixture of clinical malaria-like young circulating and end-dry season like old circulating infections. However, circulation time of asexual stages was apparently not linked to infection length.

Messenger RNA (mRNA) is transcribed by RNA polymerase II (Pol II) and has to undergo multiple processing events before it can be translated into a protein: a cap structure is added to its 5’ end, noncoding, intervening sequences (introns) are removed and coding exons are ligated together and a poly(A) tail is added to its 3’end. Splicing, the process of intron removal, is carried out in the spliceosome, a megacomplex comprehending up to 300 proteins. The core components of the spliceosome that directly interact with the pre-mRNA are the small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs). They consist of one of the U-rich snRNAs U1, U2, U4, U5 or U6 together with several particle-specific proteins and core proteins. All mRNA processing events can occur co-transcriptionally, i.e. while the RNA is still attached to the gene via Pol II. The in vivo studies of co-transcriptional RNA processing events had been possible only in special biological systems by immunoelectron microscopy and only recently, Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) made it possible to investigate cotranscriptional splicing factor assembly on genes. My thesis work is divided into two parts: Part I shows that the core components of the splicing machinery are recruited co-transcriptionally to mammalian genes in vivo by ChIP. The co-transcriptional splicing factor recruitment is dependent on active transcription and the presence of introns in genes. Furthermore, a new assay was developed that allows for the first time the direct monitoring of co-transcriptional splicing in human cells. The topoisomerase I inhibitor camptothecin increases splicing factor accumulation on the c-fos gene as well as co-transcriptional splicing levels, which provides direct evidence that co-transcriptional splicing events depend on the kinetics of RNA synthesis. Part II of the thesis is aimed to investigate whether Pol II has a functional role in the biogenesis of the U6 snRNA, which is the RNA part of the U6 snRNP involved in splicing. Pol III had been shown to transcribe the U6 snRNA gene, but ChIP experiments revealed that Pol II is associated with all the active U6 snRNA gene promoters. Pol II inhibition studies uncovered that U6 snRNA expression and probably 3’end formation is dependent on Pol II.

Software support for the generation of good Braille has historically been hampered by fragmented and small markets. Some languages have good commercial support, others are lacking. Fortunately Liblouis, an open source tool for complete Braille transcription services, is emerging as a universal solution. Liblouis provides Braille translation for literary and computer Braille, offers support for contracted and uncontracted translation for many languages and includes support for Braille mathematics codes such as Nemeth. Liblouis also provides Braille formatting, which can handle many document formats including DTBook XML. Both the translation and the formatting can easily be adapted to new languages and document formats. This paper shows how Liblouis will be used at the Swiss Library for the Blind and Visually Impaired to integrate Braille generation into a production workflow based around DTBook XML.

This paper discusses how four people in the Swedish Radio station P3, together interact to account therapy trends towards a third party. The focus is on whether, and if so, how they collaborate to make the conversation intelligible for radio listeners. This is done by means of conversation analysis and methods developed by the CA. The result is interesting when the conversation participants do not follow their expected roles as broadcasters and experts while they disagree about the communicative projects to be carried out. / Denna uppsats behandlar interaktionen mellan fyra personer i ett radiosamtal i Sveriges Radioskanal P3. Fokus ligger på om och i så fall hur de samarbetar för att göra samtalet begripligt för radiolyssnarna. Detta görs med hjälp av samtalsanalys och metoder utarbetade inom CA. Resultaten är intressanta då samtalets deltagare inte följer sina förväntade roller som programledare respektive expert, samtidigt som deltagarna är oense om vilka kommunikativa projekt som ska utföras.

Characteristics as unknown cause, complicated pathophysiology and a great amount of complexity are describing systemic lupus erythematosus (SLE) more than well. It’s an autoimmune disease that is almost exclusive for women in their reproductive years and are believed to correlate with both genetics and environmental factors. Risk factors like stress, usage of cigarettes or birth controls with estrogen and infections are believed to trigger the progression of SLE. The spectra of therapeutic drugs are narrow due to the complexity and requirement of financial resources for scientific causes. Treatment is mainly symptomatic. The alternative splicing (AS) is a highly complex mechanism that is essential and are able to generate a great diversity of proteins encoded by the same gene are referred to as isoforms. Splicing occurs after the transcription that generates pre-mRNA because the exons need to fuse together and excision of introns. In patients with cancer diagnosis, they have observed that progression of disease and AS are correlated by the means of isoforms and splicing regulators. In studies, the relevance of alternative splicing events in SLE has been shown for both splicing regulators like SRSF1 and different isoforms for example CD44 and CD45. The aim of this study was to evaluate the potential biomarker AS in SLE.  This study of literature started with looking for clinical trials within databases like PubMed and Web of Science, that matched the aim of the study. Usage of terms like ‘SLE and biomarker’ och ‘SLE and alternative splicing’ etcetera. After inclusion of six scientific articles the author started the work with this literature of study.  Results gave strong indications that usage of alternative splicing as biomarker do have strong potential. Although the need of more goal-oriented scientific studies is required. Results from all six studies can be summarized by the line of argument that AS, in different ways, are somehow involved in the pathogenesis and progression of SLE. Both spliceosome, isoforms, splicing factors, other proteins and is also a possible, in the future, therapeutic target for example monoclonal antibodies. Other therapeutic targets maybe against phosphatases and kinases. New strategies are going to bring hope for the patients that are suffering from SLE, especially when the disease is active for 2–3 years. Being able to individualize treatment are going to generate a better quality of life for many SLE patients and usage of AS as a biomarker for disease severity.

A major challenge in life sciences is the understanding of mechanisms that regulate the expression of genes. An important step towards this goal is the ability to identify transcriptional regulatory elements like binding sites for transcription factors. In computational biology, a popular approach for this task is comparative sequence analysis using both distantly as well as closely related species. Although this method has successfully identified conserved regulatory regions, the majority of binding sites can change rapidly even between closely related species. This makes it difficult to detect them using DNA sequences alone. In this thesis, we introduce two new approaches for the detection and evolutionary analysis of transcriptional elements that consider the challenges of binding site turnover. In the first part, we develop a method for detecting homologous motifs in a given set of sequences in order to obtain evidence for evolutionary events and turnover. Based on a detailed theoretical scaffold, we develop a simple, but effective and efficient heuristic for assembling local pairwise sequence alignments into a local multiple sequence alignment. This kind of multiple alignment only contains conserved motifs represented in columns which satisfy the order implied by the underlying sequences. By favoring motifs that are contained in a great range of sequences, our method is additionally able to detect even small conserved motifs. Furthermore, the calculation of the initial local pairwise alignments is generic. This allows the use of fast heuristic methods in case of large data sets while exact alignment programs can be used for small data sets where detailed information is needed. Application to artificial as well as biological data sets demonstrate the capabilities of our algorithm. In the second part, we propose a conceptually simple, but mathematically non-trivial, phenomenological model for the binding site turnover at a genomic locus. The model is based on the assumption that binding sites have a constant rate of origination and a constant decay rate per binding site. The elementary derivation of the transient probability distribution is affirmed by simulations of sequence evolution as well as biological data. Based on the derived distribution, we develop a phenomenological model of binding site number dynamics in order to detect changes in selective constraints acting on transcription factor binding sites. Using a maximum likelihood implementation as well as exploratory data analysis, we show the functionality of the model by identifying functionally important changes in the evolutionary turnover rates on biological data. Each part of this thesis leads to the development of a new program. While Tracker allows the computation of conserved homologous motifs and their representation in a local multiple alignment, Creto determines the evolutionary turnover rates for arbitrary clades of a phylogenetic tree with given binding site numbers at the final taxa. Both software tools are freely available to the scientific community for further research in this important and exciting field.

Die vorliegende Arbeit fließt mit ein in das Projekt Russisch aktuell – erklärt – geübt – beherrscht, das die umfassende Beschreibung der russischen Gegenwartssprache zum Ziel hat. Dieses Projekt wurde in erster Linie für die Ausbildung von Dolmetschern und Übersetzern am Institut für Angewandte Linguistik und Translatologie an der Universität Leipzig von den Wissenschaftlern und Lehrkräften des Instituts gemeinsam mit ihren Kollegen vom Institut für Slawistik und vom Universitätsrechenzentrum entwickelt und betreut. Es verbindet die wissenschaftliche Analyse und Beschreibung sämtlicher Bereiche der russischen Gegenwartssprache mit der praxisnahen Vermittlung von Lehrinhalten zum Erwerb der russischen Sprache auf hohem Niveau. Es ist in einzelne Teilprojekte untergliedert. Ein Teilprojekt ist das Russische Universalwörterbuch (RUW). Dieses Universalwörterbuch beschränkt sich nicht auf den appellativischen Wortschatz der deutschen und der russischen Sprache, sondern erstreckt sich darüber hinaus weit in den niemals vollständig zu erfassenden Wortschatzbereich der Eigennamen beider Sprachen. Das so entstehende Namenwörterbuch soll perspektivisch einen umfassenden Bestand an russischen und deutschen Eigennamen (Personen- und Ortsnamen) enthalten. Im Rahmen der Wörterbucherstellung haben B. Bendixen und H. Rothe einen Algorithmus für die computergestützte automatische Transkription bzw. Transliteration in der Sprachrichtung russisch-deutsch nach verschiedenen Transliterations- bzw. Transkriptionsnormen (DIN1460, ISO9, ГОСТ bzw. eng., franz. Trans-kription und Dudentranskription) entwickelt. Normen mit ähnlich präskriptiver Wirkung gibt es für die Transkription in der Sprachrichtung deutsch-russisch nicht. Zwar wurde 1974 von der Hauptverwaltung für Geodäsie und Kartographie beim Ministerrat der UdSSR (russ. Главное управление геодезии и картографии при Совете Министров СССР) eine für alle Ämter und Behörden der UdSSR verbindliche Richtlinie für die Wiedergabe deutscher Namen herausgegeben, auf deren Grundlage vom Ministerrat der Deutschen Demokratischen Republik, Ministerium für Nationale Verteidigung eine für die Erstellung zweisprachiger Karten verbindliche Richtlinie erarbeitet wurde, die 1985 in Kraft trat. Doch mit dem Untergang der beiden Regimes verloren beide Richtlinien Transkription deutscher Siedlungsnamen ins Russische ihre Verbindlichkeit, die sich auch zuvor bereits nur auf den amtlichen Bereich erstreckt hatte. Eine allgemeingültige, von Übersetzern, Kartographen, Journalisten und anderen, die mit deutschen Namen in russischen Texten arbeiten, verwendete Norm, wie dies in der Gegenrichtung die Dudentranskription darstellt, existiert nicht. Ziel dieser Arbeit ist es daher, einen Überblick über sämtliche für die Praxis der deutsch-russischen Wiedergabe von Siedlungsnamen relevanten Transkriptionsregeln zu geben und die theoretischen Grundlagen für die Automatisierung der Wiedergabe deutscher Siedlungsnamen im Russischen zu legen. Darauf aufbauend soll der von B. Bendixen und H. Rothe entwickelte Pattern-Matching-Algorithmus für die Wiedergabe deutscher Siedlungsnamen in russischer Schrift verifiziert und ausgebaut werden. Eine Darstellung der Theorie und Praxis der deutsch-russischen Transkription von Siedlungsnamen in der angestrebten Beschreibungstiefe liegt bisher nicht vor. Die russischsprachigen Standardwerke zu den Themen Eigennamenwiedergabe in russischen Texten und praktische Transkription Inostrannye imena i nazvanija v russkom tekste von R. S. Giljarevskij (Giljarevskij/Starostin 1985) und Teoretičeskie osnovy praktičeskoj transkripcii von A. V. Superanskaja (Superanskaja, 1978) legen die Grundprinzipien der Eigennamenwiedergabe im Russischen umfassend dar. Diese Prinzipien haben auch heute noch Gültigkeit, nur müssen sie, obgleich sie für den Humanübersetzer formuliert wurden, in einem immer stärker durch Automatisierung geprägten Arbeitsumfeld umgesetzt werden. Praxisorientierte Arbeiten zum Thema automatische Transkription haben die Wissenschaftler um A. V. Bondarenko vorgelegt (Bondarenko et al. 2004). Ihnen ist die Entwicklung eines mehrsprachigen Transkriptionswerkzeugs zu verdanken, das die einheitliche, ausgangssprachenorientierte Wiedergabe von Personennamen ermöglicht. Das Programm CrossTransScriba wurde für die Anwendung in staatlichen Institutionen, im internationalen Grenzverkehr sowie in Wissenschaft und Publizistik entwickelt. Es soll bei der Visavergabe angewendet werden, um sicherzustellen, dass für jeden Menschen, der in die Russische Föderation einreist und dessen amtlicher Name nicht in russischer Kyrilliza geschrieben ist, eine einzige, nach den Ausspracheregeln der entsprechenden Ursprungssprache transkribierte russische Namensform vergeben wird. Folglich ist der von Bondarenko et al. verfolgte Ansatz ausschließlich normativ. Die Umsetzung in kyrillische Schrift erfolgt nicht unmittelbar aus dem Schriftbild, sondern wird durch seine phonetische Umschrift des Namens vermittelt (vgl. Bondarenko et al. 2004:5). Transliterierende Elemente, wie sie bei der Transkription durchaus vorkommen, werden bei dieser rein ausspracheorientierten Wiedergabe nicht mit einbezogen. Im Hinblick auf die Wiedergabe von Siedlungsnamen ist ein ausschließlich normativer Ansatz wenig sinnvoll. Handelt es sich doch bei Siedlungsnamen meist um Eigennamen, für die in der Zielsprache bereits Namensformen existieren. Diese Namensformen müssen selbst dann, wenn sie von den Transkriptionsregeln abweichen, berücksichtigt werden. Der in der vorliegenden Arbeit verfolgte Ansatz verbindet daher sowohl normative als auch deskriptive Elemente.

Software support for the generation of good Braille has historically been hampered by fragmented and small markets. Some languages have good commercial support, others are lacking. Fortunately Liblouis, an open source tool for complete Braille transcription services, is emerging as a universal solution. Liblouis provides Braille translation for literary and computer Braille, offers support for contracted and uncontracted translation for many languages and includes support for Braille mathematics codes such as Nemeth. Liblouis also provides Braille formatting, which can handle many document formats including DTBook XML. Both the translation and the formatting can easily be adapted to new languages and document formats. This paper shows how Liblouis will be used at the Swiss Library for the Blind and Visually Impaired to integrate Braille generation into a production workflow based around DTBook XML.

Covalent histone modifications such as methylation, acetylation as well as differential incorporation of histone variants are shown to coincide with different chromatin compartments and mark active or repressed genes. Msc1 is one of the seven JmjC Domain Proteins (JDPs) in Fission Yeast. JDPs are known to function in chromatin and some act as histone demethylases. We found that Msc1 is a member of Swr1 Complex which is known to exchange histone H2A variant H2A.z in nucleosomes. We purified H2A.z as a member of Swr1 Complex and its interaction with Swr1 Complex depends on Swr1. We’ve shown that histone H4 Lysine 20 trimethylation (H4 K20 Me3) is lost in h2A.z and msc1 deletion strains and these strains are sensitive to UV. Deletion strain of h2A.z is sensitive to Camptothecin. Histones H3 and H4 are obtained in Msc1 and H2A.z purifications and we’ve shown that histone H4 from these purifications has low level of Lysine 16 acetylation (H4 K16 Ac). Deletion strains of h2A.z, swr1 and msc1 are shown to be sensitive to TSA, a histone deacetylase (HDAC) inhibitor suggesting that H2A.z cooperates with HDACs. TSA treatment of wild type cells cause an increase in H4 K16 Ac and a decrease in H4 K20 Me3. Gene expression profiles of h2A.z, swr1 and msc1 are significantly similar and upregulated genes in deletion strains localize at chromosome ends (a region of 160 kb for each end). The number of stress or meiotic inducible genes is increased in deletion strains suggesting that H2A.z has a role in regulation of inducible genes. We suggest that H2A.z, in cooperation with HDACs, functions in regulation of chromatin accessibility of inducible promoters.

Mit der Wiederentdeckung der Musik Johann Sebastian Bachs im 19. Jahrhundert kamen Klaviertranskriptionen von dessen Kompositionen, insbesondere seiner Orgelwerke, in Mode. Dementsprechend stammen aus dieser Zeit die wohl bekanntesten Beiträge zum Genre (z.B. von Busoni, Reger, Liszt, Stradal), aber auch im 20. Jahrhundert, zu Zeiten der historischen Aufführungspraxis, nähern sich Komponistinnen und Pianistinnen bis heute den Werken Bachs durch Klaviertranskriptionen an (z.B. Kempff, Kurtág, Kabalewsky, Bartók). Das Spektrum der Klaviertranskriptionen reicht von einer reinen Übertragung des Notentextes auf die spieltechnischen Möglichkeiten des Konzertflügels, über Bearbeitungen, die versuchen den Orgelklang so authentisch wie möglich auf dem Klavier zu imitieren, bis hin zur freien ›Nachdichtung‹. Die vorliegenden Analysen untersuchen, inwiefern die Bearbeiter die Werke Bachs an ihre eigenen, dem Zeitgeist entsprechenden Klangvorstellungen anpassten und wie weit die Bearbeitungen somit als Zeugnisse der Interpretations- und Rezeptionsgeschichte, aber auch der individuellen Klangvorstellung der Komponisten angesehen werden können. / With the rediscovery of Johann Sebastian Bach’s music in the nineteenth century, piano transcriptions of his compositions, especially his organ works, became fashionable. Accordingly, the most well-known contributions to the genre originate from this period (e.g., Busoni, Reger, Liszt, Stradal). But also in the twentieth century, in times of historical performance practice, composers and pianists continued to approach Bach’s works through piano transcriptions (e.g., Kempff, Kurtág, Kabalewsky, Bartók). The spectrum of piano transcriptions ranges all the way from a mere transfer of the organ score onto the concert piano’s technical possibilities to arrangements that attempt to imitate the organ sound as authentically as possible on the piano to free adaption. The following analyses examine to what extent the arrangers adapted Bach’s works to their own concept of sound corresponding to the zeitgeist and to what extent the arrangements can thus be regarded as testimonies to the history of interpretation and reception as well as the composers’ individual sound conceptions.