ALLGEMEINE VORBEMERKUNG Bei der hier vorliegenden Transkription des Briefwechsels zwischen Christian Wolff (1679–1754) und Ernst Christoph von Manteuffel (1676–1749) handelt es sich um eine Vorabedition. Sie hat den ausschließlichen Zweck, dem interessierten Fachpublikum die Textmaterialien frühzeitig zu Forschungszwecken zugänglich zu machen. Die historisch-kritische Edition des Wolff-Manteuffel-Briefwechsels selbst ist auf drei Bände angelegt und wird nur in gedruckter Form erscheinen. Diese beinhaltet zusätzlich zu den Brieftexten informative Einleitungen, editorische Apparate (textkritischer Apparat, Variantenapparat und Sachapparat), Indizes und eine ausführliche Bibliographie sowie zeitgenössische Dokumente im Anhang, die im unmittelbaren Zusammenhang mit den edierten Briefen stehen. Die hier präsentierte Open Access-Edition der Transkription des reinen Briefmaterials ist zwar weitgehend zeilenidentisch, nicht aber seitenidentisch mit der dann gedruckt erscheinenden Fassung. Sie stimmt in Brief- und Zeilennummer mit der gedruckten Fassung überein. Daher wird empfohlen, immer unter Angabe von Brief- und Zeilennummer zu zitieren. Bei der noch laufenden Arbeit an der historisch-kritischen Edition, die 2017 abgeschlossen sein wird, können sich jedoch in einzelnen Fällen noch Abweichungen ergeben, und es ist nicht ausgeschlossen, dass vereinzelt Transkriptionsfehler korrigiert werden müssen. Es ist deswegen geplant, die hier vorliegende Vorabedition (Stand Februar 2013) durch eine endgültige Fassung zu ersetzen, sobald die gedruckte Ausgabe vorliegt. Beide Fassungen, die Buchfassung sowie die endgültige Open Access-Fassung der Transkriptionen, werden dann, was Text und Zeilennummerierung betrifft, vollständig identisch sein. RICHTLINIEN FÜR DIE TRANSKRIPTION Überlieferung In der Überlieferung werden die Quellen der für den Fließtext berücksichtigten Texte genannt. Alle Quellen entstammen der Universitätsbibliothek Leipzig (UBL). Danach folgt die Signatur und die Folio-Angabe. Da es sich bei den Briefen Manteuffels zumeist um Abschriften oder Reinschriften seiner Sekretäre handelt, wird, sofern es sich um Originale aus Manteuffels Hand handelt, dies eigens vermerkt. In allen anderen Fällen handelt es sich um Abschriften oder Reinschriften von der Hand der Sekretäre Manteuffels. Die Briefe Wolffs sind ohne Ausnahme im Original erhalten, sodass darauf verzichtet wird, dies eigens zu vermerken. In einigen Fällen finden sich am oberen oder unteren Seitenrand der Wolff-Briefe und auch mancher Briefe Manteuffels Vermerke Manteuffels. Diese weisen u. a. darauf hin, wann er auf den entsprechend vorliegenden Brief Wolffs geantwortet hat. Auch diese Informationen werden unter „Überlieferung“ dokumentiert. Sollte ein solcher Antwortbrief nicht erhalten sein, wird dies eigens vermerkt; sollte er erhalten sein, wird auf die entsprechende Briefnummer verwiesen. Transkription Die Briefe werden weitgehend diplomatisch transkribiert. Es wird so sparsam wie möglich in den Text eingegriffen. Die sprachlichen Eigenarten der deutschen Briefe Christian Wolffs und der französischen Briefe Ernst Christoph von Manteuffels werden beibehalten. Die Akzentsetzung in den französischen Briefen wird so übernommen, wie sie Manteuffel und seine Sekretäre vorgenommen haben. Auch eindeutige grammatikalische Fehler in den Brieftexten werden nicht verbessert. Eingriffe in den Text haben wir hingegen in folgenden Fällen vorgenommen: Ein neuer Satz wird immer mit einem Großbuchstaben begonnen. Auch Anreden und Ehrenbezeigungen aller Art werden einheitlich groß geschrieben. Ansonsten wird die Groß- und Kleinschreibung beibehalten wie im Original. Das ‚ÿ‘ in den deutschsprachigen Briefen wird als ‚y‘ wiedergegeben. ‚m‘ und ‚n‘ mit Makron werden genauso aufgelöst wie Umlautligaturen, die vor allem in lateinischen Passagen vorkommen. Das handschriftliche Kürzel für die ‚en‘-Endung wird ebenfalls aufgelöst. Die verschliffene Endung (l-ähnliche Suspensionsschleife), die u. a. bei Städtenamen verwendet wird, geben wir durch einen Punkt wieder (z. B. im Falle Marburgs: Marbl = Marb.). Im Original unterstrichene Textteile werden kursiv gesetzt. In Fällen, in denen Wörter oder einzelne Textpassagen nahezu unleserlich oder schwer leserlich sind, werden spitze Klammern ‚<...>‘ für editorische Konjekturen und Lesevorschläge benutzt; eckige Klammern ‚[...]‘ werden gesetzt, wenn die Stelle unleserlich ist (z. B. bei Tintenfraß oder durchgestrichenen, nicht mehr entzifferbaren Textteilen).

ALLGEMEINE VORBEMERKUNG Bei der hier vorliegenden Transkription des Briefwechsels zwischen Christian Wolff (1679–1754) und Ernst Christoph von Manteuffel (1676–1749) handelt es sich um eine Vorabedition. Sie hat den ausschließlichen Zweck, dem interessierten Fachpublikum die Textmaterialien frühzeitig zu Forschungszwecken zugänglich zu machen. Die historisch-kritische Edition des Wolff-Manteuffel-Briefwechsels selbst ist auf drei Bände angelegt und wird nur in gedruckter Form erscheinen. Diese beinhaltet zusätzlich zu den Brieftexten informative Einleitungen, editorische Apparate (textkritischer Apparat, Variantenapparat und Sachapparat), Indizes und eine ausführliche Bibliographie sowie zeitgenössische Dokumente im Anhang, die im unmittelbaren Zusammenhang mit den edierten Briefen stehen. Die hier präsentierte Open Access-Edition der Transkription des reinen Briefmaterials ist zwar weitgehend zeilenidentisch, nicht aber seitenidentisch mit der dann gedruckt erscheinenden Fassung. Sie stimmt in Brief- und Zeilennummer mit der gedruckten Fassung überein. Daher wird empfohlen, immer unter Angabe von Brief- und Zeilennummer zu zitieren. Bei der noch laufenden Arbeit an der historisch-kritischen Edition, die 2017 abgeschlossen sein wird, können sich jedoch in einzelnen Fällen noch Abweichungen ergeben, und es ist nicht ausgeschlossen, dass vereinzelt Transkriptionsfehler korrigiert werden müssen. Es ist deswegen geplant, die hier vorliegende Vorabedition (Stand Februar 2013) durch eine endgültige Fassung zu ersetzen, sobald die gedruckte Ausgabe vorliegt. Beide Fassungen, die Buchfassung sowie die endgültige Open Access-Fassung der Transkriptionen, werden dann, was Text und Zeilennummerierung betrifft, vollständig identisch sein. RICHTLINIEN FÜR DIE TRANSKRIPTION Überlieferung In der Überlieferung werden die Quellen der für den Fließtext berücksichtigten Texte genannt. Alle Quellen entstammen der Universitätsbibliothek Leipzig (UBL). Danach folgt die Signatur und die Folio-Angabe. Da es sich bei den Briefen Manteuffels zumeist um Abschriften oder Reinschriften seiner Sekretäre handelt, wird, sofern es sich um Originale aus Manteuffels Hand handelt, dies eigens vermerkt. In allen anderen Fällen handelt es sich um Abschriften oder Reinschriften von der Hand der Sekretäre Manteuffels. Die Briefe Wolffs sind ohne Ausnahme im Original erhalten, sodass darauf verzichtet wird, dies eigens zu vermerken. In einigen Fällen finden sich am oberen oder unteren Seitenrand der Wolff-Briefe und auch mancher Briefe Manteuffels Vermerke Manteuffels. Diese weisen u. a. darauf hin, wann er auf den entsprechend vorliegenden Brief Wolffs geantwortet hat. Auch diese Informationen werden unter „Überlieferung“ dokumentiert. Sollte ein solcher Antwortbrief nicht erhalten sein, wird dies eigens vermerkt; sollte er erhalten sein, wird auf die entsprechende Briefnummer verwiesen. Transkription Die Briefe werden weitgehend diplomatisch transkribiert. Es wird so sparsam wie möglich in den Text eingegriffen. Die sprachlichen Eigenarten der deutschen Briefe Christian Wolffs und der französischen Briefe Ernst Christoph von Manteuffels werden beibehalten. Die Akzentsetzung in den französischen Briefen wird so übernommen, wie sie Manteuffel und seine Sekretäre vorgenommen haben. Auch eindeutige grammatikalische Fehler in den Brieftexten werden nicht verbessert. Eingriffe in den Text haben wir hingegen in folgenden Fällen vorgenommen: Ein neuer Satz wird immer mit einem Großbuchstaben begonnen. Auch Anreden und Ehrenbezeigungen aller Art werden einheitlich groß geschrieben. Ansonsten wird die Groß- und Kleinschreibung beibehalten wie im Original. Das ‚ÿ‘ in den deutschsprachigen Briefen wird als ‚y‘ wiedergegeben. ‚m‘ und ‚n‘ mit Makron werden genauso aufgelöst wie Umlautligaturen, die vor allem in lateinischen Passagen vorkommen. Das handschriftliche Kürzel für die ‚en‘-Endung wird ebenfalls aufgelöst. Die verschliffene Endung (l-ähnliche Suspensionsschleife), die u. a. bei Städtenamen verwendet wird, geben wir durch einen Punkt wieder (z. B. im Falle Marburgs: Marbl = Marb.). Im Original unterstrichene Textteile werden kursiv gesetzt. In Fällen, in denen Wörter oder einzelne Textpassagen nahezu unleserlich oder schwer leserlich sind, werden spitze Klammern ‚<...>‘ für editorische Konjekturen und Lesevorschläge benutzt; eckige Klammern ‚[...]‘ werden gesetzt, wenn die Stelle unleserlich ist (z. B. bei Tintenfraß oder durchgestrichenen, nicht mehr entzifferbaren Textteilen).

ALLGEMEINE VORBEMERKUNG Bei der hier vorliegenden Transkription des Briefwechsels zwischen Christian Wolff (1679–1754) und Ernst Christoph von Manteuffel (1676–1749) handelt es sich um eine Vorabedition. Sie hat den ausschließlichen Zweck, dem interessierten Fachpublikum die Textmaterialien frühzeitig zu Forschungszwecken zugänglich zu machen. Die historisch-kritische Edition des Wolff-Manteuffel-Briefwechsels selbst ist auf drei Bände angelegt und wird nur in gedruckter Form erscheinen. Diese beinhaltet zusätzlich zu den Brieftexten informative Einleitungen, editorische Apparate (textkritischer Apparat, Variantenapparat und Sachapparat), Indizes und eine ausführliche Bibliographie sowie zeitgenössische Dokumente im Anhang, die im unmittelbaren Zusammenhang mit den edierten Briefen stehen. Die hier präsentierte Open Access-Edition der Transkription des reinen Briefmaterials ist zwar weitgehend zeilenidentisch, nicht aber seitenidentisch mit der dann gedruckt erscheinenden Fassung. Sie stimmt in Brief- und Zeilennummer mit der gedruckten Fassung überein. Daher wird empfohlen, immer unter Angabe von Brief- und Zeilennummer zu zitieren. Bei der noch laufenden Arbeit an der historisch-kritischen Edition, die 2017 abgeschlossen sein wird, können sich jedoch in einzelnen Fällen noch Abweichungen ergeben, und es ist nicht ausgeschlossen, dass vereinzelt Transkriptionsfehler korrigiert werden müssen. Es ist deswegen geplant, die hier vorliegende Vorabedition (Stand Februar 2013) durch eine endgültige Fassung zu ersetzen, sobald die gedruckte Ausgabe vorliegt. Beide Fassungen, die Buchfassung sowie die endgültige Open Access-Fassung der Transkriptionen, werden dann, was Text und Zeilennummerierung betrifft, vollständig identisch sein. RICHTLINIEN FÜR DIE TRANSKRIPTION Überlieferung In der Überlieferung werden die Quellen der für den Fließtext berücksichtigten Texte genannt. Alle Quellen entstammen der Universitätsbibliothek Leipzig (UBL). Danach folgt die Signatur und die Folio-Angabe. Da es sich bei den Briefen Manteuffels zumeist um Abschriften oder Reinschriften seiner Sekretäre handelt, wird, sofern es sich um Originale aus Manteuffels Hand handelt, dies eigens vermerkt. In allen anderen Fällen handelt es sich um Abschriften oder Reinschriften von der Hand der Sekretäre Manteuffels. Die Briefe Wolffs sind ohne Ausnahme im Original erhalten, sodass darauf verzichtet wird, dies eigens zu vermerken. In einigen Fällen finden sich am oberen oder unteren Seitenrand der Wolff-Briefe und auch mancher Briefe Manteuffels Vermerke Manteuffels. Diese weisen u. a. darauf hin, wann er auf den entsprechend vorliegenden Brief Wolffs geantwortet hat. Auch diese Informationen werden unter „Überlieferung“ dokumentiert. Sollte ein solcher Antwortbrief nicht erhalten sein, wird dies eigens vermerkt; sollte er erhalten sein, wird auf die entsprechende Briefnummer verwiesen. Transkription Die Briefe werden weitgehend diplomatisch transkribiert. Es wird so sparsam wie möglich in den Text eingegriffen. Die sprachlichen Eigenarten der deutschen Briefe Christian Wolffs und der französischen Briefe Ernst Christoph von Manteuffels werden beibehalten. Die Akzentsetzung in den französischen Briefen wird so übernommen, wie sie Manteuffel und seine Sekretäre vorgenommen haben. Auch eindeutige grammatikalische Fehler in den Brieftexten werden nicht verbessert. Eingriffe in den Text haben wir hingegen in folgenden Fällen vorgenommen: Ein neuer Satz wird immer mit einem Großbuchstaben begonnen. Auch Anreden und Ehrenbezeigungen aller Art werden einheitlich groß geschrieben. Ansonsten wird die Groß- und Kleinschreibung beibehalten wie im Original. Das ‚ÿ‘ in den deutschsprachigen Briefen wird als ‚y‘ wiedergegeben. ‚m‘ und ‚n‘ mit Makron werden genauso aufgelöst wie Umlautligaturen, die vor allem in lateinischen Passagen vorkommen. Das handschriftliche Kürzel für die ‚en‘-Endung wird ebenfalls aufgelöst. Die verschliffene Endung (l-ähnliche Suspensionsschleife), die u. a. bei Städtenamen verwendet wird, geben wir durch einen Punkt wieder (z. B. im Falle Marburgs: Marbl = Marb.). Im Original unterstrichene Textteile werden kursiv gesetzt. In Fällen, in denen Wörter oder einzelne Textpassagen nahezu unleserlich oder schwer leserlich sind, werden spitze Klammern ‚<...>‘ für editorische Konjekturen und Lesevorschläge benutzt; eckige Klammern ‚[...]‘ werden gesetzt, wenn die Stelle unleserlich ist (z. B. bei Tintenfraß oder durchgestrichenen, nicht mehr entzifferbaren Textteilen).

Interleukin-10 (IL-10) is an important regulator of immune responses secreted by different cell types. Previous results from our group suggested that the biological effects of this cytokine critically depend on its cellular source. Recent studies reported IL-10 dependent immunosuppressive functions of a specialized subset of regulatory B cells and mast cells. These results relied on adoptive cell transfers, a technique which can potentially introduce artifacts. Therefore, we aimed to readdress these questions in independent models using IL-10 transcriptional reporter mice and various conditional IL-10 mutant mice. Findings in IL-10 reporter system suggested prominent IL-10 transcription in regulatory B cells upon LPS administration. Exposure of mice to contact allergen revealed robust reporter expression in CD8 T cells, moderate to mild reporter expression in CD4 T cells and dendritic cells (DC) respectively, and lack of reporter expression in B cells, mast cells and NK cells in allergen challenged ears. We generated cell-type specific IL-10 mutants by Cre/LoxP-mediated conditional gene inactivation. Efficiency and specificity of Cre-mediated recombination was demonstrated by Southern blot and PCR methods. Various immunogenic challenges in conditional IL-10 mutants did not reveal a role for B cell-derived IL-10 in restraining innate TLR or T cell-dependent inflammatory responses. Likewise, mice with selective inactivation of the il10 gene in mast cells exhibited normal CHS responses and unaltered immune response to CpG oligodeoxynucleotides. On the other hand, DC-specific IL-10 mutants developed excessive inflammatory responses to contact allergens, while innate responses to TLR ligands were not altered. This indicates a non-redundant role for DC-derived IL-10 in contact allergy. Thus, the conditional IL-10 ‘‘knockout’’ mice combined with the novel transcriptional IL-10 reporter system can serve as ideal tools to understand the cell-type specific contributions to IL-10-mediated immune regulation.

Aim: To develop an immunomagnetic assay for the isolation of circulating tumor cells (CTCs) followed by the analysis of a multimarker panel, which will enable the characterization of these malignant cells with high accuracy. Patients and Methods: Peripheral blood (PB) was collected from 32 metastatic breast cancer patients and 42 negative controls. The antibodies BM7 and VU1D9 were used for immunomagnetic tumor cell enrichment. A real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) approach for the markers KRT19, SCGB2A2, MUC1, EPCAM, BIRC5 and ERBB2 was used for CTC detection and characterization. Results: The positivity rates for each marker were as follows: 46.9% for KRT19, 25.0% for SCGB2A2, 28.1% for MUC1, 28.1% for EPCAM, 21.9% for BIRC5, and 15.6% for ERBB2. After the creation of individualized cutoffs, the sensitivity and specificity of the combined marker gene panel increased to 56.3% and 100%, respectively. Interestingly, 27.0% of the HER2-negative tumor patients showed ERBB2 mRNA-positive CTCs. Conclusions: The described technique can be used to measure CTCs with great accuracy. The use of a multimarker panel for the characterization of CTCs may provide real-time information and be of great value in therapy monitoring. / Ziel: Entwicklung eines immunomagnetischen Verfahrens zur Isolierung zirkulierender Tumorzellen (CTCs) in Kombination mit einer molekularen Multimarkeranalyse für die hochspezifische Identifizierung maligner Zellen. Patientinnen und Methoden: Peripheres Blut (PB) von 32 Patientinnen mit metastasiertem Mammakarzinom und von 42 gesunden Kontrollen wurde für die immunomagnetische Tumorzellanreicherung mit den Antikörpern BM7 und VU1D9 genutzt. Eine Real-Time Reverse Transkription Polymerase-Kettenreaktion (RT-PCR)-Methodik mit den Markern KRT19, SCGB2A2, MUC1, EPCAM, BIRC5 und ERBB2 wurde für den CTC-Nachweis und die Tumorzellcharakterisierung entwickelt. Ergebnisse: Für die einzelnen Marker wurden die folgenden Positivitätsraten ermittelt: 46,9% für KRT19, 25,0% für SCGB2A2, 28,1% für MUC1, 28,1% für EPCAM, 21,9% für BIRC5 und 15,6% für ERBB2. Nach der Bestimmung individualisierter Cut-off-Werte ergab sich für den kombinierten Multimarkernachweis eine Sensitivität und Spezifität von 56,3% bzw. 100%. Bemerkenswert war der Befund, dass 27,0% der HER2-tumornegativen Patientinnen ERBB2-mRNA-positive CTCs aufwiesen. Schlussfolgerung: Die hier beschriebene Methodik bestimmt CTCs mit hoher Spezifität. Die molekulare Multimarkeranalyse liefert wertvolle Real-Time-Informationen für personalisierte Behandlungsmodalitäten. / Dieser Beitrag ist mit Zustimmung des Rechteinhabers aufgrund einer (DFG-geförderten) Allianz- bzw. Nationallizenz frei zugänglich.

Cellular function and physiology are largely established through regulated gene expression. The first step in gene expression, transcription of the genomic DNA into RNA, is a process that is highly aligned at the levels of initiation, elongation and termination. In eukaryotes, protein-coding genes are exclusively transcribed by RNA polymerase II (Pol II). Upon transcription of the first 15-20 nucleotides (nt), the emerging nascent RNA 5’ end is modified with a 7-methylguanosyl cap. This is one of several RNA modifications and processing steps that take place during transcription, i.e. co-transcriptionally. For example, protein-coding sequences (exons) are often disrupted by non-coding sequences (introns) that are removed by RNA splicing. The two transesterification reactions required for RNA splicing are catalyzed through the action of a large macromolecular machine, the spliceosome. Several non-coding small nuclear RNAs (snRNAs) and proteins form functional spliceosomal subcomplexes, termed snRNPs. Sequentially with intron synthesis different snRNPs recognize sequence elements within introns, first the 5’ splice site (5‘ SS) at the intron start, then the branchpoint and at the end the 3’ splice site (3‘ SS). Multiple conformational changes and concerted assembly steps lead to formation of the active spliceosome, cleavage of the exon-intron junction, intron lariat formation and finally exon-exon ligation with cleavage of the 3’ intron-exon junction. Estimates on pre-mRNA splicing duration range from 15 sec to several minutes or, in terms of distance relative to the 3‘ SS, the earliest detected splicing events were 500 nt downstream of the 3‘ SS. However, the use of indirect assays, model genes and transcription induction/blocking leave the question of when pre-mRNA splicing of endogenous transcripts occurs unanswered. In recent years, global studies concluded that the majority of introns are removed during the course of transcription. In principal, co-transcriptional splicing reduces the need for post-transcriptional processing of the pre-mRNA. This could allow for quicker transcriptional responses to stimuli and optimal coordination between the different steps. In order to gain insight into how pre-mRNA splicing might be functionally linked to transcription, I wanted to determine when co-transcriptional splicing occurs, how transcripts with multiple introns are spliced and if and how the transcription termination process is influenced by pre-mRNA splicing. I chose two yeast species, S. cerevisiae and S. pombe, to study co-transcriptional splicing. Small genomes, short genes and introns, but very different number of intron-containing genes and multi-intron genes in S. pombe, made the combination of both model organisms a promising system to study by next-generation sequencing and to learn about co-transcriptional splicing in a broad context with applicability to other species. I used nascent RNA-Seq to characterize co-transcriptional splicing in S. pombe and developed two strategies to obtain single-molecule information on co-transcriptional splicing of endogenous genes: (1) with paired-end short read sequencing, I obtained the 3’ nascent transcript ends, which reflect the position of Pol II molecules during transcription, and the splicing status of the nascent RNAs. This is detected by sequencing the exon-intron or exon-exon junctions of the transcripts. Thus, this strategy links Pol II position with intron splicing of nascent RNA. The increase in the fraction of spliced transcripts with further distance from the intron end provides valuable information on when co-transcriptional splicing occurs. (2) with Pacific Biosciences sequencing (PacBio) of full-length nascent RNA, it is possible to determine the splicing pattern of transcripts with multiple introns, e.g. sequentially with transcription or also non-sequentially. Part of transcription termination is cleavage of the nascent transcript at the polyA site. The splicing status of cleaved and non-cleaved transcripts can provide insights into links between splicing and transcription termination and can be obtained from PacBio data. I found that co-transcriptional splicing in S. pombe is similarly prevalent to other species and that most introns are removed co-transcriptionally. Co-transcriptional splicing levels are dependent on intron position, adjacent exon length, and GC-content, but not splice site sequence. A high level of co-transcriptional splicing is correlated with high gene expression. In addition, I identified low abundance circular RNAs in intron-containing, as well as intronless genes, which could be side-products of RNA transcription and splicing. The analysis of co-transcriptional splicing patterns of 88 endogenous S. cerevisiae genes showed that the majority of intron splicing occurs within 100 nt downstream of the 3‘ SS. Saturation levels vary, and confirm results of a previous study. The onset of splicing is very close to the transcribing polymerase (within 27 nt) and implies that spliceosome assembly and conformational rearrangements must be completed immediately upon synthesis of the 3‘ SS. For S. pombe genes with multiple introns, most detected transcripts were completely spliced or completely unspliced. A smaller fraction showed partial splicing with the first intron being most often not spliced. Close to the polyA site, most transcripts were spliced, however uncleaved transcripts were often completely unspliced. This suggests a beneficial influence of pre-mRNA splicing for efficient transcript termination. Overall, sequencing of nascent RNA with the two strategies developed in this work offers significant potential for the analysis of co-transcriptional splicing, transcription termination and also RNA polymerase pausing by profiling nascent 3’ ends. I could define the position of pre-mRNA splicing during the process of transcription and provide evidence for fast and efficient co-transcriptional splicing in S. cerevisiae and S. pombe, which is associated with highly expressed genes in both organisms. Differences in S. pombe co-transcriptional splicing could be linked to gene architecture features, like intron position, GC-content and exon length.

It is currently believed that the splicing of most pre-mRNAs occurs, at least in part, co-transcriptionally. In order to validate this principle in yeast and establish an experimental system for monitoring spliceosome assembly in vivo, I have employed the chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay to study co-transcriptional splicing events. Here, I use ChIP to examine key questions with respect to the recent proposal that RNA polymerase II (Pol II) recruits pre-mRNA splicing factors to active genes. In my thesis, I address: 1) whether the U1 snRNP, which binds to the 5¡¦ splice site of each intron, is recruited co-transcriptionally in vivo and 2) if so, where along the length of active genes the U1 snRNP is concentrated. U1 snRNP accumulates on downstream positions of genes containing introns but not within promoter regions or along intronless genes. More specifically, accumulation correlated with the presence and position of the intron, indicating that the intron is necessary for co-transcriptional U1 snRNP recruitment and/or retention (Kotovic et al., 2003). In contrast to capping enzymes, which bind directly to Pol II (Komarnitsky et al., 2000; Schroeder et al., 2000), the U1 snRNP is poorly detected in promoter regions, except in genes harboring promoter-proximal introns. Detection of the U1 snRNP is dependent on RNA synthesis and is abolished by intron removal. Microarray data reveals that intron-containing genes are preferentially selected by ChIP with the U1 snRNP furthermore indicating recruitment specificity to introns. Because U1 snRNP levels decrease on downstream regions of intron-containing genes with long second exons, our lab is expanding the study to 3¡¦ splice site factors in hopes to address co-transcriptional splicing. In my thesis, I also focus on questions pertaining to the requirements for recruitment of the U1 snRNP to sites of transcription. To test the proposal that the cap-binding complex (CBC) promotes U1 snRNP recognition of the 5¡¦ splice site (Colot et al., 1996), I use a ?´CBC mutant strain and determine U1 snRNP accumulation by ChIP. Surprisingly, lack of the CBC has no effect on U1 snRNP recruitment. The U1 snRNP component Prp40p has been identified as playing a pivotal role in not only cross-intron bridging (Abovich and Rosbash, 1997), but also as a link between Pol II transcription and splicing factor recruitment (Morris and Greenleaf, 2000). My data shows that Prp40p recruitment mirrors that of other U1 snRNP proteins, in that it is not detected on promoter regions, suggesting that Prp40p does not constitutively bind the phosphorylated C-terminal domain (CTD) of Pol II as previously proposed. This physical link between Pol II transcription and splicing factor recruitment is further tested in Prp40p mutant strains, in which U1 snRNP is detected at normal levels. Therefore, U1 snRNP recruitment to transcription units is not dependent on Prp40p activity. My data indicates that co-transcriptional U1 snRNP recruitment is not dependent on the CBC or Prp40p and that any effects of these players on spliceosome assembly must be reflected in later spliceosome events. My data contrasts the proposed transcription factory model in which Pol II plays a central role in the recruitment of mRNA processing factors to TUs. According to my data, splicing factor recruitment acts differently than capping enzyme and 3¡¦ end processing factor recruitment; U1 snRNP does not accumulate at promoter regions of intron-containing genes or on intronless genes rather, accumulation is based on the synthesis of the intron. These experiments have lead me to propose a kinetic model with respect to the recruitment of splicing factors to active genes. In this model, U1 snRNP accumulation at the 5¡¦ splice site requires a highly dynamic web of protein-protein and protein-RNA interactions to occur, ultimately leading to the recruitment and/or stabilization of the U1 snRNP.

The aim of this thesis is to understand RNA-RNA interactions steering cellular functions, as in the case of this thesis the structure of mRNA(Sirt1) in complex with microRNA-34a (miR-34a). MiR-34a regulates the cancer protein p53 via Sirt1 modulation. This work will be the basis for future drug design and the understanding of misguided regulation in cancer. The miR-34a binds to the mRNA(Sirt1) 3’ untranslated region (3’-UTR) and will either inhibit the translation of the protein Sirtuin 1 by capturing its mRNA or by degrading it. p53, a key activator of miR-34a, prevents cancer development by inducing programmed cell death (apoptosis) on cells with DNA damage. In contrast, the protein Sirtuin 1 (Sirt1) has been shown to help cells with DNA damage to survive by down regulating the activity of protein p53 and will therefore increase the risk of cancer development. Studying the interaction between the mRNA(Sirt1) and miR-34a can present valuable information on the structure of the complex as well as the mode miR-34a uses to inhibit translation of mRNA(Sirt1) leading to down regulation of protein Sirtuin 1 and therefore prevent cancer development. For the elucidation of this question different biochemical and biophysical methods were applied, such as in vitro transcription, gel electrophoresis, RNA purification with gel, crush &amp; soak and Cicular Dichroism (CD) melting studies. For this thesis work, the target sequence in mRNA(Sirt1) was optimized and purified so melting studies could be carried out. For future structural characterization using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) studies with the miR-34a also produced in the lab. The mRNA(Sirt1) target sequence was produced and purified with the final yield of 0.02%. The results show that the sequence is highly ATP dependent and suggest the ratio between the nucleotides ATP/CTP to be 1:2. Low yield of purified mRNA(Sirt1) was received and still contained some impurities, which imply that another method than crush &amp; soak should be used when purifying. The results, indicate that High-Preformance Liquid Chromatography (HPLC) might be a better solution for the pufication process. The melting profiles done on mRNA(Sirt1) show that the secondary structures decrease with an increase in temperature. Accroding to the results, the mRNA(Sirt1) sequence is folded in room temperature, though not very stable. The wavelength which provided the best resolution was at 268 nm and the melting point of mRNA(Sirt1) was determined to 44 °C. This thesis also contains an educational part, where an educational material was provided and testing was conducted for the subject Chemistry 2 for students age 18 and the material was evaluated with qualitative methods together with pedagogical methods. The study showed that the student can develope the different abilities stated in the curriculum with the material created. The results also showed that the students preferably choose cultural arguments when dicussing socio scientific question, rather than economical, democratic or utility arguments. / Syftet med studien är att förstå RNA-RNAinteraktioner som styr cellulära funktioner, i detta fall mRNA(Sirt1) i komplex med microRNA-34a (miR-34a). MiR-34a reglerar cancerproteinet p53 via modulation av Sirt1. Detta arbete kommer lägga grund för framtida läkemedelsdesign vid reglering av cancer. MiR-34a binder till den 3’ otranslerade regionen i mRNA(Sirt1) och hämmar antingen translationen av protein Sirtuin 1 (Sirt1) genom att fånga dess mRNA eller genom att försämra det. p53 förhindrar utvecklingen av cancer genom att framkalla programmerad cell död (apoptosis) av celler med skadat DNA. Det har visats att proteinet Sirtuin 1 hjälper celler med skadat DNA att överleva, genom att sänka aktiviteten av p53. På så vis ökar risken för utveckling av cancer. Genom att studera interaktionen mellan mRNA(Sirt1) och miR-34a kan värdefull information kring komplexets struktur fås. Samt hur miR-34a hämmar translationen av mRNA(Sirt1), vilket leder till minskad aktivitet av protein Sirt1. För att klarlägga denna fråga har olika biokemiska och biofysiska metoder använts, såsom in vitro transkription, gelelektrofores, RNA rening med gel och Circular Dichroism (CD). För detta arbete har målsekvensen i mRNA(Sirt1) optimerats och renats så CD smältstudier med kunde genomföras. Resultatet visar att mRNA(Sirt1) sekvensen renats med ett utbyte på 0.02 %. Sekvensen är beroende av ATP och förhållandet mellan ATP/CTP nukleotider bör vara 1:2. Resutatet visar på ett lågt utbyte som visar på att High-Performance Liquid Chromatography (HPLC) kan vara en bättre metod än Crush &amp; soak för reningen av mRNA(Sirt1). Ur de smältprofiler som gjorts visade det sig att de sekundära strukturerna av mRNA(Sirt1) minskade med ökande temperatur. I enlighet med resultaten visar det att mRNA(Sirt1) är veckat i rumstemperatur men är inte stabil. Den bästa upplösningen erhölls vid 268 nm och mRNA(Sirt1) har en smältpunkt runt 44 °C. Detta arbete innehåller även ett utbildningskapitel, där ett utbildningsmaterial har skapats och testats på 18-åriga kemi 2 studenter i åldern 18 år. Materialet har utvärderats med hjälp av kvalitativa metoder tillsammans med pedagogiska metoder. Studien visade att de flesta förmågorna för kemi 2 kan utvecklas med hjälp av denna typ samhällsfrågor i det naturvetenskapliga klassrummet (SNI-fall) förutom förmågan att planera och genomföra experiment. Det argument som eleverna helst väljer att använda då de diskuterar det skapade SNI-fallet är Kulturargument och det minst använda är Demikratiargument.

The research area this report relates to is real-time automatic transcription and translation. The purpose of the work done for the report is to reduce the perceived language barriers online and to make a user-friendly application to make use of the latest deep learning technology to transcribe and translate in real-time. This application could be used in a work environment (especially when working from home) and for leisure activities such as watching videos. There is currently most likely no application that uses automatic speech recognition in this way. The most similar applications that were found were mainly similar to Google Translate which are not meant for real-time usage on a computer but rather to wait for an input and then write it out when it is completely done. The application created for this purpose was a desktop application that combines Open-AI's Whisper model for transcription and Argos Translate for translation into one application with a user-friendly GUI created with Java Swing. For creating the application, an iterative and incremental methodology was used both for the GUI design and the software development. In the end, the development was successful resulting in a working desktop application accomplishing the goals of transcribing and translating in real-time with the user of a user-friendly application, which could for example easily be used for digital meetings or videos online. / Det område som denna rapport handlar om är automatisk transkription och översättning i realtid. Syftet med arbetet som gjorts för rapporten är att minska de upplevda digitala språkbarriärerna och att göra en användarvänlig applikation för att använda den senaste djup maskininlärnings teknologin för att transkribera och översätta i realtid. Just nu finns det med största sannolikhet inget program som använder automatisk röstigenkänning på detta sätt. De mest liknande applikationerna som var funna är sådanna som liknar Google Translate, men dessa är inte skapade för anvädning i realtid utan istället för att höra hela indatan och sedan skriva ut hela resultatet. Applikationen som skapades med detta syfte var en datorapplikation som kombinerar Open-AIs Whisper-modell för transkription och Argos Translate för översättning till en applikation med ett användarvänligt grafiskt användargränssnitt skapat med Java Swing. För att skapa applikationen användes en iterativ och inkrementell metodik både för den grafiska användargränssnittsdesignen och mjukvaruutvecklingen. Resultatet var lyckat vilket ledde till en fungerande dator applikation som uppnådde målen att transkribera och översätta i realtid med en användarvänlig applikation.

There is a lack of low toxicity, specific anticancer therapies and in many cancer types there are limited effective treatments. Enhancer RNAs are noncoding RNA transcripts transcribed from enhancer regions. Increasing evidence of the function of eRNA in gene regulation suggests the possibility of eRNA involvement in cancer development. This report examines literature on enhancer RNA as a potent component in transcription control specifically in cancer development. Therefore, I conducted a systematic literature review to further clarify the involvement of eRNAs in cancer. There is strong evidence of eRNA upregulating oncogenes. For instance, the eRNA (CCAT1) upregulates the oncogene MYC in colorectal cancer. Other eRNAs were also found to be required for p53-dependent cell-cycle arrest and tumour inhibition. A study showed the interplay of a long noncoding RNA with eRNAs in p53-regulated enhancers, while another showed p53-bound enhancer regions transcribing an eRNA which mediates G1 arrest, DNA repair, and tumorigenesis through its interaction with the (BRCA2) gene. Finally, a study across numerous cancer patient samples revealed a cancer/lineage specificity of eRNAs and explored the clinical feasibility of eRNA-targeted therapy. These studies demonstrate how eRNAs can be a link in cancer signalling pathways both as a regulator of oncogenes and tumour suppressor genes, as well as suggest a promising future of eRNA-targeted cancer therapy.