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Parâmetros genéticos entre híbridos de capim-elefante sob duas formas de avaliaçãoASSIS, Liz Carolina da Silva Lagos Cortes 10 November 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008-11-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The objective of this study was to compare two forms of assessment based on data per se and in the form of genetically stratified selection from genetic parameters in cross intra and inter-specific elephantgrass. The study was conducted in the Itambé Experimental Station, of the Pernambuco Agronomic Institute – IPA. For definition of estimated genetic parameters between half-brothers, crossing intraspecific the elephantgrass, in the form of assessment per se and in the form of genetically stratified mass selection was used 10 families of clones F1. The interspecific hybrid crossing, were studied 10 families of clones of hybrids of elephantgrass with millet. The evaluate characteristics were: plant height (m), plant agronomic score (score), dry matter tenor (%) and dry matter production (g/sward). They were estimating broad sense heritability, variance, variation coefficient, genotypic, phenotypic and environmental correlation and gain genetic. To estimate the genetic and phenotypic parameters of families of hybrids of elephantgrass (Pennisetum purpureum Schum.) with millet (Pennisetum glaucum (L.) R.Br.). The genetically stratified mass selection, seeking to control the heterogeneity of soil interspersed through the planting of a plant in genotype (Mineirão), forming strata and providing the selection according to figures from the group consisting of extract (clones and Mineirão). The evaluate characteristics were plant height, plant agronomicescore, dry matter content (TMS) and dry matter production (PMS). The heritability was estimated in the broad sense and averages compared by Scott Knott test of a 5% probability. In the study of intra-specific crossing, there was a significant difference (P <0.05) for the characteristics height and dry matter tenor in the Per se form and dry matter tenor in the genetically stratified form, indicating favorable conditions to theaccomplishment of the improvement. The CVg/CVe reason of the characteristics height, plant agronomic score, dry matter tenor and dry matter production in the Per se form of 1.61; 0.62; 1.65 and 0.74 and in the form genetically stratified of 0.44; 0.19; 0.79 and 0.78, respectively. The heritability had the same behavior in magnitude for Per se form, being 0.89; 0.54; 0.89 and 0.62 and in the genetically stratified form of 0.37; 0.10; 0.65 and 0.61, respectively. It was observed it lowers genetic variability for most of the characteristics studied in the stratified genetically form, determining little contribution for gain genetic. The study of the hybrids showed that there was significant effect (P<0.05) and high heritability for all traits in both forms of selection, ranging from 72 to 91%. The genetically stratified mass selection for the population of hybrids of elephantgrass with millet, was of little use for the character height, desirability andTMS. For the feature PMS, this type of evaluation has shown lower efficiency of removing the environmental effects to improve the experimental precision. The family millet x Pusa Naier 472-76 gathered the largest number of desirable characteristics for forage production. / O objetivo deste trabalho foi comparar duas formas de avaliação, baseada em dados Perse e na forma de seleção geneticamente estratificada a partir de parâmetros genéticos de cruzamentos intra e interespecífico de capim-elefante. O trabalho foi conduzido na Estação Experimental de Itambé, pertencente ao Instituto Agronômico de Pernambuco –IPA. No primeiro experimento utilizou-se 10 clones intra-específicos de capim-elefante (Pennisetum purpureum Schum.) meio-irmãos F1 e o segundo utilizou-se 10 clones interespecíficos de capim-elefante e milheto (Pennisetum glaucum (L.)R.Br.), para estimação de parâmetros genéticos sob na forma de avaliação Per se e na forma de seleção massal estratificada geneticamente foram utilizadas 10 famílias de clones F1. As características avaliadas foram: altura de planta (m), desejabilidade agronômica (nota), teor de matéria seca (%) e produção de matéria seca (g/touceira) nos dois experimentos. Foram estimados a herdabilidade no sentido amplo, variância, coeficiente de variação, correlações genética, fenotípica e ambiental, Razão CVg/CVe (razão entre coeficientede variação genética pelo coeficiente de variação ambiental) e ganho genético. As médias foram comparadas pelo teste de Scott Knott, a 5% de probabilidade. Utilizou-se delineamento em blocos inteiramente casualizado, com três repetições. No estudo dos cruzamentos intra-específicos, houve diferença significativa (P<0,05) para as características altura e teor de matéria seca, na forma Per se, e teor de matéria seca, na forma estratificada, indicando condições favoráveis à realização do melhoramento. A razão CVg/CVe para as características altura, desejabilidade agronômica, teor de matéria seca e produção de matéria seca na forma Per se foram de 1,61; 0,62; 1,65 e 0,74 e na forma geneticamente estratificada de 0,44; 0,19; 0,79 e 0,78, respectivamente. A herdabilidade foi alta para todas as características, na forma Per se, sendo 0,89; 0,54;0,89 e 0,62 e na forma geneticamente estratificada de 0,37; 0,10; 0,65 e 0,61, respectivamente. Observou-se baixa variabilidade genética para a maioria das características estudadas na forma estratificada geneticamente, determinando pouca contribuição para ganhos genéticos. O estudo dos híbridos interespecíficos mostrou que houve efeito significativo (P<0,05) e alta herdabilidade para todas as características estudadas nas duas formas de seleção, variando de 72% a 91%. A seleção massal estratificada geneticamente, para a população de híbridos de capim-elefante com milheto, foi de pouca utilidade para as características, altura, desejabilidade agronômica e TMS. Para a característica PMS, essa forma de avaliação mostrou-se ineficiente em diminuir a interferência ambiental, visando melhorar a precisão experimental. A família milheto x Pusa Napier 472-76 reuniu o maior número de características desejáveis para produção forrageira.
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Divergência genética, capacidade de combinação e heterose em melanciaNASCIMENTO, Tiago Lima do 23 February 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Watermelon (Citrullus lanatus) belongs to the cucurbit family, which originates in the hot regions of tropical Africa and is widespread worldwide due to the refreshing taste, diuretic properties and its facility to be consumed in natura, especially as a refreshing dessert. The watermelon is considered one of the main cucurbits cultivated in Brazil, in the 2015 harvest the production was 2,119,599t, coming from 97.910 hectares cultivated. However, a large part of the Brazilian watermelon production comes from the planting of a few closely related cultivars, what leads to causing a narrowing of the genetic basis of the species. This factor makes it difficult to obtain gains by using breeding programs for the development of new commercial cultivars. On the other hand, the genetic resources conserved in Active Germplasm Banks (BGAs) plays an important role for genetic variability. It is necessary to increase the knowledge of these genetic resources, in order to provide effective information to help a good selection of genotypes to be used in breeding programs. The objectives of the present work were: to study the genetic divergence; to estimate the general (CGC) and specific (CEC) of combinations and the reciprocal effects (RE) in watermelon genotypes; and heterosis of the hybrids in relation to characteristics of fruit, seed and productivity. Twenty characteristics were evaluated: main branch length; days for the appearance of the first male and female flower; average fruit weight; soluble solids content; fruit length and width; fruit length and width ratio; mean rind thickness; pulp consistence; pulp color; seed length and width; seed width and length ratio; seed mass and thickness; average number of fruits per plant; and yield. The study of genetic diversity was carried out using multivariate analyzes with canonical variables and grouping by UPGMA method. For the reciprocal effects and combining ability estimative, crosses and statistical analysis of the data were performed according to Griffing's model I (1956), while the analysis of diallel crosses and heterosis was calculated in relation to the average of the parents and the superior parent 'JNY (1)', 'ORA (2)', 'KOD (3)', 'SOL (4)', 'CHG (5)' and 'PEA (6)'. The appraised genotypes presented great genetic variability and, in addition, the descriptors used to discriminate the genotypes were efficient. As for the multivariate analysis methods, they were concordant among themselves, demonstrating to be efficient for the selection of divergent genotypes. As concerns, the estimates of the general combining ability, the 'JNY (1)' and 'KOD (3)' genotypes were the most promising to obtain hybrids with reduced fruit size and small seeds. In addition, reciprocal effects indicated that genotypes 'JNY (1)' should be used as donor and 'KOD (3)' as pollen recipient. While the genotypes 'ORA (2)' and 'CHG (5)' can be used to give rise to hybrids with greater fruit mass. Concerning estimates of specific combining ability 'ORA (2)' x 'PEA (6)' combinations; 'ORA (2)' x 'JNY (1)'; 'CHG (5)' x 'KOD (3)'; 'PEA (6)' x 'KOD (3)' and 'CHG (5)' x 'SOL (4)' as being promising genotypes for the smallest fruit size and small seeds. In relation to heterosis, the combinations 'CHG (5)' x 'ORA (2)', 'JNY (1)' x 'PEA (6)' and 'ORA (2)' x 'CHG (5)' revealed potential for the market of early hybrids, with greater fruit mass, long, firm pulp; while the 'KOD (3)' x 'JNY (1)' and 'JNY (1)' x 'KOD (3)' combinations displays potential for smaller fruits and seeds. / A melancia (Citrullus lanatus) pertence à família cucurbitácea, que é originária das regiões quentes da África tropical e é difundida mundialmente, devido ao sabor refrescante, às propriedades diuréticas e ao fácil consumo in natura, principalmente como sobremesa refrescante. A melancia é considerada uma das principais cucurbitáceas cultivadas no Brasil e teve produção de 2.119.599t na safra de 2015, proveniente de 97.910 hectares cultivados. No entanto, grande parte da produção brasileira de melancia decorre do plantio de poucas cultivares, bastante aparentadas, causando o estreitamento a base genética da espécie. Esse fator dificulta a obtenção de ganhos nos programas de melhoramento genético visando o desenvolvimento de novas cultivares comerciais. Por outro lado, os recursos genéticos conservados nos Bancos Ativos de Germoplasma (BAGs) dispõe de importantes fontes de variabilidade genética. Faz-se necessário, aumentar o conhecimento desses recursos genéticos, visando disponibilizar informações uteis para auxiliar na escolha correta de genótipos a serem utilizados nos programas de melhoramento. Os objetivos do presente trabalho foram estudar a divergência genética, estimar a capacidade geral (CGC) e especifica (CEC) de combinação e os efeitos recíprocos (ER) em genótipos de melancia e a heterose dos híbridos em relação a características de fruto, semente e produtividade. Foram avaliadas 20 características, são elas: comprimento de rama principal, dias para antese de flor masculina e feminina, peso médio de fruto, teor de sólidos solúveis, comprimento e largura de fruto, relação do comprimento e largura do fruto, espessura média da casca, firmeza da polpa, cor da polpa, comprimento e largura de semente, relação do comprimento largura de semente, massa e espessura de semente, número médio de frutos por planta e produtividade. Realizou-se o estudo de diversidade genética, por meio de análises multivariadas, utilizando variáveis canônicas e o agrupamento pelo método UPGMA. Para as estimativas da capacidade de combinação e efeitos recíprocos, os cruzamentos e análise estatística dos dados foram realizados segundo modelo I de Griffing (1956), enquanto a análise de cruzamentos dialélicos e a heterose foi calculada em relação à média dos pais e ao pai superior ‘JNY (1)’, ‘ORA (2)’, ‘KOD (3)’, ‘SOL (4)’, ‘CHG (5)’ e ‘PEA (6)’. Os genótipos avaliados apresentaram variabilidade genética e além disso, os descritores empregados para a discriminação dos genótipos se mostraram eficientes. Quanto aos métodos de análise multivariada, foram concordantes entre si, sendo eficientes para a seleção de genótipos divergentes. Em relação as estimativas da capacidade geral de combinação, os genótipos ‘JNY (1)’ e ‘KOD (3)’ foram os mais promissores para obtenção de híbridos com tamanho de fruto reduzido e sementes pequenas. Além disso, os efeitos recíprocos indicaram que os genótipos ‘JNY (1)’ e ‘KOD (1)’ devem ser utilizados como doador e receptor de pólen, respectivamente. Enquanto que os genótipos ‘ORA (2)’ e ‘CHG (5)’ podem ser utilizados para dar origem a híbridos com maior massa de fruto; quanto as estimativas da capacidade específica de combinação as combinações ‘ORA (2)’ x ‘PEA (6)’; ‘ORA (2)’ x ‘JNY (1)’; ‘CHG (5)’ x ‘KOD (3)’; ‘PEA (6)’ x ‘KOD (3)’ e ‘CHG (5)’ x ‘SOL (4)’ como sendo genótipos promissores para o menor tamanho de fruto e sementes pequenas. Em relação a heterose, as combinações ‘CHG (5)’ x ‘ORA (2)’, ‘JNY (1)’ x ‘PEA (6)’ e ‘ORA (2)’ x ‘CHG (5)’ revelaram potencial para o mercado de híbridos precoces, com maior massa de fruto, compridos, de polpa firme, adocicados e de casca espessa, enquanto que as combinações ‘KOD (3)’ x ‘JNY (1)’ e ‘JNY (1)’ x ‘KOD (3)’ exibiram potencial para frutos de menor tamanho e com semente pequena.
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Análise da diversidade de isolados de Cowpea mild mottle virus em cultivares de feijoeiro convencionais e transgênicas resistentes ao Bean golden mosaic virus / Genetic diversity analysis of Cowpea mild mottle virus isolates in conventional and transgenic common bean cultivars resistant to Bean golden mosaic virusMilanesi, Diogo Felipe 23 February 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-09-19T11:12:48Z
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Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A cultura do feijoeiro comum no Brasil, além do imenso valor que representa na cadeia econômica e para milhares de agricultores no país, é fundamental devido à contribuição que possui na segurança alimentar da população. Cultivares com evento de resistência ao Bean golden mosaic virus (begomovirus), vírus responsável por causar uma das doenças que mais afeta a produtividade da cultura no país, foram desenvolvidas após vários anos de pesquisas. Infecções durante testes em campo desses materiais por outro vírus, o Cowpea mild mottle virus (carlavirus), gerou novas preocupações tanto aos pesquisadores envolvidos no projeto do feijoeiro resistente ao mosaico dourado quanto aos produtores que aguardavam a liberação comercial dessas cultivares. Apesar de alguns trabalhos já terem sido desenvolvidos a fim de se avaliar os prejuízos produtivos que o CPMMV causa sobre as isolinhas transgênicas de feijoeiro, assim como sua distribuição, nenhum conhecimento se tem sobre a diversidade desse vírus em feijão comum ou transgênico no Brasil, e poucos trabalhos dessa natureza são encontrados na literatura até hoje. Nesse trabalho, buscou-se avaliar a variabilidade de populações do CPMMV para cada uma de quinze cultivares de feijoeiro comum, sendo dez transgênicas (resistentes ao BGMV) e cinco convencionais, em um campo experimental com ocorrência e transmissão natural do CPMMV. Também foram quantificados os níveis virais em cada cultivar a partir de três repetições. Para cada uma das quinze plantas representando 15 diferentes genótipos de feijoeiro comum, o genoma completo de cinco isolados de CPMMV foi sequenciado pela montagem de sequenciamentos de blocos de PCR. Diferenças foram encontradas na variabilidade dos cinco isolados de CPMMV em plantas transgênicas e em plantas convencionais. Os valores dos descritores de variabilidade π, S, K e Θ foram geralmente maiores nos grupos de isolados de plantas transgênicas. Isso se repetiu para todas as ORF’s virais analisadas. As ORF’s 2, 3 e 4 foram as que tiveram a maior diversidade registrada, enquanto que a diferenças entre os grupos já citados foi mais perceptível nas regiões das ORF’s 2, 5 e 6. Eventos de recombinação foram encontrados na ORF 1 viral, quase sempre ocorrendo em isolados de plantas transgênicas, assim como alguns na ORF 2 e 6. Analisando as sequencias da ORF 1, nota-se que os cinco isolados de cada planta se agrupam e tendem a formar clados próximos a grupos de isolados de genótipos hospedeiros similares, o que pode decorrer da interação entre a replicase viral e a planta. Para a região 3’ do genoma, houve a separação do conjunto de 75 isolados em dois grupos de variantes. A identidade nucleotídica par a par entre isolados de grupos distintos variou entre 75 e 85%. Pelos testes de seleção, existe evidência significativa de que vária populações virais estão sobre processo de seleção não neutra. O acúmulo viral não teve diferença significativa entre plantas transgênicas e convencionais. A quantificação também não revelou diferenças em níveis virais em plantas transgênicas originadas de retrocruzamentos com a cultivar Pérola em comparação aos níveis naquelas retrocruzadas com a cultivar BRS Pontal. Os resultados desse trabalho reforçam resultados anteriores de que dois grupos de estirpes de CPMMV estão distribuídos pelas regiões produtoras brasileiras, provavelmente pela presença em plantas daninhas (onde a variabilidade desse vírus nunca foi analisada) e em hospedeiros cultivados como o próprio feijoeiro. Também comprova a alta variabilidade desse vírus de RNA, principalmente nas novas cultivares de feijoeiro resistente ao mosaico dourado por transgenia. É provável que a presença de BGMV nas cultivares convencionais e consequentemente a infecção mista dos dois vírus tenha algum efeito sobre os valores de variabilidade apresentados nesse estudo. Os mecanismos moleculares dessa interação, porém, não são conhecidos. Os resultados apresentados e o fato de que hospedeiros não cultivados estão distribuídos por grandes áreas de produção e que estes podem atuar como reservatório viral, além da grande distribuição da mosca branca pelo Brasil, fazem com que novos trabalhos com esse patógeno sejam de extrema importância. / The common bean crop in Brazil, besides its economic importance, represents a major source of what is daily consumed by Brazilian population in terms of proteins and carbohydrates, contributing to food security. Cultivars with a transgenic resistance event to Bean golden mosaic virus (begomovirus), a virus that causes one of the most important diseases of common bean, were developed after many years of research. The release of these cultivars immune to BGMV is undergoing difficulties because of the re-emergence of Cowpea mild mottle virus (carlavirus) in common bean, which has raised some concerns for the researchers and the growers. Although works to access the damage potential into different genotypes of these resistant isolines and to investigate the virus distribution are being reported, no study is found evaluating CPMMV molecular characteristics and diversity in transgenic as well as conventional common bean cultivars in Brazil. In fact, there are very few studies of this kind globally. The objective of this work was to evaluate the variability on CPMMV populations from each of the fifteen common bean cultivars, ten transgenic and resistant to BGMV, and five conventional cultivars, from a field experiment with natural CPMMV transmission by whitefly. CPMMV was also quantified on the three plant replicates of each genotype. Five CPMMV isolates were completely sequenced on all fifteen plants with different genotypes, providing 75 full virus genomes after assembly of PCR sequence blocks. Differences in variability were found between those groups of isolates from transgenic plants to those from conventional ones. With the π, S, K, and Θ-W descriptors, we detected a considerable higher CPMMV variability within transgenic plants in comparison to the virus variability within conventional cultivars in most of the cases. This was the case for all analyzed ORF’s. The ORF’s 2, 3 and 4 were the ones with the highest variability in the genome; at ORF’s 2, 5, and 6, the differences in variability mentioned above are most discernible. Recombination events between isolates happening at the ORF 1 region were detected, as well as at ORF 2 and at ORF 6. Mostly of these were between isolates from transgenic plants. The phylogenetic analysis with ORF 1 sequences of all seventy-five isolates reveals the formation of groups based on host genotypes, and that these groups are most likely grouping near a cluster of isolates from a similar host plant genotype. These could be the result of the direct and specific interactions needed between the viral replicase and the plant. The results of phylogenetic analysis and sequence comparisons with the 3’ region of the viral genome (ORF 2-6), divided the 75 isolates of this study into two groups of CPMMV variants. The pairwise nucleotide differences between isolates from distinct groups ranged from 75 to 85%. The selection tests at some ORF’s give significant evidence that some populations are evolving under a non- random process. The viral accumulation on conventional cultivars did not differ statistically to the accumulation at transgenic plants. In addition, there is no evidence of differences between CPMMV levels at transgenic cultivars that have Pérola as the reccurent parent to those that have the BRS Pontal. The results from this work corroborate with previous studies that indicate the existence of two CPMMV strains naturally distributed in Brazilian production areas. It also confirms the expected high variability potential of this RNA virus; the high variability registered on the newly developed BGMV-resistant transgenic common bean cultivars is also troublesome. The presence of BGMV in mixed infections with CPMMV at conventional cultivars is probably influencing the results of CPMMV variability, but the molecular properties of this interaction is still unknown. These results, in addition to the fact that non-cultivated host plants are distributed along major production areas and may act as viral reservoirs and the known widespread of whiteflies in growing regions of Brazil, make further studies with this pathogen of fundamental importance.
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Diversidade genética de populações naturais de jauari (Astrocaryum jauari Mart.)Oliveira, Liliane dos Santos 01 March 2012 (has links)
Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-01T19:34:33Z
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Previous issue date: 2012-03-01 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Amazon has valuable reservoir of genetic resources related to species of palms, which we highlight the jauari (Astrocaryum jauari Martius), a non-domesticated specie, verified as high dispersion and is the most common palm in flooded areas of the Rio Negro, in Brazilian Amazon. Specie very explored till 90s for the extraction of palm, which formed the basis of industrial production of palm in Central Amazonia, however, not very studied compared species like peach palm, acaí and tucumã. The high occurrence of natural populations of this palm can be associated with alternatives seeking improvements in quality of life of local populations and community development, but for this is necessary the expansion of basic and applied studies for a better understanding of its diversity, occupation of ecosystem, evolution, adaptation and development of suitable methods for the management and use of this potential. The objective of this study was to characterize the genetic variability of populations of jauari in Amazon, using microsatellite markers. Thirty samples were collected from leaves of jauari of three populations (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã and Nossa Senhora das Graças) and analyzed using nine microsatellite loci (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, and Aac13 Aac14) developed for tucumã (Astrocaryum aculeatum) and transferred successfully to jauari. It was detected 47 alleles with an average of 5.2 alleles per locus being lower in Aac03, Aac05, Aac10 Aac13 and (3 alleles) and higher in Aac04 (9 alleles), confirming the high information content of this kind of genetic marker for genetic studies of palms. The alleles were classified according to their frequency and distribution among populations. A total of thirteen alleles was classified as rare (frequency <0.05), nineteen alleles as intermediaries (often between 0.05 and 0.2), and fifteen common (> 0.2). Eight private alleles were detected, four of these were found in population Nossa Senhora das Graças; nine sporadic alleles (present in two populations) and 30 broadcast (present in all three populations). The observed heterozygosity (Ho) were higher than the expected heterozygosity (He) in 89% of loci. The average of observed heterozygosity was higher in Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho = 0.77) and lowest in Matrinxã (Ho = 0.70). Moderate genetic divergence was observed among populations (Fst = 0.12). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the populations studied jauari have greater genetic variability within populations (87.75%), and a lower variability among populations (12.25%). The dendrogram based on SSR markers revealed the formation of two groups, showing that the populations of Santa Luzia do Buiuçuzinho and Matrinxã are more genetically similar. The results showed that genetic distances are not correlated with geographic distance. However, it was found high intrapopulation genetic diversity that can be used in breeding programs.
Keywords: Genetic / A Amazônia possui valioso reservatório de recursos genéticos relacionados à espécies de palmeiras, entre elas, podemos destacar o jauari (Astrocaryum jauari Martius), uma espécie não domesticada, verificada como de alta dispersão, sendo a palmeira mais frequente nos igapós do Rio Negro, na Amazônia brasileira. Espécie muito explorada até a década de 90 para extração de palmito, que constituiu a base da produção industrial de palmito na Amazônia Central, porém, pouco estudada quando comparada as espécies como pupunha, açaí e tucumã. A alta ocorrência de populações naturais dessa palmeira pode ser associada a alternativas visando buscar melhorias na qualidade de vida das populações locais e desenvolvimento comunitário, mas para isto torna-se necessária a ampliação dos estudos básicos e aplicados para um melhor conhecimento de sua diversidade, ocupação no ecossistema, evolução, adaptação e desenvolvimento de métodos adequados para o manejo e utilização de seu potencial. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de populações de jauari na Amazônia, utilizando marcadores microssatélites. Foram coletadas trinta amostras de folhas de jauari de três populações (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã e Nossa senhora das Graças) e analisadas utilizando nove loci microssatélites (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, Aac13 e Aac14) desenvolvidos para tucumã (Astrocaryum aculeatum) e transferidos com sucesso para jauari. Foram detectados 47 alelos com média de 5,2 alelos por loco, sendo menor em Aac03, Aac05, Aac10 e Aac13 (3 alelos) e maior em Aac04 (9 alelos), confirmando o alto conteúdo de informação genética deste tipo de marcador para estudos genéticos em palmeiras. Os alelos foram classificados de acordo com suas frequências e distribuição entre as populações. Um total de treze alelos foi classificado como raros (freqüência < 0,05), dezenove alelos como intermediários (frequência entre 0,05 e 0,2), e quinze comum (>0,2). Foram detectados oito alelos privados destes, quatro encontrados na população Nossa Senhora das Graças, nove alelos esporádicos (presentes em duas populações) e 30 difundidos (presente nas três populações). As heterozigosidades observadas (Ho) foram superiores a heterozigosidade esperada (He) em 89% dos loci. A heterozigosidade média observada foi maior em Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho=0,77) e menor em Matrinxã (Ho=0,70). Divergência genética moderada foi observada entre as populações (Fst=0,12). A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações estudadas de jauari apresentam maior variabilidade genética dentro das populações (87,75%), e uma variabilidade menor entre as populações (12,25%). O dendrograma construído com base nos marcadores SSR revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Santa Luzia do Buiuçuzinho e Matrinxã são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica. No entanto, foi encontrada alta diversidade genética intrapopulacional que poderá ser utilizada em programas de melhoramento.
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Variabilidade genética de subpopulações de Mauritia flexuosa L.f (Arecaceae) em veredas do Estado de Goiás / Genetic variability of Mauritia flexuosa L.f (Arecaceae) subpopulations from palm swamps in Goiás stateCorrêa, Kássia Marques 26 February 2014 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:21:28Z
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Previous issue date: 2014-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Mauritia flexuosa is a large palm tree, commonly known as buriti that has wide distribution in the Cerrado, especially in association with fountains of waters and wetlands in formations known as palm swamps. The genetic variability of a species allows to elucidate the role of evolutionary processes in populations, contributing to the definition of efficient strategies for their use and conservation. Microsatellite markers are useful to quantify the level of variability among and within subpopulations. This study aimed to evaluate the genetic variability of six subpopulations of Mauritia flexuosa located in conserved and disturbed state of Goiás paths, based on microsatellite markers. 175 individuals were evaluated from six subpopulations. Genomic DNA was extracted from leaf tissue and subsequently quantified and diluted for performing polymerase chain reactions, using ten microsatellite loci. It was used an ABI3500 automatic sequencer, which acts through a capillary electrophoresis system, from which the genotypes were obtained. The array of genotypes obtained was used to estimate genetic diversity parameters among and within subpopulções. The analyzes were performed using GDA software. The average number of alleles per locus in subpopulations was 6,2, ranging from 5,6 to 7,0. The values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity were equal to 0,645 and 0,659, respectively, showing Ho value close to that expected by Hardy-Weinberg equilibrium. The analysis of population genetic structure revealed that subpopulations of M. flexuosa are moderately structured with θ = 0,099. The estimated value for f was not significant, as expected for dioecious species. The total fixation index considering all subpopulations was F = 0,08 , very close to the value of θ. This suggests that the genetic structure observed in these subpopulations is related to an effect of drifting associated with some restriction to gene flow between subpopulations. The limitation of gene flow between M. flexuosa subpopulations can be associated with the environment in which they occur, because the palm swamps have disjunct distributions and areas of dry land around them can act as barriers to gene flow. Another factor that could be related to this restriction to gene flow is the dispersion of seeds by zoochory, which becomes
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difficult in fragmented environments and impracticable if it is kept in place unfavorable for seed germination. It was concluded that the sampled subpopulations showed a low level of inbreeding, and a relatively high genetic diversity. There is significant genetic structure, probably due to a slight isolation between subpopulations associated with the effects of genetic drift within subpopulations. / Mauritia flexuosa é uma palmeira de grande porte, conhecida vulgarmente como buriti que possui ampla distribuição no Cerrado, principalmente em associações com nascentes de águas e áreas alagadas, em formações conhecidas como veredas. Conhecer a variabilidade genética de uma espécie permite elucidar a atuação dos processos evolutivos nas populações, o que contribui para a definição de estratégias eficientes de seu uso e conservação. Os marcadores microssatélites são bastante úteis para quantificar o nível de variabilidade existente entre e dentro das subpopulações. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de seis subpopulações de Mauritia flexuosa localizadas em veredas conservadas e antropizadas do Estado de Goiás, com base em marcadores microssatélites. Foram avaliados 175 indivíduos provenientes de seis subpopulações, localizadas no estado de Goiás. O DNA genômico foi extraído a partir de tecido foliar, posteriormente foi quantificado e diluído para a realização de reações em cadeia de polimerase, utilizando dez locos microssatélites. Foi utilizado sequenciador automático ABI3500, que funciona por meio de um sistema de eletroforese capilar, pelo qual se obtiveram os genótipos. A matriz de genótipos obtida foi utilizada para estimar parâmetros de diversidade genética entre e dentro de subpopulções. Estas análises foram realizadas no software GDA. O número médio de alelos por loco nas subpopulações foi de 6,2, variando entre 5,6 e 7,0. Os valores da heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) foram iguais a 0,645 e 0,659, respectivamente, estando o valor de Ho próximo ao esperado pelo Equilíbrio de Hardy-Weinberg. A análise de estrutura genética populacional revelou que as subpopulações de M. flexuosa estão moderadamente estruturadas, com θ = 0,099. O valor estimado para o f não foi significativo, como é esperado para espécies dioicas, como é o caso do buriti. A estimativa do índice de fixação total, considerando todas as subpopulações, revelou um valor de F = 0,08, ou seja, muito próximo ao valor de θ. Isto sugere que a estruturação genética observada nestas subpopulações de buriti deve estar mais relacionada a um efeito de deriva associada a certa restrição ao fluxo gênico
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entre as subpopulações amostradas. A limitação ao fluxo gênico entre as subpopulações de buriti pode estar associada ao ambiente em que estão inseridas, pois as veredas possuem distribuição disjunta e as áreas de terra seca que as rodeiam podem funcionar como barreiras ao fluxo gênico. Outro fator que pode estar relacionado a esta restrição ao fluxo gênico é a dispersão de sementes por zoocoria, que se torna difícil em ambientes fragmentados, além de inviável caso esta seja depositada em lugar desfavorável a germinação. Assim conclui-se que para as subpopulações amostradas há um baixo nível de endogamia e uma diversidade genética relativamente alta. Há estrutura genética significativa, provavelmente em decorrência de um leve isolamento entre as subpopulações associado aos efeitos de deriva genética dentro das subpopulações.
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Isolamento, caracterização e transferibilidade de marcadores microssatélites de Byrsonima cydoniifolia A. Juss. (Malpighiaceae) / Isolation, characterization and transferability of microsatelite markers of Byrsonima cydoniifolia A. Juss (Malpighiaceae)Bernardes, Vanessa 13 March 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Molecular markers are identifiable DNA sequences found at specific sites in the genome and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Markers known as microsatellite are indicated for genetic population analysis; due they are widely distributed in the genome and their high polymorphic information content per locus. To support different management practices, genebanks, conservation studies is important to perform the analysis of genetic variability in natural populations of the species of interest. In the biome Cerrado there are inumerous medicinal and fruit trees that are used in a extractive way, among them are those of the gender Byrsonima sp. popularly known as murici, belonging to the family Malpighiaceae. In Brazil presents about 70 species with wide distribution in the Cerrado. The murici is a multi- potential plant and although not be domesticated, its economic exploitation can be viable. In this context, the objective was to develop a set of microsatellite markers for species Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. and test the potential transferability of this set of markers for species Byrsonima crassifolia L. Kunth. The microsatellite regions were isolated using genomic libraries enriched for repetitive regions and then they were used for primer design. Using the primers designed temociclagem conditions were tested and the products were characterized using the DNA of 90 individuals of B. cydoniifolia and 24 indivuduals of B. crassifolia. Of these, 14 loci were polymorphic and 3 monomorphic in three populations of B. cydoniifolia. The number of alleles ranged from 3 to 17, with an average of 10.45 alleles per locus. The observed heterozygosity was similar to the expected heterozygosity, the values ranged from 0.20 to 0.92 and 0.43 to 0.92; respectively. 39 private alleles were identified. This set of markers showed high combined probability of paternity exclusion (Q) equal to 0.999 and combined probability of identity (I) equal to I=7.84x10-1. The global values for the fixation index (FIS) were not significant (P<0.05), whereas the values of FST=0,082 and FIT=0,143 were significant. For Byrsonima crassifolia species, nine pairs of primers produced good patterns of cross amplification in the study population, with a mean of 7.56 alleles per locus. The observed heterozygosity ranged from 0.250 to 0.958, which was higher than the expected heterozygosity ranging from 0.223 to 0.905. The combined probability of paternity exclusion (Q) was equal to 0.99847 and high combined probability of identity equal to 6.42x10-9. The strategy of development of microsatellite markers from the genomic library enriched methodology was efficient to generate a panel with eleven polymorphic microsatellite markers for B. cydoniifolia and nine polymorphic microsatellite markers successfully transferred to B. crassifolia, providing a useful tool for population genetic studies not only for the species B. cydoniifolia and B. crassifolia, but possibly for other related species evolutionarily. / Marcadores moleculares são sequências de DNA identificáveis, encontrados em locais específicos do genoma e transmitidos pelas leis padrão de herança de uma geração para a seguinte. Os marcadores moleculares conhecidos como microssatélites são indicados para análises genético-populacionais, por serem amplamente distribuídos no genoma e apresentarem alto conteúdo de informação polimórfica por loco. Para subsidiar diferentes práticas de manejo, bancos de germoplasma e estudos de conservação é importante realizar a análise da variabilidade genética nas populações naturais das espécies de interesse. No bioma Cerrado encontram-se inúmeras espécies medicinais e frutíferas que são utilizadas de forma extrativista, dentre elas estão as do gênero Byrsonima sp., conhecidas popularmente como murici, que são pertencentes à família Malpighiaceae. No Brasil, existem cerca de 70 espécies com ampla distribuição no Cerrado. O murici é uma planta de múltiplas potencialidades e apesar de não ser domesticada, a sua exploração econômica apresenta potencial. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi desenvolver um conjunto de marcadores microssatélites para a espécie Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. e testar o potencial de transferibilidade deste conjunto de marcadores para a espécie Byrsonima crassifolia L. Kunth. As regiões microssatélites foram isoladas utilizando bibliotecas genômicas enriquecida para regiões repetitivas e, posteriormente, as mesmas foram utilizadas para o desenho de primers. A partir dos primers desenvolvidos foram testadas condições de temociclagem e seus produtos foram caracterizados utilizando o DNA de 90 indivíduos de B. cydoniifolia e 24 indivíduos de B. crassifolia. Das 60 sequências obtidas, foi possível identificar 22 regiões microssatélites e desenhar pares de primers para 17. Destes, 14 locos apresentaram polimorfismo e três foram monomórficos em três populações de B. cydoniifolia. O número de alelos variou de 3 a 17, com uma média de 10,45 alelos por loco. A heterozigosidade observada foi semelhante à heterozigosidade esperada, com os valores variando de 0,20 a 0,92 e 0,43 a 0,92, respectivamente. Foram identificados 39 alelos privados. Este conjunto de marcadores apresentou alta probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) igual a 0,999 e probabilidade de identidade combinada (I) igual a I=7,84x10-1. Os valores globais obtidos para o índice de fixação (FIS) não foram significativos (P<0,05), enquanto que os valores de FST=0,082 e FIT=0,143 foram significativos. Para a espécie Byrsonima crassifolia, nove pares de primers produziram bons padrões de amplificação cruzada na população avaliada, apresentando uma média de 7,56 alelos por loco. A heterozigosidade observada variou de 0,250 a 0,958, maior do que a heterozigosidade esperada, que variou de 0,223 a 0,905. A probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) foi alta igual a 0,998 e a probabilidade combinada de identidade igual a 6,42x10-9. A estratégia de desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir da metodologia de biblioteca genômica enriquecida foi eficiente para gerar um painel com onze marcadores microssatélites polimórficos para B. cydoniifolia e nove marcadores microssatélites polimórficos transferidos com sucesso para B. crassifolia, disponibilizando uma ferramenta útil para estudos genético-populacionais não só para as espécies B. cydoniifolia e B. crassifolia, mas possivelmente para outras espécies próximas evolutivamente.
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Diversidade genética em taperebazeiro (Spondias mombin L., Anacardiaceae)Magalhães, Magna Aragão 02 September 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The yellow mombin (Spondias mombin L.) is a fruit which belongs to the family Anacardiaceae and it has a wide geographical distribution. It presents economic and social importance and it is widely used by the industry for making juices, popsicles, ice cream, jams and liqueurs. This study aimed to characterize the genetic diversity within and among populations of S. mombin. The analysis was performed with molecular markers AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) in three populations located in the city of Manaus, Amazonas State: Federal University of Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) and the Executive Committee of the Cocoa crop Plan (CEPLAC). 10 combinations of oligonucleotides were tested, and four selected for this analysis: E + AAC / M + CAT, E + AGT / M + CTC, E + AAC / M + CTC, E + AGT / M + CAT. The oligonucleotides revealed 283 polymorphic loci, ranging from 97.2% to 63% among populations. The Fst (genetic differentiation between populations) figured was 0.52, showing a high level of genetic differentiation among the populations. The result of Analysis of Molecular Variance attributed 52.8% and 47.1% of the variation among and within populations, respectively. The dendrogram based on AFLP markers revealed the formation of two groups, the natural, UFAM and VLB, and CEPLAC group, which is a population enriched with planting. The AFLP markers are efficient to detect genetic diversity in S. mombin and differentiate populations of different constitutions. Most of the genetic variability occurs between populations. / O taperebazeiro (Spondias mombin L.) é uma fruteira pertencente à família Anacardiaceae e tem uma distribuição geográfica ampla. Apresenta importância econômica e social e é bastante utilizado pela indústria para confecção de sucos, picolés, sorvetes, geleias e licores. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética entre e dentro de populações de S. mombin L. A análise foi realizada por meio de marcadores moleculares AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) em três populações localizadas na cidade de Manaus, Estado do Amazonas: Universidade Federal do Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) e Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira (CEPLAC). Foram testadas 10 combinações de oligonucleotídios, e selecionadas quatro para essa análise: E+AAC/M+CAT, E+AGT/M+CTC, E+AAC/M+CTC, E+AGT/M+CAT. Os oligonucleotídios revelaram 283 locos polimórficos, variando de 63% a 97,2% entre as populações. O Fst (diferenciação genética entre as populações) calculado foi de 0,52, revelando um alto nível de diferenciação genética entre as populações. O resultado da Análise Molecular de Variância atribuiu 52,8% e 47,1% da variação entre e dentro das populações, respectivamente. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, o das populações naturais, UFAM e VLB, e o grupo da CEPLAC, que é de uma população enriquecida com plantio. Os marcadores moleculares AFLP são eficientes para detectar diversidade genética em S. mombin e diferenciar populações de constituições distintas. A maior parte da variabilidade genética ocorre entre as populações.
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Diversidade e estrutura genética em populações de Buriti (Mauritia flexuosa L F.) com base nos marcadores moleculares AFLPGomes, Liene Rocha Picanço 05 June 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009-06-05 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Buriti (Mauritia flexuosa L. f.) is a palm from the Arecaceae family with a large geographic distribution all around the Amazon region and restrict to South America. It represents economic importance, having almost every part used. It is used as food and medicaments. The aim of this work was to characterize the genetic diversity of buriti s natural populatation through
molecular mark AFLP. It were analyzed four population located beyond Gasoduto Coari-Manaus. For its analysis four combinations of primers were used (E-AAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/m-CGC e E-ATC/M-CCA). The primers reveled 339 focus with polymorphism, going from 81,1% to 91.1% among the population. The Fst calculated was 0.23 and the Variety Molecular Analysis s result (AMOVA) was 77,18% of varieties in populations. The reveled dendogram base on AFLP mark showed the formation of two groups, resulting that Bom Jesus and Lauro Sodré population are the most genetically alike. The result gained showed that the genetic distance are not related to the geographic distance. / O buriti (Mauriti flexuosa L. f.) é uma palmeira da família Arecaceae com ampla distribuição geográfica por toda a região Amazônica e restrita a América do Sul. Apresenta importância econômica, tendo praticamente todas as suas partes aproveitadas. Seu uso vai desde a alimentação até o uso medicinal. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de populações naturais de buriti por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram analisadas quatro populações localizadas ao longo do Gasoduto Coari-Manaus. Para esta analise foram usadas quatro combinações de primers (EAAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/M-CGC e E-ATC/M-CCA). Os primers revelaram 339 locos com polimorfismo variando de 81,1% a 91.1% entre as populações. O Fst calculado foi de 0.23, e o resultado da Análise Molecular de Variância (AMOVA) atribuiu 77,18% da variação dentro das populações. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Bom Jesus e Lauro Sodré são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica.
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Seleção de áreas prioritárias para conservação da diversidade genética para alvos múltiplos / Selection of priority areas for conservation of genetic diversity for multiple targetsPADUA, Gabriela Cristina Cantisani 01 February 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008-02-01 / Rapid urban development, due to population and economic growth, results in largescale changes in landscape. As a consequence, there is a massive extinction of species.
That s why identifying networks of important areas for conserving biodiversity is important and should provide a better currency for biodiversity conservation than just
keep species in isolated areas. Until recently, the methods for identifying networks for biodiversity conservation have not deal explicitly and directly with the goal of evolutionary persistence of species. Trying to achieve the adaptative diversity of each specie, data about the genetic variation of species has been incorporated into the broadscale reserve network model. Populational genetic structure and geographic range size of multiple species data were used in a reserve network plan and compared with a reserve plan that uses only ecological data such as geographic range size. The genetic
variation was determined based on papers found at Institute for Scientific Information (ISI). It has been shown that when used, genetic variability data, change the location of the spatial configuration of important areas for biodiversity conservation. Concluding that genetic information is important and relevant when associated with geographical distribution, what can improve species evolutionary persistence / A perda de espécies tem alta e acelerada taxa em todos os continentes, causada, por alguns fatores, como intensificação da agricultura e o crescimento das cidades. A principal conseqüência disso é a redução da paisagem, resultando na fragmentação de habitats e gerando grandes impactos negativos para a biodiversidade. Por isso a priorização de áreas para a conservação da biodiversidade se faz essencial. A seleção destas áreas deve ser elaborada de maneira eficiente, protegendo todos os alvos de conservação com o menor custo possível. Com intuito de direcionar o foco da
conservação na persistência evolutiva dos alvos, dados sobre variação genética das espécies foram utilizados de modo a tentar capturar a diversidade adaptativa de cada espécie. Para tal, dados da estrutura genética populacional de 70 espécies de mamíferos carnívoros terrestres do Novo Mundo foram incorporados à base de dados de distribuição geográfica destas mesmas espécies. Os dados da estrutura genética destas populações foram obtidos através de revisão bibliográfica. Através do site Thomson Institute ou Institute for Scientific Information foram encontrados 703 artigos referentes à estrutura genética da população das 70 espécies consideradas para o estudo. Porém apenas 24 artigos continham dados relevantes para a subdivisão genética de acordo com a variação gênica das populações das espécies. Com estes dados, foram gerados mapas de insubstituibilidade, e estes analisados de acordo com a localização espacial das
células insubstituíveis. Os resultados obtidos demonstraram que, quando utilizados, os dados de variabilidade genética, mudam a configuração espacial e localização das áreas
prioritárias. O que leva a concluir que são de fato importantes e relevantes quando associados aos dados de distribuição geográfica. Demonstra-se que a incorporação de dados sobre diversidade genética pode melhorar a representação da biodiversidade, e sob certos pressupostos, aumentar a persistência evolutiva dos alvos de conservação
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Divergência genética em clones superiores de Coffea canephora Pierre ex Froenher em RondôniaOliveira, Leilane Nicolino Lamarão, 92-99187-3313 27 July 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-07-27 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The objective of this work was to quantify the genetic divergence of potential C. canephora parents, aiming to develop progenies that associate the best traits of the Conilon and Robusta botanical varieties to the expression of the hybrid vigor. For this, ten morphological and productive characteristics of 130 clones of Conilon and Robusta botanical varieties and their intervarietal hybrids were evaluated over two years, considering an experiment in a randomized block design with four replicates of four plants per plot. For selection of parents, the main components technique was used associated with reference points obtained from the average of each botanical variety. The first two main components allowed the separation of the botanical varieties with a representation of the variability contained in the original data of 76% in the first year and 69% in the second year. Although the significance of the genotype x years interaction was significant, there was little difference in the grouping from one year to the next, which is associated with the higher repeatability estimates observed in this study. It was observed that crosses with the 16-1-81I, 13-1-61I and 11-1-42I parents of the botanical variety Robusta and with the 167I, 890P and 1048I parents of the Conilon botanical variety presented greater potential for obtaining selection gains. / O objetivo deste trabalho foi predizer a divergência genética entre matrizes de Coffea canephora das variedades botânicas Conilon e Robusta visando desenvolver progênies que associem as melhores características à expressão do vigor do híbrido. Para isso, foram avaliados dez componentes de produção de 130 clones das variedades botânicas Conilon, Robusta e de híbridos intervarietais, ao longo de dois anos, em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições de quatro plantas por parcela. Para seleção de genitores foi utilizada a técnica de componentes principais associada a pontos referenciais obtidos a partir da média de cada variedade botânica. Os dois primeiros componentes principais permitiram a separação das variedades botânicas e dos híbridos intervarietais com uma representação da variabilidade contida nos dados originais de 76% no primeiro ano e 69% no segundo ano. Apesar da significância da interação genótipo x anos, observou-se pouca diferença no agrupamento ao longo do tempo, o que está associado às maiores estimativas de repetibilidade observadas nesse estudo. Observou-se que as matrizes 16-1-81I, 13-1-61I e 11-1-42I da variedade botânica Robusta e as matrizes 167I, 890P e 1048I da variedade botânica Conilon apresentaram maior potencial para a obtenção de ganhos com a seleção.
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