Orientador: João Claudio Thomeo / Banca: Daniela Alonso Bocchini Martins / Banca: Tatiane Iembo / Resumo: A criptococose é uma micose sistêmica que afeta principalmente o sistema nervoso central, causando meningite. Causada pela inalação de propágulos de fungos do gênero Cryptococcus sp, C neoformans acomete hospedeiros com imunodepressão celular, cujo maior contingente é representado por indivíduos com AIDS. A fonte principal de aquisição desta levedura são fezes de aves, principalmente pombos (Columba livia). C. gattii infecta indivíduos aparentemente imunocompetentes, sendo isolado principalmente em espécies de eucaliptos. C. albidus e C. laurentii aparece em casos de meningites, fungemias, pneumonias, abscessos pulmonares e infecções cutâneas. C.uniguttulatus é encontrado no trato gastrointestinal, fezes de pássaros e contaminante de leitos de animais e habitats de roedores. Termo-tolerância, parede celular, cápsula, adesão, e produção de enzimas são fatores importantes de virulência do gênero. São José do Rio Preto é a 5ª cidade entre os 100 municípios do estado de São Paulo em de casos de AIDS. Analisou-se morfologicamente e bioquimicamente 48 amostras clínicas e 155 ambientais. Amostras de líquor resultaram em 30 isolados da espécie C. neoformans, 17 de C. gattii e um de C. luteolus. Foram identificados 26 isolados de C.albidus, 22 de C. laurentii, 9 de C. neoformans, 5 de C. gattii e um de C.uniguttulatus nas amostras ambientais. A concentração inibitória mínima para antifúngicos foi determinada para todos os isolados por meio do teste de microdiluição em caldo padronizado pelo NCCLS. Os resultados obtidos mostraram resistência à anfotericina B e itraconazol nas cepas clínicas de C. neoformans e C. gattii, e as cepas de C.albidus e C. laurentii apresentaram resistência a 5-fluorcitosina, itraconazol e anfotericina B / Abstract: Cryptococcosis is a systemic mycosis that mainly affects the central nervous system, causing meningitis. Caused by inhalation of seedlings of fungi of the genus Cryptococcus sp, C. neoformans affects hosts with immunosuppression cellular, whose largest contingent is represented by individuals with AIDS. The main source of acquiring this yeast is feces of birds, especially pigeons (Columba livia). C. gattii infects individuals apparently immunocompetent, being isolated mainly in species of eucalyptus. C. albidus and C. laurentii appear in cases of meningitis, nosocomial fungemia, pneumonia, lung abscesses and skin infections. C. uniguttulatus is found in the gastrointestinal tract and feces of birds and contaminant of beds of animals and habitats of rodents. Thermo-tolerance, cell wall, capsule, accession, and production of enzymes are important factors in the virulence of the genus. São José do Rio Preto is the 5th city among the 100 cities in the state of São Paulo in cases of AIDS. We analyzed morphologically and biochemically 48 clinical samples and 155 environmental. Liquor samples resulted in 30 isolates of the species C. neoformans, 17 of C. gattii and one of C. luteolus. We identified 26 isolates of C. albidus, 22 of C. laurentii, 9 of C. neoformans, 5 of C. gattii and one of C. uniguttulatus in environmental samples. The minimal inhibitory concentration for antifungal agents was determined for all isolates by means of the test of broth microdilution standardized by the NCCLS. The results obtained showed resistance to amphotericin B and itraconazole in clinical strains of C. neoformans and C. gattii, C. albidus and C. laurentii exhibited resistance to 5-fluorocytosine, itraconazole and amphotericin B / Mestre

As leveduras do gênero Candida são responsáveis por 80% das infecções fúngicas sistêmicas. Nas Unidades de Terapia Intensiva, essas leveduras estão envolvidas em aproximadamente 17% das infecções. Essas doenças aumentam o tempo de hospitalização, resultando em aumento de gastos; além disso, as infecções sistêmicas causadas por Candida spp. apresentam elevada taxa de mortalidade. A candidemia representa grande parte das candidíases invasivas e sua epidemiologia pode variar de acordo com o local de estudo, práticas hospitalares e país estudado. Assim, o objetivo do presente estudo foi caracterizar 79 isolados de candidemia de pacientes internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto de junho de 2014 a novembro de 2015. Para isso, os isolados foram submetidos a testes de microdiluição em caldo para a determinação da Concentração Inibitória Mínima dos antifúngicos anfotericina B, caspofungina, fluconazol e voriconazol; testes para avaliar a produção de fatores de virulência: hemolisina, fosfolipase e proteinase; e genotipagem por Pulsed-field Gel Electrophoresis, Microsatellite Length Polymorphism e Multilocus Sequence Typing. Como esperado, C. albicans foi a espécie predominante (44%), seguida por C. glabrata (19%), C. tropicalis (19%), C. parapsilosis (14%) e C. orthopsilosis (4%). Os isolados, em geral, não apresentaram resistência aos antifúngicos testados. Entretanto, todos os isolados de C. glabrata e um isolado de C. parapsilosis apresentaram-se suscetíveis dose-dependentes ao fluconazol, três isolados de C. glabrata foram suscetíveis dose-dependentes à caspofungina, um isolado de C. albicans foi suscetível dose-dependente ao voriconazol e um isolado de C. albicans apresentou-se resistente ao fluconazol e voriconazol. Os isolados da espécie C. albicans foram os principais produtores de fatores de virulência. Os resultados dos testes de genotipagem indicaram a espécie C. glabrata apresentou menor variabilidade genética. A incidência de candidemia no período estudado foi de 1,52/1000 admissões e a taxa de mortalidade foi de 52%. O principal fator de risco foi antibioticoterapia (86%), seguido de sonda vesical (68%), acesso venoso central (60%), cirurgias (54%), nutrição parenteral (42%) e neutropenia (14%). Das doenças de base, o câncer sólido estava presente em 28% dos pacientes, seguido por diabetes (23%), doenças gastrointestinais (20%) e doenças hepáticas (15%). Finalmente, os resultados obtidos são úteis para o melhor entendimento do perfil da candidemia no hospital estudado e podem auxiliar na escolha da terapia empírica para essa doença / Candida spp. are responsible for 80% of all systemic fungal infections. In the Intensive Care Units, these yeasts are present in 17% of all infections. These diseases result in extended hospitalization, leading to increased hospital costs; besides, the systemic infections caused by Candida spp. are related to high mortality rates. Candidemia is the main invasive candidiasis and its epidemiology may vary among study location, local healthcare practices and studied countries. Therefore, the aim of this study was to characterize 79 bloodstream isolates from patients of the Hospital das Clínicas of Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, from June 2014 to November 2015. The Minimal Inhibitory Concentration of amphotericin B, caspofungin, fluconazole and voriconazole was determined using broth microdilution; virulence factor production was analyzed; and the strains were typed by Pulsed-field Gel Electrophoresis, Microsatellite Length Polymorphism and Multilocus Sequence Typing. As expected, C. albicans was the most predominant species (44%), followed by C. glabrata (19%), C. tropicalis (19%), C. parapsilosis (14%) and C. orthopsilosis (4%). In general, the strains did not show resistance to the tested antifungals. However, all C. glabrata and one C. parapsilosis isolates exhibited dose-dependent susceptibility to fluconazole, three C. glabrata isolates exhibited dose-dependent susceptibility to caspofungin, one C. albicans isolate was susceptible dose-dependent to voriconazole and one C. albicans isolate was resistant to fluconazole and voriconazole. Candida albicans strains were the main virulence attributes producer. C. glabrata isolates showed less genetic variability than the others studied species. The candidemia incidence was 1.52 per 1,000 admissions, and the mortality rate was 52%. The main risk factors were antibiotic therapy (86%), followed by urinary catheterization (68%), central venous access (60%), surgical procedures (54%), parenteral nutrition (42%) and neutropenia (14%). The most common underlying diseases were solid cancer (28%), diabetes (23%), gastrointestinal disease (20%) and liver disease (15%). Finally, the results are useful to bring a better comprehension of candidemia in the studied hospital and can help in the identification of efficient empirical treatment strategies

Os Mollicutes causam doenças em várias espécies animais de importância econômica, inclusive em bovinos. Neste estudo, foi avaliada por concentração inibitória mínima (CIM) e citometria de fluxo, a atividade de oito agentes antibacterianos (enrofloxacina, ciprofloxacina, gentamicina, claritromicina, cloranfenicol, oxitetraclina, tiamulina e tilosina) contra Ureaplasma diversum. Foram analisadas 24 amostras de isolados de campo oriundas da mucosa genital de fêmeas bovinas. As amostras foram confirmadas por crescimento em caldo, placa e por PCR. Os inóculos foram submetidos à analise de suscetibilidade aos antibióticos pelo método da microdiluição em microplaca e posteriormente analisados pelo citômetro de fluxo a fim de avaliar a atividade antimicrobiana nas células. A claritromicina apresentou os maiores índices de inibição in vitro, sendo a gentamicina considerada o antibiótico de menor espectro de ação nesse estudo. De acordo com as análises do citômetro, a gentamicina apresentou o menor número de células viáveis enquanto a tiamulina apresentou o maior número. Embora haja resultados destoantes entre as técnicas utilizadas, o citômetro de fluxo pode ser utilizado como uma boa ferramenta para auxiliar a avaliação da suscetibilidade desses microrganismos a antibióticos. / The Mollicutes cause disease in several economically important species, including cattle. In this study, was evaluated by minimum inhibitory concentration (MIC) and flow cytometry, the activity of eight antibacterial agents (enrofloxacin, ciprofloxacin, gentamicin, clarithromycin, chloramphenicol, oxitetraclina, tiamulin and tylosin) against Ureaplasma diversum. We analyzed 24 samples of field isolates originating from the genital mucosa of cows. The samples were confirmed by growth in broth, plate, and PCR. The inoculations were subjected to analysis of susceptibility to antibiotics by the method of micro-dilution plate and then analyzed by flow cytometry to assess the antimicrobial activity in cells. Clarithromycin showed the highest levels of inhibition in vitro, the antibiotic gentamicin considered lower spectrum of action in this study. According to the analysis of the flow cytometer, gentamicin showed the lowest number of viable cells as tiamulin showed the greatest number. Although there are divergent results between the techniques used, flow cytometry can be used as a good tool even help assess the susceptibility of microorganisms to antibiotics.

Os objetivos do presente estudo foram: a) avaliar a frequência de isolamentos de patógenos causadores de mastite em rebanhos leiteiros comerciais; b) determinar a susceptibilidade antimicrobiana de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. isolados de casos de mastite subclínica c) avaliar o perfil de multirresistência de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. d) Detectar o gene mecA em Staphylococcus spp. resistentes a oxacilina/meticilina; e) avaliar a associação entre as práticas de manejo e tratamento de mastite e a susceptibilidade antimicrobiana de Staphylococcus aureus isolados de rebanhos leiteiros. Foram selecionados para o presente estudo 13 rebanhos leiteiros a partir de um total de 60 rebanhos vinculados a um laticínio da região de Pirassununga/SP. Questionários previamente formulados foram respondidos pelos responsáveis do rebanho para avaliar a associação entre as práticas de manejo e tratamento de mastite e a susceptibilidade antimicrobiana de S. aureus. Após a seleção dos rebanhos e aplicação dos questionários, 1069 amostras de leite compostas foram coletadas durante 24 meses, em quatro períodos para realização de cultura e identificação dos patógenos, testes de susceptibilidade antimicrobiana e detecção do gene mecA. Os testes de susceptibilidade foram realizados em todos os isolados de Staphylococcus spp. e em 50% de Streptococcus spp. selecionados aleatoriamente. Os antimicrobianos testados foram: ampicilina 10 mg; clindamicina 2 &micro;g, penicilina 1 mg; ceftiofour 30 &micro;g; gentamicina 10 mg; sulfatrimetropin 25 &micro;g, enrofloxacina 5 &micro;g; sulfonamida 300 &micro;g, tetraciclina 30 &micro;g; oxacilina 1 mg; cefalotina 30 &micro;g e eritromicina 5 &micro;g. Todos os isolados de Staphylococcus spp. que apresentaram resistência a oxacilina/meticilina foram avaliados quanto à presença do gene mecA. Entre os isolados, Staphylococcus coagulase negativa foi o mais prevalente (28,6%), seguido por S. aureus (27,8%) e Corynebacterium spp. (10,9%). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de S. aureus foi de 95,23% (eritromicina), 93,33% (cefalotina) e 65,71% (ampicilina). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de Staphylococcus coagulase negativa (SCN) foi de 93,33% (cefalotina), 89,91% (eritromicina) e 62,03% (ceftiofur). Entre os isolados de Staphylococcus coagulase positiva (SCP), a susceptibilidade antimicrobiana foi de 93,33% (eritromicina), 91,11% (clindamicina e sulfonamida). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de Streptococcus agalactiae foi de 38,46% (ampicilina) e 50% (sulfatrimetropin) e os isolados de S. dysgalactiae apresentaram susceptibilidade à tetraciclina de 19,44% e a clindamicina de 47,22%. A multirresistência foi maior entre os isolados de SCN (20,3%) e S.aureus (15,7%). Não foi detectado o gene mecA em nenhum dos isolados de Staphylococcus spp. Houve associação entre as variáveis para os seguintes antimicrobianos: a) tratamento de mastite clínica: ampicilina (P = 0,0055), ceftiofur (P = 0,0481), sulfatrimetropin (P= 0,0293), sulfonamida (P = 0,0043) e tetraciclina (P = 0,0058); e envio de amostras para cultura e antibiograma: ampicilina (P=0,0032), tetraciclina (P=<0,0001). Os principais fatores de risco para susceptibilidade antimicrobiana de S. aureus foram o não envio de amostras para cultura e antibiograma para tetraciclina (OR=6.012), penicilina (OR=4.687), eritromicina (OR=3.059) e ampicilina (OR=2.571), tratamento de mastite clínica para ampicilina (OR=2.178), ceftiofur (OR=1.956), gentamicina (OR=1.668), oxacilina (OR= 1.132) e penicilina (OR= 1.261) e tratamento de vaca seca para enrofloxacina (OR=2.111) e tetraciclina (OR=2.075). Os microrganismos mais frequentemente isolados foram Staphylococcus coagulase negativa e S. aureus. Os testes de susceptibilidade realizados para as espécies de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. apresentaram alta susceptibilidade para a maioria dos antimicrobianos testados. Com exceção de Streptococcus agalactiae para ampicilina e sulfatrimetropin e os isolados de S. dysgalactiae para tetraciclina e clindamicina. A maioria dos Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. não apresentaram perfil de multirresistência. Nenhum dos isolados de Staphylococcus spp. fenotipicamente resistentes a oxacilina/meticilina apresentaram o gene mecA. O maior fator de risco associado à susceptibilidade de S. aureus foi em relação à tetraciclina, penicilina, eritromicina e ampicilina para o não envio de amostras para cultura e antibiograma. Dois fatores de risco importantes identificados foram relacionados à ampicilina, ceftiofur, gentamicina, oxacilina e penicilina para o tratamento de mastite clínica e à enrofloxacina e tetraciclina para o tratamento de vaca seca. / The aims of this study were: a) to evaluate the frequency of mastitis pathogens in commercial dairy herds, b) to determine the antimicrobial susceptibility of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. isolated from subclinical mastitis c) to evaluate the profile of multidrug resistance of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. d) to detect the mecA gene in Staphylococcus spp. resistant to oxacillin / methicillin, e) to evaluate the association between management practices and treatment of mastitis, and antimicrobial susceptibility of Staphylococcus aureus isolates from dairy herds. Thirteen dairy herds were selected from a total of 60 dairy farms in the region of Pirassununga / SP. Questionnaires formulated previously were answered by dairy farmers to evaluate the association between mastitis treatment practices and antimicrobial susceptibility. A total of 1,069 composite samples of milk from all herds were collected for culture and identification of pathogens, susceptibility testing and mecA gene detection, over 24 months in four periods. The susceptibility tests were performed in all isolates of Staphylococcus spp. and in 50% of Streptococcus spp. randomly selected. The antimicrobials tested were ampicillin 10mg; 2&micro;g clindamycin, penicillin 1mg; ceftiofour 30&micro;g; gentamicin 10mg; sulfatrimetropin 25&micro;g, 5&micro;g enrofloxacin; 300&micro;g sulfonamide, tetracycline 30&micro;g; oxacillin 1mg; 30&micro;g cephalothin and erythromycin 5&micro;g. All Staphylococcus spp. that were resistant to oxacillin/methicillin in the susceptibility tests were investigated for the presence of mecA gene. Among the isolated bacteria, CNS was the most prevalent (28.6%), followed by S. aureus (27.8%) and Corynebacterium spp. (10.9%). The antimicrobial susceptibility of isolates of S. aureus was 95.23% (erythromycin), 93.33% (cephalothin) and 65.71% (ampicillin). The antimicrobial susceptibility of isolates of coagulase-negative Staphylococcus (CNS) was 93.33% (cephalothin), 89.91% (erythromycin) and 62.03% (ceftiofur). Among strains of coagulase positive Staphylococcus (CPS), the antimicrobial susceptibility was 93.33% (erythromycin), 91.11% (clindamycin and sulfonamide). The antimicrobial susceptibility of the strains of Streptococcus agalactiae was 38.46% (ampicillin) and 50% (sulfatrimetropin) and isolates of S. dysgalactiae were susceptible to tetracycline and clindamycin (19.44% to 47.22%). The multidrug resistance was higher among isolates of CNS (20.3%) and Staphylococcus aureus (15.7%). The mecA gene was not detected in any of Staphylococcus spp isolates. There was an association between variables for the following antimicrobials: a) treatment of clinical mastitis: ampicillin (P = 0.0055), ceftiofur (P = 0.0481), sulfatrimetropin (P = 0.0293), sulfonamide (P = 0.0043) and tetracycline (P = 0.0058); and sending samples for culture and antibiogram: ampicillin (P = 0.0032), tetracycline (P = <0.0001). Major risk factors for antimicrobial susceptibility of S. aureus were not submitting samples for culture and antibiogram for tetracycline (OR = 6.012), penicillin (OR = 4.687), erythromycin (OR = 3.059) and ampicillin (OR = 2.571), treatment of clinical mastitis: ampicillin (OR = 2.178), ceftiofur (OR = 1.956), gentamicin (OR = 1.668), oxacillin (OR = 1.132) and penicillin (OR = 1.261); and dry cow therapy: enrofloxacin (OR = 2.111) and tetracycline (OR = 2.075). The most frequent organisms isolated were coagulase negative Staphylococcus and S. aureus. The susceptibility tests performed for the species of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. showed high susceptibility to most antimicrobials tested. With the exception of Streptococcus agalactiae to ampicillin and sulfatrimetropin and isolates of S. dysgalactiae to tetracycline and clindamycin. Most Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. did not show multidrug resistance profile. None of Staphylococcus spp. phenotypically resistant to oxacillin / methicillin showed the mecA gene. The major risk factor associated with susceptibility of S. aureus to tetracycline, penicillin, erythromycin and ampicillin was not sending samples for culture and sensitivity. Two important risk factors have been identified related to ampicillin, ceftiofur, gentamicin, penicillin and oxacillin for treatment of clinical mastitis and enrofloxacin and tetracycline for the treatment of dry cow dry cow therapy.

Estima-se que 30% da população mundial esteja colonizada por Staphylococcus aureus. Indivíduos portadores de HIV/AIDS possuem maiores riscos de colonização e infecções causadas por S. aureus resistente à meticilina (MRSA), devido a seu estado imunológico comprometido, frequente uso de antibióticos e reinternações hospitalares. Linhagens de MRSA emergiram na década de 60, logo após a introdução da meticilina, devido a aquisição de genes que codificam proteínas ligadoras de penicilinas modificadas, mecA e mecC, contidos no elemento genético móvel SCCmec (do inglês, Staphylococcal Cassete Chromossome). Este estudo buscou caracterizar amostras de MRSA de pacientes com HIV/AIDS, isoladas no primeiro e sétimo dia de internação no hospital, e de seus profissionais de saúde, do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto, no período de abril de 2011 a maio de 2013. Os objetivos foram caracterizar fenotípica e genotipicamente os isolados de MRSA e comparar as linhagens, a fim de observar se havia disseminação entre os pacientes ou entre estes e profissionais de saúde relacionados. Foi realizada caracterização por perfil de sensibilidade, determinação do elemento SCCmec, eletroforese em campos pulsados (PFGE, do inglês, Pulsed Field Gel Electrophoresis) e tipagem por sequenciamento de Multilocus (MLST). Foram pesquisados os tipos de hemólise produzidos e a presença de gene para produção da Leucocidina Panton Valentine (PVL). Vinte pacientes encontravam-se colonizados no primeiro dia de internação, treze após uma semana e três profissionais da saúde estavam colonizados durante o estudo. Quando excluídas as amostras consideradas duplicatas, SCCmecIV foi o elemento predominante. Grande variedade clonal de MRSA foi encontrada nos pacientes, totalizando 11 pulsotipos. ST239-SCCmecIII, relacionado ao Clone Endêmico Brasileiro (BEC), foi isolado de pacientes logo no primeiro dia de internação, provavelmente devido à prévia internação. O profissional de saúde P1 apresentou colonização por MRSA caracterizado como pulsotipo E, que persistiu após o tratamento para descolonização. P1 foi tratado novamente e posteriormente foi observado isolado com pulsotipo J, sugerindo ser um clone diferente dos anteriores, mas ainda com linhagem ST105-SCCmecII. Apenas um isolado, do paciente 5, apresentou grande similaridade (92,3%) com um isolado do profissional de saúde (P1). Entretanto, houve intervalo de 10 meses entre as coletas e não há indício de transmissão direta de uma pessoa para outra. Presença do gene da PVL foi encontrada em apenas dois isolados. Três amostras de MRSA foram caracterizadas como hVISA (do inglês, heterogeneous Vancomycin Intermediate Staphylococcus aureus) e dois deles possuíam resistência intermediária à teicoplanina. Um isolado apresentou resistência à daptomicina em 48h de incubação com uma população heterogênea detectada. Todos foram sensíveis a quinupristina-dalfopristina, linezolida e tigeciclina. Concluímos que não houve disseminação de uma linhagem específica entre os pacientes, ou entre profissionais de saúde e pacientes e não foi observada relação entre o tempo de estadia no hospital e aquisição de uma linhagem em específico. No entanto, algumas linhagens com perfis de resistência muito preocupantes, como hVISA e com heterorresistência à daptomicina, foram isoladas e requerem atenção e monitoramento, com programas de vigilância e adoção de práticas de segurança e higiene no trabalho por parte dos profissionais de saúde. / It is estimated that 30 % of the world population is colonized by Staphylococcus aureus. Individuals with HIV/AIDS have a higher risk of colonization and infection caused by methicillin-resistant S. aureus (MRSA), due to their compromised immune system, frequent use of antibiotics and hospital readmissions. Strains of MRSA emerged in the 60s, shortly after the introduction of methicillin. Such resistance is caused by acquisition of genes encoding modified penicillin binding proteins, mecA and mecC, contained in the mobile genetic element SCCmec (Staphylococcal Cassette Chromosome). This study aimed to characterize MRSA isolated from patients with HIV/AIDS, in the first and seventh day of hospitalization, and their health care professionals, at the Clinical Hospital of Ribeirão Preto, in the period of April 2011 to May 2013. The objectives were to characterize phenotypic and genotypically MRSA isolates in order to observe if there was some lineage spread among patients or between these and related health professionals. MRSA isolates were characterized by susceptibility profile, SCCmec element typing, pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequencing typing (MLST). Pattern of hemolysis and the presence of the gene for production of Leukocidin Panton Valentine (PVL) were determined. Twenty patients were colonized on the first day of hospitalization, thirteen patients in a week and only three health care professionals were colonized during the study. SCCmecIV was the predominant element when samples considered duplicates were excluded. Large variety of MRSA clones was found in patients with 11 pulsotypes. ST239-SCCmecIII, related to Brazilian Endemic Clone (BEC), was isolated from patients on the first day of hospitalization, probably due to previous hospital admission. Professional P1 was colonized by MRSA isolate characterized as pulsotype E which persisted after treatment for decolonization. P1 was treated again and was observed with a pulsotype J isolate, which suggests being a different clone of the same lineage ST105-SCCmecII. Only one sample, from patient 5, showed high similarity (92.3 %) with this health professional isolate (P1). However, there was an interval of 10 months between the collections and there is no evidence of direct transmission from one person to another. Presence of the PVL gene was found in only two isolates. Three MRSA isolates were characterized as hVISA (heterogeneous Vancomycin Intermediate S. aureus) and two of them were also intermediate resistant to teicoplanin. One isolate showed resistance to daptomycin in 48h incubation and heterogeneous population was detected. All isolates were susceptible to quinupristin-dalfopristin, linezolid and tigecycline. We conclude that no spread of a particular strain was found among patients or between health care professionals and patients, and no relationship between duration of hospital stay and acquisition of a specific lineage was observed. However, some strains with resistance profiles very threatening, as hVISA and heteroresistant to daptomycin, were isolated and require attention and monitoring, with surveillance programs and use of safety practices and hygiene by health professionals.

Os objetivos deste estudo foram: re-identificar 70 isolados de Candida em micoteca por método tradicional e API 20C; identificar a presença de C. dubliniensis; determinar e comparar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) das amostras, frente a sete antifúngicos (E-test); caracterizar molecularmente as amostras seqüenciais de Candida pela técnica de PFGE; estudar e comparar o perfil genotípico de isolados de C. albicans e C. parapsilosis, através da análise de marcadores microsatélites e cariotipagem. O nível de concordância entre o método tradicional e o API 20C foi de 93%. Nenhum isolado de C. dubliniensis foi identificado no estudo. Em relação à sensibilidade antifúngica, a maioria das amostras apresentou alta porcentagem de sensibilidade às sete drogas testadas. A análise molecular pela técnica de PFGE, mostrou seis perfis de cariótipos diferentes em 24 amostras seqüenciais. Em relação à comparação das técnicas de PFGE e microssatélites, observamos que a última mostrou maior poder discriminatório para as amostras de estudadas. / This study was aimed to: identify the 70 isolates of Candida in a culture collection by the traditional method and by API 20C; identify the presence of C. dubliniensis; determine and compare the minimum inhibitory concentrations (MICs) of these samples in regard to the seven drugs (E-test); molecularly characterize sequential samples from the same patient by the PFGE technique; study the genotypic profile of all the isolates of C. albicans and C. parapsilosis by means of the microsatellite technique and compare the results with those obtained by the PFGE technique. The level of agreement between the traditional method and the API 20C was 93%. No isolate of C. dubliniensis was identified in the study. In relation to antifungal susceptibility, most of the samples presented a high percentage of susceptibility to the seven drugs tested. The molecular analysis by the PFGE technique revealed six different karyotype profiles among 24 sequential samples. In the comparison between the PFGE and microsatellite, the latter showed a greater discriminatory power for samples.

A química mineral e de rocha e determinações de susceptibilidade magnética (SM) de granitóides sin- e tardi orogênicos (610- 600 Ma) localizados na porção oriental do batólito Agudos Grandes (porção central do Cinturão Ribeira, SE do Brasil) foram utilizadas para determinar as condições de cristalização e as implicações em sua petrogênese. Os granitos sin-orogênicos são metaluminosos e têm índice de cor (IC) entre 8 e 15, dado por hornblenda, biotita, titanita e magnetita (unidade HBgd). As temperaturas liquidus obtidas pelo geotermômetro de saturação em apatita decrescem de 1000 a 950º C com o fracionamento. As temperaturas solidus obtidas pelo geotermômetro hornblenda-plagioclásio, variam de 720 a 800º C e mostram aumento sistemático em direção a leste, refletindo diminuição da a(H2O) dos magmas. As pressões obtidas por geobarometria de Al em hornblenda variam muito pouco (3,6 a 4,5 kbar) mostrando não haver variações significativas no nível de exposição do batólito. Esses granitos cristalizaram sob condições fortemente oxidantes (DNNO ³ + 2), como revelado pela alta SM, pelas composições da biotita e da ilmenita reliquiar e pelo consumo da ilmenita sob fO2 acima do buffer TMQA. Os granitóides tardi-orogênicos (maciço Piedade) variam de metaluminosos a marginalmente peraluminosos. A unidade metaluminosa portadora de titanita e magnetita (BmgT; IC=8) cristalizou sob condições comparáveis às dos granitos sin-orogênicos. As demais unidades são formadas por granitos com biotita e ilmenita (± muscovita e magnetita) e IC variável entre 15 e 5. Essas rochas em geral cristalizaram sob condições mais reduzidas (QFM a DNNO = + 2), como revelado pela SM mais baixa e pela composição de biotita e ilmenita, mas localmente foram afetadas por processos de oxidação pós-magmática. As temperaturas liquidus obtidas a partir do geotermômetro de saturação em apatita para todas as rochas do maciço Piedade são tão elevadas quanto as dos granitos sin-orogênicos. Estimativas de pressão são precárias, mas as composições de muscovitas sugerem valores da ordem de 4 kbar. Os dados obtidos no presente trabalho são consistentes com modelos que admitem um vínculo genético entre os granitos sin- e tardi-orogênicos do batólito Agudos Grandes. Em particular as tendências de variação química contínua das biotitas, com aumento progressivo do componente siderofilita para os granitos com muscovita, paralelas com a diminuição de SM e diminuição de fO2, podem sugerir que diferenças observadas refletem processos de contaminação de magmas metaluminosos por rochas metassedimentares mais reduzidas. / Magnetic susceptibility (MS) measurements and mineral and rock chemistry were used to infer crystallization conditions of syn- to late-orogenic (610-600 Ma) granites of the eastern portion of the Agudos Grandes batholith (central Ribeira Belt, SE Brazil). The syn-orogenic granites are metaluminous and have color indices (IC) of 8 to 15 given by hornblende, biotite, titanite and magnetite (unit HBgd). Liquidus temperatures obtained by apatite saturation thermometry decrease slighlty, from 1000 to 950°C with fractionation. Solidus temperatures, derived from hornblende-plagioclase thermometry, raise eastwards in the batholith from 720 to 800° C, reflecting decreasing a(H2O) of the magmas. Pressures derived from Al-in-hornblende barometry are nearly invariable (3.6 to 4.5 kbar), showing that the batholith is exposed at approximately the same level of intrusion along the studied section. These granites crystallized under strongly oxidizing conditions (DNNO ³ + 2), as revealed by high MS, by the compositions of biotite and relict ilmenite, and by ilmenite consumption due to fO2 above the TMQA buffer. The late-orogenic granites (Piedade massif) are metaluminous to marginally peraluminous. The metaluminous unit (BmgT; IC=8) bears titanite and magnetite, and crystalized under conditions comparable to those shown by the syn-orogenic massifs. The remaining units are made up of biotite + ilmenite (± muscovite and magnetite) granites with variable IC (15 to 5). These rocks crystallized mostly under more reduced conditions (QFM to DNNO = + 2), as revealed by lower MS and by the compositions of biotite and ilmenite, but were locally affected by post-magmatic oxidation processes. The liquidus temperatures obtained from apatite saturation thermometry in all granites from the Piedade massif are as high as those of the syn-orogenic massifs. Pressure estimates, based on muscovite compositions, are less reliable, but yield values around 4 kbar. The data obtained in this work are consistent with models which admit a genetic link between the syn-orogenic and the late-orogenic granites of the Agudos Grandes batholith. Continuous chemical variation of biotites, with the siderophyllite component increasing steadily towards the muscovite-bearing granites, and parallel decreasing of MS and fO2 suggest that contamination of metaluminous magmas by more reduced metasediments could explain most of the variation observed.

A tuberculose (TB) embora passível de tratamento efetivo, ainda é um grave problema de saúde pública em diversos países, inclusive no Brasil. Nas últimas décadas houve progressos consistentes no controle da doença, porém o avanço da resistência bacilar ainda é um desafio a ser superado, já que os mecanismos da resistência são bastante complexos e não totalmente conhecidos, o que dificulta o desenvolvimento de testes de sensibilidade com elevada acurácia. O objetivo deste trabalho foi caracterizar as mutações gênicas de cepas de Mycobacterium tuberculosis de pacientes do Brasil e de Moçambique com doença resistente a drogas através do sequenciamento genômico total, além de descrever padrões de mutações obtidos por testes moleculares comerciais e comparar estes dados com resultados de testes fenotípicos. Estudo descritivo e transversal que incluiu 30 isolados (17 do Brasil e 13 de Moçambique), submetidos aos testes moleculares comerciais Genotype MTBDRplus®, Genotype MTBDRsl®, Xpert MTB/RIF® e teste fenotípico BACTEC MGIT 960 SIRE®. Todos os isolados também foram avaliados pelo sequenciamento genômico realizado pelo Illumina MiSeq Sequencing System® e submetidos a análise de mutações que conferem resistência às drogas contra TB utilizando o TB profiler online tool. A sensibilidade e especificidade do sequenciamento genômico para detecção de resistência a rifampicina foi de 87,5% e 92,3%, respectivamente. Além disso, o sequenciamento detectou a mutação (Val170Phe) no gene rpoB em dois isolados de M. tuberculosis de Moçambique. Esta mutação não é detectada pelos testes genotípicos comerciais. A sensibilidade do sequenciamento para a isoniazida foi de 95,6% e a especificidade de 100%. Para a estreptomicina, a sensibilidade foi de 85,7% e a especificidade de 93,3%. Para o etambutol, observamos sensibilidade de 100% e especificidade de 77,2%. As mutações mais frequentes associadas à resistência à rifampicina foram a Ser450Leu e a His445Tyr no gene rpoB. Em relação à isoniazida, predominou a mutação Ser315Thr no gene katG. O sequenciamento genômico, dado seu alto poder discriminatório, tem grande potencial de fornecer informações mais acuradas sobre mecanismo gênicos da resistência bacilar, possibilitando futuramente o aprimoramento de testes diagnósticos mais precisos. / Although there is an effective treatment for tuberculosis (TB), it is still a serious public health problem in several countries, including Brazil. In the last decades, there has been consistent progress in disease control, but the increasing number of disease caused by resistant strains is still a challenge to be overcome, since the mechanisms of resistance are quite complex and not fully known, which difficult the development of susceptibility tests with high accuracy. The aim of this work was to characterize gene mutations of Mycobacterium tuberculosis strains from Brazilian and Mozambican patients with drug-resistant disease through whole genome sequencing, as well as to describe patterns of mutations obtained by commercial molecular tests and to compare these data with results of phenotypic susceptibility tests. It was a cross-sectional study that included 30 isolates (17 from Brazil and 13 from Mozambique). Commercial molecular tests Genotype MTBDRplus(TM), Genotype MTBDRsl(TM), Xpert MTB / RIF(TM) and BACTEC MGIT 960 SIRE(TM) phenotypic test were performed for all isolates. All of them were also evaluated by whole genome sequencing performed by the Illumina MiSeq Sequencing System(TM) and submitted to analysis of mutations that confer drug resistance against TB using the TB profiler online tool. The sensitivity and specificity of whole genome sequencing for detection rifampicin resistance was 87.5% and 92.3%, respectively. Also, whole genome sequencing detected the mutation (Val170Phe) in the rpoB gene in two isolates of M. tuberculosis from Mozambique. This mutation is not detected by commercial genotypic tests. The sensitivity of the whole genome sequencing for isoniazid was 95.6%, and the specificity was 100%. For streptomycin, the sensitivity was 85.7%, and the specificity was 93.3%. For ethambutol, we observed a sensitivity of 100% and specificity of 77.2%. The most frequent mutations associated with rifampicin resistance were rpoB Ser450Leu and His445Tyr. About isoniazid, the katG Ser315Thr mutation was the most frequent. Whole genome sequencing, given its high discriminatory power, has great potential to provide more accurate information about the gene mechanisms of bacilli resistance, making possible the improvement of more accurate diagnostic tests in the future.

Orientador: Jairo Roberto Jiménez-Rueda / Resumo: A região do médio vale do Araguaia encontra na fronteira de expansão agrícola do Estado do Mato Grosso. Entretanto, os estudos de planejamento e sustentabilidade para um melhor aproveitamento de suas capacidades naturais, bem como de suas limitações para a implantação de uma atividade agroindustrial em larga escala, ainda são escassos. Desta forma, objetivou-se a aplicação de um procedimento metodológico que auxiliasse a compartimentação do meio físico, mediante o uso de geotecnologias e aspectos geodinâmico, visando determinar a capacidade suporte natural e o planejamento do uso e ocupação da terra em escala regional. Assim, foi aplicado a sistemática do Zoneamento Geoambiental. Os resultados das análises de drenagem, relevo, morfoestrutura e morfotectônica demonstrou que a região apresenta um intenso processo de deformação estrutural, gerando paisagens de abatimento e soerguimento por blocos (horsts e grabens), altos e baixos estruturais deformados e altos e baixos topográficos intercalados. Na área também ocorre uma diversidade de elementos litológicos, devido a presença do cinturão Araguaia, e consequentemente uma variação de classes de solos e elementos da paisagem. O zoneamento Geoambiental ficou dividido em sete (7) Zonas e dezesseis (16) Subzonas Geoambientais. A Capacidade de Suporte Natural (CSN) na região apresentou quatro classes (muito baixa, baixa, moderada e alta), com destaque para as classes moderada (III) e alta (IV), indicativo de uma boa aptidão, de modo g... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The region of the middle Araguaia valley lies on the border of agricultural expansion of the State of Mato Grosso. However, planning and sustainability studies to better exploit their natural capacities, as well as their limitations to the implementation of a large-scale agroindustrial activity, are still scarce. In this way, the objective was to apply a methodological procedure that would aid the compartmentalization of the physical environment, through the use of geotechnologies and geodynamic aspects, aiming to determine the natural support capacity and the planning of land use and occupation on a regional scale. Thus, the system of Geoenvironmental Zoning was applied. The results of the analysis of drainage, relief, morphoestructure and morphothectonic showed that the region presents an intense process of structural deformation, generating landscapes of abatement and uplift by blocks (horsts and grabens), deformed highs and lows and intercalated topographic and topographical lows and lows. In the area also occurs a diversity of lithologic elements, due to the presence of the Araguaia belt, and consequently a variation of classes of soils and elements of the landscape. Geoenvironmental zoning was divided into seven (7) Zones and sixteen (16) Geoenvironmental Subzones. The Natural Support Capacity (CSN) in the region has four classes (very low, low, moderate and high), with emphasis on the moderate (III) and high (IV) classes, indicative of good fitness, in general, for the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Nos últimos 30 anos, Acinetobacter tornou-se um dos patógenos de maior preocupação clínica pela falta de terapias eficazes em virtude do fenótipo de multirresistência frequentemente apresentado. Dentre as espécies do gênero Acinetobacter, A. baumannii, A. genoespécie 3 e A. genoespécie 13TU são as mais comumente encontradas a partir de amostras biológicas. Estas espécies ao lado de A. calcoaceticus constituem o complexo A. calcoaceticus-A. baumannii (ACB). Este estudo propõe um esquema composto de duas PCRs para a identificação das espécies de interesse médico que fazem parte do complexo ACB. O método é simples, rápido e, além de identificar as espécies, permite pesquisar a presença de genes de resistência. Foram identificadas 515 amostras do complexo ACB, isoladas de pacientes no período de janeiro de 2005 a dezembro de 2010. A identificação das espécies do complexo ACB foi realizada por esquema composto de duas reações de PCR. Foram avaliados os perfis de sensibilidade por disco difusão e a pesquisa da presença dos genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaSPM e blaGIM foi realizada por PCR utilizando-se iniciadores específicos. No grupo de amostras estudas, 82,5% são A. baumannii (425), 11,5% A. genoespécie 13TU (59) e 6,0% A. genoespécie 3 (30), sendo A. baumannii mais isolado em pacientes internados em UTIs (p=0,0407) e A. genoespécie 13TU mais isolado em pacientes de outros ambientes hospitalares (p=0,0204). A. baumannii apresentou menor sensibilidade a todos os antimicrobianos quando comparado com A. genoespécie 13TU e A. genoespécie. 3 (p<0,05). Foi possível observar ao longo do período estudado o aumento significativo da resistência aos carbapenêmicos e da sensibilidade a gentamicina por A. baumannii entre os isolados de pacientes de UTIs (p<0.05). Nenhum dos genes codificadores para metalo-lactamases foi detectado nas amostras estudadas Dentre os cepas resistentes aos carbapenêmicos (176) o gene blaOXA-23 foi detectado em 81,25% e uma amostra de A. baumannii apresentou o gene codificador para OXA-72. A tipagem molecular foi realizada por RAPD e para os isolados resistentes aos carbapenêmicos também por PFGE. Resultados obtidos por RAPD revelaram menor diversidade entre os isolados de pacientes internados em UTIs. O dendrograma obtido utilizando-se PFGE separou dois clones cujos componentes eram resistentes aos carbapenêmicos, no entanto não apresentavam o gene blaOXA-23-like. A produção de acil-homoserina lactona, autoindutor-2 e autoindutor-3 de três amostras de cada espécie clínica do complexo ACB foi pesquisada utilizando-se bioensaios. Apenas Autoindutor 3 foi detectado por bioensaio e em menor quantidade no meio précondicionados obtido a partir de A. genoespécie 3 quando comparado com A. genoespécie 13TU e A. baumannii (p<0.05). Três cepas de cada espécie clínica do complexo ACB foi avaliada quanto a capacidade de adesão em monocamada de células Hep-2, MRC-5 e NCI-H292, sendo essa última a que revelou diferenças entre as espécies clínicas do complexo ACB. A. baumannii apresentou adesão difusa, A. genoespécie 13 TU adesão com formação de agrupamentos e A. genoespécie 3 não aderiu. Esse mesmo ensaio foi realizado na presença de propanolol e notou-se a diminuição de células aderidas por campo observado. Dez cepas de cada espécie clínica do complexo ACB foram pesquisadas quanto a produção de biofilme por ensaio colorimétrico utilizando cristal violeta e foi possível notar a produção significativa de biofilme por A. baumannii, quando comparado com A. genoespécie 3 (p<0.05). Esse mesmo ensaio na presença de de fentolamina, mostrou a diminuição significativa na produção do biofilme por A. baumannii. A interferência no ensaio de adesão bacteriana e biofilme, na presença de fentolamina ou propanolol, sugerem o envolvimento do autoindutor-3 na regulação desses mecanismos de virulência. / The genus Acinetobacter has emerged as one of the most troublesome pathogens for health care institutions globally. Its clinical significance, especially over the last 15 years, has been driven by its remarkable ability to up regulate or acquire resistance determinants, making it one of the organisms threatening the current antibiotic era. A. baumannii, A. 3 and A. 13TU are the most commonly species found from biological samples. These species beside A. calcoaceticus are very closely related and difficult to distinguish from each other by phenotypic properties. Therefore, it has been proposed to refer to these species as the A.calcoaceticus-A. baumannii complex(ACB). In the period from 2005 to 2009, the most frequent bacterial isolates among the nosocomial infection at the HU-USP was ACB (18%). Due to the frequency with which species are involved in ACB outbreaks of infection in the HU-USP and the emergency clinic because of expression of the phenotype of resistance to several classes of antibiotics, this study aimed to identify and characterize the species of complex ACB by molecular methods, to study their mechanisms of resistance and to characterize the different clones from patients admitted to different hospital areas. Furthermore, the ability to characterize biofilm formation, adhesion to different cell lines as well as the mechanisms of cell-cell communication were analyzed. From the ACB complex, 515 samples were identified, isolated from patients from January 2005 to December 2010. The identification of clinical species of the ACB was performed by molecular methods that were developed and validated for identification of Acinetobacter sp. include two reactions of PCR. The profiles of sensibility were evaluated by disc diffusion and the detection of the presence of genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaGIM, and blaSPM were performed using specific primers. Molecular typing was performed by RAPD and isolates resistant to carbapenems also by PFGE. The production of autoinducers of three clinical species complex was sought using bioassays with sensor strains. The ability adhesion was evaluated in monolayer of Hep-2 cells, MRC-5 and NCI-H292E. Ten clinical strains of each species of ACB complex were screened for the production of biofilms by colorimetric assay using crystal violet. Among all the strains studied, 82.5% were A. baumannii (425), 11.5% A.13TU (59) and 6.0% A. 3 (30). A. baumannii strains were more isolated from intensive care unit (ICU) patients (p = 0.0407) and A. 13TU from other patients in different hospital settings (p = 0.0204). A. baumannii showed less sensitivity to all drugs when compared with A. 13TU and A.3 (p <0.05). It was possible to observe during the study period a significant increase in carbapenem resistance and sensitivity to gentamicin by A. baumannii isolates from patients in ICUs (p <0.05). No genes coding for metallo-lactamase was detected in the samples studied. blaOXA-23 gene was detected in 81.25% among the 176 strains resistant to carbapenems. Results obtained by RAPD revealed less diversity among isolates from ICU patients compared to isolates from patients from other hospitals. The dendrogram obtained by PFGE showed less diversity than RAPD It was unable to detect homoserine lactone and autoinducer-2 by bioassay. The survey was positive of autoinducer-3 observed differences in yield among clinical species, smaller amount produced by strains of A. 3 when compared with A. 13TU and A. baumannii (p <0.05). Among the cells studied in adhesion testing, line NCI-H292 showed the greatest power discrimination between adhesion pattern observed and species of the ACB. A. baumannii showed diffuse adherence, A. 13 TU strains showed adhesion clustering and A. 3 did not adhere. This experiment was repeated in the presence of 100 &#181;M of propranolol and it was noted a decrease in cell A. 13TU and A. baumannii adhered per field observed. The biofilm assay showed significantly higher production of biofilms by A.baumannii compared with A. 3 (p <0.05). When the test was conducted in the presence of phentolamine at 100&#181;M, it was observed a significant decrease in the biofilm productions by A. baumannii, which revealing the involvement of the autoinducer-3 in biofilm production. The data obtained suggest that the proposed method of identification is a method for identification of species of medical interest belonging to the ACB complex which could be used in a routine laboratory. The method is simple, fast and beside the identification species, provides data about the resistance genes. Moreover, it revealed that the isolates of A. baumannii are more resistant and OXAbla genes, that was restricted to the ACB complex studied in this work. A. baumannii has also increased capacity for adhesion and biofilm formation, which regulates the expression of the phenotype may be linked to the production of autoinducers-3.