Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-10Bitstream added on 2014-06-13T20:45:22Z : No. of bitstreams: 1 bomtempo_dc_dr_prud.pdf: 5289318 bytes, checksum: 613626bdfce6751f4cf01f0aab4c2d5f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Faire la numérisation du territoire, du point de vue du développement des activités économiques, dans la période de la mondialisation, c’est une tâche complexe. De nouveaux paradigmes sont faites, de nouvelles dynamiques sont expérimentés et de nouveaux paramètres notés. Il faut identifier les agents, comprendre les processus et les relations qui influencent les décisions, dans les normes qui réorganisent, qui restructurent, et,donc, qui utilisent le territoire. Dans ce contexte, nous présentons cette recherche, qui a comme perspective la lecture des dynamiques territoriales par la voie de l'activité industrielle dans le secteur de consommation finale des aliments dans la ville de Marília-SP, dans la période de la mondialisation. La méthodologie de la recherche est structurée autour de trois axes, ils sont: les lectures; l´enquête, la cartographie systématique des données secondaires, la recherche de terrain (la réalisation d´entretiens et l´aplication de questionnaires). Telle analyse est justifiée, puisque le secteur industrielle de la consommation alimentaire finalement installé dans cette ville a eu son origine liée à l´action des agents locaux, avant le processus de déconcentration industriel, lancé à partir de la métropole de São Paulo dans les années 1970. Cependant, à partir de ce moment, en raison de l´expansion des industries locales, les groupes d'entreprises de capital national et transnational ont été attirés par cette moyenne échelle de la ville... (Résumé complet accès életronique cidessous) / Fazer a leitura do território, do ponto de vista do desenvolvimento das atividades econômicas, no período da globalização, é uma tarefa complexa. Novos paradigmas estão postos, novas dinâmicas são sentidas e novas configurações notadas. É preciso identificar os agentes, entender os processos e as relações que influenciam nas decisões, nas normatizações que (re) organizam, reestruturam e, portanto, usam o território. Neste contexto, apresentamos esta pesquisa, que tem como perspectiva a leitura das dinâmicas territoriais pela via da atividade industrial do ramo alimentício de consumo final na cidade de Marília/SP, no período da globalização. A metologia da pesquisa está estruturada em três eixos, são eles: leituras; levantamento, sistematização e mapeamento de dados secundários; pesquisa de campo (realização de entrevistas e aplicação de questionários). Tal análise se justifica, pois o ramo industrial alimentício de consumo final instalado nessa cidade teve sua origem atrelada à ação de agentes locais, anterior ao processo de desconcentração industrial, iniciado a partir da metrópole paulistana na década de 1970. No entanto, a partir desse período, devido à expansão das indústrias locais, grupos empresariais de capital nacional e transnacional foram atraídos para escala dessa cidade média. Assim, com o desenvolvimento da pesquisa, verificamos que Marília, por aglomerar empresas industriais de um mesmo ramo produtivo, complexificou e ampliou sua função na divisão territorial do trabalho e na rede urbana em que está inserida e mantém relações... / Making the analysis, from the development of economical activities point of view, in times of globalization, is a complex task. There are new paradigms, new dynamics are felt and new configurations are noticed. It is needed to identify the agents, to understand the processes and relationships that have influence in the decisions and in the laws the (re)organize, restructure and, therefore, use the territory. In this context, we present this research, that has as perspective the analysis of territorial dynamics by the industrial activity of the final consumption nourishing field in the city of Marilia/SP, in the period of globalization. The methodology of the research is structured in three guidelines: analysis; survey, systematization and mapping secondary data; field research (realization of interviews and questionnaires). This analysis’s reason is that the final consumption industry installed in this city has its origins related to the actions of local agents, preceding the industrial decentralization process that began in the metropolis of Sao Paulo in the decade of 1970. However, from then on, because of the local industry expansion, business groups with national and transnational were attracted by this medium-sized city. Then, with the development of this research, we verified that Marília, by concentrating industrial companies of the same productive field made more complex and extended its function in the territorial work division and in the urban network in which it is inserted and relates to... (Complete abstract click electronic access below)

Cette thèse s'intéresse à la conception et le développement des techniques de bioinfor- matique qui peuvent faciliter l'utilisation de l'approche metabarcoding pour mesurer la diversité d'espèces. Le metabarcoding peut être utilisé avec le séquencage haut débit pour l'identification d'espèces multiples à partir d'un seul échantillon environnemental. La véritable force du metabarcoding réside dans l'utilisation de barcode marqueurs choisi pour une étude particulière et l'identification d'espèces ou des taxons peut être réalisé avec des marqueurs soigneusement conçu. Avec l'avancement des techniques haut débit de séquençage, une énorme quantité des données de séquences est produit qui contient un nombres substantiel des mutations. Ces mutations posent un grand problème pour les estimations correctes de la biodiversité et pour le d'assignation de taxon. Les trois problèmes majeurs dans le domaine de la bioinformatique que j'ai abordés dans cette thèse sont: i) évaluer la qualité d'une barcode marker , ii) concevoir des nouveaux région barcode et iii) d'analyser les données de séquençage pour traiter les erreurs et éliminer le bruit en séquences. Pour évaluer la qualité d'un barcode marker, on a développé deux mesures quantita- tive,formelle: la couverture (Bc) et la spécificité (Bs). La couverture donne une mesure de universalité d'une pairs de primer pour amplifier un large nombre de taxa, alors que la spécificité donne une mesure de capacité à discriminer entre les différents taxons. Ces mesures sont très utiles pour le classement des barcode marker et pour sélectionner les meilleurs markers. Pour trouver des nouveaux région barcode notamment pour les applications metabarcod- ing, j'ai développé un logiciel, ecoPrimers3. Basé sur ces deux mesures de qualité et de l'information taxinomique intégré, ecoPrimers nous permet de concevoir barcode markers pour n'importe quel niveau taxonomique . En plus, avec un grand nombre de paramètres réglables il nous permet de contrôler les propriétés des amorces. Enfin, grâce a des algorithmes efficaces et programmé en langage C, ecoPrimers est suffisamment efficace pour traiter des grosses bases de données, y compris génomes bactériens entièrement séquencés. Enfin pour traiter des erreurs présentes dans les données de séquencage , nous avons analysé un ensemble simple d'échantillons de PCR obtenus à partir de l'analyse du régime alimentaire de Snow Leopard. En mesurant les corrélations entre les différents paramètres des erreurs, nous avons observé que la plupart des erreurs sont produites pendant l'amplification par PCR. Pour détecter ces erreurs, nous avons développé un algorithme utilisant les graphes, qui peuvent différencier les vrai séquences des erreurs induites par PCR. Les résultats obtenus à partir de cet algorithme a montré que les données de-bruitée a donnent une estimation réaliste de la diversité des espèces étudiées dans les Alpes françaises. / This thesis is concerned with the design and development of bioinformatics techniques that can facilitate the use of metabarcoding approach for measuring species diversity. Metabarcoding coupled with next generation sequencing techniques have a strong po- tential for multiple species identification from a single environmental sample. The real strength of metabarcoding resides in the use of barcode markers chosen for a particular study. The identification at species or higher level taxa can be achieved with carefully designed barcode markers. Moreover with the advent of high throughput sequencing techniques huge amount of sequence data is being produced that contains a substantial level of mutations. These mutations pose a problem for the correct estimates of biodi- versity and for the taxon assignation process. Thus the three major challenges that we addressed in this thesis are: evaluating the quality of a barcode region, designing new barcodes and dealing with errors occurring during different steps of an experiment. To assess the quality of a barcode region we have developed two formal quantitative mea- sures called barcode coverage (Bc) and barcode specificity (Bs). Barcode coverage is concerned with the property of a barcode to amplify a broad range of taxa, whereas barcode specificity deals with its ability to discriminate between different taxa. These measures are extremely useful especially for ranking different barcodes and selecting the best markers. To deal with the challenge of designing new barcodes for metabarcoding applications we have developed an efficient software called ecoPrimers. Based on the above two quality measures and with integrated taxonomic information, ecoPrimers1 enables us to design primers and their corresponding barcode markers for any taxonomic level. Moreover with a large number of tunable parameters it allows us to control the properties of primers. Finally, based on efficient algorithms and implemented in C language, ecoPrimers is efficient enough to deal with large data bases including fully sequenced bacterial genomes. Finally to deal with errors present in DNA sequence data, we have analyzed a simple set of PCR samples obtained from the diet analysis of snow leopard. We grouped closely related sequences and by measuring the correlation between different parameters of mutations, we have shown that most of the errors were introduced during PCR amplification. In order to deal with such errors, we have further developed an algorithm using graphs approach, that can differentiate true sequences from PCR induced errors. The results obtained from this algorithm showed that de-noised data gave a realistic estimate of species diversity studied in French Alpes. This algorithm is implemented in program obiclean.

La lutte contre les rongeurs est souvent un enjeu majeur dans les agroécosystèmes. Nous avons conduit une étude comparative dans des plantations de palmiers à huile dans les provinces de Riau et de Bangka en Indonésie. Dans les deux zones, des chouettes ont été introduites pour la lutte contre les rats ; toutefois, à Riau les rats sont maintenus à des niveaux de population acceptables sans recours au raticide, tandis qu’à Bangka les dégâts des rats sont très importants et l’usage de raticide intensif. Nous avons comparé ce deux systèmes en terme d’abondance et/ou de régime alimentaire de deux prédateurs, chouettes et petits carnivores. D’après nos résultats, les petits carnivores sont beaucoup plus abondants dans les plantations à Riau qu’à Bangka, et le chat léopard (Prionailurus bengalensis) est absent à Bangka tandis que cette espèce domine à Riau. Nos résultats suggèrent également que la prédation sur les rats par les chouettes et les petits carnivores serait moindre à Bangka qu’à Riau. D’une manière générale, cette étude confirme l’hypothèse selon laquelle les petits carnivores, notamment les chats léopard, joueraient un rôle important dans la lutte contre les rats en palmeraies. Par ailleurs, nous avons analysé la distribution spatiale des petits carnivores en plantation. Nos résultats suggèrent que, bien que l’habitat palmeraie soit largement utilisé la nuit par certains petits carnivores comme le chat leopard, qui y trouve une abondante ressource alimentaire, la plupart des espèces sont dépendantes de la forêt. Les gestionnaires des palmeraies devraient adapter leurs pratiques, afin de favoriser les petits carnivores dans une perspective de lutte contre les rats. / Rodent pest control is often a major issue in agroecosystems. We conducted a 3-year comparative study (2010-2012) in oil palm plantations in Riau and Bangka provinces, in Indonesia: in both areas barn owls have been introduced for rat control, and were at least as abundant in Bangka plantations than in Riau, but in Riau rat populations have been maintained at an acceptable level without the use of rodenticide, whereas in Bangka intensive rodenticide applications did not prevent high levels of rat damage. We compared these two contrasting systems in terms of predator community (barn owls and small carnivores) abundance and/or diet. We found that small carnivores were much more abundant in Riau plantations than in Bangka, and that the leopard cat (Prionailurus bengalensis) was the dominant species in Riau while absent from Bangka. Our results on diet suggested that rat prey intake from barn owls and from the small carnivore community would be less in Bangka plantations than in Riau. Broadly, our results suggest that small carnivores, notably the leopard cat, play an important role in rodent control. In addition, we investigated spatial distribution of small carnivores within the oil palm habitat. Our results support the hypothesis that, although the oil palm may be habitable for some small carnivore species such as the leopard cat, where they supposedly forage at night, most species still need forest for their survival in oil palm landscapes. Oil palm plantations managers should adapt agricultural practices and land-use to enhance small carnivores, with the view to improve rodent control.

Cette thèse déchiffre les défis rencontrés par les petits producteurs dans l'approvisionnement alimentaire urbain dans les Andes du Nord en Équateur, avec une étude de la structure et du fonctionnement du système d'approvisionnement urbain en produits laitiers à l'échelle nationale. Les stratégies de production et de commercialisation des petits producteurs sont observées au niveau local à travers deux exemples: Machachi et Nono. Le système d'approvisionnement est analysé comme un réseau spatial où les zones de production, les points de vente et de consommation sont interconnectés, ceci générant des dynamiques dialectiques de transformation mutuelle il travers les interactions des différents acteurs. Historiquement, le système s'est structuré en fonction des besoins et des caractéristiques des producteurs de moyenne et grande taille. Cependant, au cours des dernières décennies, les petits producteurs sont devenus des acteurs essentiels grâce à des stratégies entre les villes et la campagne. L'incorporation des petits producteurs dans cette dynamique montre leur grande capacité d'adaptation face aux opportunités générées par un marché en pleine croissance. Malgré tout, leur interaction avec les autres acteurs dénote une inégalité dans les relations de pouvoir qui reste encore peu modifiée. D'autres modalités d'intégration des petits producteurs restent à construire. / This thesis focuses on the small producers challenges in the food supply to cities in the Northern Andes in Ecuador. It analyses the structure and functioning of the complex of dairy product supply to cities at national level. Production and commercialisation strategies adopted by small producers' are studied at local level with two examples: Machachi and Nono. The supply complex is analysed as a spatial network where the areas of production and points of sale and consumption arc interconnected generating dialectical dynamics of mutual transformation through the interaction of all the different stakeholders. Historically the complex has been structured according to the needs and characteristics of the medium and large-sized producers. In the last decades though, small producers have been using different strategies between the countryside and cities und have become key stakeholders. The incorporation of small producers in this dynamic shows their great ability to adapt to opportunities created by a growing market. However, their interactions with the other stakeholders show inequality in the power relations, which has only marginally been addressed. Different modes of integration for small producers are yet to be created. / Esta tesis se interesa por los desafíos de los pequeños productores en el abastecimiento alimentario urbano a través del caso de los Andes norte en Ecuador. Se estudia la estructura y el funcionamiento del complejo de aprovisionamiento urbano de productos lácteos en una escala nacional. Las estrategias productivas y de comercialización de los pequeños productores son observados en una escala local a través de dos ejemplos: Machachi y Nono. El complejo de abastecimiento es analizado como una red espacial, donde las áreas de producción, los puntos de comercialización y de consumo están interelacionados generando dinámicas dialécticas de transformación mutua a través de las interacciones de los diversos actores.Históricamente el complejo ha sido estructurado acorde a las necesidades y características de los productores medianos y grandes. En las últimas décadas, los pequeños productores empleando diversas estrategias productivas y comerciales entre campos y ciudades se han convertido en actores fundamentales.La inclusión de los pequeños productores en esta dinámica muestra su gran capacidad de adaptación frente a las oportunidades generadas por un mercado en crecimiento. A pesar de esto, sus interacciones con a otros actores muestran las inequidades en las relaciones de poder que no han podido ser sino débilmente modificadas. Diferentes modalidades de integración de los pequeños productores lácteos quedan por construirse.

L'effondrement des populations d'abeilles domestiques, observé à l'échelle mondiale depuis une vingtaine d'années, est particulièrement alarmant, provoquant le déclin de la filière apicole mais également celui d'un pollinisateur essentiel en milieu agricole. La conservation de l'abeille domestique et de l'apiculture en paysage agricole est donc actuellement un enjeu majeur pour de nombreux acteurs. L'intensification de l'agriculture, insufflée par la politique agricole européenne, est désignée comme une cause majeure dans le déclin de la biodiversité, dont les abeilles sauvages. De nombreuses études ont révélé que le manque de ressources florales est une cause majeure de ce déclin généralisé, mais de façon surprenante, cette cause n'est que très peu investiguée à l'heure actuelle pour l'abeille domestique. Plus généralement, l'écologie de l'abeille domestique en paysage agricole est mal connue. A l'interface entre écologie comportementale, évolutive et paysagère, l'objectif général de cette thèse est d'étudier l'influence conjuguée de l'intensification de l'agriculture et de la dynamique spatio-temporelle des ressources florales en paysage agricole sur (i) leur utilisation et (ii) l'histoire de vie des abeilles. L'originalité de cette étude provient de l'envergure spatiale et temporelle des données empiriques collectées à l'aide de vastes dispositifs de suivis tant au niveau individuel qu'au niveau des colonies. Les résultats obtenus confirment l'influence négative de l'intensification de l'agriculture sur l'écologie de l'abeille domestique. En effet, la dynamique des ressources dominées par trois cultures majeures que sont le colza, le tournesol et le maïs, provoque l'apparition d'une déplétion d'approvisionnement en pollen et nectar. Des ressources aujourd'hui marginalement présentes en paysage agricole intensif telles que les zones boisées et les adventices jouent un rôle prépondérant dans le régime alimentaire des abeilles, pouvant contrer l'intensité de cette déplétion d'approvisionnement. Par des mécanismes a priori adaptatifs, les colonies et les individus adaptent leurs comportements et histoire de vie en réponse à la déplétion d'approvisionnement. Cependant, ces mécanismes de compromis d'allocation des ressources ont un coût important et aboutissent à un affaiblissement des colonies, qui se traduit par la mortalité hivernale des colonies d'abeilles domestiques. Cette étude révèle empiriquement l'importance de la dynamique des ressources dans les causes du déclin de l'abeille domestique, et évoque la présence d'une disette alimentaire en céréaliculture intensive. Ces résultats sont discutés dans l'optique de concevoir des mesures de conservation de l'abeille domestique, de l'apiculture et du service de pollinisation en paysage agricole intensif, afin de limiter les stress environnementaux pour les abeilles tels que le manque de ressources florales et l'exposition aux pesticides. / The collapse of honey bee populations, described around the world for twenty years, is particularly alarming because it causes the decline of beekeeping and of an essential pollinator in agricultural habitats. The conservation of honey bees and beekeeping in agricultural landscape is currently a major challenge for many operators. The agricultural intensification, instilled by the (European) Common Agricultural Policy, is considered as a major cause in the decline of biodiversity, including wild bees. Many studies have shown that lack of floral resources is a major cause of this widespread, but surprisingly, this cause of decline is very few investigated actually to honey bees. More generally, the honey bee ecology in agricultural landscapes is poorly understood. At the interface between behavioral, evolutionary and landscape ecology, the overall objective of this PhD thesis was to study the combined influences of agricultural intensification and the spatio-temporal dynamics of floral resources on (i) the use of this resource and (ii) the life history of honey bees. The originality of this study comes from its large spatial and temporal scale as well as its joint approach at individual and colony levels. The results confirm a negative impact of agricultural intensification on the honey bee. Indeed, three major crops i.e. rapeseed, sunflower and maize have created a temporal resource dynamic which causes a strong food supply depletion in pollen and nectar. Some resources more marginally represented in intensive agricultural landscapes such as wood and weeds play an important role in the honey bee diet, being able to restrict the intensity of food supply depletion. By adaptive mechanisms, colonies and individuals adapt their behavior and life history in response to the food supply depletion. However, these trade-off mechanisms in resource allocation have a significant cost and generate a weakening of colonies that increases overwintering mortality of honey bee colonies. This study shows empirically the importance of the resource dynamic in the causes of honey bee decline, and highlights the presence of a food-shortage period in cereal farming systems. These results are discussed so as to build conservation measures on the honey bee, beekeeping and pollination service in intensive agricultural landscapes, in order to limit environmental stress for honey bees such as lack of floral resources and pesticide exposure.

L’obésité pédiatrique est un phénomène en expansion croissante, amenant les professionnels de la santé à en parler en termes de phénomène pandémique. Mais au-delà de cette expansion croissante, c’est également l’augmentation de la sévérité de l’obésité chez l'enfant et l'adolescent qui apparaît inquiétante.<p>Or, la présence des déterminants sociaux,énergétiques, génétiques ne suffisent pas toujours pour expliquer son développement et principalement quand il s’agit d’obésité sévère. Dans le cadre de l'obésité sévère, il y a lieu de dépasser les théories centrées sur la compréhension de l’agir alimentaire pour envisager les théories qui considèrent l’implication de l’ensemble du corps dans le développement de l’obésité et ce principalement lorsqu’on s’intéresse à l’adolescent. <p><p>Les objectifs de cette étude visent, face à ces éléments, à établir, dans un premier temps, un profil démographique, médical, familial, psychologique et psychopathologique d’une population d’adolescents souffrant d'obésité sévère. Ces informations ont été recueillies à l’aide de questionnaires structurés et par observation de 164 adolescents satisfaisant aux critères de l’obésité sévère. Un diagnostic pédopsychatrique selon la CFTMEA R 2000 a été posé pour chaque sujet. Nos résultats ont souligné le déterminisme multiple de l’obésité de nos sujets mais également l’importance des comorbidités bio-psycho-sociales.<p>Dans un second temps, à l’aide d’une analyse factorielle, nous avons mis en évidence qu’une plus grande sévérité de l’obésité s’associait à des facteurs d’environnement défavorisant(troubles mentaux dans la famille, carences, maltraitance) et à la présence d'un profil psychopathologique. De plus, ces mêmes modalités étaient associées avec une compliance familiale et individuelle moins importante. <p><p>Dans une dernière partie, nous nous sommes centrés sur les liens qui unissaient ces différents éléments. Pour ce faire, nous avons aux travers d’analyse de cas et à l'aide d'un Rorschach, du Questionnaire de l'Image du Corps de Bruschon-Schweitzer, et d'un dessin de soi, évalué la présence de troubles de l’image du corps chez 10 de nos sujets et leur évolution durant la prise en charge en lien avec la perte de poids. Nos résultats ont mis en évidence la présence de troubles de l’image du corps avec une image de soi incertaine, indifférenciée aux limites diffuses. <p>L’obésité s’inscrirait en tant que garant concret face à une image du corps peu unifiée. Ceci nous permet de considérer que l’obésité s’installe au travers à la fois d’un corps peu investi, peu mobilisable imposant la nécessaire édification de barrière (l’obésité) entre le « dedans fragilisé » et le dehors vécu comme dangereux. Nous pouvons dès lors considérer la difficulté des sujets de se résoudre à une perte de poids qui ne permettrait plus au sujet de recourir à ce type de fonctionnement. <p><p>De ce fait, nous avons conclu qu'il s'agit dans la prise en charge de ces sujets de reconsidérer l’image du corps comme outil thérapeutique vecteur d’amélioration à court et à long terme. / Doctorat en Sciences Psychologiques et de l'éducation / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L'hétérogénéité de réponses dans un groupe de patients soumis à un même régime thérapeutique doit être réduite au cours d'un traitement ou d'un essai clinique. Deux approches sont habituellement utilisées pour atteindre cet objectif. L'une vise essentiellement à construire une observance active. Cette approche se veut interactive et fondée sur l'échange ``médecin-patient '', ``pharmacien-patient'' ou ``vétérinaire-éleveurs''. L'autre plutôt passive et basée sur les caractéristiques du médicament, vise à contrôler en amont cette irrégularité. L'objectif principal de cette thèse était de développer de nouvelles stratégies d'évaluation et de contrôle de l'impact de l'irrégularité de la prise du médicament sur l'issue thérapeutique. Plus spécifiquement, le premier volet de cette recherche consistait à proposer des algorithmes mathématiques permettant d'estimer efficacement l'effet des médicaments dans un contexte de variabilité interindividuelle de profils pharmacocinétiques (PK). Cette nouvelle méthode est fondée sur l'utilisation concommitante de données \textit{in vitro} et \textit{in vivo}. Il s'agit de quantifier l'efficience ( c-à-dire efficacité plus fluctuation de concentrations \textit{in vivo}) de chaque profil PK en incorporant dans les modèles actuels d'estimation de l'efficacité \textit{in vivo}, la fonction qui relie la concentration du médicament de façon \textit{in vitro} à l'effet pharmacodynamique. Comparativement aux approches traditionnelles, cette combinaison de fonction capte de manière explicite la fluctuation des concentrations plasmatiques \textit{in vivo} due à la fonction dynamique de prise médicamenteuse. De plus, elle soulève, à travers quelques exemples, des questions sur la pertinence de l'utilisation des indices statiques traditionnels ($C_{max}$, $AUC$, etc.) d'efficacité comme outil de contrôle de l'antibiorésistance. Le deuxième volet de ce travail de doctorat était d'estimer les meilleurs temps d'échantillonnage sanguin dans une thérapie collective initiée chez les porcs. Pour ce faire, nous avons développé un modèle du comportement alimentaire collectif qui a été par la suite couplé à un modèle classique PK. À l'aide de ce modèle combiné, il a été possible de générer un profil PK typique à chaque stratégie alimentaire particulière. Les données ainsi générées, ont été utilisées pour estimer les temps d'échantillonnage appropriés afin de réduire les incertitudes dues à l'irrégularité de la prise médicamenteuse dans l'estimation des paramètres PK et PD . Parmi les algorithmes proposés à cet effet, la méthode des médianes semble donner des temps d'échantillonnage convenables à la fois pour l'employé et pour les animaux. Enfin, le dernier volet du projet de recherche a consisté à proposer une approche rationnelle de caractérisation et de classification des médicaments selon leur capacité à tolérer des oublis sporadiques. Méthodologiquement, nous avons, à travers une analyse globale de sensibilité, quantifié la corrélation entre les paramètres PK/PD d'un médicament et l'effet d'irrégularité de la prise médicamenteuse. Cette approche a consisté à évaluer de façon concomitante l'influence de tous les paramètres PK/PD et à prendre en compte, par la même occasion, les relations complexes pouvant exister entre ces différents paramètres. Cette étude a été réalisée pour les inhibiteurs calciques qui sont des antihypertenseurs agissant selon un modèle indirect d'effet. En prenant en compte les valeurs des corrélations ainsi calculées, nous avons estimé et proposé un indice comparatif propre à chaque médicament. Cet indice est apte à caractériser et à classer les médicaments agissant par un même mécanisme pharmacodynamique en terme d'indulgence à des oublis de prises médicamenteuses. Il a été appliqué à quatre inhibiteurs calciques. Les résultats obtenus étaient en accord avec les données expérimentales, traduisant ainsi la pertinence et la robustesse de cette nouvelle approche. Les stratégies développées dans ce projet de doctorat sont essentiellement fondées sur l'analyse des relations complexes entre l'histoire de la prise médicamenteuse, la pharmacocinétique et la pharmacodynamique. De cette analyse, elles sont capables d'évaluer et de contrôler l'impact de l'irrégularité de la prise médicamenteuse avec une précision acceptable. De façon générale, les algorithmes qui sous-tendent ces démarches constitueront sans aucun doute, des outils efficients dans le suivi et le traitement des patients. En outre, ils contribueront à contrôler les effets néfastes de la non-observance au traitement par la mise au point de médicaments indulgents aux oublis / The heterogeneity of PK and/or PD profiles in patients undergoing the same treatment regimen should be avoided during treatment or clinical trials. Two traditional approaches are continually used to achieve this purpose. One builds on the interactive synergy between the health caregiver and the patient to exert the patients to become a whole part of his own compliance. Another attempt is to develop drugs or drug dosing regimens that forgive the poor compliance. The main objective of this thesis was to develop new methodologies for assessing and monitoring the impact of irregular drug intake on the therapeutic outcome. Specifically, the first phase of this research was to develop algorithms for evaluation of the efficacy of a treatment by improving classical breakpoint estimation methods to the situation of variable drug disposition. This method introduces the ``efficiency'' of a PK profile by using the efficacy function as a weight in the area under curve ($AUC$) formula. It gives a more powerful PK/PD link and reveales, through some examples, interesting issues about uniqueness of therapeutic outcome indices and antibiotic resistance problems. The second part of this thesis was to determine the optimal sampling times by accounting for the intervariability in drug disposition in collectively treated pigs. For this, we have developed an advanced mathematical model able to generate different PK profiles for various feed strategies. Three algorithms have been performed to identify the optimal sampling times with the criteria of minimizing the PK intervariability . The median-based method yielded suitable sampling periods in terms of convenience for farm staff and animal welfare. The last part of our research was to establish a rational way to delineate drugs in terms of their ``forgiveness'', based on drugs PK/PD properties. For this, a global sensitivity analysis (GSA) has been performed to identify the most sensitive parameters to dose omissions. Then we have proposed a comparative drug forgiveness index to rank the drugs in terms of their tolerability to non compliance with application to four calcium channel blockers. The classification of these molecules in terms of drug forgiveness is in concordance to what has been reported in experimental studies. The strategies developed in this Ph.D. project and essentially based on the analysis of complex relationships between drug intake history, pharmacokinetic and pharmacodynamic properties are able to assess and regulate noncompliance impact with an acceptable uncertainly. In general, the algorithms that imply these approaches will be undoubtedly efficient tools in patient monitoring during dosing regimen. Moreover, they will contribute to control the harmful impact of non-compliance by developing new drugs able to tolerate sporadic dose omission.

L'objectif de cette thèse est l'étude du régime alimentaire de poissons côtiers commerciaux et la compréhension de l'utilité des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l'azote (δ15N) dans l'étude des niches trophiques et de l'occupation des habitats côtiers par les poissons dans le sud-ouest de l'océan Indien. Dans la Baie de La Possession, les espèces représentatives des récifs artificiels immergés en 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur et Selar crumenophthalmus) ingèrent surtout des proies pélagiques et partitionnent leurs niches trophiques afin de limiter la compétition. Les valeurs de δ15N sont positivement corrélées avec la taille des poissons, traduisant une contribution croissante des larves de poissons au régime alimentaire. Les isotopes stables de la matière organique particulaire (MOP) ont été analysés à microéchelle (< 10 km) dans la Baie de La Possession, à mésoéchelle (10aines de km) autour de La Réunion et, pour les muscles de poissons à macroéchelle (l00aines de km) le long,du plateau .des Mascareignes.et du cana1 du Mozambique. À microéchelle, le δ15N de la MOP ne varie pas; à mésoechelle, Il existe un enrichissement significatif en 15N dans le sud-ouest de l'île; à macroéchelle, les muscles des poissons s'enrichissent progressivement en 15N vers le nord. À microéchelle, la MOP est enrichie en 13C à faible profondeur; à mésoéchelle, les stations de l'est sont enrichies en 13C ; à macroéchelle, aucune tendance n'est observée. Ainsi, l'utilité des isotopes stables du carbone pour l'étude de l'utilisation des habitats côtiers est limitée à méso- et macroéchelle et les isotopes stables de l'azote constituent un outil plus pertinent à macroéchelle / The aim of this thesis was to study the feeding habits of coastal fish species of commercial interest andto use stable isotopes of carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) to investigate the trophic niches of fish and their use of coastal habitats in the south-west Indian Ocean. In the Bay of La Possession, the species among the most abundant around the artificial reefs immersed in 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur and Selar crumenophthalmus) feed essentially on pelagic prey and partition their trophic niche to limit interspecific competition. There was also a positive correlation between fish size and muscle δ15N values due to fish larvae contributing more to the diet of fish with age. The stable isotopie composition of the particulate organic matter (POM) was measured at the microscale (< 10 km) in the Bay of La Possession, the mesoscale (10's of km) around Reunion Island and, for the fish muscles, at the macroscale 100’s of km) along the Mascarene plateau and the Mozambique channel. At microscale, POM δ15N values do not show any spatial variability; at mesoscale, POM is 15N-enriched in the south-west of Reunion Island; at macroscale, fish muscles are gradually 15N-enriched towards the north. At microscale, POM shows a 13C-enrichment on the shallowest station; at mesoscale, stations on the east coast of the island are 13C-enriched compared to the west; at macroscale, POMδ13C values are not significantly correlated with latitude. Thus, the stable isotopes of carbon do not seem to be appropriate for the study of fish coastal habitat use at the meso- and macroscale, and the stable isotopes of nitrogen represent a better indicator of fish habitat use at the macroscale.

Le sol est la couche supérieure de l’écorce terrestre, la surface plane qui s’étire d’un horizon à un autre. Il est la terre que l’on laboure, le sable que l’on égraine, base que l’on piétine, point d’attache des hommes à un territoire : jardin, région ou Etat. Les sols, ces écosystèmes fragiles aux multiples fonctions, à l’origine de tout autant de services écologiques, sont les garants de la qualité de l’environnement. Le droit a intégré diverses conceptions de la notion de la qualité des sols. Mais loin de constituer un statut de protection, cette intégration éparse est indifférente, a priori, leurs qualités environnementales. Or, les sols sont une ressource finie et leur utilisation irraisonnée conduit à leur dégradation, souvent irréversible, et à leur raréfaction. Progressivement, le droit s’est enrichi d’éléments relatifs à la multifonctionnalité des sols, intégrant des pratiques garantissant leur utilisation durable ou organisant de façon cohérente leur affectation. Cette approche utilitariste de la qualité des sols s’avère sélective et demeure concentrée sur la préservation des services écologiques directement bénéfiques à l’homme, dont celui de production des matières premières alimentaires, au détriment des services indirects ou déterritorialisés, tel que celui de stockage de carbone. Cette approche est toutefois complétée par l’émergence d’une conception objectiviste de la qualité, qui révèle les propensions du droit à protéger la valeur intrinsèque des sols. / The soil is the upper layer of the earth’s crust, the plan surface that stretches from one horizon to the other. It is the crop lands, the scattering sand, the ground we trample on, the link between men and their territory: garden, region, state. The soils, those fragile and multifunctional ecosystems, provide many ecological services and guarantee the environmental quality. The law contains several conceptions of the notion of soils quality. But, far from constituting a protection status, this integration ignores, a priori, their environmental qualities. However, the soils are a finite resource and their non-sustainable use leads to their degradation, often irreversible, and to their growing scarcity. Progressively, the law added elements of soils multifonctionality, integrating sustainable practices. This utilitarian approach of soil quality proves to be selective and remains focused on the preservation of a small part of all the ecological services: the ones that men directly need, like food production and ignores the indirect ones like carbon storage. Nevertheless, this approach is complemented by the raising of an objectivist conception of quality, which reveals the propensity of the law to take into account the intrinsic value of soils.

Le taro (Colocasia esculenta L SCHOTT) est un tubercule d’une grande importance alimentaire au Tchad pour la consommation humaine et animale. La littérature sur les pratiques culturales et les technologies traditionnelles post-récolte des variétés tchadiennes demeure presque inexistante. Une enquête a donc été menée dans la région du Mayo-Kebbi (Tchad) où le taro est très cultivé. Il résulte qu’il existe principalement deux variétés de taro au Tchad : la variété « Gouning souol» ou variété locale qui est caractérisée par une âcreté importante et un temps de cuisson prolongé (6 à 8 h). Ces propriétés ont entraîné l’abandon de la culture de cette variété au profit de la variété « Gouning sosso » qui présente une âcreté moindre et un temps de cuisson plus court (45 à 60 minutes). Une technique traditionnelle pour réduire l’âcreté et diminuer le temps de cuisson consiste à tremper les tranches de taro frais soit dans l’eau, soit dans une solution de trempage de maïs ou soit dans une infusion de tamarin pendant 24 à 48 h selon l'intensité de l'âcreté. Après séchage au soleil, les cossettes sèches sont transformées en farine. Ces produits de transformation servent à la préparation de boules de pâtes, de bouillie, de soupes ou de beignets. Des analyses ont été effectuées sur une gamme d’échantillon de farine de taro produite conformément à la recette artisanale dans l’optique de comprendre l’effet de cette technologie traditionnelle. Des cossettes fraîches de taro ont été trempées pendant 0, 1 h, 3 h, 6 h, 12 h et 24 h dans de l’eau, ou dans une solution de trempage de maïs ou dans une infusion de tamarin. Chaque échantillon a ensuite été séché au soleil pendant 48 h puis broyé en farine. La matière sèche, les protéines brutes, les cendres, les fibres brutes, les macroéléments minéraux et oligoéléments ont été évalués dans le but de déterminer les effets du trempage traditionnel sur le profil nutritionnel du taro. La digestibilité in vitro de l’amidon sous l’action de l’α-amylase et la teneur en oxalates de différentes farines de taro ont été également déterminées. Il ressort de ces analyses que seul le trempage dans une infusion de tamarin a induit une baisse significative (P < 0,001) de la teneur en protéines brutes (de 3,26 % pour T0 à 2,68 % pour le traitement au tamarin à T24). L’infusion de tamarin n’a pas modifié la teneur en fibres brutes alors que les autres traitements l’ont assez significativement diminuée (P < 0,001). Toutes les méthodes de trempage ont entraîné une diminution significative des teneurs en minéraux, à l’exception d’une augmentation des teneurs en sodium (due à la qualité de l’eau des préparations) et en phosphore (probablement due à l’hydrolyse des phytates du maïs). Une perte significative en fer a été constatée passant de 144 mg/kg de MS (témoin) à 78 mg/kg de MS (échantillon traité à l’eau pendant 12 h), soit une perte de 45,83 %. La plus faible diminution de taux de fer est observée dans le cas de l'échantillon trempé dans l'infusion de tamarin avec une perte maximale de 31,25 % après 24 h. La teneur en zinc ne varie pas. Les procédés de trempage entraînent globalement une amélioration de la digestibilité du taro après une simple cuisson (95°C pendant 30 minutes) qui passe de 39,30 % (échantillon témoin non trempé) à 78,67 % pour le taro trempé dans l’eau. Après 3 h de trempage, la farine de taro traitée par la solution de maïs est significativement plus digestible (77,12 %) que les échantillons résultant de deux autres traitements [tamarin (60,86 %), eau (60,45 %)] qui sont statistiquement similaires. (...) / Colocasia esculenta L SCHOTT is a valuable tuber widely consumed in Chad by humans and livestock. There is very little available literature about the cultivation and the post-harvest traditional technologies of the Chadian varieties of taro. A survey was carried out in the Mayo-Kebbi region ( Chad) where taro is a widely cultivated. There are two main varieties of taro in Chad : the " Gouning souol " variety, a local variety characterized by an important level of acridity and the prolonged cooking time (6 to 8 hours). The presence of these properties led to the replacement of the cultivation of this variety by the " Gouning sosso " variety which presents a lower level of acridity and a shorter cooking time (45 to 60 minutes). A traditional process to reduce the acridity and decrease the cooking time consists in dipping the slices of fresh taro in the water, or in a corn solution or in a tamarind infusion for a period of 24 to 48 hours according to the intensity of the acridity. After drying in the sun, the dried chips are ground into flour. This flour is then used to prepare mixtures of porridge, soups and cakes. Analyses were carried out on samples of taro flour produced in accordance with the traditional methods of soaking to determine the effects of this traditional process. Fresh taro chips were dipped over a period of 0, 1, 3, 6, 12 and 24 hours in the water, or in the corn infusion or in the tamarind infusion. Each sample was then dried in the sun for 48 hours and ground into flour. Dry matter, crude protein, ash, crude fiber, minerals and various trace elements were assessed. The in vitro digestibility of taro starch using α-amylase enzyme and the amount of total oxalates in the different taro flour were also determined. The soaking in the tamarind infusion induced a significant (P < 0.001) decrease in protein content (from 3.26 % for the control sample to 2.68 % for the treatment with the tamarind infusion at T24). The other treatments (corn solution and water) reduced also the protein level of taro but not significantly. The crude fibre content was not affected by the tamarind infusion but decreased significantly in the other treatments at the threshold level of 5 %. All methods of soaking led to a significant decrease of the mineral contents, except for an increase in sodium (due to the quality of the water used to prepare solutions) and in phosphorus (probably due to the hydrolysis of phytates by the corn infusion). A significant loss in trace element (Iron) was observed, decreasing from 144 mg / kg of DM (control sample) to 78 mg / kg of DM (after 12 hours of water soaking) corresponding to a loss of 45.83 %. The lowest decrease in iron level was observed after the treatment by the tamarind infusion (31.25 % after 24 hours). All the soaking processes were seen to have improved the digestibility of taro flour. By simply cooking (at a temperature of 95°C for 30 minutes), the in vitro digestibility increased from 39.30 % for the control sample to 78.67 % for the water treated samples of taro. After three hours of soaking, the taro flour treated by the solution of corn becomes significantly more digestible (77.12 %) than by the two other treatments [tamarind (60.86 %), water (60.45 %)] that are statistically similar. (...)