Orientador: Francisco de Assis Machado Reis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-25T12:23:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sampaio_FelipeRibeiro_M.pdf: 2993184 bytes, checksum: 76574cddb68ff72787da04d789b1d24d (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Nesse trabalho, foram sintetizados 5 padrões 3n-propil-noresgostanos. Esses compostos são os hidrocarbonetos correspondentes a uma série homóloga de biomarcadores ácidos 3n-propil-ergostanóicos encontrados em óleos de Pampo Sul, Bacia de Campos, os quais estão associados a processos de biodegradação (LIMA, 2010). Considerando-se que a estrutura tridimensional dos biomarcadores é crucial, utilizou-se como material de partida o estigmasterol. A rota sintética consistiu em uma série de reações estereo e regiosseletiva que levaram à formação de compostos com diferentes cadeias laterais ligadas ao C-17. As análises por RMN de 13C e espectrometria de massas confirmaram a estereoquímica 3?-propil, 5?(H), 14?(H), 17?(H) e 20R. A amostra de óleo foi extraída, obtendo-se a fração ácida. Esta foi derivatizada a hidrocarbonetos para que fosse possível a co-injeção com os padrões sintéticos. A co-injeção dos padrões com a amostra de óleo derivatizada confirmou a presença desses compostos, porém para picos menos abundantes. Além disso, foi confirmada a presença de um novo biomarcador / Abstract: In this work, 5 standards 3n(propryl)-norergostanes were synthesized. The compounds are the corresponding hydrocarbons of homologous series of acid biomarkers 3n-propyl-ergostanoics found in Pampo Sul, oils, Campos basin, which are associated with biodegradation processes (LIMA, 2010). Considering that the three-dimensional structure of biomarkers is crucial, stigmasterol was chosen as starting material. The synthetic route consisted in a series of stereo and regioselective reactions leading to the formation of compounds with different side chains attached to C-17. Analysis by 13C NMR and mass spectrometry confirmed the stereochemistry 3?-propil, 5?(H), 14?(H), 17?(H) e 20R. The oil sample was extracted, obtaining the acidic fraction which was submitted to a derivatization process, obtaining the hydrocarbons derivatives that were used in co-injection with the synthetic standards. The co-injection of the standards with the oil sample confirmed the presence of these compounds, however for the less abundant peaks. In addition, a new biomarker was confirmed / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química

A Mancha marrom é uma das principais doenças do trigo, causada pelo fitopatógeno Bipolaris sorokiniana, responsável por grandes perdas econômicas no cultivo do trigo em todo mundo. Este fungo apresenta uma grande diversidade morfológica, fisiológica e genética. O objetivo do trabalho foi utilizar marcadores moleculares e fenotípicos para avaliar a variabilidade genética em isolados monopóricos e polispóricos de Bipolaris sorokiniana de sementes de trigo oriundos do Brasil e outros países. A caracterização molecular envolveu as metodologias URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR assim como testes isoenzimáticos e de patogenicidade. A análise de patogenicidade revelou que isolados polispóricos são mais severos para as sementes que para as partes aéreas das plantas quando comparados com os monospóricos. A caracterização isoenzimática e molecular através das técnicas URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR exibiram uma grande diversidade intra-populacional. REP-PCR e ERIC-PCR revelaram maior diversidade entre os isolados, com uma similaridade inferior a 70%. No entanto, as amplificações realizadas com o BOX-PCR apresentaram um perfil com uma maior similaridade. Com os resultados obtidos a partir das amplificações com BOX-PCR um par de primers foi desenhado a partir de um fragmento comum a todos os isolados e que foi capaz de amplificar um produto único ao gênero Bipolaris sp. entre as amostras testadas. Com a realização de mais ensaios com outros microrganismos é possível que o mesmo possa ser utilizado como um marcador deste gênero. A técnica de PCR-RFLP utilizando as enzimas HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII apresentaram perfis de restrição com variação no número de fragmentos e no peso molecular. Uma possível explicação para à variabilidade observada em todas as técnicas utilizadas pode ser atribuída à condição multinucleada das células de B. sorokiniana bem como a heterocariose, que pode levar a recombinação mitótica e ao polimorfismo. / The brown spot is a major disease of wheat caused by the pathogen Bipolaris sorokiniana, responsible for large economic losses in wheat cultivation worldwide. This fungus has a wide morphological, physiological and genetic diversity. The main objective of this work was to characterize monosporic and polisporic B. sorokiniana isolates of wheat seeds from Brazil and other countries. Pathogenicity tests were conducted to evaluate the feasibility of virulence genes as well as different molecular methodologies were tested as: URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR and isoenzyme patterns of the isolates. The pathogenicity assay reveals that the polysporic isolates caused a more severe disease to seeds than to aerial parts of the plants when compared to single spore isolates. Isoenzyme and molecular characterization through the URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR techniques showed a large intra-population diversity among the isolates. REP and ERIC-PCR revealed greater diversity among the isolates with a similarity below 70%. However, the amplification results using with BOX- PCR showed a highest similarity. The PCR-RFLP using HaeIII, HinfI , HhaI , EcoRI and HindIII restriction enzymes showed a profile variation between all isolates in relation to the number and molecular weight of the fragments. However the results obtained with BOX- PCR amplifications a higher similarity was obtained. With this result a primer was designed, based on a fragment common to all isolates, and the amplifications using these primers produced a unique fragment with the Bipolaris genus among others isolates tested. More phytopatogeneic isolates must be tested in order to confirme the specificity for Bipolaris sp. With the PCR-RFLP assay, using the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII, variability was observed among the restriction patterns realated to the number of fragments and molecular weight. One possible explanation for the observed variability in all techniques used may be attributed to the condition of multinucleated cells of B. sorokiniana and the heterokaryosis which can lead to mitotic recombination and polymorphis.

Introdução: o transplante renal é o tratamento de escolha para uma significativa porção dos pacientes com perda crônica terminal da função renal. A rejeição aguda é uma importante complicação pós-transplante e entre outras disfunções agudas tem na biópsia do enxerto o padrão ouro para o seu diagnóstico. No entanto as biópsias apresentam uma série de limitações e riscos sendo necessário que se desenvolva biomarcadores não invasivos capazes de identificar disfunções do enxerto. Objetivos: analisar e quantificar a expressão dos microRNAs miR-142-3p, miR-155 e miR-210 em amostras de sangue periférico, urina e tecido renal coletadas de pacientes que submetidos à transplante renal que desenvolveram disfunção do enxerto. Métodos: estudo com delineamento transversal e executado no Laboratório de Biologia Molecular aplicado à Nefrologia (LABMAN), do Centro de Pesquisa Experimental do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. As amostras são de pacientes submetidos a transplante renal que necessitaram de biópsia, por critério clínico. A expressão dos miRNAs miR-142-3p, miR-155 e miR-210 nos materiais biológicos (tecido renal, sangue periférico e células do sedimento urinário) foi avaliada através da técnica de reação em cadeia da polimerase quantitativo em tempo real. Resultados: foi encontrada, no sangue periférico uma diminuição estatisticamente significativa na expressão do miR-142-3p no grupo de pacientes com rejeição aguda (n=23) quando comparado ao grupo com outras causas de disfunção do enxerto (n=68) (P = 0,01). Não houve diferença entre os grupos na expressão do miR-155 e do miR-210, tampouco para o miR142-3p nos demais compartimentos. Conclusão: miR-142-3p mostra uma expressão diferenciada de rejeição aguda de enxertos renais, há um envolvimento deste marcador no grupo de biomarcadores moleculares em potencial para a disfunção do enxerto renal. / Background: kidney transplantation is the treatment of choice for a significant portion of patients with end-stage kidney disease. Acute rejection is a major post-transplant complication among other acute disorders and has on graft biopsy the gold standard for diagnosis. Biopsy, however it is an invasive and potentially harmful procedure so it is desirable to develop new noninvasive markers for diagnosing graft dysfunction. Objective: to analyze and quantify the expression of microRNAs miR-142-3p, miR-155 and miR-210 in the peripheral blood, urinary sediment and kidney tissue obtained from patients who developed graft dysfunction after kidney transplantation. Methods: crosssectional study performed at the Laboratory of Molecular Biology applied to Nephrology (Labman), Center of Experimental Research from Hospital de Clinicas de Porto Alegre. The samples are from kidney transplant patients who undertook indication biopsies as a part of investigation of graft dysfunction. Micro-RNAs expression was evaluated by quantitative real-time polymerase chain reaction. Results: it was found that in peripheral blood, a significant decrease in the expression of miR-142-3p occurred in patients with acute rejection (n = 23) as compared to the group of patients with other causes of graft dysfunction (n = 68), (P = 0.01). No other significant differences were found in gene expression of miR-155 and miR-210, neither for miR142-3p in the other urine or kidney tissue. Conclusion: miR-142-3p presents differential expression in the peripheral blood of patients with rejecting kidney grafts. The role of miRNAs as biomarkers for kidney graft dysfunction is worth be further explored.

Introdução: O câncer de pulmão está entre os principais tipos de neoplasias, sendo o adenocarcinoma o tipo histológico mais frequente. Atualmente, tem-se buscado marcadores de prognóstico para o carcinoma não de pequenas células. Objetivo: analisar os níveis da cinase reguladora extracelular (ERK) ativada em amostras histológicas de pacientes em estágios iniciais de adenocarcinoma de pulmão que foram submetidos a tratamento cirúrgico e suas correlações com dados clínicos e sobrevida. Material e métodos: foram selecionados aleatoriamente 36 pacientes com adenocarcinoma de pulmão nos estágios I e II submetidos a lobectomia pulmonar entre 1998 e 2004. Os pacientes foram divididos em dois grupos segundo os achados imuno-histoquímicos: pacientes com menos de 15% da positividade de células tumorais para ERK e pacientes com 15% ou mais de células positivas. Para comparação com os achados foi realizada análise de enriquecimento de base de dados de microarranjos (GSE29016, n = 72). Resultados: 21 pacientes (58%) apresentaram níveis da ERK ativada acima de 15% e 15 pacientes (43%) abaixo de 15%. Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas para idade, sexo, tabagismo e índice de massa corporal entre os grupos estratificados para a ERK. O grupo de maior positividade (≥15%) apresentou menor sobrevida (P = 0,045). As análises de enriquecimento não demonstraram correlação da variação da expressão gênica de ERK em pacientes com adenocarcinoma quando comparados com a sobrevida nos estágios I e o grupamento dos estágios II e III. Conclusões: a alta positividade da ERK em células de amostras biológicas de pacientes com adenocarcinoma de pulmão está relacionada a tumores mais agressivos e com pior prognóstico. / Introduction: Lung cancer is among the most common types of neoplasias, and adenocarcinoma is the most frequent histological type. Currently, there is an extensive search for prognostic biomarkers of squamous nonsmall cell lung cancer. Objective: To analyze the correlation of clinical data and patient survival with the levels of activated extracellular regulatory kinase (ERK) in histological samples of surgically resected early stage lung adenocarcinoma. Methods: We randomly selected 36 patients with stage I or II lung adenocarcinoma who underwent pulmonary lobectomy between 1998 and 2004. Patients were divided into the following 2 groups according to immunohistochemical profile: a group with <15% ERK-positive tumor cells and a group with ≥15% ERK-positive tumor cells. For data comparison, an enrichment analysis of a microarray database was performed (GSE29016, n = 72). Results: Activated ERK levels were ≥15% and <15% in 21 (58%) and 15 (43%) patients, respectively. There were no statistically significant differences in age, sex, smoking history, and body mass index among the groups stratified by ERK levels. The survival rate was lower in the ERK ≥15% group than in the ERK <15% group (P = 0.045). Enrichment analyses showed no correlation between variations in gene expression of ERK in adenocarcinoma patients and survival rates in patients with stage I and combined stage II+III disease. Conclusions: High ERK positivity in cells from biological samples of lung adenocarcinoma is related with tumor aggressiveness and a poorer prognosis.

Orientador: Prof. Dr. João Ricardo Sato / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Neurociência e Cognição, 2017. / Aprendizagem de máquina tem ganhado interesse crescente da comunidade científica que aborda a análise de dados de neuroimagens, principalmente os estudos que envolvem doenças psiquiátricas. Tais ferramentas são capazes de reconhecer os padrões difusos e sutis que estão normalmente relacionados com doenças a partir de uma abordagem multivariada. Um dos novos campos de aprendizagem de máquina, conhecido como deep learning, tem mostrado um aumento na performance de sistemas inteligentes de vários campos de pesquisa, como visão computacional e processamento de linguagem natural. Contudo, apenas recentemente deep learning tem sido aplicado na área médica, com poucos estudos investigando dados provenientes de neuroimagens. Nesta tese de doutorado foi realizada uma série de estudos desenvolvendo modelos de deep learning para investigar características de doenças psiquiátricas de dados de neuroimagens. Primeiro, foi verificado como os dados morfométricos de esquizofrenia são mapeados em modelo profundo. Os padrões aprendidos pelo modelo foram relacionados com as regiões cerebrais afetadas, características clinicas, e com a progressão da doença, sendo que também foram estudados sujeitos nos estágios iniciais. Em seguida, foi verificado a performance desse método na classificação de pacientes e sujeitos saudáveis. E por fim, foi extraído um índice de anormalidade dos dados morfométricos de pacientes com esquizofrenia, autismo e transtorno do déficit de atenção com hiperatividade (TDAH) de vários bancos de dados públicos utilizando um modelo de deep autoencoder. Os resultados dos estudos evidenciaram relações das características aprendidas pelos modelos de aprendizagem de máquina com regiões especificas do cérebro, por exemplo, regiões do lóbulo frontal e temporal nos pacientes com esquizofrenia, regiões frontais no TDAH, e regiões envolvidas na cognição social nos sujeitos com autismo. Além disso, foi verificado que o modelo de deep learning alcançou uma maior performance na tarefa de classificação quando comparado com um dos métodos de aprendizagem de máquina mais difundidos da atualidade. Por fim, o índice de anormalidade dos grupos de pacientes se mostraram significativamente maior que o índice de sujeitos saudáveis. Esta tese contribuiu para o desenvolvimento do campo de aprendizagem de máquina voltada para neuroimagem, demonstrando a possibilidade de se treinar os parâmetros de modelos tão complexos, como os de deep learning, em um campo com difícil acesso a grandes quantidade de amostras para treino, como a neuroimagem. Contudo, a área ainda apresenta vários obstáculos a serem superados pelos pesquisadores, como a complexidade dos dados analisados e a pouca quantidade de exames clínicos disponíveis. / Machine learning has gained increasing interest from the community that addresses the neuroimaging data analysis. Such tools can recognize subtle and distributed patterns by a multivariate approach that are usually related to psychiatric diseases. A new field of machine learning, known as deep learning, have increased the performance level of intelligent systems from several research areas, such as computer vision and natural language processing. However, just recently it has been applied for using it in the medical field, and with just a few studies investigating neuroimaging data. In this Ph.D. project, it was carried out a series of studies exploring the use deep learning models to investigate features of neuroimaging data related to psychiatric diseases. First, it was verified how the morphometric data of patients with schizophrenia are mapped in a deep model. The patterns learned by the model were related to the affected brain regions, clinical characteristics, and disease progression. After that, the performance of deep belief networks in classification tasks was investigated, to discriminate patients and healthy subjects and for comparing with other methods of machine learning. Finally, an abnormality index was extracted from the morphometric data of patients with schizophrenia, autism spectrum disorder and attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) of several public databases using a deep autoencoder. The findings of the studies evidenced the relationships of learned features in the machine learning models with the specified brain regions, for example, the frontal and temporal lobe regions for patients with schizophrenia, frontal regions for ADHD, and social cognition regions in subjects with autism spectrum disorder. Also, the deep learning model achieved a higher performance in the classification task when compared to one of the most widespread machine learning methods. Finally, the abnormality index indicated a significantly higher value for patients groups than to healthy people. This thesis contributed to the development of the use of machine learning in the neuroimaging field, it demonstrated the possibility of training the parameters of such complex models, such as from deep learning models, in a field with difficult access to large quantities of trainingsamples, such as neuroimaging. However, this area still having some obstacles to be overcome by researchers, such as the complexity of the data analyzed and the small number of clinical data available.

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:01:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9185_1.pdf: 10119386 bytes, checksum: 6a45ca14ea6216e55cdf2fdcfa2dd2fc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho, apresentam-se metodologias de síntese de nanocristais luminescentes de semicondutores do tipo II-VI (CdS/Cd(OH)2 e CdTe/CdS). As metodologias empregadas para a obtenção de suspensões de nanocristais em meio aquoso, baseadas em química coloidal, resultaram em partículas com tamanho médio de 8,5 nm para o sistema CdS/Cd(OH)2 e 3,8 nm para o sistema CdTe/CdS. Estes materiais foram caracterizados através de técnicas espectroscópicas (absorção, emissão e excitação eletrônica) e através de microscopia eletrônica de transmissão e difração de raios-X para a elucidação das propriedades ópticas e estruturais. Os nanocristais de CdS/Cd(OH)2 foram modificadas quimicamente para sua aplicação em sistemas biológicos através da incorporação em sua superfície do agente funcionalizante glutaraldeído e dos funcionalizantes compostos glutaraldeído/anti-A, glutaraldeído/concanavalina-A. Estes sistemas foram caracterizados através de espectroscopia eletrônica de absorção, emissão e excitação e por microscopia eletrônica de transmissão. Por fim, descrevem-se protocolos de utilização destes nanocristais modificados como marcadores luminescentes de três sistemas biológicos: (i) hemácias de tipos sanguíneos A+ e O+, (ii) parasitas do tipo Leishmania amazonensis e (iii) cortes histológicos de tecido mamário humano saudável e um de seus respectivos tumores (Fibroadenoma). Observou-se a marcação bem sucedida nos três sistemas e discutiu-se os diferentes perfis de marcação obtidos sugerindo-se algumas possibilidades para os processos de luminescência

Objetivo: este estudo objetivou avaliar a presença do anticorpo anti-alfaenolase (AAAE) IgM na doença de Behçet (DB) e suas possíveis associações com as manifestações clínicas e atividade da doença. Métodos: noventa e sete pacientes com DB foram comparados a 36 pacientes com enteroartrite (EA) [24 com doença de Crohn (DC) e 12 com retocolite ulcerativa (RCU)], além de 87 controles saudáveis. Os testes para detecção do AAAE IgM foram realizados por Immunoblotting. A atividade de doença foi avaliada por índices padronizados, como o Formulário de Atividade Atual da Doença de Behçet (BR-BDCAF) para os pacientes com DB e o Índice de Harvey-Bradshaw (HBI) para os pacientes com DC e RCU. Uma segunda avaliação foi realizada somente nos pacientes com DB (n=56) para a detecção do AAAE IgM, avaliação de atividade de doença e dosagem de proteína-C-reativa (PCR). Resultados: maior prevalência do AAAE IgM foi encontrada na DB (17,7%) comparativamente à EA (2,8%) e aos controles saudáveis (2,3%), p < 0,001. A frequência do AAAE IgM foi maior na DB ativa quando comparada à DB inativa (30,2% vs. 7,4%, p=0,006). Este achado foi confirmado em uma segunda avaliação de 56 pacientes do grupo com DB (45,5% vs. 13,3%, p=0,02). A média do BR-BDCAF foi maior no grupo com AAAE IgM positivo, em ambas avaliações (9,1 ± 5,4 vs. 4,9 ± 4,9, p=0,002; 5,0 ± 4,9 vs. 2,2 ± 2,9, p=0,01, respectivamente). Os pacientes com DB em atividade mucocutânea e articular apresentaram maior incidência do AAAE IgM, tanto na primeira quanto na segunda avaliação (64,7% vs. 27,5%, p=0,005; 36,4% vs. 7,1%, p=0,039, respectivamente). Conclusões: os presentes dados corroboram que a alfa-enolase é um antígeno alvo na DB, particularmente associada à atividade mucocutânea e articular da doença. Além disso, o AAAE IgM pode distinguir a DB da EA, especialmente em pacientes com alta atividade de doença / Objective: this study aimed to assess IgM AAEA in systemic Behçet\'s disease (BD) and its possible association with clinical manifestations and disease activity. Methods: ninety-seven consecutively selected BD patients were compared to 36 enteropathic spondyloarthritis (ESpA) [24 Crohn\'s disease (CD) and 12 ulcerative colitis (UC)] patients and 87 healthy controls. IgM AAEA was detected by Immunoblotting. Disease activity was assessed by standardized indexes, Brazilian BD Current Activity Form (BR-BDCAF) for BD and Harvey-Bradshaw Index (HBI) for CD and UC patients. A second evaluation was performed in BD patients (n=56), regarding IgM AAEA presence, disease activity scores and C-reactive protein (CRP). Results: higher IgM AAEA prevalence was found in BD (17.7%) compared to ESpA (2.8%) and healthy controls (2.3%), p < 0.001. IgM AAEA frequency was higher in active BD compared to inactive BD (30.2% vs. 7.4%, p=0.006), a finding confirmed in the second cross-sectional evaluation of 56 of these BD patients (45.5% vs. 13.3%, p=0.02). Mean BR-BDCAF scores were higher in IgM AAEA positive group on both evaluations (9.1 ± 5.4 vs. 4.9 ± 4.9, p=0.002; 5.0 ± 4.9 vs. 2.2 ± 2.9, p=0.01, respectively). BD patients with mucocutaneous and articular symptoms presented higher IgM AAEA positivity in the first and second evaluations (64.7% vs. 27.5%, p=0.005; 36.4% vs. 7.1%, p=0.039 respectively). Conclusions: these data support the notion that alpha-enolase is a target antigen in BD, particularly associated with disease activity, mucocutaneous and articular involvement. In addition, IgM AAEA may distinguish BD from ESpA, especially in patients with high disease activity

O carcinoma de células renais (CCR) é o tumor mais agressivo que afeta o rim de pessoas adultas. O CCR é uma doença heterogênea, com diferentes alterações moleculares e variados patrões histológicos e clínicos que apresentam evolução diferente. Atualmente apenas variáveis anatomopatológicas clássicas são utilizadas para determinar o prognóstico dos pacientes. Utilizando uma plataforma de microarranjos de DNA, nosso grupo identificou em um trabalho anterior um conjunto de genes que se encontram diferencialmente expressos em tumores de rim. Neste estudo, nove candidatos foram selecionados para avaliação como marcadores de prognóstico no CCR. Foi confirmada a alteração na expressão dos genes ARNTL, ACTN4 e EPAS1 (p < 0,05) em amostras tumorais de CCR através de PCR em tempo real. Adicionalmente, foi observada a alteração da expressão dos genes ARNTL, EPAS1 e CASP7 em linhagens celulares imortalizadas derivadas de tumores renais, recapitulando por tanto, as alterações observadas nos tumores obtidos de pacientes. Posteriormente investigamos o padrão de expressão proteica destes candidatos por imunohistoquímica utilizando microarranjos de tecidos. Foi detectada a diminuição significativa (p < 0,05) da expressão das proteínas ACTN4, ARNTL, CASP7 e EPAS1 em tumores de pacientes com CCR relativamente ao tecido renal não tumoral. Além disso, foi possível determinar valores de imunomarcação capazes de estratificar pacientes com CCR em diferentes grupos de risco quanto à sobrevida câncer-específica, que adicionalmente apresentaram associação significativa com parâmetros anatomopatológicos utilizados na clínica. As imunomarcações de ACTN4, ARNTL, e EPAS1 se mostraram parâmetros independentes de prognóstico de sobrevida dos pacientes. A imunomarcação de CASP7 foi capaz de identificar subgrupos de pacientes com pior prognóstico dentro de um conjunto de pacientes de baixo risco em função do estadio clinico, além de identificar pacientes com menor risco de morte pelo câncer entre aqueles apresentaram recorrência em até 5 após a cirurgia. O conjunto de resultados obtidos aponta para um novo conjunto de biomarcadores moleculares com potencial relevância para auxiliar no prognóstico de pacientes com carcinoma de células renais. / The renal cell carcinoma (RCC) is the most aggressive tumor that affects the kidney in adult people. The RCC is a heterogeneous disease, with many different molecular alterations and varied histological and clinical patterns with different outcome. Currently, only classic anatomopathological variables are used to determine patients\' prognosis. Using a DNA microarray platform, our group identified in a previous work a set of genes differentially expressed in renal tumors. In this study, nine candidates were selected for evaluation as prognostic biomarkers in RCC. Alteration of the gene expression in RCC tumor samples was confirmed for ARNTL, ACTN4 and EPAS1 (p < 0.05) by real time PCR. Additionally, gene expression changes of ARNTL, EPAS1 and CASP7 were also observed in immortalized cell lines derived from renal tumors, recapitulating the expression changes detected in the patients\' tumors. Next, we used tissue microarrays to investigate the protein expression of the selected candidates by immunohistochemistry. Expression of the proteins ACTN4, ARNTL, CASP7 and EPAS1 was detected as significantly downregulated (p < 0.05) in patients´ tumors relative to non-tumor renal tissue. Furthermore, immunostaining patterns of the selected candidates were able to stratify patients with RCC in different risk groups according to cancer-specific survival, which also showed significant associations with anatomopathological parameters used in the clinics. ACTN4, ARNTL and EPAS1 immunostaining resulted as independent prognostic parameters of patient survival. CASP7 immunostaining was able to identify subgroups of patients with worse prognosis in a set of low risk patients as determined by their clinical stage, and also identified patients with lower risk of death from cancer amongst patients that relapsed within 5 years after surgery. Overall, these results point to a new set of molecular biomarkers with potential relevance to help in the prognosis of patients with renal cell carcinoma.

O tratamento padrão para pacientes com câncer de reto localmente avançado consiste no uso de quimioradioterapia neoadjuvante (QRTn), seguida por cirurgia. Uma fração significativa dos pacientes responde completamente ao tratamento e no momento da reavaliação não apresenta evidência clínica nem radiológica de doença. Uma abordagem alternativa, Watch and Wait, propõe não operar imediatamente esses pacientes e submetê-los a um protocolo de observação frequente, a fim de evitar as morbidades associadas à cirurgia. No entanto, a avaliação da resposta ao tratamento ainda é um desafio, devido à subjetividade da avaliação clínica e a ausência de exames radiológicos suficientemente sensíveis e específicos para garantir a ausência de células tumorais residuais ou capazes de detectar a recorrência precoce da doença. DNA circulante contendo alterações genéticas específicas do tumor (ctDNA) pode ser encontrado na fração livre de células do sangue e tem sido utilizado para monitorar a dinâmica tumoral em tumores sólidos. Avanços recentes das tecnologias de sequenciamento permitem a identificação eficiente e rápida e a um custo relativamente baixo de alterações genéticas em tumores individuais, superando o problema imposto pela ausência de alterações genéticas recorrentes nesses tumores. Essas alterações podem ser utilizadas como biomarcadores personalizados para monitorar a resposta ao tratamento, detectar doença residual e a recidiva precoce do tumor. O objetivo deste trabalho foi identificar e estudar biomarcadores personalizados em pacientes com câncer de reto localmente avançado tratados com QRTn e avaliar a capacidade desses biomarcadores para monitorar a dinâmica tumoral, e auxiliar na definição da conduta cirúrgica e na detecção da recidiva precoce da doença. Biópsias de seis pacientes com adenocarcinoma de reto distal (cT2- 3N0-1M0), foram coletadas prospectivamente pré-tratamento. O DNA genômico extraído a partir das biópsias foi usado para construir bibliotecas tipo mate-pair para o sequenciamento do genoma completo, utilizando a plataforma SOLiD. Rearranjos inter e intracromossômicos foram identificados utilizando programas computacionais desenvolvidos pelo nosso grupo de pesquisa e em seguida foram validados utilizando PCR e sequenciamento Sanger. Foram validadas, pelo menos, três variações estruturais para cada paciente. Amostras de plasma foram coletadas no momento do diagnóstico, depois da QRTn e durante o seguimento. DNA circulante total foi extraído a partir das amostras de plasma e ensaios personalizados foram desenvolvidos para monitorar a presença de variações estruturais através de PCR Digital. ctDNA foi detectado em todas amostras de plasma pré-tratamento de pacientes com tumores T3. A detecção desses biomarcadores apresentou boa correlação com a resposta ao tratamento, no entanto, esta abordagem não foi sensível o suficiente para detectar doença residual. Para dois pacientes que desenvolveram doença metastática foi verificado um aumento nos níveis de ctDNA com pelo menos 36 semanas antes do diagnóstico clínico de doença metastática, sendo possível correlacionar os níveis de ctDNA detectados em coletas subsequentes com a resposta ao tratamento sistêmico de segunda linha. Este estudo, embora de caráter exploratório, gerou dados relevantes e suficientes para justificar a realização de estudos adicionais para avaliar a aplicação dos biomarcadores personalizados na definição da conduta cirúrgica e no acompanhamento de pacientes com câncer de reto tratados com QRTn. / The standard treatment for patients with locally advanced rectal cancer comprises in neoadjuvant chemo radiotherapy (nCRT), followed by surgery. A significant fraction of these patients show complete response to the treatment and at the time of reassessment, there are no clinical and nor radiological evidence of residual tumor. An alternative approach, Watch and Wait, proposes not to immediately operate these patients, but to submit them to a protocol of frequent observation in order to avoid the morbidities associated with radical surgery. However, assessment of treatment response remains a significant challenge due to the subjectivity of the clinical examination and to the lack of sufficiently sensitive tools to ensure the absence of tumor cells or to detect early disease recurrence. Circulating DNA carrying tumor-specific genetic alterations (circulating tumor DNA - ctDNA) can be found in the cell-free fraction of the blood and has been successfully used to monitor the tumor dynamics in solid tumors. Recent advances in sequencing technologies have enabled the rapid and cost effective identification of genetic alterations in individual tumors, overcoming the problem imposed by the absence of recurrent genetic alterations in these tumors. These alterations can be used as personalized biomarkers to monitor treatment response, detect residual disease and early tumor recurrence. The purpose of this work was to identify and validate the use of personalized biomarkers for patients with locally advanced rectal cancer treated with nCRT and to evaluate the ability of these biomarkers to monitor the tumor dynamics, to define surgical approach and to detect early recurrence of the disease. Pre-treatment biopsies from 6 patients with cT2-3N0-1M0 distal rectal adenocarcinoma were prospectively collected. Genomic DNA extracted from the biopsies was used to construct mate-pair libraries for whole genome sequencing using SOLiD platform. Inter and intrachromosomal rearrangements were identified using an in-house bioinformatics pipeline and validated using PCR amplification and Sanger sequencing. At least three structural variations were validated for each patient. Plasma samples were collect at diagnosis, after nCRT and follow-up. Circulating DNA was obtained from the plasma samples and personalized assays were designed to monitor the presence of structural variations using Droplet Digital PCR. ctDNA was detected in all pre-treatment plasma samples for patients with T3 tumors. The detection of these biomarkers showed a good correlation with the treatment response, nonetheless, the approach was not sensitive enough to detect residual disease. In two patients who developed metastatic disease, an increase in ctDNA levels was observed at least 36 weeks before clinical detection of metastatic disease, and it was possible to correlate the level of ctDNA in subsequent plasma samples with response to the second-line treatment. This study, although exploratory, generated relevant and sufficient data to support additional studies to evaluate the use of personalized biomarkers in the surgical management and follow-up of rectal cancer patients treated with nCRT.

INTRODUÇÃO: Cardiotoxicidade é frequentemente associada ao uso crônico de doxorubicina (DOX) podendo levar a cardiomiopatia e insuficiência cardíaca. A identificação de miRNAs cardiotoxicidade-específicos e seu potencial como biomarcadores poderia fornecer uma ferramenta prognostica valiosa e uma potencial área de intervenção. METODOLOGIA: Este é um sub-estudo do ensaio clínico prospectivo \"Efeito do Carvedilol na Prevenção da Cardiotoxicidade Induzida por Quimioterapia\" (ensaio CECCY) no qual incluiu 56 pacientes do sexo feminino (idade 49.9±3.3) provenientes do braço placebo. Os pacientes incluídos foram submetidos à quimioterapia com DOX seguido por taxanos. Troponina cardiaca I (cTnI), fração de ejeção do ventrículo esquerdo (FEVE) e microRNAs foram mensurados periodicamente. RESULTADOS: Os níveis circulantes de miR-1, -133b, -146a e -423-5p aumentaram significativamente durante o tratamento (18.6, 11.5, 10.6 e 12.1-vezes respectivamente; p < 0.001) enquanto miR-208a e -208b foram indetectáveis. cTnI aumentou de 6.6 ± 0.3 para 46.7 ± 5.5 pg/ml (p < 0.001) enquanto FEVE tendeu a diminuir de 65.3±0.5 para 63.8±0.9 (p=0.053) após 12 meses; deis pacientes (17.9%) desenvolveram cardiotoxicidade. miR-1 foi associado a mudanças na FEVE (r2=0.363, p < 0.001) enquanto miR-1 e -133b foram associados a cTnI (r2 = 0.675 e 0.758; p < 0.001). Além disso, miR-1 antecipou a cardiotoxicidade e mostrou uma area sobre a curva maior que cTnI para discriminar pacientes que desenvolveram cardiotoxicidade daqueles que não desenvolveram (AUC = 0.849 e 456, p<0.001 e 0.663, respectivamente). CONCLUSÃO: Nossos dados sugerem miR-1 como um potencial novo biomarcador de cardiotoxicidade induzida por DOX em pacientes com câncer de mama. Estes resultados podem levar a novas estratégias de detecção precoce do risco de lesão cardíaca induzida por DOX bem como a introdução de uma nova área para intervenção / INTRODUCTION: Cardiotoxicity is frequently associated with the chronic use of doxorubicin (DOX) and may lead to cardiomyopathy and heart failure. Identification of cardiotoxicity-specific miRNA biomarkers could provide clinicians with a valuable prognosis tool and a potential area for intervention. METHODS: This is an ancillary study from the prospective trial \"Carvedilol Effect in Preventing Chemotherapy-Induced Cardiotoxicity.\" (CECCY trial) which included 56 female patients (49.9±3.3 age) from placebo arm. Enrolled patients were treated with DOX followed by taxanes. Cardiac troponin I (cTnI), left ventricle ejection fraction (LVEF) and miRNAs were measured periodically. RESULTS: Circulating levels of miR-1, -133b, -146a and -423-5p increased along the treatment (18.6, 11.5, 10.6 and 12.1-fold respectively; p < 0.001); miR-208a and -208b were undetectable. cTnI increased from 6.6±0.3 to 46.7 ± 5.5 pg/ml (p < 0.001) while LVEF tended to decrease from 65.3±0.5 to 63.8±0.9 (p=0.053) over 12 months; ten patients (17.9%) developed cardiotoxicity. miR-1 was associated to changes in LVEF (r2=0.363, p < 0.001) while miR-1 and -133b were associated to cTnI (r2 = 0.675 and 0.758; p < 0.001). Furthermore, miR-1 anticipated cardiotoxicity and showed greater area under the curve than cTnI to discriminate between patients who did and did not developed cardiotoxicity (AUC = 0.849 and 456, p < 0.001 and 0.663, respectively). CONCLUSION: Our data suggest circulating miR-1 as a potential new biomarker of DOX-induced cardiotoxicity in breast cancer patients. These results may lead to new earlier strategies to detect drug-induced cardiac injury risk before it develops to an irreversible stage or introduce new area for intervention