Orientador: Maria Beatriz Machado Bonacelli / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociências / Made available in DSpace on 2018-08-07T03:16:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dias_ElianeLaranja_M.pdf: 1534782 bytes, checksum: 198c16ef5c088bd64b1e73aa1de5da87 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A revolução nas áreas científicas e tecnológicas nos últimos anos, assim como a complexidade que envolve, atualmente, o desenvolvimento da pesquisa vêm ensejando a organização de novos arranjos e formas de cooperação entre distintos atores que compõem o processo de inovação. As redes de pesquisa em biotecnologia e genômica, como programas de investigação e seus nexos com a geração de novas tecnologias, vêm se apresentando como exemplos recentes das novas formas de articulação, sendo um importante instrumento de desenvolvimento científico e tecnológico e de busca de maior competitividade. O objetivo dessa dissertação é o de analisar e avaliar as motivações para a formação de duas redes de pesquisa genômica no país: a do fungo Crinipellis perniciosa, causador da doença vassoura de bruxa em cacau e a do Genolyptus, que trabalha com o eucalipto. A primeira, com forte viés de política pública, procura enfrentar um dos principais problemas fitopatológicos do país - o ataque de fungos nos cacaueiros - e resgatar uma atividade de grande importância econômica e social, notadamente na Bahia. A segunda, formada por uma rede nacional de pesquisa pré-competitiva em eucalipto, visa aumentar a produtividade e a competitividade de um dos setores de destaque na geração de divisas para o Brasil - o de celulose e papel. Procura-se verificar a influência de diferentes elementos na sua estruturação, configuração e desenvolvimento, incluindo a dinâmica técnico-concorrencial dos mercados em questão (cacau e chocolate e papel e celulose), a organização da pesquisa e do processo inovativo e o papel estratégico dos diferentes atores envolvidos. O trabalho está estruturado em três capítulos, sendo que os dois primeiros discutem as principais ferramentas da abordagem evolucionista integrada aos conceitos de cadeias produtivas e inovativas e de redes de pesquisa. O terceiro capítulo discute a formação dessas duas redes genômicas, com base nos conceitos apresentados e em dados primários levantados, visando apontar os elementos mais relevantes para a compreensão da constituição e do desenvolvimento das atividades relacionadas às redes, assim como suas principais particularidades. A realização da dissertação permitiu identificar um referencial importante para o estudo de arranjos cooperativos que congrega elementos das pesquisas sobre redes e sobre cadeias produtivas e inovativas, aplicando-o ao estudo das redes genômicas em questão. A contribuição deste estudo reside na proposição de que a articulação de uma rede de pesquisa é fortemente influenciada pelas características das cadeias produtivas e inovativas dos setores industriais envolvidos / Abstract: In recent years, the revolutions in science and technology and the complexity inherent to research development have led to the organization of nove I cooperation arrangements between the different parties involved in the process of innovation. Research networks in the areas of biotechnology and genomics, as well as research programs aimed at the production of new technologies are recent examples of these novel associations, constituting an important element in scientific and technological development and in the search for higher levels of competitive ability. The goal of this dissertation was to analyze and evaluate the motivations for the creation of two genomic research networks in Brazil: the Crinipellis perniciosa Genome Project, a fungus that causes. Witches' Broom disease of cocoa, and the Genolyptus Project, aimed at deciphering the transcriptome of Eucalyptus crops. The first network has a strong orientation towards public policies and aims at solving one of the main phytopathological problems in the country - fungal diseases of cacao trees - and to restore an agricultural activity of great economical and social importance to the State of Bahia. The latter network consists of a nation-wide association of pre-competitive research in Eucalyptus that aims at increasing the productivity and the competitive ability of one of the main production sectors that contributes to the generation of monetary assets in Brazil: the business of pulp and paper. We intend to verify the influence of the different elements to network structure, configuration, and development, also including the technical-competitive dynamics of the markets under consideration (cocoa and chocolate, as well as pulp and paper), the organization ofthe research and innovation process, and the strategic role of the different parties involved. This work is organized into three chapters, with the first two discussing the main tools used for the evolutionary approach integrated to the concepts of productive and innovative chains and research networks. The third chapter discusses the creation of these two genomic networks, based on the concepts presented previously and on the primary data obtained, with the intention of pointing out the most important elements necessary to understand the constitution and development of the activities related to these networks, as well as their main particularities. The realization of this dissertation allowed the identification of an important referential for the study of cooperative arrangements that conjugates elements of the research concerning networks and productive and innovative chains, and finally applying this referential to the study of the genomic networks under consideration. The contribution of this study resides in the proposition that the organization of a research network is strongly influenced by the particular characteristics of the productive and innovative chains ofthe industrial sectors involved. / Mestrado / Mestre em Política Científica e Tecnológica

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T06:16:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Scarpari_LeandraMaria_D.pdf: 5130527 bytes, checksum: 37ee3077a3d859fb1da23df8ea1fa70c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A doença vassoura-de-bruxa, provocada pelo fungo hemibiotrófico Crinipellis perniciosa, é uma das doenças mais importantes do cacaueiro, diminuindo drasticamente a produção e causando grandes prejuízos econômicos. Uma maior compreensão sobre a interação cacaueiro - C. perniciosa e sobre os processos que ocorrem na planta durante a progressão da doença é necessária para estabelecer novas estratégias de controle para a doença. O presente trabalho teve dois objetivos principais: 1) identificar as mudanças bioquímicas que ocorrem no cacaueiro durante o desenvolvimento da doença; 2) identificar os genes diferencialmente expressos no micélio biotrófico do fungo C. perniciosa cultivado in vitro, sendo este micélio o estágio do ciclo de vida do fungo que induz os sintomas da doença. Os resultados da caracterização bioquímica da doença, usando plântulas de cacau infectadas artificialmente, indicaram uma elevação inicial de metabólitos secundários relacionados à defesa da planta, como alcalóides, fenólicos e taninos. Como esses mecanismos não são eficientes para deter a colonização da planta pelo fungo, uma cascata de eventos, provavelmente ativada pelo aumento dos níveis de etileno, eleva os teores de asparagina, de açúcares, malondialdeido (MDA) e glicerol, altera o perfil de ácidos graxos, reduz os níveis de aminoácidos individuais e de pigmentos fotossintéticos, causando a morte da vassoura. O importante avanço do desenvolvimento de um sistema que permite a manutenção in vitro do micélio biotrófico de C. perniciosa, estabelecido recentemente por nosso grupo, permitiu o estudo da expressão gênica diferencial das duas fases miceliais do ciclo de vida do fungo: biotrófica e necrotrófica. Utilizamos a técnica de microarrays de DNA, analisando 2.304 fragmentos de bibliotecas de DNA genômico do Projeto Genoma da Vassoura-de-bruxa, selecionados a partir da similaridade com genes de patogenicidade de outros patógenos. Os resultados mostraram supressão da expressão de genes relacionados ao transporte e metabolismo de hexoses e ao metabolismo de lipídeos no micélio biotrófico do fungo. Já os genes da família do citocromo P450, hidrofobinas, aglutinina, lacase, várias proteases, lipases, álcool oxidase (AOX) e proteínas pol do sistema de retrotransposição de vírus, tiveram sua expressão induzida no micélio biotrófico, sugerindo uma possível participação nos mecanismos de patogenicidade do fungo. Esses resultados representam avanços significativos para as pesquisas sobre o metabolismo do fungo C. perniciosa e sobre as bases moleculares da progressão da doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro, e servirão como base para orientar futuras investigações visando o controle da doença / Abstract: Witches¿ broom disease, caused by the hemibiotrophic fungus Crinipellis perniciosa, is one of the most important diseases of cocoa, causing dramatic production and economic losses. A better understanding of the cacao - C. perniciosa interaction and the processes that occur in the plant during disease progression becomes necessary in order to establish novel control strategies for this disease. In view of this, the present work had two main goals: 1) establishment of the biochemical modifications that occur in the host plant during disease development; and 2) identification of differentially expressed genes in in vitro grown biotrophic mycelia of C. perniciosa, which constitutes the fungal life stage that induces disease symptoms. The results of the biochemical characterization of the disease in artificially infected cocoa seedlings indicated an initial increase of secondary metabolites related to plant defenses, such as alkaloids, phenolics, and tannins. Since these mechanisms fail to control plant colonization by the fungus, a cascade of events, probably triggered by the increased levels of ethylene, boosts the contents of asparagine, sugars, malondialdehyde (MDA) and glycerol, alters the profile of fatty acids, lowers the levels of individual amino acids and photosynthetic pigments, and ultimately leads to tissue death. The important technological development of an in vitro system that allows the maintenance of the biotrophic phase of C. perniciosa, which was recently established by our group, allowed the analysis of the differential gene expression between the two mycelial phases of the life cycle of this fungus: the biothophic and the necrotrophic phases. For this study we employed the technique of DNA microarrays, analyzing 2,304 fragments obtained from the genomic DNA libraries of the Witches¿ Broom Genome Project, and which were selected based on their sequence similarity to pathogenicity genes of other pathogens. The results showed suppressed expression of genes related to the metabolism and transport of hexoses and to the metabolism of lipids in the biotrophic mycelia of the fungus. On the other hand, the expression of genes of the cytochrome P450 family, hydrophobins, agglutinin, laccase, several proteases, lipases, alcohol oxidase (AOX), and pol proteins of the viral retrotransposition system were induced in the biotrophic mycelia, thus suggesting their possible participation in fungal mechanisms of pathogenicity. These results represent significant advances to our understanding of the metabolism of C. perniciosa and also regarding the molecular basis underlying the progression of witches¿ broom disease of cocoa, and will be valuable as a basis for future investigations aimed at disease control / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:41:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel_Salgado_Marques.pdf: 6909693 bytes, checksum: 4538981a4e5d6aa9aac1b4dd67836bae (MD5) Previous issue date: 2011-12-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The world of work in the city of Manaus started and goes through many changes that are detected mainly by increasing the number of workers who fall within the informal market daily, occupying spaces in the city as an area of work. Among these spacesis the port of São Raimundo, included among the 57 ports along the waterfront of Manaus, which extends from the mouth of the river to the mouth of Tarumã Puraquequara River, an area of 43 km, located on the left bank Negro River in the west of the city of Manaus, and that makes the crossing to the port of Cacau District Pirêra. These ports are manifestations of multiple places of work. Have a significant number of men and women who use the space port, the ferries and boats for their livelihoods. This dissertation deals with the precarious and informal subject oftransporting people and goods sold in an intense shuttle between the port and the port of São Raimundo Cacau Pirêra. Our goal is to characterize the daily work ofstreet vendors and taxi drivers of sea-freight, operating in informality, precariousness and Girded by the neglect of the public. / O mundo do trabalho na cidade de Manaus passou e passa por inúmeras transformações que são constatadas, principalmente, pelo acréscimo do número de trabalhadores que se inserem no mercado informal cotidianamente, ocupando espaços da cidade como território de trabalho. Entre esses espaços está o porto do São Raimundo, incluído entre os 57 portos ao longo da beira-rio de Manaus, que se estende desde a foz do rio Tarumã até a foz do rio Puraquequara, numa área de 43 Km, localizado à margem esquerda do rio Negro, na zona Oeste da cidade de Manaus, e que faz a travessia até ao porto do Distrito do Cacau Pirêra. Esses portos são lugares de múltiplas manifestações de trabalho. Apresentam um número significativo de homens e mulheres que utilizam o espaço do porto, das balsas e dos barcos como meio de subsistência. Essa dissertação versa sobre o trabalho precário e informal desses sujeitos que transportam pessoas e vendem mercadorias num intenso vaivém entre o porto do São Raimundo e o porto do Cacau Pirêra. Nosso objetivo é caracterizar o trabalho cotidiano dos vendedores ambulantes e dos motoristas de táxi marítimo-frete, que atuam na informalidade, cingidos pela precarização e pelo esquecimento do poder público.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-06T09:38:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rita de Cássia Evangelista dos Santos - 2017.pdf: 3355363 bytes, checksum: 3678088974f225f8e8c7c14ea1f3cad8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-06T09:39:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rita de Cássia Evangelista dos Santos - 2017.pdf: 3355363 bytes, checksum: 3678088974f225f8e8c7c14ea1f3cad8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-06T09:39:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rita de Cássia Evangelista dos Santos - 2017.pdf: 3355363 bytes, checksum: 3678088974f225f8e8c7c14ea1f3cad8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-16 / In this work we approach the cocoa region of Bahia from Jorge Amado's gaze. We seek in the dialogue between geography and literature to amplify discussions on the cocoa region based on the Amadian work from the perspective of humanistic geography. The Amadian narrative on cocoa is rich in details about the formation of this portion of the Bahian space under the sign of cocoa and on the strong relationship established between the people and this crop. In this way, we start from the hypothesis that the Amadian narrative can be read geographically as a lived space, capable of offering the cocoa region of Bahia an identity, the grapiúna identity and this narrative is also generating and feeding a social imaginary, spreading this region while a cultural region. It is also discussed the displacement of this region through the Amadian narrative amplifying this imaginary. The analysis was constituted from the works O menino grapiúna (1982), Terras do Sem Fim (1943) and São Jorge dos Ilhéus (1944).These works together, compose an interesting narrative about the referred region based on the author's memory and experience. Based on the analysis of this narrative, it was possible to identify a regional formation based on violence and dismantling. At the same time, it was identified a strong relationship between the people with the land and the cocoa. Jorge Amado, through his narrative, lets rise, even in the tensions of daily life, a topofilia from the characters that, in some way, is also his own topofilia and mine. We use as a methodological course the interpretation of the literary text, letting it speak in its own way, correlating it with the scientific discourse. / Neste trabalho abordamos a região cacaueira da Bahia a partir do olhar de Jorge Amado. Procuramos no diálogo entre geografia e literatura ampliar as discussões sobre a região cacaueira com base na obra amadiana sob a perspectiva da geografia humanista. A narrativa amadiana sobre o cacau é rica em detalhes sobre a formação dessa porção do espaço baiano sob o signo do cacau e sobre a forte relação estabelecida entre o povo e este cultivo. Dessa forma, partimos da hipótese de que a narrativa amadiana pode ser lida geograficamente como espaço vivido, capaz de oferecer à região cacaueira da Bahia uma identidade, a identidade grapiúna e essa narrativa é também geradora e alimentadora de um imaginário social, difundindo esta região enquanto uma região cultural. Além disso, abordamos também o deslocamento dessa região através da narrativa amadiana ampliando esse imaginário. A análise foi constituída a partir das obras O menino grapiúna (1982), Terras do Sem Fim (1943) e São Jorge dos Ilhéus (1944). Essas obras juntas, compõem uma interessante narrativa a respeito da referida região com base na memória e vivência do autor. A partir da análise dessa narrativa foi possível identificar uma formação regional com base na violência e no desmando. Ao mesmo tempo, identifiquei uma forte relação do povo com a terra e com o cacau. Jorge Amado, através da sua narrativa, deixa aflorar, mesmo nas tensões do cotidiano, uma topofilia a partir dos personagens que, de alguma forma, é também a sua própria topofilia e a minha. Utilizamos como percurso metodológico a interpretação do texto literário, deixando-o falar à sua própria maneira, correlacionando-o com o discurso científico.

A vassoura-de-bruxa é a doença mais importante da cultura do cacaueiro, nos países onde ela ocorre. Em 1989 foi constatada pela primeira vez a presença do patógeno causador dessa doença na principal região produtora do Brasil. A falta de medidas de controle eficientes resultou, nos últimos anos, em menor produção, mudanças no uso da terra, venda de propriedades, diminuição do nível de emprego e danos ao meio ambiente. Em vista do pouco conhecimento sobre aspectos epidemiológicos da doença nas condições do sudeste da Bahia, elaborou-se o presente trabalho com os seguintes objetivos: estudar o gradiente de infecção da vassoura-de-bruxa em ramos e frutos em cacaueiros enxertados; comparar o efeito de genótipos e três tratamentos (poda fitossanitária semestral, poda fitossanitária mensal e poda fitossanitária aliada a aplicação de fungicida mensais) no controle da doença; estudar o progresso da vassoura-de-bruxa no tempo, quantificado em ramos e frutos doentes. O experimento foi conduzido em Uruçuca, BA, em área contendo 16 genótipos diferentes, adjacente a uma área com cacaueiros abandonados com alta incidência da doença. A área experimental foi dividida em três partes, as quais receberam os seguintes tratamentos: poda fitossanitária semestral, poda fitossanitária mensal e poda fitossanitária aliada a aplicação de fungicida mensal. Pelo menos uma vez por mês foram contados os ramos e frutos com vassoura. Os resultados mostraram a ausência de evidência clara da existência de gradiente de doença. Os níveis de resistência genética à vassoura-de-bruxa de ramos e frutos não foram correlacionados entre si. Houve bom ajuste do progresso da doença ao modelo monomolecular. As menores taxas de crescimento foram obtidas no tratamento com poda e aplicação de fungicida mensal. O tratamento que combinou poda e pulverização com fungicida apresentou diferença significativa na redução do percentual de frutos com vassoura. Os genótipos NO-34, NO-17 e NO-02 foram os que apresentaram menores percentagens de frutos com vassoura, sendo significativamente diferentes dos genótipos NO-24 e NO-13. / Witches' broom is the most important disease of cocoa, in the countries where it occurs. In 1989, it was verified for the first time the presence of the pathogen in the main producing area of Brazil. The lack of efficient control measures resulted, in the last years, in losses in the production, changes in the use of the soil, sale of properties, decrease of the employment level and damages to the environment. In view of the little knowledge on epidemic aspects of the disease in the conditions of the southeast of Bahia, the present work was elaborated with the following objectives: to study the gradient of the witches' broom infection in flushes and pods in grafted cocoa; to compare the effect of genotypes and three treatments (half-yearly phytosanitation, monthly phytosanitation and monthly phytosanitation allied to fungicide application) in the control of the disease; to study the witches' broom temporal progress, quantified in flushes and pods. Trials were carried out in Uruçuca, BA, in area contends 16 different genotypes, adjacent an area with abandoned cocoa with high incidence of the disease. The experimental area was divided in three parts, which received the following treatments: half-yearly phytosanitation, monthly phytosanitation and monthly phytosanitation allied to fungicide application. At least once a month, flushes and pods with broom were counted. Results showed the absence of clear evidence of the existence of disease gradient. The levels of genetic resistance to the witches' broom of flushes and pods were not correlated to each other. There was good adjustment of progress of the disease to the monomolecular model. The smallest growth rates were obtained in the treatment with monthly phytosanitation and fungicide application. The treatment that allied phytosanitation and fungicide application presented significant difference in the reduction of the percentage of witches' broom infected pods. The genotypes NO-34, NO-17 and NO-02 presented smaller percentages of diseased pods, being significantly different from the genotypes NO-24 and NO-13.

Introdução - Estudos mostram maior ocorrência de complicações cardiovasculares na população HIV/aids. Alguns estudos envolvendo animais e indivíduos saudáveis ou com outras doenças observaram benefícios no consumo de chocolate e erva mate na função endotelial e vasodilatação. Objetivo Avaliar o efeito da ingestão de chocolate e erva mate na elasticidade arterial de indivíduos com HIV/aids em terapia antirretroviral. Métodos Ensaio clínico cruzado, aleatorizado e duplo-cego, envolvendo 89 indivíduos com HIV/aids entre 19 e 59 anos, em tratamento regular com antirretrovirais por no mínimo 6 meses, e carga plasmática do HIV <500 cópias/ml. Os indivíduos receberam suplementação diária com aproximadamente 65g de chocolate amargo, 3g de erva mate ou respectivos placebos por 15 dias, com washout de igual tempo entre as intervenções. A aferição da elasticidade arterial foi realizada por análise do formato da onda de pulso com o equipamento HDI/PulseWaveTM CR-2000®. Também foram avaliados: composição corporal, glicemia, perfil lipídico, proteína C-reativa e concentração plasmática de espécies reativas ao ácido tiobarbitúrico (TBARS). As respostas entre tratamentos foram avaliadas por ANOVA e por teste t de Student pelo Stata® 11.0, considerando-se p< 0,005. Resultados A população foi composta principalmente por homens (62,9 por cento) caucasianos (46,1 por cento) com idade média de 44,6 ± 7,1 anos. O tempo médio de diagnóstico de HIV/aids foi de 13,2 ± 4,8 anos com 10,6 ± 5,1 anos de terapia antirretroviral. Não foram encontradas diferenças significantes na elasticidade arterial dos pequenos e grandes vasos após as suplementações. Conclusão Este é o primeiro estudo a avaliar o efeito da ingestão de erva mate e chocolate na elasticidade arterial de indivíduos com HIV/aids. Apesar das evidências positivas desses alimentos na saúde cardiovascular de animais e indivíduos com outras doenças, os mesmos efeitos não foram observados neste estudo. Provavelmente o tempo de suplementação, a biodisponibilidade das substâncias bioativas e o metabolismo alterado desses indivíduos interferiram nos resultados obtidos, sugerindo a necessidade de melhor investigação desses fatores / Introduction There has been an increase on cardiovascular diseases occurrence in the HIV/aids population. Some studies involving animals and healthy individuals or individuals with other pathologies have shown benefits on endothelial function and vasodilation under use of chocolate and yerba maté. Objective To evaluate the effect of chocolate and yerba maté intake on HIV/aids patient´s arterial elasticity. Methods Double-blind crossover trial including 89 HIV/aids patients, 19 to 59 years of age, on antiretroviral therapy for at least six months, and with viral load <500copies/ml. The individuals consumed daily approximately 65g of dark chocolate, 3g of yerba maté or placebo during 15 days, followed by a 15-day washout period after each intervention. Arterial elasticity was measured using the HDI/PulseWaveTM CR-2000 CardioVascular Profiling System®, which provides a pulse wave contour analysis. Body composition, glicemic index, lipid profile, C-reactive protein and thiobarbituric acid reactive substances (TBARS) were also assessed. The crossover analysis was performed using analysis of variance (ANOVA) on Stata®. The paired Students t-test was also applied. A p value <0.05 was considered significant. Results Most of the individuals were men (62.9 per cent), caucasian (46.1 per cent) aging 44.6 ± 7.1 years. The mean time of HIV/aids diagnosis was 13.2 ± 4.8 years, with 10.6 ± 5.1 years of antiretroviral therapy. There were no significant alterations on elasticity of either large or small arteries after chocolate and yerba maté intake. Conclusion This is the first research to evaluate the effect of chocolate and yerba maté intake on HIV/aids patient´s arterial elasticity. Despite of the positive evidence of these foods on cardiovascular health of animals and populations with other pathologies, the same effects were not observed in this study. Most probably the time of intervention, the bioavailability of the bioactive substances and the altered metabolism of this individuals interfered on the results, which indicates the need for further investigation

Orientador: Nelson Horacio Pezoa Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-12T13:00:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Efraim_Priscilla_D.pdf: 3005113 bytes, checksum: 644805cbb4b729e262d0a9e849b572b8 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Este trabalho buscou contribuir com o Programa Brasileiro de Melhoramento Genético de Cacau por meio do processamento e caracterização dos principais derivados de nove clones estudados e utilizados comercialmente na Bahia por sua resistência à vassoura-de-bruxa: CEPEC 42, EET 397, TSA 654, TSA 656, TSAN 792, TSH 516, TSH 565, TSH 774, TSH 1188 e do cacau Comum, tradicional na região e suscetível à doença. Os frutos foram colhidos em um mesmo período, fermentados simultaneamente em lotes de 50 Kg e secos naturalmente ao sol. As amêndoas obtidas foram quebradas em nibs, que foram torrados em 3 diferentes tempos em forno elétrico rotativo a 150 ºC e moídos até 25 µm para obtenção dos liquors. A análise sensorial de preferência definiu o tempo de torração de cada material. A manteiga de cacau foi obtida por prensagem hidráulica dos liquors. Chocolates amargos foram produzidos pelo método convencional. A caracterização física dos frutos e sementes demonstrou diferenças entre os materiais quanto ao peso total dos frutos e rendimento de sementes com polpa por fruto. O monitoramento de temperatura e pH da massa em fermentação e a avaliação dos teores de umidade, atividade de água, pH, acidez total titulável, açúcares, ácidos orgânicos, proteínas, compostos fenólicos totais e da contagem microbiológica, durante a fermentação e ao término da secagem, demonstraram que a evolução do processo fermentativo foi distinta para cada material. A caracterização da manteiga de cacau quanto à composição em triacilgliceróis e curva de sólidos indicou que os todos os cultivares estudados, exceto o TSH 774, apresentaram melhorias em relação ao cacau Comum. A análise sensorial descritiva quantitativa dos liquors por duas equipes treinadas e de aceitação dos chocolates, por painel não treinado de consumidores, indicaram diferenças entre os materiais para alguns atributos avaliados de acordo com sua ascendência genética, sendo que os materiais descendentes dos grupos Trinitário e Forastero apresentaram maior preferência em relação aos descendentes apenas do grupo Forastero. Apesar das diferenças físicas e químicas verificadas nos liquors e chocolates, observou-se a viabilidade industrial de todos dos materiais estudados. Estudou-se ainda a influência da mistura de 0, 30, 50 e 100% de sementes danificadas pela vassoura-de-bruxa com sementes sadias na fermentação às características de amêndoas, liquors, manteiga e pó de cacau obtidos. Os perfis de temperatura e pH da massa em fermentação, os teores de açúcares e ácidos orgânicos e a análise da fração volátil demonstraram que reações que normalmente ocorrem na fermentação podem ter se iniciado nos frutos, antes da colheita. O teor de polifenóis totais das sementes danificadas foi maior que o de sementes sadias, porém, as perdas na fermentação foram maiores. Os teores de lipídios e proteínas das amêndoas e liquors foram menores quanto maior a proporção de sementes danificadas. A vassoura-de-bruxa não causou alterações nas propriedades físicas e químicas avaliadas nas manteigas de cacau. A análise da fração volátil das sementes, amêndoas e liquors indicou que o aumento do teor de sementes danificadas levou à diminuição ou ausência de importantes alquilpirazinas, indicando que o uso destas, nas porcentagens estudadas, pode prejudicar a qualidade sensorial dos derivados de cacau / Abstract: The aim of this study was to contribute with the Brazilian Genetic Improvement Program of cocoa by processing and characterizing the main cocoa-derived products from nine clones studied and used commercially in Bahia due to their resistance to ¿witches¿ broom¿: CEPEC 42, EET 397, TSA 654, TSA 656, TSAN 792, TSH 516, TSH 565, TSH 774, TSH 1188 and Comum cocoa, traditional in the area and susceptible to the disease. The fruits were harvested in the same period, fermented in 50 kg batches and sun-dried. The cocoa beans obtained were broken into nibs, roasted during 3 different times in a rotative electric oven at 150ºC and milled to 25 µm to obtain the liquors. A preference sensory evaluation defined the specific roasting time for each material. Cocoa butter was obtained by hydraulic pressing of the liquors. Bitter chocolates were produced by the conventional method. The physical characterization of the fruits and seeds demonstrated differences among the materials regarding total weight of the fruits and yield of seeds with pulp per fruit. Temperature and pH monitoring of the mass during fermentation and evaluation of moisture content, water activity, pH, total acidity, sugars, organic acids, proteins, total phenolic compounds and microbiological count during fermentation and at the end of drying demonstrated that the evolution of the fermentation process was different for each material. The triacylglycerol composition and the solid fat content of the cocoa butters from all the cultivars studied, except TSH 774, presented improvements compared to Comum cocoa. The quantitative descriptive analysis of the liquors carried out by two trained panels and the acceptance of the chocolates by an untrained consumer panel indicated differences for some of the parameters evaluated among the materials studied according to their genetic ascendance. The cultivars descending from Trinitario and Forastero groups presented greater preference in relation to the descendants of the Forastero group only. The physical and chemical characterization of the liquors and chocolates demonstrated differences among the materials studied; however, it also showed their industrial viability. The influence of the mixture of 0, 30, 50 and 100% of seeds damaged by ¿witches¿ broom¿ with healthy seeds during the fermentation process on the characteristics of cocoa beans, liquors, cocoa butter and powder was also studied. The temperature and pH profiles of the mass during fermentation, the amounts of sugars and organic acids and the analysis of volatile compounds demonstrated that some reactions that usually occur during fermentation might have been initiated in the fruits before harvesting. The total content of polyphenols in the damaged seeds was higher than in the healthy seeds; however, losses during fermentation were also greater. Lipid and protein contents of cocoa beans and liquors decreased with the increase of the proportion of damaged seeds. ¿Witches¿ broom¿ did not cause changes in the physical and chemical properties evaluated in the cocoa butters. The analysis of the volatile compounds of the seeds, beans and liquors showed that the increase of the content of damaged seeds led to the decrease or absence of the main alkylpyrazines, indicating that their use in the percentages studied may negatively affect the sensory quality of cocoa-derived products / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos

Orientadores: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Jorge Maurício Costa Mondego / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T22:21:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Teixeira_PauloJosePereiraLima_D.pdf: 96794209 bytes, checksum: ecb31f47caf999afd03d8b9da31315f5 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O cacaueiro se destaca como uma das principais culturas perenes na agricultura, sendo economicamente relevante por fornecer a matéria prima para a fabricação do chocolate, um produto que movimenta bilhões de dólares no mercado mundial a cada ano. Apesar de sua importância, o cacaueiro é drasticamente atacado por diversas doenças que diminuem sua produtividade e reduzem a qualidade das amêndoas do cacau. Dentre estas, a vassoura de bruxa, causada pelo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa, é um importante fator limitante da produção cacaueira nas Américas. Utilizando tecnologias de sequenciamento de DNA de nova geração, realizamos uma abrangente análise transcriptômica da vassoura de bruxa neste trabalho. Um banco de dados denominado Atlas Transcriptômico da Vassoura de Bruxa foi construído, o qual compreende aproximadamente 60 bibliotecas de RNA-seq representativas dos mais variados estágios de desenvolvimento, condições de crescimento e respostas a estresse do fungo M. perniciosa sob condições in vitro e in planta. O primeiro capítulo desta tese apresenta uma análise global do Atlas Transcriptômico da vassoura de bruxa. Este conjunto de dados tem suportado uma série de estudos específicos relacionados a variados aspectos da doença, os quais são apresentados e detalhados nos demais capítulos da tese. Notavelmente, uma análise detalhada da interação biotrófica entre o cacaueiro e o fungo M. perniciosa (Capítulo II) revelou a ocorrência de intensa reprogramação transcricional e importantes alterações fisiológicas em plantas infectadas, incluindo a ativação de respostas de defesa ineficientes e a ocorrência de privação de carbono. Curiosamente, um processo de senescência prematura se estabelece no tecido infectado e parece ser um evento central no desenvolvimento da doença, possivelmente disparando o início da fase necrotrófica desta interação planta-patógeno. Ainda, nossos dados também permitiram a identificação de potenciais efetores de virulência em M. perniciosa, como também a caracterização do status metabólico do fungo durante a infecção do cacaueiro. Um modelo detalhado que sumariza os aspectos moleculares da vassoura de bruxa foi elaborado. De maneira geral, o Atlas Transcriptômico da Vassoura de Bruxa representa um importante avanço no estudo desta doença e tem servido como ponto de partida para uma série de estudos adicionais. A utilização destes dados na identificação e caracterização de potenciais fatores de patogenicidade de M. perniciosa (Capítulos III, IV e VI) e de mecanismos de defesa do cacaueiro (Capítulo V) também é apresentada nesta tese / Abstract: Cacao stands out as one of the major perennial crops in the world, being economically relevant as the source of chocolate, a multi-billion dollar product appreciated worldwide. Despite its importance, cacao is seriously affected by several diseases that reduce crop yield and decrease the quality of cocoa beans. Among them, the witches' broom disease (WBD), caused by the basidiomycete Moniliophthora perniciosa, is a major constraint for cacao production in the Americas. Using next generation sequencing technologies, a comprehensive transcriptomic analysis of WBD was performed. We developed a database named "WBD Transcriptome Atlas", which comprises approximately 60 RNA-seq libraries that represent a wide range of developmental stages, growth conditions and stress responses of the fungus, either under in vitro or in planta conditions. The first chapter of this thesis presents a global analysis of the WBD Transcriptome Atlas. This data set has supported a number of specific analyses related to several aspects of WBD, which are presented and detailed in the other chapters of the thesis. Strikingly, a detailed analysis of the biotrophic interaction between M. perniciosa and cacao (Chapter I) revealed the occurrence of intense transcriptional reprogramming and remarkable physiological alterations in infected plants, including the activation of ineffective defense responses and the occurrence of carbon deprivation. Curiously, a premature senescence process is established in infected tissues and appears to be a central event in WBD, possibly triggering the onset of the necrotrophic stage of this plant-pathogen interaction. Additionally, our data also allowed the identification of potential virulence effectors in M. perniciosa, as well as the characterization of the metabolic status of the fungus during cacao infection. A detailed model summarizing the molecular aspects of WBD is presented. Overall, the WBD Transcriptome Atlas represents an important advance in the study of this disease and constitutes a starting point for a number of additional studies. The use of these data in the identification and characterization of potential pathogenicity factors of M. perniciosa (Chapters III, IV and VI) and defense mechanisms of cacao (Chapter V) will also be presented in this thesis / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T10:25:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alvarez_Javier_D.pdf: 13138837 bytes, checksum: 410e11bd8ba7df37c003fae0919eec2e (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A doença vassoura de bruxa do cacaueiro, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa tem sido um dos maiores problemas fitopatológicos do hemisfério sul. O fungo tem uma fase biotrófica longa, pouco comum entre fungos com o estilo de vida hemibiotrófico. Este fato sugere que M. perniciosa deve dispor de importantes mecanismos de evasão do sistema de defesa da planta e que estes teriam um papel fundamental para o sucesso da infecção. Assim sendo, o objetivo deste trabalho é entender os mecanismos de supressão envolvidos na resposta de defesa basal da planta. Especificamente, aqueles mecanismos mediados por hormônios que poderiam influenciar na suscetibilidade da planta ao patógeno durante a invasão do M. perniciosa. Com este fim, foram construídas bibliotecas de RNAseq da interação cacau-M. perniciosa durante o inicio da fase assintomática da doença. As bibliotecas representantes desta interação mostraram expressão diferencial de genes relacionados com a sinalização de auxina, mas não foi observado indução de genes da biossíntese planta. Estes dados sugerem a presença de auxina "exógena" produzida provavelmente pelo patógeno. Adicionalmente, foram encontrados genes relacionados com o ácido jasmônico e etileno. Com o intuito de identificar se M. perniciosa era capaz de secretar um composto com função de auxina, sementes de Arabidopsis thaliana foram crescidas em amostras de sobrenadante do fungo. Estes experimentos mostraram alteração da morfologia das raízes semelhantes à adição de auxina exógena. Amostras de sobrenadantes do fungo foram submetidas às técnicas de RMN, LC MS/MS e GC-MS e mostraram a presença de um composto com estrutura semelhante ao indol-3-acetoácido sendo produzido pelo fungo. Estudos do time course de produção deste composto mostraram que a auxina produzida é rapidamente metabolizada formando diferentes derivados indólicos com provável função na patogênese do fungo. Finalmente, encontramos um novo composto com estrutura parecida à auxina e capacidade de indução de genes de resposta a este hormônio. Este trabalho é o primeiro relato a mostrar o time course da síntese de auxina por M. perniciosa e a indução de respostas de sinalização de auxina nos tecidos de cacau infectados pelo fungo. A intervenção nas vias de síntese de auxina pelo fungo seria um caminho plausível na tentativa por conter a doença vassoura de bruxa / Abstract: The witches' broom disease in Cacao is caused by the fungus Moniliophthora perniciosa has been one of the most important problems phytopathological in the southern hemisphere. The fungus has an unusual long biotrophic phase with the lifestyle hemibiotrofic suggesting that M. perniciosa must have important evasion mechanisms for breaking of the plant defense system and it would have a key role to success in the infection. Therefore, the aim of this work is to understand some of the mechanisms involved in the suppression of basal defense response of the plant. Specifically, hormones-mediated mechanisms that could influence plant susceptibility to pathogens during the infection of M. perniciosa. For this purpose, RNAseq libraries were constructed of the interaction cacao - M. perniciosa during the asymptomatic phase of the disease. Genes related with the auxin and jasmonic acid signaling and ethylene production were differential expressed during the initial stage of the disease. Furthermore, auxin-responsive genes were induced, but not observed induction of plant biosynthesis genes for this hormone. These data suggest presence of auxin "exogenous" probably produced by the pathogen. In order to identify whether M. perniciosa was able to secrete a compound like an auxin, Arabidopsis thaliana seedlings were grown in mediums with supernatant of the fungus. These experiments showed alterations on the roots morphology, similar to the addition of exogenous auxin. Samples of supernatants were subjected to the techniques of NMR, LC-MS/MS and GCMS and showed the presence of a compound with a similar structure of Indole-3- Acetic Acid (IAA) being produced by the fungus. A time course of the production of this compound was examinated by LC-MS/MS and showed that the auxin is produced by M. perniciosa, but is rapidly metabolized forming different indole derivatives, some of them with a probable role in the pathogenesis. Finally, we found a new compound with a structure similar to auxin and with the ability to induce gene response to this hormone / Doutorado / Genetica Vegetal / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Johana Rincones Peres / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T06:30:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barau_JoanGrande_D.pdf: 15458099 bytes, checksum: 72a1f6ed8ef42544b91f989494fb4ce2 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A introdução da doença vassoura de bruxa do cacaueiro no Sul da Bahia representa um dos maiores exemplos da magnitude de impacto sócio econômico que uma fitopatologia pode aflingir a uma região ou país com um predominante perfil agroexportador. Com a execução do projeto genoma do fungo causador da vassoura de bruxa, o Basidiomiceto Moniliopthora perniciosa, uma série de trabalhos de caracterização morfológica, fisiológica e genética da doença foram inciados. Em um primeiro momento, em paralelo com a caracterização das alterações bioquímicas da doença, buscamos entender as diferenças de expressão gênica através de microarranjos de DNA e bibliotecas ESTs comparando as duas fases morfo-genéticas do fungo reproduzidas in vitro. Apesar de esse esforço pioneiro ter permitido a formação de um modelo panorâmico das alterações genéticas do fungo e fornecido importantes diretrizes para a pesquisa futura, ficou claro a necessidade de se explorar em maior detalhe a interação in vivo. Dentre os aspectos importantes investigados, o estudo do metabolismo do glicerol durante a fase biotrófica da interação através de marcadores de expressão mostrou que essa fonte de carbono em potencial pode ter um papel importante no início da infecção e participar da sinalização de stress através da modulação do shuttle mitocondrial de glicerol 3-fosfato. No entanto, a necessidade de se entender melhor o panorama das fontes de carbono disponíveis no apoplasto, o microambiente ocupado pelo fungo nas fases iniciais da interação, nos motivou a caracterizar as alterações nutricionais desse espaço ao longo da doença. Foi possível demonstrar que a vassoura de bruxa quebra o ciclo de carbono normal do apoplasto e que induz o corte da comunicação vascular com as partes sadias da planta ao final da fase biotrófica. Uma correlação entre a sinalização por carbono e a expressão de genes de patogenicidade secundária foi explorada. Com a expansão dos dados de genoma e transcriptoma utilizando sequenciamento de DNA de terceira geração (Illumina e 454 Life Sciences), dezenas de genes-alvo com potencial participação em vias de patogenicidade e desenvolvimento da doença foram identificados. Nesse contexto, dentre as ferramentas para análises de genômica funcional nesse modelo, a inativação ou nocaute de genes por gene targeting e o estudo da atividade de proteínas através de fusões com genes repórteres são essenciais ao teste das hipóteses geradas como fruto da pesquisa genômica da Vassoura-de-bruxa. Transformantes de M. perniciosa carregando uma cópia do gene marcador de autofagia MpATG8 fusionado ao marcador GFP apresentaram um padrão de fluorescência característico da biologia celular de ATG8, permitindo acompanhar o processo de autofagia sob condições de deprivação de nutrientes, demonstrando a possibilidade da aplicação de fusões com repórteres fluorescentes para experimentos de localização subcelular de proteínas desse fitopatógeno. Por fim, uma estratégia baseada na seleção de recombinantes através da técnica split marker em conjunto com um silenciamento transiente do sistema de reparo NHEJ por RNAi foi traçada e executada de modo a obter o nocaute do gene MpKu70, essencial a essa via de reparo, cuja inativação está associada a um aumento da eficiência de recombinação homóloga e gene targeting / Abstract: Cocoa's Witches Broom Disease (WBD) is caused by the hemibiotrophic interaction between the Basidiomycete fungus Moniliopthora perniciosa and plants of Theobroma cacao. One remarkable feature of WBD is its unusual long biotrophic phase in which the fungal growth is restricted to the apoplastic space of plants. We compared differential gene expression between biotrophic and saprotrophic-like hyphae in vitro and proposed based on microarray and EST results that the maintenance of biotrophic-like cultures of M. perniciosa in vitro is subject to Carbon source regulation, especially regarding the use of glycerol as a preferential carbon source for biotrophy. To further gain insight into the carbon source regulation of WBD biotrophic phase in vivo, we characterized glycerol utilization using fungal expression markers during the initial phases of infection. We also characterized the carbon source fluctuations in the apoplast of healthy and infected cocoa seedlings. We showed that healthy cocoa plants possess a rhythmic carbon cycle in the apoplast that is in fine tune with periodical leaf flushing, expansion and photosynthetic maturation. WBD completely disrupts the carbon cycle in the apoplast of infected plants and also arrests leaf photosynthesis at pre sink-to-source transition levels. It was also possible to distinguish two different phases of carbon availability in the apoplast. The two phases correlated with fungal growth rates, the expression of a characterized necrosis inducing gene and the development of a tumor-like callus at the base of infected stems that completely disrupted normal vascular communication between healthy and diseased parts of the plant. A possible correlation between carbon starvation and phase switch from biotrophic to necrotrophic was explored and the evolution of the vascular-disrupting callus was discussed in the view of the tradeoff between the physiological behavior of infected tissues as sinks and the avoidance of nutrient remobilization during infected tissue senescence. Finally, we focused on the development of functional genomic tools for the study of gene function in this pathogen. As a proof-of-concept, we successfully obtained fungal strains expressing the autophagy related gene MpATG8 fused with GFP reporter, in which was possible to visualize the autophagy process in vivo by fluorescence imaging. In addition we also obtained the first successful gene targeting knockout of MpKu70, an M. perniciosa homologous of a gene essential to NHEJ in Eukaryotes. MpKu70 knockouts strains have reported phenotypes of increased homologous recombination, and the M. perniciosa strain may be an important platform for future functional studies of genes important in witches broom disease pathogenesis / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular