Made available in DSpace on 2016-12-23T13:55:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Dias Ribeiro.pdf: 1981766 bytes, checksum: cf9b688ead72c08ab9f20a3a8c84afcc (MD5) Previous issue date: 2013-08-09 / INTRODUÇÃO: Infecções de corrente sanguínea por fungos têm se destacado principalmente pelo crescente número de casos de candidemia (infecções por Candida spp neste sítio). Atualmente, este fungo figura como um dos sete patógenos mais comuns em infecções nosocomiais, apresentando taxas de mortalidade bruta entre 40 e 70% e atribuída, de 50%. Formação de biofilme é frequentemente associada a persistente infecção por Candida spp. e dificulta o tratamento devido à elevada resistencia que as células fúngicas adquirem a drogas antifungicas, nestas circunstâncias. OBJETIVOS: Determinar a incidência de candidemias no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM), entre 1º de março de 2011 a 30 de dezembro de 2012; determinar as taxas de prevalência das espécies de Candida spp.e testar a potencial atividade das drogas anfotericina B e voriconazol na inibição de formação de biofilme pelas espécies isoladas. MATERIAIS e MÉTODOS: Informações sobre o número total de admissões e de pacientes-dia, na UTI e UTIN do HUCAM foram fornecidos pelo setor de estatística e as 32 cepas de Candida spp., obtidos de sangue, urina e ponta de cateter foram isoladas no laboratório de Análises Clínicas deste hospital. Para as análises de inibição de formação de biofilme foram utilizados os testes estatísticos de Wilcoxon, de Sinais e de Mann-Whitney. RESULTADOS: O setor do HUCAM com maior incidência de candidemia foi a UTIN (8,6/10.000 pacientes-dia e 14,2/1.000 internações). Candida spp foi 5º microrganismo mais isolado das ICS, com predomínio de espécies não-albicans (81%), sendo C. parapsilosis a espécie mais frequente. Na UTIN, a frequência de candidemia por C. albicans foi de 67% e a única espécie não-albicans isolada foi Candida parapsilosis. Na avaliação da inibição de formação de biofilme foi constatado que as concentrações de anfotericina B estatisticamente significantes foram: 128 μg/mL para as epécies C. albicans, C parapsilosis e C tropicalis e 64 μg/mL para as espécies agrupadas em outros . Voriconazol foi capaz de inibir formação de biofilme apenas para isolados da espécie C. albicans e na maior concentração testada (16 μg/mL). CONCLUSÕES: A maior incidência de candidemia no HUCAM foi encontrada para recém-nascidos internados na UTIN. A distribuição das espécies de Candida variou de acordo com setores do hospital, mas sofreu pouca alteração em relação ao período estudado. No geral, anfotericina B foi mais eficaz que voriconazol na inibição de formação de biofilme por espécies de Candida / INTRODUCTION: Bloodstream fungi infections have highlighted mainly by the growing number of cases of candidemia (infections by Candida spp this site). Currently, this fungus figure as one of seven most common pathogens in nosocomial infections, presenting mortality rates gross between 40 and 70%, and attributed of 50%. Biofilm formation is often associated with the persistent Candida spp. infection and it complicates the treatment due to high resistence that fungal cells acquire to antifungal drugs, in these circumstances. OBJECTIVES: Estabilish the candidemias incidence in University Hospital Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM), between 1 º of March 2011 to December 30 2012; estabilish prevalence rates of Candida spp. species e test the potential drug activity of amphotericin B and voriconazole in the inhibition of biofilm formation by the species isolated. MATERIALS AND METHODS: Information on the total number of admissions and patient-days in the ICU and NICU s HUCAM were provided by statistics sector and 32 Candida spp. strains obtained from blood, urine and catheter tip were isolated in Laboratory of Clinical Analysis of the hospital. Inhibition of biofilm formation tests were analized using statistical of Wilcoxon, of Signs and of Mann-Whitney. RESULTS: HUCAM s sector with greater incidence of candidemia was the NICU (8.6 / 10,000 patients-day and 14,2 / 1,000 hospitalizations). Candida spp was the fifth most isolated microorganism of BSI, with predominance of non-albicans species (81%), being C. parapsilosis the species most frequent. In NICU, the frequency of candidemia by C. albicans was 67% and the only non-albicans specie isolated was Candida parapsilosis. In the evaluation of biofilm formation inhibition was evidenced that the concentrations of amphotericin B statistically significant were: 128 μg / mL for the species C. albicans studied, C. parapsilosis and C. tropicalis and 64 μg / mL for the species grouped into "others". Voriconazole was able to inhibit biofilm formation only for isolates of the species C. albicans and at the highest concentration tested (64 μg / ml). CONCLUSIONS: The highest incidence of candidemia in HUCAM was found for neonates interned in NICU. The distribution of Candida species ranged according with sectors the hospital, but suffered little alteration in relation to period studied. Overall, amphotericin B was more effective than voriconazole in the inhibition of biofilm formation by Candida species

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:55:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao mestrado Nazareth Klein.pdf: 9490018 bytes, checksum: a860548b52d0cb66494dd6a26c4306df (MD5) Previous issue date: 2006-10-23 / Este estudo foi conduzido para se avaliar a prevalência e a distribuição das espécies de Candida spp., isoladas de diversos materiais biológicos, obtidos de pacientes internados no Hospital Universitário Cassiano Antonio de Moraes (HUCAM), Vitória-ES, durante o período de janeiro de 2003 a dezembro 2005, e descrever o perfil de suscetibilidade de Candida não-albicans a drogas antifúngicas. A dentificação da espécie Candida albicans foi realizada no meio cromogênico CHROMagar-Candida® e confirmada pela indução positiva de tubo germinativo e/ou clamidoconídeo. A identificação das espécies não-albicans foi realizada pelos seus padrões morfológicos e bioquímicos e pelo sistema comercial API 20 C AUX. O perfil de suscetibilidade às drogas antifúngicas anfotericina B, itraconazol e fluconazol foi estabelecido pelo método de referência, microdiluição em caldo, de acordo com o documento M27-A2 do CLSI, 2002. Estudo comparativo foi realizado, empregandose o método Etest® para as cepas de Candida tropicalis, sendo incluída nesta etapa, a droga voriconazol. Os resultados mostraram 268 isolados de Candida spp., no geral, um predomínio de Candida não-albicans (54%), incluindo C. tropicalis (26%), C. parapsilosis (14%), C. glabrata (10%), C. Krusei (2%), C. guilliermondii (1.5%) e C. lusitaniae (0.5%). Ocorreu uma marcante transição na prevalência de Candida não-albicans, durante os três anos de estudo, oscilando na freqüência de 39% dos isolamentos em 2003 para 74% em 2005. As espécies não-albicans foram mais isoladas de urina (47%), seguido de sangue (39%) e cateter (8%). As maiores ocorrências foram na Unidade de Tratamento Intensivo Geral e Clínica Médica, com 23% em cada setor. A resistência para as espécies não-albicans ao fluconazol foi de 4% e, de suscetível dose-dependente (SDD) ao fluconazol e ao itraconazol foi de 2% e 3%, respectivamente (metodologia CSLI). Com esta metodologia, 98% das cepas de C. tropicalis foram sensíveis ao fluconazol e ao itraconazol, mas 2% foram SDD para estas drogas. Com o método Etest®, 2% dessas cepas foram resistentes (R) a ambas as drogas e 19% foram SDD ao itraconazol. Nenhum isolado de Candida não-albicans foi resistente a anfotericina B ou ao voriconazol. Todos os isolados de Candida albicans foram sensíveis às três drogas analisadas. Em conclusão: a) Houve uma marcante tendência para o isolamento de C. não-albicans no HUCAM, com predomínio de C. tropicalis. b) Observou-se, reduzida suscetibilidade ao fluconazol e ao itraconazol apenas para as espécies C. tropicalis, C. krusei e C. glabrata. c) O método Etest®, usando o meio de ágar Casitone, apresentou ótima concordância com o método de referência para as drogas anfotericina B (100%) e fluconazol (96%), no entanto, para o itraconazol, essa concordância foi de 62%. / This study was carried out to evaluate the prevalence and distribution of the species of Candida spp. Isolated from several biological materials obtained from patients interned at the Hospital Universitário Cassiano Antonio de Moraes (HUCAM), Vitória-ES, during the period of January 2003 to December 2005, and to describe the profile of susceptibility of Candida non-albicans to antifungal drugs. The identification of the species of Candida albicans was made into the chromogenic medium CHROMagar-Candida® and confirmed through the positive induction of a germinative tube and/or clamidoconídeo. The identification of the species nonalbicans was made through of morphologic and biochemical patterns and through the commercial system API 20 C AUX. The profile of susceptibility to the antifungal drugs amphotencin B itraconazole and fluconazole was established by the reference method, broth microdilution, according to the document M27-A2 from CLSI, 2002. A comparative study was conducted, using the method Etest® for the strains of Candida tropicalis being included at this stage, the drug voriconazole. The results showed that 268 isolates of Candida spp. were obtained during the period of the study and, in general, a predominance was observed in the isolation of Candida nonalbicans (54%) at HUCAM, including C. tropicalis (26%), C. parapsilosis (14%), C. glabrata (10%), C. krusei (2%), C. guilliermondii (1.5%) and C. lusitaniae (0.5%). There was a relevant transition in the prevalence of Candida non-albicans during the three years of study, oscillating in the frequency from 39% of the isolations in 2003 to 74% in 2005. The non-albicans species were more isolated from urine (47%), followed by blood (39%) and catheter (8%). The biggest occurrences were noticed in patients interned at the General Intensive Care Unit and Medical Clinic with a rate of 23% in each one. The resistance rate noticed for the non-albicans species to fluconazol was of 4% and, of susceptible dose-dependent (SDD) to fluconazole and to itraconazole was of 2% and 3% respectively (methodology CSLI). With the use of this methodology, it was observed that 98% of the strains of C.tropicalis were sensitive to fluconazole and to itraconazole, but 2% were SDD to these drugs. When the method Etest® was used, 2% of these samples were resistant to both drugs and 19% were SDD to itraconazole. No isolated of Candida non-albicans was resistant to amphotericin B or to voriconazole. All the isolates of Candida albicans were sensitive to the three drugs analyzed. With this study it was concluded that there was a striking tendency to the isolation of C. non-albicans, with the predominance of C. tropicalis. Reduced susceptibility to fluconazole and itraconazole was also noticed only in the species C. tropicalis, C. krusei and C. glabrata, reinforcing the concern about a high number of isolations of these species non-albicans at HUCAM. The Etest® method using the medium of agar Casitone, showed an excellent concordance with the reference method to the drugs amphotericin B (100%) and fluconazole (96%). However, for the itraconazole this agreement was of 62%.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Bruna Malacarne.pdf: 2452979 bytes, checksum: bd4d5918bd0a11fc40527e153ad97a3d (MD5) Previous issue date: 2010-12-10 / A frequência de candidemia tem aumentado nas últimas décadas, com crescente ocorrência de espécies não-albicans. Candida tropicalis representa, em geral, a espécie não-albicans mais freqüente no Brasil e pode apresentar crescimento tipo trailing nos testes de microdiluição em caldo, frente a drogas azólicas, o que dificulta e confunde a leitura dos valores de concentração inibitória mínima (CIM). Os objetivos do presente trabalho foram avaliar a ocorrência de candidemia causada por C. tropicalis no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM), Vitória Espírito Santo, e seu perfil de suscetibilidade a fluconazol, itraconazol e anfotericina B, conforme metodologia de referência M27-A3 (CLSI, 2008), propor modificações deste teste, além de avaliar a influência de diferentes períodos de incubação e formas de leitura. Isolados de Candida tropicalis (82) testados pelo método referência foram selecionados e submetidos aos testes modificados, como incubação na temperatura de 42°C, adição de Tricostatina A (TSA) e do composto colorimétrico resazurina. Os resultados obtidos nos testes modificados foram avaliados através da determinação das concordâncias categóricas e essenciais com o teste padrão. Os resultados mostraram que no período de 2006 a 2009, a frequência de candidemia no HUCAM variou de 1,21 a 1,65 casos/1.000 admissões hospitalares e de 0,16 a 0,25 casos/1.000 pacientes-dia. C. albicans representou 45% dos episódios, seguida por C. tropicalis (26%), C. parapsilosis (14%), C. glabrata (10%) e outras (C. krusei, C. guilliermondii e C. lusitaniae). Os maiores percentuais de resistência de C. tropicalis a fluconazol e a itraconazol ocorreram com 48 horas de incubação (26% versus 5% e 17% versus 1,2%, respectivamente). Foi observado que 28,05% dos isolados apresentaram crescimento tipo trailing para uma ou para as duas drogas testadas. As concordâncias categóricas e essenciais dos testes modificados, em relação à metodologia padrão, variaram de 70 a 87%, com 24 horas de incubação e para ambas a drogas. Com 48 horas de incubação, as modificações introduzidas (incubação a 42ºC e adição de TSA) propiciaram menores percentagens de concordâncias categóricas e essenciais que o método com adição de resazurina. A incubação a 42°C correlacionou com as melhores concordâncias entre as formas de leitura visual e espectrofotométrica, em comparação com o 9 método padrão. Diferentes perfis de crescimento tipo trailing foram observados, sendo que as três modificações realizadas foram eficazes em reduzir este fenômeno com 24 horas de incubação, mas apenas os métodos a 42ºC e com TSA foram capazes de reduzir o trailing com 48 horas de incubação. A análise de prontuários médicos permitiu verificar que isolado com crescimento tipo trailing apresentou resposta terapêutica satisfatória ao fluconazol e que isolado que permaneceu resistente nos testes modificados não respondeu a tratamento com fluconazol, in vivo / The frequency of candidemia has increased in recent decades, with raising occurrence of non-albicans species. In general, Candida tropicalis is the most frequent non-albicans species in Brazil and may present trailing growth in broth microdilution tests with azole drugs, which complicates and confuses the reading of MIC values. The objectives of this study were evaluate the occurrence of candidemia caused by C. tropicalis in HUCAM and your susceptibility profile with fluconazole, itraconazole and amphotericin B, according to reference methodology M27-A3 (CLSI, 2008) propose modifications in this test, and evaluate the influence of different incubation periods and ways of reading. Isolates of Candida tropicalis were selected and submitted to the modified tests: incubation temperature of 42°C, addition of TSA and colorimetric compound resazurin. The results obtained with modified tests were evaluated through essential and categorical agreements considering the reference methodology. The results showed that in the period of 2006 to 2009, the frequency of candidemia in HUCAM ranged from 1.21 to 1.65 cases / 1,000 admissions and 0.16 to 0.25 cases / 1,000 patient-days. C. albicans accounted for 45% of the episodes, followed by C. tropicalis (26%), C. parapsilosis (14%), C. glabrata (10%) and other ones (C. krusei, C. guilliermondii and C. lusitaniae). The highest percentages of resistance to fluconazole and itraconazole occurred with 48 hours of incubation (26% versus 5% and 17% versus 1.2%, respectively). 28.05% of the isolates showed trailing growth for one or both drugs. The categorical and essential agreements of the modified tests when compared with the standard methodology, ranged from 70 to 87%, with 24 hours of incubation and for both drugs. With 48 hours of incubation, the modifications (incubation at 42°C and addition of TSA) provided smaller percentages of categorical and essential agreements when compared with the addition of resazurin. The best agreement between ways of reading (visual and spectrophotometric) was obtained with the incubation at 42°C, compared with the standard method. Different trailing growth profiles were observed and the three modified methods were effective in reducing this phenomenon with 24 hours of incubation, but only the methods 42°C and TSA were able to reduce it at 48 hour. The analysis of medical records indicated that isolated with trailing growth showed 11 satisfactory therapeutic response to fluconazole and the isolated that remained resistant in the modified tests did not respond to treatment with fluconazole in vivo

Essa tese teve como objetivo avaliar todos os casos de candidose sistêmica por Candida albicans identificadas através de kit comercial ID 32C® (bioMérieux), diagnosticados no Laboratório de Micologia da Santa Casa de Misericórdia de Porto Alegre/RS, durante o período de 1999 a 2009, buscando identificar a prevalência de C. dubliniensis, bem como avaliar os fatores de virulência e diferença de perfil de suscetibilidade antifúngica entre os isolados clínicos. Foi realizado um levantamento clínico-epidemiológico dos casos incluídos no estudo, avaliando sexo, idade, manifestações clínicas, evolução, região proveniente do paciente, doença de base, condições predisponentes, utilização de corticóides e antibióticos e resposta ao tratamento recebido. Para a diferenciação das duas espécies utilizou-se testes fenotípicos (arranjo dos clamidosporos, teste de termotolerância, formação do tubo germinativo, crescimento em meio hipertônico e niger), molecular (espectrometria de massa) e genotípico (reação em cadeia da polimerase - PCR). Em adição, foi avaliada a eficácia do método de conservação das leveduras estocadas a -20ºC e comparamos quatro substratos (soro fresco, soro congelado, ágar e caldo Mueller-Hinton) para a prova do tubo germinativo. Determinou-se a produção da fosfolipase e proteinase em isolados incluídos no estudo. A atividade in vitro dos antifúngicos fluconazol, anfotericina B e anidulafungina frente aos isolados estudados foi determinada através da concentração inibitória mínima (CIM), a concentração fungicida mínima (CFM) e ponto de corte epidemiológico (ECV). Os casos de candidemia por C. albicans diagnosticados durante 10 anos ocorreram com maior frequência em pacientes adultos com presença de cateteres. Observamos que houve maior chance de ocorrência desta em pacientes oncológicos. O percentual de alta nos pacientes foi baixo. O método utilizado para a conservação de leveduras nesse estudo apresentou taxa de 70% de viabilidade. O ágar e o caldo Mueller-Hinton demonstraram sensibilidade de 90% e especificidade de 100%. Os isolados de C. albicans provenientes de hemocultivos apresentaram produção de fosfolipase em 78% e proteinase em 97% dos isolados. A espécie C. dubliniensis não foi identificada em isolados de hemocultivos, sendo todos os casos de candidemia por C. albicans. Os testes microcultivo em ágar fubá, espectrometria de massa, caldo niger e caldo hipertônico concordaram com o teste genotípico. Os isolados de C. albicans apresentaram maior suscetibilidade a anidulafungina, entretanto, os menores valores obtidos em 90% dos isolados (CIM90) foi pela anfotericina B. E através do ECV, os isolados poderiam ser resistentes ao fluconazol, demonstrando a importância da associação desses dois parâmetros. / The aim this tesis was to evaluate systemic candidiasis cases by Candida albicans through ID 32C® (bioMérieux), at Mycology Laboratory of the Santa Casa de Porto Alegre/RS, during 1999 to 2009, seeking to identify the C. dubliniensis prevalence, as well as evaluating the virulence factors and antifungal susceptibility profile difference of among isolates. The clinical and epidemiological survey was made through gender, age, clinical manifestations, evolution, patient's region, underlying disease, predisposing conditions, steroids and antibiotics use, and response to treatment. The phenotypic tests (tthermotolerance, germ tube, hypertonic and Niger medium), molecular (mass spectrometry) and genotypic (polymerase chain reaction – PCR) was used for two species identification. We also assessed if the mantainance of C. albicans stored at - 20ºC in a freezer with sterile distilled water was usefull.The four substrate (fresh and frozen serum, agar and broth Mueller-Hinton®) were used for germ tube formation and the phospholipase and proteinase activity were evaluated. The in vitro activity of fluconazole, amphotericin B and anidulafungin were compared through the minimum inhibitory concentration (MIC), the minimum fungicidal concentration (MFC) and epidemiological cutoff value (ECV). The candidemia cases by C. albicans for ten years occurred more frequently in adult and catheters use. We observed the more chance this occurrence in cancer patients. The survival percentage was low. The used method in the study for yeast stored had 70% of viability. The agar and broth Mueller-Hinton were 90% sensitivity and 100% specificity. The boodstream isolates of C. albicans produce virulence factors, such the germ tube production and hydrolytic enzymes (78% of phospholipase and 97% of protease) production. The C. dubliniensis was not identified in bloodstream isolates, thus all candidemia cases were by C. albicans. The mass spectrometry, cornmeal agar, Niger and hypertonic broth agreed with genotypic test. The isolates exhibited more susceptibility to anidulafungin, and 90% of them (MIC90) exhibited the lowest values against amphotericin B. Based on ECV and Pfaller classification, isolates could be resistant to fluconazole, demonstrating the importance of the combination of these parameters.

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T08:46:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_MariaSileudaMoreirade_D.pdf: 898114 bytes, checksum: f78729283b9082f15ea5bb30829a113b (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: O diagnóstico da candidemia é importante para a imediata iniciação da terapia antifúngica. Duzentos e vinte e cinco pacientes com pelo menos 15 dias de internação em unidades de alto risco do Hospital de Clínicas da UNICAMP foram acompanhados prospectivamente durante o período de novembro de 2000 a dezembro de 2002. Hemoculturas positivas para Candida foram consideradas como padrão ouro no diagnóstico da candidemia. Foi realizado o teste da Reação de Polimerização em Cadeia ¿ PCR, utilizando-se o sangue total dos pacientes e os resultados obtidos com o teste de PCR foram comparados com os resultados do teste de hemocultura, realizada rotineiramente na detecção da candidemia através do sistema automatizado BactAlert®. O DNA foi extraído e amplificado com o uso do par de iniciadores ITS4 e ITS5 e os produtos de PCR foram seqüenciados para a identificação das espécies de Candida. As variáveis associadas com o desenvolvimento da candidemia diagnosticada por hemocultura também foram avaliadas nos pacientes. A taxa de mortalidade geral do estudo foi de 26,2% e a mortalidade entre os pacientes com candidemia e sem candidemia foi de 41,9% e 22,5% respectivamente (p=0,009). A sensibilidade e a especificidade do teste de PCR foi de 72,1% e 91,2% respectivamente. Os valores preditivos positivos e negativos foram de 65,9% e 93,2% respectivamente. A regressão logística da análise multivariada mostrou que o uso de nutrição parenteral (p<0,0001), sonda vesical de demora (p=0,0177), quimioterapia (p=0,0246) e corticóides (p=0,0283) foram as variá veis significativas associadas com o desenvolvimento da candidemia. A técnica de PCR seguida do sequenciamento do DNA foi uma ferramenta útil no diagnóstico da candidemia / Abstract: The diagnosis of candidemia is important for prompt initiation of antifungal therapy. Two hundred and twenty-five patients with high risk for candidemia who had blood cultures drawn and were hospitalized more than 15 days were prospectively followed-up in a two-year period. Whole-blood cultures by automated BactAlert® system and PCR were used to detect candidemia in all patients hospitalized for more than 15 days in high-risk areas. DNA was extracted and amplified using ITS5 and ITS4 base pair primers and the PCR products were sequenced for identification of Candida spp. Positive blood culture for Candida was considered the gold standard for candidemia diagnosis. Variables associated with the development of candidemia diagnosed by positive blood culture were also evaluated in the patients. The overall mortality of the patients was 26.1% and the mortality rate in candidemic and non-candidemic patients was 41.9% and 22.5%, respectively (p=0.009). PCR sensitivity and specificity were 72.1% and 91.2%, respectively. Positive and negative predictive values were 65.9% and 93.2%, respectively. The logistic regression of the multivariate analysis showed that parenteral nutrition (p<.0001); urinary underlying catheter (p=0.0177), chemotherapy (p=0.0246) and steroids (p=0.0283) were significant variables associated with the development of candidemia. The PCR technique followed by DNA sequencing was a helpful tool, in candidemia diagnosis / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / As infecÃÃes fÃngicas sistÃmicas causadas por leveduras do gÃnero Candida sÃo consideradas micoses oportunistas de alto risco em ambientes hospitalares. Essas infecÃÃes representam importante desafio terapÃutico, em razÃo do surgimento de espÃcies resistentes a antifÃngicos, associados a altos Ãndices de mortalidade. Por esta razÃo, este trabalho objetivou: Verificar a freqÃÃncia de fungemias no Hospital Geral Dr. CÃsar Cals (HGCC) e Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS); identificar os agentes etiolÃgicos implicados; determinar o perfil de sensibilidade aos antifÃngicos e avaliar o perfil genotÃpico das espÃcies isoladas de pacientes com quadros de recorrÃncia. Para isso foram recuperadas, de 4 627 hemoculturas, 55 hemoculturas positivas para leveduras do HGCC, e, de 5 316 hemoculturas, 87 positivas para leveduras do HIAS. Destas, 23 do HGCC e 43 pacientes do HIAS que possuÃam histÃrias clÃnicas com dados completos entraram neste estudo. O diagnÃstico micolÃgico foi realizado por meio das caracterÃsticas bioquÃmicas e morfolÃgicas dos agentes etiolÃgicos isolados. O teste de sensibilidade aos antifÃngicos - anfotericina B, fluconazol, itraconazol e cetoconazol - utilizou o mÃtodo de microdiluiÃÃo em caldo, descrito no documento M27-A2 do NCCLS. As tÃcnicas de genotipagem foram realizadas por eletroforese em campo pulsÃtil (PFGE) e amplificaÃÃo aleatÃria do DNA (RAPD). Entre o perÃodo do junho do 2000 a junho do 2002, no HGCC, foram analisadas 4 627 hemoculturas, sendo positivas 1051, das quais 55 (5,2%) foram positivas para leveduras do gÃnero Candida. Em contrapartida, no perÃodo de junho do 2001 a junho do 2002, no HIAS, foram analisadas 5316 hemoculturas, sendo positivas 1520 amostras, das quais 87 (5,72%) foram positivas para leveduras dos gÃneros Candida e Rhodotorula. A principal espÃcie envolvida, dentro do gÃnero Candida, foi a C. parapsilosis com 36% e 42% no HGCC e HIAS, respectivamente. Os principais fatores de risco foram: a antibioticoterapia prÃvia (n=19; 90%), cateter venoso central, nutriÃÃo parenteral, sondagem gÃstrica , ventilaÃÃo mecÃnica, cirurgia e prematuridade. Quanto à resistÃncia a drogas antifÃngicas, foi observado que anfotericina B apresentou um Ãndice de resistÃncia de 4%, fluconazol- 52%, itraconazol- 50% e cetoconazol- 86%. A tÃcnica do PFGE caracterizou um perfil cromossÃmico de 6 bandas para C. parapsilosis e 4 para C. tropicalis. Esta tÃcnica permitiu a diferenciaÃÃo de uma cepa com padrÃo de bandas alterado para o Ãltimo episÃdio do paciente 4. A tÃcnica de RAPD caracterizou um padrÃo de distribuiÃÃo de bandas predominante para C. parapsilosis e foi capaz de caracterizar 4 perfis genÃmicos, indicando re-infecÃÃo em 3 pacientes e 2 perfis genÃmicos foram encontrados para C. tropicalis . Este ensaio demonstra a emergÃncia das Candida nÃo-albicans, especialmente a C. parapsilosis, como principal responsÃvel pelos casos de candidemias em dois hospitais de indicaÃÃo terciÃria de Fortaleza, associado a uma alta resistÃncia in vitro aos antifÃngicos. A variabilidade genÃtica encontrada nas C. parapsilosis e C. tropicalis, mediante as tÃcnicas do PFGE e RAPD, revelaram quadros de re-infecÃÃo, os quais erguem a possibilidade de que estas sejam decorrentes de uma contaminaÃÃo entre pacientes ou indiretamente, por intermÃdio de trabalhadores da saÃde. / The systemic infections caused by yeasts of the genus Candida are considered opportunist mycoses of high risk in hospital environments. These infections represent important therapeutical challenge, by reason of arising of species resistent to some antifungals, associated with high rate of mortality. Therefore, this work sought: To verify the frequency of fungemias at Dr. CÃsar Cals Hospital and Albert Sabin Children Hospital; identify the etiological agents implicated; determine the sensitivety profile to antifulgal and evaluate the genotypical profile of the species isolated from patients with recurrency. For this, were recuperated from 4627 hemcultures, 55 yeast-positive hemocultures at HGCC and from 5316 hemocultures 87 yeast-positive hemocultures at HIAS. From them, 23 patients at HGCC and from 43 at HIAS that had clinical histories with complet data entered this study. The mycological diagnosis was performed through biochemical and morphological characteristics of the etiological isolated. The test of sensitivety to antifungal- amphotericin B, fluconazole, itraconazole and cetoconazole- utilized the microdilution method in broth, reported in the document M27-A2 of the NCCLS. The genotyping techniques were performed through PFGE (Pulsed Field Gel Electrophresis), RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA analysis). Within the period from june of 2000, to june of 2002 at HGCC, were analysed 4627 hemocultures, being positives 1051, of which 55 (5,2%) were positive for yeast of the genus Candida. On the other hand, in the period from june of 2001 to july of 2002 at HIAS, were analysed 5316 hemocultures, of which 87 (5,72%) were yeast-positive of the genus Candida and Rhodotorula.The main specie involved in the genus Candida, was C. parapsilosis with 36% and 42% of the cases at HGCC and HIAS respectively. The main risk factors associated with candidemia, were: the previous antibiotic therapy, central venous catheter, parenteral nutrition, gastric probe, mechanical ventilation, surgery and prematurity. About the resistance to antifungals drugs was observed that amphotericin B showed a resistance level of 4%, fluconazole-56%, itraconazole-52% and cetoconazole- 86%. The PFGE technique caracterized a cromossomic profile of 6 bands for C. parapsilosis and 4 for C. tropicalis. This technique permited the diferentiation of one cepa with changed pattern of bands for the last episode of the patient 4. The technique of RAPD chacacterized a distribution pattern of predominant bands for C. parapsilosis and was capable of characterize 4 genetical profiles, denoting reinfection in 3 patients and 2 genomic profiles were found for C. tropicalis. This assay shows the emergency of the non- albicans Candida, specially the C. parapsilosis, as main responsible for the cases of candidemia in the two hospitals of tertiary indication of Fortaleza, associated with a high resistance in vitro to antifungals. The genetical variability found in C. parapsilosis and C. tropicalis through the PFGE and RAPD techniques, revealed reinfection pictures, which rises the possibility that these be due to a contamination among patients or indirectly through the healthy workers.

A ocorrência de candidemias em pacientes internados em unidades de cuidados intensivos é um grave problema por estar relacionada a elevadas taxas de mortalidade. Sinais e sintomas de infecção hematogênica causada por Candida sp. são inespecíficos, dificultando o diagnóstico e representando um desafio para o desenvolvimento de métodos diagnósticos que identifiquem precocemente o agente em amostras clínicas. As metodologias tradicionais (hemocultura e identificação fenotípica) e sorológicas (detecção de beta-D-glucana, manana e anticorpos anti-manana) apresentam limitações de sensibilidade e especificidade, sendo os métodos moleculares uma alternativa para o diagnóstico dessas infecções. Neste trabalho foi desenvolvida uma técnica de nested PCR multiplex capaz de identificar sete espécies de Candida (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae e C. pelliculosa) diretamente em amostras sanguíneas de pacientes com elevado risco de desenvolver candidemias. Na primeira etapa de amplificação foram utilizados primers universais para fungos (ITS1 e ITS4); e na segunda, os primers espécie-específicos foram distribuídos em dois sistemas de amplificação, a saber: um com primers para C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis e C. lusitaniae; e outro com primers para C. parapsilosis, C. krusei e C. pelliculosa. A nested PCR multiplex foi capaz de detectar cerca de 4UFC/mL das espécies envolvidas no estudo, não apresentando reatividade cruzada quando avaliada com amostras de DNA de outros fungos e bactérias envolvidos em episódios de infecção hematogênica. Foram analisadas 55 amostras obtidas de pacientes pediátricos internados em unidades de cuidados intensivos do Instituto da Criança do HC-FMUSP e do Hospital de Base da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto - UNESP, com idades variando de seis dias a 16 anos, apresentando Síndrome da Resposta Inflamatória Sistêmica e/ou dois ou mais fatores de risco para infecção fúngica. Também foi avaliado no estudo um grupo controle, composto por 28 crianças sem risco de desenvolver fungemias, para verificação da ocorrência de possíveis reações inespecíficas pela técnica molecular. As hemoculturas foram positivas em oito pacientes (14,8%), tendo sido identificadas cinco C. albicans, uma C. tropicalis, uma C. parapsilosis e uma C. krusei. Por outro lado, a técnica de nested PCR multiplex detectou DNA de Candida em 13 pacientes (23,6%), tendo havido concordância na identificação das espécies em 100% dos casos. Entretanto, não foi observada discordância estatisticamente significativa (p=0,063) entre as duas metodologias. Dos cinco pacientes com hemoculturas negativas, a técnica molecular foi capaz de detectar dupla candidemia em três casos, identificando nessas amostras C. tropicalis e C. parapsilosis simultaneamente. Nos cinco casos em que apenas a técnica de PCR foi positiva, as amostras amplificadas foram sequenciadas, apresentando similaridades de 99 a 100%, quando comparadas às sequencias de cepas de Candida depositadas no GenBank. O tempo para execução da técnica e liberação de resultados foi de aproximadamente 24 horas. O custo relativo aos procedimentos realizados para execução da PCR foi calculado e comparado ao custo dos procedimentos executados nas hemoculturas, tendo sido mais baixo. Os resultados demonstram que a nested PCR multiplex é técnica alternativa para a detecção e identificação de espécies de Candida em pacientes com risco de desenvolver candidemias, apresentando limiar de detecção adequado e capacidade de identificar mais de uma espécie de Candida simultaneamente em amostras clínicas. A técnica é ainda capaz de permitir a liberação de resultados em menor tempo, além de apresentar menor custo, quando comparada à metodologia convencional de cultivo / The incidence of candidemia among intensive care unit patients is associated with high mortality rates. The non-specific nature of the signs and symptoms of this infection difficult the diagnosis. Development of methods that allow early identification of the agent in clinical samples still represents a challenge. Classical methodologies (blood cultures and phenotypic identification) and serological tests (beta-D-glucan and mannan detection; anti-mannan antibodies) to diagnose candidemia lack sensitivity and specificity. Molecular methods are an alternative approach to the diagnosis of candidemia. In this work we developed a nested PCR multiplex assay able to identify seven Candida species (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae and C. pelliculosa) directly in blood samples of patients at high risk of candidemia. In the first stage of amplification universal fungal primers (ITS1 and ITS4) were used and in the second stage, the species-specific primers were divided into two amplification systems, one with primers for C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis and C. lusitaniae, and another with primers for C. parapsilosis, C. krusei and C. pelliculosa. The multiplex nested PCR was able to detect approximately 4 CFU/mL of the seven Candida species, and showed no cross reactivity when evaluated with samples of DNA from other fungi and bacteria causing hematogenous infection episodes. We analyzed 55 samples obtained from patients admitted to pediatric intensive care units of the Instituto da Criança do HCFMUSP and Hospital de Base of Medical School from São José do Rio Preto - UNESP, with ages ranging from six days to 16 years, presenting the Systemic Inflammatory Response Syndrome and/or two or more risk factors of fungal infection. A control group of 28 children without risk of fungemia, to check for occurrence of nonspecific reactions in the molecular technique, was also evaluated. Blood cultures were positive in eight patients (14.8%), five were identified as C. albicans, and the remaining as C. tropicalis, C. parapsilosis and C. krusei. The nested multiplex PCR assay detected Candida DNA in 13 patients (23.6%), and there was concordance in species identification in 100% of the cases. In five patients with negative blood cultures, the molecular technique was capable of detecting dual candidemia in three patients\' samples, identifying C. tropicalis and C. parapsilosis simultaneously. However, there was no statistically significant disagreement (p = 0.063) between the two methods. In these five cases for whom only the PCR was positive, the amplified samples were sequenced, showing similarities from 99 to 100% when compared with sequences of Candida strains deposited in GenBank. Time for execution of the technique and release of results was about 24 hours. The cost of PCR assay was compared with the cost of the conventional blood culture tests and was lower. In conclusion, we demonstrated that the nested PCR multiplex developed in our laboratory is an alternative technique for the detection and identification of Candida species in patients at risk of candidemia, showing appropriate detection threshold and the ability to identify simultaneously more than one Candida species in clinical samples. The technique is also rapid, giving results in 24 h and exhibiting lower cost when compared with the conventional culture methodology

A ocorrência de candidemias em pacientes internados em unidades de cuidados intensivos é um grave problema por estar relacionada a elevadas taxas de mortalidade. Sinais e sintomas de infecção hematogênica causada por Candida sp. são inespecíficos, dificultando o diagnóstico e representando um desafio para o desenvolvimento de métodos diagnósticos que identifiquem precocemente o agente em amostras clínicas. As metodologias tradicionais (hemocultura e identificação fenotípica) e sorológicas (detecção de beta-D-glucana, manana e anticorpos anti-manana) apresentam limitações de sensibilidade e especificidade, sendo os métodos moleculares uma alternativa para o diagnóstico dessas infecções. Neste trabalho foi desenvolvida uma técnica de nested PCR multiplex capaz de identificar sete espécies de Candida (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae e C. pelliculosa) diretamente em amostras sanguíneas de pacientes com elevado risco de desenvolver candidemias. Na primeira etapa de amplificação foram utilizados primers universais para fungos (ITS1 e ITS4); e na segunda, os primers espécie-específicos foram distribuídos em dois sistemas de amplificação, a saber: um com primers para C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis e C. lusitaniae; e outro com primers para C. parapsilosis, C. krusei e C. pelliculosa. A nested PCR multiplex foi capaz de detectar cerca de 4UFC/mL das espécies envolvidas no estudo, não apresentando reatividade cruzada quando avaliada com amostras de DNA de outros fungos e bactérias envolvidos em episódios de infecção hematogênica. Foram analisadas 55 amostras obtidas de pacientes pediátricos internados em unidades de cuidados intensivos do Instituto da Criança do HC-FMUSP e do Hospital de Base da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto - UNESP, com idades variando de seis dias a 16 anos, apresentando Síndrome da Resposta Inflamatória Sistêmica e/ou dois ou mais fatores de risco para infecção fúngica. Também foi avaliado no estudo um grupo controle, composto por 28 crianças sem risco de desenvolver fungemias, para verificação da ocorrência de possíveis reações inespecíficas pela técnica molecular. As hemoculturas foram positivas em oito pacientes (14,8%), tendo sido identificadas cinco C. albicans, uma C. tropicalis, uma C. parapsilosis e uma C. krusei. Por outro lado, a técnica de nested PCR multiplex detectou DNA de Candida em 13 pacientes (23,6%), tendo havido concordância na identificação das espécies em 100% dos casos. Entretanto, não foi observada discordância estatisticamente significativa (p=0,063) entre as duas metodologias. Dos cinco pacientes com hemoculturas negativas, a técnica molecular foi capaz de detectar dupla candidemia em três casos, identificando nessas amostras C. tropicalis e C. parapsilosis simultaneamente. Nos cinco casos em que apenas a técnica de PCR foi positiva, as amostras amplificadas foram sequenciadas, apresentando similaridades de 99 a 100%, quando comparadas às sequencias de cepas de Candida depositadas no GenBank. O tempo para execução da técnica e liberação de resultados foi de aproximadamente 24 horas. O custo relativo aos procedimentos realizados para execução da PCR foi calculado e comparado ao custo dos procedimentos executados nas hemoculturas, tendo sido mais baixo. Os resultados demonstram que a nested PCR multiplex é técnica alternativa para a detecção e identificação de espécies de Candida em pacientes com risco de desenvolver candidemias, apresentando limiar de detecção adequado e capacidade de identificar mais de uma espécie de Candida simultaneamente em amostras clínicas. A técnica é ainda capaz de permitir a liberação de resultados em menor tempo, além de apresentar menor custo, quando comparada à metodologia convencional de cultivo / The incidence of candidemia among intensive care unit patients is associated with high mortality rates. The non-specific nature of the signs and symptoms of this infection difficult the diagnosis. Development of methods that allow early identification of the agent in clinical samples still represents a challenge. Classical methodologies (blood cultures and phenotypic identification) and serological tests (beta-D-glucan and mannan detection; anti-mannan antibodies) to diagnose candidemia lack sensitivity and specificity. Molecular methods are an alternative approach to the diagnosis of candidemia. In this work we developed a nested PCR multiplex assay able to identify seven Candida species (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae and C. pelliculosa) directly in blood samples of patients at high risk of candidemia. In the first stage of amplification universal fungal primers (ITS1 and ITS4) were used and in the second stage, the species-specific primers were divided into two amplification systems, one with primers for C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis and C. lusitaniae, and another with primers for C. parapsilosis, C. krusei and C. pelliculosa. The multiplex nested PCR was able to detect approximately 4 CFU/mL of the seven Candida species, and showed no cross reactivity when evaluated with samples of DNA from other fungi and bacteria causing hematogenous infection episodes. We analyzed 55 samples obtained from patients admitted to pediatric intensive care units of the Instituto da Criança do HCFMUSP and Hospital de Base of Medical School from São José do Rio Preto - UNESP, with ages ranging from six days to 16 years, presenting the Systemic Inflammatory Response Syndrome and/or two or more risk factors of fungal infection. A control group of 28 children without risk of fungemia, to check for occurrence of nonspecific reactions in the molecular technique, was also evaluated. Blood cultures were positive in eight patients (14.8%), five were identified as C. albicans, and the remaining as C. tropicalis, C. parapsilosis and C. krusei. The nested multiplex PCR assay detected Candida DNA in 13 patients (23.6%), and there was concordance in species identification in 100% of the cases. In five patients with negative blood cultures, the molecular technique was capable of detecting dual candidemia in three patients\' samples, identifying C. tropicalis and C. parapsilosis simultaneously. However, there was no statistically significant disagreement (p = 0.063) between the two methods. In these five cases for whom only the PCR was positive, the amplified samples were sequenced, showing similarities from 99 to 100% when compared with sequences of Candida strains deposited in GenBank. Time for execution of the technique and release of results was about 24 hours. The cost of PCR assay was compared with the cost of the conventional blood culture tests and was lower. In conclusion, we demonstrated that the nested PCR multiplex developed in our laboratory is an alternative technique for the detection and identification of Candida species in patients at risk of candidemia, showing appropriate detection threshold and the ability to identify simultaneously more than one Candida species in clinical samples. The technique is also rapid, giving results in 24 h and exhibiting lower cost when compared with the conventional culture methodology

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-02-06T16:41:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) MOACIR - COLACAO DE GRAU.pdf: 952400 bytes, checksum: cf1220b9ea48d66bbb08238d3948a002 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T16:41:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) MOACIR - COLACAO DE GRAU.pdf: 952400 bytes, checksum: cf1220b9ea48d66bbb08238d3948a002 (MD5) Previous issue date: 2011-08-02 / Espécies de Candida spp. são a principal causa de infecção fúngica nas unidades de cuidados intensivos neonatais. A mortalidade bruta para candidemia nestes pacientes varia entre 15 e 59%. O atual método padrão-ouro para o diagnóstico de candidemia neonatal é a hemocultura, porém, o método não é tão efetivo como necessário e os critérios clínicos associados à presença de fatores de risco são fundamentais para o início de antifúngicos. A detecção do DNA da Candida spp. pela MT-PCR pode proporcionar um diagnóstico rápido e confiável em pacientes de alto risco. Objetivo: Determinar a frequência de candidemia diagnosticada por hemocultura e MT-PCR em recém-nascidos internados em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal, bem como identificar as espécies e seu perfil de susceptibilidade aos antifúngicos e descrever os fatores de risco relacionados ao seu desenvolvimento. Método: Estudo observacional, prospectivo, analítico tipo coorte onde foram acompanhados todos os recémnascidos internados em UTI neonatal com mais de 48 horas de internamento, avaliando a presença de fatores de risco para candidemia, através de hemocultura e MT-PCR, no período de janeiro a dezembro de 2010. Candidemia foi definida como a presença de sinais e sintomas de infecção e isolamento de Candida spp. em hemocultura de acordo com os critérios da Infectious Diseases Society of America (IDSA) 2009. Foi utilizado o teste qui-quadrado para verificar possível diferença entre frequências das variáveis e o teste t-Student em amostras independentes para verificar possível diferença na média das variáveis. Foi adotado um nível de 5% de significância. Resultados: Foram acompanhados 205 recém-nascidos. Deste total, 37(18,0%) dos pacientes foram a óbito ao final do estudo. Sepse foi observada em 68(33,2%) dos recém-nascidos, e sepse documentada laboratorialmente ocorreu em 38(18,5%). Onze pacientes apresentaram candidemia (5,4%) e a MT-PCR foi positiva para Candida spp. em 24(11,7%). A incidência de candidemia no período de estudo foi de 2,55 por 1000 pacientes-dia. Após 28 dias do diagnóstico, dos onze pacientes que apresentaram candidemia comprovada, seis (54,5%) evoluíram para cura e cinco (45,5%) foram a óbito. A Candida parapsilosis foi a espécie mais isolada nas hemoculturas (63,6%). Em relação à MT-PCR, a Candida glabrata foi a mais prevalente (41,7%). Na avaliação do antifungigrama, todas as amostras de Candida spp. foram sensíveis a anfotericina B e 90,9% foram sensíveis ao fluconazol. Na análise dos fatores de risco, nos pacientes que evoluíram com candidemia e naqueles com MT-PCR positiva para Candida spp., observou-se maior frequência e maior tempo de uso dos procedimentos de risco quando comparados à população geral. Conclusões: Como os marcadores laboratoriais são inespecíficos para o diagnóstico, a associação dos dois métodos permitiu a identificação de um maior número de casos de candidemia. Os fatores de risco com maior impacto para candidemia foram hemotransfusão, uso e tempo de antimicrobiano, uso de CVC, uso e tempo de NPT, tempo de PICC, tempo de VMA, além de tempo de internamento na UTI. / Candida species are the leading cause of fungal infection in the neonatal intensive care units. The total mortality for candidemia in these patients ranges from 15 to 59%. The current gold standard for diagnosis of neonatal candidemia is the blood culture but the method is not as effective as needed and the clinical criteria associated with the presence of risk factors are essential for the initiation of antifungal agents. The detection of Candida DNA by MT-PCR can provide a fast and reliable diagnosis in patients at high risk. Objective: To determine the frequency of candidemia diagnosed by blood culture and MT-PCR in newborn infants admitted to Neonatal Intensive Care Unit, as well as to identify the species and its susceptibility profile to antifungals and describe the risk factors related to its development. Method: An observational, prospective, analytical study, which followed all newborns admitted to the neonatal intensive care unit with more than 48 hours of hospitalization, evaluating the presence of risk factors for candidemia by blood culture and MT-PCR, from January to December 2010. Candidemia was defined as the presence of signs and symptoms of infection and isolation of Candida spp. recovered from blood according to the criteria of the Infectious Diseases Society of America (IDSA) 2009. The chi-square test was performed to check possible differences between frequencies of the variables and the t-Student test was applied to independent samples to check possible differences in the average of the variables. It was adopted a 5% level of significance. Results: Two hundred five newborns were followed. Of this total, 37 (18.0%) patients died during the study. Sepsis was observed in 68 (33.2%) of newborns, and laboratory-documented sepsis occurred in 38 (18.5%). Eleven patients had candidemia (5.4%) and MT-PCR was positive for Candida in 24 (11.7%). The incidence of candidemia in the study period was 2.55 per 1000 patient-days. After 28 days of diagnosis, among the eleven patients with proven candidemia, six (54.5%) were successfully cured and five (45.5%) died. Candida parapsilosis was the species most isolated in blood cultures (63.6%). Regarding MT-PCR, Candida glabrata was the most prevalent (41.7%). In assessing the antifungigrama, all samples of Candida were susceptible to amphotericin B and 90.9% were susceptible to fluconazole. In the analysis of risk factors in patients who developed candidemia, and those with MT-PCR positive for Candida, it was observed more frequently and longer use of the procedures of risk when compared to the general population. Conclusions: As laboratory markers are not specific for the diagnosis, the association of the two methods allowed the identification of a greater number of cases of candidemia. Risk factors for candidemia with the greatest impact were blood transfusion, use and duration of antibiotic, use of CVC, use and duration of TPN, time of PICC, AVM time, and length of stay in ICU.

<p>Invasive Candida infection is an increasing cause of morbidity and mortality in the immunocompromised patient. Molecular diagnosis based on genomic amplification methods, such as real time PCR, has been reported as an alternative to conventional culture for early detection of invasive candidiasis. The template DNA extraction step has been the major limitation in most reported nucleic acid based assays, due to problems in breaking fungal cell walls and incomplete purification in PCR inhibitor substances.</p><p>The aim of this study was to compare enzymatic cell wall disruption using recombinant lyticase with mechanical disruption using glass beads. The QIAamp tissue kit was compared with two automated DNA extraction robots, the BioRobot M48 and NucliSens easyMAG, to determine their sensitivity, reliability and duration for DNA release of C. albicans. Mechanical cell wall disruption shortened and facilitated the extraction procedure, but the quantity of released DNA was significantly lower than when enzymatic cell wall disruption was used. Use of robots did not significantly shorten the DNA extraction time, compared with manual DNA extraction. However the NucliSens easyMAG resulted in a higher yield of target DNA compared to the BioRobot M48 and the manual QIAamp tissue kit.</p> / <p>Invasiva svampinfektioner är ett stort problem hos patienter med dåligt immunförsvar. Förekomst av invasiva svampinfektioner har ökat under senare år och medför hög dödlighet. En svampinfektion som inte snabbt diagnostiseras och behandlas kan bli livshotande om patientens kondition är dålig. Candida albicans är den vanligaste orsaken till invasiva svampinfektioner. Med traditionell svampidentifiering kan det ta dagar till veckor att isolera och artbestämma svampen. En snabbare metod att detektera Candida är att använda sig av molekylärbiologiska metoder som påvisar svampens arvsmassa, DNA. Svampar har en cellvägg som är svår att bryta ner och därför är DNA extraktionssteget ett av de mest rapporterade problemen vid DNA svampdiagnostik.</p><p>Syftet med denna studie var att jämföra enzymatisk och mekanisk cellväggsnedbrytning av C. albicans med hjälp av enzymet lyticase respektive glaskulor. Vi jämförde också en manuell metod med två automatiska robotar för att bestämma deras känslighet, tillförlitlighet och tidsåtgång för DNA-extraktion från C. albicans. De slutsatser som nåtts är att den enzymatiska cellväggsnedbrytningen var känsligare men betydligt mer tidskrävande än den mekaniska cellväggsnedbrytningen. Denna studie visade även att en av de automatiska systemen extraherade signifikant mer DNA än den manuella metoden.</p>