Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-14Bitstream added on 2014-06-13T20:04:32Z : No. of bitstreams: 1 matsumoto_mt_dr_arafcf.pdf: 7554122 bytes, checksum: 0910afc354605fb9e82889bf3660ea86 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Cryptococcus neoformans é patógeno importante, principalmente em pacientes imunocomprometidos. A principal porta de entrada deste patógeno é pela via respiratória, disseminando-se posteriormente e atingindo principalmente o sistema nervoso central, provocando a meningite criptocóccica. A primeira parte deste estudo teve como objetivos determinar, nos 106 isolados clínicos de C. neoformans obtidos de dois Estados (São Paulo e Rio de Janeiro), (1) as variedades e (2) os mating-types por PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analisar a diversidade genética por PCR-fingerprinting com a seqüência iniciadora específica para regiões microssatélite (GACA)4, (4) por RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) com o iniciador 6 e (5) por PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) do gene da fosfolipase B (PLB1) digerido com a enzima de restrição AvaI e (6) determinar a sensibilidade a quatro antifúngicos (fluconazol, itraconazol, 5-fluorocitosina e anfotericina B) seguindo o método de referência (documento M27-A2) do CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute). A segunda parte teve como objetivo, analisar transcritos diferencialmente expressos durante a infecção pulmonar de C. neoformans, pela técnica de RDA (Representational Difference Analysis). Entre os 106 isolados, 104 foram identificados como C. neoformans e apenas dois foram C. gattii (=C. neoformans var. gattii), todos MATa. O tipo molecular VNI (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) foi o mais prevalente entre os isolados (97/106), seguido do tipo VNII (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) (7/106) e VGII (C. gattii, sorotipos B ou C) (2/106) quando analisados por PCR-fingerprinting e PCR-RFLP. Homogeneidade alta foi obtida com o iniciador (GACA)4, com a maioria dos isolados apresentando correlação em torno de 0,9. Os resultados do RAPD, por sua vez, revelaram maior heterogeneidade com número maior de perfis moleculares. / Cryptococcus neoformans is an important pathogen, mainly in immunocompromised patients. The pathogen penetrates mainly by respiratory way, disseminate afterward and reach specially the central nervous system causing the cryptococcal meningitis. The first part of this study had the objective to determine, in the 106 clinical isolates of C. neoformans obtained from São Paulo and Rio de Janeiro State, (1) the varieties and (2) mating-types by PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analyze the genetic diversity by PCR-fingerprinting with specific primer to microsatellite regions (GACA)4, (4) by RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) with primer 6 and (5) by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) of the phospholipase B gene (PLB1) digested with restriction enzyme AvaI and (6) to determine the susceptibility to four antifungal (fluconazole, itraconazole, 5-flucytosine and amphotericin B) following the reference method (document M27-A2) from CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute). The second part had the goal to analyze differentially expressed transcription during pulmonary infection of C. neoformans, by RDA (Representational Difference Analysis) technique. Among 106 isolates, 104 were identified as C. neoformans and only two were C. gattii (=C. neoformans var. gattii), all MATa. The molecular type VNI (C. neoformans var. grubii, serotype A) was the most prevalent among the isolates (97/106), followed by VNII (C. neoformans var. grubii, serotype A) (7/106) and VGII (C. gattii, serotypes B ou C) (2/106) when analyzed by PCR-fingerprinting and PCR-RFLP. High homogeneity was obtained with the primer (GACA)4, with most of the isolates showing correlation around 0.9. By contrast, the RAPD analysis revealed more heterogeneous with more numbers of molecular profiles.

Submitted by Pós graduação Farmácia (ppgfar@ufba.br) on 2017-05-15T18:25:08Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2017-05-23T21:16:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T21:16:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Cryptococcus spp. é uma levedura encapsulada oportunista ubíqua que causa infecções graves, que vão desde a colonização pulmonar assintomática até a meningite. Esse gênero possui duas espécies mais comumente associadas à infecção em humanos, Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii, que diferem quanto à epidemiologia, virulência, manifestações clínicas e quanto à susceptibilidade a antifúngicos, este último considerado um patógeno emergente. A avaliação da sensibilidade antifúngica através da técnica de microdiluição em caldo é considerada padrão ouro, porém, apresenta alto custo, o que inviabiliza sua utilização na rotina laboratorial. A técnica de disco difusão pode se tornar uma alternativa a microdiluição em caldo visto sua simplicidade e baixo custo, tendo seu desempenho considerado adequado por diversos autores. Foram caracterizados fenotípica e genotípicamente 62 isolados de Cryptococcus spp. oriundos de casos de meningite na Bahia no período de 2006 a 2010, quanto a quimiotipagem, determinação de fatores de virulência, genotipagem e determinação de sensibilidade a antifúngicos. Também, o desempenho da técnica de disco difusão para determinação de susceptibilidade de Cryptococcus spp. foi avaliado. No total, 79% das leveduras pertenciam a espécie C. neoformans e 21% a espécie C. gattii. A avaliação genotípica mostrou 100% dos isolados de C. gattii pertencentes ao genótipo VGII e 98% dos C. neoformans ao VNI. A determinação do perfil de susceptibilidade mostrou isolados resistentes a fluconazol (4,8%), 5-flucitosina (1,6%) e anfotericina B (3,2%); a estratificação dos resultados de sensibilidade por espécie apontou diferenças significativas frente à azóis. Todos os isolados apresentaram pigmento melaniníco e cresceram a 37°C, porém, um isolado da espécie C. gattii foi urease negativo. Em 63% dos isolados foi encontrada alta atividade fosfolipásica, no entanto, em nenhum foi detectada a atividade proteolítica. A técnica de disco difusão mostrou um desempenho satisfatório com base nos resultados encontrados pelas análises de correlação e concordância entre critérios de interpretação, exceto para 5-flucitosina. Este é o primeiro trabalho a descrever os perfis de susceptibilidade antifúngica e molecular de isolados clínicos de Cryptococcus spp. na Bahia, Brasil. O elevado percentual de isolados de C. gattii pertencente ao genótipo VGII, bem como sua menor susceptibilidade aos antifúngicos torna importante o conhecimento da espécie envolvida na infecção criptocócica no nosso estado. A avaliação preliminar aqui apresentada tanto na avaliação do desempenho da disco difusão, como na distribuição e perfil de susceptibilidade das espécies de Cryptococcus spp. ressalva a importância de uma constante vigilância acerca das tendências da doença no nosso estado, bem como na utilização de testes alternativos confiáveis na determinação da sensibilidade dessas leveduras.

Submitted by Pós graduação Farmácia (ppgfar@ufba.br) on 2017-05-25T19:31:51Z No. of bitstreams: 1 HUMBERTO.FREITAS2.pdf: 7925171 bytes, checksum: a90703d131530b19fcb2e6433ff99c07 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2017-05-29T17:25:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 HUMBERTO.FREITAS2.pdf: 7925171 bytes, checksum: a90703d131530b19fcb2e6433ff99c07 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-29T17:25:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HUMBERTO.FREITAS2.pdf: 7925171 bytes, checksum: a90703d131530b19fcb2e6433ff99c07 (MD5) / FAPESB / Apesar dos avanços no desenvolvimento de fármacos antifúngicos, observa-se um crescimento de cepas resistentes aos fármacos de escolha (derivados azólicos). Diante disso, torna-se imprescindível racionalizar as propriedades físico-químicas e estruturais que governam a atividade antifúngica de derivados azólicos, bem como investigar os mecanismos moleculares responsáveis pela resistência. Visando elucidar algumas dessas questões os objetivos desse trabalho são: 1) Determinar a atividade biológica de 33 derivados azólicos, frente á Cryptococcus gattii, a fim de utilizá-la como variável dependente na construção de modelos classificatórios (KNN e SIMCA) e quantitativos (HQSAR e QSAR 2D); 2) Investigar, do ponto de vista estrutural, mutações pontuais no gene ERG11 que conferem resistência a derivados azólicos. Os modelos classificatórios (KNN e SIMCA) mostram consistência interna razoável ao acertar a classificação de 60% dos compostos ativos e 75% dos compostos inativos do grupo teste. Adicionalmente, o modelo SIMCA sugere que a transferência de carga entre átomos distantes de 10 ligações (JGI10) é importante para diferenciar moléculas ativas das inativas contra C. gattii. Os modelos quantitativos baseados em fragmentos moleculares (hologramas QSAR) apresentam bom ajuste (r2=0,85), porém baixo poder preditivo (r2 pred=0,38), enquanto o melhor modelo de QSAR 2D baseado em descritores topológicos apresenta resultados estatísticos elevados (r2=0,95 e q2=0,86) com 3 PCs, além de bom poder preditivo (r2 pred=0,72). Este modelo indica ainda que o aumento da potência é influenciado pela menor distribuição de carga de uma molécula na distância de dois átomos (GGI1) e pela menor diferença de eletronegatividade dos átomos na distância topológica 1 e 2 (GATS1e e MATS2e). Os modelos comparativos de lanosterol 14α-desmetilase de C. gattii, nativa e com mutações pontuais (G484S, H488Y e K156R), mostram que alterações no posicionamento do grupo heme e redução do número de interações entre a enzima e o grupo prostético, desestabilizam a interação entre o ferro do grupo heme e o nitrogênio do anel imidazólico ou triazólico, e modificações na flexibilidade conformacional do alvo terapêutico, reduzindo assim o acesso do antifúngico ao sítio ativo da enzima, são os principais mecanismos pelos quais as mutações reduzem a afinidade dos derivados azólicos pelo alvo terapêutico. / Despite advances in the development of antifungal drugs, there is an upsurge of resistant strains against the drugs of choice (azole derivatives). Hence, it becomes essential to comprehend the physicochemical and structural properties that rule the antifungal activity of azole’s derivatives, as well as to investigate the molecular mechanisms responsible for fungal resistance. Aiming at elucidating some of these questions the objectives of this study are: 1) To determine the biological activity of 33 azole derivatives against Cryptococcus gattii, in order to use it as a dependent variable in the development of classification (KNN and SIMCA) and quantitative (HQSAR and 2D QSAR) models; 2) To investigate, from a structural stand-point of view, mutations in the ERG11 gene which render C. gattii resistant to azole’s derivatives. Classification models (KNN and SIMCA) show reasonable internal consistency, correctly classifying 60% of the active compounds and 75% of inactive compounds from the test group. Additionally, the SIMCA model suggests that the charge transfer between atoms 10 bonds apart (JGI10) is important to differentiate azole derivatives that are either active or inactive against C. gattii. The quantitative models based on molecular fragments (hologram QSAR) shows good fit (r2 = 0.85), but low predictive power (r2 pred = 0.38), whereas the best 2D QSAR model, built from topological descriptors, shows outstanding statistical results (r2 = 0.95 and q2 = 0.86) with 3 PCs, along with good predictive power (r2 pred = 0.72). This model also indicates that potency boost is influenced by reduced charge distribution between two atoms (GGI1) and by the lower electronegativity difference at the topological distance 1 and 2 (GATS1e and MATS2e). Comparative models of native and mutated (G484S, H488Y and K156R) lanosterol 14α- demethylases of C. gattii show that changes in the positioning of the heme group and reduced binding of the enzyme towards the prosthetic group, disrupt the interaction profile between the heme iron and the nitrogen of imidazole or triazole ring, as well as changes in the therapeutic target conformational flexibility, which reduces the access of the antifungal agente to the enzyme active site, are the main mechanisms by which affinity of azole derivatives is reduced.

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:39:16Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-07-28T19:26:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Desde a década de 1990, a comunidade científica tem relatado um número crescente de proteínas e trechos que não apresentam uma conformação tridimensional estável e única, mas que são biologicamente ativas, o que contrasta o paradigma estrutura-função de uma proteína. Essas proteínas podem ser denominadas como Proteínas Intrinsecamente Desordenadas (IDPs), já os trechos como Regiões Intrinsecamente Desordenadas (IDRs). As IDPs e IDRs apresentam características de composição de aminoácidos que as identificam. Além disso, como foi relatado para o protozoário Plasmodium falciparum, as IDPs e IDRs podem favorecer a relação parasito-hospedeiro. Causada por espécies do fungo Cryptococcus spp., a criptococose é uma doença que afeta principalmente pacientes com imunidade comprometida e é a principal causa de mortalidade entre os pacientes portadores do vírus HIV. Dentro deste contexto, avaliamos computacionalmente o papel biológico das IDPs e IDRs em 12 proteomas preditos de Cryptococcus spp. Para tanto, avaliamos as diferentes ferramentas computacionais disponíveis para a predição ab initio dessa interessante classe de proteínas. Parte do processo analítico envolveu a reanotação desses 12 genomas, tendo este trabalho contribuído para a anotação estrutural e funcional de oito genomas (57.680 novos genes anotados) para os quais não havia informação em banco de dados de domínio público Dentre os 11 preditores avaliados em nossas análises, cinco foram selecionados com base em seu emprego em larga escala (DisEMBL, empregando as abordagens REM465 e HOTLOOPS, GlobPlot, IUPred e ANCHOR). A análise comparativa entre os grupos virulentos e não virulentos não revelou diferença estatisticamente significativa. Além disso, considerando as sequências consenso das predições, encontramos um conteúdo de aproximadamente 60-70% de proteínas em cada proteoma analisado, com pelo menos uma IDR de no mínimo 40 resíduos de aminoácidos consecutivos. Já os resultados referentes à análise de agrupamento revelaram que das 18.900 proteínas presentes no core genome dos 12 organismos, 11.409 apresentam pelo menos uma IDR. Outro ponto observado foi que muitas IDPs ou IDRs estão participando de diversos processos biológicos, estão relacionadas aos fatores de virulência do fungo e/ou atuando como enzimas em vias metabólicas distintas. Neste estudo hipotetizamos e descrevemos o papel funcional vital dessas proteínas em vários processos biológicos nos genomas de Cryptococcus spp / Since the 1990s, the scientific community has reported an increasing number of proteins and protein regions that don´t have a stable and unique three-dimensional conformation, but which are biologically active, which contrasts the structure-function paradigm of a protein. These proteins are called Intrinsically Disordered Proteins (IDPs) and the regions, Intrinsically Disordered Regions (IDRs). IDPs and IDRs have compositional biases that characterize them. Moreover, as has been reported for the parasite Plasmodium falciparum, IDPs and IDRs can favor the host-parasite relationship. Caused by species of the fungus Cryptococcus spp., Cryptococcosis is a disease that primarily affects patients with compromised immunity and is the leading cause of mortality among patients with HIV. Within this context, we evaluated computationally the biological role of IDPs and IDRs on 12 predicted Cryptococcus spp. proteomes. Therefore, we evaluated the various computer tools available for ab initio prediction of this interesting class of proteins. Part of the analytical process involved annotation of these 12 genomes, and this work contributed to the structural and functional annotation of eight genomes (57,680 new genes annotated) for which there was no information on the public domain databases Among the 11 predictors evaluated in our analysis, five were selected based on their large-scale use (DisEMBL, employing REM465 and HOTLOOPS approaches, GlobPlot, IUPred and ANCHOR). The comparative analysis between virulent and non-virulent groups showed no statistically significant difference. Furthermore, considering the consensus sequences of the predictions, we found a content of approximately 60-70% of proteins on each proteome with at least one IDR with at least 40 consecutive amino acid residues. Regarding the results of the cluster analysis, we observed that, from the 18,900 proteins present in the core genome of the analyzed organisms, 11,409 have at least one IDR. Another point observed was that IDPs or IDRs are participating in many biological processes, are related to virulence factors of the fungus and/or acting as enzymes in different metabolic pathways. In this study we hypothesize and describe the vital functional role of these proteins in various biological processes in the genomes of Cryptococcus spp

Submitted by Gilvan Almeida (gilvan.almeida@icict.fiocruz.br) on 2016-10-11T17:37:07Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 72050.pdf: 1377504 bytes, checksum: c811f75d6bc8efbe526c9b64af50a960 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-10-24T15:01:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 72050.pdf: 1377504 bytes, checksum: c811f75d6bc8efbe526c9b64af50a960 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-24T15:01:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 72050.pdf: 1377504 bytes, checksum: c811f75d6bc8efbe526c9b64af50a960 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2000 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No período de abril de 1990 a maio de 1999 foi realizado estudo prospectivo de colonização cutâneo-mucosa e/ou infecção por Cryptococcus neoformans em 100 indivíduos infectados pelo HIV, com e sem SIDA. Os espécimes clínicos examinados foram respectivamente: raspados de interdígito dos pés e das mãos, da superfície dorsal da língua, swab de fossa nasal, urina e escarro. Todos os espécimes foram semeados em placas contendo meio niger. As colônias fenoloxidase positivas foram subcultivadas e identificadas. O estudo foi subdividido em três etapas. Na primeira fase, de abril de 1990 a dezembro de 1992, dos 100 indivíduos investigados, obtivemos isolamento de C. neoformans de seis, sendo uma colonização transitória, dois casos compatíveis com colonização ou infecção brônquica inicial e outros três com doença disseminada. Na segunda fase, correspondente à interrupção do protocolo de janeiro de 1993 a dezembro de 1995, foi realizada a revisão dos 100 prontuários desta casuística, sendo apurados cinco casos de criptococose disseminada e 60 óbitos por variadas causas, dos quais seis relacionados com criptococose disseminada. Na terceira fase, 28 indivíduos remanescentes da casuística original foram resubmetidos ao protocolo inicial de investigação, sendo encontrado um caso de colonização brônquica por C. neoformans var. gattii sorotipo B em mulher grávida, a qual três anos após este achado, apresentou criptococose disseminada por C. neoformans var. neoformans / Mucocutaneous colonization and/or infection by Cryptococcus neoformans was prospectively studied from April 1990 to May 1999 in 100 individuals infected by HIV, with and without AIDS. Clinical specimens included in the study were: interdigital scrapings of hands and feet, scraping of the dorsal surface of the tongue, nasal swab, urine and sputum. All specimens were plated onto niger seed agar. Phenoloxidase-positive colonies were subcultivated and identified. The study was performed in three steps. In the first step, from April 1990 until December 1992, C. neoformans was isolated from 6 out of the 100 individuals studied: one had transient colonization, two were compatible with colonization or initial bronchial infection and three had disseminated cryptococcosis. In the second step, corresponding to the period of interruption of the protocol from January 1993 to December 1995, review of the case history of the patients showed that 5 had disseminated cryptococcosis and at least 60 died from various causes, 6 of whom related to disseminated cryptococcosis. In the third step, 28 remaining individuals from the original casuistic were re-evaluated according to the protocol of the first step, disclosing one case of bronchial colonization by C. neoformans var. gattii serotype B in a pregnant woman who three years later presented disseminated cryptococcosis by C. neoformans var. neoformans

Fungos patogênicos, como Cryptococcus neoformans e Candida albicans, são uma das mais frequentes causas de infecções oportunistas em todo o mundo, sendo capazes de sobreviver, proliferar e escapar de macrófagos, células de primeira linha da resposta imune de hospedeiros mamíferos. Macrófagos geralmente expõem o patógeno intracelular a um ambiente tóxico, caracterizado por pH ácido, presença de espécies reativas, como também de peptídeos antimicrobianos. Neste contexto, há uma competição entre o patógeno intracelular e o hospedeiro mamífero por nutrientes essenciais, como por exemplo, metais de transição. Cobre é um metal de transição essencial para a vida aeróbica, porém pode ser tóxico em altas concentrações e, devido a isto, diversos organismos desenvolveram mecanismos regulatórios para controlar suas concentrações. O objetivo deste trabalho foi avaliar a modulação da homeostase de cobre durante a interação entre macrófagos e células de C. neoformans ou C. albicans. Neste trabalho, foi possível demonstrar que a presença de cobre contribui para uma menor atividade fungicida de macrófagos infectados. Também, o pré-carregamento das células fúngicas com cobre alterou a sensibilidade de ambas leveduras patogênicas à atividade anti-fúngica. Além disso, foi demonstrado que a expressão de transportadores de cobre (CTR1 e ATP7A) e proteínas ligadoras de cobre (ceruloplasmina e metalotioneína 1) de macrófagos foram moduladas em resposta à infecção por estes fungos patogênicos. Entretanto, essa regulação pode envolver mecanismos mais complexos, como estratégias do patógeno para subverter a ação antimicrobiana de macrófagos. / Pathogenic yeasts, such as Cryptococcus neoformans and Candida albicans, are one of the most frequent causes of the opportunistic infections worldwide, being able to survive, proliferate and escape from macrophages, the first line cells engaged in the immune defense of the mammalian host. Macrophages generally expose the intracellular pathogen to a toxic environment, which is characterized by acid pH, presence of reactive species, as well the presence of antimicrobial peptides. In this context, there is a competition between intracellular pathogen and mammalian host for essential nutrients, such as transition metals. Copper is an essential transition metal for aerobic life, but can be toxic at high concentrations and, therefore, many organisms have evolved highly regulated mechanisms for controlling its concentration. In this work, we aim is evaluate a modulation of copper homeostasis during interaction between macrophages and C. neoformans or C. albicans cells. This work demonstrated that the presence of copper resulted in a lower fungicidal activity of infected macrophages. Also, the pre-loading of fungal cells with copper can alter the sensitivity of both pathogenic yeasts to an antifungal activity. In addition, we showed that the expression of macrophage copper transporters (CTR1 and ATP7A) and copper-binding proteins (ceruloplasmin and metallothionein 1) are modulated in response infection by pathogenic fungi. However, this regulation may involve more complex mechanisms, such as strategies of pathogen to subvert the antimicrobial action of macrophages.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biotecnologia / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:08:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 223774.pdf: 1385999 bytes, checksum: 40e28c5a941c3142d2646b4d37cb75b6 (MD5) / A criptococose é uma infecção fúngica de distribuição mundial causada pela levedura encapsulada Cryptococcus neoformans. Esta doença é de grande importância em pacientes imunocomprometidos, podendo também acometer indivíduos imunocompetentes. A infecção pelo C. neoformans resulta da inalação basidiósporos, conídios ou blastoconídios pouco capsulados (4 a 5µm) presentes no ambiente, podendo inicialmente causar infecção sintomática ou assintomática na área subpleural dos pulmões, ser erradicada ou ainda permanecer dentro de um granuloma em estado latente. Este patógeno pode ser classificado em três variedades: C. neoformans var grubii (sorotipo A), com distribuição mundial, C. neoformans var neoformans (sorotipo D) freqüentemente encontrado na Europa e América do Sul e C. neoformans var gattii (sorotipos B e C) regiões tropicais e subtropicais e o híbrido sorotipo AD. No Brasil, as três variedades são os agentes etiológicos da criptococose em humanos. O objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade genética de amostras de C. neoformans isoladas de pacientes HIV positivos atendidos no Hospital Nereu Ramos de Florianópolis, Santa Catarina. Os 35 isolados clínicos analisados foram caracterizados como C. neoformans var grubii, sorotipo A, através da metodologia de PCR-RFLP do fragmento de 597 pb do gene CAP59. A PCR-fingerprinting com o iniciador M13 agrupou 34 isolados clínicos no padrão molecular VNI e uma amostra apresentou perfil distinto. A caracterização das 35 amostras através da técnica de RAPD utilizando 4 iniciadores aleatórios 3303, 3304, 3306 e 3307 mostrou baixa variabilidade genética das amostras. O sequenciamento do fragmento de 597 pb do gene CAP59 de duas amostras representativas juntamente com o padrão sorotipo A LMM794, mostrou uma homologia de 96% na seqüência nucleotídica e de aminoácidos predita com as seqüências de sorotipo A e AD depositadas no GenBank. Nossos resultados adicionam novas informações sobre a Biologia Molecular do C. neoformans no Estado de Santa Catarina. Cryptococcus neoformans is an encapsulated yeast-like fungus of worldwide distribution and the etiologic agent of cryptococcosis. This disease is a common opportunistic infection among patients with immunosupression and in apparently immunocompetent individuals. The infection is acquired by the inhalation of infectious propagules present in the environment. Therefore, the primary settlement of the pathogens is in the lungs, a site from which dissemination may occur. This fungus is classified in three varieties C. neoformans var. grubii (serotype A) of worldwide distribution, C. neoformans var. neoformans (serotype D) isolated rather frequently in Europe and South America, C. neoformans var. gattii (serotypes B and C) isolated in tropical and subtropical regions and a hybrid serotype AD. In Brazil, these three distinct neoformans varieties are the main casual agents of human cryptococcosis. The main goal of this dissertation is to study the genetic variability of C. neoformans samples isolated from patients attended at the Hospital Nereu Ramos Hospital, Florianópolis, Santa Catarina state, Brazil. Thirty-five clinical isolates were characterized, based on morphological and molecular data. All 35 clinical isolates were identified as C. neoformans var. grubii, representing serotype A, by PCR-RFLP analysis of CAP59 gene 597pb restriction fragment. A PCR-fingerprinting with the microsatellite-specific primer M13 grouped 34 isolates into the molecular type VNI and one showed distinct profile. The genetic variability among C. neoformans isolates were studied using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. The four arbitrary polymerase chain reaction primers used in this study detected low genetic variability among the samples. The CAP59 nucleotide and predicted amino acid sequences analysis of two representative samples and serotype pattern A LMM794 of C. neoformans showed more than 96% similarity among serotype A and AD deposited in GenBank database. Our results add considerable new information to the available data on molecular biology of C. neoformans in the Santa Catarina State, Brazil.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-graduação em Medicina Tropical, 2017. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo restrito: Capítulos 5,6,7 e 8. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-07-24T17:06:17Z No. of bitstreams: 1 2017_TatianeSilvadosSantos_PARCIAL.pdf: 449028 bytes, checksum: 8c8cb73576e3120a9c5059ea29c736a2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-20T13:42:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_TatianeSilvadosSantos_PARCIAL.pdf: 449028 bytes, checksum: 8c8cb73576e3120a9c5059ea29c736a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T13:42:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_TatianeSilvadosSantos_PARCIAL.pdf: 449028 bytes, checksum: 8c8cb73576e3120a9c5059ea29c736a2 (MD5) Previous issue date: 2017-09-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / O fungo Cryptococcus neoformans é um agente causador da micose sistêmica criptococose, que tem levado a óbito cerca de 181 mil pessoas por ano ao redor do mundo. A doença atinge principalmente pessoas imunodeprimidas e adquiriu maior importância clínica a partir da década de 1980, com o aparecimento da AIDS. Como em outras doenças fúngicas, o diagnóstico e o tratamento dessa doença ainda não são ideais, reforçando a necessidade de estudar-se melhor a relação parasito-hospedeiro na busca por melhores estratégias para reverter esses problemas. Nos últimos anos tem se mostrado que pequenos metabólitos podem ter um importante papel na interação parasita-hospedeiro. Demonstrou-se previamente, que moléculas de baixo peso molecular (menor que 1 KDa) presentes no meio condicionado (CM) de culturas estacionários de C. neoformans da linhagem H99, afetavam o crescimento planctônico e em biofilmes desse fungo, bem como a produção de melanina e a secreção de polissacarídeos capsulares por esse fungo. Em continuidade a esses estudos, no presente trabalho analisou-se a influência dessas mesmas moléculas secretadas pelo fungo na sua interação com macrófagos murinos primários. Fungos e macrófagos foram co-incubados por períodos de 2h ou 24h em uma razão de infecção de 2:1 na presença ou não do CM e foram analisados os possíveis efeitos na fagocitose dos fungos, na sobrevivência fúngica pós-interação e na produção de citocinas por esses macrófagos (TNF-α, IL-12, IL-1β, IL-6 e MCP-1, e IL-10). Observou-se uma potencial atividade antifagocítica de metabólitos presentes no CM, uma vez que na presença do CM houve um menor percentual de fagocitose dos fungos. Além disso, o CM produziu um aumento significativo no número de unidades formadoras de colônia do fungo após a interação com os macrófagos por 24h, sugerindo, portanto, a possibilidade de existir nessas amostras, moléculas capazes de estimular o crescimento extra e/ou intracelular do fungo. Interessantemente, após 24 h de fagocitose, observa-se um número bem menor de fungos intracelulares nos macrófagos contendo fungo, do que nas amostras controle sem CM. A produção de citocinas só foi avaliada no período de 2h de interação e não foram observadas diferenças significativas na produção de TNF-α, IL-1β, IL-6, apenas uma diminuição da produção de MCP-1 na presença de CM indicando um potencial papel anti-inflamatório de moléculas presentes nessa amostra. Em resumo, foi possível constatar que os pequenos metabólitos presentes no CM podem afetar a viabilidade e/ou crescimento fúngico na sua interação com macrófagos, possivelmente inibindo a sua internalização por fagócitos e inibindo a produção de citocinas pró-inflamatórias. Dessa maneira, um maior conhecimento das moléculas presentes no CM bem com o melhor detalhamento de suas atividades podem ajudar no melhor entendimento das interações fungo-hospedeiro na criptococcose. / The fungus Cryptococcus neoformans is a causative agent of the systemic mycosis cryptococcosis, a disease leading to about 181 thousand deaths per year worldwide. The disease affects mainly immunocompromised individuals and gained greater clinical importance from the 1980s, with the onset of AIDS. As in other fungal diseases, the diagnosis and treatment of this pathology is still far from ideal, reinforcing the need to better study the host-parasite interaction in the seek for best strategies to revert these problems. In the recent years, small metabolites were shown to play important roles in host-parasite interactions. It was previously demonstrated that low molecular weight molecules (lower than 1 KDa), present in conditioned medium (CM) from stationary cultures of C. neoformans strain H99, affected the planktonic and biofilm growth of this fungus, as well the production of melanin and secretion of capsular polysaccharides by this fungus. To further study the role of those molecules, in the present work we analyzed the influence of these secreted molecules, during fungal interaction with primary murine macrophages. Fungal cells and macrophages were co-incubated for periods of 2h or 24h in an infection ratio of 2:1, in the presence or absence of CM. Then we analyzed the possible effects of these molecules on fungal phagocytosis by macrophages, fungal survival, and macrophage cytokine production (TNF-α, IL-12, IL-1β, IL-6, MCP-1, and IL-10). We observed a potential anti-phagocytic activity of metabolites present in CM, which samples showed a lower percentage of fungal internalization. In addition, the CM produced a significant increase in the number of colony forming units of the fungus, obtained after 24h interaction with macrophages. This suggests that molecules capable to stimulate the extra and/or intracellular growth of the fungus might exist in these samples. Interestingly, after 24h phagocytosis, a significantly lower number of intracellular fungi were observed in fungus-containing macrophages when compared to control samples without CM. The production of cytokines was evaluated only within a period of 2h interaction and no significant differences were observed in the production of TNF-α, IL-1β, IL-6. Only a decrease in the production of MCP-1 in the presence of CM was detected, suggesting a potential anti-inflammatory role of the molecules present in this sample. In summary, it was possible to confirm that small metabolites present in CM might affect fungal viability and/or growth while interacting with macrophages, possibly inhibiting their internalization by these phagocytes and the production of pro-inflammatory cytokines. Thus, a better characterization of the molecules present in CM and of their activities could improve the understanding of fungus-host interactions in cryptococcosis.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-22T18:40:41Z No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-28T17:10:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T17:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) Previous issue date: 2018-08-22 / Fundação Universidade de Brasília (FUB); Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF) e Secretaria de Educação do Distrito Federal (SEDF). / Cryptococcus neoformans é um basidiomiceto caracterizado pela presença de cápsula polissacarídica. Esse fungo é o agente patogênico da criptococose, uma doença oportunista que leva a mais de 180.000 mortes anuais. Até o presente, não foram identificadas, nesse patógeno, proteínas de reparo ao dano de DNA O6-alcilguanina (O6-alcilG), gerado pela alcilação da posição O6 de guaninas. O6-alcilG leva a erro de pareamento de bases nitrogenadas, causando mutação. Análises de bioinformática (FungiDB, UniProt, BLAST e Clustal Omega) da sequência de DNA CNAG_02105 de C. neoformans sugeriram que essa sequência poderia codificar Atl1 (Alkyltransferase-like protein), proteína de reparo a O6-alcilG. Uma vez que o hospedeiro humano não possui Atl1, uma Atl1 de C. neoformans poderia representar um alvo para fármacos de ação seletiva sobre esse fungo. Neste trabalho, buscou-se obter uma linhagem de C. neoformans mutante para o gene putativo ATL1 (CNAG_02105), com o objetivo de caracterizar seus principais atributos de virulência e fenótipos. As linhagens atl1Δ não apresentaram diferenças na termotolerância, expansão da cápsula polissacarídica, melanização da parede celular, produção de urease, desenvolvimento do ciclo sexual e virulência em Galleria mellonella quando comparadas às linhagens controle. Não foram detectadas alterações de fenótipo de crescimento de atl1Δ em condições de estresse osmótico, estresse de parede celular e estresse oxidativo. Também não foi identificada sensibilidade aumentada do mutante ao agente genotóxico hidroxiureia, à exposição à radiação UV, a fluconazol e a diferentes pHs. Por outro lado, as linhagens atl1Δ apresentaram hipersensibilidade ao agente alcilante EMS (etil metanossulfonato), mas não a MMS (metil metanossulfonato) ou ENU (etil nitrosoureia). O EMS gera O6-etilguanina, dano de DNA que é reparado pela proteína Atl1. Coletivamente, a bioinformática e as análises experimentais sugerem que CNAG_02105 codifica uma putativa Atl1 em C. neoformans. / Cryptococcus neoformans is a basidiomycete characterized by the presence of a polysaccharide capsule. This fungus is the pathogenic agent of cryptococcosis, an opportunistic disease that leads to more than 180,000 annual deaths. To date, no repair proteins to the DNA damage of O6-alkylguanine (O6-alkylG), generated by alkylation of the position O6 of guanines. O6-alkylG leads to mismatch of nitrogenous bases, causing mutation. Bioinformatics analyzes (FungiDB, UniProt, BLAST and Clustal Omega) of the C. neoformans DNA sequence CNAG_02105 suggested that this sequence could encode Atl1 (Alkyltransferase-like protein), an O6-alkylG repair protein. Since the human host does not have Atl1, an Atl1 of C. neoformans could represent a target for selective action drugs on this fungus. In this work, we aimed to obtain a C. neoformans mutant srain for the putative ATL1 gene (CNAG_02105), in order to characterize its main virulence attributes and phenotype. The strains atl1Δ did not present differences in thermotolerance, polysaccharide capsule expansion, cell wall melanization, urease production, sexual cycle development and virulence in Galleria mellonella when compared to control strains. No changes in atl1Δ growth phenotype were detected under conditions of osmotic stress, cell wall stress and oxidative stress. No increased sensitivity of the mutant to the genotoxic hydroxyurea agent, exposure to UV radiation, fluconazole and different pHs was also identified. On the other hand, the atl1Δ strains showed hypersensitivity to EMS (ethyl methanesulfonate), but not to MMS (methyl methanesulphonate) or ENU (ethyl nitrosourea). EMS generates O6-ethylguanine, DNA damage that is repaired by the Atl1 protein. Collectively, bioinformatics and experimental analyzes suggest that CNAG_02105 encodes a putative Atl1 in C. neoformans.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-18Bitstream added on 2014-06-13T19:55:47Z : No. of bitstreams: 1 leite_fs_me_arafcf_prot.pdf: 3559143 bytes, checksum: 740bd3686104fc290587dc0a0352e995 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A criptococose tem emergido como importante infecção oportunista em pacientes imunossuprimidos e imunocompetentes causando principalmente a neurocriptococose. Cryptococcus neoformans, um dos agentes, é uma levedura capsulada comumente encontrada em infecções do sistema nervoso central em pacientes HIV positivos. No mercado há fármacos para o tratamento dessas infecções, porém problemas são verificados quanto ao espectro de ação, custos e efeitos adversos. As plantas são usadas na medicina por longa data constituindo-se de uma ótima alternativa para busca de substâncias que podem ser utilizadas na formulação de novos antifúngicos. Neste estudo foram avaliados vários extratos, frações e substâncias puras do projeto BIOTA frente à cepa ATCC de C. neoformans, bem como em isolados clínicos com perfil de sensível e resistente frente ao fluconazol. Também foi feita a padronização e aplicação da metodologia do “tabuleiro de xadrez” para verificação de atividade sinérgica, aditiva, indiferente e antagônica entre as frações de plantas de interesse, bem como a molécula pedalitina associada com outras substâncias de origem vegetal e com as drogas sintéticas fluconazol e anfotericina B. Os que apresentaram melhores concentrações inibitórias mínimas... / Cryptococcosis is a disease that has emerged as an important opportunistic infection in immunocompromised and immunocompetent patients mainly causing cryptococcal meningitis. Cryptococcus neoformans, one of the agents, is encapsulated yeast most commonly found in central nervous system infections in HIV patients. There are drugs on the marketplace for the treatment of these infections, but problems are related to spectrum of action, costs and adverse effects. Plants are used in medicine for a long time and they are a great alternative to look for substances that can be used to develop new antifungal agents. In this study we evaluated several extracts, fractions and pure substances from BIOTA project against the ATCC strain of C. neoformans, as well as clinical isolates with sensible and resistant profile to fluconazole. The standardization and application of the methodology of the chessboard technique was developed to verify synergistic, additive, indifferent and antagonistic activities among the fractions of the selected plants, and the molecule pedalitin associated with other natural compounds and the synthetic drugs fluconazole and amphotericin B. The substances that presented the best minimum inhibitory concentrations were selected to verify the fungi protein profile before and after contact with the plant substance and adhesion profile to cells (pneumocytes) A549. Among the plants studied, Pterogyne nitens, specie that belongs to the family Fabaceae, which has the active substance called pedalitin, presented a significant antifungal activity against the isolates of C. neoformans including resistant. Suspensions of C. neoformans with and without treatment with fluconazole and in contact with pedalitin were analyzed by SDS-PAGE and two-dimensional electrophoresis. These treatments revealed changes in the expression... (Complete abstract click electronic access below)