Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Associação Fundo de Incentivo à Psicofarmacologia (AFIP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A defiCiência de alfa-1 antitripsina e uma desordem genetica que resulta no aparecimento precoce de enfisema pulmonar e doenca hepatica. A Organizacao Mundial de Saúde e American Thoracic Society /European Respiratory Society preconizam que os pacientes com doenca pulmonar obstrutiva cronica realizem o rastreamento para defiCiência de alfa-1 antitripsina. No entanto, existe a necessidade de exames mais acessiveis para possibilitar a realizacao dessa orientacao em paises com extensa dimensao territorial, como o Brasil. A tecnica em papel filtro e um procedimento simples, que tem sido amplamente utilizado para o rastreamento genetico e diagnostico de diversas doencas. Objetivo: Validacao do metodo de dosagem de alfa-1 antitripsina por imunonefelometria em amostras de papel filtro em pacientes com doenca pulmonar obstrutiva cronica no Brasil. Metodos: Foi analisada a dosagem da alfa-1 antitripsina plasmatica e em papel filtro de 192 pacientes com doenca pulmonar obstrutiva cronica. Para a analise o papel filtro (WhatmanTM, GE, 903, lot W101, USA) foi picotado em discos com diametro de 6 mm e, posteriormente, diluidos em 200 μL de soro fisiologico permanecendo a 4ºC durante 12 horas. Tanto as amostras de papel filtro quanto de plasma foram analisadas no equipamento da Siemens BNII pelo metodo de imunonefelometria. Resultados: O coeficiente de correlacao entre a concentracao de alfa-1 antitripsina serica e no papel filtro foi de r= 0,45. Atraves da tecnica de reamostragem obootstrapo foi determinado um ponto de corte de 2,02 mg/dl, com um intervalo de confianca de 1,45 u 2,64 mg/dL (97%), para o papel filtro. Com o ponto de corte de 2,02 no papel filtro foi observado sensibilidade de 100%, especificidade de 95,7% e valor preditivo positivo de 27,2% e negativo de 100%. Conclusao: O metodo em papel filtro se mostrou uma ferramenta confiavel para o rastreamento de pacientes com defiCiência de alfa-1 antitripsina. Entretanto, recomenda-se que os individuos que apresentarem valores da alfa-1 antitripsina no papel filtro abaixo do valor maximo do intervalo de confianca (2,64 mg/dL) sejam investigados por meio de testes mais especificos, garantindo maior confiabilidade ao metodo / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-10-07T16:55:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 66913.pdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-05T15:56:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 leonardo_quintella_ipec_dout_2010.pdf: 1999651 bytes, checksum: d5134bebbcaaadc74b1e395bf121db85 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A leishmaniose cutânea (LC) se caracteriza por lesões granulomatosas, comumente ulceradas, e a esporotricose é importante diagnóstico diferencial. O presente trabalho objetivou determinar alterações histopatológicas úteis para essa diferenciação e relatar um caso de LC em que houve hiperplasia pseudoepiteliomatosa exuberante que foi confundida com carcinoma de células escamosas. Foi realizado um estudo das alterações histopatológicas de 119 lesões cutâneas ativas de esporotricose em lâminas coradas pela hematoxilina e eosina e, posteriormente, uma comparação entre as alterações em 171 lesões ativas de LC e 97 de esporotricose em que não se encontrou o microorganismo ao exame histopatológico. Todos os casos foram diagnosticados pelo isolamento do agente em cultura A esporotricose se caracterizou histopatologicamente por uma dermatite difusa granulomatosa supurativa com necrose. A LC apresentou granulomas dos tipos \201Cclareira de Montenegro\201D e \201Ctuberculóide\201D e degeneração da matriz extracelular de forma significativamente mais freqüente do que a esporotricose. A esporotricose apresentou granulomas dos tipos \201Csupurativo\201D e \201Cestrelado\201D, células gigantes de diferentes tipos, granulomas associados a tecido de granulação e abscessos não associado aos granulomas de forma significativamente mais freqüente do que a LC. Uma análise múltipla dessas alterações por regressão logística demonstrou que elas podem distinguir as duas doenças corretamente em cerca de 90% dos casos. Assim, o exame histopatológico pode fornecer informações importantes na condução do diagnóstico diferencial entre a LC e a esporotricose. A hiperplasia pseudoepiteliomatosa na LC pode simular um carcinoma de células escamosas / Cutaneous leishmaniasis (CL) is characte rized by granulomatous lesions, often ulcerated, and sporotrichosis is an important differential diagnosis. This study aimed to determine histopathological changes that coul d assist in this differentiation and to report a case of CL which presented ex uberant pseudoepitheliomatous hyperplasia thas was mistaken for squamous cell carc inoma. A study of histopathological changes of 119 active cutaneous lesions of sporotrichosis in hematoxylin-eosin stained slides was conduct ed, and then a comparison between the changes in 171 CL and 97 sporotrichosis active lesions in which the microorgani sm was not found on histopathological examination. All cases were diagnosed by is olation of the agent in culture. Sporotrichosis was histopathologically characteri zed by a diffuse suppurative granulomatous dermatitis with necrosis. CL showed granuloma of "Montenegro clearing" and "tuberculoid" types and degeneration of extracellular matrix significantly more frequent than sporotrichosis. Sporotrichosis presented granulomas of "suppurative" and "stellate" types, giant cells of different types, granulomas associated with granulati on tissue, and abscesses not associated with granulomas significantly more frequent than CL. A multip le analysis of these changes by logistic regression demonstrated that they can correctly distinguish the two diseases in about 90% of cases. Thus, the histopathologic al examination can provide important information in guiding the differential diagnosis between CL and sporotrichosis. Pseudoepitheliomatous hyperplasia in CL can mimic squamous cell carcinoma

Made available in DSpace on 2016-03-04T13:59:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 joselio_araujo_ioc_dout_2009.pdf: 11696830 bytes, checksum: 45f6a57d0a27af32727404bbd7154585 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dengue é uma importante arbovrirose (arthropod-bone virus) e contitui um grave problema de saúde pública não só no Brasil, mas também nos países de clima tropical. A Aedes aegypti é o principal vetor dos vírus dengue (DENV) e está presente na maioria dos países entre as latitudes 35ºN e 35ºS. Neste trabalho, apresentamos quatro estudos. No primeiro estudo, analisamos os níveis de RNA viral do DENV-3 e sua correlação com o tipo de infecção (primária ou secundária) em casos fatais e não fatais por dengue, ocorridos no estado do Rio de Janeiro, 2002. O grupo de casos fatais apresentou uma média de título viral significativamente mais elevada do que o grupo de casos não fatais. Considerando que infecções primárias foram confirmadas entre os casos fatais (52,1%), a teoria da infecção seqüencial por si só não explica todos os casos graves da doença. Estes resultados sugerem que altos níveis de DENV-3 podem ter contribuído para a forma grave do dengue no Rio de Janeiro, 2002.No segundo estudo, diferentes métodos de diagnóstico foram aplicados para investigar a presença dos DENV em amostras de tecidos humanos obtidos a partir de casos fatais (n = 29), ocorridos durante e grande epidemia em 2002 no estado do Rio de Janeiro, Brasil. A combinação de quatro métodos permitiu a confirmação da infecção por DENV-3 em 26 (89,6%) dos 29 casos suspeitos. . O isolamento viral foi obtido em 2,7% (2/74) das amostras, a partir da inoculação em cultura de células C6/36. A técnica de nested RT-PCR permitiu a identificação do DENV-3 em 30,5% (22/72) das analisadas. O método de RT-PCR em tempo real possuiu maior sensibilidade, detectando o RNA viral em 58,4% (45/77) dos espécimes clínicos, incluindo fígado (n=18), pulmão (n=8), cérebro (n=6), rim (n=3), medula óssea (n=1) e coração (n=1). A técnica de imunohistoquímica detectou o antígeno viral em 44% (26/59) das amostras analisadas A precisão e eficácia do RT-PCR em tempo real fez desta técnica uma ferramenta importante no diagnóstico rápido das infecções por dengue. No terceira estudo, revisamos a filogeografia dos três principais genótipos do DENV-3 e estimamos sua taxa de evolução, como base na análise do gene do envelope (E) de 200 isolados, provenientes de 31 países ao redor do mundo, durante um período de 50 anos (1956 \2013 2006). Nossa análise filogenética revelou uma subdivisão geográfica da população dos DENV-3, com grupamentos específicos em vários países. Os padrões migratórios dos principais genótipos dos DENV-3 mostraram que genótipo I circula principalmente na porção marítima do Sudeste Asiático do Sul do Pacífico, o genótipo II permaneceu dentro das zonas continentais do Sudeste Asiático, enquanto o genótipo III foi disseminado na Ásia, Leste da África e Américas. Não foi observada co-circulação de diferentes genótipos em uma única localidade, sugerindo que alguns fatores, além da distância geográfica podem limitar a contínua dispersão e re-introdução de novas variantes de DENV-3. As estimativas das taxas evolutivas não revelaram diferenças significativas entre os principais genótipos do DENV-3. A média da taxa de evolução em regiões que sofreram epidemias de dengue desde a década de 70 (por exemplo, Indonésia e Tailândia) foi semelhante ao observado em regiões que presenciam estas epidemias desde a década de 90 (por exemplo, Américas). Neste estudo, estimamos o ano de origem das atuais linhagens do DENV-3 em torno de 1890, e o surgimento da atual diversidade dos seus principais genótipos entre meados de 1960-1970, coincidindo com o crescimento da população humana, urbanização, movimento humano e descrição dos primeiros casos de febre hemorrágica por DENV-3 na Ásia No quarto estudo, examinamos a atual classificação filogenética dos DENV-3 circulantes no Globo, com destaque para o novo genótipo (GV) descrito no Brasil. A circulação de um novo genótipo de DENV-3 foi recentemente descrito no Brasil e na Colômbia, porém, sua classificação exata tem sido controversa. Análises de distância nucleotídica do gene E apóia a subdivisão do DENV-3 em cinco linhagens distintas, denominadas genótipos (GI-GV), e confirma a classificação deste novo genótipo na América do Sul como pertencente ao GV. Distâncias genéticas extremamente baixas entre isolados brasileiros pertencentes ao GV e a amostra protótipo Philippines/L11423 isolada em 1956 levantam questões impor tantes sobre a origem deste genótipos na América do Sul / Dengue is an important arbovirus (arthropod-borne virus) and constitutes a serious problem of public health not only in Brazil but also in the major tropical countries. Aedes aegypti is the main vector of dengue virus (DENV) and is present in most countries between latitudes 35ºN and 35ºS. In this manuscript, we present four distinct studies. In study 1, we examined levels of dengue virus type 3 RNA in association with the type of infection (primary or secondary) in patients with fatal and nonfatal outcomes in Rio de Janeiro State, 2002. Subjects with fatal outcomes had mean virus titers significantly higher than those who survived. Because primary infections were confirmed among the fatal cases (52.1%), antibody-dependent enhancement alone did not explain all the cases of severe disease in this study population. These findings suggest that high levels of DENV-3 may have contributed to the severe form of dengue in Rio de Janeiro, 2002. In the second study, we investigate by different diagnostic methods dengue virus in human tissue specimens obtained from fatal cases (n=29) during a large-scale dengue fever epidemic in 2002 in the State of Rio de Janeiro, Brazil. The combination of four procedures provided diagnostic confirmation of DENV-3 infection in 26 (89.6%) out of the 29 suspected fatal cases. Dengue virus (DENV) was isolated from 2/74 (2.7%) tissue samples, inoculated into C6/36 cells and identified as DENV-3, nested RT-PCR accusing 22/72 (30.5%) samples as DENV-3. Real-time RT-PCR yielded the highest positivity rate, detecting viral RNA in 45/77 (58.4%) clinical specimens, including the liver (n=18), lung (n=8), spleen (n=8), brain (n=6), kidney (n=3), bone marrow (n=1) and heart (n=1). Immunohistochemical tests recognized the DENV antigen in 26/59 (44%) specimens. Given the accuracy and effectiveness of real-time RTPCR in this investigation, this approach may play an important role for rapid diagnosis of dengue infections. In the third study, we revisited the phylogeography of the three of major DENV-3 genotypes and estimated its rate of evolution, based on the analysis of the envelope (E) gene of 200 strains isolated from 31 different countries around the world over a time period of 50 years (1956 to 2006). Our phylogenetic analysis revealed a geographical subdivision of DENV-3 population in several country-specific clades. Migration patterns of the main DENV-3 genotypes showed that genotype I was mainly circumspect to the maritime portion of Southeast-Asia and South Pacific, genotype II stayed within continental areas in South-East Asia, while genotype III spread across Asia, East Africa and into the Americas. No evidence for rampant co-circulation of distinct genotypes in a single locality was found, suggesting that some factors, other than geographic proximity, may limit the continual dispersion and reintroduction of new DENV-3 variants. Estimates of the evolutionary rate revealed no significant differences among major DENV-3 genotypes. The mean evolutionary rate of DENV-3 in areas with long-term endemic transmissions (i.e., Indonesia and Thailand) was similar to that observed in the Americas, which have been experiencing a more recent dengue spread. We estimated the origin of DENV-3 virus around 1890, and the emergence of current diversity of main DENV-3 genotypes between the middle 1960s and the middle 1970s, coinciding with human population growth, urbanization, and massive human movement, and with the description of the first cases of DENV-3 hemorrhagic fever in Asia. In the fourth study, we re-examined the current phylogenetic classification of DENV-3 strains, with emphasis on the new genotype (GV) described in Brazil. Circulation of a new DENV-3 genotype was recently described in Brazil and Colombia, but the precise classification has been controversial. Phylogenetic and nucleotide distance analyses of the envelope (E) gene support the subdivision of DENV-3 strains into five distinct genotypes (GI to GV), confirming the classification of this new genotype in South America as GV. The extremely low genetic distances of Brazilian GV strains to the prototype Philippines/L11423 strain isolated in the 1956 GV sample raise important questions regarding the origin of this genotype in South America.

As Mucopolissacaridoses (MPSs) são Erros Inatos do Metabolismo e pertencem ao grupo de Doenças Lisossômicas de Depósito. São causadas pela deficiência na atividade de enzimas responsáveis pela degradação dos glicosaminoglicanos (GAGs). As MPSs são graves e com um amplo espectro de anormalidades esqueléticas, comprometimento do sistema nervoso, disfunções orgânicas e acúmulo de lipídios complexos nos tecidos. Atualmente, a triagem para estas doenças é realizada pela quantificação de GAGs em amostra de urina e pela medida da atividade enzimática total em sangue colhido em papel filtro (SPF). O diagnóstico confirmatório é baseado na atividade específica das enzimas em leucócitos e plasma. O uso da urina impregnada em papel filtro (UPF) para triagem de MPSs juntamente com amostras de SPF fazem parte do objetivo geral deste trabalho, aprimorando as técnicas de análise das MPS I e VI. Primeiramente, adaptamos a técnica de eletroforese de GAGs urinários para um gel de agarose comercial, melhorando a separação do perfil eletroforético, quantificando as bandas de GAGs e reduzindo o tempo total da técnica. Demonstramos a forte correlação dos resultados de dosagens de GAGs urinários entre amostras de urina e de UPF. As amostras de UPF foram estáveis nas temperaturas de -20, 4 e 25 °C até um mês e à 37 °C até 3 semanas. Além disso, estas amostras ainda obtiveram bom desempenho ao serem submetidas à técnica de eletroforese, demostrando bandas visíveis no perfil eletroforético. Usando SPF, estabelecemos os parâmetros bioquímicos de pH ótimo, constante de Michaelis-Menten e velocidade máxima, das enzimas α-L-iduronidase (IDUA) e arilsulfatase B (ASB), nestas amostras. Determinamos nossos valores de referência para triagem de MPS I e VI em SPF, através de técnica fluorimétrica. A atividade da IDUA em SPF foi estável até 21 dias e a da ASB até 45 dias à 4ºC. As amostras de UPF são, portanto, uma alternativa segura e prática para realização das análises bioquímicas de GAGs urinários, através da dosagem total e separação de GAGs por eletroforese, assim como, as amostras de SPF para medida da atividade enzimática. Através de nossos resultados, concluímos que as amostras biológicas de urina e sangue colhidas em papel filtro apresentam grande potencial para uso em triagens de MPS I e VI e acompanhamento de pacientes em tratamento. O uso do papel filtro tem diversas vantagens, tais como: fácil transporte e armazenamento, menor volume de reação e segurança de manipulação das amostras, e, através da metodologia proposta neste trabalho, resultados bioquímicos seguros. / Mucopolysaccharidoses (MPS) are Inborn Errors of Metabolism and belong to the group of Lysosomal Storage Diseases. They are caused by deficiency in the activity of enzymes responsible for the degradation of glycosaminoglycans (GAGs). The MPS are serious and with a broad spectrum of skeletal abnormalities, involvement of the nervous system, organ dysfunction and accumulation of lipids in complex tissues. Currently, screening for these diseases is performed by quantification of GAGs in the urine sample and the measurement of total enzyme activity in blood collected on filter paper (DBS). Confirmatory diagnosis is based on the specific enzyme activity in leukocytes and plasma. The use of urine impregnated on filter paper (UFP) and DBS samples for screening of MPS are part of the overall goal of this work, improving the techniques for detection of MPS I and VI. First, we adapted the technique of electrophoresis of urinary GAGs for commercial agarose gel, improving the separation of the electrophoretic profile, quantifying bands GAGs and reducing the total time of the technique. We demonstrated the strong correlation of measurements of urinary GAGs between urine and UFP. UFP samples were stable at temperatures of -20, 4 and 25 °C until 1 month and at 37 °C until 3 weeks. Moreover, these samples still had good performance when undergoing electrophoresis, showing visible bands in the electrophoretic profile. Using DBS samples, we established biochemical parameters of pH optimum, Michaelis-Menten constant and Vmax of the α-L-iduronidase enzyme (IDUA) and arylsulfatase B (ASB). We determine our reference values for screening of MPS I and VI in DBS, using fluorimetric technique. IDUA activity in DBS was stable up to 21 days and the ASB within 45 days at 4 °C. UFP samples are therefore a safe and practical alternative for achieving the biochemical analysis of urinary GAGs by total dosage and separation by electrophoresis of GAG as well as samples of DBS for the measurement of enzyme activity. Through our results, we conclude that the biological samples of urine and blood collected on filter paper have great potential for use in screening for MPS I and VI and monitoring of patients undergoing treatment. The use of filter paper has several advantages, such as easy transportation and storage, lower reaction volume and safety of sample manipulation, and, using the methodology proposed in this work, secure biochemical results.

Submitted by Simone Antunes Terra (simoneaterra@gmail.com) on 2016-03-03T14:12:56Z No. of bitstreams: 1 Dissertação para Mestrado pós defesa.pdf: 1735647 bytes, checksum: fb9582adc999dfc3e76bf360a3409af1 (MD5) / Approved for entry into archive by Sandra Manzano de Almeida (smanzano@marilia.unesp.br) on 2016-03-04T14:18:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 terra_sa_me_bot.pdf: 1735647 bytes, checksum: fb9582adc999dfc3e76bf360a3409af1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-04T14:18:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 terra_sa_me_bot.pdf: 1735647 bytes, checksum: fb9582adc999dfc3e76bf360a3409af1 (MD5) Previous issue date: 2016-03-01 / Introdução: A Displasia Neuronal Intestinal, tipo B (DNI-B) é uma doença neuromuscular gastrointestinal caracterizada por alterações complexas do sistema nervoso entérico. Seu diagnóstico depende da análise histopatológica de biópsias do reto, com mudanças dos critérios diagnósticos ao longo dos anos, o que dificulta a prática diagnóstica. O Consenso de Frankfurt, 1990, estabeleceu critérios histológicos qualitativos para diagnóstico de DNI-B, como hiperganglionose e hiperplasia do plexo nervoso submucoso. Meier-Ruge et al. 2004, 2006, definiu o diagnóstico de maneira quantitativa: mais de 20% de gânglios nervosos gigantes na submucosa, com mais de 8 neurônios cada, em 25 gânglios examinados, e em crianças maiores de 1 ano. Objetivos: Analisar as características morfológicas do sistema nervoso entérico em pacientes com DNI-B segundo os critérios do Consenso de Frankfurt de 1990, e testar a aplicabilidade dos critérios numéricos propostos por Meier-Ruge et al 2004. Pacientes e Métodos: Foram analisadas retrospectivamente peças cirúrgicas de cólon distal de 29 pacientes, com idade de 0 a 16 anos, com diagnóstico de DNI-B, em cortes histológicos processados para histologia convencional pela hematoxilina e eosina (H&E) e para imuno-histoquímica da calretinina. Resultados: Apenas 1 paciente contemplou estes critérios numéricos. Houve imunopositividade para calretinina nos neurônios, porém a contagem de neurônios foi menor em relação ao H&E (p=0,002). Não houve diferenças significativas entre os grupos etários de crianças menores e maiores de 1 ano em relação à hiperganglionose (p=0,789), número de neurônios (p=0,359), gânglios com sinais de imaturidade (p=0,664) e neurônios hipogênicos (p>0,999). Conclusões: Os critérios numéricos recomendados em cortes de 15µm, corados por painel histoquímico específico, apresentam aplicabilidade limitada quando transpostos à análise histopatológica convencional. Houve concordância pobre nos critérios analisados entre a H&E e a calretinina. Em relação à idade, nosso estudo mostrou que crianças maiores de 1 ano podem apresentar os mesmos aspectos histológicos de imaturidade neuronal que crianças menores de 1 ano, questionando a necessidade de um critério de idade para o diagnóstico da DNI-B. / Introduction: Intestinal Neuronal Dysplasia type B (INDB) is a gastrointestinal neuromuscular disease characterized by complex changes in the enteric nervous system. The diagnosis depends on the histopathological analysis of rectal biopsies and the diagnostic criteria have changed over the years, making it difficult to diagnostic practice. The Frankfurt Consensus, 1990, established qualitative criteria for the histological diagnosis of INDB, such as gigant ganglia and hyperplasia of submucosal nerves. Meier-Ruge et al. 2004, 2006, defined quantitative criteria: over 20% of giant ganglia, with more than 8 nerve cells each, on 25 ganglia examined, and in children older than one year. Objectives: Analyze the morphological characteristics of the enteric nervous system in patients with INDB according to the Frankfurt Consensus Criteria 1990 and test the applicability of the numerical criteria proposed by Meier-Ruge et al. 2004. Patients and Methods: Surgical specimens of distal colon from 29 patients, aged 0-16 years old, diagnosed with INDB, in histological sections processed for conventional histology by hematoxylin and eosin (H&E) and for immunohistochemistry of calretinin, were retrospectively analyzed. Results: Only one patient met these numerical criteria. There was immunostaining for calretinin in neurons but the neurons count was lower in relation to H&E (p=0.002). There were no significant differences between the age groups of children younger and older than 1 year old in relation to hyperganglionosis (p=0.789), number of neurons (p=0.359), ganglion with immaturity (p=0.664) and hypogenic neurons (p>0.999). Conclusions: The numerical criteria recommended for 15μm cut, stained with specific histochemical panel, have limited applicability when transferred to conventional histopathology. There was poor agreement on the criteria analyzed between H&E and calretinin. Regarding the age, our study showed that children older one year old may present the same histological features of neuronal immaturity as children younger one year old, challenging the need for an age criterion for the diagnosis of INDB.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4475.pdf: 1244079 bytes, checksum: 3217620ac6ab16457a5ab67a737b433c (MD5) Previous issue date: 2012-05-18 / Financiadora de Estudos e Projetos / In this thesis, a class of correlated binomial regression models is proposed. The model is based on the generalized binomial distribution proposed by Luceño (1995) and Luceño & Ceballos (1995). The regression structure is modeled by using four different link functions and the dependence between the Bernoulli trials is modeled by using three different correlation structures. A data augmentation scheme is used in order to overcome the complexity of the mixture likelihood. Frequentist and Bayesian approaches are used in the model fitting process. A diagnostics analysis is provided in order to check the underlying model assumptions and to identify the presence of outliers and/or influential observations. Simulation studies are presented to illustrate the performance of the developed methodology. A real data set is analyzed by using the proposed models. Also the correlated binomial regression models is extended to include measurement error in a predictor. This new class of models is called additive normal structure correlated binomial regression models. The inference process also includes a data augmentation scheme to overcome the complexity of the mixture likelihood. / Nesta tese é proposta uma classe de modelos de regressão binomial correlacionada baseados na distribuição binomial generalizada, proposta por Luceño (1995) e Luceño & Ceballos (1995). A estrutura de regressão é modelada usando diferentes funções de ligação e a relação de dependência entre os ensaios de Bernoulli é modelada usando diferentes estruturas de correlação. Uma estratégia de dados aumentados é utilizada para contornar a complexidade da função de verossimilhança. As abordagens clássica e Bayesiana são utilizadas no processo de ajuste dos modelos propostos. Análise de diagnóstico é desenvolvida com o objetivo de verificar as suposições iniciais do modelo e identificar a presença de outliers e/ou observações influentes. Estudos de simulação e aplicação em dados reais ilustram as metodologias. Propomos também uma nova classe de modelos de regressão binomial correlacionada, denominados modelos de regressão binomial correlacionada aditivo estrutural normal, que envolvem a presença de uma covariável com erro de medida. No processo de estimação para esta nova classe, dados aumentados e aproximação de integral são utilizadas para contornar a complexidade da função de verossimilhança.

A Leishmaniose é uma doença parasitária emergente em algumas regiões do Brasil causada por protozoário do gênero Leishmania. No ano de 2002 foi notificado o primeiro caso humano autóctone de Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) no município de Porto Alegre/RS, Bairro Lomba do Pinheiro. No meio urbano, o cão tem papel importante, servindo como fonte de infecção e reservatório do protozoário. Este estudo teve como objetivo avaliar o emprego de ELISA e PCR no diagnóstico da LTA em cães domiciliados na Estrada do Rincão, Bairro Lomba do Pinheiro, Porto Alegre. JESUS (2006) coletou e submeteu 200 amostras de soro de cães oriundos desta área de risco à Imunofluorescência Indireta (IFI) encontrando uma soroprevalência de 3,5% (7/200). Em nosso estudo, empregaram-se o ensaio imunoenzimático para diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina, kit Biomanguinhos/FIOCRUZ, com 61 (30,5%) dos 200 soros caninos sororeagentes e nestes foi realizada a reação em cadeia da polimerase (PCR) na qual apenas a amostra 12C de uma fêmea, sem raça definida, com quatro anos de idade, replicou o DNA de Leishmania spp. Utilizando o Teste Exato de Fisher para a análise estatística quanto à idade, sexo e raça, observou-se que houve associação significativa com a positividade em ELISA e a idade dos cães (p=0,0037), enquanto que quanto ao sexo (p=0,0687) e raça (p=0,1261) não encontramos associação significativa na positividade em ELISA. O Teste de McNemar`s foi aplicado aos resultados obtidos pelas técnicas de ELISA e IFI evidenciando uma diferença muito significativa entre as duas técnicas (p<0,0001). A identificação de cães soropositivos, sem sintomatologia, em área de baixa endemicidade no município de Porto Alegre, com casos humanos autóctones, serve como alerta e ponto de partida para mais investigações sobre a epidemiologia da LTA no RS e também sobre o emprego de outras técnicas de diagnóstico mais sensíveis. / Leishmaniasis is an emerging parasitic disease in some areas of Brazil caused by a protozoa of the genus Leishmania. In the year of 2002 it was notify the first autochthon human case of American Tegumentary Leishmaniasis (ATL) in the city of Porto Alegre /RS, Bairro Lomba do Pinheiro. In the urban way, the dog has important paper, serving as source of infection and reservoir of the protozoa. This study it had as objective to evaluate the job of ELISA and PCR in the diagnosis of the ATL in dogs domiciliated in the Road of the Rincão, Bairro Lomba do Pinheiro, Porto Alegre. JESUS (2006) collected and submitted 200 samples of serum of deriving dogs of this area of risk to Indirect immunofluorescent reaction (IFI) finding a soroprevalence of 3,5% (7/200). In our study, they had used for diagnosis Canine Visceral Leishmaniasis, kit Biomanguinhos/FIOCRUZ, with 61 (30.5%) positives samples of the 200 canine serum and in these the reaction in chain of polimerase in which only the sample 12C of a female, without defined race, with four years of age, presented the response of the DNA of the Leishmania genus in the PCR. Using the Accurate Test of Fisher for the analysis statistics how much to the age, sex and race, it was observed that it had significant association it enters the positividade in ELISA and the age of the dogs (p=0,0037), whereas how much to the sex (p=0,0687) and race (p=0,1261) we do not find significant association with the positividade in ELISA. The Test of McNemar `s was applied to the results gotten for the techniques of ELISA and IFI having evidenced a significant difference very between the two techniques (p< 0,0001). The identification of soropositives dogs, without symptons, in area of low endemicity in the city of Porto Alegre, with autochthon human case, also serves as alert and starting point for more inquiries on the epidemiology of the ATL in the RS and on the job of others techniques of more sensible diagnosis.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La brucelosis canina es una enfermedad zoonótica causada por Brucella canis, la cual produce signos reproductivos como abortos en hembras e infertilidad en machos, siendo transmitida al hombre a través de contacto con perras que hayan parido o abortado recientemente o por exposición a la bacteria en laboratorios. La enfermedad actualmente presenta tres puntos críticos y que afectan directamente su control y prevención: i) no existen vacunas comerciales, ii) no hay tratamientos antimicrobianos exitosos y iii) existen problemas en el diagnóstico por cultivo tradicional debido a su lento crecimiento e intermitencia en la bacteremia, y problemas en la sensibilidad y especificidad de las técnicas serológicas en el diagnóstico indirecto. La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) surge entonces como una opción de diagnóstico por ser altamente sensible y específica, otorgando además una pesquisa rápida. En el presente estudio se estableció la sensibilidad analítica de un protocolo de PCR convencional con partidores diseñados en el país en cultivo puro, muestras de sangre y orina para el diagnóstico de B. canis. La sensibilidad analítica en cultivo puro fue de 22,24 fg/μL de DNA y en muestras de sangre y orina experimentalmente contaminadas de 4,4x100 UFC/mL. La elevada sensibilidad analítica determinada sugiere que este protocolo puede ser utilizado como una alternativa de alto valor para el diagnóstico de B. canis en las muestras mencionadas, siendo importante continuar con esta línea de investigación, orientando estos hacia un estudio más detallado de especificidad y estudios de sensibilidad analítica en otras matrices. / Canine brucellosis is a zoonotic disease caused by Brucella canis, which produces reproductive signs such as abortion in bitches and infertility in dogs. These being transmitted to humans by contact with bitches that have recently given birth or aborted or by exposure to the bacteria in laboratories. Currently, the disease has three critical points that, to date, have not been resolved and that directly affect the control and prevention of this: i) there are no commercial vaccines, ii) no successful antimicrobial treatments and iii) problems in diagnosis; existing both difficulties to isolate the agent because of its slow growth and intermittent bacteremia in bacterial culture, and sensitivity and specificity problems in the numerous serological techniques. The PCR, thus, emerges as a diagnostic option due to its highly sensitive and specific nature, providing a fast diagnosis as a result. In the present study, the analytical sensitivity of conventional PCR protocol with primers designed in the country in pure culture, blood and urine samples for diagnosis of B. canis was established. The analytical sensitivity in pure culture was 22,24 fg/μL of DNA, and in experimentally contaminated blood and urine samples 4,4x100 UFC/mL. Given the high analytical sensitivity suggests that this protocol can be used as a highly valuable alternative for the diagnosis of this disease in the samples mentioned, understanding - consequently -, the major importance to continue this line of research, orienting these to a more detailed study of specificity, and analytical sensitivity studies in other matrices.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-29Bitstream added on 2014-06-13T20:29:22Z : No. of bitstreams: 1 souza_lgr_me_botib.pdf: 668467 bytes, checksum: 6af9a46606d8122e4df642943b2d5e06 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Avaliar formas farmacêuticas sólidas in vivo fornece um entendimento mais profundo quando um efeito sistêmico ou local é desejado. Geralmente, estes estudos são realizados por meio da cintilografia e técnicas biomagnéticas. A Ressonância Magnética (RM) vem sendo aplicada em tecnologia farmacêutica sendo que estes estudos são realizados com comprimidos marcados por partículas de óxido de ferro ou por gadolíneo em pó. Este estudo propõe a utilização da RM para monitorar o processo de desintegração in vitro e in vivo de comprimidos contendo açaí (Euterpe oleracea) como agente de contraste natural. O açaí é uma fruta presente em abundância na região norte do Brasil com a propriedade de atuar como agente de contraste oral em imagens obtidas por RM. Comprimidos obtidos com diferentes desintegrantes (croscarmelose sódica, crospovidona e mistura efervescente) foram marcados com açaí e revestidos com uma solução de polímero pH-independente. As formas farmacêuticas foram avaliadas in vitro e in vivo em um equipamento de RM de 0,5 T. Os resultados mostraram que o açaí é um forte agente de contraste e pode ser empregado em estudos farmacêuticos. Foi possível definir a imagem do comprimido e quantificar o processo de desintegração. Não foram encontradas diferenças (p>0,7) no tempo de desintegração avaliado in vitro nas medidas empregando-se comprimidos de crospovidona (14±1 min) e croscarmelose (15±1 min). No entanto, comparando-se com os comprimidos efervescentes (6±1 min), o tempo de desintegração foi significantemente diferente (p<0,01). Foi possível obter as imagens ponderadas em T1 dos comprimidos no estômago humano com qualidade razoável. O tempo de desintegração dos comprimidos in vivo foi 14±1 min. Este estudo mostrou que a RM é uma técnica capaz de monitorar o processo... / The performance of pharmaceutical dosage forms must be fully investigated in vivo to provide more reliable information when a local or systemic effect is desirable. Generally, in vivo investigation on the behavior of dosage forms has been made by using gammascintigraphy and biomagnetic techniques. Magnetic resonance (MR) methods have become established tools in the drug discovery and development process. Most of MR studies have been made with tablets labeled with iron oxide particles or dry gadolinium chelates (Gd- DOTA) powder. The aim of this study was to evaluate the disintegration process of tablets labeled with açai (Euterpe oleraceae) in vitro and in human stomach. Açai is a typical fruit from Amazonia, and has been recognized for its functional properties for use as oral contrast agent for MR. Tablets obtained from different disintegrants (croscarmellose sodium, crospovidone and an effervescent blend) were labeled with açai and were coated by using pHindependent polymer solution. The dosage forms have been evaluated in vitro and in vivo in a 0.5 T magnetic resonance system. The results showed that açai may be employed as a useful contrast agent which for pharmaceutical purposes. It was able to define the image of the tablets and to quantify the disintegration process. The disintegration time evaluated in vitro for tablets obtained from crospovidone (14±1 min) and croscarmellose (15±1 min) it was not significantly different (p>0.7). However, in comparison with tablets obtained with effervescent blend (6±1 min), the disintegration time was significantly different (p<0.01). It was possible to obtain images of the tablets in human stomach in T1 weighting with reasonable quality. The disintegration time of tablets made from croscarmellose sodium obtained from in vivo measurements was 14±1 min. This study showed that MR technique... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Regina Correa (rehecorrea@gmail.com) on 2016-09-26T20:37:35Z No. of bitstreams: 1 TeseBY.pdf: 6542096 bytes, checksum: 1e7daee9ab7afc6289f89b17dc521998 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:32:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseBY.pdf: 6542096 bytes, checksum: 1e7daee9ab7afc6289f89b17dc521998 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:32:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseBY.pdf: 6542096 bytes, checksum: 1e7daee9ab7afc6289f89b17dc521998 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T19:32:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseBY.pdf: 6542096 bytes, checksum: 1e7daee9ab7afc6289f89b17dc521998 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In this thesis, we extend some flexible cure rate models, such as the geometric, negative binomial and power series cure rate models, to allow for spatial correlations by including spatial frailties for the interval censored data setting. Parametric and semi-parametric cure rate models with independent and dependent spatial frailties are proposed and compared. The proposed models encompass several well-known cure rate models as its particular cases. Since these cure rate models are obtained by considering that the occurrence of an event of interest is caused by the presence of any non-observed risks, we also study the complementary cure model, which arises when the cure rate models are obtained by assuming the occurrence of an event of interest is caused when all of non-observed risks are activated. A new measure of model selection, based on the notion of predictive loss paradigm, for the interval-censoring data is also proposed. The MCMC method is used in a Bayesian inference approach and some Bayesian model selection criteria are used for model comparison. Moreover, we conduct an influence diagnostics to detect possible influential or extreme observations that can cause distortions on the results of analysis. Finally, the proposed models are applied to analyze a real dataset from a stop smoking study. / Nesta tese, estendemos os modelos flexíveis de sobrevivência com fração de cura, tais como os modelos de sobrevivência com fração de cura geométricos, binomial negativa e séries de potências, para permitir correlações espaciais incluindo fragilidades espaciais para os dados de censura intervalar. Modelos de cura paramétricos e semi-paramétricos com as fragilidades espaciais independentes e dependentes são propostos e comparados. Os modelos propostos abrangem vários modelos de cura bem conhecidos como seus casos particulares. Uma vez que estes modelos de cura são obtidos considerando que a ocorrência de um evento de interesse é causada pela presença de quaisquer riscos não observados, estudamos também os modelos de cura complementares, nesse caso, os modelos são obtidos assumindo que a ocorrência de um evento de interesse é causada quando todos os riscos, não observados, são ativados. Uma nova medida de seleção de modelo, baseada no paradigma da perda do preditivo, para dados de censura intervalar é proposta. Métodos MCMC são utilizados em uma abordagem de inferência Bayesiana sendo que os critérios de seleção de modelos Bayesiano são utilizados para comparação de modelos. Além disso, realizamos um diagnóstico de influência para detectar as possíveis observações influentes ou extremas que podem causar distorções sobre os resultados da análise. Finalmente, os modelos propostos são aplicados para analisar um conjunto de dados real de abstenção tabágica.