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Sequenciamento parcial do vírus da pinta verde do maracujazeiro (Passion fruit green spot virus-PFGSV), desenvolvimento de métodos para sua detecção e estudos sobre sua variabilidade genética / Partial sequencing of the Passion fruit green spot virus (PFGSV), development of methods for the molecular detection and evaluation of the genetic variability of this virus

Renata Antonioli Luizon 26 January 2010 (has links)
A cultura do maracujazeiro tem sido afetada por um grande número de pragas e doenças, que exigem dedicação e esforços urgentes, no sentido de minimizar as perdas e evitar sua disseminação. O vírus da pinta verde do maracujazeiro (PVM) (Passion fruit green spot virus PFGSV) caracteriza-se por induzir a formação de pequenas manchas verdes em frutos e em folhas, e lesões necróticas em ramos. Exames de secções ultrafinas de tecidos infectados ao microscópio eletrônico de transmissão consistentemente revelam a presença de partículas baciliformes em cisternas do retículo endoplasmático e viroplasma denso no citoplasma. Os efeitos citopáticos encontrados, a relação com o ácaro vetor, Brevipalpus phoenicis, e a comparação com outros vírus transmitidos por Brevipalpus (VTB), como o da leprose dos citros, classifica o vírus como sendo do tipo citoplasmático. Seu relato inicial deu-se há cerca de 10 anos em Vera Cruz-SP, mas em 1994 foi relatada uma doença no Estado da Bahia chamada de definhamento precoce do maracujazeiro (DPM), que apresenta sintomas, efeitos citopáticos e vetor semelhantes ao da pinta verde, tendo sido sugerida a possibilidade de serem duas denominações para uma mesma doença. Atualmente a PVM/DPM encontra-se em vários outros Estados como Minas Gerais, Rio de Janeiro, Sergipe, Rondônia, Maranhão, Rio Grande do Norte, Paraíba e Pará, além do Distrito Federal. Sua diagnose ainda depende dos sintomas observados, infestação por ácaros Brevipalpus e microscopia eletrônica. Para se desenvolver um método de diagnose molecular, que permita detectar o vírus causador da PVM/DPM de maneira rápida e confiável, em grande número de amostras, foi feita uma Biblioteca de cDNA a partir do RNA dupla fita do vírus, extraído de tecidos sintomáticos de maracujazeiros infectados com um isolado do PFGSV encontrado em Limeira-SP. Com o sequenciamento parcial do genoma viral, foram desenhados primers específicos que amplificam partes dos genes putativos da p24 e aqueles que codificam a proteína de movimento (MP) e a Replicase (Rep) de diferentes isolados do PFGSV. Primers do PFGSV e de dois outros VTBs do tipo citoplasmático (VTB-C) para os quais se dispõe de primers para sua detecção por RT-PCR (vírus da leprose dos citros C - CiLV-C; mancha anelar de Solanum violaefolium - SvRSV) foram testados em reações homólogas e heterólogas. Ocorreram amplificações por RT-PCR gerando fragmentos de tamanho esperados apenas para os vírus homológos, mas não nas reações heterólogas, indicando que PFGSV deve diferir do CiLV-C e SvRSV. Assim, tem-se agora uma ferramenta molecular que detecta especificamente o PFGSV. Um estudo inicial sobre a variabilidade genética do PFGSV foi feito a partir da extração do RNA total, seguido de RT-PCR utilizando os primers específicos, purificação dos fragmentos obtidos e uso da técnica de Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP). Foram analisados isolados procedentes de diferentes regiões brasileiras e em geral a variabilidade foi maior para as amostras do Estado de São Paulo. Logrou-se transmitir experimentalmente o PFGSV com ácaros para uma espécie silvestre de maracujá (Passiflora morifolia). / In Brazil, passion fruits are affected by several diseases and pests which affect their yield. Among them, a recently recognized viral disease, caused by Passion fruit green spot virus (PFGSV), is characterized by the presence of green spots on fruits and senescent leaves, and necrotic lesions on branches. When the infection is early, stem lesions may coalesce, girdling the branch resulting in the subsequent death of the plant. Electron microscopic examination of the thin sections of infected tissues revealed the presence of short, bacilliform particles in the cistern of the endoplasmic reticulum and dense, vacuolated viroplasma in the cytoplasm. The disease was shown to be transmitted by the mite Brevipalpus phoenicis (Acari: Tenuipalpidae). The localized symptoms, transmission by Brevipalpus mite and the observed cytopathic effect are considered evidences to demonstrate the viral nature of the disease and place it among the socalled cytoplasmic type of Brevipalpus-transmitted viruses (C-BTV), whose prototype is the Citrus leprosis virus C (CiLV-C). Though the first report of the disease occurred more than 10 years ago at Vera Cruz-SP, little is known about PFGSV, though it has been found in several passion flower growing areas in Brazil. In 1994 was report a disease named of DPM (definhamento precoce do maracujazeiro) was reported state of Bahia, with characteristics similar to that of the PVM and it has been suggested that DPM and PVM are the same disease. Subsequently the PVM/DPM has been found in several others Brazilian States as Minas Gerais, Rio de Janeiro, Sergipe, Rondônia, Maranhão, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pará and Distrito Federal. Diagnosis has been made by symptoms, association with Brevipalpus mites and the time consuming transmission electron microscopy. This work reports the results of efforts to generate a quick and precise method to detect the virus for the diagnosis of the disease, evaluate the variability of the PFGSV isolates from different regions of the country and determine the taxonomic position of this virus. From the dsRNA present in extracts of the PFGSV-infected passion flower plant tissues, a cDNA library was obtained and its sequencing permitted to identify part of the viral genome. Based on these sequences, particularly of p24 and the putative genes that code for the movement protein (MP) and replicase (Rep), specific primers were designed which specifically detected PFGSV by RT-PCR in extracts of PFGSV-infected tissues. Evaluation of the variability of different isolates of PFGSV was made by single strand conformational polymorphism (SSCP) of the amplified fragments of the viral genome. In general, it a larger variation was found in isolates from São Paulo state. PFGSV seems to differ from two other C-BTV with available primers, CiLV-C and the Solanum violaefolium ringspot virus (SvRSV), since RT-PCR assays do not cross amplify their genomes. Experimental transmission of PFGSV by mites to woodland passion flower (Passiflora morifolia) was achieved.
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Tratamento de sementes de melão (Cucumis melo L.) para o controle de Acidovorax avenae subsp. citrulli / Melon (Cucumis melo L.) seeds treatment to control Acidovorax avenae subsp. citrulli

Vanessa Cristina Frare 30 April 2010 (has links)
O melão é uma fruta de grande importância para o comércio de exportação do Brasil e, embora restrito a um pequeno número de estados produtores, o cultivo dessa fruta ampliou-se de forma significativa nos últimos anos. Um dos maiores problemas para essa cultura é a presença de patógenos, como a bactéria Acidovorax avenae subsp. citrulli (Aac), responsável por perdas de até 100%. O uso de sementes garantidamente sadias é a principal e mais efetiva medida de controle preconizada para essa bacteriose. Este trabalho teve como objetivo selecionar, in vitro e posteriormente in vivo, produtos capazes de erradicar a bactéria Aac de sementes de melão. Sessenta produtos fitossanitários comerciais foram selecionados para a avaliação do controle in vitro de quatro isolados, sendo nove bactericidas e 51 fungicidas, correspondendo a 6 e 45 ingredientes ativos distintos, respectivamente. Além desses produtos, avaliou-se também o efeito do óleo de melaleuca e do ácido peroxiacético sobre o crescimento dos isolados. Nos ensaios in vivo, sementes inoculadas e naturalmente infectadas foram tratadas, de maneira convencional e a vácuo, com os produtos e doses selecionados no ensaio in vitro. Todas as plântulas foram avaliadas quanto à presença de sintomas característicos de mancha-aquosa aos 21 dias após a emergência. Os antibióticos casugamicina (100 e 200 ug/L), oxitetraciclina (10, 100 e 200 ug/L), oxitetraciclina+sulfato de cobre (10, 100 e 200 ug/L), os fungicidas captana, carboxina+tiram, cloreto de benzalcônio, mancozebe+oxicloreto de cobre, metiram, metiram+piraclostrobina e tebuconazol, nas doses de 100 e 200 ug/L e o ácido peroxiacético a partir da dose de 300 ug/L apresentaram resultados satisfatórios na avaliação in vitro. No ensaio in vivo nenhum tratamento foi eficiente na erradicação da bactéria das sementes. / Melon is a fruit of great importance for the export trade of Brazil. Although cultivated in a small number of states, the cropping of this fruit has expanded significantly in recent years. Pathogens represent the most limiting factors, among which stands out the bacterium Acidovorax avenae subsp. citrulli (Aac), responsible for up to 100% losses. The use of healthy seed is the main and the most effective control measure of this bacterium. This study aimed to select first in vitro and subsequently in vivo, erradicant chemicals of Aac in melon seeds. Sixty commercial products were were tested in vitro in the control of four isolates, being nine bactericides and 51 fungicides, corresponding to six and 45 distinct active ingredients, respectively. Besides these products the effects of oil of the melaleuca tea tree and peroxyacetic acid were also evaluated. In the in vivo tests, inoculated and naturally infected seeds were treated by conventional manner and under vacuum, with the products and doses selected in the in vitro test. All seedlings were evaluated for the presence of characteristic bacterial fruit blotch symptoms at 21 days after emergence. The antibiotics kasugamycin (100 and 200 ug/L), oxytetracycline (10, 100 and 200 ug/L), oxytetracycline+copper sulphate (10, 100 and 200 ug/L), the fungicides captan, carboxin+thiram, benzalkonium chloride, mancozeb+copper oxychloride, metiran, metiran+pyraclostrobin and tebuconazole at doses of 100 and 200 ug/L and peroxyacetic acid at the dose of 300 ug/L showed satisfactory results in the in vitro control of the bacterium. However, no chemical efficiently eradicated the bacterium from the seeds in the \"in vivo\" tests.
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Diversidade de Xanthomonas spp. associadas à mancha-bacteriana em tomateiro para processamento industrial no Brasil. / Diversity of Xanthomonas spp. associated with bacterial spot of processing tomatoes in Brazil.

Alice Maria Quezado Duval 27 February 2003 (has links)
A mancha-bacteriana, causada por bactérias do gênero Xanthomonas, é uma das doenças mais importantes da cultura do tomate (Lycopersicon esculentum Mill.) para processamento industrial no Brasil. A etiologia dessa doença é complexa e a ocorrência das espécies envolvidas nas epidemias em lavouras da cultura no país é notavelmente pouco conhecida. Os objetivos desta tese foram identificar as espécies/grupos genéticos e as raças presentes em campos comerciais nas macro-regioes produtoras do Brasil-Central e Nordeste, determinar a sensibilidade in vitro de isolados ao cobre e aos antibióticos estreptomicina e oxitetraciclina. Inicialmente, 447 isolados foram analisados quanto aos perfis de eletroforese de campo pulsado (PFGE) e quanto às atividades amidolítica e pectolítica. Após identificação dos baplótipos PFGE, grupos de isolados foram caracterizados através de testes de patogenicidade em tomateiro e pimentão, presença das proteínas a ou b, utilização de fontes de carbono, sensibilidade in vitro ao cobre, estreptomicina e oxitetraciclina, reação provocada em hospedeiras diferenciais de tomateiro e Capsicum e presença dos genes de avirulência avrRxv e avrXv3. As análises da diversidade foram efetuadas a partir de índices de diversidade de Nei e pela análise de variância molecular (AMOVA). As três espécies de Xanthomonas relatadas na literatura como associadas à mancha-bacteriana em tomateiro, foram detectadas nos campos comerciais amestrados. Porém, no Brasil-Central as epidemias foram causadas principalmente por 'X. gardneri', enquanto que no Nordeste, exclusivamente por X. axonopodis pv. vesicatoria. Este é o primeiro relato de epidemias causadas por 'X gardneri' no mundo. A diversidade baplotípica foi baixa dentro de populações. Não obstante, menor diversidade intra-em variedades híbridas importadas do que PA nacionais. Da mesma forma, populações do Brasil-Central foram menos variáveis do que as do Nordeste. Esses fatos se explicam pela predominância em variedades PA nacionais e macro-região Nordeste de isolados pertencentes ao grupo PFGE 1, que apresentou-se mais pofimórfico, em oposição aos grupos 3 e 4, menos variáveis que predominaram em variedades híbridas e no Brasil-Central. A maior proporção da variação total por sua vez, foi atribuída ao componente inter-populacional, tanto para macro-regiões como para tipos de variedade. No entanto, considerável variação genética foi atribuída ao efeito da macro-geografia (30,6%) ou tipo de variedade (24,4%). Em relação às raças, relatou-se a ocorrência no país pela primeira vez das raças T3 e TIP8, no Nordeste e T2P7 e T2P8, no Brasil-Central. Esse fato indica que as resistências derivadas de 'NIL 216', L. pennelli e 'Hawaii 7998' são promissoras para o Nordeste. Quanto à sensibilidade aos agentes de controle químico, não foram encontrados isolados resistentes à oxitetraciclina (25 mg/ml). No entanto, foram encontrados isolados resistentes ao cobre (50 ml/ml) e à estreptomicina (25 mg/ml) em alta freqüência principalmente entre isolados de 'X. gardneri', o que explica a baixa eficiência do controle químico muitas vezes observada no campo. Este trabalho representa o primeiro relato sobre a composição populacional em larga escala de Xanthomonas spp. associadas à mancha-bacteriana em tomateiro rasteiro no país. / Bacterial spot caused by bacteria of the genus Xanthomonas is one of the most important diseases of tomatoes for processe (Lycopersicon esculentum Mill.) in Brazil. The etiology of this disease is complex and there is notable lack of knowledge about the species involved in epidemics on this crop in Brazil. The objectives of this thesis were to identify the species/genetic groups, as well as races present in commercial fields in in Central and Northeastern Brazil, to determine the in vitro sensitivity of strains to copper and to streptomycin and oxytetracyclin. Initially, 447 strains were characterized according to their pulsed-field electrophoresis haplotypes and also for their amilolytic and pectolytic activities. After these analyses, selected strains were then tested for their pathogenicity on tomato and pepper, for the presence of a or b proteíns, utilization of carbon sources, in vitro sensitivity to copper, streptomycin and oxitetracyclin, reactions on differential tomato and pepper hosts and presence of the avirulence genes avrRxv and avrXv3. Diversity analysis of bacterial populations were done with Nei's diversity index and analysis of molecular variance (AMOVA). The three Xanthomonas species reported in the literature as associated with tomato bacterial spot, were detected in the sampled fields. However, the populations from Central Brazil were mainly composed by 'X. gardneri', whereas in the Northeast, X axonopodis pv. vesicatoria was the only species found. The haplotipic diversity was considerably low within populations. However, intra-populational diversity was lower among itnported hybrids than among national OP varieties. Similarly, populations from Central-Brazil were less variable than the ones from Northeast. These facts are explained by the predominance of strains from the more variable PFGE group 1 in OP varieties and in the Northeast region as opposed to the less variable groups 3 and 4 which predominated in hybrids and in Central Brazil. The greatest proportion of genetic in both analyses. However, considerable genetic variation was conferred by macrogeography (30.6%) or type of variety (24.4%) effects. Inoculation of selected strains on differential cultivars of pepper and tomato revealed, for the first time in Brazil, the occurrence of races T3 and TIP7, in the Northeast and T2P7 and T2P8, in Central Brazil. This fact indicates the promissing use of derived resistances from 'NIL 216', L. pennelli and 'Hawaii 7998' for the Northeast. No strains were resistant to oxitetracyclin (25 mg/ml) but a high frequency of strains resistant both to copper (50 ml/ml) and streptomycin (25 mg/ml) was found within 'X. gardneri'. This fact may explain the low efficiency of chemical control sometimes observed in the field. This work represents the first report about a large scale populational composition Xanthomonas spp. associated with processing tomatoes bacterial spot in Brazil.
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Efeito de estirpes fracas do PRSV-W e do ZYMV sobre a produção de quatro variedades de Cucurbita pepo / Effect of protective mild strains of PRSV-W and ZYMV on the yield of four varieties of Cucurbita pepo

Estela Bonilha 01 June 2007 (has links)
Entre as cucurbitáceas cultivadas no Brasil, a abobrinha de moita (Cucurbita pepo L.) apresenta grande importância econômica, notadamente no Estado de São Paulo, a maior área de plantio. No Brasil, já foram encontrados nove vírus capazes de infectar esta espécie. Os mais freqüentes e responsáveis por prejuízos significativos à produção da abobrinha de moita são os do mosaico do mamoeiro – estirpe melancia (Papaya ringspot virus - type W – PRSV-W) e do mosaico amarelo da abobrinha (Zucchini yellow mosaic virus – ZYMV), devido principalmente à sua alta sensibilidade. A premunização das plantas com estirpes fracas vem sendo investigada há mais de 10 anos no Brasil e surge como uma alternativa interessante para controle destas viroses. A premunização de abobrinha de moita só foi estudada até o momento em plantas da variedade Caserta. O presente trabalho teve o objetivo de dar continuidade a estes estudos avaliando o efeito de estirpes premunizantes PRSV-W-1 e ZYMV-M na produção quantitativa e qualitativa de quatro variedades comerciais de C. pepo: Samira, Novita Plus, AF-2847 e Yasmin. Os resultados obtidos em experimentos conduzidos em estufa plástica mostraram que as plantas destas variedades infectadas com a estirpe fraca ZYMV-M, não exibiram sintomas foliares acentuados e não apresentaram alterações na produção quantitativa e qualitativa de frutos, quando comparada com a produção das plantas sadias. No entanto, as plantas dessas mesmas variedades infectadas com a estirpe PRSV-W-1, só ou em mistura com a estirpe ZYMV-M, exibiram sintomas acentuados de mosaico foliar e alteração significativa na qualidade dos frutos, caracterizada pelo escurecimento da casca. Não houve alteração significativa na quantidade de frutos produzidos por essas plantas e no peso médio dos frutos. Quando plantas dessas variedades foram infectadas somente com a estirpe fraca PRSV-W-1 e conduzidas paralelamente em condições de campo e estufa plástica, constatou-se intensificação dos sintomas nos frutos e nas folhas das plantas infectadas conduzidas principalmente em estufa, porém a produção quantitativa mais uma vez não foi alterada. A variedade Samira mostrou-se a mais sensível ao PRSV-W-1 em ambas as condições. Os resultados sugerem que fatores ambientais, além da interação da estirpe fraca com a variedade de abobrinha, parecem interferir na expressão de sintomas nos frutos das plantas infectadas com a estirpe PRSV-W-1. Também foi objeto de estudo desse trabalho a identificação da melhor hospedeira, entre algumas cucurbitáceas, para a multiplicação e manutenção das duas estirpes fracas, e a avaliação da eficiência dos afídeos Myzus nicotianae e M. persicae na transmissão da estirpe ZYMV-M. Os resultados mostraram que a estirpe ZYMV-M parece atingir as maiores concentrações em C. pepo cv. Caserta e em C. melo cv. Casca-de-Carvalho. Para a estirpe PRSV-W- 1, as melhores hospedeiras foram C. pepo cv. Caserta, seguida de C. lanatus cv. Crimson Sweet e C. sativus cv. Safira. M. nicotianae e M. persicae transmitiram a estirpe fraca ZYMV-M para 11,7% e 0% das plantas de abobrinha de moita cv. Caserta, respectivamente. Enquanto a estirpe severa foi transmitida para 47,0% e 80% das plantas teste, respectivamente. / Zucchini squash (Cucurbita pepo L.) is widely cultivated in Brazil, especially in the State of São Paulo, which is the major producer. Nine viruses capable to infect this species have already been described in Brazil. The most frequent and responsible for significant yield losses are the potyviruses Papaya ringspot virus - type W (PRSV-W) and Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), for which zucchini squash is highly susceptible and intolerant. Preimmunization with mild strains of both viruses have been investigated in Brazil for the last 10 years and appears as and interesting option for the control of these viruses. As preimmunization have been evaluated only for zucchini squash cv. Caserta, the purpose of the present work was to investigate the effect of the mild strains PRSV-W-1 and ZYMV-M on the quantitative and qualitative yield of four other commercial zucchini squash varieties: Samira, Novita Plus, AF-2847 e Yasmin. The results of an experiment carried out under plastic-house showed that mild strain ZYMV-M induced mild symptoms on the leaves of the plants of all varieties, but did not affect the yield of marketable fruits, as compared to those from the respective healthy controls. On the other hand, plants from all varieties exhibited accentuated mosaic and leaf malformation when infected with mild strain PRSV-W-1, alone or in mixture with ZYMV-M. The amount of fruits harvested (number and average weight) from these plants was similar to that from the respective healthy controls. However, the quality of the fruits was severely affected, since the mild strain PRSV-W-1 induced alteration on the texture and color of the skin. When plants infected only with mild strain PRSV-W-1 were grown simultaneously under field and plastic-house conditions, it was noticed that leaf and fruit symptoms were more intense on those maintained in the plastic-house. Once more the quantitative fruit yield was not affected by this mild strain. Zucchini squash cv. Samira was the most sensitive to PRSV-W-1 under both conditions. Together theses results suggest that environmental variables, besides the interaction between the variety and the mild strain, might influence the expression of symptoms shown by plants infected with PRSV-W-1. In addition to this, the present work also tried to identify the most appropriate host, among some cucurbit species/varieties, for multiplication of both mild strains, and the efficiency of two species of aphids (Myzus nicotianae and M. persicae) on the transmission of the mild strain ZYMV-M. The mild strain ZYMV-M attained the highest concentration in C. pepo cv. Caserta and Cucumis melo cv. Casca-de-Carvalho. The most appropriate hosts for multiplication of mild strain PRSV-W-1 were C. pepo cv. Caserta followed by Citrullus lanatus cv. Crimson Sweet and C. sativus cv. Safira. M. nicotianae and M. persicae transmitted the mild strain ZYMV-M to 11.7% and 0% of the test-plants of zucchini squash cv. Caserta. The transmission of the severe strain of ZYMV by both species of aphids occurred for 47% and 80% of the test-plants, respectively.
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Epidemiologia da clorose variegada dos citros no Estado de São Paulo. / Epidemiology of citrus variegated chlorosis in state of São Paulo.

Francisco Ferraz Laranjeira Barbosa 04 March 2002 (has links)
O presente trabalho objetivou estudar tanto o progresso da Clorose Variegada dos Citros no tempo, quanto o arranjo espacial das plantas afetadas, visando caracterizar a dinâmica da doença em três regiões do Estado de São Paulo (Noroeste, Centro e Sul). Por meio de avaliação de sintomas visuais, foram mapeados, bimensalmente, três talhões de laranja-doce Pêra enxertada em limão Cravo, em três regiões do Estado de São Paulo, desde julho de 1998 até dezembro de 2000. O progresso no tempo foi avaliado por meio de ajuste a modelos matemáticos e análise das curvas de derivada. As curvas de progresso da CVC não puderam ser ajustadas a modelos conhecidos. O progresso da CVC apresentou diversos picos de derivada, em sua maioria coincidindo com a primavera e o verão. Para o estudo da dinâmica espacial, foram aplicadas as seguintes análises: seqüências ordinárias; áreas isópatas; lei de Taylor modificada; índice de dispersão e análise de dinâmica e estrutura de focos. Essas análises demonstraram pouca diferença no padrão espacial da doença entre as regiões, que pode ser considerado levemente agregado. Por meio de análise de autocorrelação, de densidade espectral, análise discriminante, e correlação de lags, procurou-se também estabelecer padrões na evolução de emissão de brotações pelas plantas, expressão de sintomas e detecção de infecções assintomáticas e a correlação dessas variáveis entre si e com o clima. Também foi feita a comparação entre estações do ano e regiões por meio de testes não-paramétricos. Número de novas brotações foi a variável que mais distinguiu entre as três regiões. As variáveis relacionadas à doença (infecções assintomáticas, infecções totais, sintomas e concentração bacteriana) apresentaram padrões sazonais, mas não foi observada diferença estatística entre as estações do ano. O pomar da região Noroeste apresentou maior quantidade de brotações novas e maior quantidade de sintomas. O pomar da região Sul apresentou maior quantidade de infecção assintomática. Não houve diferença de concentração bacteriana entre os pomares das três regiões. / This work aimed to evaluate the progress and spatial pattern of Citrus Variegated Chlorosis (CVC) in three regions in the state of São Paulo, Brazil. By bimonthly visual assessments three Pêra sweet orange/ Rangpur lime orchards in three regions (Northwest, Center and South) were mapped from july 1998 to december 2000. Progress was evaluated by fitting nine models do disease progress curves and by analysis of derivative curves. No model could be fitted to disease progress curves. Derivative curves showed peaks concentrated in spring and summer. To characterize spatial pattern the following analysis were used: ordinary runs, isopath areas;binary Taylor law; dispersion index and foci dynamics and structure analysis. All techniques showed small differences between regions and characterized CVC spatial pattern as slightly aggregated. By means of autocorrelation, spectral density analysis, discriminant analysis and lag correlation was tried to establish temporal patterns for vegatative flush emission, symptom expression, detection of assymptomatic infections. Also, was tried to establish correlations among variables and between them and weather variebles. A comparison by non-parametric tests was made between seasons and regions. Number of new vegetative flushes was the most distinctive variables for regions. The disease related variables (assymptomatic infections, total infection, symptoms and relative bacteria concentration) showed seasonal patterns but no statistical difference was found between seasons. Northwest orchard showed higher number of vegetative flushes. South orchard assymptomatic infections were higher than for the other orchards. There was no difference in relative bacteria concentration between regions.
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Tentativas de purificação e produção de antissoro contra  o vírus da morte súbita dos citros e isolamento do CSDaV em plantas herbáceas / Attempts to purify and produce antiserum against the citrus sudden death associated virus and CSDaV isolation in herbaceous plants

Mateus de Almeida Santos 26 August 2011 (has links)
A morte súbita dos citros (MSC) foi identificada em 2001, no município de Comendador Gomes, Minas Gerais, e desde então foi responsável pela perda de 4 milhões de plantas na região sul do Triângulo Mineiro, e no norte e noroeste do estado de São Paulo. É uma doença de combinação copa/porta-enxerto, afetando principalmente laranjeira doce enxertada em limoeiro Cravo, e que culmina na morte das plantas. Passados dez anos do seu relato, até hoje não se tem conhecimento exato do agente causal e dos possíveis vetores. Sabe-se, todavia, que em todas as plantas com morte súbita encontram-se o vírus da tristeza dos citros (Citrus tristeza virus - CTV) e um vírus do Gênero Marafivirus, Família Tymoviridae, denominado Citrus sudden death associated virus (CSDaV). Devido esse fato, há a necessidade de separá-los para testar os postulados de Koch para o CSDaV. O principal objetivo deste trabalho foi tentar isolar o CSDaV para verificar o seu real envolvimento com a MSC. Também se procurou purificar esse vírus para a produção de antissoro policlonal para trabalhos de diagnose da doença. Para a purificação do CSDaV foi utilizado o protocolo de purificação do Potato leaf roll virus, porém os resultados não foram satisfatórios devido a constante presença do CTV. Tentativas de remoção do CTV por meio de imunoprecipitação com antissoro homólogo não foram satisfatórias. O antissoro produzido reagiu indistintamente com extratos de plantas infectadas com o CSDaV e o CTV. O CSDaV foi transmitido mecanicamente para plantas de Nicotiana sp., N. clevelandii, Chenopodium amaranticolor e C. quinoa, causando principalmente infecção localizada. A presença do vírus foi confirmada por RT-PCR e a sua identidade por meio do sequenciamento de nucleotídeos do produto da amplificação. Tentativas de transmissão do CSDaV usando inóculo de extrato de folhas de plantas do campo , por meio da Cuscuta sp., através de cortes no tronco das plantas com lâmina embebida no inóculo, com pulgões Toxoptera citricida aparentemente virulíferos somente para o tymovirus e por meio da inoculação de sementes de citros deram resultados negativos. / Citrus sudden death (CSD) disease was identified in 2001, at Comendador Comes County, State of Minas Gerais, Brazil. Since then the disease has caused the death of 4 million trees in Southwestern Minas Gerais State and Northern São Paulo State. This new and destructive disease affects sweet orange as well as other species, varieties, and hybrids when grafted on Rangpur (Citrus limonia). Then years after the first report on CSD, the causal agent and possible vector(s) have not been precisely identified. It is known, however, that all disease trees are infected with Citrus tristeza virus (CTV) and Citrus sudden death associate virus (CSDaV), which is a member of the Genus Marafivirus, Famíly Tymoviridae. Due to this, it is necessary to separate these pathogens, in order to complete Kochs postulated for the CSDaV. The main purpose of the present work was to try to isolate the CSDaV to verify its role on CSD disease. In addition, attempts were done to purify the virus and produce polyclonal antiserum for disease diagnosis. Purification was carried out as described for Potato leaf roll virus, but results were not suitable due to the constant presence of CTV. Efforts to remove CTV by immunoprecipitation with homologous antiserum did not succeed. The produced antiserum reacted indistinctly with extracts of plants infected with both viruses. SCDaV was mechanically transmitted to Nicotiana sp., N. clevelandii, Chenopodium amaranticolor, and C. quinoa, causing mainly local infection. Infection was confirmed by RT-PCR and virus identity was determined by nucleotide sequence of the amplified fragment. Efforts to transmit CSDaV, using as inoculum extract from field infected plants, by means of Cucucuta sp., by incisions on the trunk of the test-plants, with Toxoptera citricida apparently viruliferous only for the tymovirus, and by means of citrus seed inoculation gave negative results.
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Análise dos efeitos secundários decorrentes da aplicação de fungicidas sistêmicos à cultura do feijoeiro (Phaseolus vulgaris) / Study of secondary effects coming from application of systemic fungicides in drybeans (Phaseolus vulgaris)

José Soto Veiga 09 March 2009 (has links)
Quando os fungicidas sistêmicos ou com ação de profundidade passaram a ser adotados como parte dos programas comerciais de manejo de doenças de plantas, duas coisas aconteceram: o controle obtido passou a ser maior, porque estes fungicidas possuem maior período de controle residual e porque têm algum poder curativo, e passou-se a observar e relatar efeitos secundários, fisiológicos destes produtos sobre as plantas tratadas. Com efeito, muitos artigos disponíveis hoje na literatura descrevem diferentes efeitos fisiológicos provenientes da aplicação de fungicidas em várias plantas cultivadas. A maior parte destes trabalhos foi conduzida sob condições de uso relativamente intenso dos fungicidas, tais como aplicações seqüenciais, ou uso em plantas em vaso em casas de vegetação. Poucos deles trazem informação clara sobre a intensidade das doenças ocorrentes, tampouco sobre o controle oferecido pelos produtos utilizados. Sob este aspecto, não é fácil estabelecer de forma confiável qual a real importância destes efeitos fisiológicos no manejo comercial das doenças das plantas cultivadas. Mas existe farto material promocional disponível proclamando os benefícios provenientes dos efeitos fisiológicos de alguns fungicidas. O objetivo dos trabalhos desta dissertação foi quantificar o máximo de efeitos secundários oriundos da aplicação a campo (em condição mais próxima possível do uso comercial) de diferentes fungicidas, sistêmicos e não sistêmicos, à cultura do feijoeiro, separando aqueles que podem ser explicados devido ao controle diferenciado das doenças daqueles que somente podem ser explicados pelo efeito fisiológico dos fungicidas. Os resultados mostraram que diferentes efeitos significativos (mudanças na taxa de fotossíntese, condutividade estomática, retenção foliar e produção) puderam ser detectados nas plantas provenientes das parcelas tratadas com fungicidas, mas todos eles podem ser bem explicados pelo controle diferenciado das doenças oferecido pelos produtos testados. Conclui-se que apesar de extensivamente testados e comprovados, os efeitos fisiológicos promovidos por alguns fungicidas não podem ser considerados fatores fundamentais para seleção dos produtos a serem utilizados para o manejo das doenças na cultura do feijoeiro, mas sim a sua capacidade intrínseca de controlar os patógenos que ameaçam esta cultura. / When systemic fungicides were incorporated to plant disease management strategies, two things started to happen: there was an increase in efficacy of diseases control, because these fungicides have longer lasting effect and some curative power, and some physiological effects caused by these fungicides started being related. Actually, many articles describe and measure physiologic effects caused by different fungicides in many plants. Most of these studies are carried out under very intensive conditions such as potted plants in greenhouses. Only few of them give clear information on disease severity in field trials, or disease control achieved by the fungicides. It is not easy to understand how important these physiologic effects are when selecting fungicides to be used in programs for disease management. But there is a lot of promotion material claiming that different fungicides promote physiologic effects that can benefit many crops, offering it as a factor to be taken into account when selecting products to be used in disease management programs. The objective of this work was to quantify as many changes as possible in the dry beans crop after the field use (as closest as possible to commercial conditions) of different fungicides, systemic and not systemic, separating those changes that could come from disease control from those that could only come from physiological effects. Results showed that under field conditions, some significant changes (photosynthesis, stomatal conductance, leaf retention, yield) were measured in the crop, but all of them could be well explained by the disease control given by the fungicides. Conclusion is that the capacity to induce physiologic effects on plants should not be considered as a critical factor to select a fungicide to be used in disease management programs by dry beans growers. For this purpose, the main driver should be the efficacy of the fungicide to control the most important diseases threatening that crop.
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Caracterização biológica e molecular do vírus da mancha clorótica de Clerodendrum ( Clerodendrum Chlorotic Spot Virus-CLCSV) / Biological and molecular characterization of Clerodendrum chlorotic spot virus

Renata Takassugui Gomes 30 March 2009 (has links)
O gênero botânico Clerodendrum pertence à família Lamiaceae e compreende várias espécies ornamentais, geralmente trepadeiras, das quais as mais comumente cultivadas são coração-sangrento (C. x speciosum Tiejism. & Binn.) e lágrima-de-Cristo (C. thomsonae Balf.). Manchas cloróticas e necróticas em folhas de coração-sangrento foram observadas pela primeira vez em um jardim de Piracicaba, SP, associadas à infestação com Brevipalpus phoenicis Geijskes (Acari: Tenuipalpidae). Exames de secções de tecidos das lesões foliares ao microscópio eletrônico revelaram ocorrência de efeitos citopáticos do tipo nuclear e concluiu-se que os sintomas eram causados por um vírus transmitido por Brevipalpus (VTB), o qual foi tentativamente designado de mancha clorótica de Clerodendrum (Clerodendrum chlorotic spot virus- ClCSV). O ClCSV é transmitido mecanicamente de coração-sangrento para coração-sangrento e em ensaios preliminares foi transmitido mecanicamente e por Brevipalpus phoenicis para várias outras plantas, além da ocorrência de sua disseminação natural por esses ácaros para outras espécies. Ocorre a infecção sistêmica nas hospedeiras Chenopodium quinoa Will. e C. amaranticolor Coste & Reyn. infectadas com ClCSV caso as plantas sejam mantidas por cerca de 2 semanas entre 28-30 oC. Utilizando-se estas plantas realizou-se a purificação parcial do vírus. Este trabalho apresenta a caracterização biológica e molecular do ClCSV. Os resultados dos testes PTA-ELISA e RT-PCR demonstraram a detecção do ClCSV em diversas hospedeiras, além da análise da reação sorológica e molecular deste vírus com os outros VTBs do tipo nuclear. O seqüenciamento do produto de PCR revelou que as seqüências de nucleotídeos apresentaram similaridade com a polimerase de OFV (Orchid Fleck Virus), outro VTB do tipo nuclear. Além da identificação sorológica do vírus foram realizadas análises morfo-anatômicas para visualização das alterações causadas pelo ClCSV em tecidos de Clerodendrum x speciosum e em hospedeiras infectadas. / The botanical genus Clerodendrum belongs to the family Lamiaceae and includes several ornamental species, usually climbing, and heart-bloody (C. x speciosum Tiejism. & Binn.) and tear-in-Christ (C. thomsonae Balf. ) are among the most cultivated. Necrotic and chlorotic spots on leaves of heart-blood have been observed for the first time in a garden of Piracicaba, associated with an infestation of Brevipalpus phoenicis Geijskes (Acari: Tenuipalpidae). Sections of diseased tissues examined in the electron microscope revealed characteristic cytopathic effects of the nuclear type and concluded that the symptoms were caused by a virus transmitted by Brevipalpus (VTB), tentatively named Clerodendrum chlorotic spot virus (ClCSV). This virus is transmitted through mechanical inoculation from heart-bloody to heart-bloody and in preliminary tests mechanically and by mites for several other plants, in addition to the natural occurrence of its spread to other species. Systemic infection occurs in the host Chenopodium quinoa Will. and C. amaranticolor Coste & Reyn. infected with ClCSV if the plants are kept at 28-30°C for about 2 weeks. These plants were used for partial purification of vírus. This study presents the biological and molecular characterization of ClCSV. Through the PTA-ELISA and RT-PCR tests was possible to detect the ClCSV in different host, in addition to the analysis of serological and molecular reaction of this virus with other type of nuclear VTBs. From the sequencing of the PCR product was obtained from nucleotide sequences that showed similarity to the polymerase of OFV (Orchid Fleck Virus), another type of nuclear VTB. Morpho-anatomical analysis were performed to see the changes caused by ClCSV in tissues of Clerodendrum x speciosum and other infected hosts. It was possible to observe the occurrence of hypertrophy, cell plasmolisis and the reduction of starch grains in the áreas injured in all plants infected by ClCSV.
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Quantificação de danos ao longo da cadeia produtiva de pêssegos e avaliação de métodos alternativos de controle de doenças pós-colheita / Damage quantification in the production chain of peaches and evaluation of alternative methods for controlling postharvest diseases

Eliane Bassetto 23 June 2006 (has links)
Este trabalho teve como objetivo quantificar e identificar os danos ocorridos em póscolheita e suas causas ao longo da cadeia produtiva do pêssego cv. ‘Aurora 1’ durante as safras de 2003, 2004 e 2005 e avaliar os efeitos dos sanificantes ácido acético, hipoclorito de sódio, sais de cloro (Sumaveg®), ácido peracético em mistura com peróxido de hidrogênio + ácido acético glacial (Tsunami®) e dióxido de cloro (Tecsaclor®) e de possíveis indutores de resistência como o ácido salicílico, quitosana, biomassa cítrica (Ecolife40®) e irradiação UV-C, no controle curativo e/ou preventivo em pêssegos contra M. fructicola e R. stolonifer. Para a quantificação dos danos pós-colheita, foram realizados levantamentos semanais junto a um produtor da Cooperativa Holambra II no município de Paranapanema-SP em 4 etapas da pós-colheita: (i) após a colheita ou “sacola”, (ii) após acondicionamento dos frutos no “contentor”, (iii) após a classificação dos frutos na casa de embalagens e (iv) na chegada dos frutos ao leilão para comercialização. Adicionalmente, em todos os anos, foi realizada uma colheita muito cuidadosa, onde o colhedor utilizava luvas para evitar qualquer ferimento nos frutos e retirava-os da planta com todo cuidado e essa etapa foi denominada “colheita ideal”. A incidência de distúrbios fisiológicos foi relativamente baixa durante todas as safras avaliadas, variando de 1 a 4%. Foi verificada elevada incidência de injúrias mecânicas na safra de 2003 (26%). A etapa pós-colheita responsável pela maior incidência das injúrias mecânicas foi a ‘classificadora’. Porém com a melhoria no manejo dos frutos durante as etapas pós-colheita nos anos subseqüentes, foi verificada menor incidência de frutos com injúrias mecânicas (9% em 2004 e 3% em 2005). As principais doenças encontradas durante o levantamento foram podridão parda e podridão mole. Houve correlação positiva entre as injúrias mecânicas e a incidência de frutos doentes. A ocorrência de M. fructicola ocorreu principalmente na região do pedúnculo do fruto, sendo responsável pela elevada incidência de frutos doentes nas safras de 2004 e 2005, provavelmente devido a infecções quiescentes não havendo, nesse caso, correlação com as injúrias mecânicas. Os sanificantes, a quitosana, a biomassa cítrica, a irradiação UV-C e o ácido salicílico não foram eficientes no controle curativo e/ou preventivo da podridão parda (M. fructicola) e da podridão mole (R. stolonifer) do pessegueiro. Apenas a irradiação dos frutos com UV-C durante 10 min. foi eficiente no controle curativo de R. stolonifer. Os teores de sólidos solúveis, ácidos e a firmeza da polpa, não foram influenciados pelos tratamentos. / The purpose of this work was to identify and quantify the postharvest damages, as well as their origin, throughout the production chain of “Aurora 1” peaches during the 2003, 2004 and 2005 seasons and to evaluate the effects of different sanitizing agents (acetic acid, sodium hypochlorite, chlorine salts (Sumaveg®), peracetic acid in a mixture of hydrogen peroxide with glacial acetic acid (Tsunami®) and chlorine dioxide (Tecsaclor®) and of possible resistance inductors, such as salicylic acid, chitosan, citric biomass (Ecolife40®) and UVC irradiation on the curative and/or preventive control of M. fructicola and R. stolonifer in peaches. In order to quantify the postharvest damages, weekly evaluations were carried out in a commercial crop at Holambra II Cooperative in Paranapanema – SP. Four postharvest stages were evaluated: (i) after harvest, (ii) after fruits being placed in a container, (iii) after fruit classification in the packinghouse, and (iv) before loading peaches in the truck. Moreover, a careful harvest, with fruit pickers wearing gloves to avoid injuries when removing fruits from plants, was conducted every year the study was carried out. This stage was named “ideal harvest”. The incidence of physiological disorders was relatively low during all years evaluated, ranging from 1 to 4%. A high incidence of mechanical injuries (26%) was observed in the 2003 season. The highest incidence of mechanical injuries was verified for the stage known as “classification”. However, improved fruit handling during the postharvest stages in subsequent years resulted in a lower incidence of mechanical injuries (9% in 2004 and 3% in 2005). The main diseases found during this study were brown rot and soft rot. There was a positive correlation between mechanical injuries and incidence of fruit diseases. The occurrence of M. fructicola, responsible for the high incidence of diseased fruit during the 2004 and 2005 seasons, was mainly observed in the peach’s shoulder region. This may be due to quiescent infections showing no correlations with mechanical injuries. The sanitizing agents, the chitosan, citric biomass (Ecolife40®), UVC irradiation and salicylic acid were not effective in the curative and/or preventive control of brown rot (M. fructicola) and soft rot (R. stolonifer) in peaches. The UVC irradiation of fruits for 10 min. showed positive effects on the curative control of R. stolonifer. The soluble solids, titrable acidity and the firmness were not affected by the treatments.
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Caracterização molecular e diversidade de fitoplasmas em pomares de citros no Estado de São Paulo / Molecular characterization and diversity of phytoplasmas in citrus orchards in the Sao Paulo state

Júlio César Barbosa 01 March 2011 (has links)
Recentemente, um fitoplasma do grupo 16SrIX foi associado a plantas de citros com sintomas de huanglongbing (HLB) no Estado de São Paulo. No entanto, em razão da ampla diversidade de fitoplasmas que tem se observado em várias culturas no Brasil, seria possível que além do fitoplasma do grupo16SrIX, outros fitoplasmas também pudessem estar associados a plantas de citros no Estado de São Paulo. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi investigar se outros fitoplasmas, além daquele do grupo 16SrIX, estão associados a plantas de citros no Estado de São Paulo. Amostras foliares de plantas de citros, plantas daninhas e cicadelídeos foram coletados entre os meses de Junho a Outubro de 2010, em pomares localizados em quatro municípios: Araraquara, Bebedouro, Piracicaba e Taquarituba. Análises de nested PCR evidenciaram a presença de fitoplasmas associados a plantas de citros (sintoma: clorose foliar); a plantas daninhas: Bidens pilosa (sintomas: filodia e virescência), Leonorus sibiricus (sintoma: deformação foliar), Solanum americanus (sintoma: superbrotamento foliar), Erigeron bonariensis (sintomas: avermelhamento e superbrotamento foliar) e Euphorbia heterophylla (sintoma: deformação foliar); e a cicadelídeos da espécie Agallia albidula (Uhler, 1895) (subfamília Agalliinae). A confirmação da presença e caracterização molecular dos fitoplasmas foi realizada através de análises de RFLP e seqüenciamento da região 16S rDNA. Uma ampla diversidade de fitoplasmas foi identificada. Fitoplasmas dos grupos 16SrIII e 16SrIX foram associados a plantas de citros em Piracicaba, enquanto um fitoplasma do grupo 16SrVII foi associado a plantas de citros em Bebedouro. Fitoplasmas do grupo 16SrIII foram associados a plantas daninhas das espécies B. pilosa, L. sibiricus e S. americanus em Piracicaba e fitoplasmas do grupo 16SrVII foram associados a plantas de E. bonariensis e E. heterophylla em Piracicaba e Taquarituba, respectivamente. Um fitoplasma do grupo 16SrIII foi associado a A. albidula em Taquarituba, sugerindo ser este um potencial inseto vetor de fitoplasmas em pomares de citros. Com base na análise da região 16S rDNA, muitos dos fitoplasmas encontrados apresentaram-se distintos dos fitoplasmas já relatados. Em virtude disto, estes fitoplasmas foram propostos como representantes de novos subgrupos pertencentes aos grupos 16SrIII, 16SrVII e 16SrIX. Os resultados obtidos neste estudo não nos permite a associação dos fitoplasmas encontrados com o HLB ou qualquer outra doença já descrita, sendo, portanto, necessários mais estudos visando confirmar o papel destes fitoplasmas como patógenos de citros e plantas daninhas. / Recently a phytoplasma of the 16SrIX group was associated with citrus trees exhibiting symptoms of huanglongbing (HLB) in Sao Paulo state. However, due to the wide diversity of phytoplasmas that have been observed in several crops in Brazil, it is possible that in addition to the phytoplasma of group 16SrIX other phytoplasmas could also be associated with citrus trees. Therefore, the objective of this study was to investigate if others phytoplasmas besides that of the 16SrIX group are associated with citrus plants in the São Paulo state. Leaf samples from citrus trees, weeds and cicadellids were collected between June and October of 2010 from citrus orchards of four municipalities of the Sao Paulo state: Araraquara, Bebedouro, Piracicaba and Taquarituba. Nested PCR analysis revealed the presence of phytoplasmas associated with citrus trees (symptom: leaf chlorosis), weeds: Bidens pilosa (symptoms: phyllody and virescence), Leonorus sibiricus (symptom: leaf distortion), Solanum americanus (symptom: witches broom), Erigeron bonariensis (symptoms: redning and witches broom) e Euphorbia heterophylla (symptom: leaf distortion); and cicadellids of specie Agallia albidula (Uhler, 1895) (subfamily Agalliinae). The confirmation of the phytoplasma presence and molecular characterization was carried out by RFLP analysis and sequencing of the 16S rDNA region. A wide diversity of phytoplasmas was verified. Phytoplasmas of the 16SrIII and 16SrIX groups were associated with citrus trees in Piracicaba, while a phytoplasma of the 16SrVII group was associated with citrus trees in Bebedouro. Phytoplasmas of the 16SrIII group were associated with weeds belonging to the species B. pilosa, S. americanus and L. sibiricus in Piracicaba and a phytoplasma of the 16SrVII group was identified associated with plants of E. bonariensis and E. heterophylla in Piracicaba and Taquarituba, respectively. A phytoplasma of the 16SrIII group was associated with A. albidula in Taquarituba, suggesting that this cicadelid is a potential vector of phytoplasmas in citrus orchards. Based on the analysis of the 16S rDNA region, many of the found phytoplasmas are distinct from those already reported. Due to this distinction, these phytoplasmas were proposed as representatives of new subgroups of the groups 16SrIII, 16SrVII and 16SrIX. The results of this study dont allow us associate the found phytoplasmas with HLB or any other described disease. Thus, more studies are needed to identify the role of theses phytoplasmas as pathogens of citrus trees and weeds.

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