Gliomas são os tumores cefálicos mais comuns na vida adulta, geralmente estão associados a um mau prognóstico. A forma mais agressiva, o Glioblastoma Multiforme (GBM) leva metade de seus pacientes a morte em 12 a 14 meses, e os tratamentos pouco ou nada melhoram esta expectativa. O desenvolvimento de terapias é bastante complexo, uma vez que se trata de um tumor com alta diversidade de células, devido a sua instabilidade genômica. Esta instabilidade interfere no equilíbrio “estequiométrico” da transcrição gênica, implicando alterações na proporção entre proteínas atuantes em um mesmo complexo. Analisando proteínas que participam de um mesmo processo sob uma perspectiva de redes (de interação proteica), pode-se analisar a probabilidade de fluxo de informação entre proteínas conectadas, ponderando pela correlação de expressão gênica, assumindo que altos valores de correlação (de expressão – entre duas proteínas) correspondem a uma maior a probabilidade de fluxo de informação entre elas. Utilizando-se de uma medida de entropia chamada entropia local de rede, é possível analisar a organização do fluxo de informação entre uma determinada proteína e as demais com quem esta se relaciona. O aumento nestes valores de entropia é proposto enquanto uma assinatura sistêmica de tumores, tendo sido primeiramente demonstrada em tumores gástricos, de pulmão, bexiga, pâncreas, fígado e do colo uterino. Compreender como a informação flui ao longo de redes de interação proteica em glioblastomas pode trazer novas perspectivas de tratamento deste tumor. Portanto, este trabalho visa avaliar: I se há aumento da entropia local de rede em glioblastomas quando comparados ao tecido sadio; II: quais os genes responderiam pelo maior aumento de entropia e qual o papel biológico destes genes (em que rotas ou processos biológicos estariam atuando), III: se estas rotas ou processos biológicos apresentam alterações de expressão gênica, e IV: se algum dos genes alterados em nível de transcrição possui associação com prognóstico. Foi verificado: I: que Glioblastomas apresentam um aumento significativo da entropia local de rede em comparação a condição fisiológica normal. II: que os genes de maior ganho de entropia atuam em (28) processos biológicos relacionados com a biologia tumoral; III que estes processos biológicos têm alterações transcricionais (quando comparados com a situação fisiológica normal) em alguns de seus genes; IV que dentre todos os genes diferencialmente expressos nos (28) processos biológicos indicados pelos genes de entropia alterada, os genes PAK6 e MYC tiveram correlação com sobrevida em ambas as coortes analisadas. No entanto ao estratificar por idade, verificamos que esta relação se mantinha apenas em pacientes com idade inferior a 50 anos, onde verificou-se que PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 também tinha correlação com sobrevida, enquanto a expressão de duas formas da cinase dependente de cálcio/calmodulina (CAMK2A e CAMK2B) associou-se a um prognóstico ruim. Um estudo ainda mais aprofundado destes genes, bem como de outras enzimas chave nos processos identificados são promissores no sentido do desenvolvimento de estratégias de combate a glioblastomas. / Gliomas are the most common form of brain tumor in adults, being generally associated with dismal prognosis. Glioblastoma Multiform (GBM) is the most aggressive glioma subtype and – despite the recent advances in therapy regimens and patient care – median survival remains between 12 and 14 months after diagnosis, and the treatment is basically palliative. The development of GBM therapy is a difficult task, given that GBM possesses high levels of genomic instability, which consequently promotes the formation of a variety of highly proliferative, invasive and chemoresistant cell phenotypes. Such a genomic instability in tumors potentially impact the “stoichiometric” balance between functionally related proteins, mostly due to changes in transcriptional activity with these entities. Analyzing protein relations under a protein interaction network perspective allow studying the informational flux probability between linked proteins. It means that linked proteins with positive correlation are more prone to information flux than negatively correlated links. The local network entropy is an index which measures the “disorder” of the informational flux between a protein and its neighbors. Increased local network entropy was recently shown as a systemic hallmark of diverse tumors. However, to best of our knowledge, there are no studies investigating the significance of local network entropy changes in brain tumors thus far. We believe that understanding the network informational flux, and the biological processes affect in this context, can bring new insights on the pathobiology and drugable pathways in GBM. In this study, we aimed to investigate; i) whether the local network entropy of GBM differs from normal brain tissues; ii) which genes displayed increases in entropy and what biological pathways or processes they are involved in; iii) if the identified biological processes/pathways carry differentially expressed genes and; iv) whether some of the differentially expressed belonging to highly entropic pathways are correlated with GBM patients survival. In view of such a aims, our results showed that: i) GBMs showed a significant increase in local network entropy values when compared to non-tumor brain tissues; ii) genes with high entropy played a role in 28 biological processes potentially related to GBM physiopathology; iii) Several genes with the identified pathways were found overexpressed or down-regulated in tumor versus normal brain tissues and; iv) amidst them, the expressions of PAK6, PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 predicted better prognosis, while overexpression of two Calcium/Calmodulin Kinase isoforms (CAMK2A e CAMK2B) were correlated to poor prognosis; an effect only observed in patients younger (<50 years-old) at the age of diagnosis. In summary, this study shows that local network entropy in combination with pathway enrichment analysis are a useful strategy to improve our knowledge on the biological alterations as well as genes relevant to prognosis in GBM under a systems biology perspective.

Neste trabalho apresenta-se uma discussão geral sobre problemas inversos, problemas mal-postos c técnicas de regularização, visando sua aplicabilidade em problemas térmicos. Métodos numéricos especiais são discutidos para a solução de problemas que apresentam instabilidade em relação aos dados. Tais métodos baseiam-se na utilização de restrições ou informações adicionais sobre a solução procurada. O problema de determinação da condição inicial da equação do calor é resolvido numericamente através destas técnicas, particularmente a regularização de Tikhonov e o príncipio da máxima entropia conectados ao príncipio da discrepância de Morozov são utilizados. / In this work we present a general discussion on invcrse problems, ill-posed problems and regularization techniqucs, applying these techniques to thermal problcms. Special numerical methods are discusscd in order to solve problerns for which the solution is unstable under data perturbations. Such methods are based on the utilization of restrictions or additional information on thc solution. The problern of determining the initial condition of thc heat equation is numerically solved beyond thesc techniques, particularly thc T ikhonov regularization and thc maximum entropy principie connected to thc Morozov's discrepancy principie are used.

Nosso objetivo nesse trabalho é estudar o comportamento dos operadores de transferência em f0, 1gN2 , um associado ao deslocamento horizontal (se1 ) e outro associado ao deslocamento vertical (se2 ). Construímos uma equação cohomológica para fins de ampliar a gama de funções às quais os operadores de transferência se aplicam. Estudamos também o comportamento do operador de transferência obtido pela composição dos dois operadores citados e, em condições de comutatividade, encontramos um autovalor e uma autofunção associada, ambos estritamente positivos, e uma automedida para o operador dual, associada ao mesmo autovalor. Tal automedida é um estado de equilíbrio. Além disso, estudamos algumas propriedades ergódicas de transformações de blocos. / In this work we study the behavior of the transfer operators in f0, 1gN2 , one associated with horizontal shift (se1 ) and other associated with vertical shift (se2 ). We build a cohomological equation for the purpose of expanding the range of functions to which the transfer operators apply. We also study the behavior of the transfer operator obtained by the composition of the two cited operators and, in the conditions of commutativity, we find an eigenvalue and an associated eigenfunction, both strictly positive, and an eigen measuse for the dual operator, associated with the same eigenvalue. This eigen measure is an equilibrium state. Furthermore, we study some ergodic properties of block transformations.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:19Z : No. of bitstreams: 1 000851881.pdf: 1966900 bytes, checksum: f12318e1992f89b39d28775a2373ebce (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / FAPESP: 2013/1517-4

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2792.pdf: 3515985 bytes, checksum: 056774e7c8719b88f01098ba25cc4898 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Universidade Federal de Minas Gerais / The aging process is marked by several physiological changes, and the reduction in muscle strength is very important one. In order to minimize this force decline there are recommendations for using resistance training for elderly persons. Some studies available in the literature state that the eccentric contraction would be more suitable for the elderly, since it generates less cardiovascular overload during the exercise. However, the chronic effect of the eccentric strength training (EST) on the heart rate (HR) autonomic modulation is unclear. So, the aim of the first study was to investigate whether the EST changes HR and heart rate variability (HRV) during submaximal isometric contractions (SIC). This study included 17 volunteers who form divided into two groups: training group (9 men, 62 ± 2 years) and control group (8 men, 64 ± 4 years). The results indicate that although this type of training improves eccentric strength, the EST does not have any effect sufficient to promote changes in the autonomic control of HR during isometric exercise. Another important factor to consider is the increase in incidence of cardiovascular disease that occurs with aging. Furthermore, there are modifications of autonomic control of HR related to ageing that are detected by the reduction in HRV and changes in the complexity of physiological dynamics. Based on these considerations the aim of the second study was to verify whether changes in HR modulation, caused by the aging process, can be detected by the Shannon entropy (SE), conditional entropy (CE) and symbolic analysis (SA). In this study were evaluated 21 elderly (63 ± 3 years) and 21 young (23 ± 2 years). Elderly present distributions of patterns in HRV that are similar to young subjects. However, the patterns are more repetitive, thus reducing the complexity. This decrease of complexity comes from the increased presence of stable patterns and a decreased presence of highly variable patterns. This difference indicates that apparently healthy older subjects have a marked unbalance in autonomic regulation. The results of the second study indicate that non-linear approaches might be helpful to better characterize the changes on the autonomic control of HR in the aging process. / O processo de envelhecimento é marcado por várias transformações fisiológicas, dentre estas se observa uma redução da força muscular. Existem recomendações para o uso do treinamento contra resistência para a população idosa com intuito de amenizar este declínio. Ainda, estudos na literatura referem que a contração do tipo excêntrica seria a mais adequada para indivíduos idosos, uma vez que gera menor sobrecarga cardiovascular no momento da realização da contração. No entanto, não está claro o efeito crônico de um treinamento de força excêntrica (TFE) sobre a modulação autonômica da frequência cardíaca (FC). Assim o primeiro estudo teve como objetivo investigar se o TFE modifica a FC e variabilidade da frequência cardíaca (VFC) durante contrações voluntárias isométricas submáximas (CVIS). Participaram deste estudo 17 voluntários que foram alocados em dois grupos: grupo treinamento (9 homens, 62 ± 2 anos) e grupo controle (8 homens, 64 ± 4 anos). Os resultados obtidos indicam que apesar deste tipo de treinamento melhorar a força excêntrica, este não causou adaptações suficientes para promover alterações no controle autonômico da FC durante exercício isométrico. Outro fator importante a ser considerado é o aumento da incidência da doença cardiovascular com o envelhecimento. Somado a isso, tem sido observado que com o avanço da idade o controle autonômico da FC também sofre modificações constatadas por uma redução da VFC e mudanças na complexidade das dinâmicas fisiológicas. Diante destas considerações foi conduzido o segundo estudo que teve por objetivo verificar se as alterações na modulação da FC, causada pelo processo do envelhecimento, podem ser detectadas pela entropia de Shanon (ES), entropia condicional (EC) e análise simbólica (AS). Foram avaliados 23 idosos (63±3 anos) e 21 jovens (23±2 anos). Observou-se que com o processo de envelhecimento as distribuições de padrões presentes na VFC permanecem similares aos indivíduos jovens. No entanto, os padrões são mais repetitivos, reduzindo assim a complexidade. Esta redução é o resultado do aumento da presença de padrões estáveis e da diminuição de padrões altamente variáveis. Estas diferenças indicam que indivíduos idosos aparentemente saudáveis, apresentam um desequilíbrio na regulação autonômica cardíaca. Os resultados do segundo estudo indicam que as análises empregadas podem ser úteis para melhor caracterizar as alterações no controle autonômico da FC, decorrentes do avanço da idade.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3968.pdf: 7416090 bytes, checksum: 78aedd6ebb19c7d1e3e416326b438263 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Financiadora de Estudos e Projetos / The study of heart rate variability (HRV) has been used to assess the cardiac autonomic control in different population both on the supine position and during exercise test. The reduction of cardiac autonomic control has been observed in coronary artery disease (CAD) patients, since the progression of CAD to acute myocardial infarction (AMI) can be related with symphatovagal imbalance. The HRV has been traditionally assessed by linear methods, but in recent years, the use of some nonlinear methods has provided additional data, which does not uncovered by linear analysis. Thereby, the first study had the aim to compare the HRV of CAD patients with and without AMI (CAD-AMI) with health-matched controls by linear (spectral analysis) and nonlinear (Shannon entropy, conditional entropy and symbolic analysis). Fifty-six men were divided into three groups: healthy (n=19, 57±4 years), CAD (n=20, 56±10 years) and CAD-AMI (n=19, 54±12 years). There was no difference between the groups regarding cardiac autonomic modulation by linear (spectral analysis) and nonlinear (Shannon entropy, conditional entropy and symbolic analysis). These results may be due to beta-blocker use, coronary angioplasty, exercise capacity of healthy subjects and methodology this study. Thereby, in studied conditions, methods of analysis used showed no difference in cardiac modulation between groups. On the other hand, CAD can be to take together type 2 diabetes (T2D), which is a disease that worsens the impairment of cardiac autonomic modulation. Other method used in this study, is assessment the behavior of hear rate response and variability in the phase recovery after physical exercise. Therefore, the incidence of cardiovascular events is higher in CAD patients with type 2 diabetes (CAD+T2D) than in CAD patients without T2D. There is increasing evidence that the recovery phase after exercise is a vulnerable phase for various cardiovascular events. However, the second study had the aim to assess the autonomic regulation of CAD patients with and without T2D during post-exercise condition. One-hundred-two patients were divided into two groups: CAD (n=68, 61±5 years) e DAC+DT2 (n=64, 62±5 years), which underwent cardiopulmonary exercise testing. The result of second study indicated that DAC+T2D patients had a higher delay of heart rate recovery in comparison with DAC patients without T2D. However, there no differences between the groups in heart rate recovery after adjustment for exercise capacity, body mass index and medications. Thereby, the result of this second study suggesting impairment of cardiac autonomic control after exercise in diabetic patients compared x with non-diabetic patients is more closely related to low exercise capacity and obesity than to T2D itself. / O estudo da variabilidade da frequência cardíaca (VFC) tem sido utilizado para avaliar o controle autonômico da frequência cardíaca de diferentes populações, tanto em condições de repouso quanto durante a realização de exercício físico. A redução da modulação autonômica cardíaca tem sido observada em pacientes com doença arterial coronariana (DAC), sendo que, a progressão da DAC para o infarto agudo do miocárdio (IAM), pode estar relacionada a um desequilíbrio simpatovagal. A VFC tem sido tradicionalmente avaliada por métodos lineares, entretanto, nos últimos anos, alguns métodos não lineares têm fornecido dados adicionais os quais não são identificados pela análise linear. Assim, o primeiro estudo teve o objetivo de comparar a VFC de pacientes com DAC com e sem IAM com saudáveis da mesma faixa etária por meio da análise linear (análise espectral) e não-linear [Entropia de Shannon (ES), entropia condicional (EC) e análise simbólica (AS)]. Foram selecionados 56 homens que foram divididos em 3 grupos: saudável (n=19, 57±4), DAC (n=20, 56±10) e DAC-IAM (n=19, 54±12). Não houve diferença entre os grupos com relação a modulação autonômica cardíaca avaliada com os métodos linear (análise espectral) e não-linear (SA, ES e EC). Esses resultados podem ser devidos ao uso de betabloqueador, angioplastia coronariana, a capacidade física dos indivíduos saudáveis bem como o protocolo utilizado. Conclui-se que, nas condições estudadas, os métodos de análise utilizados não mostraram diferenças na modulação autonômica cardíaca entre os grupos estudados. Por outro lado, a DAC pode estar acompanhada de diabetes tipo 2 (DT2), que é uma doença que agrava o comprometimento da modulação autonômica cardíaca. Outro método usado para esse trabalho, foi estudo da resposta da frequência cardíaca e da sua variabilidade no período de recuperação e após o exercício físico. Há evidências que a recuperação após o exercício é uma fase vulnerável a vários eventos cardiovasculares. Portanto, o segundo estudo teve o objetivo de avaliar a regulação autonômica de pacientes com DAC com e sem DT2 na condição pós-exercício. Foram avaliados 132 pacientes divididos em 2 grupos: DAC (n=68, 61±5 anos) e DAC+DT2 (n=64, 62±5 anos) os quais foram submetidos a um teste cardiopulmonar sintoma limitado. Os resultados do segundo estudo indicam que os pacientes do grupo DAC+DT2 apresentaram uma atraso na FC de recuperação no pós-exercício quando comparados com aqueles do grupo DAC. Entretanto, após o ajuste com índice de massa corporal, capacidade física e medicação, as diferenças observadas entre os grupos em relação a FC de recuperação, desapareceram. Portanto, viii os resultados do segundo estudo sugerem que a perda do controle autonômico da FC no pós exercício observado nos pacientes DAC+DT2 pode estar mais relacionado a baixa capacidade física e a obesidade que a DT2 por si mesma.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-08-11T17:54:07Z No. of bitstreams: 1 2017_GizeleFernandaAbdonJúlio.pdf: 8246830 bytes, checksum: 08a772c1a262f57b66e4c717dccfd722 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-26T16:34:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_GizeleFernandaAbdonJúlio.pdf: 8246830 bytes, checksum: 08a772c1a262f57b66e4c717dccfd722 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T16:34:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_GizeleFernandaAbdonJúlio.pdf: 8246830 bytes, checksum: 08a772c1a262f57b66e4c717dccfd722 (MD5) Previous issue date: 2017-09-26 / Sistemas de múltiplas vistas são amplamente empregados na criação de vídeos 3D e de aplicações de ponto de vista livre. As múltiplas vistas, contendo vídeos de textura (cor) e profundidade, devem ser eficientemente comprimidas para serem transmitidas ao cliente e podem servir para síntese de vistas no receptor. Nesse contexto, a proposta deste trabalho é desenvolver um pré-processamento baseado no modelo de Distorção de Profundidade Admissível (ADD) que atue sobre os mapas de profundidade antes da codificação destes. Esse trabalho explora o modelo ADD e, adicionalmente, propõe a escolha e substituição dos valores de profundidade para aumentar a compressão dos mesmos de acordo com a distribuição dos blocos (coding units) empregados por codificadores padrões. Este pré-processamento tem como intuito a diminuição da carga de transmissão sem gerar perdas de qualidade na síntese da vista. Os histogramas dos mapas de profundidade após o pré-processamento são modificados, pois a alteração dos valores de profundidade dependerá da localização dos blocos. Os resultados mostram que é possível alcançar ganhos de compressão de até 13.9% usando o método da Mínima Variância no Bloco-ADD (ADD-MVB) sem a introdução de perdas por distorção e preservando a qualidade das imagens sintetizadas. / Multiview systems are widely used to create 3D video as well as in FreeViewpoint Video applications. The multiple views, consisting of texture images and depth maps, must be efficiently compressed and trasmitted to clients where they may be used towards the synthesis of virtual views. In this context, the Allowable Depth Distorion (ADD) has been used in a preprocessing step prior to depth coding. This work explores ADD and, additionally, the choice of depth value to increase compression for transmission in accordance to the distribution of blocks (e.g., coding units) commonly employed by standardized coders without generating synthesis quality losses. Their histograms will be modified depending on the location and where the pixel belongs in the image. Experimental results show that our proposal can achieve compression gains of up to 13.9% applying the minimum variance method within a block, without introducing losses in terms of distortion and preserving synthesized image quality.

O câncer é uma doença originada a partir de mutações no genoma. Um dos principais tipos de mutação são as variações do número de cópias gênicas, que ocorre quando o número de cópias de uma determinada região genômica difere de dois. Esta variação pode alterar a expressão gênica e contribuir para a progressão tumoral. Recentes plataformas experimentais permitem medir o número de cópias gênicas para todo o genoma. Entretanto, aberrações que contém oncogenes e surpessores tumorais normalmente também possuem genes que não estão relacionado com o câncer. O uso combinado de diversos pacientes têm sido uma estratégia utilizada para solucionar este problema, entretanto, esta aboradagem carece de métodos matemáticos adequados. Nesta dissertação, um novo método para identificar regiões aberrantes em um conjunto de experimentos de medição de número de cópias gênicas é apresentado, utilizando a entropia como medida de aberração biológica. Seu desenpenho superou os outros dois métodos disponíveis para o memso tipo de análise. Adicionalmente, foi desenvolvida uma ferramenta gráfica para a visualização e análise dos dados. A nova metodologia foi aplicada a estimativas de número de cópias gênicas de 167 amostras de glioblastoma multiforme geradas pelo projeto The Cancer Genome Atlas, um dos maiores projetos de câncer da atualidade. Ao total, 31 regiões de interesse foram econtradas, sendo que 8 destas regiões são mutações já descritas em GBM, contendo os genes: EGFR , MDM2, MDM4, CDK4, PTEN, PDGFRA, CDKN2A e CHD5. Oncogenes e supressores tumorais que atuam em outros cânceres também foram encontrados nos resultados, assim como alguns genes sem prévia relação com câncer. / Cancer is a disease originated from mutations in the genome. One of the main types of mutations is the copy number variation, which is defined when a certain region of the genome has a copy number different than two. This variation may alter gene expression and modulate tumor progression. Recent experimental platforms allow the measure of copy number in a genomic scale, however, these aberrations encompass oncogenes and tumor suppressor together with genes that are not related to cancer. The use of set of experiments from several patients is normally used as a solution for this problem, however, this approach lacks adequate mathematical methods for indentifying biologically important regions. In this dissertation, a new method for finding aberrant regions in a set of copy number experiments is presented, using the entropy as a measure for biological aberration, and outperforming other methods with similar propose. Moreover, a graphical tool was developed to visualization and analysis of the data. The new methodology was applied in 167 copy number experiments from glioblastoma multiforme samples generated by The Cancer Genome Atlas project, one of the biggest projects on cancer research. As a result, 31 aberrant regions were found, being 8 of these regions previously known in glioblastoma multiforme, carrying the genes: EGFR , MDM2, MDM4, CDK4, PTEN, PDGFRA, CDKN2A and CHD5. Other oncogenes and tumor suppressors that are important in other types of cancer were also found as well as genes without previously described relation with cancer.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10Bitstream added on 2014-06-13T20:10:06Z : No. of bitstreams: 1 silva_da_me_sjrp.pdf: 1617803 bytes, checksum: ac272edc3fa2d00a58fa6e743064acda (MD5) / Embolização e quimioembolização são exemplos de procedimentos minimamente invasivos aplicados em medicina com objetivo de evitar e/ou amenizar efeitos colaterais causados por tratamentos e intervenções cirúrgicas convencionais. Partículas de poli(álcool vinílico) (PVA) destacam-se entre os materiais utilizados nesses procedimentos por apresentarem características físico-químicas desejáveis como elevada compressibilidade, biocompatibilidade e biodegradabilidade. A proposta deste trabalho foi sintetizar e caracterizar microesferas de PVA/PVAc com tamanhos de partículas entre 30µm e 1200µm por reação de polimerização em suspensão seguida por uma etapa de saponificação. Além disso, estudar a influência da concentração de solução alcalina no processo de saponificação. A caracterização morfológica e estrutural foi feita com auxílio das técnicas de microscopia eletrônica de varredura (MEV) e difração de raios-X (DRX). Além da caracterização físico-química, foi realizado o estudo histopatológico mediante implante subcutâneo das partículas em ratos, análise de dimensão fractal e entropia de Shannon. Os resultados mostraram que a concentração de solução alcalina exerce forte influência na cristalinidade, coloração e características superficiais do polímero obtido. As partículas com alta cristalinidade (saponificadas com solução 25 mol/L de NaOH) induziram à reação inflamatória similar ao comportamento observado para partículas disponíveis comercialmente, enquanto que as partículas menos cristalinas (saponificadas com solução 4 mol/L de NaOH) resultaram em baixa intensidade de reação inflamatória no tecido celular subcutâneo dos ratos. Dimensão fractal... / Embolization and chemoembolization are examples of minimally invasive procedures applied in medicine in order to avoid and/or reduce side effects caused by conventional treatments and surgeries. Particles of poly(vinyl alcohol) (PVA) stand out among these materials due to desirable physical and chemical characteristics such as high compressibility, biocompatibility and biodegradability. The purpose of this study was to synthesize and characterize PVA/PVAc microspheres with sizes between 30µm and 1200µm by reaction of suspension polymerization step followed by a process of saponification. Moreover, study the influence of the concentration of alkaline solution in the process of saponification. The morphological and structural characterization was made with scanning electron microscopy (SEM) and X-ray diffraction (XRD). In addition to the physico-chemical characterization, it was carried the histopathological study by subcutaneous implantation of particles in rats, analysis of fractal dimension and Shannon´s entropy. The results indicated that the concentration of alkaline solution strongly influence the crystallinity, color and surface characteristics of the polymer. Highly crystalline particles (saponified with 25 mol/L NaOH) induced inflammatory reaction similar to the behavior observed for the commercial particles, while particles with lower crystallinity (saponified with 4 mol/L NaOH) presented lower inflammation in the subcutaneous tissue of rats. Fractal dimension and Shannon´s entropy showed satisfactory correlation with the histopathological analysis: the values have changed as the permanence time of particles in rats, behavior was satisfactory from a clinical standpoint because it corroborates the qualitative changes observed in the subcutaneous tissues in response to disturbance of the immune... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Richerland Pinto Medeiros null (rick.land@gmail.com) on 2017-06-27T15:12:38Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_RICHERLAND_MEDEIROS.pdf: 1209454 bytes, checksum: 251490a058f4248162de9508b4627e65 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-06-27T17:04:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 medeiros_rp_me_bauru.pdf: 1209454 bytes, checksum: 251490a058f4248162de9508b4627e65 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-27T17:04:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 medeiros_rp_me_bauru.pdf: 1209454 bytes, checksum: 251490a058f4248162de9508b4627e65 (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / Esta pesquisa tem como objetivo analisar o uso da técnica estatística de aprendizado de máquina Maximização de Entropia, voltado para tarefas de processamento de linguagem natural na inferência de emoções em textos obtidos da rede social Facebook. Foram estudados os conceitos primordiais das tarefas de processamento de linguagem natural, os conceitos inerentes a teoria da informação, bem como o aprofundamento no conceito de um modelo entrópico como classificador de textos. Os dados utilizados na presente pesquisa foram obtidos de textos curtos, ou seja, textos com no máximo 500 caracteres. A técnica em questão foi abordada dentro do aprendizado supervisionado de máquina, logo, parte dos dados coletados foram usados como exemplos marcados dentro de um conjunto de classes predefinidas, a fim de induzir o mecanismo de aprendizado a selecionar a classe de emoção mais provável dado o exemplo analisado. O método proposto obteve índice de assertividade médio de 90%, baseado no modelo de validação cruzada. / This research aims to analyze the use of entropy maximization machine learning statistical technique, focused on natural language processing tasks in the inferencing of emotions in short texts from Facebook social network. Were studied the primary concepts of natural language processing tasks, IT intrinsic concepts, as well as deepening the concept of Entropy model as a text classifier. All data used for this research came from short texts found in social networks and had 500 characters or less. The model was used within supervised machine learning, therefore, part of the collected data was used as examples marked within a set of predefined classes in order to induce the learning mechanism to select the most probable emotion class given the analyzed sample. The method has obtained the mean accuracy rate of 90%, based on the cross-validation model.