Orientadora: Marileda Bonafim Carvalho / Banca: Julieta Rodini Engracia Moraes / Banca: Aguemi Kohayagawa / Resumo: Para este estudo foram avaliados 20 cães adultos sadios (10 machos e 10 fêmeas) e 24 cães adultos (16 machos e 8 fêmeas) com insuficiência renal crônica (IRC), com o objetivo de estudar a proteinúria. Foram empregadas técnicas para determinação quantitativa de proteína da urina e para a separação de suas frações por meio de SDS-PAGE. As quantidades de proteínas presentes na urina de cães sadios foram pequenas, mas o estudo dos perfis eletroforéticos mostrou haver diferenças entre machos e fêmeas. Apesar da ampla variação das concentrações de proteínas entre os animais, o grupo dos portadores de IRC apresentou proteinúria intensa. Os resultados dos portadores de IRC foram agrupados de acordo com o sexo ou em função do tipo de lesão renal predominante, para comparação dos eletroforetogramas. As análises revelaram que os perfis eletroforéticos seguem um padrão para os machos e outro pra as fêmeas. Ainda, o padrão o perfil eletroforético observado quando há predomínio de lesões glomerulares difere do observado quando há predomínio de lesões túbulo-intersticiais. / Abstract: This trial was conducted in 20 adult health dogs (10 male and 10 female) and in 24 adult dogs (16 male and 8 female) in chronic renal failure (CRF), in order to study urinary protein loss. Determination of total urinary proteins and their separation with SDS-PAGE were employed. The results show that CRF dogs had higher proteinuria when compared to controls and the amount of detected protein had large difference among them. In the CRF there are different patterns of protein bands occurrence and distribution according to the patient sex and predominant renal lesion. The difference between protein bands occurrence of male and female already exists in normal dogs. / Mestre

A aplicação de métodos de tipificação baseados na caracterização fenotípica e genotípica em vários pontos da cadeia de produção de suínos pode ser uma importante ferramenta para identificar a principal fonte de contaminação por Salmonella sp. A partir disso, o trabalho propôs tipificar uma coleção de 97 amostras de Salmonella enterica subsp. enterica ser. Typhimurium (ST) isolada de suínos levados ao abate em três diferentes frigoríficos no Rio Grande do Sul, por meio de fagotipificação, hibridização com IS200, resistência a antimicrobianos, amplificação da região spvR, amplificação de sequências repetitivas (rep-PCR) e PFGE. Paralelamente, os isolados de ST foram avaliados frente a dois desinfetantes (amônia quaternária e iodofor) pela técnica da diluição em tubo. Os isolados foram classificados em 12 fagotipos distintos, sendo o DT177 o mais freqüentemente identificado. Houve o predomínio de um padrão único de hibridização com o IS200 e em apenas três isolados, a região spvR foi detectada. Um alto número de amostras resistentes à tetraciclina, sulfonamida e estreptomicina foi encontrado, sendo o perfil de resistência relacionado ao frigorífico de origem dos isolados. No rep-PCR, usando seqüências iniciadoras para REP e ERIC, um único padrão de bandas foi gerado entre os isolados de ST. A análise por PFGE mostrou doze diferentes padrões de bandas. Sessenta e quatro isolados apresentaram um padrão idêntico no PFGE. Todas amostras foram inibidas pelo composto quaternário de amônio, na concentração recomendada pelo fabricante e numa concentração inferior à indicada. Frente ao iodofor, quatro amostras mostraram-se resistentes na concentração indicada e 59 na sub-concentração. A combinação da fagotipificação e do perfil de PFGE permitiu alcançar uma melhor discriminação das amostras, sendo essas técnicas consideradas as mais adequadas. Por outro lado, a presença de linhagens clonais parecem estar presentes na região, indicando possíveis pontos comuns de infecção.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000063.pdf: 1337362 bytes, checksum: fdc0d841069eb0184e4ae777bec25b84 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença infecciosa transmitida através da picada de pulgas infectadas. O homem se contamina acidentalmente ao entrar em contato com roedores ou outros animais infectados (raposas, cães e gatos) e suas pulgas. A Y. pestis é uma espécie muito homogênea, fenotipicamente, apresentando um sorotipo, um fagotipo e três biotipos. Diferentes métodos moleculares foram utilizados em estudos epidemiológicos para discriminar cepas bacterianas. No entanto, para Y. pestis isoladas em focos do Nordeste do Brasil, a maioria dos marcadores estudados não conseguiram discriminar as cepas originadas de diferentes hospedeiros, períodos e locais de isolamento. A eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é caracterizada pela separação de fragmentos de DNA obtidos por digestão dos cromossomos com endonucleases de restrição. Essa técnica é considerada o padrão ouro dos métodos de tipagem molecular, sendo altamente discriminatória e válida para muitos patógenos bacterianos, inclusive Y. pestis de outros focos do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis através do PFGE. Das 43 cepas de Y. pestis, 36 foram usadas para padronização da técnica e 22 cepas, obtidas antes e durante um surto de peste ocorrido no Estado da Paraíba, para avaliação do PFGE. De acordo com padrões encontrados com a endonuclease de restrição AscI, 19 perfis foram gerados. Esses genótipos foram enquadrados em oito grupos (A-H) geneticamente relacionados. A técnica do PFGE mostrou se capaz de diferenciar as cepas de Y. pestis obtidas em diferentes municípios, antes e durante o surto de peste. De acordo com a variabilidade dos padrões de restrição e o alto poder discriminatório, a técnica PFGE pode ser utilizada para diferenciação e análise de novos isolados. A padronização do protocolo do PFGE para genotipagem das cepas brasileiras de Y. pestis pode ser útil na compreensão e controle da expansão da peste

Made available in DSpace on 2014-09-24T12:58:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Mestrado-Karine Rangel.pdf: 1004449 bytes, checksum: c343ca975f102dd4b196cf03888ac1f2 (MD5) Previous issue date: 2004 / Pseudomonas aeruginosa é um dos principais patógenos nosocomiais. Atualmente, a emergência de clones multirresistentes causando surtos hospitalares têm sido descritas em diversos países, inclusive no Brasil e consiste num grave problema. A resistência adquirida aos β-lactâmicos, que estão entre as drogas de primeira linha indicadas para o tratamento de infecções causadas por P. aeruginosa, pode ser resultante da produção de β-lactamases. Neste estudo, foram analisadas 214 P. aeruginosa isoladas de pacientes internados em hospitais de São Luís do Maranhão no período de junho de 2001 a junho de 2002. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi avaliada pelo método de disco-difusão conforme as recomendações do NCCLS. A presença das seguintes séries de genes codificadores de β-lactamases: CARB, IMP, OXA, PSE, SHV, SPM, TEM e VIM foi determinada através da técnica da PCR em isolados que apresentaram-se positivos em testes de detecção fenotípicos ou que apresentaram perfil de resistência característico para as séries de β-lactamases citadas. Vários isolados apresentaram diferentes séries de β-lactamases, e apenas as séries de metalo-β-lactamases IMP e VIM não foram detectadas nos isolados estudados. A caracterização genotípica dos isolados produtores de β-lactamases foi realizada através de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), após tratamento do DNA cromossômico com a enzima de restrição Spe I. Foram observados diversos genótipos entre os isolados que apresentaram a mesma série de β-lactamases, mostrando a disseminação destas enzimas nesta espécie nos hospitais de São Luís do Maranhão. Apenas os isolados produtores da enzima SPM-1 apresentaram o genótipo 3 que foi detectado nos últimos 5 meses do estudo, sugerindo o início da introdução desta metalo-β-lactamase no Maranhão. Estudos relacionados à caracterização molecular e resistência a antimicrobianos de isolados hospitalares podem fornecer informações fundamentais para auxiliar as ações dos programas de controle de infecções hospitalares. Nossos resultados mostram a importância da detecção de isolados de P. aeruginosa produtores de β-lactamases, que na maioria dos casos teriam opções terapêuticas limitadas, para prevenir o espalhamento destes e os conseqüentes surtos hospitalares. / Pseudomonas aeruginosa is one of the most common and important nosocomial pathogen. β-lactams antibiotics represent the most commonly prescribed antibacterial agents for treating infections caused by P. aeruginosa. Strains with adquired resistance to β-lactams may be result from the production of β-lactamases. In this study, we analysed 214 isolates of P. aeruginosa obtained from clinical specimens taken from patients hospitalized in Sao Luis do Maranhão from June 2001 to June 2002. Susceptibility tests were determined by the disk diffusion method in accordance with NCCLS guidelines. The presence of genes encoding CARB, IMP, OXA, PSE, SIIV. SPM, TEM and VIM β-lactamases were investigated by PCR in DNA of the isolates that showed particularly resistant phenotypes or in β-lactamase producers detected by phenotypic tests. Several isolates produced different β-lactamases types. None of the isolates gave positive PCR results for sequences encoding IMP or VIM enzyme types. Genetic characterization of isolates β-lactamase producers was performed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the restriction endonuclease Spel. By PFGE twenty-six genotypes were found in P. aeruginosa isolates β-lactamases producers. P. aeruginosa isolates exhibiting one of β-lactamase types (CARB, OXA, PSE, SHV or TEM) revealed several genotypes indicating the nosocomial spread of these β-lactamases. The SPM β-lactamase type was detected only in isolates belonging to genotype 3. The presence of P. aeruginosa carrying the blaspm gene in the last five months studied suggested the introduction of this metalo-β-lactamase. Genetic characterization of nosocomial isolates and antimicrobial resistance studies is important to support and enhance the efforts of the infection control programs. Our results showed that the detection of P. aeruginosa aeruginosa β-lactamase producers that have limited therapeutic options is necessary for protection against spreading nosocomial these isolates.

Made available in DSpace on 2014-07-28T18:09:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 103.pdf: 652449 bytes, checksum: ea164ab2e7463c3fab8f472fadef32d6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Made available in DSpace on 2014-12-22T16:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 103.pdf: 652449 bytes, checksum: ea164ab2e7463c3fab8f472fadef32d6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Staphylococus aureus e Staphylococcus Coagulase negative(CNS) são reconhecidos como causadores de infecções hospitalares e comunitárias em todas as regiões do mundo. Nós estudamos a produção de biofilme em 43 cepas de Staphylococus aureus meticilina resistente (MRSA) e em 21 isolados de Staphylococus epidermidis meticilina resistente (MRSE) e a susceptibilidade a antibióticos destas cepas que foram obtidas de pacientes infectados do Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), localizado na cidade de Niterói no estado do Rio de Janeiro. Foi realizado também a Eletroforese em campo pulsado (PFGE) de fragmentos de macrorestrição de SmaI do DNA genômico, bem como a tipificação do cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec).Os isolados que carreaiam mecA foram usados para estudar a distribuição do tipo clonal entre 43 cepas de MRSA colhidas no HUAP de 2003 a 2006. Nossos resultados demonstraram que a maioria das cepas de MRSA (83.7 por cento) e MRSE (52,4 por cento) produziram biofilme,e altas taxas de resistência de MRSA e MRSE à eritromicina, à clindamicina e ao ciprofloxacino foram observadas. Dois tipos clonais predominantes (A e B) foram identificados por PFGE, tendo ambos compreendendo a maioria das cepas (32,6 por cento cada um). De acordo com a tipificação de SCCmec, o SCCmec tipo IV foi o que prevaleceu (51,2 por cento). Porém, o mais interessante em nosso estudo foi a mudança observada no background genético dos MRSA isolados do HUAP, pois o Clone Epidêmico Brasileiro(CEB) que era o clone predominante neste hospital, está sendo substituído pelo USA-400, um clone que a princípio foi denominado de clone comunitário Staphylococcus aureus meticilina resistente (CA-MRSA). / Staphylococus aureus and coagulase-negative staphylococci (CNS) are recognized as causing nosocomial and community-acquired infection in every region of the world. We study biofilm production in 43 isolates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and 21 isolates methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) and the antibiotics susceptibilities of these strains that were obtained from infected patients at Antônio Pedro University Hospital (HUAP) located in Niterói city, Rio de Janeiro. In addition, Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of SmaI macrorestriction fragments of genomic DNA as well as staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) typing for mecA-carrying isolates were used to study the distribution of clonal types among 43 MRSA recovered in HUAP between 2003 and 2006. Our results demonstrated that the majority strains of MRSA (83.7%) and MRSE (52,4%) produced biofilm and high resistance of MRSA and MRSE to erytromicin, clindamicin and ciprofloxacin were observed. The two major clones types (A and B) were identified by PFGE, with both them comprising the majority of strains (32,6% each). According to SCCmec typing, SCCmec type IV were the most prevalent type, showing 51,2% . But the most interesting in our study is a changed observed in the genetic background of MRSA isolates from HUAP, because of Brazilian clone, which was the major clone in this hospital, was replaced by the USA-400, one type of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA).

Made available in DSpace on 2016-03-10T13:18:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 simone_kikuchi_ioc_dout_2014.pdf: 2479959 bytes, checksum: 2a905b9a047aa9c1b82436e5810d80f4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A doença de Chagas é uma doença tropical negligenciada que atinge principalmente a América Latina. Trypanosoma cruzi, agente etiológico desta enfermidade, é largamente distribuído no continente americano e apresenta uma grande variabilidade fenotípica e genotípica em suas cepas. Os fatores que determinam as diferentes formas clínicas da doença, assim como as razões pela qual uma cepa apresenta tropismo diferenciado não estão claros. De forma semelhante, a correlação entre a variabilidade genética do parasito, sua relação com o desenvolvimento clínico da doença, assim como sua distribuição geográfica também não está bem estabelecida. Estas observações associadas com a variabilidade na resposta ao tratamento conduzem ao fato de que este cenário complexo, possivelmente, será mais bem entendido quando houver uma completa caracterização do parasito e o entendimento da relação parasito-hospedeiro na doença de Chagas. Desta forma, com o objetivo de estudar esta diversidade, caracterizações de populações deste parasito têm sido realizadas através de técnicas biológicas, bioquímicas e moleculares tentando associar determinado grupo de parasito a um determinado perfil epidemiológico. Neste estudo, foram utilizados parâmetros moleculares e bioquímicos para caracterização de amostras de T.cruzi isolados silvestres de Triatoma vitticeps do município de Santa Maria Madalena (Rio de Janeiro) e cepas da Amazônia (Manaus e Barcelos). Estudos baseados no perfil eletroforético de isoenzimas, propuseram que o T.cruzi fosse classificado em 3 zimodemas (ZI, ZII e ZIII). Posteriormente, através de diversas técnicas de biologia molecular,classificou-se as cepas em duas grandes linhagens filogenéticas: T.cruzi I (que se correlaciona ao ZI) e T.cruzi II (que se correlaciona ao ZII) Dados ecológicos e moleculares sugerem que as cepas pertencentes ao ZIII estejam mais relacionadas a T. cruzi I do que T. cruzi II, mas na realidade a posição de ZIII permanece controversa. A diversidade encontrada entre os isolados, bem como entre estes e cepas já estabelecidas nos leva a indagações sobre as moléculas de superfície destas populações e de que forma estas poderiam influenciar na interação parasito-hospedeiro. Este trabalho tem como objetivo principal definir o mapa de proteínas solúveis das cepas e isolados pertencentes ao ZIII ressaltando as diferenças existentes. Desta forma, buscamos analisar as os mapas proteícos, perfil de proteases e estudar a expressão de glicoproteínas de superfície (Gp 82, Gp 35/50, Gp 90) destes isolados de T. cruzi (ZIII) (epimastigota e tripomastigota) obtidos de triatomíneos silvestres. Para isto foram utilizadas as técnicas de eletroforese bidimensional e espectrometria de massa. Foi feita a padronização de protocolos para a obtenção de extratos protéicos das formas epimastigotas e da separação das proteínas por eletroforese bidimensional. Os ensaios realizados na faixa de pH 3-10, revelaram uma grande diversidade de spots. Entretanto, quando a faixa de pH foi diminuida (4-7) houve um aumento no número de spots revelados. Uma diversidade considerável na expressão de proteína bem como na intensidade de vários spots também foi observada entre as cepas e isolados estudadas. Experimentos de western blot e citometria de fluxo mostraram uma expressão diferencial das gps nos diferentes isolados. Esses resultados contribuem para o conhecimento e registro do perfil de alguns isolados silvestres de T. cruzi em regiões ainda não acometidas pela doença. Nossos resultados apontaram uma heterogeneidade destes isolados de T. cruzi relacionados à biologia e expressão diferencial de enzimas de superfície / Chagas disease is a neglected tropical disease which affects mainly Latin America. Trypanosoma cruzi , the etiologic agent of Chagas disease, is widely distributed in the American continent. The factors that determine the different clinical forms of the disease, as well as the reasons why one strain shows differential tropism are not clear. Similarly, the correlation between the genetic variability of the parasite, its relationship with the clinical development of the disease, as well as their geographical distribution is also not well established. Genetical studies are important to clarify the intra - specific heterogeneity of the parasite, the study of the biological behavior and the host - parasite relationships could clarify the importance of different strains, in the determination of clinico - pathological manifestations of Chagas' disease. These observations associated with the variability in response to treatment leads to the fact that this complex scenario possibly be better understood when there is a complete characterization of the parasite and the understanding of host - parasite relationship in Chagas disease. Thus, aiming t o study aim of studying this diversity characterizations of populations of this parasite have been done by biological, biochemical and molecular techniques trying to associate certain group of a given parasite epidemiology. In this study, molecular and bio chemical parameters for the characterization of T. cruzi isolated from Triatoma vitticeps municipality of Santa Maria Madalena (Rio de Janeiro) and strains of the Amazon (Manaus and Barcelos) were used. Studies based on enzyme electrophoresis profile clust ered T.cruzi isolates into 3 zymodemes (ZI, ZII and ZIII). Molecular techniques showed a dimorphism among the isolates, grouping them into T.cruzi I (related to ZI) and T.cruzi II (related to ZII). Ecological and molecular data suggest that ZIII strains ar e more related to T. cruzi I than T. cruzi II , but their exact phylogeny is an unresolved issue. This work aims to define the map of soluble proteins of strains and isolates belonging to ZIII highlighting the differences. The diversity found among isolates , as well as between them and established strains leads to questions about the surface molecules of these populations and how these could influence the host - parasite interaction. Thus, we seek to analyze the protein maps, profile of proteases and study the expression of surface glycoproteins (Gp 82, Gp 35/50, Gp 90) of these isolates of T. cruzi (ZIII) (epimastigote and trypomastigote) obtained from silvatic triatomine s . To this end the techniques of two - dimensional electrophoresis and mass spectrometry wer e used. The present work describes the standardization of a protocol in order to obtain reproducible extraction and separation of soluble proteins using two dimensional gel electrophoresis from different ZIII strains. The experiments carried out in pH 3 - 10 , revealed a great diversity of spots . Further separation using a narrow pH range (4 - 7) showed an increase in number of spots. A considerable diversity in protein expression as well as the intensity of various spots was also observed between the strains a nd isolates studied. Experiments western blot and flow cytometry showed a differential expression of the different GPS isolated. These results contribute to the knowledge and record of some wild isolates of T. cruzi in areas not yet affected by the disease profile. Our results showed a heterogeneity of isolates of T. cruzi biology and related differential expression of enzymes surface.

Made available in DSpace on 2016-05-11T12:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Mestrado_Carmen-Rocha.pdf: 731130 bytes, checksum: 29e960d43071e471b2297aea9814048e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. / O ensaio de esterilidade é utilizado para avaliar a qualidade microbiológica de produtos farmacêuticos que requeiram esta característica. A Farmacopéia Brasileira recomenda a realização de até três testes para este ensaio e a caracterização dos contaminantes dos testes e do ambiente onde estes são realizados. Nesse estudo utilizamos a análise do perfil de fragmentação do DNA genômico por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) para avaliar 72 amostras bacterianas provenientes de testes de esterilidade de dois imunobiológicos (A e B) e do controle ambiental da área limpa onde os testes são realizados. Vinte e quatro 24 amostras de Enterobacter cloaceae provenientes de ensaios de esterilidade de 10 lotes do imunobiológico A analisados no período de 1998 a 2007 apresentaram três grupos clonais a, b, c. Dois lotes foram considerados insatisfatórios segundo a interpretação do ensaio de esterilidade recomendada pela Farmacopéia Brasileira. O grupo clonal a foi encontrado na maioria dos lotes analisados e considerados satisfatórios e em um dos lotes considerados insatisfatórios pela Farmacopéia Brasileira. A espécie E. cloaceae não foi isolada do controle ambiental das áreas limpas onde são realizadas as análises. Os bastonetes Gram positivos esporulados (BGPE) analisados foram provenientes de testes de esterilidade do imunobiológico B e de áreas limpas identificados no período de 2005 a 2007. A análise das amostras de BGPE mostrou que apenas três grupos clonais estavam presentes em lotes diferentes. O grupo clonal 3 foi encontrado em dois lotes considerados insatisfatórios no ano de 2006 e o grupo clonal 14 nos lotes 22 e 23 produzidos no ano de 2007 e considerados satisfatórios. Apenas um grupo clonal, o 10 foi encontrado em amostras bacterianas provenientes do imunobiológico B e no controle ambiental. / The sterility test is applied to evaluate the microbiological quality of pharmaceutical products. The Brazilian Pharmacopoeia recommends up to three tests for this assay and the characterization of contaminants eventually isolated from the tests and the environment where the assay was performed. In this study, we used pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) to evaluate 72 bacterial isolates from sterility tests of two imunobiologicals (A and B) and from clean room environments where the tests were carried out. Twenty four Enterobacter cloacae isolates from sterility tests of 10 batches of the immunobiological A, carried out on the period from 1998 to 2007, showed three clonal groups a, b and c. Two batches were considered unsatisfactory in according to interpretation of the sterility test recommended by Brazilian Pharmacopoeia. The clonal group a was found in the majority of the analyzed batches and one of the batch considered unsatisfactory by Brazilian Pharmacopoeia. This bacterial species was never isolated from clean room environments where tests are performed. Endospore-forming Gram positive rods (BGPE) were isolated from sterility tests of the immunobiological B and from clean room environments identified during 2005 to 2007. The analysis of the BGPE isolates showed only three clonal groups were present in different batches. The clonal group 3 was found in two batches considered unsatisfactory in 2006 and the clonal group 14, in the batches 22 and 23 produced in 2007 which were considered satisfactory. Only one clonal group, 10, was found in bacterial samples from immunobiological B and in clean room environmental. The PFGE analysis seems to be a valuable tool to assist the interpretation of sterility tests and to evaluate batches of products analyzed at INCQS/FIOCRUZ, allowing the release of safer results to support the procedures of the sanitary surveillance.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Orientadora : Profª Drª Iris Hass / Co-orientador : Prof. Dr. Lucas Ferrari de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 23/02/2012 / Bibliografia: fls.81-85 / Resumo: Este trabalho apresenta uma abordagem computacional automatizada para realizar a detecção de estruturas pertencentes às imagens de géis de eletroforese unidimensionais, como colunas e marcadores. Foi desenvolvido um algoritmo em linguagem C, com auxílio da biblioteca OpenCV para processar as imagens. As imagens foram submetidas a uma fase de pré-processamento com recortes, alinhamentos e aplicação de um filtro bi-lateral. A metodologia abordada para detectar o marcador fez uso da imagem segmentada e da informação contida em cada coluna. No caso da obtenção das colunas a imagem binarizada passou por um processo de abertura morfológica e em seguida cada coluna foi representada por um vetor e baseado em seu conteúdo delimitadas as colunas. Os resultados demonstram que a metodologia utilizada é válida, e que através de técnicas simples é possível resolver o problema, sem a necessidade de se desenvolver ou utilizar técnicas mais complexas ou altamente custosas computacionalmente. A técnica obteve 73% de acertos na identificação do marcador, com base nos testes realizados e as dificuldades encontradas estavam relacionadas com o contraste e a presença de ruídos e manchas em algumas imagens. No caso do algoritmo para a identificação das colunas, a técnica alcançou 82% de acertos e foi possível notar que o algoritmo conseguiu identificar todas ou pelo menos a maior parte das colunas que estavam presentes nas imagens, e esse sucesso foi devido aos poços estarem alinhados e as imagens possuírem boa qualidade, assim evidenciando suas informações. / Abstract: This paper presents a computational approach to perform automated detection of structures belonging to the images of one-dimensional gels electrophoresis like pillars and markers. We developed an algorithm in C language with the aid of the OpenCV library to process the images. The images were submitted to a phase of preprocessing with cutouts, alignments and applying a filter bi-lateral. The methodology discussed to detect the marker made use of the segmented image and the information contained in each column. In the case of columns to obtain the binarized image has undergone a process of morphological opening and then each column is represented by a vector-based and content-defined columns. The results show that the methodology is valid, and that simple techniques can solve the problem without the need to develop or use more complex techniques or highly expensive computationally. The technique achieved 73% accuracy in identifying marker, based on tests and the difficulties encountered were related to the contrast and the presence of noise and spots on some images. Under Algorithm for the identification of columns, the technique reached 82% of correct answers and was possible to notice that the algorithm able to identify all or at least most columns that were present in images, and that success was due to the wells being aligned and the images were good quality, so showing your information

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2399.pdf: 947714 bytes, checksum: fc932998b7976eb7a836733e98ae6f38 (MD5) Previous issue date: 2009-02-26 / Universidade Federal de Minas Gerais / This work studies were aimed at samples preparation and chemical speciation levels zinc in samples of different kind of milk (milk cattle, sheep, goat, and soybean milk base). The proposal aimed to establish the differences in the zinc levels in protein samples, trying to observe the distribution and zinc bioavailability due to treatments such as pasteurization. The samples were digested in a cavity microwave oven and the total Zn, Ca and P levels in extracts were determined by inductively coupled plasma optical emission spectrometry (ICP OES). An additional study was conducted for protein samples separation in different kinds of milk using the urea polyacrylamide gel electrophoresis (UREA-PAGE) methodology and posterior determination of Zn bound to protein bands. Therefore the protein bands were digested in the cavity microwave oven and the Zn levels were determined by graphite furnace atomic absorption spectrometry (GFAAS). The results displayed that Zn is mainly bound to 32 kDa (β-casein) protein in UHT whole milk and to the 24 kDa (α-casein) protein in raw sheep milk. There were not major differences between the Zn-proteins binding at the pasteurization process. After optimization experimental conditions, in vitro simulated gastric digestion was applied to Zn, Ca and P bioaccessibility in the studied samples. The results confirmed the adopted methodology efficiency. Furthermore, the pasteurization process did not affect the total proteins concentration of bovine milk. / Neste trabalho foram feitos estudos voltados ao preparo de amostras e à especiação química dos teores de zinco presentes em amostras de diferentes tipos de leite (bovinos, ovelha, cabra e origem vegetal (soja). A proposta visou estabelecer as diferentes proporções dos teores de zinco existentes em proteínas das amostras procurando-se observar a biodisponibilidade e a distribuição do Zn em função de tratamentos como a pasteurização. As amostras foram digeridas em forno de radiação microondas com cavidade e os teores totais de Zn, Ca e P presentes nos extratos foram determinados por espectrometria de emissão óptica com plasma acoplado indutivamente (ICP OES). Paralelamente, foi feito um estudo de separação de proteínas das amostras dos diferentes tipos de leite empregando eletroforese em gel de poliacrilamida em presença de uréia (UREA-PAGE) e posterior determinação do Zn ligado às bandas protéicas. Para isso, as mesmas amostras (bandas protéicas) foram digeridas em forno de radiação microondas com cavidade e os teores de Zn foram determinados por espectrometria de absorção atômica com atomização eletrotérmica em forno de grafite (GFAAS). Os resultados apresentados indicam que o Zn está ligado principalmente à proteína de 32 kDa (β-caseína) nos leites bovino integral UHT e in natura e na proteína de 24 kDa (α-caseína) no leite de ovelha in natura. Não houve grandes diferenças entre a ligação de Zn-proteínas, considerando o processo de pasteurização. Após otimização das condições experimentais, digestão gástrica simulada in vitro foi aplicada para verificação da bioacessibilidade do Zn, Ca e P nas amostras estudadas. Os resultados confirmaram a eficiência do procedimento empregado. O processo de pasteurização do leite bovino não afetou a concentração total das proteínas.