Made available in DSpace on 2016-06-02T19:56:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1017.pdf: 995026 bytes, checksum: ef148f947991d5158178e2648da65639 (MD5) Previous issue date: 2006-03-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / Canecystatin (CC) is a competitive and reversible protease inhibitor which blocks the proteolytic enzymes activities of insets, fungus e nematodes, prejudicing thus the growth, development and reproduction from these pathogenics organisms. CC is produced by sugarcane, but with limited production, difficulting extraction and purification for production of commercials products, so recombinant DNA technology is one alternative for increase of CC production. Nowadays, CC is produced in the Molecular Biology Laboratory of the Department of Genetic and Evolution of UFSCar (LBM-DGE/UFSCar) from E. coli BL21(DE3) in shaker, utilizing a high cost commercial culture medium (Circlegrow®). With the purpose of produce CC in higher scale, the aim of present work was the study the CC expression in E. coli BL21(DE3), evaluating different carbon source, kind of inductor and induction moment in shaker, as well as confirming the expression conditions in airlift bioreactor of 6 L working volume. In the experiments carried out in shaker were obtained similar cellular growth when utilized glycerol, glucose, fructose e fructose + glucose, and low cellular growth when utilized galactose. It was observed high expression when galactose was utilized as carbon source and IPTG 0,4 mM as inductor. When lactose at 4 e 40 mM was utilized as inductor, CC expression occurred only in the culture containing galactose as carbon source. Volumetric production (in mg/L) of CC up to 61% those from standard culture was obtained, with exception the culture that utilized galactose induced with 0,4 mM of IPTG and 4 mM of lactose, and specific production (mgCC/gcells) greater 75% from standard culture. With respect of cultures in airlift bioreactor, CC expression was superior to expression culture carried out in shaker utilizing glucose with carbon source, approximately 80% of CC concentration obtained in the standard culture after 1 hour of induction and achieving more than 90% in the second hour of induction. In terms of specific production, in this culture was obtained 79,9 mgCC/gcell, value approximately 25% superior to the standard culture. / A canacistatina (CC) é um inibidor competitivo e reversível de proteases, que bloqueia a atividade proteolítica de enzimas de insetos, fungos e nematóides, prejudicando assim o crescimento, desenvolvimento e reprodução destes organismos patogênicos. É produzida em quantidades limitadas pela cana-de-açúcar, inviabilizando sua extração e purificação para produção de produtos comerciais, sendo a tecnologia de DNA recombinante uma alternativa para o aumento da sua produção. Atualmente, a CC é produzida no laboratório de Biologia Molecular do Departamento de Genética e Evolução da UFSCar (LBM-DGE/UFSCar) por de E. coli BL21(DE3) em mesa incubadora rotativa utilizando o meio de cultura comercial (Circlegrow®) de alto custo. Com a finalidade de se produzir CC em maior escala, o presente trabalho teve como objetivo o estudo da expressão de CC em E. coli BL21(DE3), avaliandose diferentes fontes de carbono, tipo de indutor e momento de indução, em mesa incubadora rotativa no sentido de se avaliar a expressão, bem como comprovar as novas condições de expressão em biorreator airlift de 6 L de capacidade útil. Nos ensaios em mesa incubadora rotativa foram obtidos crescimentos celulares semelhantes quando se utilizou glicerol, glicose, frutose e frutose + glicose, e baixo crescimento celular quando se utilizou galactose. Foi observada uma alta expressão quando se utilizou galactose como fonte de carbono e IPTG 0,4 mM como indutor. Quando foi utilizada lactose como indutor em concentrações de 4 e 40 mM, observou-se expressão de CC apenas nos cultivos com galactose como fonte de carbono. Foram obtidas produções volumétricas (mg/L) no máximo de 61% da concentração de CC obtida no cultivo padrão, com exceção dos cultivos com galactose induzidos com 0,4 mM de IPTG e 4 mM de lactose, e produção específica (mgCC/gcélula) com valores superiores a 75% do obtido no cultivo padrão. Quanto aos cultivos em biorreator airlift, expressão de CC foi superior à do cultivo realizado em mesa incubadora rotativa utilizando glicose como fonte de carbono, em torno de 80% da produção obtida no cultivo padrão após 1 hora de indução, alcançando 90% na segunda hora. Em termos de produção específica, nesse cultivo obteve-se 79,9 mgCC/gcélula após 2 horas de indução, cerca de 25% superior ao cultivo padrão.

Orientador: Ivan de Godoy Maia / Banca: Simone da Graça Ribeiro / Banca: Celso Eduardo Benetti / Banca: Márcio Jisé da Silva / Banca: Celso Luís Marino / Resumo: A exposição das plantas a diferentes estresses bióticos e abióticos interferem com os padrões de expressão de diversos genes. Estudos sobre a expressão diferencial de genes em plantas de tomate infectadas com Pepper yellow mosaic virus (PepYMV gênero Potyvirus) revelaram a repressão de um gene que codifica um receptor do tipo LRR-RLK (leucine-rich repeat receptor-like kinase). Este mesmo receptor, porém, não figura no rol de receptores induzidos pela infecção do tomateiro por um Tospovirus, sugerindo um comportamento diferencial deste gene frente à infecção por outras espécies virais. Os LRR-RLKs constituem um grupo diverso de proteínas ancoradas na membrana plasmática que permitem à célula reconhecer e responder ao ambiente extracelular, sendo um componente da via de transdução de sinal. Este estudo teve como objetivos caracterizar molecular e funcionalmente o gene que codifica um LRR-RLK (recentemente denominado SOBIR1) em plantas de tomate (Solanun lycopersicum) infectadas pelos vírus PepYMV e Tomato chlorotic spot virus (TCSV), gênero Tospovirus, com o intuito de desvendar uma possível participação desse receptor no desencadeamento da resposta de defesa durante a infecção por essas duas espécies virais. A caracterização molecular do gene SlSOBIR1 foi obtida através da análise do perfil de expressão do receptor frente às infecções pelos vírus PepYMV e TCSV e em resposta ao estresse mecânico por meio da técnica de PCR em tempo real. Em paralelo, os níveis de expressão de SlSOBIR1 em diferentes órgãos/ tecidos da planta, bem como a localização subcelular de seu produto foi investigada e uma árvore filogenética foi construída. Nos estudos funcionais foi verificado o efeito da superexpressão do gene SlSOBIR1 em plantas de tabaco infectadas com cada uma das espécies virais. Além disso, investigou-se a expressão de genes de defesa previamente selecionados e espécies reativas de ... / Abstract: The exposure of plants to various biotic and abiotic stresses interferes with the expression patterns of different host genes. Studies on differential gene expression in tomato plants infected with Pepper yellow mosaic virus (PepYMV) revealed the repression of a gene encoding a leucine-rich repeat receptor-like kinase (LRR-RLK). However, this receptor didn't figure among the receptors induced in tomato during the infection of a viral species belonging to the Tospovirus genus, suggesting a differential behavior of this gene in response to other virus species. LRR-RLKs constitute a diverse group of proteins anchored in the plasma membrane allowing the cell to recognize and respond to the extracellular environment, being a component of the signal transduction pathway. This study aimed to perform a molecular and functional characterization of the gene encoding such a LRR-RLK from tomato (Solanum lycopersicum) (recently nominated SlSOBIR1) infected by PepYMV and Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Tospovirus genus, in order to reveal a possible implication of this receptor in triggering defense responses during infection by these two viral species. Molecular characterization of SlSOBIR1 was acquired through the determination of its expression profile in response to PepYMV and TCSV infection, respectivelly, and to mechanical wounding employing real-time PCR. In parallel, SlSOBIR1 expression levels on different tomato organs/tissues were determined and protein subcellular localization investigated, and a phylogenetic tree was constructed. In functional studies, the effect of SlSOBIR1 overexpression in tobacco plants infected with each virus species was observed. Furthermore, we investigated the expression of previously selected defense genes and determined reactive oxygen species accumulation in SlSOBIR1-overexpressors. The results revealed that the expression of SlSOBIR1 is modulated differently in tomato plants infected PepYMV (repression) ... / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:48:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000448923-Texto+Parcial-0.pdf: 105102 bytes, checksum: 235a1d208b8a4426b50f06018d125482 (MD5) Previous issue date: 2013 / Questo lavoro è ambito di cercare la risposta alla seguente domanda: Qual è La legge che deve prevalere, il diritto di conoscere l'origine genetica o il diritto di anonimato del materiale genetico del donatore? Tutto il lavoro si sviluppa da principio pilastro costituzionale della dignità umana, dal momento che i diritti fondamentali sono in gioco dell'essere umano. Così, nel tentativo di dimostrare che il diritto di conoscere l'origine biologica deve prevalere sul diritto alla riservatezza di identità, perché è fondamentale per lo sviluppo della personalità che ogni essere umano conosce la sua origine. È importante sottolineare che non si parla di il diritto di stabilire uno stato di figlio, e sì, il diritto di conoscere l'origine biologica. Il lavoro si evolve con una concettualizzazione breve di autonomia legato al concetto di libertà, lo sviluppo di un'analisi dei diritti della personalità del periodo antico fino ai giorni nostri. Dalle motivazioni hanno portato l'autonomia ei diritti della personalità si arriva al punto cruciale: Rispondere alle domande rilasciato dimostrare l'importanza di comprendere l'origine genetica per la formazione della personalità, la conservazione della salute e la rimozione delle relazioni proibite dalla legge. ita / O presente trabalho tem como escopo buscar a resposta para o seguinte questionamento: Qual o direito que deve preponderar, o direito de conhecer a origem genética ou o direito do anonimato do doador do material genético? Todo o trabalho se desenvolve a partir do pilar constitucional do princípio da dignidade da pessoa humana, vez que estão em jogo direitos fundamentais do ser humano. Desta forma, se tenta, demonstrar que o direito a conhecer a origem biológica deve preponderar sobre o direito do sigilo de identidade, pois é fundamental para o desenvolvimento da personalidade que cada ser humano saiba sua origem. É importante ressaltar que não se fala no direito a estabelecer estado de filho, e sim, no direito de conhecer a origem biológica. O trabalho evolui com uma breve conceituação de autonomia interligado com o conceito de liberdade, desenvolvendo uma análise sobre os direitos da personalidade desde o período antigo até os dias atuais. A partir da fundamentação trazida sobre a autonomia e direitos da personalidade se chega ao ponto crucial: responder ao questionamento lançado demonstrando a importância de se conhecer a origem genética para a formação da personalidade, preservação da saúde e afastamento de relações proibidas pelo ordenamento jurídico.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Pós Graduação em Biologia Molecular, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-22T23:14:38Z No. of bitstreams: 1 2012_NicolauBritodaCunha.pdf: 2706379 bytes, checksum: 1687039afa393cb383e4bbc8641a75af (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-25T12:15:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_NicolauBritodaCunha.pdf: 2706379 bytes, checksum: 1687039afa393cb383e4bbc8641a75af (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-25T12:15:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_NicolauBritodaCunha.pdf: 2706379 bytes, checksum: 1687039afa393cb383e4bbc8641a75af (MD5) / As plantas superiores apresentam diversas vantagens para a produção de biomoléculas recombinantes quando comparadas com os demais sistemas de expressão heteróloga, incluindo baixo risco de contaminação com oncogenes, príons, vírus e outros patógenos humanos, além de alta capacidade de escalonamento, baixos custos de produção e sistemas de cultivo e produção agronômica em larga escala. Plantas transgênicas também permitem a exploração de diversos órgãos vegetais com alto conteúdo protéico, tais como sementes e tubérculos, para a expressão de diferentes proteínas recombinantes. Dentre os vegetais comumente cultivados, as plantas de soja são excelentes acumuladoras naturais de proteínas e se constituem em uma fonte de biomassa abundante e barata. Sob condições controladas de cultivo em casa de vegetação, o ciclo agronômico de plantas de soja pode ser manipulado para maximizar a produção de sementes em larga escala em áreas relativamente pequenas. No presente trabalho foram obtidas diferentes linhagens transgênicas de soja contendo os genes da pró-insulina humana, do hormônio do crescimento humano e do fator IX de coagulação sangüínea, sob o controle de seqüências regulatórias específicas para o direcionamento do acúmulo para os vacúolos das sementes. As linhagens obtidas foram caracterizadas do ponto de vista molecular e a expressão recombinante foi caracterizada nos níveis transcricional e traducional. Sementes contendo o hGH e o FIX apresentaram níveis de acúmulo da ordem de 2,9 e 0,23% PST respectivamente, o que reflete um potencial de produção de até 9 e 0,8 g de proteína recombinante por Kg de sementes. O seqüenciamento N-terminal de frações das duas proteínas por nanoLC-MSE demonstrou que os peptídeos trípticos de ambas apresentaram as seqüências de aminoácidos e as massas moleculares esperadas. Ensaios de função biológica com o hGH e o FIX demonstraram diferentes níveis de atividade detectável e que o acúmulo dessas proteínas nos PSVs, mesmo por um período de tempo prolongado (até sete anos), é uma alternativa interessante para garantir a estabilidade protéica pós-traducional. Essa estratégia molecular de expressão pode constituir uma alternativa interessante para o desenvolvimento de produtos biotecnológicos mais baratos e eficientes para sua utilização como reagentes terapêuticos e diagnósticos. _________________________________________________________________________________ ABSTARCT / Plants present various advantages for the production of biomolecules, including low risk of contamination with prions, viruses and other pathogens, scalability, low production costs, and available agronomical systems. Plants are also versatile vehicles for the production of recombinant molecules because they allow protein expression in various organs, such as tubers and seeds, which naturally accumulate large amounts of protein. Among crop plants, soybean is an excellent protein producer. Soybean plants are also a good source of abundant and cheap biomass and can be cultivated under controlled greenhouse conditions. Under containment, the plant cycle can be manipulated and the final seed yield can be maximized for large-scale protein production within a small and controlled area. In this study we obtained different transgenic soybean lines containing the genes that codify the human proinsulin, the human growth hormone (hGH) and the human coagulation factor IX (FIX), under control of tissue-specific regulatory sequences that target the expression to the PSVs. The transgenic lines were characterized on the transcriptional and translational levels, and the recombinant expression of the hGH and the FIX reached 2.9 and 0.23% TSP respectively, which indicate a potential to produce up to 9 and 0.8 g of recombinant protein/Kg seeds. The N-terminal sequencing with nanoLC-MSE demonstrated that all the tryptic fragments analyzed showed the expected sequences and the molecular masses. The biological activities of the recombinant hGH and the FIX were also determined, and demonstrated that targeting to the PSVs was an interesting expression tool to elevate the post-translational stability. This strategy for the improved molecular expression can constitute an important alternative for the development of cheaper and safer biotechnological products that can be used as therapeutic tools and diagnose reagents in the future.

Este trabalho se insere, de maneira geral, na esteira das discussões sobre a relação sociedade-natureza, tendo como centralidade temática as biotecnologias transgênicas, em especial as plantas geneticamente modificadas. Esse tema é entendido em meio ao desenvolvimento de estudos que se referem ao conhecimento sobre a vida e que têm ganhado visibilidade nas últimas décadas. A expansão de pesquisas em biologia molecular, fisiologia, bioquímica, microbiologia e, fundamentalmente, engenharia genética se comungam na tentativa de propor novas formas coletivas de organização do cotidiano. Inúmeras controvérsias em torno dos organismos geneticamente modificados (OGMs) fazem emergir uma vasta gama heterogênea de agentes os quais se articulam uns aos outros na tentativa de recompor o coletivo. A atividade científica, assim, passa a ser visualizada por meio da produção conjunta entre estes mediadores. O que se deseja, portanto, não é falar de ideias e conceitos, mas das condições de possibilidade de existência das biotecnologias transgênicas mediante as práticas dos agentes nelas envolvidos. Entende-se que essas novas tecnologias sobre a vida são construídas por múltiplos processos de mediação, operando nos mais diversos espaços e locais, entrelaçando laboratórios, grupos econômicos e políticos, companhias privadas, agricultores, donas de casa, genes, bactérias, lavouras, insetos, parlamentos e tribunais judiciários, entre outros. Pretende-se, dessa forma, realizar uma cartografia das associações e dos modos de ação desses mediadores, recortada a partir das controvérsias sobre transgênicos ocorridas no sul do Brasil. Para tanto é preciso seguir os mediadores à medida que seus movimentos se estratificam com o objetivo de compor essas cadeias e instaurar uma diferença. Metodologicamente, a pesquisa foi conduzida em meio a observações e entrevistas com cientistas, técnicos, agricultores e Organizações Não-Governamentais que têm se ocupado com o tema nos últimos anos. Explorando os conceitos de mediação, tradução e agenciamento espera-se produzir uma análise que : a) registre as variações pelas quais os agentes se apresentam ao se associarem uns aos outros; b) demarque as diferenças que tais acoplamentos visam instaurar; e c) problematize o próprio quadro ontológico e metodológico que a sociologia se encontra. Pretende-se, com isso, expandir o debate e abrir outros pontos de partida entre a confluência de uma postura acadêmica e um agir politicamente orientado. / This work fits in in the framework that follows, in a general way, the discussions about the relation nature-society, having transgenics biotecnologies, specially genetic modified plants, as a theme core. This theme is understood by the development of studies that refer to the knowledge of life and have being acquiring visibility in the past recent decades. The expasion of researches in the fields of molecular biology, fisiology, biochemistry, microbiology and, fundamentally, genetic engeneering assembles together in proposing new colective ways of organization of the daily bases. Numerous controversies surrounding genetically modified organisms (GMOs) are emerging out a wide range of heterogeneous agents which are linked to each other in an attempt to restore the collective. The scientific activity, thus, becomes viewed as one joint production of these mediators. What is in question, therefore, it is not talking about ideas and concepts, but about the possible conditions of existence of transgenic biotechnologies through the practices of agents involved in this matter. It is understood that these new technologies are built for multiple mediation processes, operating in various spaces, connecting laboratories, economic and political groups, private companies, farmers, housewives, genes, bacteria, crops, insects, parliaments and courts of justice, among others. The aim is to perform a cartography of associations and modes of action of these mediators, having as empirical terrain the controversies over transgenic crops occurred in southern Brazil. To follow these mediators as they stratify their moves in order to compose these chains and establish a difference is needed. Methodologically, this research was conducted by observations and interviews with scientists, technicians, farmers and non-governmental organizations that have been making their presence in the subject in recent years. Exploring the concepts of mediation, translation and agency is expected to produce an analysis that: a) tracks the variations that the agents assume in the act of join each other; b) tracks the differences such couplings aimed to establish; and c) problematize own the ontological and methodological framework that sociology currently occupies. It is intended, therefore, to expand the debate and open some points of departure between the confluence of an academic posture and the need of an action politically oriented.

Orientador: José Maria Ferreira Jardim da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Economia / Made available in DSpace on 2018-08-16T09:40:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges_IzaiasdeCarvalho_D.pdf: 3979836 bytes, checksum: 7c9e18b48e3ecdadc3004f5b5e8dd5de (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Nos últimos 15 anos a engenharia genética vem sendo usada para o desenvolvimento de cultivos geneticamente modificados (GM) com diversos atributos de interesses para a produção agrícola, tais como tolerância a herbicidas, resistência a insetos e modificações nas características nutricionais de diversos cultivos. Os cultivos GM estão sendo utilizados na produção de produtos de grande importância no mercado mundial de commodities agrícolas, tais como algodão, milho e soja. Agricultores de diversos países, incluindo dos grandes produtores agrícolas mundiais, como Argentina, Brasil, Estados Unidos, China e Índia, estão sendo beneficiados com o uso de cultivos GM. Além dos benefícios econômicos, como a redução dos custos de produção e das perdas causadas pelos ataques de pragas, os cultivos GM estão apresentando também benefícios ambientais e sociais, ambos associados com a redução no uso de pesticidas. Mas a despeito da ampla aceitação pelos agricultores e dos benefícios ambientais e sociais observados, os cultivos GM estão enfrentando rejeição por uma parte da opinião pública e diversos governos estão adotando políticas regulatórias de restrições à produção, à importação e ao uso dos cultivos GM para a produção de alimentos. Assim, o objetivo desta tese foi entender as razões pelas quais tanto a opinião pública quanto os governos de diversos países estão se posicionando contra o uso dos cultivos GM na produção agrícola, a despeito dos benefícios observados pelos agricultores. Os estudos de opinião pública mostram que a rejeição aos cultivos GM é maior do que a rejeição as aplicações da engenharia genética em outras áreas, como por exemplo, na indústria farmacêutica. Esta diferença sugere que a rejeição aos cultivos GM está relacionada com as peculiaridades dos cultivos GM. A primeira é que na maioria dos casos eles são utilizados na produção de alimentos, um segmento no qual a variável segurança tem um grande peso nas decisões dos consumidores. A segunda característica é que a maior parte dos cultivos GM produzidos atualmente foram desenvolvidos para melhorar o processo produtivo, o que resulta em uma assimetria de percepção dos seus benefícios ao longo da cadeia produtiva, ou seja, os agricultores tendem a perceber mais os seus benefícios do que os consumidores. Uma terceira característica dos cultivos GM é que ao contrário das aplicações da engenharia genética na indústria farmacêutica, eles são expostos ao meio ambiente. Estas três características resultam em grande percepção de riscos, tanto para a saúde humana quanto para o meio ambiente, e baixa percepção dos benefícios. Entre os especialistas - público não leigo - também existem rejeição aos cultivos GM, embora em menor grau do que entre o público leigo. Um estudo empírico realizado no Brasil como 65 especialistas, incluindo pesquisadores de instituições públicas de pesquisa, professores universitários e profissionais de empresas privadas, mostrou que entre eles não só há discordância quanto aos benefícios e aos riscos dos cultivos GM, mas principalmente quanto aos tipos de riscos e de benefícios que devem ter maior peso nas decisões políticas com relação à estes cultivos / Abstract: Over the past 15 years genetic engineering has been used to develop genetically modified crops (GM) with several attributes of interest to agricultural production, such as herbicide tolerance, insect resistance and changes in nutritional characteristics of different crops. GM crops are being used to produce products of great importance in the agricultural global market, for commodities such as cotton, corn and soybeans. In several countries, including the world's major agricultural producers like Argentina, Brazil, United States, China and India, farmers are having the benefits of GM crops use. Besides economic benefits such as reduced production costs and reduced losses from pest attacks, GM crops are also presenting environmental and social benefits, both associated with a reduction in pesticide use. But despite the wide acceptance by farmers and the observed environmental and social benefits, GM crops are facing rejection by part of the public and many governments are adopting policies of regulatory restrictions on production, importation and the use of GM crops for food production. The purpose of this thesis was to understand the reasons why the public opinion and the governments of several countries are positioning themselves against the use of GM crops in agricultural production, despite the benefits observed by farmers. Studies of public opinion show that the rejection of GM crops is greater than the rejection of genetic engineering applications in other areas, such as the pharmaceutical industry. This difference suggests that the rejection of GM crops is related to their peculiarities. The first peculiarity of GM crops is that in most cases they are used in food production, a segment in which food safety weighs heavily on consumers' decisions. The second peculiarity is that most of the GM crops currently produced were made to improve the production process, resulting in an asymmetry in the perception of their benefits throughout the supply chain, ie, farmers tend to perceive more of such benefits than consumers. A third peculiarity of GM crops is that, because they are produced in extensive contact with nature, they arouse concerns about possible impacts on biodiversity. These three features result in increased awareness of risks for both human health and for the environment, and low perceived benefits. This study aimed to analyze the perception of risk and benefits of GM crops in Brazil. The methodology used was the application of questionnaires to experts. We used a multiple criteria method of hierarchical analysis for the preparation of the questionnaire. The results showed that among Brazilian specialists there is disagreement about the benefits and risks of GM crops, and especially regarding the types of risks and benefits that should have greater weight in policy decisions related to the use of GM crops in Brazilian agriculture / Doutorado / Teoria Economica / Doutor em Ciências Econômicas

Orientador: Humberto de Araujo Rangel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-22T00:14:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Passos_LuizAugustoCorrea_M.pdf: 4565119 bytes, checksum: d608dc3c2e23911864f8e44643485adf (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Importantes pesquisadores mostraram nas décadas de 30 e 40, que a constituição genética dos animais de experimentação, é fundamental para o estudo da resposta imune. Por esta razão, o uso de camundongo de mesma linhagem mantidos em diferentes laboratórios deve permitir a obtenção de resultados universais e que possam ser reproduzidos. Isto é possível apenas com linhagens padronizadas e monitoradas geneticamente, de forma que alterações no genoma provenientes de contaminações ou mutações, possam ser detectadas. A inexistência de linhagens certificadas e padronizadas do ponto de vista genético no país, exigiu o estabelecimento de novas colônias e de condições para a monitoração das linhagens utilizadas na pesquisa biomédica em geral e particularmente em imunologia. Para atingir este objetivo realizamos o presente trabalho que visou implantar a partir de linhagens certificadas: colônias de fundação mantidas com procedimentos operacionais padronizados; bando de embriões para perpetuação das características originais; banco de DNA para programas de monitoração genética. A partir da consolidação destas metodologias e utilizando a técnica de PCR na ampilificação de microsatélites polimórficos presentes em moléculas de DNA de alto peso molecular, foi realizada uma análise do perfil genético para as linhagens de camundongos CBA, BALB/c, C54BL/6, C3H]He e A/J, oriundas de cinco instituições que mantém programas de pesquisa na área de imunologia. Os resultados obtidos com os primers Crp, Igh-V, D3Mit49, D17Mit16, Igh, Ngfg, Plau e D16Mit5, mostraram que as linhagens CBA das instituições A e B e BALB/c da instituição D, apresentaram resultados diferentes dos animais oriundos do Instituto Pasteur utilizados como padrão. Os dados atestam a não identidade genérica para algumas das linhagens testadas e apontam para a necessidade de um levantamento nacional associado ao estabelecimento de programas de monitoramento periódico em colonias de biotérios brasileiros / Abstract: Not informed. / Mestrado / Imunologia / Mestre em Ciências Biológicas

Orientadores: Telma Teixeira Franco, Ana Carolina Deckmann / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-25T22:35:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coradini_AlessandroLuisVenega_M.pdf: 2904811 bytes, checksum: 79be0b1291d380e8c86253645ed455d8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A crise energética mundial aliada aos problemas ambientais tem despertado grande preocupação mundial, aumentando assim a busca por combustíveis mais "limpos" que possam substituir os já existentes. Dentre estes substitutos podemos destacar os chamados biocombustíveis, como o etanol e o biodiesel. No caso da produção de biodiesel, diversas fontes de lipídios são consideradas, incluindo óleos vegetais, gorduras animais e óleos reciclados. O uso de microrganismos oleaginosos foi apresentado como uma fonte alternativa de óleos e gorduras de baixo custo (Meng et al., 2009). O óleo produzido por microrganismos pode ter como substrato qualquer fonte de carbono, incluindo bagaços e resíduos agrícolas em geral, evitando tanto a competição por áreas de plantio como agregando valor a dejetos de outros setores agrícolas. A esta abordagem dá-se o nome de "biocombustíveis de segunda geração". Neste contexto, as leveduras surgem como fortes candidatas à produção de biodiesel, uma vez que diversas ferramentas de cultivo e manipulação já foram implantadas especialmente para o uso de leveduras em processos industriais e biotecnológicos. Entretanto, nem todas as espécies de leveduras são adequadas para a produção de óleo, uma vez que a capacidade de acumular grandes quantidades de lipídeos varia significativamente entre as espécies. As leveduras do gênero Saccharomyces, por exemplo, apresentam de 8-15 de lipídeos totais em relação à massa seca. Outras, como as espécies Rhodotorula graminis, Rhodotorula gracilis e Lipomyces starkeyi, apresentam cerca de 30%, 60% e 65% de lipídeos totais, respectivamente. Entretanto, o emprego de microrganismos selvagens (i.e., não domesticados) limita o controle dos parâmetros que afetam o processo produtivo, uma vez que as bioconversões de interesse dependem de ajustes metabólicos desconhecidos, e a falta de conhecimento genético destes microrganismos dificulta a aplicação de técnicas de manipulação genética. Assim, o presente estudo teve como objetivo "domesticar" a linhagem DSM70826 da levedura Lipomyces starkeyi tornando-a de fácil manipulação genética e tornando-a uma plataforma para posterior introdução de características que possam melhorar o seu desempenho quanto ao acúmulo de lipídeos para produção de biodiesel. Uma vez que foi realizado o sequenciamento do genoma desta levedura durante trabalho anterior conduzido em nosso laboratório, também objetivamos utilizar este banco de dados para identificar e estudar alguns genes considerados relevantes aos processos fermentativos de xilose e também ao acúmulo de lipídeos, auxiliando a elucidar as principais rotas metabólicas envolvidas nestes processos / Abstract: The global energy crisis combined with environmental problems has aroused great worldwide concern, increasing the search for "cleaner" fuels that can replace existing ones. Among these substitutes the so-called biofuels, such as ethanol and biodiesel can be highlighted. In the case of biodiesel, different fat sources are considered, including vegetable oils, animal fats and recycled oils. The use of oleaginous microorganisms was presented as an alternative source of low cost oils and fat (Meng et al., 2009). The oil produced by microorganisms can use any substrate as carbon source, including bagasse and agricultural waste in general, avoiding the competition for growing areas and adding value to waste of other agricultural sectors. This approach is called "second generation biofuels". In this context, yeasts appear as strong candidates for biodiesel production, since many manipulation and cultivation tools have been implemented especially for the use of yeast in industrial and biotechnological processes. However, not all species of yeasts are suitable for the production of oil, since the ability to accumulate large amounts of lipids varies significantly between species. Yeasts of the genus Saccharomyces, for example, show 8-15% of total lipids in the dry mass. Others, such as the species Rhodotorula graminis, Rhodotorula gracilis and Lipomyces starkeyi, have about 30 %, 60% and 65% of total lipids, respectively. However, the use of wild microorganisms (i.e., non-domesticated) limits the control parameters that affect the production process, since bioconversions of interest depend of unknown metabolic adjustments, and lack of genetic knowledge of these microorganisms hinders the application of genetic manipulation techniques. Therefore, the present study aimed to "domesticate" the yeast strain Lipomyces starkeyi DSM70826 making it easy genetic manipulation and making it a platform for subsequent introduction of features that can improve your performance on lipid accumulation for production of biodiesel. Since the genome sequencing of this yeast was performed during previous work conducted in our laboratory, we also aim to use this database to identify and study some genes considered relevant to xylose fermentation processes and also to lipid accumulation, helping to elucidate the main metabolic pathways involved in these processes / Mestrado / Engenharia de Processos / Mestre em Engenharia Química

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-09T09:20:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1613973 bytes, checksum: 68e6cb9b2db2276aab154d130130c331 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-09T09:20:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1613973 bytes, checksum: 68e6cb9b2db2276aab154d130130c331 (MD5) Previous issue date: 2011-04-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Ácido L-ascórbico (L-AA), popularmente conhecido como vitamina C é naturalmente sintetizado pelas plantas a partir de D-glicose por uma via de 10 etapas. L- galactose é o intermediário chave para a biossíntese de L-ascórbico, cuja via de biossíntese foi recentemente elucidada. As leveduras produzem um composto análogo ao L-AA, o ácido D-eritroascórbico, mas em presença de um de seus precursors tais como L-galactose, L galactono-1,4-lactona, ou L-gulono-1 ,4-lactona, as leveduras são capazes de sintetizar o L-AA. Para evitar alimentar a cultura de levedura com o "L" enantiômero, a levedura Kluyveromyces lactis CBS2359 foi engenheirada com genes da via de biossíntese de L-galactose: GDP-manose-3 ,5-epimerase (GME), GDP-L- galactose fosforilase (VTC2) e L-galactose-1-fosfato fosfatase (VTC4) isolados de Arabidopsis thaliana. Com este objetivo plasmídeos foram construídos visando a integração por recombinação homóloga dos cassetes de expressão no Locus LAC4 (beta- galactosidase) Após o processo de transformação, o promotor do gene LAC4 promove a transcrição do gene GME, enquanto que genes VTC2 e VTC4 estão sob o controle dos promotores GPD1 e ADH1 respectivamente provenientes da levedura S. cerevisiae. A expressão dos genes da via de biossíntese de L-galactose em K. lactis foi determinada por RT-PCR e western blot. As leveduras recombinantes foram capazes de produzir cerca de 23 mg.L-1 de ácido L-ascórbico após 48 horas de cultivo, quando cultivados em meio YP suplementado com 2% (p/v) de D-galactose. A biossíntese de L-AA foi também realizada quando as linhagens recombinantes foram cultivadas em meio de soro de queijo, fonte alternativa rica em lactose proveniente da indústria de laticínios. Este trabalho é um dos primeiros relatos de engenharia metabólica na levedura K. lactis visando a biossíntese de ácido L-ascórbico por um processo fermentativo sem a adição de intermediários precursores no meio de cultura. / L-ascorbic acid is naturally synthesized in plants from D-glucose via a ten-step pathway. The branch pathway to synthesize L-galactose, the key intermediate for L- ascorbic biosynthesis, has been recently elucidated. Budding yeast is only able to synthesize L-ascorbic acid if it is cultivated in the presence of one of its precursors: L- galactose, L-galactono-1,4-lactone, or L-gulono-1,4-lactone extracted from plants or animals. To avoid feeding the yeast culture with this “L” enantiomer, we engineered Kluyveromyces lactis with L-galactose biosynthesis pathway genes: GDP-mannose-3,5- epimerase (GME), GDP-L-galactose phosphorylase (VTC2) and L-galactose-1- phosphate phosphatase (VTC4) isolated from Arabidopsis thaliana. Plasmids were constructed to target the cloned plant genes to the K. lactis LAC4 Locus by homologous recombination and the expression was associated to the growth of the cells on D- galactose or lactose. Upon K. lactis transformation, GME was under the control of the native LAC4 promoter while VTC2 and VTC4 genes were transcribed by the S. cerevisiae promoters GPD1 and ADH1 respectively. The expression in K. lactis of the endogenous L-galactose biosynthesis plant genes was determined by RT-PCR and western blotting. The recombinant yeasts were able to produce about 23 mg.L-1 of L- ascorbic acid in 48 hours of cultivation when cultured on rich medium with 2% (w/v) D-galactose. We have also successfully evaluated the L-AA production culturing recombinant strains in cheese whey as an alternative source of lactose and which is a waste product during cheese production. This work is the first attempt to engineering K. lactis cells for L-ascorbic acid biosynthesis through a fermentation process without any trace of “L” isomers precursors in the culture medium.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Sindélia Freitas Azzoni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T11:41:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CrivelenteHorta_MariaAugusta_D.pdf: 3752680 bytes, checksum: 5c6614f862b61ef2ba585e9b45933597 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Buscando contribuir com o desenvolvimento da tecnologia de produção do etanol de segunda geração, o presente estudo analisa o transcriptoma de T. harzianum IOC-3844 utilizando técnicas de sequenciamento high-thoughput. O principal objetivo dessas análises foi identificar, caracterizar e catalogar os transcritos expressos por T. harzianum relacionados com a degradação de substratos complexos, como o bagaço de cana de açúcar, revelando o conjunto de genes envolvidos na degradação da biomassa. A análise do transcriptoma do fungo Trichoderma harzianum sob condições que induzem a degradação da biomassa permitiu a identificação de sequências de genes potencialmente eficazes no processo de biodegradação, uma etapa essencial à compreensão do processo de hidrólise enzimática. O sequenciamento resultou em 246 milhões de sequências com 72 pb, o que corresponde a 14,7 GPB analisados. Após a montagem , 32.494 contigs foram gerados, submetidos à identificação e classificados de acordo com sua identidade. Todas as sequências de contigs foram comparados com o banco de dados do NCBI, Gene Ontology (GO terms), Enciclopédia de Genes Kyoto (KEGG), Carbohydrate Active-Enzymes (CAZYmes). Foram identificados 487 CAZymes no transcriptoma, inclusive aquelas ligadas as reações químicas de despolimerização de celulose e hemicelulose. As sequências classificadas como atividade catalítica (6.975) e atividade reguladora (143) podem estar envolvidas com esse tipo de reação.A análise permitiu definir o principal conjunto de genes envolvidos na degradação da celulose e de hemicelulose do T. harzianum , e genes acessórios relativos à despolimerização de biomassa. Uma análise dos níveis de expressão permitiu determinar os conjuntos de genes diferencialmente expressos em diferentes condições de cultivo. Os resultados obtidos acrescentam conhecimento sobre a constituição do genoma, as atividades de expressão gênica do fungo Trichoderma harzianum e fornece informações importantes a respeito dos mecanismos genéticos de degradação de biomassa que o fungo utiliza. As informações obtidas poderão ser utilizadas para outras espécies de fungos filamentosos com potencial para a biodegradação / Abstract: In order to contribute to the development of second-generation ethanol technology, this study analyzes the transcriptome of T. harzianum IOC-3844 using high-thoughput sequencing techniques. The main objective of this analysis was to identify, characterize and catalog the transcripts expressed by T. harzianum related to the degradation of complex substrates such as sugar cane bagasse, revealing the set of genes involved in the degradation of biomass. The analysis of the transcriptome of the fungus Trichoderma harzianum under conditions that induce the degradation of biomass allowed the identification of genes potentially effective in the biodegradation process, an essential step for understanding the enzymatic process. Sequencing resulted in 246 million sequences with 72 bp, which corresponds to 14.7 GBP analyzed. After assembly, 32,494 contigs were generated, identified and classified according to their identity. All sequence contigs were compared with NCBI database, Gene Ontology (GO terms), Kyoto Encyclopedia of Genes (KEGG), Carbohydrate Active-Enzymes (CAZYmes). 487 CAZymes were identified in the transcriptome, including those related to reactions of cellulose and hemicellulose depolymerization. Sequences classified as catalytic activity (6,975) and regulatory activity (143) may be involved with this type of reaction. This analysis define the set of genes involved in the degradation of cellulose and hemicellulose of T. harzianum, and accessories genes related to depolymerization of the biomass. An analysis of expression levels was used to calculate the set of differentially expressed genes in different culture conditions. The results add to knowledge about the composition of the genome and gene expression activity of the fungus Trichoderma harzianum, and provides important information regarding the genetic mechanisms of biomass degradation that the fungus uses. The information obtained may be used for other species of filamentous fungi with potential for biodegradation / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular