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Avaliação e seleção de genótipos de arroz irrigado e terras altas com tolerância a herbicida para o estado de Roraima / Evaluation and selection irrigated rice genotypes with herbicide tolerance for the state of RoraimaLindemberg de Matos Galvão 29 August 2013 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se com este trabalho avaliar genótipos de arroz de terras altas com tolerância à herbicidas do grupo químico das imidazolinonas, em três diferentes ambientes (combinação ecossistema x sistema de plantio) e genótipos de arroz irrigado com tolerância à herbicidas em seis diferentes ambientes (combinação dois anos x três sistemas de manejo da água de irrigação) em Roraima. Foram avaliadas as características de floração média (50%), altura de plantas (cm), número de panículas por m2, número de grãos por panícula, massa de 1000 grãos (g), produtividade de grãos em (kg. ha-1) e rendimento de grãos inteiros no beneficiamento e de qualidade de cocção para ambos os sistemas e acamamento (escala de notas), severidade de doenças (escala de notas) apenas para o arroz de terras altas. As médias de produtividade dos genótipos foram submetidas às análises de adaptabilidade e estabilidade pelas metodologias propostas por Annicchiarico (1992) e Wricke (1965). Para o agrupamento das médias dos tratamentos, foi aplicado o teste de Scott e Knott, em nível de 5% de probabilidade. Para o arroz irrigado, concluiu-se que o genótipo AB 101053 (BRS Formoso (RB)////Cypress CL) é o mais promissor para lançamento em Roraima, por apresentar alta produtividade (8.260 kg.ha-1), boa estabilidade produtiva e rendimento de grãos inteiros no beneficiamento (62,1%) e grãos soltos após a cocção. Para o arroz de terras altas os genótipos A10ER7 (BRS Pepita////Cypress CL), A10ER10 (CNAs 9023////Cypress CL) e A10ER11 (BRA 01504////Cypress CL), são os mais promissores para futuros lançamentos em Roraima. / The objective of this work was to evaluate genotypes of upland rice with tolerance to herbicides of the imidazolinone chemical group in three different environments (combination ecosystem x cropping system) and rice varieties with tolerance to herbicides in six different environments (combination two years x three management systems of irrigation water) in Roraima. We evaluated the characteristics of flowering period (50%), plant height (cm), number of panicles per m2, number of grains per panicle, 1000 grains (g), grain yield (kg ha-1) and whole grain yield in processing and cooking quality for both systems and lodging (note scale), disease severity (grading scale) only for upland rice. For the average rice yield were subjected to analysis of stability and adaptability of the proposed methodologies Annicchiarico (1992) and Wricke (1965). For the grouping of the treatment means test was applied Scott e Knott at 5% probability. For rice, it was concluded that the genotype AB 101053 (BRS Formoso (RB)////Cypress CL) is the most promising for release in Roraima, due to high yield (8,260 kg ha-1), good stability productive and whole grain yield in processing (62.1%) and loose grains after cooking. For upland rice genotypes A10ER7 (BRS Pepita////Cypress CL), A10ER10 (9023 CNAs////Cypress CL) and A10ER11 (BRA 01504////Cypress CL), are the most promising for future releases in Roraima.
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Caracterização genotípica do vírus da hepatite B no estado de RoraimaJacqueline de Aguiar Barros 30 June 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / 8
RESUMO
A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) é um problema de saúde pública no Brasil e no mundo. Subpopulações de 10 genótipos do HBV (definidos de A J) circulam pelo mundo, apresentando distribuição heterogênea. Evidências crescentes relacionam os genótipos do HBV a diferenças clínicas apresentadas por indivíduos infectados, tais como na patogênese da doença, viremia, surgimento de mutantes, resposta e resistência ao tratamento antiviral. Roraima integra a Amazônia ocidental, considerada de alta prevalência para hepatite B. No entanto, não há estudos que caracterizem a infecção e os genótipos circulantes nessa população. O objetivo do estudo foi descrever o perfil epidemiológico e genotípico da infecção crônica pelo vírus da hepatite B (HBV) no estado de Roraima. Para tanto obtivemos informações para descrição do perfil epidemiológico da doença através da aplicação de questionário específico do estudo, através de prontuários clínicos e informações fornecidas por instituições e Sistemas de Informação que compõem a Rede de Serviços das Hepatites Virais no estado de Roraima. Determinou-se os genótipos do HBV através amplificação do gene S do HBV, pela técnica de nested-PCR e posterior sequenciamento do fragmento amplificado. Participaram do estudo 66 portadores de hepatite B crônica, o que representa 11,92% dos 503 casos notificados no banco de dados de Roraima do SINAN. A média de idade entre os participantes do estudo foi de 44,5 anos; homens e mulheres apresentaram o mesmo risco de exposição ao HBV e 51,28% completaram o ensino médio indicando que quanto menor o grau de instrução maior a chance de infecção.Relacionou-seestatisticamente como fatores de risco à infecção pelo HBV, o uso de drogas ilícitas, comportamento sexual de risco, possuir contato familiar com portadores de hepatite B e acidente com material pérfuro-cortante. O genótipo A foi o mais prevalente nas amostras sequenciadas no estado de Roraima representando 91,67%, seguido pelo genótipo D com 8,33%. Identificou-se ainda subgenótipos A1, A2 e D2. / The infection by hepatitis B virus (HBV) is a public health problem in Brazil and worldwide. Subpopulations of 10 genotypes of HBV (defined from A to J) circulate worldwide, showing a heterogeneous distribution. Growing evidences relate HBVs genotypes to the clinical differences presented by infected individuals, such as the disease pathogenesis, viremia, mutants appearance, response and resistance to antiviral treatment. Roraima integrates western Amazon, considered of high prevalence to hepatitis B. However, there are not studies that characterize the infection and the circulating genotypes in this population. The objective of this study was describing the epidemiological and genotype profile of chronic infection by hepatitis B virus (HBV) in Roraima State. For this, we obtained information to the diseases epidemiological profile description through the application of a specific survey, through the clinical records and information provided by institutions and informations systems that compose Viral Hepatitis Network Services in Roraima state. The genotypes were determined through amplification of the HBVs S gene, by the nested-PCR technique and the fragment sequencing. Sixty six porters of chronic hepatitis B participated of this study, resulting in 11,92% of 503 reported cases in Roraima. The age average among the participants was 44,5 years old; men and women presented the same risk of exposition to HBV and 51,28% completed high school indicating that the lower instruction level, the higher the infection chance. It was statistically related to HBVs infection risk, the use of illegal drugs; sexual risk behavior;Owning familiar contact with hepatitis B porters and accidents with cutting and piercing equipment. The genotype A was the most prevalent in the sequenced samples of Roraima, representing 91,67%, followed by genotype D with 8,33%. Subgenotypes A1, A2 and D2 was also identified.
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Resposta da cultura do trigo aos novos endófitos, Achromobacter e Zoogloea, em condições de campo / Wheat plants response to new endophytes, achromobacter and zoogloea, under field conditionsValeria Marino Rodrigues Sala 01 March 2007 (has links)
Este é o primeiro relato da presença de bactérias diazotróficas dos gêneros Achromobacter e Zoogloea como endófitas de plantas de trigo, que foram identificadas pela análise das seqüências do DNA ribossomal 16S. Com o objetivo de estudar a localização dos isolados: IAC-AT-8- Azospirillum brasiliense, IAC-HT-11- Achromobacter insolitus, IAC-HT-12- Zoogloea ramigera nas plantas de trigo, foi realizado um experimento em condições axênicas. Após 15 dias da inoculação, as plantas foram observadas em microscópio eletrônico e visualizou-se a presença das bactérias externamente nas raízes e internamente no córtex, na região de alongamento. Para estudar possíveis benefícios propiciados por estes isolados à cultura do trigo em condições de campo, foram instalados dois experimentos no ano de 2002, com dois genótipos de trigo (ITD-19 e IAC-370) e três doses de N. As análises foram realizadas no estádio de quatro folhas e de perfilhamento. A inoculação promoveu maior massa de matéria seca e N acumulado e aumentou a produtividade de grãos, principalmente na presença de adubo nitrogenado adicional, porém, revertendo em lucro para o agricultor. As respostas variaram em relação ao local de cultivo. Em 2003, foi realizado outro experimento muito semelhante aos anteriores, entretanto, as análises foram realizadas no estádio perfilhamento e de maturidade fisiológica. A inoculação promoveu benefícios à cultura do trigo independentemente do genótipo utilizado, ou seja, aumento do N acumulado no grão, com a inoculação do isolado IAC-AT-8, e da produtividade de grãos na maior dose de N, com o isolado IACHT- 11. Os benefícios propiciados às plantas pela inoculação de bactérias diazotróficas podem estar relacionados à capacidade de síntese de fitormônios. Por isso instalou-se um experimento no ano de 2005 com o objetivo de relacionar a capacidade de síntese de indóis com os possíveis benefícios à cultura do trigo em condições de campo. Os isolados diferiram quanto a quantidade de indóis que sintetizaram, entretanto, houve benefícios para a cultura, principalmente com a adição de adubo nitrogenado, demonstrando que outros mecanismos podem ser responsáveis pelas respostas positivas. Assim, foi realizado um experimento em casa de vegetação para estudar a influência da inoculação no metabolismo do nitrogênio das plantas e avaliar a colonização em substrato não esterilizado. Os isolados foram marcados com resistência a antibióticos. Após 40 dias da inoculação todos os isolados estavam presentes no interior das raízes, entretanto, não foram detectados no solo. O isolado IAC-HT-11, influenciou o metabolismo do nitrogênio das plantas, propiciando maior atividade das enzimas redutase do nitrato e sintetase da glutamina, e maior teor de clorofila, resultando no aumento da eficiência de utilização do N. Apesar das respostas terem sido variáveis, em todos os experimentos realizados foram obtidas respostas positivas à inoculação do isolado IAC-HT-11 de Achromobacter insolitus, na presença de adubo nitrogenado adicionado. A inoculação é uma prática não onerosa, portanto, viável economicamente, aumentando a produtividade de grãos e gerando lucro para o agricultor. / This study reports for the first time the endophytic nature of Achromobacter and Zoogloea in wheat plants, that were identified by 16S rDNA gene sequence analyses. To find out the localization of the bacterial cells (IAC-AT-8- Azospirillum brasiliense, IACHT- 11- Achromobacter insolitus, IAC-HT-12- Zoogloea ramigera) in/on wheat plants, an experiment was set up under axenic conditions. Fifteen days after inoculation, the plants were observed under electron microscope. All the strains could be visualized on the external part of the root and in the inner part at the elongation zone, in the cortex cells. Two field experiments were carried out in year of 2002, with the aim of evaluating the benefits from inoculation of these strains in wheat plants, with two wheat genotypes (ITD-19 and IAC-370) and three levels of nitrogen fertilizer. The plants were evaluated at four leaves and at tillering stage. Inoculated plants presented increases in dry matter, N accumulation and grain yield, especially in combination with N fertilizer, generating financial profits for the farmer. The responses to inoculation varied according to the location. A field experiment was carried out, in year of 2003, with the same experimental set up used at the previous year. However, the plants were evaluated at tillering stage and at maturity stage. Grain yield and the main yield components were evaluated at harvest. Independent of the cultivar or the nitrogen dose, plants inoculated with the strain IAC-AT-8 presented increases in grain N accumulation and, at the highest nitrogen dose, the strain IAC-HT-11 increased grain yield. The plants? benefits due to the inoculation of endophytic diazotrophic bacteria may also result from their indole synthesis, a field experiment was carried out to find out which had been the main mechanisms for improvement of plant growth and yield, in 2005. The employed strains produced variable amounts of indoles, however, the inoculation brought benefits to wheat plants, mainly in the presence of added N, demonstrated that others mecanisms could be acting for the positive responses to inoculation. In this way, a greenhouse experiment was carried out with the aim of evaluating the influence of inoculation on nitrogen metabolism in wheat plants, and the colonization in unsterilized substratum. The strains were selectively market with antibiotic resistence to. Forty days after inoculation, all three strains had been established in the interior of the roots, however, they could not be detected in the soil. The strain IAC-HT-11 influenced the N metabolism of the plants, increased the nitrate reductase and glutamine synthetase activities, and the chlorophyll content, causing higher efficiency in N utilization. In spite of the great variability of the inoculation response, IAC-HT-11, Achromobacter insolitus, generated the greatest yield increase when combined with nitrogen fertilizer. Inoculation of diazotrophic bacteria is an inexpensive technique, that is economically sound, promoting the increase in grain yield and generating financial profits for the farmer.
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Efeitos do insulto por isquemia/reperfusão renal sobre a indução de estresse de retículo endoplasmático em camundongos haploinsuficientes para Pkd1 / Effects of renal ischemia/reperfusion injury on the induction of endoplasmic reticulum stress in Pkd1 haploinsufficient miceWillian Pereira Felix 22 February 2017 (has links)
A doença renal policística autossômica dominante (DRPAD) constitui-se na enfermidade humana monogênica com risco de óbito mais frequente, responsabilizando-se por 4,4 a 10,0% dos casos de doença renal terminal em diferentes populações. Na quase totalidade dos pacientes, a doença é causada por mutação em um de dois genes: PKD1 (polycystic kidney disease 1) ou PKD2 (polycystic kidney disease 2). Tais genes codificam, respectivamente, as proteínas policistina-1 (PC1) e policistina-2 (PC2). Mutações em PKD1, por sua vez, respondem pela ampla maioria dos casos de DRPAD. Camundongos haploinsuficientes para Pkd1 (Pkd1+/-), o gene ortólogo a PKD1 neste animal, consistem num modelo não cístico de deficiência de atividade deste gene. Em um estudo anterior, mostramos que animais Pkd1+/- apresentam lesão renal mais severa que camundongos selvagens (Pkd1+/+) quando submetidos a isquemia/reperfusão (I/R) renal. Esse estudo sugeriu, portanto, que a capacidade de regeneração renal pós-I/R esteja prejudicada em camundongos Pkd1+/- e em pacientes com DRPAD. O insulto por I/R constitui-se em uma causa importante de indução de estresse de retículo endoplasmático (ER), podendo ativar as vias UPR (unfolded protein response) e ERAD (ER-associated degradation). Além disso, a ativação de vias envolvidas no ER determinado por I/R exerce um efeito de agravamento da lesão decorrente deste insulto. O ER pode, ainda, ativar e ser induzido pela resposta inflamatória. Estudos prévios revelaram que as policistinas também se relacionam com este processo. A expressão de PC2 pode ser superregulada pela ativação de um dos braços da via UPR, enquanto a ativação da via ERAD estimula sua degradação. A superexpressão de XBP1, por sua vez, atenua o fenótipo cístico em camundongos deficientes em Pkd1, revelando que a ativação da via UPR pode mitigar a formação cística. Para analisar a relação entre ER e suscetibilidade aumentada a I/R na deficiência de Pkd1, avaliamos diferentes marcadores de ER em camundongos Pkd1+/- e Pkd1+/+ submetidos a um insulto leve por I/R renal associado a 32 min de isquemia. A razão de expressão renal dos mRNAs Xbp1s/Xbp1u mostrou-se menor em camundongos Pkd1+/- que Pkd1 +/+ 48 h após I/R, enquanto a expressão proteica de XBP1s foi maior em rins Pkd1+/- comparados a Pkd1+/+ após o insulto. Não detectamos diferença na expressão renal do gene Hspa5 e de seu produto BIP/GRP78, assim como na expressão de Ddit3, gene que codifica CHOP, após intervenção sham e após I/R. Também não observamos diferenças entre os níveis renais e séricos de IL1beta, IL6, IL10, TNFalfa e RANTES entre camundongos Pkd1+/- e Pkd1+/+ pós-procedimento sham e pós-I/R, embora tendências não significantes de elevação de MCP1 tenham sido detectadas nos rins submetidos ao insulto para ambos os genótipos. As variações em sentidos opostos de XBP1s e Xbp1s/Xbp1u determinadas por I/R em rins Pkd1+/- são consistentes com uma maior suscetibilidade destes animais à indução de ER. Esses achados sugerem que a indução de ER em resposta a um insulto leve por I/R possa aumentar a atividade de PC1 e exercer um efeito de atenuação sobre a maior suscetibilidade de camundongos deficientes em Pkd1 a I/R renal / Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most common life-threatening monogenic disease in humans, accounting for 4.4 to 10.0% of the end-stage kidney disease cases in different populations. In almost all patients, this disorder is caused by a mutation in one of two genes: PKD1 (polycystic kidney disease 1) or PKD2 (polycystic kidney disease 2). These genes encode, respectively, the proteins polycystin-1 (PC1) and polycystin-2 (PC2). Mutations in PKD1, in turn, are responsible for the large majority of ADPKD cases. Pkd1- haploinsufficient mice (Pkd1+/-), the gene orthologous to PKD1 in this animal, constitute a noncystic model of this gene\'s deficiency. In a previous study, we showed that Pkd1+/- animals develop a more severe renal injury than wild-type mice (Pkd1+/+) when submitted to renal ischemia/reperfusion (I/R). This study suggested, therefore, that the capacity of renal regeneration following I/R is impaired in Pkd1+/- mice and in ADPKD patients. The I/R insult is an important cause of endoplasmic reticulum stress (RS) induction, potentially leading to activation of the UPR (unfolded protein response) and ERAD (ER-associated degradation) pathways. The activation of pathways involved in RS determined by I/R exerts an aggravating effect on the injury resulting from the insult. In addition, RS can activate and be induced by the inflammatory response. Previous studies revealed that polycystins also relate to this process. PC2 expression can be upregulated by the activation of one of the UPR pathway branches, while activation of the ERAD pathway stimulates its degradation. XBP1 overexpression, in turn, attenuates the cystic phenotype in Pkd1-deficient mice, revealing that activation of UPR can mitigate cyst formation. To analyze the relationship between RS and the increased susceptibility to I/R associated to Pkd1 deficiency, we evaluated different RS markers in Pkd1+/- and Pkd1+/+ mice submitted to a mild I/R insult determined by 32-min ischemia. The renal expression ratio of mRNA Xbp1s/Xbp1u was lower in Pkd1+/- than Pkd1+/+ mice 48 h after I/R, while the XBP1s protein expression was higher in Pkd1+/- compared to Pkd1+/+ kidneys after the insult. We have not detected differences in renal expression of the Hspa5 gene and its product BIP/GRP78, as well as in Ddit3 expression, the gene that encodes CHOP, postsham intervention and post-I/R. We have also not observed differences in the renal and serum levels of IL1beta, IL6, IL10, TNFalfa and RANTES between Pkd1+/- e Pkd1+/+ mice post-sham procedure and post-I/R, although non-significant trends of MCP1 increase have been detected in kidneys submitted to the insult for both genotypes. The variations in different directions of XBP1s and Xbp1s/Xbp1u induced by I/R in Pkd1+/- kidneys are consistent with a higher susceptibility of these animals to RS induction. These findings suggest that the RS induction in response to a mild I/R insult can increase PC1 activity and exert an attenuating effect on the increased susceptibility of Pkd1-deficient mice to renal I/R
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Elementos do sistema reprodutivo de etnovariedades de batata-doce, provenientes do Vale do Ribeira, SP, Brasil / Elements of the reproductive system of sweet potato landraces from the Vale do Ribeira, SP, BrazilLucielio Manoel da Silva 22 February 2008 (has links)
O presente trabalho teve por objetivos avaliar o sistema reprodutivo de etnovariedades de batata-doce, mais especificamente, determinar quais genótipos são autocompatíveis e quais são compatíveis ou incompatíveis entre si. O sistema reprodutivo foi avaliado em 13 etnovariedades de batata-doce, através da frutificação e da observação in situ dos tubos polínicos no pistilo através da técnica de epifluorescência com azul de anilina, em flores submetidas a polinização controlada. Teste de viabilidade dos grãos de pólen foi realizado usando os corantes carmim acético e cloreto de tetrazólio em quatro horários diferentes de coleta (6:00; 8:00; 10:00 e 12:00 h). Visando avaliar alguma associação entre a incompatibilidade e a morfologia floral, foram tomadas medidas de todas as peças florais. A frutificação ocorreu apenas nas flores submetidas à polinização cruzada. Do total de 78 cruzamentos realizado, entre as 13 etnovariedades, 46,15% desses é que ocorreu a frutificação. Tubos polínicos nos pistilos foram verificados nas flores autopolinizadas (em 38,46% das etnovariedades) e nas flores submetidas à polinização cruzada (em 85,90% dos cruzamentos). Esses resultados revelam que a batata-doce possui sistema de reprodução sexual mista. A maioria das etnovariedades apresentou taxa de grãos de pólen viáveis acima de 80% quando corados com carmim, mas quando corados com tetrazólio essa taxa foi abaixo de 70%. Entretanto, a variação na viabilidade do pólen nos quatros horários de coleta foi quase inalterada, em ambos corantes. Todas as variáveis florais mensuradas mostraram-se diferenças significativas no nível de 5% de probabilidade, o que revela polimorfismo floral. Quatro padrões bem definido em relação à posição do estigma e da antera mais alta foi estabelecido; estigma bem acima antera, estigma um pouco acima da antera, estigma no mesmo nível da antera e estigma mais abaixo da antera. Mas, neuma associação foi verificada entre a morfologia floral e a incompatibilidade, os cruzamentos ocorreram entre todos os morfotipos. / The objective of this work was to study the reproductive system of sweet potato landraces - specifically, to determine which genotypes are either self-compatible or selfincompatible and which are either compatible or incompatible among themselves. The reproductive system was studied in 13 landraces of sweet potato, by means of the fruit production and in situ observation of the pollen tubes in the pistil with the epifluorescence technique with aniline blue in hand-pollinated flowers. A viability test was performed using the dyes acetic carmine and tetrazolium chloride in fou different collecting times (6:00; 8:00; 10:00 and 12:00 h). In order to detect a possible association between incompatibility and flower morphology, several flower parts were measured. Fruit production occurred only in those flowers subjected to cross-pollination. Among 78 crosses performed between 13 landraces, 46.15% produced fruit. Pollen tubes were observed in the pistils of the self-pollinated flowers of 38.46% of the landraces and of the cross-pollinated flowers of 85.90% of the crosses. These results show that sweet potato has a complex sexual reproductive system. Most landraces had a pollen viability rate over 80% when dyed with carmine, but below 70% when dyed with tetrazolium. However, the variation in pollen viability among the four collecting times was insignificant with either dye. All the flower variables measured showed significant differences at 5% of probability, revealing floral polymorphism. Even within-plant morphological pollen polymorphism, which is rather rare, was found. Four well-defined patterns of the relative position of stigma and highest anther were established: stigma well above the anther; stigma slightly above the anther; stigma at the same level as the anther; and stigma below the anther. However, no association was found between floral morphology and incompatibility patterns. There were successful crosses between all morphotypes.
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Toxoplasma gondii Em galinhas domésticas: epidemiologia, isolamento e caracterização molecular / Toxoplasma gondii In free range chickens: epidemiology, isolation and molecular characterizationCamillo, Giovana 04 March 2015 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neospora caninum and Toxoplasma gondii are two obligate intracellular protozoa and can infect a wide variety of hosts, including birds. Domestic chickens can be considered as sentinels of infection, since they have potential exposure to oocysts in the soil, serving as indicators of environmental contamination, also acting as an efficient source of T. gondii infection. In addition, chickens infected with T. gondii oocysts may contain virulent strains of this parasite in different tissues, without any clinical signs. Therefore, the objectives of this study were (1) to determine the presence of anti-T. gondii and anti-N. caninum in domestic chickens raised extensively in rural areas, (2) evaluate the association of risk factors for infection by T. gondii present in properties in one of the study regions (3) isolating of the parasite T. gondii from tissues of chickens antibody positive (4) genotypically characterize the T. gondii from rural area of the municipality of Santa Maria, Rio Grande do Sul State, Brazil. Firstly, in May 2011 were collected 137 blood samples in some farms in the state and were tested by indirect immunofluorescence (IFA) for antibodies anti-T. gondii and anti-N. caninum and were detected in 74.4% (102/137) and 36.5% (50/137) of chickens, respectively. Later in the period from March 2013 to February 2014 were collected 597 blood samples from 74 properties in the rural area of Santa Maria, RS. The samples were tested by IFA, where 49.2% (294/597) were positive for antibodies anti-T. gondii infection, with titers ranging from 16 to 4096. From bioassay of 12 positive tissues chickens were obtained nine isolates of the parasite. Genotypic characterization of isolates was performed by PCR-RFLP, using 12 genetic markers, SAG1, 5'-3'SAG2, alt. SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, apical. The result of analysis of the genotype of individual of this study revealed the presence of five genotypes according to ToxoDB (# 11, # 55, # 64, # 140 and # 163) plus two new ones, not previously described in literature. The high prevalence of antibodies found in this study suggests a major environmental contamination, and thus a potential risk to human and animal health .From the results in genotypic characterization, it can be observed that there is a wide genetic diversity of T. gondii in the study region, which confirms previous studies in Brazil. / Toxoplasma gondii e Neospora caninum são dois protozoários intracelulares obrigatórios e podem infectar uma grande variedade de hospedeiros, incluindo aves. Galinhas domésticas podem ser consideradas sentinelas da infecção, já que as mesmas têm potencial à exposição aos oocistos presente no solo, servindo como indicadores de contaminação ambiental, atuando também como eficiente fonte de infecção do T. gondii. Além disso, galinhas infectadas com oocistos de T. gondii podem albergar cepas virulentas deste parasito em diferentes tecidos, sem apresentar sinais clínicos. Diante disso, os objetivos deste estudo foram (1) determinar a presença de anticorpos anti-T. gondii e anti-Neospora caninum em galinhas domésticas criadas extensivamente em zona rural, (2) avaliar a associação dos fatores de risco para infecção por T. gondii presentes nas propriedades em uma das regiões de estudo (3) isolar o protozoário T. gondii a partir de tecidos de galinhas anticorpo positivas e (4) caracterizar genotipicamente os isolados de T. gondii de galinhas em área rural do município de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brasil. Primeiramente, em Maio de 2011 foram coletadas 137 amostras de sangue de galinhas em algumas propriedades rurais do estado e foram testadas por Imunofluorescência indireta (RIFI) para anticorpos anti-T. gondii e anti-N. caninum, sendo detectados 74.4% (102/137) e 36.5% (50/137) das galinhas, respetivamente. Posteriormente, no período de março de 2013 a fevereiro 2014 foram coletadas 597 amostras de sangue de galinhas em 74 propriedades da zona rural de Santa Maria, RS.. As amostras foram testadas por RIFI, onde 49,2% (294/597) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii, com títulos variando de 16 a 4096. A partir do bioensaio de tecidos de 12 galinhas positivas, obteve-se nove isolados do protozoário. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada através da técnica de PCR-RFLP, utilizando os 11 marcadores genéticos, SAG1, 5 -3 SAG2, alt. SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico. O resultado da análise genotípica dos isolados de galinhas do presente estudo revelou a presença de cinco genótipos de acordo com o ToxoDB (#11, #55, #64, #140 e #163), além de dois outros novos, não descritos anteriormente na literatura. A elevada prevalência de anticorpos encontrada neste estudo, sugere uma grande contaminação ambiental, sendo assim um risco potencial para a saúde humana e animal. A partir dos resultados obtidos na caracterização genotípica, pode-se observar que há uma ampla diversidade genética do T. gondii na região de estudo, o que confirma os estudos já realizados no Brasil.
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Interação tripla genótipos × locais × anos: um teste estatístico para verificar a contribuição de cada fator / Triple interaction genotypes × locations × years studies: A statistical test for factor contribution analysisMirian Fernandes Carvalho Araújo 11 July 2017 (has links)
O presente trabalho teve por objetivos propor um método alternativo para testar a contribuição de cada genótipo, local e ano para a interação genótipos × locais × anos por meio de um teste F, em dados provenientes de experimentos agronômicos e implementar uma rotina computacional para a realização da análise de dados, mediante a contribuição de cada genótipo, local e ano para a interação. O estudo avalia treze genótipos e nove ambientes (combinação de três locais e três anos). Simulou-se as somas de quadrados das fatias horizontais (genótipos), verticais (locais) e frontais (anos) do arranjo de três entradas de interação genótipos × locais × anos (G×L×A) gerando 500, 1000 e 5000 experimentos para verificar a distribuição empírica. Os resultados indicaram um ajuste à distribuição qui-quadrado não-central para as fatias horizontais, verticais e frontais do arranjo de três entradas de interação G×L×A, verificados também pelo teste de Kolmogorov-Smirnov e o gráfico QQplot. Na aplicação do teste F proposto, identificou-se os genótipos, locais e anos que contribuem mais para a interação genótipos × locais × anos, sendo de fácil aplicação e interpretação. / The present study objectives is to demonstrate an alternative method for test factor con- tribution on a triple interaction system segregating environment effects (locations × years) and genotypes effect. The analysis consists of two parts: (1) a F test, applied in agronomical experiments for means calculation; and (2) the implementation of a computer routine for simulating experiments and check results with the proposed method. The triple interaction (genotypes × locations × years) was studied in thirteen genotypes and nine environments (a combination of three locations and three years), in a block design with three repetitions. The sum of squares within horizontal slices (genotypes), vertical slices (locations) and frontal slices (years) of three way array the genotypes × locations × years (G×L×A) were simulated, generating 500, 1000 and 5000 experiments to test the empirical distribution. The results indicates a non-central chi-squared distribution for horizontal, vertical and frontal slices in the three way array G×L×A, also was tested using the Kolmogorov-Smirnov test and QQplot plot. The application of F test identified the genotypes, locations and years showing the relative contribution of these factors for the triple interaction (genotypes × locations × years), getting an easy routine and fast interpretation method.
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Variabilidade genética da proteína G do HRSV de amostras com o genótipo BA. / Genetic variability of the G protein of HRSV samples with BA genotype.Cesar Augusto do Nascimento 25 March 2011 (has links)
Para estudar a epidemiologia e evolução do novo genótipo HRSVB denominado BA, caracterizado pela duplicação de 60 nt na proteína G, analisamos 4274 amostras clínicas coletadas de crianças hospitalizadas no Hospital Universitário/USP e Hospital da Santa Casa de Misericórdia, cidade de São Paulo entre os anos de 2001 e 2009. As amostras foram submetidas a RT-PCR seguido do sequenciamento da região G2 do gene G. A duplicação de 60 nt foi detectada em 104 (28.3%) das 367 amostras analisadas. De 2001 a 2004 a circulação do genótipo BA foi baixa, seguido de 85.4% (2005), 57.6% (2006), sem circulação (2007), 10% (2008) e 75% (2009) do total de amostras sequenciadas. As sequências foram comparadas com outras BA de diversos países do mundo. A análise filogenética preliminar dividiu as amostras brasileiras em 5 grupos (BA-I, BAII, BAIII, BAIV e BAVI), sendo que a maioria das amostras de 2005 a 2009 agruparam juntas na linhagem BA-IV, estabelecendo um grupo temporal e geográfico. / In order to study the epidemiology and evolution of the new genotype of HRSVB named BA characterized with a 60-nt duplication in the G protein we analyzed 4274 clinical samples collected from children hospitalized in University Hospital/USP and Santa Casa de Misericórdia Hospital, in São Paulo city, during 2001 to 2009. The samples were subject to RT-PCR followed by sequencing of the G2 region of the G gene. The 60 nt-duplication were detected in 104 (28.3%) of 367 sequencing samples. From 2001 to 2004 the circulation of the BA genotype was low, followed by 85.4% (2005), 57.6% (2006), no circulation (2007), 10% (2008) and 75% (2009) of total sequencing samples. Sequences were compared with G sequences with the 60 nt-duplication globally sampled. Preliminary phylogenetic analysis divided Brazilian samples into five clusters (BA-I, BAII, BAIII and BAVI and BAIV), and almost all samples from 2005 to 2009 were clustered together in BA-IV lineage, establishing temporal and geographical cluster.
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Influência dos polimorfismos do gene do receptor adrenérgico beta2 na regulação cardiovascular de jovens normotensos / Influência dos polimorfismos do gene do receptor adrenérgico beta2 na regulação cardiovascular de jovens normotensos.Magda Maya Atala 11 December 2006 (has links)
O sistema nervoso (SN) autonômico é fundamental na regulação cardiovascular. A análise da variabilidade da freqüência cardíaca (VFC), no domínio do tempo e da freqüência, expressa a modulação autonômica cardíaca, pois reflete a atividade do SN simpático (receptores adrenérgicos) e do SN parassimpático (receptores muscarínicos) sobre Nó Sinoatrial. As variantes genéticas funcionais (polimorfismos) do receptor adrenérgico beta2 vêm sendo associadas a diferentes estados funcionais do receptor e a diversos fenótipos cardiovasculares. Investigamos em 218 de jovens normotensos (entre 18 a 30 anos) a associação dos polimorfismos do receptor adrenérgico beta2 tipo Gln27Glu (Gln/Gln, Gln/Glu e Glu/Glu) e tipo Arg16Gly (Arg/Arg, Arg/Gly e Gly/Gly) com o perfil antropométrico e com os fenótipos cardiovasculares: o balanço autonômico para o coração (análise da VFC), a noradrenalina sérica, e variáveis hemodinâmicas, que foram registradas durante o repouso (5min) e o tilt test (teste de estresse postural, 5 min). Resultados: polimorfismo beta2 tipo Gln27Glu - comparados aos portadores do genótipo Gln/Gln, os indivíduos com genótipos Glu/Glu e Gln/Glu apresentaram uma menor relação cintura/quadril (p=0,008) e uma maior atividade simpática em resposta ao tilt teste, ou seja, maior aumento do componente LF (p=0,027) e maior relação LF/HF (p=0,014); polimorfismos beta2 tipo Arg16Gly - portadores do genótipo Arg/Arg apresentaram maior queda do índice alfa durante o tilt test, comparados aos outros genótipos; associação de polimorfismos (haplótipos) - portadores do haplótipo Gln27Gln/Arg16Gly apresentaram maior incremento da FC quando comparados aos portadores dos haplótipos Gln27Gln/Gly16Gly (p=0,06). Conclusão: foi possível detectar que os polimorfismos do receptor adrenérgico beta2 tipo Gln27Glu e tipo Arg16Gly têm impacto sobre o balanço autonômico cardíaco, respectivamente, aumentando a atividade simpática para o coração e diminuindo a atividade baroreflexa durante manobra de estresse postural, em indivíduos jovens normotensos / The autonomic nervous system (NS) has a pivotal role in cardiovascular control. Time domain and spectral analyzes of heart rate variability (HRV) indicates cardiac autonomic modulation, since it reflects the sympathetic (adrenergic receptors) and parasympathetic (muscarinic receptors) nerve activity over the Sinoatrial Node. Polymorphisms of the adrenergic receptor beta2 have been associated to different functional state of receptor and cardiovascular phenotypes. We analyzed in 218 young normotensive subjects (18-30 years old) the association of polymorphisms of the adrenergic receptor type Gln27Glu (Gln/Gln, Gln/Glu e Glu/Glu) and type Arg16Gly (Arg/Arg, Arg/Gly e Gly/Gly) with anthropometric data and cardiovascular phenotypes: cardiac autonomic balance (HRV), norephinefrine levels, and hemodynamic parameters, which were registered during rest (5min) and tilt test (5 min). Results: beta2 polymorphism type Gln27Glu - compared to subjects with genotype Gln/Gln, subjects with genotype Glu/Glu e Gln/Glu showed a lower WHR (p=0,008) and a higher increase in sympathetic activity during tilt teste, i.e., a higher increase in LF component (p=0,027) and LF/HF relation (p=0,014); beta2 polymorphism type Arg16Gly - subjects with genotype Arg/Arg demonstrated a higher decrease in alpha index during tilt test, compared to other genotypes; polymorphism association (haplotype) - subjects with Gln27Gln/Arg16Gly had a higher increase in hear rate compared to subjects with haplotype Gln27Gln/Gly16Gly (p=0,06). Conclusion: it was possible to detect in young normotensive subjects that polymorphisms of the adrenergic receptor type Gln27Glu and type Arg16Gly have an impact over cardiac autonomic balance, respectively, increasing the cardiac sympathetic activity and decreasing the baroreflex sensibility during tilt test
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Estudo genético quantitativo e molecular de características de crescimento e carcaça em bovinos da raça Nelore usando inferência bayesiana. / Quantitative and molecular study of growth and carcass traits in Nellore cattle using bayesian inference.Cucco, Diego de Córdova 22 November 2010 (has links)
Estudos genético quantitativos e moleculares são fundamentais para o melhoramento animal e sua realização com a raça Nelore é de grande importância devido a ampla participação dessa no rebanho de corte nacional. A estimação constante dos parâmetros genéticos das características de produção é necessário para a adequada condução do processo de seleção dos animais. A melhoria de características relacionadas à carcaça bovina é essencial para a eficiência e sustentabilidade da atividade e a implementação de métodos de seleção animal baseados em informações moleculares pode revolucionar a produção zootécnica e deve ser profundamente estudado. Sendo assim, os objetivos do presente estudo foram estimar parâmetros genéticos e componentes de variância através de diferentes modelos matemáticos para um total de 14 características fenotípicas (o peso ao nascimento, peso a desmama, peso ao sobreano, ganho de peso entre a desmama e o sobreano ajustado para um intervalo de 345 dias, perímetro escrotal ao sobreano, altura de garupa ao sobreano, escores visuais avaliados ao sobreano de conformação, precocidade, musculosidade, comprimento de umbigo e ossatura, e ainda características de carcaça mensuradas por ultrassonografia realizada após 30 a 45 dias de confinamento como a área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, espessura de gordura na picanha). Foram estimadas correlações entre todas estas características com as de carcaça mensuradas por ultrassonografia. Sob o enfoque molecular, desenvolveu-se um programa para imputação de genótipos faltantes e estudaram-se diferentes métodos de associação de marcadores moleculares do tipo mutação de base nitrogenada única (SNP) a características de produção incluídas no índice de seleção de um programa de melhoramento da raça Nelore, utilizando inferência bayesiana. Todas as características estudadas podem ser selecionadas esperando-se progresso genético na população. Os efeitos maternos foram importantes em algumas características onde normalmente estes efeitos não têm sido considerados atualmente. A quantidade de escores atribuídos a uma característica categórica assim como o número de observações fenotípicas resultam em diferenças nas estimativas quando avaliadas por modelos lineares ou de limiar. Não deverão ser obtidos resultados satisfatórios na melhoria das características de carcaça se a seleção for baseada nas tradicionais avaliações visuais utilizadas no momento. Os métodos utilizados na análise de associação dos marcadores podem originar diferentes resultados. Os marcadores que apresentaram efeitos altamente relevantes (P<0,01) geralmente apresentaram resultados semelhantes, independentemente do método utilizado. Certos marcadores podem ter efeitos positivos para algumas características componentes do índice de seleção e negativos para as demais. A análise em conjunto com todos os SNP\'s e todos os dados fenotípicos disponíveis é viável e parece ser a mais adequada. O método desenvolvido de imputação de genótipos faltantes a partir do parentesco de animais genotipados foi eficiente. / Quantitative and molecular genetic studies are very important for animal breeding and studies with Nellore cattle have great importance due to the large participation of that breed in the Brazilian beef cattle industry (around 80% of the herd). The constant estimation of genetic parameters for traits linked to production is necessary for properly perform selection of animals. The improvement of carcass traits is essential for efficiency and profitability of the activity. The implementation of methods for animal selection based on molecular information could revolutionize animal production and should be deeply studied. Thus, the objectives of this study were to estimate genetic parameters and variance components using different mathematical models for a total of 14 traits, such as birth weight, weaning weight, yearling weight, post-weaning weight gain between weaning and yearling adjusted for 345 days, yearling scrotal circumference, yearling hip height, yearling visual scores like conformation, finishing, muscularity, bone structure and navel length. Ultrasound measurements for carcass traits performed at feedlot (30 to 45 days, at approximate age of 20 months) such as rib-eye area, fat thickness, rump fat thickness were, also, evaluated. Estimate correlations between all these traits with the carcass traits measured by ultrasound were estimated. As concerned to molecular study, an algorithm for imputation of missing genotypes was developed and different methods to analyze molecular marker (single nucleotide polymorphism - SNP) association with traits components of the selection index of a breeding program that is applied to the population studied, using bayesian inference, were used. Genetic progress will be expected for selection of all the traits studied. Maternal effects were important in some traits in which those effects are not usually considered. The amount of scores assigned to a categorical trait and the number of observations could result in different estimates when evaluated by linear or threshold models. The selection for visual scores traditionally used in that population will not improve carcass traits. The methods used to analyze the association of markers may lead to different results. The SNP\'s with association effects of high relevance (P<0.01) generally express their effects regardless of the method used to analyze. Some markers may have positive effects for some traits of selection index, but negative for others. The joint analysis with all SNPs and with all available phenotypes is feasible and appears to be more appropriate. The algorithm developed for imputation of missing genotypes from pedigree information of genotyped animals was efficient.
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