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Suscetibilidade dos genótipos diplóides e tetraplóides de azevém (Lolium multiflorum Lam.) ao herbicida glyphosate / Susceptibility of diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) to the herbicide glyphosate

Dors, Celso Antonio 30 July 2009 (has links)
Genótipos de azevém (Lolium multiflorum Lam.) diplóides e tetraplóides são cultivados como forrageira na produção animal, no entanto, quando sistemas de produção que envolve o plantio direto são estabelecidos após o cultivo da forrageira é comum a dessecação com o herbicida glyphosate. Portanto, é importante conhecer se existe suscetibilidade diferencial a este herbicida entre os genótipos. Desta forma, foi desenvolvida a presente pesquisa como o objetivo de avaliar o grau de tolerância dos genótipos diplóides e tetraplóides de azevém ao herbicida glyphosate em quatro estádios fenológicos de desenvolvimento. Para isso, foram instalados quatro experimentos, sendo um para cada estádio fenológico do azevém (duas folhas, quatro perfilhos, pré-florescimento e formação de grãos). Os tratamentos consistiram da combinação dos dois genótipos e seis doses do herbicida glyphosate (240; 480; 960; 1.920; 3.840 e 7.680 g e.a. ha-1), e uma testemunha sem aplicação de glyphosate, em delineamento experimental de blocos ao acaso, quatro repetições. Os parâmetros analisados foram porcentagem de controle e fitomassa seca das plantas. Os resultados foram submetidos à análise de variância e em seguida ajustados para modelo de curva de dose-resposta do tipo logística, sendo destes modelos calculados valores de controle correspondestes a 50, 80, 90 e 99%. As conclusões principais obtidas nesta pesquisa foram de que os genótipos de azevém diplóide e tetraplóide apresentam suscetibilidade diferencial ao herbicida glyphosate, sendo o genótipo tetraplóide mais tolerante ao herbicida. O grau diferencial de tolerância, medido pelo fator de tolerância (FT) diferencial entre os genótipos, expresso pelo valor médio dos quatro estádios fenológicos estudados, utilizando como base o controle de 50% das plantas pelo glyphosate foi de 1,6 vezes a dose de glyphosate no genótipo tetraplóide em relação ao genótipo diplóide. Os estádios fenológicos de desenvolvimento das plantas de ambos os genótipos estudados afetam o grau de tolerância ao glyphosate. De maneira geral, em estádios mais avançados de desenvolvimento fenológico dos dois genótipos a suscetibilidade do azevém é menor ao glyphosate, exceto para o estádio de préflorescimento, no qual a planta é mais suscetível que o estádio de quatro perfilhos, quando o parâmetro de análise é a dose necessária para controle de 50% das plantas. O parâmetro de análise de suscetibilidade fitomassa seca das plantas apresentou a mesma tendência diferencial entre os fenótipos diplóides e tetraplóides que o parâmetro porcentagem de controle visual. / Diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) are cultivated as forage crop for animal production, however, when cropping systems that involve no tillage is established after the forage cultivation it is common the dessecation with the herbicide glyphosate. However, it is important to know if there is differential susceptibility between the genotypes to the herbicide, in four phenological stages of development. Therefore, it was developed this research with the objective of evaluating the degree of tolerance of the diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass to the herbicide glyphosate. For that, four experiments were installed being one for each of the Italian ryegrass phenological stages (two leaves, four tillers, pre-flowering, and grain formation). The treatments consisted of the combination of the two genotypes and six rates of glyphosate (240; 480; 960; 1.920; 3.840 and 7.680 g a.e. ha-1) and a check plot without glyphosate application, in randomized complete blocks design, four replications. The parameters that were analyzed were control percentage and dry biomass. Results were submitted to analysis of variance and subsequently adjusted to non linear model of logistic dose-response curves, and from these models control values were calculated at 50, 80, 90 and 99%. The main conclusions obtained in this research were that genotypes of Italian ryegrass presented differential susceptibility to the herbicide glyphosate. The differential degree of tolerance, measured by the tolerance factor (TF) between the biotypes, expressed by the mean value of the four development stages studied, using the 50% Italian ryegrass control, was 1.6 times more glyphosate rate for the tetraploid genotype compared to the diploid genotype. The phenological stages of development of both genotypes affected the tolerance degree to glyphosate. In general, the more is the advanced development stages of both biotypes, the lower is the susceptibility of Italian ryegrass to glyphosate, except for the stage of pre-flowering, in which the plant is less susceptible than the stage of four tillers, when the analyzed parameter is the rate necessary to control 50% of the plants. The parameter of analysis of susceptibility plant dry biomass presented the same tendency of differential control between the diploid and tetraploid genotypes than the visual control percentage.
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Estudo da interação genótipos x ambientes em algumas características produtivas na raça Nelore / Study of genotypes x environments in some productive traits in Nellore cattle

Ribeiro, Sandra 30 January 2006 (has links)
O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipos x ambientes sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos de corte da raça Nelore. Foram analisados 45.697 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 34.773 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 34.753 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano (GP), originários de três fazendas localizadas nas regiões sudeste e centro-oeste do Brasil. Os componentes de variância foram estimados utilizando-se o programa MTDFREML. Os dados foram submetidos a análises de duas formas distintas: primeiramente processaram-se análises de características únicas para os dados de cada fazenda e para conjuntos de dados formados por pares de fazendas. Em seguida, processaram-se análises de características múltiplas, em que a mesma característica foi considerada como variáveis distintas em cada par de fazendas. A partir da obtenção dos valores genéticos dos animais, foram calculadas as diferenças esperadas na progênie (DEPs) dos mesmos, bem como as correlações de Pearson entre os valores das DEPs dos touros para as três características estudadas. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade variaram de 0,17 a 0,33 para a característica PD, 0,31 a 0,48 para a característica PS e 0,11 a 0,32 para a característica GP. Os coeficientes de correlação genética encontrados variaram de 0,82 a 1,00, enquanto as correlações de Pearson entre as DEPs dos touros variaram de 0,89 a 0,99. Os resultados levam a sugerir pequeno ou nenhum efeito da interação genótipo x ambiente nos rebanhos incluídos neste estudo. / The objective of the present study was to evaluate the genotype x environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and weight gain post-weaning in Nellore beef cattle herds. There were analyzed 45,697 data of weaning weight adjusted to 205 days (PD), 34,773 data of post-weaning weight adjusted to 550 days (PS) and 34,753 data of weight gain post-weaning (GP), which were collected from three farms localized in southwest and middle-east of Brazil. The variance components were estimated by MTDFREML. Those data were analyzed applying two different methods: the first proceeding was of considering single traits to the data of each farm and also to the data-set originated by pair of farms. The second method was performing the analysis of multiple traits once the same trait was considered as a distinct variable in each pair of farms. Since genetic values were obtained there were calculated the expected breeding values (EPD) of the sires as the Pearson correlations between the EPD values and the traits analyzed. The estimative of heritability coefficients ranged from 0.17 to 0.33, 0.31 to 0.48 and 11 to 0.32 to PD, PS and GP respectively. The genetic correlations varied from 0.82 to 1.00, while the Pearson correlation between the EPDs ranged from 0.96 to 0.99. The results suggest a modest or inexistent genotype x environment interaction effect in the herds evaluated.
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Caracterização molecular de isolados de Sarcocystis spp. obtidos de fezes de marsupiais do gênero Didelphis pela análise de fragmentos gênicos de sequências codificadoras de antígenos de superfície dos parasitos / Molecular characterization of isolates of Sarcocystis spp. obtained from feces of opossums of the genus Didelphis by analysis of genes coding for surface antigens

Monteiro, Renata Molina 20 October 2011 (has links)
O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.
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Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana / Hidden Markov model for imputation of genotypes of molecular markers: An application in QTL mapping using Bayesian approach

Medeiros, Elias Silva de 28 August 2014 (has links)
Muitas são as características quantitativas que são, significativamente, influenciadas por fatores genéticos, em geral, existem vários genes que colaboram para a variação de uma ou mais características quantitativas. As informações ausentes a respeito dos genótipos nos marcadores moleculares é um problema comum em estudo de mapeamento genético e, por conseguinte, no mapeamento dos locus que controlam estas características fenotípicas (QTL). Os dados que não foram observados ocorrem, principalmente, devido a erros de genotipagem e de marcadores não informativos. Para solucionar este problema foi utilizado o método do modelo oculto de Markov para inferir estes dados. Os métodos de acurácias evidenciaram o sucesso da aplicação desta técnica de imputa- ção. Uma vez imputado, na inferência bayesiana estes dados não serão mais tratados como uma variável aleatória resultando assim, numa redução no espaço paramétrico do modelo. Outra grande dificuldade no mapeamento de QTL se deve ao fato de que não se conhece ao certo a quantidade destes que influenciam uma dada característica, fazendo com que surjam diversos problemas, um deles é a dimensão do espaço paramétrico e, consequentemente, a obtenção da amostra a posteriori. Assim, com o objetivo de contornar este problema foi proposta a utilização do método Monte Carlo via cadeia de Markov com Saltos Reversíveis, uma vez que este permite flutuar, entre cada iteração, modelos com diferentes quantidades de parâmetros. A utilização da abordagem bayesiana permitiu detectar cinco QTL para a característica estudada. Todas as análises foram implementadas no programa estatístico R. / There are many quantitative characteristics which are significantly influenced by genetic factors, in general, there are several genes that contribute to the variation of one or more quantitative trait. The missing information about the genotypes in molecular markers is a common problem in studying genetic mapping and therefore the mapping of loci that control these phenotypic traits (QTL). The data were not observed occur mainly due to errors in genotyping and uninformative markers. To solve this problem the method of occult Markov model to infer this information was used. Techniques accuracies demonstrated the successful application of this technique of imputation. Once allocated, in the Bayesian inference this data will no longer be treated as a random variable thus resulting in a reduction in the parameter space of the model. Another great difficulty in mapping QTL is due to the fact that no one knows exactly the amount of these which influence a given characteristic, so that several problems arise, one of them is dimension of the parameter space and, consequently, obtaining the sample a posterior. Thus, in order to solve this problem using the method via Monte Carlo Markov chain Reversible Jump was proposed, since this allows fluctuate between each iteration, models with different numbers of parameters. The use of the Bayesian approach allowed five QTL detected for the studied trait. All analyzes were implemented in the statistical software R.
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Avaliação de genótipos de mamona (Ricinus communis L.) em cruzamentos dialélicos parciais / Evaluation of castor (Ricinus communis L.) genotypes in partial diallel crosses

Nóbrega, Márcia Barreto de Medeiros 26 August 2008 (has links)
A mamona é uma cultura importante no nordeste brasileiro há muito tempo e é característica de pequenos produtores que utilizam mão de obra familiar. Devido a isso, a maioria deles não utiliza ainda cultivares melhorados e até o momento poucos cultivares de mamona foram liberados pelos programas de melhoramento. Nos últimos anos a cultura da mamona tornou-se importante também em outras regiões do Brasil, devido à importância que adquiriu o óleo extraído das suas sementes para a produção de biodiesel. O objetivo deste trabalho compreende a estimação de parâmetros genéticos e fenotípicos relacionados à produção e caracteres agronômicos de mamona, visando ao entendimento do controle genético de tais caracteres para fins de melhoramento. Para isso utilizou-se 10 genótipos de mamona, divididos em dois grupos: Grupo 1, composto de cinco genótipos de porte baixo, e, Grupo 2, composto de cinco genótipos de porte alto, que foram cruzados segundo um arranjo dialélico parcial, originando 25 cruzamentos. Os 25 tratamentos foram avaliados experimentalmente no ano agrícola de 2005/6 na área experimental do Departamento de Genética da ESALQ/USP, em um delineamento em látice 5 x 5 com quatro repetições e parcelas lineares de 9 metros, espaçadas de 3 metros, contendo 10 plantas. Os seguintes caracteres foram avaliados: produção de sementes (PR), peso de 100 sementes (P100), dias para florescimento (DF), altura da planta (AP), altura do caule (AC), diâmetro do caule (DC), comprimento total do racemo primário (TT), comprimento efetivo do racemo primário (TU), número de nós (NN) e comprimento dos internós (CI). A capacidade geral de combinação (CGC) foi significativa para todos os caracteres dos dois grupos na análise de variância, enquanto que a capacidade específica de combinação (CEC) foi significativa somente para P100, DF, DC, TT, TU e NN. Mesmo assim, a soma de quadrados devido à CGC foi maior que a soma de quadrados devido à CEC em todos estes caracteres. Nos dois grupos detectaram-se genótipos com alelos favoráveis para produção de sementes e caracteres agronômicos. Dois genótipos do Grupo 1 (BRA-5916 e BRA-3908) e dois do Grupo 2 (BRS Paraguaçu e BRS Nordestina) se destacaram pela maior concentração de alelos favoráveis para PR e características agronômicas, havendo complementação entre eles. Com base nestes resultados sugere-se a formação de populações derivadas de cruzamentos duplos, triplos e quádruplos com estes genótipos, visando à seleção de linhagens de alta produção e com características agronômicas favoráveis. / Castor has been a very important crop in northeastern Brazil, and has been characterized as low input agriculture of small farmers. Nowadays it became a very important crop in other places of Brazil, due to the possibility of biodiesel production. Most of castor crop in Brazil is based in landraces and only a few cultivars were released by breeding programs. The objective of the present work was to estimate the genetic and phenotypic parameters related to seed yield and agronomic traits in castor, in order to obtain a better understanding of the genetic control of these traits for breeding purposes. The genetic material comprised two sets of cultivars: Group 1, composed by five short genotypes, and Group 2, composed by five tall genotypes. The two groups were crossed according a partial diallel design, giving rise to 25 hybrid combinations. The 25 entries were evaluated under field conditions in the 2005/6 growing season, at Department of Genetics Experimental Station, College of Agriculture Luiz de Queiroz (ESALQ/USP) in a 5 x 5 lattice design with four replicates. Plots consisted of a 9-meter single row spaced 3 meter apart with 10 plants. The following traits were evaluated: seed yield (PR), 100-seed weight (P100), days to flowering (DF), plant height (AP), height up to primary raceme (AC), diameter of main stem (DC), total length of primary raceme (TT), effective length of primary raceme (TU), number of nodes up to primary raceme (NN) and length of internodes below the primary raceme (CI). General combining ability (GCA) was significant in the analysis of variance for all the traits in the two groups, while specific combining ability (SCA) was significant only for P100, DF, DC, TT, TU and NN. However, GCA sum of squares was higher than SCA sum of squares for all these traits. Both groups showed the presence of genotypes with favorable alleles for yield and agronomic traits. Two genotypes from Group 1 (BRA-5916 and BRA-3908) and two from Group 2 (BRS Paraguaçu and BRS Nordestina) presented a higher concentration of favorable alleles for PR and agronomic traits and were also complementary. We suggest the development of two-way, three-way and four-way populations with these genotypes, in order to select high yielding inbred lines and with other favorable traits.
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Detecção e genotipagem de astrovírus em amostras fecais de aves de produção procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras / Detection and genotyping of astrovirus in fecal samples of production poultry from different Brazilian comercial fams

Espinoza, Luis Ramiro Luna 31 March 2016 (has links)
Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent
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Isolamento e caracterização biológica e genotípica de Toxoplasma gondii (Nicolle e Manceaux, 1909) de gatos do estado de São Paulo / Isolation and biological and genotypic characterization of Toxoplasma gondii (Nicolle; Manceaux, 1909) from cats from São Paulo state, Brazil

Pena, Hilda Fátima de Jesus 29 November 2004 (has links)
O Toxoplasma gondii apresenta uma estrutura populacional clonal. A análise genotípica do locus SAG2 foi realizada para determinar a ocorrência de diferentes linhagens de T. gondii (tipos I, II e III) em gatos domésticos. Amostras de soro de 237 gatos de 15 municípios no estado de São Paulo foram testadas para pesquisa de anticorpos anti-T. gondii através do teste de aglutinação modificado (MAT). Anticorpos (MAT ≥ 25) foram encontrados em 84 (35,4%) dos 237 gatos. Com os tecidos (cérebro, coração, língua e musculatura esquelética) de 71 gatos positivos foram realizados bioensaios em camundongos (cinco camundongos por grupo) sendo obtidos 47 isolados. A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela PCR revelou que 34 isolados (72,4%) eram do tipo I, 12 (25,5%) eram do tipo III e um (2,1%) apresentava infecção mista (tipo I e tipo III). Não houve isolado do tipo II. A maioria dos isolados do tipo I (23/34) causou o óbito de todos os camundongos infectados e a maioria dos isolados do tipo III (7/12) não levou ao óbito nenhum camundongo infectado. Foram encontrados cistos no cérebro dos camundongos infectados em todos os 47 isolados. A determinação genotípica também foi feita diretamente das amostras primárias dos gatos (homogeneizados de tecidos) usando a nested-PCR-RFLP. A caracterização do locus SAG2 foi bem sucedida em 80,4% (37/46) das amostras testadas. Os genótipos obtidos das amostras primárias foram idênticos aos dos isolados correspondentes. O genótipo misto foi confirmado pelo seqüenciamento direto de DNA dos produtos da PCR obtidos do isolado e da amostra primária do gato. Amostras dos cinco camundongos infectados com este isolado foram seqüenciadas. Três camundongos se infectaram com o genótipo tipo III, um com o genótipo tipo I e o outro com o genótipo misto, demonstrando que infecções mistas podem originar diferentes padrões de infecção em um hospedeiro. / Toxoplasma gondii has a clonal population structure. Genotypic analysis of the SAG2 locus was performed to determine the occurrence of the different lineages of T. gondii (types I, II and III) in domestic cats. Antibodies to T. gondii were determined in serum samples of 237 cats from 15 counties in São Paulo state, Brazil, by the modified agglutination test (MAT). Antibodies (MAT ≥ 25) were found in 84 (35.4%) of 237 cats. Tissues (brain, heart, tongue and skeletal muscle) of 71 of the positive cats were bioassayed in mice (five mice per group). Forty-seven isolates were obtained. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) in PCR-amplified SAG2 products revealed that 34 isolates (72.4%) were type I, 12 (25.5%) were type III and one (2.1%) was mixed with type I and type III. There was no type II isolate. Most of the type I isolates (23/34) killed all infected mice and most of the type III isolates (7/12) killed no infected mice. Tissue cysts were found in mice infected with all 47 isolates. The genotype determination was also made directly from primary samples from cats (tissue homogenates) using nested-PCR-RFLP analysis. Characterization of the SAG2 locus was successful in 80.4% (37/46) of the samples tested. Genotypes obtained from primary samples were the same as those from the corresponding isolates. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of PCR products from the isolate and from the cat primary sample and samples from the five mice infected with this isolate were sequenced. Three had type III genotype, one had type I, and one had type I + type III, demonstrating that mixed infections can originate different patterns of infection in a host.
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Caracterização do proteoma de entrenós maduros e imaturos de cana-de-açúcar durante o estádio de maturação / Characterization of the proteome of mature and immature internodes from sugarcane during maturation phase of development

Cruz, Larissa Prado da 08 October 2012 (has links)
Grandes esforços dos programas de melhoramento genético da cana-de-açúcar são dedicados ao desenvolvimento de novas variedades com maior rendimento e conteúdo de sacarose. As etapas do metabolismo da sacarose têm sido foco de pesquisas há muito tempo, porém apenas recentemente têm-se buscado compreender os processos de transporte e acúmulo da sacarose no colmo da cana-de-açúcar. O objetivo deste trabalho é a caracterização do proteoma de entrenós maduros (entrenó 9) e imaturos (entrenó 5) de dois genótipos de cana-de-açúcar (Co 740 e SP 80-3280), ambos com 12 meses de idade, visando à identificação de proteínas relacionadas aos processos de transporte e acúmulo de sacarose. A altura, diâmetro do colmo, área foliar, umidade dos entrenós, trocas gasosas, potencial hídrico da planta e índice de maturação foram obtidos no momento da coleta do material vegetal. A quantificação dos açúcares glicose, frutose e sacarose foi realizada por cromatografia líquida e não mostrou a existência de diferenças no acúmulo desses carboidratos entre as duas variedades. Porém observamos diferenças entre os entrenós maduros e imaturos, indicando que o entrenó considerado imaturo encontra-se em estádio de pleno acúmulo de sacarose. O perfil de expressão proteica, gerado por 2D-PAGE, mostrou 87 e 85 proteínas diferencialmente expressas nos entrenós 5 e 9, respectivamente. Nos entrenós imaturos 12 proteínas foram identificadas como preferencialmente expressas em cada variedade e nos entrenós maduros 11 e 16 proteínas foram identificadas como preferencialmente expressas em Co 740 e SP 80-3280, respectivamente. As proteínas totais dos dois entrenós das duas variedades foram separadas e identificadas via UPLC acoplado a espectrômetro de massas LC-MS/MS com auxílio da base de dados do SUCEST. A caracterização do proteoma dos entrenós foi complementada pela avaliação da localização celular, função molecular e processo biológico a que pertencem todas as proteínas identificadas. Ao todo, foram identificadas 1.493 proteínas localizadas em 19 componentes celulares, com 20 funções metabólicas diferentes, atuantes em 24 processos biológicos e integrantes de 84 vias metabólicas. Deste total, 71 foram classificadas como participantes do metabolismo de carboidratos e encontram-se distribuídas em 21 vias metabólicas, segundo a base de dados KEGG. / Great efforts have been put into sugarcane breeding programs in order to develop new varieties with increased sucrose yield and content. The steps of sucrose metabolism have been focus of research for a long time, but only recently have researchers sought to understand the processes of transport and accumulation of sucrose in sugarcane stem. The objective of this study is characterize the proteome of mature (internode 9) and immature (internode 5) internodes in two genotypes of sugarcane (Co 740 and SP 80-3280), both 12 months old, focusing on the identification of proteins related to the processes of transport and accumulation of sucrose. The height, stem diameter, leaf area, internode moisture, gas exchange, plant water potential and maturation index were all recorded at the time the plant material was collected. The quantification of sugars glucose, fructose and sucrose was performed by liquid chromatography and showed no difference in carbohydrates accumulation between the two varieties. Nevertheless, we observed differences between the mature and immature internodes, indicating that the internode considered immature was actively accumulating sucrose. The protein profile, produced by 2D-PAGE, showed 87 and 85 differentially expressed proteins in internodes 5 and 9, respectively. In immature internodes 12 proteins were identified as being preferentially expressed in each of the varieties and in the mature internodes 11 and 16 proteins were identified as preferentially expressed in Co 740 and SP 80- 3280, respectively. Total proteins of the two internodes of two varieties were separated and identified by UPLC coupled to a mass spectrometer LC-MS/MS using the SUCEST database. The characterization of the internodes proteome was further complemented by evaluating cellular localization, function and molecular biological processes to which all identified proteins belong. Altogether, 1,493 proteins were identified, located in 19 cellular components, with 20 different metabolic functions, operating in 24 biological processes and involving 84 metabolic pathways. Of this total, 71 have been classified as being involved in carbohydrate metabolism and are distributed in 21 metabolic pathways, according to the KEGG database.
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Distribuição e população de plantas e produtividade de grãos de milho. / Row spacing, plant population and maize grain yield.

Palhares, Marcos 08 April 2003 (has links)
Com o objetivo de avaliar o efeito de população de plantas (30.000, 60.000 e 90.000 plantas.ha -1 ), sob dois espaçamentos (0,40 e 0,80 m), sobre a produtividade de grãos de três genótipos (AG 1051, AG 7575 e DKB 911) de milho (Zea mayz L.) com arquiteturas foliares diferentes, foi conduzido experimento de campo em Piracicaba-SP (Departamento de Produção Vegetal, Universidade de São Paulo) no período de 20 de novembro a 10 de abril de 2001. Foi utilizado delineamento em blocos casualizados com três repetições. Em função dos resultados obtidos, pode-se concluir que: (i) em alta população (90.000 plantas.ha -1 ), a redução do espaçamento (de 0,80 m para 0,40 m) teve efeito positivo na produtividade de grãos no genótipo de arquitetura foliar aberta (AG 1051), devido a otimização de interceptação de luz, e (ii) até 60.000 plantas.ha -1 , independentemente do genótipo, a produtividade de grãos é crescente com o aumento da população de plantas. Com o aumento da população de plantas de 60.000 para 90.000 plantas.ha -1 , a produtividade de grãos: (a) aumenta no genótipo de arquitetura foliar ereta (DKB 911), (b) tende a estabilizar no genótipo de arquitetura semi-ereta (AG 7575), e (c) tende a estabilizar sob espaçamento reduzido (0,40 m), ou diminui sob espaçamento de 0,80 m no genótipo de arquitetura aberta (AG 1051). / With the purpose of evaluating the effect of plant population (30,000; 60,000 and 90,000 plants.ha -1 ), under two row widths (0.40 and 0.80 m), on grain yield of three maize (Zea mayz L.) genotypes (AG 1051, AG 7575 and DKB 911) with different leaf architecture, a field experiment was carried out in Piracicaba, São Paulo State, Brazil (Crop Science Department, University of São Paulo) between 20 th November to 10 th April 2001. The experiment was laid out in a randomized complete blocks design with three replicates. According to the results: (i) in high population (90,000 plants.ha -1 ), due the optimization of light interception, the reduction of row width (from 0.80 m to 0.40 m) increases grain yield in the opened leaf architecture genotype (AG 1051), and (ii) independently of genotype, up to 60,000 plants.ha -1 , the grain yield is crescent with increment of plant population. With the plant population increasing from 60,000 to 90,000 plants.ha -1 , the grain yield: (a) increases in the erect leaf architecture genotype (DKB 911), (b) presents a stabilization tendency in the semi-erect leaf architecture genotype (AG 7575), and (c) presents stabilization tendency under narrow row (0.40 m), and decreases under row width of 0.80 m in the opened leaf architecture genotype (AG 1051).
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Estratificação ambiental para avaliação de genótipos de algodoeiro no estado de Mato Grosso. / Environmental stratification for evaluation cotton genotypes in Mato Grosso State, Brazil.

Maranha, Fábia Giulianna Christian Botelho 19 May 2005 (has links)
Utilizando dados de produtividade dos experimentos regionais de avaliação de genótipos de algodoeiro (Gossypium hirsutum) conduzidos no estado de Mato Grosso, nos anos agrícolas 1998/99, 1999/00 e 2000/01, foi realizado este trabalho, com a finalidade de estratificar e determinar o número de ambientes para avaliação de genótipos de algodão. Para isso foram avaliados oito genótipos em 1998/99, 14 em 1999/00 e 15 em 2000/01 em oito ambientes, quais sejam: Campo Novo dos Parecis, Sorriso, Primavera do Leste, Rondonópolis, Campo Verde, Sapezal, Pedra Preta e Lucas do Rio Verde. A partir das análises de variância foram aplicadas técnicas fundamentadas na análise AMMI (Additive Main effects and Multiplicative interactions). A primeira estratificação baseou-se na distância entre locais para a interação por um modelo AMMI de análise. O segundo método baseou-se na abordagem de genótipos vencedores, utilizando-se as estimativas dos modelos AMMI1 e AMMI2. As duas metodologias aplicadas permitiram a formação de estratos ambientais para todos os anos de avaliação. As matrizes de coincidências para os três anos de avaliação permitiram inferir que os estratos formados têm caráter preditivo, pois foram identificados a partir de conjuntos de genótipos diferentes em cada ano e se confirmaram nos três anos de estudo. Assim, por meio da metodologia baseada na distância para interação observou-se a formação de um estrato compreendendo Campo Verde e Lucas do Rio Verde. Entretanto a metodologia baseada em genótipos vencedores permitiu a formação de dois estratos envolvendo quatro dos oito locais avaliados, sendo o primeiro grupo constituído por Sorriso e Lucas do Rio Verde e segundo composto por Primavera do Leste e Lucas do Rio Verde. A metodologia baseada em genótipos vencedores possibilitou a formação de estratos ambientais baseados em critérios estatísticos de fácil entendimento e apresentação gráfica clara, permitindo a delimitação de estratos de forma matemática, baseada na performance dos genótipos vencedores. Ela informou de maneira integrada a recomendação de genótipos de adaptação específica para cada estrato de ambientes. / Data of yield were obtained from Regional Yield Trials of cotton (Gossypium hirsutum) genotypes carried out in Mato Grosso State, Brazil in 1998/99, 1999/00 and 2000/01, was used in this study on environmental stratification and evaluation of the minimum number of environments required for cotton genotypes assessments. Eight genotypes were evaluated in 1998/99, fourteen in 1999/00 and fifteen in 2000/01. The genotypes were planted in the following eight locations: Campo Novo dos Parecis, Sorriso, Primavera do Leste, Rondonópolis, Campo Verde, Sapezal, Pedra Preta e Lucas do Rio Verde. From the analysis of variance and the environmental means, two techniques were applied based on AMMI analysis (Additive Main effects and Multiplicative Interactions) analysis. The first method was based on an interaction distance between locations estimated by AMMI analysis. The second method was based on the winning genotypes approach, throught the interactions estimates from models AMMI1 and AMMI2. The methodologies were efficient to provide an environmental stratification at every years of evaluation. The results of the matrix of coincidences over the three years of this study suggested the formed strata have a predictive property, since their identification was based on a different set of genotypes in each year and they remained the same over the years. Then, the method based on an interaction distance between locations estimated by AMMI analysis permited to constitute one stratum involving Campo Verde and Lucas do Rio Verde. However, the method based on the winning genotypes approach has formed a two strata involving four locations; the first group was constitute by Sorriso and Lucas do Rio Verde and the second involved the locations Primavera do Leste and Lucas do Rio Verde. The methodology based on the winning genotypes approach to made possible the formation of environmental strata based on statistical criteria of easy understanding and showing graphic display. This method to allowed the demarcation of strata in a mathematical way through the performance winning genotypes; it provided an integrated understanding about the recommendation of genotypes with specific adaptation for each environmental stratum.

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