Avaliou-se o efeito de diferentes cultivares, híbridos e gêneros afins de Citrus sobre o comportamento e biologia da lagarta minadora-dos-citros (LMC) Phyllocnistis citrella e o efeito do inseto sobre alguns destes materiais com a finalidade de encontrar, dentre os materiais testados, genótipos resistentes que afetem o comportamento de alimentação e de oviposição, e/ou a biologia da LMC, assim como genótipos que sejam menos danificados por P. citrella. Para a criação de manutenção de P. citrella, em laboratório, utilizaram-se gaiolas e como planta hospedeira, mudas de limão Cravo (Citrus limonia L. Osbeck). Inicialmente, foi feito o screening com 23 genótipos de citros por meio da exposição de mudas destas plantas a adultos da praga. Como padrão suscetível utilizou-se o limão Rugoso (C. jambhiri). Com base no número de ovos e de pupas encontrados em cada planta, cinco genótipos mostraram-se mais promissores: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), os híbridos C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata ), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) e o gênero afim Trifoliata Limeira (P. trifoliata ). A seguir, avaliou-se a preferência para oviposição, o desenvolvimento e a reprodução dos insetos criados nestes seis genótipos. No teste de preferência para oviposição com chance de escolha o híbrido C x R315 e o gênero afim Trifoliata Limeira foram os genótipos menos preferidos pela LMC, enquanto no teste sem chance de escolha, o efeito dos genótipos foi menos evidente, constatando-se diferença apenas entre os genótipos Trifoliata Limeira, o menos ovipositado e o limão Rugoso, o mais ovipositado. Os diferentes genótipos de citros não influenciaram a duração e a viabilidade das fases de ovo, larva e pupa de P. citrella. Observou-se, contudo, influência dos genótipos no tamanho e peso de pupas, destacando-se o híbrido C x R4 como o menos adequado. Fêmeas provenientes de lagartas criadas nos híbridos C x R4 e C x R315 foram as menos fecundas. No teste de tolerância, concluiu-se que dano foliar foi o parâmetro que melhor discriminou os genótipos em relação ao ataque de P. citrella, assim como, pesos fresco e seco não foram parâmetros adequados para estudos de tolerância. Os genótipos Trifoliata Limeira e o seu híbrido C x R4 se comportaram como tolerantes à LMC, enquanto a tangerina Sunki e o limão Rugoso foram suscetíveis. / The objective this study was to evaluate the effect of different cultivars, hybrids and genera related to Citrus on behavior and biology of the citrus leafminer (CLM), Phyllocnistis citrella. The effect of the host plant on feeding (nutritional) and oviposition behavior, and/or the biology of CLM was assessed to find resistant or tolerant genotypes.The insects were maintained in laboratory in cages. Lemon (Citrus limonia L. Osbeck) Cravo seedlings were used as host plant. Initially, 23 genotypes of citrus were screened by exposing the seedlings of these plants to adults of this pest. The susceptible lemon (C. jambhiri) Rugoso was used as control. Based on the number of eggs and pupae obtained on each plant, five genotypes were selected as the most promising: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), the hybrids C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) and P. trifoliata (Trifoliata Limeira). So, the oviposition preference, and the development and reproduction of the insect were evaluated on these six genotypes. In the free-choice oviposition preference test the hybrid C x R315 and Trifoliata Limeira were the least preferred by CLM. In the no-choice test, the effect of genotypes was less evident occurring less oviposition in Trifoliata Limeira than in lemon Rugoso. The different genotypes of citrus did not influence the duration and viability of egg, larval and pupal stages of P. citrella. It was therefore observed that genotypes influenced size and pupal weight, being the hybrid C x R4 the least adequate. Females from larvae reared on hibrids C x R4 and C x R315 oviposited the least numbers of eggs. In the tolerance test, it was concluded that leaf damage was the better parameter for discriminating the genotypes in relation to attack by P. citrella. The fresh and dry weight were not adequate parameters for tolerance study. The genotypes Trifoliata Limeira and its hybrid C x R4 were tolerants to CLM while tangerina Sunki and the lemon Rugoso were susceptible.

O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

O Toxoplasma gondii apresenta uma estrutura populacional clonal. A análise genotípica do locus SAG2 foi realizada para determinar a ocorrência de diferentes linhagens de T. gondii (tipos I, II e III) em gatos domésticos. Amostras de soro de 237 gatos de 15 municípios no estado de São Paulo foram testadas para pesquisa de anticorpos anti-T. gondii através do teste de aglutinação modificado (MAT). Anticorpos (MAT ≥ 25) foram encontrados em 84 (35,4%) dos 237 gatos. Com os tecidos (cérebro, coração, língua e musculatura esquelética) de 71 gatos positivos foram realizados bioensaios em camundongos (cinco camundongos por grupo) sendo obtidos 47 isolados. A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela PCR revelou que 34 isolados (72,4%) eram do tipo I, 12 (25,5%) eram do tipo III e um (2,1%) apresentava infecção mista (tipo I e tipo III). Não houve isolado do tipo II. A maioria dos isolados do tipo I (23/34) causou o óbito de todos os camundongos infectados e a maioria dos isolados do tipo III (7/12) não levou ao óbito nenhum camundongo infectado. Foram encontrados cistos no cérebro dos camundongos infectados em todos os 47 isolados. A determinação genotípica também foi feita diretamente das amostras primárias dos gatos (homogeneizados de tecidos) usando a nested-PCR-RFLP. A caracterização do locus SAG2 foi bem sucedida em 80,4% (37/46) das amostras testadas. Os genótipos obtidos das amostras primárias foram idênticos aos dos isolados correspondentes. O genótipo misto foi confirmado pelo seqüenciamento direto de DNA dos produtos da PCR obtidos do isolado e da amostra primária do gato. Amostras dos cinco camundongos infectados com este isolado foram seqüenciadas. Três camundongos se infectaram com o genótipo tipo III, um com o genótipo tipo I e o outro com o genótipo misto, demonstrando que infecções mistas podem originar diferentes padrões de infecção em um hospedeiro. / Toxoplasma gondii has a clonal population structure. Genotypic analysis of the SAG2 locus was performed to determine the occurrence of the different lineages of T. gondii (types I, II and III) in domestic cats. Antibodies to T. gondii were determined in serum samples of 237 cats from 15 counties in São Paulo state, Brazil, by the modified agglutination test (MAT). Antibodies (MAT ≥ 25) were found in 84 (35.4%) of 237 cats. Tissues (brain, heart, tongue and skeletal muscle) of 71 of the positive cats were bioassayed in mice (five mice per group). Forty-seven isolates were obtained. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) in PCR-amplified SAG2 products revealed that 34 isolates (72.4%) were type I, 12 (25.5%) were type III and one (2.1%) was mixed with type I and type III. There was no type II isolate. Most of the type I isolates (23/34) killed all infected mice and most of the type III isolates (7/12) killed no infected mice. Tissue cysts were found in mice infected with all 47 isolates. The genotype determination was also made directly from primary samples from cats (tissue homogenates) using nested-PCR-RFLP analysis. Characterization of the SAG2 locus was successful in 80.4% (37/46) of the samples tested. Genotypes obtained from primary samples were the same as those from the corresponding isolates. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of PCR products from the isolate and from the cat primary sample and samples from the five mice infected with this isolate were sequenced. Three had type III genotype, one had type I, and one had type I + type III, demonstrating that mixed infections can originate different patterns of infection in a host.

O objetivo deste estudo foi avaliar a plataforma OpenArray para testes genéticos em doadores de sangue e determinar as frequências genotípicas e alélicas de alterações pontuais (SNPs) associadas à trombose venosa (G1691A e G20210A), à hiperhomocisteinemia (C677T, A1298C), e à hemocromatose hereditária (C282Y, H63D e S65C) na população de doadores de sangue de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de outubro a novembro de 2011. A detecção dos SNPs foi realizada utilizando a tecnologia de microarray em superfície sólida OpenArray. As amostras também foram analisadas utilizando a técnica de PCR em Tempo Real sistema FRET para comparação dos resultados e determinação da acurácia do sistema OpenArray. Observamos que houve 100% de concordância de resultados entre ambas as técnicas para todas as amostras, em todas as variantes pesquisadas, com exceção da mutação C282Y no gene HFE, a qual apresentou 99,75% de concordância. O resultado da amostra em questão foi posteriormente confirmado por sequenciamento direto (Sanger), que confirmou o resultado fornecido pelo método OpenArray. As frequências calculadas para cada SNP foram: FV G1691A 98,8% (G/G), 1,2% (G/A); FII G2021A 99,5% (G/G), 0,5% (G/A); MTHFR C677T 45,5% (C/C), 44,8% (C/T), 9,8% (T/T); MTHFR A1298C 60,3% (A/A), 33,6% (A/C), 6,1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78,1%(C/C), 20,3% (C/G), 1,6% (G/G); e HFE S65C 98,1% (A/A), 1,9% (A/T). Esses resultados descrevem as frequências de SNPs associados a doenças e são importantes para aprimorar o conhecimento atual do perfil genético da população de doadores de sangue brasileiros, embora um estudo maior seja necessário para determinar com a maior acurácia a frequência das mutações pesquisadas. Além disso, observamos que a plataforma OpenArray, demonstrou alta taxa de concordância com o método de PCR em Tempo Real sistema FRET. / The aim of this study was to evaluate the OpenArray platform for genetic testing of blood donors and to assess the genotype frequencies of nucleotide-polymorphisms (SNPs) associated with venous thrombosis (G1691A and G20210A), hyperhomocysteinemia (C677T, A1298C), and hereditary hemochromatosis (C282Y, H63D and S65C) in blood donors from Sao Paulo, Brazil. We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. The blood samples were also examined using a real-time PCR-FRET system to compare the results and determine the accuracy of the OpenArray method. We observed 100% agreement in all assays tested, except HFE C282Y, which showed 99.75% agreement. The HFE C282Y assay was further confirmed through direct sequencing, and the results showed that OpenArray analysis was accurate. The calculated frequencies of each SNP were FV G1691A 98.8% (G/G), 1.2% (G/A); FII G2021A 99.5% (G/G), 0.5% (G/A); MTHFR C677T 45.5% (C/C), 44.8% (C/T), 9.8% (T/T); MTHFR A1298C 60.3% (A/A), 33.6% (A/C), 6.1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78.1%(C/C), 20.3% (C/G), 1.6% (G/G); and HFE S65C 98.1% (A/A), 1.9% (A/T).Taken together, these results describe the frequencies of SNPs associated with diseases and are important to enhance our current knowledge of the genetic profiles of Brazilian blood donors, although a larger study is needed for a more accurate determination of the frequency of the alleles. Furthermore, the OpenArray platform showed a high concordance rate with standard FRET RT-PCR

O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

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A dissertação traz um artigo, elaborado nos anos de 2016 e 2017, na unidade Sede da Embrapa Clima Temperado em Pelotas-RS. Intitulado “Desenvolvimento inicial de potenciais porta-enxertos para a citricultura”, analisa o comportamento dos porta-enxertos no período em que às sementes estão emergindo, analisando às variáveis porcentual da emergência de plântulas, início, duração e uniformidade de emergência e também o crescimento, através das variáveis altura e diâmetro medidos a partir dos 130 dias após a semeadura e a adaptação às condições climáticas locais através do porcentual de mortalidade. Verificou-se que os porta-enxertos „Trifoliata‟, TSKC X CTSW – 041 e TSKC X CTSW – 025 apresentam sementes com maior emergência de plântulas, e que o „Trifoliata‟ manifesta emergência mais precoce, rápida e uniforme, em comparação aos demais porta-enxertos utilizados no experimento. Foi possível observar que muitos porta-enxertos não se desenvolveram bem nas condições de clima local, como por exemplo, os genótipos LCR X CTSW – 009 e LVK X LCR – 039, que tiveram 100% e 90% de plantas mortas respectivamente. Por outro lado verificou-se que alguns genótipos adaptaram-se perfeitamente, o porta-enxerto citrumeleiro „Swingle‟, apresentou maior altura e diâmetro associado a uma mortalidade muito baixa, outros porta-enxertos além do citrumeleiro „Swingle‟ são promissores para citricultura do estado devido ao um desenvolvimento inicial superior e uma baixa mortalidade, como os genótipos Cleo X TRBN – 245, Cleo X TRSW – 287, citrandarins „Índio‟, „San Diego‟ e „Riverside‟, LRF X (LCR X TR) – 005 e limoeiro „Cravo‟. / The diseases are one of the main problems for the citrus crop in Brazil, the fact that Rio Grande do Sul has its citriculture concentrated on a single rootstock ('Trifoliata') increases the phytosanitary risks, in a possible dissemination of diseases that this rootstock is susceptible. There is a great need to diversify the genetic basis of citrus rootstocks in the state of Rio Grande do Sul, which can be solved through studies of genotypes that adapt to the climatic conditions of the state. The goal of this study was to evaluate the development and adaptation of different rootstocks, from seed emergence to the period that preceds the grafting. The dissertation brings an article, elaborated in the years 2016 and 2017, at the headquarters of Embrapa Clima Temperado in Pelotas-RS . Entitled "Initial development of potential rootstocks for citrus", analyze the behavior of the rootstocks in the period in which the seeds are emerging, through the variables: seedling emergence percentage, iniciation, duration and emergency uniformity, as well as growth, through the variables of height and diameter measured from 130 days after sowing and adaptation to local climatic conditions by mortality rate. It was verified that Trifoliata rootstocks, TSKC X CTSW-041 and TSKC X CTSW-025, showed seeds with higher seedling emergence, and that 'Trifoliata' showed premature emergence, faster and more uniform compared to the others. It was possible to observe that many rootstocks did not develop well under local climatic conditions, such as the LCR X CTSW-009 and LVK X LCR-039 genotypes, which had 100% and 90% of dead plants respectively. On the other hand, it was verified that some genotypes were perfectly adapted, the 'Swingle' citrus tree rootstock, presented higher height and diameter associated with a very low mortality, other rootstocks besides the 'Swingle' citrus tree are promising for citrus cultivation of the state due to superior initial development and low mortality, such as the genotypes Cleo X TRBN - 245, Cleo X TRSW - 287, citrandarins 'Índio', 'San Diego' and 'Riverside', LRF X (LCR X TR) - 005 and lemon tree 'Cravo'.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:23:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:24:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:24:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-07T12:24:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) Previous issue date: 2015-09-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Introduction: Hepatitis C infection (HCV) is presented as both acute and chronic and most often is asymptomatic, it presents several risk factors that may vary across population groups and the definition of infection is still a challenge reflecting in blood banks which can be detected by the marker antibody against HCV (anti-HCV) and HCV NAT (detection of HCV nucleic acids). Objective: To trace the epidemiological profile and the molecular characteristics of HCV infection in candidates for blood donation the Blood Center of Roraima. Methods: positive or indeterminate anti-HCV candidates were selected by the 2nd sample collection attendance as routine. It was collected results of the screening of blood donation and 2nd sample. And new sample collected for quantification of HCV RNA by Abbott RealTimeTM HCV Assay platform and applied epidemiological questionnaire. Results: Candidates for blood donation had the characteristics, young people aged 18-29 years (63.6%) of males (72.7%), single (50.0%), from the capital Boa Vista, and 54.5% were repeat donors, with evidence of exposure to risk factors (surgical procedures, hygiene objects sharing, etc.); 21 candidates to blood donation obtained positive results or indeterminate for anti-HCV and one result with NAT detectable HCV screening of the donation. In the 2nd sample test anti-HCV, 12 were reagents, 9 non-reactive, 1 indeterminate and NAT undetectable. In no sample was detectable HCV RNA. Conclusion: It is suggested that these donors are low viral load being impossible to detect or plasma clearance or anti-HCV results from the screening of blood donation can be false positives. / Introdução: A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) apresenta-se na forma tanto aguda quanto crônica e na maioria das vezes é assintomática, apresenta diversos fatores de risco que podem variar entre os grupos populacionais e a definição de infecção ainda é um desafio, refletindo em bancos de sangue onde pode ser detectada pelos marcadores anticorpo contra o HCV (anti-HCV) e NAT HCV (detecção de ácidos nucléicos do HCV). Objetivo: Traçar o perfil epidemiológico e as características moleculares da infecção pelo HCV em candidatos a doação de sangue do Hemocentro de Roraima. Métodos: Candidatos anti-HCV positivo ou indeterminado foram selecionados mediante o comparecimento de coleta de 2ª amostra como de rotina. Foi coletado resultados da triagem da doação de sangue e 2ª amostra. E coletado nova (3ª amostra) amostra para quantificação de RNA HCV pela plataforma Abbott RealTimeTM HCV Assay e aplicado questionário epidemiológico. Resultados: O grupo de candidatos a doação de sangue foi constituído por jovens entre 18-29 anos (63,6%), predomínio de do sexo masculino (72,7%), solteiros (50,0%), todos procedentes da capital Boa Vista, e cerca de 54,5% não eram doadores de primeira vez, com evidências de exposição a fatores de risco (procedimentos cirúrgicos, compartilhamento de objetos de higiene, entre outros); 21 candidatos a doação de sangue obtiveram resultados positivo ou indeterminado para anti-HCV e 1 resultado com NAT HCV detectável na triagem da doação. No teste de 2ª amostra para anti-HCV, 12 foram reagentes, 9 não reagentes e 1 indeterminado e NAT de 2ª amostra indetectável. Em nenhuma amostra foi possível detectar RNA HCV. Conclusão: Sugere-se que estes doadores se encontram com carga viral baixa sendo impossível a detecção ou clearence plasmático ou resultados anti-HCV provenientes da triagem da doação de sangue podem ser falso-positivos

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-11-27T19:29:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2014-12-01T14:46:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-01T14:46:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Hepatitis C represents a public health problem worldwide. Hepatitis C virus (HCV) is classified into seven genotypes and many subtypes. Besides their epidemiological importance, these genotypes have influence on the response to hepatitis C treatment, as well as other factors related to the virus and its host, such as polymorphisms upstream of interleukin (IL) 28B locus. Despite the importance of these factors in the response to treatment of hepatitis C, there are no data regarding the subject in the Midwest Region of Brazil. The present study aimed to identify the genotypes of HCV among patients attended at a reference laboratory in Goiânia-GO, and also to assess response to treatment of patients infected with genotype 1 with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV), with emphasis on the polymorphism upstream of IL28B gene (rs 12979860). For HCV genotyping, a cross-sectional study was conduct in an anti-HCV positive patients in a reference laboratory in Goiânia-GO, during in a period of 10 years (2003 to 2012) (n = 1300). From January/2012 to December/2013 (n = 101), a cohort was conduct among patients infected with HCV genotype 1 treated with PEG-IFN and RBV in order to evaluate treatment response. Patients were interviewed and blood samples collected for detection of viral RNA by polymerase chain reaction (PCR) with primers complementary to the region 5’ noncoding (NC) of HCV. All HCV RNA positive samples were genotyped by line probe assay – LiPA, and the samples typed as 1a/1b, 2 and 4 were sequenced in the NS5B region of the viral genome. The analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) rs12979860 C/T was performed by restriction fragment length polymorphism (RFLP). Of the 1300 samples tested for HCV RNA, 894 were positive. Among these, genotypes 1 (76.3%), 2 (1.9%), 3 (21.6%) and 4 (0.2%) were found. These data show the predominance of genotype 1, followed by 3 and 2, and support the results of other studies in Goiânia. In addition, genotype 4 was found in the studied population. Regarding to SNP rs12979860 C/T, the TC genotype was the most common (57.4%), followed by CC (23.8%) and TT (18.8%). The rate of sustained virologic response (SVR) was 28.7%, being higher in individuals with the CC genotype (54.2%) when compared to those with CT and TT genotypes (22.4% and 15.8%, respectively). These results indicate that analysis of SNP rs12979860 is an important predictor of SVR following PEG-IFN and RBV treatment in patients infected with HCV genotype 1 in our region. / A hepatite C representa um problema de saúde pública mundial. O vírus da hepatite C (HCV) é classificado em sete genótipos e vários subtipos. Além da importância epidemiológica, os genótipos desse vírus influenciam a resposta ao tratamento da hepatite C, assim como outros fatores relacionados ao vírus e ao hospedeiro, como o polimorfismo relacionado ao gene da interleucina (IL) 28B. Apesar da importância desses fatores na resposta ao tratamento da hepatite C, não existem dados sobre o tema na Região Centro-Oeste. O presente estudo teve como objetivos identificar os genótipos do HCV em pacientes atendidos em laboratório de referência em Goiânia-GO e avaliar a resposta ao tratamento com interferon peguilado (PEG IFN) e ribavirina (RBV) em portadores do genótipo 1, com ênfase no polimorfismo relacionado ao gene IL28B (rs 12979860). Foi realizado um estudo de corte transversal para genotipagem do HCV em pacientes anti-HCV reagentes atendidos em laboratório de referência em Goiânia-GO, em um período de 10 anos (2003 a 2012) (n = 1300). Entre janeiro/2012 e dezembro/2013 (n = 101), foi formada uma coorte de portadores do genótipo 1 do HCV submetidos ao tratamento da hepatite C com PEG IFN e RBV, para avaliação de sua resposta. Os pacientes foram entrevistados e amostras sanguíneas coletadas para detecção do RNA viral por reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores complementares a região 5’ não codificante (NC) do HCV. Todas as amostras RNAHCV positivas foram genotipadas por line probe assay – LiPA, e as tipadas como 1a/1b, 2 e 4 foram sequenciadas para a região NS5B do genoma viral. A análise do single nucleotide polymorphism (SNP) rs12979860 C/T foi realizada por restriction fragment length polymorphism (RFLP). Das 1300 amostras testadas para RNA-HCV, 894 foram positivas, sendo identificados os genótipos 1 (76,3%), 2 (1,9%), 3 (21,6%) e 4 (0,2%). Estes dados mostram o predomínio do genótipo 1, seguido do 3 e 2, e corroboram os de outros estudos realizados em Goiânia, com a adição do genótipo 4 na população estudada. Em relação ao SNP rs12979860 C/T, o genótipo TC foi o mais frequente (57,4%), seguido por CC (23,8%) e TT (18,8%). A taxa de resposta virológica sustentada (RVS) foi de 28,7%, sendo superior nos portadores do genótipo CC (54,2%) em relação aos genótipos TC e TT (22,4% e 15,8%, respectivamente). Estes resultados indicam que a análise do SNP rs12979860 é importante preditor de RVS ao tratamento com PEG IFN e RBV em pacientes infectados com o genótipo 1 do HCV em nossa região.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:56:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Haroldo.pdf: 2662749 bytes, checksum: eff5460b00701b479eafe3b4c0486090 (MD5) Previous issue date: 2011-01-20 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The study aimed to evaluate the performance of eight maize cultivars with characteristics for consumption on the green stage of maturation and verify the adaptability of upland ecosystems and wetlands in the environmental conditions of the cities of Manaus and Iranduba in Amazonas State. The experiments were conducted in a randomized complete block design with factorial arrangement 2 x 8 x 5 and four replications. The treatments were defined by eight maize varieties in two ecosystems and five harvest times during different stages of maturation. Variables were evaluated for agronomic and sensory characteristics as well as aspects of marketing. Data were subjected to analysis of variance and means were compared by Duncan test at 5% probability. In upland and lowland cultivars was no significant difference by F test at 5% probability, for productivity. The plant stand is presented in greater variety (BR 5110) 56875 pl ha-1 and lower in the hybrid (HTMV1) 43,611 pl ha-1 on land. In the lowland hybrid (HTMV1) had the lowest stand with 47,709 pl ha-1 and variety (BR 5110) with the largest booth 72,292 pl ha-1. The length of the spikes differed statistically by F test at 5% probability on firm ground, and the varieties (and Saracura Cativerde) at greater length 17.81 cm and 16.09, respectively. The number of commercial ears was significant by F test at 5% probability on firm ground, and the hybrids (AG 1051 and HTMV1) had the highest and lowest numbers of spikes 42,708 and 34,167, respectively. Floodplain, the results did not differ by F test at 5% probability, as the sweetness and texture. As for brix, tenderness, flavor and color differ statistically by F test at 5% probability. On land, the results were statistically different as to color and brix. The corn is an excellent crop for the state of Amazonas, which can be grown in lowland ecosystems and land, with options to use varieties and hybrids according to the technological level of the farmer. / O trabalho objetivou avaliar o comportamento de oito cultivares de milho com características para consumo no estádio verde de maturação e verificar a adaptabilidade aos ecossistemas de terra firme e várzea nas condições edafoclimáticas dos municípios de Manaus e Iranduba no Estado do Amazonas. Os experimentos foram conduzidos no delineamento experimental de blocos casualizados com arranjo fatorial 8 x 2 x 5 e quatro repetições. Os tratamentos foram definidos por oito cultivares de milho, em dois ecossistemas e cinco épocas de colheita realizadas em diferentes estádios de maturação. Foram avaliadas variáveis de aspectos agronômicos e organolépticos, bem como aspectos de características mercadológicas. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias dos tratamentos comparadas pelo teste de Duncan a 5% de probabilidade. Em terra firme e várzea, as cultivares não apresentou diferenças significativas pelo teste F a 5% de probabilidade, quanto à produtividade. O estande de plantas apresentou-se maior na variedade (BR 5110) 56.875 pl ha-1 e menor no híbrido (HTMV1) 43.611 pl ha-1 em terra firme. Na várzea o híbrido (HTMV1) apresentou o menor estande com 47.709 pl ha-1 e a variedade (BR 5110) o maior estande com 72.292 pl ha-1. O comprimento das espigas diferiu estatisticamente pelo teste F a 5% de probabilidade em terra firme, sendo as variedades (Saracura e Cativerde) com maior e menor comprimento 17,81 e 16,09 cm, respectivamente. O número de espigas comerciais foi significativo pelo teste F a 5% de probabilidade em terra firme, sendo que os híbridos (AG 1051 e HTMV1) apresentaram os maiores e menores números de espigas 42.708 e 34.167, respectivamente. Na várzea, os resultados não diferiram pelo teste F a 5% de probabilidade, quanto à doçura e textura. Quanto ao brix, a maciez, o sabor e a coloração diferiram estatisticamente pelo teste F a 5% de probabilidade. Em terra firme, os resultados diferiram estatisticamente quanto ao brix e a coloração. O milho verde é uma ótima opção de cultivo para o Estado do Amazonas, podendo ser cultivado em ecossistemas de várzea e terra firme, com opções de uso de variedades e híbridos de acordo com o nível tecnológico do agricultor.