Orientadora : Profa. Dra. Maria Luiza Petzl-Erler / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 28/02/2012 / Bibliografia: fls. 60-63 / Resumo: CD80 e CD86, também denominados B7.1 e B7.2, são genes proximamente ligados no cromossomo 3 que codificam glicoproteinas da superfamília das imunoglobulinas, expressas na superfície das células apresentadoras de antígeno. Essas moléculas participam na ativação e inibição das células T através da ligação aos receptores CD28 e CTLA-4. Nesse estudo foram analizados polimorfismos dos genes CD80 e CD86 com o objetivo de investigar a diversidade genética, microevolução e relevância funcional. Foram genotipados 1.124 indivíduos, incluindo brasileiros de ancestralidade predominantemente européia, mista africana e européia e japonesa, 5 populações ameríndias e africanos. As regiões promotoras de CD80 e CD86 foram sequenciadas e utilizadas em ensaios de gene repórter com luciferase em células HEK293T. As proteínas foram quantificadas por citometria de fluxo em monócitos, estimulados com quatro ligantes de TLR, de indivíduos com diferentes genótipos. Sítios de ligação de fatores de transcrição foram inferidos in silico. Todos os alelos analisados foram encontrados em africanos, o que sugere sua origem na África antes das migrações humanas para fora do continente. Cinco novos alelos da região promotora de CD80 foram identificados e confirmados por clonagem e sequenciamento, sendo o promotor 2 o mais provável alelo ancestral. Foi encontrado um efeito de seleção balanceadora em descendentes de japoneses, nos quais todos os alelos apresentam frequências elevadas. O nucleotídeo -79 é monomórfico em 4 populações ameríndias, nas quais a presença do alelo -79G é provavelmente resultado de fluxo gênico. O haplótipo 4 de CD80 apresentou expressão significativamente menor do que os demais devido ao SNP g.-7T>C (rs16829980), g.5C>A (rs41271391) e/ou 287A>T (rs56124423). O SNP g.-7T>C está localizado no sítio de ligação da proteína ativadora AP-1 e de acordo com inferências in silico interfere na ligação. No gene CD86, dois SNPs foram analisados em 2.4 kb incluindo o promotor e a 5'UTR. O SNP CD86 -298T>C não interfere na expressão gênica segundo os experimentos com a luciferase. A quantidade das proteínas em monócitos diferiu significativamente entre os haplótipo de CD80 e os alelos -819T>C (rs11575855) de CD86 e também entre idosos e jovens e entre os quatro diferentes estímulos utilizados. Concluímos que polimorfismos na região 3' do promotor de CD80 alteram significativamente a atividade do promotor. O SNP CD86 -819T>C altera os níveis proteicos de CD86 na membrana de monócitos estimulados. As diferenças encontradas são provavelmente devidas a alterações na capacidade de ligação de fatores de transcrição. / Abstract: CD80 and CD86, also called B7.1 and B7.2, are closely linked genes on chromosome 3 that code for glycoproteins of the immunoglobulin superfamily, expressed on the surface of antigen-presenting cells. These costimulatory molecules play essential roles for stimulation and inhibition of T cells through binding to CD28 and CTLA-4 receptors. In this study, CD80 and CD86 polymorphisms were analyzed to investigate the genetic diversity, microevolution, and the functional relevance of CD80 and CD86 promoter polymorphisms. We genotyped 1,124 individuals, including Brazilians of predominantly European, mixed African and European, and Japanese ancestry, 5 Amerindian populations, and an African sample. The CD80 and CD86 promoter regions were sequenced and functional studies were done using luciferase reporter assays in HEK293T cells, flow cytometry measurements of protein on TLR stimulated monocytes (using four different stimuli) of individuals with different genotypes, and in silico inferences of transcription factor binding. All variants were observed in Africans, which suggests their origin in Africa before the human migrations out of that continent. Five new CD80 promoter alleles were identified and confirmed by cloning and sequencing, and promoter 2 is most likely the ancestral allele. There is evidence of an effect of balancing selection in Japanese-brazilians, where all alleles present high frequencies. Nucleotide-79 is monomorphic in 4 Amerindian populations, where the presence of the -79G allele is probably the result of gene flow from non-Amerindians. CD80 haplotype 4 showed significantly lower promoter activity, caused by SNPs g.-7T>C (rs16829980), g.5C>A (rs41271391) and/or 287A>T (rs56124423). The SNP g.-7T>C is located in the previously reported binding site of activating protein 1 (AP-1) and is predicted to interfere with AP-1 binding. In CD86, two SNPs were analyzed in the 2.4 kb including the promoter and 5'UTR of the gene. Luciferase measurements showed that the CD86 -298T>C SNP did not interfere in gene expression. The protein expression on monocytes differed significantly among CD80 haplotypes and CD86 -819T>C (rs11575855) alleles, and also between age groups and the different stimuli given to the cells. We conclude that polymorphisms within the 3' end of the CD80 promoter significantly affect the activity of the promoter. Further, the CD86 -819T>C SNP has a significant effect on protein levels on the membrane of stimulated monocytes. These differences are most likely caused by differential binding of transcription factors.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCCS.pdf: 1405492 bytes, checksum: 1ccf925c4d6d2952c26ebbf9e80a1949 (MD5) Previous issue date: 2004-08-31 / Molecular markers were used to examine the genetic variability of eight landraces of peach palm (Bactris gasipaes var. gasipaes) and two wild populations (B. gasipaes var. chichagui), their relationships and genetic structures. Two hundred plants of these 8 races were used and 18 plants of the two wild populations, one from the Magdalena River, Colômbia, and the other from the Xingu River, Pará, Brasil. Eight primers were used to generate RAPD markers, of which 124 markers were obtained with 101 polymorphic. The observed heterozygosity of the set of landraces and wild populations was 0.38, with 93 % polymorphism, both slightly greater than in earlier studies. The Amazonian landraces had greater heterozygosity and % polymorphism than the Central American race. The structure of the dendrogram based on Nei s (1972) distances with the four previously studied landraces was similar to that study, essentially validating it and confirming two landrace groups one Occidental and one Oriental. When the Juruá landrace was added to the analysis, it joined with the other Occidental races, as expected by its geographic position. When the other landraces (with small sample sizes) were added to the analysis, a consistency and some problems were observed. The consistency was that all the landraces joined the Occidental group, expected by their geographic positions. The problems were the grouping of the Vaupés landrace with the Juruá landrace, which are geographically distant and have different fruit sizes and shapes. The relationship between the Cauca landrace and the Inirida landrace was also problematic, since they are geographically separated. These problems can only be resolved with new germplasm collections in the appropriate geographic areas and with an appropriate number of individuals. The two wild populations joined the landraces at a great distance, suggesting that they did not participate in the domestication of the cultivated landraces and indirectly reenforcing the hypothesis of a single origin in southwestern Amazonia. / Marcadores moleculares foram utilizados para verificar a variabilidade genética de oito raças primitivas de pupunha (Bactris gasipaes var. gasipaes) e duas populações silvestres (B. gasipaes var. chichagui), suas relações e estruturas genéticas. Foram utilizadas 200 plantas das 8 raças primitivas de pupunha e 18 plantas de duas populações silvestres, sendo uma do rio Magdalena, Colômbia, e outra do rio Xingu, Pará, Brasil. Oito iniciadores foram usados para gerar marcadores RAPD, obtendo 124 marcadores, dos quais 101 polimórficos. A heterozigosidade observada do conjunto de raças e populações foi de 0,38, com porcentagem de polimorfismo de 93%, ambas um pouco maior que nos estudos anteriores. As raças da Amazônia apresentaram maiores heterozigosidades e % polimorfismo que a raça de América Central. A estrutura do dendrograma baseado nas distâncias de Nei (1972) para as quatro raças estudadas anteriormente foi muito similar a este primeiro estudo, essencialmente validando esta, e confirmando dois grupos de raças um Ocidental e um Oriental. Quando a raça Juruá foi adicionada à análise, se agrupou com as raças Ocidentais, como esperado pelo posicionamento geográfico. Quando as outras raças (com tamanhos amostrais insuficientes) foram adicionadas à análise, observou-se algumas consistências e problemas. A consistência principal foi o agrupamento de todas as raças ocidentais no lado ocidental do dendrograma. Os problemas foram os agrupamentos da raça Vaupés com a raça Juruá, que são distantes geograficamente e possuem formatos e tamanhos de fruto muito diferentes. A relação entre Cauca e Inirida também foi problemática, pois são geograficamente separadas. Estes problemas somente podem ser resolvidos com novas coletas de germoplasma nas áreas geográficas apropriadas com um número apropriado de indivíduos. As duas populações silvestres se agruparam muito longe das raças, sugerindo que não participaram da domesticação das populações cultivadas e indiretamente reforçando a hipótese de uma origem no sudoeste da Amazônia.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissFMC.pdf: 1515469 bytes, checksum: fcd2cdfc67729e91afea6c9a579f0879 (MD5) Previous issue date: 2004-12-21 / Willing to develop the number cytogenetically reports on fish species belonged to the Loricariidae family, the actual work had as the basic aim to feature chromosomically three specimen of fishes from the basin of the Piracicaba river: Hypostomus albopunctatus; Liposarcus anisitsi and Corumbataia cuestae. The specimen H. albopunctatus and L. anisitsi which were previously feature cytogenetically in other basins and these cytogenetically data are correlated to the data obtained on this work, concerning to the species C. cuestae, the cytogenetically data obtained puts together the first feature of chromosome framing of a specie belonging to this king. The samples were exposed to conventional and differential cytogenetically methodologies, involving bandings-C, Ag- RON e FISH (hybridization fluorescent in situ) with probe 18S. The specimen H. albopunctatus and L. anisitsi were collected in Piracicaba river (Piracicaba country, SP), the H. albopunctatus, showed 2n=74 chromosomes (10M, 20SM, 44ST/A) the parts organized of nucleolus were seen as diversified, with until 3 chromosome marked by Silver Nitrate, featuring on this specie multiple RONs, being acrocentric chromosome with terminal bandings on short arms and of small submetacentric pair with telomeric bandings on short arms, coinciding to the results obtained by de FISH technique. The preparations to marking C, made it clear large heterochromatin interstitial arm of a acrocentric chromosomal pair, on short arm of a submetacentric pair pericentromeric marking of a long arm of a large metacentric pair beyond short markings in centromeric parts of chromosomal submetacentric. The samples of L. anisitsi showed 2n=52 chromosome (16M, 28SM, 6ST, 2A), after Silver Nitrate staining, the markings were placed on terminal position of a long arm by a submetacentric chromosomal pair, featuring a single RON, confirmed by FISH. The cytogenetical result obtained with two specimen on the actual work when compared to the same specimen already described belonged to other basins they show a considered conservation state. Differences were found, however, we might suggest that these specimen seem to be cytogenetically very preserved when we compare the cytogetical results already obtained to the species H. albopunctatus and L. anisitsi available in literature. The specie Corumbataia cuestae, colleted at Lapa river (Itirapina county-SP), showed 2n=54 chromosomes (28M; 20SM; 6ST/A) just to Nucleolus Organized Regions were observed, placed on the terminal part of short arm from number 2 pair featured as metacentric, and they were seen as heteromorphic thought the size, sequential analysis of metaphases in Giemsa/Silver and Giemsa/banding-C, discovered that the secondary constrictions correspond to RONs. The constitutive heterochromatin pattern is observed clearly nucleolus chromosomal pair, with large pericentromeric heterochromatic blocks. The results obtained to offer new subsidy for studies evolution of Loricariídae, to open perspective for best understanding of correlations between species of Hypostominae and Hypoptopomatinae. / Com intuito de incrementar o número de registros citogenéticos em espécies de peixes pertencentes à família Loricariidae, o presente trabalho teve como objetivo básico caracterizar cromossomicamente três espécies de peixes da bacia do rio Piracicaba: Hypostomus albopunctatus e Liposarcus anisitsi pertencentes à subfamília Hypostominae, e Corumbataia cuestae pertencente à subfamília Hypoptopomatinae. As espécies H. albopunctatus e L. anisitsi já foram previamente analisadas em outras bacias e os dados citogenéticos disponíveis são correlacionados a aqueles ora obtidos neste trabalho. Quanto à espécie C. cuestae, os dados citogenéticos obtidos constituem a primeira caracterização da estruturação cromossômica de uma espécie pertencente a este gênero. Os exemplares foram submetidos a metodologias citogenéticas convencionais, complementadas com bandamento-C, Ag-RON e FISH (hibridação fluorescente in situ) com sonda de rDNA 18S. As espécies H. albopunctatus e L. anisitsi foram coletadas no rio Piracicaba (município de Piracicaba, SP) H. albopunctatus, apresentou 2n=74 cromossomos (10M, 20SM, 44ST/A). As regiões organizadoras de nucléolo foram detectadas em até três cromossomos, pelo tratamento com o Nitrato de Prata, caracterizando RONs múltiplas, sendo um cromossomo acrocêntrico, com marcações terminais no braço longo e um par de submetacêntricos pequenos, com marcações teloméricas nos braços curtos, coincidindo com os resultados obtidos pela técnica de FISH. O bandamento C evidenciou grandes blocos de heterocromatina constitutiva na região intersticial do braço longo de um par de cromossomos acrocêntricos, no braço curto de um par de submetacêntricos, marcações pericentroméricas no braço longo de um par de metacêntricos grandes, além de marcações tênues em regiões centroméricas de cromossomos submetacêntricos. L. anisitsi apresentou 2n=52 cromossomos (16M, 28SM, 6ST, 2A). As Ag-RONs se localizaram na posição terminal do braço longo de um par de cromossomos submetacêntricos, caracterizando RONs simples, confirmadas por FISH. A heterocromatina constitutiva apresentou-se localizada em blocos bem evidentes no braço longo do par de cromossomos submetacêntricos portador da RON, adjacente à este sítio, na porção terminal do braço longo de um par submetacêntrico grande e também na região intersticial do braço longo de um par de cromossomos acrocêntricos grandes. Os resultados citogenéticos obtidos com essas duas espécies, mostram uma boa correlação com os resultados descritos para espécimens pertencentes a outras bacias, sugerindo uma estabilidade cariotípica entre diferentes populações dessas espécies. A espécie Corumbataia cuestae, coletada no córrego da Lapa (município de Itirapina-SP), apresentou 2n=54 cromossomos (28M; 20SM; 6ST/A). Apenas duas regiões organizadoras de nucléolos foram observadas, localizadas na região terminal do braço curto do par metacêntrico número 2, apresentandose heteromórficas quanto ao tamanho. Análises seqüenciais das metáfases coradas pelo Giemsa/ Nitrato de Prata/ bandeamento C, evidenciaram que as constricções secundárias no par número 2 correspondem as RONs. Regiões heterocromatina constitutiva são observadas nitidamente nesse par de cromossomos, com grandes blocos pericentroméricos. Os resultados obtidos oferecem novos subsídios para os estudos evolutivos dos Loricariídae, abrindo perspectivas para uma melhor compreensão das correlações entre as espécies de Hypostominae e Hypoptopomatinae.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-27Bitstream added on 2014-06-13T18:47:07Z : No. of bitstreams: 1 scudeler_pes_dr_botib.pdf: 3308271 bytes, checksum: e67620edd6e6af675f92b8452e36f2a2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os chamados cromossomos supranumerários ou B, também denominados de cromossomos extras ou acessórios, são elementos genômicos adicionais e não homólogos aos do complemento A. Alguns estudiosos consideram que os cromossomos B poderiam ter sido originados dos cromossomos do complemento cariotípico e posteriormente seguido sua própria evolução, mas existem também outras hipóteses a respeito disso. A presença desse tipo de cromossomo tem sido descrita em animais e plantas e estes elementos estruturais extras constituem material genético de origem e função geralmente desconhecidas. As mudanças no complemento cariotípico relacionadas à presença dos cromossomos B e a sua distribuição têm sido descritas como participantes dos mecanismos evolutivos em vertebrados. Entre os peixes, principalmente da fauna Neotropical, a presença de cromossomos B apresenta-se de forma expressiva entre as espécies, sendo de grande interesse para estudos sobre sua estrutura, origem e função no processo de diversificação biológica. Estes cromossomos têm um comportamento diferencial, quando submetidos à coloração por bandamento C, geralmente se apresentando total ou parcialmente heterocromáticos e às vezes eucromáticos. Essas características podem ser uma forte evidência da sua provável origem e evolução independente. Portanto, sabendo-se que o entendimento sobre os cromossomos B depende de intensivas análises citogenéticas e moleculares, e com o intuito de entender a natureza dos processos envolvidos na evolução desses cromossomos, no presente trabalho foram analisados cinco populações de Moenkhausia sanctaefilomenae e as espécies Moenkhausia cosmops e Moenkhausia oligolepis pertencentes a diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas em exemplares de M. sanctaefilomenae, população do ribeirão Araquá, técnicas citogenéticas básicas... / The so-called supernumerary or B chromosomes, also known as extra or accessory chromosomes, are additional genomic elements non-homologous to those from the standard or A complement. Some experts argue that B chromosome would have been derived from the standard karyotype that have undergone their own evolutionary history, bout other hypotheses have also been proposed. The occurrence of these chromosomes has been described in both animals and plants but the origin and function of such extra structural elements remains poorly understood. Karyotypical changes related to the presence of B chromosomes and their distribution have been reported as evolutionary mechanisms in vertebrates. Among fish, mainly neotropical ones, B chromosomes are expressively found in many species, justifying their great interest for studies about structure, origin and function during biological diversification processes. These chromosomes have a differential behavior when submitted to C-banding, being entirely or partially heterochromatic or else euchromatic. These features might be a reliable evidence of their probable independent origin and evolution. Therefore, the understanding about B chromosomes depends on intensive cytogenetic and molecular analyses, and in order to comprehend the nature of their evolutionary processes, five populations of Moenkhausia sanctaefilomenae and the species Moenkhausia cosmops and Moenkhausia oligolepis from different Brazilian hydrographic basins were analyzed in the present work. Basic cytogenetic (Giemsa staining, silver-stained NOR location and C-banding) and molecular (base-specific fluorochromes, 18S rDNA and 5S rDNA fluorescent in situ hybridization) techniques were applied on specimens of M. sanctaefilomenae from Araquá stream, to verify particularities related to heterochromatin distribution and B chromosomes, representing an interesting model for further molecular... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:58:16Z : No. of bitstreams: 1 000794025.pdf: 1017175 bytes, checksum: e7bc2664afedf811d52d39bdcd7fd841 (MD5) / A predição de ganhos genéticos em programas de melhoramento nem sempre é compatível com os observados na prática. Isso se deve principalmente à interação dos genótipos com os ambientes (G´A). O objetivo deste trabalho foi conhecer a variação genética, avaliar a significância da G´A e estudar simultaneamente a produtividade, estabilidade e adaptabilidade em cinco testes de progênies de Eucalyptus urophylla, localizados em Anhembi-SP, Itatinga-SP, Itamarandiba-MG, Uberaba-MG e Selvíria-MS. Os caracteres avaliados foram: altura de planta, diâmetro a altura do peito, volume de madeira e sobrevivência. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP e as metodologias MHPRVG (Média Harmônica da Performance Relativa dos Valores Genéticos) e AMMI (Additive Main effects and Multiplicative Interaction) foram utilizadas para estudo da produtividade, estabilidade e adaptabilidade. Os indivíduos apresentaram bom crescimento. Detectou-se variação genética para os caracteres e a interação G´A foi significativa. As metodologias permitiram identificar progênies produtivas, estáveis e adaptadas. Os parâmetros de MHVG, PRVG e MHPRVG foram eficientes como critérios para seleção de genótipos de E. urophylla e o modelo AMMI permitiu uma análise bastante visual do comportamento dos genótipos nos gráficos biplot’s / Prediction of genetic gains in breeding programs are not always compatible with those observed in practice and this is mainly due to the interaction of genotypes with environments (G´E). The aim of this study was to investigate the genetic variation, evaluate the significance of G´E and study the productivity , stability and adaptability simultaneously in five progeny trials of Eucalyptus urophylla, located at Anhembi-SP, Itatinga-SP, Itamarandiba-MG, Uberaba-MG and Selvíria-MS. The characters were: height, diameter at breast height, volume and survival. The genetic parameters and variance components were estimated by REML/BLUP procedure and methodologies HMRPGV (Harmonic Mean Relative Performance of Genetic Values) and AMMI (Additive Main effects and Multiplicative Interaction) were used to study the productivity, stability and adaptability. Individuals showed good growth. We detected genetic variation for characters and G´E interaction was significant. The methods allowed to identify productive, stable and adapted progenies. Parameters HMGV, RPGV and HMRPGV were efficient as standard for selection of genotypes of E. urophylla and the AMMI model allowed a very visual analysis of the behavior of genotypes in biplot’s graphics

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000790770_20150217.pdf: 705337 bytes, checksum: 76b2351a6e2dbcbb447e928581f178da (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-18T15:02:19Z: 000790770_20150217.pdf,Bitstream added on 2015-02-18T15:02:50Z : No. of bitstreams: 1 000790770.pdf: 1719832 bytes, checksum: 2e325f95cdb92f6b81892ae8e36726eb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As talassemias do tipo beta são afecções genéticas frequentes na população mundial e seus portadores podem apresentar elevação nos níveis de hemoglobina A2 (Hb A2) e hemoglobina fetal (Hb F). As mutações presentes nos indivíduos podem estar associadas a diferentes haplótipos do grupamento da β-globina. Os objetivos do trabalho consistiram em investigar as frequências do polimorfismo XmnI (-158 CT) e do padrão de haplótipos da β-globina em indivíduos heterozigotos e homozigotos para a beta talassemia, relacioná-las com os níveis de Hb F, e compará-las com indivíduos sem hemoglobinopatias. Foram analisadas 150 amostras de indivíduos beta talassêmicos heterozigotos; 22 de indivíduos homozigotos e 150 de indivíduos sem hemoglobinopatias (grupo controle). Todas as amostras foram submetidas aos testes clássicos de diagnóstico de hemoglobinopatias e à análises moleculares por PCR Alelo Específico (PCR-AE) para confirmação da mutação de beta talassemia, e PCR para polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) para a identificação do polimorfismo XmnI e dos sítios de haplótipos da β-globina. Os testes estatísticos foram realizados com o software STATISTICA 8.0 e Haploview 4.2. Nos indivíduos beta talassêmicos heterozigotos, a mutação CD39 foi a mais frequente (62%) e nos homozigotos, a IVS-I-6 (22%). Foi observada diferença significativa nos níveis de Hb F entre os indivíduos que possuem mutações ainda não identificadas, em relação aos que possuem a mutação IVS-I-110 (p<0,05), no grupo de heterozigotos. A presença do polimorfismo XmnI foi observada em todos os grupos estudados, porém, somente para os indivíduos com talassemia beta heterozigota houve diferença estatística em relação aos níveis aumentados de Hb F (p=0,007). Nos três grupos foram observados os padrões típicos de haplótipos I, II, IV, VI, VII e IX. Para os indivíduos com beta talassemia ... / The beta thalassemia are frequent genetic disorders and sufferers may have increased levels of hemoglobin A2 (Hb A2) and fetal hemoglobin (Hb F). The mutations present in individuals may be associated with different haplotypes of β–globin grouping. The objectives of this study consisted in investigating the frequencies of the XmnI polymorphism (-158 CT) and the pattern of the β-globin haplotypes in heterozygous and homozygous individuals for beta thalassemia, relate them to the levels of Hb F, and compare them with individuals without hemoglobinopathies. We analyzed 150 samples from heterozygous individuals with beta thalassemia, 22 homozygous and 150 individuals without hemoglobinopathies (control group). All samples were tested for classical hemoglobinopathies diagnosis and molecular analyzes Allele Specific PCR (AE-PCR) to confirm the mutation of beta thalassemia and PCR length polymorphism restriction fragment (PCR-RFLP) for identification of the polymorphism XmnI and sites of the β-globin haplotypes. Statistical tests were performed using STATISTICA 8.0 and Haploview 4.2 software. In beta thalassemia heterozygous individuals, mutation CD39 was the most common (62%) and in homozygous was the IVS-I-6 (22 %). We observed a significant difference in the levels of Hb F among the unidentified mutations and IVS-I-110 (p<0.05) in heterozygous individuals. The presence of the XmnI polymorphism was observed in all groups, but only heterozygous individuals for beta thalassemia was statistical difference in relation to increased levels of Hb F (p = 0.007). In the three groups were observed haplotype patterns I, II, IV, VI, VII and IX. For individuals heterozygous to beta thalassemia, the patterns II (24.3 %) and VII (32 %) were the most frequent, for individuals with beta thalassemia homozygous, the patterns I (29.5 %) and VII (38.6 %) and individuals without hemoglobinopathies, the patterns I (31%) and VII (28.3%). There was ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-23Bitstream added on 2015-03-03T12:07:39Z : No. of bitstreams: 1 000811094.pdf: 620444 bytes, checksum: 656aa996de25000536a3d6e5e8b7e218 (MD5) / O gênero Mazama (Mammalia: Cervidae) engloba as espécies de cervídeos neotropicais de pequeno porte e chifres simples. A alta taxa de convergência morfológica e diversificação rápida e recente dificultam a resolução das lacunas na sua história evolutiva. Estudos envolvendo análises moleculares indicaram que Mazama é um gênero polifilético, com uma subdivisão das suas espécies em dois clados (veados vermelhos e cinza). No presente estudo foram inferidas as relações filogenéticas e o tempo de divergência das espécies de veados cinza M. gouazoubira e M. nemorivaga, utilizando dois genes mitocondriais (Cytb e COI) e dois genes nucleares (IL16 e MGF). A análise de coalescência corroborou com os resultados anteriores, separando essas duas espécies do restante das espécies de Mazama. Além disso, as duas espécies são alocadas em clados separados e monofi léticos, representando diferentes gêneros. Os resultados obtidos indicaram que as duas espécies representam complexos de linhagens crípticas, com ambas as diversificações tendo iniciado no final do Pleistoceno (1,62-1,65 Myr). A espécie M. gouazoubira foi subdividida em cinco clados de distribuição simpátrica em grande parte da sua ocorrência. A espécie M. nemorivaga foi separada em três clados, com distribuições biogeográficas distintas e correspondentes às áreas de endemismo da Amazônia. O grande número de linhagens identificadas no presente estudo indica o caráter emergencial de uma delimitação e revisão sistemática acurada para as espécies desse gênero. Essas linhagens detectadas representam hipóteses taxonômicas a serem testadas utilizando outras metodologias de análise complementares como, citogenética, morfometria, ecologia, comportamento e reprodução / The genus Mazama includes neotropical deer species of small sizes and simple antlers. Morphological convergences, in addiction to rapid and recent diversification, make the resolution of gaps in their evolutionary history difficult. Initial molecular analyses indicated that Mazama is a polyphyletic genus with species subdivided into two clades (gray and red deer). In this study we inferred the phylogenetic relationships and divergence time of the gray brocket deer species M. gouazoubira and M. nemorivaga using two mitochondrial genes (Cytb and COI) and two nuclear genes (IL16 and MGF). The coalescence analysis corroborated the previous results, separating these two species from the remaining Mazama species. Moreover, the two species were allocated into separate monophyletic clades, representing different genera. These results indicate that the two species represent complexes of cryptic lineages, whose diversifications started in the Late Pleistocene (1.62 to 1.65 Myr). The M. gouazoubira species was subdivided into five clades with sympatric distribution. The M. nemorivaga species was separated into three distinct clades, corresponding to areas of Amazon biogeographical endemism. The large number of lineages identified in this study indicates need for an accurate delimitation and systematic review for the Mazama species. These findings may represent hypotheses of taxonomic lineages to be tested using other analysis methods, such as cytogenetics, morphology, ecology, behavior and reproduction strategies

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-03-03T12:06:25Z : No. of bitstreams: 1 000807323_20160228.pdf: 863780 bytes, checksum: f9edab5c1d353f33385731e8fc06aa46 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-29T12:16:26Z: 000807323_20160228.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-29T12:17:25Z : No. of bitstreams: 1 000807323.pdf: 3263368 bytes, checksum: e50d8228791f0d071b3e2c640b0eefa9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (LTR-RTEs) são os componentes mais abundantes nos genomas vegetais. Eles são divididos em duas superfamílias, Copia e Gypsy, de acordo com a ordem dos domínios internos e com a similaridade das sequências. São conhecidos pela sua natureza ubíqua e plasticidade, o que os leva a serem explorados como ferramentas para o desenvolvimento de marcadores moleculares, utilizando-se assim o padrão de inserção dos LTR-RTEs para geraçã o de polimorfismos. As famílias de LTR-RTEs apresentam número de cópias variável dentro de um mesmo genoma, mas a amplificação de poucas famílias pode contribuir com grandes diferenças de tamanho entre genomas próximos. Em plantas do gênero Eucalyptus existem poucos estudos relacionados aos LTR-RTEs, que geralmente limitam-se a análises em bancos de dados privados. Este trabalho tem como objetivo a caracterização de LTR-RTEs transcricionalmente ativos pertencentes as superfamílias Copia e Gypsy, encontrados no genoma de eucalipto. A partir de análises preliminares de bioinformática, um total de nove famílias de LTR-RTEs foram identificadas; os elementos da superfamília Copia foram classificadas em cinco linhagens e elementos da superfamília Gypsy foram divididos em três linhagens. As análises in silico no genoma draft de Eucalyptus grandis identificaram que as famílias caracterizadas possuem entre 38 e 290 cópias. Os LTR-RTEs foram utilizados para o desenvolvimento de marcadores moleculares IRAP, REMAP e RBIP, que foram avaliados em cinco espécies de eucalipto. Dezesseis primers IRAP foram avaliados e um total de 1521 fragmentos foram gerados, com 321 fragmentos polimórficos, em um intervalo de 250 a 2500 bp e uma média de 19,01 fragmentos amplificados por primer. Vinte e oito combinações de primers REMAP foram avaliadas e geraram 1910 fragmentos, dos quais 492 são polimórficos, em um intervalo de 200 a 1250 bp, com uma média de ... / Long Terminal Repeat Retrotransposons (LTR-RTEs) are the most abundant component of plant genomes. They are divided into two superfamilies, Copia and Gypsy, based on coding domain order and sequence similarity. As dynamic and ubiquitous entities in plant genomes, marker systems based in LTR-RTEs were developed to exploit LTR-RTEs insertion pattern polymorphism. In most angiosperm genomes, LTR-RTEs families have a wide range of copy number, but the amplification of a few families individually contribute to a large fraction of the genome. LTR-RTEs were scarcely studied in the Eucalyptus genus, with most findings derived from global analyses of private genomic databases. The aim of this work is to characterize transcriptionally active Copia and Gypsy LTR-RTEs in Eucalyptus sp genomes. After preliminary bioinformatics analyses, a total of 9 full-length LTR-RTEs families were classified into five Copia and three Gypsy lineages. BLAT analysis in Eucalyptus grandis draft genome identified that these elements have between 38 and 290 copies. These LTR-RTEs were used to develop IRAP, REMAP and RBIP markers, which were evaluated in five Eucalyptus species (Eucalyptus brassiana, E. grandis, Eucalyptus saligna, Eucalyptus tereticornis and Eucalyptus urophylla). Sixteen IRAP primers produced 321 polymorphic fragments from a total of 1521 bands, ranging from 250 to 2500 bp, with an average of 19.01 bands amplified per IRAP primer. Twenty-eight REMAP primer combinations produced 1910 bands. 492 of them were polymorphic, ranging from 200 to 1250 bp. An average of 13.64 REMAP bands was scored per primer. Our results showed that the genetic similarity assessed by both IRAP and REMAP markers did not reflect molecular phylogenetic analysis. Nonetheless, these markers are useful for the assessment of genetic diversity the individual level and population analysis. We developed RBIP markers for three site-specific ...

No Brasil, o câncer de mama é considerado um problema significativo de saúde pública, devido a suas altas taxas de incidência e mortalidade. No Rio Grande do Sul, os índices de incidência e mortalidade situam-se entre os maiores do país. É sabido que 5-10% de todos os casos de câncer de mama são hereditários, ou seja, causados principalmente por mutações germinativas em genes de predisposição. A identificação dos casos hereditários de câncer de mama é importante por várias razões. Primeiro, porque indivíduos afetados apresentam risco cumulativo vital muito superior ao da população para o desenvolvimento de outros tipos de câncer. Segundo, porque outros familiares de um indivíduo afetado podem estar em risco para o câncer hereditário, tornando a família informada dos riscos e cuidados que devem ter ao longo da vida e, terceiro pelas medidas de rastreamento intensivo e intervenção preventiva (cirurgias profiláticas e quimioprofilaxia) que podem diminuir, significativamente, o risco de câncer em portadores de mutação. A síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama mais importante em número relativo de casos é a síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC do inglês Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome), associada a mutações germinativas nos genes BRCA1 e BRCA2. O diagnóstico molecular da síndrome HBOC é laborioso e caro devido à heterogeneidade molecular da doença que torna necessária a análise de toda a seqüência codificadora de ambos genes na maioria das populações. Alguns estudos recentes de caracterização molecular em pacientes HBOC no mundo e no Brasil sugeriram que determinadas mutações podem aparecer em maior freqüência o que justificaria uma abordagem inicial simplificada de rastreamento para estas alterações específicas. Os objetivos deste trabalho incluíram a verificação da prevalência de rearranjos gênicos em BRCA1 e de determinadas mutações fundadoras em BRCA1 e BRCA2 em famílias brasileiras de alto risco para a síndrome HBOC. Em um grupo de 175 indivíduos em risco nãorelacionados e de descendência não-judaica rastreados para as mutações 185delAG e 5382insC (BRCA1) e 6174delT (BRCA2) foram encontrados 7 portadores da mutação 5382insC (prevalência de 4%). Em um grupo de 90 indivíduos de risco nãorelacionados rastreados para rearranjos gênicos em BRCA1 pela técnica de MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) foram identificados 7 portadores de rearranjos gênicos (7.8%), os quais estão sendo caracterizados detalhadamente quanto aos exatos pontos de quebra e ocorrência prévia em outras populações. Os resultados apresentados indicam que os rearranjos gênicos em BRCA1 são relativamente freqüentes em famílias brasileiras com o fenótipo HBOC e estudos adicionais de rastreamento de rearranjos no gene BRCA2 poderão complementar essa análise e definir a validade e aplicabilidade do rastreamento de rearranjos gênicos como primeira abordagem nos indivíduos e famílias com a síndrome HBOC.

O gênero Drosophila abrange pelo menos 1.149 espécies, subdivididas em oito subgêneros, muitas das quais vêm desempenhando um papel fundamental no desenvolvimento do conhecimento biológico, principalmente nos âmbitos genético e evolutivo. Toda esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo em que gera inúmeras oportunidades de pesquisa, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. Desta forma, apesar de Drosophila compor um dos organismos experimentais mais bem estudados, muitas questões acerca de sua evolução permanecem irresolvidos ao longo do tempo. A presente tese foi, portanto, desenvolvida com o objetivo de auxiliar na resolução de aspectos particulares relacionados à história evolutiva deste complexo grupo de espécies. Neste sentido, os Capítulos II e III foram designados com o intuito de elucidar as relações filogenéticas entre espécies e grupos tradicionalmente situados no subgênero Drosophila, com ênfase naqueles de distribuição primariamente Neotropical. A inclusão de outros gêneros pertencentes à família Drosophilidae levou, porém, a definições parafiléticas para o gênero e para o subgênero Drosophila. Mesmo assim, níveis adicionais de resolução foram acrescentados à filogenia do subgênero Drosophila, que se apresentou subdividido em duas (Capítulo II) ou três (Capítulo III) grandes radiações. Os Capítulos IV e V, por outro lado, buscaram a inferência de cenários evolutivos mais restritos. No Capítulo IV o foco foi um pequeno grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, o grupo mesophragmatica, para o qual se obteve descrições evolutivas confiáveis. No Capítulo V, por outro lado, o grupo willistoni, pertencente ao subgênero Sophophora teve sua complexidade evolutiva mais uma vez reiterada. Em cada um destes casos, entretanto, novos estudos são incentivados para que um dia realmente nos aproximemos da história evolutiva verdadeira do gênero Drosophila. / The genus Drosophila encompasses at least 1.149 species subdivided into eight subgenera, many of which presented a central role in the development of the biological knowledge, mainly in the genetical and evolutionary areas. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of research, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Thus, although Drosophila composes one of the best studied experimental organisms, many questions concerning its evolution remain unsolved through time. This thesis was developed with the aim of helping to solve particular questions related to the evolutionary history of this complex group of species. In this sense, Chapters II and III were designed with the aim of elucidating the phylogenetic relationships within and between species groups traditionally placed in the Drosophila subgenus, with an emphasis in those mainly Neotropical in distribution. The inclusion of other Drosophilidae genera, nevertheless, led the Drosophila genus and subgenus entirely paraphyletic. Even so, improved levels of resolution were provided to the subgenus Drosophila phylogeny, which was subdivided into two (Chapter II) or three (Chapter III) major radiations. Chapters IV and V, on the other hand, addressed more restricted evolutionary scenarios. In Chapter IV the focus was a small group of species included in the Drosophila subgenus, the mesophragmatica group, for which a confident evolutionary description was attained. In Chapter V, otherwise, the willistoni group, included in the Sophophora subgenus, had its evolutionary complexity once again reiterated. In each of these cases, nevertheless, new studies are encouraged in order to approach the genus Drosophila real evolutionary history.