Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Ely Nahas / Banca: Maria José Valarini / Resumo: Os métodos tradicionais de isolamento e cultivo para análise da diversidade microbiana do meio ambiente são limitados, pois poucos microrganismos são cultiváveis. Grandes avanços na ecologia microbiana molecular ocorreram através da construção de bibliotecas metagenômicas, fornecendo análises dos microrganismos não-cultiváveis. O solo, que é o mais importante habitat para os microrganismos, principalmente procariotos, sofre contínuas alterações. Devido à prática agrícola intensiva, parte da diversidade de microrganismos do solo pode ser alterada, antes de se tornar conhecida. Este trabalho teve por objetivo estimar a diversidade das comunidades bacterianas pela extração direta de DNA do solo em duas áreas (área de agricultura intensiva e área de floresta nativa) no município de Guaíra-SP, ilustrando o impacto da agricultura na microbiota. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos e seqüenciamento parcial do gene 16S rDNA, fragmentos dos produtos de PCR (~1.5kb) foram clonados em vetor pGEMR-T e transformados em Escherichia coli, linhagem DH5a. Para cada biblioteca foram coletados e seqüenciados 240 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade com seqüências depositadas no banco de dados GenBank. As análises revelaram extensiva diversidade em ambos os solos, assim como características distintas das comunidades bacterianas, sendo que a área sob floresta apresentou maior diversidade em relação à área sob agricultura intensiva. Os resultados obtidos demonstram que as práticas agrícolas promoveram aumento quantitativo das comunidades bacterianas pertencentes aos filos Proteobacteria e Firmicutes, ao passo que causaram uma diminuição nas comunidades pertencentes aos filos Acidobacteria e Verrucomicrobia, corroborando estudos anteriores. / Abstract: Traditional methods of isolation and cultivation to analyze the microbial diversity of environment are very limited, because few microorganisms are cultivable. Advances in molecular microbial ecology has occurred through the construction of metagenomic libraries, providing analysis of uncultured microorganisms. The soil, which is the most important habitat to microorganisms, principally prokaryotes, suffers continuous alteration. Due to intensive agricultural practices, part of the diversity of the soil microbial diversity could be reduced, even before being known. The aim of this work was to assess the diversity of bacterial community, through direct extraction of DNA of microorganisms from two conditions soil, (intensive agriculture and native forest) Guaíra- SP, to show the impact of agriculture in bacterial community. Using specific primers and partial sequencing of 16S rDNA gene, fragments from PCR (~1.5kb) were cloned in a vector pGEMR-T and transformed into Escherichia coli, strain DH5a. To each library 240 clones were collected and sequenced. The sequences obtained were compared against the GenBank database. The analysis showed extensive diversity in both soils, as well as distinct characteristics of bacterial community. Also, the forest field showed greater diversity than the intensive agriculture. The results obtained showed that agricultural practices promote quantitative grow of bacterial community that inhere the phyla Proteobacteria and Firmicutes, as well as generate one diminution in communities inhere the phyla Acidobacteria and Verrucomicrobia, as previously reported. / Mestre

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Resumo: Degradação florestal, alterações ambientais antropogênicas e mudanças climáticas são fatores que podem modificar a dinâmica populacional de anofelinos. Anopheles (Nyssorhynchus) dar- lingi é o principal vetor de malária no Brasil e em outros países na América do Sul. Estudos observaram o aumento da abundância do vetor An. darlingi e número de casos de malária após desflorestação e demais modificações ambientais antropogênicas. Além de ter ampla distribuição geográfica, essa espécie possui plasticidade comportamental e diversidade morfo- lógica, biológica e genética. Tendo em vista essa heterogeneidade, o presente estudo avaliou a diversidade genética populacional em An. darlingi ligada a distribuição geográfica, dinâmica sazonal e comportamento hematofágico, através de marcadores microssatélites e SNPs. Espé- cimes de An. darlingi foram coletados em dois assentamentos rurais próximos e, em uma área urbana à aproximadamente 600 km de distância. Além disso, as coletas foram realizadas no primeiro e segundo semestre e, dentro e fora das casas, durante o período de atividade hema- tofágica do vetor, ou seja, das 18-6 horas. Os resultados apresentaram subpopulações de An. darlingi em aspecto geográfico, em escalas macro e microgeográficas, acessadas com mais pro- fundidade com os dados dos SNPs. Além disso, o estudo corroborou o prévio achado de duas subpopulações de An. darlingi relacionadas ao regime de chuvas. Por fim, pela primeira vez, a heterogeneidade genética em populações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Forest degradation, human environmental alteration and climate changes are all influence anopheline populations. Anopheles darlingi is the main vector of malaria parasite in Brazil and other countries of South America. Deforestation and others anthropogenic activities have been accompanied by sharp increases in both abundance of the primary malaria vector Anopheles darlingi and numbers of malaria cases. Besides it is widely distributed, this species display great behavioral plasticity and morphological, biological and genetic diversity. The aim of this study was to analyze population genetic diversity of An. darlingi related to geographical distribution, seasonal dynamics and hematophagic behavior, using microsatellites and SNPs markers. An. darlingi specimens were collected in two close rural settlements and in an urban area about 600 km away. In addition, collections were performed in both semesters of the year and, indoor and outdoor during the biting activity period of the vector, i.e., 6pm-6am. The results showed subpopulations of An. darlingi related to geographical aspect, in a macro and micro geographic scales, better accessed with SNPs dataset. Moreover, this study corroborated with a previous finding showing two subpopulations of An. darlingi related to rainfall. Finally, for the first time, genetic heterogeneity was found in sympatric populations of this vector, and it was associated with a phenotype of hematophagic behavior, endo and exophagy. These outcomes demon... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The main role of bees in nature is pollination of angiosperms, because of it bees are responsible for biological diversity maintenance and food production as well. Brazilian stingless bees (Meliponini) pollinate 40-90% of native trees and are found worldwide, wherein Brazil is the main representative of these bees. The Melipona scutellaris species (popularly known as the uruçu do nordeste ) is distributed geographically from Bahia to Rio Grande do Norte State, in the Zona da Mata region. The understanding of caste differentiation in Melipona scutellaris is extremely important for conservation and management of this bee. In 1950, Kerr proposed the model two genes/two-locus to explain the caste differentiation in Melipona; when well fed double heterozygous larvae develop into queens and underfed larvae or homozygous for these genes become workers, as a result of low production of Juvenile Hormone. Antennae is the main organ of bee olfactory system playing an important role in mantaining of colony social organization and in the performance of caste and sexes as well. The antennae houses a great diversity of sensilla, which are very important to bee chemical communication as receptors of compounds in the air such as pheromones, leading to typical behavioral responses of individuals, species, genera or families. The second chapter we show the results from scanning electron microscopy which demonstrates a heterogeneous distribution pattern of sensilla along the antenna. The main types of sensillum found in the antennae of M. scutellaris were: trichodea, basiconica, placodea, coeloconica, ampullacea and campaniformia. The most abundant sensilla found were trichodea and placoid in both castes and sexes. The ampullacea and coeloconica sensilla were found only in the distal flagellomeres of females and campiniformes and basiconica sensilla were not found in the analyzed antennae male. Larvae pre-defecant showed structures that are morphologically similar to sensilla. These structures has pores at its base and were found in many parts of the head area, which may represent an important gateway of volatile compounds from the larval food. xvii These compounds, possibly can activate genes involved in caste differentiation of Melipona scutellaris. The third chapter introduces the detection, cloning and sequencing of transcripts of the MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 and MscuOBP8 genes from Melipona scutellaris larvae. We detected the MscuOBP8 protein in the L2, L3 (1-3), LPD LD larval stages of development using a monoclonal antibody selected by phage display. The 3D structure of the MscuOBP8 protein showed an internal cavity composed of hydrophobic amino acids confirming its binding function to hydrophobic compounds such as volatile substances. According to our data, the morphology of the head and especially adult antenna of the pre-defecating larvae (stage responsive to the action of juvenile hormone) and also the caracterization of genes and proteins of olfactory system in larvae of Melipona scutellaris can be correlated with caste differentiation mechanism in Melipona scutellaris proposed by Kerr. / O principal papel das abelhas na natureza é a polinização de angiospermas, com papel fundamental na manutenção da diversidade biológica, bem como na produção de alimentos de modo geral. As abelhas brasileiras sem ferrão (Meliponini), polinizam de 40 a 90% das árvores nativas e estão presentes em todo o mundo, sendo o Brasil o principal representante dessas abelhas. A espécie Melipona scutellaris (popularmente conhecida como uruçu do Nordeste) está distribuída na região da Zona da Mata, ocorrendo desde a Bahia até o Rio Grande do Norte. O entendimento sobre a diferenciação de castas em Melipona scutellaris é um aspecto extremamente importante para a conservação e manejo dessa abelha, principalmente no Brasil. Em 1950, Kerr propôs um modelo, para explicar a diferenciação de casta em Melipona, de dois genes/dois lócus, de modo que larvas duplo heterozigotas, quando bem alimentadas, desenvolvem-se em rainhas e larvas mal alimentadas ou homozigotas para esses genes, tornam-se operárias, em consequência de baixa produção de Hormônio Juvenil. Para a organização social da colônia e desempenho adequado dos papéis das castas e sexos, as abelhas apresentam um elaborado sistema olfatório, do qual a antena é o principal órgão sensorial, abrigando grande diversidade de sensilas. As sensilas têm papel na comunicação química intra e interespecífica, atuando como receptores de compostos químicos no ar, como os feromônios, levando à respostas comportamentais característico de indivíduos, espécies, famílias ou gêneros. No segundo capítulo apresentamos, de acordo com as imagens de microscopia de eletrônica de varredura, um padrão heterogêneo de distribuição das sensilas ao longo da antena. Os principais tipos de sensilas identificados nas antenas de M. scutellaris foram: tricóide, basicônica, placóide, celocônica, ampulácea e campiniforme, sendo que as sensilas tricóides e placóides foram as mais abundantes em todas as castas e sexo. As sensilas ampulácea e celocônica foram encontradas apenas nos flagelômeros distais das fêmeas e xv campiniformes e basicônicas não foram encontradas nas antenas de macho analisadas. As larvas LPD apresentaram estruturas morfologicamente semelhantes à sensilas, com poros em sua base, em diversas regiões da área analisada, que podem representar uma importante porta de entrada de compostos voláteis presentes no alimento larval que possam ativar genes envolvidos na diferenciação de castas de Melipona scutellaris. No terceiro capítulo, nós detectamos transcritos, clonamos e sequenciamentos os genes MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 e MscuOBP8 em larvas de M. scutellaris. Selecionamos um anticorpo monoclonal por phage display que nos permitiu detectar a proteína MscuOBP8 nos estágios L2, L3 (1- 3), LPD e LD do desenvolvimento larval. A estrutura 3D da proteína MscuOBP8 apresentou cavidade interna composta por aminoácidos hidrofóbicos corroborando com sua função carreadora de compostos hidrofóbicos tais como, substâncias voláteis. Neste contexto, este trabalho apresenta a morfologia da antena de adultos e, principalmente, da porção anterior de larva do estágio pré-defecante do desenvolvimento (sensível à ação do hormônio juvenil) e também a caracterização de genes e proteínas do sistema olfatório em larva de Melipona scutellaris a fim de correlacioná-los com o mecanismo de diferenciação de castas em Melipona scutellaris proposto por Kerr. / Doutor em Genética e Bioquímica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / principalmente pelo baixo grau de complexidade de especialização, escassez de caracteres distintivos e a elevada plasticidade morfológica. A partir do século XIX emergiram classificações mais robustas. O que conhecemos hoje como Ordem Poecilosclerida só começou a ser delineado pela iniciativa de Zittel (1878) com o reconhecimento de Monaxonida, ou seja, reconhecimento de um padrão de simetria nas categorias de espículas. Ridley e Dendy (1887) apresentaram uma nova classificação para as esponjas do grupo Monaxonida utilizada por Topsent (1894) para criação da Familia Poeciloscleridae, eregida a ordem por este último autor em 1928, enfatizando a presença das quelas como microscleras. Posteriormente, van Soest (1984) e Bergquist e Fromont (1988) empreenderam discussões dessa classificação com base em uma perspectiva filogenética. Uma classificação robusta e de consenso só foi conseguida a partir dos trabalhos de Hajdu e colaboradores (1994a, 1994b) e Hajdu (1994, 1995), com o estabelecimento das Subordens: Mycalina, Myxillina e Microcionina. Apesar disso, as relações internas das famílias da Subordem Mycalina permaneciam com dúvidas, principalmente no tocante à inclusão de Podospongiidae, Isodictyidae, e a relação de Poecilosclerida com a Ordem Haplosclerida. Neste trabalho foi proposto a revisão da classificação da Subordem Mycalina com base em dados morfológicos e moleculares. Foram feitas análises filogenéticas em três níveis taxonômicos, espécie, gênero e família, com base em dados morfológicos. Além disso, foi feita uma análise filogenética molecular utilizando sequências parciais da subunidade maior do RNA ribossomal (LSU do RNAr). As amostras de Mycalina foram amplificadas via PCR e posteriormente sequenciadas. Com base nestes resultados foi concluído que: as Familias Cladorhizidae, Guitarridae, Mycalidae e Hamacanthidae são monofiléticas. Para esta última foi confirmada a série de transformação sigmancistra > cirtancistra > diâncistra > clavidisco. A posição da Familia Podospongiidae dentro de Mycalina está bem corroborada, porém, precisa ser melhor estudada com dados moleculares para determinar, ou não, o seu monofiletismo. A Familia Esperiopsidae precisa ser melhor estudada com base em dados morfológicos e o gênero Amphilectus precisa ser revisado, provavelmente uma parte deste estaria melhor alocado em Haplosclerida junto com Isodictyidae. A Familia Desmacellidae não é monofilética, bem como Biemna e Neofibularia, provavelmente, não são Poecilosclerida e deveriam ser transferidas para uma posição próxima de Tetractinellida. Desmacella provavelmente é uma Mycalina com posição basal na Subordem. Os demais gêneros precisam ser estudados com base em dados moleculares. A Ordem Haplosclerida provavelmente é o grupo irmão de Poecilosclerida e a série de transformação sigmas > quelas foi confirmada com base em dados morfológicos e moleculares. A Subordem Mycalina não é monofilética como definida em Hajdu e van Soest (2002a). Palavras-chave: Sistemática. Porifera. Evolução. / At Phylum Porifera the proposition of classificatory schemes is troublesome, especially by the morphological low level complexity of specialization, paucity of distinctive characters and high plasticity. More robust classifications emerged since the XIXth. century. Poecilosclerida Order only began to be outlined by the initiative of Zittel (1878) with the recognition of "Monaxonida", i.e., a recognition of symmetry pattern in spicules categories. Ridley and Dendy (1887) presented a new classification of the sponges of the group "Monaxonida." Topsent (1894) created the Poeciloscleridae Family, and latter (1928) erected to Order, by emphasizing the presence of chelae as microscleras. Posteriorly, van Soest (1984) and Bergquist and Fromont (1988) undertook a discussion of this classification based on a phylogenetic perspective. A robust classification and consensus was not achieved before from the works of Hajdu et al. (1994a, 1994b) and Hajdu (1994, 1995), with the establishment of the Suborders: Mycalina, Myxillina and Microcionina. Nevertheless, the internal relationship of Mycalina Suborders families remained in doubt, especially regarding the inclusion of Podospongiidae, Isodictyidae, and the relationship between Poecilosclerida and Order Haplosclerida. In this study, we proposed the revision of the classification of Mycalina Suborder based on morphological and molecular data. Phylogenetic analysis was performed in three taxonomic levels, Species, Genus and Family, based on morphological data. The molecular phylogenetic analysis was made using partial sequences of Large Subunit ribosomal RNA (LSU rRNA). Samples of Mycalina were amplified by PCR and sequenced. Based of these, I concluded that: Families Cladorhizidae, Guitarridae, Mycalidae and Hamacanthidae are monophyletic. For this last, the transformation series, sigmancistra>cyrtancistra> diancistra>clavidisc, was confirmed. The position of Family Podospongiidae within Mycalina was well supported, but need to be studied with molecular data to determine monophyletic status. Family Esperiopsidae needs to be further studied based on morphological data; and Amphilectus Genus needs to be revised, probably it is splited and would be transfered to Order Haplosclerida together with Family Isodictyidae. Family Desmacellidae is not monophyletic, Biemna and Neofibularia are probably not Poecilosclerida and should be transferred to a position close to Tetractinellida. Desmacella is probably a true Mycalina with a basal position in the Suborder. The other genera need to be studied with molecular data. Order Haplosclerida is probably the sister group of Poecilosclerida; the series of transformation sigma>chela was established based on morphological and molecular data. Suborder Mycalina is not monophyletic as defined in Hajdu and van Soest (2002a).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-09Bitstream added on 2014-06-13T20:19:52Z : No. of bitstreams: 1 batista_cm_me_ilha.pdf: 351886 bytes, checksum: 7a32bba46398f3b30fabc1d91c4aac59 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A intensa fragmentação dos habitats de ocorrência de Handroanthus vellosoi (Toledo) Mattos já extinguiu grande parte das populações naturais da espécie. Essa exploração inadequada vem comprometendo sua capacidade de sobrevivência nesses ambientes naturais. Neste contexto, as finalidades deste trabalho são a conservação ex situ, avaliação da variabilidade e estimativa de parâmetros genéticos em teste de procedências e progênies de polinização aberta da espécie arbórea tropical Handroanthus vellosoi por caracteres quantitativos. Mais especificamente, pretende-se estudar a herança de caracteres quantitativos, a correção entre estes caracteres e selecionar árvores superiores de H. vellosoi em um teste de procedências e progênies para a produção de sementes com ampla variabilidade genética para fins de recuperação ambiental. O teste foi instalado na Estação Experimental de Luiz Antônio, do Instituto Florestal de São Paulo em 1986. O delineamento experimental adotado foi o de blocos de famílias compactas, com seis repetições, com subparcelas lineares de cinco plantas provenientes de duas procedências, 17 progênies de polinização aberta de Bebedouro e 18 de Mogi Guaçu, obedecendo ao espaçamento de 3 x 3 m. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro à altura do peito, altura de planta, volume, forma do fuste e sobrevivência. Para as análises estatísticas foi utilizado o programa estatístico SAS. As estimativas da diferenciação genética entre e dentro de procedências e progênies indicou que a maior parte da variação genética se encontra entre progênies / he intense fragmentation to of the habitat that Handroanthus vellosoi (Toledo) Mattos occur has extinguished much of the natural populations of the species. This exploitation is inadequate, compromising their ability to survive in these natural environments. In this context, the purposes of this study was the ex situ conservation, evaluation and estimation of the genetic variability and parameters in a open-pollinated provenance and progeny test of the tropical tree species Handroanthus vellosoi, based on quantitative traits. More specifically, we intend to study the inheritance of quantitative thaits, the correction between traits and to select superior trees of H. vellosoi for to seed production with wide genetic variability for environmental remediation. The provenance and progeny test was established in 1986 at the Experimental Station of Luiz Antônio, São Paulo Forestry Institute. The trial was established in a compact family block desing with six replicates, linear plots of five plants, using two provenances, 17 families from Bebedouro and 18 from Mogi Guaçu. The spacing used was the 3 x 3 m. The test was measured at 24 years of age to diameter at breast height (DBH), plant height, volume, stem forma and survival. The statistical analysis was performed using the SAS program. The estimates of genetic differentiation between and within provenances and progenies indicated that most of the genetic variation is found among progenies

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-17Bitstream added on 2014-06-13T19:59:35Z : No. of bitstreams: 1 macedo_hr_me_ilha.pdf: 610559 bytes, checksum: 13b0c7c59968568679cff94920e08525 (MD5) / A madeira do Eucalyptus tereticornis é utilizada para serraria, estruturas, construções, postes, mourões e carvão. É uma das principais espécies para o reflorestamento em zonas tipicamente tropicais da África e os plantios no Brasil tem bom desenvolvimento. Em todos os estudos efetuados a espécie vem revelando boa resistência a pragas, doenças e deficiências hídricas, boa capacidade de regeneração por brotação das cepas e tolerância ao fogo rasteiro, podendo ser recomendado para plantio em todas as regiões brasileiras. O presente trabalho visa o estudo de parâmetros genéticos em progênies de Eucalyptus tereticornis, oriundas de polinização aberta de árvores matrizes selecionadas em três populações da Austrália. O delineamento experimental utilizado para o ensaio foi o de blocos de famílias compactas, com o efeito de procedência alocado nas parcelas e de progênies dentro de procedências nas sub-parcelas. As parcelas foram compostas por seis plantas e o espaçamento adotado foi o de 3 x 2 m. Aos 25 anos de idade foram medidos o diâmetro a altura do peito (DAP), a altura total, e a forma das árvores. Foi encontrada variação genética nas três populações estudadas e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção entre e dentro de progênies. A procedência que apresentou o melhor desempenho às características edafoclimáticas de Batatais-SP, foi a de Helenvale. Os ganhos genéticos esperados para plantios de E. tereticornis, com 25 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características edafoclimáticas de Batatais, com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 12,4% para DAP e 8,5% para altura de plantas. / The wood of Eucalyptus tereticornis is intensively used for timber, structures, buildings, poles, posts and coal. It is a major species for reforestation in more tropical areas of Africa and has emerged as the potential for Brazil. In all studies performed revealing the species has good resistance to pests, diseases and water deficiencies, good ability to regenerate by sprouting tolerance of the strains and creeping fire can be recommended for planting in all regions. The present work aims to study the genetic parameters in progenies o E. tereticornis, derived from open-pollinated seed trees selected from three Australian populations. The experimental design used was the compact family block, with the effect of provenance allocated plots and progenies within provenances in the sub-plots. The plots has six plants and the spacing used was 3 x 2 m. At 25 years of age it was measured the diameter at breast height (DBH), total height, volume and the stem form. We found genetic variation in the three studied provenances and the possibility of obtaining high gains from mass selection and individual among and within families selection. The provenance performed better edaphoclimatic characteristics of Batatais-SP, was to Helenvale. The expected genetic gain for plantations of E. tereticornis with 25 years of age, conducted in locations with the same characteristics environmental of Batatais and seeds collected after the selection in the progeny test were estimated at 12.4% for DBH and 8.5 % for plant height.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:20:30Z : No. of bitstreams: 1 scacchetti_pc_me_botib.pdf: 611456 bytes, checksum: 9da86fc13407eb38ca4617dc47ac3e9d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foram analisadas citogeneticamente quatro espécies de peixes do gênero Gymnotus, G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus e G. cf. carapo de componentes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e citomoleculares (coloração com os fluorocromos base-específicos CMA3 e DAPI, hibridação in fluorescente situ (FISH) com sondas de DNAr 18S e 5S, sonda teloméricas (TTAGGG)n e sonda obtida do cromossomo portador das RONs de G. carapo da bacia Amazônica por Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) e caracterização e organização genômica do DNAr 5S). G. sylvius apresentou número diplóide de 40 cromossomos (22m+12sm+6st); G. pantherinus apresentou número diplóide de 52 cromossomos (32m+18sm+2st) e G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) e G. cf. carapo (38m+12sm+4st) apresentaram 54 cromossomos. O bandamento C evidenciou a marcação de pequenos blocos centroméricos em todos os cromossomos de todas as espécies, sendo, porém, detectadas algumas marcações intersticiais em G. sylvius e grandes blocos intersticiais nos cromossomos de G. inaequilabiatus, G. cf. carapo e G. pantherinus. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico nas quatro espécies e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S e a coloração com o fluorocromo CMA3. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou marcações em até dezessete pares de cromossomos em G. inaequilabiatus e em até quinze pares em G. cf. carapo; dois pares cromossômicos em G. pantherinus e um par em G. sylvius. A hibridação com a sonda para a sequência telomérica (TTAGGG)n revelou marcações nos telômeros de todos os cromossomos dos representantes destas quatro espécies, além de blocos intersticiais no primeiro... / Four fish species of the genus Gymnotus comprised by G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus and G. cf. carapo from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using classic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques with base-specific fluorochrome DAPI and CMA3, fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes consisting of 18S and 5S rDNA, telomeric sequences (TTAGGG)n and whole chromosome prepared by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of the NOR chromosome, obtained of G. carapo from Amazon basin, as well as a characterization and genomic organization of 5S rDNA. G. sylvius presented a diploid number of 40 chromosomes (22m+12sm+6st); G. pantherinus presented a karyotype with 52 chromosomes (32m+18sm+2st) and G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) and G. cf. carapo (38m+12sm+4st) presented 54 chromosomes. All the species presented the constitutive heterochromatin located in the centromeric region of all chromosomes. Besides that, some interstitial marks were detected in G. sylvius and large interstitial blocks were identified at the chromosomes of G. inaequilabiatus, G. cf. carapo and G. pantherinus. NORs were identified in only one chromosome pair in all species and were coincident with the in situ hybridization using probes of 18S rDNA and the fluorochrome CMA3. FISH using the probes of 5S rDNA revealed marks up to seventeen chromosome pairs in G. inaequilabiatus and up to fifteen pairs in G. cf. carapo, two chromosome pairs in G. pantherinus and one pair in G. sylvius. The telomeric probes were localized at the telomeres of all chromosomes in the four species, as well as interstitial telomeric sequence in the first metacentric pair in G. sylvius and along the NORs in G. inaequilabiatus and G. cf. carapo. The amplification, cloning, sequencing and in situ hybridization... (Complete abstract click electronic access below)

A identificação de alelos e genótipos associados a características reprodutivas, somente foi possível a partir do desenvolvimento e da localização de marcadores moleculares polimórficos no genoma, especialmente os short tandem repeated (STRs) e os single nucleotide polymorphysm (SNPs). A termografia infravermelho tem sido amplamente empregada como um método não invasivo na determinação da temperatura da superfície corporal, mostrando-se uma técnica promissora na avaliação da adaptação a efeitos ambientais. Portanto, O objetivo geral deste estudo foi identificar marcadores moleculares relacionados à fertilidade de touros e utilizar a termografia infravermelho na avaliação adicional ao exame da aptidão reprodutiva desses animais, medindo-se a temperatura da superfície escrotal. A amostra constou de 87 touros submetidos à analise e acompanhamento da mensuração do perímetro escrotal (PE), dos 7 aos 24 meses de idade. Esses touros foram analisados andrologicamente aos 24 meses pela Classificação Andrológica por Pontos (CAP). Subsequentemente, 17 reprodutores da amostra tiveram seu PE medido e foram examinados e pontuados pelo CAP aos 28, 32 e 36 meses de idade. Não foi verificada associação entre os marcadores STRs BMS3004, HEL5, AFZ1, IDVGA51 e ILSTS002 e a desempenho reprodutivo em ambos os experimentos. O SNP FSHR mostrou significativa relação com o genótipo GG para menor PE aos 24 meses. Os genótipos CG e GG foram significativos para identificação do PE inferior a 29 cm e o genótipo CC para maior pontuação no CAP. Durante o experimento II no SNP FSHR foi encontrada relação ao maior PE aos 7meses, 24meses, 28 meses, 32 meses e 36 meses de idade com o genótipo CC, mas nada foi encontrado de relação com o CAP em ambos os marcadores. Em conclusão, observamos uma forte associação do SNP FSHR com o genótipo GG para PE reduzido e CAP superior no genótipo CC, e a possibilidade de quando encontrado os genótipos CG e GG, encontrar um PE inferior a dois desvios a menos da média da raça. Durante o experimento II também foram avaliados os efeitos sazonais do ambiente sobre a qualidade do sêmen em reprodutores, utilizando-se termografia infravermelho. Variações de gradiente de temperatura escrotal foram significativamente maiores no outono (4.5°C) e inverno (4.0°C) do que na primavera (2.9°C) e verão (0.9°C) (P<0,05). Temperaturas do globo ocular foram mais baixas no inverno (27.6°C) e outono (26.8°C) em relação ao verão (33.9°C) e primavera (31.1°C) (P<0,05). Motilidade do sêmen,movimento de massa e vigor diminuíram no verão em comparação com as outras estações. Concluiu-se que a termografia infravermelho pode ser adotada como um método indireto para avaliar gradiente testicular e suas consequências aos aspectos físicos seminais. / The identification of alleles and genotype associated with these features was only possible through the development and localization of polymorphic molecular markers in the bovine genome, especially the short tandem repeated (STR) and single nucleotide polymorphysm (SNP). Infrared thermography has been widely used as a noninvasive method for determining the temperature of the body surface. This tecnhique shows a promising method to assess the adaptation of environmental effects. Therefore, the aim of this study was to identify molecular markers that are linked to bulls fertility. We also evaluted the uses of infrared thermography to evaluate the reproductive performance of bulls, measuring the surface temperature of the scrotum. Samples were collected from of 87 bulls submitted to analysis from 7 to 36 mo of age measurement of scrotal circumference and analyzed by BBSE. Subsequently, 17 bulls the previous sample measured and had their PE and was examined by BBSE at 28, 32 and 36 mo old. There was no significant association between markers BMS3004 STRs, HEL5, AFZ1, IDVGA51 ILSTS002 and reproductive performance in both experiments. The FSHR SNP showed a significant association with the GG genotype for low SC at 24 mo. The CG and GG genotypes were different for identification of SC less than 29 cm and CC genotype for highest score the BBSE. During the second experiment, in relation to the SNP FSHR at 7, 24, 28, 32 and 36 mo of age were found different with the CC genotype, but no correlation was found in relation to the BBSE in both markers. In conclusion, we observed a strong association of FSHR SNP genotype GG higher for SC and BBSE reduced the possibility of CC genotype and when found the CG and GG genotypes. During the second experiment also, we evaluated the seasonal effects of the environment on semen quality in breeding using infrared thermography images data that were collected using an infrared camera. Changes in temperature scrotal gradient were significantly higher in autumn (4.5° C) , winter (4.0°C) and spring (2.9°C) compared to the summer (0.9°C) (P < 0.05). Ocular temperatures were lower in winter (27.6°C) and autumn (26.8°C) compared to summer (33.9°C) and spring (31.1°C) (P < 0.05). Sperm motility, mass motion and vigor decreased in the summer compared with other seasons. It was concluded that infrared thermography can be used as an indirect method to assess testicular gradient and its consequences to the seminal physical aspects.

A água é um recurso essencial a todas as formas de vida, e a forma como é explorada se reflete nos âmbitos sociais, econômicos e ambientais. A urbanização em torno de bacias hidrográficas é responsável por diversas alterações de serviços ecossistêmicos importantes. O Arroio Dilúvio, em Porto Alegre, é um importante afluente do Lago Guaíba, que por sua vez é a principal fonte hídrica de abastecimento da cidade. Ao longo da história o Arroio sofreu diversas modificações, além de intensa contaminação através da deposição de esgoto. O estudo da microbiota deste ambiente permite maior elucidação do efeito de contaminantes sobre a diversidade e manifestação de diferentes fenótipos. Leveduras são fungos unicelulares amplamente difundidos no ambiente, e estudos sugerem que há uma correlação positiva entre leveduras e ambientes aquáticos poluídos. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade e a resistência à antifúngicos de leveduras isoladas de amostras de água coletadas ao longo do Arroio Dilúvio em Porto Alegre. Isolados de leveduras provenientes do Arroio Dilúvio foram submetidos a testes de suscetibilidade frente a antifúngicos através dos métodos de disco-difusão em ágar e ensaio de concentração inibitória mínima. Para a realização das técnicas moleculares, foi extraído o DNA genômico dos isolados para amplificação da região ITS1-5.8S-IT2 do rDNA utilizando os oligonucleotídeos iniciadores ITS1 e ITS4. A região ITS foi submetida a técnica de PCR-RFLP utilizando as endonucleases HinfI, HaeIII e CfoI e o perfil de restrição permitiu a construção de um dendrograma. Os ensaios de suscetibilidade mostraram alta prevalência de resistência a antifúngicos da classe dos azóis. Dezesseis isolados exibiram resistência a anfotericina B, dos quais 14 foram submetidos ao sequenciamento da região ITS. A análise das sequências permitiu a identificação de leveduras do gênero Candida, incluindo as espécies potencialmente patogênicas C. glabrata, C. parapsilosis e C. tropicalis, e do gênero Debaryomyces. A resistência a antifúngicos em leveduras do Arroio Dilúvio, reforça a importância de estudos da microbiota ambiental e indica que a degradação do ambiente influencia no fenótipo exibido. / Water is an essential resource to all forms of life, and the way it is exploited is reflected in the social, economic and environmental spheres. Urbanization around watershed is responsible for several important ecosystem service changes. In Porto Alegre, Arroio Dilúvio is an important component of Lake Guaiba, which in turn is the main water source of the city. Throughout history, Arroio Dilúvio underwent several changes, and it suffers with intense contamination by the deposition of sewage. The study of the environment's microbiota enables further elucidation of the effect of contaminants on diversity and expression of phenotypes. Yeasts are unicellular fungi widespread in the environment, and studies suggest that there is a positive correlation between yeast and polluted aquatic environments. The aim of this study was to analyze the diversity and resistance to antifungals of yeasts isolated from water samples collected along the Arroio Dilúvio in Porto Alegre. Yeast isolates from the Arroio Dilúvio were subjected to susceptibility testing against antifungals through the agar disk diffusion method and the minimum inhibitory concentration test. For the molecular techniques, the genomic DNA of the isolates was extracted with further amplification of ITS1-5.8S-IT2 using primers ITS1 and ITS4. The ITS region was subjected to PCR-RFLP using the restriction enzymes HinfI, HaeIII and CfoI and the restriction profile allowed the construction of a dendrogram. Susceptibility tests showed high prevalence of resistance to azole antifungals. Sixteen isolates exhibited resistance to amphotericin B, of which 14 were subjected to sequencing of the ITS region. The sequence analysis allowed the identification of Candida species, including the potentially pathogenic species C. glabrata, C. parapsilosis and C. tropicalis, and Debaryomyces genus. The manifestation of resistance to antifungals in yeasts isolated from Arroio Dilúvio reinforces the importance of studies of environmental microbiota and indicates that environmental degradation influences the phenotype displayed.

O presente estudo teve como objetivos comparar: (i) modelos de regressão aleatória ajustados por polinômios de Legendre considerando diferentes de registros de produção no dia do controle por lactação, (ii) qualidade do ajuste dos modelos de regressão aleatória e modelos de lactação aos 305 dias para produção de leite(iii) qualidade do ajuste dos modelos de regressão aleatória e modelos de lactação aos 305 dias para produção de gordura e proteína. Foram usados dados de produção de vacas de primeira lactação coletados pelos Serviços de Controle Leiteiro e Genealógico da Associação Brasileira de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa (ABCBRH) compreendidos entre 1990 e 2011. Foram formadas quatro estruturas de dados ao restringir vacas com pelo menos 4, 6, 8 e 10 e máximo de 11 registros de produção de leite no dia do controle por lactação. Nessas estruturas foram usados modelos de regressão aleatória com polinômios de Legendre de terceira a quinta ordem. Paralelamente, uma base ou estrutura com pelo menos 6 registros de produção de leite, de gordura e proteína por lactação e uma base com registro de produção de leite, gordura e proteína em até 305 dias da lactação foram formados, sendo usados modelos de regressão aleatória de quarta e quinta ordem e modelos de lactação aos 305 dias, respectivamente.Todas as análises foram realizadas por meio da máxima verossimilhança restrita pelo programa REMLF90 nos sistemas IBM, ICE e SGI do CENAPAD-SP. Os valores de AIC, BIC, -2LogL e variância residual foram menores para os modelos de quinta ordem, porém os primeiros três ou quatro autovalores explicaram mais de 99% da variação total nos modelos com quarta e quinta ordem, conforme a estrutura de dados. Correlações de Spearman dos valores genéticos para P305 entre modelos com diferentes ordens polinomiais variaramde 0,99 a 1,00. Confiabilidades médias de valores genéticos de touros foram de 0.82, 0.80, 0.80 e 0.64 para estruturas com 4, 6, 8 e 10 registros. O ganho médio na confiabilidade dos valores genéticos para touros foi de 4% a 17% (leite), de 3% a 16% (gordura), e de 6 a 26% (proteina) maiores do que aqueles estimados pelo modelo de lactação. A diferenciação nas estruturas de dados alterou a confiabilidade dos valores genéticos de touros, conforme aumentou a restrição nos dados. Modelos de regressão aleatória são mais acurados que modelos de lactação para ajustar registros de produção de leite, gordura e proteína de animais da raça Holandesa no Brasil. / This study aimed to compare: (i) random regression models adjusted for Legendre polynomials considering different test day records by lactation, (ii) goodness of fit of random regression and lactation models for estimating breeding values for 305day milk yield, (iii) goodness of fit of random regression models and lactation models for estimating breeding values for 305day fat and protein yield.Thus data consisted of milk yield collected by the technicians of the Milk Control and Genealogy of the Brazilian Association of Holstein Breeders (ABCBRH) between 1990 and 2011.Four structures of subsets were formed by restricting cows with at least 4, 6, 8 and 10 test day milk yield records in lactation.For these structures, random regression models with Legendre polynomials of third to fifth orders were used. At same time, a base with 6 test day milk yield records for fat and protein in lactation and a base with records of total lactation yield of milk, fat and protein yields at 305 days. For these bases, random regression models of fourth and fifth order Legendre polynomials and 305 day-lactation models were used, respectively. All analyzes were performed using restricted maximum likelihood by REMLF90 program in IBM, ICE and SGI CENAPAD-SP systems. The values of AIC, BIC, -2LogL and residual variance were lower for fifth order Legendre polynomials but three or four eigenvalues explained over 99% of total variation in models of fifth and fourth orders, according to the structures of data. Spearman correlations of beeding values for Y305 between models with different polynomial orders were 0.99 and 1.00. The average reliability of breeding values of bulls was 0.82, 0.82, 0.80 and 0.64 for structures 4, 6, 8 and 10 test-days, respectively. The average gain in reliability of breeding values of bulls was between 4% and 17% (milk), 3% and 16% (fat), 6 and 26% (protein) higher than that estimated for the 305-day lactation model. The differentiation in the structures of data influenced the reliability of breeding values of bulls, according to the increasing in the restriction of test days. Random regression models are more accurate than lactation models to adjust milk, fat and protein yield records of Holstein cattle in Brazil.