Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. / Made available in DSpace on 2012-10-17T09:23:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-08T23:09:08Z : No. of bitstreams: 1 143074.pdf: 2622024 bytes, checksum: 08ef9e345ee5c31829747228a04f134a (MD5)

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T16:24:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274882.pdf: 23089749 bytes, checksum: 0959cb7ca9be8b973afd78ca21331a4a (MD5) / A análise de polimorfismo de sequência de DNA em regiões hipervariáveis do genoma foi utilizada na caracterização de acessos conservados em Banco de Germoplasma e no mapeamento de regiões genômicas que controlam tolerância à seca e ao frio em arroz. Inicialmente foram selecionados 441 marcadores microssatélites distribuídos no genoma de arroz (Oryza sativa L.) para análise em painéis de amplificação alélica simultânea. A estimativa de parâmetros genéticos de cada marcador microssatélite possibilitou a seleção de 41 marcadores para o desenvolvimento dos painéis. A análise de PCR simultâneo de grupos de marcadores amostrados entre os 41 selecionados possibilitou o desenvolvimento de oito novos painéis multiplex de microssatélites, que permitem a amplificação simultânea de alelos em diferentes locos em uma única reação de polimerase em cadeia. Os painéis desenvolvidos foram testados para estimar relações de vínculo genético entre acessos do Banco de Germoplasma de Arroz. Testes de identidade genética para a detecção de acessos duplicados na Coleção de Base de Arroz indicam um nível de duplicação acima de 64% em acessos com a mesma denominação na coleção. Os painéis mostraram-se eficientes para uso em estudos genéticos diversos, como em programas de conversão linhagens. Uma análise do percentual de conversão do genoma em programa de retrocruzamento para resistência a herbicida possibilitou a identificação de linhagens com conversão genotípica variando de 91,86 a 97,67% em RC3. As estimativas de diversidade genética entre os acessos foram ainda utilizadas para selecionar cultivares de arroz para uso em estudos de mapeamento de regiões do genoma associadas ao controle de tolerância à seca e ao frio. As cultivares Chorinho e Amaroo (subespécie japonica) foram cruzadas para a obtenção de linhagens puras recombinantes (RILs - Recombinant Inbred Lines) para mapeamento genético de QTLs de tolerância ao frio. Um mapa genético foi construído para a população RIL Chorinho x Amaroo. Os ensaios fenotípicos para tolerância ao frio foram desenvolvidos em campo e em condições controladas. Na análise de dados coletados no campo foram detectadas oito QTLs de tolerância ao frio nas avaliações de parâmetros de produtividade e quatro QTLs nas análises de viabilidade de pólen. Em condições controladas foi possível detectar quatro QTLs associados ao controle de tolerância ao frio durante a germinação. Um dos QTLs identificados em condições controladas corresponde ao intervalo em que foi detectada uma região genômica associada à característica Viabilidade de Pólen avaliada em condições de campo. As cultivares Chorinho e Puteca (subespécie japonica tropical) foram cruzadas para a obtenção de linhagens puras recombinantes para mapeamento genético de QTLs de tolerância à seca. Um mapa genético baseado nos marcadores microssatélites foi construído para a população RIL Chorinho x Puteca. Os ensaios fenotípicos para tolerância à seca foram desenvolvidos em campo em local de estiagem prolongada com o uso de irrigação controlada e estresse hídrico durante o desenvolvimento das plantas. Para este estudo foram avaliados parâmetros de desenvolvimento radicular em duas profundidades de solo. Baseado nos dados genotípicos e fenotípicos foi possível detectar cinco QTLs associados ao controle de tolerância à seca, distribuídos nos cromossomos 1, 2, 3 e 5. Vários QTLs de tolerância à seca e ao frio detectados neste trabalho encontram-se na mesma região genômica de QTLs detectados em outros experimentos, desenvolvidos em diferentes locais com a utilização de diferentes populações de arroz. A complementação dessas informações deve auxiliar a validação de QTLs associados ao controle destas características. Os dados obtidos possibilitam o emprego de painéis multiplex de microssatélites na caracterização e uso de acessos do Banco de Germoplasma, bem como o desenvolvimento e teste de estratégia de seleção assistida por marcadores para tolerância à seca e ao frio em arroz.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 581223 bytes, checksum: 48f92fffa70cb8c813c4cf6aea635f38 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This objective of this work was to evaluate the potential of 12 lines of beans in order to obtain segregating populations with potential for extracting lines with high grain yield, resistance to major pathogens that attack the culture, erect plant architecture and black grains accepted commercially. Thus, these 12 lines were placed into two groups (G1 and G2 ) to compose a partial diallel in a 5 x7 design. Group 1 was composed of black grain and erect plant architecture while the second group was composed of Carioca bean lines and resistant to the main fungal diseases that occur in beans crop. The thirtyfive F1 hybrids and 12 parents were assessed in the 2012 winter harvest. A randomized block design with three replications and three 1-metter row plot were used. Severity of angular leaf spot (in the field), the plant architecture and grain yield were all evaluated. Data were analyzed according to the partial diallel model proposed by Geraldi and Miranda Filho (1988) using parents and F1's. Regarding severity of angular leaf spot, significant effects were observed in both overall combining ability of groups 1 (OCA1) and 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) of hybrids between the groups. Three lines of Group 1 and three lines of Group 2 stood out for frequency of angular spot resistant alleles: Xamego , BRS Valente and TB 94-01 and BRS Estilo, VC 20 and CNFC 10720, respectively. Considering the architecture of plants, only CGC of Group 1 had a significant effect, especially TB 94-01, L 20 and BRS Valente. As for grain yield, significant effects of overall combining ability of group 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) were found. Lines BRS Estilo and CNFC 10720 stood out for frequency of favorable alleles. Additive effects were predominant in the genetic control of three characters. The crossings BRS Valente / BRS Estilo and BRS Valente / CNFC 10720 stand out in obtaining potential populations for extracting of promising lines for resistance to angular leaf spot, erect plant architecture and grain yield. / Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de 12 linhagens de feijão visando a obtenção de populações segregantes com potencial para a extração de linhagens que associem alta produtividade de grãos, resistência aos principais patógenos que assolam a cultura, arquitetura ereta de planta e grãos tipo preto aceitos comercialmente. Para tal, essas 12 linhagens foram dispostas em dois grupos (G1 e G2) para compor um dialelo parcial num esquema (5 x 7). O grupo 1 foi composto por linhagens de grãos preto e arquitetura ereta de planta enquanto o grupo 2 de linhagens de grãos carioca e resistentes às principais doenças fúngicas que ocorrem na cultura do feijoeiro. Os 35 híbridos F1 s e os 12 genitores foram avaliados na safra do inverno de 2012. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados com três repetições e parcelas de três linhas de um metro. Foram avaliadas a severidade de mancha-angular (no campo), a arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Os dados foram analisados de acordo com o modelo de dialelo parcial proposto por Geraldi e Miranda Filho (1988) utilizando pais e F1 s. Para a severidade de mancha-angular foram observados efeitos significativos tanto para a capacidade geral de combinação dos grupos 1 (CGC1) e 2 (CGC2) quanto para a capacidade específica de combinação (CEC) dos híbridos entre os grupos. Em relação à freqüência de alelos de resistência à mancha-angular destacaram-se três linhagens do grupo 1 (Xamego, BRS Valente e TB 94-01) e três do grupo 2 (BRS Estilo, VC 20 e CNFC 10720). Considerando a arquitetura de plantas, apenas a CGC do grupo 1 apresentou efeito significativo, com destaque para as linhagens TB 94-01, L 20 e BRS Valente. Já para produtividade de grãos, foram observados efeitos significativos da capacidade geral de combinação do grupo 2 (CGC2) e específica de combinação (CEC). Neste grupo destacaram-se as linhagens BRS Estilo e CNFC 10720 quanto à freqüência de alelos favoráveis. Houve predominância de efeitos aditivos no controle genético dos três caracteres. Os cruzamentos BRS Valente / BRS Estilo e BRS Valente / CNFC 10720 se destacam na obtenção de potenciais populações para a extração de linhagens promissoras quanto à resistência à mancha-angular, arquitetura ereta de plantas e produtividade de grãos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sequences potentially involved with the coffee resistance were identified, by in silico analyses, using information generated by the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein. / Seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como iscas para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T21:15:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329785.pdf: 2085623 bytes, checksum: a5f2b461892ed6a8257e429781bebdc3 (MD5) Previous issue date: 2014 / O palmiteiro (Euterpe edulis) e a canela preta (Ocotea catharinesis) são duas espécies estruturantes da Floresta Ombrófila Densa catarinense, ambas consideradas ameaçadas de extinção. O bioma Mata Atlântica, a exemplo de outros, teve sua área severamente reduzida e fragmentada devido ao histórico de uso e ocupação. Dessa maneira, entender quais as relações entre os processos antrópicos de redução e fragmentação de área e a diversidade genética das espécies torna-se vital, no sentido de se modelar estratégias efetivas de conservação. O objetivo deste estudo foi estabelecer relações entre características da paisagem atual e indicadores de diversidade genética histórica (adultos) e atual (regenerantes) de populações de Euterpe edulis e Ocotea catharinensis, visando fundamentar estratégias de conservação para populações das espécies da FOD em Santa Catarina. Foram genotipadas 20 populações de indivíduos adultos e nove de indivíduos regenerantes de palmiteiro, além de 17 populações de indivíduos adultos e sete de indivíduos regenerantes de canela preta. Ademais, para cada unidade amostral foram obtidas métricas de classe e de mancha, para a análise da paisagem. Posteriormente, os dados de genética e de paisagem de cada espécie e coorte, foram ordenados, por meio de análises de componentes principais (PCA) visando identificar paisagens mais favoráveis à conservação de diversidade genética. Além disso, a fim de verificar que magnitude da diversidade genética, de ambas as espécies, está contida nas UCs estudadas foram realizadas comparações entre as populações de áreas particulares e populações que estão em Unidades de Conservação (UCs). Ambas as espécies apresentaram, de maneira geral, alta diversidade genética, para ambas as coortes, bem como altos índices de fixação para a coorte adulta. No caso do palmiteiro, houve uma redução média expressiva do índice de fixação na coorte regenerante, fato não observado para a canela preta. As populações, de ambas as espécies apresentaram baixa divergência genética interpopulacional. A paisagem do entorno de cada fragmento é ocupada majoritariamente por florestas em estágio médio ou avançado, e a média de área dos fragmentos estudados foi de 2261 ha para o palmiteiro e de 2959 ha para a canela preta. As relações importantes entre os índices de diversidade genética e os indicadores de paisagem foram poucas, não sendo suficientes para apontar fragmentos ou situações "ideais" para a conservação da diversidade genética das espécies estudadas. Agregar aspectos relacionados ao histórico de uso e exploração dos fragmentos, bem como uma revisão de quais métricas a serem utilizadas nas análises se fazem necessárias, para um melhor entendimento das relações entre paisagem e genética. As UCs avaliadas capturam a maior parte da diversidade genética estimada para os adultos das duas espécies. Pelos resultados em termos de diversidade genética e pela versatilidade de uso sugere-se que as medidas de conservação para o palmiteiro devam privilegiar o uso da espécie, especialmente de seus frutos. O estímulo à conservação de fragmentos por parte de agricultores, bem como à criação de Reservas Particulares do Patrimônio Natural e a utilização da espécie em programas de restauração florestal são ações indicadas como prioritárias para a conservação da canela preta.<br> / Abstract: The palmiteiro (Euterpe edulis) and the canela preta (Ocotea catharinensis) are two structuring species of Santa Catarina's Dense Ombrophilous Forest (DOF), both species are considered endangered. The Atlantic Forest biome, like others, had its area severely reduced and fragmented due to historical use and occupation. Thus, to understand which relations between anthropic processes of reduction and fragmentation area and genetic diversity of the species becomes vital in order to model effective conservation strategies. The aim of this study was to establish relations between characteristics of the current landscape and indicators of historical (adults) and current (saplings) genetic diversity of Euterpe edulis and Ocotea catharinensis, aiming support conservation strategies for the species populations of DOF in Santa Catarina. Twenty populations of adults individuals and nine populations of saplings individuals of palmiteiro were genotyped, as well 17 populations of adults individuals and seven populations of saplings individuals of canela preta. Moreover, for each sample unit were obtained class and patch metrics, for landscape analysis. Subsequently, data from genetic and landscape of each species and cohort were ordinated through principal component analysis (PCA) to identify most favorable landscapes for conservation of genetic diversity. Furthermore, in order to verify which magnitude of genetic diversity of both species is contained in Protected Areas (PA) studied, comparisons between populations of particular areas and populations that are at PA were performed. Both species presented, in general, high levels of genetic diversity, for both cohorts, as well as high fixation indexes for the adult cohort. In the case of palmiteiro, there was a significant mean reduction in the fixation indexes in sapling cohort, which was not observed for canela preta. The populations of both species showed low interpopulation genetic divergence. The landscape around each fragment is mostly covered by forests in middle or advanced stage, and the average area of the studied fragments was 2261 ha to palmiteiro populations and 2959 ha to canela preta populations. Few were the relations between indices of genetic diversity and landscape indicators, and they are not sufficient to indicate "ideal" fragments or situations for the conservation of genetic diversity of the species studied. Aggregate aspects related to land use and exploitation of fragments, as well as a review of which metrics should be used in the analyzes are needed for a better understanding of the relations between landscape and genetics. Due the results in terms of genetic diversity and due to its versatility ofuse, it is suggested that the conservation measures for palmiteiro should encourage the use of the species, especially its fruits. Encouraging the conservation of fragments remnants by farmers, as well as the creation of Private Reserves of Natural Heritage and use of the species in forest restoration programs are listed as priority actions for the conservation of canela preta.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:25Z : No. of bitstreams: 1 000848614.pdf: 504190 bytes, checksum: 0005cac0b4ade1c82e250c93225a0aac (MD5) / Características reprodutivas em fêmeas e machos possuem grande participação econômica em sistemas produtivos de grandes ruminantes. A busca por mutações putativo-causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição de valores genômicos quando inseridas em chips de baixa densidade a um menor custo. Assim, o objetivo desse estudo foi identificar mutações em genes candidatos e anomalia cromossômica associadas à fertilidade de fêmeas e machos de bovinos de corte e bubalinos. As técnicas laboratoriais utilizadas para identificar os genótipos dos animais foram PCR-sequenciamento, qPCR e sondas Taqman. O gene JY-1 apresentou um indel interespecífico que causa alteração do quadro de leitura de aminoácidos para bovinos e bubalinos, podendo estar associado a diferenças reprodutivas entre as duas espécies. Os genes JY-1 e NCOA2 tiveram polimorfismos significativos para as características de probabilidade de prenhez precoce, dias para o parto e idade ao primeiro parto em vacas da raça Nelore. Observou-se que a anomalia do cromossomo Y está em baixíssima frequência em população de vacas Brahman e não está associada à fertilidade. Por fim, os genes LOC100138021, CENPI, TAF7L, CYLC1, TEX11, AR, UXT, PLAG1 e SPACA5 tiveram SNPs significativos para características de produção normal de espermatozoides e circunferência escrotal em bovinos Composto Tropical e Brahman. Assim, encontraram-se potenciais SNPs para a confecção de chips de baixa densidade para características de fertilidade em bovinos / Reproductive and andrological traits have an important participation in the profitability of ruminants production systems. The search for putative causative mutations in candidate genes may increase the accuracy of genomic values predictions when inserted in low density chips at a lower cost. So, the aim of this study was to identify mutations in candidate genes and a chromossomal anomaly associated to fertility in cattle and buffaloes males and females. The laboratorial techniques used to identify were PCR-sequencing, qPCR and Taqman probes. The JY-1 gene presented an interspecific indel that causes alteration on the frameshift in the aminoacids comparing cattle and buffaloes that might be associated to reproductive differences between the two species. The genes JY-1 and NCOA2 had significant polymorphisms for precocity at 16 months, days to calving and age at first calving in Nelore cows. The Y anomaly was detected in a low frequency in the Brahman cow population and it is not associated to the fertility. The genes LOC100138021, CENPI, TAF7L, CYLC1, TEX11, AR, UXT, PLAG1 and SPACA5 had SNPs associated with production of normal sperm and scrotal circumference in Tropical Composite and Brahman cattle. So, putative SNPs to customize low density chips were found to fertility traits in cattle

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:03Z : No. of bitstreams: 1 000857370_20170430.pdf: 809498 bytes, checksum: 80b75f84f1c54021e456991ff49e7ef9 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-05-05T11:53:10Z: 000857370_20170430.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-05-05T11:53:57Z : No. of bitstreams: 1 000857370.pdf: 3326185 bytes, checksum: 3f22efb9b253d3c96ffa4aefe4751ed0 (MD5) / O fungo Neurospora crassa tem sido amplamente utilizado como organismo modelo para o estudo de alguns aspectos da biologia em eucariotos. O sequenciamento de seu genoma permitiu analisar funcionalmente diversos fatores de transcrição e, portanto, atribuir função a proteínas anotadas como hipotéticas. Neste estudo, está sendo investigado o papel funcional do produto de ORF NCU01629, um fator de transcrição que pertence à família zinc-finger sem homólogos funcionais nos bancos de dados de fungos filamentosos. Análises de interação DNA-proteína in vitro foram previamente realizadas por pesquisadores colaboradores, permitindo a identificação do seu motif de ligação ao DNA, bem como os genes provavelmente regulados por este fator de transcrição. A partir destes dados, estes genes foram classificados pelo FunCat. Os resultados revelaram o envolvimento do fator de transcrição em eventos celulares relacionados ao estresse oxidativo, bem como morte celular, entre outros processos celulares. Análises do crescimento radial do fungo foram realizadas em placas de Petri contendo agentes indutores de diferentes tipos de estresse, tais como osmótico, térmico e oxidativo. A linhagem mutante mostrou crescimento semelhante à linhagem selvagem, em condições de estresse osmótico (NaCl 0,1-1,5M e sorbitol 1-1,5M), pH (4,2 e 7,8) e térmico (45ºC). Entretanto, o crescimento da linhagem mutante foi influenciado quando a linhagem foi exposta a diferentes agentes indutores de EROs, como o paraquat (10 μM), menadiona (50 μM), H2O2 (2 mM) e farnesol (10 μM). A linhagem mutante mostrou crescimento radial reduzido, quando comparado à linhagem selvagem no tratamento com diferentes concentrações de paraquat e farnesol e aumento da resistência quando expostos a H2O2 e menadiona. A expressão de genes relacionados a EROs (cat-1, cat-2, cat-3, gst-1, gst-2, sod e nox) e genes apoptóticos... / The fungus Neurospora crassa has been widely used as a model organism for the study of some aspects of biology in eukaryotes. The sequencing of its genome has enabled functionally analyze various transcription factors and therefore, assign function to hypothetical proteins. In this study, we investigated the functional role of the ORF NCU01629 product, a transcription factor that belongs to the zinc-finger protein family without functional homologues in fungi database. In vitro analysis of DNA-protein interaction, allowed the identification of its DNA binding motif and, as a consequence, the most likely genes regulated by this transcription factor. The genes were classified by FunCat. The results revealed the involvement of the transcription factor in multiple cellular processes including the response to oxidative stress and cell death. Analyses of radial growth were performed in Petri dishes containing agents that induce different types of stress such as osmotic, thermal and oxidative. The knockout strain showed similar growth to the wild type strain when exposed to osmotic (NaCl 0,1-1,5M and sorbitol 1-1,5M), pH (4.2 and 7.8) and heat (45°C) stresses. However, growth of the knockout strain was influenced when the strain was exposed to different ROS inducing agents, such as paraquat (10 μM), menadione (50 μM), H2O2 (2mM) and farnesol (10 μM). The knockout strain showed reduced radial growth, compared to the wild-type strain, when exposed to different concentrations of paraquat and farnesol and increased resistance to H2O2 and menadione. The expression of genes related to ROS (cat-1, cat-2, cat-3, gst-1, gst-2, sod, and nox) and apoptotic genes (bax, metascaspases, and p53) were analyzed by RT-qPCR. The results showed that the transcription factor is involved in the regulation of the oxidative stress response, controlling the expression of all genes. The gene encoding glutathione-S-transferase...

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:21:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:25:26Z : No. of bitstreams: 1 000858045.pdf: 980954 bytes, checksum: 6bcdb403af4689c3a8fd68979044e591 (MD5) / Huanglongbing (HLB) doença dos citros emergiu como a principal ameaça à produção de citros no mundo, associado com a bactéria (Candidatus Liberibacter asiaticus - Las) limitada ao floema e ao vetor (Diaphorina citri). No Brasil, o HLB foi relatado pela primeira vez em 2004 e rapidamente se espalhou para todas as regiões geográficas do Estado de São Paulo (SPS), Paraná (PR) e Minas Gerais (MG). No entanto, informações sobre a diversidade genética desta bactéria são pouco conhecidas. Aqui nós testamos a hipótese H0: ambas as regiões geográficas diferentes e espécies de citros não moldam a diversidade genética de populações de Las do Brasil. Para comprovar a hipótese, DNA de 199 amostras de plantas cítricas com sintomas de HLB foram amplificados com 9 conjuntos de iniciadores microssatélites, sendo os iniciadores diretos marcados com corantes fluorescentes. Níveis moderadamente baixos de diversidade genética (HNei = 0,11 - 0,26) foram observados em todas as populações desta bactéria. Com uso da estatística F de Wright (FST), nenhuma diferença estatística foi observada entre populações de Las de todas as sete subdivisões das regiões geográficas do SPS e de MG (FST <0,095). Mas, valores significativos de diferenciação entre populações (FST = 0,118 - 0,191) foram obtidos para populações de Las do PR comparado com as do SPS e MG. Também, valores ainda mais altos e significativos (FST = 0,275 - 0,445) foram observados comparando populações de Las em laranjeiras doce do SPS, MG e PR com as populações de diferentes espécies de citros cultivados na região Sudeste do SPS. Por meio de métodos de agrupamento realizados por estatística Bayesiana e de coordenada principal pode-se agrupar todos os isolados estudados em três populações geneticamente distintas: 1. Um grupo contempla todas as estirpes das regiões do SPS mais MG, 2. Um segundo contendo somente as estirpes de Las do PR, 3. E... / Citrus huanglongbing (HLB) disease emerged as a primary threat for citrus production worldwide, associated with the phloem and vectored (Diaphorina citri) limited - bacterium Candidatus Liberibacter asiaticus (Las). In Brazil, HLB was first reported in 2004 and quickly spread for all geographic regions of the States of Sao Paulo (SP), Parana (PR) and Minas Gerais (MG). However, information about genetic diversity of this bacterium is poorly known. Here we tested the hypothesis H0: different geographic regions and citrus species have no influence on genetic diversity of Las populations in Brazil. To test this hypothesis, total DNA from 199 samples from citrus plants with symptoms of HLB was amplified by 9 sets of forwardfluorescent microsatellites primers. Moderately low levels of genetic diversity (HNei = 0,11 to 0,26) were observed through all populations. By Wright's F-statistics (FST), no statistic difference was observed among Las populations from all the seven previously subdivided geographic regions of SP and MG (FST <0,095). But significant FST values (0,118 to 0,191) were obtained for Las population from PR compared to SP and MG. On the other hand, highest and significant values for FST index (0,275 to 0,445) were observed comparing Las populations from sweet orange trees from SP, MG, and PR and the populations from different citrus species grown at the Southeast region of SP. By Bayesian statistics and principal coordinate analysis all isolates studied were clustered in three genetically different populations: 1. a group that includes all strains from SP regions and MG, 2. A second composed only by Las strains from PR, and 3. a third where strains from different citrus species were grouped. In conclusion, after 10 years of the HLB first report in Brazil, that genetically homogeneous populations of Las infecting sweet orange are present at different geographic regions sampled, with the exception of the populations ...

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-16. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:35Z : No. of bitstreams: 1 000859565.pdf: 639537 bytes, checksum: be147681ae47d8d1519e49b038611937 (MD5) / O melão é uma cucurbitácea de grande importância econômica e apresenta alto polimorfismo em relação às diversas características morfológicas. Visando estimar a divergência genética entre 38 acessos de meloeiro este trabalho teve por objetivo caracterizar morfologicamente os mesmos. O estudo foi desenvolvido na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (UNESP-FCAV), Câmpus de Jaboticabal-SP. De setembro de 2014 a janeiro de 2015, foi conduzido um experimento no delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições, com total de 608 plantas avaliadas. As sementes utilizadas foram cedidas pelas instituições: Embrapa Clima Temperado, Embrapa Hortaliças, Universidade Federal Rural do Semiárido e Departamento de Agricultura dos Estados Unidos. Durante o crescimento e desenvolvimento das plantas foi realizada a caracterização morfológica dispondo de 35 descritores utilizados pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento e três propostos neste trabalho. Os dados obtidos foram avaliados através da dissimilaridade genética, a partir da distância Euclidiana para dados multicategóricos. A respeito da contribuição relativa de cada caráter, de acordo com a estatística de Singh (S.j), cinco descritores se destacaram com maior percentual de divergência, sendo eles: Expressão do sexo; Fruto jovem: conspicuidade dos sulcos coloridos; Posição do diâmetro máximo do fruto; Largura da semente e Intensidade da cor de semente. Pelo método de otimização de Tocher, verificou-se variabilidade entre os acessos ao se dividirem em 10 grupos. Dentre os grupos, destacaram-se o grupo um por bons valores para formato do fruto, o grupo quatro para massa (kg), o grupo seis para teor de sólidos solúveis (ºBrix), o grupo oito para firmeza de polpa e o grupo nove para tamanho de cavidade interna. Os pares mais divergentes foram 5 e 20; 6 e 22; 20 e 37; 22 e 37; 26 e 35 / The melon is a cucurbit of great economic importance and has high polymorphism in the different characteristics, among which, leaves, flowers and fruits. In order to estimate the genetic divergence among 38 melon access, this study aimed to characterize them morphologically. The study was conducted at the College of Agricultural and Veterinary Sciences (UNESP- FCAV), Campus of Jaboticabal-SP. From September 2014 to January 2015, an experiment was conducted in a randomized block design with four replications, with a total of 608 plants evaluated. The seeds used were provided by the institutions: Embrapa Temperate Climate, Embrapa Vegetables, Rural Federal University of Semi-arid and United States Department of Agriculture. During the growth and development of plants was carried out morphological characterization featuring 35 descriptors used by the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply, and three proposed in this paper. Data were assessed by genetic dissimilarity from the Euclidean distance to multicategoric data. With respect to the relative contribution of each character, according to statistics Singh (S.j), five descriptors have stood out with the highest percentage of divergence, as follows: Sex expression; Young fruit: conspicuity of colored grooves; Position of the maximum diameter of the fruit; Seed width and seed color intensity. And by Tocher optimization method, verifying variability among the accessions to the divide into 10 groups. Among the groups, the highlights were the group one by good values for Fruit shape, the four group for Mass (kg), the six group for Soluble Solids (°Brix), the eight group for Firmness and nine group to Internal cavity size. The most divergent pairs were 5 and 20; 6 and 22; 20 and 37; 22 and 37; 26 and 35

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:37Z : No. of bitstreams: 1 000860088_20171103.pdf: 373238 bytes, checksum: abe856f27b7e226d8217aae653fef307 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-11-06T13:12:12Z: 000860088_20171103.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-11-06T13:12:59Z : No. of bitstreams: 1 000860088.pdf: 1283833 bytes, checksum: aea7bb25f642eeebea4621740e3c4535 (MD5) / A crescente demanda por produção alimentar sustentável tem motivado uma re-estruturação no setor de produção de carne objetivando a obter produtos de melhor qualidade sem aumentar os custos de produção. Alimentação animal é o componente econômico mais importante dos sistemas de produção de carne bovina. Devido ao tradicional processo de refrigeração após o abate, se faz necessário uma adequada cobertura de gordura na carcaça para garantir a sua preservação e qualidade desejável para consumo. A seleção para eficiência alimentar não tem sido eficaz, principalmente devido aos custos elevados e dificuldade para obter os fenótipos. A aplicação da seleção genômica utilizando polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) pode diminuir o custo de avaliação animal, bem como o intervalo de geração. No entanto, ainda não há consenso entre os pesquisadores sobre a melhor metodologia para a obtenção predição genômica para cada característica. O objetivo deste estudo foi comparar métodos de avaliação genômica usando o painel de marcadores do tipo SNP de alta densidade (BovineHD BeadChip - Illumina) para eficiência alimentar e identificar regiões genômicas associadas à características de carcaça em uma pequena população de bovinos de corte. Após o controle de qualidade, um total de 437197 genótipos ficou disponível para 761 animais da raça Nelore do Instituto de Zootecnia, Sertãozinho, SP, Brasil. O conjunto de dados continha 896 informações fenotípicas para as características de eficiência, como a consumo residual de alimentar (CAR), taxa de conversão alimentar (TCA), ganho em peso médio diário (GMD), e consumo de matéria seca (CMS), 2.306 informações de ultrassom para a área de olho de lombo (AOL ), 1832 para a espessura de gordura na região lombar (EGL), e 1830 para a espessura de gordura na região da garupa (EGG). Os métodos analisados foram: BLUP tradicional, single step... / The growing global demand for safe and sustainable food production has motived a restructuring in the beef production sector aiming the production of better quality products without increasing the productive cost. Animal feeding is the most important economic component of beef production systems. Due the conventional processing of cattle carcasses refrigeration after slaughter, an adequate quality carcass must have enough fat covering to guarantee its preservation and desirable quality for consume. Selection for feed efficiency has not been effective mainly due to difficult and high costs to obtain the phenotypes. The application of genomic selection using single nucleotide polymorphisms (SNPs) can decrease the cost of animal evaluation as well as the generation interval. However, there is no consensus among researches about the best methodology to obtain genomic prediction for each trait. The objective of this study was to compare methods of genomic evaluation using high-density SNP panel (BovineHD BeadChip - Illumina) for feed efficiency traits and to identify genomic regions associated to carcass traits in a small beef cattle population. After quality control, a total of 437,197 SNP genotypes were available for 761 Nelore animals from Institute of Animal Science, Sertãozinho, SP, Brazil. The data set contained 896 records for efficiency traits, such as residual feed intake (RFI), feed conversion ratio (FCR), average daily gain (ADG), and dry matter intake (DMI), 2,306 ultrasound records for longissimus muscle area (LMA), 1,832 for backfat thickness (BF), and 1,830 for rump fat thickness (RF). Methods of analysis were traditional BLUP, single step genomic BLUP (ssGBLUP), genomic BLUP (GBLUP), a Bayesian regression method (BayesCπ) and single-step genome-wide association (ssGWAS). Average accuracies ranged from 0.10 to 0.58 using BLUP, from 0.09 to 0.48 using GBLUP, from 0.06 to 0.49 using BayesCπ and from 0.22 to 0.49 using ...