Les bactéries peuvent exploiter quasiment toutes les niches écologiques, dont les organismes multicellulaires. Les relations hôte-bactéries se classent sur une grande gamme d’interactions allant du mutualisme au parasitisme. Dans ce contexte, l’objectif théorique de mon doctorat est d’étudier les relations complexes existant entre un poisson, l’Omble de fontaine, et le cortège microbien qui l’accompagne. Cette espèce est la cible d’infections opportunistes par des bactéries pathogènes du genre Flavobacterium. L’objectif appliqué visait à développer une approche alternative aux antibiotiques pour prévenir et traiter les infections opportunistes. Le premier résultat du projet a mis en lumière qu’un stress hypoxique entraînait une diminution des bactéries à potentiel bénéfique provoquant une dysbiose, favorisant à son tour l’infection par les pathogènes. Nous avons donc ensuite isolé des bactéries issues du microbiome pour tester leurs effets antagonistes vis-à-vis des pathogènes F. columnare et F. psychophilum. Nous avons pu ainsi découvrir sept candidats potentiels in vitro et tester un candidat qui s’est montré efficace par compétition par interférence dans le traitement de la maladie de l’eau froide in vivo. Le dernier objectif de cette thèse consistait à tester la présence de régions géniques chez l’hôte permettant le recrutement des bactéries bénéfiques dans le microbiome. Nous avons donc analysé le microbiome cutané de 86 individus d’une famille d’hybrides de deuxième génération. Nous avons observé une forte variabilité interindividuelle et déterminé trois régions géniques impliquées dans la modulation de trois taxons bactériens dont Methylobacterium, qui est primordial dans le maintien de l’homéostasie du microbiome. Tous nos résultats appuient le rôle du microbionte cutané dans la protection contre les infections opportunistes. / Bacteria can colonize every ecological niche including multicellular organisms, due to their fast growth and their biochemical abilities, . Host-bacteria relationships are complex and range from parasitism to mutualism. Under this framework, my theoretical objective is to study the relationship complexity between brook charr and its microbial partners. This fish species is targeted by opportunistic infections from bacterial pathogens belonging to the Flavobacterium genus. My applied objective focuse on the development of alternative strategies to prevent and treat these infections without antibiotics. The first result of this project highlight that hypoxic stress induce a diminution of the potentially beneficial bacteria leading to a dysbiosis, which in turn triggers opportunistic infections. Then, we isolated bacteria from the microbiome to test their antagonistic effects on two pathogens Flavobacterium columnare and F. psychrophilum. We identify seven potential candidates in vitro, one tested in vivo and being effective to prevent cold-water disease via interference competition. The last objective is to test the existence of host genetic regions associated with the recruitment capacity of beneficial genera in the microbiome. To this end, we analyze the skin microbiome of 86 progenies issued from a dihybrid cross. A strong inter-individual variability is observed and we identify three genetic regions involved in the recruitment of three bacterial genera including Methylobacterium, which is very important to maintain microbiome homeostasis. Overall, the results demonstrate the role of skin microbiota in brook charr resistance against opportunistic infections.

Le principal objectif de cette étude était de comparer le niveau de plasticité phénotypique exprimé par une population d'omble de fontaine composée d'individus ayant une stratégie de vie alternative (phénotypique migrant et résidant) et une population exprimant une stratégie de vie simple (phénotypique résidant). Une expérience en laboratoire nous a permis de comparer le phénotype de ces deux populations lorsque exposées à des courants rapides ou lents. La première expérience permet de conclure que les alevins issus de la population avec une stratégie simple gardent la même morphologie plus hydrodynamique pendant tout leur développement, ce qui n'indique aucune évidence de plasticité phénotypique face au courant chez cette population. Par contre, la morphologie des alevins ayant une stratégie alternative a changé pendant l'expérimentation. Le développement de normes de réaction significativement différentes au niveau morphologique entre ces deux populations implique une différence génétique entre ces deux populations. L'isolement génétique entre les poissons exprimant une stratégie de vie simple et ceux exprimant une stratégie de vie alternative est suggéré par le fait que les croisements entre les deux populations ont produit des alevins incapables de survive dans les canaux expérimentaux. Dans ce cas, une barrière physique prévient la montaison et nous suggérons qu'une sélection «de bord d'abîme» sur le comportement migratoire pourrait promouvoir l'expression de la résidence dans cette communauté. Les résultats de la deuxième expérience démontrent que les traits phénotypiques identifiés grâce à la première expérience n'ont pas changé significativement suivant leur exposition au courant à l'âge de six mois. Nous concluons en disant qu'il semble y avoir un effet ontogénique (interaction population-environnement pour la première expérience et pas d'interaction population-environnement pour la deuxième). Les différences morphologiques semblent devenir résistantes aux modifications de l'environnement après l'âge de 6 mois et les normes de réaction suivant l'émergence semblent apparaître de façon transitoire. Par contre, l'utilisation de courant plus rapide lors de la deuxième expérimentation a peut-être impliqué une réponse plastique face au courant de la part des deux populations.

L’Omble de fontaine est l’espèce la plus pêchée de façon récréative au Québec. Afin de supporter cette activité économique, des programmes intensifs d’ensemencement ont été mis en place et visent à maintenir la productivité des stocks. Cependant, de plus en plus d’études démontrent les effets négatifs des ensemencements sur la génétique des populations sauvages. Il est donc primordial de mieux comprendre la dynamique d’hybridation introgressive entre les populations sauvages et domestiques et ce à l’aide de plusieurs milliers de marqueurs génétiques. L’état génétique des populations suite à l’arrêt des ensemencements et les facteurs modulant les niveaux d’hybridation introgressive doivent également être mieux définis. Pour ces raisons, cette étude vise à tester et proposer un modèle capable d’expliquer et de prédire la variation observée dans les niveaux d’hybridation introgressive dans les populations sauvages d’omble de fontaine en utilisant des variables d’intensité d’ensemencement et des paramètres environnementaux. Ainsi, nous avons récolté des échantillons d’ADN (n = 862, moyenne = 30 poissons par lac) provenant de 29 lacs ayant subi différentes intensités d’ensemencement en plus de recueillir des données environnementales. En moyenne, 4 750 SNPs ont été obtenus pour chacun des lacs à l’aide du Génotypage-Par-Séquençage et ont été utilisés afin de déterminer l’appartenance moyenne à la population domestique. Un processus exhaustif de sélection de modèles a ensuite été réalisé pour obtenir un meilleur modèle permettant d’expliquer 56% de la variance observée entre les valeurs d’appartenance moyenne à la population domestique. Les prédictions basées sur notre meilleur modèle ont révélé que chaque population échantillonnée pouvait, potentiellement, retourner à un état génétique d’origine après l’arrêt des ensemencements. En somme, notre étude suggère que les impacts des ensemencements pourraient être réversibles avec le temps et propose un modèle aux gestionnaires de la faune permettant de prédire les niveaux d’hybridation entre populations sauvages et domestiques. / In fisheries management, intensive stocking programs are commonly used to enhance population abundance and maintain stock productivity. However, such practices are increasingly raising concerns since multiple studies exposed adverse stocking impacts on wild population genetic. Improvement of stocking management relies on a better understanding of the dynamic of introgressive hybridization between wild and domestic populations and on assessment of the genetic state of wild populations after stocking cessation. In Québec, Canada, five million captive reared Brook Charr (Salvelinus fontinalis) are stocked every year to support recreational fishing activities. Here, we investigated the impact of stocking history and environmental conditions on the genetic integrity of Brook charr wild populations. We collected DNA samples (n = 862, average of 30 individuals per lake) from 29 lakes that underwent different stocking intensities through time and also collected environmental parameters for each sampled lake. An average of 4,750 high quality filtered SNPs was obtained for each lake using Genotyping-By-Sequencing which were then used to quantify the mean domestic membership of each sampled population. An exhaustive process of model selection was conducted to obtain a best-fitted model that explained 56% of the variance observed in mean domestic genetic membership. The number of years since the mean year of stocking was the best explanatory variable to predict variation in mean domestic genetic membership. Our model predictions also revealed that each sampled wild population could potentially return to a wild genetic state (absence of domestic genetic background) after stocking cessation. Overall, our study provides new insights on factors determining introgressive hybridization level and suggests that stocking impacts could be reversible with time.

L’environnement maternel peut influencer le développement. Chez les poissons, ce phénomène serait modulé via le dépôt dans les œufs de facteurs maternels, tel le cortisol, une hormone de réponse au stress. L’augmentation de cortisol dans le plasma maternel et dans les œufs a été associée avec des altérations comportementales chez les jeunes. Pour séparer les effets du cortisol de ceux des autres facteurs dans cette reprogrammation comportementale due au stress maternel, nous avons pharmacologiquement et physiquement manipulé des femelles omble de fontaine, Salvelinus fontinalis, pendant l’oogénèse. Nous les avons soit laissées non dérangées (témoins), (1) nourries de cortisol additionné à leur nourriture ou (2) manipulées hebdomadairement. Nous avons aussi (3) exposé des œufs des femelles témoins à du cortisol avant la fécondation. Nous avons mesuré les capacités cognitives et l’audace chez les juvéniles. Nous n’avons détecté aucun effet des traitements sur leur comportement. / The maternal environment can influence development. In fish, this phenomenon could be modulated by egg deposition of maternal factors, like cortisol, a stress-response hormone. Increased maternal plasma and egg cortisol levels have been associated with behavioral alterations in offsrping. To discriminate between the effects of cortisol and those from other factors in the behavioral reprogramming due to maternal stress, we have pharmacologically and physically manipulated female brook trout, Salvelinus fontinalis, during oogenesis. We either left them undisturbed (controls), (1) fed them cortisol through their food or (2) handled them once a week. We also (3) exposed eggs from the control females to cortisol before fertilization. We measured the juveniles’ cognitive abilities and boldness. We found no effects of treatments on behavior.

Au seuil de ses Fables, La Fontaine affirme qu’il « chante les héros dont Ésope est le Père ». Souvent prise pour argent comptant, cette généalogie affichée a conduit la critique à envisager la composition des Fables dans le cadre d’un face-à-face schématique entre le « Père » supposé du genre et son Fils incarné dans la France du Grand Siècle. Cette thèse se propose de reprendre sur nouveaux frais la question des sources de l’inspiration « ésopique » de La Fontaine : « chante[r] les héros dont Ésope est le père », qu’est-ce à dire exactement ? À quelle figure auctoriale et à quels ouvrages le nom d’Ésope pouvait-il être associé dans l’esprit d’un poète du XVIIe siècle ? Au travers de quels filtres la « matière ésopique » était-elle passée avant que La Fontaine ne se l’approprie ? Après un examen approfondi de l’origine et de la nature du corpus des fables dites d’Ésope et de la biographie fictive du fabuliste grec (Vie d’Ésope), l’enquête se porte sur la réception et la transmission de ces textes aux XVe, XVIe et XVIIe siècles. Elle révèle que la filiation apparemment directe, évidente et sans médiation entre l’inventeur légendaire de l’apologue et son héritier majeur demande une révision de nos préjugés critiques, à la lumière de l’archéologie d’un modèle, d’un genre et d’une tradition qui s’avèrent d’une complexité et d’une diversité que La Fontaine lui-même ne soupçonnait peut-être pas, mais qui promet à l’analyste moderne la révélation d’un mode d’invention et de réception du genre fable beaucoup plus ouvert, fluide, voire confus, que ne le laisserait supposer l’annotation des éditions du fabuliste français. / At the beginning of his Fables, La Fontaine claims that he « sings the heroes whose father is Æsop ». Because it was often accepted at face value, this self-styled genealogy led the critics to consider the composition of the Fables as a « tête-à-tête » between the so-called « father » of the genre and his spiritual son. In this dissertation, I try to renew the study of the Æsopic sources of La Fontaine. What does « singing the heroes whose father is Æsop » really mean ? Which books could be related to the name of Æsop in the mind of a 17th-century French poet ? After a carefull examination of the origin and nature of the so-called Æsop’s fables as well as the fictionnal biography of the Greek fabulist, the present investigation analyses the reception and the transmission of both Æsop’s life and fables in Early Modernity (15th, 16th and 17th centuries). In the light of this archeological research, the belief in an obvious and direct relationship without any mediation between the legendary inventor of the fable and his most gifted heir turns out to be completely deceptive. The Æsopic tradition proves to be far more various and complex than one might think after reading the comments and footnotes of the critical editions of La Fontaine’s Fables choisies mises en vers.

À la même époque, les Contes et Nouvelles en vers de La Fontaine suscitent des réactions antagonistes, allant du rejet à l’émulation – ce qui constitue une singularité dans l’œuvre du poète. La Fontaine ne cache pas qu’il prend des libertés par rapport à la morale et aux exigences de l’écriture poétique ; mais ses licences relèvent moins d’une transgression que d’une dérogation consentie par les lecteurs mondains.Tout d’abord, il s’agit de déterminer la place de la licence dans le jeu normatif de l’esthétique classique. Comprise comme un écart toléré, la licence ne se limite pas à la poésie : elle s’applique potentiellement à toute norme de l’esthétique classique, selon les critères retenus pour juger l’œuvre. Notre étude analyse la part qu’occupe la licence dans la disposition d’esprit des lecteurs mondains des Contes.En examinant également d’autres conteurs contemporains de La Fontaine qui le considèrent comme un modèle, cette étude montre comment le texte construit sa légitimité en détournant des formes d’écriture ou de pensée qui sont habituelles dans le champ de la mondanité afin de mieux s’y insérer. La Fontaine cherche en effet à instaurer une connivence avec le lecteur. Celle-ci passe par l’appropriation de genres appréciés par la mondanité, par des jeux subtils sur la langue et la versification, et surtout par une scénographie faisant du lecteur un complice de l’entreprise immorale. Le conteur détourne également l’une des composantes essentielles du mode de vie de son lectorat : le loisir. Il livre une version érotique de l’otium dont l’analyse nous permettra de découvrir quel est l’apport des Contes dans l’anthropologie de La Fontaine. / At the same time, La Fontaine’s Contes provoke antagonistic reactions, from rejection to emulation - which is a singularity in the poet’s work. La Fontaine doesn’t hide that he takes liberties with moral standards and versification’s rules, but his licences don’t fall within the transgression : they are derogations granted by aristocratic readers.Firstly, we determine the place of the licence in the normative set of classical esthetic. As a tolerated deviation, the licence isn’t limited to poetry : it potentially applies to any norm of classical esthetic, according to the criteria used to judge the text. Our study analyzes the part occupied by the licence in the state of mind of aristocratic readers of Contes.Also examining other tale’s writers contemporaries of La Fontaine who consider him a model, this study shows how the text built its legitimacy by diverting forms of writing or thinking that are usual to the aristocratic public. La Fontaine seeks to establish connivance with the reader. He appropriates genres appreciated by the aristocratic public and invents a scenography making the reader an accomplice of immoral text. La Fontaine diverts also the lifestyle of its readers : leisure. He gives an erotic version of otium. Within this analysis, we will discover what is the contribution of Contes in La Fontaine’s anthropology.

Cette étude littéraire examine la transgression sexuelle par l’adultère, dans l’ouvrage Des contes et nouvelles en vers écrit par La Fontaine entre 1665 et 1671, publié par Claude Barbin jusqu’en 1671. Ces contes érotiques décrivent à travers le caractère satirique de l’auteur, les relations extra-conjugales des deux sexes dans un ton grivois et moralisateur. La Fontaine s’est minutieusement inspiré des parties de la littérature du Décameron de Boccace et de l’Arioste en réécrivant ces contes. Après la dernière publication Des contes et nouvelles en vers l’oeuvre est saisie puis interdite en 1675 par La Reynie considérée comme trop provocatrice. L’oeuvre de La Fontaine s’oppose par son contenu aux convenances de l’époque. En cela le texte de l’auteur pourrait être considéré comme libertin. Les personnages représentent différents corps sociaux et font l’objet de railleries et de caricatures. Ici l’étude décrit par exemple comment les textes présentent des sujets scandaleux de manière cachée. L’opposition entre le rôle, le statut, la condition sociale et le souhait du désir de chaque personnage des contes se présentent dans les personnages aussi bien masculins que féminins. Notre analyse explore la représentation des personnages féminins et leurs relations à l’adultère à travers les regards des personnages masculins et celui de l’auteur. L’étude prend appuie sur des recherches historiques et prend en compte le système hiérarchique des personnages et la condition sociale de la femme dans le rôle d’épouse. Le style satirique de La Fontaine se caractérise par la volonté de critiquer les moeurs sociales d’une période spécifique de l’histoire, celle du XVIIe siècle. L’analyse étudie deux aspects celle de la transgression sexuelle de la femme et celui du regard d’objectification porté sur elle. L’étude examine si cette transgression peut être mise en corrélation avec un débat sociétal sur la définition du mariage de l’époque. / This literary study examines sexual transgression through adultery, in the work Des contes et nouvelles en vers written by La Fontaine between 1665 and 1671, published by Claude Barbin until 1671. These erotic tales describe through the satirical character of the author, the extra-marital relations of both sexes in a grizzly and moralizing tone. La Fontaine was meticulously inspired by the parts of the literature of Boccaccio's Decameron and Ariosta in rewriting these tales. After the last publication Of Tales and News in Verse the work is seized and then banned in 1675 by La Reynie considered too provocative. The work of La Fontaine is opposed by its content to the conveniences of the time. In this the author's text could be considered libertine. The characters represent different social bodies and are the subject of taunts and caricatures. Here the study describes, for example, how the texts present scandalous subjects in a hidden way. The opposition between the role, the status, the social condition and the desire of the desire of each character of the tales are presented in the characters both male and female. Our analysis explores the representation of female characters and their relationship to adultery through the eyes of male characters and that of the author. The study is based on historical research and takes into account the hierarchical system of the characters and the social status of the woman in the role of wife. The satirical style of La Fontaine is characterized by the desire to criticize the social mores of a specific period of history, that of the seventeenth century. The analysis studies two aspects: that of the sexual transgression of the woman and that of the objectification look on her. The study examines whether this transgression can be correlated with a societal debate over the definition of marriage at the time.

Diese Dissertation untersucht Galois-Erweiterungen von Zahlkörpern und die Unverzweigte Fontaine-Mazur-Vermutung für p-adische Galois-Darstellungen und deren Verallgemeinerungen. Wir beweisen viele grundlegende Fälle der Vermutung und liefern einige nützliche Kriterien zur Überprüfung. Darüber hinaus schlagen wir mehrere verschiedene Strategien vor, um die Vermutung anzugreifen und auf einige spezielle Fälle zu reduzieren. Wir beweisen auch viele neue Ergebnisse der Vermutung im zweidimensionalen Fall. Als Anwendung beweisen wir die Endlichkeit der unverzweigten Galois-Deformationsringe unter der Annahme eines speziellen Falles der Vermutung und geben einige Gegenbeispiele zur sogenannten Dimension-Vermutung für Galois-Deformationsringe unter der Annahme der Vermutung. / This thesis studies Galois extensions of number fields, and the Unramified Fontaine-Mazur Conjecture for p-adic Galois representations and its generalizations. We prove many basic cases of the conjecture, and provide some useful criterions for verifying it. In addition, we propose several different strategies to attack the conjecture and reduce it to some special cases. We also prove many new results of the conjecture in the two-dimensional case. As an application, we prove the finiteness of unramified Galois deformation rings assuming a special case of the conjecture, and we give some counterexamples to the so-called dimension conjecture for Galois deformation rings assuming the conjecture.

Dans cette thèse, nous utilisons le degré et la topologie $\tau$ introduits en 1996 par Kryszewski et Szulkin pour généraliser, au cas des fonctionnelles fortement indéfinies, les théorèmes de la fontaine de T. Bartsch (1993), de T. Bartsch et M. Willem (1995) et de W. Zou (2001). Aucune méthode de réduction n'est utilisée. Nous appliquons les nouveaux théorèmes pour prouver l'existence d'une infinité de solutions pour quelques systèmes différentiels.

L’étude de la représentation des lieux, du territoire, notamment dans les romans, occupe une place de plus en plus marquée au sein de la recherche universitaire, l’espace menant à une compréhension accrue de l’univers diégétique. La littérature des Premières Nations du Québec étant cependant peu analysée de ce point de vue, le présent mémoire vise à montrer la pertinence d’une étude de la représentation des lieux et du territoire dans les romans autochtones Ourse bleue de l’auteure crie Virginia Pésémapéo Bordeleau ainsi que Kuessipan de l’auteure innue Naomi Fontaine. Pour ce faire, le mémoire se sépare en trois parties. La première, dédiée aux diverses théories retenues, pose les assises de l’analyse textuelle à venir. Les notions de topos et de chôra d’Augustin Berque, de hauts-lieux de Mario Bédard, de figures spatiales de Christiane Lahaie et de Fernando Lambert, lesquelles servent à mieux cerner la nature du lieu, y sont détaillées. La seconde se penche sur l’œuvre de Pésémapéo Bordeleau en s’attardant successivement aux figures de la route, des communautés autochtones, des cours d’eau et de la forêt, du territoire cri. Ce chapitre met en lumière une prégnance d’éléments topographiques, de même qu’une quête identitaire de la protagoniste fortement ancrée dans le territoire de ses ancêtres. La dernière se consacre à l’analyse de l’œuvre de Fontaine et s’applique à décrire le même type de figures. Une chorésie se dessine, les personnages innus ayant été transformés au contact de l’harmonie sylvestre, laissant entrevoir le caractère essentiel de la forêt et des pratiques ancestrales qui y sont associées. Cette étude de la représentation des lieux diégétiques dans deux romans autochtones permet de cerner l’importance majeure qu’occupe le territoire au sein des récits, des pérégrinations des divers personnages, cris ou innus. De fait, cette figure spatiale éveille les sens par sa beauté prenante, convie à l’introspection, à la réflexion, fait ressurgir la culture et les traditions ancestrales. Plus important encore : elle conduit les divers personnages à se questionner quant à leur identité et favorise l’accomplissement de soi.