Pour appréhender l'histoire du peuplement autochtone de Guyane française, six populations indiennes (Palikur, Emerillon, Kaliña, Wayampi, Apalaí et Matsiguenga) ont été examinées pour les marqueurs de l'ADN mitochondrial et du chromosome Y, et trois testées pour sept loci autosomaux. Après extraction de l'ADN des sérums ou hématies prélevés sur le terrain, les fragments ont été amplifiés par PCR, analysés par digestion enzymatique et séquençage automatique à la recherche des composantes biologiques amérindiennes principales. Notre travail démontre que chez les populations amérindiennes, la dérive génétique n'explique pas toute la variabilité génétique. Notamment, l'interprétation associant anthropobiologie, ethnologie, linguistique et histoire a révélé son utilité. Enfin, ce travail a montré l'implication directe des groupes non amérindiens dans la dynamique de mise en place des populations indiennes de Guyane française.

A produção citrícola se encontra dispersa por todos os continentes e no Brasil, os citros são a produção frutícola de maior volume de produção. A produção de citros de mesa, como as tangerinas, possibilita ao produtor obter maior valor pelo seu produto. O mercado consumidor é ávido por novas variedades e para tanto, um programa de melhoramento deve estar sempre em busca de genótipos que atendam ao mercado consumidor, bem como a cadeia produtiva. Na Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, está localizada uma população de tangerineiras híbridas oriundas do cruzamento da tangerineira ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.) a qual foi caracterizada neste estudo, avaliando-se características morfológicas de acordo com os descritores propostos pelo International Board for Plant Genetic Resources, além da identificação da época de maturação, viabilidade de pólen, número cromossômico e caracterização molecular, utilizando marcadores do tipo microssatélites. Através da análise morfológica foi possível distinguir todas as 96 plantas avaliadas, porém não foi possível agrupar a F1 em grupos distintos de cada um dos genitores. A época de maturação de frutos das plantas se concentra entre a primeira quinzena de abril até a primeira quinzena de agosto. Todas as plantas analisadas apresentaram um alto grau de viabilidade de pólen, variando entre 79,04 e 98,08 %. Todas as plantas avaliadas são diplóides com um número cromossômico de 2n=18. Utilizando 12 pares de primers de microssatélites foi possível diferenciar 90 acessos do estudo, e agrupar a F1 em indivíduos mais próximos do genitor feminino e do genitor masculino. O PIC (Conteúdo de Informação de Polimorfismo) dos primers variou de 0,27 a 0,65. Não foi possível estabelecer uma relação entre a caracterização utilizando marcadores morfológicos e a caracterização utilizando marcadores moleculares. / Citrus production is widespread all over the world and in Brazil it represents the major volume of fruit production. Production of fresch fruit, as tangerines, allow the farmer to obtain a better value for the product. The consuming market is keen for new varieties and a breeding program should be always searching for genotypes that satisfy the market as well as the productive chain. At the Agronomic Experimental Station of Federal University of Rio Grande do Sul there is a population of hybrid tangerines, as result of crosses between ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) and ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.). In this study, this population was characterized using the morphological descriptors proposed by the International Board for Plant Genetic, besides other characteristics such as ripening period, pollen viability, chromosome number and a molecular characterization with SSR markers. It was possible to distinguish all the 96 evaluated plants by the morphological descriptors, but it was not possible to separate the F1 in groups distinct from the parents. Ripening occurred between mid April and mid August. All the analyzed plants had a high pollen viability, ranging from 79.04% to 98.08%. All plants are diploid, with 2n = 18. By using 12 pairs of primers it was possible to differentiate 90 of the analyzed accessions and group F1 individuals closer to the female and male parents. The PIC (polymorphism information content) ranged from 0.27 and 0.65. It was not possible to establish a relation between the morphological and the molecular characterizations. 1Master of Science dissertation in Agronomy, Faculdade de Agronomia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brazil. (67p.) March, 2006.

Resumo não disponível

O gênero Mimosa, dividido nas seções Mimadenia, Batocaulon, Calothamnos, Habbasia e Mimosa, possui cerca de 530 espécies, e, destas, cerca de 490 ocorrem nas Américas, ocupando diferentes tipos de habitats. No Brasil, ocorrem principalmente no Cerrado, uma zona de alta biodiversidade. Muitas espécies de grande importância econômica e, dentre elas, destaca-se M. scabrella, arbórea nativa da região Sul do Brasil. Apesar da grande importância do gênero, poucos são os estudos de citogenética. Portanto, o objetivo maior do presente trabalho foi determinar o número cromossômico de um grande número de espécies de Mimosa e tentar estabelecer relações entre distribuição dos níveis de ploidia com posição taxonômica, filogenética e distribuição geográfica. O outro objetivo foi de analisar um grande número de populações de M. scabrella, da região Sul do Brasil, quanto ao número cromossômico e caracterizar sua variabilidade utilizando marcadores moleculares do tipo RAPD. Os resultados, que aumentaram o número de determinações de número cromossômico para o gênero de 10% para mais de 20% dos táxons, são inéditos para 83% das espécies estudadas. O nível diplóide, 2n=2x=26, foi verificado em 76% das espécies. Das demais espécies, 24% são tetraplóides (2n=4x=52), e uma triplóide (2n=3x=39). Variabilidade intraespecífica, com acessos di e tetraplóides, foi verificada em M. pigra var. dehiscens, M. setosa var. paludosa e M. somnians. Com exceção de Mimadenia, onde só uma espécie foi estudada, poliplóides estão presentes em todas as seções taxonômicas. Os resultados indicam que o número cromossômico não é uma característica citotaxonômica distintiva e a poliploidia não foi um fator decisivo para a evolução deste gênero. Células polissomáticas, em ponta de raiz, foram observadas em 43 espécies, com freqüência que variou de 3 a 86%, mas somente logo após a germinação das sementes, não sendo verificado em plantas adultas, sugerindo que a polissomatia parece estar relacionada com um rápido desenvolvimento e estabelecimento da plântula, logo após a germinação. As 25 populações de M. scabrella estudadas foram todas tetraplóides. O resultado da análise molecular RAPD mostrou que a similaridade genética média entre as populações variou de 0,18 a 0,48, indicando grande variabilidade interpopulacional. Os resultados deste trabalho representam uma importante contribuição para um melhor conhecimento do gênero Mimosa. / The genus Mimosa, divided in sections Mimadenia, Batocaulon, Calothamnos, Habbasia and Mimosa, has around 530 species and, from these, approximately 490 occur in the Americas , in a wide range of habitats. In Brazil, they occur mainly in the Cerrado, an area of high biodiversity. Many species are of great economic importance, and among them is M. scabrella, a tree native to southern Brazil. Despite the great importance of the genus, cytogenetic studies are few. Therefore, the main objective of this work was to determine chromosome numbers is a great number of Mimosa species and try to correlate ploidy levels with taxonomic and phylogenetic position and geographic distribution.The other objective was to analyze a great number of M. scabrella populations from southern Brazil regarding chromosome number and genetic variability using RAPD markers. The results, that increased the number of chromosome number determinations for the genus from 10% to more than 20% of the taxa are original for 83% of the studied species. The diploid level 2n=2x=26, was verified in 76% of the species. Among the others, 24% are tetraploid (2n=4x=52), and one triploid (2n=3x=39). Intraspecific variability, with diploid and tetraploid accessions, was found in M. pigra var. dehiscens, M. setosa var. paludosa and M. somnians. With the exception of Mimadenia section, with only one species studied, polyploids occur in all the taxonomic sections. The results indicate that chromosome number is not a distinctive cytotaxonomic characteristic and that polyploidy was a decisive factor in the genus evolution. Polysomatic root-tip cells were found in 43 species, ranging from 3 to 86%, but only soon after seed germination and not in adult plants, suggesting that polysomaty is related to a rapid seedling development and establishment after germination. The 25 M. scabrella populations studied were all tetraploid. RAPD molecular analysis disclosed an average similarity index among populations ranging from, 0.18 to 0.48, indicating great interpopulational variability. The results of this work represent an important contribution to a better knowledge of genus Mimosa.

A introdução de culturas de sequeiro em solos de várzea é importante para o desenvolvimento da região sul do Brasil, uma vez que estas áreas estão sub aproveitadas com a cultura de arroz irrigado e a pecuária extensiva. O milho é uma alternativa para o melhor aproveitamento destas terras, logo o desenvolvimento de genótipos tolerantes ao encharcamento do solo é fundamental para viabilizar esta exploração. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram estudar a genética da tolerância ao encharcamento e identificar marcadores de DNA associados a esse caráter. O trabalho foi conduzido em casa de vegetação, sendo analisados genitores, híbridos F1 e populações segregantes provenientes de cruzamentos entre linhagens tolerantes e sensíveis ao encharcamento do solo. A análise molecular, através de marcadores de microssatélites, foi realizada com uma população F3, resultante do cruzamento entre os genótipos mais contrastantes para a tolerância ao encharcamento. A seleção dos marcadores obedeceu ao critério de amostrar todos os cromossomos, com preferência aos que estivessem ligados a genes pertencentes a rotas metabólicas envolvidas com a glicólise e a fermentação. Os genitores demonstraram a existência de variabilidade genética para os caracteres matéria seca de parte aérea (MSP) e matéria seca de raiz (MSR), sendo que os coeficientes de herdabilidades estimados foram elevados. Ambos os caracteres revelaram complexidade quanto ao número de genes envolvidos, onde a análise de QTL indicou a presença de pelo menos três locos envolvidos na manifestação da tolerância ao encharcamento. A ação gênica predominante foi a de dominância e o efeito materno foi pronunciado. Três marcadores explicaram conjuntamente 33,3% da variação para MSP e 19,9% para MSR, podendo ser úteis na seleção assistida para a tolerância ao encharcamento na fase de planta jovem em milho De maneira geral, a seleção fenotípica para MSP e MSR poderá ser uma alternativa eficiente na seleção de genótipos de milho com tolerância ao encharcamento do solo.

Em estudos prévios sobre a filogenia de Passiflora, as espécies P. actinia e P. elegans destacaram-se pela sua grande similaridade genética, apesar de sua classificação em séries taxonômicas distintas. As duas espécies apresentam distribuição geográfica muito diferente. Enquanto P. actinia é encontrada em áreas de Mata Atlântica desde o estado do Espírito Santo até o Rio Grande do Sul (RS), P. elegans está restrita ao RS e a poucas regiões limítrofes. Para melhor avaliar as relações evolutivas entre estas duas espécies foram realizadas coletas intensivas em todo o estado e desenvolvidos testes quanto às seqüências dos espaçadores intergênicos cloroplasmáticos trnL-trnF e psbA-trnH, e dos espaçadores transcritos dos genes ribossomais nucleares ITS de plantas de diferentes localidades. As análises revelaram uma baixa variabilidade intraespecífica, e evidenciaram um perfil genético próprio a cada espécie. Nas comparações interespecíficas, foram utilizadas seqüências de espécies do subgênero (Passiflora) estudadas previamente, pertencentes às séries Simplicifoliae e Lobatae, as mesmas de P. actinia e P. elegans, respectivamente. Nos três marcadores as menores distâncias genéticas encontradas foram entre estas duas espécies, sugerindo o pouco tempo de divergência entre elas. Estas comparações não mostraram diferenças marcantes nas diversidades dentro e entre as duas séries, indicando similaridade genética entre elas Apesar da intensa amostragem realizada na área limítrofe das distribuições de P. actinia e P. elegans, somente foi encontrado um híbrido entre as duas. Além do fenótipo morfológico intermediário, o híbrido pôde ser reconhecido através das suas características genéticas, o espaçador nuclear ITS apresentando padrão aditivo nos sítios variáveis destas duas espécies; as seqüências dos marcadores cloroplasmáticos foram iguais às de P. actinia, indicando que esta é a espécie doadora deste genoma. Os padrões genéticos e geográficos destas duas espécies sugerem que o processo de especiação que se desenvolveu entre as duas seja recente e tenha ocorrido em alopatria, estando provavelmente ligado aos eventos geológicos do Holoceno que influenciaram a migração da Mata Atlântica no RS. A investigação das características abióticas das regiões de ocorrência das espécies não apresentou grandes dissimilaridades, podendo indicar que a atual segregação espacial deva-se à fragmentação florestal ou que haja exclusão competitiva entre elas, pois apresentam nichos ecológicos muito semelhantes.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T07:27:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274971.pdf: 2846578 bytes, checksum: f745a914e07ddeda6a34cc83417453f8 (MD5) / O Mal-do-Panamá causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC) é um dos principais problemas fitossanitários da bananicultura. Para esta doença, o uso da resistência genética é o método de controle recomendável. Porém, sua eficiência depende tanto de genes de resistência disponíveis como da presença de patótipos do patógeno. Assim este estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade genética de isolados de FOC por meio de descritores morfológicos e marcadores moleculares (RAPD, SSR). Para tanto, foram avaliados 66 isolados coletados em regiões produtoras de Santa Catarina. Os resultados de patogenicidade revelaram que 100% dos isolados foram patogênicos à bananeira da cultivar Enxerto. Quanto às características morfológicas dos isolados não se observou diferenças significativas com relação à taxa de crescimento das colônias, que variaram de 4,4 a 6,6 mm.dia-1. A coloração das colônias sobre meio de cultura BDA variou de branco, salmão e roxo. Os resultados utilizando marcadores moleculares RAPD apresentaram uma variabilidade considerável entre os isolados de FOC, com estimativas de similaridade que variaram de 35 a 98%. Baseado nos 10 marcadores selecionados de RAPD, os 66 isolados foram agrupados em cinco grupos distintos, sendo que o número de indivíduos provenientes das regiões norte e sul do Estado foi igualmente distribuído no primeiro grupo, onde 58 indivíduos foram agrupados. Nos outros quatro grupos formados teve-se somente isolados provenientes do norte do Estado, os quais apresentaram uma maior distância genética quando comparados ao grupo um. A técnica de marcador molecular SSR separou os isolados em três grupos distintos. O primeiro grupo foi constituído de 59 indivíduos provenientes dos diversos municípios onde as coletas foram feitas. O segundo grupo, composto por dois isolados (CO16, JS23), caracterizou-se por apresentar alelo nulo para o marcador MB11. Já o terceiro grupo, formado por quatro isolados (JS26, SI53, SI54, SI55, SI56), apresentou um alelo extra no marcador MB02. No estudo de compatibilidade vegetativa não foi possível observar o pareamento entre os quatro isolados testados não havendo, portanto compatibilidade vegetativa entre os mesmos. Não houve associação dos agrupamentos RAPD e SSR com origens geográficas e características morfológicas da colônia de FOC, visto que os isolados foram distribuídos indistintamente nos grupos.

Em estudos prévios sobre a filogenia de Passiflora, as espécies P. actinia e P. elegans destacaram-se pela sua grande similaridade genética, apesar de sua classificação em séries taxonômicas distintas. As duas espécies apresentam distribuição geográfica muito diferente. Enquanto P. actinia é encontrada em áreas de Mata Atlântica desde o estado do Espírito Santo até o Rio Grande do Sul (RS), P. elegans está restrita ao RS e a poucas regiões limítrofes. Para melhor avaliar as relações evolutivas entre estas duas espécies foram realizadas coletas intensivas em todo o estado e desenvolvidos testes quanto às seqüências dos espaçadores intergênicos cloroplasmáticos trnL-trnF e psbA-trnH, e dos espaçadores transcritos dos genes ribossomais nucleares ITS de plantas de diferentes localidades. As análises revelaram uma baixa variabilidade intraespecífica, e evidenciaram um perfil genético próprio a cada espécie. Nas comparações interespecíficas, foram utilizadas seqüências de espécies do subgênero (Passiflora) estudadas previamente, pertencentes às séries Simplicifoliae e Lobatae, as mesmas de P. actinia e P. elegans, respectivamente. Nos três marcadores as menores distâncias genéticas encontradas foram entre estas duas espécies, sugerindo o pouco tempo de divergência entre elas. Estas comparações não mostraram diferenças marcantes nas diversidades dentro e entre as duas séries, indicando similaridade genética entre elas Apesar da intensa amostragem realizada na área limítrofe das distribuições de P. actinia e P. elegans, somente foi encontrado um híbrido entre as duas. Além do fenótipo morfológico intermediário, o híbrido pôde ser reconhecido através das suas características genéticas, o espaçador nuclear ITS apresentando padrão aditivo nos sítios variáveis destas duas espécies; as seqüências dos marcadores cloroplasmáticos foram iguais às de P. actinia, indicando que esta é a espécie doadora deste genoma. Os padrões genéticos e geográficos destas duas espécies sugerem que o processo de especiação que se desenvolveu entre as duas seja recente e tenha ocorrido em alopatria, estando provavelmente ligado aos eventos geológicos do Holoceno que influenciaram a migração da Mata Atlântica no RS. A investigação das características abióticas das regiões de ocorrência das espécies não apresentou grandes dissimilaridades, podendo indicar que a atual segregação espacial deva-se à fragmentação florestal ou que haja exclusão competitiva entre elas, pois apresentam nichos ecológicos muito semelhantes.

O transplante de células germinativas tem sido uma importante abordagem experimental para o estudo da preservação genética de espécies ameaçadas de extinção ou economicamente importantes. A técnica consiste na remoção das células germinativas indiferenciadas das gônadas do animal doador e na transferência das mesmas para a gônada de um indivíduo receptor. A fim de aumentar a eficiência da técnica, a identificação prévia das células germinativas a serem transplantadas torna-se preferível, visto que a cavidade que as receberá apresenta tamanho limitado. Sendo assim, é importante o desenvolvimento de marcadores moleculares que identifiquem precisamente as células a serem transplantadas na cavidade do individuo receptor, e os genes mais utilizados para esta finalidade são o dead end e o gene vasa, os quais são expressos apenas nas células da linhagem germinativa. Devido à importância do Colossoma macropomum (tambaqui) para a economia brasileira, esta espécie foi escolhida como uma espécie modelo de preservação para este estudo. Através do isolamento e sequenciamento dos genes dead end e vasa, desenvolvemos sondas de hibridização capazes de reconhecer as células onde estes genes são expressos e estudar o seu padrão de expressão nas gônadas. Ambos os genes apresentaram intensa expressão nos oócitos pré-vitelogênicos e fraca expressão em algumas espermatogônias. Pela primeira vez na literatura, diferentes isoformas causadas por splicing alternativo foram identificadas no gene dead end. A quantificação da expressão temporal dos diferentes transcritos mostrou que o padrão de expressão da sequência completa do gene teve uma tendência distintiva comparada ao padrão dos transcritos curtos, sugerindo que as diferentes isoformas desempenham papéis específicos e importantes para o desenvolvimento da linha germinativa nesta espécie. / Germ cell transplantation has been an important experimental approach to the study of the genetic preservation of endangered or economically important species. The technique consists in removing undifferentiated germ cells from the donor animal's gonads and transferring them to the gonad of a recipient individual. In order to increase the efficiency of the technique, the prior identification of the germ cells to be transplanted becomes preferable, since the receiving cavity presents limited size. Therefore, it is important to develop molecular markers to precisely identify the cells to be implanted in the recipient cavity, and the genes most used for this purpose are the dead end and the vasa genes, which are expressed only in germline cells. Due to the importance of Colossoma macropomum (tambaqui) for the Brazilian economy, this species was chosen as a model species for preservation in this study. By isolating and sequencing the dead end and vasa genes, we developed hybridization probes capable of recognizing the cells where these genes are expressed and better studying their expression pattern in the gonads. Both genes presented intense expression in pre-vitellogenic oocytes and poor expression in some spermatogonia. For the first time in the literature, different isoforms caused by alternative splicing were identified in the dead end gene. Quantification of the temporal expression of the different transcripts showed that the expression pattern of the full-length sequence had a distinctive tendency compared to the short transcripts pattern, suggesting that the different isoforms play specific roles for the germline development in this species.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T23:03:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 320337.pdf: 2088380 bytes, checksum: b82e99715a833e8a5eb4c51e691ed579 (MD5) Previous issue date: 2013 / Diversas áreas costeiras no Estado de Santa Catarina estão associadas a zonas de cultivo de ostras, pesca e lazer, sendo que algumas destas estão contaminadas por esgoto sanitário. Tecnologias vêm sendo desenvolvidas na tentativa de monitorar a contaminação nestes ambientes, dentre as quais, podemos destacar os biomarcadores e a ostra Crassotrea gigas como organismo sentinela. Neste estudo encontramos diferença significativa na trasncrição de genes de citocromo P450 (CYP356A2, CYP2AU2, CYP30C1, CYP3071A1 e CYP26F1) em amostras de glândula digestiva de ostras expostas por diferentes períodos a um local contaminado por esgoto sanitário. Também avaliamos os níveis de transcrição dos genes CYP356A2, CYP2AU2 e CYP30C1, em diferentes tecidos de ostras C.gigas, após um dia de exposição, sendo que os três genes responderam a presença de contaminantes. Essas informações permitem um avanço na caracterização da indução destes genes por contaminantes, bem como, através da execução deste projeto aprofundamos nossos conhecimentos relacionados aos níveis de transcrição de isoformas de genes de CYPs, uma vez que os genes CYP307A1, CYP3071A1 e CYP26F1 foram analisados pela primeira vez em diferentes tecidos de ostras C. gigas presentes em local contaminado por esgoto sanitário <br> / Abstract: Several coastal areas in the State of Santa Catarina are associated with oyster farming, fishing and leisure and some of these are contaminated by sanitary sewage. Technologies have been developed in an attempt to monitor contamination in these environments, among which we can highlight the biomarkers and the oyster Crassostrea gigas as sentinel organism. In this study we found significant differences in the transcription of cytochrome P450 genes (CYP356A2, CYP2AU2, CYP30C1, CYP3071A1 and CYP26F1) in samples of digestive gland of oysters exposed for different periods of exposure to a sanitary sewage contaminated site. We also assessed the levels of transcription of genes CYP356A2, CYP2AU2 and CYP30C1 in different tissues of oyster exposed for one day at the contaminated site, and the three genes were responsive to the contaminants. This information allows an advance in characterization of these genes by inducing contaminants, and by performing this design deepened our knowledge related to levels of transcript isoform of CYP genes, once the genes CYP307A1, CYP3071A1 and CYP26F1 were analyzed for the first time in different tissues of oyster C. gigas present in sewagecontaminated site.