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Perfil imunofenotípico e nível de citocinas plásmáticas em portadores de hepatite C crônica com diferentes graus de comprometimento hepático

Magnoni, Mariana Sartori [UNESP] 27 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-11-10T11:57:30Z : No. of bitstreams: 1 000783135.pdf: 4785949 bytes, checksum: 6679e25c8d6dcfd9b73004d8151c331e (MD5) / O vírus da hepatite C crônica (VHC) é causa de doença hepática crônica afetando cerca de 3% da população mundial, aproximadamente 170 milhões de pessoas. Investigações sobre a resposta imune em indivíduos infectados com HCV é justificável pelo fato desta constituir doença infecciosa cujas alterações imunológicas têm relação direta com o desenvolvimento e a manutenção da infecção. Este projeto visou avaliar aspectos que compõem a resposta imune de pacientes com hepatite C crônica com diferentes graus de lesão hepática. Foram incluídos no estudo pacientes VHC+ (n=83), genótipo 1, pré-tratamento, os quais foram estratificados conforme o grau de fibrose hepática determinada por biópsia (classificação METAVIR), compondo: G1 (n = 15) pacientes nos estágios F0 (nenhuma fibrose) + F1 (fibrose em expansão dos espaços porta); G2 (n = 21) pacientes no estágio F2 (poucas fontes de fibrose nos espaços porta); G3 (n = 15) pacientes em estágio F3 (início da formação de nódulos); G4 (n = 32) pacientes em estágio F4 (fibrose severa); G5 (n = 16) doadores de sangue voluntários (grupo controle). Foram avaliadas características imunofenotípicas de subpopulações de leucócitos do sangue periférico (células NK totais, NKdim, NKbright, células dendríticas mielóides e plasmocitóides, monócitos clássicos e pro-inflamatórios, linfócitos T CD4+/CD8+), níveis de citocinas e quimiocinas plasmáticas (TGF-β, TNF-α, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, CXCL9, CXCL10), analisando a relação destes com a progressão da fibrose. Todas as frequências das subpopulações leucocitárias avaliadas estão alteradas em portadores de hepatite C crônica comparados com indivíduos saudáveis. Além disso, há correlação entre o grau de fibrose e a quantidade de linfócitos T CD4, T CD8, monócitos pro-inflamatórios e células NKbright circulantes. Níveis aumentados de TNF-α foram observados ... / The chronic hepatitis C virus (HCV) is the cause of chronic liver disease affecting about 3% of world population, approximately 170 million people. Investigations of the immune response in individuals infected with HCV is justifiable because this form infectious disease whose immunological changes are directly related to the development and maintenance of infection. This project aimed to evaluate aspects that make up the immune chronic hepatitis C patients with different degrees of liver damage response. The study included patients HCV+ (n = 83), genotype 1, pretreatment, which were classified according to the rate of hepatic fibrosis determined by biopsy (METAVIR classification), composed of: G1 (n = 15) patients in stages F0 (no fibrosis) + F1 (fibrosis expansion of port spaces), G2 (n = 21) patients in the F2 stage (few sources of fibrosis in portal ), G3 ( n = 15 ) patients with stage F3 (early nodule formation), G4 (n = 32) patients with stage F4 (severe fibrosis), G5 (n = 16) volunteer blood donors (control group). Immunophenotypic characteristics of subpopulations of peripheral blood leukocytes (total NK cells, NKdim , NKbright , myeloid dendritic cells and plasmacytoid , classical monocytes, pro- inflammatory CD4 + / CD8 + cells), cytokine levels and plasma chemokines (were evaluated TGF- β , TNF - α , CCL2 , CCL3 , CCL4 , CCL5 , CXCL8 , CXCL9, CXCL10), analyzing their relationship with the progression of fibrosis. All frequencies of evaluated leukocyte subpopulations are altered in patients with chronic hepatitis C compared with healthy subjects. In addition, no correlation between the degree of fibrosis and the amount of CD4, CD8, pro-inflammatory monocytes and circulating NKbright cells. Increased levels of TNF-α were observed in cirrhotic patients (G4) and TGF - β in HCV + groups with moderate hepatic fibrosis (G2 and G3). Plasma chemokine CXCL9/MIG, CXCL10/IP-10, CXCL8/IL-8, CCL2/MPC-1, ...
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Avaliação de biomarcadores inflamatórios moleculares em pacientes com câncer de mama

Lages, Elisa Lopes e [UNESP] 24 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2015-01-26T13:30:21Z : No. of bitstreams: 1 000798819.pdf: 983001 bytes, checksum: 2fc0b03354d07607d8a8e61e7ab3880b (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) / A alta prevalência do câncer de mama é um fator que nos instiga a investigar novos biomarcadores para a doença. Proteínas séricas ou plasmáticas já são utilizadas rotineiramente no rastreamento de algumas neoplasias. As micropartículas (MPs) são fragmentos da membrana plasmática liberadas por diversos tipos celulares e estão associadas com a resposta inflamatória. Estudos recentes mostram que a presença de MPs e citocinas/quimiocinas circulantes possuem uma relevante associação clínica com o câncer de mama. O objetivo deste estudo foi medir os níveis desses biomarcadores inflamatórios (MPs, citocinas e quimiocinas) no soro de mulheres com câncer de mama pré e pós-quimioterapia comparando com o grupo controle; assim como associar esses dados com diversos parâmetros clínicos e hemograma. Foi coletado sangue periférico de mulheres sem evidências de doenças (n=20) e com câncer de mama (n=38). Foi utilizada a citometria de fluxo para dosagens dos níveis séricos de citocinas (IL-1, IL-2, IL-4, IL-6 IL-10, IL-12, IL- 17A, TNF, IFN-gama), quimiocinas (CXCL-8, CXCL-9, CXCL-10, CCL-2, CCL-5) e micropartículas provenientes de diversas células (neutrófilos, leucócitos, monócitos, eritrócitos, endotélio, plaquetas, linfócitos). As diferenças entre os grupos foram avaliadas pelo teste de Mann-Whitney ou Kruskal- Walis. As diferenças com valor de p<0,05 foram consideradas significativas. Não houveram diferenças significativas nos níveis de micropartículas, citocinas e quimiocinas estudadas entre os grupos controle e câncer de mama. Entretanto houve uma diminuição dos níveis de micropartículas derivadas de plaquetas nas pacientes pós-quimioterapia e um aumento de níveis séricos de IL-6, CCL-5 e CXCL-10 pós-quimioterapia. Em associação com os dados clínicos foi demostrado que baixos níveis de micropartículas derivadas de monócitos e altos níveis de CCL-2 e CXCL10 estão associados a tumores mais ...
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Predição genômica utilizando painéis de marcadores moleculares com diferentes densidades, em bovinos da raça Nelore

Vasconcelos, Fernando de Oliveira [UNESP] 15 July 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-15Bitstream added on 2015-03-03T12:07:19Z : No. of bitstreams: 1 000810819.pdf: 308723 bytes, checksum: 524c7c0a9ecb8ecef63e198e5ccb23d3 (MD5) / A seleção genômica tem sido apontada como uma tecnologia que propiciará aumentos expressivos nas taxas de progresso genético em programas de melhoramento animal. Um dos fatores limitantes para a aplicação da seleção genômica é o custo associado à necessidade de genotipagem de um número grande de animais, com painéis de alta densidade, para a obtenção de boa habilidade de predição dos valores genéticos. Uma alternativa para reduzir custos seria genotipar parte dos animais com painéis menos densos e utilizar técnicas de imputação de genótipos. Em bovinos da raça Nelore, ainda não há consenso quanto à densidade dos painéis a serem utilizados e quanto à estratégia de genotipagem e imputação. Assim, objetivou-se com o presente projeto avaliar a habilidade de predição da seleção genômica utilizando painéis de marcadores moleculares de diferentes densidades, assim como o efeito da utilização de genótipos imputados na habilidade de predição da seleção genômica, em bovinos da raça Nelore. A característica considerada foi precocidade de terminação. Um total de 2035 animais geneticamente avaliados para essa característica e genotipados com o chip Ilumina ® HD Bovina (780k) foram utilizados nas análises, simulando uma situação em que os animais teriam sido genotipados com chips de densidade mais baixa. Análises de seleção genômica também foram executadas utilizando parte dos marcadores do painel de 780k , disponibilizando apenas os SNPs em comum com as seguintes painéis: Illumina® BovineLD (7K), Illumina® BovineSNP50 v2 (50K) e GeneSeek® Genomic Profiler 20K e 75K para Bos indicus. A imputação dos genótipos foi feita com o uso do programa FImpute e as predições genômicas foram conduzidas utilizando os métodos GBLUP e LASSO Bayesiano. Ambas análises, de imputação e de predição genômica, foram conduzidas de forma repetida, seguindo um esquema de validação cruzada, com a formação ... / Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. A constrain for genomic selection application is the cost of genotyping several animals with high density chips in order to obtain a good prediction equation. An alternative to reduce costs is to genotype part of the animals with a lower density chip and to impute the unobserved genotypes. In Nelore cattle, there is no consensus about which chip and genotyping strategy should be adopted. Therefore, the aim of the present study was to evaluate the predictive ability of genomic selection in Nelore cattle using chips with different densities, and also to assess the effect of using imputed genotypes. The trait considered was finishing precocity. A total of 2,035 animals genetically evaluated for this trait and genotyped with the Illumina® Bovine HD chip (780K) were used in the analyses, mimicking a situation where the animals would have been genotyped with lower density chips. Genomic selection analyses were also run masking part of the 780K genotypes, making available just the SNPs in common with the following chips: Illumina® BovineLD (7K), Illumina® BovineSNP50 v2 (50K), GeneSeek® Genomic Profiler 20K and 75K for Bos indicus. Genomic prediction analyses were run with or without imputing the masked genotypes, using the software FImpute, and under the GBLUP and Bayesian LASSO methods. A 5- fold cross-validation scheme was adopted to perform the analyses, randomly assigning the groups. Results showed that the 50K and 75K chips presented the same predictive ability as the 780K chip. The results also indicated that if the 780K was considered as the target chip for applying genomic selection in the Nelore breed, its cost effectiveness could be improved with the strategy of genotyping part of the animals with a lower density chip (7K or 20K) and imputing their 780K missing genotypes. Further studies ...
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Desreguladores endócrinos na indução da vitelogenina em peixes nativos

Sanchez, Delia Carolina Olmedo 23 October 2009 (has links)
No description available.
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Influência de diferentes tipos de recuperação sobre a modulação autonômica cardíaca, concentração de lactato e proteína C-reativa

Bastos, Fábio do Nascimento [UNESP] 09 July 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-09Bitstream added on 2014-06-13T19:08:18Z : No. of bitstreams: 1 bastos_fn_me_prud.pdf: 662059 bytes, checksum: e53a8b1da32e59631739cc47d409626e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A recuperação pós-exercício consiste em restaurar os sistemas do corpo à sua condição basal, proporcionando equilíbrio e prevenindo a instalação de lesões e, nesse sentido, torna-se aspecto importante de todo programa de condicionamento físico, em quaisquer níveis de desempenho, mas, sobretudo nos mais elevados. O objetivo desta revisão foi reunir informações e descrever as respostas proporcionadas por métodos recuperativos pós-exercício como, crioterapia, contraste, massagem e recuperação ativa, constituindo uma fonte de atualização do referido tema. Utilizou-se os bancos de dados, MedLine, Scielo e Lilacs, como lista de periódicos o SportsDiscus. Foram incluídos no estudo somente ensaios clínicos randomizados controlados e não-controlados além de artigos... / The post-exercise recovery consists in restoring the body systems to baseline condition, providing balance and preventing injuries installation and, in that sense; it becomes an important aspect of every fitness program, at any levels of performance, but especially in higher levels. The objective of this review was to gather information and to describe the responses provided by post-exercise recovery methods, such as cryotherapy, contrast water immersion, massage and active recovery, providing an update on this issue. MedLine, Scielo and Lilacs databases were used, as well as the SportsDiscus list of journals. Only randomized controlled and non-controlled clinical essays, in addition to review articles concerning the proposed topic were included. Our choice was for the search terms: cryotherapy, massage, active recovery, thermotherapy, immersion and exercise, individually and combined. It was observed that some studies report that cryotherapy is harmful concerning post-exercise recovery, once it reduces performance immediately after the technique... (Complete abstract click electronic access below)
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Análise comparativa de métodos para quantificação dos depósitos da pulverização em diferentes alvos

Rezende, Denise Tourino [UNESP] 21 February 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-21Bitstream added on 2014-06-13T19:58:11Z : No. of bitstreams: 1 rezende_dt_me_botfca.pdf: 1299075 bytes, checksum: 37debcab1157e572d7747657e230609f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As avaliações dos depósitos da pulverização são utilizadas nas pesquisas como instrumento para desenvolver e melhorar as técnicas de aplicação dos produtos fitossanitários. Considerando essa premissa, o presente trabalho objetivou comparar métodos para quantificação dos depósitos com diferentes marcadores: o corante alimentício Azul Brilhante, os íons Cobre e Sódio, o corante fluorescente Rodamina B e o próprio produto fitossanitário, representado pelo fungicida tebuconazole à 250 g/L (Orius 250 CE), após pulverização em alvos naturais (Phaseolus vulgaris e Brachiaria plantaginea) e em alvos artificiais (papel filtro, papel mata-borrão e lâminas de vidro). As plantas e os alvos artificiais foram pulverizados em um sistema de pulverização com controle de velocidade e pressão de trabalho. Após a pulverização, as plantas foram cortadas junto à superfície do solo, colhidas e colocadas, individualmente, em sacos plásticos devidamente identificados e acondicionados em refrigerador (8±3°C) até o término das aplicações e posterior remoção do marcador. As soluções provindas das lavagens dos alvos foram mantidas em frascos âmbar e também acondicionadas em refrigerador até o momento das análises e obtenção das concentrações dos marcadores em l cm-² e l g-1 de matéria seca. Para quantificação dos respectivos marcadores supracitados foram utilizados os equipamentos: espectrofotômetro Shimadzu UV 1601 PC, espectrofotômetro de absorção atômica Perkin-Elmer 2380, fotômetro de chama Digimed DM-61, espectrômetro de fluorescência Perkin Elmer Precisely LS 55 e cromatógrafo líquido Shimadzu equipado com software LCMS solution. Os alvos artificiais foram mais eficientes na coleta das gotas da pulverização, exceto para o marcador azul brilhante. Os marcadores cobre e o próprio fungicida utilizado como marcador foram... / Spray deposit evaluations are used in research as a tool to develop and improve the pesticide application techniques. To compare methods for quantification of deposits using different tracers lab test were conducted. The tracers used on natural targets (Phaseolus vulgaris and Brachiaria plantaginea) and artificial targets (filter paper, blotting paper and glass slides) were Brilhant blue food dye (FD&C Blue n. 1), Copper and Sodium ions, Rhodamine B and tebuconazol at 250 g / L. Both kind of targets were sprayed in a stationary spraying system with speed and pressure control. After the spraying, the plants were cut, collected and individually placed in plastic bags, properly identified and stored in refrigerator (8 ± 3 °C) until the end of spraying and subsequent tracer clearance. The solution collected from washing the targets were kept in amber bottles and also placed in refrigerator until the tracers levels attainment in l/cm ² and l/g. To quantify the above tracers were used the following equipments: Shimadzu UV 1601 PC spectrophotometer, atomic absorption spectrophotometer Perkin-Elmer 2380, flame photometer Digimed MD-61, Perkin Elmer fluorescence spectrometer LS 55 Precisely and liquid chromatograph equipped with Shimadzu LCMS solution software. The artificial targets were more efficient in collecting spraying deposits, except for the Brilhant blue food dye (FD&C Blue n. 1). The copper tracer and even the fungicide used were the ones whereof gave us better results in artificial and natural targets
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Identificação e validação de genes diferencialmente expressos em carcinoma de pênis

Mota, Mânlio Tasso de Oliveira [UNESP] 06 March 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-06Bitstream added on 2014-06-13T19:03:36Z : No. of bitstreams: 1 mota_mto_dr_sjrp_parcial.pdf: 431294 bytes, checksum: 8a35b5af948a58fd8c5f376fcc74b121 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-16T11:30:19Z: mota_mto_dr_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-03-16T11:31:02Z : No. of bitstreams: 1 000713800.pdf: 10464868 bytes, checksum: 10d57c4036fc47b2a12a948347926dfe (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de pênis (CEP) é um tumor epitelial invasivo raro com alta morbidade decorrente da própria doença e/ou de seu tratamento. O perfil socioeconômico e cultural dos pacientes dificulta o diagnóstico precoce, tratament o e seguimento dos enfermos. Pacientes sem tratamento geralmente morrem dentro de dois anos após diagnóstico devido à proliferação celular regional ou a metástases distantes. Não há padrão nos sistemas de estadiamento e nas condutas clínicas, resultando em dificuldades na abordagem terapêutica. Comparado ao câncer cervical, poucos estudos moleculares em CEP foram realizados. O presente projeto teve como objetivo geral identificar genes diferencialmente expressos em tecidos penianos tumorais e normais e o possível papel do vírus do papiloma humano (HPV) no desenvolvimento de CEP. Diferenças na expressão gênica entre tecidos tumorais e normais foram verificadas pela metodologia de RaSH (rapid subctration hybridization), que selecionou 5 genes possivelmente rel acionados à carcinogênese ( KIAA1033, NAMPT, RPL6, CDKN2A e ANXA1) com expressão alterada em tecidos tumorais. A validação das alterações de expressão destes genes foi realizada por polymerase chain reaction (reação em cadeia da polimerase, PCR) em tempo real. Tanto os genes como as proteínas de ANXA1 como CDKN2A apresentaram aumento de expressão em pacientes com presença de HPV de alto risco em comparação com tecidos negativos para HPV. Por imunohistoquímica foi possível estabelecer correlação entre alterações na expressão da proteína anexina A1 e a presença de HPV de alto risco. Pacientes portadores de CEP provenientes de duas regiões (São Paulo e Pará) foram avaliados para a presença de HPV por PCR convencional. Amostras positivas foram genotipadas por hib ridização... / Penile carcinoma is a rare epithelial tumor with high morbidity due to own disease and/or treatment. The socio -economic and cultural profile of the patients hampers early diagnosis, treatment and follow-up. Without treat ment patients usually dies within two years after first diagnosis due to regional cellular proliferation or distant metastasis. There is no standard in staging systems or in clinical procedures, resulting in difficulties in the therapeutic approach. Compar ed to cervical cancer, there are few molecular studies about this tumor. The present work aimed to identify differentially expressed genes in tumor and normal penile tissues and the role of human papillomavirus (HPV) in the development of this tumor. Differences in gene expression between tumoral and normal tissues were accessed by RaSH (rapid subctration hybridization) methodology, which selected five possibly carcinogenesis related genes (KIAA1033, NAMPT, RPL6, CDKN2A and ANXA1) with altered expression in tumor tissues. The validation of gene expression changes was performed by real time polymerase chain reaction (PCR). The ANXA1 and CDKN2A, both genes and proteins, showed superexpression in patients with high-risk HPV compared to HPV negative tissues. Immunohistochemical assays established a correlation between alterations in the superexpression of annexin A1 and the presence of high risk HPV. Penile cancer harboring patients from two regions (São Paulo and Pará) was assessed for HPV presence by conventional PCR. Positive samples were genotyped by reverse hybridization-based line probe assay (INNO -LiPA). The overall HPV prevalence in single or multiple infections was significantly greater in Pará (81.67%) than in São Paulo (64.10%). A wilder range of genotypes were found in Pará, suggesting that the genotypes circulating in the population of Pará... (Complete abstract click electronic access below)
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Assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim

Urbinati, Ismael [UNESP] 18 July 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-18Bitstream added on 2015-03-03T12:06:20Z : No. of bitstreams: 1 000810894.pdf: 860867 bytes, checksum: 36e288609bb5e15f82609175b82fe944 (MD5) / Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único (“single nucleotide polymorphism” - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido (“extended haplotype homozygosity” – EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos (“integrated haplotype score” - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 “MA” genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ? 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ...
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Biomarcadores moleculares no camarão branco, Litopenaeus vannamei (Crustacea: Decapoda), submetido a estresse ambiental e infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca (White Spot Syndrome Virus, WSSV)

Moser, Juliana Righetto January 2011 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T00:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 299617.pdf: 1058149 bytes, checksum: fe577bb1346a58bf48006955f22d0b1f (MD5) / O vírus da síndrome da mancha branca (White Spot Syndrome Virus - WSSV) é o agente etiológico da doença viral que afeta a maior parte dos cultivos de camarão marinho no mundo. A ocorrência do WSSV em Santa Catarina, no início de 2005, revelou a fragilidade das medidas sanitárias aplicadas nas fazendas de criação de camarões marinhos e do sistema de vigilância sanitária animal. A saúde dos camarões e, conseqüentemente, a produtividade de uma fazenda de cultivo são fortemente influenciadas pelas condições físicas, químicas e biológicas que prevalecem ao longo do processo de cultivo. Compostos tóxicos, como pesticidas, alterações na salinidade temperatura da água de cultivo, são alguns dos fatores que podem promover estresse e induzir alterações bioquímicas, moleculares e fisiológicas nesses animais, podendo, ainda, favorecer a incidência de enfermidades virais. A permetrina é o inseticida piretróide mais utilizado em práticas de cultura de arroz em muitos países. Concentrações sub-letais de permetrina podem causar impacto nos cultivos, afetando sua produtividade. Neste estudo, camarões juvenis, Litopenaeus vannamei foram expostos permetrina (0,01, 0,1, 0,2, 0,3, 0,4 e 0,8 µg.L-1) por 96h e em um segundo experimento (0,8 µg.L-1) por 6, 12, 24, 48, 72 e 96h. Ensaios enzimáticos envolvendo a determinação da atividade da superóxido dismutase (SOD), catalase (CAT), glutationa peroxidase (GPx), glutationa S-Transferase (GST) e acetilcolinesterase (AChE), foram realizados em brânquias e hepatopâncreas de camarão exposto a permetrina. Níveis de transcrição dos genes que codificam estes biomarcadores enzimáticos foram investigados por PCR em tempo real (qPCR) em ambos os tecidos. Num segundo experimento, os camarões foram expostos a 0,8 µg.L-1 de permetrina durante 7 dias antes de serem inoculados com o WSSV. O perfil de expressão de proteínas de estresse e de defesa, tais como ferritina, ß-actina, proteína quinase C., ubiquitina, HSP90 Hsp60, Hsp70, caspase-3 e proteína QM, foi avaliado no tecido branquial destes animais, através de qPCR e por Western blot. Mudanças nos níveis de expressão sugerem que a toxicidade de permetrina promove alterações na expressão de genes-alvo no camarão L. vannamei, modulando a transcrição e os níveis de proteínas, bem como a atividade enzimática de biomarcadores de estresse oxidativo. Além disso, a infecção e a carga viral poderiam ser associadas a um diferencial de transcrição de alguns dos genes que codificam essas proteínas. O padrão de respostas provocadas após a exposição à permetrina, através da análise mútua de respostas transcricionais, traducionais e enzimáticas relacionadas a estes genes, apóiam o desenvolvimento de um sistema multi-biomarcador que poderia ser usado como ferramenta para o monitoramento de ambientes aquáticos e, consequentemente, de saúde dos camarões de cultivo. Outra etapa deste trabalho teve como objetivo avaliar o efeito do estresse térmico sobre a taxa de replicação do WSSV em camarões marinhos, mantidos em água quente (29±0,5°C), em comparação com camarões mantidos em água fria (18±0,5°C), além disso, pós-larvas e crustáceos selvagens capturados foram selecionados quanto à presença ou ausência do WSSV, após serem mantidos por 48h em estresse térmico. No caso de camarões silvestres, previamente negativos para o vírus, foram obtidos resultados positivos para o WSSV após estresse térmico de 48h. Os resultados apóiam a aplicação de um protocolo de estresse térmico como estratégia de seleção de reprodutores e para monitoramento dos ambientes de cultivo.
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Identificação de biomarcadores lipídicos em amostras de sedimentos no manguezal do Itacorubi, Ilha de Santa Catarina

Silva, Cesar Alexandro da 22 October 2012 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas, Programa de Pós-Graduação em Química, Florianópolis, 2006. / Made available in DSpace on 2012-10-22T14:18:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 275836.pdf: 3059049 bytes, checksum: 904254085fb41b43b1570f4468963ae2 (MD5) / Neste estudo análises qualitativas e semi-quantitativas foram realizadas a fim de identificar biomarcadores lipídicos em diferentes frações (livres, "OH lábeis" e "H lábeis) que foram extraídos de amostras de sedimentos e folhas de plantas do manguezal do Itacorubi, Ilha de Santa Catarina. A realização do estudo geoquímico da matéria orgânica sedimentar em concomitância com a avaliação lipídica das folhas de mangue nos forneceu conhecimento para a distinção entre as possíveis fontes naturais (biogênicas) e/ou antropogênicas, responsáveis pela contaminação do meio. A interpretação dos resultados foi feita através do Índice Preferencial de Carbono (CPI) e composição elementar (C, H, N) que revelaram a contribuição mista de aporte terrestre e aquático. Os baixos valores do potencial redox (Eh) encontrados nas amostras de sedimentos, entre - 250 mV a - 444 mV, são característicos de ambiente redutor, induzido pela ação da comunidade microbiana do ambiente. O uso de razões a partir das concentrações dos esteróis C27 e C29, tais como colesterol/ß-sitosterol, coprostanol/epicoprostanol, coprostanol + epicoprostanol/esteróis totais evidenciaram a contaminação do manguezal por esgoto doméstico.

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