Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental. / Made available in DSpace on 2012-10-20T15:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 194642.pdf: 1319747 bytes, checksum: d458983d1e89049b4ffeaef17da5cdd7 (MD5) / As lagunas costeiras representam importantes ambientes ecológicos e econômicos. Os ambientes lagunares também estão associados ao contexto de berçário, por se tratar de um ambiente transicional de desova e desenvolvimento na fase juvenil para muitas espécies de invertebrados e vertebrados, e sofrem ameaças devido à deposição de um grande número de poluentes inorgânicos, metais-traço e produtos orgânicos variados. O objetivo principal deste estudo foi realizar um diagnóstico da qualidade ambiental da Lagoa da Conceição, Ilha de Santa Catarina, através da análise de diferentes indicadores, como parâmetros físico-químicos, microbiológicos, metais-traços ( Zn, Ni, Pb, Cr, e Cd) e parâmetros bioquímicos como os biomarcadores de estresse oxidativo no órgão digestor do molusco bivalve Anomalocardia brasiliana, o berbigão, coletado em 4 diferentes sítios, comparativamente com um sítio controle localizado no Pontal da Daniela. Os resultados obtidos demonstraram que estes organismos aquáticos estão expostos a concentrações elevadas de coliformes fecais e metais-traço, gerando um processo de estresse oxidativo no órgão digestor, conseqüência provável da ação de concentrações elevadas de xenobiontes, como os diferentes metais-traço e coliformes fecais detectados naquele órgão e no ambiente, respectivamente. A análise conjunta destes biomarcadores constitui ferramenta útil e o berbigão um excelente bioindicador para estudos de diagnóstico e monitoramento referente à poluição aquática de sistemas lagunares.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. / Made available in DSpace on 2012-10-18T08:44:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A expresso das proteínas de choque térmico (Hsp), também denominadas proteínas de estresse, é alterada em função da presença de agentes estressores no ambiente e é uma resposta altamente conservada, estando presente desde bactérias até o homem. O presente estudo teve como objetivo investigar a expressão das Hsp(s)70 nas brânquias do mexilhão Perna perna através de um experimento realizado em campo, complementado por um outro em laboratório. Neste último, os animais foram expostos a diferentes concentrações de cobre (20, 50, 70 e 1000mg/L) por 7 dias. Diferenças significativas (p<0,05) nos níveis de Hsp(s)70 foram detectadas, por Western Blotting, nas brânquias dos animais mantidos na menor concentração de cobre. No estudo realizado no campo, os mexilhões foram transplantados de uma região considerada não contaminada, Sambaqui, (SAM) para outra considerada contaminada, Ponta do Lessa (PL), onde foram mantidos por diferentes períodos durante o verão e o inverno. Foi observado um aumento significativo (p<0,05) nos níveis de Hsp(s)70 nas brânquias dos animais mantidos na Ponta do Lessa por 7 e 30 dias no inverno. De acordo com os resultados obtidos, destacamos algumas perspectivas para a continuidade deste estudo e sugerimos o uso potencial das Hsp(s)70 em programas de monitoramento ambiental com o mexilhão Perna perna, recomendando, ainda, a realização da análise conjunta de outros biomarcadores e de parâmetros físico-químicos complementares.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-24Bitstream added on 2014-06-13T18:29:26Z : No. of bitstreams: 1 fonseca_pds_me_jabo.pdf: 310536 bytes, checksum: 07222b519d1969e1951a3e2fbf168660 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Na pecuária de corte, características de crescimento e de carcaça são de grande importância para programas de melhoramento genético. Para acelerar o processo de seleção, os marcadores moleculares auxiliam o estudo dessas características que são influenciadas por efeitos poligênicos. Os genes ACRP30, PPARGC1 e OLR1, foram associados à características ligadas a produção em Bos taurus taurus. Esses genes estão ligados aos processos de sínteses de lipídios, síntese metabólica e acúmulo de gordura no tecido adiposo. Em nosso estudo, foram genotipados 639 animais, através da técnica de PCR-RFLP, para os genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI e OLR/PstI, onde foram detectados polimorfismos correspondentes aos sítios de restrição. Para as linhas de seleção Controle (NeC), Seleção(NeS) e Tradição(NeT) em bovinos Nelore, do Instituto de Zootecnia de Sertãozinho-IZ, foram feitas associações com características de peso ao nascer, peso no desmame, peso ao sobreano das fêmeas, altura ao sobreano da garupa das fêmeas, peso ao sobreano dos machos, altura ao sobreano da garupa dos machos, área de olho de lombo, espessura de gordura da garupa, espessura de gordura subcutânea e polimorfismos nos genes estudados, utilizado o PROC MIXED, do programa SAS/STAT 9.1.3. para análises de associações e Teste de Fisher para diferenciação entre populações do programa Genepop. A correção dos testes de hipóteses para comparações múltiplas foi feita pelo método de Bonferroni Os genótipos apresentados foram associados com as características de crescimento e carcaça, não apresentando efeitos significativos na população estudada / In beef cattle production, growth and carcass traits are of great importance for animal breeding programs. To speed up the selection process, molecular markers help to study traits that are influenced by polygenic effects. The ACRP30, PPARGC1 and OLR1 genes were validated in some studies for traits related to production in Bos taurus. This genes are linked to processes of lipids and metabolic synthesis and accumulation of fat in the adipose tissue. In this study, 639 animals were genotyped by PCR-RFLP, for genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI and OLR/PstI, where polymorphisms were detected, corresponding to the restriction sites. For selection lines Control (NeC), Selection (NeS) and Tradition (NeT) in Nellore cattle, from the Institute of Zootecnia from Sertãozinho – IZ, associations were made with polymorphisms in the studied genes and the trais birth weight, weaning weight, yearling weight, yearling rump height, ribeye area, rump fat thickness and subcutaneous fat thickness, using the PROC MIXED from SAS/STAT 9.1.3. program for association analysis, and Fisher Test for population differentiation from Genepop program. The correctness of the hypothesis tests for multiple comparisons was made using the Bonferroni. The genotypes found were associated with the with growth and carcass traits but showed no significant effects on the studied population

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T20:54:06Z : No. of bitstreams: 1 fonseca_lfs_me_jabo.pdf: 664953 bytes, checksum: c75fbd9650d61c3e835a294ce184dd09 (MD5) / A pecuária de corte é uma atividade de grande importância social e econômica no Brasil e criar animais mais produtivos e eficientes é fundamental para aumentar a rentabilidade do sistema. Um dos componentes de maior custo envolvido na produção animal é a alimentação. Por isso, muitos índices já foram propostos com o intuito de melhorar a eficiência alimentar. Uma das características que têm sido estudadas, com objetivo de selecionar animais, é o consumo alimentar residual (CAR), que é estimado considerandose a diferença entre o consumo real e a quantidade de alimento que o animal deveria ingerir baseado no seu peso vivo médio, o que permite identificar e selecionar animais mais eficientes, sem que haja seleção para maior peso a idade adulta. A função mitocondrial tem sido apontada como sendo um fator de grande influência no CAR. Com isso, analisar genes envolvidos na função mitocondrial torna-se uma alternativa para identificar marcadores moleculares associados à maior eficiência alimentar. O co-ativador PGC1, pode induzir a biogênese mitocondrial, termogênese e respiração. A proteína TFAM (fator de transcrição mitocondrial A) está envolvida no processo de transcrição do DNA mitocondrial e é um fator-chave para a replicação do DNA mitocondrial. As proteínas desacopladoras (UCPs) localizam-se na membrana interna da mitocôndria, e dentre elas, estão a UCP2 e a UCP3, que atuam no controle da termogênese adaptativa e da produção de espécies reativas de oxigênio na mitocôndria. Nesse trabalho foram analisadas a expressão dos genes PGC1 , TFAM, UCP2 e UCP3 por meio da técnica de PCR quantitativa em tempo real, em tecidos hepático e muscular de dois grupos de bovinos Nelore com valores contrastantes de CAR, visando avaliar as relações destes genes com consumo alimentar residual... / The beef cattle industry is an activity of significative social and economic importance in Brazil and to raise more efficient animals is fundamental to increase the system profitability . One of the most expensive components involved in animal production is the cost of food. Therefore, many indexes have been proposed to improve feed efficiency. One of the traits that have been studied in order to select animals is the residual feed intake (RFI), which is estimated considering the difference between the real consumption and the amount of food the animal should eat based on its live weight, which allows to identify and select more efficient animals, without selecting for higher adult weight. Mitochondrial function has been identified as an influential factor on RFI. Thus, to analyze genes involved in mitochondrial function becomes an alternative to identify molecular markers associated with higher feed efficiency. The co-activator PGC1 can induce mitochondrial biogenesis, thermogenesis and breathing. The protein TFAM (mitochondrial transcription factor A) is involved in mitochondrial DNA transcription and is a key factor for the replication of mitochondrial DNA. The uncoupling proteins (UCPs) are located in the inner mitochondrial membrane, and among them, are UCP2 and UCP3, which act in the control of adaptive thermogenesis and of the production of reactive oxygen species in the mitochondria. In this study the expression of genes PGC1 , TFAM, UCP2 and UCP3 by real-time quantitative PCR in liver and muscle tissues in two groups of Nellore cattle with contrasting values of RFI were analyzed, to evaluate the relationships of these genes with residual feed intake. In liver tissue, the TFAM and UCP2 genes were more expressed in negative RFI animals compared to positive RFI animals. The PGC1 gene expression had no significant difference... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-28Bitstream added on 2014-06-13T19:33:19Z : No. of bitstreams: 1 dias_vad_me_jabo.pdf: 235185 bytes, checksum: c6385942861da8fea65de0850ac27d24 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As técnicas de biologia molecular utilizadas no melhoramento genético são uma alternativa para o aperfeiçoamento de características de interesse zootecnico. São publicados na literatura novos polimorfismos de genes candidatos posicionais ou funcionais com potencial de aplicação na seleção assistida por marcadores. Os genes IGF2, PMCH e RORC se apresentam, em função de pesquisas recentes, como candidatos para características de interesse em animais de produção. Os objetivos foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos IGF2/MboII, DQ499531.1:g.134A>T e DQ667048.1:g.3290G>T em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e a qualidade de carne em animais abatidos em idade jovem. Foram utilizados dados de qualidade de carne e carcaça de 499 animais da raça Nelore e seus cruzamentos com raças taurinas. As frequências alélicas encontradas permitiram inferir que os alelos dos polimorfismos IGF2/MboII e DQ667048.1:g.3290G<T RORC diferem entre as subespécies Bos indicus e Bos taurus. Embora a relação entre o polimorfismo IGF2/MboII e a EGS nos animais estudados não tenha sido significativa após correção para múltiplos testes, sugerem que mais estudos devem ser realizados para verificar a influência desse polimorfismo sobre esta características de interesse em bovinos. Os SNPs estudados dos genes PMHC e RORC, com base nos resultados, inadequados para uso na seleção assistida por marcadores em bovinos com composição genética semelhantes as utilizadas nesta pesquisa / The techniques used in molecular breeding are an alternative for the improvement of characteristics of zootechnical interest. Are published in the literature a new polymorphisms positional and functional of candidate genes with potential application in marker-assisted selection. The gene IGF2, PMCH and RORC are present, according to recent research, as candidates for traits of interest in farm animals. The objectives were to estimate the allele and genotype frequencies of polymorphisms IGF2/MboII, DQ499531.1: g.134A> T and DQ667048.1: g.3290G> T in beef cattle of different groups genetic and evaluate the occurrence of associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality in animals slaughtered at a young age. Data of meat quality and carcass of 499 Nellore and its crosses with taurine. Based on the results we can conclude that the allele frequencies found possible to infer that the alleles of the polymorphisms and IGF2/MboII DQ667048.1: g.3290G <T differ between subspecies Bos indicus and Bos taurus and although the relationship between polymorphism IGF2/MboII and EGS in the animals studied was not significant after correction for multiple tests, suggest that more studies should be performed to verify the influence of this polymorphism on this interesting traits in cattle. The SNPs studied genes RORC and PMHC seem, based on the results unsuitable for use in marker-assisted selection in cattle with the genetic composition similar those used in this study

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:54:02Z : No. of bitstreams: 1 borges_bo_me_jabo.pdf: 626732 bytes, checksum: d983bf59fbe9fafc772517e4dbe3ce99 (MD5) / O objetivo deste estudo foi estimar as frequências dos polimorfismos nos genes DGAT1 (sequência de 18 nucleotídeos na região promotora – VNTR), ANK1 (novo polimorfismo identificado na região regulatória), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) e MYOG (NW_001501985:g.511G>C) e associá-los a características relacionadas à qualidade de carne e carcaça em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 600 machos, terminados em confinamento com idade inferior a dois anos, com informações de desempenho e genealogia. Os animais foram abatidos em frigoríficos comerciais, onde foram obtidas amostras individuais do músculo Longissimus dorsi para extração do DNA e realização das análises fenotípicas da carne. A genotipagem foi realizada por meio da técnica da PCRRFLP, com exceção do VNTR do gene DGAT1 que foi apenas amplificado pela PCR. Por meio da análise do tamanho dos fragmentos em gel de agarose, foram determinados os genótipos dos indivíduos para o cálculo das frequências alélicas e genotípicas. O estudo de associação com o peso de carcaça quente, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, perdas por cocção (perdas), coloração instrumental (L*, a*, b*), porcentagem de gordura intramuscular (GIM) e índice de fragmentação miofibrilar foi realizado por meio do procedimento GLM do SAS®. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne (p<0,05). No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados (p<0,05) ao aumento da GIM, à redução das perdas e ao aumento da AOL, respectivamente. O SNP do gene TCAP não foi polimórfico e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características testadas. Os resultados obtidos indicam que os genes DGAT1 e ANK1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore para qualidade de carne e carcaça / The aim of this study was to estimate the polymorphism frequencies of the genes DGAT1 (sequence of 18 nucleotides at the promoter region – VNTR), ANK1 (new polymorphism identified at the regulatory region), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) and MYOG (NW_001501985:g.511G>C) and associate them to carcass and meat quality in Nellore cattle (Bos indicus). It was used 600 males, finished at feedlot under two years old, with performance and genealogy information. Slaughter was carried out in commercial abattoir where individual samples were obtained from Longissimus dorsi for DNA extraction and meat analysis. Genotyping was performed by PCR-RFLP, with exception for the VNTR of gene DGAT1 that was only amplified by PCR. By analyzing the fragment size on the agarose gel, the genotypes of the animals were determined for calculation of allele and genotype frequencies. The associations study with hot carcass weight, ribeye area (REA), back fat thickness, shear force, cooking loss (CL), meat color (L*, a*, b*), percentage of intramuscular fat (IF) and myofibrillar fragmentation index was performed using the GLM procedure of SAS®. The allele B from ANK1 gene was associated to higher redness (a*) of meat (p<0.05). The alleles 5R, 6R and 7R from DGAT1 VNTR gene were associated (p<0.05) to increased IF, reduced CL and increased REA, respectively. The SNP of TCAP gene was not polymorphic and MYOG alleles were not associated to any of the tested characteristics. Results indicate that DGAT1 and ANK1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-03Bitstream added on 2014-06-13T19:54:03Z : No. of bitstreams: 1 goncalves_bs_me_jabo.pdf: 365802 bytes, checksum: 971fbfa106cd14733f5d01a18df13850 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Associações entre marcadores moleculares e caracteres agronômicos importantes constituem uma ferramenta valiosa em programas de melhoramento, uma vez que podem identificar indivíduos superiores, ainda em fases juvenis, e, consequentemente, acelerar o processo de desenvolvimento de cultivares. Neste contexto, este trabalho teve por finalidade estabelecer associações entre marcadores moleculares (AFLP e SSR) e resistência e/ou suscetibilidade à ferrugem marrom (Puccinia melanocephala) da cana-de-açúcar, por meio da abordagem de mapeamento associativo. Os dados fenotípicos foram obtidos de experimentos conduzidos em Ribeirão Preto, durante março de 2010 e janeiro de 2012, em delineamento de blocos casualizados completos, DBC, com três repetições. Oitenta e três genótipos de cana-de-açúcar, incluindo cultivares comerciais e clones IAC, foram avaliados quanto a resistência à ferrugem marrom, sob condições de infecção natural. As plantas foram fenotipadas aos 10 meses após o plantio e 7 meses após o primeiro corte. A maioria dos genótipos avaliados (>71%) apresentou reação de resistência à ferrugem marrom; sendo o ciclo de cana-planta mais suscetível ao ataque do fungo do que a soqueira. A resistência à ferrugem marrom apresentou elevada herdabilidade, superior a 0,7. O painel associativo foi caracterizado com 79 pares de primer SSR e 20 combinações de AFLP, os quais detectaram 1015 marcas polimórficas. Os marcadores SCC60.8, SCA31.3, M56/E35 e M56/E37 foram correlacionados à suscetibilidade, enquanto SCB14.9 e M56/E33, ligados à resistência à ferrugem marrom. O efeito individual das marcas oscilou entre -0.37 (R2 = 0.05) e 0.24 (R2 = 0.08). Os marcadores moleculares associados à severidade à ferrugem marrom serão validados, visando explorá-los dentro do programa de melhoramento genético para identificar materiais resistentes ou mesmo eliminar alelos desfavoráveis, e, assim, acelerar os ganhos genéticos / Associations between markers and agriculturally important traits are a valuable tool for breeding programs, since they can identify superior individuals still in the initial developmental stages, and thus accelerate the cultivars development. In this context, the work aimed to establish associations between molecular markers (AFLP and SSR) and resistance and/or susceptibility to brown rust (Puccinia melanocephala) in sugarcane, using association mapping approach. The phenotypic data were obtained from field trials in Ribeirão Preto, during March 2010 and January 2012 in a randomized complete block design, DBC, with three replications. Eighty-three sugarcane genotypes, including commercial cultivars and IAC clones, were evaluated for resistance to brown rust under natural infection. The plants were phenotyped at 10 months after planting and 7 months after the first cut. Most of the evaluated genotypes (>71%) presented rust resistance reaction, with the plant cane crop cycle more susceptible to the fungus attack than the rattoon cane. Brown rust resistance showed high heritability, greater than 0,7. The whole panel was genotyped with 79 SSR primer pairs and 20 AFLP primer combinations, resulting in 1015 polymorphic markers. Markers SCC60.8, SCA31.3, M56/E35 and M56/E37 were correlated with susceptibility, while SCB14.9 and M56/E33 were associated to brown rust resistance. The individual marker effect ranged from -0.37 (R2 = 0.05) to 0.24 (R2 = 0.08). The molecular markers associated with the severity of brown rust should be validated, to be exploited in the breeding program to identify resistant materials or even eliminate unfavorable alleles, and thus accelerate the genetic gain

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-31Bitstream added on 2014-06-13T19:21:36Z : No. of bitstreams: 1 ferrari_r_dr_botfm.pdf: 683564 bytes, checksum: 4f22fe73c82611851ed24de3858cb5e6 (MD5) / Estudos mostram que os valores médios da Interleucina 6 (IL-6) e Proteína CReativa (PCR) não mudam significativamente em pacientes com DPOC no período de um ano. No entanto, o acompanhamento de longo prazo desses mediadores não está estabelecido. Portanto, o objetivo do atual estudo é verificar a evolução dos marcadores inflamatórios sistêmicos de pacientes com DPOC após três anos e verificar a associação entre eles e os demais marcadores da doença. Uma coorte de 77 pacientes com DPOC estável foi avaliada no momento basal e 53 (VEF1=56±21%) foram incluídos no estudo. Nós avaliamos IL-6, PCR, distância percorrida em seis minutos (DP6) e índice de massa corporal (IMC) no momento basal e após três anos. A concentração plasmática de IL-6 foi avaliada por meio de ensaios imunoenzimáticos (ELISA) ultrassensíveis e a PCR foi obtida por meio de imunonefelometria com uso de kits ultrassensíveis. Os valores da IL-6 aumentaram significativamente após três anos em comparação ao momento basal [0,8 (0,5-1,3) vs 2,4 (1,3-4,4) pg/ml, p <0,001] e foram associados com piora da DP6. Os resultados da análise de regressão de Cox mostraram que os valores aumentados de IL-6 no momento basal foram associados com a mortalidade [Hazard Ratio (95% CI)=2,68 (0,13; 1,84); p=0,02]. Os valores médios da PCR não apresentaram alteração significativa [5 (1,6-7,9) vs 4,7 (1,7-10) mg/ L, p=0,84]; embora, onze pacientes (21%) apresentaram aumento >3 mg/L da PCR no período de três anos. O processo inflamatório sistêmico, avaliado pela IL-6, parece ser persistente e progressivo e associado com mortalidade e piora da performance física em pacientes com DPOC / Past studies have shown that mean values of Interleukin-6 (IL-6) and Creactive protein (CRP) do not change significantly in COPD patients over a one-year period. However, longer period follow-up studies are still lacking. Thus, the aim of this study is to evaluate plasma CRP and IL-6 concentration over three years in COPD patients and to test the association between these inflammatory mediators and disease outcome markers. A cohort of 77 outpatients with stable COPD was evaluated at baseline, and 53 (mean FEV1, 56% predicted) were included in the prospective study. We evaluated IL-6, CRP, six-minute walking distance (6MWD), and body mass index (BMI) at baseline and after three years. Plasma concentration of IL-6 was measured by high sensitivity ELISA, and CRP was obtained by high sensitivity particle-enhanced immunonephelometry. IL-6 increased significantly after 3 years compared to baseline measurements [0.8 (0.5-1.3) vs 2.4 (1.3-4.4) pg/ml; p<0.001] and was associated with worse 6MWD performance. In the Cox regression, increased IL-6 at baseline was associated with mortality [Hazard Ratio (95% CI)=2.68 (0.13, 1.84); p=0.02]. CRP mean values did not change [5 (1.6- 7.9) vs 4.7 (1.7-10) pg/L; p=0.84], although eleven patients (21%) presented with changes >3 mg/L in CRP after 3 years. The systemic inflammatory process, evaluated by IL-6, seems to be persistent, progressive and associated with mortality and worse physical performance in COPD patients

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-01Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 buzanskas_me_dr_jabo.pdf: 1313691 bytes, checksum: 7e8dfd967547ab3d2ff714be1b7ddd4b (MD5) / Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP (“Single Nucleotide Polymorphism”) estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia “Generalized Quase- Likelihood Score” para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... / Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the Generalized Quasi-Likelihood Score method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-30Bitstream added on 2014-06-13T20:43:06Z : No. of bitstreams: 1 venturini_gc_dr_jabo.pdf: 246849 bytes, checksum: 411f4a27ffacb189be9c2883de84cb21 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Em linhagens de frangos de corte, pesquisas têm sido realizadas para identificar marcadores moleculares responsáveis pela variação fenotípica de características de interesse econômico para auxiliar os procedimentos de seleção. Neste trabalho, o objetivo foi estudar a associação do gene ALFA ACTINA1 com 68 características de desempenho, carcaça e órgãos e estimar parâmetros genéticos para peso corporal aos 42 dias de idade (PV42), órgãos e partes da carcaça para fornecer subsídios ao programa de melhoramento genético de uma linhagem paterna de frangos de corte, selecionada principalmente para PV42. Os dados utilizados foram provenientes da Embrapa Suínos e Aves, Concórdia, SC. As análises de associação genética entre as características estudadas e a ALFA ACTINA1 foram conduzidas pelo método de máxima verossimilhança, considerando quatro modelos de análise. A análise de validação foi realizada por meio de um modelo misto que incluiu o efeito aleatório de animal (poligenes), os efeitos fixos de sexo (2 níveis), incubação (5 níveis) e do SNP (3 níveis), além do erro aleatório. A estimação de parâmetros genéticos foi realizada pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal multicaracterística para PV42 com características que foram significativamente (p<0,05) associadas com o marcador molecular e com um segundo conjunto de dados que incluiu pesos de carcaça resfriada, de fígado, de coração, de moela e os pesos da asa, das carnes da coxa, da sobrecoxa e do peito, peso do dorso e do filé do peito. O modelo geral utilizado para estimar os parâmetros genéticos incluiu o efeito fixo de grupo incubação-sexo e efeitos aleatórios aditivo e residual. Efeitos aditivos verificados pela substituição alélica do gene ALFA ACTINA1 estão associados com rendimentos da carne do peito (RCPT), do... / In broilers strains, research has been conducted to identify molecular markers responsible for phenotypic variation in traits of economic interest to help the selection procedures. In this work, the aim was to study the association of ALPHA ACTIN1 gene with 68 traits of performance, carcass and organs and to estimate genetic parameters for body weight at 42 days of age (BW42), organs and parts of the carcass to provide tools for the poultry breeding program of a paternal broiler strain and it has been selected mainly for BW42. The data used were from Embrapa Swine and Poultry, Concordia, SC. The analysis of genetic association between traits studied and ALPHA ACTIN1 were conducted by the method of maximum likelihood, considering four models of analysis. The validation analysis was performed using a mixed model that includes the random effect of animal (polygenes), fixed effects of sex (2 levels), incubation (5 levels) and SNP (3 levels) in addition to random errors. The estimation of genetic parameters was obtained by the method of restricted maximum likelihood under animal model multitrait for BW42 with traits significant affected (p<0.05) by the genetic marker and with a second dataset that included cold carcass weight (CW), live (LW), heart (HW), gizzard (GW) and wing (WW), thigh meat (TMW), drumstick (DW) and meat breast muscle (BMW), back (BW) and breast fillet (BFW) weights. The general model used for genetic parameters estimation included the fixed effect of group sex-incubation and effects random additive and residual. Additive effects verified by allelic replacement of ALPHA ACTIN1 gene associated with breast meat yield (BMY), liver yield (LY) and weights at 35 days of age (BW35), skin of drumstick (SDW), DW and BMW. Heritability estimates for these traits beyond BW42 ranged from 0.24 ± 0.06 (LY) to 0.45 ± 0.08... (Complete abstract click electronic access below)