Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pos-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T18:22:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 205423.pdf: 909840 bytes, checksum: caed38f919c6375ba37640963988843d (MD5) / A zona costeira brasileira possui vários ecossistemas extremamente produtivos, mas com grande sensibilidade e susceptibilidade à degradação ambiental. O aumento do aporte antrópico causado principalmente pela crescente concentração populacional e sistemas deficientes de tratamento de efluentes, tem impactado estes ambientes. Os contaminantes podem provocar uma série de distúrbios metabólicos aos organismos e causar uma diminuição dos estoques pesqueiros, da qualidade dos recursos vivos, podendo alterar a cadeia trófica dos oceanos. O Conselho Internacional para a Exploração do Mar (ICES) tem recomendado que programas de monitoramento do ambiente marinho passem a utilizar metodologias

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-22T03:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 206291.pdf: 409098 bytes, checksum: 4c4b0122bf40fdf755de4970efecc4da (MD5) / Os biomarcadores de dano ao DNA (teste Cometa), níveis de lipoperoxidação (TBARS) e biomarcadores de estresse oxidativo, como, catalase (CAT), glutationa peroxidase (GPx), glutationa redutase (GR), glutationa S-transferase (GST), e conteúdos de glutationa reduzida, oxidada e total (GSH, GSSG,GT), foram analisados em sangue (teste Cometa) e fígado de OreochromIs niloticus (tilápia do Nilo), exposta por 7, 15, 30 (exposição sub-crônica), 60 e 90 dias (exposição crônica) a duas lagoas do sistema de processamento de agroindústria de suínos, sendo a primeira lagoa anaeróbica e a última lagoa de polimento. As atividades das enzimas CAT, GPx e GST foram induzidas durante o período experimental, enquanto a atividade da GR apresentou-se induzida com 7 dias e inibida aos 90 dias na lagoa anaeróbica, e na lagoa de polimento sua atividade apresentou-se inibida até 15 dias e induzida com 90 dias de exposição. Os níveis de GSH aumentaram na lagoa de polimento aos 90 dias de exposição. Os níveis de GSSG apresentaram-se elevados durante todo o período experimental nas duas lagoas, enquanto que os níveis de GT mostraram aumentos significativos na lagoa anaeróbica com 60 dias e na lagoa de polimento com 60 e 90 dias. A lipoperoxidação aumentou durante todo o período experimental, assim como o dano ao DNA avaliado pelo teste Cometa. Os resultados sugerem um comportamento bifásico dos biomarcadores de estresse oxidativo e de dano ao DNA. Aparentemente, durante o primeiro e segundo mês de exposição existe uma transição das respostas antioxidantes, onde a maioria dos parâmetros diminui e alguns alcançaram igualdade aos controles e, após exposição mais prolongada (2 e 3 meses) os peixes apresentam uma capacidade antioxidante compensatória mais persistente e acentuada.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas, Programa de Pós-graduação em Química, Florianópolis, 2001 / Made available in DSpace on 2012-10-18T10:39:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 284776.pdf: 1810354 bytes, checksum: 26a824cc76aafc94f0487f603caedd06 (MD5) / Os estuários são caracterizados por possuírem diversas e abundantes fontes de matéria orgânica incluindo contribuições provenientes de várias origens terrestres e marinhas. No presente estudo os compostos lipídios encontrados nos extratos orgânicos de sedimentos coletados em quatro estações e do material particulado coletado em duas estações foram usados para determinar as fontes de matéria orgânica no manguezal de Ratones SC. Os lipídios derivados de fontes terrestres (alcanos, ácidos carboxílicos e álcoois lineares > C20) foram dez vezes mais abundantes nos sedimentos do que no material particulado. No entanto, a abundância relativa das maiores classes de compostos foi qualitativamente similar. Os ácidos graxos respondem por mais de 50% do extrato lipídico total, com base no somatório dos picos do CG. Os compostos predominantes foram ácidos graxos lineares de cadeia curta (<C20), principalmente os ácidos saturados e monosaturados C16 e C18, e cadeias ímpares de ácido graxos lineares e ramificados (C14 - C19), atribuídos à fontes bacterianas. Os índices usados para avaliar contribuições marinhas e terrestres (IPC, RTA e razão C:N:P) para os sedimentos indicam claramente a contribuição de ambas fontes. Os teores de fósforo total e carbono orgânico nos sedimentos correlacionaram-se de maneira significativa com as frações silte e argila. Também foram observadas boas correlações entre os ácidos graxos de cadeia curta e os pigmentos, em especial à clorofila a. Dois ácidos graxos poliinsaturados derivados do fitoplâncton conhecidos como EPA e DHA foram encontrados em ambas as estações de amostragem de material particulado (PN e PV). Foram realizadas comparações mensais entre estas duas estações durante o ano de 2000. Foram observadas variações temporais e espaciais nas concentrações relativas de ambos ácidos e também com pigmentos. No entanto, as quantidades de EPA e DHA na estação PN são maiores do que na estação PV, indicando maior contribuição marinha na estação PN. / Estuaries are characterized by abundant and diverse sources of organic matter including inputs from a variety of marine and terrestrial origins. In the present study lipid compounds found in organic extracts of four sedimentary and two particulate stations were used to asses source of organic matter in Ratones mangrove, SC. Lipids from presumed terrestrial sources (>C20 linear alkanes, alkanoic acids and alkanols) were ten times more abundant in the sediments than in the particulate material. However, the relative abundance of the major compound classes were qualitatively similar. Fatty acids accounted for >50% of the total extractable lipids, based upon summation of GC peaks. The predominant compounds were linear shortchain (<C20) fatty acids, mainly C16 and C18 saturared and monosaturated acids, and odd-chain (C14 - C19) linear and branched fatty acids, generally attributed to bacterial sources. Indices for assessment of land-derived and marine inputs (CPI, TAR and C:N:P ratio) to the sediments clearly indicate the strong contribution of both sources. Total phosphorus and organic carbon contents in the sediments significantly correlated to the silt and clay fractions. Good correlations were also seen for the shortchain fatty acids with pigments, in particular chlorophyll a. Two phytoplankton derived polyunsatured fatty acids known as DHA and EPA were found in both particulate stations (PV and PN). Monthly comparisons were made between the two stations during 2000. The existences of temporal and spatial varations are observed in the relative abundance of both acids and also a good correlation with pigments. However, the DHA and EPA contents at PN station are higher than at PV, indicating greater marine inputs at PN station.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-16Bitstream added on 2014-06-13T18:29:33Z : No. of bitstreams: 1 melloni_mlg_me_jabo.pdf: 351261 bytes, checksum: d4725b9a138adce6f019c7948559b267 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve por finalidade o estudo da fisiologia e a viabilidade do pólen para fins de melhoramento de cana-de-açúcar. Para isto três trabalhos foram realizados. No primeiro foi estimada a taxa de autofecundação de famílias obtidas por policruzamento envolvendo quatro genótipos (IACSP95-5000, IAC94-1099, RB867515, SP89-1115) além do impacto da taxa de autofecundação nas taxas de sobrevivência e seleção das progênies obtidas. O policruzamento foi realizado na cidade de Ribeirão Preto-SP. Após o teste de germinação das sementes obtidas, as que apresentaram viabilidade (sementes da IACSP95-5000 e SP89-1115) foram semeadas em campo onde permaneceram por 10 meses para avaliação da taxa de sobrevivência (4, 6 e 10 meses) e seleção (aos 10 meses). A taxa de autofecundação foi determinada por meio de marcadores microssatélites. Para as progênies da IACSP95-5000 e SP89-1115 as taxas de autofecundação foram de 98,5% e 0% respectivamente. A taxa da sobrevivência foi maior para as progênies da SP89-1115 nas duas últimas avaliações bem como a taxa de seleção no valor de 78,26% contra 28,18% das progênies da IACSP95-5000. O segundo trabalho teve como objetivo comparar dois corantes (iodo 0,1N e azul de lactofenol) utilizados para avaliar viabilidade do pólen de inflorescências de cana-de-açúcar com a germinação em meio de cultura. A leitura da viabilidade do pólen foi realizada em microscópio fotônico (250x) para cada corante, dentro de cada horário, para quatro genótipos de cana-de-açúcar na estação de hibridação do IAC em Uruçuca-Ba. O meio de cultura para germinação foi composto de água de chuva, sacarose (300g/L) e ágar-ágar (10g/L). O corante azul de lactofenol mostrou queda da viabilidade do pólen com o passar das horas de avaliação, o corante de iodo... / The present work aimed to investigate the flowering and the physiology of pollen viability for sugarcane breeding. For these purpose three studies were conduce. In the first one, the selfing rate of polycross derived families involving 4 parents (IACSP95-5000, IAC94-1099, RB867515, SP89-1115) was estimate as also as its impact on the survival and selection rate of the progenies. The polycross was done at Ribeirão Preto-SP. After the seed germination test, those that were viable (IACSP95-5000 and SP89-1115 seeds) were planted in the field where stayed for 10 months for the survival (4, 6 and 10 months) and selection rate (at 10 months) evaluation. The selfing rate was estimated through microsatellite markers. For the progenies derived from IACSP95-5000 and SP89-1115 the selfing rates were 98.5% and 0% respectively. The survival rate was higher for SP89-1115 derived progenies at the last two evaluations as well as the selection rate with 78.26% against 28.18% observed for IACSP95-5000 progenies. In the second study two dyes (iodine 0.1N and lactophenol blue) used to evaluate pollen viability from sugarcane tassels were compared with the pollen germination at culture media composed by rain water, sucrose (300g/l) and agar-agar. The read of pollen viability was done with a photonic microscope (250x) for each dye, in each time for 4 sugarcane genotypes at the IAC cross station (Uruçuca-BA). The lactophenol dye showed a degree of pollen viability with the evaluation time while the iodine dye did not. Compared with the germination in culture media at 6 hours, both dyes did not differ, but, over estimated the viability obtained through germination. At 8 and 9 hours, the iodine dye over estimate the pollen germination while the lactophenol blue under estimate. In the third study the behavior of 17 sugarcane... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador : Prof. Dr. Ciro Alberto de Oliveira Ribeiro / Coorientador : Prof. Dr. Daniel Schlenk / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 13/04/2016 / Inclui referências : f. 75-82;108-112;139-147;160.176 / Resumo: Milhares de compostos introduzidos nos ambientes aquáticos podem causar efeitos adversos tanto para a saúde humana como para a biota. Entre eles, os compostos capazes de interferir no funcionamento normal do sistema endócrino despertam grande interesse e preocupação científica. Com o objetivo de avaliar a qualidade da água dos reservatórios do Rio Iguaçu e detectar desreguladores endócrinos, foram realizadas análises químicas e utilizados diferentes biomarcadores em três espécies de peixes nativas (Astyanax bifasciatus, Geophagus brasiliensis e Crenicichla iguassuensis) coletados em cinco reservatórios do Rio Iguaçu. Para avaliação dos efeitos endócrinos nos peixes foi desenvolvido um anti-soro policlonal anti-vitelogenina para G. brasiliensis como uma ferramenta a ser utilizada no biomonitoramento de ambientes aquáticos. Além disso, exemplares de tilápias (Oreochromis niloticus) foram mantidos em tanques redes montados em quatro reservatórios para avaliação de respostas precoces relacionadas à presença de desreguladores endócrinos. Em três reservatórios foram detectadas concentrações de Cr na água, acima do limite permitido pelo CONAMA. Outros metais com potencial tóxico, como Cd, Cu, Mn, Pb, foram detectados em todos os reservatórios. A integração dos dados, associando a presença dos metais e a relevância das respostas biológicas (biomarcadores moleculares, bioquímicos, genotóxicos, morfológicos), demonstrou um maior impacto dos reservatórios Foz do Areia (FA), Segredo (SE) e Salto Caxias (SC). Através do ensaio de ELISA padronizado foi possível detectar níveis de vitelogenina nos machos acima dos níveis basais, enquanto a técnica de Western Blot demonstrou a expressão da vitelogenina em fêmeas e em poucos indivíduos machos. Ambas as técnicas confirmaram a especificidade e sensibilidade do anti-soro produzido. Observou-se uma menor concentração de vitelogenina nas fêmeas de G. brasiliensis do reservatório FA associada a um menor grau de maturação das gônadas, indicando a presença de desreguladores endócrinos neste reservatório. Já nas tilápias verificou-se maior atividade das enzimas citocromo P450 (CYP1A e CYP3A) em indivíduos machos do reservatório Salto Santiago (SS), onde foram encontrados maiores níveis de PCBs na água. A atividade deste sistema enzimático foi correlacionada com seu papel no metabolismo de xenobiótiocos e moléculas endógenas. A presença de pesticidas organoclorados predominou nos reservatórios SS, SO e SC, áreas com intensa atividade agrícola na região. De forma geral, foi possível concluir neste estudo que o Rio Iguaçu apresenta-se impactado por diferentes fontes de atividades antrópicas ao longo do percurso do rio: i) Desde a região metropolitana de Curitiba, principal fonte de poluentes para o rio, especialmente para o reservatório FA; ii) Pela atividade agrícola e pecuária, principalmente nos reservatórios SS, SO e SC. Portanto, não se verificou um gradiente de poluição nítido ao longo do percurso do rio, já que, além da poluição oriunda da região metropolitana de Curitiba e demais cidades, observam-se outras fontes de poluição difusas. Considerada a grande importância do Rio Iguaçu, é necessário que uma maior atenção seja dada a esta bacia por parte da comunidade e autoridades públicas, com o intuito de mitigar os impactos causados pelas diversas atividades humanas. Palavras chave: Biomarcadores; peixes nativos; vitelogenina; metais; pesticidas; atividades antrópicas / Abstract: Several compounds introduced into aquatic environments may cause adverse effects over human health and biota. Among them, compounds able to interfere in normal function of endocrine system arise great scientific concern. With the aim to evaluate the water quality of the reservoirs of Iguaçu River and detect endocrine disruptors were performed chemical analysis and used different biomarkers in three native fish species (Astyanax bifasciatus, Geophagus brasiliensis and Crenicichla iguassuensis) captured in five reservoirs of Iguaçu River. For evaluation of endocrine effects in fish was developed a polyclonal antiserum anti-vitellogenin of G. brasiliensis as a tool for biomonitoring studies in aquatic environments. Finally, tilapias (Oreochromis niloticus) were maintained in cages mounted in four reservoirs for evaluation of earlier responses related to the presence of endocrine disruptors. In three reservoirs were detected Cr in water above the concentrations permitted by CONAMA legislation. Others metals with toxic potential, as Cd, Cu, Mn, Pb, were detected in all reservoirs. The integration of data associating the presence of metals and the relevance of biological responses (molecular, biochemical, genotoxic, morphological biomarkers), demonstrated a higher impact of the reservoirs Foz do Areia (FA), Segredo (SE) e Salto Caxias (SC). Through the standardized ELISA assay detectable levels of vitellogenin in male fish were higher than basal levels. Western blot demonstrated the expression of vtg in females and few male individuals expressing the protein. Both assays validated the specificity and sensitivity of the produced antiserum. Lower concentration of vitellogenin in female G. brasiliensis from FA associated to a lower gonad maturation degree, indicated the presence of endocrine disruptors in this reservoir. On the other hand, in tilapias was verified higher activity of CYPs (CYP1A and CYP3A) in male individuals from Salto Santiago (SS), where were found the highest levels of PCBs in the water. Higher activity of this enzyme showed its key role responsible for the metabolism of xenobiotics and endogenous molecules. The presence of organochlorine pesticides predominated in the reservoirs of SS, SO and SC, where there is intense agricultural activity. Overall it was possible to conclude in this study that Iguaçu River is impacted by different sources of human activities along the river course: i) The metropolitan region of Curitiba represents the main source of pollutants for the river, specially for FA reservoir, ii) Agriculture and livestock activities are impacting mainly the SS, SO and SC reservoirs. Therefore, no gradient of pollution was seen along the river course, since, besides the pollution from RMC, there are other diffuse sources of pollution. Considering the importance of Iguaçu River, it is necessary higher attention for this river from community and public authorities, with the aim of mitigating the impacts caused by different human activities. Key words: Iguaçu River; Water quality; endocrine disruptors; native fish; vitellogenin; metals; pesticides

Orientador : Prof. Dr. Ricardo L. R. de Souza / Coorientador : Prof. Dr. Sérgio Monteiro de Almeida / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/09/2016 / Inclui referências : f.73-91 / Área de concentração / Resumo: A Doença de Alzheimer (DA), Demência com Corpos de Lewy (DCL) e Doença de Parkinson com Demência (DPD) estão entre as causas mais comuns de demências neurodegenerativas em idosos e impactam diretamente na vida dos indivíduos acometidos e na de seus familiares. Devido a sua etiologia complexa, a DA, DCL e DPD muitas vezes apresentam sobreposição de sintomas dificultando o diagnóstico clinico e, até o momento, não existem marcadores biológicos capazes de estabelecer o diagnóstico diferencial. Além da importância em vias regulatórias, os miRNAs circulantes têm se mostrado promissores no diagnóstico e prognóstico de várias doenças, incluindo as neurodegenerativas. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo investigar os perfis de miRNAs diferencialmente expressos em DA, DCL e DPD a partir da coleta de amostras de soro e Líquido Cefalorraquidiano (LCR) por meio da técnica miRNA-Seq. Foram utilizadas para o sequenciamento 14 amostras de soro e LCR de pacientes com DA, DCL e DPD, 5 amostras de soro de idosos cognitivamente saudáveis e 5 amostras de LCR de indivíduos com Hidrocefalia de Pressão Normal (HPN). As amostras de soro de idosos cognitivamente saudáveis e as de indivíduos com HPN foram utilizadas como controles para o soro e LCR, respectivamente. As análises de expressão diferencial identificaram perfis de miRNAs distintos para soro e LCR em todas as síndromes demenciais em relação aos grupos controles, sendo 7 miRNAs desregulados no soro do grupo DA, 10 em DCL e 6 em DPD; 2 miRNAs diferencialmente expressos em LCR do grupo DA, 8 em DCL e 4 em DPD. A análise de enriquecimento de vias sugeriu a participação de todos os perfis de miRNAs em mecanismos moleculares descritos como previamente desregulados em doenças neurodegenerativas. Os miRNAs miR-342-3p e miR-708-5p foram vistos como diferencialmente expressos em todos os grupos de pacientes em relação aos controles e foram sugeridos como potenciais marcadores da neurodegeneração no soro. A partir das comparações realizadas entre os grupos de pacientes, os miRNAs miR-125a-5p, miR-380-5p e miR-29b-2-5p foram apontados como possíveis marcadores para o diagnóstico diferencial da DA, por meio da coleta de soro. Similarmente, os miRNAs miR-30c-5p, miR-30d-5p, miR-30e-5p, miR-106b-5p, miR- 152-3p e miR-31-5p no soro e miR?423?5p, miR-193b-5p e miR-221-5p no LCR foram considerados como potenciais marcadores para o diagnóstico diferencial da DCL. Apesar de promissores, os miRNAs vistos como diferencialmente expressos ainda necessitam de validação com maior número amostral e técnica mais sensível. Palavras-chave: Doença de Alzheimer; Demência com Corpos de Lewy; Doença de Parkinson com Demência; miRNAs circulantes; biomarcadores. / Abstract: Alzheimer's Disease (AD), Lewy Bodies Dementia (LBD) and Parkinson's Disease with Dementia (PDD) are some of the most common causes of neurodegenerative diseases in elderly people and impact directly on the affected individuals and their families. Due to its complex etiology; AD, LBD and PDD often show overlapped symptoms which may complicate clinical diagnosis and, so far, there are no biomarkers capable of stablishing the differential diagnosis. Besides its importance in molecular pathways, the circulating miRNAs have been considered as putative biomarkers in prognosis and diagnosis of various diseases, including neurodegenerative ones. Therefore, the present study aims to investigate differentially expressed miRNAs profiles in AD, LBD and PDD by collecting serum and cerebrospinal fluid (CSF) samples using miRNA-Seq. Fourteen serum and CSF samples of AD, LBD and PDD individuals, 5 serum samples of cognitively normal elderly individuals and 5 CSF samples of patients with Normal Pressure Hydrocephalus (NPH) have been used for sequencing. Serum samples of cognitively normal elderly individuals and the CSF samples of patients with NPH have been assigned as serum and CSF control groups, respectively. Differential expression analysis has identified distinct miRNAs profiles for serum and CSF in all dementias compared to control groups, being 7 dysregulated miRNAs in AD, 10 in LBD and 6 in PDD for serum samples; 2 differentially expressed miRNAs in AD, 8 in LBD and 4 in PDD for CSF samples. Enrichment pathways analysis suggests involvement of all miRNAs profiles in molecular mechanisms previously described as dysregulated in neurodegenerative diseases. The miRNAs miR-342-3p and miR-708-5p are differentially expressed in all patient's groups compared to the controls and have been suggested as potential markers of neurodegeneration in the serum. Based on comparison between the patient's groups, the miRNAs miR-125a-5p, miR-380-5p and miR-29b-2-5p have been appointed as potential markers for AD differential diagnosis by serum sampling. Similarly, the miRNAs miR- 30c-5p, miR-30d-5p, miR-30e-5p, miR-106b-5p, miR-152-3p and miR-31-5p in serum and miR?423?5p, miR-193b-5p and miR-221-5p in CSF have been appointed as potential markers for LBD differential diagnosis. Despite promising, the miRNAs seen as differentially expressed in this study still need validation with larger cohort and more sensible technique. Keywords: Alzheimer's Disease; Lewy Bodies Dementia; Parkinson's Disease with Dementia; circulating miRNAs; biomarkers.

Resumo: Os estuários são muitas vezes referidos como o tipo de habitat mais degradado do mundo. São vulneráveis a diversas perturbações causadas por atividades humanas, incluindo a agricultura, a indústria, os assentamentos humanos, a pesca e as atividades portuárias. O estuário de Guaratuba é afetado principalmente pelo desenvolvimento das atividades agrícolas e pelas modificações hidrológicas provenientes da construção de barragens. Já o complexo estuarino de Paranaguá recebe regularmente escoamentos provenientes do Porto, de indústrias locais e atividades agrícolas, além do esgoto doméstico, o que acarreta numa variedade muito grande de substâncias químicas que diariamente entram neste ambiente. A fim de avaliar a qualidade da água nestes estuários, bem como os efeitos da sazonalidade na disponibilidade de xenobióticos, foram utilizados os seguintes biomarcadores: Etoxiresorufina-O-deetilase (EROD), Glutationa S-transferase (GST), Lipoperoxidação (LPO), Acetilcolinesterase (AChE), Metalotioneínas (MTs), Teste do micronúcleo písceo (TMP), Ensaio cometa, Ensaio de difusão do DNA, Histopatologia de fígado, além da análise de metais (As, Pb, Sn e Hg) no músculo e no fígado das espécies Cathorops spixii e Atherinella brasiliensis. Foram realizadas duas coletas (verão e inverno) em dois pontos de cada estuário. De acordo com os dados obtidos para os biomarcadores, tanto a baía de Guaratuba quanto a de Paranaguá são impactadas pela presença de xenobióticos, causando efeitos adversos a saúde das espécies pesquisadas. Os biomarcadores sugerem também que o aporte de xenobióticos nestes locais apresenta fontes diferentes, sendo as mais impactantes, as plantações ao redor da baía em Guaratuba e as atividades relacionadas ao porto em Paranaguá. A relação entre a sazonalidade e as respostas dos biomarcadores também foi avaliada, com os pontos mais internos das baías apresentando maiores variações para a espécie C. spixii. A contaminação por metais também foi evidenciada, sendo que o Hg foi mais encontrado em Guaratuba (relacionado a utilização de fertilizantes na agricultura) e o As em Paranaguá, que ocorre naturalmente na região, mas também tem fonte nas indústrias de fertilizantes. A presença destes metais pode estar relacionada a alterações na saúde dos peixes das baías. As espécies C. spixii e A. brasiliensis podem ser consideradas como bioindicadores adequados quando utilizamos a abordagem de biomarcadores, e são indicadas para futuros programas de monitoramentos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-09Bitstream added on 2014-06-13T20:46:47Z : No. of bitstreams: 1 zaganini_rl_dr_botib.pdf: 2927308 bytes, checksum: 11e49aa72205c405399cf15d738d9d2d (MD5) / Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva,... / Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:09Z : No. of bitstreams: 1 000839885.pdf: 1452908 bytes, checksum: c413ca11c7e981d3f7210ad97232d072 (MD5) / Introdução: A mortalidade de pacientes com sepse e lesão renal aguda (LRA) é inaceitavelmente elevada, com necessidade de medidas de prevenção. Faltam estudos brasileiros que mostrem esta incidência em salas de emergências clínicas (SEC) e identifiquem fatores de risco para o seu desenvolvimento, além de marcadores precoces de diagnóstico e prognóstico. Dentre eles, encontra-se o NGAL, que é um biomarcador sérico e urinário (u) promissor de detecção precoce de LRA. Objetivos: Este trabalho teve como objetivo principal avaliar a eficácia do NGALu como preditor diagnóstico e prognóstico da LRA associada à sepse em pacientes admitidos em SEC. Metodologia: Estudo prospectivo de pacientes admitidos na SEC com diagnóstico de sepse durante o período de 01 de fevereiro de 2013 a 31 de maio de 2014. Para cada paciente foi aplicado um protocolo com dados clínicos e laboratoriais. A avaliação da função renal foi realizada por dosagem de creatinina sérica e verificação de débito urinário desde a admissão até o desfecho do quadro (resolução ou óbito). O NGALu foi dosado nas primeiras 24h de admissão (1), entre 24-48h (2) e no momento do diagnóstico de LRA (3). Os resultados foram apresentados por regressão logística e área sob a curva roc para determinar a capacidade do NGALu discriminar o diagnóstico e prognóstico da LRA. Resultados: Foram incluídos 168 pacientes, sendo que 72% tiveram diagnóstico de LRA. Na regressão logística, a idade >65 anos, choque séptico, necessidade de ventilação mecânica (VM) e o NGALu 2 foram identificados como fatores associados à LRA. Quanto à precisão, NGALu 1 e 2, assim como a relação NGAL/Cru 1 e 2 apresentaram área sob a curva ROC para LRA >0,7, com sensibilidade entre 0,63 e 0,75. Os fatores de risco identificados para o óbito foram choque séptico, presença de LRA AKIN 3 e APACHE II > 20. Como preditores de óbito, NGALu 1 e 2 e a relação NGALu/Cru 1 e 2,... / Background: The mortality of septic patients and AKI is inaceptable high, showing the need for preventive measures. There are few Brazilian studies showing the incidence of AKI in clinical emergencies rooms (ER) and identify risk factors for its development, and early markers of diagnosis of AKI and prognosis of patients. NGAL is a serum and urinary (u) promising biomarker for early detection of AKI. Objectives: This study aimed to evaluate the efficacy of uNGAL as a diagnostic and prognostic predictor of AKI associated with sepsis in patients admitted to the ER. Methodology: We prospectively studied patients admitted to the ER diagnosed with sepsis during the period of February 1, 2013 to May 31, 2014. For each patient, a protocol was developed containing clinical and laboratory data from the patients admission to the discharge of the hospital (resolution or death). The assessment of renal function was performed daily by serum creatinine, urine output, and dosage of uNGAL within the first 24 hours after admission (1), between 24-48 h (2) and at moment of AKI diagnosis (3). The results were presented using descriptive statistics of the study population and different statistical tests according to the study objectives. Logistic regression and ROC area under curve was used to determine the ability of uNGAL to discriminate the AKI diagnosis and prognosis of septic patients. Results: One hundred eight patients were included, of which 72% were diagnosed with AKI. In logistic regression, age> 65 years, septic shock, need for mechanical ventilation (MV) and the uNGAL 2 were identified as factors associated with AKI. Regarding the accuracy, uNGAL 1 and 2, as well as uNGAL / uCr 1 and 2 showed an area under the ROC curve for AKI> 0.7, with sensibility between 0.63 and 0.75. The risk factors identified in the logistic regression for death were septic shock, presence of AKI AKIN 3 and APACHE II> 20. As predictors of death, the precision of uNGAL1, ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:57:52Z : No. of bitstreams: 1 000791334.pdf: 1246832 bytes, checksum: a218fc15109d0f914149e0a8bee3fbf4 (MD5) / Painéis de marcadores genéticos de alta densidade (HD) possuem forte desequilíbrio de ligação, que permite melhores predições de valores genômicos. Entretanto, genotipar animais com estes painéis apresenta custo elevado, tornando-se uma limitação para a genotipagem de todos os candidatos à seleção. Uma alternativa para a redução desses custos é utilizar imputação de genótipos. A imputação é um método em que marcadores de uma população genotipada com painéis de baixa densidade (LD) são inferidos utilizando informações provenientes de uma população referência genotipada com painéis HD. O objetivo deste trabalho foi comparar em diferentes cenários metodologias de imputação de marcadores moleculares de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) em bovinos de corte da raça Canchim. Foram utilizadas informações de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético “MA” e 1 touro da raça Charolês genotipados com painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNP), nascidos entre 1999 e 2005 e provenientes da base de dados genômicos da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. A edição dos dados foi realizada no software R e em linguagem C++. Para a frequência mínima de alelos (MAF) foram aplicados 3 diferentes critérios: sem remover MAF (QC1); SNP com MAF menor que 0,0025 (QC2) e menor que 0,10 (QC3) foram excluídos. O painel HD original foi reduzido para painéis de baixa densidade (LD) 3K, 6K, 9K, 50K, 20K, 80K e 90K, selecionando os marcadores em comum entre o painel HD original e os painéis comerciais Illumina Bovine3K (3K), BovineLD (6K), GeneSeek Genomic Profiler (GGP) Beef LD (9K), BovineSNP50 (50K), GGP Indicus LD (20K) ,GGP Beef HD (80K) e GGP Indicus HD (90K). Os animais foram divididos em diferentes cenários, denominados de população referência e imputação, sendo o cenário 1 (C1): População referência formada por animais nascidos ... / High-density panels (HD) have strong level linkage disequilibrium among genetic markers (i.e. single nucleotide polymorphism - SNP), which allows better predictions of genomic breeding values. However, HD genotyping still expensive and became a limitation for the quantity of candidate animals used in genomic studies. As an alternative to decrease costs, imputation methods are powerful tools to infer missing marker genotypes from low-density (LD) panels to HD. Imputation uses information from a reference population of animals genotyped with a HD panel to impute variants that are not directly genotyped in LD panels. The objective of this study was to compare different scenarios and methodologies of imputation for the Canchim cattle. Data set was provided by Embrapa Pecuária Sudeste and comprised 285 Canchim animals, 114 MA genetic group animals, and 1 ancestor Charolais bull. Animals born between 1999 and 2005 were genotyped with the Illumina BovineHD panel (786,799 SNP). Data editing was performed in the R software and in C ++ language. Multiple scenarios combining different minor allele frequencies (MAF) thresholds for SNPs were tested: no MAF filter (QC1), and exclusion of SNPs with MAF lower than 0.0025 (QC2) and MAF lower than 0.10 (QC3). LD panels were created by masking SNPs originally present in the HD panel, and then assigning markers into the Illumina Bovine3K (3K), Illumina BovineLD (6K), Beef LD GeneSeek Genomic Profiler (9K), Indicus LD GeneSeek Genomic Profiler (20K), Illumina BovineSNP50 (50K), GeneSeek Genomic Profiler Beef HD (80K) and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD (90K) panels. Reference and target populations were defined as scenario 1 (C1), reference animals were born up until 2004 and target animals were born in 2005; scenario 2A (C2A), reference animals from Canchim breed and target animals from MA genetic group; scenario 2B (C2B), reference animals from MA genetic ...