Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A series of 5,5,5-trifluoro-3-methyl-(alkylmethylamino)-pentane-1,4-diols, 5,5,5-trifluoro-3-methyl-(arylmethylamino)-pentane-1,4-diols and N,N-bis[5,5,5- trifluoro-3-methyl-(alkylmethylamino)]-pentane-1,4-diols were obtained from the reaction of 3-trifluoroacetyl-4,5-dihydrofuran with amines and diamines and subsequent reduction reaction using sodium borohydride (NaBH4) as a reducing agent. For the synthesis of amino alcohols derived from aryl amines, an equimolar amount of triethylamine was used in the first reaction step, providing better yields. The amino alcohols were obtained as diastereoisomeric mixtures, in the form of oil and with yields from moderate to good (50-83%). This work also presents the synthesis of β-dienamino ketones from the condensation of diamines with trihalomethylsubstituted enones using a simple and efficient method. The yields obtained were excellent and ranged from 75-98%. The trihalomethylsubstituted enones used as starting reagents were synthesized by acylation of acetals or enol ethers with trifluoroacetic anhydride or chloride trichoroacetil. / Uma série de 5,5,5-trifluor-3-metil-(alquilmetilamino)-pentano-1,4-dióis, 5,5,5-trifluor-3-metil-(arilmetilamino)-pentano-1,4-dióis e N,N-bis[5,5,5-trifluor-3-metil-((alquilmetilamino]-pentano-1,4-dióis foram obtidos a partir da reação do 3-trifluoracetil-4,5-diidrofurano com aminas primárias e diaminas e subsequente reação de redução com borohidreto de sódio (NaBH4) como agente redutor. Para a síntese dos aminoálcoois derivados das aril aminas, uma quantidade equimolar de trietilamina foi utilizada na primeira etapa da reação, proporcionando melhores rendimentos. Os aminoálcoois foram obtidos como misturas diastereoisoméricas, em forma de óleo e com rendimentos de moderados a bons (50-83%). Este trabalho também apresenta a síntese de β-dienamino cetonas a partir da condensação de diaminas (1,2-etilenodiamina, 1,3-diaminopropano e 1,4-diaminobutano) com enonas trialometilsubstituídas utilizando uma metodologia simples e eficiente. Os rendimentos obtidos foram ótimos e variaram de 70-98%. As enonas trialometilsubstituídas usadas como reagentes de partida, foram sintetizadas a partir da acilação de acetais ou enol éteres com anidrido trifluoracético ou cloreto de tricloroacetila.

Orientador: Gilberto De Nucci / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T21:47:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ilha_JaimedeOliveira_D.pdf: 2018294 bytes, checksum: fc9af33a98eb54d6384725e7874b1b46 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O desenvolvimento de técnicas de ionização à pressão atmosférica foi de fundamental importância para que a cromatografia líquida de alta eficiência associada à espectrometria de massas se transformasse em uma solução de rotina, possibilitando o desenvolvimento de métodos quantitativos robustos, com elevado desempenho e alta sensibilidade e especificidade. Neste contexto, o recente desenvolvimento da técnica de fotoionização à pressão atmosférica é de particular interesse, já que é capaz ionizar uma série de substâncias farmacologicamente ativas dificilmente contempladas pelas técnicas anteriores, como, por exemplo, esteróides e outros compostos não polares. Todavia, sobretudo em nosso meio, ainda são poucos os trabalhos que apresentam métodos desenvolvidos para a quantificação de drogas em estudos farmacocinéticos com o emprego dessa técnica. Inserido nesse contexto, este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento e avaliação de métodos para a quantificação de drogas em estudos farmacocinéticos utilizando a técnica de fotoionização, tendo como objeto de estudo o anastrozol e as di-hidropiridinas. As avaliações incluíram, entre outras, comparações entre métodos de ionização e estudo da influência do tipo de dopante utilizado. A partir das referidas avaliações e da experiência adquirida com o desenvolvimento de diferentes métodos analíticos, considera-se que esta interface tem o potencial de proporcionar um desempenho igualmente satisfatório quando empregada na avaliação de moléculas passíveis de análise pela aplicação dos métodos de ionização tradicionais, como é o caso da eletronebulização. Para moléculas de pequena afinidade a prótons, a introdução do anisol como substância dopante permitiu que fosse atingida uma eficiência de 10 a 100 vezes maior no processo de ionização dessas substâncias. A utilização de acetona ou anisol, adicionada diretamente à fase móvel, demonstrou ser também uma abordagem interessante, já que diminui o número de equipamentos envolvidos no processo e simplifica a operação diária, além de garantir que a razão entre o fluxo do dopante e do eluente seja constante, o que é importante para reduzir a variabilidade da eficiência de ionização. Verificou-se também que tal abordagem não traz prejuízos à coluna cromatográfica. Os métodos desenvolvidos com o emprego desta interface demonstraram ser adequadamente sensíveis, específicos, precisos e exatos, atendendo assim aos quesitos de validação de métodos bioanalíticos para quantificação de fármacos em matrizes biológicas. Por fim, ao possibilitar a análise de novos compostos, assim como aumentar a sensibilidade dos métodos bioanalíticos em função da maior eficiência de ionização, esta técnica traz uma contribuição importante para a quantificação de fármacos e, em particular, para a realização de estudos de biodisponibilidade relativa / Abstract: The development of atmospheric pressure ionization techniques has been of utmost importance to turn high performance liquid chromatography coupled to mass spectrometry into a routine solution, enabling the development of robust, high performance, high sensitivity and specific quantitative methods. In this sense, the recent development of the atmospheric pressure photoionization technique is specially interesting, as it is making possible the ionization of a group active pharmacological entities hardly addressed by the traditional techniques, as is the case of steroid and other non polar compounds. However, especially in our region, there are only few organizations developing methods for drug quantification in pharmacokinetic studies by means of this technique. Within this setting, the present work aims at the development and evaluation of drug quantification methods for pharmacokinetic studies using photoionization, having anastrozole and dihydropyridine drugs as case studies. Tests performed have included, among others, the comparison of ionization methods and the evaluation of the influence of the dopant selected. Taking into account the evaluations and the acquired experience with the development of distinct analytical methods, it is believed this interface is capable to equally perform satisfactorily when applied to the evaluation of molecules handled by traditional ionization methods, as is the case of electrospray. For low proton affinity molecules, the use of anisole as dopant allowed to enhance the ionization efficiency by 10 to 100 fold. Acetone or anisol directly added to the mobile phase has also shown to be an interesting approach, as few apparatus are required, thus simplifying daily operations. This also assures a constant dopant flow rate as compared to the eluant flow rate, which is relevant to reduce variability on the ionization efficiency. It was also verified this approach does not damage the chromatographic column. Methods developed with this interface have shown to be sensitive, specific, precise and accurate, therefore meeting the requirements for bioanalytical method validation used for quantative determination of drugs in biological matrices. At last, by supporting the analysis of new compounds, as well as by increasing the sensitivity of bioanalytical methods due to a better ionization efficiency, this technique brings an important contribution to drug quantification and, in particular, to the performance of relative bioavailability studies / Doutorado / Doutor em Farmacologia

Orientador: Ney Carter do Carmo Borges / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T16:31:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moreira_RobertoFernandes_M.pdf: 9049271 bytes, checksum: da0d5e2ef677c3ea82ea931de845e3f8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O presente trabalho avaliou o perfil farmacocinético de dois medicamentos anti-hipertensivos, contendo associação de losartana 100 mg + hidroclorotiazida 25 mg na forma farmacêutica de comprimidos revestidos. Foi utilizado um método bioanalítico, apropriado e validado, de determinação simultânea de ambos fármacos para avaliação da biodisponibilidade relativa, de acordo com os critérios de bioequivalência. O estudo foi aberto, randomizado, cruzado, com dois tratamentos, duas seqüências e dois períodos. Os voluntários receberam, em cada período, a formulação teste ou a formulação referência. Vinte e oito voluntários adultos, sadios, de ambos os sexos foram incluídos. Amostras de sangue venoso foram coletadas em tempos pré-determinados. O plasma foi obtido por centrifugação a 3000 rpm por 10 min, e armazenado a -20 °C até a determinação das concentrações de losartana e hidroclorotiazida. O método bioanalítico utilizou a extração líquido-líquido, seguido pela Cromatografia Líquida de Alta Eficiência acoplada a Espectrometria de Massa (HPLC-MS-MS). Com base no intervalo de confiança de 90% dos índices individuais para Cmax e ASC0-t, estabelecidos pela ANVISA e FDA, concluiu-se que a formulação teste é bioequivalente a formulação referência Hyzaar® para extensão e taxa de absorção de losartana e hidroclorotiazida / Abstract: This study evaluated the pharmacokinetic profile of two antihypertensive drugs containing a combination of 100mg losartan plus 25mg hydrochlorothiazide formulated in coated tablets. Appropriate and validated bioanalytical methods for simultaneous determination of both drugs were used to evaluate the relative bioavailability, based on the bioequivalence criteria. This was an open-label, randomized, crossover, two treatments, two sequences, two periods trial. The volunteers received in each period, either the test or the reference formulation. Twenty-eight healthy adults volunteers, of both sexes were enrolled. Venous blood samples were collected at predeterminated times. The plasma was obtained by centrifugation at 3000 rpm for 10 min and stored at -20° C until the determination of concentrations of losartan and hydrochlorothiazide. The bioanalytical method used the liquid-liquid extraction, followed by High Performance Liquid Chromatography with tandem mass spectrometry (HPLC-MS-MS). Based on the confidence interval of 90% of the individual indexes for Cmax and AUC0-t, established by ANVISA and FDA, it was concluded that the test formulation is bioequivalent to the reference formulation Hyzaar® for the extent and rate of absorption of losartan and hydrochlorothiazide / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientadores: Nelci Fenalti Höehr, Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T10:40:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SantosJunior_JulioCesar_M.pdf: 4092105 bytes, checksum: 8809a688f7411f1a87fd956c6674fe41 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Embora as anfetaminas estejam proibidas no Brasil, elas continuam sendo adquiridas ilegalmente assim como os canabinóides e cocaína, que representam um dos principais problemas de saúde pública a serem enfrentados no nosso país. Um dos grandes desafios desta área é a dificuldade de obtenção de material para exames periciais. O humor vítreo por encontrar-se isolado em um compartimento relativamente protegido de contaminação externa, invasão de microorganismos e traumatismos em geral, bem como por sua simplicidade/estabilidade analítica e esterilidade durante um longo período após a morte constitui-se como uma excelente amostra para a determinação de xenobióticos em corpos politraumatizados, carbonizados ou em decomposição, auxiliando na delegação da causa mortis. O uso da espectrometria de massas e o advento de novas metodologias de ionização são ferramentas essenciais à toxicologia forense, a V-EASI (venture easy ambient sonic-spray), é uma fonte de ionização de fácil aplicação e instalação, que não requer fluxo de eluente e os demais fatores utilizados nas fontes comerciais. Além disso, o uso da espectrometria de massas de ressonância ciclotrônica de íons por transformada de Fourier (FT-ICR-MS) de ultra-alta resolução e exatidão (valores de m/z exatos) leva a exata composição molecular, alcançando erros abaixo de 1 ppm (partes-por-milhão). Perante isso a avaliação da fórmula molecular normalmente é inequívoca. Quando acoplada a ionização por eletrospray (ESI) espécies moleculares suaves são formadas reduzindo a complexidade do espectro e produzindo informação composicional livre de fragmentos em misturas complexas facilitando sua compreensão. Portanto este trabalho visa o desenvolvimento de metodologias analíticas para análise de drogas de abuso presentes em humor vítreo, empregando o uso de técnicas modernas de espectrometria de massas (FT-ICR-MS e V-EASI-MS) / Abstract: Although amphetamines are banned in Brazil, they remain illegally acquired as cannabinoids and cocaine, which account for a public health task to be faced in this country. The major challenge is to obtain material for investigation exams. The vitreous humor constitutes a good alternative for these exams, since it occurs isolated in a protected space, free of external contamination and of microorganisms and traumatisms, and also due to its analytical stability and sterility preserving it for a long period after death. Moreover, the vitreous humor constitutes an excellent sample for the determination of xenobiotics even in polytraumatized bodies, carbonized or in decomposition, involved in the causa mortis. The use of mass spectrometry and the advent of new ionization methods are essential tools for forensic toxicology, the V-EASI (venture easy ambient sonic-spray), is a source of ionization easy to use and install, not requiring nitrogen flow, eluent flow and other factors used in commercial sources. Furthermore, the use of Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FT-ICR-MS) provides ultra high resolution and accuracy in mass analysis and its accurate m/z values lead to the exact molecular composition, reaching errors below 1 ppm (parts-per-million) on normal operational conditions, the assigned molecular formula are normally unequivocal. When electrospray ionization (ESI) is used, soft molecular species are formed reducing spectra complexity and providing fragment-free compositional information about complex mixtures facilitating comprehension. Therefore, this work aims at the development of analytical methodologies for the analysis of drugs of abuse present in the vitreous humor, employing the use of modern techniques of mass spectrometry (FT-ICR-MS and V-EASI-MS / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Marcos Nogueira Eberlin, Alexandra Christine Helena Frankland Sawaya / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-26T16:06:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Schmidt_EduardoMorgado_D.pdf: 4816547 bytes, checksum: a63a426882376e7714bd6aea39b9f5ba (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A espectrometria de massas é uma técnica analítica que atualmente permite desde a análise de um único íon molecular até um perfil da distribuição de íons em amostras complexas. Isso vem sendo possível por meio da análise direta com diferentes fontes de ionização e também ao desenvolvimento de analisadores de massas de altíssima resolução tais como o FT-ICR e Orbitrap. Para amostras complexas como o petróleo a fonte de ionização mais adequada para análise dos compostos polares é o Eletrospray (ESI) devido a sua estabilidade e consequentemente reprodutibilidade. Uma alternativa foi testada com a fonte ionização V-EASI, no entanto, as respostas obtidas não foram satisfatórias. O analisador de massas FT-ICR foi utilizado para análise direta de petróleo bruto e permitiu monitorar e investigar o petróleo e seus derivados adicionando novas informações desde a exploração até o refino e, ainda, em um aspecto forense como em derrame de petróleo bruto e investigação de diferentes óleos de motor. Nesse trabalho avaliou-se pela primeira vez o analisador MegaOrbitrap (ainda em fase experimental) para análise de petróleo bruto, que se mostrou tão eficiente senão melhor que o já consagrado FT-ICR. Deixando a parte amostras complexas e retornando para a análise de um único íon, em uma abordagem forense, essa técnica permite a caracterização da composição de corantes utilizados na impressão de notas de Real genuínas e falsas, e ainda, de corantes utilizados para marcar notas de real furtadas de caixas eletrônicos quando estes são violados. Sendo assim, esta tese mostra resultados obtidos da análise de petróleo bruto por ambos os analisadores de massa citados, fato esse inédito na literatura, e também resultados de análises forenses de petróleo, notas de Real falsificadas e também com indicio de furto por meio de corantes e resíduos de explosivos / Abstract: Mass spectrometry is an analytical technique that currently allows from the analysis of a single molecular ion to a profile of the distribution of ions in complex samples. This has been possible through direct analysis with different sources of ionization and also the development of ultra-high resolution mass analyzers such as the FT-ICR and Orbitrap. For complex samples such as oil, the most appropriate source of ionization is the electrospray (ESI) due to its stability and consequently reproducibility. Even though an alternative has been tested with the EASI-V ionization source, the responses obtained were not satisfactory. The analyzer FT-ICR mass is already being used for direct analysis of crude oil and allows monitoring and investigating of the crude oil and its derivatives. This new data about polar compounds may be useful to add new information starting from the oil crude exploration until refining. Additionally, it may also be useful in forensic analysis such as in crude oil spills and in the investigation of the compliance of different motor oils (mineral, semi-synthetic and synthetic) with their labels. In this study we have evaluated for the first time the MegaOrbitrap analyzer (still experimental) for crude oil analysis, which has proved to be as effective, if not better than, the widely used FT-ICR. Dealing with the analysis of a single ion in a forensic aspect, this technique allows the characterization of the dye composition used in the actual printing of genuine and counterfeit banknotes, and further, the dyes used to mark Real banknotes stolen from ATMs after they have exploded. Thus, this thesis shows results obtained from crude oil analysis performed by both mass analyzers mentioned, a fact unprecedented in the literature, and also forensic analysis results of oil, derivatives, Brazilian fake banknotes and also banknotes with theft indicators applied by explosives / Doutorado / Quimica Inorganica / Doutor em Ciências

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-14T13:08:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Corilo_YuriEberlimde_M.pdf: 973329 bytes, checksum: 0e8a6362dd2a94d8ce4185376aa8bde3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A técnica de ionização a pressão atmosférica por electrospray (ESI) se tornou rapidamente a mais utilizada nas áreas de química e bioquímica, em estudos mecanísticos e em análises por ¿fingerprinting¿. ESI é versátil devido a sua alta sensibilidade e capacidade de transferir espécies iônicas da solução para a fase gasosa de forma branda, permitindo inclusive que espécies de alto peso molecular fracamente ligadas permaneçam intactas. Entre os líquidos iônicos (LI) já conhecidos, destacam-se os compostos heterocíclicos da classe dos cátions imidazólios. A espectrometria de massas não era capaz de detectar e analisar essa classe de compostos devido à baixa volatilidade que estes LI apresentam. Entretanto, com o desenvolvimento da técnica de ESI tornou-se possível à transferência desses compostos para a fase gasosa de uma forma bastante branda e eficaz. Estas espécies, podem ser detectadas por espectrometria de massas mesmo sofrendo modificações como fragmentações, rearranjos e reações, pelo fato de um ou dois anéis imidazóis funcionarem como uma ¿âncora¿ de carga, permitindo o estudo de propriedades intrínsecas destes compostos, como reatividade bimolecular. Através de experimentos com ESI em tandem (ESI-pseudo-MS, e ESIMS/ MS) utilizando a técnica de dissociação induzida por colisão (CID), foi possível formar, selecionar e identificar várias novas espécies de carbenos e radicais com sítios afastados de cargas múltiplas e arinos imidazólios / Abstract: The ionization technique, atmospheric pressure electrospray (ESI) has become rapidly the most used in the fields of chemistry and biochemistry, mechanistic studies and in analysis by fingerprint. ESI is versatile due to its high sensibility and capability to transfer ionic species from the solution to the gas phase in a soft way, allowing, inclusively, that species of high molecular weight weakly bonded remain intact. Among the ionic liquids (IL¿s) known, heterocyclic imidazolium cations stand out. Mass spectrometry was not able to detect and analyze this class of compounds due to the low volatility of these compounds. However, with the development of the ESI technique has become possible the transfer of these compounds to the gas phase. These species may be detected by mass spectrometry even when they suffer modifications such as fragmentations, rearrangements or other reactions, due to the fact that one or two imidazolium rings work as a charge ¿anchor¿, allowing the study of intrinsic proprieties of these compounds, such as bimolecular reactivity. Through tandem ESI experiments (ESI-psedo-MS, and ESI-MS/MS) using the collision induced dissociation (CID) technique, it was possible to form, select and identify several new species of multiply charged carbenes, radicals and arynes / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-14T14:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nachtigall_FabianeManke_D.pdf: 3920782 bytes, checksum: 88d49f1c9eaf6b17b3567019b6df9444 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Com o objetivo de entender as propriedades intrínsecas dos líquidos iônicos imidazólios, foram desenvolvidos trabalhos de investigação dos mecanismos de dissociação e destilação, força intrínseca de ligações de hidrogênio e formação e caracterização de carbenos a partir destes compostos. Tais estudos foram realizados através da espectrometria de massas com técnicas API (Atmospheric Pressure Ionization) como ESI-MS(/MS) (Eletrospray Ionization Mass Spectrometry) e APCI-MS(/MS) (Atmospheric Pressure Chemical Ionization Mass Spectrometry) que são técincas de ionização branda que permitem a análise dos compostos por infusão direta da solução de interesse. Para estes estudos foram escolhidos cátions imidazólios com diferentes substituintes nas posições N-1, N-3 e C-2, além de diferentes ânions como contra-íons. O objetivo do trabalho foi testar como essas modificações na cadeia iriam afetar as porpriedades intrínsecas estudadas. A partir dos resultados obtidos nos trabalhos realizados foi possível propor mecanismos de fragmentação para uma vasta gama de líquidos iônicos imidazólios, e propor um mecanismo de destilação para alguns destes compostos. Foram realizadas medidas onde foi possível ordenar e medir a magnitude intrínseca das ligações de hidrogênio para diferentes cátions. Além disso foram obtidas informações a respeito da formação e caracterização de carbenos a partir de líquidos iônicos di, tri e tetraimidazólios. / Abstract: In order to understand the intrinsic properties of imidazolium ionic liquids, studies of dissociation and distillation mechanisms were developed. The intrinsic strength of hydrogen bonds and formation and characterization of carbenes from these compounds were also investigated. Such studies were conducted by API (Atmospheric Pressure Ionization) mass spectrometry techniques such as ESI-MS(/MS) (Electrospray Ionization Mass Spectrometry) and APCI-MS(/MS) (Atmospheric Pressure Chemical Ionization Mass Spectrometry) which are soft ionization techniques allowing the analysis of compounds by direct infusion of the solution of interest. For these studies, imidazolium cations with different substituent at positions N-1, N-3 and C-2 and different anions as counter ions were selected. The objective was to test how these changes in the chains would affect the intrinsic properties studied. From the results of the work fragmentation mechanisms for a wide range of imidazolium ionic liquids were proposed, as well as a mechanism for the distillation of some of these compounds. Measurements were made to order the intrinsic strength of hydrogen bonding for different cations. Further information was obtained about the formation and characterization of carbenes from di-, tri-and tetra-imidazolium ionic liquids. / Doutorado / Quimica Organica / Doutor em Ciências

Nodularia spumigena é uma espécie cianobacteriana conhecida como produtora da hepatotoxina nodularina. Essa cianotoxina é uma potente e irreversível inibidora de proteínas fosfatases da família serina/treonina (PP1 e PP2A) de células eucarióticas e é uma promotora tumoral e suspeita carcinogéna. Além da nodularina, a N. spumigena também é produtora de outros peptídeos não ribossômicos, tais como espumiginas, aeruginosinas e anabaenopeptinas. O primeiro relato de N. spumigena formadora de florações no Brasil ocorreu em 2011 em tanques de produção de camarões no Rio Grande, RS, e estimulou o interesse na obtenção de informações sobre o seu genoma e potencial biossíntético. Dessa forma, a objetivo deste estudo foi avaliar os aspectos genômicos e funcionais da linhagem Nodularia spumigena CENA596 isolada de um tanque de produção de camarões de Rio Grande. Para isso, uma cultura da linhagem N. spumigena CENA596 foi submetida a um tratamento com hipoclorito de sódio (2%) para eliminação de contaminantes e o DNA extraído das células tratadas foi sequenciado na plataforma MiSeq e analisado com ferramentas genômicas. O sequenciamento e a montagem do seu genoma originaram 291 sequências contíguas com percentual GC de 41,19 e tamanho total de 5.189.679 pb. A análise filogenética baseada na sequência do gene que codifica o 16S rRNA agrupou a linhagem CENA596 com outras de N. spumigena da Austrália e América do Norte. Na árvore filogenômica construída com as sequências concatenadas de 31 proteínas, a linhagem brasileira CENA596 agrupou-se com valor de reamostragem de 100% com a N. spumigena CCY9414 originária do mar Báltico. As análises comparativas entre os genomas dessas duas linhagens indicaram um grande número de genes compartilhados, os quais estão relacionados principalmente ao metabolismo primário das células. Por outro lado, foram encontrados genes específicos para cada uma delas que estão envolvidos em respostas celulares a estresses oxidativos, patógenos e antibióticos. A mineração do genoma da N. spumigena CENA596 revelou 13 agrupamentos gênicos hipoteticamente relacionados à síntese de metabólitos secundários, a maioria dos quais mostrou similaridade significativa com agrupamentos conhecidos. As análises químicas confirmaram a produção de duas variantes de nodularina, espumigina, namalida, aeruginosina e aminoácidos tipo micosporina, e uma variante de geosmina. A linhagem brasileira N. spumigena CENA596 mostrou-se capaz de produzir uma variedade significante de moléculas bioativas e seu genoma revelou-se ser consideravelmente conservado em relação ao genoma da linhagem CCY9414, a qual é conhecida por causar grandes florações tóxicas no Mar Báltico / Nodularia spumigena is a cyanobacterial species known as a producer of the hepatotoxin nodularin. This cyanotoxin is a potent and irreversible inhibitor of eukaryotic cell serine/threonine protein phosphatases (PP1 and PP2A) and is a tumor promoter and suspected carcinogen. In addition to nodularin, N. spumigena is also produces other non-ribosomal peptides, such as spumigins, aeruginosines and anabaenopeptins. The first report of bloom-forming N. spumigena in Brazil occurred in 2011 in shrimp production ponds, Rio Grande, RS, and stimulated interest in obtaining information on its genome and biosynthetic potential. Thus, the objective of this study was to evaluate the genomic and functional aspects of the strain N. spumigena CENA596 isolated from a shrimp production pond of the Rio Grande. For this, a culture of the strain N. spumigena CENA596 was submitted to a treatment with sodium hypochlorite (2%) to eliminate contaminants and the DNA extracted from treated cells was sequenced in a platform MiSeq and analyzed with genomic tools. Genome sequencing and assembly resulted in 291 contiguous sequences with GC percentage of 41.19 and total size of 5,187,679 bp. Phylogenetic analysis based on the gene sequence encoding the 16S rRNA grouped the strain CENA596 with other N. spumigena from Australia and North America. In the phylogenomic tree constructed with the concatenated sequences of 31 proteins, the Brazilian strain CENA596 grouped with a bootstrap value of 100% with the N. spumigena CCY9414 originating from the Baltic sea. Comparative analyses between the genomes of these two strains indicated a large number of shared genes, which are mainly related to the primary metabolism of the cells. Otherwise, genes specific for each of the two strains were identified as involved in cellular responses to oxidative stress, pathogens and antibiotics. Genome mining revealed 13 gene clusters hypothetically related to the synthesis of secondary metabolites, most of which showed significant similarity to known clusters. Chemical analyses confirmed the production of two variants of nodularin, spumigin, namalide, aeruginosin and mycosporine-like amino acid, and one variant of geosmin. The Brazilian strain N. spumigena CENA596 was able to produce a significant variety of bioactive molecules and its genome revealed to be considerably conserved in relation to the genome of the strain CCY9414, which is known to cause large toxic blooms in the Baltic Sea

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-27T06:43:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MartinsJunior_HelioAlves_D.pdf: 12398214 bytes, checksum: f76ac9572671aeed993f82ac2167745d (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A Espectrometria de Massas (MS) é uma das técnicas mais empregadas em aplicações bioanalíticas para detecção e quantificação inequívoca de compostos de interesse biológico, provendo informações de extrema relevância para o entendimento dos sistemas biológicos em geral. Neste trabalho, foram realizados estudos de quantificação de hormônios esteroidais por espectrometria de massas no campo da produção animal, por se tratar de uma técnica pouco difundida atualmente na área veterinária. A primeira parte do trabalho consistiu no estudo quantitativo do perfil de quatro hormônios esteroidais em soro de cães da raça Golden Retriever, portadores do gene da distrofia muscular de Duchenne (GRMD). Os animais foram acompanhados durante todas as fases do ciclo estral e os hormônios foram dosados para o entendimento da dinâmica destes compostos ao longo do ciclo. Os resultados comparativos dos níveis hormonais entre os grupos de estudo e o grupo controle apresentaram, pela primeira vez analisados por espectrometria de massas, informações relevantes sobre os níveis destes hormônios. Nossas observações impulsionaram uma importante discussão sobre a correlação das concentrações dos hormônios analisados frente aos sinais clínicos e desenvolvimento da patologia destes animais. A segunda parte deste trabalho consistiu no emprego da espectrometria de massas de alta resolução e exatidão para quantificação de dez hormônios esteroidais em plasma bovino. A metodologia desenvolvida foi aplicada ao estudo dos níveis plasmáticos dos hormônios em vacas clonadas por transferência nuclear de células somáticas (TNCS). Realizou-se um estudos comparativo da cinética dos níveis em plasma dos hormônios no ultimo mês de gestação dos animais clonados, em relação a animais inseminados por fertilização in vitro (FIV) e ao grupo controle, composto por animais de gestação natural. Os resultados mostraram haver alterações na esteroidogênese das vacas portadoras de embriões derivados de técnicas artificiais de gestação e biotecnologia. Foram observadas alterações significativas das rotas de biosíntese e concentrações de hormônios sexuais e corticóides no ultimo mês de gestação dos animais. Estas diferenças e desregulação do processo de biosíntese dos hormônios analisados, promovem alterações das concentrações de hormônios associados ao processo de sinalização de parto, ineficiente em animais clonados por TNCS / Abstract: Mass spectrometry (MS) is one of the most used techniques in bioanalytical applications for detection and unambiguous quantitation of biological compounds, providing information of greatest relevance for the understanding of biological systems. In this thesis, the tandem mass spectrometry has been applied for quantitation of steroid hormones in the field of animal production, as this technique still remains unusual in the veterinary science. The first part of this work consisted in the quantitative profiling study of four steroids in serum of X-linked Golden Retriever Muscular Dystrophy (GRMD) dogs. The animals were followed during all estrous cycle phases and the hormones were measured to understand the dynamics of these compounds over the estrous cycle. The results comparison among the studied carrier and affected groups versus the control group presented, for the first time by mass spectrometry, relevant information about the levels of these hormones. Our findings stimulated an important discussion about the correlation of the hormones concentrations against clinical signs and development of the pathology of these animals. In the second part of this thesis, the high resolution mass spectrometry was applied for quantification of ten steroid hormones in bovine plasma. The methodology was applied to investigate the steroid plasma levels in cloned-derived catlle by nuclear transfer of somatic cells (SCNT). A comparative study of the plasma steroid dynamics of naturally and artificially conceived bovine pregnancies approaching parturition was carried out. The results revealed changes in the steroidogenesis of recipient cows carrying artificially-derived (ART) conceptuses from biotechnology techniques. Significant changes in the steroids pathway as well as in the concentrations of corticosteroids and sex steroids over the last month of gestation were observed. The steroids pathway dysregulation considerably altered the steroids plasma steroid concentrations in the prior month of parturition contributing to the lack of partutition signaling observed in SCNT-derived pregnant cattle / Doutorado / Quimica Inorganica / Doutor em Ciências

Orientador: Fábio Cesar Gozzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-27T10:34:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferrari_AllanJhonathanRamos_M.pdf: 2074796 bytes, checksum: a9fd65df7da4d527a33e2ef562c91f73 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A Stanniocalcina-1 (STC1) é um hormônio glicoproteico que apresenta padrão de expressão diferencial destacado em diversas patologias, notadamente em neoplasias, mas seus aspectos funcionais e estruturais são pouco explorados até o momento. Nesse sentido, a STC1 foi escolhida como alvo para a utilização de uma abordagem integrativa das técnicas que utilizam os reagentes de ligação cruzada, espectrometria de massas e modelagem molecular para a modelagem estrutural. A partir dos experimentos de ligação cruzada, foram obtidas 37 restrições de distância envolvendo espécies ligadas com DSS, sendo 11 destas espécies com N-terminal e uma restrição envolvendo a espécie dimérica, além das cinco ligações de dissulfeto já publicadas. Essas restrições foram utilizadas para a geração de modelos estruturais nas plataformas online I-Tasser e Quark e, localmente, mais de 100.000 modelos pelo protocolo Ab Initio Relax do software Rosetta em quatro diferentes condições iniciais de modelagem. O Rosetta apresentou maior eficiência na geração de modelos quando ausente arquivo de predição de estrutura secundária. As restrições de distância foram ferramenta discriminatória fundamental para a seleção de estruturas candidatas para a STC1. O agrupamento utilizando o parâmetro global distante test (gdt) das 1500 modelos de menor score que respeitavam todas as restrições identificou 22 estruturas representativas estruturalmente distintas. Essas estruturas representativas podem agora ser utilizadas em testes envolvendo substituição molecular nos dados de difração de raios-X / Abstract: The Stanniocalcin-1 (STC1) is a glycoproteic hormone, which shows a differential expression pattern in a variety of pathologies, especially in neoplasia, but its functional and structural aspects have not been explored. Accordingly, the STC1 was chosen as a target to the use of an integrative approach including chemical cross-linking, mass spectrometry and molecular modeling. From cross-linking experiments,37 distance constrains were identified involving the DSS cross-linker, 11 of them in the N-terminus part of the protein and one involving the dimeric specie, in addition to five disulfide bonds already published. These constrains were used to generate structural models by I-Tasser and Quark online platforms and, locally, more than 100,000 models in the Ab Initio Relax protocol package present in the Rosetta software in four different modeling conditions. Rosetta was the most efficient in generating models when secondary structure prediction was absent. The distance constrains were found to be a key discriminatory tool for the selection of candidate structures for the STC1. For the 1,500 lowest score structures that satisfied the distance constrains, the clustering method employing the global distance test parameter (gdt) identified 22 structurally distinct representative structures. These representative structures can be used to in molecular replacement test to solve the X-Ray diffraction data / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química