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Dans cette thèse, nous proposons l'utilisation de représentations de niveau intermédiaire, et en particulier i) d'axes médians, ii) de parties d'objets, et iii) des caractéristiques convolutionnels, pour modéliser des objets.La première partie de la thèse traite de détecter les axes médians dans des images naturelles en couleur. Nous adoptons une approche d'apprentissage, en utilisant la couleur, la texture et les caractéristiques de regroupement spectral pour construire un classificateur qui produit une carte de probabilité dense pour la symétrie. Le Multiple Instance Learning (MIL) nous permet de traiter l'échelle et l'orientation comme des variables latentes pendant l'entraînement, tandis qu'une variante fondée sur les forêts aléatoires offre des gains significatifs en termes de temps de calcul.Dans la deuxième partie de la thèse, nous traitons de la modélisation des objets, utilisant des modèles de parties déformables (DPM). Nous développons une approche « coarse-to-fine » hiérarchique, qui utilise des bornes probabilistes pour diminuer le coût de calcul dans les modèles à grand nombre de composants basés sur HOGs. Ces bornes probabilistes, calculés de manière efficace, nous permettent d'écarter rapidement de grandes parties de l'image, et d'évaluer précisément les filtres convolutionnels seulement à des endroits prometteurs. Notre approche permet d'obtenir une accélération de 4-5 fois sur l'approche naïve, avec une perte minimale en performance.Nous employons aussi des réseaux de neurones convolutionnels (CNN) pour améliorer la détection d'objets. Nous utilisons une architecture CNN communément utilisée pour extraire les réponses de la dernière couche de convolution. Nous intégrons ces réponses dans l'architecture DPM classique, remplaçant les descripteurs HOG fabriqués à la main, et nous observons une augmentation significative de la performance de détection (~14.5% de mAP).Dans la dernière partie de la thèse nous expérimentons avec des réseaux de neurones entièrement convolutionnels pous la segmentation de parties d'objets.Nous réadaptons un CNN utilisé à l'état de l'art pour effectuer une segmentation sémantique fine de parties d'objets et nous utilisons un CRF entièrement connecté comme étape de post-traitement pour obtenir des bords fins.Nous introduirons aussi un à priori sur les formes à l'aide d'une Restricted Boltzmann Machine (RBM), à partir des segmentations de vérité terrain.Enfin, nous concevons une nouvelle architecture entièrement convolutionnel, et l'entraînons sur des données d'image à résonance magnétique du cerveau, afin de segmenter les différentes parties du cerveau humain.Notre approche permet d'atteindre des résultats à l'état de l'art sur les deux types de données. / In this thesis we propose the use of mid-level representations, and in particular i) medial axes, ii) object parts, and iii)convolutional features, for modelling objects.The first part of the thesis deals with detecting medial axes in natural RGB images. We adopt a learning approach, utilizing colour, texture and spectral clustering features, to build a classifier that produces a dense probability map for symmetry. Multiple Instance Learning (MIL) allows us to treat scale and orientation as latent variables during training, while a variation based on random forests offers significant gains in terms of running time.In the second part of the thesis we focus on object part modeling using both hand-crafted and learned feature representations. We develop a coarse-to-fine, hierarchical approach that uses probabilistic bounds for part scores to decrease the computational cost of mixture models with a large number of HOG-based templates. These efficiently computed probabilistic bounds allow us to quickly discard large parts of the image, and evaluate the exact convolution scores only at promising locations. Our approach achieves a $4times-5times$ speedup over the naive approach with minimal loss in performance.We also employ convolutional features to improve object detection. We use a popular CNN architecture to extract responses from an intermediate convolutional layer. We integrate these responses in the classic DPM pipeline, replacing hand-crafted HOG features, and observe a significant boost in detection performance (~14.5% increase in mAP).In the last part of the thesis we experiment with fully convolutional neural networks for the segmentation of object parts.We re-purpose a state-of-the-art CNN to perform fine-grained semantic segmentation of object parts and use a fully-connected CRF as a post-processing step to obtain sharp boundaries.We also inject prior shape information in our model through a Restricted Boltzmann Machine, trained on ground-truth segmentations.Finally, we train a new fully-convolutional architecture from a random initialization, to segment different parts of the human brain in magnetic resonance image data.Our methods achieve state-of-the-art results on both types of data.

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Les enfants qui ont subi une asphyxie périnatale modérée (MPA) risquent de développer des déficits cognitifs et comportementaux subtils et durables, notamment des troubles d'apprentissage et des problèmes émotionnels. Comprendre les mécanismes sous-jacents est une étape essentielle pour concevoir une thérapie ciblée. Déterminer comment le développement du cerveau est corrélé entre les humains et les rongeurs n'est pas simple, mais il existe également un alignement inter-espèces considérable en termes d'étapes clés du développement. Sur la base des changements biochimiques et neuroanatomiques au cours du développement précoce, le consensus général est qu'un cerveau de rongeur P8-10 correspond à peu près au cerveau d'un enfant à terme ; par conséquent, nous avons utilisé cette fenêtre temporelle comme référence pour développer un modèle préclinique de MPA chez la souris. Nous avons d'abord établi un protocole qui nous permet d'observer de manière fiable les crises induites par l'hypoxie chez les souris postnatales. Nous avons constaté que l'exposition de chiots P8-9 directement à 4 % d'O2 pendant 8 minutes induit de manière fiable des crises avec une latence d'environ 5 minutes chez 3 souches de souris (FVB, C57Bl/6, 129S6). Cet aspect est cliniquement pertinent car les convulsions sont la caractéristique néonatale la plus importante de l'encéphalopathie de stade 2 (modérée) telle que définie par l'échelle de Sarnat. Les souris MPA adultes présentent des séquelles à long terme sur des performances cognitives spécifiques, notamment des déficits de la mémoire de reconnaissance et de la flexibilité cognitive, mais aucune altération du comportement moteur et émotionnel. Le cortex préfrontal (PFC) régule la flexibilité cognitive et le comportement émotionnel. Les neurones qui libèrent la sérotonine (5-HT) projettent vers le PFC, et les composés modulant l'activité 5-HT influencent l'émotion et la cognition. On ne sait pas si les dérégulations de la 5-HT contribuent aux problèmes cognitifs induits par le MPA. Dans une première étude, nous avons trouvé que les niveaux d'expression de 5-HT, quantifiés par immunohistochimie, et de libération de 5-HT, quantifiés par microdialyse in vivo chez des souris éveillées, sont réduits dans le PFC de souris MPA adultes. Les souris MPA présentent également une régulation de la température corporelle altérée après l'injection de l'agoniste des récepteurs 5-HT1A, 8-OH-DPAT, suggérant la présence de déficits dans la fonction des auto-récepteurs 5-HT sur les neurones du raphé. Enfin, le traitement chronique de souris MPA adultes avec de la fluoxétine, un inhibiteur du transporteur de recapture de la 5-HT, ou l'agoniste des récepteurs 5-HT1A, la tandospirone, sauve la flexibilité cognitive et les troubles de la mémoire. Ensemble, ces données démontrent que le développement de la fonction du système 5-HT est vulnérable à une asphyxie périnatale modérée. L'hypofonctionnement de la 5-HT pourrait à son tour contribuer à une déficience cognitive à long terme à l'âge adulte, indiquant une cible potentielle pour les thérapies pharmacologiques. Les circuits GABAergiques comprennent une variété étonnante de différents types de cellules, qui sont probablement recrutées par différents événements comportementaux. Un sous-type important de cellules GABAergiques, les cellules positives à la parvalbumine (PV), génèrent des potentiels d'action à haute fréquence et synchronisent l'activité des neurones pyramidaux excitateurs. Les cellules PV sont particulièrement importantes pour la génération d'oscillations gamma, qui à leur tour régulent de nombreuses fonctions cognitives, notamment le traitement attentionnel axé sur les objectifs et la mémoire de travail. Des découvertes récentes indiquent que les cellules PV utilisent beaucoup plus d'énergie que les autres neurones corticaux, ce qui peut les rendre très vulnérables aux conditions de stress métabolique et oxydatif causées par le MPA. Nos données ont montré que l'expression de PV est altérée chez les souris MPA adultes. Nous avons en outre constaté que le niveau d'expression du récepteur de la neurotrophine p75NTR, qui limite la maturation des cellules PV au cours de la première semaine postnatale, est augmenté chez les souris MPA. La suppression génétique de p75NTR dans les neurones GABAergiques exprimant le facteur de transcription Nkx2.1, qui comprend les cellules PV, protège les souris de la perte de niveaux de PV et des effets cognitifs à long terme du MPA. Enfin, un traitement d'une semaine avec un inhibiteur de p75NTR commençant après le MPA sauve complètement les déficits d'activité cognitive et corticale chez les souris adultes. L'ensemble de ces données révèle une cible moléculaire potentielle pour le traitement des altérations cognitives causées par le MPA. / Children who experienced moderate perinatal asphyxia (MPA) are at risk of developing long lasting subtle cognitive and behavioral deficits, including learning disabilities and emotional problems. Understanding the underlying mechanisms is an essential step for designing targeted therapy. Determining how brain development correlates between humans and rodents is not straightforward, however there is also considerable cross-species alignment in terms of key developmental milestones. Based on biochemical and neuroanatomical changes during early development, the general consensus is that a P8-10 rodent brain corresponds roughly to the brain of a term infant; therefore, we used this time window as reference to develop a preclinical model of MPA in mouse. We first established a protocol that allows us to reliably observe hypoxia-induced seizures in postnatal mice. We found that exposing P8-9 pups directly to 4% O2 for 8 minutes reliably induces seizures with a latency of about 5’ in 3 mouse strains (FVB, C57Bl/6, 129S6). This aspect is clinically relevant as seizures are the most prominent neonatal hallmark of Stage 2 (Moderate) encephalopathy as defined by the Sarnat Scale. Adult MPA mice show long-term sequelae on specific cognitive performance, including deficits in recognition memory and cognitive flexibility, but no impairment in motor and emotional behavior. The prefrontal cortex (PFC) regulates cognitive flexibility and emotional behavior. Neurons that release serotonin (5-HT) project to the PFC, and compounds modulating 5-HT activity influence emotion and cognition. Whether 5-HT dysregulations contribute to MPA-induced cognitive problems is unknown. In a first study, we found that 5-HT expression levels, quantified by immunohistochemistry, and 5-HT release, quantified by in vivo microdialysis in awake mice, are reduced in PFC of adult MPA mice. MPA mice also show impaired body temperature regulation following injection of the 5-HT1A receptor agonist 8-OH-DPAT, suggesting the presence of deficits in 5-HT auto-receptor function on raphe neurons. Finally, chronic treatment of adult MPA mice with fluoxetine, an inhibitor of 5-HT reuptake transporter, or the 5-HT1A receptor agonist tandospirone rescues cognitive flexibility and memory impairments. All together, these data demonstrate that the development of 5-HT system function is vulnerable to moderate perinatal asphyxia. 5-HT hypofunction might in turn contribute to long-term cognitive impairment in adulthood, indicating a potential target for pharmacological therapies. GABAergic circuits comprise an astonishing variety of different cell types, which are likely recruited by different behavioral events. An important subtype of GABAergic cells, the fast-spiking, parvalbumin-positive (PV) cells, generate action potentials at high frequency and synchronize the activity of excitatory pyramidal neurons. PV cells are particularly important for the generation of gamma oscillations, which in turn regulate many cognitive functions including goal-directed attentional processing and working memory. Recent findings indicate that PV cells utilize much more energy than other cortical neurons, which may render them highly vulnerable to conditions of metabolic and oxidative stress caused by MPA. Our data showed that PV expression is impaired in adult MPA mice. We further found that the expression level of the neurotrophin receptor p75NTR, which limits PV cell maturation during the first postnatal week, is increased in MPA mice. Genetic deletion of p75NTR in GABAergic neurons expressing the transcription factor Nkx2.1, which include PV cells, protects mice from PV levels loss and the long-term cognitive effects of MPA. Finally, one week treatment with a p75NTR inhibitor starting after MPA completely rescues the cognitive and cortical activity deficits in adult mice. All together this data reveals a potential molecular target for the treatment of the cognitive alterations caused by MPA.

Ciliary neurotrophic factor (CNTF) is produced by astrocytes which have been implicated in regulating stress responses. We found that CNTF in the medial amygdala (MeA) promotes despair or passive coping, i.e., immobility in an acute forced swim stress, in female mice, while having no effect in males. Neutralizing CNTF antibody injected into the MeA of wildtype females reduced activation of downstream STAT3 (Y705) 24 and 48 h later. In concert, the antibody reduced immobility in the swim test in females and only after MeA injection, but not when injected in the central or basolateral amygdala. Antibody injected into the male MeA did not affect immobility. These data reveal a unique role of CNTF in female MeA in promoting despair or passive coping behavior. Moreover, 4 weeks of chronic unpredictable stress (CUS) increased immobility in the swim test and reduced sucrose preference in wildtype CNTF+/+, but not CNTF-/- littermate, females. Following CUS, 10 min of restraint stress increased plasma corticosterone levels only in CNTF+/+ females. In males, the CUS effects were present in both genotypes. Further, CUS increased CNTF expression in the MeA of female, but not male, mice. CUS did not alter CNTF in the female hippocampus, hypothalamus and bed nucleus of stria terminalis. This suggests that MeA CNTF has a female-specific role in promoting CUS-induced despair or passive coping, behavioral anhedonia and neuroendocrine responses. Compared to CNTF+/+ mice, CNTF-/- mice did not show differences in CUS-induced anxiety-like behavior and sensorimotor gating function as measured by elevated T-Maze, open field and pre-pulse inhibition of the acoustic startle response. Together, this study reveals a novel CNTF-mediated female-specific mechanism in stress responses and points to opportunities for developing treatments for stress-related disorders in women.

Un nombre croissant de travaux chez l’animal et chez l’homme suggèrent que les différentes structures composant le lobe temporal interne (LTI) contribuent de manière différentielle à la mémoire déclarative. Chez l’homme, deux réseaux neuraux impliquant le LTI sont décrits : un réseau mésiotemporal antérieur, constitué de structures pour lesquelles les études chez les patients cérébro-lésés indiquent qu’elles contribueraient à la mémoire décontextualisée (mémoire des objets et mémoire sémantique ou mémoire du « quoi ») ; un réseau mésiotemporal postérieur, constitué d’autres structures pour lesquelles ces études suggèrent plutôt une implication dans la mémoire contextualisée (mémoire spatiale, épisodique ou mémoire du «où » et du « quand»). Dans la Maladie d’Alzheimer (MA), les dégénérescences neurofibrillaires, dont la distribution topographique est corrélée à la nature des déficits cognitifs, se développent initialement dans les cortex sous-hippocampiques - transentorhinal et entorhinal - qui sont des composants du réseau mésiotemporal antérieur, avant de s’étendre à l’hippocampe. Les éventuels déficits cognitifs en relation avec l’atteinte de cette région ne sont pas clairement identifiés dans la MA. Les travaux présentés dans ce mémoire sont centrés sur l’étude des cortex sous-hippocampiques avec les méthodes de la neuropsychologie et la neuroimagerie. Ils suggèrent que la MA aux stades les plus précoces pourrait représenter un « modèle » d’étude privilégié des systèmes mnésiques auxquels contribue le LTI. Ces résultats sont en faveur de l’utilité de l’évaluation de la mémoire décontextualisée dans le diagnostic de la MA débutante. / There is increasing evidence from experiments in rodents and non-human primates, as well as from human studies, to suggest that the different structures within the medial temporal lobe (MTL) differentially contribute to declarative memory. In the human brain, two neural networks implicating MTL structures have been described: an anterior MTL network that includes brain areas that contribute to context-free memory (object memory and semantic memory or memory for « what ») and a posterior MTL network that contributes to context-rich memory (spatial memory, episodic memory or memory for “where” and “when”). In Alzheimer’s disease (AD), neurofibrillary tangles (NFT), associated with cognitive signs, initially appear in the sub-hippocampal (transentorhinal and entorhinal) cortex, which are part of the anterior MTL network, before reaching the hippocampus. Potential cognitive deficits related to the dysfunction of this brain area in AD are not clearly identified. In the presented studies, the emphasis is placed on the investigation of sub-hippocampal corteces using a neuropsychological approach and neuroimaging techniques. Our findings suggest that the very earliest stages of AD could represent a “model” leading to a better understanding of memory systems that involve the MTL. They also provide evidence that evaluating context-free memory may be useful in the diagnosis of early AD.

The master thesis "Czech presidency through the eyes of the member and non- member country" considers with the confrontation of articles from the time period of the EU-Czech Presidency which were published in the Czech newspaper Hospodarske noviny a in the Swiss newspaper Neue Zürcher Zeitung. The work concerns with that point how both newspapers constructed the reality of the Czech Republic during its EU-Presidency. The analysis will proceed through the framing method and semiotic analysis. From the framing analysis will result the quantitative data and in the semiotic analysis is included the critical discoursive analysis. The CDA will be discussed in the thesis. Media shows to the audience the secondary reality and they have impact to that what the people think about and what attitude they contain to which event. At this process participates the language. In the master thesis we would like to prove that the Swiss media Show another reality than the Czech one.

The thesis "Looking through the lens of the Czech daily newspaper Mlada fronta for 65 years" examines the topic of the liberation of Czechoslovakia in May, 1945. The qualitative content analysis of selected texts available from the newspaper is used to explore the interpretation of the event in Mlada fronta. The thesis has concentrated on the development of attitudes, beliefs, ways of communications and journalistic transformation of media content concerning the liberation event over time. The main objective has been to answer the question as to whether the media portrayal of the event has remained constant or altered over the stated time period and which factors influenced the portrayal. In the conclusion of this thesis we can confirm that the monitored event has been described differently in different time periods respectively, in connection with political progress and the value of democracy in the country. The more totalitarian the regime, the more the newspaper has described freedom through preferred ideology, biased themes, dogmatic posture and offered interpretations that suited the ruling party. This indicates a form of totalitarian hegemony. During periods of greater totalitarianism, the newspaper tends to describe the theme of the freedom completely within that communist ideology. However,...