Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2018-08-06T15:04:45Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-08-06T15:07:55Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2018-08-06T15:07:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2016-03-17 / Os parasitos do gênero Trypanosoma são descritos em uma ampla variedade de espécies de peixes. Devido ao pleomorfismo destes protozoários e à rara especificidade quanto ao hospedeiro vertebrado, muitas das espécies descritas podem ter sua validade contestada. Visando contribuir para o conhecimento dos tripanossomas de peixes que circulam no Brasil, este estudo apresenta a caracterização morfológica e morfométrica das formas tripomastigotas sanguíneas encontradas em cascudos Hypostomus affinis e Hypostomus luetkeni, de duas localidades no estado de Minas Gerais, aliada ao seu isolamento e manutenção em meios de cultura. A infecção por tripanossomas foi detectada em 100% de H. affinis e em 84,6% de H. luetkeni amostrados, com uma tendência no registro das parasitemias mais elevadas nos hospedeiros menores. As análises morfológicas permitiram o agrupamento dos tripomastigotas sanguíneos em quatro morfotipos distintos, sendo que dois aparentemente não apresentam semelhanças a nenhum outro tripanossoma de peixe já descrito no Brasil. O isolamento in vitro dos parasitos foi possível nos três meios bifásicos testados, enquanto a manutenção dos mesmos pôde ser realizada apenas no meio hiposmótico. O tempo necessário para observação dos primeiros epimastigotas in vitro diferiu entre as duas localidades. As formas evolutivas observadas por exame direto das culturas foram “esferomastigotas”, epimastigotas e tripomastigotas sendo o processo de multiplicação, caracterizado como divisão binária. A sequência de duplicação das organelas seguiu tanto o padrão registrado para tripanossomas de peixes de água doce, com segregação do cinetoplasto anterior à do núcleo, quanto de água salgada, com o núcleo se multiplicando anteriormente ao cinetoplasto. Ao final do processo de divisão puderam ser gerados dois tripomastigotas, dois epimastigotas ou um tripomastigota e um epimastigota. Os isolados deste trabalho apresentaram características in vitro distintas da única espécie isolada no Brasil, especialmente no que se refere às características fisiológicas e à ordem de divisão das organelas, sugerindo que eles possam pertencer a espécies distintas, o que só poderá ser confirmado por análises moleculares. / Parasites of the Trypanosoma genus have been described in a great number of fish species. Due to the pleomorphism presented by these protozoans and the rare specificity related to the vertebrate host, a lot of described species can have their validity questioned. Aiming to contribute with the knowledge about Brazilian fish trypanosomes, this study provides morphological and morphometric characterization of blood trypomastigotes from Hypostomus affinis and Hypostomus luetkeni collected in two sites of Minas Gerais state, along with their culture isolation and maintenance. The trypanosome infections were detected in 100% of H. affinis and 84,6% of H. luetkeni, showing a tendency of highest parasitemias on smaller hosts. The morphological analyses have allowed the distinction of four morphotypes, two of wich are possibly not related with any fish trypanosome species previously described in Brazil. The in vitro isolation of parasites was achieved in three biphasic media that were tested; however, their maintenance was possible only in the hyposmotic medium. The time required for the observation of first in vitro epimastigotes was different for each sampling site. The culture forms observed were spheromastigote-like, epimastigote and trypomastigote, and that latest two have showed a binary fission multiplication process. The multiplication sequence of cell organelles has followed the typical pattern of freshwater fish trypanosomes, with kinetoplast division starting before nucleus division, and also the salt water trypanosomes arrangement, with nucleus multiplication occurring previously to the kinetoplast. As result of the division process were generated two trypomastigotes, two epimastigotes, or one trypomastigote and one epimastigote. The trypanosomes isolates described here have showed in vitro features distinct from those of single trypanosome species isolated in Brazil, nominally: their physiological characteristics related to the medium growth and the division sequence of cell organelles. Altogether, these results can suggest that these trypanosomes could belong to different species; however, this hypothesis can only be confirmed by molecular analysis.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-06-18T15:07:51Z No. of bitstreams: 1 fernandapereirasilva.pdf: 1453424 bytes, checksum: b2a5a43450827f6489877e9e4ea29cca (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-06-27T11:38:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandapereirasilva.pdf: 1453424 bytes, checksum: b2a5a43450827f6489877e9e4ea29cca (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-27T11:38:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandapereirasilva.pdf: 1453424 bytes, checksum: b2a5a43450827f6489877e9e4ea29cca (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A forma e tamanho do corpo são características que diferem entre machos e fêmeas adultos de crocodilianos, entretanto, não existe relato do dimorfismo sexual para filhotes de Melanosuchus niger. O presente estudo teve como objetivo analisar a existência de dimorfismo sexual em filhotes de M. niger com base em dados morfológicos. Os espécimes analisados foram oriundos de um experimento de incubação artificial. Os ovos foram coletados no Lago Tracajá da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá. As gônadas foram analisadas quanto aos parâmetros macroscópicos (forma, textura, coloração e presença/ausência de ducto de Müller) para verificar se havia dimorfismo sexual. A identificação sexual dos filhotes foi confirmada a partir da análise histológica do complexo-Gônada-Adrenal-Mesonefro (GAM) conforme procedimentos de rotina. Para a análise da variação da forma utilizou-se a morfologia quantificada das placas epidérmicas da cabeça dos filhotes a partir de 13 landmarks submetidos a uma análise de morfometria geométrica. Para isto, foram fotografadas em vista dorsal, a cabeça dos exemplares e utilizados os softwares TPSUtil, TPSDig2 e MorphoJ para análises. A análise histológica serviu para confirmar o sexo dos indivíduos analisados. Foram identificados 38 fêmeas e 12 machos. Nos testículos foi possível observar a presença da túnica albugínea associada a medula pouco diferenciada, onde não foi observada a presença de túbulos seminíferos, apenas a presença de células vacuolizadas. Associado ao mesonefro observou-se a presença de ducto de Müller remanescente. Nos ovários observou-se a presença de um epitélio germinativo evidente, formado por tecido epitelial cuboide simples. Na região medular observou-se a presença de folículos ovarianos e lacunas medulares. O Ducto de Müller apresentou-se ligado ao mesonefro pelo mesossalpinge. Foi observado que as características macroscópicas das gônadas diferem entre os sexos. Os testículos apresentaram um formato elíptico com textura lisa e coloração amarela. Os ovários apresentaram textura granulosa, coloração bege clara e associada a ele observou-se a presença de Ducto de Müller. A análise de componentes principais (PCA) mostrou variação na forma das placas epidérmicas da cabeça de filhotes de M. niger, indicando a presença de dimorfismo sexual. O Componente Principal 1 (PC1) explicou 52,6 % da variação da forma, enquanto o Componente Principal 2 (PC2) explicou 14,4%, e a variação geral explicada por esses dois eixos principais foi de 67,0%. A análise de função discriminante confirmou a presença de dimorfismo sexual (p = 0,01). Foi observado que as fêmeas possuem a região posterior da cabeça mais longa e larga, e a mandíbula mais curta e estreita. Enquanto a região posterior da cabeça dos machos é ligeiramente mais curta e estreita, e a mandíbula mais longa e larga. As características macroscópicas e histológicas das gônadas foram semelhantes às encontradas em outras espécies de crocodilianos. A análise macroscópica demonstrou-se suficiente para identificar o sexo de filhotes de M. niger. Em crocodilianos adultos, o dimorfismo sexual pode estar presente na região do crânio relacionado evolutivamente ao reconhecimento visual do gênero. Entretanto, a seleção sexual não seria tão relevante para os jovens quanto para os indivíduos sexualmente maduros. A variação da forma tanto no crânio quanto na mandíbula encontrada em filhotes de M. niger, sugere que machos e fêmeas possivelmente passaram por diferentes processos ontogênicos. A falta de trabalhos envolvendo o estudo de dimorfismo sexual por meio da técnica de morfometria geométrica em filhotes de outras populações de M. niger e/ou de outras espécies de crocodilianos, dificulta a comparação direta. No entanto, fica claro a importância do estudo de dimorfismo sexual em crias de crocodilianos para estimativa da proporção sexual, principalmente se aplicada em populações naturais. Os modelos morfométricos geométricos podem ajudar a desenvolver representações gráficas do dimorfismo sexual da cabeça nos crocodilianos, o que torna estes resultados importantes para programas de conservação em condições naturais, pois representa uma alternativa não-letal às técnicas utilizadas para identificação sexual em M. niger. / The shape and size of the body are characteristics that differ between adult males and females of crocodilians; however, there is no report about sexual dimorphism for Melanosuchus niger hatchling. The present study had as objective to analyze the existence of sexual dimorphism in of M. niger hatchling based on morphological data. The specimens analyzed in this study came from an artificial incubation experimente. The eggs were collected at Lake Tracajá on Mamirauá Sustainable Development Reserve. The gonads were analyzed with macroscopic parameters (shape, texture, color and presence / absence of Müller duct) to verify if there was sexual dimorphism. The sexual identification of the hatchling was confirmed by the histological analysis of Gonad-Adrenal-Mesonefro (GAM) complex according to routine procedures. For the analysis of the variation of the form the quantified morphology of the epidermal plates of the hatchling' head was used from 13 landmarks submitted to a geometric morphometry analysis. For this, the heads of the specimens were photographed in dorsal view and the TPSUtil, TPSDig2 and MorphoJ software were used for analysis. Histological analysis served to confirm the animal´s sex of this study. There were identified, 38 females and 12 males. In the testes it was possible to observe the presence of the tunica albuginea associated with a little differentiated marrow, where the presence of seminiferous tubules was not observed, only the presence of vacuolated cells. Associated with the mesonephro we observed the presence of the remaining Müller duct. In the ovaries, the presence of an evident germinative epithelium, formed by simple cuboid epithelial tissue was observed. In the medullary region the presence of ovarian follicles and marrow gaps were observed. The Müller Duct was connected to the mesonephro by the mesosalpinge. It was observed that the macroscopic characteristics of the gonads differ between the sexes. They showed elliptical, smoothly, yellow testes. The ovary presents granular structure with light beige coloration and associated with the presence of Müller's Duct. Principal component analysis (PCA) showed variation in the shape of epidermal scales of M. niger hatchling, indicating the presence of sexual dimorphism. The Principal Component 1 (PC1) explained 52.6% of the shape variation, as the Principal Component 2 (PC2) explained for 14.4%, and the overall variation explained by these two main axes was 67.0%. The analysis of discriminant function confirmed the presence of sexual dimorphism (p = 0.01). It was observed that the females have the posterior region of the head longer and wider, and the jaw shorter and narrower. While the posterior region of the males head is slightly shorter and narrower, and the jaw longer and wider. The macroscopic and histological characteristics of the gonads were similar to those found in other species of crocodilians. Macroscopic analysis was sufficient to identify the sex of M. niger hatchling. In adult crocodilians, sexual dimorphism may be present in the region of the skull related evolutionarily to visual recognition of the genus. However, sexual selection would not be as relevant to young people as to sexually mature individuals. The variation of the shape in both the skull and mandible found in M. niger hatchling suggests that males and females may have undergone different ontogenic processes. The lack of work involving the study of sexual dimorphism using a geometric morphometry technique in hatchling of other populations of M. niger and/or other species of crocodilians makes difficult direct comparison. However, it is clear the importance of the study of sexual dimorphism in gilts of crocodilians to estimate the sexual proportion, especially if applied in natural populations. Geometric morphometric models can help to develop graphic representations of sexual dimorphism of the head in crocodilians, which makes these results important for conservation programs under natural conditions, since it represents a non-lethal alternative to the techniques used for sexual identification in M. niger.

Orientadores: Irene Lorand-Metze, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T22:11:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mello_MarianaRezendeBandeirade_D.pdf: 5178635 bytes, checksum: 8ac6a3134a752be699d5f1d5d6d8ba71 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A classificação atual da OMS para LMA reconhece a importância da pesquisa de anormalidades genéticas para diagnóstico e manejo adequado do paciente. A textura da cromatina dos núcleos está relacionada com fenômenos epigenéticos como a metilação. Nosso estudo teve como objetivos estudar o status de metilação dos genes CDKN2B (p15), CDKN2A (p16), CDKN1C (p57), TP73 (p73), ESR1 (ER) e ABCB1 (MDR1), verificar a freqüência das mutações nos genes FLT3 e NPM1 e analisar parâmetros da morfometria e textura da cromatina. Verificamos também a associação entre o perfil imunofenotípico, textura nuclear e características moleculares. Além disso, analisamos a relação destas variáveis com a sobrevida global. Foram estudados 106 pacientes com LMA de novo (19 com LMA M3 e 87 com outros subtipos de LMA) diagnosticados no nosso Serviço. Nas LMAs M3 foi encontrado 15,8% de pacientes com FLT3-TKD e 10,5% FLT3-ITD. Os pacientes com LMA M3 foram mais jovens, apresentaram menor número de leucócitos e plaquetas. Tiveram também maior expressão de CD45 e MPO do que os outros subtipos de LMA. Os pacientes com LMA M3 tiveram melhor sobrevida que os outros subtipos. Dentre esses pacientes as LMA M3 FLT3-ITD+ apresentaram pior sobrevida. O desvio padrão do nível de cinza foi um fator independente de prognóstico. Em relação aos casos de LMA não M3 foi encontrado 23,3% dos pacientes com presença da mutação FLT3-ITD, 8,1% FLT3- TKD e 29,1% da mutação no gene NPM1. As mutações nos genes NPM1 e FLT3 foram mais frequente em pacientes com cariótipo normal. Dos pacientes com outros subtipos de LMA, 3,4% apresentaram metilação no gene ESR1, 26,4% no gene CDKN2B, 11,5% no gene CDKN2A, 1,1% no CDKN1C e 23,0% no gene TP73. Os pacientes que apresentaram o gene CDKN2B metilado tiveram menor dosagem de hemoglobina e expressão do CD13. Os pacientes com metilação no gene TP73 apresentaram menor contagem de leucócitos, expressão de CD45, CD13, CD33 e MPO. Os pacientes com LMA sem maturação apresentaram menor R245. Na análise de sobrevida dos pacientes com LMA, excluindo M3, os casos com NPM1+ FLT3-ITD- tiveram melhor sobrevida. O R245, a entropia e a mutação FLT3-ITD foram fatores independentes de prognóstico. A frequência das mutações e de metilação encontrada foram semelhantes a outros estudos. O R245 pode ser uma variável nova para avaliação da textura da cromatina / Abstract: The WHO classification for acute myeloid leukemia (AML) has emphacized the cytogenetic and molecular aspects for diagnosis and proper management of the patients. The nuclear chromatin texture is related to epigenetic phenomena such as methylation. In our study we examined the frequency of mutations in FLT3 and NPM1 genes, the methylation status of genes CDKN2B (p15), CDKN2A (p16), CDKN1C (p57), TP73 (p73), ESR1 (ER) and ABCB1 (MDR1) and analyzed features of nuclear morphometry and chromatin texture. We studied the association between the immunophenotypic profile, nuclear texture and molecular features. In addition, we analyzed the relationship between these variables and overall survival of the patients. We studied 106 patients with de novo AML: 19 with promyelocytic leukemia (APL) and 87 with other subtypes of AML diagnosed in our Service. Patients with APL were younger, had lower peripheral leukocyte counts and platelets. They also showed a higher expression of CD45 and MPO than other subtypes of AML. Among them, 15.8% presented FLT3-TKD and 10.5% showed FLT3- ITD. CDKN2B was methylated in 21.0%, CDKN2A in 21.0% and TP73 in 10.5% of the patients. Methylation in CDKN1C, ER and MDR1 were not found. Patients with APL had better survival than other subtypes. The standard deviation of gray level was an independent factor of prognosis. Among the other cases of AML, we found the FLT3-ITD mutation in 23.3%, the FLT3-TKD mutation in 8.1%, and 29.1% of the patients had mutation of the NPM1 gene. Mutations in NPM1 and FLT3 were more frequent in patients with a normal karyotype. Among these patients, 3.4% had methylation of the ESR1 gene, 26.4% in CDKN2B, 11.5% in CDKN2A, 1.1% in the CDKN1C and 23.0% in TP73. Patients with methylated CDKN2B showed lower hemoglobin levels and a lower expression of CD13. Patients with methylation in the TP73 gene had lower peripheral leukocyte counts and lower expression of CD45, CD13, CD33 and MPO. Patients with AML without maturation had lower R245. In the survival analysis of patients with AML, except APL, the cases with NPM1+ FLT3 ITD- had better survival. The R245, entropy and FLT3-ITD mutation were independent predictors of prognosis. The frequency of mutations and methylation found were similar with other studies. The R245 can be a new variable for evaluation of chromatin texture / Doutorado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Doutor em Fisiopatologia Medica

Orientador: Konradin Metze / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-20T00:01:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Valladao_MariaLuizadeCastroRamos_D.pdf: 10270983 bytes, checksum: 4313e15091d949287ba12830e233437d (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O tumor venéreo transmissível canino (TVTC) é transmitido por meio da transplantação de células neoplásicas. O sulfato de vincristina é o agente quimioterápico mais utilizado no tratamento do TVTC. O objetivo deste estudo foi comparar as alterações morfológicas antes da quimioterapia e após uma semana da aplicação de uma injeção intravenosa de sulfato de vincristina. Neste estudo prospectivo, 100 massas tumorais do TVTC de ocorrência natural foram inclusos. Lâminas citológicas coradas com HE, cortes parafinados corados com tubulina e PCNA, cortes para microscopia eletrônica foram preparados pré e pós tratamento. Realizou-se a contagem da taxa de mitoses, da porcentagem de linfócitos e da marcação do PCNA. Também foi feita a análise de imagem computacional da textura nuclear e a análise sintática estrutural do tecido tumoral. A morfometria demonstrou que, após a terapia, houve a diminuição da área, do perímetro, do diâmetro, da densidade óptica integrada e da tonalidade dos agrupamentos nucleares; enquanto houve aumento do "goodness of fit" da dimensão fractal nuclear. Na análise sintática estrutural, observou-se o aumento da distância entre os núcleos. A contagem de mitoses e o índice PCNA não mostraram diferença entre a primeira e a segunda biópsia. Os agrupamentos citoplasmáticos grandes que foram corados com tubulina diminuíram de tamanho após o tratamento e essa alteração talvez se deva à ruptura induzida pela vincristina nos microtúbulos. Em resumo, a quimioterapia com vincristina promoveu profundas alterações no núcleo, no citoplasma e na reorganização estrutural sintática do tumor / Abstract: The canine transmissible venereal tumor (CTVT) is transmitted by transplantation of neoplastic cells. Vincristine sulfate is the most widely used chemotherapeutic agent for the treatment of CTVT. The aim of this study was to compare the tumor morphology before chemotherapy and one week after application of a single intravenous injection of vincristine sulphate. In this prospective study 100 animals with spontaneously occuring CTVT were included. HE-stained cytological imprints, paraffin sections stained by tubulin and PCNA and sections for electron microscopy were prepared from the tumor before and after treatment. Mitotic rate, percentage of lymphocytes and PCNA stained tumor cells were counted. Computerized image analysis of the nuclear texture and syntactic structure analysis were applied. After therapy nuclear morphometry showed decreased area, perimeter and diameter values, diminished integrated optical density and cluster shade of nuclear texture, as well as increased values of "goodness of fit" of the fractal dimension. The nuclei were more distant. Mitotic counting and PCNA index did not differ between the first and second biopsy. Cytoplasmic large tubulin clusters diminished their size during treatment. This finding may be due to the vincristine-induced rupture of microtubules. In summary, chemotherapy with vincristine provides profound changes in the nuclear, cytoplasmic and syntactic structural organization of the tumor / Doutorado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Doutor em Fisiopatologia Medica

Orientador: João Semir / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T09:13:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_RenataSouzade_D.pdf: 18742422 bytes, checksum: 60b13be02b7671ce99e0f011e441ee1e (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O gênero Hippeastrum Herb. pertence à família Amaryllidaceae, subfamília Amaryllidoideae. Compreende cerca de 50 espécies, distribuídas na América do Sul, sendo no Brasil representado por 27 espécies e 11 nomes duvidosos. Hippeastrum Herb. revelou-se como um grupo monofilético nos últimos trabalhos de filogenia com dados moleculares e caracteriza-se principalmente pelo número cromossômico básico x=11, folhas geralmente loriformes, inflorescência com brácteas espatais livres, flores zigomorfas, seis estames em quatro comprimentos diferentes e corona geralmente presente. O presente estudo apresenta revisão bibliográfica, com o levantamento das espécies de Hippeastrum ocorrentes no Brasil, chave de identificação, descrições e mapas de distribuição. Hippeastrum é tradicionalmente subdividido em cinco subgêneros caracterizados por atributos florais, muitos dos quais de delimitação controversa. Foram investigadas as relações entre as espécies brasileiras e testou-se o monofiletismo dos subgêneros com base em dados de sequência de DNA. Para isto, diversos marcadores de DNA plastidial foram testados; mesmo os mais polimórficos (trnH-psbA e trnK-matK) forneceram poucos dados e incongruentes com dados de rDNA (ITS e 5S-NTS). Dados de rDNA possibilitaram o reconhecimento e análise de indivíduos heterozigotos, com padrões condizentes com eventos de hibridização, que podem ser observados em populações de espécies simpátricas. As incongruências, recombinações e compartilhamento de haplótipos foram explorados por meio de "networks". Os subgêneros revelaram-se polifiléticos; os atributos morfológicos utilizados para seu reconhecimento, bem como para as diferentes espécies, estão associados as síndromes e biologia da polinização. Com auxílio da análise discriminante e reconstrução de estado ancestral, averiguou-se a correlação de atributos florais, principalmente morfométricos, com a delimitação de espécies e grupos revelados pelas inferências filogenéticas. As espécies são bem delimitadas por atributos florais, mas os clados testados não foram corroborados pela morfologia, reafirmando a hipótese de que os eventos evolutivos estão ligados à proximidades geográfica e que os estados de caracteres acompanham as pressões de polinização. A reconstrução do estados dos caracteres revelou que a corona em placas é uma sinapomorfia do clado formado por H. aulicum e H. calyptratum. Além disso detectou-se sobreposições morfológicas entre espécies de Hippeastrum e gêneros próximos, tornando difícil uma delimitação morfológica precisa dos grupos / Abstract: The genus Hippeastrum Herb. belongs to family Amaryllidaceae, subfamily Amaryllidoideae, and comprises about 50 species, distributed in South America; in Brazil is represented by 27 species and 11 doubtful names. Hippeastrum Herb. revealed as a monophyletic group in recent studies of phylogeny with molecular data; it is characterized by cromossomic basic number x=11, leaves usually loriform, free bracts in inflorescence, zygomorphic flowers, six stamens with four different lengths, and corona usually present. This work presents a bibliographic review, a inventory of Hippeastrum species that occur in Brazil, identification key, descriptions and distribution maps. Hippeastrum Herb. is typically divided into five subgenera, characterized by floral attributes, many with controversial delimitation. The relationship between Brazilian species and the monophyly of its subgenera based on DNA sequence data were investigated. Various plastid DNA markes were tested; even the most polymorphic ones (trnH-psbA and trnK-matK) provided little evidence and are incongruente whith rDNA (5S-NTS). The rDNA data allow the recognition and analysis of heterezygous individuals, with patterns consistente with hybridization events, which can be observed in populations of sympatric species. Incongruence, recombination, and sharing of haplotypes were explored with networks. Subgenera are polyphyletic; morphological attributes used for their recognition, as well as for different species, are associated with syndromes and pollination biology. With discriminant analysis and reconstruction of ancestral state, the correlation of floral traits, particularly morphometric, with the delimitation of species and groups revealed by phylogenetic inferences were investigated. The species are clearly discriminate by their floral traits, but the clades tested were not corroborated by the morphology, confirming the hypothesis that the evolutionary events related to geographic proximity and the characters arose from the pressures of pollination. The reconstruction of character states revealed that the corona in plaques is a synapomorphy of the clade formed by H. aulicum and H. calyptratum. In addition, morphological superposition between Hippeastrum species and correlated genera was found, making it difficult a accurate morphological delimitation of groups / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

A articulação do joelho tem sido vastamente estudada nas ultimas décadas. Este intenso interesse pode ser visto sob o foco da complexidade desta articulação e de sua importância clínica. No entanto, nota-se escassa informação a respeito de aspectos morfológicos e ultraestruturais sobre o desenvolvimento desta articulação, em fetos humanos de diferentes faixas etárias, o que poderia servir de base teórica para estratégias de reparo da cartilagem e engenharia de tecidos, bem como contribuir para uma melhor compreensão de doenças e malformações ao longo do desenvolvimento dos componentes articulares. Desse modo, considerando-se a importância do conhecimento sobre aspectos morfofuncionais do desenvolvimento normal dos tecidos cartilagíneos na articulação do joelho humano, realizou-se a presente pesquisa com fetos humanos abrangendo a faixa etária da 16ª a 31ª semanas de vida intrauterina. Foram utilizados 20 fetos, os quais foram divididos em 4 grupos (n=5) da seguinte forma: grupo 1 (G1): 16-19 semanas de vida intrauterina (VIU); grupo 2 (G2): 20-23 semanas VIU; grupo 3 (G3): 24-27 semanas VIU e grupo 4 (G4): 28-31 semanas VIU, em que foram realizadas análises morfométricas da cartilagem das epífises do fêmur e tíbia na articulação do joelho, para os parâmetros: área dos condrócitos, densidade de condrócitos e matriz extracelular, análise estereológica para o volume dos condrócitos, e análise qualitativa da distribuição, organização e tipificação de fibras colágenas com uso de Picro-sirius sob análise com luz polarizada. Também se analisou a ultraestrutura através de microscopia eletrônica de varredura (MEV). Frente à metodologia proposta e os resultados obtidos a respeito da avaliação morfofuncional, concluiu-se que a área e o volume dos condrócitos, bem como a densidade da matriz extracelular, na região média das epífises cartilagíneas, tanto do fêmur quanto da tíbia, aumentaram com o avançar da faixa etária, enquanto a densidade dos condrócitos diminuiu. Na região média das epífises, a cartilagem imatura dos fetos mais jovens, inicialmente com características de uma zona de proliferação, passa a apresentar, em fetos com idade mais avançada, características de uma zona de maturação, com condrócitos maiores e mais distantes uns dos outros. Na camada superficial da epífise a organização e orientação das fibras de colágeno modificam-se nos diferentes grupos, passando de uma orientação irregular no grupo dos fetos mais jovens, para uma organização pantográfica no grupo de fetos mais desenvolvidos. Finalmente, verifica-se a clara relação entre o amadurecimento da cartilagem e as alterações na organização e orientação das fibras colágenas, as quais contribuem para as propriedades requeridas na cartilagem em cada fase de seu desenvolvimento, tais como resistência à tensão, resistência à compressão e habilidade para distribuir cargas / The knee joint has been widely studied in recent decades. This intense interest can be seen from the perspective of the joint complexity and its clinical importance. However, there is little information about morphological and ultrastructural aspects of the development of this joint, particularly in human fetuses within different age, which could serve as a theoretical basis for cartilage repair strategies and tissue engineering, as well as contributing for a better understanding of diseases and malformation during the development of joint components. Thus, considering the importance of morphological and functional aspects of normal cartilaginous tissue development in the human knee joint, this research was performed with human fetuses covering the age range 16 to 31 weeks of intrauterine life. Twenty (20) fetuses were divided into 4 groups (n = 5) as follows: Group 1 (G1): 16-19 weeks, Group 2 (G2): 20-23 weeks, Group 3 (G3): 24-27 weeks and Group 4 (G4): 28-31 weeks. For the femoral and tibial epiphysis cartilage in the knee joint, it was performed morphometric analysis regarding area of chondrocytes, percent density of chondrocytes and extracellular matrix, stereological analysis of the chondrocytes volume and qualitative analysis of the distribution, organization and characterization of collagen fibers using picrosirius staining under analysis with polarized light. It was also analyzed the ultrastructure by scanning electron microscopy. Facing the proposed methodology and the results regarding the morphological evaluation of the middle region of both femur and tibia epiphysis, it was concluded that the area and the volume of the chondrocytes, as well as the density of extracellular matrix increased with advancing age, while the percent density of chondrocytes decreased. In the middle region of the epiphysis, immature cartilage of younger fetuses, initially with characteristics of a proliferation zone starts to present, in older fetuses, characteristics of maturation zone, presenting larger chondrocytes and more distant from each other. In the epiphysis cartilage surface, the organization and orientation of the collagen fibers changed in different groups, from an irregular orientation in the younger fetuses group, to a pantograph organization in the most developed fetuses group. Finally, it was observed the relationship between the cartilage development and the changes in the collagen fibers organization and orientation in order to obtain the cartilage properties required at each stage of the development, such as tensile strength, resistance to compression and ability to distribute loads

São preocupantes as doenças que tem o Aedes aegypti como vetor. A elevada competência vetorial deste mosquito, bem como sua antropofilia e adaptação ao ambiente urbano, geram habitats favoráveis e torna sua prevenção uma árdua tarefa considerando os recursos disponíveis. O controle atual enfatiza o mosquito, mas ainda há espaço para o aprimoramento da sua efetividade e sucesso, o que torna fundamental o maior conhecimento sobre este inseto. O Brasil apresenta condições favoráveis para a disseminação do mosquito. Diante do exposto este estudo visa estudar a vigilância entomológica do Aedes aegypti no Município de São Paulo no ano de 2013, bem como descrever as características morfológicas, morfométricas da fase de ovo e seu desenvolvimento embrionário. A análise da vigilância entomológica no Município de São Paulo, foi realizada a partir de dados secundários oriundos da Secretaria de Saúde do município. Já a etapa envolvendo a descrição morfológica, morfometrica e o desenvolvimento embrionário foi realizada a partir do material biológico cedido pelo Instituto de Ciências Biomédicas-USP utilizando recursos, tais como a Microscopia Eletrônica de Varredura, Microscopia Eletrônica deTransmissão e Microscopia Confocal. Os indicadores entomológicos Índice de Breteau (IB), Índice de Infestação Predial (IP) e Índice por Tipos de Recipientes Positivos (ITR), tiveram comportamento similares entre si nos anos estudados. Já o ITR revelou que o principal tipo de recipiente positivo para presença do vetor foi o prato/pingadeira para planta, seguido do vaso de planta, ou seja, os principais recipientes positivos encontram-se no ambiente domiciliar. Na avaliação do padrão morfológico e da mensuração acerca do comprimento, largura, razão comprimento/largura (índice) e diâmetro da micrópila constatou-se diferenças significantes entre as duas populações de ovos estudados, para cada um dos atributos morfométricos avaliados. Já a morfologia e o desenvolvimento embrionário apontam exocórion de grande resistência e de difícil permeabilidade, dificultando o acesso ao embrião. Considera-se fundamental a avaliação integrada dos dados oriundos do levantamento entomológico e de pesquisas quanto a características deste vetor nas diversas fases do ciclo biológico, pois somente desta maneira é possível investir em áreas específicas e promissoras para elaboração de políticas públicas efetivas e com poder transformador da realidade. / The diseases that have Aedes aegypti as a vector are worrisome. The high vectorial competence of this mosquito, as well as its anthropophilia and adaptation to the urban environment, generate favorable habitats and makes its prevention an arduous task considering the available resources. The current control emphasizes the mosquito, but its effectiveness and success in containing its dispersion still needs to improve, which makes fundamental the greater knowledge about this insect. Brazil presents highly favorable conditions for the spread of the mosquito. In view of the above, this study aims to study the entomological surveillance of Aedes aegypti in the city of São Paulo in 2013, as well as the morphological, morphometric characteristics of the egg phase and its embryonic development. The analysis of entomological surveillance was based on secondary data from health secretariats. The morphology, morphometry and embryonic development stages were performed using the biological material provided by the Institute of Biomedical Sciences of the University of São Paulo using resources such as Scanning Electron Microscopy (SEM), Transmission and Confocal. The entomological indicators Breteau Index (IB), Infestation Index (PI) and Index by Types of Positive Containers (ITR), had similar behavior among themselves in the years studied, since the ITR revealed that the main type of positive container for presence of the vector was dish / drip tray for plant followed by plant pot, the main positive containers are in the home environment. In the evaluation of the morphological pattern and measurement on length, width, length / width ratio (index) and diameter of the micropyle, it was observed significant differences between the two egg populations for each of the evaluated morphometric attributes. The morphology and embryonic development point to exochorion of big resistance and of difficult permeability, making difficult the access to the embryo. It is considered fundamental the integrated evaluation of data from the entomological survey and research on the characteristics of this vector in the various phases of the biological cycle, since only in this way is it possible to invest in specific and promising areas for the elaboration of effective public policies with transformative power of reality.

Biotécnicas aplicadas à reprodução animal são empregadas com o intuito de melhorar qualitativa e quantitativamente os rebanhos. A superovulação assim como a estimulação do folículo dominante utilizando-se doses suprafisiológicas de eCG (gonadotrofina coriônica eqüina) são empregadas em bovinos e bubalinos, mas nem sempre alcançam os resultados esperados. Entretanto, foram relatadas alterações morfofuncionais em corpos lúteos (CL) de animais submetidos a estes tratamentos, o que implica, necessariamente, em levantamento de hipóteses relativas ao(s) mecanismo(s) pelo(s) qual(is) as gonadotrofinas exógenas alteram as funções celulares nos folículos e corpos lúteos resultantes. Com o intuito de melhor compreensão do papel exercido pelo eCG sobre a célula luteínica bovina, 16 vacas foram sincronizadas e submetidas (grupos tratados) ou não (grupo controle) ao tratamento com eCG. O tratamento foi realizado previamente (superovulação) ou posteriormente (estimulação do folículo dominante) ao desvio folicular. No dia 6 após a ovulação, estes animais foram abatidos e os CL coletados para realização de análises histológicas e ultra-estruturais, assim como o sangue coletado para dosagem de progesterona. Para comparação dos dados obtidos entre os diferentes grupos utilizou-se o programa GraphPrism e as médias foram consideradas diferentes quando p < 0.05. Em relação à densidade de mitocôndrias e densidade numérica das mitocôndrias elipsóides não houve diferença significativa entre os grupos estudados. Quando se calculou o volume total das mitocôndrias no CL bovino, houve diferença significativa do grupo superovulado em relação aos outros grupos. Já para as mitocôndrias esferóides observou-se diferença significativa do grupo estimulado comparado aos grupos controle e superovulado. À imunofluorescência os animais do grupo superovulado apresentaram visualmente uma marcação mais fluorescente intensa para mitocôndrias quando comparados aos grupos controle e estimulado; e o grupo estimulado apresentou uma marcação mais intensa em relação ao grupo controle. Houve diferença significativa entre os três grupos em relação à quantidade das células luteínicas grandes. Quando se corrigiu o número de células luteínicas grandes pelo volume do CL, os mesmos resultados foram encontrados. Quanto às medidas do maior diâmetro das células luteínicas grandes houve uma diferença significativa quando comparado o grupo estimulado com os demais. Aspectos qualitativos da microvascularização do CL em animais controle e superovulados revelam vascularização mais abundante no grupo tratado. Estes dados apontam para modificações morfológicas da célula luteínica e do CL bovino direcionadas à maior produção hormonal após tratamento com eCG e indicam que doses diferentes aplicadas em momentos diferentes do ciclo estral levam à respostas diversas da célula luteínica e do próprio CL. / Biotechnologies applied to animal reproduction are employed in order to improve livestock quality and quantity. Superovulation and the stimulation of the dominant follicle using supraphysiological doses of eCG (equine chorionic gonadotropin) are used in cattle and buffaloes, but not always achieve the expected results. However, morphofunctional changes in corpora lutea (CL) derived from animals submitted to these treatments were reported, which necessarily implies a survey of hypotheses regarding the mechanism(s) by which exogenous gonadotrophins result in altered cellular functions in the follicles and corpora lutea. In order to better understand the role played by eCG on bovine luteal cells, 16 cows were synchronized and submitted (treated groups) or not (control group) to treatment with eCG. The treatment was performed previously (superovulation) or after (stimulation of the dominant follicle) follicular deviation. At 6 days after ovulation, animals were slaughtered and the CL collected for histological and ultrastructural analysis, as well as blood for determining plasmaprogesterone.For statistical analysis the program Graph Prism was used and mean considered significant different when p < 0.05. In relation to mitochondria number and volume density there were no differences among the studied groups. Values of mitochondria total volume in CL were different if stimulated was compared to the other groups. Imunofluoresce for mitochondria showed a more intensive signal for animals from the superovulated group, followed by animals belonging to the stimulated group. The number of large luteal cells was different among all groups. Even though this number was corrected by CL volume, the same results were found. The biggest diameter of large luteal cells was compared among the groups and stimulated group showed higher values. Qualitative aspects of CL microvascularization in control and superovulated animals reveal more abundant vascularization in treated group. These data point towards morphological modification of bovine CL and luteal cell directed to increased hormonal production after eCG treatment. Moreover, results indicate that different eCG dosis applied in different time points of estrous cycle lead to different responses from CL and luteal cells.

Given the strong association between aberrant nuclear morphology and tumor progression, changes in nuclear structure have remained the gold standard for cancer diagnosis for over 150 years. Recently, the rapid development of imaging hardware and computation power creates the opportunity for automated computer-aided diagnosis (CAD). Developing a robust and reliable pattern recognition pipeline is a pressing need to mine and analyze tons of nuclei data being captured. Among the rich studies on pattern recognition problems in pathology, automated nuclei detection, segmentation and cancer detection are the recurring tasks due to the importance and challenges of nuclei analysis. In this thesis, we propose and investigate the state-of-art methods in the CAD modules for maximizing the overall amount of information from images for decision making. We focus on nuclei segmentation and patient cancer detection in the nuclei image analysis pipeline. As the first step in nuclei analysis, we develop an unsupervised nuclei detection and segmentation approach for pathology images. Different from many supervised segmentation methods whose performances rely on the quality and quantity of training samples, the proposed method is able to automatically search for the nucleus contour by solving the shortest path problem with little user effort. We consider the cancer detection task as a set classification problem and propose a highly discriminative predictive model in the sense that it not only optimizes the classifier decision boundary but also transfers discriminative information to set representation learning. The innovation of the model is the integration of set representation learning and classifier training into one objective function for boosting the cancer detection performance. Experimental results showed that the new model provides significant improvements compared with state-of-art methods in the diagnostic challenges. In addition, we showed that the predictive model enables visual interpretation of discriminative nuclear characteristics representing the whole nuclei set. We believe the proposed model is quite general and provide experimental validations in several extended pattern recognition problems.

La microporosité représente jusqu'à 95% de la porosité totale des réservoirs à hydrocarbures et des aquifères dans les calcaires crétacés du Moyen-Orient. Dans ces sédiments microporeux, la porosité est modérée à excellente (jusqu'à 35%), tandis que la perméabilité est faible à modérée (jusqu'à 190mD). A l'inverse, mes faciès microporeux peuvent former des niveaux denses, avec de très faibles porosité et perméabilité (respectivement 2–8% et 0,01–2mD). Dans ce travail, les échantillons proviennent essentiellement de la Formation Mishrif (Cénomanien), mais aussi de la Formation Habshan (Berriasien/Valanginien), afin d'examiner les grandes différences verticales et latérales des propriétés pétrophysiques. Le MEB a été utilisé pour étudier deux contrôles potentiels des qualités réservoir : (1) la morphologie des particules micritiques (forme et contacts intercristallins), et (2) la cristallométrie des micrites, définie comme la taille médiane des particules mesurées sur les clichés MEB. Les données morphométriques ont été comparées avec trois paramètres pétrophysiques (porosité, perméabilité, distribution des rayons de seuil de pore). Les résultats montrent que les matrices micritiques peuvent être subdivisées en trois classes pétrophysiques. La Classe C (micrites strictement microporeuses avec des cristaux grossiers ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents) est composée de particules grossières (>2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (8-28%), des perméabilités faibles à modérées (0,2-190mD), et des rayons de seuils de pores (PTR) moyens supérieurs à 0,5µm. Cette Classe C est généralement observée dans les shoals bioclastiques riches en rudistes, où de nombreux facteurs sédimentaires (hydrodynamisme…) peuvent défavoriser le dépôt des particules les plus fines. L'étude diagénétique montre que ces micrites grossières peuvent aussi être expliquées par une dissolution précoce des fines particules d'aragonite et de HMC dans des fluides météoriques oxydants, permettant la formation in-situ de surcroissances sur les particules de LMC au sommet de la nappe phréatique météorique. Ces processus induisent une augmentation de la taille des particules micritiques, une lithification précoce de la boue carbonatée, et donc une stabilisation minéralogique précoce des micrites grossières de la Classe C. La Classe F (micrites strictement microporeuses avec des cristaux fins ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents, est composée de particules fines (<2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (3-35%), mais des valeurs de perméabilité souvent inférieures à 10mD, et des PTR inférieurs à 0,5µm. Cette Classe F est souvent observée dans les sédiments déposés en domaine de plate-forme interne boueuse. La formation de ces micrites fines est aussi expliquée par une stabilisation minéralogique précoce des particules micritiques dans des eaux météoriques confinées, favorisant les processus de néomorphisme, pouvant continuer au cours de l'enfouissement. Plus tard, au cours de l'enfouissement de la série, les qualités réservoirs des Classes C et F sont localement améliorées par de la dissolution mésogénétique (probablement liée à des acides organiques) affectant la matrice micritique durant la mise en charge des réservoirs. La Classe D est formée par des matrices micritiques denses, composées de cristaux anhédraux ou subhédraux avec des contacts fusionnés. Elle présente de très faibles données de porosité et de perméabilité. Ces micrites sont uniquement observées dans les niveaux de plate-forme interne et forment des intervalles inter-réservoirs, généralement en association avec des stylolites et un contenu argileux important, pouvant dépasser 10%. Quelque soit leur mode de formation, ces trois classes peuvent être incorporées dans les futures études de rock-typing portant sur les réservoirs carbonatés microporeux du Moyen-Orient / Microporosity may account for as much as 95% of the total porosity of hydrocarbon and water reservoirs in Cretaceous limestones of the Arabian Gulf. In these microporous facies porosity is moderate to excellent (up to 35%) while permeability is poor to moderate (up to 190mD). Conversely, microporous facies may form dense inter-reservoir or cap rock layers with very low porosity and permeability values (2–8% and 0.01–2mD, respectively). For this study, samples were mainly collected from the Cenomanian Mishrif Formation, but also from the Berriasian-Valanginian Habshan Formation, so as to examine the wide vertical and lateral discrepancies in their petrophysical parameters. Scanning Electron Microscopy was used to investigate two potential controls of reservoir properties: (1) micrite particle morphology (shape and inter-crystal contacts); and (2) micrite crystallometry, defined as the median size of micrite particles measured on SEM photomicrographs. The morphometric data are compared with three petrophysical parameters (porosity, permeability and pore threshold radius distribution). Results reveal that micrite matrixes can be subdivided into three petrophysical classes each with its own distinctive crystallometry, morphology and reservoir properties. Class C (strictly microporous limestones with coarse punctic-to-partially coalescent micrites) is made up of coarse (>2µm) polyhedral to rounded micritic crystals, it has good to excellent porosity (8–28%), poor to moderate permeability (0.2–190mD) and a mean pore threshold radius of more than 0.5µm. The class C is usually observed in rudist-rich bioclastic shoal facies where several sedimentary factors (hydrodynamism, bioproduction …) would disfavour deposition of the finer micritic crystals. Diagenetic study shows that the development of coarse micrites (Class C) must also be explained by the early dissolution of fine aragonite and high magnesium calcite particles in oxygenated meteoric fluids leading to a simultaneous in-situ overgrowth on LMC particles at the top of the meteoric phreatic lens. These processes induce an increase of the crystallometry of micritic particles, an early lithification of the carbonate mud, and so the mineralogical stabilization of coarse Class C micrites. Class F (strictly microporous limestones with fine punctic-to-partially coalescent micrites) is composed of fine (<2µm) polyhedral to rounded micrites with poor to excellent porosity (3–35%), but permeability values of less than 10mD and a mean pore threshold radius of less than 0.5µm. It is mostly observed in sediments deposited in a low energy muddy inner platform setting. The formation of fine micrites (Class F) is also explained by an early mineralogical stabilization of micritic particles in confined meteoric waters, favoring neomorphism processes, which may proceeds during burial. Later, during burial, reservoir properties of classes C and D strictly microporous samples where locally enhanced by mesogenetic dissolution (probably due to organic acids) affecting the microporous matrix during the oil emplacement. Class D (strictly microporous mud-dominated facies with compact anhedral to fused dense micrites) comprises subhedral to anhedral crystals with sutured to fused contacts forming a dense matrix. It has very low porosity and permeability. Class D is only found in low energy muddy inner platform facies and forms inter-reservoir or caps rock layers usually in association with stylolites and clay contents that exceed 10%. Regardless of how they formed, though, the three classes can be usefully incorporated into future rock-typing of the microporous carbonate reservoirs of the Middle East