Cada subtipo de HIV-1 tem um padrão mutacional próprio. Dados sobre mutações de resistência aos antiretrovirais foram obtidos com o subtipo B, primeiro em prevalência no Brasil. O segundo em algumas regiões é o subtipo F. Foram analisados padrões mutacionais em seqüências brasileiras de protease do subtipo F e levantou as seqüências deste subtipo disponíveis na base de dados de Stanford. A análise de dois grupos de seqüências (pacientes não tratados e tratados com inibidores de protease) mostrou 19 mutações associadas ao tratamento comuns ao subtipo B e 17 duplas de mutações associadas ao tratamento que diferem das descritas para o subtipo B, indicando a necessidade de estudos sobre rotas mutacionais no subtipo F. / Each HIV-1 subtype has a specific mutation pattern. Data on HIV-1 antiretroviral resistance mutations were obtained with subtype B, the first in prevalence in Brazil. The second in some regions is subtype F. Mutation patterns of Brazilian subtype F protease sequences were analyzed and performed a research of the sequences of Stanford Database. The analysis of two groups of sequences (untreated and treated patients with protease inhibitors) showed 19 treatment associated mutations also common in subtype B and 17 combinations of statistically treatment associated mutations that were quite different to those described for subtype B, indicating the need of studies to evaluate specific mutation pathways of subtype F.

Os transtornos do espectro autista (TEA) são caracterizados por dificuldades na interação social e na comunicação, interesses restritos e comportamentos estereotipados. Trata-se de doença complexa, podendo estar relacionada a fatores ambientais, genéticos ou a ambos. A heterogeneidade genética dos TEA pode ser explicada pela presença de variantes raras patogênicas únicas (modelo monogênico) bem como pela combinação de alelos raros (modelo oligogênico) ou ainda pela combinação de alelos comuns de baixo risco (poligênicos). Há um esforço mundial na tentativa de se identificar variantes que conferem risco e, nos últimos anos, a identificação de variantes raras tem sido mais bem sucedida. As estimativas indicam que 10% dos indivíduos dentro do espectro do autismo possuem uma síndrome de padrão de herança mendeliana dentre elas a síndrome do cromossomo X frágil cujo mecanismo molecular se explica pela mutação completa no gene FMR1. A partir dos anos 2000 aproximadamente, alguns trabalhos na literatura sugeriram que a pré-mutação do gene FMR1, associada à síndrome do tremor e ataxia e a insuficiência ovariana primária associada ao X frágil (FXTAS e FXPOI), pudesse estar relacionada ao TEA. Essa ligação, no entanto é incerta, sendo por isso, o foco deste trabalho. Para tanto, foi realizada uma revisão bibliográfica buscando dados na literatura que comparassem pacientes portadores da pré-mutação com controles quanto à manifestação dos TEA. Foi levantada a frequência de portadores da pré- mutação no gene FMR1 entre 1056 probandos do grupo de pesquisas em transtornos do espectro autista do Centro de Pesquisas sobre o Genoma Humano e Células Tronco. Nesses pacientes foram também realizados exames complementares. Efetuou-se também um levantamento de eventuais casos de TEA entre os portadores da pré-mutação em outra casuística, composta de famílias de afetados pela síndrome do X frágil, no laboratório de genética humana do Departamento de Biologia Evolutiva - Instituto de Biociências - USP O primeiro levantamento revelou uma frequência de 0.19% de pré-mutados na casuística composta por pacientes com TEA (2:1055), semelhante à da população em geral. O segundo levantamento não revelou nenhum paciente com TEA entre os pré- mutados. Além disso, os dois pacientes pré-mutados na primeira casuística são portadores de uma CNV patogênica. Este estudo não apóia, portanto, uma relação causal entre TEA e a pré-mutação do gene FMR1 / Autism spectrum disorders (ASDs) are characterized by impairments in social interaction and comunication as well as restricted interests and stereotyped behaviors. ASD is a complex disease that may be related to environmental factors, genetic factors or both. Genetic heterogeneity in ASD may be explained by rare pathogenic variants (monogenic model), by a combination of rare alleles (oligogenic model) or by other combinations of low-impact common alleles (polygenic model). Researchers are working to identify risk variants and have been more successful in finding rare variants in recent years. Monogenic disorders (Mendelian disorders), such as fragile X syndrome, are found in 10% of ASD patients. Fragile X syndrome is caused by full mutation in the FMR1 gene and account for a fraction of ASD cases. FMR1 premutation is related to two different conditions: fragile X-associated tremor/ataxia syndrome (FRAXTAS) and fragile X-associated primary ovarian insufficiency (FXPOI). In the last two decades some researchers have associated premutation with behavior problems. However the association between premutation and ASD remains unclear and thus it was the focus of this investigation. This study includes an extensive review of articles that compare ASD manifestations in premutation carriers and controls. The study also estimated the premutation frequency in 1056 male patients from the ASD cohort at the Human Genome and Stem Cell Research Center. Complementary tests were performed on these patients to rule out any other genetic alterations that could explain clinical presentations of ASD. Moreover, a survey was performed of possible ASD cases among premutation males from fragile X families in the database of the Human Genetics Laboratory at the Biology Department of the Biosciences Institute. A frequency of 0.19% of premutation carriers was detected in the sample of ASD patients(2:1055), which is similar to the general population. No ASD patients were detected among the premutated males. Furthermore the two pre-mutated patients in the first sample harbored a pathogenic CNV. Therefore this study do not support an association between the FMR1 premutation and ASD

A planta daninha Amaranthus palmeri é nativa dos Estados Unidos, porém foi pela primeira vez relatada no Brasil no ano de 2015. Embora comprovadamente com resistência múltipla aos herbicidas inibidores da ALS e da EPSPS, até o momento não foram investigadas as bases moleculares da resistência. Além disso, por causa da recente introdução da planta daninha no país, alternativas de manejo com culturas tolerantes a herbicidas necessitam ser estudadas. Sendo assim, os objetivos desse trabalho são de caracterizar a espécie de planta daninha introduzida no país, identificar os mecanismos de resistência aos herbicidas inibidores da ALS e da EPSPS presentes no biótipo, e propor abordagens de manejo em ambientes dos novos eventos transgênicos resistentes a herbicidas. Um bioensaio utilizando marcadores genéticos foi desenvolvido para confirmar que a população coletada no estado do Mato Grosso (BR-R) é A. palmeri, e não A. tuberculatus, outra espécie dióica do gênero Amaranthus. Os resultados de experimentos de curvas de dose-resposta e acúmulo de chiquimato indicaram que a BR-R possui alto nível de resistência, com DL50 de 4.426 e 3.400 g glyphosate ha-1 no primeiro e segundo experimento, respectivamente, mais que o dobro da dose típicamente recomendada para o controle da espécie e, adicionalmente, observou se acúmulo mínimo de chiquimato a concentração de 1 mM nos tecidos das plantas tratadas com o herbicida. BR-R também foi resistente a herbicidas dos grupos químicos das sulfoniluréias e imidazolinonas. O mecanismo de resistência ao glyphosate encontrado nesta população foi a super expressão gência, através do aumento no número de cópias do gene da EPSPS no genoma da planta BR-R, entre 50 e 179 cópias adicionais. Além disso, duas substituições de aminoácidos foram observadas na sequência da ALS, W574L e S653N, conferindo resistência tanto a sulfoniluréias quanto a imidazolinonas. No experimento utilizandos os herbicidas correspondentes às culturas geneticamente modificadas com novos traits de tolerância a herbicidas observou se, de uma forma geral, que as associações de herbicidas apresentaram níveis de controle mais satisfatórios. Assim, esta pesquisa confirma a introdução de da espécie A. palmeri no Brasil, assim como a resistência múltipla aos herbicidas inibidores da EPSPS e da ALS. Seu manejo é mais eficaz através da associação de herbicidas, garantindo assim o uso racional das novas tecnologias de culturas geneticamente modificadas com tolerância a herbicidas. / Palmer Amaranth (Amaranthus palmeri) is a weed species native to the United States, but it was reported in Brazil for the first time in 2015. Despite this population being resistant to EPSPS and ALS inhibitors, the molecular basis of its multiple resistance is unknown up to date. Because of this species introduction to Brazil, alternatives of management with the new herbicide-tolerant crops technologies need to be studied. The objectives of this research are to characterize the weed species introduced to Brazil, identify the mechanisms conferring resistance to ALS and EPSPS inhibitors herbicides, and to propose management approaches in environments with the new genetically modified herbicide-tolerant crops. A genotyping bioassay using genetic markers was developed to confirm that the species collected in the state of Mato Grosso (BR-R) is indeed A. palmeri and not A. tuberculatus, another dioceous species in the Amaranthus genus. Dose-response experiments and shikimate accumulation bioassay data indicate high level of resistance, with LD50 of 4,426 and 3,400 g glyphosate ha-1 in the first and second experiments, respectively, higher than the double rate tipically recommended to control it, and minimal accumulation in BR-R with 1 mM of glyphosate in treated plants in the leaf disks assay. BR-R also was resistanto to sulfonilurea and imidazolinone herbicides. The mechanism conferring resistance to glyphosate identified in this population was gene amplification, with increased EPSPS copy number - between 50 and 179 more copies in BR-R. Besides, two target-site mutations were identified in the ALS gene sequencing, W574L and S653N, conferring resistance to sulfonilureas and imidazolinones. The weed control experiment, overal, herbicide tank mixtures achieved higher levels of control. Therefore, this research confirms the introduction of A. palmeri to Brazil, as well as its multiple resistance to EPSPS and ALS inhibitor herbicides. Its control is more efficient with herbicide mixtures, which guarantees more susteinable use of the new herbicide-tolerant crop technologies.

Juntamente com o processo de mutação, a recombinação intragênica, vista como a troca recíproca de material genético entre genomas, é um dos principais fatores geradores da diversidade genética. De fato, os diversos mecanismos de recombinação existentes na natureza (sexo, por exemplo) são freqüentemente citados como invenções do processo de evolução via seleção natural para combater o efeito acumulativo de mutações deletéria, responsável pelo decréscimo gradual, mas contínuo, da adaptação (fitness) média de populações assexuadas de tamanho finito, num processo conhecido como catraca de Muller. Nesta dissertação, investigamos, através de simulações numéricas, como os mecanismos de recombinação afetam a velocidade da catraca de Muller em situações em que o efeito das mutações é multiplicativo, ou seja, o efeito deletério de uma nova mutação em um indivíduo independe das mutações anteriores. Trabalhamos com indivíduos haplóides de L genes que se reproduzem sexuadamente e estão sob a ação da seleção. Investigamos analiticamente o caso limite de população infinita e L = 2 genes, em que a catraca não atua. Para o caso específico de L = 1 onde, por construção, a recombinação não ocorre, derivamos a solução analítica da dinâmica evolutiva para qualquer tempo. De uma maneira geral, verificamos que a velocidade da catraca é retardada pelo acréscimo da taxa de recombinação. Em alguns dos casos estudados, essa velocidade tende a ser nula, indicando que o sexo pode evitar que populações sujeitas à ação de mutações deletérias sejam extintas. Nossos resultados numéricos também mostram que, como esperado, a movimentação da catraca tende a diminuir à medida que o tamanho da população aumenta. / Together with the mutation process, the intragenic recombination, viewed as the reciprocal exchange of genetic material between genomes, is one of the main factors responsible for genetic diversity. Indeed, the mechanisms of recombination existing in nature (e.g., sex) are frequently cited as inventions of the evolution process via natural selection to avoid the cumulative effect of deleterious mutations, responsible for the gradual but continuous decline in mean fitness of finite asexual populations, in a process known as Muller\'s ratchet. In this dissertation, we investigate, through numerical simulations, how the recombination mechanisms affect the rate of Muller\'s ratchet in situations in which the effect of mutations is multiplicative, that is, the deleterious effect of a new mutation in an individual does not depend on the mutations it already carries. We work with haploid individuals of L genes which reproduce sexually and are under the effect of selection and recombination. We analytically investigate the limit case of infinite population and L = 2 genes, where the ratchet does not operate. For the specific case in which L = 1 where, by construction, recombination doesn\'t occur, we derive the analytical solution of the evolution dynamics for any time. In general, we verify that the ratchet \'s rate is retarded by the increase in the recombination rate. In some of the cases we studied, this rate tends to be null, indicating that sex may provide means to avoid extinction of populations subjected to the action of deleterious mutations. Our numerical results also show, as expected, that the ratchet\'s rate tends to slow down according to the increase in population size.

A síndrome de Treacher Collins (STC) é um distúrbio do desenvolvimento craniofacial de herança autossômica dominante causada por mutações no gene TCOF1, localizado no cromossomo 5 (5q32). Utilizando as técnicas de SSCP e seqüenciamento, estabelecemos um método eficiente para a detecção de mutações no gene TCOF1, o que permitiu oferecer o teste diagnóstico aos pacientes com suspeita clínica de STC. Identificamos a mutação responsável pela síndrome em 39/43 (90,7%) dos pacientes atendidos pelo Centro de Estudos do Genoma Humano e em 23/48 (48%) dos pacientes encaminhados pelo Johns Hopkins Medical Institute. Desse modo, caracterizamos 43 novas mutações patogênicas e 16 novos polimorfismos no gene TCOF1. A detecção de uma troca de aminoácido de caráter patogênica em uma região conservada da proteína nos levou a propor a existência de um domínio funcional importante nessa região. Realizamos triagem de mutações no gene TCOF1 em 24 pacientes com anomalias faciais em estruturas derivadas do 1o e 2o arcos branquiais, mas sem diagnóstico de STC. Nenhuma mutação patogênica foi encontrada nesses casos, indicando que a STC, apesar de apresentar uma grande variabilidade clínica, é uma entidade circunscrita. Triamos também, pela primeira vez, duas famílias cujo padrão de segregação do quadro clínico sugere um padrão de herança autossômico recessivo. Também nesse caso não encontramos mutação no gene TCOF1, apesar de uma análise de segregação com marcadores da região 5q31-q34 não ter excluído essa região de uma possível relação com a síndrome. Testamos, empregando pela primeria vez ferramentas moleculares, a hipótese que as mutações esporádicas que causam a STC têm origem preferencial na linhagem germinativa de homens mais velhos. Ao contrário do sugerido pela literatura, em dez casos informativos encontramos 70% das mutações no cromossomo herdado do pai e 30% de origem materna e nenhuma correlação com aumento de idade paterna. / Treacher Collins syndrome (TCS) is an autosomal dominant disorder affecting craniofacial development. The syndrome is caused by mutations in the TCOF1 gene, located in chromosome 5 (5q32). Combining SSCP and sequencing, we established an efficient method of screening for mutations in the TCOF1 gene, allowing us to offer diagnostic tests to patients with clinical signs of TCS. We detected a pathogenic mutation in 39/43 (90.7%) of patients ascertained at the Centro de Estudos do Genoma Humano and in 23/48 (48%) of patients referred to Johns Hopkins Medical Institute. We therefore characterized 43 novel pathogenic mutations and 16 novel polymorphisms in the TCOF1 gene. We described a pathogenic missense mutation located in a conserved region of the protein, which led us to propose the existence of a critical function domain in its N-terminus. After screening 24 patients with craniofacial anomalies resembling TCS but without a precise clinical diagnosis for mutations in the TCOF1 gene, we found no pathogenic mutation and concluded that, despite its broad clinical spectrum, TCS is well characterized in clinical grounds. We also screened, for the first time, two families in which the segregation of the phenotype suggested autosomal recessive inheritance. No mutation was detected in these families, despite linkage analysis with markers from 5q31-34 not excluding this region. We used molecular techniques for the first time to test the hypothesis that sporadic mutations in TCS arise preferentially in the male germ line and their frequency increases with age. As opposed to what the literature suggested, in ten informative cases we had 7 mutations of paternal origin and 3 originating in the female germ line, with no detectable age effect.

A hemocromatose é uma desordem caracterizada por armazenamento alterado de ferro em órgãos vitais. A hemocromatose hereditária pode ser causada por mutações nos genes HFE, SLC40A1, HAMP, HJV e TfR2. A forma adquirida da doença pode ser ocasionada por sobrecarga de ferro, alcoolismo, infecção pelo vírus da hepatite C, anemias hemolíticas e doença hepática crônica. O objetivo deste estudo foi descrever as variantes do gene SLC401 em uma série de casos de pacientes em seguimento no ambulatório de Hematologia do Hospital das Clínicas da FMUSP com hemocromatose hereditária e adquirida e verificar se estas variantes poderiam estar associadas a um pior quadro de hemocromatose. No período de 2008 a 2011 foram coletadas 54 amostras de pacientes com diagnóstico prévio de hemocromatose, acompanhados no ambulatório de anemias do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Os pacientes foram separados, de acordo com a suspeita clínica, em dois grupos: 38 pacientes com Hemocromatose Hereditária e 16 pacientes com Hemocromatose Adquirida. O DNA foi extraído de sangue periférico pelo kit Qiamp Blood, e as amplificações dos exomas descrito por Wakusawa (2005). As reações de sequenciamento foram realizadas no aparelho AB 3130 e as sequências do gene editadas, alinhadas no programa Sequencer e comparadas com GenBank. Os pacientes com hemocromatose hereditária e adquirida (secundária) apresentaram uma frequência acima de 45% entre a faixa etária de 40 a 60 anos, mostrando uma sobrecarga de ferro mais tardia. O gênero masculino apresentou maior frequência em ambos os grupos (superior a 60%), já em relação à etnia/cor da pele, mais de 80% eram brancos. No diagnóstico laboratorial de ferritina, ferro, CTLF e IST dos pacientes com hemocromatose hereditária e adquirida (secundária) mostra que não houve diferenças significativas. As mutações no gene HFE nos pacientes com hemocromatose hereditária foram C282Y homozigose (21%) e na adquirida (secundária) H63D heterozigose (25%). Entre as mutações do gene HFE, não houve diferença estatística significativa nos grupos. A mutação foi identificada no éxon 3 do gene SLC40A1, no códon 80, descrita p.I80L (c.586C>A). No éxon 4 do gene SLC40A1 foram identificados 3 polimorfismos com a substituição de um nucleotídeo nas posições: c. A630G (190437579), c.648A>G (190437597), c.738Y>C (190437688). Já no éxon 6 foram identificados dois polimorfismos c.1014C>T (190430229) e c.1014Y>T (190430229). As mutações encontradas no gene HFE e SLC40A1 estão associadas com a sobrecarga férrica caracterizando a hemocromatose hereditária. Os polimorfismos encontrados no gene SLC40A1 foram identificados nos pacientes com hemocromatose hereditária e adquirida (secundária) numa frequência de 50%, semelhante aos doadores de sangue, sugerindo que este polimorfismo provavelmente não contribui para o desenvolvimento da doença. / Hemochromatosis is a disorder characterized by altered storage iron in vital organs. Hereditary hemochromatosis can be caused by mutations in the HFE gene, SLC40A1, HAMP, and HVJ TFR2. The acquired form of the disease can be caused by iron overload, alcoholism, infection by the hepatitis C virus, hemolytic anemias and chronic liver disease. The objective of this study was to describe variants of the SLC401 gene in a number of cases of patients being followed at hematology clinic Hospital das Clínicas FMUSP with hereditary hemochromatosis and acquired and verify that these variants could be associated with a worse hemochromatosis frame. In the period 2008 to 2011 were collected 54 samples from patients previously diagnosed with hemochromatosis, anemia accompanied the clinic of the Hospital das Clinicas, Faculdade de Medicina, Universidade de Sao Paulo. The patients were divided, according to clinical suspicion, into two groups: 38 patients with Hereditary Hemochromatosis and 16 patients with Acquired Hemochromatosis. The DNA was extracted from peripheral blood by Qiamp Blood Kit, and amplifications of exomas described by Wakusawa (2005). The sequencing reactions were performed in AB 3130 apparatus and the sequences of the gene edited, aligned in Sequencer program and compared with GenBank. Patients with hereditary hemochromatosis and acquired (secondary) had a frequency above 45% between the age group 40-60 years showing a later iron overload. The males showed higher frequency in both groups (over 60%), as compared to ethnicity / skin color, over 80% were white. In the laboratory diagnosis of ferritin, iron, TIBC and STI patients with hereditary hemochromatosis and acquired (secondary) shows no significant differences. Mutations in the HFE gene in patients with hereditary hemochromatosis C282Y homozygosity were (21%) and acquired (secondary) H63D heterozygosity (25%). Between HFE mutations, there was no statistically significant difference in the groups. The mutation was identified in exon 3 of the SLC40A1 gene at codon 80, described p.I80L (c.586C> A). In exon 4 of the SLC40A1 gene were identified polymorphisms 3 with substitution of a nucleotide in position: c. A630G (190,437,579), c.648A> L (190,437,597), c.738Y> C (190 437 688). Already in exon 6 were identified two polymorphisms c.1014C> T (190 430 229) and c.1014Y> T (190 430 229). The mutations found in the HFE gene and SLC40A1 are associated with iron overload characterizing hereditary hemochromatosis. The polymorphisms found in the SLC40A1 gene have been identified in patients with hereditary hemochromatosis and acquired (secondary) at a frequency of 50%, similar to blood donors, suggesting that this polymorphism will probably not contribute to the development of the disease.

O tomateiro (Solanum lycopersicum) tornou-se importante ferramenta para estudos de genética e fisiologia nos últimos anos, devido à disponibilidade de mutantes, incluindo aqueles com alterações hormonais. Nesta cultura, a cultivar ornamental miniatura de tomateiro Micro-Tom (MT) tem sido utilizada como modelo genético em vários estudos, visto que produz frutos e sementes viáveis em vasos de apenas 50-100 ml de substrato, completando o ciclo em setenta a noventa dias. Este trabalho foi feito com o intuito de gerar informações que possam colaborar para a compreensão dos mecanismos que determinam a sensibilidade das raízes ao estresse hídrico. Para tal, foram criados duplos mutantes hormonais homozigóticos da cultivar MT, sendo posteriormente usados para verificar o papel das interações hormonais ABA-Etileno no controle do crescimento da raiz sob condições de estresse osmótico. O estudo é relevante pelo fato de que o entendimento dos mecanismos de controle hormonal no crescimento radicular poderá auxiliar a pesquisa de melhoramento genético para a obtenção de plantas tolerantes à seca, o que representaria avanço na agricultura, principalmente para regiões de clima árido e semiárido. Os experimentos foram realizados no Laboratório de Controle Hormonal do Desenvolvimento Vegetal da ESALQ-USP, onde foram produzidos genótipos de cinco duplos mutantes: diagetropica/sitiens (dgt/sit), diagetropica/epinastic (dgt/epi), diagetropica/Never ripe (dgt/Nr), sitiens/epinastic (sit/epi) e Never ripe/sitiens (Nr/epi) em homozigose em BC6Fn. Sementes germinadas de (MT) e de mutantes de sitiens (sit), Never ripe (Nr) e o duplo mutante Nrsit foram colocadas em tratamento com PEG 6000 em diferentes potenciais osmóticos. Também foram realizados experimentos com ácido cloro-2-etil fosfônico (CEPA), um liberador de etileno (Ethrel), e o inibidor da síntese do mesmo, o aminoetoxivinil glicina (AVG), sendo avaliados os parâmetros como crescimento radicular, caulinar, razão raiz/hipocótilo e conteúdo relativo de água (CRA). Observouse que baixos potencias osmóticos inibem mais o caule que a raiz, e que o estresse osmótico moderado (-0.6 MPa) favoreceu o crescimento da raiz e da razão raiz/hipocótilo em MT, principalmente em sit e, em menor extensão, na raiz de Nr/sit. Esse crescimento não foi observado em Nr. No mutante sit, em -1.1 MPa, observou-se inchaço radicular semelhante ao provocado pela presença de etileno. Em menor extensão, esse inchaço também foi observado no duplo mutante Nr/sit. Quando adicionado Ethrel, houve inibição do crescimento radicular em sit e MT, sendo também observado um pouco de inibição no mutante insensível a etileno, Nr. Em estresse moderado (-0.6 MPa), a inibição foi mais severa do que em água para MT, mas não para sit, até a dose de 1 µM. A inibição do etileno causada pelo AVG resultou em uma maior diferença entre água e -0.6 MPa, sendo o último mais inibido. Pode-se concluir que, em condições de déficit hídrico moderado, há aumento radicular e da razão/hipocótilo quando comparados a condições normais de suprimento de água. Tais constatações são importantes porque podem ajudar no desenho de práticas agronômicas que podem levar a maior economia de água, bem como aumento da eficiência de uso de água pelas plantas. / Tomato (Solanum lycopersicum) has become a very important model for genetic and physiological studies in the last years, due to the presence of various mutants, including those with hormonal alterations. The ornamental dwarf tomato cv. Micro-Tom (MT) has been largely used because of its ability to produce viable fruits and seeds in pots of just 50-100 ml, completing its life cycle in seventy to ninety days. In an attempt to gain insights on the mechanisms that regulate plant growth under physiologic stress, homozygote hormonal double mutants of the MT were created and later on screened for the role of hormonal interactions in the control of root growth under osmotic stress. The experiment was conducted at ESALQ-USP Hormonal Control of Plant Development Laboratory, where genotypes of five double mutants namely diagetropica/sitiens (dgt/sit), diagetropica/epinastic (dgt/epi), diagetropica/Never ripe (dgt/Nr), sitiens/epinastic (sit/epi) and Never ripe/sitiens (Nr/epi) were produced in BC6Fn homozygosis. Germinated seeds of MT and the mutants sitiens (sit), Never ripe (Nr) and the double mutant Nr/sit were treated with PEG 6000 at different osmotic potentials. There were also experiments with chloro-2-ethyl phosphonic acid (CEPA), an ethylenereleaser (Ethrel) and the inhibitor of ethylene synthesis aminoethyoxyvinyl glycine (AVG). The parameters evaluated were radicle and hypocotyls growth, root/hypocotyl ratio and relative water content (RWC). The stem was more inhibited than the root at moderate osmotic stress (-0.6 MPa), which resulted in elevated root/hypocotyl ratio for MT, sit and, in lesser extent, Nr/sit. This pattern was not observed in Nr. A root swelling similar to that caused by ethylene was observed in sit at -1.1 MPa. This swelling was less evident in the double mutant Nr/sit. When added Ethrel, there was inhibition of root growth in sit and MT. A discrete root inhibition was also observed in the ethyleneinsensitive Nr mutant. In moderate osmotic stress (-0.6 MPa), root inhibition was more severe than in water for MT, but not for sit, until 1 µM Ethrel. The AVG application increased this difference between water and PEG 6000 treatments. It can be concluded that, in moderate water deficit, the root growth and root/hypocotyl ratio were increased, when compared to normal water supply. These findings are important, since they can provide for the better design of agronomic practices and crop improvement aiming at the enhancement of water use efficiency.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ISABELLA LACERDA FERNANDES.pdf: 1467834 bytes, checksum: 985b4aa7bf961993ef7672d3838bc086 (MD5) Previous issue date: 2015-03-31 / Microsatellite markers are short sequences, repetitive, highly polymorphic and hereditary present in the DNA, which follow the Mendelian pattern of segregation. Due to its haplotype heritage has been used to trace the paternal line to be passed from generation to generation without any changes, except in cases of mutation. The stepwise mutation model is more acceptable to mutation in microsatellite markers, assuming that each mutational event the length of a microsatellite changes by one or a few repeating units due to slippage process, which occurs during replication DNA. This study aimed to estimate the rates of change of microsatellite markers of the Y chromosome in a sample of the population and its implications in human identification process. It is a molecular study, which was conducted at Biocroma Laboratory in partnership with LaGene and Replicon in Goiânia-Goiás. Samples of study were selected from 80 cases of investigation of paternity by DNA analysis, undergo mutation analysis in the Y chromosome haplotypes with molecular amplification system PowerPlex® Y23 System - Promega Corporation. Were identified 15 records of germline mutations in the Y chromosome between alleged parents and children related to suspected samples. The results have identified 9 mutations gain and 6 mutations loss of repetitions numbers. The DYS576 marker had the highest number of reported mutations (20%), followed by DYS570, which identified two mutations (13.33%). The markers DYS389 II, DYS391, DYS481, DYS549, DYS438, DYS439, DYS393, DYS458, DYS385 a - b DYS456 showed only 1 (6.66%) mutation record each. In the other markers, DYS389 I, DYS448, DYS19, DYS533, DYS437, DYS635, DYS390, DYS392, DYS643 and Y-GATA-H4 mutations were not identified in the samples analyzed in this study. Thus the identification of mutations increases the tools that are used in genetic analysis link laboratories and can deliver a more reliable result minimizing potential errors in the analyzes. / Os marcadores microssatélites são sequências curtas, repetitivas, altamente polimórficas e hereditárias presentes no DNA, que seguem o padrão mendeliano de segregação. Devido a sua herança haplotípica tem sido utilizado para rastrear a linhagem paterna por ser passado de geração em geração sem nenhuma alteração, exceto em casos de mutação. O modelo step-wise mutation é o mais aceito para mutação nos marcadores microssatélites, admitindo-se que, a cada evento mutacional o comprimento de um microssatélite altera por uma ou poucas unidades de repetição devido ao processo de slippage, que ocorre durante a replicação do DNA. Este trabalho teve como objetivo estimar as taxas de mutações dos marcadores microssatélites do cromossomo Y em uma amostra da população brasileira e suas implicações no processo de identificação humana. Trata-se de um estudo molecular, que foi conduzido no Laboratório Biocroma em parceria com o LaGene e Replicon em Goiânia-Goiás. As amostras de estudo foram selecionadas de 80 casos de investigação de paternidade pela análise do DNA, submetidos a análise de mutações nos haplótipos do cromossomo Y com o sistema de amplificação molecular PowerPlex® Y23 System Promega Corporation. Foram identificados 15 registros de mutações germinativas no cromossomo Y entre supostos pais e supostos filhos referentes às amostras analisadas. Os resultados obtidos permitiram identificar 9 mutações de ganho e 6 mutações de perda de números de repetições. O marcador DYS576 apresentou o maior número de mutações registrados (20%), seguido pelo DYS570, que permitiu identificar 2 mutações (13,33%). Os marcadores DYS389 II, DYS391, DYS481, DYS549, DYS438, DYS439, DYS393, DYS458, DYS385 a-b e DYS456 apresentaram apenas 1 (6,66%) registro de mutação cada. Nos demais marcadores, DYS389 I, DYS448, DYS19, DYS533, DYS437, DYS635, DYS390, DYS392, DYS643 e Y-GATA-H4 não foram identificadas mutações nas amostras analisadas neste estudo. Desta forma a identificação das mutações aumenta as ferramentas que são utilizadas nos laboratórios de análise de vínculo genético e que podem garantir um resultado mais confiável minimizando possíveis erros nas análises.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-05-12T14:40:49Z No. of bitstreams: 1 GRAZZIELA ALVES FERREIRA DE OLIVEIRA.pdf: 1311794 bytes, checksum: 8d908f8c9a7e871fb05893c28b9e4771 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T14:40:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GRAZZIELA ALVES FERREIRA DE OLIVEIRA.pdf: 1311794 bytes, checksum: 8d908f8c9a7e871fb05893c28b9e4771 (MD5) Previous issue date: 2016-06-23 / Ionizing radiation, when interacting with matter, removes an electron from its orbital and generates ions or ionized particles. When an individual is exposed to ionizing radiation, reversible or irreversible harms to the body may arise, depending basically on the exposure time, level of injury, and absorbed dose. This study aimed to characterize the scientific literature on genetic damage caused by ionizing radiation, from 1970 to 2014, in order to verify trends and prospects of scientific development through scientometric analysis. This was accomplished through a literature search on the site Scopus® using the keywords "ionizing radiation” AND mutation AND effects AND human. Different approaches of paper assessment were carried out: type of publication, number of articles/year, number of publications per journal, organisms and conditions discussed in the studies. As a result, there was an increase in the number of publications related to DNA (Deoxyribonuclei acid) damage and ionizing radiation over the years. Most of the work was developed by authors from the US. Most papers correlated their findings to cancer development. It was also observed that there was an increase in the number of publications over the years, leading to the conclusion that there is interest in the study of DNA damage caused by ionizing radiation, since this damage may be responsible for numerous adverse biological effects on human health. / A radiação ionizante quando interage com a matéria remove um elétron de seu orbital, formando íons ou partículas ionizadas. Quando um indivíduo é exposto a radiações ionizantes, existe a possibilidade de se produzir danos para o organismo, danos reversíveis ou não, dependendo basicamente do tempo de exposição, do nível de dano e da dose absorvida. Esse trabalho teve como objetivo caracterizar a produção científica sobre danos genéticos causados por radiações ionizantes, desde o ano de 1970 até o ano de 2014 a fim de verificar as tendências e perspectivas do desenvolvimento científico por meio da análise cienciométrica. Para isso foi realizado um levantamento bibliográfico no sítio Scopus®, utilizando as palavras-chave "ionizing radiation” AND mutation AND effects AND human. Foram realizadas diferentes abordagens de avaliação sobre os artigos: tipo de publicação, número de artigos/ano, periódicos que mais publicaram, organismos e patologias abordados nos estudos. Como resultado, constatou-se um aumento no número de publicações relacionadas aos danos no DNA (Ácido Desoxirribonucleico) e radiação ionizante no decorrer dos anos. A maior parte dos trabalhos foi desenvolvida por autores de origem dos Estados Unidos da América. A maioria dos artigos relacionou seus achados ao desenvolvimento do câncer. Observou-se ainda que houve aumento no número de publicações ao longo dos anos, concluindo que há interesse em relação ao estudo de danos no DNA causados por radiação ionizante, uma vez que estes danos podem ser responsáveis por inúmeros efeitos biológicos desfavoráveis à saúde humana.

A Programação Concorrente tornou-se uma forma popular de desenvolvimento de software. Este paradigma de desenvolvimento e essencial para construir aplicações com o intuito de reduzir o tempo computacional em muitos domínios como, por exemplo, previsão tempo, processamento de imagem, entre outros. Estes programas têm novas características como a comunicação, a sincronização e o não determinismo, que precisam ser considerados durante a atividade de teste. O teste de software e uma atividade que busca garantir a qualidade por meio da identificação de falhas no produto. O Teste de Mutação e um critério de teste que se baseia nos enganos que podem ser cometidos pelos desenvolvedores de software. Porém, o teste de mutação não pode ser aplicado em programas concorrentes da mesma maneira como e aplicado em programas sequenciais por causa das particularidades presentes nos programas concorrentes. Um problema de aplicar o teste de mutação nesse contexto e o comportamento não determinístico das aplicações. Este trabalho investiga a definição do teste de mutação para programas concorrentes implementados em MPI (Message Passing Interface), os quais realizam comunicação e sincronização por meio de troca de mensagens. Para isso, defeitos típicos nesse domínio foram considerados, buscando modelar operadores de mutação para tratar os aspectos de comunicação e sincronização dessas aplicações. Também foi proposto um procedimento para dar suporte a análise comportamental dos mutantes. As idéias foram implementadas em uma ferramenta de teste chamada ValiMPI Mut / Concurrent programming became a popular paradigm for software development. This paradigm is essential to build applications which aim to reduce the computational time in many areas, such as, weather forecast, image processing, among others. These programs present new features such as communication, synchronization, and nondeterminism, which must be considered during the testing activity. Software testing is an activity that looks to ensure quality by identifying faults in the product. Mutation Testing is a criterion based on the most common mistakes that might be made by software developers. However, the mutation testing cannot be applied in concurrent programs the same way as applied in sequential ones due to the peculiarities present in concurrent programs. One of the problems in applying mutation testing in this context is the non-deterministic behavior. This work investigates the definition of mutation testing for concurrent programs implemented in MPI (Message Passing Interface), which perform communication and synchronization using message passing. For this, typical faults in this area were considered in order to model mutation operators addressing the aspects of communication and synchronization of these applications. Also, we are proposing a new procedure to support the behavioral analysis of the mutants. The ideas were implemented in a testing tool called ValiMPI Mut