Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-03-10T17:10:16Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Rafael Henrique da Silva Santos.pdf: 2107062 bytes, checksum: e753b1fdcb1bd51bc05ca43bd216612c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T17:34:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Rafael Henrique da Silva Santos.pdf: 2107062 bytes, checksum: e753b1fdcb1bd51bc05ca43bd216612c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-08 / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) vem causando a morte de milhões de vítimas todos os anos. Trata-se de um retrovírus capaz de alterar o material genético das células hospedeiras, utilizando-as para produzir cópias de si. Nesse processo de replicação, podem ocorrer falhas no pareamento das bases nitrogenadas, resultando em mutações do HIV. Essas mutações são as responsáveis pela resistência aos medicamentos antirretrovirais e fazem com que o sistema imunológico do hospedeiro não reconheça mais o vírus. Assim, identificar as mutações no HIV que levam à resistência do vírus a certos medicamentos e predizer se o paciente terá uma resposta satisfatória a terapia antes mesmo dela ser iniciada, é de fundamental importância para o sucesso do tratamento. Muitos métodos estatísticos e de aprendizagem de máquina têm sido aplicados para tentar solucionar esse problema. Nesse trabalho, dados de indivíduos com HIV foram utilizados para desenvolver modelos responsáveis por predizer a resposta dos pacientes ao tratamento antirretroviral. Informações clínicas (carga viral e quantidade de células T-CD4+) juntamente com sequências de RNA do vírus (transcriptase reversa e protease) foram empregadas no treinamento dos classificadores Perceptron Multicamadas, Função de Base Radial, e Máquinas de Vetor Suporte. O algoritmo SMOTE foi aplicado para lidar com a enorme diferença entre o número de amostras de casos e controles, o que foi crucial para a precisão dos modelos. Os resultados mostram que o modelo SVM é mais preciso do que os outros dois, com uma área de curva ROC de 0,9398. Dos 1000 pacientes, 646 foram preditos corretamente por todos os modelos, ao passo que 69 foram classificados incorretamente na mesma situação. Analisando esses dados mais atentamente, foram identificados códons e propriedades importantes na diferenciação desses dois grupos de pacientes. Entre os códons identificados, alguns tem respaldo na literatura e outros são novos. A análise empregada oferece várias informações que podem ser muito úteis na predição da resposta de pacientes ao tratamento antirretroviral.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-12-01T11:48:33Z No. of bitstreams: 1 Wellington Marques da Silva.pdf: 630452 bytes, checksum: 904c28cfeb3a339b22c1154ed6411677 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T11:48:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Marques da Silva.pdf: 630452 bytes, checksum: 904c28cfeb3a339b22c1154ed6411677 (MD5) Previous issue date: 2011-02-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Plutella xylostella (L.) is one of the major pests of Brassica crops. The infestations in cultivated areas of Pernambuco and other states in Brazil have led farmers to frequently spray insecticides. The evolution of insecticide resistance can be pointed as one of the main problems in the control of this pest. This resistance may be associated with the target site alteration, particularly to pyrethroids. Aside from that, other resistance factors may also be related to inefficacy of products such as behavior, where the resistant individuals are able to avoid exposure to areas where the insecticide is present. This research objective was to verify whether a relationship exists between the frequency of the L1014F mutation in the sodium channel and the deltamethrin resistance ratios in populations of P. xylostella, as well as whether they have the ability to avoid exposure to this insecticide. P. xylostella populations were collected in the Agreste region of Pernambuco and Rio Grande do Sul States. Deltamethrin resistance ratios of P. xylostella field populations were compared with a laboratory population. Mortality data were subject to Probit analysis. The populations of P. xylostella showed a variable response and significant resistance to deltamethrin. The Belo Jardim, PE population showed the highest resistance ratio (10 - times) compared with the laboratory population. It was observed an increase of the RR genotype for L1014F mutation as the resistance increased. P. xylostella larvae were exposed to deltamethrin at field rate concentration (7.5 mg/L) and at their CL99s previously determined from bioassays, and their walking behavior evaluated by the Viewpoint® tracking system. The populations of Belo Jardim, PE and Bezerros, PE showed irritability behavior across all of the walking behavioral parameters analyzed. / Plutella xylostella (L.) é uma das principais pragas das culturas de Brassica. A infestações em áreas de cultivo de Pernambuco e outros estados do Brasil levaram os agricultores a pulverização de inseticidas com frequência. A evolução da resistência a inseticidas pode ser apontada como um dos principais problemas no controle desta praga. Esta resistência pode estar associada com a alteração do sítio alvo, especialmente para os piretróides. Além de que, outros fatores de resistência podem também estar relacionados com a ineficiência deste produto, tais como comportamento, onde os indivíduos resistentes são capazes de evitar a exposição a áreas onde o inseticida está presente. O objetivo dessa pesquisa foi verificar se existe relação entre a frequência da mutação L1014F nos canais de sódio e as razões de resistência a deltametrina em populações de P. xylostella, se elas possuem a capacidade de evitar a exposição a este inseticida. P. xylostella foram coletadas na região Agreste de Pernambuco e Rio Grande do Sul. As razões de resistência a deltametrina das populações de campo de P. xylostella foram comparados com a população de laboratório. Os dados de mortalidade foram submetidos à análise de Probit. As populações de P. xylostella mostraram uma variável resposta e resistência significativa à deltametrina. A população Belo Jardim, PE mostrou maior índice de resistência (10 - vezes) comparados com a população de laboratório. Foi observado um aumento do genótipo RR para a mutação L1014F como o aumento da resistência. As larvas de P. xylostella foram expostos a deltametrina na concentração de campo de (7,5 mg / L), e na sua CL99s previamente determinada a partir de bioensaios, o comportamento de caminhamento foi avaliado pelo sistema de rastreamento Viewpoint® tracking system. As populações de Belo Jardim, PE e Bezerros, PE apresentaram comportamento irritabilidade em todos os dos parâmetros comportamentais analisados.

Orientadores: Jose Paulo Cabral de Vasconcellos, Vital Paulino Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T19:48:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cella_WenerPassarinho_M.pdf: 8448689 bytes, checksum: a8a8a7a3ca810183c1f5f3f2964e8c29 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A Síndrome de Axenfeld-Rieger é uma entidade clínica rara, de transmissão autossômica dominante e grande variabilidade clínica, podendo chegar à penetrância incompleta. Manifesta-se clinicamente por malformações do segmento anterior do olho acompanhada ou não de malformações extra-oculares, das quais as mais comuns são alterações dos ossos craniofaciais e dos dentes e falência de involução da pele peri-umbilical. O principal fator de morbidade da síndrome é a associação com glaucoma de desenvolvimento, presente em aproximadamente 50% dos indivíduos afetados. Dois genes, PITX2, localizado no cromossomo 4q25, e FOXCl, no cromossomo 6 p25, estão associados à Síndrome de Axenfeld-Rieger. Recentemente, identificou-se o gene GJAl associado à Síndrome de Displasia Oculodentodigital, a qual compartilha aspectos clínicos com a Síndrome de Axenfeld-Rieger tais como malformações do segmento anterior ocular, glaucoma e alterações ósseas e dentárias, tornando-se, assim também, mais um gene candidato para a Síndrome de Axenfeld-Rieger. O objetivo deste estudo foi avaliar a ffeqüência e os tipos de mutações nos genes PITX2, FOXCl e GJAl em pacientes portadores da Síndrome de Axenfeld-Rieger associada a glaucoma, além de correlacionar possíveis alterações moleculares com aspectos clínicos dos pacientes. Para tanto, foram examinados oito indivíduos (casos-índice) acometidos pela síndrome associada a glaucoma, assim como seus familiares. Após avaliação oftalmológica e sistêmica, foram coletados 5ml de sangue periférico para extração de DNA genômico, o qual foi amplificado por reação em cadeia de polimerase utilizando-se pares de iniciadores específicos para as regiões codificadoras e limites íntronJexon dos genes PITX2, FOXCl e GJAl, procedendo-se com o seqüenciamento automático para o rastreamento de mutações. Não foram encontradas mutações no - gene PITX2. No gene FOXCl foram encontradas uma inserção (1359-1360insGGC), uma deleção (718-719deICT) e uma mutação de ponto do tipo sem sentido (TrpI52STOP) entre as famílias estudadas. O paciente portador da deleção no gene FOXCl era um caso isolado e apresentava apenas alterações oculares da síndrome. As outras duas mutações ocorreram em pacientes com manifestações oculares e sistêmicas da doença, estando a inserção presente em um caso isolado e a mutação sem sentido em seis indivíduos da mesma família com padrão de transmissão autossômico dominante. O rastreamento de mutações no gene GJAl evidenciou uma mutação de ponto do tipo sentido trocado (Ala253Val) em três indivíduos da mesma família, sendo que um deles era clinicamente normal e dois sintomáticos que apresentavam concomitantemente a mutação Trp152STOP no gene FOXCl. Esta é a primeira descrição de uma mutação no gene GJAl em pacientes inequivocamente portadores da Síndrome de Axenfeld-Rieger. As ITeqüências de mutações observadas nos genes PITX2, FOXCl e GJAl em oito famílias brasileiras com Síndrome de Axenfeld-Rieger e glaucoma de desenvolvimento associado foram de 0%, 37,5% e 12,5%, respectivamente, sendo esta última em combinação com a mutação Trp152STOP no gene FOXCl. Apesar da amostragem reduzida, observou-se uma tendência a maior agressividade do glaucoma em pacientes portadores de mutação somente no gene FOXCl do que nos indivíduos portadores de mutação concomitante no gene FOXCl e no gene GJAl, sugerindo um possível efeito protetor da mutação Ala253Val no gene GJAl nesta família. Outros estudos são necessários, contudo, para definir a função do gene GJAl na etiopatogênese da Síndrome de Axenfeld-Rieger / Abstract: Axenfeld-Rieger Syndrome (ARS) is arare disorder, usually transmitted in an autosomal dominant pattem characterized by anterior segment dysgenesis and often associated with developmental glaucoma. In addition to the ocular changes observed in ARS, syndromic features can also occur, such as facial bone defects, teeth anomalies and peri-umbilical skin involution. Two transcription factor genes, PITX2 on chromosome 4q25 and FOXCl on chromosome 6p25, have been associated with the ARS phenotype through mutational events. Recently, the GJAl gene (connexin 43), associated with oculodentodigital dysplasia (ODDD) syndrome, which presents some similarities with ARS, was identified. The ODDD syndrome is characterized by malformations that involve the face, eyes, teeth and bones. The ocular abnormalities include microphthalmos and anterior segment dysgenesis that may lead to glaucoma as well. The main purpose of this study was to evaluate FOXCl, PITX2 and GJAl genes mutations in Brazilian patients with ARS. Eight unrelated patients atfected by ARS (all of them with glaucoma and 5 without systemic malformations) and their families were ophthalmologically evaluated and had their blood collected for DNA extraction purposes. The coding regions and íntron/exon boundaries of these genes were completely evaluated through direct sequencing. Among the 8 patients, 3 (37,5%) presented with ditferent structural alterations in the FOXCl gene. A deletion in heterozygosis oftwo bases downstream the forkhead domaÍn was observed in a patient with no systemic malformations (718-719deICT). An insertion ofthree bases, also downstream the forkhead domain, was identified in a patient with systemic malformation (1359-1360insGGC). A new nonsense mutation (Trp152STOP) was identified in the forkhead domain of the FOXCl gene in another patient with ARS and systemic alterations as well. One patient harbored the mutation Ala253Val in the GJAl gene (12,5%). No mutations were identified in the PITX2 gene among these individuaIs. Patients who carried the GJAl (Ala253Val) and FOXCl (TrpI52STOP) mutations (:&om the same family) developed less severe glaucoma compared with family members presenting FOXCl (TrpI52STOP) mutation alone. Three new structural alterations of the FOXCl gene and one new mutation in the GJAl gene were described in Brazilian patients with ARS and the :&equencyof mutations in the PITX2, FOXCl and GJAl genes in this study were 0%, 37,5% and 12,5%, respectively. Despite the small number of patients, we found a slight trend to more severe glaucoma in patients with FOXCl mutations compared to those without them, except in the two patients with FOXCl and GJAl associated mutations, suggesting an attenuation effect of GJAl gene mutation (Ala253Vai). However, other studies are necessary to define the exact role ofGJAl in ARS / Mestrado / Oftalmologia / Mestre em Ciências Médicas

Submitted by Thayane Maia (thayane.maia@uniceub.br) on 2016-05-05T21:29:54Z No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Heres Pires (heres.pires@uniceub.br) on 2016-07-18T15:18:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-18T15:18:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) Previous issue date: 2016-05-05 / O objetivo da pesquisa é analisar a incorporação do Foreign Account Tax Compliance Act - F.A.T.C.A. ao ordenamento jurídico brasileiro em face do conceito doutrinário e jurisprudencial brasileiro em matéria de sigilo bancário. F.A.T.C.A. é um conjunto de normas norte-americanas promulgadas em 18/03/2010 que alteram o Código Tributário daquele Estado, com produção de efeitos extraterritoriais (em outros Estados) em etapas. Nos termos das normas, são impostas às instituições financeiras estrangeiras obrigações pecuniárias e não-pecuniárias com exposição à riscos e custos jurídicos e operacionais. Dentre seus pontos mais polêmicos, está o encaminhamento automático de dados pessoais e de movimentação bancária à autoridade fiscal norte-americana (Internal Revenue Service – IRS). Em caso de descumprimento, as sanções vão desde a retenção dos tributos nos próprios saldos/investimentos bancários até o encerramento da conta bancária do titular. A despeito da assinatura de um Acordo Intergovernamental entre Brasil e EUA, a incorporação do instrumento poderá criar fatores de tensão e problemáticas institucionais, pois a quebra de sigilo bancário pelo Fisco no Brasil não é tema pacificado. O Supremo Tribunal Federal, Corte Constitucional competente para julgar a interpretação do sigilo bancário na qualidade de direito fundamental à privacidade erigido constitucionalmente posiciona-se pela prévia autorização judicial da „quebra‟ fazendária. No cenário global, as Instituições Financeiras, que serão impactadas pelas eventuais sanções, são impelidas à participação, tornando a aderência ao F.A.T.C.A. imperiosa, em paralelo à discussão jurídica acerca do tratamento nacional ao sigilo bancário. Sob o ponto de vista da política externa, a cooperação brasileira para o tema é também relevante, em razão do locus ocupado pelo país na composição de fóruns econômicos internacionais, como é o caso do Grupo dos Vinte (G-20) ou na participação de Comitês específicos e grupos de trabalho particulares que apontam para a convergência de posicionamentos que culminam na flexibilização do direito a médio e longo prazo em solo nacional. Esta realidade implica em: i) observar que, paralelo à clássica lógica de incorporação de normas jurídicas, há um rico e constante processo de interação da globalização econômica no qual se observa uma padronização internacional dos ordenamentos jurídicos nacionais; ii) esta realidade modifica e altera os sentidos constitucionais e normativos de instituitos jurídicos, no caso, o sigilo bancário, o qual mediante influxos internacionais, poderá sofrer nova interpretação de atores institucionais domésticos, podendo ser remodelado na jurisprudência, legislação e doutrina pátria. / http://repositorio.uniceub.br/retrieve/22925/61250044.pdf

Submitted by Gisely Teixeira (gisely.teixeira@uniceub.br) on 2018-05-12T15:15:42Z No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Fernanda Weschenfelder (fernanda.weschenfelder@uniceub.br) on 2018-05-14T18:29:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-14T18:29:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 61250044.pdf: 1343087 bytes, checksum: 405076c49057c9f3d8dffe41cc1982c7 (MD5) Previous issue date: 2015 / O objetivo da pesquisa é analisar a incorporação do Foreign Account Tax Compliance Act - F.A.T.C.A. ao ordenamento jurídico brasileiro em face do conceito doutrinário e jurisprudencial brasileiro em matéria de sigilo bancário. F.A.T.C.A. é um conjunto de normas norte-americanas promulgadas em 18/03/2010 que alteram o Código Tributário daquele Estado, com produção de efeitos extraterritoriais (em outros Estados) em etapas. Nos termos das normas, são impostas às instituições financeiras estrangeiras obrigações pecuniárias e não-pecuniárias com exposição à riscos e custos jurídicos e operacionais. Dentre seus pontos mais polêmicos, está o encaminhamento automático de dados pessoais e de movimentação bancária à autoridade fiscal norte-americana (Internal Revenue Service – IRS). Em caso de descumprimento, as sanções vão desde a retenção dos tributos nos próprios saldos/investimentos bancários até o encerramento da conta bancária do titular. A despeito da assinatura de um Acordo Intergovernamental entre Brasil e EUA, a incorporação do instrumento poderá criar fatores de tensão e problemáticas institucionais, pois a quebra de sigilo bancário pelo Fisco no Brasil não é tema pacificado. O Supremo Tribunal Federal, Corte Constitucional competente para julgar a interpretação do sigilo bancário na qualidade de direito fundamental à privacidade erigido constitucionalmente posiciona-se pela prévia autorização judicial da „quebra‟ fazendária. No cenário global, as Instituições Financeiras, que serão impactadas pelas eventuais sanções, são impelidas à participação, tornando a aderência ao F.A.T.C.A. imperiosa, em paralelo à discussão jurídica acerca do tratamento nacional ao sigilo bancário. Sob o ponto de vista da política externa, a cooperação brasileira para o tema é também relevante, em razão do locus ocupado pelo país na composição de fóruns econômicos internacionais, como é o caso do Grupo dos Vinte (G-20) ou na participação de Comitês específicos e grupos de trabalho particulares que apontam para a convergência de posicionamentos que culminam na flexibilização do direito a médio e longo prazo em solo nacional. Esta realidade implica em: i) observar que, paralelo à clássica lógica de incorporação de normas jurídicas, há um rico e constante processo de interação da globalização econômica no qual se observa uma padronização internacional dos ordenamentos jurídicos nacionais; ii) esta realidade modifica e altera os sentidos constitucionais e normativos de instituitos jurídicos, no caso, o sigilo bancário, o qual mediante influxos internacionais, poderá sofrer nova interpretação de atores institucionais domésticos, podendo ser remodelado na jurisprudência, legislação e doutrina pátria.

Orientador: Edi Lucia Sartorato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T04:28:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva-Costa_SueliMatildeda_M.pdf: 4568147 bytes, checksum: d8aadad3b82357deab2dec0ee176e6ed (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Mutações no gene GJB2 (Cx26) são as causas mais comuns de perda auditiva não-sindrômica autossômica recessiva. Contudo, 10 a 40% dos casos com mutações no gene da Cx26 são detectadas em apenas um dos alelos, causando um problema no diagnóstico molecular. Estes achados podem ser atribuídos à existência de mutações em regiões não codificantes do gene ou mutações em outros genes cujos produtos protéicos estão envolvidos em interações com a Cx26. O principal objetivo deste trabalho foi esclarecer a causa genética da perda auditiva de 45 pacientes com surdez sensorioneural não-sindrômica monoalélicos para mutações patogênicas na região codificante do gene GJB2. Mutações incluindo deleções e duplicações nos genes GJB2, GJB3 e GJB6 foram investigadas nesses pacientes. A mutação IVS1+ lG>A no sítio de splice na região não codificante do gene GJB2, que pode contribuir para o fenótipo de surdez, foi também investigada em todos os 45 pacientes. A fim de avaliar a freqüência da mutação IVS1+1G>A em pacientes brasileiros foram analisados 142 pacientes com perda auditiva sensorioneural não-sindrômica que não apresentavam nenhuma mutação patogência na região codificante do gene GJB2. Além disso, o método de MLP A (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification) foi utilizado neste estudo para avaliar sua eficiência em detectar deleções e duplicações em genes envolvidos na perda auditiva. Analisando todos os pacientes, dez diferentes mutações no gene GJB2 e uma deleção no gene GJB6 foram encontradas.. Esses achados explicaram a perda auditiva de aproximadamente 27% dos pacientes monoalélicos para mutações no gene GJB2. A mutação IVSl+IG>A foi encontrada em dois pacientes monoalélicos. Essa alteração não foi encontrada nos pacientes sem mutações na região codificante do gene GJB2. Essa mutação parece ser rara entre pacientes surdos brasileiros. Na região promotora do gene, em um paciente, uma deleção foi encontrada e no outro uma duplicação foi observada por meio do método de MLP A. Essas possíveis alterações na região não codificante do gene ainda não foram descritas. Outras análises moleculares e estudos funcionais são necessários para confirmar uma possível associação desses achados com a perda auditiva. A técnica de MLP A se mostrou eficiente para detectar deleções e duplicações no genoma. Portanto, demonstramos no presente estudo que essa técnica pode contribuir para explicar a surdez em pacientes monoalélicos. / Abstract: Mutations in the GJB2 gene (Cx26) are the most common cause of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss. However, in 10 to 40% of these cases, mutations in Cx26 gene are detected in on1y one allele which causes a problem in molecular diagnostico These findings could be attributed to the existence of mutations in non-coding regions of the gene or mutations in other genes of which protein products are involved in interaction with Cx26. The aim of this study was to clarifying the genetic cause of the hearing loss of 45 patients with non-syndromic sensorioneural deafness, monoallelics for pathogenic mutations in the coding region of the GJB2 gene. Mutations including deletions and duplications in the GJB2, GJB3 and GJB6 genes were investigated in these patients. 'The IVSl+ 1G>A splice site mutation in the non-coding region of the GJB2 gene which can contribute to the deafuess phenotype was also investigated in all 45 patients. In order to evaluate the frequency of the IVSl+ 1G>A mutation were tested 142 Brazilian patients with non-syndromic sensorineural hearing loss without any pathogenic mutation ín the GJB2 coding region. Furthermore, the MLP A method (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) was used to evaluate its usefulness in detecting deletions/duplications in genes involved in hearing loss. Ten different mutations in the GJB2 gene and one deletion in the GJB6 gene were found. These findings eXplained the hearing loss about 27% ofGJB2 monoallelic patients. The IVSl+ 1G>A mutation was found in two monoallelics patients. This alteration was not found in patients without mutations in the GJB2 coding region. This mutation seems to be rare in deaf Brazilian patients. One patient a deletion was found in the promoter region of GJB2 gene and in another patients a duplication was observed by the MLP A method. These possible alterations were not described in noncoding region of GJB2 gene yet. Additional molecular and functional studies are needed to assess a possible association of these findings with hearing loss. MLP A proved to be a highly accurate method to detected deletions and duplications in the genome. Therefore, we have shown in the present study that this technique can explain the deafness in monoallelics patients. / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Carmino Antonio de Souza, Katia Borgia Barbosa Pagnano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T20:51:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mascarenhas_CintiadoCouto_M.pdf: 7297123 bytes, checksum: a5c6ff86609313924a25638b32816a31 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O desenvolvimento da Leucemia Mielóide Crônica (LMC) tem como característica a formação do cromossomo Philadelphia que envolve a quebra do gene BCR gerando um rearranjo molecular denominado BCR-ABL, cujo produto final é uma proteína de fusão citoplasmática que determina a patogenia da doença. Esta proteína é uma tirosina quinase (TK) que possui capacidade de auto-ativação e para a inativação desta proteína, foram desenvolvidos os inibidores da tirosina quinase (ITK), que tem a capacidade de se ligar no mesmo sítio de ligação da molécula de ATP. Esta ligação impede a transferência dos grupos fosfatos aos substratos subseqüentes, bloqueando a cascata de transdução de sinais e prevenindo a ativação das vias mitogênica dependente da quinase Bcr-Abl e anti-apoptóticas levando à morte do fenótipo BCR-ABL.Um dos principais mecanismos de resistência ao tratamento com ITK são as mutações pontuais, sendo a T315I foco de estudos mais detalhados por tornar a proteína mutante altamente insensível a todas as drogas inibidoras da proteína TK disponíveis atualmente Foi utilizado neste trabalho a técnica de D-HPLC para fazer screening de mutações nos pacientes com LMC com resposta sub ótima ou falha de tratamento de acordo com os critérios da Leukemia Net. Para o screening do éxon 6 foram selecionados 93 pacientes com LMC: 5 eram intolerantes, 67 resistentes e 21 com resposta subótima. Como controle negativo foi usado o sangue periférico doadores de sangue do Hemocentro da UNICAMP. Para o screening de mutações de todo o gene BCR-ABL foram estudados 37 pacientes com LMC e como controle negativo, usamos a linhagem celular HL60 que não possui a translocação BCR-ABL. No screening do éxon 6, 23 amostras (25%) mostraram um perfil de eluição no D-HPLC anormal em relação ao controle, o que sugeriu a presença de mutação. A sobrevida global (OS) para todo grupo foi de 80% em uma mediana de tempo de observação de 30 meses. OS para pacientes sem mutações foi de 87% e para os pacientes com mutações foi de 56% em uma mediana de tempo de observação 37 e 10 meses, respectivamente (p <0,0001, RR = 68). No screening de todo o gene BCR-ABL 17 (46%) tiveram perfil cromatográfico diferente do controle Como estávamos estabelecendo a padronização do método, procedemos com o seqüenciamento de todas as amostras e os resultados obtidos foram comparados com a seqüência depositada no banco de dados GenBank (U07563). Das 17 amostras com alteração do perfil cromatográfico, observamos a presença de mutação em 13 amostras. Acreditamos que isso se deva a sensibilidade do método de D-HPLC que é capaz de identificar tanto polimorfismos quanto mutações com maior eficiência que o seqüenciamento. Em resumo, o D-HPLC demonstrou ser um método sensível e prático para o acompanhamento do aparecimento de mutações no domínio da quinase na rotina clínica. Mutações nessa região estudada são clinicamente relevantes e podem conferir um pior prognóstico. A detecção precoce pode ser uma ferramenta importante para otimizar a terapêutica na LMC. / Abstract: The development of chronic myeloid leukemia (CML) is the formation of the characteristic Philadelphia chromosome involving breach of the BCR gene generating a molecular rearrangement called BCR-ABL, whose final product is a cytoplasmic fusion protein that determines the pathogenesis of the disease. This is a protein tyrosine kinase (TK) that has self-ativaçãoe to inactivate this protein have developed the inhibitors of tyrosine kinase (ITK), which has ability to connect on the same site of binding of molecule of ATP. This connection prevents the transfer of phosphate groups to substrates subsequent, blocking the cascade of signal transduction and preventing the activation of mitogenic pathways dependent kinase BCR-ABL and anti leading to apoptotic death phenotype of BCR-ABL.One major mechanisms of resistance to treatment with ITK are mutations off, and the T315I focus of more detailed studies by making mutant protein highly insensitive to all drugs Inhibit TK protein currently available was used in this work to D-HPLC technique to screening for mutations in patients with CML with sub-optimal response or failure of treatment according to the criteria Leukemia Net For the screening of exon 6 were selected 93 CML patients: 5 were intolerant, 67 resistant and 21 with answer sub-optimal. The negative control we used the peripheral blood donors Blood from the blood of UNICAMP. For the screening of mutations throughout the BCR-ABL gene were studied 37 patients with CML and control negative, we used the HL60 cell line that does not have the translocation BCR-ABL. In the screening of exon 6, 23 samples (25%) showed a profile of the D-HPLC elution abnormal in the control, which suggested the presence of mutation. The overall survival (OS) for whole group was 80% in a median time of observation of 30 months. OS for patients with mutations was 87% and for patients with mutations was 56% in the median observation time of 37 and 10 months respectively (p <0.0001, RR = 68). In screening the entire gene BCR-ABL 17 (46%) had chromatographic profile different from the control we were setting the standardization of methods, procedures with the sequencing of all samples and the results were compared with the sequence deposited in the GenBank database (U07563). Of the 17 samples with change the chromatographic profile, we observed the presence of mutation in 13 samples. We believe that this is due to sensitivity of the method of D-HPLC is able to identify the mutations both polymorphisms with greater efficiency to the sequencing. In summary, the D-HPLC has proved a sensitive and practical method for monitoring the appearance of mutations in the kinase domain in the clinical routine. Mutations studied in this region are clinically relevant and may confer worse prognosis. Early detection can be a tool important to optimize therapy in CML. / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

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INTRODUÇÃO: a síndrome de Noonan apresenta herança autossômica dominante e é considerada uma doença relativamente frequente na população, com uma incidência estimada entre 1/1000 e 1/2500 nascidos vivos. Dentre os seus acometimentos destacam-se: dismorfismos faciais, baixa estatura, alterações cardíacas e criptorquia. A síndrome de Noonan é muito confundida com as síndromes Noonan-like devido à sobreposição dos achados clínicos. Estas, mais raras que a síndrome de Noonan, incluem as síndromes de LEOPARD, neurofibromatose-Noonan, cardiofaciocutânea e Costello. Atualmente sabe-se que tanto a síndrome de Noonan como as síndromes Noonan-like envolvem mutações em genes pertencentes à via de sinalização RAS-MAPK. Na síndrome de Noonan, pelo menos quatro genes desta via são responsáveis pelo fenótipo: PTPN11, SOS1, RAF1 e KRAS. Mutações no gene PTPN11, o primeiro gene descrito em associação com a síndrome, são encontradas em aproximadamente 40% dos casos. O segundo gene descrito, o gene KRAS, é responsável por cerca de 2% dos casos que não apresentam mutações no gene PTPN11. Mutações no gene KRAS estão presentes em pacientes com síndrome de Noonan com retardo mental e/ou atraso no desenvolvimento mais acentuados e em pacientes com a síndrome cardiofaciocutânea cujo envolvimento ectodérmico é mais sutil. OBJETIVO: devido à recente associação do gene KRAS com a síndrome de Noonan e outras síndromes Noonan-like é importante: (1) testar a frequência de mutação neste gene em pacientes que apresentam ou não mutações no gene PTPN11 e (2) tentar estabelecer uma correlação genótipo-fenótipo mais precisa, o que permitirá a realização de um aconselhamento genético mais adequado. MÉTODOS: foram avaliados 95 probandos com síndrome de Noonan e 30 com síndromes Noonan-like. O estudo molecular foi realizado através da reação em cadeia de polimerase, seguida das reações de purificação e sequenciamento bidirecional. RESULTADOS: foram encontradas mutações no gene PTPN11 em 20/46 (43%) pacientes com síndrome de Noonan, duas delas não descritas anteriormente. Relacionando o quadro clínico dos pacientes com síndrome de Noonan deste estudo, com e sem mutação no gene PTPN11, nota-se que os pacientes com mutação apresentam incidência significativamente maior de baixa estatura, de estenose pulmonar valvar e menor frequência de miocardiopatia hipertrófica. Uma mutação no gene KRAS foi encontrada em um paciente com síndrome de Costello, mutação esta ainda não relatada. Alterações gênicas em mais de um gene da via RAS-MAPK foram observadas em dois pacientes, sendo que uma delas em cada paciente não predizia um efeito fenotípico importante. Foram também encontrados três polimorfismos no gene KRAS, porém com mesma frequência no grupo controle. A fim de verificar a influência destes polimorfismos, as principais características da síndrome de Noonan foram relacionadas entre os pacientes com esta síndrome que apresentavam mutação no gene PTPN11 e comparadas quanto à presença ou ausência desses polimorfismos. Nenhuma diferença estatisticamente significante foi encontrada. CONCLUSÃO: Pacientes com síndrome de Noonan e mutações no gene PTPN11 apresentaram uma maior incidência de baixa estatura e de estenose pulmonar valvar e uma menor incidência de miocardiopatia hipertrófica. O gene KRAS, até então relacionado às síndromes de Noonan e cardiofaciocutânea, mostrou-se também responsável pela síndrome de Costello. Tanto as alterações gênicas consideradas não patogênicas como os polimorfismos encontrados no gene KRAS parecem não ter uma grande influência sobre a variabilidade fenotípica na síndrome de Noonan. Contudo, não é possível afastar totalmente que estas alterações apresentem um efeito sutil e que, em conjunto com outras variações genéticas e/ou ambientais, tenham um efeito modulador / INTRODUCTION: Noonan syndrome shows autosomal dominant inheritance, and is a relatively frequent disease in the population, with an estimated incidence between 1/1000 and 1/2500 live births. The main clinical features are: facial dysmorphisms, short stature, cryptorchidism and cardiac abnormalities. The differential diagnosis between Noonan syndrome and Noonan-like syndromes is not always easy, due to the overlap of the their clinicla findings. The Noonan-like syndromes, more rare that the Noonan syndrome, include the LEOPARD syndrome, neurofibromatosis-Noonan, cardiofaciocutaneous and Costello. Currently it is known that Noonan syndrome and Noonan-like syndromes involve mutations in genes belonging to the RAS-MAPK signaling pathway. In Noonan syndrome, at least four genes of this pathway are responsible for the phenotype: PTPN11, SOS1, RAF1 and KRAS. Mutations in PTPN11, the first gene described in association with this syndrome, are found in approximately 40% of cases. The second gene described, the KRAS gene, is responsible for about 2% of the cases that dont have mutations in the PTPN11 gene. Mutations in the KRAS gene are present in patients with Noonan syndrome with mental retardation and/or developmental delay more pronounced and in patients with cardiofaciocutaneous syndrome whose ectodermal involvement is more subtle. OBJECTIVE: Due to the recent association of the KRAS gene with Noonan and Noonan-like syndromes is important: (1) to test the frequency of mutation in this gene in patients with or without mutations in PTPN11 and (2) to estabilish a more precise genotype-phenotype correlation, allowing the realization of a more appropriate genetic counseling. METHODS: 95 probands with Noonan syndrome and 30 with Noonan-like syndromes were evaluated. The molecular analysis was performed by the polymerase chain reaction, followed by purification and bidirectional sequencing. RESULTS: PTPN11 gene mutation was found in 20/46 (43%) patients with Noonan syndrome, two of them not previously described. By correlating the clinical features of patients with Noonan syndrome in this study, with or without mutations in the PTPN11 gene, it was noted that patients with mutations have significantly higher incidence of short stature, pulmonary stenosis and lower incidence of hypertrophic cardiomyopathy. Mutations in KRAS gene were found in two patients a patient with Noonan syndrome ant the other with Costello syndrome. Gene alterations in more than one gene at the RASMAPK patway were observed in two patients, but one of the mutations in each patient didnt predict a significant phenotypic effect. Were also foud three polymorphisms in the KRAS gene, but with the same frequency in the control group. To check the influence of these polymorphisms, the main features of Noonan syndrome were related among patients with this syndrome who had mutations in the PTPN11 gene and compared of the presence or absence of these polymorphisms. No statistically significant difference was found. CONCLUSION: Patients with Noonan syndrome and PTPN11 gene mutation had a higher incidence of short stature and pulmonary valve stenosis and a lower incidence of hypertrophic cardiomyopathy. The KRAS gene, previously related to Noonan and cardiofaciocutaneous syndrome, was also responsible for Costello syndrome. Gene alterations considered as nonpathogenic and polymorphisms found in the KRAS gene seem to have a not great influence on the phenotypic variability in Noonan syndrome. However, it is not possible to completely rule out that these changes have a subtle effect and that, together with other genetic variations and/or environmental factors, may have a modulating effect

A síndrome de HIGM é uma imunodeficiência, caracterizada por níveis séricos normais ou elevados de IgM associados com baixos níveis de IgG, IgA e IgE. Neste estudo investigamos pacientes com HIGM autossômico recessivo. Selecionamos 15 pacientes com diagnóstico clínico sugestivo de AR-HIGM, 10 do sexo feminino, 05 do sexo masculino, onde onze são brasileiros, um é francês e três são turcos, com idades que variam de 2 a 40 anos. Todos os pacientes apresentam infecções recorrentes: 100% pneumonias, 80% otites médias agudas, 53% sinusites, 46% amigdalites, 40% diarréias 26% infecções urinárias, uma apresentou micobacteriose cutânea. Encontramos as seguintes mutações no gene AICDA: Pacientes EJ e GF, mutação missense na base 260 do cDNA (c.260G>C; p. Cys87Ser). Pacientes DA e RC apresentam defeito de splice, acarretando na deleção total do exon 4 do gene AICDA. Os pacientes estrangeiros foram previamente estudados para os genes AICDA, UNG e CD40, e nenhuma alteração foi encontrada. Neste caso, estudamos o gene INO80, e encontramos nos exons 04 (g.24012 G>A) e 26 (g.99976 G>T) do gene INO80, duas mutações missense em heterozigose no DNAg do paciente OD. O estudo molecular e genético é importante para a realização do diagnóstico diferencial, estratégia terapêutica e prognóstico dos casos. / HIGM syndrome is a rare immunodeficiency characterized by high or normal levels of serum IgM associated with low levels of IgG, IgA and IgE. We selected 15 patients with clinical diagnosis suggestive of AR-HIGM, 10 females, 05 males, where 11 are Brazilian, one is French and three are Turkish, with ages ranging from 2 to 40 years. All patients had recurrent infections: 100% pneumonia, 80% acute otitis media, 53% sinusitis, 46% tonsillitis, 40% recurrent diarrhea, 26% urinary tract infections, 20% stomatitis, and one patient presented a cutaneous mycobacteriosis. 20% of the patients had opportunistic infections: Mycobacterium marinum, Toxoplasma gondii, varicella-zoster virus, Pseudomonas aeruginosa, fungus, and Mycobacterium tuberculosis. As a result, we found two types of mutations in 4 diferent patients with no consanguinity. We found in AICDA gene the following mutations: Patients EJ and GF missense mutation in base 260 in cDNA, which results in a change of aminoacid (c.260G> C; Cys87Ser p.). Patients DA and RC showed a splice defect, resulting in a complete deletion of exon 4 in AICDA gene. All other patients were sequenced for AICDA, UNG and CD40 genes, and no changes were found. In this case, we studied the INO80 gene, and we found in exons 04 (g.24012 G> A) and 26 (g.99976 G> T) INO80 gene, two heterozygous missense mutations in DNAg of patient OD. Since these molecular genetic defects result in similar clinical features, molecular and genetic studies are important for the differential diagnosis, therapeutic strategy and prognosis of the cases.