Made available in DSpace on 2014-10-09T12:33:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Submitted by JOÃO RAFAEL DE CONTE CARVALHO DE ALENCAR (jralencar@gmail.com) on 2016-08-02T21:26:02Z No. of bitstreams: 1 Tese Completa João 31-06-2016.pdf: 1972389 bytes, checksum: 65cb391e11ab0faad1c090aead364836 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-04T18:22:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 alencar_jrdcc_dr_jabo.pdf: 1972389 bytes, checksum: 65cb391e11ab0faad1c090aead364836 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T18:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alencar_jrdcc_dr_jabo.pdf: 1972389 bytes, checksum: 65cb391e11ab0faad1c090aead364836 (MD5) Previous issue date: 2016-07-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do Brasil em área e produção, lhe conferindo problemas fitossanitários em igual proporção. Dentre estes problemas os insetos-praga acabam por limitar a produtividade. Sphenophorus levis é conhecido como uma das principais pragas da cana-de-açúcar. O gorgulho-da-cana tem a amostragem e o controle difíceis de serem realizados devido ao seu hábito subterrâneo durante as fases iniciais de desenvolvimento. Este trabalho, portanto teve como objetivo estudar a dinâmica populacional. o padrão de distribuição e desenvolver um plano de amostragem sequencial de S. levis na cultura da cana-de-açúcar. Foram levantados dados da praga em uma área de 1,05 hectares entre o segundo e o terceiro corte da cultura, em duas safras seguidas 2013/2014 e 2014/2015. As áreas foram divididas em 100 parcelas onde se realizou a contagem de larvas, pupas e adultos, soma das formas biológicas e rizomas atacados pelo gorgulho da cana. Para isso, foram amostradas duas trincheiras por parcela de 0,5 x 0,5 x 0,5 m (largura, altura e profundidade) a cada duas semanas. E para os adultos também foi usado armadilhas com toletes tratados com melaço de cana. Com estes dados coletados foi possível verificar satisfatoriamente a praga e seus danos, e constatar que eles permanecem o ano inteiro presentes na área de cultivo. Além disso, foi determinado os períodos em que cada fase de desenvolvimento ocorram com maior e menor incidência, e correlacionar estes dados aos fatores do clima como a temperatura máxima, média e mínima, precipitação e umidade relativa do ar. Através do método “stepwise” foi constatado que a temperatura mínima, precipitação e umidade relativa do ar, são as variáveis climáticas que mais interferem no desenvolvimento de S. levis. Quanto à distribuição espacial, foi notório que tantos os índices de dispersão estudados, razão variância/média, índice de Morisita, coeficiente de Green e o expoente k da distribuição binomial negativa, indicaram que o gorgulho-da-cana e seus danos são altamente agregados. Este resultado foi confirmado com o melhor ajuste ao modelo probabilístico de distribuição pelo teste do qui-quadrado da distribuição binomial negativa. Além disso, foi estimado o k comum para desenvolver o plano de amostragem sequencial para os rizomas atacados por S. levis, utilizando-se os dados do teste da razão da máxima verossimilhança, com nível de controle de 10 e 5% de rizomas atacados, com número máximo de unidades amostrais esperado de 21 trincheiras. / The sugarcane is one of the main Brazilian crops in area as well in production. This fact ensures major phytosanitary problems associated too. Among these problems pests end up limiting production in several areas. Sphenophorus levis is known as one of the major pests of sugar cane. The sugarcane weevil sampling and control are difficult to done due their subterranean habit during the early stages of life. Therefore, this work aimed to study the population dynamics, the distribution pattern and to develop a sequential sampling plan for S. levis in sugarcane crops. Pest's data were raised from areas of 1.05 hectares between the second and third harvest cycle in two crops, 2013/2014 and 2014/2015. The areas were divided into 100 plots, where was held the counting of larval, pupae, adults and sum of biological forms from the weevil. The rhizomes attacked by this pest were also counted. For this, were sampled two trenches of 0.5 x 0.5 x 0.5 m (width, height and depth) every two weeks. Also, the adults were collected with pieces of sugarcane treated with molasses in traps. With these collected data was possible to check satisfactorily that the pest and its damage still present for all the crop. In Addition, it was Determined the periods of each development phase, occurring with greater and lesser incidence. Maximum, medial and minimal temperature, such as precipitation and relative humidity were correlated by stepwise method with the dynamics of the pest and its damage. It was found that the minimum temperature, precipitation and relative humidity, are climate variables that most affect the development of S. levis The dispersion indexes studied were variance/mean ratio, Morisita index, Green coefficient and the exponent k of the negative binomial distribution. They indicated that the sugarcane weevil and their damage are highly aggregated. This result was confirmed by the greater fit to the probabilistic distribution model, using the chi-square test for the negative binomial distribution adjustment. Also, it was estimated the common k to develop the sequential sampling plan for attacked rhizomes, using the ratio from the maximum likelihood test data , with 10 and 5 % level of control. The maximum number of sample units expected for Attacked rhizomes was 21 trenches.

Submitted by PATRICK DA SILVA null (patrick_dasilva@ymail.com) on 2016-09-01T14:44:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Patrick da Silva.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-01T18:20:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_p_me_arafcf.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T18:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_p_me_arafcf.pdf: 3098856 bytes, checksum: 3fb93fb0061cbc5d3f1d4f4066945e07 (MD5) Previous issue date: 2016-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Sinalização química em bactérias patogênicas é um mecanismo empregado para interagir com o hospedeiro e sua respectiva microbiota. Através desta interação ocorre a regulação dos mecanismos de virulência. Estudando o mecanismo de sinalização química do sistema de 2-componentes QseBC em Salmonella enterica serovar Typhimurium foi aberta uma nova perspectiva para desvendar os mecanismos de patogenicidade. Dentre estes, uma nova proteína VisP (Virulence and stress-related Periplasmic protein) foi reportada. Seu papel inicial na interação com a enzima LpxO em S. Typhimurium foi anteriormente demonstrada. O antígeno-O da camada de LPS fornece proteção contra as defesas do hospedeiro e, particularmente, o comprimento de sua cadeia exerce um papel essencial. A montagem do antígeno-O possui o sistema Wzz, o qual determina o comprimento final de sua cadeia polissacarídica, e também apresenta uma distribuição tri-modal. Forma cadeias curtas (S-OAg), longas (L-OAg) e muito longas (VL-OAg) de antígeno-O. As proteínas WzzST e WzzfepE regulam, respectivamente, a síntese das cadeias L-OAg e VL-OAg. Neste estudo, os genes wzzST, wzzfepE, visP e lpxO foram mutados, via mutagênese λ Red, obtendo simples e duplos mutantes. Dados preliminares evidenciaram que há um aumento nas cadeias VL-OAg e L-OAg no mutante ΔvisP, e reciprocamente há diminuição de L-OAg em ΔlpxO. Foram feitos ensaios para avaliar a motilidade, invasão em células epiteliais e sobrevivência intracelular em macrófagos com as amostras obtidas pelos ensaios de mutagênese. Foi evidenciado uma redução de 1,2 e 1,0 ordem de magnitude nos processos de invasão e sobrevivência intracelular, respectivamente, no mutante ΔvisP em relação à amostra selvagem, conforme já descrito, e também uma redução de 70,61% na motilidade comparada com à amostra selvagem. Observou-se que a deleção dos genes wzzfepE e lpxO no mutante ΔvisP faz com que a bactéria retorne ao fenótipo da amostra selvagem nos processos de motilidade, invasão em células epiteliais e sobrevivência intracelular em macrófagos. Este efeito de complementação fenotípica não ocorre no mutante duplo ΔwzzST, apresentando os mesmos níveis do mutante simples ΔvisP, apesar deste possuir um aumento na expressão de genes envolvidos na motilidade e invasão celular comparado com o mutante ΔvisP. Aparentemente, há a atenuação destes processos patogênicos em bactérias com um alto nível de VL-OAg, levando-nos a hipotetizar que este tipo de cadeia de antígeno-O possui relevância na patogênese de S. Typhimurium. WzzfepE e LpxO apresentaram uma evidente participação nos processos de motilidade, invasão celular e sobrevivência intracelular via VisP, e possivelmente o antígeno-O de comprimento muito longo (VL-Oag) apresenta um papel de inibição nestes processos, além disso, evidenciou-se que VisP desempenha uma função relevante na montagem das cadeias de antígeno-O e na patogênese de S. Typhimurium. / Chemical signaling is a mechanism employed by several bacterial species to interact within surrounding microbiota and their host. Upon this interaction the pathogenic bacteria regulate their virulence traits. The two-component system QseBC was described on chemical signaling in Salmonella enterica serovar Typhimurium, and a novel branch of pathogenic cascade regulation was revealed. Among these mechanisms a novel protein was described, VisP (Virulence and stress related Periplasmic protein). VisP interacts with LpxO enzyme on the periplasm. The O-antigen of the LPS layer provides protection against host defenses, and particularly its chain’s length plays an essential role. The O-antigen assembly has the Wzz system, which determines the O-antigen final chain length, and also presents a tri-modal distribution. It forms short (S-OAg), long (L-OAg) and very-long (VL-OAg) O-antigen chains. The WzzST and WzzfepE proteins respectively regulate the L-OAg and VL-OAg synthesis. In this study, wzzST, wzzfepE, visP and lpxO genes were mutated via λ Red mutagenesis, obtaining single and double-mutants. Our preliminary data have shown that VisP increases VL-OAg and L-OAg, conversely LpxO diminishes L-OAg chain length. The motility, epithelial cell invasion and macrophage intracellular survival and replication were assessed with the mutants obtained. The ΔvisP presented 1,2 and 1,0 order of magnitude reduction in cell invasion and intracellular macrophage replication, respectively, comparing with WT S. Typhimurium, as described, and 70,61% less motility rate than WT. Mutating wzzfepE or lpxO genes in ΔvisP recovers the motility, epithelial cell invasion and macrophage intracellular survival and replication WT phenotypes. Nonetheless, this effect does not occur with wzzST gene deletion in ΔvisP, as this double-mutant presents the same phenotypes of ΔvisP single-mutant, although this deletion raises expression rates of motility and cell invasion related genes significantly. Apparently, these pathogenic processes are attenuated within samples with VL-Oag high levels, taking us to hypothesize that there is a correlation between this O-antigen chain length and S. Typhimurium pathogenesis. WzzfepE and LpxO presented an important role on motility, epithelial cells invasion and macrophage intracellular survival through VisP, and probably the VL-OAg inhibits these processes. Furthermore, VisP plays a relevant function on O-antigen chain assembly and pathogenesis of S. Typhimurium. / CNPq: 134434/2014-5

Uma característica associada à capacidade de Pseudomonas aeruginosa sobreviver e disseminar-se frente a situações adversas encontradas no ambiente e no organismo de hospedeiros é a regulação de genes de resposta a condições de estresse celular, que incluem o evento de choque térmico. A exposição do microrganismo a um ambiente de alta temperatura resulta na indução da síntese de proteínas específicas, representadas por chaperonas e proteases, que conferem um aumento da viabilidade celular microbiana em condições consideradas letais. Presume- se que o gene PA 0657 de P. aeruginosa O1 possa estar associado à indução ou supressão do processo transcricional de genes envolvidos na resposta ao choque térmico. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a função do gene PA0657 de P. aeruginosa O1. Para isso, análises bioinformáticas foram realizadas e o gene foi clonado e expresso em sistema bacteriano, produzindo uma proteína recombinante que foi purificada e caracterizada enzimaticamente. Além disso, uma linhagem de P. aeruginosa O1 com o gene PA0657 rompido por recombinação homóloga foi construída, sendo submetida, juntamente com a linhagem selvagem, a uma condição de estresse térmico, permitindo que a expressão de diversos genes associados ao evento de choque térmico pudessem ser avaliadas por qRT-PCR. Os resultados mostraram que a proteína recombinante PA0657 foi capaz de degradar adenosina trifosfato (ATP), dependente do íon Zn2+. Foi possível verificar também que a linhagem rompida perdeu a capacidade de produzir o pigmento piocianina quando crescida em meio cetrimida e não apresentou seu fenótipo mucóide. Em análise in silico observou-se que a região promotora do gene PA0657 é dependente de σ32 e a análise de expressão gênica evidenciou uma diminuição de expressão do gene rpoH na linhagem selvagem de PAO1 após choque térmico, sendo este gene significativamente expresso na linhagem rompida. Observou-se também um acentuado aumento na expressão do gene algU, nestas mesmas condições, na linhagem selvagem PAO1, com ausência de expressão na linhagem rompida. É possível concluir, dessa forma, que o gene PA0657 exerce participação importante no processo de regulação de resposta ao choque térmico e está relacionado com a conversão do fenótipo mucóide. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2015-02-12T16:39:42Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-12T16:39:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES / A feature associated with the ability of Pseudomonas aeruginosa survive and dissemination in adverse conditions found in the environment and in hosts‘ organisms is a specific genes regulation of stress response, including heat shock event. The exposure of microorganisms to a high temperature environment results in the induction of synthesis os specific proteins, represent by chaperones and proteases, conferring an increase og the microbial cell viability under conditions considered lethal. . It is presumed that the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 can be related to the induction or suppression of transcriptional process of genes that are involved in a response to heat shock. In this context, the aim of this work was to characterize the function of the PA0657 gene of P. aeruginosa O1. In this way, bioinformatic analyzes were performed and the gene was cloned and expressed in bacterial system, producing recombinant protein which was purified and enzymatically characterized. Moreover, the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 strain was disrupted by homologous recombination. The wild type strain and the disrupted strain were submitted to a thermal stress and the expression of various genes associated with heat shock event could be evaluated by qRT -PCR. The results showed that the PA0657 recombinant protein was capable of degrading adenosine triphosphate (ATP) of Zn2+ dependent manner. It was also verified that the ruptured strain lost its ability to produce pyocyanin pigment when grown on cetrimide means and its mucoid phenotype. It was possible to find in computational analysis that the promoter region of the PA0657 gene is dependent on σ32. The gene expression analysis showed a decrease in expression of the rpoH gene in the wild type strain after heat shock, this gene is significantly expressed in the disrupted strain. A significant increase in expression of the algU gene was observed, on the wild type strain with absence of expression in the disrupted strain. Therefore, it was possible to conclude that the PA0657 gene cts in the regulatory process of thermal shock response and is related to the conversion of the mucoid phenotype.

Submitted by Mariane Carvalho Vischi (mazicarvalho@bol.com.br) on 2017-03-31T02:44:30Z No. of bitstreams: 1 DEFESA - VERSÃO FINAL MARIANE CARVALHO VISCHI.pdf: 6742229 bytes, checksum: 05af4a4bb57ab550fefe7fac1686e50e (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-04-06T17:14:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vischi_mc_dr_arafcl.pdf: 6742229 bytes, checksum: 05af4a4bb57ab550fefe7fac1686e50e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T17:14:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vischi_mc_dr_arafcl.pdf: 6742229 bytes, checksum: 05af4a4bb57ab550fefe7fac1686e50e (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O presente trabalho investiga e compara a disfluência na fala de pessoas gagas e não gagas. O primeiro tipo foi denominado de disfluência gaga e o segundo, de disfluência comum. De uma maneira geral, as disfluências são caracterizadas pelo não fluir normal dos segmentos sonoros da fala, devido à presença de hesitações e de interrupções durante o processo comunicativo. Inicialmente, foi feita uma revisão bibliográfica sobre a relação da fluência com a disfluência a partir de uma compilação dos principais estudos sobre o assunto. Na sequência, apresentamos os trabalhos da literatura especializada e da linguística para a disfluência gaga, bem como dos aspectos que tratam da articulação da fala e dos elementos suprassegmentais. A metodologia consistiu na gravação semiespontânea de seis informantes gagos e seis não gagos. Como parte da metodologia para a formação do corpus, foi pedido a eles que narrassem algum fato que tivesse marcado suas vidas. Não foi definida de uma temática específica. Os dados foram analisados auditivamente e acusticamente. Para a análise acústica utilizou-se o software PRAAT. Para análise e interpretação dos dados foram usados modelos teóricos referentes à fonologia autossegmental (Pierrehumbert,1980; Ladd, 1996, entre outros) e, como apoio teórico, o da fonologia funcional (Halliday, 1970; Cagliari, 2007). Também foram utilizados os trabalhos relacionados ao estudo da fluência e disfluência da fala de uma maneira geral (Scarpa, 1995; Cruz, 2009; Koch, 2009; Scarpa; Fernandes-Svartman, 2012; Merlo, 2015, entre outros), bem como da disfluência gaga (Van Riper, 1971; Friedman 1986; Azevedo, 2000, entre outros). A investigação acústica estuda os segmentos fonéticos, as pausas, as repetições, as hesitações, os alongamentos e os bloqueios de fala. A interpretação fonológica investiga o comportamento dos fonemas nos dois tipos de disfluências. Os resultados mostraram, em relação à análise da F0 e padrão da intensitade, diferenças pouco significativas para a comparação entre os dois tipos de disfluências. A duração foi o evento que mais distanciou os dois tipos de fala, sendo maior para os falantes com disfluência gaga. Em relação aos tipos de disfluências (repetições, inserções, hesitações, entre outros), tanto os informantes gagos quanto os não gagos realizaram o mesmo tipo de disfluência. A diferença entre eles deve-se à quantidade e à complexidade das disfluências. Nesse caso, os informantes gagos tendem a apresentar um maior número de disfluências por grupo tonal, bem como uma quantidade maior de disfluências complexas. Outra diferença entre os dois grupos está na duração e quantidade de pausas, que tende a ser maior para os informantes com disfluência gaga. A análise fonológica, por sua vez, mostrou que gagos e não gagos tendem a manter o padrão entoacional para as repetições, inserções e hesitações. Esses resultados confirmam a hipótese de que a gagueira estaria mais relacionada a uma questão articulatória que leva, por meio de uma empatia fonética negativa, a quebra na expectativa do interlocutor. Já a disfluência comum, por estar mais relacionada a fenômenos estilísticos, não é sentida da mesma maneira. Mesmo assim, o caminho mais adequado não é o de distanciar negativamente esses dois tipos de fala, uma vez que os eventos são os mesmos, o que muda é o modo como eles são refletidos e sentidos. / The present work investigates and compares the dysfluency speech of stuttering and non-stuttering people. The first type was called stutterer dysfluency and the second common disfluency. In general, dysfluencies are characterized by no expected flow of the phonetic segments of speech due to the presence of hesitations and interruptions during the communication process. A general review of the literature on the relationship between fluency and dysfluency is presented with comments. A special review presents works of linguists, discussing stutterer dysfluency in particular in relation to segmental and suprasegmental articulatory problems. The methodology consists of recordings of semi spontaneous speech by six stutterers and non-stutterers informants. As part of the methodology for the formation of the corpus, the informants were asked to report any fact that marked their lives. Data were analyzed auditorily and acoustically. For acoustic analysis, the PRAAT software was used. Theoretical models regarding autosegmental phonology (Pierrehumbert, 1980; Ladd, 1996 among others) and functional phonology (Halliday, 1970, Cagliari, 2007) were used for theoretical support. The study of fluency and dysfluency discusses in particular the works from Scarpa (1995); Cruz (2009); Koch (2009) and Merlo (2015). On the other hand, stutterer dysfluency reminds the works of Van Riper (1971); Friedman (1986); Azevedo (2000), among others. The acoustic analyses take into consideration the phonetic segments, pauses, repetitions, hesitations, speech stretching and blocking. The phonological interpretation investigates the phoneme behavior in both types of disfluency. The results revealed, in relation to the analysis of F0 and intensity standard, minor differences in comparing the two types of disfluency. The duration was the event that more distanced the two types of speech behavior, being higher for speakers with stutterer dysfluency. The difference between them is due to the amount of occurrences and the types of complex disfluencies. Stuttering informants tend to have a larger number of dysfluency by tonal group as well as a greater amount of complex dysfluency. The phonological analyses, in turn, showed that stuttering and non-stuttering tend to maintain the intonation pattern for repeats, insertions and hesitations. These results confirm the hypothesis that stuttering is more related to an articulation process which leads, through a negative phonetic empathy, to break the expectation of the interlocutor. On the other hand, common dysfluency which is more related to stylistic phenomena is also involved with the same kind of speech problems but in a different dimension. Indeed, the most appropriate conclusion is to set a scale for the events with the two types of disfluency in opposite positions. This scale is interpreted as such by the persons involved in the problem, being framed by different expectations. / CNPq: 141913/2013-4

Orientador: Alfredo Takashi Suzuki / Banca: Antônio Edson Gonçalves / Banca: Vladimir Fainberg / Banca: José Abdalla Heläyel Neto / Banca: Jeferson de Lima Tomazelli / Resumo: Uma forma alternativa no tratamento dos pólos do gauge do cone de luz do tipo (q.n)-£ é estudada, e esta é comparada com as prescrições usuais de Mandelstam e Leibbrandt. Aparentemente no caso de se trabalhar nesta classe de gauges não covariantes, as principais prescrições causais não são prescrições, mas sim identidades das coordenadas do cone de luz. / Abstract: An alternative form of treatment for thelight-cone gauge poles of type (q.n)-£ is studied, and it is compared with the usual prescriptions of Mandelstam and Leibbrandt. It seems that in the case of working in this class of noncovariant gauges, the causal prescriptions are not prescriptions, but identities of the light-cone coordinates. / Doutor

L’autophagie est un mécanisme cellulaire complexe, nécessitant plus de 40 protéines ATGs (AuTophaGy related), impliqué dans le maintien de l’homéostasie cellulaire. Sa dérégulation a été décrite comme une cause possible de la tumorigénèse. Nos travaux ont montré dans une cohorte de 80 patientes atteintes de cancer du sein, que l’expression du gène codant la protéine ATG9A, jouant un rôle dans les étapes précoces de l’autophagie, est plus importante dans les tissus cancéreux des patientes de type triple négatif. Afin d’étudier le rôle d’ATG9A dans la lignée de cancer du sein triple négatif MDA-MB-436, nous avons développé deux modèles d’extinction du gène ATG9A à l’aide de sh-ARN ou de la technique CRISPR-Cas9. Ces modèles d’extinction présentent un blocage de l’autophagie via une diminution de la dégradation des autophagosomes. Nous avons également montré une inhibition des phénotypes cancéreux in vitro et in vivo des cellules sh-ATG9A comparé aux cellules contrôles. Cependant, nous n’avons observé aucune différence de phénotypes cancéreux entre le modèle CRISPR-Cas9, contrairement au modèle sh-RNA, nous avons émis l’hypothèse que l’ARNm d’ATG9A pourrait jouer un rôle dans la maintenance des phénotypes cancéreux via l’expression d’une isoforme de la protéine ATG9A, exprimée après mutation de la séquence d’ATG9A par le système CRISPR-Cas9 ou via son interaction avec des ARN non codants régulateurs. Si cette hypothèse est confirmée, cet ARNm pourrait devenir une cible thérapeutique dans les cancers du sein triple négatif pour lesquels aucune thérapie ciblée n’existe actuellement. / Autophagy is an intracellular process which contributes to the maintenance of cell homeostasis. The deregulation of this complex process, which requires more than 40 ATG proteins, has been shown to be involved in tumor development. In our laboratory, we analyzed a cohort of 80 breast cancers and demonstrated that ATG9A gene expression is increased in triple negative breast cancer samples compared to adjacent healthy tissues. We then studied the role of ATG9A in the triple negative breast cancer cell line MDA-MB-436 using two extinction models created with the sh-RNA or the CRISPR-Cas9 technology. Our two extinction models presented a blockade of autophagy, due to a decrease of autophagosome degradation. We also observed a decrease of in vitro and in vivo cancer phenotypes, such as proliferation, invasion or in vivo tumor growth, of sh-ATG9A cells compared to control cells. However, we did not observe any difference of cancer phenotypes between the CRISPR-CAS9 cells and the control ones. Since we still detected the presence of the ATG9A mRNA in the CRISPR models but not in the sh-RNA models, we hypothesized that this mRNA might play a role in the maintenance of breast cancer phenotypes in these cells, either by the expression of a truncated isoform of the ATG9A protein from the mutated ATG9A mRNA obtained after the action of the CRISPR-Cas9 system, or its interaction with non-coding mRNAs. If proven, this could establish ATG9A mRNA as a potential therapeutic target in triple negative breast cancers for which no targeted therapy is currently available.

Nas últimas décadas, os Staphylococcus coagulase-negativo, têm sido considerados como patógenos verdadeiros, sendo um dos principais grupos bacterianos responsáveis pelas infecções relacionadas a assistência a saúde (IRAS). O presente estudo teve como objetivo geral: avaliação da relação entre a resistência a oxacilina e a produção de biofilme de amostras Staphylococcus coagulase-negativo de origem comunitária e hospitalar. Neste sentido, foram desenvolvidos os seguintes objetivos específico: identificar ao nível de espécie os Staphylococcus coagulase-negativo; analisar por técnica fenotípica (Ágar vermelho do Congo) a produção de slime; avaliar quantitativamente, a produção de biofilme; correlacionar a produção de polissacarídeos extracelulares (slime) com a produção de biofilme; avaliar a relação da resistência a oxacilina como indicador da presença do gene mecA; avaliar a relação entre a concentração inibitória mínima e a concentração bactericida mínima para oxacilina; pesquisar a presença dos genes mecA, icaAD e atlE, pela técnica de PCR. Foi estudado um total de 150 amostras, sendo 50 isoladas de fômites, 50 isoladas de sangue e 50 isoladas de comunidade. Independente da origem, foram identificadas 14 espécies de Staphylococcus coagulase-negativo, sendo mais frequentes S. epidermidis 42,6%, S. haemolyticus 13,3% e S. cohnii cohnii 10,7%. A análise geral da expressão fenotípica de slime mostrou que 64% das amostras avaliadas eram produtoras de slime. Das 150 amostras testadas neste estudo, 95,3% foram produtoras de biofilme. Ao considerarmos a análise da quantificação do biofilme em relação às origens das amostras estudadas não encontramos diferenças significativas e a maioria das amostras foi considerada moderadamente produtora de biofilme. O gene mecA foi detectado em 6 amostras comunitárias, 34 amostras de fômites e 34 amostras de sangue. Não houve diferença significativa entre as amostras de fômites e sangue. Porém, houve diferença significativa entre as amostras de origem comunitária e as de origem hospitalar - fômites e sangue (p < 0,0001). Ao compararmos as três origens de isolamento quanto a presença do gene atlE observamos que houve diferença significativa (p = 0,0012) entre elas. Sendo, as amostras isoladas de sangue, as que apresentaram maior número de amostras que possuíam o gene atlE (n = 18). Das 150 amostras testadas observamos a presença do gene icaAD em 46% amostras comunitárias, 56% amostras de fômites e 60% amostras de sangue, não encontramos diferença significativa (p = 0,5750). Observamos uma correlação entre a resistência a oxacilina e a produção de slime, pois as amostras de origem hospitalar (fômites e sangue) apresentaram altos níveis de resistência a oxacilina e em sua grande maioria foram produtoras de slime. A espécie S. epidermidis foi a mais isolada e deve-se ressaltar que, quando comparada com as outras espécies, apresentou altos níveis de resistência a oxacilina, sendo a maioria produtora de slime e biofilme. / In recent decades, coagulase-negative Stapphylococci have been considered as true pathogen, one of the major bacterial groups responsible for hospital infection. The present study aimed to: assess the relationship between oxacillin resistance and biofilm production samples coagulase-negative Stapphylococci of community and hospital. In this sense, we have developed the following specific objectives: to identify to species level coagulase-negative Staphylococci; analyze by phenotypic test (Congo red Agar) slime production, evaluate quantitatively the biofilm production; correlate the production of extracellular polysaccharides (slime) with biofilm production; evaluate the relationship of resistance to oxacillin as an indicator of the presence of the mecA gene; evaluate the relationship between minimal inhibitory concentration and minimum bactericidal concentration for oxacillin; investigate the presence of the mecA gene, atlE and icaAD, by PCR. We studied a total of 150 samples, 50 were isolated from fomites, 50 from community and 50 isolated from blood. Regardless of origin, 14 species of coagulase-negative Stapphylococci were identified , being more frequent 42.6% S.epidermidis, 13.3% S. haemolyticus and 10.7% S. cohnii cohnii. A general analysis of the phenotypic expression of slime showed that 64% of the samples were slime producers. Of the 150 samples tested in this study, 95.3% produced biofilm. When we consider the analysis of quantification of biofilm in relation to the origins of the samples studied we did not find significant differences and most of the samples were considered moderately biofilm producers. The mecA gene was detected in 6 community samples, 34 samples of fomites and 34 blood samples. There was no significant difference between the samples of blood and fomites. However, there was significant differences between the samples from the community and nosocomial - fomites and blood (p <0.0001). Comparing the three origins insulation as the presence of the gene atlE we observed a significant difference (p = 0.0012) between them. Being the isolated blood samples which showed the highest number of samples that had the gene atlE (n = 18). From the 150 tested samples we observed the presence of the gene icaAD 46% in community samples, 56% samples from fomites and 60% of blood samples, we found no significant difference (p = 0.5750). We observed a correlation between oxacillin resistance and slime production, because the nosocomial (fomites and blood) samples showed high levels of resistance to oxacillin and mostly were slime producers. The species S. epidermidis were the most isolated and it should be noted that, compared with other species, it showed high levels of resistance to oxacillin, mostly producing slime and biofilm.

Promover a segurança viária no entorno escolar é uma estratégia que contribui para que sejam construídas cidades seguras, saudáveis e sustentáveis. Nesse sentido, este estudo é dedicado a identificar a influência das características da estrutura urbana na frequência e na severidade dos acidentes no entorno de escolas de educação básica de Porto Alegre. A análise da frequência e da severidade de acidentes foi conduzida através da estimação de modelos econométricos: binomial negativo e logit ordenado, respectivamente. Para esses, foram calculados os efeitos marginais, permitindo a observação da magnitude dos impactos das variáveis explicativas sobre as variáveis dependentes. As variáveis dependentes frequência e severidade foram extraídas dos acidentes registrados em Porto Alegre entre 2012 e 2014. Foram incluídas, simultaneamente, variáveis da estrutura urbana, das escolas, socioeconômicas e dos acidentes (para a severidade). A partir do geoprocessamento dos dados existentes, os entornos escolares puderam ser caracterizados para três diferentes áreas circulares de análise (buffer ring) de raios de 100, 150 e 200 metros, permitindo a comparação do uso das diferentes áreas. O conjunto de estimativas indica que áreas menores produzem modelos de melhor desempenho para ambas as técnicas empregadas. No entanto, áreas maiores permitem a análise de maior quantidade de variáveis relativas à estrutura urbana. Essa relação sugere os benefícios da escolha a partir do trade-off entre ajuste do modelo e sua capacidade de propiciar análises de variáveis. Foi identificado que a frequência e a severidade de acidentes podem estar relacionadas a uma única variável explicativa de formas opostas – a partir de sinais contrários. Essa diferença de resultados para frequência e severidade de acidentes indica que há maiores benefícios em analisá-las em conjunto. Identificou-se ainda que existem benefícios para a segurança viária em áreas de estrutura urbana com quarteirões menores e maior quantidade de interseções de quatro vias, em frequência e severidade, respectivamente. Já as áreas mais arborizadas tendem a apresentar acidentes de menor severidade nos casos de usuários de modos ativos. / Fostering road safety nearby schools is a strategy that contributes to build safe, healthy and sustainable cities. The aim of this study is to identify the influence of the built environment characteristics in the frequency and severity of accidents nearby elementary and secondary schools in Porto Alegre. The frequency and severity of the accidents were analyzed using econometric models: negative binomial and ordered logit, respectively. The evaluation of their marginal effects allowed the magnitude of the impact caused by the explanatory variable on the dependent variables to be observed. The measured variables frequency and severity were extracted from accidents registered in Porto Alegre from 2012 and 2014. Built environment, socioeconomic and school variables were also included, as well as accident data (for severity). Data geoprocessing allowed school surroundings to be characterized for three different buffer rings, measuring 100, 150 and 200 meters of radius. Thereby it was possible to compare the inclusion of different areas in the study. The estimations indicates that models based on smaller areas have better performances for both employed techniques, whereas larger areas allow the study of a bigger quantity of urban infrastructure variables. That indicates the benefits of choosing based on a trade-off between model adjustment and capacity to engender the analysis of variables. It was shown that frequency and severity of accidents could be related to a single explanatory variable in opposite ways – based on contrary signs. This difference in the results found for frequency and severity indicates that there are more benefits when analyzing them together. Moreover, there are benefits for road safety in areas where the city blocks are shorter and where there are more four-way intersections, in frequency and severity of accidents, respectively. Also, areas of more important afforestation tend to decrease the severity of accidents involving users of active modes.

Introdução: O teste Xpert MTB / RIF está sendo cada vez mais utilizado em muitos países como diagnóstico inicial para a tuberculose (TB). Poucos estudos avaliaram o impacto do Xpert no diagnóstico em rotinas de programas de controle de TB no Brasil. O objetivo do presente estudo foi avaliar o impacto da introdução do Xpert MTB / RIF no diagnóstico de TB em uma cidade com alta incidência de TB no Brasil. Métodos: Incluímos pacientes avaliados com testes diagnósticos convencionais durante um ano antes da introdução do Xpert (grupo pré-Xpert) e pacientes avaliados usando Xpert durante um ano após a introdução do teste (grupo pós-Xpert). Resultados: 620 pacientes preencheram os critérios de inclusão (208 no grupo pré-Xpert e 412 no grupo pós-Xpert) e foram incluídos na análise. O tempo até o diagnóstico de TB foi menor no grupo pós-Xpert (0,7 dias, IQR: 0,5-1,0 dias) do que no grupo pré-Xpert (2,0 dias, IQR: 2,0-2,0 dias) (p <0,0001). Características atípicas da doença, como menor perda de peso, febre, dispneia, sudorese noturna e hemoptise; baciloscopia de escarro negativa; cultura negativa e radiografia de tórax atípica de TB foram mais comuns no grupo pós-Xpert do que no grupo pré-Xpert (p <0,0001 para todos). Conclusões: Observamos que a implementação do ensaio Xpert MTB / RIF, em rotinas de programas de controle de TB, melhora e facilita o diagnóstico de tuberculose, especialmente nos casos com manifestações da doença atípica. Esses resultados podem provavelmente ser generalizados para locais com incidência de TB similar. / Introduction: The receptor for advanced glycation end products (RAGE) is expressed in normal lungs and is upregulated during inflammation and infection. The interaction between AGEs and RAGE on the plasma membrane causes oxidative stress and apoptosis in lung cells. The objective of this study is to evaluate plasma levels of AGEs and its soluble receptor (sRAGE) in patients with active TB and healthy controls, and to investigate their relationship with food intake and nutritional status. Methods: Case-control study. AGE (carboxymethil lysine, CML) and RAGE were measured by Elisa. Nutritional assessment was performed by body mass index, triceps skin-fold thickness, mid-arm circumference, mid-arm muscle circumference, bioelectrical impedance analysis, and food frequency questionnaire. Results: 35 TB patients and 35 controls were included in the study. The mean S-RAGE levels were higher in TB patients than in controls (68.5 ± 28.1 vs 57.5 ± 24.0, p=0.046). Among cases that were current smokers, lower S-RAGE levels were associated with mortality (S-RAGE levels= 58.0 ± 36.5 [non-survivors] vs 71.3 ± 25.6 [survivors], p=0.006), and with weight loss (S-RAGE levels= 65.6 ± 27.4 [weight loss] vs 98.6 ± 16.7 [no weight loss], p=0.034). There was no statistically significant difference in CML levels and diet CML content between cases and controls. Malnutrition was more frequent in cases than in controls, but there was no correlation between nutritional parameters and CML or S-RAGE levels. Conclusions: TB patients had higher S-RAGE levels than controls. S-RAGE may play a role in disease manifestations and outcomes, being associated with weight loss and mortality.