Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-19Bitstream added on 2014-06-13T18:29:07Z : No. of bitstreams: 1 000750960.pdf: 2002921 bytes, checksum: f29767a903b7bf0ec9f1ce7ee7c7c5af (MD5) / Além de fatores virais e do hospedeiro a progressão da fibrose hepática resultante da infecção pelo Vírus da Hepatite C (VHC) tem sido relacionada a polimorfismos genéticos do hospedeiro. Nesta linha, recentemente polimorfismos dos Antígenos Plaquetários Humanos (HPA) foram associados à progressão para fibrose em pacientes monoinfectados pelo VHC. Alguns destes antígenos HPA residem em proteínas da família das integrinas, cuja expressão, também, já foi associada à progressão da fibrose hepática. No entanto, estudos relacionando polimorfismos genéticos do hospedeiro em pacientes coinfectados com o VHC e o Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) são raros e, não há nenhum estudo relacionando polimorfismos HPA com progressão para fibrose. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações dos polimorfismos dos sistemas HPA-1, -3 e -5, que residem em integrinas, na progressão da fibrose hepática em indivíduos coinfectados VHC/HIV. DNA Genômico de 56 pacientes coinfectados VHC/HIV foi utilizado como fonte para genotipagem dos sistemas HPA -1 e -3 por PCR-SSP, e HPA -5 por PCR-RFLP. Progressão da fibrose foi avaliada utilizando o escore de METAVIR, sendo constituídos dois grupos: Grupo 1 (G1): pacientes coinfectados VHC/HIV com baixo grau de fibrose (F1, fibrose portal sem septos ou F2, com poucos septos) e Grupo 2 (G2): pacientes coinfectados VHC/HIV com fibrose avançada (F3, numerosos septos ou F4, cirrose). Um grupo controle, do estudo de Silva e colaboradores (2012), constituído por pacientes monoinfectados pelo VHC com baixo grau de fibrose (F1 ou F2) e fibrose avançada (F3 ou F4) foi utilizado para as análises realizadas neste estudo. O Teste Exato de Fisher foi utilizado para avaliar possíveis associações entre o polimorfismo dos sistemas HPA -1, -3 e -5 e a progressão para fibrose, utilizando um nível de significância de 5%. Não houve desvio do equilíbrio... / To evaluate the associations of Human Platelet Antigen (HPA) polymorphisms -1, -3 and -5 with HIV/HCV coinfection. In this study were included 60 HIV/HCV-coinfected patients from the Sao Paulo State health service centers. Data reported by Verdichio-Moraes et al (2009) were used as the non-infected and HCV monoinfected groups to evaluate the association of HPA -1, -3 and -5 in HIV/VHC coinfected patients. HPA genotyping was performed in 60 HIV/HCV coinfected patients by PCR-SSP or PCR-RFLP. HIV subtyping and HCV genotyping was performed by RT-PCR followed sequencing. The data analyses were performed using the c2 test or Fisher’s Exact Test and the logistic regression model. HIV/HCV coinfected patients presented HCV either genotype 1 (78.3%) or non-1 (21.7%) and HIV either subtype B (85.0%) or non-B (15%). The HPA-1a/1b genotype was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfection than in HCV monoinfection and the allelic frequency of HPA-5b in the HIV/HCV coinfected patients was lower (P<0.05) than in HCV monoinfected cases and non-infected individuals. These data suggest that HIV presence may have influenced the interaction of HCV with platelets. On the other hand, HPA-5a/5b was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfected and HCV monoinfected groups than in the non-infected individuals, suggesting that this platelet genotype is related to HCV infection, regardless of HIV presence. Results suggest that the HPA profile in HIV/HCV coinfected individuals differs from the one of both HCV monoinfected and non-infected population. So, the HPA polymorphism can be a genetic marker associated with HIV/HCV coinfection

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:53:59Z : No. of bitstreams: 1 espigolan_r_me_jabo.pdf: 765895 bytes, checksum: 8d36a1b21830f8b85adf72452b7f72fa (MD5) / A carne produzida no Brasil a partir de raças zebuínas possui características organolépticas que não são bem aceitas nos mercados mais exigentes. As características de carcaça e da carne, como a maciez e a espessura de gordura subcutânea podem garantir qualidade e uniformidade na produção de carne bovina, porém o melhoramento genético para essas características não tem sido praticado. Os objetivos deste estudo foram analisar o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos de base única (SNPs), e estudar a associação destes com a maciez da carne e espessura de gordura subcutânea no genoma de bovinos da raça Nelore utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizados 795 machos da raça Nelore nascidos em 2008 e 2009 e pertencentes a três programas de melhoramento genético. Um total de 117 grupos de contemporâneos foi formado, constituídos por ano de nascimento, fazenda, grupos de manejo ao nascimento, grupos de manejo à desmama e ao sobreano. Os animais foram genotipados utilizando o Illumina High-Density Bovine BeadChip com 777.962 marcadores SNPs. O DNA genômico foi extraído utilizando amostras de cinco gramas de tecido muscular retirados do Longissimus dorsi de cada animal. Foram excluídos SNPs que apresentaram MAF (alelo de menor frequência) inferior a 0,05 e Call Rate menor que 0,93, totalizando 446.986 SNPs. Os fenótipos para maciez da carne foram obtidos utilizando um equipamento de análise de textura equipado com uma sonda Warner Bratzler em amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meiacarcaça esquerda. Na mesma amostra foi mensurada a espessura de gordura subcutânea com paquímetro, medindo a camada de gordura localizada a um ângulo de 45º a partir do centro geométrico. As análises de associação foram realizadas considerando apenas um marcador por vez... / The meat produced in Brazil from Zebu breeds has organoleptic characteristics that are not well accepted in the most demanding markets. Carcass and meat traits, like tenderness and fat thickness, can ensure quality and uniformity in beef production, but genetic improvement for these traits has not been practiced. The objective of this study was analyze the linkage disequilibrium between single nucleotide polymorphisms (SNPs), and to study their association with the tenderness of meat and fat thickness in the genome of Nellore cattle using a panel of highdensity SNPs. Data from 795 Nellore cattle born in 2008 and 2009 and belonging to three breeding programs were used. A total of 117 contemporary groups were formed, constituted of year of birth, farm, management groups at birth, management groups at weaning and yearling. The animals were genotyped using Illumina High- Density Bovine BeadChip with 777,962 SNP markers. Genomic DNA was extracted with samples from five grams of tissue taken from the Longissimus dorsi muscle of each animal. SNPs that had MAF less than 0.05 and Call Rate less than 0.93 were excluded, totaling 446,986 SNPs. The phenotypes for meat tenderness were obtained using a texture analysis equipment equipped with a Warner Bratzler probe in samples of 2.54 cm taken between the 12th and 13th ribs of the left half carcass. On the same sample, it was measured the thickness of subcutaneous fat with caliper rule, measuring the fat located at an angle of 45° from the geometric center. The association analysis was performed considering only one marker at a time. The fixed effects in the model were SNP marker, contemporary group, date of slaughter and slaughter age as covariate. To estimate the effect of each SNP over the traits, the SNP marker was included as a covariate (linear effect). The average linkage disequilibrium (r²)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_me_jabo.pdf: 347561 bytes, checksum: 0ceedd7351a78c3c74de3d03c22faae1 (MD5) / As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... / Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:54:05Z : No. of bitstreams: 1 dias_mm_me_jabo.pdf: 239619 bytes, checksum: ee4aed090bb4bcb9b2c2c94e1149087d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente estudo foi desenvolvido a fim de detectar associações entre polimorfismos conhecidos nos genes relacionados com o tecido adiposo e a precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas 1.085 novilhas precoces e não precoces provenientes de fazendas participantes do programa de melhoramento genética da Conexão Delta G. Foram utilizados SNPs do painel de 777.000 SNPs do High Density Bovine SNP BeadChip, localizados dentro da região dos genes candidatos e com uma distância de até 5 Kb, pois sabe-se que com essa distância há desequilíbrio de ligação (LD). Apenas 445 novilhas, precoces e não precoces, foram genotipadas, nas outras 640 foi utilizado o número médio de cópias de cada alelo na população genotipada. Para a análise estatística foram utilizados modelos lineares. Os programas fastPHASE e GenomeStudio foram utilizados para a reconstrução dos haplótipos e análise do LD a partir da estatística r². Foram analisados 54 genes candidatos e um total de 443 SNPs, dentre esses 370 eram formadores de 83 haplótipos e o restante dos SNPs foram estudados isoladamente. As análises estatísticas revelaram que apenas dois haplótipos formados por dois e quatro SNPs localizados no gene FABP4 e PPP3CA e um SNP isolado no gene PPP3CA, tiveram efeito significativo ao nível de p<0,05 para a precocidade sexual. Com isso, pode-se concluir que os genes FABP4 e PPP3CA influenciam a precocidade sexual e, podem desse modo serem considerados em programas de seleção que visem melhorias na precocidade sexual de animais da raça Nelore / The aim of this study was to evaluate possible associations between known polymorphisms in genes related to adipose tissue and sexual precocity in Nellore cattle. 1,085 precocious and non-precocious heifers belonging to Delta G Connection (Conexão Delta G) breeding program were analyzed. A subset of SNPs from the panel of High Density Bovine SNP BeadChip of 777,000 SNPs was evaluated. This subset of SNPs is located within a region of candidate genes with a distance up to 5 Kb, since it is considered that in this distance there is linkage disequilibrium (LD). Only 445 precocious and non-precocious heifers were genotyped, for the remained 640, the average number of copies of each allele from the genotyped population, was used. The statistical evaluation was made by linear models. To analyze the reconstruction of haplotypes and LD presence, the fastPHASE and GenomeStudio softwares were used, using r2 procedure. In total, 54 candidate genes and 443 SNPs were analyzed. Among these SNPs, 370 formed 83 haplotypes while the remained SNPs were studied separately. The statistical analyses revealed that only two sets of haplotypes, formed by two and four SNPs located on FABP4 and PPP3CA, and one isolated SNP on PPP3CA gene, had significant effect (p<0.05) for the sexual precocity trait. These results indicate that FABP4 and PPP3CA genes have an influence on sexual precocity of the animals and should be considered in selection breeding programs in Nellore cattle to evaluate this trait

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-27Bitstream added on 2014-06-13T18:29:28Z : No. of bitstreams: 1 cardoso_df_me_jabo.pdf: 596419 bytes, checksum: 9928ce1965f58c352748e68876550558 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:54:02Z : No. of bitstreams: 1 borges_bo_me_jabo.pdf: 626732 bytes, checksum: d983bf59fbe9fafc772517e4dbe3ce99 (MD5) / O objetivo deste estudo foi estimar as frequências dos polimorfismos nos genes DGAT1 (sequência de 18 nucleotídeos na região promotora – VNTR), ANK1 (novo polimorfismo identificado na região regulatória), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) e MYOG (NW_001501985:g.511G>C) e associá-los a características relacionadas à qualidade de carne e carcaça em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 600 machos, terminados em confinamento com idade inferior a dois anos, com informações de desempenho e genealogia. Os animais foram abatidos em frigoríficos comerciais, onde foram obtidas amostras individuais do músculo Longissimus dorsi para extração do DNA e realização das análises fenotípicas da carne. A genotipagem foi realizada por meio da técnica da PCRRFLP, com exceção do VNTR do gene DGAT1 que foi apenas amplificado pela PCR. Por meio da análise do tamanho dos fragmentos em gel de agarose, foram determinados os genótipos dos indivíduos para o cálculo das frequências alélicas e genotípicas. O estudo de associação com o peso de carcaça quente, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, perdas por cocção (perdas), coloração instrumental (L*, a*, b*), porcentagem de gordura intramuscular (GIM) e índice de fragmentação miofibrilar foi realizado por meio do procedimento GLM do SAS®. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne (p<0,05). No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados (p<0,05) ao aumento da GIM, à redução das perdas e ao aumento da AOL, respectivamente. O SNP do gene TCAP não foi polimórfico e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características testadas. Os resultados obtidos indicam que os genes DGAT1 e ANK1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore para qualidade de carne e carcaça / The aim of this study was to estimate the polymorphism frequencies of the genes DGAT1 (sequence of 18 nucleotides at the promoter region – VNTR), ANK1 (new polymorphism identified at the regulatory region), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) and MYOG (NW_001501985:g.511G>C) and associate them to carcass and meat quality in Nellore cattle (Bos indicus). It was used 600 males, finished at feedlot under two years old, with performance and genealogy information. Slaughter was carried out in commercial abattoir where individual samples were obtained from Longissimus dorsi for DNA extraction and meat analysis. Genotyping was performed by PCR-RFLP, with exception for the VNTR of gene DGAT1 that was only amplified by PCR. By analyzing the fragment size on the agarose gel, the genotypes of the animals were determined for calculation of allele and genotype frequencies. The associations study with hot carcass weight, ribeye area (REA), back fat thickness, shear force, cooking loss (CL), meat color (L*, a*, b*), percentage of intramuscular fat (IF) and myofibrillar fragmentation index was performed using the GLM procedure of SAS®. The allele B from ANK1 gene was associated to higher redness (a*) of meat (p<0.05). The alleles 5R, 6R and 7R from DGAT1 VNTR gene were associated (p<0.05) to increased IF, reduced CL and increased REA, respectively. The SNP of TCAP gene was not polymorphic and MYOG alleles were not associated to any of the tested characteristics. Results indicate that DGAT1 and ANK1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-18Bitstream added on 2014-06-13T18:30:24Z : No. of bitstreams: 1 faria_cmqg_me_arafcf.pdf: 1839645 bytes, checksum: 622ea7e8a83cf33004224bc20f5561fb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) ocorre com aumento dos níveis de anticorpos séricos e com grande quantidade de imunocomplexos circulantes. A associação entre as disfunções da fagocitose mediadas por receptores do tipo FcR, na infecção pelo HIV e, principalmente, na co-infecção com o Mycobacterium tuberculosis, têm sido amplamente descrita na literatura científica. A tuberculose (TB) é a infecção oportunista mais comum entre pacientes infectados pelo HIV e a causa de morte mais frequente entre os pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS). Sabe-se que a infecção pelo HIV torna o paciente susceptível às infecções oportunistas, como a tuberculose, e, essas co-infecções aumentam o potencial de replicação viral. A ineficiência do mecanismo de clearance de imunocomplexo (IC) e de fagocitose pode contribuir para o aumento da suscetibilidade às infecções oportunistas em indivíduos infectados pelo HIV. Sendo assim, a determinação dos genótipos para as variantes polimórficas funcionais dos receptores para a porção Fc da imunoglobulina de classe G (FcR), bem como das combinações dos diferentes genótipos, pode constituir um marcador importante para a patogênese da infecção pelo HIV, na co-infecção pelo M. tuberculosis e em infecções pelo M. tuberculosis isoladamente, ou seja, independente da infecção pelo vírus da AIDS. Desta forma, o objetivo deste estudo foi determinar os genótipos para os polimorfismos dos receptores FcRIIa (CD32; H/R131) e FcRIIIb (CD16; NA1/NA2) em portadores da infecção pelo HIV-1, co-infectados pelo M. tuberculosis e infectados apenas pelo M. tuberculosis, assim como a avaliação da função fagocítica através do burst oxidativo (formação de espécies reativas de oxigênio - EROs) induzido por polissacarídeos... / Infection with human immunodeficiency virus (HIV) occurs along with increased levels of serum antibodies and a large amount of circulating immune complexes. The association between FcR-dependent phagocytosis dysfunction in HIV infection and, especially, when in co-infection with Mycobacterium tuberculosis, has been widely described in scientific literature. Tuberculosis (TB) is the most common opportunistic infection among HIV-infected patients and the most frequent cause of death among patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). It is known that HIV infection makes the patient susceptible to opportunistic infections such as tuberculosis, and these co-infections increase the potential for viral replication. The inefficiency of the immune complex (IC) clearance mechanism and phagocytosis may contribute to increased susceptibility to opportunistic infections in HIV-infected individuals. Thus, determination of the functional polymorphic variants‟ genotypes for class G immunoglobulin Fc receptors (FcR) as well as combinations of different genotypes may be an important marker for the pathogenesis of HIV infection, for co- infection with M. tuberculosis and for M. tuberculosis infection alone, i.e. independent of infection with AIDS virus. Thus, the aim of this study was to determine the genotypes for FcRIIa (CD32; H/R131) and FcRIIIb (CD16; NA1/NA2) polymorphisms in patients carrying HIV-1 infection, co-infected with M. tuberculosis and infected with M. tuberculosis alone, as well as evaluating the phagocytic function via oxidative burst (formation of reactive oxygen species - ROS) induced by cell wall polysaccharides from Saccharomyces cerevisiae, known as zymosan, in peripheral blood neutrophils from these patients. Our results demonstrated reduced capacity... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-14Bitstream added on 2014-06-13T18:41:52Z : No. of bitstreams: 1 gradella_dbt_dr_arafcf.pdf: 829637 bytes, checksum: 74edb2781966504a41ee8812b6fadbf0 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A expressão de antígenos ABH e Lewis tem sido associada com o desenvolvimento e prognóstico do câncer, diferenciação tumoral e metástase. Considerando que o carcinoma ductal invasivo (CADI) de mama apresenta múltiplas alterações, o objetivo deste estudo foi avaliar se o polimorfismo dos genes ABO, Lewis e Secretor, bem como a fenotipagem ABO podem estar associados ao câncer de mama e com parâmetros anatomoclínicos do tumor. Foram avaliadas 76 mulheres portadoras de CADI e 78 mulheres doadoras de sangue para a fenotipagem/genotipagem ABO e genotipagem Lewis e Secretor. Fenotipagem foi realizada por método de hemaglutinação, a genotipagem ABO por PCR seguida de restrição enzimática e a genotipagem dos grupos Lewis e Secretor por PCR alelo específico (PCR-AE). A genotipagem foi realizada considerando o polimorfismo dos genes em um único nucleotídeo, sendo que para o gene Lewis nas posições 59, 1067, 202 e 314, para o gene Secretor na posição 428 e para o gene ABO nas posições 261 (alelo O1), 526 (alelos O2 e B) e 703 (alelo B). Os genótipos Lewis foram classificados em Lewis positivo (tipo selvagem ou com duas/três mutações) e Lewis negativo (duas a quatro mutações). O genótipo secretor foi classificado em Secretor (selvagem ou com a mutação em heterozigose) e Não-secretor (homozigoto mutante). Nenhuma associação foi encontrada entre as pacientes com câncer de mama e o fenótipo (P=0,9323) e genótipo (P=0,9356) ABO. Mulheres com genótipo Lewis negativo foram associadas com CADI (P=0,0126), mas não foram associadas com os parâmetros anatomoclínicos (tamanho tumor, estadiamento TNM e metástase em linfonodos axilares). Genótipo Não-secretor foi associado com metástase em linfonodos axilares (P=0,0149). Em conclusão, os genótipos Lewis e Secretor podem ser úteis para predizer, respectivamente suscetibilidade e metástase em linfonodos axilares. / ABH and Lewis antigens expression have been associated with cancer development, prognosis, tumor differentiation and metastasis. Considering that invasive ductal breast carcinoma (IDC) present multiple molecular alterations, the aim of the present study was evaluated if the polymorphism of ABO, Lewis and secretor genes, as well as ABO phenotyping could be associated to breast cancer and anatomoclinical parameters of the tumor. In 76 women with IDC and 78 health women blood donors, ABO phenotyping/genotyping, Lewis and Secretor genotyping were evaluated. Phenotyping was performed by hemmaglutination method and genotyping by Polymerase Chain Reaction with Sequence-Specific Primers (PCR-SSP). ABO, Lewis and Secretor were classified by individual single nucleotide polymorphism (SNP) at sites 59, 1067, 202 and 314 of the Lewis gene, 428 of the Secretor gene and 261 (O1 allele), 526 (O2 and B allele) and 703 (B allele). Lewis genotype was classified in Lewis positive (wild-type or two/three SNPs) or Lewis negative (two to four different SNPs). The Secretor genotype was classified in Secretor (wild type or SNP in heterozygoses) and Non-secretor (SNP in homozygoses). No association was found between patients with breast cancer and ABO antigen expression (P=0.9323) and genotypes (P=0.9356). Lewis negative was associated with IDC (P=0.0126), but were not associated with anatomoclinical parameters (tumor size, TNM staging and axillary lymph nodes metastasis). Non-secretor genotype was associated with axilary lymph nodes metastasis (P=0.0149). In conclusion, the Lewis and Secretor genotyping could be useful to predict, respectively, of breast cancer susceptibility and axillary lymph nodes metastasis.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-01Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 buzanskas_me_dr_jabo.pdf: 1313691 bytes, checksum: 7e8dfd967547ab3d2ff714be1b7ddd4b (MD5) / Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP (“Single Nucleotide Polymorphism”) estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia “Generalized Quase- Likelihood Score” para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... / Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the Generalized Quasi-Likelihood Score method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-23Bitstream added on 2014-06-13T21:03:51Z : No. of bitstreams: 1 000736390.pdf: 1232128 bytes, checksum: 1d7a4c38c12471f91313482fa6fb43ce (MD5) / As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor... / Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values