Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-03-03T12:06:34Z : No. of bitstreams: 1 000807446_20150227.pdf: 464768 bytes, checksum: 7654a1cf69fa8f20c440d8af16290f2d (MD5) / A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) constitui um grave problema de saúde pública mundial, sendo responsável por doenças hepáticas agudas, crônicas, cirrose e hepatocarcinoma. Com o intuito de diminuir a replicação viral e a progressão da infecção pelo VHB, foram aprovadas sete drogas para o tratamento da hepatite B crônica nos últimos 20 anos, sendo que no Brasil, o protocolo de tratamento baseia-se no uso dos fármacos: Interferon-alfa, Inteferon-alfa peguilado, Lamivudina, Tenofovir, Entecavir e Adefovir. No entanto, um obstáculo à utilização das drogas que atuam inibindo enzimas virais é a emergência de variantes resistentes. Desta maneira, sabendo-se que o estudo da variabilidade genética das regiões genômicas do VHB é importante não somente para analisar o perfil de resistência do vírus aos antivirais, mas também para avaliar as variantes virais circulantes no Brasil, a finalidade deste trabalho foi determinar o perfil de mutações de resistência e polimorfismos genéticos em variantes do Vírus da Hepatite B circulantes na região de Botucatu. A região genômica pol do VHB foi amplificada e sequenciada a partir de metodologia in-house, para avaliar o perfil de mutações de resistência e de polimorfismos genéticos. Dados clínicos e laboratoriais foram coletados do prontuário médico dos pacientes. Os resultados obtidos demonstraram a presença das mutações de resistência rtM204V, rtM204I e rtL180M, que conferem resistência cruzada à Lamivudina e Telbivudina e, podem ocasionar resistência cruzada ao Entecavir quando na presença de mutação adicional. Em relação aos polimorfismos, 37 substituições foram encontradas, das quais várias já foram associadas à resistência primária ou secundária ao tratamento antiviral pelo VHB, sendo que 4 ainda não foram relatadas pela literatura, sendo elas Q262E, Q139H, W79C e W257H, o que demonstra que estas subststituições ... / Hepatitis B virus (HBV) infection is a serious global public health problem, being responsible for acute and chronic liver diseases, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In order to reduce viral replication and progression of HBV infection, seven drugs for the treatment of chronic hepatitis B have been approved in the past 20 years, and in Brazil, the treatment protocol is based on the use of the drugs: Interferon-alpha, pegylated Interferon-alfa, Lamivudine, Tenofovir, Entecavir and Adefovir. However, an obstacle to the use of drugs that act by inhibiting viral enzymes is the emergence of resistant variants. Therefore, the study of the variability of HBV genome is important not only to assess the resistance profile of the virus to antivirals, but also to evaluate the circulating viral variants in Brazil. Thus, the purpose of this study was to evaluate the profile of resistance mutations and genetic polymorphisms in Hepatitis B virus variants circulating in Botucatu. HBV pol genomic region was amplified and sequenced by in-house methodology, to evaluate the profile of resistance mutations and genetic polymorphisms. Additional clinical and laboratory parameters were collected from the medical records of patients. The results showed the presence of rtM204V, rtM204I and rtL180M resistance mutations, which confer cross-resistance to Lamivudine and Telbivudine and, may cause cross-resistance to Entecavir in the presence of additional mutation. Regarding polymorphisms, 37 substitutions were found, including those associated to primary and secondary resistance to HBV treatment, and of these four substitutions have not been reported in the literature, which were Q262E, Q139H, W79C and W257H, demonstrating that these substitutions may be characteristic of HBV viral variants found in our region

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-30Bitstream added on 2014-06-13T18:55:56Z : No. of bitstreams: 1 braz_cu_me_jabo.pdf: 1046649 bytes, checksum: eebe4f85a45b5c29eb87fca1bcfdbb59 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O hormônio da grelina é produzido pela parede do estômago e possui principal função orexígena, além de estimular a secreção do hormônio do crescimento e atuar no balanço energético, sendo proposto como gene candidato para identificação de marcadores genéticos associados com características de importância econômica. Marcadores genéticos moleculares quando associados a características de importância econômica podem auxiliar na avaliação genética, diminuir o intervalo de gerações e aumentar o ganho genético dos animais. Foram utilizados 231 animais para estudar o gene do hormônio da grelina (GHRL) para a identificação de marcadores moleculares e foram encontrados seis polimorfismos do tipo SNP no íntron 2 e 4 e no éxon 5. As posições dos SNPs no gene e as substituições são: g.1905 A>G, g.2068 T>C, g.4190 T>C, g.4269 A>G, g.4384 T>C, g.4450 T>C, sendo que três SNPs estavam em desequilíbrio de ligação. Os SNPs foram encontrados em regiões intrônicas e 3’UTR, entretanto, houve associações de SNPs, utilizando o Teste F, com as características peso ao ano para machos (P378), peso ao sobreano para fêmeas (P550), consumo de matéria seca (CMS); área de olho de lombo ao ano (AOLa); altura na garupa em fêmeas (ALTf); espessura de gordura subcutânea no lombo (EGLa) e na garupa (EGGa) ao ano (P≤0,05). Foram formados haplótipos, mas apenas os haplótipos associados com característica EGGa apresentaram diferenças significativas (P≤0.05). Também houve aplicação do teste de Bonferroni para todas as análises, entretanto apenas os haplótipos associados com a característica EGGa apresentaram diferenças significativas para esse teste / The hormone ghrelin is produced by stomach wall and has main function is food intake, besides stimulating the secretion of growth hormone and act on energy balance, it is proposed as a candidate gene for identification of genetic markers associated with important economic traits. When molecular genetic markers associated with traits of economic importance in the genetic evaluation may help decrease the generation interval and increasing the gain genetic of the animals. Were used 231 animals to study the hormone ghrelin gene (GHRL) for the identification of molecular markers and six SNP polymorphisms were found in intron 2 and 4 and exon 5. The positions of the SNP in the gene and yours substitutions are: g.1905 A> G, g.2068 T> C, g.4190 T> C, g.4269 A> G, g.4384 T> C, T g.4450 > C, and three SNP were in linkage disequilibrium. The SNP were found in intronic and 3'UTR regions, however, there were associations of SNPs using the F test, with traits male weight at 378 days of age (P378), heifer weight at 550 days of age (P550), dry matter intake (CMS), longissimus mucle area (AOL); heifer height (ALTf), backfat thickness (EGL) and rump fat thickness croup (EGG) (P ≤ 0.05). Haplotypes were formed, but only the haplotypes associated with characteristic EGG significant differences (P ≤ 0.05). There was also applying the Bonferroni test for all analyzes, however only the haplotypes associated with the characteristic EGG significant differences for this test

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-27Bitstream added on 2014-06-13T19:36:30Z : No. of bitstreams: 1 melo_rf_me_arafo.pdf: 805451 bytes, checksum: 73a6301db4198e271a504deca1228bda (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar a concentração de interleucina-1 ß (IL-1ß) e o polimorfismo na posição +3954 do gene IL-1B em pacientes com a prótese sobre implante, em função, a pelo menos um ano. Vinte e cinco implantes, clinicamente satisfatórios, foram avaliados, em vinte pacientes saudáveis, sendo doze do gênero feminino e oito masculino. Exame clínico completo foi feito em todos os implantes e em um dente em condição de saúde de cada paciente. Amostra do sítio com maior profundidade de sondagem foi coletada para a quantificação da concentração de IL-1ß no fluido crevicular periimplantar/gengival. Células da mucosa bucal foram coletadas para extração do DNA genômico e análise do polimorfismo IL-1B +3954. Não foi detectada a presença da citocina IL-1ß nos sítios avaliados. Na população estudada houve uma predominância do genótipo homozigoto para o alelo C, o qual esteve presente em 75% dos pacientes avaliados. O genótipo homozigoto para o alelo T foi encontrado em apenas um (5%) paciente. Neste estudo não observamos uma relação entre a presença do alelo T e níveis aumentados de IL-1ß no fluido crevicular. / The aim of the present study was to determine interleukin-1ß (IL-1ß) levels and the polymorphism IL-1B +3954 in patients with implant loaded at least for one year. Twenty five healthy implans from twelve patients, twenty female and eight male, were examined. Clinical parameters were recorded from all implants and one teeth from each patient. Gingival crevicular fluid from the highest pocket depth was collected, with PerioPaper, to evaluate the level of the IL-1ß. Cells from buccal mucosa were collected for genomic DNA extraction and analyze the polymorphism IL-1B +3954. IL-1ß was not detected in any sites collected. At the studied population we observed prevalence from negative genotype, present in 75% of patients. The positive genotype was observed only in one (5%) patient from the population. Negative genotype is associated with health implants, and are nor related to elevated levels of IL-1ß on the crevicular fluid.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-20Bitstream added on 2014-06-13T18:32:33Z : No. of bitstreams: 1 000739496.pdf: 1454006 bytes, checksum: 220dc032cb20dcad2855e19e06d85537 (MD5) / O conhecimento da biologia aliado as estudos genéticos são ferramentas importantes para o manejo eficaz de plantas daninhas resistentes. Contudo os objetivos do trabalho foram: a) Comprovar existência de biótipo de Digitaria insularis resistente a glyphosate por meio de curva dose-resposta obtidas quando as plantas apresentaram de 2 a 4 folhas totalmente expandidas; b) Avaliar efeito da temperatura na presença e na ausência de luz; Avaliar o efeito da duração da luz (fotoperíodo) e disponibilidade hídrica na germinação das sementes de R e S; c) Verificar o efeito da profundidade de semeadura na emergência das plântulas de R e S; d) Estudar e comparar a fenologia e desenvolvimento de R e S; e) Detectar a taxa de polimorfismo entre os biótipos. Pra isso, foram utilizadas sementes de Digitaria insularis R e S e submetidas ás temperaturas constantes: 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 e 40°C; Alternadas: 10-20, 15-25, 20-30, 25-35 e 15-35°C; fotoperíodo: 0, 6, 8, 10, 12, 14, 16 e 18 horas; potenciais osmóticos: 0,0, -0,2, -0,4, -0,6, -0,8 e 1,0 MPa; profundidades de semeadura: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 7, 10 e 15 cm; além da caracterização dos estádios fenológicos e desenvolvimento, e taxa de polimorfismo. Verificou-se que o fator de resistência (FR) foi de 5,3 para nota de controle, sendo o EC50 para a porcentagem de controle, de 416,6 g e.a.ha-1 para o R e 78,5 g e.a.ha-1 para o S. A temperatura fixa ótima para a germinação de ambos os biótipos foi de 30ºC e alternadas de 20-30ºC, tanto na presença quanto na ausência de luz, ainda a faixa fotoperiódica ótima foi de 10 a 12 horas de luz. O biótipo R germinou até potencial osmótico de -0,8 MPa enquanto o S até -0,4 MPa. Quando submetidos a diferentes profundidades de semeadura, ambos os biótipos apresentaram alta taxa de emergência até 4 cm. Em todas as variáveis propostas para a germinação e emergência, o biótipo... / The knowledge of the biology ally will genetic studies are important tools for the effective management of resistant weeds. However, the objectives this work were: a) proves the existence of Digitaria insularis biotypes resistant to glyphosate through dose-response curve obtained when the plants had 2-4 fully expanded leaves b) Evaluate the effect of temperature in the presence and absence of light; evaluate the effect of light duration (photoperiod) and water availability on germination of the R and S c) to investigate the effect of sowing depth on seedling emergence of the R and S d) to study and compare the phenology and growth the R and S, e) Detecting the polymorphism among biotypes. For this, was used seeds of Digitaria insularis R and S which were submitted ace constant temperatures: 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 and 40 ° C; Alternate: 10-20, 15-25, 20 - 30, 25-35 and 15-35 ° C, photoperiod: 0, 6, 8, 10, 12, 14, 16 and 18 hours; osmotic potential: 0.0, -0.2, -0.4, -0 , 6, 1.0 and -0.8 MPa; sowing depth: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 7, 10 and 15 cm, besides characterization of the growth stages and development, and rate of polymorphism. It was found that the resistance factor (RF) was 5.3 to note control, and the EC50 for the percentage of control, 416.6 g e.a.ha-1 to R and 78.5 g e.a.ha-1 to S. The optimal temperature stationary was 30ºC and alternate was 20-30ºC both in the presence and absence of light, although the photoperiodic optimum range was 10 to 12 hours of light. The R biotype germinated until the osmotic potential of -0.8 MPa, while the S to -0.4 MPa. When subjected to different sowing depths, both biotypes showed high germination rate up to 4 cm. In all the proposed variables for germination and emergence, the R biotype showed better performance than the S. Furthermore, the R biotype development was faster and strong relative to S, the first reaching the reproductive stage. The rate ...

Orientadora : Profª Drª Valéria Maria Munhoz Sperandio Roxo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 18/03/2011 / Inclui bibliografia / Resumo: O HLA-E é um gene do complexo principal de histocompatibilidade (MHC) de classe I não clássico, o qual apresenta limitado polimorfismo e baixos níveis de expressão tecidual. Atualmente estão descritos na literatura nove alelos, sendo que somente três produtos protéicos com diferentes sequências de aminoácidos são codificados. Suas variantes polimórficas estão frequentemente associadas a vários eventos, como por exemplo, defesa do organismo contra infecções virais e bacterianas, abortamento recorrente, transplantes de células tronco-hematopoiéticas e órgãos sólidos. As moléculas de HLA-E podem interagir tanto com os receptores da imunidade inata quanto adaptativa, promovendo assim a inibição das células NK através de seus receptores CD94/NKG2A ou a ativação das células TCD8+. No presente estudo foram investigados pela técnica de sequenciamento de DNA os polimorfismos do gene HLA-E, bem como suas frequências alélicas, genotípicas, haplotípicas e desequilíbrio de ligação, em uma amostra composta de 152 (cento e cinquenta e dois) indivíduos afroparanaenses. Observou-se que o alelo com maior frequência na amostra analisada foi o E*01:01 (59.21%). Por sua vez o alelo E*01:04 apresentou frequência igual a zero. Sendo assim, não foi possível confirmar sua existência, corroborando a hipótese que este alelo possa ser um artefato de 34 sequenciamento e sua presença na lista de alelos conhecidos terá que ser questionado. As frequências genotípicas e alélicas estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg e foram achados cinco haplótipos mais frequentes na população. Foram realizadas comparações da amostra analisada com diferentes populações mundiais. / Abstract: HLA-E is a gene of major histocompatibility complex (MHC) class I nonclassical, which has limited polymorphism and low levels of tissue expression. Currently are described in the literature nine alleles, only three products with different protein sequences of amino acids are codified. Its variants polymorphic are frequently associated with several disorders, such as for example, defense against viral and bacterial infections, miscarrying applicant, stem cell transplantation-hematopoietic and solid organ transplants. The molecules of HLA-E can interact with both receptors innate immunity as adaptive, thus promoting the inhibition of NK cells through its receptors CD94/NKG2A or the activation of cells TCD8+. In this study was investigated by the technique of DNA sequencing, the polymorphism of HLA-E gene, as well as their allelic frequencies, genotypic, haplotypes and imbalance of connection, a composite sample of individuals negroids paranaenses. Observed the allele with greater frequency in the sample analyzed E*01:01 (59.21 %). In turn the allele E*01:04 presented frequency equal to zero. Thus, it was not possible to confirm its existence, suggesting that this allele may be an artifact of sequencing and its predominance in the list of alleles known will have to be questioned. The genotypic frequencies are in Hardy-Weinberg and five haplostypes were found more likely in the population. Checke will the importance of this study from the data generated, which will give a better basis for the elucidation of the effect ov the polimorphism ov Hla-E in clinical practice.

Orientadora : Profª Drª Luciane Viater Tureck / Coorientadora : Profª Drª Lupe Furtado Alle / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/03/2017 / Inclui referências / Resumo: A obesidade e as dislipidemias geralmente estão associadas, e na maior parte dos casos possuem origem complexa, sendo decorrentes da interação entre os fatores ambientais e fatores genéticos. Dentre os fatores genéticos já conhecidos encontram-se genes relacionados ao metabolismo, como o gene FTO (Fat Mass and Obesity Associated) e os genes dos transportadores ABC. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene FTO foram associados com o ganho de peso, enquanto os transportadores ABC estão relacionados com o efluxo de colesterol, e, nesse trabalho, foram analisados SNPs dos genes ABCA1, ABCA7 e ABCG1. Visto isso, o objetivo desse estudo é avaliar se há influência de polimorfismos nesses genes sobre variáveis antropométricas (índice de massa corporal ajustado para idade e sexo (IMC escore-Z), circunferência abdominal (CA), circunferência da cintura (CC), gordura corporal (GC) e massa magra (MM)) e bioquímicas (glicose em jejum, glicose 120, insulina em jejum, insulina 120, HOMA-IR (do inglês homeostasis model assessment of insulin resistance), QUICKI (do inglês quantitative insulin sensitivity check index) e perfil lipídico) de 557 crianças e adolescentes (eutróficos, sobrepeso e obesos) estudantes de escolas de Curitiba (PR), além de verificar o efeito de tais polimorfismos nas mudanças desses marcadores em resposta a um programa de exercícios físicos. A genotipagem foi realizada por ensaio de discriminação alélica. As análises estatísticas realizadas foram contagem direta dos genótipos, cálculo de frequência alélica, comparação de médias (teste T e teste Mann Whitney), análise de regressão múltipla e predição de risco. Todos os SNPs analisados promoveram variação significativa em alguma das variáveis analisadas. Com relação ao gene FTO, o alelo A do SNP rs9939609 foi associado a um aumento da insulina e HOMA-IR, e diminuição de QUICKI. Em relação aos genes dos transportadores ABC, o alelo C do SNP rs1800977 (ABCA1) foi associado a aumento no IMC escore-Z, CA, GC, insulina 120 e redução em QUICKI; o alelo A do SNP rs2230806 (ABCA1) foi associado a aumento no IMC escore-Z, CA e redução em %MM; o alelo C do SNP rs2279796 (ABCA7) foi associado à maior IMC escore-Z; o SNP rs692383 (ABCG1) foi associado à maior IMC escore-Z, CA, HDL-C, glicose, insulina e HOMA-IR e o alelo G do SNP rs3827225 (ABCG1) foi associado à maior VLDL-C e glicose. Com relação ao efeito na resposta aos exercícios físicos, os genes FTO, ABCA7 e ABCG1 não apresentaram interação, enquanto o alelo C do SNP rs1800977 (ABCA1) foi associado à maior redução de IMC escore-Z e maior aumento de QUICKI em resposta ao exercício e o alelo A do SNP rs2230806 (ABCA1) foi associado à maior ganho de MM. Nesse trabalho nós verificamos os efeitos dos polimorfismos analisados em variáveis relacionadas ao metabolismo (adiposidade, metabolismo da glicose e de lipídeos), sendo que alguns desses polimorfismos também interagiram com os programas de exercícios físicos aplicados. Os resultados obtidos corroboram e abrem novas perspectivas de estudo quanto ao papel da interação entre fatores ambientais e genéticos na prevenção e tratamento de patologias complexas, como a obesidade e as dislipidemias, no sentido de tornar tais medidas cada vez mais individualizadas. Palavras chave: Obesidade, dislipidemias, exercício físico, FTO, ABCA1, ABCA7, ABCG1, rs9939609, rs1800977, rs2230806, rs2279796, rs692383, rs3827225. / Abstract: Obesity and dyslipidemias are usually associated, and in most cases have complex origin, resulting from interaction between environmental and genetic factors. Among these already know genetic factors there are genes related to metabolism, such as FTO (Fat Mass and Obesity Associated) and the ABC transporters genes. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in FTO gene are associated to weight gain, while ABC transporters are related to cholesterol efflux, and SNPs in ABCA1, ABCA7 and ABCG1 genes were analyzed in this work. The objective of this study is to evaluate the influence of polymorphisms in these genes on anthropometric (body mass index adjusted for age and sex (BMI Z-score), abdominal circumference (AC), waist circumference (WC), fat mass (FM) and lean body mass (LBM)) and biochemical variables (fasting glucose, glucose 120, fasting insulin, insulin 120, HOMA-IR (homeostasis model assessment of insulin resistance), QUICKI (quantitative insulin sensitivity check index) and lipid profile) of 557 children and adolescents (normal weight, overweight and obese) in Curitiba (PR), and verify these polymorphisms effects in the changes of these markers in response to a physical exercise program. Genotyping was carried out by allelic discrimination assay. The statistical analyzes made were direct counting of genotypes, allelic frequency calculation, comparison of means (T test and Mann-Whitney test), multiple regression analysis and risk prediction. All the analyzed SNPs promoted significant variation in some of the variables. Regarding FTO gene, the rs9939609 SNP A-allele was associated to higher insulin and HOMA-IR, and reduced QUICKI. In relation to the ABC transporter genes, SNP rs1800977 C-allele (ABCA1) was associated to higher BMI-Z score, AC, FM and insulin 120 increase and QUICKI reduction; SNP rs2230806 (ABCA1) A-allele was associated to higher BMI-Z score and AC and %LBM reduction; SNP rs2279796 (ABCA7) C-allele was associated to higher BMI Z-score; SNP rs692383 (ABCG1) was associated to higher BMI Z-score, AC, HDL-C, glucose, insulin and HOMA-IR, and SNP rs3827225 (ABCG1) G-allele was associated to higher VLDL-C and glucose. Regarding the effect on physical exercise response, FTO, ABCA7 and ABCG1 genes did not shown interaction, whereas rs1800977 (ABCAI) C-allele was associated to higher reduction of BMI Z-score and increase in QUICKI in response to physical exercise and rs2230806 SNP (ABCA1) A-allele was associated to higher gain of LBM. In this study, we verified the effects of the polymorphisms analyzed on variables related to metabolism (adiposity, glucose metabolism and lipid metabolism), and some of these polymorphisms also interacted with the applied physical exercise programs. The results obtained corroborate and open new perspectives on the role of the interaction between environmental and genetic factors in the prevention and treatment of complex pathologies, such as obesity and dyslipidemias, in order to make these measures more individualized. Key-words: Obesity, dyslipidemia, physical exercise, FTO, ABCA1, ABCA7, ABCG1, rs9939609, rs1800977, rs2230806, rs2279796, rs692383, rs3827225.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31Bitstream added on 2014-06-13T19:19:07Z : No. of bitstreams: 1 000754767.pdf: 1885697 bytes, checksum: 2ed2ea03ad68b5ea2b12562ea9d0f63c (MD5) / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica, que acomete pele e sistema nervoso periférico e tem como agente etiológico o Mycobacterium leprae, um patógeno exclusivamente intracelular, que tem predileção por macrófagos e pelas células de Schwann. É um traço complexo e fatores genéticos do hospedeiro têm sido repetidamente implicados com o risco para a doença. A região cromossômica 6p21 vem sendo sistematicamente envolvida com a hanseníase, não só pelos genes do HLA de classe II, como também pelos estudos envolvendo marcadores em genes como o TNF e a LTA. O gene TLR1 também é um importante candidato e polimorfismos deste já têm sido associados com hanseníase per se e com reação hansênica. O objetivo desta pesquisa foi conduzir estudo de associação de base populacional do tipo caso-controle em hanseníase testando marcadores do tipo tag SNPs em genes candidatos da região cromossômica candidata 6p21 e do gene TLR1. Oitenta e nove marcadores do tipo tag SNPs, localizados em trinta e seis genes foram genotipados. O presente trabalho envolveu 1718 indivíduos, 981 casos e 737 controles, provenientes de dois estados brasileiros: Mato Grosso e São Paulo. As genotipagens da população de Rondonópolis, MT foram realizadas em plataforma de médio rendimento (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay – Illumina) e as genotipagens da população de São Paulo foram feitas usando discriminação alélica baseada na tecnologia TaqMan (Applied Biosystems). Para as análises estatísticas foi empregado modelo de regressão logística, com correção para as co-variáveis etnia e sexo, usando o software R, para Windows. Treze genes localizados na região 6p21 tiveram marcadores associados com hanseníase per se. O alelo S do polimorfismo N248S do gene TLR1 também foi associado com susceptibilidade para hanseníase per se. Estes dados ressaltam o papel destes genes na susceptibilidade genética para a... / Leprosy is an chronic infectious disease that attacks skin and peripheral nervous system. The causative agent is Mycobacterium leprae, an obligate intracellular pathogen that infects macrophage and Schwann cells. It is a complex trait and host genetic factors have been extensively implicated in leprosy susceptibility. The chromosomal region 6p21 has been involved with leprosy susceptibility due to HLA class II, and TNF and LTA genes, as well. The TLR1 gene is also an important candidate gene and polymorphisms at this locus have been associated to leprosy per se and leprosy reactions. This research is a population-based association study in leprosy which tested tag SNPs located at candidate genes in chromosomal region 6p21 and in TLR1 gene. Eighty-nine markers distributed in thirty-six genes were genotyped. The present work enrolled 1,718 individuals, 981 cases and 737 controls from Mato Grosso and São Paulo States, Brazil. The genotypes for Rondonópolis population were obtained using by medium-scale genotyping platform (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay – Illumina), while to São Paulo samples the genotyping were done by allelic discrimination based on TaqMan technology (Applied Biosystems). Statistical analysis were performed by logistic regression models adjusted for the covariates sex and ethnicity, using R software. Thirteen genes located at 6p21 region presented markers associated to leprosy per se. The S allele for N248S polymorphism at TLR1gene was also associated to leprosy susceptibility. These data show the role of these genes in genetic host resistance and susceptibility to leprosy and suggest the necessity of replication and functional studies in order to better explain their involvement with the disease

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:30:40Z : No. of bitstreams: 1 000851181.pdf: 995768 bytes, checksum: 291b7a6204ae963d850eb7c3b74f4c19 (MD5) / Espécies de Eucalyptus têm sido utilizadas com sucesso para plantios florestais devido ao seu rápido crescimento, sua capacidade de adaptação às diversas condições climáticas e pelo seu potencial econômico na produção de energia, fibra e madeira sólida, reduzindo assim a pressão sobre as florestas tropicais e a biodiversidade associada. Investimentos em pesquisas e desenvolvimento estão sendo realizados pelo setor florestal, no intuito de aumentar os ganhos de produtividade através da pesquisa na área da biologia molecular. Visto que características anômalas nas progênies podem gerar perdas na produtividade, a identificação e caracterização dos genes relacionados a anomalias são muito importantes no auxílio em programas de melhoramento genético. Ao realizar um cruzamento controlado de Eucalyptus grandis, a empresa Suzano Papel e Celulose detectou uma anomalia com segregação mendeliana 3:1 (normais:anômalas) na progênie. As características eram bem significativas se comparadas com as plantas normais, tais como diferenças na altura, diâmetro da base do caule, tamanho das folhas e morte em poucos meses. Estudos anteriores identificaram uma marca molecular ligada à anomalia, e análises de comparação da sequência contra o banco de dados de eucalipto demonstrou identidade com proteínas da família Bet v1 PR10 (Pathogenesis-related protein 10), embora não estivesse claro o envolvimento deste gene no desenvolvimento da anomalia. Outros estudos traçaram o perfil transcricional dos fenótipos contrastantes pela técnica de RNAseq. Dentre os genes diferencialmente expressos, através do enriquecimento funcional, destacaram-se os pertencentes as famílias Bet v1, quitinase classe I e taumatina, todos relacionados à resposta contra patógenos, sugerindo que a anomalia seja causada pela ativação do sistema imune da planta (resposta autoimune). Com o intuito de se obter mais informações sobre à patogênese da... / Eucalyptus species have been successfully used for forest plantations. Some intrinsic features such as rapid growth, adaptability to various weather conditions and economic potential in energy production, fiber and solid wood, help to reduce pressure on tropical forests and associated biodiversity. Investments in research and development on molecular biology arebeing carried out by forestry sector in order to increase productivity gains. Since anomalous characteristics of progeny may generate productivity loss, gene identification linked to abnormalities are crucial for breeding programs. During a controlled crossing with Eucalyptus grandis, the Suzano Papel e Celulose enterprise detected an atypical Mendelian segregation 3: 1 (normal: abnormal). Significant phenotypic differences concerning height, stem base diameter, and leaf size appeared, as well as an unusual early death, when compared to normal plants. Previous studies identified a molecular tag attached to this anomaly. Sequence comparison analysis of eucalyptus database showed identity with Bet v1 PR10 protein family (Pathogenesis-related protein 10). However, gene involvement in developing such aberration is undetermined. Other studies found a transcriptional profile of contrasting phenotypes by RNAseq technique. Among differentially expressed genes by functional enrichment highlighted those belonging to Bet v1 families, chitinases class I, and thaumatin, all related to pathogenic response. This fact suggests that aberration is caused by the plant immune system activation (autoimmune response). To investigate the pathogenesis of such genetic disorder, three approaches were adopted: (i) SNPs identification among the differentially expressed genes of Bet v1 families, chitinase, and thaumatin, (ii) miRNAs identification with potential binding to mRNAs differentially expressed genes, and (iii) check of possible influence of differentially expressed gene products on ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:23:21Z : No. of bitstreams: 1 ciampi_mb_dr_jabo.pdf: 501699 bytes, checksum: 6171bb1c109f747a0aeff63805c59aaf (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O basidiomiceto Rhizoctonia solani AG-1 IA é um dos principais patógenos da soja no Brasil, onde as perdas estimadas com a doença podem atingir 30 a 60%. 232 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos comerciais de soja nas principais regiões produtoras do país e genotipados usando dez locos polimórficos de microssatélites. As baixas diversidades genotípicas, os desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), o desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nessas populações são consistentes com predominância de reprodução assexuada e dispersão de propágulos vegetativos a curtas distâncias. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica entre as populações, indicando a população do Tocantins como a provável fundadora. As evidências de fluxo gênico restrito e modo reprodutivo misto enquadrariam o fungo na categoria de médio risco para potencial evolutivo de patógenos, sugerindo precaução quanto à aplicação de fungicidas ou melhoramento para genes de resistência. Também foi desenvolvido um método para detecção de SNPs em múltiplos locos por PCR, através da conversão de sondas de RFLP em seis marcadores co-dominantes de seqüenciamento, altamente informativos e polimórficos. Detectou-se de um a múltiplos alelos em cada isolado, para cada região analisada, indicando a condição heterocariótica do fungo. O maior número de polimorfismos SNPs foi detectado para o marcador R68L, com 18 mutações em 303 pares de bases. O conjunto de novos marcadores desenvolvido mostrou-se um sistema de genotipagem viável, possibilitando discriminação alélica precisa, com potencial de complementar os métodos existentes para estudo da biologia populacional de R. solani AG-1 IA e viabilizar estudos de caráter evolutivo. / The Basidiomycete fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA is a major pathogen of soybean in Brazil, where the average yield losses have reached 30 to 60%. 232 isolates of R. solani AG1 IA were collected from soybean fields in the most important soybean production areas in the country. These isolates were genotyped using ten microsatellite loci. Low genotypic diversity, departures from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), gametic disequilibrium and high degree of population subdivision found in these populations are consistent with predominantly asexual reproduction, short-distance dispersal of vegetative propagules, and limited long-distance dispersal. The observed levels of subdivision could be explained by asymmetric historical migration among the soybean-infecting populations, denoting TO06 as the founder population. Evidences of restricted gene flow and a mixed reproductive mode would fit the fungus into the medium-high risk category for pathogen evolutionary potential, suggesting the need for caution when applying fungicides or breeding for major-gene resistance. We also developed a method to detect SNPs in multiple loci by PCR, converting RFLP probes in six highly informative and polymorphic co-dominants sequencing markers. We have identified single and multiple alleles per isolate in each analyzed region, indicating the fungus heterokaryotic condition. The highest number of SNPs was detected at the R68L marker, with 18 mutations along 303 base pairs. The developed set of new markers proved to be a viable genotyping system, allowing precise allelic discrimination, with the potential to complement the methods already described to study the R. solani AG-1 IA population biology and making evolutionary studies feasible.

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-04-09T12:47:33Z : No. of bitstreams: 1 000811540.pdf: 772912 bytes, checksum: 9fe40489ccb3153a59c8440d6126a541 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A anemia falciforme (AF) é uma anemia hemolítica hereditária que acarreta ao portador manifestações clínicas complexas e diversificadas. Na AF o estresse oxidativo é um dos fatores que interferem no fenótipo do portador, uma vez que influencia nos processos de vaso-oclusão aumentando as propriedades adesivas dos eritrócitos, leucócitos e plaquetas ao endotélio. Durante a transformação do eritrócito discóide com hemoglobina (Hb) S em eritrócito afoiçado, dentre os eventos bioquímicos e polimerizantes da célula, ocorre a degradação oxidativa dessa Hb, com a liberação agentes pró-oxidantes. Estes promovem a oxidação de lipídeos e também de proteínas e DNA, modificando mecanismos celulares que levam a célula a apoptose e, consequentemente, causam danos aos tecidos. Neste contexto, os principais meios de defesa no organismo são divididos em dois grupos, enzimáticos e não enzimáticos. Entre as enzimas detoxificantes de fase II mais estudadas estão as GSTs, que pertencem a uma família multifuncional de enzimas que catalisam a conjugação da molécula de GSH e possuem papel fundamental em mecanismos de defesa contra compostos endo e xenobióticos. Considerando a grande incidência da AF em nosso país e as manifestações clínicas diferenciadas nos portadores, o presente trabalho pretendeu investigar os polimorfismos das GSTs (GSTM1, GSTT1 e GSTP1) e verificar sua influência sob parâmetros oxidativos – peroxidação lipídica por TBARS, e lesão de DNA pela avaliação de Corpos de Howell-Jolly e Ensaio Cometa em portadores da AF. Foram avaliadas amostras de 91 indivíduos com AF com e sem o uso de HU e 99 amostas de um grupo controle. Para o desenvolvimento do trabalho, as amostras foram separadas em três grupos: indivíduos portadores de anemia falciforme em uso de hidroxiureia (AF + HU: 46 indivíduos), indivíduos portadores de anemia falciforme sem uso de hidroxiureia (AF – HU: 45 indivíduos) e o grupo ... / Sickle cell anemia (SCA) is an inherited hemolytic disease that leads complex and diverse clinical manifestations. In SCA, oxidative stress is one of the factors that affect the phenotype of the carrier, in response of its influences on vaso-occlusion processes that increases the adhesive properties of erythrocytes, leukocytes and platelets to the endothelium. During the transformation of discoid erythrocytes with hemoglobin (Hb) S into sickle cells, among the biochemical and polymerizing events, the oxidative degradation of this Hb occurs, releasing pro-oxidants agents. They promote oxidation of lipids and proteins and modify cellular mechanisms that lead to cell apoptosis and cause tissue damage. In this context, the main means of body defense are divided in two groups: enzymatic and non-enzymatic. Among the phase II detoxifying enzymes, the most studied are Glutathione S-transferases (GSTs), which belong to a family of multifunctional enzymes that catalyze the combination of the glutathione (GSH) molecule and have a central role in mechanisms of defense against xenobiotic compounds. Considering the high incidence of SCA in our country and the different clinical manifestations in patients, this study aimed to investigate polymorphisms of GSTs (GSTM1 , GSTT1 and GSTP1 ) and determine its influence on oxidative parameters - lipid peroxidation by TBARS and DNA damage by evaluation of Howell -Jolly bodies (HJB) and comet assay in patients with SCA. Samples of 91 patients with SCA with and without hydroxyurea (HU) use and 99 samples of a control group were evaluated. For the work development, the samples were separated into three groups: individuals with sickle cell anemia using hydroxyurea (SCA + HU: 46 individuals), individuals with sickle cell disease without use of hydroxyurea (SCA - HU: 45 individuals) and control group (CG: 99 individuals) to verify the influence of medication on the evaluated parameters. Only the genotypic profile ...