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Estudos biossistemáticos em espécies de Habenaria (Orchidaceae) nativas no Rio Grande do Sul

Pedron, Marcelo January 2012 (has links)
Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.
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Detecção do segmento S do vírus Oropouche em pacientes e em Culex quinquefasciatus em Mato Grosso, Brasil

Cardoso, Belgath Fernandes 26 March 2015 (has links)
Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-04-18T20:33:59Z No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-04-27T17:29:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-27T17:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / CAPES / O gênero Orthobunyavirus, família Bunyaviridae, alberga arbovírus de importância médica. Estes estão envolvidos em epidemias de doença febril em áreas tropicais. No Brasil, o vírus Oropouche (OROV) é considerado o arbovírus mais frequente após o vírus da dengue (DENV). O objetivo deste estudo foi investigar a circulação de orthobunyavírus em Mato Grosso (MT). 529 amostras de soro obtidas entre outubro de 2011 e julho de 2012 de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue com até cinco dias do início dos sintomas em MT e 387 pools de mosquitos Cx quinquefasciatus capturados entre janeiro e abril de 2013 foram submetidos à nested RT-PCR para o segmento S de orthobunyavírus pertencentes ao sorogrupo Simbu. Amostras positivas foram testadas em pelo menos duas reações independentes e submetidas a sequenciamento nucleotídico para análise filogenética. Inoculou-se as amostras positivas em células vero. Dentre os 529 pacientes, 5 (0,94%) foram positivos para orthobunyavirus do sorogrupo Simbu por nested RT-PCR e isolamento viral. O vírus foi isolado de 3/8 pools. O segmento S do OROV foi identificado em cinco pacientes, quatro do sexo feminino, com 14-62 anos. Dois pacientes encontravam-se co-infectados com DENV-4. Estes pacientes são oriundos das cidades de Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) e Nova Mutum (n=1), todos residentes em área urbana, que apresentavam febre, cefaleia, dor retroorbital, mialgia, artralgia, prostação e náuseas. 8/387 pools de Cx. quinquefasciatus foram positivos para o segmento S do OROV por nested-RT-PCR, com taxa mínima de infecção (MIR) de 2,3 por 1000 mosquitos. As sequências obtidas do segmento S apresentaram 98% a 100% de homologia com o mesmo segmento das cepas do OROV verificadas no GenBank. A análise filogenética indica que as amostras de humanos e mosquitos pertencem ao subgenótipo Ia, similares a cepas do Pará obtidas de humanos, preguiças, Aedes (Ochlerotatus) serratus e Cx. quinquefasciatus. O genótipo I é o mais conservado e frequente no Brasil dentre os genótipos do OROV. Cx. quinquefasciatus, culicídeo de maior abundância em Cuiabá, é considerado vetor secundário do OROV em área urbana. Culicoides paraensis, principal vetor do OROV em áreas urbanas na região amazônica, não foi capturado neste estudo. Sorologia para o OROV foi identificada em residentes de cidades do Pará afetadas pela rodovia Cuiabá-Santarém e em primatas do Pantanal Sul-matogrossense, corroborando com a identificação do OROV em cidades do MT geograficamente interligadas por esta mesma rodovia. Infecções esporádicas por um orthobunyavirus do sorogrupo Simbu, possivelmente o OROV, foram identificadas em pacientes de MT, além de oito pools de Cx. quinquefasciatus em Cuiabá, indicando que este mosquito possui capacidade vetorial e pode estar envolvido no ciclo urbano de transmissão do vírus no estado. / The genus Orthobunyavirus, family Bunyaviridae, contains medically importante arboviruses. These are involved in epidemics of febrile illness in tropical areas. In Brasil, Oropouche virus (OROV) is considered the most frequent arbovirus after dengue virus (DENV). The aim of this study was to investigate the circulation of orthobunyaviruses in Mato Grosso (MT). 529 serum samples collected between October, 2011 and July, 2012 of patients with acute febrile illness suspected of dengue for up to five days of symptom onset from MT and 387 pools of Cx. quinquefasciatus mosquitoes captured between January and April, 2013, were subjected to nested RT-PCR for the segment S of orthobunyaviruses belonging to Simbu serogroup. Positive samples were tested in at least two independent reactions and subjected to nucleotide sequencing for phylogenetic analysis. Positive samples were inoculated in vero cells. Among the 529 patients, five (0.94%) were positive for serogroup Simbu by nested RT-PCR and viral isolation. The virus was isolated from 3/8 pools. The OROV segment S was identified in five patients, four females, with 14-62 years-old. Two patients were co-infected with DENV-4. These patients are from Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) and Nova Mutum (n=1), all residents in urban areas, presenting fever, headache, retroorbital pain, myalgia, arthralgia, prostration and nausea. 8/387 pools of Cx. quinquefasciatus were positive for OROV segment S by nested-RT-PCR with a minimum infection rate (MIR) of 2.3 per 1,000 mosquitoes. The segment S nucleotide sequences presented 98% to 100% of homology with the same segment of OROV strains available in GenBank. Phylogenetic analysis indicate the human and mosquito samples belong to genotype Ia, similar to strains obtained in Pará from humans, sloths, Aedes (Ochlerotatus) serratus and Cx. quinquefasciatus. The genotype I is the most conserved among OROV genotypes. Cx. quinquefasciatus, the most abundant culicidae in Cuiabá, is considered a secondary vector for OROV in urban areas. Culicoides paraensis, the main vector for OROV in urban areas in the Amazon region, was not captured in the study. Serology for OROV was identified in humans in cities of Pará affected by the Cuiabá-Santarém highway and in primates in South Pantanal, corroborating for the findings in cities of MT geographically linked by the same highway. Sporadic infections by an orthobunyavirus from Simbu serogroup, possibly OROV, were identified in patients from MT, also eight Cx. quinquefasciatus pools from Cuiabá, indicating that has vectorial capacity and may be involved in the urban cycle of virus transmission in the state.
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Diarréia viral bovina(BVD) : aspectos epidemiológicos da infecção persistente, avaliação sorológica da resposta imune e caracterização molecular do virús /

Dias, Fabio Carvalho. January 2008 (has links)
Orientador: Samir Issa Samara / Banca: Claudia Del Fava / Banca: Amauri Alcindo Alfieri / Banca: Adolorata Aparecida Bianco Carvalho / Banca: Aramis Augusto Pinto / Resumo: A ocorrência de anticorpos neutralizantes contra os genótipos do vírus da diarréia viral bovina (BVDV 1 e BVDV 2) foi verificada, pelo teste de virusneutralização (VN), em 260 amostras de soro sangüíneo de 26 rebanhos não vacinados contra o BVDV, provenientes dos Estados de Minas Gerais e São Paulo. Do total de amostras, 102 (39,2%) reagiram ao BVDV, das quais 81 (31,1 %) foram reagentes ao BVDV 1 e ao BVDV 2, sete (2,7%) reagiram apenas ao BVDV 1 e 14 (5,4%) reagiram apenas ao BVDV 2. Nos mesmos rebanhos, verificou-se também a presença sugestiva de animais persistentemente infectados (PI) por meio da pesquisa de anticorpos neutralizantes em cinco amostras de soro sangüíneo de bezerros sentinelas com idade entre 6 e 12 meses. A ocorrência de animais PI foi pesquisada em três dos 26 rebanhos, dos quais foram colhidas amostras pareadas de sangue de todos os animais do rebanho. Todas as amostras foram submetidas ao teste de VN contra o BVDV 1 e o BVDV 2, e naquelas não reagentes a pelo menos um dos genótipos, bem como nas amostras provenientes de bovinos com menos de seis meses de idade, foi realizada a pesquisa do vírus pela RT-PCR. Em um dos rebanhos foram detectados dois animais PI, cujas estirpes foram caracterizadas geneticamente como pertencentes ao subgenótipo eVOV 1 b. A infecção natural pelo BVDV foi monitorada nos três rebanhos selecionados para a pesquisa de animais PI, sendo que em dois deles constatou-se a eliminação do BVDV. No entanto, a infecção permaneceu no rebanho em que haviam sido detectados dois animais PI, pois foram diagnosticados posteriormente um animal transitoriamente infectado (TI) e novos animais reagentes ao vírus. Foram submetidos à análise estatística os resultados dos testes de VN contra o BVDV 1 e o BVDV 2, realizados em 1925 amostras de soro sangüíneo obtidas no período de execução... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The occurrence of neutralizing antibodies against to bovine viral diarrhoea virus genotypes (BVDV 1 and BVDV 2) has been confirmed by virusneutralization test (VN) in 260 samples of blood serum undertaken in the states of Minas Gerais and São Paulo, Brazil. Samples were retrieved from 26 cattle herds which were not BVDV vaccinated. One hundred and two samples (39.2%) were reagents to BVDV, or rather, 81 (31.1%) were reagents to BVDV 1 and BVDV 2, seven (2.7%) were reagents to BVDV 1 only and 14 (5.4%) were reagents to BVDV 2 only. In the same herds, the significant presence of persistently infected (PI) animais was also verified by a research involving neutralizing antibodies in five samples of blood serum in 6 to 12¬month-old calves. The occurrence of PI animais was researched in three out of 26 herds by paired blood samples of total animais in the herdo Ali samples were analyzed by VN test against to BVDV 1 and BVDV 2, and virus research was undertaken by RT-PCR in samples which were not reagent to at least one of the genotypes and in samples of less than 6-month-old cattle. Two PI animais, genetically characterized as belonging to BVDV 1 b subgenotype, were detected in one of the herds. BVDV natural infection was monitored in three herds selected for PI animais research. BVDV was eliminated in two herds. However, infection remained in the herd in which two PI animais were diagnosed, because a transiently infected animal (TI) and other virus-reagent animais were detected later on. Statistical analysis evaluated VN test results against BVDV 1 and BVDV 2 with 1925 samples of blood serum obtained during the research period. Although no significant ditterences were found between BVDV 1 reagent bovines and BVDV 2 reagent ones (p>0.05), a significant ditterence was detected among titles of antibodies from samples which were reagent to both genotypes (p<0.0001). / Doutor
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Estudos biossistemáticos em espécies de Habenaria (Orchidaceae) nativas no Rio Grande do Sul

Pedron, Marcelo January 2012 (has links)
Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.
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Estudos biossistemáticos em espécies de Habenaria (Orchidaceae) nativas no Rio Grande do Sul

Pedron, Marcelo January 2012 (has links)
Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.
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Análise filogenética das abelhas corbiculadas (Hymenoptera, Apidae, Apinae): uma análise de evidência total / Phylogenetic analysis of corbiculate bees (Hymenoptera, Apidae, Apinae): an analysis of total evidence

Zioneth Judith Garcia Galeano 23 May 2014 (has links)
Este trabalho avaliou as relações de parentesco entre as abelhas corbiculadas (Apini) utilizando a evidência total disponível: dados morfométricos tradicionais, dados de morfometria geométrica, dados morfológicos, dados comportamentais e dados moleculares. Fontes que historicamente se mostraram incongruentes. Os problemas metodológicos que cada fonte de caracteres oferece foram investigados e corrigidos na análise filogenética de evidencia total. Todos os dados foram analisados com métodos de parcimônia. Vinte e quatro espécies de Apini e quatro espécies dos grupos externos foram analisadas. As análises filogenéticas de onze medidas corporais tradicionais sugeriram grande interferência do tamanho corporal das espécies nos resultados. Ao corrigir esse efeito do tamanho, os dados morfométricos puderam ser utilizados como caracteres filogenéticos confiáveis. O caráter obtido a partir da morfometria geométrica foi altamente convergente na análise filogenética, apesar da relação entre a forma da asa e do tamanho do corpo das espécies aparentemente terem uma restrição filogenética. As análises dos dados moleculares sugeriram a interferência da escolha dos grupos externos nos resultados, diferentes hipóteses filogenéticas surgiram quando se incluiram duas especies mais distantes de Apini nos grupos externos. Com os grupos externos mais distantes, o suporte dos clados se mostrou constante e maior para os clados mais abrangentes. Porém, os dados moleculares se mantiveram incongruentes com os caracteres morfológicos, morfométricos tradicionais e comportamentais analisados. Em contraste, os dados morfológicos e comportamentais não foram afetados pela escolha dos grupos externos, Euglossina se manteve como um grupo parafiletico segundo esses caracteres. Finalmente, a hipótese filogenética proposta nesse trabalho para o grupo das abelhas corbiculadas apoia a monofilia da tribo Apini, assim como das subtribos Euglossina, Apina, Bombina e Meliponina. A hipótese (Euglossina + (Bombina + (Apina + Meliponina))) é revalidada. Em consequência, a origem única da eussocialidade dentro de Apini é sustentada. / This work evaluated the relationship between corbiculate Apidae using the total evidence available: traditional morphometric data, geometric morphometric data, morphological data, behavioral data and molecular data. These characters historically were incongruent. Methodological problems of each source of character were investigated and corrected in the phylogenetic analysis of the total evidence. The methodological problems were searched for each source of characters. All data are analyzed with parsimony methods. Twenty- four species of Apini and four outgroup species were analyzed. Phylogenetic analysis of eleven traditional body measurements suggested significant interference with body size of the species in the results, to correct this size effect morphometric data can be used as reliable phylogenetic characters. The character obtained from geometric morphometric was highly convergent in the phylogenetic analysis, despite the apparent phylogenetic constraint observed on relationship between the wing shape and body size of the species. Analyses of molecular data suggested the interference of the choice of outgroup in the results, different phylogenetic hypotheses emerged when include two species more distant of Apini in the outgroup. With the most distant outgroup, the support of the clades showed constant and higher for most comprehensive clades. However, the molecular data remained incongruent with traditional morphological and behavioral, morphometric characters analyzed. In contrast, morphological and behavioral data were not affected by the choice of outgroup, Euglossina remained as a paraphyletic group according to these characters. Finally, the phylogenetic hypothesis proposed for the corbiculate Apidae supports the monophyly of the tribe Apini, Euglossina Apina, Bombina and Meliponina. The hypothesis (Euglossina + (Bombina + (Apina + Meliponina))) is revalidated. Consequently, a single origin of eussocialidade within Apini is sustained.
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Revisão taxonômica dos caranguejos marinhos do gênero Persephona Leach, 1817 (Decapoda, Leucosiidae) / Taxonomic Review of the marine crabs of the genus Persephona Leach, 1817

Tatiana Magalhães 29 June 2012 (has links)
O gênero Persephona Leach, 1817 é restrito a América e é constituído por dez espécies com ocorrência no Atlântico Ocidental e Pacífico Oriental, estando inserido na subfamília Ebaliinae, a qual não se encontra taxonomicamente bem estabelecida. Ao longo dos anos, este gênero foi alocado em diferentes subfamílias e sua classificação é mal definida. Além disso, existem chaves de identificação que não permitem a correta identificação das espécies dentro do gênero. Estas infomações são indicativos de uma forte necessidade de estudos enfocando Persephona, os quais podem fornecer uma melhor compreensão sobre a história evolutiva do gênero. Neste contexto, o presente estudo pretendeu realizar uma ampla revisão taxonômica do gênero Persephona, incluindo caracteres que possuem grande variabilidade dentro do gênero (número e tamanho dos espinhos, quelípodos, etc), caracteres tradicionalmente utilizados na diagnose das espécies, além de outros selecionados a partir do presente estudo (gonópodos, coloração, etc), além de incluir pela primeira vez para o gênero, análises de dados moleculares. Dois genes mitocondriais, o 16S rRNA e o Citocromo Oxidase I (COI) foram utilizados como marcadores. As análises morfológicas revelaram uma ausência de diferenças entre algumas espécies propostas para o gênero Persephona, as quais foram corroboradas pelas análises moleculares. Desta forma, são propostas modificações a respeito da taxonomia de Persephona: P. finneganae é um sinônimo júnior de P. lichtensteinii. O nome P. crinita é valido apenas para os espécimes de ocorrência no Golfo do México; os espécimes de P. mediterranea com ocorrência no Golfo do México, correspondem a P. aquilonaris e aqueles com ocorrência no Caribe e Atlântico Sul, correspondem a P. mediterranea e além do exposto, Iliacantha hancocki é um sinônimo júnior de P. subovata. / The genus Persephona Leach, 1817 is restricted to America and consists of ten species occurring in the Western Atlantic and Eastern Pacific. It belongs to the subfamily Ebaliinae, which is not taxonomically well established. Over the years, Persephona was placed in different subfamilies and its classification is still poorly defined. Also, existing identification keys do not allow a correct classification of the species within the genus. These informations are indicatives of a strong need of studies focusing on Persephona, which can provide a better understanding concerning its evolutionary history. In this context, the present study intends to undertake a broad taxonomic revision of the genus Persephona, including characters possessing great variability within the genus (number and size of the spines, cheliped, etc.), characters traditionally used in the diagnosis of the species, and others selected from the present study (gonopod, coloration, etc.), including for the first time for the genus, analyses of molecular data. As guides for the molecular analyses, two mitochondrial genes, the 16S rRNA and the Cytochrome Oxidase I (COI) were used as markers. The morphological analyses revealed an absence of differences among some species proposed for the genus Persephona, wich were corroborated by molecular and phylogenetic analysis. In this way, is propose modifications regarding Persephona taxonomy: P. finneganae is a junior synonym of P. lichtensteinii: the name P. crinita is valid only for specimens occurring in the Gulf of Mexico; the specimens of P. mediterranea with occurence in the Gulf of Mexico, correspond to P. aquilonaris and those with occurence in the Caribbean and South Atlantic correspond to P. mediterranea, moreover I. hancocki is a junior synonym of P. subovata.
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Caracterização molecular de eritrovírus humano B19 isolados na região amazônica. / Molecular characterization of the human erythrovirus B19 in the amazon region.

Ronaldo Barros de Freitas 29 April 2008 (has links)
Para avaliar a circulação e freqüência dos genótipos de eritrovírus na região amazônica, foi analisado um total de 487 amostras de soros/plasmas colhidas de pacientes apresentando sintomas e sinais clínicos sugestivos de infecção pelos eritrovírus. O ensaio imunoenzimático foi utilizado para detecção de anticorpos específicos para B19, das classes IgM/IgG, e a reação em cadeia da polimerase/semi-nested PCR para detecção do DNA. Das 487 amostras examinadas, 117 (24%) mostraram a presença do DNA dos eritrovírus, sendo todas as 117 foram posteriormente seqüenciadas e genotipadas. A maioria dos isolamentos foi classificada como genótipo 1 (91% das amostras) e 3b (9% ). Também observamos três diferentes grupos dentro do genótipo 1 (A1, A2, B). Conseqüentemente, estas linhagens de B19 introduzidas em Belém apresentaram uma elevada taxa de mudanças dos aminoácidos, decorrência da pressão seletiva, gerando reinfecções consecutivas em uma pequena rede de transmissão, metaforicamente comparada a uma \"panela de pressão evolutiva\". / To assess the circulation and relative frequency of erythrovirus genotypes in clinical samples from patients living in the Amazon region we screened a total of 487 samples from patients suffering from different clinical manifestations suggestive of erythrovirus infections. Enzyme-linked immunosorbent assay was used to detect B19-specific IgM/IgG antibodies and polymerase chain reaction/ semi-nested PCR for viral DNA detection. Of the 487 samples 117 (24%) were positive for the erythrovirus DNA and all 117 isolates were sequenced and genotyped analyzing a fragment of 476 bp of VP1 and VP2 gene sequences of the erythrovirus. The majority of isolates was classified as genotype 1 (91% of the samples) and 3b (9% of the samples). We also reported three different clusters (A1, A2, B) within genotype 1. Our analysis revealed a strikingly different pattern of evolutionary change for those viral lineages introduced in Belém, which exhibited a higher rate of nonsynonymous substitutions compared to those viruses sampled from other locations.
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Abundância de fungos entomopatogênicos da ordem Hypocreales e diversidade genética de Metarhizium spp. isolados de amostras de solo de áreas representativas de cinco biomas brasileiros / Abundance of entomopathogenic fungi of the order Hypocreales and genetic diversity of Metarhizium spp. isolated from soil samples of areas representative of five Brazilian biomes

Ana Beatriz Riguetti Zanardo 25 June 2015 (has links)
Os fungos entomopatogênicos dos gêneros Metarhizium, Beauveria e Isaria (Ordem Hypocreales), são comumente encontrados em solo onde sobrevivem de maneira saprofítica ou como endofíticos do sistema radicular das plantas. Informações sobre a composição destas espécies bem como sua diversidade, distribuição e associação com diferentes tipos de cultivos e vegetação nativa são escassas no Brasil. O presente estudo foi desenvolvido para comparar a abundância de fungos entomopatogênicos e a diversidade genética de isolados de Metarhizium spp. em amostras de solo de cultivos anuais, perenes e vegetação nativa, em cinco estados brasileiros que representam os biomas Amazônia, Cerrado, Caatinga, Mata Atlântica e Pampa, em duas estações (seca e úmida) nos anos de 2012 e 2013. O isolamento dos fungos foi realizado com meio seletivo e \"Insect bait\" utilizando Galleria mellonella e Tenebrio molitor. Nos estudos de diversidade genética de Metarhizium spp. foram utilizadas sequências de DNA da região MzIGS3. Representantes dos haplótipos revelados nesta análise tiveram a região 5\'-TEF sequenciada para identificação específica. Fungos entomopatogênicos foram isolados de 86% das 1.056 amostras de solo sendo Metarhizium o gênero predominante (66% das amostras de solo), seguido por Beauveria (41,9%) e Isaria (10,8%). Em geral, as maiores densidades de fungos entomopatogênicos foram obtidas nos biomas Amazônia e Cerrado e as menores densidades detectadas no bioma Caatinga. Metarhizium spp. foi detectado em maior número de amostras de solo em vegetação nativa e cultivos anual e perene do Cerrado. A frequência de Isaria spp. foi baixa nas amostras de solo, sendo detectado em maior número de amostras nos solos com cultivos anuais e vegetação nativa na Amazônia e Caatinga. Metarhizium spp. foi geralmente encontrado em um maior número de amostras coletadas na estação úmida em comparação com as coletas da estação seca, por outro lado Beauveria spp. foi superior na estação seca. A diversidade dos isolados de Metarhizium spp. provenientes de áreas de vegetação nativa foi maior do que dos isolados de cultivos anuais e perenes. Seis linhagens foram encontradas neste estudo; M. robertsii, M. anisopliae, M. pingshaense e três espécies indeterminadas. M. robertsii foi a linhagem predominante (65% dos isolados) sendo encontrado em áreas com vegetação nativa e cultivos anual e perene dos cinco biomas. Metarhizium sp. indet. 1 apresentou a maior diversidade haplotípica dentre as linhagens estudadas. Uma nova linhagem, não caracterizada taxonomicamente, Metarhizium sp. indet. 3, foi encontrada predominantemente na Caatinga. Somente na Amazônia foram encontradas todas as linhagens. O conhecimento da composição das populações de fungos entomopatogênicos nativos bem como sobre a filogenia, diversidade e distribuição dos haplótipos de Metarhizium spp. em solos brasileiros, gerado neste estudo, poderá servir como subsídio para o desenvolvimento de estratégias de conservação e maximização do controle biológico natural de pragas. / Entomopathogenic fungi of the genera Metarhizium, Beauveria and Isaria (order Hypocreales) are associated to the soil where they survive saprofitically or as endophytes of the plants root system. Information on the species composition and its diversity, distribution and association of these fungi with different types of crops and native vegetation are scarce in Brazil. The present study was carried out to compare the abundance of entomopathogenic fungi and the genetic diversity of Metarhizium spp. Isolated from soil samples from annual and perennial crops and native vegetation in five Brazilian states that represent the biomes Amazon, Cerrado, Caatinga, Atlantic Forest and Pampa, in two seasons (wet and dry) in the years 2012 and 2013. The isolation of fungi was performed with selective medium and \"Insect bait\" using Galleria mellonella and Tenebrio molitor. DNA sequences of the region MzIGS3 were used in genetic diversity studies of Metarhizium spp. Representatives haplotypes revealed in the diversity analysis had the 5\'-TEF region sequenced for species identification. Entomopathogenic fungi were isolated from 86% of 1,056 soil samples and Metarhizium was the predominant genus (66% of soil samples), followed by Beauveria (41.9%) and Isaria (10.8%). In general, the highest densities of entomopathogenic fungi were obtained in the Amazon and Cerrado biomes and the lowest densities were detected in the Caatinga biome. Metarhizium spp. was detected in a greater number of soil samples from native vegetation and annual and perennial crops of Cerrado. The frequency of Isaria spp. was low in soil samples being detected in a greater number of soils with annual crops and native vegetation in the Amazon and Caatinga. Metarhizium spp. was usually found in a greater number of samples collected during the wet season compared to the collections in the dry season. On the other hand, Beauveria spp. was higher in the dry season. The diversity of isolates of Metarhizium spp. from areas of native vegetation was greater than that obtained from annual and perennial crops. Six lineages were found in this study; M. robertsii, M. anisopliae, M. pingshaense and three indeterminate species. M. robertsii was the predominant (65% of isolates) found in areas with native vegetation and in the annual and perennial crops of the five biomes. Metarhizium sp. indet. 1 showed the greatest haplotype diversity among the strains studied. A new strain, not characterized taxonomically, Metarhizium sp. indet. 3, was found predominantly in the Caatinga. Only in the Amazon, all lineages were found. The knowledge on species composition of entomopathogenic fungi as well as about phylogeny, diversity and distribution of haplotypes of Metarhizium spp. in Brazilian soils, generated in this study, may be useful for the development of strategies for conservation and maximization of natural biological control of pests.
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Caracterização genética e antigênica de isolados brasileiros do vírus da diarréia viral bovina / Genetic and antigenic characterization of brazilian isolates of bovine viral diarrhea virus isolates

Bianchi, Eloisa 16 February 2011 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Bovine viral diarrhea virus (BVDV) isolates display a high genetic and antigenic variability that can compromise diagnosis and vaccine formulation. This study aimed to characterize at genetic and antigenic levels Brazilian BVDV isolates for potential use in diagnosis and vaccine production, and to characterize field BVDV isolates from Rio Grande do Sul (RS) (2000-2010). Chapter 1 describes the genetic and antigenic characterization of seven cytopathic Brazilian BVDV isolates, to select the most appropriate for use in diagnostic and vaccines. Sequencing and phylogeny identified four isolates of BVDV-1 (57.1%) and three isolates of BVDV-2 genotype (42.8%). The antigenic characterization of these isolates by virus neutralization assay (VN) with homologous and heterologous antisera revealed differences among the viruses of the same genotype, but especially among viruses of different genotypes. Despite the antigenic differences, the neutralizing activity of antisera IBSP-4 and VS26/2 was acceptable against isolates of the same genotype and also against viruses of different genotype. These results qualify these isolates for potential use in vaccine formulations. In parallel, 446 field serum samples were tested against the seven isolates and reference strains. Neutralizing antibodies anti-BVDV were found in 221 (50.3%) samples, and 198 (89.6%) had neutralizing activity against the both genotypes (Singer, BVDV-1 and VS- 253, BVDV-2), 18 (8.1%) serum samples and five (2.2%) neutralized only the standard BVDV-1 and BVDV-2. These results confirm that the antigenic differences between isolates may result in false-negative results, yet might not justify the performance of VN using both BVDV genotypes. Chapter 2 presents a genotypic and antigenic profile of 20 BVDV isolates obtained in RS state, between 2000 and 2010. The isolates were isolated from a variety of clinico-pathological syndromes. Most samples (19 or 95%) belong to biotype non-cytopathic (NCP) and one isolate (5%) had a mixture of viruses NCP and cytopathic (CP). Sequencing and phylogenetic analyses identified nine isolates of BVDV-2 (45%), eight BVDV-1 (40%) and three atypical BVDV isolates. Analysis of reactivity with a panel of 20 monoclonal antibodies (mAbs) revealed a marked variability in the major envelope glycoprotein gp53/E2 among viruses of the same genotype, but especially between different virus genotypes. Virus neutralization assays (VN) with antisera of BVDV-1 and BVDV-2 reference strains against the isolates revealed variable levels of cross-reactivity between viruses of the same genotype, and lack or very low reactivity between viruses of different genotypes. These results indicate the presence of both genotypes of BVDV in the cattle population of RS and confirm the remarkable antigenic diversity of these isolates. / Amostras de campo do vírus da diarréia viral bovina (BVDV) apresentam diferenças genéticas e antigênicas que podem influenciar no diagnóstico e na produção de vacinas. Os objetivos do presente trabalho foram selecionar e caracterizar isolados de BVDV para potencial uso em testes de diagnóstico e vacinas, e caracterizar genética e antigenicamente amostras de BVDV isoladas no Rio Grande do Sul (RS) entre 2000 e 2010. O capítulo 1 relata a caracterização em nível molecular e antigênico de sete isolados citopáticos brasileiros do BVDV. O sequenciamento e análise filogenética identificaram quatro isolados do genótipo BVDV-1 (57,1%) e três isolados do genótipo BVDV-2 (42,8%). A caracterização antigênica dessas amostras por vírus neutralização (VN) com soro homólogo e heterólogo revelou diferenças importantes nos títulos neutralizantes entre os vírus do mesmo genótipo, mas principalmente entre vírus de diferentes genótipos. Apesar dessas diferenças antigênicas, a atividade neutralizante do anti-soro das amostras IBSP-4 e VS26/2 foi aceitável contra amostras do mesmo genótipo e também contra amostras de genótipo diferente. Esses resultados qualificam esses isolados para potencial uso em formulações vacinais. Em paralelo, 446 amostras de soro campo foram testadas por VN frente aos sete isolados e contra cepas padrão de BVDV-1 e 2. Destas, 221 amostras (50,3%) apresentaram anticorpos neutralizantes anti-BVDV, sendo que 198 (89,6%) apresentaram atividade frente às cepas padrões dos dois genótipos (Singer, BVDV-1 e VS-253, BVDV-2). Por outro lado, 18 amostras de soro (8,1%) neutralizaram apenas a cepa de BVDV-1 e 5 (2,2%) a cepa BVDV-2. Apesar das diferenças antigênicas entre os genótipos, esses resultados não indicam a necessidade de testar as amostras de soro para ambos os genótipos, uma vez que o número de amostras de soro que não é detectada por um ou outro genótipo foi pequena. O capítulo 2 apresenta um perfil genotípico e antigênico de 20 amostras do BVDV isoladas no RS, entre 2000 e 2010. As amostras foram isoladas de uma variedade de condições clínicas. A maioria das amostras (19 ou 95%) pertence ao biótipo não-citopático (NCP); e um isolado (5%) apresentou uma mistura de vírus NCP e citopáticos (CP). O sequenciamento e a análise filogenética permitiram identificar nove isolados de BVDV-2 (45%), oito isolados de BVDV-1 (40%) e três isolados BVDV atípicos. Análise de reatividade com um painel de 20 anticorpos monoclonais (AcMs) contra a glicoproteína principal do envelope gp53/E2 revelou uma variabilidade marcante nesta glicoproteína, entre vírus do mesmo genótipo, e sobretudo, entre vírus de genótipos diferentes. Testes de VN com anti-soro de cepas de referência de BVDV-1 e BVDV-2 frente às amostras isoladas revelaram níveis variáveis de reatividade cruzada entre vírus do mesmo genótipo, e reatividade ausente ou muito baixa entre vírus de genótipos diferentes. Esses resultados indicam a presença de ambos os genótipos do BVDV na população do RS, e confirmam a marcante variabilidade antigênica desses isolados.

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