Orientador: Prof. Dr. Luis Paulo Barbour Scott / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Engenharia da Informação, 2014. / A predição de complexos moleculares in silico é uma tendência para a biologia molecular e a indústria farmacêutica devido ao baixo custo em relação a outros métodos tradicionais. Docking molecular é uma técnica computacional utilizada para a predição de complexos proteicos de estrutura molecular conhecida. Há vários métodos distintos para simular docking molecular propostos na literatura, eles variam pelo tipo de campo de força utilizado, pelo algoritmo de busca e otimização implementado, pela função de avaliação utilizada e também por considerar docking rígido ou flexível. Atualmente há um grande esforço para que as mudanças conformacionais (i.e., flexibilidade) tanto do ligante quanto da proteína receptora sejam consideradas pelas metodologias e pelos software de docking molecular receptor-ligante. Este trabalho apresenta a terceira versão da metodologia e ferramenta GANM (Genetic Algorithm with Normal Modes), que simula docking molecular de receptor-ligante. Esta versão permite simular docking completamente flexível, reunindo funcionalidades das versões anteriores para considerar mudanças conformacionais globais do receptor e locais, dos rotâmeros do sítio de ligação, com o novo método flexibilização do ligante. O algoritmo foi modificado e a metodologia aprimorada para considerarem múltiplas conformações do composto ligante, representativas de sua flexibilidade, e uma estratégia de preparação do ensemble conformacional utilizando ferramentas bem estabelecidas na literatura foi elaborada e avaliada. Experimentos com os sistemas HIV-1 protease/DMP323 e HIV-1 protease/Nelfinavir foram realizados e o programa apresentou, em sua maioria, bons resultados (RMSD < 2,0 Å), com RMSD médio de 1,05 Å para os últimos testes de selfdocking. / In silico molecular complexes prediction is a molecular biology and pharmaceutical industry trend due to its reduced cost in comparison to other traditional methods. Molecular docking is a computational technique used to predict protein complexes of already known molecular structure. There are several different methods for molecular docking simulation proposed in the literature, they may differ by the type of force field used, their search and optimization algorithms, the evaluation function applied and also by implementing rigid or flexible docking. Nowadays, there's a great effort to consider both the ligand and the protein receptor conformational changes (i.e., flexibility) by protein-ligand molecular docking software and methodologies. This paper presents the third version of the methodology/tool called GANM (Genetic Algorithm with Normal Modes), that simulate protein-ligand molecular docking. This version enables a fully flexible docking simulation as it unites its predecessors versions' functionalities to consider global conformational receptor changes and rotameric local ligand binding-site changes with the new ligand flexibilization features. The previous algorithm was modified and the methodology upgraded in a way they can now accept multiple ligand conformation as a representation of its flexibility. Also, a preparation strategy of the conformational ensemble was elaborated and availed. Experiments were made with the HIV-1 protease/DMP323 and the HIV-1 protease/Nelfinavir complexes and the program presented, in majority, good results (RMSD < 2,0 Å), with a mean RMSD of 1,05 Å for the last self-docking tests.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-10-31Bitstream added on 2014-06-13T18:41:05Z : No. of bitstreams: 1 castro_grpb_dr_sjrp.pdf: 1005126 bytes, checksum: 6a95db71dd7b9909e6062d9a618753c2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste trabalho a equação de Schrödinger associada a equação de Fokker-Planck é estudada através do formalismo de supersimetria. O procedimento usado é buscar a função de onda através da determinação do superpotencial. Quando esta função não pode ser determinada exatamente, procuram-se soluções aproximadas que podem ser usadas no método variacional. Através do formalismo supersimétrico é possível construir uma hierarquia de Hamiltonianos efetivos, e deste modo determinar as autofunções aproximadas e os autovalores variacionais. A equação de Fokker-Planck é analisada envolvendo dois potenciais biestáveis unidimensionais, um simétrico e outro assimétrico. Os resultados obtidos são comparados com aqueles encontrados por outros métodos. Finalmente, um potencial com características adequadas para o estudo do enovelamento de proteína é analisado. As funções de onda e os autovalores de energia obtidos variacionalmente são utilizados para o cálculo da probabilidade de transição. Algumas quantidades dinâmicas do processo são descritas. / In this work the Schrödinger and Fokker-Planck equation are studied through the supersymmetric formalism. The method introduced here is based on an ansatz for the superpotential and it gives the analytical wave function. When this function cannot be determined exactly the formalism supplies a trial function to be used in the variational method. Using the supersymmetric formalism it is possible to build an effective hierarchy of Hamiltonians, then for a given potential, the approximated eigenfunctions and variational eigenvalues are determined. We analyze the Fokker-Planck equation with two one-dimensional bistable potential, symmetric and asymmetric. The results are compared with the values found by others methods. Finally, a potential with characteristics adapted for the study of the protein folding is analyzed. The wave functions and the eigenvalues of energy are used for the calculation of the transition probability. Some dynamic variables used in the description of the process are discussed.

A selenocisteína (Sec, U) é o aminoácido que representa a principal forma biológica do elemento selênio e sua incorporação é um processo co-traducional em selenoproteínas como resposta ao códon UGA em fase e requer uma complexa maquinaria molecular. O repertório completo de genes envolvidos nessa via de síntese em procariotos é conhecido, porém algumas das interações moleculares ainda não foram totalmente esclarecidas. Este projeto visa à caracterização molecular nas interações entre o Fator de Elongação específico para incorporação de Sec (SelB) e Seril-tRNA sintetase (SerRS) com distintas construções do tRNASec de Escherichia coli afim de compreender a sua especificidade, seletividade e ordem de eventos. Para isso, medidas de Espectroscopia de Anisotropia de Fluorescência (FAS), Ultracentrifugação Analítica (AUC) e Calorimetria de Varredura Diferencial (DSC) foram utilizadas para determinação das constantes de interação desses complexos proteína-tRNA. Além disto, experimentos de Espalhamento de Raios-X a baixo ângulo (SAXS) e Microscopia eletrônica de transmissão por contraste negativo (NS-EM) foram realizados para elucidação estrutural destes complexos. Os estudos propostos irão auxiliar no entendimento do mecanismo de incorporação e de especificidade do tRNA para este aminoácido em bactérias bem como nos demais domínios da vida além de possibilitar um aumento na compreensão de complexos do tipo proteína-tRNA bem como salientar a importância dos elementos estruturais do tRNA para sua especificidade no processo de síntese de novas proteínas. / Selenocysteine (Sec, U) is an amino acid that represents the main biological form of the selenium element and its incorporation is a co-translational process in selenoproteins in response to the in-phase UGA codon and requires complex molecular machinery. The complete repertoire of genes involved in this pathway of synthesis in prokaryotes is known, although some of the molecular interactions have not yet been fully elucidated. This project aims at the molecular characterization in the interactions between the specific elongation factor for the incorporation of Sec (SelB) and Seril-tRNA synthase (SerRS) with different constructions of tRNASec from Escherichia coli in order to their specificity, selectivity and order of events. For this, measurements using Fluorescence Anisotropy Spectroscopy (FAS), Analytical Ultracentrifugation (AUC) and Differential Scanning Calorimetry (DSC) were employed to determine the interaction constants of the protein-tRNA complexes. In addition, Small Angle X-Ray Scattering (SAXS) experiments and negative stain transmission electron microscopy (NS-EM) were performed for structural elucidation of these complexes. The proposed studies will help to understand the mechanism of tRNA incorporation and specificity for this amino acid in bacteria as well as other domains of life. In addition, it allows an increase in the understanding of protein-tRNA-like complexes as well as emphasizing the importance of structural elements of tRNA for its specificity in the process of synthesis of new proteins.

Proteínas são heteropolímeros lineares essenciais à vida, responsáveis pela estruturação dos organismos e pela maioria dos processos bioquímicos que os mantêm vivos e permitem sua reprodução. Essa variedade de funções é refletida na diversidade estrutural encontrada no universo das proteínas, já que sua função é intrinsecamente ligada à sua rigorosa conformação espacial. A partir dos experimentos de Anfinsen (1973), ficou demonstrado que o enovelamento dessas moléculas (folding) se dá essencialmente por meio de um processo físico-químico guiado pela interação entre os aminoácidos da cadeia protéica e entre estes e o meio solvente, quando sob condições fisiológicas (temperatura, pressão, pH). O completo entendimento do mecanismo de folding tem também importância médica, pois várias doenças como mal de Alzheimer, diabetes tipo II, encefalite bovina espongiforme e várias formas de câncer estão relacionadas com falhas estruturais das proteínas. Neste trabalho, por meio de experimentação computacional por dinâmica molecular (DM) em diferentes condições térmicas, estudamos inicialmente o papel das pontes dissulfeto (S-S) e das ligações de hidrogênio (LH) na estabilidade da proteína. Em seguida, adotando exclusivamente o regime de alta temperatura (T = 448K) em combinação com simulações de longa duração (até ~100ns), no intuito de expandir a exploração do espaço configuracional, verificamos a premissa de que as forças entrópicas, geradas pelo efeito hidrofóbico, seriam dominantes no processo de busca pela estrutura nativa. Neste trabalho foi utilizada como um protótipo de proteína pequena e com pontes S-S, a toxina Ts Kappa (MM=3,8 Kda; pdb id: 1tsk), que é dotada de três pontes S-S. A estabilidade conformacional foi analisada por meio de uma série de simulações de DM em temperaturas crescentes e em duas situações: com e sem os cross-links S-S. Nossos resultados indicam que para incrementos nas temperaturas significativamente elevadas, como 50K acima da temperatura em que a estrutura nativa foi determinada por NMR (283K), a remoção das S-S não compromete a estabilidade conformacional da proteína. De fato, a ausência dos cross-links elimina certas restrições geométricas permitindo agora que diferentes combinações de LH sejam feitas, inclusive entre resíduos adjacentes à cisteína, os quais de certa forma substituem as pontes S-S em seus papeis conformacionais pois a estrutura nativa é essencialmente mantida. No segundo experimento o espaço configuracional foi varrido extensamente durante 100ns e à temperatura de 398K. No caso da Ts Kappa com suas pontes dissulfeto intactas, a desestruturação da proteína é limitada pelas fortes pontes covalentes S-S, mas com a remoção delas, a proteína se desnaturou completamente ao longo dos primeiros 50ns. Contudo, a partir deste ponto a cadeia desnaturada passou a seguir, de forma espontânea e sistemática, uma rota de re-estruturação em direção à nativa, com o reestabelecimento de todas suas estruturas secundárias. Ao redor de 100ns a cadeia atingiu um estado de grande identidade estrutural com sua correspondente estrutura nativa. Em conclusão, os presentes resultados corroboram as premissas de que o folding de proteínas ocorre por meio de um processo em duas etapas, temporalmente separadas: no início, as forças entrópicas são dominantes e são as que induzem a cadeia para a conformação nativa. Então, uma vez na vizinhança da estrutura nativa, as pontes de hidrogênio (agora protegidas da competição com o meio solvente), juntamente com um mais eficiente empacotamento estrutural das cadeias laterais devido às complementaridade estéricas das mesmas (e assim otimizando as interações de van der Waals), iniciam a etapa de estabilização energética da proteína. / Proteins are linear heteropolymers essential for life; they are responsible for many distinct functions as the structural components of organism, and for most of the biochemical processes to maintain a reproductive life. Such diversity of functions is correlated with the extremely large accessible conformational space, since function and spatial structure are interdependent. After Anfinsen experiments (1973), it becomes clear that the protein folding is essentially a physical-chemical process guided by interactions among the chain constituents (amino acid sequence) and interactions between the chain and the solvent, under physiological conditions (temperature, pressure, pH). Because miss-folded proteins are related with diseases (Alzheimer, type II diabetes, several forms of cancer, etc.) the full understanding of the folding mechanism has also significant medical interest. In this work, by means of molecular dynamics (MD) simulations under distinct thermal conditions, we first consider the role of disulfide cross-links (S-S) and hydrogen bonds (HB) with respect to the protein thermal stability. Then, using exclusively high temperature regime (T = 448K) combined with extended time simulations (up to ~100ns), in order to fully span of configurational space, we analyzed the hypothesis that the entropic forces, generated by the hydrophobic effect, are dominant in the search process for the native structure. The protein Ts Kappa was used a prototype for small proteins having S-S bridges (MM=3,8Kda; 3 S-S - pdb id: 1tsk). The thermal conformational stability was analyzed from a series of MD simulations under growing temperatures, using two distinct cases: with and without cross-links S-S. Our results suggest that for significant temperature increments, such as 50K above the temperature used in the Ts Kappa structure determination (by NMR at 283K), the thermal conformational stability of the proteins is not affected if the S-S bridges are removed. Indeed, cutting of the cross-links eliminates certain geometrical constraints, what permits the formation of new combinations of HB, which in some way take the place of the S-S bridges on its conformational role since the native structure is essentially maintained. In the second computational experiment, the configurational space was extensively swapped during 100ns at a fixed temperature T=398K. In the case with preserved S-S bridges, the structural unpacking is limited by the three covalent cross-links, but without the S-S bridges the protein denaturation was complete after 50ns. However, after this point the chain started spontaneous and systematically a configurational rote that finally, after about 100ns, reached a conformation very similar with the native (RMSD » 0.5nm), reestablishing all its secondary structure. Concluding, the present results corroborate the hypothesis that the protein folding is a process in two stages temporally separated: first, entropic forces are dominant and guide the chain into the native structure, and then, once in the native neighborhood, the HB (now protected from competition with the solvent), altogether with a more efficient structural specificity of the side chains (optimizing the van de Walls interactions), start the energetic stabilization of the protein.

Introdução: O hábito alimentar da população mudou para alimentos mais industrializados, que são ricos em conservantes que por si só podem ser carcinogênicos. A alimentação é um importante fator epidemiológico e tem sido associado com o processo da tumorigênese, principalmente no câncer da mama. A literatura é pobre em estudos que estudaram a concentração de água, gorduras e proteínas de forma isolada e separadamente na composição do tecido mamário e do tumor de mama. Os achados descritos são apenas do indivíduo como um todo, somaticamente. Objetivos: este estudo visa a quantificação de água, gorduras e proteínas no tecido mamário normal e tecido mamário tumoral. Metodologia: Foram recrutadas 18 voluntárias portadoras de câncer de mama que foram submetidas a mastectomia como base de seu tratamento para o câncer e não terem recebido qualquer tipo de terapia antineoplásica previamente. De cada peça cirúrgica foi colhida duas amostras, sendo uma de tecido mamário normal e uma do tecido tumoral. As amostras foram armazenadas a -80°C. Primeiramente as amostras foram pesadas. Na sequencia foi feito a dosagem de água total pelo método de secagem em estufa. A gordura foi dosada pelo método de extração a frio utilizando clorofórmio e metanol. As proteínas foram dosadas por leitura por espectrofotometria de massa. Resultados: O grupo Tumor mostrou maior concentração de água que o grupo Controle, porém esta diferença não foi significante (p=0,14). Em relação ao conteúdo de gordura, este foi maior no grupo Controle, porém sem significância (p=0,09). Quanto ao conteúdo proteico, observouse que foi maior também no grupo Controle, e do mesmo modo, não alcançou significância, com p=0,09. Conclusões: O estudo mostrou que não existe diferença significativa nas concentrações dos macronutrientes estudados no tecido mamário normal e no tecido tumoral, embora ocorra tendência de que o tecido mamário normal apresente menor concentração de água que o tecido tumoral. Observou-se também a tendência de que os percentuais de gordura e proteínas são maiores no tecido normal da mama. / Introduction: The feeding habits of the population moved from natural to more industrialized foods that have higher concentration of preservatives, some of which may be carcinogenic themselves. Food is an important epidemiological factor and has been associated with the process of tumorigenesis, breast among them. The literature is poor in studies that show the percentages of water, proteins and fat in breast tumors. Objectives: This study aims to quantify proteins, fats and water in normal breast and breast tumor tissue. Methodology: Eighteen volunteers with breast cancer were recruited. They should have had not received any type of anticancer therapy and have had a mastectomy as treatment for breast cancer. From each surgical specimen a sample from normal breast tissue and a sample from the tumor were taken. These samples were stored at -80°C until the assays were performed. We first weighted the samples end proceed the assays determining total water through a kiln drying method. Fat was determined by the cold extraction method using chloroform and methanol and proteins were determined by mass spectrometry. Results: Although the Tumor group showed a higher concentration of water compared to Control group, it did not reached significance (p=0,14). The fat content analysis did not showed significance between the two groups either, in spite of the higher concentration seen in Control group (p=0,09). Also, the protein content in Control group was higher than in the Tumor group, but not sufficient to reach significance (p=0,09). Conclusions: The study showed a trend that a higher concentration of water is found in tumor breast tissue, whereas a trend that fat and proteins is found in higher concentration in normal breast tissue.

Tuberculose (TB) é um grave problema de saúde pública, sendo a segunda maior causa de morte entre doenças infecto contagiosas. Em 2014, 9,6 milhões de casos e, aproximadamente, 1,5 milhão de mortes foram reportados. O Programa Nacional de Controle da Tuberculose preconiza para o tratamento a administração simultânea de quatro medicamentos. Contudo, casos de tratamento inadequado favorecem o surgimento de cepas multirresistentes e extensivamente resistentes aos medicamentos disponíveis. Diante disso, torna-se urgente a necessidade de investigar novos alvos moleculares e desenvolver novos fármacos que sejam úteis e eficazes para o tratamento da infecção. As proteínas tirosina fosfatases (PTPs) constituem uma grande família de enzimas responsáveis pela hidrólise do fosfato ligado aos resíduos de tirosina em proteínas. A importância destas fosfatases reside no fato de estarem envolvidas na regulação de uma série de funções celulares, tais como crescimento, interação intercelular, metabolismo, transcrição, motilidade e resposta imune. A partir da análise do genoma do Mycabacteirum tuberculosis, foram identificadas duas proteínas tirosinas fosfatases (PtpA e PtpB), responsáveis pela sua sobrevivência nos macrófagos do hospedeiro. Ambas as enzimas têm sido exploradas como alvo molecular para o desenvolvimento de novos fármacos para a tuberculose. Nessa dissertação, as sequências gênicas que codificam para as enzimas PtpA e PtpB de M. tuberculosis foram clonadas com sucesso nos vetores de expressão. A expressão solúvel das proteínas permitiu o estabelecimento de um protocolo padronizado de purificação. Ensaios de cristalização foram conduzidos e cristais de proteínas obtidos tiveram os dados cristalográficos coletados. Para a enzima PtpB foi possível determinar a estrutura cristalográfica em alta resolução em complexo com um grupo fosfato no sítio catalítico. Essa estrutura foi então utilizada na etapa posterior de descoberta de novos candidatos a inibidores. Os trabalhos computacionais conduzidos incluíram uma combinação de estratégias para a identificação de pontos de interação relevantes para o processo de reconhecimento molecular e ligação bem como para a construção de modelos farmacofóricos 3D específicos para cada enzima. Esses dados foram utilizados para a seleção de um conjunto de 8 candidatos a inibidores da PtpA e 5 candidatos a inibidores da PtpB. Portanto, estudos de biologia molecular estrutural e química medicinal foram empregados com sucesso para o estabelecimento de uma plataforma produtiva dos alvos selecionados bem como para a seleção de novos candidatos a inibidores. / Tuberculosis (TB) is a serious public health problem and the second leading cause of death among infectious diseases. In 2014, 9.6 million cases, and approximately 1.5 million deaths were reported. The National Program for Tuberculosis Control recommends the simultaneous administration of four drugs as treatment for the disease. However, inadequate treatment determines the emergence of multidrug- and extensively-resistant strains to available drugs. Therefore, new molecular targets and drugs are urgently needed for the treatment of the infection. The protein tyrosine phosphatases (PTPs) are a large family of enzymes responsible for the hydrolysis of phosphate group bound to tyrosine residues in proteins. The importance of these molecules is related to the regulation of a number of cellular functions, including growth, intercellular interaction, metabolism, transcription, motility and immune response. Based on Mycabacteirum tuberculosis genome analysis, two protein tyrosine phosphatases (PTPA and PtpB) were related to mycobacterium survival in host macrophages. Both enzymes have been explored as a molecular target for the development of new drugs for TB. In this dissertation, the gene sequences encoding the enzymes PtpA and PtpB from M. tuberculosis were successfully cloned in expression vectors. The soluble expression of the proteins allowed the establishment of a standardized purification protocol. Crystallization assays were conducted, protein crystals were obtained, and crystallographic data were collected. We determine the crystallographic structure of PtpB in complex with a phosphate group in the catalytic site at high resolution. This structure was then used in the subsequent step for the discovery of new inhibitor candidates. Computational studies included a combination of strategies for identifying interaction points relevant to the process of molecular recognition and binding as well as the construction of 3D pharmacophore models specific for each enzyme. These data were used to select a set of 8 and 5 compounds as PtpA and PtpB inhibitor candidates, respectively. Therefore, structural molecular biology and medicinal chemistry studies have been successfully conducted for the establishment of a platform aimed to the production of the selected targets as well as for the selection of new inhibitor candidates.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-09-18T20:16:07Z No. of bitstreams: 2 TESE NELSON RAFAEL CORREÇÃO FINAL .pdf: 1216742 bytes, checksum: a25f3a8d05483b747267563308dd6498 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Há problema na citação, a qual foi registrada assim: Silva, Nelson Rafael da - Biomassa, eficiência de conversão, recuperação aparente de nitrogênio e composição bromatológica da silagem de cultivares de milheto submetidos à adubação nitrogenada - 2013 - 88 f. - Tese - Programa de Pós-graduação em Ciência Animal (EVZ) - Universidade Federal de Goiás - Goiânia, 2013. Deve-se seguir a NBR 6023. Ex.: ALCÂNTARA, Guizelle Aparecida de. Caracterização farmacognostica e atividade antimicrobiana da folha e casca do caule da myrciarostratadc.(myrtaceae). 2012. 41 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2012. Ou seja, terá que alterar o que aparece nesse campo já registrado automático pelo programa, como: pontuação o sobrenome todo em maiúsculo, etc. on 2014-09-19T13:19:19Z (GMT) / Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-09-19T19:30:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TESE NELSON RAFAEL CORREÇÃO FINAL .pdf: 1216742 bytes, checksum: a25f3a8d05483b747267563308dd6498 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-19T19:34:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TESE NELSON RAFAEL CORREÇÃO FINAL .pdf: 1216742 bytes, checksum: a25f3a8d05483b747267563308dd6498 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-19T19:34:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TESE NELSON RAFAEL CORREÇÃO FINAL .pdf: 1216742 bytes, checksum: a25f3a8d05483b747267563308dd6498 (MD5) Previous issue date: 2013-12-02 / This study aimed to evaluate the production of green mass (MV), dry matter (DM), nitrogen contained in the plant (NC), conversion efficiency of nitrogen (ECAN), apparent recovery of nitrogen (RAN) and chemical characteristics of pearl millet [Pennisetum glaucum (L.) R. Br]: ADR-500, ADR 7020 and LABH 70732, in doses of N: (0, 50, 100 and 200 kg ha-1), cut at 87 days of vegetative growth, aiming to the silage production. The experimental design used randomized blocks in a 3x4 factorial design (three cultivars and four doses of N), with four replications. Regarding biomass, only the green mass production (MV) showed interactions between N and millet cultivars, ranging from 30.54 to 50.96 t ha-1 of MV. The dry mass production (P>0.05) showed interaction only amongst the N dose, ranging from 7.66 to 12.46 t ha-1. The conversion efficiency of N (ECAN) and apparent recovery of N (NRE) differed (P<0,05) among the doses and the millet cultivars, with decreasing average values due to the increase of nitrogen fertilization. The best conversion efficiency was 54.06 kg DM / kg of N applied, while the highest N recovery rate was 86.54%, both at equivalent dose of the application of 50 kg.ha-1 of N. Among the millet cultivars, significant statistical differences have been observed on the nitrogen contained in the plant in unfertilized plots, ranging from 103.64 kg ha-1 (ADR 500) to 135.69 kg ha-1 (LABH 70732). In fertilized plots cultivars (P>0.05) in NC levels. The ECAN and NRE (P<0.05) among the millet cultivars with average values of 43.34 kg DM / kg of N applied (ADR 500) and 78.76% of N recovered, also with the same cultivar. The variable components of the chemical composition did not differ due to the evaluated N doses, with the average values of: DM - 25.40%; CP - 9.54%; NDF - 62.5%; ADF - 34.13%; HEM - 28.35%; CEL - 29.29%; LIG - 6.68%;NFC - 17.32%, OM - MM and 90.75% - 9.22%. / Objetivou-se avaliar a produção de massa verde (MV), massa seca (MS), a composição bromatológica, eficiência de conversão de nitrogênio (ECAN), recuperação aparente do nitrogênio (RAN) de cultivares de milheto (ADR-500, ADR 7020 e LABH 70732, sob doses de N: (0, 50, 100 e 200 kg ha-1), cortado aos 87 dias de crescimento vegetativo, visando a produção de silagem. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados em esquema fatorial 3x4 (três cultivares e quatro doses de N), com quatro repetições. A produção de massa verde (MV) apresentou interações entre doses de N e cultivares de milheto, com variação de 30,54 a 50,96 t ha-1 de MV. A produção de massa seca (P>0,05) apenas entre as dose de N, com variação de 7,66 a 12,46 t ha-1. A eficiência (P<0,05) de conversão de N (ECAN) e a recuperação aparente de N (RAN) diferiram entre as doses de N e cultivares de milheto, com valores médios decrescentes, em função do acréscimo da adubação nitrogenada. A melhor eficiência de conversão foi de 54,06 kg de MS/kg de N aplicado, enquanto a mais alta taxa de recuperação de N foi de 86,54%, ambos na dose equivalente a aplicação de 50 kg ha-1 de N. Dentre os cultivares de milheto foram observadas diferenças significativas no teor de nitrogênio contido (NC) na planta nas parcelas não adubadas, com variação de 103,64 kg ha-1 (ADR 500) a 135,69 kg ha-1 (LABH 70732). Nas parcelas adubadas os cultivares (P>0,05) nos teores de NC. A ECAN e a RAN (P<0,05) entre os cultivares de milheto com valores médios de 43,34 kg MS kg-1 N aplicado (DAR 500) e 78,76%, de N recuperado, também com o mesmo cultivar. As variáveis componentes da composição bromatológica não diferiram em função das doses de N avaliadas, cujos valores médios foram: MS – 25,40%; PB – 9,54%; FDN – 62,5%; FDA – 34,13%; HEM – 28,35%; CEL – 29,29%; LIG – 6,68%; CNF – 17,32%; MO – 90,75% e MM – 9,22%.

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As doenças bucais inflamatórias crônicas, como a doença periodontal, estão relacionadas com a etiopatogênese das doenças arteriais coronarianas, causando danos endoteliais e facilitando a formação das placas ateromatosas. As doenças inflamatórias do periápice, assim como a doença periodontal, são doenças bacterianas que ativam a produção localizada de citocinas e outros mediadores próinflamatórios, como a proteína C-reativa (PCR). Essa proteína tem sido utilizada como um marcador sistêmico da inflamação, infecção e da lesão celular. Suas concentrações podem detectar doenças ocultas no organismo e monitorar a resposta ao tratamento de certos processos inflamatórios e infecciosos. O objetivo desse trabalho foi avaliar se as lesões periapicais crônicas podem ativar a resposta inflamatória, gerando repercussões sistêmicas e determinar se o método da PCR altamente sensível (PCR-as) por imunoturbidimetria pode ser utilizado para o diagnóstico e monitoramento do tratamento endodôntico destas lesões. Assim, comparou-se os níveis plasmáticos da PCR entre 13 indivíduos portadores e 13 indivíduos não portadores de lesão periapical crônica. Foram comparados também os níveis da PCR dos indivíduos portadores de lesão periapical crônica antes e após o tratamento do dente em questão. Não foi possível observar diferenças estatisticamente significantes entre os valores da PCR dos pacientes portadores de lesão periapical crônica antes e após os tratamentos (p=0,9203 com o teste t para amostras emparelhadas e p=0,94427 com o teste Wilcoxon), nem mesmo quando comparou-se os pacientes com lesão periapical crônica com os pacientes controles (p=0,1012 com o teste t para amostras independentes e p=0,1585 com o teste Mann Whitney). Pode-se concluir, com base na metodologia adotada, que as lesões periapicais crônicas não são capazes de induzir uma resposta inflamatória de repercussão sistêmica e o método da PCR-as por imunoturbidimetria não pode ser utilizado para o diagnóstico das lesões periapicais crônicas e nem mesmo para o monitoramento do tratamento endodôntico destas lesões. / Inflammatory effects from periodontal disease can cause oral bacterial byproducts to enter the bloodstream. These effects may cause blood clots that contribute to a coronary heart disease risk factor. Chronic apical periodontitis are also bacterial diseases that stimulate the production of cytokines and other cell-mediated inflammatory factors such as C-reactive protein (CRP). CRP is one of the acute phase proteins that increase during systemic inflammation. Its been suggested that testing CRP levels in the blood may be an additional way to assess cardiovascular disease risk. The aim of this study was to evaluate if chronic apical periodontitis can ativate inflammatory response leading to systemic effects and to determine if a highly sensitive CRP (hs-CRP) assay is available to diagnose and track the endodontic treatment of these lesions. Plasma levels of hs-CRP were compared in blood of 13 individuals with chronic apical periodontitis and 13 healthy controls. CRP levels were also compared in the individuals with chronic apical periodontitis before and after treatment of the tooth. There was no statistical association among CRP levels of individual with or without chronic apical periodontitis (p=0,1012 for t test and p=0,1585 for Mann Whitney test). There was no statistical association among CRP levels of individual with chronic apical periodontitis before and after dental treatments (p=0,9203 for t test and p=0,94427 for Wilcoxon test). In conclusion, these results suggest that chronic apical periodontitis can not ativate inflammatory response leading to systemic effects and even a highly sensitive CRP (hs-CRP) assay is not available to diagnose and track the endodontic treatment of these lesions.

Introdução a redução da massa muscular esquelética relacionada à idade, denominada sarcopenia, está associada com maior incidência de quedas, fraturas e dependência funcional em idosos. Muitos são os fatores que podem contribuir para o surgimento da sarcopenia, dentre eles a deficiência de vitamina D e a inadequação do consumo alimentar, principalmente a ingestão de proteína. Objetivos investigar a relação da sarcopenia com o consumo alimentar e concentração sérica de 25(OH)D. Métodos Foram avaliadas 200 mulheres acima de 65 anos, sendo 35 com sarcopenia e 165 sem sarcopenia. Avaliou-se a densidade mineral óssea (DMO) da coluna lombar, fêmur proximal e a composição corporal (massa muscular total, massa muscular esquelética, massa adiposa, conteúdo mineral ósseo do corpo total) por meio do densitômetro de dupla emissão com fonte de raios-X (DXA), avaliação radiográfica das colunas dorsal e lombar (T4 a L4). Foi realizada também avaliação da ingestão alimentar (diário de três dias), bioquímica do metabolismo mineral e ósseo (cálcio total, fósforo, creatinina, albumina, paratormônio intacto, calcidiol) e a história clínica das pacientes. Resultados O presente estudo observou que as pacientes que apresentavam um consumo de proteína acima de 1,2g/kg/dia apresentaram massa muscular total [33,94 (4,72) vs 31,87 (3,52) kg, p=0,020], massa muscular esquelética [14,54 (2,38) vs 13,38 (1,95) kg, p=0,013], CMO do corpo total [1,945 (0,325) vs 1784 (0,265) g, p=0,005], DMO de corpo total [1,039 (0,109) vs 0,988 (0,090) g/cm2, p=0,011], DMO coluna lombar [0,983 (0,192) vs 0,903 (0,131) g/cm2, p=0,014], DMO colo de fêmur [0,813 (0,117) vs 0,760 (0,944) g/cm2, p=0,017] e DMO fêmur total [0,868 (0,135) vs 0,807 (0,116) g/cm2, p=0,026] significativamente maior quando comparado com pacientes que apresentavam consumo de proteína abaixo de 0,8g/kg/dia. Além disso, a ingestão de aminoácidos essenciais, principalmente os de cadeia ramificada como a valina [3,10 (0,89) vs 3,40 (1,04) g/dia, p=0,044] foi significantemente menor em mulheres com sarcopenia. O consumo de proteína se correlacionou positivamente com o índice de massa muscular esquelética (r=0,157; p=0,028) e a DMO do trocânter (r=0,185; p=0,010). Adicionalmente, a deficiência de vitamina D associados ao PTH elevado (> 65pg/dL), hiperparatiroidismo secundário, a prevalência de sarcopenia aumentada (77,1 vs 22,9%, p=0,032), além disso mulheres com hiperparatiroidismo secundário apresentaram massa muscular total [29,70 ( 2,99) vs 31,84 (3,65), p=0,043], índice de massa muscular esquelética [5,51 (0,55) vs 5,92 (0,78), p=0,043] significativamente menor. Alta prevalência de deficiência de vitamina D em mulheres com sarcopenia (71,4%). As mulheres com deficiência de vitamina D apresentaram massa muscular total [30,30 (2,92) vs 32,14 (3,84) kg, p=0,007], massa muscular esquelética apendicular [12,71 (1,59) vs 13,55 (0,82) kg, p=0,031]; índice de massa muscular esquelética [5,67 ( 0,60) vs 5,98 (0,82) kg/m2, p=0,030] e fêmur total BMD [0,791 (0,107) vs 0,838 (0,116) g/cm2, p=0,035] significativamente menor. Conclusões - A ingestão de proteínas acima 1,2g/kg/d, especialmente aminoácidos essenciais e suplementação de vitamina D deve ser considerada como terapia preventiva na redução da massa muscular e óssea em mulheres idosas / Introduction - Reduction of skeletal muscle mass, called sarcopenia, is associated with increased incidence of falls, fractures and functional dependence in the elderly. There are many factors that can contribute to the development of sarcopenia, among them the vitamin D deficiency and inadequate food intake, especially protein intake. Objectives - to investigate the relationship among sarcopenia, dietary intake and serum concentration of 25(OH)D. Methods - We evaluated 200 women over 65 years, 35 with sarcopenia and 165 without sarcopenia. Bone mineral density of lumbar spine, proximal femur and body composition (total muscle mass, skeletal muscle mass, fat mass, bone mineral content of the whole body) were assessed by Dual energy X-ray absorptiometry (DXA), radiological evaluation of the dorsal columns and lumbar (T4 to L4). Three-day dietary records were undertaken to estimate dietary intake and serum total albumin, calcium, phosphorus, creatinin, intact parathyroid hormone, 25(OH)D were measured. Results - Patients who presented protein intake above 1.2g/kg/day showed total muscle mass [33.94 (4.72) vs 31.87 (3.52) kg, p=0.020], muscle mass skeletal [14.54 (2.38) vs 13.38 (1.95) kg, p=0.013], total body BMC [1.945 (0.325) vs 1784 (0.265) g, p=0.005], total body BMD [1.039 (0.109) vs 0.988 (0.090) g/cm2, p=0.011], lumbar spine BMD [0.983 (0.192) vs 0.903 (0.131) g/cm2, p=0.014], femoral neck BMD [0.813 (0.117) vs 0.760 (0.944) g/cm2, p=0.017] and total femur BMD [0.868 (0.135) vs 0.807 (0.116) g/cm2, p=0.026] significantly higher when compared with patients who presented protein intake below 0.8g/kg/day. Essential amino acids intake, especially branched chain such as valine [3.10 (0.89) vs 3.40 (1.04) g/day, p=0.044] was significantly lower in women with sarcopenia. Protein intake positively correlated to skeletal muscle mass index (r=0.157, p=0.028) and trochanter BMD (r=0.185, p=0.010). Additionaly, presence of sarcopenia increases more than 20% when vitamin D deficiency is associated to PTH levels higher than 65pg/dL (77.1 vs 22.9%; p=0.032). Women with secondary hyperparathyroidism presented significantly lower total muscle mass [29.70 (2.99) vs 31.84 (3.65); p=0.043], SMMI [5.51 (0.55) vs 5.92 (0.78); p=0.043]. it was also observed high prevalence of vitamin D deficiency in women with sarcopenia (71.4%). Women with deficiency of vitamin D presented significantly lower TSMM [30.30 (2.92) vs 32.14 (3.84) kg; p=0.007], ASMM [12.71 (1.59) vs 13.55 (0.82) kg; p=0.031]; SMMI [5.67 (0.60) vs 5.98 (0.82) kg/m2; p=0.030] and total femur BMD [0.791 (0.107) vs 0.838 (0.116) g/cm2; p=0.035]. Conclusions Protein intake above 1.2g/kg/d, particularly essencial amino acids and vitamin D supplementation should be considered as preventive therapy in reducing muscle and bone mass in elderly women