Les enzymes du métabolisme des xénobiotiques (EMX) jouent un rôle central dans la biotransformation et l’élimination de composés étrangers à l’organisme. Organisées en réseau de biotransformation, ces enzymes catalysent des réactions variées (oxydations, conjugaisons …) afin de rendre ces composés plus hydrophiles. Les EMX sont fortement exprimées dans l’épithélium olfactif de mammifères et des études in vitro ont montré qu’elles possèdent des activités élevées. Outre un rôle dans le métabolisme de molécules toxiques, ces enzymes pourraient être impliquées dans la modulation périphérique de l'olfaction. Les EMX pourraient contribuer à maintenir la sensibilité du système olfactif en éliminant ou en inactivant les molécules odorantes présentes dans l'espace périrécepteur. Cependant, les preuves scientifiques démontrant l’implication des EMX dans la perception olfactive restent limitées à ce jour. La première étape de ce travail a consisté à montrer que l’expression des EMX olfactives de rat peut être modulée par des traitements chimiques connus pour leur capacité d'induction au niveau hépatique (dexaméthasone, Aroclor, …). Par rapport au foie, les effets observés au niveau de la muqueuse olfactive sont plus modérés. La dexaméthasone, un glucocorticoïde de synthèse, induit significativement l’expression de plusieurs enzymes et transporteurs au niveau du tissu olfactif. Cette étude suggère que l’expression des EMX olfactives soit sous le contrôle de mécanismes spécifiques. Dans une deuxième partie, le métabolisme in vitro de quelques molécules odorantes a été étudié. Nous avons observé que la muqueuse olfactive de rat possède une forte capacité métabolique et catalyse notamment la formation de métabolites hydroxylés. Enfin, les conséquences de ce métabolisme ont été évaluées en enregistrant des électro-olfactogrammes (EOG) au niveau de la muqueuse olfactive de rat. Nous avons montré qu’à concentrations équivalentes, l’amplitude des signaux EOG générés par des métabolites est beaucoup plus faible que l’amplitude des réponses élicitées par les molécules odorantes non biotransformées. De plus, la perfusion de la muqueuse par des inhibiteurs spécifiques de cytochromes P450 ou de carboxylestérases provoque une modification significative des signaux EOG. Ces études démontrent que la biotransformation des molécules odorantes a un impact sur le signal olfactif. L’ensemble de ces études conforte l’hypothèse d’un rôle des EMX dans la première étape de la perception olfactive. Ces enzymes pourraient catalyser la biotransformation des molécules odorantes dans le but d’éviter une saturation du système olfactif. / Xenobiotic metabolizing enzymes (XMEs) play a central role in the biotransformation and the elimination of foreign compounds reaching the body. Organized as a biotransformation network, these enzymes catalyze various reactions (oxidations, conjugations …) in order to increase the water solubility of compounds. XMEs are highly expressed in the mammalian olfactory epithelium and in vitro studies showed that they have important activities. Besides a role in the metabolism of toxic compounds, a role in the peripheral regulation of the olfactory process has been hypothesized. XMEs could contribute to maintain the sensibility of the olfactory system, by eliminating or inactivating odorant molecules present in the perireceptor space. However, scientific proofs of such a role are still limited. In a first study, we demonstrated that olfactory XMEs can be modulated by chemical treatments identified to induce the enzyme expression in the liver (dexamethasone, Aroclor …). The intensities of the effects were lower in the OM than in the liver. Dexamethasone, a synthetic glucocorticoid, was found to increase significantly the expression of several enzymes and transporters in the olfactory mucosa. This study suggests that the expression of olfactory XME is controlled by tissue-specific mechanisms. In the second part, the metabolism of some odorant molecules was studied in vitro. We observed that the olfactory mucosa of rats possesses a high metabolic capacity and catalyses the formation of hydroxylated metabolites. Finally, the consequences of this metabolism were evaluated by recording electro-olfactograms (EOG) from the olfactory mucosa of rats. We showed that, at same concentrations, amplitudes of EOG signals generated by the metabolites were lower than those elicited by the parent molecules. Moreover, the perfusion of the mucosa with specific inhibitors of cytochromes P450 or carboxylesterases induced a significant modification of EOG signals. These studies demonstrate that the biotransformation of odorant molecules have an impact on the olfactory signal. Taken together, these studies support the hypothesis that XME are involved in the first stage of the olfactory perception. These enzymes could catalyze the biotransformation of odorant molecules in order to avoid the saturation of the olfactory system.

Le Canada accueille chaque année un grand nombre d’immigrants, de réfugiés et de demandeurs d’asile. Pour tous ces nouveaux arrivants, le parcours migratoire constitue une source potentielle de détresse psychologique et est susceptible d’avoir été marqué par des expériences traumatiques. Par conséquent, le risque de vivre des difficultés psychosociales ou de santé mentale peut être élevé chez cette population. Néanmoins, les nouveaux arrivants sous-utilisent les services de soutien psychologique. De plus, travailler en contexte interculturel s’avère généralement plus complexe pour les intervenants. Cela s’explique notamment par le fait que la culture influence le sens donné aux difficultés rencontrées, la manière d’exprimer la souffrance ainsi que les stratégies de régulation émotionnelle adoptées. Les intervenants se sentent souvent démunis et insuffisamment formés pour intervenir auprès des personnes immigrantes et réfugiées, ce qui entraîne parfois des erreurs diagnostiques et des interventions mal adaptées aux particularités culturelles de cette clientèle. Pour répondre à ces enjeux, plusieurs auteurs recommandent de développer la compétence culturelle des intervenants, ce qui peut passer, entre autres, par l’acquisition d’une meilleure connaissance des communautés culturelles en ce qui concerne leur perspective sur la nature de leurs difficultés ainsi que leur conception de la santé mentale, de la pathologie et de la guérison. La présente étude a pour but d’explorer et de décrire les difficultés et les besoins en soutien psychologique et psychosocial d’une communauté bien précise de réfugiés installés à Sherbrooke, les Bhoutanais d’origine népalaise. L’étude vise également à explorer leur perspective au sujet de la santé mentale, de l’expression et de la régulation de la souffrance psychologique et du sens donné à celle-ci ainsi que des façons d’améliorer les services qui leur sont offerts. Il s’agit d’une étude qualitative, exploratoire et descriptive. Des entrevues individuelles ont été menées auprès de cinq adultes bhoutanais (deux femmes, trois hommes), dont un à titre de consultant culturel, et d’une intervenante de quartier. Les résultats obtenus à la suite d’une analyse thématique des données rendent compte des témoignages des participants et mettent en perspective les thèmes dégagés et leur organisation en cinq regroupements thématiques : Difficultés psychosociales et de santé mentale, Compréhension et rapport entretenu avec la santé mentale, Régulation émotionnelle, L’intervention psychosociale auprès des réfugiés bhoutanais et Recommandations des participants. Certains éléments prépondérants sont ressortis de ces résultats. Par exemple, les participants désignent le manque d’emploi et l’inoccupation comme la principale cause de détresse psychologique dans la communauté. Ils estiment aussi qu’il y aurait chez les hommes une prévalence élevée de problèmes de consommation d’alcool. Les besoins en soutien psychologique et psychosocial soulevés par les participants concernent principalement la facilitation de l’accès à l’emploi pour les réfugiés bhoutanais ou la réduction des répercussions de l’inoccupation. En guise de soutien, les Bhoutanais font habituellement appel en premier lieu aux membres de leur communauté. Ils auraient notamment l’habitude de se réunir en groupe pour tenter de résoudre les difficultés d’une ou de plusieurs personnes. Depuis leur arrivée, plusieurs auraient également développé le réflexe de recourir aux services de l’intervention de quartier, une intervention de proximité qui semble plus facilement accessible pour les communautés culturelles et avec laquelle les Bhoutanais semblent avoir établi un bon lien de confiance. Cette étude, qui porte précisément sur les difficultés psychosociales et de santé mentale ainsi que sur la conception de la santé mentale chez les réfugiés bhoutanais installés au Canada, enrichit les connaissances scientifiques au sujet de cette communauté culturelle. Elle fournit également des recommandations qui peuvent contribuer à l’amélioration des services qui leur sont prodigués, notamment en offrant quelques balises aux intervenants pour les aider à mieux comprendre la réalité de leurs clients et à développer leur compétence culturelle dans leur intervention.

La gestion des risques est centrale au discours contemporain relatif à la régulation sanitaire et environnementale. Or, en dépit de son aura scientifique et technique et de décennies de travaux relatifs au paradigme du risque, on comprend encore mal quelles en sont les dimensions opératoires au moment du choix d’instruments d’action publique. La façon dont cette approche façonne les espaces à l’intersection du contrôle et de l’expertise dans la délégation politico-administrative demeure particulièrement peu problématisée. Cette thèse a pour objectif de dénaturaliser la gestion des risques et d’en mettre en relief la nature et les contours dans le contexte de l’administration fédérale canadienne. À partir d’un ancrage dans les théories institutionnalistes critiques de la régulation, cette recherche qualitative s’appuie sur la documentation du processus décisionnel relatif à trois substances toxiques clés (bisphénol A, BNST, sulfate de diéthyle) dans le cadre d’une initiative récente de gestion des substances chimiques toxiques, soit le Défi à l’Industrie du Plan de gestion des produits chimiques. L’argument central de cette thèse est que contrairement à certaines intuitions partagées, la gestion des risques n’a pas constitué un concept formalisé au sein d’artefacts administratifs ou législatifs, ni plus largement un cadre significativement orientant sur le plan du processus ou des facteurs décisionnels. Elle s’est plutôt cristallisée sur le plan du discours, en fournissant un narratif performatif de priorisation de l’action publique dans un contexte complexe et fragmenté. Cette recherche montre que la portée opératoire d’une approche centrée sur la gestion des risques sociétaux doit être comprise à partir d’une mise en relation avec la gestion des risques institutionnels, telle qu’elle s’est formellement incarnée depuis 2001 au sein de l’administration fédérale canadienne sous l’égide de la gestion intégrée du risque. Le cadre discursif de la gestion des risques joue plus largement un ensemble de rôles-clés dans la gestion des substances toxiques (cadre de mise à l’agenda, vecteur de communication organisée, instrument de justification des agendas règlementaires) contribuant tant à amplifier certains espaces discrétionnaires qu’à en atténuer d’autres. La principale contribution de cette dissertation pour le champ de l’administration publique est de proposer une problématisation critique originale de la gestion des risques qui soit empiriquement ancrée dans le détail des cadres administratifs et législatifs, et sensible à ses dimensions productives pour le renouvellement des approches de régulation environnementale et sanitaire.

Le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) a été identifié en 1989. Vingt-cinq ans après, les mécanismes contrôlant sa fine expression, sont encore mal compris. Bien qu’environ 1980 mutations aient été découvertes, il reste des patients pour qui le génotype n’a pas été établi. Les éléments de régulation, décrits au sein du promoteur, ne peuvent à eux seuls expliquer cette complexe régulation tissu spécifique. Des éléments de régulation à distance, en cis ou en trans, sont certainement impliqués dans ce contrôle d’expression. L’objectif de ce projet est de mieux décrypter les mécanismes de régulation à distance du gène CFTR en identifiant des séquences régulatrices éloignées, mais pouvant, par des mécanismes de repliement, interagir spécifiquement avec celui-ci. Afin d’étudier ces contacts chromosomiques, nous avons, dans un premier temps, mis au point la technique de Capture de Conformation Chromosomique (3C). Suite à cette technique, nous sommes passés à une approche à plus grande échelle, la technique de Copie Conforme de 3C (5C), qui permet de mesurer des milliers d’interactions chromatiniennes en une analyse. L’organisation spatiale d’une région d’environ 790 kb recouvrant le gène CFTR, a été analysée dans des cultures primaires de cellules épithéliales nasales, exprimant le gène CFTR et des fibroblastes de peau, ne l’exprimant pas ou très peu. Les interactions entre les régions de ce locus et le promoteur CFTR ont été étudiées par séquençage nouvelle génération sur Ion PGM™. Nous avons comparé ces conformations chromatiniennes afin d’identifier des éléments de régulation spécifiques d’une expression de CFTR. Notre approche a été validée par l’identification de régions régulatrices précédemment décrites. De plus, nous avons mis en évidence de nouveaux contacts chromatiniens avec le promoteur CFTR. Ces régions semblent fortement impliquées dans la régulation de l’expression du gène CFTR. Grâce à la technique 3C et ses variantes, l’identification de nouvelles mutations à distance du gène pourraient expliquer des dérégulations de son expression. / The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene was identified in 1989. Twenty five years later, the regulatory mechanisms controlling its complex expression are still not fully understood. Although, almost 1980 mutations have been identified, many cases of cystic fibrosis or CFTR Related Disorders remain still of unknown origin. The promoter which binds transcription factors and drives some aspects of CFTR gene expression, cannot alone account for tissue specific control. This implicates other distal cis- or trans-acting elements in cell-type-specific regulation of CFTR expression. The aim of our project is to study long-range regulatory elements of the CFTR gene, which could interact specifically with the CFTR promoter by tri-dimensional folding mechanism. We first developed the Chromosome Conformation Captures (3C) approach to map these chromosomal contacts. Subsequently, we enhanced our analyses with a high-throughput adaptation of 3C: the 3C-Carbon Copy (5C) technology. This approach allows the analysis of millions chromatin interactions. Thus, we have analyzed the spatial organization of a ～790kb region, comprising the CFTR gene, in primary nasal epithelial cells, which express the gene, and primary skin fibroblasts, which do not express the gene. Interactions between this locus and the CFTR promoter have been analysed by next generation sequencing with the Ion PGM™. We have compared chromatin conformation in order to identify uncharacterized regulatory elements that act especially in CFTR-expressing cells. Our approach has been validated by the identification of previously characterized regulatory elements. Moreover, we identify novel chromatin contacts of the CFTR promoter with chromosomal regions, which could potentially be involved in CFTR gene expression regulation. Thanks to 3C and 3C-derivated analyses, we could identify new possible mutations far from the gene, which may lead to its dysfunction by modifying the chromatin conformation or regulatory elements.

Chez les Archaea, tous les processus informationnels, transcription incluse, sont effectués par des protéines proches de celles des Eukarya. Alors que la machinerie transcriptionnelle des archées a été bien caractérisée structurellement et fonctionnellement, très peu d'informations sont disponibles sur la régulation de son activité. En travaillant à la fois avec des modèles cellulaires (crénarchée hyperthermophile Sulfolobus islandicus) et viraux, nous avons pu réaliser une étude approfondie de trois régulateurs transcriptionnels et mieux comprendre les mécanismes de régulation transcriptionnelle chez les archées. Au cours de cette thèse, deux régulateurs viraux, SvtR et AFV1p06, et un régulateur cellulaire, Sta1, ont été étudiés. Concernant SvtR, codé par le virus SIRV1 qui infecte S. islandicus, nous avons poursuivi la recherche précédente, qui avait permis de déterminer sa structure et sa fonction, en nous focalisant sur la caractérisation de l'ensemble de ses cibles dans le génome viral et sur l'étude de son mécanisme d'action. Pour cela, la séquence du site consensus reconnu par SvtR a été établie à l'aide de la mutagénèse systématique d'un de ses sites déjà caractérisés. Ce site est présent dans les promoteurs de dix gènes de SIRV1 montrant que SvtR pourrait réguler l'activité de plus de 20% des gènes viraux. Ses cibles incluent tous les gènes codant pour les protéines de la capside virale. L'analyse fonctionnelle réalisée sur une partie des sites de liaison de SvtR a permis de démontrer qu'il s'agit d'un régulateur polyvalent agissant, selon la cible, en tant que activateur ou répresseur transcriptionnel. En prenant comme modèle le promoteur du gène gp30, nous avons pu démontrer par plusieurs approches que la régulation de ce promoteur inclut la polymérisation de la protéine depuis son site de liaison principal jusqu’à la TATA-box du promoteur. Il s’agit d’un mécanisme de régulation de transcription à distance original et inédit chez les archées. La structure de l’autre régulateur viral étudié, AFV1p06, codé par le virus AFV1 qui infecte Acidianus hospitalis, révèle la présence au sein de cette protéine d’un domaine en doigt de zinc C2H2, considéré jusqu’à présent comme spécifique des eucaryotes. Nous avons démontré la capacité d’AFV1p06 à se lier à l’ADN avec une préférence pour les régions riches en GC. AFV1p06 est la première DNA binding protéine d’archées de ce type caractérisée in vitro. Le troisième régulateur transcriptionnel, Sta1, est codé par le génome des Sulfolobales. Il est capable d’activer la transcription de gènes viraux, ainsi que du gène chromosomique radA en réponse à un dommage à l’ADN. Pour comprendre son rôle dans la cellule, nous avons tenté de réaliser, sans succès, un mutant knock-out du gène sta1 de S. islandicus RYE15A, ce qui indique que le gène sta1 serait un gène essentiel. L’étude de l’interaction hôte-virus sur le modèle S. islandicus LAL14/1 est un des sujets principaux de notre laboratoire. Le séquençage du génome de cette souche a ouvert la voie pour établir un système génétique. Plusieurs mutants KO de LAL14/1 (pyrEF-; ΔCRISPR1) ont été construits. L’impossibilité d’inactiver un autre gène candidat, topR2, codant pour une réverse gyrase, indique qu’il s’agit d’un gène essentiel. La construction du mutant ΔCRISPR1 est la première étape pour obtenir un dérivé de LAL14/1 dépourvu de système CRISPR, un mutant très utile pour mieux comprendre l’implication des CRISPRs dans le phénotype de résistance de LA14/1 au virus SIRV1 et leur rôle chez les archées en général. L’ensemble des résultats de cette thèse contribue à la meilleure compréhension du fonctionnement moléculaire chez les archées et leurs virus. / In Archaea cells all information processes, including transcription, are performed by the Eukarya-like proteins. While the transcriptional machinery of archaea has been well characterized structurally and functionally, very few information concerning the regulation of its activity is available. By working with both cell (crenarchaeota Sulfolobus islandicus) and viral models, we have performed an in-depth study of three transcriptional regulators: two viral regulators, SvtR and AFV1p06, and a cell regulator Sta1. The obtained results allow to better understand the mechanisms of transcriptional regulation in archaea. Concerning the protein SvtR encoded by the virus SIRV1 that infects S. islandicus, we continued the research project that had identified its structure and function. We were focused on identification and characterization of all of SvtR targets in the viral genome and on the study of the mechanisms of regulation. For this purpose, we established the sequence of consensus site recognized by SvtR using systematic mutagenesis of one of its previously characterized binding sites. This site is present in the promoters of 10 genes meaning that SvtR may regulate the activity of more than 20% of SIRV1 genes. Its targets include all known genes encoding proteins of the viral capsid. Functional analysis of SvtR has demonstrated that, according to the target, this protein is a versatile regulator acting as transcriptional activator or repressor. Taking as a model the gp30 gene promoter, we demonstrated by several approaches that regulation of this promoter includes the polymerization of the protein from its primary binding site towards the TATA-box. Such a mechanism of transcriptional regulation is new in archaea. Second, we performed a structural analysis of the protein AFV1p06 encoded by the virus AFV1 which infects Acidianus hospitalis. The structural analysis of AFV1p06 revealed the presence of a C2H2 zinc finger domain regarded hitherto as specific to eukaryotes. We demonstrated that AFV1p06 has ability to bind specifically to DNA sequences rich in GC. AFV1p06 is the first archaeal DNA binding protein with zinc finger domain characterized in vitro. The third transcriptional regulator, Sta1 is encoded by the genome of Sulfolobales. The protein RadA is able to activate the transcription of viral as well as chromosomal genes in response to DNA damage. To understand its role in the cell, we attempted, without success, to knockout the sta1 gene in S. islandicus RYE15A. This result indicates that the sta1 gene is probably essential. The strain S. islandicus LAL14 /1 is a model strain to study host-virus interaction in archaea. The sequencing of the genome of this strain opened the way to establish a genetic system for this model and allowed us to construct knockout mutants for several LAL14/1 genes (pyrEF-; ΔCRISPR1). Our unsuccessful attempts to inactivate topR2, another candidate gene encoding reverse gyrase indicate that topR2 function could be essential. The construction of the ΔCRISPR1 mutant opens the way to obtain a derivative of LAL14/1 entirely lacking the CRISPR system. Such a mutant will be very useful for the future studies of function and role of CRISPRs in archaea in general but also will allow to verify the hypothesis of involvement of CRISPRs in the phenotype of resistance of LA14/1 to SIRV1. All the results of this thesis contribute to an improved understanding of molecular mechanisms in archaeal cells and their viruses.

Nos travaux de thèse prolongent une série d'études consacrées aux effets du contact visuel sur la gestion des ressources attentionnelles. Six expériences testent l'effet distracteur d'un contact visuel bref ou prolongé dans un dispositif adapté de la tâche de Stroop (« Stroop Eyes » ; cf. Conty, Gimmig, Belletier, George, & Huguet, 2010) impliquant de façon concomitante des distracteurs sémantiques (mots incongruents) et des distracteurs sociaux (yeux ouverts en modalité de regard direct ou dévié, et yeux clos). L'objectif principal est d'évaluer le coût du contact visuel (enclenché par le regard direct) en matière de ressources exécutives, ce coût étant éventuellement impliqué dans les pathologies du lien social (autisme et schizophrénie). Des analyses classiques et distributionnelles des temps de réponse indiquent en particulier que le regard direct 1) est traité de manière automatique quelle que soit sa durée d'apparition, 2) consomme des ressources exécutives, et 3) facilite le traitement du regard dévié. Ces résultats renforcent les modèles du contact visuel suggérant un module cérébral spécifiquement dédié à la détection du regard direct et une influence de cette détection sur des processus cognitifs opérant en parallèle ou de manière consécutive. Les domaines d'application sont vastes puisque l'humain exécute souvent ses activités en présence d'autres susceptibles de l'observer. Par ailleurs, les liens entre contacts visuels et ressources exécutives mis en évidence dans nos travaux suggèrent des pistes pour remédier à certaines des difficultés des personnes souffrant d'une pathologie du lien social. / Our thesis extends a serie of studies on the effects of eye contact on the management of attentional resources. Six experiments tested the distracting effects of a brief versus sustained eye contact with an adaptation of the Stroop task (referred to as "Stroop Eyes" ; cf Conty, Gimmig, Belletier, George, & Huguet, 2010) involving concomitantly semantic distractors (incongruent words) and social distractors (direct gaze vs. averted gaze, and closed eyes). The main objective was to evaluate the cost of eye contact (initiated by direct gaze) on executive resources, this cost being possibly involved in pathologies such as autism and schizophrenia. Classic response time analyses and distributional response time analyses indicate that direct gaze 1) is processed automatically whatever its duration, 2) consumes executive resources, and 3) facilitates the processing of averted gaze. These results strengthen the models suggesting a modular (brain) network dedicated to the detection of direct gaze and related modulations of cognitive processes operating in parallel or consecutively. As humans perform the majority of their activities while being watched by others, the fields of application are vast. Furthermore, the links between eye contact and executive resources highlighted in our work suggests ways to address the management of people with specific social disabilities.

Au cours des débats relatifs à la future Politique agricole commune (PAC) pour la période 2014-2020, nous avons pu constater un recours de plus en plus fréquent à la notion de bien public, permettant de justifier le maintien de cette politique dans un contexte de dérégulation et de libéralisation économique de plus en plus marqué. En nous appuyant sur un cadre théorique original, construit à la croisée de l’économie rurale française, de l’ancienne économie institutionnaliste américaine et de la théorie de la régulation, cette thèse propose de s’interroger sur le rôle joué par la notion de bien public dans la recherche d’un nouveau compromis entre les différents acteurs et groupes d’intérêts impliqués dans ces débats. Le premier chapitre de cette thèse, propose un état de l’art de la notion de bien public en sciences économiques et met en évidence que cette notion apparaît finalement peu stabilisée dans ce champ disciplinaire. Face à ce premier résultat, nous proposerons de stabiliser cette notion pour la suite de notre thèse, en nous appuyant sur un cadre d’analyse d’économie politique élargi.Dans un second chapitre, nous interrogerons les origines de cette notion dans les débats européens relatifs à la PAC, ainsi que son interprétation et son lien avec la notion de multifonctionnalité agricole précédemment mobilisée dans ces débats. Finalement, nous mettrons en évidence à travers un dernier chapitre, l’existence d’interprétations différenciées de la notion de bien public selon certains États membres et régions étudiés, en rapport direct avec les intérêts défendus par les principaux groupes d’acteurs participants aux débats régionaux et nationaux relatifs à la future PAC. / During the debates about the future common agricultural policy for the 2014-2020 period, we noticed an increasingly use of the concept of public good in order to justify the continuation of this policy in a context of deregulation and economic liberalization.Drawing on an original theoretical framework that built at the crossroads of the French rural economy, of the former U.S. institutional economics and of the theory of regulation, this thesis proposes to examine the role played by the notion of public good dealing with a new agreement between the different actors and interests involved in the CAP debate.The first chapter of this thesis offers a state of the art of the concept of public good in economics and highlights the notion that finally appears somewhat stabilize in this area. In line with this first result, we propose to stabilize this concept for the rest of our argument by relying on a broader political economy framework of analysis.In the second chapter, we examine the origins of this notion in the European debates about the CAP, its interpretation by the European commission and its relationship with the concept of agricultural multifunctionality previously mobilized in these debates.Finally, we highlight through the last chapter , the existence of different interpretation of the concept of public good by some Member States and regions studied, linked with the interests defended by key stakeholder groups involved in the regional and national debates about the future CAP.

La transcription pervasive génère des milliers de lncRNA pouvant réguler l'expression des gènes et jouer un rôle important dans le développement et dans différentes maladies. Parmi eux, les asRNA restent mal caractérisés malgré l'importance de leurs rôles régulateurs. Durant ma thèse, nous avons utilisé des données de séquençage à haut débit directionnelles de diverses lignées cellulaires et tissus humains pour définir de nouveaux asRNA. L'analyse bioinformatique nous a permis de classer les nouveaux asRNA selon 3 critères: niveau d'expression, la présence d'EST épissée et de jonction prédite. Nous avons défini 4 catégories: la classe1 répond aux 3 critères (la plus robuste), la classe2a satisfait les critères d'expression et de jonction, la classe2b satisfait les critères d'expression et d'EST et la classe3 satisfait le critère d'expression. Le niveau d'expression de ces asRNA est très faible et comparable à celui des lncRNA. Ils sont exprimés de manière spécifique, enrichis dans le noyau, coiffés et polyadénylés. Deuxièmement, j'ai posé la question de savoir s'ils sont impliqués dans le cancer et dans l'EMT. Nous avons analysé l'expression des gènes dans les tumeurs de la prostate, du sein et d'angiosarcomes. Nous avons comparé le tissu tumoral au sain et avons obtenu une liste de gènes dérégulés incluant des asRNA. Cette analyse nous a permis de découvrir 3 nouveaux asRNA spécifiques aux tumeurs de la prostate pouvant être utilisés comme outil de diagnostic. L'analyse de l'EMT a permis de définir des ARN spécifiques au système étudié. Cette analyse a révélé l'importance de la transcription antisens chez l'Homme et leur rôle potentiel dans la régulation des gènes. / Pervasive transcription generates thousands of lncRNAs that can regulate gene expression and play an important role in development and in different diseases. Among them, asRNAs remain poorly characterized despite the importance of their regulatory roles in cells. During my PhD, we used high-throughput sequencing directional data from multiple human cell lines and tissues to define new asRNAs. Bioinformatics analysis allowed us to classify new asRNAs according to 3 criteria: level of expression, presence of spliced EST and predicted junction. We defined 4 categories: class1 responds to the 3 criteria (strongest class), class2a satisfies the criteria of expression and splice junction, class2b satisfies the criteria of expression and spliced EST and class3 responds to criterion of expression. The level of expression of these asRNAs is lower than mRNAs but is comparable to lncRNAs. They are specifically expressed in a tissue or cell line, enriched in the nucleus, capped and polyadenylated. Secondly, I posed the question of whether this asRNAs are expressed in cancer and in the EMT. We analyzed gene expression in prostate tumors, breast and angiosarcoma. We compared tumor tissue and healthy one and we obtained a list of genes differentially expressed, among them asRNAs. We defined for each tissue a specific transcriptome signature. This analysis allowed us to discover 3 new asRNAs specific to prostate tumors that can be used as a diagnostic tool. Analysis of the EMT helped to define specific markers in the studied system including mRNAs, lncRNAs and asRNAs. This analysis revealed the importance of antisense transcription in humans and their potential role in gene regulation.

Les résultats obtenus dans ce travail ont permis de démontrer que chez les deux bactéries lactiques modèles, L. lactis subsp. cremoris et O. oeni, la transcription du gène cfa, codant pour la Cfa synthase, est stimulée lorsque les cellules entrent en phase stationnaire de croissance ou lorque que les cellules sont cultivées en conditions de stress (milieu acide ou présence d’éthanol dans le milieu). Le rôle des CFA a pû être appréhendé par l’analyse physiologique comparative de la souche parentale L. lactis subsp. cremoris et du mutant Δcfa généré chez cette souche. Les forts pourcentages de survie obtenus chez les souches cultivées à pH 5,0, puis subissant un stress acide (pH 3,0), prouvent que la cyclopropanation des acides gras insaturés n’est pas indispensable à la survie de L. lactis subsp. cremoris en conditions de stress acide. En outre, les données d'anisotropie de fluorescence démontrent que la présence de CFAs membranaires ne permet pas de réguler le niveau de fluidité membranaire, en particulier avec les souches cultivées en présence d’éthanol, où une fluidification membranaire est observée dans tous les cas. L'hypothèse d'un équilibre entre les acides palmitoléique / cis-vaccénique / lactobacillique pour réguler la fluidité membranaire chez L. lactis subsp. cremoris est avancée. L’étude du rôle physiologique des CFA chez O. oeni nécessite l’expression du gène cfa de la bactérie en système hétérologue. Les résultats obtenus confirment la fonctionnalité du gène chez la bactérie hôte L. lactis subsp. cremoris, cependant la cyclisation du précurseur acide cis-vaccénique, reste partielle chez la souche mutante complémentée. Un travail de caractérisation biochimique in vitro de l’enzyme Cfa synthase de O. oeni a donc été entrepris afin d’expliquer la faible efficacité de l’enzyme de O. oeni chez la bactérie hôte. Les travaux réalisés ont permis la surproduction et la purification de l’enzyme. Une technique de mesure d’activité in vitro a été également développée. Une stratégie d’expression du gène cfa de O. oeni en système hétérologue dans la bactérie hôte E. coli BL21 Star a permis la surpoduction d’une protéine d’environ 45 kDa, en accord avec la masse moléculaire théorique de la Cfa synthase de O. oeni. A partir de l’extrait protéique, une purification a été réalisée par chromatographie d’affinité sur colonne d’agarose nickel. Les tests d’activité enzymatique in vitro ont pu été réalisés. La température optimale de l’enzyme est de 35,8°C. Son pH optimal est de 5,6. Même en se plaçant dans les conditions physico-chimiques optimales de l’enzyme, nous constatons que la cyclisation in vitro de l’acide cis-vaccénique issu des phospholipides membranaires du mutant L. lactis subsp. cremoris Δcfa reste partielle. Ceci induit une détermination expérimentale de valeurs de KM et Vmax largement supérieures aux données citées dans la littérature. La différence, entre les deux bactéries modèles, de nature et de répartition des phospholipides membranaires pourrait expliquer l’action partielle de la Cfa synthase de O. oeni. / The results obtained in this work have shown that in both lactic acid bacteria models, L. lactis subsp. cremoris and O. oeni, transcription of the cfa gene, encoding the Cfa synthase is stimulated when cells enter stationary phase of growth or when the cells are grown under stress conditions (acidic or presence of ethanol in the medium). The role of the CFAs has been apprehended by the comparative physiological analysis of the parental strain L. lactis subsp. cremoris and a Δcfa mutant generated in this strain. The high percentages of survival obtained in strains grown at pH 5.0 and undergoing acid stress (pH 3.0) prove that the cyclopropanation of unsaturated fatty acids is not essential to the survival of L. lactis subsp. cremoris under conditions of acid stress. In addition, fluorescence anisotropy data show that the presence of membrane CFA does not regulate the level of membrane fluidity, especially with strains grown in the presence of ethanol. The assumption of a balance between palmitoleic acid / cis-vaccenic acid / lactobacillic acid in membrane fluidity regulation in L. lactis subsp. cremoris is advanced. The study of the physiological role of CFA in O. oeni requires cfa gene expression of the bacterium in a heterologous system. The results confirm the functionality of the gene in the host bacterium L. lactis subsp. cremoris. However, the cyclopropanation of the precursor cis-vaccenic acid remains partial in the mutant strain complemented. Biochemical characterization in vitro of the enzyme CFA synthase from O. oeni was therefore undertaken in order to explain the low efficiency of the enzyme of O. oeni in the host bacterium. The work led to the overproduction and purification of the enzyme. A technique for measuring the activity in vitro has also been developed. A strategy of O. oeni cfa gene expression in the heterologous host bacterium E. coli BL21 Star has permitted the surpoduction of a protein of approximately 45 kDa. This data is in agreement with the theoretical molecular weight of the CFA synthase from O. oeni. Protein purification was performed by affinity chromatography on nickel-agarose column. Enzymatic activity assays in vitro have been made. The optimum temperature for the enzyme is 35.8 ° C. Its optimum pH is 5.6. However, we find that the in vitro cyclopropanation of cis-vaccenic acid from membrane phospholipids of the mutant L. lactis subsp. cremoris Δcfa remains partial. This leads to an experimental determination of KM and Vmax values much higher than the data cited in the literature. The difference between the nature and the distribution of membrane phospholipids in the two model bacteria may explain the partial activity of Cfa synthase from O. oeni.

Cette thèse cherche à discriminer au niveau génomique entre le développement d'embryons vers un mode de reproduction sexué et le développement vers un mode asexué chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Cette discrimination passe par la création du réseau de régulation post-transcriptionnelle des microARN et des ARNm qui possèdent des cinétiques d'expression différentes entre ces deux embryogenèses ainsi que par l'analyse des modules d'interactions de ce réseau par l'utilisation de l'analyse de concepts formels. Pour ce faire, une stratégie en plusieurs étapes a été mise en place : la création d'un réseau d'interactions entre les microARN et les ARNm du puceron du pois ; l'extraction et la réduction du réseau aux microARN et ARNm qui possèdent des cinétiques différentes entre les deux embryogenèses à partir des données d'expression tirées du séquençage haut-débit ; l'analyse du réseau d'interactions réduit aux éléments d’intérêt par l'analyse de concepts formels. L'analyse du réseau a permis l'identification de différentes fonctions potentiellement importantes comme l'ovogenèse, la régulation transcriptionnelle ou encore le système neuroendocrinien. En plus de l'analyse du réseau, l'analyse de concepts formels a été utilisée pour définir une méthode de réparation de graphe biparti basée sur une topologie en "concepts" ainsi qu'une méthode de visualisation de graphes bipartis par ses concepts. / This thesis aims to discriminate between embryos development towards either sexual or asexual reproduction types in pea aphids, Acyrthosiphon pisum, at the genomic level. This discrimination involves the creation of a post-transcriptional regulation network between microRNAs and mRNAs whose kinetic expressions change depending on the embryogenesis. It also involves a study of this network's interaction modules using formal concept analysis. To do so, a three-step strategy was set up. First the creation of an interaction network between the pea aphid's microRNAs and mRNAs. The network is then reduced by keeping only microRNAs and mRNAs which possess differential kinetics between the two embryogeneses, these are obtained using high-throughput sequencing data. Finally the remaining network is analysed using formal concept analysis. Analysing the network allowed for the identification of several functions of potential interest such as oogenesis, transcriptional regulation or even neuroendocrine system. In addition to network analysis, formal concept analysis was used to create a new method to repair a bipartite graph based on its topology and a method to visualise a bipartite graph using its formal concepts.