Le système génétique complexe des mitochondries de plantes supérieures n'a pu être étudié par des approches transgéniques car les méthodes conventionnelles ne permettent pas de transformer ces organites. Une approche alternative a été développée au laboratoire, grâce à l'existence d'un processus naturel assurant l'import d'ARN de transfert (ARNt) du cytosol dans les mitochondries. Il a été montré qu'un mime d'ARNt peut servir in vivo de navette pour importer dans les mitochondries de plante des ARN-passagers exprimés à partir de transgènes nucléaires. L'utilisation d'un transribozyme comme séquence-passagère a permis d'obtenir l'invalidation spécifique d'un ARN messager (ARNm) majeur dans les mitochondries de cellules végétales transformées. Nous avons mis en oeuvre cette stratégie pour développer des études de régulation mitochondriale. Cinq ARNm mitochondriaux (nad9, sdh3, cob, cox3 et atp9) ont été choisis comme cibles pour des transribozymes spécifiques à tête de marteau. Après validation de l'activité de ces ribozymes in vitro, les vecteurs d'expression portant les transgènes correspondants ont servi pour transformer des cultures cellulaires de Nicotiana tabacum, des plantes d'Arabidopsis thaliana (pour nad9, cob, cox3 et atp9) et des plantes de N. tabacum (pour sdh3). L'invalidation spécifique des ARN mitochondriaux ciblés par les ribozymes a été établie in vivo. La réponse, en termes de régulation, à l'invalidation des cibles individuelles a été analysée au niveau de l'ensemble du transcriptome. Alors qu'il a été généralement considéré jusqu'à présent que les processus de régulation mitochondriaux chez les plantes se passent essentiellement au stade post-transcriptionnel, nos résultats sont fortement en faveur de mécanismes de coordination des ARNm dans les mitochondries et entre les organites et le noyau. / The complex genetic system of higher plant mitochondria could not be studied by transgenic approaches because conventional methods do not permit genetic transformation of these organelles. An alternative approach has been developed in the laboratory, thanks to the existence of a natural process of transfer RNA (tRNA) import from the cytosol into mitochondria. It was shown that a tRNA mimic can be used in vivo as a shuttle for importing into plant mitochondria passenger RNAsexpressed from nuclear transgenes. Taking a trans-cleaving ribozyme as a passenger sequence allowed to obtain the specific knockdown of a major messenger RNA (mRNA) in the mitochondria of transformed plant cells. We used this strategy to develop mitochondrial regulation studies. Five mitochondrial mRNAs (nad9, sdh3, cob, cox3 and atp9) were chosen as targets for specific transcleaving hammerhead ribozymes. After validating the in vitro activity of these ribozymes, the corresponding expression constructs served to transform Nicotiana tabacum cells, Arabidopsis thaliana plants (for nad9, cob, cox3 and atp9) and N. tabacum plants (for sdh3). Specific in vivo ribozyme-mediated knockdown of the targeted mitochondrial RNAs was established. The regulation response to the knockdown of the individual targets was analyzed at the whole transcriptome level.Whereas it has been generally considered so far that mitochondrial regulation processes in plants essentially occur at the post-transcriptional stage, our results strongly support mRNA coordination mechanisms within the organelles and between the organelles and the nucleus.

Vif (Viral Infectivity Factor) est une protéine auxiliaire qui augmente le «fitness» viral dans l’hôte infecté. Vif est essentielle à la formation de particules virales infectieuses dans les cellules dites «non-permissives», alors que des virus ΔVif se répliquent efficacement dans des lignées cellulaires T dites « permissives ». Les cellules non-permissives expriment les facteurs de restriction APOBEC3G (APOlipoprotein B mRNA-Editing enzyme Catalytic polypeptide 3G ou A3G) et A3F, deux cytidine désaminases dont l’action hypermutatrice est létale pour le virus. Vif réduit de façon considérable le taux d’expression des protéines A3G/3F par deux mécanismes principaux : (1) en recrutant une E3 ubiquitine ligase, Vif induit la dégradation d’A3G par le protéasome et (2) en se fixant sur l’ARNm, Vif régulant négativement la traduction d’A3G par un mécanisme dépendent de la région 5'-UTR. L'objectif de mon projet a été de déterminer le rôle et le mécanisme de la régulation traductionnelle du facteur de restriction A3G par la protéine Vif du VIH-1 ex vivo. En parallèle, nous nous sommes intéressés à déterminer les domaines de la protéine Vif impliqués dans l’activité chaperonne d'ARN. Par l’analyse des « westerns blots » issus de co-transfections de différents vecteurs d’expression d’A3G en présence ou absence de Vif et d’un dominant négative de la Cullin 5, nous avons démontré ex vivo que Vif requiert les tiges boucles 2 et 3 de la région 5’UTR (de façon simultanée) pour inhiber la traduction d’A3G. La régulation traductionnelle d’A3G par Vif cause 50% de la réduction total d’A3G en présence de Vif. Ensuite, nous avons observé qu’une une petite uORF (Upstream Open Reading Frame), contenue entre ces deux tiges-boucles est nécessaire pour l’inhibition d’A3G par Vif. Les uORFs, présents dans 50 % des gènes eucaryotes, interviennent principalement dans des mécanismes de régulation traductionnelle. Ainsi, nous avons observé in vitro et ex vivo que l’uORF régule négativement la traduction de l’ORF majeure d’A3G. Par l’analyse de l’expression de différents mutants de l’uORF, nous avons démontré ex vivo que 60% des complexes d’initiation de la traduction synthétisent A3G par « leaky scanning » et 40 % sont recrutés dans la traduction de l’uORF, en inhibant ainsi l’expression d’A3G. A partir de ces résultats nous proposons un modèle de l’inhibition d’A3G par Vif. Dans ce modèle, Vif pourrais inhiber l’étape de terminaison de la traduction de l’uORF en causant un « stalling » des ribosomes en empêchant ainsi à des nouveaux complexes d’initiation d’attendre l’ORF majeur. Nous avons aussi déterminé l’impact de la régulation traductionnelle d’A3G par Vif sur l’incorporation d’A3G dans les particules virales et sur l’infectivité virale. Nous avons alors observé que l’inhibition traductionnel d’A3G par Vif réduit l’incorporation d’A3G dans les particules virales avec un profil de diminution d’A3G similaire à celui observé dans les cellules. En utilisant des cellules indicatrices TZM-bl, nous avons ensuite observé que l’inhibition traductionnelle d’A3G par Vif augmente l’infectivité virale de 50%. Finalement, nous avons déterminé les domaines de la protéine Vif impliqués dans l’activité chaperonnes d'ARN. En utilisant des essaies de dimérisation des fragments d’ARN du VIH-1, nous avons pu mettre en évidence que le domaine C-terminal de la protéine Vif était impliqué dans cette activité. Ces résultats nous ont permis de mieux comprendre ce phénomène de restriction cellulaire et pourraient être importants dans le développement de nouvelles stratégies d’inhibition de la réplication virale qui ciblerait spécifiquement l’interaction de Vif avec l’ARNm d’A3G. / The HIV-1 viral infectivity factor (Vif) is a small basic protein essential for viral fitness and pathogenicity. Vif allows productive infection of non-permissive cells (including most natural HIV-1 targets) by counteracting cellular cytosine deaminases APOBEC3G (A3G) and A3F by different mechanisms and thus preventing its incorporation into viral particles. The Vif-induced degradation of A3G through the proteasome pathway has been extensively studied, but little is known about the translational repression of A3G mRNA by Vif. After cellular co-transfection of A3G mRNA constructs mutated in their untranslated regions (UTRs) in presence or absence of Vif, and in conditions where the proteasome-induced degradation of A3G was inhibited, we show that the 5’-UTR of A3G mRNA is crucial for the translational inhibition by Vif. The core binding factor, CBF-, required to stabilize the Vif/A3G complex is dispensable for this specific repression. According to our previous secondary structural model of the 5’-UTR, the two distal stem-loop structures are sufficient for a complete translational inhibition of A3G. We show that residue K26 of Vif is critical for A3G neutralization, both for its proteasome-induced degradation and translation inhibition of itsmRNA. Interestingly, we observe a strict correlation between the cellular reduction of A3G through translation inhibition and the quantity of A3G incorporated into viral particles. Both mechanisms account for about 50% decrease of A3G in cell. Thus, we showed for the first time that A3G mRNA translational inhibition by Vif is a 5’-UTR mRNA-dependent mechanism, and that any of these two mechanisms, degradation or translation, is sufficient to restore viral infectivity. Regulating the translation of A3G could thus be considered as a new target to restore a functional expression of A3G and viral restriction.

Des données suggéraient que le facteur de transcription ZNF143 régule l’expression de milliers de gènes mais très peu d’informations étaient disponibles sur les gènes cibles, réseaux de gènes, processus biologiques et mécanismes impliquant ZNF143. Pour mon travail de thèse je me suis intéressé au potentiel régulateur de ce facteur en particulier chez l’homme. Mon projet de recherche a premièrement consisté à identifier toutes les cibles génomiques de ZFN143 puis à caractériser fonctionnellement cet interactome. Les résultats obtenus ont permis d’identifier plus de 3000 gènes cibles de ZNF143, principalement impliqués dans des processus liés à la croissance cellulaire. Mes travaux ont aussi permis de mettre à jour de nouveaux mécanismes de régulation impliquant ce facteur. En effet, nous avons démontré que les facteurs de transcription ZNF143, THAP11 et Notch1 modulent l’expression d’un répertoire commun de gènes via des sites de liaison à l’ADN chevauchant. Nous avons aussi montré que ZNF143 joue un rôle essentiel dans l’expression des gènes dirigés par des promoteurs bidirectionnels et qu’il est aussi impliqué dans une boucle d’autorégulation transcriptionnelle de son expression. / Numerous data were suggesting that the transcription factor ZNF143 regulates the expression of thousand of genes. However, nothing was known about the genome wide regulatory networks, biological processes and transcriptional mechanisms involving this factor.For my PhD thesis I was interested in exploring the regulatory potential of the ZNF143 transcription factor in human. The goal of my project was to identify all the genomic targets of this factor and functionally characterize this ZNF143-DNA interactome. The results I obtained allowed us to identify more than 3000 genes targeted by ZNF143, mainly involved in biological processes linked to cell proliferation. My work also led us to discover new transcriptional mechanisms involving ZNF143. We demonstrated that the transcription factors ZNF143, THAP11 and Notch1 modulate the expression of a common set f gene via overlapping DNA binding sites. Moreover, we also showed that ZNF143 in essential for the divergent expression of genes from bidirectional promoters and that its expression is regulated through auto-regulatory feedback loop.

Ce travail de thèse porte sur la gestion énergétique des bâtiments par l'application de la programmation dynamique. Cet algorithme d'optimisation permet de développer des commandes prédictives, c'est à dire un ensemble de commandes à appliquer pendant une période donnée pour réduire la consommation énergétique du bâtiment ou améliorer le confort thermique des habitants.Un premier cas d'étude développe le cas du pilotage du chauffage d'un bâtiment pour effacer sa consommation en période de pointe électrique ou de pointe d'émission de CO2.Un second cas d'étude s'intéresse à une période de forte chaleur estivale ou le pilotage des protections solaires et de la ventilation mécanique contrôlée permet l'amélioration du confort thermique des occupants. Le pilotage des ouvertures (porte, fenêtre) est également étudié avec une comparaison de la régulation obtenue avec une régulation mise en place sur une maison test "Air et Lumière".Enfin la dernière partie du travail s'intéresse à la prévision des données climatiques locales grâce aux méthodes des chaînes de Markov et des réseaux de neurones artificiels. L'influence des erreurs de prévision sur la mise en place d'une stratégie d'effacement de la consommation de pointe dans le bâtiment est également étudiée. / The subject of this work is the control of building equipments with the use of a dynamic programming optimization. This algorithm allows to develop a predictive controller in order to reduce the energy counsumption of the building or to increase the comfort of the occupants.A first case study is developed with the control of the heating system in order to shift the load from peak hours to off-peak hours according to utility rate incentives or carbon emissions.A second case study is about the control of stores and mechanical ventilation in order to increse comfort in the building during a strong heat wave summer week. The control of openings, like windows and doors, is also developed to use natural ventilation in order to increase comfort. The results of such a control strategy are compared with another control strategy set up in a test house "Air et Lumière".The last part of this work is about weather forecast of local climatic data by using Markov chains and artificial neural networks. The influence of weather forecast errors on the developed control strategy is also studied.

Le présent travail de recherche a pour objet l'étude des apports des pratiques d'utilisation des outils de gestion collaboratifs par les parties prenantes du processus de contrôle en gestion des risques. Face aux enjeux multiples pour réduire la vulnérabilité des organisations, le contrôle tient une place particulière. Avec le développement de l'informatique et l'accroissement des risques il s'est naturellement complexifié. Il est aujourd'hui partagé entre des acteurs humains (organismes de contrôle, industriels, services de prévention des risques, etc.) et non-humains (systèmes d'information, logiciels, systèmes de management, etc.), incluant ainsi la dimension de travail collaboratif. Afin de proposer une modélisation du système d'acteurs et des différents échanges permis par l'approche collaborative, trois objets sociologiques sont mobilisées : la Théorie de la Régulation Sociale (TRS), introduisant le concept de régulation, la Théorie de l'Acteur-Réseau (TAR), autorisant une étude asymétrique des acteurs et une maitrise de l'a priori, et le travail collaboratif, regroupant la collaboration et l'ingénierie logicielle. La conduite d'une expérimentation terrain et le déploiement d'un questionnaire sur les pratiques du travail collaboratif permettent de vérifier concrètement les apports des systèmes d'information dans le cadre d'une approche collaborative du contrôle. L'originalité de cette démarche réside dans la prise en compte des interrelations entre chacun des sous-processus du contrôle et la confrontation d'une expérimentation terrain avec une enquête prospective généralisée. / The current research aims to study collaborative working contributions in risk management control processes. Control is needed in risk management processes facing complexity. Indeed, IT development and risk increase led to increase control complexity. It is now shared between human actors (inspectors, industrialist, OHS department, etc.) and non-human (IT, software, management systems, etc.) including a collaborative working dimension. In order to propose a model of the system of actors and different exchanges allowed by the collaborative approach, three sociological objects are mobilized: the Social Regulation Theory (SRT), introducing the concept of regulation, the actor- Network Theory (ANT), authorizing an asymmetric study of actors, and collaborative working, combining collaboration and software engineering. To verify IT contributions as part of a collaborative approach a field trial and a survey on collaborative work practices were conducted. The novelty of this approach lies in the consideration of the interrelationships between each control sub-process and the confrontation of a field trial with a generalized prospective survey.

Les décisions de régulation représentent une très grande part de l’activité de l’enseignant en classe et un facteur clé dans les apprentissages et les progrès des élèves. Or, de nombreux travaux démontrent les difficultés des enseignants stagiaires à s’adapter à la singularité du contexte de la leçon. Ce travail vise donc à appréhender les logiques décisionnelles régulatrices des enseignants stagiaires et notamment au travers de leur subjectivité. Nous mobilisons à la fois les divers travaux s’intéressant à l’activité de l’enseignant en classe, ceux relatifs aux théories de l’activité humaine et leur transposition au monde de l’enseignement et enfin ceux relatifs à la vision psychophénoménologique pour comprendre et caractériser l’activité décisionnelle régulatrice des enseignants stagiaires. Nous faisons également un tour d’horizon de la formation initiale telle qu’elle s’organise actuellement et dans l’académie de Créteil particulièrement. Nos options méthodologiques sont guidées par le souci de rendre compte de la subjectivité, de la singularité et de la complexité des décisions régulatrices en contexte réel. Dans le cadre d’une triangulation des données nous mobilisons plusieurs outils méthodologiques tels que l’entretien semi-dirigé et l’entretien composite pour lequel l’entretien d’explicitation constitue le cœur du dispositif. Les résultats démontrent que les logiques décisionnelles régulatrices sont largement dominées par des modes de fonctionnement convergents et partagés, largement imprégnés par des attentes institutionnelles liées à leur statut d’enseignant stagiaire et à leur formation initiale. Les logiques subjectives sont révélées dans l’expression de mode de fonctionnement cognitifs propres à chaque enseignant stagiaire. / Decisions of regulation represent a very large part of the physical education and sport’s teacher's activity in their class and a key factor in pupil’s learning and progress. However, many studies demonstrate the difficulties of trainee teachers to adapt to the singularity of the context of the lesson. This work aims to apprehend the physical education and sport’s trainee teacher’s decisions of regulation logic, especially through their subjectivity. We mobilize both the various works focusing on the teacher's activity in class, those relating to theories of human activity and their transposition to the world of education and finally those relating to the psychophenomenological vision to understand and characterize the decision of regulation activity of trainee teachers. We also do an overview of initial training as it is currently organized and particularly in the Academy of Créteil. Our methodological choices are guided by the need to take account of subjectivity, singularity and complexity of decisions of regulation in real context. As part of a triangulation of data we mobilize several methodological tools such as semi-structured interview and mixed interview for which the maintenance of explicitness is the heart of the device. The results demonstrate that the decision of regulation’s logic are largely dominated by converging and shared operating modes, widely impregnated with institutional expectations for their trainee teacher status and initial training. The subjective logic are revealed in the expression of cognitive mode unique to each trainee teacher.

L’ADN méthyltransférase 3a (DNMT3A) relie environnement et phénotype par la méthylation des dinucléotides CpG, qu’on les trouve en particulier dans les régions promotrices des gènes. Hypométhylation de ces CpG est associée à l’activation de la transcription, qui permet le contrôle de l'expression génique dans des états physiologiques et pathologiques. La plupart de nos connaissances sur l’implication de Dnmt3a en pathologie concernent le cancer, quelques données montrent sa contribution à d’autres pathologies. L’athérosclérose est la maladie cardiovasculaire la plus fréquente. Plusieurs facteurs de risque contribuant à son apparition, sont liés à L’environnement. En particulier, les dyslipidémies, largement influencées par le régime alimentaire. Par ailleurs, d’abondantes données décrivent la contribution des cellules inflammatoires à la physiopathologie de cette maladie. Jusqu'à présent, un nombre croissant de données suggère un rôle de la méthylation de l’ADN dans l'athérosclérose, mais à ce jour, le rôle de Dnmt3a dans la régulation du cholestérol et le développement initial des plaques n'a pas été étudié.Nos résultats suggèrent que l’inactivation de Dnmt3a dans les monocytes/macrophages ne modifie pas le développement initial des plaques d’athérome et n’a pas d’influence sur la polarisation des macrophages in vitro. En parallèle, nous avons démontré que l’inactivation de Dnmt3a dans les hépatocytes conduit à une différence significative de cholestérolémie plasmatique qui n’est pas liée à une dérégulation des gènes majeurs impliqués dans le métabolisme du cholestérol. En revanche, nous avons mis en évidence une activation des réponses inflammatoires. / DNA methyltransferase 3a (DNMT3A) links environment to phenotypes via catalysis of CpG dinucleotides, notably found in genes promoter regions, methylation and whose hypomethylation is associated with gene transcriptional activation thus enabling the control of gene expression in physiologic and pathologic states. Most of our knowledge about its’ role in disease occurrence are based on articles demonstrating its’ implication in human cancers. Limited data from mouse studies illustrates its’ contribution to certain pathologies. Atherosclerosis constitutes the single most important contributor to the growing burden of cardiovascular disease. Risk factors contribute to disease occurrence, where most are related to environmental influences, notably Dyslipidaemia, a key initiator of atherosclerosis. Abundant data link hypercholesterolemia to atherogenesis, on the other hand, contribution of inflammatory mechanisms that couple dyslipidaemia to atheroma formation has been also appreciated. So far, a growing number of data suggests a role of Dnmt3a in atherosclerosis but to date, its role in cholesterol regulation and early plaque formation has not been clearly elucidated. Our results suggested that deletion of Dnmt3a in monocyte/macrophages does not affect the formation of early atherosclerostic plaque nor does it impact the polarization of macrophages in vitro. In parallel, we have also demonstrated that the deletion of Dnmt3a in hepatocytes leads to significant elevation in TC levels. We were not able to relate this elevation to dysregulation of major genes involved in Cholesterol regulation. On the other hand, we noticed activation of hepatic inflammatory responses.

Bacillus cereus est un pathogène opportuniste à l'origine de deux types de toxi-infections alimentaires classées en syndrome émétique ou diarrhéique. Le syndrome diarrhéique résulte de la production d'entérotoxines (Hbl, Nhe et CytK) au niveau de l'intestin grêle de l'hôte, caractérisé par une atmosphère anaérobie et un faible potentiel d'oxydo-réduction (POR). La capacité de B. cereus à se développer et à produire des entérotoxines dans ces conditions est sous le contrôle de deux systèmes qui agissent, en partie, indépendamment du régulateur pléiotrope connu, PlcR (Phospholipase C Regulator). Il s'agit du système à deux composants ResDE et de la protéine Fnr (Fumarate Nitrate Reductase). Le but de cette étude a été de caractériser d'un point de vue fonctionnel l'implication du régulateur Fnr et du système ResDE dans la toxinogenèse de B. cereus. Les résultats ont montré que la régulation de la transcription de hbl et nhe était sous le contrôle direct et indirect de Fnr et de ResD. En aérobiose, la fixation de Fnr (forme Apo) sur les régions promotrices des gènes de structure des entérotoxines (pnhe et phbl) et des gènes de régulation (presDE, pfnr et pplcR) dépend des conditions redox. L'affinité de ResD pour pnhe, phbl, presDE, pfnr et pplcR dépend des séquences de ces régions promotrices et son affinité pour les régions promotrices presDE et pfnr dépend de son état de phosphorylation. ResD et ApoFnr sont capables de se fixer simultanément sur les régions promotrices étudiées et sont également capables d'interagir physiquement en l'absence d'ADN. Nous avons proposé un modèle de régulation de la toxinogenèse dans lequel ResDE et Fnr pourraient agir en synergie. Enfin des expériences de double hybride ont permis de mettre en évidence que la protéine PlcR pourrait interagir in vivo avec les régulateurs ResD et Fnr. La régulation de la toxinogenèse impliquerait donc la formation d'un complexe multi-moléculaire / Bacillus cereus is an opportunistic pathogen responsible of two types of food-borne diseases, classified as emetic and diarrhoeal syndromes. The diarrhoeal syndrome results from the production of enterotoxins (Hbl, Nhe and CytK) in the host small intestine, which constitutes a high reducing anoxic environment. The ability of B. cereus to produce enterotoxins and grow well in such environment is controlled by two global regulators that may function independently of the pleiotropic virulence regulator PlcR (Phospholipase C Regulator). These two regulators are the two-component system ResDE and the redox regulator Fnr (Fumarate Nitrate Reductase). The aim of this study was to establish the role of Fnr and ResDE in the virulence regulatory pathway of B. cereus. The results showed that transcriptional regulation of hbl and nhe was directly and indirectly controlled by Fnr and ResD. In aerobiosis, Fnr interaction (apo form) with the promoter regions of the enterotoxin structural genes (pnhe and phbl) and the enterotoxin regulator genes (presDE, pfnr and pplcR) depends on its oligomeric state. DNA binding affinity of ResD for pnhe, phbl, presDE, pfnr and pplcR depends on the promoter sequences and affinity for presDE and pfnr depends on its phosphorylation state. ResD and Fnr were found to physically interact and simultaneously bind their target DNAs. We proposed a model for regulation of enterotoxin genes expression in which ResD and Fnr could act synergically. Finally, yeast two-hybride experiments showed that PlcR could physically interact in vivo with Fnr and ResD. Enterotoxin genes expression of B. cereus could thus be controlled through a mechanism including a ternary complex

La variabilité du système protéolytique de surface a été étudiée chez 30 souches de St. thermophilus. Cette variabilité consiste en la présence ou l’absence du gène prtS, en la présence de deux allèles différents de ce gène, en la présence d'une protéase PrtS ancrée et/ou soluble et enfin en l'expression variable, due à une variabilité de la régulation du système protéolytique, du gène prtS et d'autres gènes qui interviennent, pour la plupart, dans le métabolisme azoté. L’expression des gènes prtS, pepX, pepC, pepN, amiA1CDEF, dtpT, livJHMGF, ilvC, ilvDBN, bcaT, ackA, ldh, codY et relA a été quantifiée chez les souches PB302 et PB18O en lait et en milieu M17. La souche PB302 est représentative des souches qui se développent rapidement en lait alors que la souche PB18O l’est de celles qui ont une croissance intermédiaire dans ce milieu. Alors que l’expression des gènes étudiés est peu différente en milieu M17 où les deux souches ont une croissance similaire, cette expression diverge lorsque les deux souches sont cultivées en lait.Globalement, la différence de croissance observée en lait entre les deux souches pourrait résulter d'une variabilité de la capacité protéolytique et de l’expression, entre autres, des gènes codant PrtS, le régulateur CodY, les transporteurs des oligopeptides (Ami), des di-tripeptides (DtpT) et des acides aminés ramifiés (LivJ) et de ceux codant des enzymes impliquées dans la voie de biosynthèse des acides aminés ramifiés (IlvC, IlvB et BcaT), ces derniers étant nécessaires pour la croissance en lait. Tous ces gènes possèdent en amont de leur promoteur une boîte CodY potentielle et pourraient donc appartenir au régulon CodY / The variability of the cell envelope-associated proteolytic system was studied in 30 strains of St. thermophilus. Variations in strains consist in the presence or absence of the gene prtS, the presence of two allelic forms of prtS, the presence of an anchored and/or soluble form of the protease PrtS and in the variable expression of the gene prtS and other genes involved mainly in nitrogen metabolism, thus in the variability of the regulation genetic of this system. Expression of the genes prtS, pepX, pepC, pepN, amiA1CDEF, dtpT, livJHMGF, ilvC, ilvDBN, bcaT, ackA, ldh, codY and relA was quantified in the PB302 and PB18O strains. The strain PB302 is representative of strains which exhibit a rapid growth in milk. The strain PB18O is representative those with intermediate growth in milk. In M17 medium, where both strains have similar growth, little difference in the expression of genes tested was observed. Conversely, the two strains did not express the selected genes in the same way when grown in milk. Overall, the difference in growth observed between strains in milk could result from variable proteolytic activities and variable expression of genes encoding, for example, the proteinase PrtS, the regulator CodY, transporters of oligo- or di-tri- peptides (Ami or DtpT) or branched chain amino acids, or BCAA (LivJ) and enzymes in the biosynthetic pathway of BCAA (IlvC, IlvB et BcaT) which are necessary for growth in milk. All these genes have a potential CodY box at the upstream of their promoter and could therefore belong to the regulon CodY

La méthylation et déméthylation de l'ADN jouent un rôle majeur dans la stabilité des génomes, l'empreinte génomique, la paramutation et le développement. En revanche, le rôle de cette régulation épigénétique a été peu étudiée dans les interactions hôtes-pathogènes. Dans ce projet de thèse, nous avons tout d'abord montré que la méthylation de l'ADN régule négativement la résistance d'Arabidopsis thaliana à une souche de Pseudomonas syringae pathogène. Nous avons également identifié un grand nombre de gènes de l'immunité ciblés directement par la méthylation de l'ADN dirigée par petits ARN dans leurs régions promotrices. Nous proposons que cette régulation génique permettrait de maintenir une faible expression basale de ces gènes et d'éviter ainsi des effets délétères qui seraient causés par une expression constitutive de la réponse immunitaire. De plus, nous montrons que la déméthylase active REPRESSOR OF SILENCING 1 (ROS1) facilite l'activation transcriptionnelle de gènes de l'immunité en laissant potentiellement des éléments de régulation en cis accessibles à des facteurs de transcription. Nous avons également démontré que ce facteur contribue à la résistance à P. syringae chez Arabidopsis, caractérisant ainsi la première déméthylase eucaryote dans la résistance antibactérienne. Sur la base de ces résultats, nous proposons que la méthylation de l'ADN maintient une faible expression basale de gènes de l'immunité en absence de pathogène, tandis que la déméthylation active assure une induction rapide de ces gènes au cours de la réponse immunitaire en favorisant potentiellement le recrutement de facteurs de transcription sur la chromatine. / DNA methylation and demethylation are regulatory processes involved in genome stability, genomic imprinting, paramutation and development. Until recently, very little was known about the role of these epigenetic processes in plant disease resistance and in the transcriptional control of immune-responsive genes. Here we provide evidence that DNA methylation negatively regulates antibacterial resistance against a virulent Pseudomonas syringae strain in Arabidopsis. Accordingly, we have identified a subset of defense genes that are targeted and repressed by RNA-directed DNA methylation (RdDM), presumably to prevent trade-off effects that would be caused by their constitutive expression and/or sustained induction. In addition, we found that the active DNA demethylase facilitates the transcriptional activation of some of these defense genes by pruning DNA methylation at their promoter regions and leaving cis-elements accessible for transcription factor binding. In addition, we show that the active demethylase REPRESSOR OF SILENCING 1 (ROS1) positively regulates late immune responses including Pathogen Associated Molecular Pattern (PAMP)-triggered callose deposition and salicylic acid (SA)-dependent defense response. We also demonstrate that ROS1 restricts Pto DC3000 propagation in Arabidopsis leaf secondary veins, providing the first example for a role of an active DNA demethylase in antibacterial resistance. Based on these findings we propose that DNA methylation maintains a low basal expression of some immune-responsive genes in normal growth condition, while active DNA demethylation ensures a rapid and pervasive induction of these genes upon bacterial pathogen detection.