La variabilité du système protéolytique de surface a été étudiée chez 30 souches de St. thermophilus. Cette variabilité consiste en la présence ou l’absence du gène prtS, en la présence de deux allèles différents de ce gène, en la présence d'une protéase PrtS ancrée et/ou soluble et enfin en l'expression variable, due à une variabilité de la régulation du système protéolytique, du gène prtS et d'autres gènes qui interviennent, pour la plupart, dans le métabolisme azoté. L’expression des gènes prtS, pepX, pepC, pepN, amiA1CDEF, dtpT, livJHMGF, ilvC, ilvDBN, bcaT, ackA, ldh, codY et relA a été quantifiée chez les souches PB302 et PB18O en lait et en milieu M17. La souche PB302 est représentative des souches qui se développent rapidement en lait alors que la souche PB18O l’est de celles qui ont une croissance intermédiaire dans ce milieu. Alors que l’expression des gènes étudiés est peu différente en milieu M17 où les deux souches ont une croissance similaire, cette expression diverge lorsque les deux souches sont cultivées en lait.Globalement, la différence de croissance observée en lait entre les deux souches pourrait résulter d'une variabilité de la capacité protéolytique et de l’expression, entre autres, des gènes codant PrtS, le régulateur CodY, les transporteurs des oligopeptides (Ami), des di-tripeptides (DtpT) et des acides aminés ramifiés (LivJ) et de ceux codant des enzymes impliquées dans la voie de biosynthèse des acides aminés ramifiés (IlvC, IlvB et BcaT), ces derniers étant nécessaires pour la croissance en lait. Tous ces gènes possèdent en amont de leur promoteur une boîte CodY potentielle et pourraient donc appartenir au régulon CodY / The variability of the cell envelope-associated proteolytic system was studied in 30 strains of St. thermophilus. Variations in strains consist in the presence or absence of the gene prtS, the presence of two allelic forms of prtS, the presence of an anchored and/or soluble form of the protease PrtS and in the variable expression of the gene prtS and other genes involved mainly in nitrogen metabolism, thus in the variability of the regulation genetic of this system. Expression of the genes prtS, pepX, pepC, pepN, amiA1CDEF, dtpT, livJHMGF, ilvC, ilvDBN, bcaT, ackA, ldh, codY and relA was quantified in the PB302 and PB18O strains. The strain PB302 is representative of strains which exhibit a rapid growth in milk. The strain PB18O is representative those with intermediate growth in milk. In M17 medium, where both strains have similar growth, little difference in the expression of genes tested was observed. Conversely, the two strains did not express the selected genes in the same way when grown in milk. Overall, the difference in growth observed between strains in milk could result from variable proteolytic activities and variable expression of genes encoding, for example, the proteinase PrtS, the regulator CodY, transporters of oligo- or di-tri- peptides (Ami or DtpT) or branched chain amino acids, or BCAA (LivJ) and enzymes in the biosynthetic pathway of BCAA (IlvC, IlvB et BcaT) which are necessary for growth in milk. All these genes have a potential CodY box at the upstream of their promoter and could therefore belong to the regulon CodY

La méthylation et déméthylation de l'ADN jouent un rôle majeur dans la stabilité des génomes, l'empreinte génomique, la paramutation et le développement. En revanche, le rôle de cette régulation épigénétique a été peu étudiée dans les interactions hôtes-pathogènes. Dans ce projet de thèse, nous avons tout d'abord montré que la méthylation de l'ADN régule négativement la résistance d'Arabidopsis thaliana à une souche de Pseudomonas syringae pathogène. Nous avons également identifié un grand nombre de gènes de l'immunité ciblés directement par la méthylation de l'ADN dirigée par petits ARN dans leurs régions promotrices. Nous proposons que cette régulation génique permettrait de maintenir une faible expression basale de ces gènes et d'éviter ainsi des effets délétères qui seraient causés par une expression constitutive de la réponse immunitaire. De plus, nous montrons que la déméthylase active REPRESSOR OF SILENCING 1 (ROS1) facilite l'activation transcriptionnelle de gènes de l'immunité en laissant potentiellement des éléments de régulation en cis accessibles à des facteurs de transcription. Nous avons également démontré que ce facteur contribue à la résistance à P. syringae chez Arabidopsis, caractérisant ainsi la première déméthylase eucaryote dans la résistance antibactérienne. Sur la base de ces résultats, nous proposons que la méthylation de l'ADN maintient une faible expression basale de gènes de l'immunité en absence de pathogène, tandis que la déméthylation active assure une induction rapide de ces gènes au cours de la réponse immunitaire en favorisant potentiellement le recrutement de facteurs de transcription sur la chromatine. / DNA methylation and demethylation are regulatory processes involved in genome stability, genomic imprinting, paramutation and development. Until recently, very little was known about the role of these epigenetic processes in plant disease resistance and in the transcriptional control of immune-responsive genes. Here we provide evidence that DNA methylation negatively regulates antibacterial resistance against a virulent Pseudomonas syringae strain in Arabidopsis. Accordingly, we have identified a subset of defense genes that are targeted and repressed by RNA-directed DNA methylation (RdDM), presumably to prevent trade-off effects that would be caused by their constitutive expression and/or sustained induction. In addition, we found that the active DNA demethylase facilitates the transcriptional activation of some of these defense genes by pruning DNA methylation at their promoter regions and leaving cis-elements accessible for transcription factor binding. In addition, we show that the active demethylase REPRESSOR OF SILENCING 1 (ROS1) positively regulates late immune responses including Pathogen Associated Molecular Pattern (PAMP)-triggered callose deposition and salicylic acid (SA)-dependent defense response. We also demonstrate that ROS1 restricts Pto DC3000 propagation in Arabidopsis leaf secondary veins, providing the first example for a role of an active DNA demethylase in antibacterial resistance. Based on these findings we propose that DNA methylation maintains a low basal expression of some immune-responsive genes in normal growth condition, while active DNA demethylation ensures a rapid and pervasive induction of these genes upon bacterial pathogen detection.

Doctorat en sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Doctorat en Sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Cette thèse étudie comment les politiques publiques d’industrialisation, les investissements étrangers et la gouvernance transnationale des entreprises altèrent l’espace public en Inde. Tout d’abord, nous analysons les interactions entre la population, l’état et l’entreprise multinationale Michelin dans l’établissement d’un nouveau parc industriel sur les terrains communaux d’un village au Tamil Nadu. Ensuite, nous démontrons que si les mouvements sociaux transnationaux et les mécanismes extraterritoriaux de résolution de conflit appellent les entreprises multinationales à respecter les droits de l’homme, ces derniers restent insuffisants pour répondre à la violence structurelle et à l’injustice sociale à l’œuvre dans le développement industriel contemporain de l’Inde. / This thesis studies how public policies of industrialization, foreign investments and transnational corporate governance alter social space in India. Firstly, we analyze the interactions between the population, the state and the French multinational corporation Michelin in the set-up of a new industrial park on the common lands of a village in rural Tamil Nadu. Then, we contend that while transnational social movements and extraterritorial grievance mechanisms call on multinational corporations to respect human rights, they remain insufficient to address the structural violence and the social injustice experienced in India’s contemporary industrial development

Doctorat en Sciences de la motricité / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le récepteur nucléaire HNF4α est un facteur de transcription qui contrôle l’expression des gènes au niveau de l’épithélium de l’intestin et du côlon. Récemment associé au cancer colorectal, HNF4α pourrait réguler des processus importants pour la survie des cellules cancéreuses. Son rôle dans le cancer colorectal est toutefois controversé, ce qui compromet son utilisation en tant que cible thérapeutique. Par contre, les fonctions de HNF4α au côlon sont accomplies par deux différentes classes d’isoformes (P1 et P2) qui ont été très peu caractérisées jusqu’à présent. Pour clarifier le rôle de HNF4α, nous avons donc évalué les fonctions spécifiques de ses isoformes P1 et P2 dans le cancer colorectal. Nous avons observé que l’expression des isoformes P1 de HNF4α est localisée dans la région supérieure différenciée des cryptes du côlon alors que celle des isoformes P2 dans la région inférieure proliférative. Au cours du cancer colorectal, l’expression des isoformes P1 est inhibée au niveau de leur ARNm par l’activation de la β-caténine alors que l’expression des isoformes P2 est maintenue. Pour vérifier si ces isoformes ont des fonctions spécifiques dans le cancer colorectal, nous avons déterminé par ChIP-seq et RNA-seq leur gènes cibles spécifiques chez les Caco2/15. Les résultats suggèrent que les isoformes de HNF4α régulent des réseaux de gènes distincts permettant aux isoformes P1 d’influencer le métabolisme énergétique et aux isoformes P2 les mécanismes moléculaires associés au développement du cancer colorectal. De plus, plusieurs des partenaires protéiques des isoformes P2 identifiés par GFP-Trap et BioID chez les cellules cancéreuses sont associés aux mécanismes de réparation des dommages à l’ADN suggérant un nouveau rôle pour HNF4α. Notre étude suggère donc que les isoformes P1 et P2 de HNF4α régulent des réseaux de gènes différents dans le cancer colorectal. L’inhibition des isoformes P1 par la β-caténine pourrait permettre d’adapter le métabolisme aux besoins des cellules cancéreuses alors que le maintien de l’expression des isoformes P2, favoriser l’activité des voies oncogéniques et contribuer à la réponse aux dommages à l’ADN.

Dans la littérature, un effet de positivité, se traduisant par une augmentation des affects positifs et/ou une diminution des affects négatifs lors de la période de l’âge adulte, est identifié. Plusieurs modèles sont proposés pour tenter d’expliquer cet effet de positivité. Ils portent sur différents aspects des individus, du développement cognitif et de la régulation affective. Ce travail de thèse s’appuie sur quatre modèles : les théories de sélectivité socioémotionnelle (Löckenhoff & Carstensen, 2004), de sélection-optimisation-compensation en régulation émotionnelle (Urry & Gross, 2010), de l’intégration dynamique (Labouvie-Vief, 2003) et celle de l’intégration des forces et des vulnérabilités (Charles, 2010). L’évolution de trois processus est ciblée : la sélection, l’efficacité et la temporalité d’utilisation des stratégies de régulation. Deux hypothèses sont prises en compte. L’hypothèse développementale est qu’avec l’avancée en âge les individus acquerraient une expertise dans l’utilisation des stratégies, qui serait visible sur ces trois processus de régulation. L’hypothèse différentielle se centre sur les différences individuelles dans l’effet de positivité et sur le développement de l’expertise dans la régulation affective. Les résultats obtenus mettent en évidence un effet de positivité général. Cet effet de positivité s’explique par le développement d’une expertise, mais qui n’est la même pour tous les individus. En effet certains vont cibler la réduction des affects négatifs pendant que d’autres ciblent l’augmentation des affects positifs. Dans l’ensemble, ces résultats mettent en évidence un basculement hédonique des objectifs de régulation affective. / In literature a positivity effect, can be defined as increased positive affect and / or decrease negative affect in adulthood, is identified. Several models try to explain the positivity effect for different aspects of individuals, the cognitive development and emotional regulation. This work thesis focuses on four models: the socioemotional selectivity theory (Löckenhoff & Carstensen, 2004), selection-optimization-compensation in emotional regulation (Urry & Gross, 2010), the dynamic integration theory (Labouvie-Vief, 2003) or that the integration of strengths and vulnerabilities (Charles, 2010). Especially concerning the development of three processes related to emotional regulation: selection, efficiency and temporally use of regulation strategies. Two hypotheses are considered. The developmental hypothesis is individuals develop expertise with aging in the use of strategies. That would be visible on the emotional regulation processes. The differential hypothesis focuses on individual differences in the positivity effect and the development of expertise in emotional regulation presented by the previous hypothesis. The results reveal one pattern of positivity effect whatever personality characteristics. This positivity effect can be explained by a development of expertise but while is not the same for everyone. Overall, the results show a hedonic shift of emotional regulation aims. The discussion of results highlights the relevance of the differential approach in the study of the developmental phenomenon to positivity effect.

Les dégénérescences rétiniennes se caractérisent par la mort des photorécepteurs ce qui conduit à la cécité. La rétine, l’organe neurosensoriel de l’œil, est soumise à différents stress et facteurs environnementaux qui peuvent conduire à son altération. La lumière représente un facteur potentiellement nocif. Le modèle de dégénérescence rétinienne induite par la lumière (DRIL) a montré une mort des photorécepteurs par apoptose impliquant une voie cellulaire indépendante des caspases, la voie LEI/L-DNase II. Nous avons étudié la régulation de cette voie par les protéines de la famille Bcl2 (bcl2 et bax) et nous avons montré que les deux protéines présentent un effet protecteur vis-à-vis de la mort induite par la L-DNase II. Nous avons ainsi établi un lien entre les deux grandes voies de l’apoptose : dépendante et indépendante des caspases. De plus, nos résultats soutiennent l’idée que le rôle d’une protéine dépend fortement du contexte cellulaire. Nous avons également montré que cette voie de mort cellulaire est contrôlée par la protéine kinase atypique PKC zêta, kinase qui est également activée dans la DRIL. Ces différentes connaissances nous ont permis d’aborder le problème de la phototoxicité des LEDs (diode électroluminescente) sur la rétine et l’épithélium pigmenté de la rétine. Nous avons montré que les LEDs produisent une dégénérescence rétinienne rapide et précoce en comparaison avec le DRIL. Les altérations sont aussi plus graves puisqu’elles font intervenir la nécrose aussi bien au niveau des photorécepteurs que de l’épithélium pigmenté. L’implication de la lumière bleue dans la phototoxicité accrue, a été démontrée en utilisant des LEDs de différentes longueurs d’onde. / The retinal degenerations are characterized by death of the photoreceptors which leads to blindness. The retina, the neurosensory organ of the eye is subjected to various stresses and environmental factors that can lead to blindness. The light is a potentially harmful factor. The model of light induced retinal degeneration (LIRD) showed a death of photoreceptors through apoptosis involving the caspase independent pathway, the LEI/L- DNase II. We studied the regulation of this pathway by the proteins of the Bcl2 family (bcl2 and bax) and we showed that the two proteins are protective when L-DNase II is activated. We have established a link between the two major pathways of apoptosis: caspases dependent and independent. In addition, our results support the idea that the role of a protein strongly depends on cellular context. We also showed that this cell death pathway is controlled by an atypical protein kinase, PKC zeta that is activated in the LIRD. These skills lead to the problem of phototoxicity of LEDs (light emitting diode) on the retina and on the retinal pigmented epithelium. We showed that the LEDs produce a rapid and earlier retinal degeneration as compared to the LIRD. The alterations are also more severe because they involve necrosis both in photoreceptors and in retinal pigmented epithelium. The involvement of the blue light in the increased phototoxicity was demonstrated using LEDs of different wavelengths.

La fonction des protéines de signalisation est déterminée par la nature des domaines qui les composent. Une meilleure compréhension des voies de signalisation passe par l'étude de ces domaines et de leur régulation. PTPN4 est une tyrosine phosphatase qui joue un rôle anti-apoptotique. Lors de l'infection par une souche atténuée du virus de la rage, sa fonction est perturbée, conduisant à la mort des cellules. Cette perturbation est due à l'interaction du motif de reconnaissance au domaine PDZ (PBM) de la glycoprotéine virale avec le domaine PDZ de PTPN4. Nous avons montré que ce domaine PDZ a un rôle d'inhibiteur allostérique de l'activité catalytique de la phosphatase de PTPN4. Ceci représente la première description de la régulation d'une phosphatase par un domaine PDZ. Cette inhibition est levée lors de la fixation d'un ligand au domaine PDZ, tel que le PBM de la glycoprotéine virale. Notre étude structurale révèle que la fixation d'un PBM perturbe les interactions transitoires entre les deux domaines et rétablit ainsi les propriétés catalytiques de la phosphatase. Nous avons par ailleurs identifié un ligand endogène de PTPN4, la MAP Kinase p38 qui, à travers son interaction avec PTPN4, participerait à la régulation de l'homéostasie cellulaire. La formation du complexe implique le recrutement du PBM de p38 par le domaine PDZ de PTPN4. Ainsi, en plus d'avoir une fonction de régulation du domaine phosphatase, le domaine PDZ permet également le recrutement de partenaires et la présentation de substrats au site actif de la phosphatase de PTPN4. Cette étude contribue ainsi à améliorer notre connaissance du rôle des domaines PDZ dans les voies de signalisation cellulaires. / The function of signaling proteins is determined by the nature of the domains from which they are made up. A better understanding of cell signaling pathways will result from the study of these domains and their regulation. PTPN4 is a non-receptor tyrosine phosphatase with an anti-apoptotic function. Upon infection with an attenuated rabies virus, its function is hijacked, which subsequently leads to cell death. This phenotype is arises from the interaction of the PDZ binding motif (PBM) of the viral glycoprotein with the PDZ domain of PTPN4. In this study, we show that this PDZ domain is an allosteric inhibitor of the catalytic activity of the PTPN4 phosphatase domain. This is the first description of the regulation of a phosphatase by a PDZ domain. This inhibition is released by the interaction of a ligand to the PDZ domain, such as the viral glycoprotein PBM. Our structural study revealed that the PBM recognition disrupts the transient inter-domain interactions and restores the complete phosphatase catalytic properties. As well, we identified a PTPN4 endogenous ligand, the MAP Kinase p38, which may participate in the regulation of the cellular homeostatic through its interaction with PTPN4. Thus, in addition to its phosphatase regulatory role, the PDZ domain also allows the recruitment of partners and the introduction of substrates to the PTPN4 phosphatase active site. This study contributes to our understanding of the role played by PDZ domains in cell signaling pathways.