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Ensaio molecular para vigilância epidemiológica de gripe com ênfase no diagnóstico de Influenza A H1N1Dias, Ronaldo Ferreira January 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O uso de métodos moleculares tem sido apontado como uma das principais
ferramentas para o diagnóstico de doenças infecciosas. Dentre as técnicas
disponíveis, a PCR em tempo real tem sido uma das mais amplamente utilizadas. A
partir dos achados das inúmeras pesquisas desenvolvidas em virtude da epidemia
de Influenza A H1N1 em 2009, tal metodologia foi preconizada pelo CDC como
sendo a mais eficiente para a confirmação desta patologia na população. A rápida
disseminação da epidemia de 2009, em território Brasileiro, evidenciou a
necessidade de adoção de uma alternativa de teste em âmbito nacional, cujos
custos fossem mais compatíveis com os recursos de que dispõe o Sistema Único de
Saúde (SUS). Esta dissertação buscou estabelecer um protótipo de produto para a
Vigilância epidemiológica de Influenza A H1N1 a partir de uma plataforma de PCR
em Tempo Real, visando contribuir para o estabelecimento de uma rede de
vigilância epidemiológica baseada em ensaios moleculares, com a definição de uma
matriz de extração semiautomatizada e um equipamento para a realização de PCR
em Tempo Real. Este trabalho foi desenvolvido por meio da comparação de
matrizes de extração e de equipamentos de PCR em tempo real dos principais
fornecedores internacionais. A empresa que obteve a melhor avaliação segundo os
critérios descritos foi a Biotools®, por ter apresentado uma proposta competitiva
quanto aos custos das plataformas e insumos necessários, além de um atraente
pacote de transferência de tecnologia. Após a definição dos equipamentos e
insumos, foi iniciada a aferição de um protótipo de modelo nacionalizado de
diagnóstico. Em paralelo, buscou-se ainda a melhoria do desempenho do modelo
brasileiro, com a avaliação de diferentes composições da mistura de reação, tendo
sido também testadas regiões genômicas diferentes daquelas do padrão de
referência para o diagnóstico, além da possibilidade do uso de sondas purificadas.
Com base nos resultados obtidos, observou-se que a extração semiautomatizada e
aquela realizada pelo método manual apresentam um padrão semelhante de
eficiência. Também foi comprovada a capacidade de extração do equipamento,
inclusive em diluições de amostra pura até uma concentração de 1024 vezes, além
da eficiência da purificação de sondas pela técnica de HPLC (High-performance
liquid chromatography). Ficou evidenciada a equivalência da reação de PCR em
tempo real desenvolvida pelo consórcio IBMP/Bio-Manguinhos quando comparada à
reação de PCR em tempo real desenvolvida pelo CDC-EUA, considerado padrão de
referência para o diagnóstico molecular de influenza A H1N1. Concomitantemente, o
modelo de equipamentos da Biotools(Labturbo/Liongene) oferece, como vantagens,
a possibilidade de eliminar a etapa manual de extração indicada pelo protocolo do
CDC, e de agregar ao processo a realização de uma extração semiautomatizada, o
que facilita a execução do protocolo e amplia o quantitativo de amostras que podem
ser examinadas a cada ciclo de trabalho. / Nowadays, molecular tools appear as the main alternatives for diagnosis of
infectious diseases. Among the available techniques, Real Time PCR (RT-PCR) has
been widely used, coupled to extraction matrices. In view of the findings obtained
from several researches conducted due to the Influenza A H1N1 epidemic, this
technique is considered by the CDC as the most efficient method to confirm this
pathology in an affected population. The rapid expansion of the 2009 epidemic in
Brazil evidenced the need of a nationalized alternative diagnostic option, without
requiring materials from international (foreign) suppliers, and that could be costeffective
to Brazilian National Health System (SUS). The present work aimed at the
establishment of a product prototype that could meet such requirements. The choice
of an instrument setting based on the Real Time PCR (RT-PCR) platform contributes
to an epidemiological surveillance network of molecular assays, and enhances Bio-
Manguinhos participation in this field.Other factors that were taken into account
concern the economic viability of such instruments, as well as the respective
installation and validation protocols and clearance by the National Sanitary
Surveillance Agency (ANVISA). According to the aforesaid criteria, the best ranked
supplier was BioTools Company, which presented a competitive proposal for cost of
platform and consumables, as well as an attractive technology transfer proposal.
Different formulations of the reaction mixture were evaluated in order to improve the
test performance. It was found that the Real Time PCR (RT-PCR) assay developed
by the IBMP/Bio-Manguinhos consortium presented a better efficacy than that of the
CDC-USA, which is the reference standard for Influenza A H1N1 molecular
diagnosis. Furthermore, BioTools instruments, which were chosen for the tests, have
the advantage of eliminating the manual extraction step in the CDC protocol and
include a semi-automated extraction, which facilitates the performance and increases
the amount of samples processed (throughput of samples).
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Aplicabilidade da técnica de PCR em tempo real para caracterização de espécies de Leishmania / Aplicability of real time PCR technique for leishmania species characterizationMorais, Rayana Carla Silva de January 2015 (has links)
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2015morais-rcs.pdf: 1252683 bytes, checksum: 22ecfe946756c7d2dfa99794ad2d2d17 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães / A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é causada por protozoários, do gênero Leishmania, envolvidos em um complexo ciclo biológico. No Brasil, sete espécies estão envolvidas com a etiologia da doença, distribuídas em todas as regiões geográficas e responsáveis por diferentes manifestações clínicas. Diante disso, o diagnóstico em conjunto com a identificação da espécie é de grande importância clínico-terapêutica. Este trabalho tem por objetivo avaliar a aplicabilidade da técnica de PCR quantitativa em tempo real (qPCR) para identificação de espécies de Leishmania envolvidas com a etiologia da LTA. Foram realizados ensaios de qPCR para padronização da Temperatura de melting (Tm) utilizando cepas de referência de diferentes espécies de Leishmania. Após o diagnóstico em amostras de sangue de animais domésticos utilizando a qPCR, as amostras positivas foram analisadas através de suas Tm, e os produtos de qPCR foram purificados e sequenciados. Dez amostras previamente caracterizadas por isoenzimas, também foram analisadas através da Tm. Ainda como teste de referência, foi padronizada uma Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) utilizando as cepas de referência e testada nas amostras. Através da padronização da Tm das espécies, foram criados dois intervalos de análise: 1 (Tm = 78-79,99°C), que compreende: Leishmania (V.) braziliensis, Leishmania (V.) panamensis, Leishmania (V.) lainsoni, Leishmania (V.) guyanensis e Leishmania (V.) shawi; e 2 (Tm = 80-82,2°C), que compreende: Leishmania (V.) naiffi, Leishmania (L.) amazonensis e Leishmania (L.) mexicana. Um total de 223 amostras positivas foi analisado, destas, 58 incluídas no intervalo 1 e 165 no intervalo 2. O sequencimento de 94 destas amostras foi correspondente à L. (V.) braziliensis, L. (V.) panamensis e L. (V.) guyanensis. A RFLP em 173 amostras identificou 167 L. (V.) braziliensis, 05 L. (L.) mexicana e 01 L. (V.) panamensis. A análise da Tm das dez amostras caracterizadas por isoenzimas demonstrou 80 por cento de concordância (p = 0,6499) entre o padrão-ouro (isoenzimas) e os intervalos desenvolvidos neste estudo. Os resultados do sequenciamento foram concordantes com a qPCR em 43,62 por cento (n= 41) das amostras. A RFLP e qPCR tiveram 27,74 por cento (n= 48) de concordância. Análise estatística mostrou que a qPCR e sequenciamento são testes sem diferenças estatísticas significantes (p = 0,2566). Sendo assim, é possível concluir que a Tm da qPCR pode ser utilizada como um método para direcionamento da espécie de Leishmania presente na amostra em análise, sendo necessário a realização de métodos clássicos de caracterização, quando a precisão na identificação do parasito for crucial para implementação do tratamento, como em casos de resistência e/ou recidiva da doença. A utilização desta tecnologia pode ser ainda mais precisa quando for utilizada a metodologia com sondas desenhadas para cada espécie de Leishmania, sendo necessários estudos futuros para comprovar esta perspectiva (AU) / The American Cutaneous Leishmaniasis (ACL) is caused by protozoa of the genus Leishmania, involved in a complex biological cycle. In Brazil, seven species are involved in the etiology of the disease, distributed in all geographic regions and responsible for different clinical manifestations. Therefore, the diagnosis together with the identification of the species is of great clinical and therapeutic importance. This work aims to evaluate the applicability of the technique of real-time quantitative PCR (qPCR) for the identification of Leishmania species involved in the etiology of ACL. qPCR assays for standardizing the melting temperature (Tm) using reference strains of different species of Leishmania were performed. After the diagnosis on blood samples of domestic animals using the qPCR positive samples were analyzed by their Tm and qPCR products were purified and sequenced. Ten samples previously characterized by isoenzymes were also analyzed by Tm. Also as a reference test was standardized as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) using the reference strains and tested on samples. Through standardization of Tm species two ranges of analysis were created: 1 (Tm = 78-79,99°C), comprising: Leishmania (V.) braziliensis, Leishmania (V.) panamensis, Leishmania (V.) lainsoni, Leishmania (V.) guyanensis e Leishmania (V.) shawi; and, 2 (Tm = 80-82,2°C), comprising: Leishmania (V.) naiffi, Leishmania (L.) amazonensis e Leishmania (L.) mexicana. A total of 223 positive samples were analyzed, of these, 58 included in the range 1 and 165 in the range 2 to 94 and the sequence of these samples corresponded to L. (V.) braziliensis, L. (V.) panamensis and L. (V.) guyanensis. By RFLP in 173 samples were identified 167 L. (V.) braziliensis, 05 L. (L.) mexicana and 01 L. (V.) panamensis The analysis of Tm of the ten samples characterized by isoenzymes showed 80 per cent agreement (p = 0.6499) between the gold standard (isoenzymes) and intervals developed in this study. The sequencing results were concordant with qPCR in 43.62 per cent (n= 41) of the samples. The RFLP and qPCR had 27.74 per cent (n= 48) agreement. Statistical analysis showed that qPCR and sequencing tests are no statistically significant differences (p = 0.2566). Thus, we conclude that the Tm of qPCR can be used as a method for direction of Leishmania species present in the sample under analysis, performing classic methods of characterization is necessary when the accuracy in identifying the parasite is crucial for implementation treatment, such as in cases of resistance and / or recurrence of the disease. The use of this technology can be even more precise when the methodology with probes designed for every Leishmania species is used; future studies are needed to confirm this view (AU)
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Epidemiologia dos vírus respiratórios e avaliação das características genéticas do vírus sincicial respiratório entre crianças atendidas no Hospital de Clínicas de Porto AlegreParis, Fernanda de January 2012 (has links)
Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.
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Análise da expressão do KISS1/KISS1 do polimorfismo rs5780218 KISS1 em somatotropinomas e adenomas hipofisários clinicamente não funcionantes / Investigation of KISS1/KISS1R gene expression and KISS1 rs5780218 polymorphism in somatotropinomas nonfunctioning pituitary adenomasPaulo Vinícius Gonçalves Holanda Amorim 20 April 2018 (has links)
Apesar de amplamente estudados, os mecanismos envolvidos no processo de transformação neoplásica das células hipofisárias e na progressão desses tumores permanecem, ainda, pouco esclarecidos. Os genes da kisspeptina (KISS1), originalmente identificado como um supressor tumoral, e de seu receptor (KISS1R) desempenham um papel crucial no eixo hipotalâmico-hipofisário-gonadal e sua perda de expressão foi, recentemente, relacionada ao surgimento dos adenomas hipofisários. Com o objetivo de estudar a importância do KISS1/KISSR nesses tumores, foram avaliadas a expressão desses genes e a frequência do polimorfismo rs5780218 na região promotora do KISS1, em somatotropinomas e adenomas hipofisários clinicamente não funcionantes (ACNF). Foram avaliados 97pacientes, 49 somatotropinomas e 48 ACNF. DNA tumoral foi obtido de todos os tumores e RNA de 68 caso. Desses tumores, 52 foram classificados como invasivos (44 apresentavam invasão apenas para o seio cavernoso) e 45 não invasivos. A quantificação da expressão do mRNA de KISS1 e KISS1R foi realizada pela qPCR em tempo real com sondas TaqMan utilizando o método de quantificação relativa 2-deltaCt. A determinação do genótipo do rs5780218 foi feita por PCR seguida pela técnica de polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP). O gene KISS1 apresentou-se hipo-expresso na vasta maioria dos pacientes avaliados (97.2% dos somatotropinomas e 92.6% do ACNF). Em relação ao KISS1R, este também estava hipo-expresso na maior parte dos pacientes (100% dos somatotropinomas e 84.4% dos ACNF). Hiperexpressão do KISS1 e KISS1R foi rara em ambos os subtipos tumorais. Em relação as características clínicas dos pacientes e ao fenótipo tumoral, como tamanho e invasividade, não foram encontradas diferenças significantes na expressão desses genes. A avaliação do polimorfismo rs5780218 no KISS1 mostrou que o genótipo homozigoto para o alelo variante foi bem mais frequente nos somatotropinomas (32.6%) versus ACNF (10.4%; P=0.03). A presença do rs5780218 foi relacionada a invasividade tumoral, quando considerado apenas a invasão para o seio cavernoso (P=0.03). Esse é um dado interessante, já que a KISS1 pode formar um complexo com as metaloproteinases e estas têm sido relacionadas a invasão dos adenomas hipofisários para o seio cavernoso e não para o seio esfenoidal. Entre os pacientes com ACNF, o alelo variante foi mais frequente nos indivíduos do sexo masculino (P=0.02) e foi relacionado com uma menor idade de diagnóstico (mediana 33.0 anos, min 26 - max 42) quanto presente em homozigose (P < 0.01); os pacientes homozigotos para o alelo ancestral e heterozigotos apresentaram idade diagnóstica com mediana de 50.0 (min 19 - max 73) e 54.8 (min 17- max 84), respectivamente. Curiosamente, a expressão do KISS1 foi menor nos tumores com homozigose para o alelo mutante tantos nos somatotropinomas quanto nos ACNF. Em conclusão, foi observada hipo-expressão do KISS1 e KISS1R nos somatotropinomas e ACNF, podendo essa perda expressão estar relacionada a gênese desses adenomas. O alelo variante rs5780218 KISS1 foi relacionado a invasão para o seio cavernoso e encontrado em maior frequência nos somatotropinomas, sugerindo que a importância dos KISS1/KISS1R pode diferir entre os subtipos de tumores hipofisários / Although broadly studied, the mechanisms involved in the neoplastic process of pituitary cells remains still unclear. Kisspeptin1 (KISS1), originally identified as a tumor suppressor, and its receptor (KISS1R) play a crucial role in the hypothalamic-pituitary-gonadal axis and the loss of their expression was, recently, associated with pituitary adenomas onset. Aiming to investigated the importance of KISS1/KISS1R in these tumors, expression of KISS1 and KISS1R was determined in somatotropinomas and nonfunctioning pituitary adenomas (NFPA). The frequency of the rs5780218 polymorphism, located in the KISS1 promoter region, was also evaluated. A total of 97 patients were assessed, 49 somatotropinomas and 48 NFPA. Among these, 52 were categorized as invasive (44 of which only showed invasion to the cavernous sinus). KISS1 and KISS1R mRNA expression was performed through RT-qPCR using TaqMan probes and the 2-deltaCt relative quantification method. KISS1 rs5780218 genotyping was done by PCR and restriction fragment length polymorphism (RFLP) method. The KISS1 gene was underexpressed in the vast majority of the cases (97.2% of the somatotropinomas and 92.6% of NFPA). KISS1Runderexpression have also been observed in most cases (100% of the somatotropinomas and 84.4% of the NFPA). KISS1 and KISS1R overexpression was rarely detected. No significant differences were found between KISS1 and KISS1R gene expression and patient\'s clinical characteristics and tumor phenotype, such as size and invasiveness. The characterization of rs5780218 showed that the variant genotype in homozygosis was much more frequent in somatotropinomas (32.6%) versus NFPA (10.4%; P=0.03). The presence of variant allele was associated with tumor invasiveness when considered invasion to the cavernous sinus only (P=0.03). This data is particularly interesting, since KISS1 has the ability for form a complex with metalloproteinases and these, for instance, are related to invasiveness of pituitary adenomas to the cavernous, but not to the sphenoidal, sinus. When considered only NFPA, the variant allele was more frequent in males (P=0.02) and was associated with earlier age at presentation (median 33 years old, min 26 - max 42) when in homozygosis (P < 0.01); the wilt-type homozygotes and heterozygotes had medians of 50.0 (min 19 - max 73) and 54.8 (min 17 - max 84), respectively. Curiously, KISS1 expression was lower in rs5780218 homozygotes both in somatotropinomas and NFPA. In conclusion, we have identified the KISS1 and KISS1R underexpression in both somatotropinomas and NFPA, which lead to notion that the loss of expression might be related to the genesis of these adenomas. The rs5780218 KISS1 variant allele was associated with invasion to the cavernous sinus and was found to be more frequent in somatotropinomas, suggesting that role of KISS1/KISS1R in tumor behavior might differ between pituitary adenomas subtypes
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Avaliação in vivo da redução microbiana após preparo do canal radicular com auxílio do sistema EndoVac / In vivo evaluation of microbial reduction after root canal preparation with the aid of the EndoVac systemLeandro Manenti Bitencourt 18 September 2012 (has links)
O presente estudo teve por objetivo avaliar in vivo a eficácia do preparo de canais radiculares na redução bacteriana em dentes portadores de periodontite apical primária, com auxílio do sistema EndoVac de irrigação e aspiração. Foram coletadas amostras dos canais radiculares de 20 pacientes, antes (S1) e após (S2) o preparo com instrumentos rotatórios Protaper, variando somente a técnica utilizada para irrigação e aspiração: Grupo A (irrigação convencional n=10) e Grupo B (irrigação com auxílio do sistema EndoVac n=10). Após a extração do DNA presente nas amostras, este foi quantificado através da reação de PCR em tempo real, pelo método SYBR Green, identificando o número de cópias do gene 16SrRNA. Em todas as amostras, com exceção de uma pós-preparo com EndoVac, foram identificadas cópias do gene alvo. A média para todos os casos foi de 1,6 X 108 e 8,8 X 105 cópias do 16SrRNA, antes e após o preparo, respectivamente. Para os grupos isoladamente, os mesmos valores foram: 2,0 X 108 e 5,5 X 105 (convencional), e 1,1 X 108 e 1,2 X 106 (EndoVac). O percentual médio de redução foi de 97,52% (97,02% para convencional e 98,04% para o EndoVac). O teste de Mann-Whitney permitiu concluir que ambas as técnicas reduziram significativamente os microrganismos presentes antes do preparo (p<0,0001), sem haver diferença entre as mesmas (p=0,9705). Nenhuma das técnicas foi efetiva na eliminação completa de bactérias sob a metodologia utilizada. A eficácia antibacteriana do sistema EndoVac, sob esta metodologia, foi semelhante a obtida com a irrigação e aspiração convencional. / The present study aimed to analyze in vivo the effectiveness of root canal preparation on bacterial reduction in patientss teeth with primary apical periodontitis. Samples were collected from 20 patients before (S1) and after (S2) preparation with ProTaper rotary files, varying only the technique used for irrigation and aspiration: Group A (conventional irrigation - n = 10) and Group B (with the aid of EndoVac system - n = 10). After extraction, the DNA present in the samples was quantified by real-time PCR with the SYBR Green method, identifying the number of 16SrRNA gene copies. In all samples, except for a post-preparation case with EndoVac, copies of the target gene were identified. Average for all cases was 1,6 X 108 and 8,8 X 105 copies of the 16SrRNA, before and after preparation, respectively. For the groups separately, the same values were 2,0 X 108 and 5,5 X 105 (conventional) and 1,1 X 108 and 1,2 X 106 (EndoVac). The mean percentage of reduction was 97.52% (97.02% for the conventional and 98.04% for the EndoVac). The Mann-Whitney test concluded that both techniques significantly reduced the microrganisms after preparation (p<0,0001), with no differences between them (p=0,9705). None of the techniques were effective in the complete elimination of bacteria under this methodology. The antibacterial efficacy of the EndoVac system under this methodology was similar to that obtained with conventional irrigation and aspiration.
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Estudo da carga parasitária e dos genótipos de Toxoplasma gondii na toxoplasmose congênita / Study of parasite load and genotypes of Toxoplasma gondii in congenital toxoplasmosisLilia Spaleta Targa 08 January 2013 (has links)
O genótipo e a carga parasitária constituem dois dos principais fatores associados à patogênese na toxoplasmose congênita. Na Europa e nos EUA, o genótipo II é o mais prevalente em infecções congênitas, enquanto que na América do Sul existem evidências apontando uma maior frequência de genótipos atípicos ou recombinantes, associados a casos mais graves. A carga parasitária também parece atuar como fator de risco independente associado ao prognóstico fetal. Os objetivos do estudo foram padronizar uma amplificação quantitativa (qPCR) com iniciadores do gene B1 para avaliar a carga parasitária; determinar o genótipo parasitário por multiplex-nested-PCR-RFLP dos marcadores 5\'-SAG2, 3\'-SAG2, SAG3 e GRA6, seguido de sequenciamento para confirmação da RFLP e análise de mutações; e verificar se existiria associação entre a carga parasitária e os genótipos parasitários nas mesmas gestações. Foram analisadas 76 amostras de líquido amniótico de gestações com toxoplasmose e 31 amostras controle. A qPCR apresentou LOD de 10 parasitos/mL, detectou as 76 amostras de estudo e nenhum controle. As cargas parasitárias variaram de 222 a 808.328 parasitos/mL. Houve duas amostras com valores acima de 104 parasitos/mL, apesar de todas as gestantes serem tratadas. Na genotipagem, SAG3 amplificou 55 amostras (54 tipo III e uma tipo II); 5\' e 3\'-SAG2 amplificaram 54 amostras (todas tipo I), e GRA6, amplificou 20 amostras (todas tipo III). A única amostra com genótipo parasitário SAG3-tipo II foi a que apresentou mais mutações (n=4), carga parasitária de 958 parasitos/mL, porém o recém-nascido foi assintomático. Houve diferença do número de amostras amplificadas por SAG3, e 5\' e 3\'-SAG2 em relação a GRA6 (McNemar, p<0,001). Os sequenciamentos confirmaram 100% dos resultados de RFLP, e foram encontradas 24 amostras com e 52 sem mutações, não existindo diferenças entre as cargas parasitárias dos dois grupos (Mann-Whitney, p= 0,085). Mais de uma mutação foi observada em cinco amostras. Foram detectadas 37 mutações no estudo: 26 heterozigotas/sinônimas e 11 homozigotas/sinônimas, não havendo regiões hot spot. Quanto à correlação clínico-laboratorial, dos 76 recém-nascidos, todos apresentaram IgM positiva ao nascimento, e 75 eram assintomáticos. O único recém-nascido sintomático apresentava tríade de Sabin e uma das duas cargas parasitárias mais elevadas do estudo (309.574 parasitos/mL), porém o genótipo não foi discriminante e não havia mutações. A outra amostra com carga parasitária acima de 104 parasitos/mL pertencia a recém-nascido assintomático, com genótipo não discriminante, e sem mutações. O estudo concluiu que a técnica de Real Time PCR (qPCR) foi padronizada com sucesso, usando os iniciadores B22 e B23 do gene B1 do parasito, podendo ser empregada na rotina diagnóstica. Além disso, foi possível realizar a genotipagem das amostras incluídas no estudo, com melhor desempenho de SAG3 e 5\' e 3\'-SAG2. O sequenciamento confirmou a confiabilidade da técnica de RFLP, e encontrou frequência elevada de mutações, todas sinônimas, sem regiões hot spot, e aparentemente sem associação com a carga parasitária. Houve elevada variabilidade das cargas parasitárias, porém grande homogeneidade dos genótipos parasitários, não tendo sido observada associação entre a carga parasitária e os genótipos de T. gondii no estudo. / The genotype and the parasite load are two of the main factors associated with pathogenesis in congenital toxoplasmosis. In Europe and the USA, genotype II is the most prevalent in congenital infections, while in South America there is evidence pointing to a higher frequency of atypical or recombinant genotypes associated with more severe cases. The parasite load also appears to act as an independent risk factor associated with fetal prognosis. The study objectives were to standardize a quantitative amplification (qPCR) with B1 gene primers to assess the parasite load; determine the genotype by multiplex-nested-PCR-RFLP of 5\' and 3\'-SAG2, SAG3 and GRA6 markers, followed by sequencing to confirm RFLP and analyze mutations, verifying whether there is association between parasite load and parasite genotypes in the same pregnancies. We analyzed 76 amniotic fluid samples from pregnancies with toxoplasmosis and 31 controls. The qPCR presented LOD of 10 parasites/mL, detected the 76 study samples and no control. Parasite loads ranged from 222 to 808,328 parasites/mL. There were two samples with values above 104 parasites/mL, despite all pregnant women be treated. In genotyping, SAG3 amplified 55 samples (54 type III and 1 type II); 5 \'and 3\'-SAG2 amplified 54 samples (all type I); and GRA6, amplified 20 samples (all type III). The only sample with genotype SAG3-type II showed the highest number of mutations (n=4), parasite load of 958 parasites/mL, but the newborn was asymptomatic. There were differences in the number of samples amplified by SAG3, and 5 \'and 3\'-SAG2 over GRA6 (McNemar test, p <0.001). Sequencing confirmed 100% of the RFLP results; and found 24 samples with and 52 without mutations, with no difference between the parasite load of these two groups (Mann-Whitney, p= 0.085). More than one mutation was observed in five samples. A total of 37 mutations were detected in this study: 26 heterozygotes/synonymous and 11 homozygous/synonyms, with no hot spot regions. Regarding the clinical-laboratory correlation, among the 76 newborns, all showed positive IgM at birth, and 75 were asymptomatic. The only symptomatic newborn presented the Sabin\'s triad and one of the two higher parasite loads in the study (309,574 parasites/mL). However, the genotype was not discriminant and no mutations were detected. The other sample with parasite load above 104 parasites/mL belonged to an asymptomatic newborn with a non-discriminating genotype, and no mutations. The study concluded that the Real Time PCR (qPCR) was successfully developed with primers B22 and B23 of the parasite B1 gene, and can be used in routine practice. Moreover, it was possible to perform the samples genotyping, with better performance of SAG3 and 5 \'and 3\'-SAG2. Sequencing results confirmed the RFLP reliability, and found a high frequency of mutations, all synonymous, with no hot spot regions, and apparently not associated with the parasite load. There was a high variability in parasite load, however great homogeneity of parasite genotypes, with no association between the parasite load and T. gondii genotypes in the study.
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Epidemiologia dos vírus respiratórios e avaliação das características genéticas do vírus sincicial respiratório entre crianças atendidas no Hospital de Clínicas de Porto AlegreParis, Fernanda de January 2012 (has links)
Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.
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Desenvolvimento, padronização e validação de reação em cadeia pela polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina / Development, standardization and validation of a real time polymerase chain reaction for the diagnosis of canineJaqueline Assumpção Diniz 09 May 2018 (has links)
A Brucella canis é a espécie de Brucella que acomete os cães, acarretando problemas reprodutivos e prejuízos econômicos aos proprietários de canis comericias, além do risco que representa para os manipuladores e os proprietários dos cães, os quais podem adquirir a infecção pelo contato com os animais infectados e/ou materiais contaminados por B. canis. Vários métodos de diagnósticos foram desenvolvidos com o intuito de diagnosticar a brucelose nos cães, no entanto cada teste apresenta um desempenho diferente em relação à sensibilidade, especificidade, rapidez e praticidade na identificação dos cães acometidos. Estudos indicam que a PCR em tempo real tende a apresentar maior sensibilidade e especificidade, além da rapidez na execução. Diante disso o objetivo deste trabalho foi desenvolver, padronizar e validar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina causada por B. canis utilizando amostras de sangue total de cães. Um total de 56 cães de canis comercias e animais domiciliados, foram submetidos à hemocultura, sorodiagnóstico, PCR convencional (PCRc) e PCR em tempo real (PCRtr) e posteriormente os resultados obtidos em cada teste foram comparados por meio do coeficiente Kappa. Na padronização das reações de PCRtr foram testados três conjuntos de primers e sondas (PCRtr-A, B e C), utilizando-se diferentes temperaturas de annealing e concentrações de primers. A PCRtr-B teve melhor desempenho sob temperatura de annealing de 59° C, utilizando 900 nM de primers tendo detectado um maior número de cães positivos em relação à hemocultura e PCRc. Porém o teste não se apresentou confiável, uma vez que ocorreram reações inespecíficas em amostras provenientes de cães não infectados, sugerindo uma baixa especificidade do teste. Portanto, as técnicas de hemocultura e PCRc apresentaram melhor desempenho do que a PCRtr avaliada para o diagnóstico de B. canis. / Brucella canis is the species that affects dogs, causing reproductive problems and economic losses mainly for the owners of commercial kennels, besides the risk that it represents for the manipulators and the owners of dogs that can acquire the infection by the contact with infected animals or contaminated materials. Several diagnostic methods have been developed for the diagnosis of the infection in dogs. However, the performance of the tests vary regarding sensitivity, specificity, speed and practicality for the identification of infected dogs. Studies indicated that the real-time PCR (rtPCR) might show higher sensitivity and specificity, as well as speed of execution. Therefore, the objective of this study was to develop, standardize and validate a rtPCR assay for the diagnosis of canine brucellosis caused by B. canis using whole blood samples from dogs. A total of 56 dogs from commercial kennels and domiciled animals were tested through blood culturing, serological test, conventional PCR (cPCR) and rtPCR, and subsequently the results obtained in each test were compared using the Kappa coefficient. During the standardization of the rtPCR, three sets of primers and probes (rtPCR-A, B and C) were tested using different annealing temperatures and primer concentrations. rtPCR-B showed better performance under the annealing temperature of 59° C and using 900 nM of primers having detected a higher number of positive dogs when compared to blood culturing and PCRc. However, the test was considered not reliable to be used in canine brucellosis diagnosis, since non-specific reactions occurred in samples from uninfected dogs, suggesting a low specificity of the test. Therefore, the blood culturing and cPCR techniques showed a better performance than the developed rtPCR assay to be used in the diagnosis of B. canis infection in dogs.
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O papel dos micros RNAs 143 e 145 e seus genes alvo na etiopatogenia da hiperplasia prostática benigna / The role of micro RNAs 143 and 145 and their target genes in the etiopathogenesis of benign prostatic hyperplasiaNayara Izabel Viana 04 December 2012 (has links)
Introdução: A hiperplasia prostática benigna (HPB) é apontada como um dos mais comuns problemas de saúde associado ao envelhecimento dos homens. A incidência da doença começa a aumentar a partir dos 40 anos de idade, e se torna frequente em cerca de 50% dos homens com 50 anos e em quase 90% dos homens após a oitava década. A etiopatogenia da HPB ainda não foi totalmente elucidada, mas sabe-se que alguns fatores aumentam os riscos de aparecimento do problema. Seu melhor entendimento contribuiria substancialmente para o estabelecimento de um consenso terapêutico para a doença. Nesse sentido, os marcadores moleculares têm sido pesquisados na tentativa de auxiliar ou mesmo suplantar a eficiência dos métodos tradicionais. MicroRNAs (miRNAs) são uma classe de pequenos RNA regulatórios (19-25 nucleotídeos), não codificadores que possuem um papel fundamental no controle da expressão gênica. Essas pequenas moléculas estão envolvidas em vários processos celulares fisiológicos e patológicos. Alguns estudos demonstraram que os miRNAs 143 e 145 têm papel fundamental na diferenciação e proliferação celular da musculatura lisa. A ação de miRNAs na HPB ainda foi pouco explorada. Objetivos: Analisar a expressão do miR-143 e de seus genes e proteínas alvo ERK5 e KRAS e do miR-145 e dos seus genes e proteínas alvo MAP3K3 e MAP4K4, em pacientes portadores de HPB e comparar os perfis de expressão destes com parâmetros clínicos dos pacientes. Material e Métodos: Para análise dos miRNAs e dos seus genes alvo, foram estudados 44 pacientes diagnosticados com HPB submetidos à ressecção transuretral da próstata ou prostatectomia aberta. A análise da expressão foi realizada pela técnica de RT-PCR quantitativo. O grupo controle foi composto de tecido prostático normal de dois pacientes jovens doadores de órgãos. A análise proteica foi feita a partir de 38 pacientes, pela técnica de Western Blotting. Resultados: Os miRNA 143 e 145, apresentaram superexpressão em 62,5% e 73,8% dos casos, respectivamente. O gene ERK5 apresentou subexpressão de 59,4%, evidenciando um possível controle negativo por parte do miR-143. O gene MAP4K4 apresentou subexpressão na totalidade das amostras estudadas, demonstrando um possível controle por parte do miR-145. Os genes KRAS e MAP3K3 apresentaram superexpressão de 79,4% e 61,5% das amostras, respectivamente. De acordo com a expressão proteica, encontramos perfis semelhantes aos da expressão gênica. Foi encontrada maior expressão das proteínas KRAS e MAP3K3. Considerando a expressão gênica e proteica comparadas aos parâmetros clínicos, somente a proteína ERK5 apresentou significância (p=0,019), estando mais presente em pacientes com próstatas > 60 gramas. Conclusão: A superexpressão dos miRNAs 143 e 145 encontrada neste estudo pode estar envolvida na etiopatogenia da HPB alterando a homeostase do tecido fibromuscular principalmente, controlando proliferação e diferenciação. A superexpressão gênica e a forte expressão proteica de KRAS também pode estar envolvida na etiopatogenia da HPB, já que esta molécula quando ativada é responsável pelo estímulo de vias que resultam na proliferação, sobrevivência, motilidade celular e tráfego intracelular. A superexpressão do MAP3K3 pode estar sendo responsável pela angiogênese que ocorre em HPB. A subexpressão de MAP4K4, neste caso possivelmente controlada por miR-145, pode estar deixando de regular negativamente mTOR, gerando uma proliferação celular irregular responsável pela HPB. A detecção das proteínas em níveis semelhantes aos que foram encontrados na expressão gênica reforça estas hipóteses. / Introduction: Benign prostatic hyperplasia (BPH) is one of the most common male health problems associated with aging. The incidence of disease starts to increase after 40 years, and compromises half of men in the fifths and almost 90% over 80 years. The pathogenesis of BPH has not been fully elucidated, but it is known that some factors increase the risk of occurrence of the problem. A better understanding of BPH pathogenesis would substantially contribute to the establishment of a therapeutic consensus for the disease. Thus, molecular markers have been investigated attempting to help or even overcome the efficiency of traditional methods. MicroRNAs (miRNAs) are a class of small non-coding regulatory RNA (19-25 nucleotides) that plays a key role in gene expression control. These small molecules are involved in various physiological and pathological cellular processes. Some studies have shown that miRNAs 143 and 145 play a fundamental role in cellular differentiation and proliferation of smooth muscles. The action of miRNAs in BPH has been poorly explored. Objectives: Analyze the expression of miR-143 and its target genes and proteins ERK5 and KRAS and miR-145 and its target genes and proteins MAP3K3 and MAP4K4, in patients with BPH and compare their expression profiles with clinical parameters of patients. Material and Methods: For analysis of miRNAs and its target genes, we studied 44 patients diagnosed with BPH undergoing transurethral resection of the prostate or open prostatectomy. The expression analysis was performed by quantitative RT-PCR. Control group consisted of normal prostate tissue from two young patients organ donors. Protein analysis was done from of 38 patients using Western Blotting technique. Results: miR-143 and 145 presented overexpression in 62.5% and 73.8% of cases, respectively. The ERK5 gene demonstrated underexpression in 59.4%, indicating a possible control by the miR-143. MAP4K4 gene showed underexpression in 100% of samples and could be under a potential control by the miR-145. KRAS and MAP3K3 genes revealed overexpression of 79.4% and 61.5% of cases, respectively. According protein expression, to find similar profiles of gene expression. We found an increased expression of the proteins MAP3K3 and KRAS. Considering the gene expression and protein compared to clinical parameters, only the protein ERK5 showed significance (p = 0.019), being more present in patients with prostates > 60 grams. Conclusions: Overexpression of miRNAs 143 and 145 found in this work may be involved in the pathogenesis of BPH mainly by changing the fibromuscular tissue homeostasis, controlling proliferation and differentiation. Overexpression of KRAS may also be involved in the pathogenesis of BPH, since this molecule when activated can trigger cell proliferation, survival, intracellular trafficking and motility. Overexpression of MAP3K3 can be responsible for BPH angiogenesis. The MAP4K4 underexpression, in this case possibly controlled by miR-145 overexpression, could inhibit mTOR pathway, leading to irregular cell proliferation responsible for disease. Detection of proteins at similar levels to those found in gene expression reinforce our hypothesis.
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Influência de fatores epigenéticos no aneurisma aterosclerótico da aorta abdominal de idosos / Influence of genetic factors over atherosclerotic abdominal aortic aneurism in the elderlyNeire Niara Ferreira de Araujo 05 September 2016 (has links)
O aneurisma de aorta abdominal (AAA) é uma doença assintomática na maioria dos casos, podendo acometer 5% das pessoas do gênero masculino com idade superior a 65 anos, predispondo ao risco de ruptura com mortalidade em torno de 80%. O presente estudo teve como objetivo avaliar os perfis de expressão gênica e de metilação do DNA no tecido, como também os microRNAs no plasma e no tecido de indivíduos com e sem AAA na tentativa de identificar marcadores biológicos e alvos terapêuticos para o diagnóstico, monitoramento e tratamento precoce do AAA. Os perfis de expressão gênica, miRNA e metilação de DNA dos tecidos da aorta abdominal (n=6) obtidos durante a cirurgia aberta para correção de AAA foram comparados com tecidos da aorta abdominal de doadores de órgãos sem AAA (n=6). Também foram comparados os perfis de miRNAs circulantes no plasma do grupo AAA (n=6) com o grupo-controle de voluntários com as características semelhantes, porém sem AAA (n=6). Para a análise da expressão gênica, utilizou-se a qPCR Array, analisando-se genes relacionados ao endotélio vascular humano (PAHS-015Z, QIAGEN®). A análise do perfil de miRNA foi realizada utilizando-se Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) e, para análise de metilação do DNA, utilizou-se a qPCR array com 22 genes das vias de estresse e toxicidade EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®). O software Ingenuity Pathway analysis (IPA®) foi utilizado para identificação das prováveis relações entre os microRNAs e a expressão gênica realizada nesta pesquisa. No estudo da expressão gênica, quatro genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 e HIF1A) foram identificados como mais expressos e outros 6 genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) apresentaram expressão reduzida nos tecidos de AAA. Na análise do perfil de miRNAs, 24 miRNAs foram significantemente mais expressos e 35 miRNAs menos expressos no tecido. No plasma de indivíduos com AAA, 8 miRNAs apresentaram-se mais expressos e 9 miRNAs menos expressos. Dois miRNAs, miR-328-3p e let-7c-5p demonstraram expressões comuns entre tecido e plasma. Quanto ao padrão de metilação de DNA, somente o gene GDF15 teve grau de metilação maior nos tecidos de AAA quando comparado ao grupo-controle. A análise funcional revelou que o gene PTGIS (prostaciclina sintetase), um potente vasodilatador e inibidor da atividade plaquetária, foi reprimido pelo miR-150-5p, que se mostrou 7,5 vezes mais expresso no tecido de AAA, e teve uma possível interação com o miR-328-3p, cuja expressão foi 3,7 vezes mais baixa no tecido. Os genes com expressão reduzida nos tecidos do AAA foram alvos de miRNAs com expressão aumentada, evidenciando a importância e influência dos fatores epigenéticos tanto para o desenvolvimento quanto para a gravidade do AAA. / Abdominal aortic aneurism (AAA) is an asymptomatic disease in the majority of cases that may occur in 5% of males over age 65, predisposing to the risk of rupture leading to a mortality rate of 80%. The aim of this study was to evaluate the DNA metilation and gene expression profile in tissue, and microRNA expression pattern in both plasma and tissue samples from individuals with and without AAA to identify biological markers and therapeutic targets for an early diagnosis and treatment of AAA, respectively. Genes and miRNA expression and DNA metilation profiles in AAA tissues (n= 6) were compared to abdominal aortic tissues obtained from organ donators without AAA (n = 6). We also compared circulating miRNAs profiles in plasma samples, between AAA (n = 6) and the control group without AAA (n = 6). For the gene expression analysis we used a qPCR Array (PAHS-015Z, QIAGEN®) to analyze genes related to human vascular endothelium. For the miRNA expression pattern and for DNA methylation analysis we used the Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) and EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®), respectively. The Ingenuity software was used to identify the interactions between the miRNAs and genes evaluated in this study. Four genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 and HIF1A) were upregulated and six other genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) were downregulated in AAA tissues. In addition, the miRNAs analysis showed 24 miRNAs more expressed and 35 miRNAs less expressed in AAA tissue than controls. Although in plasma samples, AAA group presented 8 miRNAs more expressed and 8 miRNAs less expressed than controls. Only, miR-328-3p and let-7c-5p were differently expressed between AAA and controls in both tissue and plasma samples. DNA methylation analysis showed that the gene GDF15 was hypermethylated in AAA tissues when compared to the control group. Functional analysis revealed that PTGIS, a potent vasodilator and platelet activity inhibitor was supressed by miR-150-5p, which had a seven-fold increase in AAA tissues. Moreover, a possible interaction between PTGIS and miR-328-3p, about 4-fold decreased in AAA tissues, was showed. Thus, the downregulated genes in AAA tissues are targets of miRNAs with increased expression in the same biological sample. These results highlight the importance and influence of epigenetic factors for both development and severity of AAA.
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