A proteína hnRNP K é conhecida por seu papel nos múltiplos processos que compõe a expressão gênica, incluindo funções nos estágios de splicing, transcrição e tradução, desempenhadas, principalmente, através da ligação de seus domínios KH a nucleotídeos. A ativação inadequada da hnRNP K tem relação direta com a gênese de alguns tipos de câncer, sobretudo de cabeça e pescoço, mama e colo-retal, evidenciando a mesma como um atrativo alvo molecular para o desenvolvimento de novos fármacos antineoplásicos. Com o auxílio de técnicas in silico, foram identificados dois compostos orgânicos, um derivado de benzimidazol e outro derivado de fenilbenzamida, capazes de impedir a ligação da proteína hnRNP K a oligonucleotídeos in vitro. Aliando as técnicas de docking, campos de interação e dinâmica molecular foi possível sugerir que tais compostos apresentam características estruturais que permitem a realização de interações na fenda de ligação do domínio KH3, principalmente com os resíduos R40 e R59, os quais são considerados chaves no reconhecimento molecular de nucleotídeos. Os derivados de benzimidazol e fenilbenzamida constituem novos compostos de partida na busca de novos antineoplásicos que tem como alvo a proteína hnRNP K. Do ponto de vista de metabolismo e toxicidade, o derivado de fenilbenzamida parece ser mais promissor quando se investiga uma molécula para aplicação terapêutica, uma vez que gerou poucos alertas críticos de toxicidade, ao contrario do derivado de benzimidazol, que apresenta maior potencial genotóxico. Apesar de se ligarem aos domínios KH da hnRNP K e impedir sua complexação a nucelotídeos, ensaios com culturas de células mostraram apenas tênue atividade antitumoral para tais compostos, com maior redução de viabilidade celular, ao redor de 18% a 8,4 M, exibida pelo derivado de fenilbenzamida. Seguindo o princípio do análogo ativo, simulações de triagem virtual na busca de análogos dos ligantes da hnRNP K revelaram 21 novos derivados de benzimidazol ou fenilbenzamida na base de dados EXPRESS-Pick, dos quais 5 foram testados in vitro com a proteína e 3 novos ligantes identificados. Com o intuito de otimizar tais derivados, foram sugeridos in silico substituintes (potenciais bioisósteros) para os anéis dioxopirrolidínicos dos ligantes já identificados, guiando, assim, a futura síntese de novas substâncias com potencial atividade antitumoral. Além disso, o trabalho foi complementado através da proposição de síntese de novos derivados benzoxazepínicos acoplados a purinas, os quais também tem aplicação como antineoplásicos, entretanto por mecanismos que não envolvem a hnRNP K. A grande limitação desses derivados é a presença de um grupo nitro aromático, o qual é reconhecido por sua toxicidade pronunciada. Com o intuito de otimizar tais derivados, foram sugeridos in silico potenciais bioisósteros capazes de substituir o grupo nitro e guiar a síntese e novos derivados com atividade antitumoral e toxicidade reduzida. / hnRNP K protein is known for its role in the multiple processes that compose gene expression, including functions during splicing, transcription and translation, developed, mainly, by the binding of nucleotides to KH domains. Inadequate activation of hnRNP K induces the development of some types of cancer, including head and neck, breast and colorectal. In this way, hnRNP K is an attractive molecular target for antineoplastic drug design. Using in silico strategies, we have identified two organic compounds, a benzimidazole and a phenylbenzamide derivatives, able to prevent the natural binding of nucleotides to hnRNP K in vitro. Applying docking, molecular interaction fields and molecular dynamics simulations it was possible to propose that such compounds present structural characteristics capable to support intermolecular interactions inside KH3 domain binding cleft, mainly with R40 and R59 residues, which are extremely important during molecular recognition of nucleotides by hnRNP K. The benzimidazole and phenylbenzamide derivatives identified are novel lead compounds that can guide the design of new antineoplastic drugs targeting hnRNP K. Considering metabolic and toxicity predictions, the phenylbenzamide seems to be more promising than the benzimidazole derivative as a drug, once the benzimidazole presents genotoxic potential. Although both derivatives prevent the binding of nucleotides to hnRNP K, biological assays with tongue cancer cell lines revealed only a mild antitumoral activity for such compounds. Higher level of cell viability reduction, 18% at 8.4 M, was observed for the phenylbenzamide derivative. Following the similarity principle, virtual screening simulations were made intending to find novel benzimidazole and phenylbenzamide derivatives inside EXPRESS-Pick database. The search revealed 21 compounds, 5 of which were tested in vitro with hnRNP K, where 3 of them were active. Intending to optimize benzimidazole and phenylbenzamide derivatives in order to design more potent chemical entities, we have suggested in silico substituents as potential bioisosteric groups of the dioxopyrrolidine rings of hnRNP K ligands, guiding the future synthesis of novel compounds with enhanced antitumoral activity. Moreover, complementary work proposition was performed through the synthesis of benzoxazepin-purines, which also present antitumoral activity but not through hnRNP K pathway. The major limitation of such derivatives is the presence of a nitro aromatic group, which can be very toxic. 20 potential bioisosteric groups were proposed as fragment candidates to replace the nitro one in order to design novel antitumoral derivatives with reduced toxic potential.

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Diversos estudos tÃm evidenciado que a principal funÃÃo da proteÃna desacopladora mitocondrial de plantas (pUCP) està relacionada a regulaÃÃo de espÃcies reativas de oxigÃnio (EROs). AnÃlises in silico sugerem a existÃncia de famÃlias multigÃnicas para a codificaÃÃo de pUCPs, porÃm novos estudos ainda sÃo necessÃrios para estabelecer o perfil de expressÃo gÃnica das pUCPs, assim como a quantidade de genes em cada espÃcie e suas relaÃÃes filogenÃticas. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar, analisar filogeneticamente e avaliar o perfil de expressÃo da famÃlia multigÃnica da pUCP em diferentes tecidos durante o desenvolvimento da soja [Glycine max (L.) MERR.] e em condiÃÃes de estresse. Foi realizada uma anÃlise in silico no genoma da soja e de outras leguminosas disponÃveis no banco de dados WGS, revelando uma famÃlia multigÃnica codificadora da pUCP, UCP1 e 2 com nove Ãxons, UCP 3 com 2 Ãxons, e UCP 4 e 5 com apenas um Ãxon. Dentre as leguminosas analisadas a soja se destacou com o maior nÃmero de genes, 10 genes no total, sendo quatro genes GmUCP1, uma GmUCP2, uma GmUCP3, dois GmUCP4 e dois GmUCP5, alÃm da presenÃa de um splicing alternativo no gene GmUCP1b1. Primers especÃficos foram desenhados para cada membro da GmUCP a fim de analisar os perfis de expressÃo em diferentes tecidos (semente seca e embebida, flores, vagens, cotilÃdones, folhas unifolioladas e trifolioladas, raÃzes, hipocÃtilos e epicÃtilos) durante o desenvolvimento da soja. Para os ensaios em condiÃÃes de estresse foram utilizadas folhas e raÃzes de soja com treze dias apÃs a semeadura (DAS) que foram submetidas a estresse osmÃtico promovido pela aplicaÃÃo de polietileno glicol (PEG) e estresse biÃtico atravÃs de Ãcido salicÃlico (AS). O RNA total de cada amostra foi extraÃdo para a realizaÃÃo de RT-qPCR. Os valores de ct foram obtidos pelo programa realplex e analisados pelo programa GeNorm. O perfil de expressÃo gÃnica mostrou que todos os genes GmUCP foram expressos em todos os tecidos/ÃrgÃos analisados durante o desenvolvimento da soja, com exceÃÃo de alguns genes em semente seca e epicÃtilo. Os diferentes perfis de expressÃo de cada gene durante o desenvolvimento de cada tecido/ÃrgÃo sugerem que ocorra uma regulaÃÃo gÃnica espacial/temporal entre os membros da GmUCP. Os perfis de expressÃo dos genes GmUCP em soja durante as condiÃÃes de estresses foi diversificado, visto que 2 genes apresentaram expressÃo estÃvel em ambos tecidos/estresse, 7 genes apresentaram queda do perfil de expressÃo, enquanto apenas 4 genes apresentaram aumento dos nÃveis de transcritos. / Several studies have evidenced that the main function of the mitochondrial uncoupling protein in plants (pUCP) is related to reactive oxygen species (ROS) regulation. In silico analysis suggests the existence of multigenic families to pUCPs codification, however further studies are yet needed to establish the pUCPs genetic expression profile, just like the gene amount in each species and their phylogenetic relations. The current work had as objective to characterize, analyze phylogeneticly and evaluate the expression profile of the pUCP multigenic family in different tissues during the soybean development [Glycine max (L.) MERR.] and in stress conditions. It has been performed an in silico analysis on the soybean genome and on other legumes available in the database WGS, revealing a codifier multigenic family for pUCP, UCP1 and 2 with 9 exons, UCP3 with 2 exons, and UCP4 and 5 with only 1 exon. Amongst the legumes analyzed, the soybean stood out with the greater number of genes, 10 genes in total, giving four GmUCP1 genes, one GmUCP2, one GmUCP3, two GmUCP4 and two GmUCP5, along with the presence of an alternative splicing on GmUCP1b1 gene. Specific primers have been designed for each GmUCP member in order to analize the expression profiles in different tissues (dry and doused seed, flowers, pods, cotyledons, unifoliate and trifoliate leaves, roots, hypocotyl and epicotyl) during the soybean development. For the assays in stress conditions have been used soybean leaves and roots with thirteen days after sowing (DAS) which have been subjected to osmotic stress caused by the application of polyethylene glycol (PEG) and biotic stress caused by salicylic acid (SA). The total RNA from each sample has been extracted in order to perform the RT-qPCR. The ct values have been obtained through the realplex program and analyzed through the GeNorm program. The genetic expression profile has shown that all genes were expressed in every tissue/organ analyzed during the soybean development, with the exception on some genes in dry seeds and epicotyl. The different expression profiles of each gene during the development of each tissue/organ suggest that occurs a spatial/temporal gene regulation among the GmUCP members. The expression profiles of the GmUCP genes in soybean during the stress conditions have varied, once 2 genes have shown steady expression in both tissues/ stress, 7 genes have shown a drop in the expression profile, while only 4 genes have shown an increase of the transcript levels.

Blastocystis sp., est un straménopile parasite anaérobie fréquemment rencontré dans le tractus gastro-intestinal de l’homme et de divers animaux. Ce microorganisme, parfois responsable de désordres digestifs aigus, pourrait conduire à des troubles fonctionnels intestinaux tels que le syndrome de l’intestin irritable (IBS). Le génome de Blastocystis sp., qui a fait l'objet d'un projet de séquençage en collaboration avec le Génoscope d’Evry, nous a permis de caractériser le plus petit génome de straménopile séquencé à ce jour (18,8 Mpb), avec une capacité codante de 6020 gènes. L’acquisition de nombreux gènes par transferts horizontaux est une caractéristique majeure de ce génome, qui montre d’abondants réarrangements génomiques. Bien qu’évoluant en anaérobiose, Blastocystis sp. possède des organites morphologiquement proches des mitochondries, appelés mitochondrion-like organelles (MLOs). Nous avons montré que ces organites comportaient un génome circulaire de type mitochondrial de 29,27 kpb, mais dépourvu des gènes codant pour les cytochromes. Des analyses in silico nous ont permis de caractériser le protéome des MLOs (365 protéines), conduisant à l’établissement d’un modèle prédictif des voies métaboliques associées à ces organites, avec notamment une chaine respiratoire limitée aux complexes I et II. Nous avons ainsi montré que les MLOs présentent des caractères communs aux mitochondries anaérobies et aux hydrogénosomes (présence d’une PFOR et d’une hydrogénase à fer), suggérant que Blastocystis sp. comporte des mitochondries anaérobies modifiées, qui résulteraient d’une adaptation du parasite à son environnement. Par ailleurs, la prédiction du sécrétome de Blastocystis sp. révèle la présence de facteurs de virulence potentiels, pouvant être impliqués dans l’altération de l’épithélium intestinal et le contournement du système immunitaire de l’hôte. / Blastocystis sp. is a highly prevalent anaerobic eukaryotic stramenopile parasite found in the intestinal tract of humans and various animals. This microorganism, sometimes associated with acute intestinal disorders, could be responsible for functional intestinal disorders such as the irritable bowel syndrom (IBS). As part of a collaborative sequencing project with the Genoscope (CEA Evry, France), we were able to caracterize the smallest stramenopile genome sequenced to date (18.8 Mbp) with a 6020 genes coding capacity. The gain of many genes through horizontal gene transfer is amajor characteristic of this genome, which shows extensive genomic rearrangements. Despite the anaerobic nature of Blastocytists sp., this eukaryote harbours nevertheless mitochondrion-like organelles (MLOs). We have shown that these organelles have a 29.27 kbp mitochondrial-type circular genome that lacks cytochrome coding genes. In silico analysis allowed us to predict the MLOs proteome (365 proteins), with the subsequent predictive model of the metabolic pathways associated with these organelles, including an electron transport chain (ETC) restricted to complex I and II. We have shown that MLOs shared common characteristics with anaerobic mitochondrion and hydrogenosomes (presence of a PFOR and an iron-hydrogenase), which could mean that Blastocystis sp. harbours modified anaerobic mitochondrion that resulted from the parasite adaptation to its anaerobic environment. In addition, Blastocytis sp. secretome prediction reveals the presence of potential virulence factors, which could be involved in the degradation of the intestinal epithelium as well as the host immune system bypass.

Submitted by Morgana Andrade (morgana.andrade@ufes.br) on 2016-04-08T20:24:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) tese_6676_Dissertao_Christine Facco_2013.pdf: 1315436 bytes, checksum: 39ff1bc59d15b9b7a17e711efee2949b (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2016-05-13T14:04:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) tese_6676_Dissertao_Christine Facco_2013.pdf: 1315436 bytes, checksum: 39ff1bc59d15b9b7a17e711efee2949b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T14:04:33Z (GMT). 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A avaliação foi realizada em duas etapas: análise in silico, que consistiu em predições de propriedades e parâmetros associados à ação antibacteriana, por meio de ferramentas computacionais; e o experimento in vitro para a determinação da concentração inibitória mínima (MIC) dos peptídeos contra bactérias Gram positivas e negativas. A maioria das predições foi favorável para os quatro peptídeos, pois os resultados determinados para hidrofobicidade, anfipaticidade, tamanho, estrutura secundária, carga líquida, potencial de ligação em membrana, meia-vida e índice de Boman encontram-se dentro de valores desejados para o potencial antibacteriano. Na análise in silico, apenas a predição algorítmica da atividade antimicrobiana gerou resultados desfavoráveis para os peptídeos com sequências derivadas do G-CSF (peptídeos 1 e 2), porém essa mesma predição foi positiva para os outros dois. O ensaio in vitro demonstrou que até a concentração mais alta utilizada dos quatro peptídeos (500 μg/mL) foi insuficiente para a determinação de sua concentração inibitória mínima, porém, observou-se considerável diminuição no crescimento de E. coli (58,7%) pelo peptídeo 4 e de E. fecalis (86,1%) e E. coli (54,9%) pelo peptídeo 3, em comparação com o controle de viabilidade. Esses valores indicam a presença de ação antibacteriana por parte dos peptídeos planejados teoricamente (peptídeos 3 e 4), corroborando com as predições computacionais. Dessa forma, é possível concluir que a análise in silico foi de suma importância para a seleção dos peptídeos a serem sintetizados, os quais apresentaram nos ensaios in vitro resultados em concordância com a predição computacional de atividade antimicrobiana. / In attempt to obtain new substances with antibacterial activity, the aim of this study was to evaluate the antibacterial potential of four synthesized peptides, where two of them have sequence derived from human G-CSF in silico fragmentation, while the other two were theoretically planned, allowing the verification of their interest as new therapeutic agents at human health. The evaluation was performed in two stages: in silico analysis, consisting of predictions of properties and parameters associated with antibacterial effect, through computational tools; and the in vitro experiment for determination of the minimum inhibitory concentration (MIC) of the peptides against Gram positive and negative bacteria. Most predictions was favorable for all four peptides, showed by determined results of hydrophobicity, amphipathicity, size, secondary structure, net charge, membrane binding potential, half-life and Boman Index, considered as desirable values for antibacterial potential. In the in silico analysis, only algorithmic prediction of antimicrobial activity revealed unfavorable results for peptides with sequences derived from G-CSF (peptides 1 and 2), nonetheless, the predictions were positive for the other two. The in vitro assay showed that up to the highest concentration used of the four peptides (500 μg/mL) was insufficient for determination of minimum inhibitory concentration, however it was possible to observe significant growing decrease of E. coli (58.7%) by peptide 4 and E. fecalis (86.1%) and E. coli (54.9%) by peptide 3, when compared with the viability control. These values indicate the presence of antibacterial activity in the theoretically planned peptides (peptides 3 and 4), confirming the computational predictions. Thus, it is possible to conclude that the in silico analysis was very important for the selection of the peptides to be synthesized, which showed results of in vitro assays in agreement with the computational prediction of antimicrobial activity.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-06Bitstream added on 2014-06-13T18:34:46Z : No. of bitstreams: 1 burgos_rcr_me_araiq.pdf: 5329390 bytes, checksum: 925b0dcf4d0c43239e31000b7272f966 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este trabalho teve como principais objetivos a detecção, isolamento e elucidação estrutural dos constituintes micromoleculares presentes em folhas e galhos de Garcinia gardneriana, uma espécie da família Clusiaceae com poucos relatos na literatura sobre a sua composição fitoquímica. A detecção das moléculas foi realizada através de abordagens in silico com o estabelecimento de perfis cromatográficos e espectrométricos dos constituintes majoritários dos extratos brutos e frações. A comparação desses dados foi realizada através de dados existentes na literatura. A partir dessa metodologia foi possível detectar 11 triterpenos por GC-FID nos extratos e frações apolares: campesterol (1), estigmasterol (2), β-sitosterol (3), β- amirenona (4), α- amirina (5), β-amirina (6), lupenona (7), lupeol (8), acetato de β-amirina (9), acetato de α-amirina (10), friedelina (11) e mais 9 biflavonóides nos extratos e frações mais polares: xantochimusídeo (12), GB2 (13), fukugisídeo (14), GB 1a glicosilado (15), GB2a (16), morelloflavona (17), volkensiflavona (18), amentoflavona (19), podocarpusflavona (20) e uma benzofenona: 7-epiclusianona (21) através da técnica HPLC-DAD-ESI-MSHRMS. Quanto aos bioensaios in vitro realizados (inibição da polimerização do heme, redução do radical DPPH (antioxidante), inibidor da enzima acetilcolinesterase, tripanocida, citotóxico, antifúngico contra fitopatógenos e patógenos humanos) em todos os extratos e frações preparados, alguns resultados merecem destaque tais como a redução do radical DPPH com IC50 de 9,5, 7,4 e 7,5 μg/mL respectivamente para o extrato etanólico dos galhos, a fração acetato de etila dos galhos e folhas, a inibição da polimerização do heme com valores de 95,7, 98,6 e 68,0 %, de inibição para o extrato etanólico das folhas, e frações acetato de etila das folhas e galhos respectivamente / This work had as main objective the detection, isolation and structural elucidation of the micromolecular constituents from leaves and twigs of Garcinia gardneriana, a Clusiaceae species with few literature reports regarding its phytochemical composition. The detection of molecules was performed by in silico detection with the establishment of chromatographic and spectroscopic profiles of the major constituents present in the crude extracts and fractions as well as comparison of data from database and literature reports. Based on this methodology we were able to detect 11 triterpenes by GC-FID in the extracts and nonpolar fractions: campesterol (1), stigmasterol (2), β-sitosterol (3), β-amirenone (4), α- amyrin (5), β-amyrin (6), lupenone (7), lupeol (8), β-amyrin acetate (9), α-amyrin acetate (10), friedelin (11) and more 9 biflavonoids from extracts and fractions polar: xanthochymuside (12) and GB2 (13), fukugiside (14), GB1 glycosylated (15), GB2a (16), morelloflavone (17), volkensiflavone (18), amentoflavone (19) , podocarpusflavone (20), 7-epiclusianone (21) by HPLC-DAD-ESI-MS-HRMS. As for the performed in vitro bioassays (inhibition of heme polymerization, reduction of the DPPH radical (antioxidant), inhibition of the enzyme acetylcholinesterase, trypanocidal, cytotoxic antifungal activity against plant pathogens and human pathogens) in all extracts and fractions prepared in this work, some results are worthy of mentioning such as the reduction of the DPPH radical with IC50 values of 9.5, 7.4 and 7.5 μg/mL respectively for the ethanol extract from twigs, the ethyl acetate fraction from the branches and leaves, as well as the inhibition of heme polymerization with values of 95.7, 98.6 and 68.0% from the ethanol extract from the leaves, and the ethyl acetate fractions leaves and branches

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-09-08T14:24:47Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1265949 bytes, checksum: de2c53fd1f3937b88fb24a29f756845d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T14:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1265949 bytes, checksum: de2c53fd1f3937b88fb24a29f756845d (MD5) Previous issue date: 2017-02-10 / COSTA, A.O.C. In vitro and in silico evaluation of the antifungal activity of the R- (+) and S-(-) citronelal isomers, aginst fungi of the genus Cryptococcus. 2017. 52f. Dissertação (Pós-graduação em Produtos Naturais e Sintéticos Bioativos, Farmacologia). UFPB/CCS – João Pessoa – PB. Cryptococcus neoformans is an opportunistic pathogenic yeast with a wide geographical distribution, capable to infect the most varied types of animals. In humans, cryptococcosis mainly affects the central nervous system and lungs, less frequently the skin, presenting in general a serious and fatal evolution. Individuals with deficient immune systems are more likely to develop cryptococcosis, especially those afflicted with the human immunodeficiency virus. The conventional treatment of cryptococcosis uses potentially toxic antifungals for long periods and they have been target of resistance of these microorganisms, besides the high costs with the treatment. Given this panorama, the search for natural products with antifungal properties has been a promising alternative, with great attention of the students regarding the analysis of the essential oils and their constituents. Thus, the present research aimed to evaluate the biological effect of the R and S isomers of the citronellal phytoconstituent on fungi of the genus Cryptococcus, which could lead to the discovery of a molecule to the development of a new antifungal, besides contributing to obtain more information on the pharmacological potential of this phytoconstituent. MIC and MFC were determined, of the compounds, being 64 and 64 the values for R - (+) citronellal respectively, and 256 and 512, respectively, for citronellal S - (-), on fungi of the genus Cryptococcus; The antifungigram of the strains of Cryptococcus sp. was carried out with the antifungal agents amphotericin B, fluconazole and fluorocytosine where a resistance of fluconazole and flucytosine was observed; This study investigated the possible interference of monoterpenes in the study associated with the activity of these antifungal agents, noting that citronellal R did not present an apparent synergic effect, whereas S showed a much more synergistic effect, even capable of inhibiting the resistance caused by fluconazole; The microbial death curve of the R - (+) and S - (-) isomers of the citronellal phytoconstituent was determined on a previously chosen strain (FGF-3) and the fungicidal effects of the citronellal S isomer and concentration dependent fungicidal effect Of R citronelal; Its in silico variables were of good prospecting. In conclusion, the substances exhibited a good biological activity and correlation with other antifungal agents, showing synergistic effects in the association study and their in silico variables were well prospective, thus characterizing these fully viable substances to be continued their studies. / Cryptococcus neoformans é uma levedura patogênica oportunista, com ampla distribuição geográfica, capaz de infectar os mais variados tipos de animais. No homem, a criptococose acomete principalmente o sistema nervoso central e pulmões, com menor frequência a pele, apresentando-se de uma forma geral com evolução grave e fatal. Indivíduos com o sistema imunológico comprometido são mais susceptíveis de desenvolver a criptococose, principalmente os acometidos pelo vírus da imunodeficiência humana. O tratamento convencional da criptococose utiliza antifúngicos potencialmente tóxicos por longos períodos e que vêm sendo alvo de resistência desses micro-organismos, além dos elevados custos com o tratamento. Diante desse panorama, a busca por produtos naturais com propriedades antifúngicas têm sido uma alternativa promissora, com grande atenção dos estudiosos quanto à análise dos óleos essenciais e seus constituintes. Dessa forma, a atual pesquisa, teve por finalidade avaliar o efeito biológico dos isômeros R e S do fitoconstituinte citronelal, sobre fungos do gênero Cryptococcus, o que poderá conduzir à descoberta de uma molécula ao desenvolvimento de um novo antifúngico, além disso, contribuir para a obtenção de maiores informações sobre o potencial farmacológico desse fitoconstituinte. Foi determinada CIM e a CFM, dos compostos sendo 64 e 64 os valores para o R-(+) citronelal respectivamente, e 256 e 512, respectivamente, para o S-(-) citronelal, sobre fungos do gênero Cryptococcus; Foi realizado o antifungigrama das cepas de Cryptococcus Sp. com os antifúngicos anfotericina B, fluconazol e fluorcitosina onde observou-se uma resistência por parete do fluconazol e da flucitosina; Com isso foi investigado a possível interferência dos monoterpenos em estudo associados à atividade desses antifúngicos, observando que o R citronelal não apresentou efeito sinérgico aparente, enquanto o S apresentou um efeito bem mais sinérgico, capaz ate de inibir as resistências causadas com o fluconazol; Foi determinada a curva de morte microbiana dos isômeros R-(+) e S-(-) do fitoconstituinte citronelal, sobre uma cepa previamente escolhida (FGF-3) e foram observados os efeitos fungicidas do isômero S citronelal e efeito fungicida dependente de concentração do R citronelal; suas variáveis In silico foram de boa prospecção. Concluindo que as substancias exibiram uma boa atividade biológica e correlação com outros antifúngicos, apresentando efeitos sinérgicos no estudo de associação e suas variáveis In silico foram de boa prospecção, caracterizando assim essas substancias totalmente viáveis para que sejam continuados seus estudos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:10:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ValeskaDSS_DISSERT.pdf: 2384968 bytes, checksum: cf4765fd0b42fd627fcb0ce0d604be1e (MD5) Previous issue date: 2011-10-18 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The flowering is a physiological process that it is vital for plants. This physiological process has been well studied in the plant model Arabidopsis, but in sugarcane this process is not well known. The transition of the shoot apical meristem from vegetative to flowering is a critical factor for plant development. At Brazil northeastern region, the transition to flowering in sugarcane has an important effect as it may reduce up to 60% its production. This is a consequence of the sugar translocation from stalks to the shoot apical meristem which is necessary during the flowering process. Therefore, the aim of this work was to explore and analyze cDNAs previously identified using subtractive cDNA libraries. The results showed that these cDNAs showed differential expression profile in varieties of sugarcane (early x late flowering). The in silico analysis suggested that these cDNAs had homology to calmodulin, NAC transcription factor and phosphatidylinositol, a SEC14, which were described in the literature as having a role in the process of floral development. To better understand the role of the cDNA homologous to calmodulin, tobacco plants were transformed with overexpression cassettes in sense and antissense orientation. Plants overexpressing the cassette in sense orientation did not flowered, while plants overexpressing the cassette in the antissense orientation produced flowers. The data obtained in this study suggested the possible role from CAM sequence, SEC14 and NAC in the induction/floral development pathway in sugarcane, this is the first study in order to analyze these genes in the sugarcane flowering process. / A flora??o ? um processo fisiol?gico que demanda um alto gasto energ?tico, e ? vital para a planta, pois ? dela que depende sua propaga??o gen?tica. Este processo fisiol?gico tem sido bem estudado no modelo vegetal Arabidopsis, mas em cana-dea??car n?o ? muito conhecido. A transi??o do meristema apical no processo de flora??o ? um fator cr?tico no ciclo de desenvolvimento da planta. No nordeste brasileiro, a transi??o para a flora??o na cana-de-a??car tem um efeito dram?tico, pois pode reduzir em at? 60% a produ??o de a??car ou etanol. Isso porque, o florescimento da cana resulta na isoporiza??o do colmo que ? caracterizado pela transloca??o do a??car presente no colmo para os ?pices meristem?ticos com a finalidade de suprir a necessidade energ?tica durante o processo de flora??o. Portanto, o objetivo desse trabalho foi de prospectar e analisar cDNAs de cana-dea??car que possam estar associados ? flora??o utilizando ferramentas de bioinform?tica e de transgenia. Os resultados mostraram que os cDNAs em estudo apontaram um perfil de express?o diferencial em variedades de cana-de-a??car. As an?lises in silico sugeriram que os cDNAs estudados apresentam similaridade para calmodulina, fator de transcri??o NAC e fosfatidilinositol, uma SEC14, as quais foram descritas na literatura como tendo um papel no processo de desenvolvimento floral. Para entender melhor o papel do cDNA hom?logo ? calmodulina, plantas de tabaco foram transformadas com cassetes de superexpress?o nas orienta??es sense e antisense contendo o promotor 35S. Plantas superexpressando o cassete na orienta??o senso n?o floresceram, enquanto que plantas superexpressando o cassete na orienta??o antissense apresentaram o desenvolvimento reprodutivo. Os dados obtidos nesse trabalho apontam para o poss?vel papel de CAM, NAC e SEC14 na via de indu??o/desenvolvimento floral em cana-de-a??car, sendo um dos primeiros trabalhos a se estudar esses genes no processo de flora??o nesse organismo

As ferramentas de modelagem molecular e de estudos das relações quantitativas entre a estrutura e atividade (QSAR) ou estrutura e propriedade (QSPR) estão integradas ao processo de planejamento de fármacos, sendo de extremo valor na busca por novas moléculas bioativas com propriedades farmacocinéticas e farmacodinâmicas otimizadas. O trabalho em Química Medicinal realizado nesta dissertação de mestrado teve como objetivo estudar as relações quantitativas entre a estrutura e as propriedades farmacocinéticas biodisponibilidade oral e ligação às proteínas plasmáticas. Para a realização deste trabalho, conjuntos padrões de dados foram organizados para as propriedades biodisponibilidade e ligação às proteínas plasmáticas contendo a informação qualificada sobre a estrutura química e a propriedade alvo correspondente. Os conjuntos de dados criados formaram as bases científicas para o desenvolvimento dos modelos preditivos empregando os métodos holograma QSAR e VolSurf. Os modelos finais de HQSAR e VolSurf gerados neste trabalho possuem elevada consistência interna e externa, apresentando bom poder de correlação e predição das propriedades alvo. Devido à simplicidade, robustez e consistência, estes modelos são guias úteis em Química Medicinal nos estágios iniciais do processo de descoberta e desenvolvimento de fármacos. / Molecular modeling tools and quantitative structure-activity relantionships (QSAR) or structure-property (QSPR) are integrated into the drug design process in the search for new bioactive molecules with good pharmacokinetic and pharmacodynamic properties. The Medicinal Chemistry work carried out in this Master’s dissertation concerned studies of the quantitative relationshisps between chemical structure and the pharmacokinetic properties oral bioavailability and plasma protein binding. In the present work, standard data sets for bioavailability and plasma protein binding were organized encompassing the structural information and corresponding pharmacokinetic data. The created data sets established the scientific basis for the development of predictive models using the hologram QSAR and VolSurf methods. The final HQSAR and VolSurf models posses high internal and external consistency with good correlative and predictive power. Due to the simplicity, robustness and effectivess, these models are useful guides in Medicinal Chemistry in the early stages of the drug discovery and development process.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-02T18:29:34Z No. of bitstreams: 1 leticiastephantavares.pdf: 3190443 bytes, checksum: 26aa58db0ef5c5e3bfe0caaaf2d8671e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-03T15:35:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 leticiastephantavares.pdf: 3190443 bytes, checksum: 26aa58db0ef5c5e3bfe0caaaf2d8671e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-03T15:35:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 leticiastephantavares.pdf: 3190443 bytes, checksum: 26aa58db0ef5c5e3bfe0caaaf2d8671e (MD5) Previous issue date: 2015-04-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O uso incorreto de antibióticos vem se tornando, nos últimos anos, um grande problema de acordo Organização Mundial da Saúde, uma vez que tem aumentado o número de microrganismos resistentes aos medicamentos mais frequentemente utilizados. Em contrapartida a este problema de saúde pública, novos antibióticos com diferentes vias de ação têm sido pesquisados. Muitos destes antimicrobianos têm sido descobertos a partir da primeira linha de defesa de vegetais e de animais. Estas moléculas são denominadas Peptídeos Antimicrobianos (AMPs). No intuito de encontrar novos compostos com atividade antimicrobiana foram desenvolvidos 3 peptídeos com ação bactericida a partir do transcriptoma de Lippia rotundifolia e L. alba. O RNA normalizado foi sequenciado utilizando-se a plataforma 454 GS e a partir do mesmo foram gerados e modelados in silico peptídeos com estrutura e ação semelhantes a AMPs. Em seguida os peptídeos foram sintetizados e sua atividade validada por testes antimicrobianos. Os peptídeos Lalb1 e Lrot3 apresentaram resultados promissores e foram remodelados a partir de um desenho racional visando obter a melhor estrutura e atividade dos mesmos. Os peptídeos L.rot3.5 e L.rot3.6 apresentaram os resultados mais promissores contra os patógenos testados. Os resultados aqui demonstrados sugerem que o uso de transcriptomas é uma importante ferramenta para a descoberta de novos AMPs com ação contra bactérias Gram-positivas e Gram-negativas. / Misuse of antibiotics has become, in recent years, worldwide problem according to the World Health Organization, since the number of resistant microorganisms for most commonly used drugs has increased. In contrast to this public health problem, new antibiotics with different courses of action have been researched. Many of these antibiotics have been discovered from the first line of plant and animal defense. This is a group of molecules called Antimicrobial Peptides (AMPs). In the present work three antimicrobial peptides showing bactericidal activity were developed from the transcriptome of Lippia rotundifolia and L. alba. The normalized RNA was sequenced in 454 GS platform and the RNA library was used for in silico searching and modeling peptides showing similar structure and action to AMP. The peptides were synthesized and their activity was validated by antimicrobial tests. The L.alb1 and L.rot3 peptides showed promising results and were modelled again by the use of rational design methodology to inbreed structure and activity. The L.rot3.5 and L.rot3.6 peptides showed the most promising results against the tested pathogens. The results reported here demonstrated that the discovery of new AMPs from transcriptome against Gram-positive and Gram-negative bacteria is an important tool for this purpose.

Transposable elements (TEs) are segments of DNA that have the ability to move up and replicate themselves within the genome. The retrotransposon copia belongs to the superfamily copia and was first sequenced in D. melanogaster. We used in part of this work, which corresponded to a populational analysis of element copia in the genomes of species of the group willistoni, the portion of 5'LTR-URL for its importance as a regulatory sequence that can give us relevant phylogenetic information. Data in silico were added to the work which sought in the twelve genomes of Drosophila available the complete sequence of the element copia and the sequence of LTRs that surround the element. The wide distribution of element copia in the genus Drosophila suggests the occurrence of several cases of horizontal transfer, one of them between D. melanogaster and D. willistoni. To investigate this case we amplify by PCR the region 5'LTR-URL of two strains of D. willistoni, which showed a 95 to 98% similarity with the element copia, but the same homology was not detected in the search made by Southern blot. Some assumptions can be considered to explain these results: the copia polymorphism in the host genome, a small number of copies in a few individuals of the population or the sequence of the copia element could be in a vector. But the data are still inconclusive. The results of the searches showed a wide distribution of element copia in the genome, despite uneven, and some inconsistencies were found related to the phylogenetic analysis of the host species. Of the species examined, only three of subgenus Sophophora and two of subgenus Drosophila did not show sequences related to copia element. / Elementos transponíveis (TEs) são segmentos de DNA que têm a capacidade de mover-se e replicar-se dentro dos genomas. O retrotransposon copia pertence à superfamília copia e foi primeiramente seqüenciado em D. melanogaster. Abordamos em parte deste trabalho uma busca por seqüências relacionadas ao elemento copia nos genomas de diversas linhagens de espécies do grupo willistoni. A região estudada corresponde a porção da 5 LTR-URL, escolhida pela sua importância como seqüência regulatória e que pode nos fornecer informações filogenéticas relevantes. Dados in silico foram adicionados ao trabalho onde buscamos nos doze genomas de Drosophila disponíveis a seqüência completa de copia e a seqüência das LTRs que flanqueiam o elemento. A ampla distribuição do elemento copia no gênero Drosophila sugere indícios da ocorrência de vários casos de transferência horizontal, um deles entre D. melanogaster e D. willistoni. Para investigarmos esse caso amplificamos por PCR a região 5 LTR-URL de duas linhagens de D. willistoni, que apresentaram de 95 a 98% de similaridade com o elemento copia, porém a mesma homologia não foi detectada em rastreamentos por Southern Blot. Algumas hipóteses podem ser levadas em consideração para explicarmos tais resultados: o polimorfismo de copia nos genomas hospedeiros, pequeno número de cópias em poucos indivíduos da população ou a seqüência do elemento copia estar em um vetor. No momento não podemos excluir nenhuma dessas hipóteses. Os resultados das buscas nos genomas seqüenciados mostraram uma ampla distribuição do elemento copia, porém desigual, e algumas incongruências foram encontradas com relação à análise filogenética das espécies hospedeiras. Das espécies analisada em somente três do subgênero Sophophora e duas do subgênero Drosophila não foram encontradas seqüências relacionadas a copia.