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Introduktion: Inom hälso- och sjukvården är arbetsbelastningen ofta hög. Stress är inte ovanligt förekommande i relation till arbetet på grund av hög arbetsbelastning. För att hantera bland annat stress som kan ha uppstått från hög psykisk belastning är mindfulness, eller medveten närvaro, en beprövad metod. Det mindfulness-baserade stressreduceringsprogrammet (MBSR) är en metod som utvecklats av Jon Kabat-Zinn och används för att minska stressymptom. Intentionen med programmet är att utrusta deltagarna med verktyg för att hantera olika typer av stress. Syfte: Syftet med denna litteraturstudie var att undersöka direkta och långvariga effekter på individnivå relaterat till stress och stressrelaterade symtom för vårdpersonal i patientnära arbete som fått genomgå ett mindfulness-baserat stressreducerande program. Metod: Sökningen efter inkluderade studier gjordes på tre databaser: Pubmed, Cinahl och Apa Psykinfo. Studier mellan år 2014-2024 inkluderades. Urvalsprocessen följdes genom ett PRISMA-flödesschema och kvalitetsgranskades genom PEDro-skalan. Resultat: I denna litteraturstudie inkluderades totalt nio studier utifrån litteratursökning och relevansbedömning. Studierna har visat på både direkta psykologiska och fysiologiska förändringar som bibehållits på lång sikt. Majoriteten av studierna som ingått i denna litteraturstudie har funnit att MBSR programmet har signifikant effekt på ett eller flera stressrelaterade symptom. Konklusion: Deltagande i MBSR programmet hade en direkt och långsiktig effekt på stress och stressrelaterade symptom hos vårdpersonal. Programmet kan vara en metod vid fysioterapeutisk behandling. Resultatet visar på att programmet kan minska stress, utmattning, depression och ångest. Denna typ av program kan även öka välmående samt sänkt blodtryck och hjärtfrekvens. Programmet kan vara en metod vid fysioterapeutisk behandling för personer med stressymtom.

La dysfonction de l’endothélium vasculaire, associée à une diminution de ses propriétés vasorelaxantes et anti-thrombogéniques, survient avec le vieillissement mais également chez de plus jeunes patients athérosclérotiques présentant plusieurs facteurs de risque cardiovasculaire. Au niveau cellulaire, le vieillissement des cellules endothéliales (CE) mène à un état irréversible de non division cellulaire appelé sénescence. Ces cellules sénescentes présentent des changements spécifiques au niveau de leur morphologie et de l’expression génique, menant à leur dysfonction. La sénescence dite réplicative est déclenchée par le raccourcissement des télomères survenant à chaque division cellulaire, mais peut également être induite prématurément par le stress oxydant (SIPS). L’objectif principal de cette étude est de caractériser la sénescence de CE vasculaires isolées à partir de patients athérosclérotiques, et d’observer l’impact des facteurs de risque sur cette sénescence. Afin de confirmer la contribution des deux principales voies de la sénescence, nous avons par la suite étudié conjointement ou séparément, l’impact d’un traitement chronique avec un antioxydant sur la sénescence de CE, et d’une surexpression de la sous-unité catalytique de la télomérase (hTERT), une enzyme responsable de l’allongement des télomères. Nous avons isolé et cultivé des CE provenant d’artères mammaires internes prélevées lors de pontages coronariens. Selon les études, les cellules ont été infectées ou non avec un lentivirus surexprimant la hTERT, et cultivées in vitro jusqu’à sénescence, en présence ou en absence de l’antioxydant N-acétyl-L-cystéine (NAC). Différents marqueurs des deux principales voies de la sénescence (réplicative ou SIPS) ont été quantifiés. La sénescence cellulaire se développe exponentiellement avec le temps et est associée à une réduction de la viabilité et de la prolifération cellulaires. Chez les patients athérosclérotiques, le vieillissement des CE passe par les deux principales voies de la sénescence : des télomères courts initialement en culture et la durée d’exposition in vivo aux facteurs de risque cardiovasculaire prédisent une apparition prématurée de la sénescence. Toutefois, chez les fumeurs, la sénescence est exclusivement du type SIPS. Ces facteurs de risque cardiovasculaire et principalement l’hypertension, semblent accélèrer le vieillissement biologique et favoriser la dysfonction des CE. Lorsque traitées chroniquement avec le NAC, les CE présentant initialement de moindres dommages cellulaires et moléculaires ainsi qu’une meilleure défense antioxydante développent une sénescence retardée. Lorsque le NAC est combiné à une surexpression de la hTERT, les deux voies de la sénescence sont bloquées et une immortalisation cellulaire est observée. À l’inverse, dans les CE les plus endommagées par les ROS in vivo, le NAC n’a aucun effet sur le développement de la sénescence, la hTERT, seule ou en combinaison avec le NAC, retarde légèrement la sénescence mais aucune immortalisation n’est observée lorsque ces traitements sont combinés. En conclusion, nos études démontrent que l’exposition chronique au stress oxydant associé aux facteurs de risque cardiovasculaire accélère le développement de la sénescence de CE vasculaires, contribuant potentiellement à l’athérogénèse. Dans les cellules de patients athérosclérotiques, il semble exister un seuil de dommages cellulaires et moléculaires subis in vivo au-delà duquel, aucun traitement (antioxydant ou hTERT) ne peut être bénéfique. / Vascular aging is associated with a decrease in endothelial dilatory and antithrombotic functions. This typical endothelial dysfunction, however, is also present in younger patients with cardiovascular diseases (CVD). At the cellular level, aging of healthy vascular endothelial cells (EC) leads to senescence, a state of permanent growth arrest. Senescence is characterized by specific changes in cell morphology and gene expression, which reduce EC function and thus are proposed to be pro-atherogenic. Age-associated telomere shortening leads to replicative senescence of human endothelial cells, but senescence can also be induced prematurely by oxidative stress (SIPS). Our aim was to characterize senescence of EC isolated from atherosclerotic patients and look at the influence of risk factors for CVD on the onset of senescence. To confirm the contribution of each of the two mains pathways triggering senescence, we then looked at the impact on senescence of a chronic treatment with an antioxidant combined or not with an overexpression of the catalytic subunit of telomerase (hTERT), a reverse transcriptase involved in telomere elongation. We used EC isolated from internal mammary arteries discarded during coronary bypass graft surgery. Depending on the study, EC were infected or not with a lentivirus overexpressing hTERT, and cells were cultured in vitro until senescence, in the presence or the absence of the antioxidant N-acetyl-L-cysteine (NAC). Different markers of the two main pathways of senescence (replicative ou SIS) were quantified. Senescence develops exponentially with time in culture and is associated with a decrease in cell viability and proliferation. In atherosclerotic patients, cellular aging displays an overlap between replicative and stress-induced senescence: short initial telomere length in vitro and a long exposure to risk factors for CVD in vivo predict the onset of a premature senescence. However, in smoking patients, premature senescence is exclusively induced by oxidative stress. Risk factors for CVD seem to accelerate the biological aging leading to EC dysfunction. When treated chronically with NAC, EC presenting initially lower levels of damage and a better endogenous antioxidant capacity develop a delayed senescence, probably due to a slight hTERT activation. When NAC is combined with an overexpression of hTERT, both pathways triggerring senescence are blocked and cellular immortalization is observed. In contrast, in EC presenting higher levels of damage undergone in vivo, NAC has no effect by itself on the onset of senescence, hTERT delays the onset of senescence in combination or not with NAC, but no cellular immortalization was observed in NAC-hTERT cells. In conclusion, our studies show that a chronic in vivo exposition to oxidative stress associated with risk factors for CVD accelerates the onset of vascular endothelial cells senescence that could potentially contribute to atherogenesis. EC having strong antioxidant defense capacity and DNA repair mechanisms may be rescued from replicative and stress-induced senescence unless EC have undergone an insurmountable cellular and molecular damage possibly due to uncontrolled free radical production associated with risk factors for CVD.

Functional characterization of biochemically-isolated proteins is a central task in the biochemical and genetic description of the biology of cells and tissues. Protein identification by mass spectrometry consists of associating an isolated protein with a specific gene or protein sequence in silico, thus inferring its specific biochemical function based upon previous characterizations of that protein or a similar protein having that sequence identity. By performing this analysis on a large scale in conjunction with biochemical experiments, novel biological knowledge can be developed. The study presented here focuses on mass spectrometry-based proteomics of organisms with unsequenced genomes and corresponding developments in biological sequence database searching with mass spectrometry data. Conventional methods to identify proteins by mass spectrometry analysis have employed proteolytic digestion, fragmentation of resultant peptides, and the correlation of acquired tandem mass spectra with database sequences, relying upon exact matching algorithms; i.e. the analyzed peptide had to previously exist in a database in silico to be identified. One existing sequence-similarity protein identification method was applied (MS BLAST, Shevchenko 2001) and one alternative novel method was developed (MultiTag), for searching protein and EST databases, to enable the recognition of proteins that are generally unrecognizable by conventional softwares but share significant sequence similarity with database entries (~60-90%). These techniques and available database sequences enabled the characterization of the Xenopus laevis microtubule-associated proteome and the Dunaliella salina soluble salt-induced proteome, both organisms with unsequenced genomes and minimal database sequence resources. These sequence-similarity methods extended protein identification capabilities by more than two-fold compared to conventional methods, making existing methods virtually superfluous. The proteomics of Dunaliella salina demonstrated the utility of MS BLAST as an indispensable method for characterization of proteins in organisms with unsequenced genomes, and produced insight into Dunaliella?s inherent resilience to high salinity. The Xenopus study was the first proteomics project to simultaneously use all three central methods of representation for peptide tandem mass spectra for protein identification: sequence tags, amino acids sequences, and mass lists; and it is the largest proteomics study in Xenopus laevis yet completed, which indicated a potential relationship between the mitotic spindle of dividing cells and the protein synthesis machinery. At the beginning of these experiments, the identification of proteins was conceptualized as using ?conventional? versus ?sequence-similarity? techniques, but through the course of experiments, a conceptual shift in understanding occurred along with the techniques developed and employed to encompass variations in mass spectrometry instrumentation, alternative mass spectrum representation forms, and the complexities of database resources, producing a more systematic description and utilization of available resources for the characterization of proteomes by mass spectrometry and advanced informatic approaches. The experiments demonstrated that proteomics technologies are only as powerful in the field of biology as the biochemical experiments are precise and meaningful.

Ce manuscrit expose des travaux effectués entre 1994 et 2004 sur la fiabilité des composants à base de structures MOS et la fiabilité des oxydes ultra-minces de SiO2 (<10nm) utilisés comme isolant de grille dans ces composants. Nous avons établi un lien entre courants de fuite dans l'oxyde (SILC) et injection de porteurs chauds, principalement les trous chauds, dans les oxydes de 3.8 et 4.7nm. La dépendance en champ et en température du SILC soutient un modèle d'effet tunnel assisté par des défauts neutres barycentriques dans l'oxyde, même si une composante partielle de type Schottky est identifiable. Pour les claquages de type Soft-breakdown relevés, nous avons proposé un modèle simple, fondé sur un rétrécissement local de l'épaisseur d'oxyde. Le phénomène LVSILC, typique de la structure MOS en déplétion, est mis en évidence suite à des stress à tension constante pour des oxydes entre 2.5 et 1.2 nm. Nous proposons de l'interpréter comme un effet tunnel assisté par des niveaux proches des bandes de conduction ou de valence de la densité d'états d'interface. Les mécanismes de génération sont principalement déterminés par l'énergie des porteurs injectés (y compris dans le cas d'injections de porteurs chauds), et génèrent une loi d'accélération en VG pour le vieillissement en mode tunnel direct. On établit une loi générale, donnant la probabilité de création de défauts en fonction des paramètres qui déterminent l'énergie des porteurs injectés. <br />Nos études sur les porteurs chauds nous ont aussi amené à étudier la fiabilité de transistor MOSFET lors de contraintes dynamiques (AC), caractéristiques des séquences de polarisation en mode normal de fonctionnement. Le résultat pratique de ce travail est la mise en oeuvre d'une méthodologie s'inspirant de l'hypothèse quasi-statique pour la prévision des durées de vie AC. Cette méthodologie, éprouvée et comparée aux résultats de mesure dans un certains nombre de cas où sa validité est reconnue, est appliquée au cas plus complexe du transistor de passage NMOS. L'accord reste satisfaisant, mais nous avons également mis en évidence les limitations de cette technique lors de séquences faisant intervenir des relaxations, des périodes de dépiégegage ou des dégradations bi-directionnelles.<br />Concernant le lien entre les étapes du procédé et la fiabilité, nous avons étudié l'influence d'une étape d'implantation ionique à haute énergie, qui induit un dégât dans le volume du semi-conducteur détecté électriquement par C(V), mais aussi des courants de fuite similaires au SILC (IILC Implantation Induced Leakage Current). Nous avons mis au point une méthodologie optimisée de détection du Wafer Charging, utilisant des injections très courtes de porteurs chauds (au pic de courant électronique) dans le transistor PMOS. Cette méthode s'est révélée plus sensible et plus révélatrice que les injections pratiquées en régime Fowler-Nordheim ou la simple étude paramétrique pour détecter les défauts latents issus du charging dans les oxydes minces. Enfin, nous avons identifié par DLTS les défauts issus d'une contamination au Fer dans le Silicium (paire Fe-B et Fer interstitiel Fei) et avons observé la re-transformation spontanée du Fei en paire Fe-B en quelques heures.

La dysfonction de l’endothélium vasculaire, associée à une diminution de ses propriétés vasorelaxantes et anti-thrombogéniques, survient avec le vieillissement mais également chez de plus jeunes patients athérosclérotiques présentant plusieurs facteurs de risque cardiovasculaire. Au niveau cellulaire, le vieillissement des cellules endothéliales (CE) mène à un état irréversible de non division cellulaire appelé sénescence. Ces cellules sénescentes présentent des changements spécifiques au niveau de leur morphologie et de l’expression génique, menant à leur dysfonction. La sénescence dite réplicative est déclenchée par le raccourcissement des télomères survenant à chaque division cellulaire, mais peut également être induite prématurément par le stress oxydant (SIPS). L’objectif principal de cette étude est de caractériser la sénescence de CE vasculaires isolées à partir de patients athérosclérotiques, et d’observer l’impact des facteurs de risque sur cette sénescence. Afin de confirmer la contribution des deux principales voies de la sénescence, nous avons par la suite étudié conjointement ou séparément, l’impact d’un traitement chronique avec un antioxydant sur la sénescence de CE, et d’une surexpression de la sous-unité catalytique de la télomérase (hTERT), une enzyme responsable de l’allongement des télomères. Nous avons isolé et cultivé des CE provenant d’artères mammaires internes prélevées lors de pontages coronariens. Selon les études, les cellules ont été infectées ou non avec un lentivirus surexprimant la hTERT, et cultivées in vitro jusqu’à sénescence, en présence ou en absence de l’antioxydant N-acétyl-L-cystéine (NAC). Différents marqueurs des deux principales voies de la sénescence (réplicative ou SIPS) ont été quantifiés. La sénescence cellulaire se développe exponentiellement avec le temps et est associée à une réduction de la viabilité et de la prolifération cellulaires. Chez les patients athérosclérotiques, le vieillissement des CE passe par les deux principales voies de la sénescence : des télomères courts initialement en culture et la durée d’exposition in vivo aux facteurs de risque cardiovasculaire prédisent une apparition prématurée de la sénescence. Toutefois, chez les fumeurs, la sénescence est exclusivement du type SIPS. Ces facteurs de risque cardiovasculaire et principalement l’hypertension, semblent accélèrer le vieillissement biologique et favoriser la dysfonction des CE. Lorsque traitées chroniquement avec le NAC, les CE présentant initialement de moindres dommages cellulaires et moléculaires ainsi qu’une meilleure défense antioxydante développent une sénescence retardée. Lorsque le NAC est combiné à une surexpression de la hTERT, les deux voies de la sénescence sont bloquées et une immortalisation cellulaire est observée. À l’inverse, dans les CE les plus endommagées par les ROS in vivo, le NAC n’a aucun effet sur le développement de la sénescence, la hTERT, seule ou en combinaison avec le NAC, retarde légèrement la sénescence mais aucune immortalisation n’est observée lorsque ces traitements sont combinés. En conclusion, nos études démontrent que l’exposition chronique au stress oxydant associé aux facteurs de risque cardiovasculaire accélère le développement de la sénescence de CE vasculaires, contribuant potentiellement à l’athérogénèse. Dans les cellules de patients athérosclérotiques, il semble exister un seuil de dommages cellulaires et moléculaires subis in vivo au-delà duquel, aucun traitement (antioxydant ou hTERT) ne peut être bénéfique. / Vascular aging is associated with a decrease in endothelial dilatory and antithrombotic functions. This typical endothelial dysfunction, however, is also present in younger patients with cardiovascular diseases (CVD). At the cellular level, aging of healthy vascular endothelial cells (EC) leads to senescence, a state of permanent growth arrest. Senescence is characterized by specific changes in cell morphology and gene expression, which reduce EC function and thus are proposed to be pro-atherogenic. Age-associated telomere shortening leads to replicative senescence of human endothelial cells, but senescence can also be induced prematurely by oxidative stress (SIPS). Our aim was to characterize senescence of EC isolated from atherosclerotic patients and look at the influence of risk factors for CVD on the onset of senescence. To confirm the contribution of each of the two mains pathways triggering senescence, we then looked at the impact on senescence of a chronic treatment with an antioxidant combined or not with an overexpression of the catalytic subunit of telomerase (hTERT), a reverse transcriptase involved in telomere elongation. We used EC isolated from internal mammary arteries discarded during coronary bypass graft surgery. Depending on the study, EC were infected or not with a lentivirus overexpressing hTERT, and cells were cultured in vitro until senescence, in the presence or the absence of the antioxidant N-acetyl-L-cysteine (NAC). Different markers of the two main pathways of senescence (replicative ou SIS) were quantified. Senescence develops exponentially with time in culture and is associated with a decrease in cell viability and proliferation. In atherosclerotic patients, cellular aging displays an overlap between replicative and stress-induced senescence: short initial telomere length in vitro and a long exposure to risk factors for CVD in vivo predict the onset of a premature senescence. However, in smoking patients, premature senescence is exclusively induced by oxidative stress. Risk factors for CVD seem to accelerate the biological aging leading to EC dysfunction. When treated chronically with NAC, EC presenting initially lower levels of damage and a better endogenous antioxidant capacity develop a delayed senescence, probably due to a slight hTERT activation. When NAC is combined with an overexpression of hTERT, both pathways triggerring senescence are blocked and cellular immortalization is observed. In contrast, in EC presenting higher levels of damage undergone in vivo, NAC has no effect by itself on the onset of senescence, hTERT delays the onset of senescence in combination or not with NAC, but no cellular immortalization was observed in NAC-hTERT cells. In conclusion, our studies show that a chronic in vivo exposition to oxidative stress associated with risk factors for CVD accelerates the onset of vascular endothelial cells senescence that could potentially contribute to atherogenesis. EC having strong antioxidant defense capacity and DNA repair mechanisms may be rescued from replicative and stress-induced senescence unless EC have undergone an insurmountable cellular and molecular damage possibly due to uncontrolled free radical production associated with risk factors for CVD.

Einführung: Im Sommersemester 2011 wurde an der Universität Göttingen das interdisziplinäre Kursprojekt „Tod und Sterben – eine Reflexion im Anatomiekurs“ eingeführt. Dieses Gemeinschaftsprojekt der Abteilungen Palliativmedizin, Medizinische Psychologie und Soziologie sowie Anatomie dient als Reflexionsimpuls der Vorbereitung auf den anatomischen Präparierkurs und beinhaltet Aspekte wie Würde und Distanz im Umgang mit dem menschlichen Leichnam im Präpariersaal sowie deren Bezüge zum späteren ärztlichen Handeln. Die Implementierung des aus einem Vorlesungsbeitrag und einem Seminar bestehenden Pilotprojektes wurde wissenschaftlich begleitet und evaluiert. Neben der formalen Kursevaluation wurden Vorerfahrungen der Göttinger Medizinstudierenden mit dem Thema Tod und Sterben, ihre Einstellung zu Beginn des Präparierkurses sowie die Verknüpfung des Anatomiekurses mit emotionaler Belastung, Somatisierungsstörungen und emotionaler Abstumpfung exploriert. Methoden: Mittels eigens konzipierter Fragebögen wurden die Studierenden vor Beginn des Präparierkurses (Tag1), im Anschluss an das reflexive Seminar (Tag 3) und abschließend am letzten Präparierkurstag (Tag 88) befragt. Die Daten wurden mit Hilfe der Programme EvaSys, STATISTICA, SPSS und Excel bearbeitet und es wurden Signifikanztests, Varianz- und Reliabilitätsanalysen durchgeführt. Die Auswertung der offenen Fragen erfolgte in Anlehnung an die Qualitative Inhaltsanalyse nach Mayring. Ergebnisse: Bei einer Rücklaufquote von im Mittel 64,2% entsprach die durchschnittliche Geschlechtsverteilung aller 3 Fragebögen 37,3% männlich und 62,7% weiblich bei einem Durchschnittsalter von 21,9 Jahren. Bei den Medizinstudierenden der Universität Göttingen besteht bereits zu Beginn des Präparierkurses eine große Spannbreite an Vorerfahrungen mit dem Thema Tod und Sterben: Nahezu die gesamte Studierendenschaft hat bereits Todesfälle im familiären Umfeld erlebt. Die meisten Studierenden waren im Vorfeld gegenüber dem Anatomiekurs eher positiv eingestellt, Angst spielte nur für 1/5 der Befragten eine Rolle. Der Präparierkurs ist mit einer emotionalen Belastung verbunden, wenn auch die tatsächlich erlebte psychische Belastung weitaus geringer war als initial von den Studierenden befürchtet; allerdings empfanden rückblickend immerhin noch 61,7% den Präparationskurs in verschiedener Intensität psychisch belastend. 39% der Probanden litten während des Kurses in unterschiedlichem Ausmaß unter Somatisierungstörungen. Die Mehrzahl der Befragten (81,4%) stimmte in unterschiedlichem Maße der Aussage zu, dass der Präparierkurs zu einer gewissen emotionalen Abstumpfung beigetragen hat. Obwohl mehr als die Hälfte der Studierenden sich bereits selbst in irgendeiner Form auf den Umgang mit Verstorbenen vorbereitet hat, erachteten alle Befragten eine angeleitete Vorbereitung auf den Umgang mit Verstorbenen als sinnvoll. Die Kursevaluation bestätigte, dass der interdisziplinäre Kursteil einen Impuls zur Selbstreflexion gegeben hat. So wurden die Studierenden nicht nur angeregt, über die Thematik Tod und Sterben nachzudenken, sondern ein Großteil der Studierenden fühlte sich auch durch die im Seminar erarbeiteten Aspekte zu Empathie, Würde und Distanz besser auf den Umgang mit Verstorbenen vorbereitet. Schlussfolgerung: Der eingeführte Kurs „Tod und Sterben – eine Reflexion im Anatomiekurs“ stellt eine sinnvolle und notwendige Vorbereitung auf den Umgang mit Verstorbenen im Präparationskurs dar. Auch wenn viele Medizinstudierenden bereits außerhalb des Anatomiekurses Erfahrungen mit Tod und Sterben gesammelt haben, sind emotionale Belastungsreaktionen unumstritten und bedürfen somit einer Vorbeugung oder Intervention.

Pseudoelastic NiTi shape memory alloys exhibit different stress–strain curves and modes of deformation in tension vs. compression. We have recently shown that under a combination of compression and shear, heterogeneous deformation can occur. In the present study, we use digital image correlation to systematically analyze how characteristic features of the nominally uniaxial engineering stress–strain curves (particularly the martensite nucleation peak and the plateau length) are affected by extensometer parameters in tension, compression, and the novel load case of shear-compression. By post-experimental analysis of full surface strain field data, the effect of the placement of various virtual extensometers at different locations (with respect to the nucleation site of martensite bands or inhomogeneously deforming regions) and with different gauge lengths is documented. By positioning an extensometer directly on the region corresponding to the nucleating martensite band, we, for the first time, directly record the strain-softening nature of the material—a specific softening behavior that is, for instance, important for the modeling community. Our results show that the stress–strain curves, which are often used as a basis for constitutive modeling, are affected considerably by the choice of extensometer, particularly under tensile loading, that leads to a distinct mode of localized deformation/transformation. Under compression-shear loading, inhomogeneous deformation (without lateral growth of martensite bands) is observed. The effects of extensometer gauge length are thus less pronounced than in tension, yet systematic—they are rationalized by considering the relative impact of differently deforming regions.

Functional characterization of biochemically-isolated proteins is a central task in the biochemical and genetic description of the biology of cells and tissues. Protein identification by mass spectrometry consists of associating an isolated protein with a specific gene or protein sequence in silico, thus inferring its specific biochemical function based upon previous characterizations of that protein or a similar protein having that sequence identity. By performing this analysis on a large scale in conjunction with biochemical experiments, novel biological knowledge can be developed. The study presented here focuses on mass spectrometry-based proteomics of organisms with unsequenced genomes and corresponding developments in biological sequence database searching with mass spectrometry data. Conventional methods to identify proteins by mass spectrometry analysis have employed proteolytic digestion, fragmentation of resultant peptides, and the correlation of acquired tandem mass spectra with database sequences, relying upon exact matching algorithms; i.e. the analyzed peptide had to previously exist in a database in silico to be identified. One existing sequence-similarity protein identification method was applied (MS BLAST, Shevchenko 2001) and one alternative novel method was developed (MultiTag), for searching protein and EST databases, to enable the recognition of proteins that are generally unrecognizable by conventional softwares but share significant sequence similarity with database entries (~60-90%). These techniques and available database sequences enabled the characterization of the Xenopus laevis microtubule-associated proteome and the Dunaliella salina soluble salt-induced proteome, both organisms with unsequenced genomes and minimal database sequence resources. These sequence-similarity methods extended protein identification capabilities by more than two-fold compared to conventional methods, making existing methods virtually superfluous. The proteomics of Dunaliella salina demonstrated the utility of MS BLAST as an indispensable method for characterization of proteins in organisms with unsequenced genomes, and produced insight into Dunaliella?s inherent resilience to high salinity. The Xenopus study was the first proteomics project to simultaneously use all three central methods of representation for peptide tandem mass spectra for protein identification: sequence tags, amino acids sequences, and mass lists; and it is the largest proteomics study in Xenopus laevis yet completed, which indicated a potential relationship between the mitotic spindle of dividing cells and the protein synthesis machinery. At the beginning of these experiments, the identification of proteins was conceptualized as using ?conventional? versus ?sequence-similarity? techniques, but through the course of experiments, a conceptual shift in understanding occurred along with the techniques developed and employed to encompass variations in mass spectrometry instrumentation, alternative mass spectrum representation forms, and the complexities of database resources, producing a more systematic description and utilization of available resources for the characterization of proteomes by mass spectrometry and advanced informatic approaches. The experiments demonstrated that proteomics technologies are only as powerful in the field of biology as the biochemical experiments are precise and meaningful.

科学研究費補助金 研究種目:基盤研究(A)(2) 課題番号:13305005 研究代表者:近藤 博基 研究期間:2001-2004年度