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Pour certaines espèces, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit et les pipelines automatiques d'annotation permettent actuellement de passer du tube Eppendorf au fichier genbank en un clic de souris, ou presque. D'autres organismes, en revanche, résistent farouchement au bio-informaticien le plus acharné en leur opposant une complexité génomique confondante. Les diplonémides en font partie. Ma thèse est centrée sur la découverte de nouvelles stratégies d'encryptage de l'information génétique chez ces eucaryotes, et l'identification des processus moléculaires de décodage. Les diplonémides sont des protistes marins qui prospèrent à travers tous les océans de la planète. Ils se distinguent par une diversité d'espèces riche et inattendue. Mais la caractéristique la plus fascinante de ce groupe est leur génome mitochondrial en morceaux dont les gènes sont encryptés. Ils sont décodés au niveau ARN par trois processus: (i) l'épissage en trans, (ii) l'édition par polyuridylation à la jonction des fragments de gènes, et (iii) l'édition par substitution de A-vers-I et C-vers-T; une diversité de processus posttranscriptionnels exceptionnelle dans les mitochondries. Par des méthodes bio-informatiques, j'ai reconstitué complètement le transcriptome mitochondrial à partir de données de séquences ARN à haut débit. Nous avons ainsi découvert six nouveaux gènes dont l'un présente des isoformes par épissage alternatif en trans, 216 positions éditées par polyuridylation sur 14 gènes (jusqu'à 29 uridines par position) et 114 positions éditées par déamination de A-vers-I et C-vers-T sur sept gènes (nad4, nad7, rns, y1, y2, y3, y5). Afin d'identifier les composants de la machinerie réalisant la maturation des ARNs mitochondriaux, le génome nucléaire a été séquencé, puis je l'ai assemblé et annoté. Cette machinerie est probablement singulière et complexe car aucun signal en cis ni acteur en trans caractéristiques des machineries d'épissage connues n'a été trouvé. J'ai identifié plusieurs candidats prometteurs qui devront être validés expérimentalement: des ARN ligases, un nombre important de protéines de la famille des PPR impliquées dans l'édition des ARNs dans les organites de plantes, ainsi que plusieurs déaminases. Durant ma thèse, nous avons mis en évidence de nouveaux types de maturation posttranscriptionnelle des ARNs dans la mitochondrie des diplonémides et identifié des candidats prometteurs de la machinerie. Ces composants, capables de lier précisément des fragments d'ARN et de les éditer pourraient trouver des applications biotechnologique. Au niveau évolutif, la caractérisation de nouvelles excentricités moléculaires de ce type nous donne une idée des processus de recrutement de gènes, de leur adaptation à de nouvelles fonctions, et de la mise en place de machineries moléculaires complexes. / Thanks to new high throughput sequencing technologies and automatic annotation pipelines, proceeding from an eppendorf tube to a genbank file can be achieved in a single mouse click or so, for some species. Others, however, fiercely resist bioinformaticians with their confounding genomic complexity. Diplonemids are one of them. My thesis is centered on the discovery of new strategies for encrypting genetic information in eukaryotes, and the identification of molecular decoding processes. Diplonemids are a group of poorly studied marine protists. Unexpectedly, metagenomic studies have recently ranked this group as one of the most diverse in the oceans. Yet, their most distinctive feature is their multipartite mitochondrial genome with genes in pieces, and encryption by nucleotide deletions and substitutions. Genes are decrypted at the RNA level through three processes: (i) trans-splicing, (ii) polyuridylation at the junction of gene pieces and (iii) substitutions of A-to-I and C-to-T. Such a diverse arsenal of mitochondrial post-transcriptional processes is highly exceptional. Using a bioinformatics approach, I have reconstructed the mitochondrial transcriptome from RNA-seq libraries. We have identified six new genes including one that presents alternative trans-splicing isoforms. In total, there are 216 uridines added in 14 genes with up to 29 U insertions, and 114 positions edited by deamination (A-to-I or C-to-T) among seven genes (nad4, nad7, rns, y1, y2, y3, y5). In order to identify the machinery that processes mitochondrial RNAs, the nuclear genome has been sequenced. I have then assembled and annotated the genome. This machinery is probably unique and complex because no cis signal or trans actor typical for known splicing machineries have been found. I have identified promising protein candidates that are worth to be tested experimentally, notably RNA ligases, numerous members of the PPR family involved in plants RNA editing and deaminases. During my thesis, we have identified new types of post-transcriptional RNA processing in diplonemid mitochondria and identified new promising candidates for the machinery. A system capable of joining precisely or editing RNAs could find biotechnological applications. From an evolutionary perspective, the discovery of new molecular systems gives insight into the process of gene recruitment, adaptation to new functions and establishment of complex molecular machineries.

Mouse polyomavirus (MPyV) is a model virus of the Polyomaviridae family. Polyomaviruses are small non-enveloped DNA viruses. They cause severe problems to immunocompromised patients. Their oncogenic potential is known in animals and humans. Trafficking of MPyV within the cell is not clear yet. The virus enters via smooth monopinocytic vesicles and continues to early and late endosomes. From there, the virus is transported to the ER by unknown mechanism. It bypasses Golgi aparatus (GA). One possible pathway is from late endosomes to trans-Golgi network (TGN) facilitated by Rab9 GTPase and then in COPI vesicles to the ER. In this thesis, the effect of inhibitors of retrograde transport (Brefeldin A, Golgicide A) on MPyV infection was evaluated. Brefeldin A is not completely specific; it has effect on whole endosomal system. Golgicide A causes specific disruption of transport via TGN and GA. Both inhibitors suppressed infection of MPyV. Confocal microscopy revealed colocalization of some MPyV virions with markers of TGN and COPI vesicles. MPyV didn't colocalize with cis-Golgi marker. Unfortunately, the effect of overexpression of Rab9 dominant negative mutant couldn't been evaluated due to its high cytotoxicity. However, overexpression of wild type Rab9 slightly increased infectivity. The results...

Le transfert trans-générationnel d’immunité (TTGI) est défini comme étant une élévation de l’immunocompétence de la descendance suite à la rencontre des femelles avec un organisme pathogène. Le TTGI est un phénomène bien connu chez les vertébrés, chez lesquels il se réalise par le transfert d’anticorps de la mère au jeune. Il n’a été décrit que récemment chez les invertébrés, chez lesquels le support de sa transmission est encore inconnu. Le TTGI apporte un bénéfice aux descendants lorsqu’ils rencontrent l’infection vécue par la mère, dans quel cas l’élévation de leur immunocompétence a un effet protecteur. Cependant, au-delà de ce bénéfice, plusieurs indices suggèrent que le TTGI est un phénomène coûteux pour les organismes. L’évolution du TTGI ne sera permise chez une espèce que lorsque les bénéfices qu’il représente en termes de protection des descendants surpasseront les coûts qu’il représente pour eux en termes de fitness. Ainsi, l’étude de ses coûts et de ses bénéfices nous renseigne sur les pressions de sélection qui ont conduit à son évolution chez les invertébrés. Au cours de cette thèse, j’ai associé l’expression du TTGI chez un insecte avec un certain nombre de coûts, tant pour les femelles qui le réalisent que pour les descendants qui l’expriment. Pour ce faire, j’ai utilisé comme organisme modèle le ver de farine, Tenebrio molitor. Dans le premier chapitre, nous avons stimulé le système immunitaire des femelles adultes de T. molitor avec un immunogène non pathogène, et étudié divers aspects de la transmission d’activité antibactérienne aux œufs qui en résultait. Cela nous a permis de voir que la transmission d’activité antibactérienne interne aux œufs commençait deux jours après la stimulation du système immunitaire des femelles et cessait après dix jours. Enfin, nous avons pu mettre en évidence un coût pour les femelles à la protection de leurs œufs, en termes de fécondité. Dans le second chapitre, nous stimulé le système immunitaire avec trois microorganismes différents tués par la chaleur, et exposé leurs jeunes larves à des microorganismes vivants. Nous n’avons pas réussi à mettre en évidence d’effet protecteur du TTGI sur les jeunes larves de T. molitor. Il s’avère cependant que l’exposition des jeunes larves à un champignon entomopathogène réduit le délai avant leur seconde mue larvaire. Dans le troisième chapitre, nous avons stimulé soit le système immunitaire des femelles, soit celui des mâles de T. molitor avec un immunogène non pathogène, et observé différents paramètres de l’immunité de leurs descendants adultes. Cela nous a permis de mettre en évidence que le TTGI d’origine maternelle et paternelle n’affecte pas les mêmes effecteurs immunitaires chez les descendants, et que le TTGI d’origine maternelle comportait un coût pour eux en termes de temps de développement. Ces coûts au TTGI suggèrent qu’il n’est pas seulement une conséquence de la stimulation du système immunitaire des femelles de la génération parentale, mais qu’il est bien un mécanisme qui a été sélectionné du fait des bénéfices qu’il représente pour les organismes dans certaines conditions écologiques / Trans-generational immune priming (TGIP) is defined as the plastic enhancement of offspring's immunocompetence following an immune challenge of the females of the parental generation. In vertebrates, this phenomenon is well described, and is achieved by the maternal transfer of antibodies. In invertebrates however, it has only recently been described. Since invertebrates do not possess antibodies, the mechanism of this transmission remains unknown. If the offspring is exposed to the maternal infection, an elevated immunocompetence can help it cope better with it. Nonetheless, apart from this benefit, several cues indicate that the TGIP bears some fitness costs for individuals. The evolution of TGIP will be favoured when its benefits outweigh its fitness costs. Thus, studying its costs and benefits can lead us to a better understanding of the selection pressures that lead to its evolution in invertebrates. During my thesis, I associated the occurrence of TGIP in an insect, the mealworm beetle Tenebrio molitor, to several fitness costs for the females transmitting it as well as for the offspring receiving it.In the first chapter, we stimulated the adult female's immune system with a non pathogenic immunogene, and studied several aspects of the subsequent transfer of antibacterial activity to the eggs. We saw that the transmission of antibacterial activity inside the eggs started two days after the immune challenge, and stopped at ten. Then, we highlighted a cost for the females on their fecundity to this transmission.In the second chapter, we stimulated the immune system of the females with three different heat-killed microorganisms, and exposed their larval progeny to living microorganisms. We did not see any benefit of the TGIP on the young larvae of T. molitor. However, we saw that the exposure of young larvae to an entomopathogenic fungus decreased the time-lap between the two first larval moults.In the third chapter, we stimulated the immune system of either the adult females or the males of T. molitor, and we observed several immune parameters in their adult offspring. This allowed us to see that maternally and paternally-derived TGIP affected different immune effectors in the adult offspring, and that maternally-derived TGIP bear a cost on the developmental time of the offspring.These fitness costs to the TGIP suggest that it is not just a side-effect of the immune reaction of the females, but rather an investment that has been selected because of the benefits it represents for the offspring in certain ecological conditions

Teratogenes are external environmental factors that can cause a developmental or a congenital defect in exposed individuals. The methods used for detecting the embryotoxic effect of substances are the classic when laboratory mammals are used and the alternative which use in vitro and in ovo systems. The main difference between these two is that the alternative methods lack metabolism of maternal organism. The metabolism of maternal organism brings a high variability of results to systems of the classic methods. We used two alternative methods in this thesis, both using chicken embryo. The first of them was in ovo method called CHEST (Jelínek, 1977). CHEST method can be used for administration of tested substances from ED2 to ED6. The disadvantage of this method is due to the dilution of the tested substance after subgerminal application at ED2. Therefore we developed in vitro method called SANDWICH. No dilution occurs while using the SANDWICH method. The aim of this study was to develop in vitro method SANDWICH while using proven teratogene (all-trans retinoic acid) and its solvent (dimethyl sulfoxide), to estimate beginning of the embryotoxicity dose range for both substances using CHEST and SANDWICH, and finally to compare obtained results. We confirmed the embryotoxic effect of all-trans...

This thesis is written with the intent to draw attention towards two of the gendernorms that affects us all while living in today’s society. By looking closer to the books, songs and stories children have access to and by both observing and interviewing teachers, I try to raise the knowledge of how the heteronorm and cisnorm are being challenged in the two preschools participating in this thesis. Both preschools are located in Sweden and the two persons I have interviewed are both preschoolteachers. I analyze the result of my research from a perspective that criticizes societal norms and has roots in both French post structuralism and queer theory. I also put my result in comparison to previous studies done by other researchers. My result shows that most of the books, songs and stories that children have access to in preschool are cisnormative and heteronormative and one of the teachers I have interviewed say that they don’t have enough knowledge about norms while the other teacher says that they have gotten enough knowledge about norms through in-service training. This thesis verifies, through my presentations of previous research and my own research, that our society is steeped in these two norms.

Les amphidinolides C et F sont des macrocycles isolés de dinoflagellés Amphidinium sp. vivant en symbiose avec des plathelminthes Amphiscolops sp.. Ces amphidinolides ont montrés des activités cytotoxiques importantes sur des lignées de cellules KB et L1210. Au vu du potentiel thérapeutique intéressant et de l’architecture complexe de ces substances naturelles, un programme de synthèse totale a été initié. Dans ce manuscrit, différentes approches pour la construction de ces produits naturels sont détaillées, les principaux défis étant la création efficace de motifs 2,5-Trans THF, l’incorporation de motifs diénique par des méthodes catalytiques et le contrôle des centres asymétriques grâce à des époxydes chiraux. / Amphidinolides C and F are macrocyles isolated from dinoflagellates Amphidinium sp., which are living in symbiosis with marine flatworms Amphiscolops sp.. Those amphidinolides had shown an important cytotoxic activity against KB and L1210 cell lines. Due to promising therapeutical potential and complex framework of these natural products, a total synthesis program had been initiated. In this manuscript, different approaches for the construction of these natural targets are detailed. The main challenges were the efficient formation of 2,5-Trans THF, incorporation of dienic moieties by catalytic processes and the installation of chiral centers through chiral epoxyde chemistry.

3 ABSTRACT Complexes [Rh(cycloolefin)(acac)] (cycloolefin = norborna-2,5-diene, cycloocta- 1,5-diene and cyclooctatetraene) were investigated as catalysts of polymerization of monosubstituted acetylenes into stereoregular cis-transoid polyacetylenes. All complexes were highly active in arylacetylenes polymerizations in both coordinating and non-coordinating solvents. Selection of solvent and cycloolefin ligand of the catalyst allowed the control over polymer MW. The onset of initiation in the [Rh(cycloolefin)(acac)]/monomer systems proceeded as the proton transfer from the monomer molecule to the acac ligand under the release of acetylacetone and coordination of -C≡CR ligand to Rh(cycloolefin) moiety. Cis-transoid poly(phenylacetylene) and poly[(2,4-difluorophenyl)acetylene]s with required initial MW were prepared with these catalysts and submitted to the long-term ageing in which the polymers were exposed to the atmosphere and diffuse daylight either dissolved in tetrahydrofuran or in the solid state. Tightly connected processes of cis-to-trans isomerization of the polymer main-chains double bonds and oxidative degradation were found to proceed during polymers ageing in the solution. Besides, the formation of corresponding cyclotrimers accompanied the polymers ageing. However, the cyclotrimers amount was...

Syftet med uppsatsen har varit att undersöka ickebinära transpersoners identitetsskapande och livsvillkor med utgångspunkt i ett socialt och institutionellt bemötande. Uppsatsen har använt sig av kvalitativ forskningsmetod i form av åtta semistrukturerade intervjuer med personer som identifierar sig som ickebinära transpersoner. Tidigare forskning har visat att fler identifierar sig bortom könen man och kvinna, mår psykiskt dåligt samt utsätts för risker och förtryck inom ramen för möjligheter och begränsningar som det sociala och strukturella erbjuder. Teorier som kopplas till uppsatsen är Honneths teori om erkännande, Jenkins teori om social identitet samt Butlers teori om den heterosexuella matrisen och könets performativitet. Resultatet påvisar att de ickebinära transpersoner inte erkänns av hela samhället, ett försök att hitta sig själv i en heteronormativ värld med en tvingande tvåkönsnorm och att detta har en påverkan på deras psykiska hälsa och livsvillkor. Representation är av stor betydelse för identitetsskapandet, vilket understöds av informationssamhällets framväxt. / The purpose of this essay has been to examine the identity creation and living conditions of non-binary transgender people based on a social and institutional approach. In this essay, we have used qualitative methods in the form of eight semi-structured interviews with people who identify themselves as non-binary transgender people. Previous research has shown that more people identify beyond the gender of man and woman, they suffer from mental stress and are exposed to risks and oppression within the scope of opportunities and limitations that the social and structural offers. Theories linked to this essay are Honneth's theory of recognition, Jenkin's theory of social identity and Butler's theory of the heterosexual matrix and the sex's performativity. The result shows that non-binary transgender people are not recognized by the entire society, an attempt to find themselves in a heteronormative world with a compelling dual- sex norm and that this has an impact on their mental health and living conditions. Representation is of great importance for their identity creation, which is supported by the emergence of the information society.